3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
4DPNA 4LO2A 3VT0A 5JOWA 5D63A 2EALA 2D6OX 1JLXA 3AZYA 3FJKA 5GLWA 2CWMA 2X2TA 1WCSA 4UW6A 4W65A 3ZXEA 3B00A 4LO7B 4D0ZA 3WO2A 2UUSA 4XJUA 1ULDA 21BIA 4GWNA 4LBNA 2A3XA 5IT6A 5BXSA 3RQ0A 5CAZA 4FPKA 3USUA 5BOWA 4XTPA 1YTOA 3ZXDA 4AN7B 4KEJA 1I3HA 4I1BA 1LESA 3BRGC 3V0BA 3ZXLA 1RIRA 2E53A 3O3QA 1JT4A 4I4OA 4BOWA 3WG3A 4PBOA 4DEPA 1QDOA 3A21A 1IOBA 1LU2A 1UN1A 2ZMNA 1LODA 2ZMLA 3OJBA 2WT1A 5F8WA 1MS4A 4LBQB 5AVAA 3RMYA 4PF5A 2WJSA 1BFBA 1Q8OA 5EG6C 3A4UA 4M00A 4R9DA 4WVWA 1G9CA 3MW4A 4YM2A 5F9TA 2BQPA 3APBA 4CTEA 1WW6A 1DQGA 1SBDA 2EIGA 3WVJA 4Y24A 1IS5A 1JT7A 3NV2A 1QOSA 1GZWA 3PHZA 1CPNA 4J2KA 3BA7A 4YFWA 2BEAA 1DZQA 3WG4A 2W52A 3S8JA 3BAHA 3D7WB 3WHTA 3VKLA 4YZ5A 1CQ9A 2EF6A 3N7JA 3MW2A 3HBWA 2ZHLA 4FPGA 3OBRA 3ZXFA 1WD4A 1GSLA 1QQLA 1R1ZA 1KITA 1Y7BA 1JY0A 1CESA 1W6QA 4DCKC 3UJ4A 2D7FA 4YLZA 2ZQNA 2HZ9A 4IY8A 1TP0A 1TWMA 2ARBA 1AXYA 2V73A 3I2XA 1A78A 3CRGA 3FJFA 2L5XA 3UDAA 4U2AA 4EKXB 5KXEA 5T55A 3POYA 3D4KA 2ZR1B 1Q04A 4M3CA 5D61A 2ZGSA 2J3PA 4IYBA 4TZDA 3Q9OA 2ZA9A 4JAWA 1GKBA 1FWVA 4AN6A 2AQZA 2DVAA 1SLBA 6I1BA 2ES3A 2KI6B 1HWMB 3OYWA 2A5ZA 4I4RA 1G9AA 2Z49A 3O12A 1W0PA 4ZKTB 2VUAA 4K20A 4LO3A 1HCDA 3VSZA 1R8NA 1NZKA 2D6KA 4OW4A 3RMXA 3SISA 4YW5A 1YI7A 2WBCA 4WZFA 4BM8A 1MZ5A 1LHVA 3BODA 4K1ZA 2NTDA 3ZSLA 1C57A 4TLPA 1FATA 2DVBA 1NUNA 4LO0A 5GLUA 1JBCA 3VV1A 3WO3A 1ONAA 3CU1B 3FLTA 4FQ4A 1FYUA 1LOFC 3V0AB 2EXIA 4Y1ZA 1SLAA 3VT2A 3WDWA 3FJIA 5SV8A 1HWOB 1AF9A 5GAQA 4ASMB 4II0A 4Q9PA 1LU1A 4ZFWB 4YOLA 3CAHA 4TYSA 1W3AA 4XIOA 3IN9A 3N7MA 5GLTA 1IJTA 1ULFA 1M16A 3EF2A 1CN1A 3VKOA 4DRVA 1MS1A 2V5YA 1DZDA 1LOAA 2I2SA 4F34A 1N1YA 3POWA 5T5LA 3WMVA 2EXHA 4BLJA 3B3QE 5DZFA 4LBLA 3FJCA 4WV8A 2ZHKA 4QKSA 3WUDA 2E4MA 1LCLA 5DUWA 1MACA 2AR6A 1MR5A 2OUJA 2CNAA 1DQ5A 1ULCA 2P3KA 2PHXA 1LHWA 4XBQA 2ZGKA 3A0KA 2VXTI 1HQWA 1CJPA 2WKKA 2D3RA 3VEQA 5E89A 5T5JA 1YYNA 4XFSA 3L2YA 3CNAA 3FJHA 3O4CA 1Q8SA 1B09A 5DG2A 3AH4A 5E24E 1NLSA 1F31A 2RSTA 4J2YA 1GLHA 3N3HA 2HYKA 1MS5A 2KI4A 3WV6A 1V6LA 1XHBA 3N7LA 4XE9A 1ULGA 1JTCA 3BAUA 3RSJA 3FJAA 4KBBA 3A23A 1DQ0A 4Y22A 2VU9A 3AP9A 3B01A 5F5QA 1DQ4A 3PVEA 2FFUA 3BA4A 3ATGA 1KJLA 3HMYA 2ZGLA 1BQPA 4QBCA 3K1XA 1T4QA 4CRQA 4FPHA 2ZHNA 3KMVA 4KEKA 1S0LA 3UJ0A 3AJZA 4AVTA 3WMUA 2K8RA 5DSSB 3IM6A 5IK8A 5EC5A 3OY8B 1SLIA 3B9UA 4Q8LA 4I0YA 1G7YA 3BA5A 4XJAA 4QC4A 1MS0A 2SBAA 2EXKA 3WG1A 4XBLA 4Y1VA 3M3EA 1WLWA 1W6MA 3POKA 2R16A 2YROA 2AREA 3ZXJA 1I1BA 3NV4A 2ERMA 2C9AA 2ZGMA 5T54A 1BASA 3O4AA 4MYEA 2H0BA 1LULA 2F2FC 2GN3A 4FPFA 2P37A 1O4ZA 4YG6A 3BAGA 4R9BA 1FV3A 1GANA 2AYHA 1GYKA 1X50A 5DUYA 1V6UA 2CYFA 2WNEA 2DUPA 2KM2A 3M3OA 1ABRB 2QN4A 3HOMA 1BLAA 4NO4A 7I1BA 1J1TA 3DGTA 4YW3A 4OWJA 1AXKA 3WNXA 3JRRA 4P6AA 3AYCA 3Q7XA 4FVVA 4Q91A 4FPLA 2FMDA 4I2SA 1BFGA 1RINA 3T1MA 1V6OA 3AFKA 4Y20B 5H9PA 1MS8A 4GP0A 1MS9A 2DU1A 3CA5A 5BQUA 1C1LA 2I1BA 5BYNA 1GNHA 1G86A 5KXCA 2MC2A 3BB2A 4HL0A 4XJZA 1G9FA 3OGFA 4GOYA 4EB2B 1ZA4A 1ITBA 3AJ5A 5KXBA 3WG2A 4X3AA 4J2XA 1Z4SA 3JUTA 3FBYA 3FJJA 5IK5A 4OWLA 1MD6A 4HANA 3VWCA 4XJ9A 4LBQD 2NVHA 4Y26A 1S0EA 2A3YA 4G6MA 1V6IA 3TAYA 5BXPA 2GNTA 3ZVXA 1DFCA 4YM0A 4FOQA 4AVSA 4FPEA 1TIEA 1AJOA 1AX0A 5HPZA 1QF3A 2GN7A 5EYYA 4XDQA 2EXJA 4IHZA 2B7YA 4AGGA 1D0HA 1AVUA 2D1ZA 3UD7A 1K5UA 5HCBA 5EHAA 3AKIA 1FNYA 1AVBA 1Q8VA 4LO2C 3KM5A 2Q3NB 1AVWB 2MLLB 1HDKA 2GMPA 4PBPA 2VSAA 3GALA 4LBMA 3R4UA 1JYIA 3ILRA 3PVOA 4G1RA 3IPVA 5DG1A 1CIWA 4YW1A 3JU9A 1LTEA 2OW4A 3I8TA 3NBCA 3O4OA 1V6NA 1LEDA 4SLIA 1TEIA 4EFRA 3JUUA 2HW9A 3HN1A 4BLIA 3WDTA 3ASIA 1ISYA 2D7IA 4GAFA 1N1TA 1DBNA 3ZPYA 4QBVA 1Q8PA 2D3SA 1S0FA 4FOYA 2D24A 1XG6A 4ISQA 1DQ1A 3BADA 4OZXA 3NJ5A 4BPZA 3T2TA 4XYXA 2F8XC 4Q1PA 1V6XA 3CQAA 1P63A 2JE7A 2A7AA 5H9SA 1DYKA 2ZZJA 3O5WB 4XFTA 4LO1C 3AZWA 1E0OA 1W6NB 3A22A 2DYCA 3T1LA 3N0KA 2FDBM 4YZ1A 1GNZA 4ZOTA 1QXMA 3O44A 2DTWA 3BRFA 1DQOA 5BXRA 4I1EA 5CB7A 4CZSA 2VW2A 1APNA 1N47A 1W6OB 3WUCA 2FFVA 3CA0A 4BMBA 4WVVA 2P3IA 2Q9XA 1QNWA 3H6RA 3LTQA 2M49A 3AP7A 3QR5A 2GMEA 2D23A 3W9TA 2AGSA 3WA1A 2ZGPA 3LSDA 3O0WA 4D8HA 1DFQA 3AXEA 1N3QA 3AP6A 3AZVA 2FGFA 1D2SA 1Q1UA 2IWTB 4G9MA 1ISWA 1IS6A 3C2UA 1JOJA 1KDMA 2ZQOA 3IMNA 1W0OA 3P6JA 3WDYA 2VY0A 2A6WA 3W58A 2WT2A 2D6LX 4C1WA 3SNMA 1LGCA 5HCAA 3SITA 4P0LA 4IZXA 2WRYA 2LALA 1L2HA 1JQZA 3FUOA 4UW5A 1SR4A 1LEMA 2A6YA 2NZ9A 2AUYA 2Q5TA 3MALA 3BIWE 3AP5A 1FX5A 4I4UA 2DUOA 4A7KA 3AJYA 4WBCA 1M2TB 5DXDA 2ZHMA 3UL2A 1J0SA 1Q8QA 5FNXA 3IKWA 4I4VA 3HR9A 1HKNA 1KJRA 3OBTA 5T52A 4M01A 4LO3C 4Z8BA 3AZXA 4H04A 5DZEA 2PHUA 1FV2A 2GO2A 2JJ6A 3VKNA 2HWMA 1JT3A 1Z2VA 2DWRA 4ATEA 1XZZA 2GALA 4UW4A 1UZYA 4YZ2A 4IZEA 1WLCA 4LO0C 1ZM1A 4I37A 4A7YA 1UL9A 1TFMB 1C4RA 4L4HA 1IT0A 4P9YA 1WW5A 4R6UB 1SZ6B 4LBQA 2D44A 3AYDA 5LK5A 1MVEA 2PHTA 3PJQA 1PC8B 2E7TA 3I2AA 2ZGTA 5FNWA 1HQLA 4R9CA 1I1EA 1AXMA 4P9XA 3FUQA 1JN2P 2BEBA 2ESUA 4XMAA 1VIWB 4XZPA 1IILA 4OEEA 1YO8A 4Q2FA 1BYHA 2ZABA 5BP5A 1LJ7A 1YF8B 4FOVA 1N3OA 2D20A 1AVAC 4JKQA 1OQLB 4KEIA 1QU0A 1TWEA 5FZYA 4QD2C 3RS6A 4BQ1A 5F8YA 3I4IA 2E4MC 4YW4A 1IRPA 4XMIA 4I8MA 2K4AB 3R05A 4AGVA 1DYPA 1FWUA 5DUXA 2JE9A 4ZLBB 2VW0A 2VLCA 2C5DA 3FGMA 2R49A 3QYDA 2OUHA 2YZ4A 3NV1A 3B9CA 4XBNA 3FLPA 2X2SA 2DS0A 5DVHA 1XQNA 1WUVA 4I6IA 4ITCA 4JRAA 2LIQA 4ISRA 8I1BA 3WINA 5FREA 5T5OA 3IM7A 2R1BA 2ET2A 4DQAA 1ONKB 3WOGA 3POSA 3M1HA 2ERFA 1CR7A 3AYAA 2A71A 3B69A 1UPSA 5H9RA 3NWKA 2P2KA 1H30A 4IQPA 3O0VA 2FO1A 5JOXA 41BIA 2RQ9A 3QCWA 1RITA 1W6PB 1IKPA 4USPA 1AX2A 5BVPI 2KH2A 1T9FA 5GZCA 5IK7A 3H0OA 2GNBA 1G9DA 1IS3A 3IIRA 1QGLA 4I4XA 5DZUA 3ILAA 4U36A 3D5OA 1WD3A 2UURA 1RY7A 1S1AA 4GP3A 3QLQA 1AZDA 3NBNA 3Q7YA 2GNMA 1S0CA 1S0JA 4I7IA 4RA0A 3V0AA 2K43A 4BMEA 1RG8A 4CJMA 3MPPG 1VALA 4I4SA 2DVDA 3RG0A 4ZGRB 3D6EA 3U4XA 2D22A 5H9QA 3AYEA 5EXOA 4PC4A 2JD4A 3IPVB 2MIBA 5DUUA 4FQZA 1JLYA 3AXDA 3ILNA 4FPYA 3USUB 1DJSB 1MS3A 4OUJA 4G6JA 1PWAA 4YW2A 4EEEB 3A0NA 5JLVA 3RTJB 4ZA3B 1H9PA 3V64A 3INAA 3FJBA 3FJDA 1N1SA 3V0BB 3BOPA 2ZAAA 4JPZA 1CE7B 3F1RA 3BAQA 1TTUA 5JOZA 1W3FA 4LBOA 2AH2A 1V00A 3PVNA 1GGPB 5IK4A 4ZFUB 4YG3A 3N36A 3HALA 3OJ2A 4JC1A 4PQ9A 1FNZA 1DQ2A 3AKFA 4NOTA 1CONA 3AKGA 2NP0A 1BJQA 5CA6A 1GZWB 4I96A 4OEFA 3VT1A 1FN0A 5B2HA 2D43A 5EYXA 2CTVA 2GNDA 2P3JA 1ISXA 1Q03A 2DTYA 3WDVA 5GZFA 4LBJA 4QO3A 2BFHA 3CRHA 1YBIA 3WLUA 4H55A 3W59A 2P23A 5L73A 2PHFA 3LLPA 4I3NA 1UKGA 5T5PA 1W6QB 4AWDA 1RMLA 3F62B 5GM0A 4ZBVB 1URXA 4K1YA 1PUMB 1SLLA 1Z0HA 1BLDA 1F5FA 1SLCA 3WZ1A 1WBFA 3M3CA 5GLVA 3OY8A 4YFZA 1OFSA 4M3CB 2D6PA 2Z42A 1BARA 1N4KA 1GV9A 2E7QA 2NMOA 2Y9FA 4HJJA 4GALA 4GAIA 1DLLA 1YXWA 5E88A 2Y9XE 2NYYA 3ZX7A 4A7ZA 2ZGQA 3FLRA 3OYWB 1R8OA 4M3CF 2OVUA 1H9WA 3IAGC 1CVNA 3OPZA 3S8KA 1V6KA 5FZUA 3V79C 1UMZA 4Z9WB 4DENA 2W39A 4QKRA 2ZBJA 1FMMS 4FPCA 4GOVA 4KC3A 3AZZA 3MEPA 3ZC8A 1HIBA 2PELA 1QKQA 2A3WA 3CA4A 2ZGOA 3BX1C 2ZGRA 4XOGA 4G9NA 1BFCA 2P39A 4GA9A 1DQ6A 2R1DA 1KDKA 3AX4A 1LGBA 4Q9GA 2CWSA 4Z8SB 4Y20A 1OKQA 2D6NA 1V6VA 1C1FA 2NM1A 4XKIA 5G00A 1YIFA 1LECA 1EYLA 4LO1A 2Y9WC 1QMJA 1QDCA 4FP3A 4JCKA 1GZ9A 5BXTA 3DUIA 3PUBA 2VXRA 4X38A 4UW3A 4JQ0A 1JUIA 1O4YA 2XG3A 4Y1XA 3GNEA 3O0XA 2WSVA 1G82A 2UWBA 2DV9A 3HSMA 4GXLA 5I1BA 2XOAA 3A07A 4QD2B 3ZXGA 4XILA 3FJ9A 4IONA 1SCRA 5GALA 2G4IA 5FRAA 1ILR1 2UWCA 2GZBA 4XJ8A 1BZWA 1G8WA 1MVQA 4JP0A 3UD8A 1LHOA 1V6WA 5GZEA 3VKMA 4P9WA 2PHWA 5DZGA 1XYFA 1JT5A 1GBGA 1ISZA 1SR4C 3AJ6A 2QYIB 4XTMA 1WW4A 1LOBA 5EWSA 3OJVA 1FAYA 1JYCA 2YXSA 1G9BA 4YG0A 1SACA 1CPMA 2R0FA 3ILFA 4LO7C 2DU0A 5KXDA 4GKXA 1PZ8A 2WSUA 5T50A 1PZ9A 2TEPA 4YGBA 3ZYRA 2DVGA 1U0AA 2DUQA 3RTIB 4XHBA 1ULEA 3PMEA 3IM5A 4Y22B 4DFSA 2R0HA 4FPJA 2Y9GA 3NBDA 1BKZA 1DGLA 4YZ3A 3BRDA 2AAIB 1Z78A 1IHKA 3ENRA 2NN8A 4ZXKA 1K5VA 2KLLA 4X39A 3I29B 2D3PA 4XXPA 1MC9A 3MW3A 1N3PA 3AP4A 2A6ZA 1S0BA 2DURA 1S0DA 3BTAA 1SLTA 3E8LC 3VSFA 5DUVA 3BAVA 1JHNA 3NV3A 4USOA 1HWPB 2HWAA 1LOFA 2NMNA 1IKQA 2UU8A 1W6MB 1W6NA 2JECA 5E8AA 2VH9A 3ZSKA 4J23B 4IY9A 4AYUA 2D6MA 4F83A 5CBLA 3UJOA 2ZMKA 2Z48A 9ILBA 1IOAA 3CA6A 5BP5C 4EFQA 2YY1A 1SCSA 4YM1A 3NBEA 4XIKA 1W6OA 1EVTA 3LSEA 4ZFYB 3C9ZA 3WCRA 2AFGA 5GZGA 1SBEA 4FOWA 3O49A 4XJWA 4XHXA 1DHKB 1LOEA 2CL2A 4K21A 4AVVA 4H9WA 2ZACA 2SLIA 2YV8A 2DRYA 3TC2A 2W08A 1AXZA 5GJ6A 3UD9A 3KQRA 2VW1A 3UK9A 1PZ7A 3IM0A 3UJQA 3P6IA 2AENA 1FQ9A 4J2SA 2ENRA 2DREA 3LCPA 2W68A 4PCRA 1UZZA 3WINC 3SH3A 3OJMA 3FFZA 2E6VA 4P0KA 3TB0A 5JVVA 1VAVA 3VUOA 4P0JA 1S0IA 1WBAA 2IHOA 3ZSMA 4EFPA 3O4BA 1ENSA 4I4YA 1QNYA 3WHUA 1HWNB 2EAKA 5GLZA 3O5SA 1II4A 2VSEA 1ENQA 1S0GA 4XXAA 3SLIA 2ZKNA 1AX1A 4HA2A 2YUGA 4I30A 1EPWA 1NXD1 3M3QA 1JXNA 4JKXB 1V6JA 2JDZA 4ATFA 1SBFA 5D62A 1QOOA 2LIEA 3V65A 1WBCA 4L8QA 1AFCA 4OWKA 5IUQA 4YZ4A 4GKYA 3H6QA 1LHNA 3T8SA 1KQRA 2FHRA 1A8DA 4Q26A 1AJKA 3SH5A 2ARXA 1HKDA 1JW6A 1KNMA 1A3KA 3FJEA 3AH1A 1PUUB 4LBKA 1IRAX 1VLNA 4OEGA 2RHPA 4QALA 2P34A 2A6XA 1LOCA 4X37A 4HR6C 1VAMA 5JOYA 2KKIA 4FGFA 2F2FA 4R9AA 1AVXB 3SH4A 1DIWA 4D69A 2WLQA 4Q8KA 5JMCA 5CNAA 1ISVA 1QQKA 1HLCA 4YGCA 2JKBA 2ZGUA 4FPOB 1DZCA 4ENDA 3WCSA 2PHRA 1LENA 2RG9B 2AXMA 2DRZA 4YGEA 1N1VA 1PZZA 3WDUA 1CVSA 2R9KB 5F90A 1FGAA 3ZXKA 4C1XA 1UAIA 4Y1YA 5FZZA 1LOGA 4D0TA 1FMZA 1OQ1A 4Y1UA 4M3CE 4DRRA 5BQUC 2E51A 4L4IA 4P14A 1BA7A 4Q27A 2WT0A 4I4PA 2GDFA 1GICA 4GWMA 3PG0A 3ZSJA 2A70A 2D7RA 3WDXA 3VKFC 3OGGA 1TOOA 1LGNA 1GZCA 3ZYPA 1KRIA 3N35A 3O4DA 2GMMA 5F8SA 1F9KA 3H6SE 3H6RB 1YRZA 4YGDA 3ZC9A 1BXHA 1UX6A 2LTNA 4AGRA 3M2MA 2A6VA 1BFFA 2UWAA 1W6PA 31BIA 1RZOB 1W3GA 5GZDA 1WLDA 2YMZA 1QOTA 2XB6C 2ZGNA 1Q56A 3SNVA 3CA1A 1V6MA 5HCFA 3BAOA 3CA3A 4YM3A 3AKHA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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