3OGGA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin d
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
414
structure length
404
Chain Sequence
SINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTINCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin serotype D.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 108
structure length 404
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3oggA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3oggA02
3W59A 1CPNA 2JJ6A 2WLQA 1LOFA 2CWSA 2EALA 3EF2A 1A8DA 5T50A 2PHRA 4Q9GA 5GJ6A 1O4YA 3H6RA 1SCSA 1WBFA 3MW4A 1Y7BA 4ISRA 3BA4A 3BA7A 4M01A 4H55A 2F8XC 2Y9FA 4Q1RA 4X38A 2WRYA 1CIWA 4XMAA 2EXHA 2DWRA 1NUNA 1LHVA 4I0YA 2Q5TA 2CNAA 4XXPA 3RRDA 3MEPA 3UDAA 2GNTA 3VKLA 5F90A 2GMEA 3I29B 2WQZC 4A7KA 5JOWA 4GOVA 4I96A 4ZA3B 2EXIA 1R8NA 4XHBA 1ULFA 3AXEA 2WT2A 1BFGA 3AJ5A 3O5SA 1ONAA 1L2HA 1KNMA 2PHUA 3C9ZA 1FYUA 4IY9A 3TB0A 2RQ9A 3BAHA 4X39A 5T52A 3S8KA 1BLDA 5GLZA 4XBNA 1ISZA 2HYKA 1Q8OA 3NV4A 3I8TA 1JTCA 1IS4A 3AYAA 4D8HA 4P6AA 5JOYA 1ILR1 2WJSA 5DUXA 2GN7A 1W6QB 2C9AA 2D3RA 2PHTA 4LBQD 1EV2A 4GA9A 2R1DA 3O4OA 4BQ1A 2ERFA 3Q7XA 1Z78A 4LBMA 1MS0A 2ARXA 2R0HA 4FPEA 3JRRA 1P63A 4ZFYB 2DUQA 3HN1A 5DZGA 3Q7YA 3B9CA 2NZ9A 1AVWB 4DEPA 7I1BA 2FHRA 3WUDA 5GZCA 2D1ZA 3D6EA 2A71A 4IHZA 1DYPA 4QALA 4Q26A 2CWMA 1DZDA 4LO1C 4LBNA 2E4MC 3U4XA 3VKFC 3AZZA 4XFTA 4ITCA 2A3YA 1W6QA 3ZC8A 1LULA 5HCBA 3N7JA 3IM6A 1IKPA 3MALA 4BOWA 2CL2A 5T5OA 3CA0A 1JT5A 3H0OA 2JE9A 3AZYA 1UN1A 4AN7B 5DXDA 4W65A 5HCAA 4ZGRB 2CY6A 1H9WA 4PCRA 3ZVXA 1BYHA 4L8QA 1S0LA 4BMEA 4QBVA 1RG8A 3ZXGA 4PBPA 1LECA 1G9AA 3F62B 1SZ6B 1HDKA 5FZUA 3N7MA 2J3PA 1V6KA 2ZA9A 1DBNA 8I1BA 2UUSA 4Y22B 4FVVA 2ZHMA 1N3QA 5EG6C 2WT1A 3AYDA 2W08A 1MR5A 3OJVA 1SR4C 1ISWA 3QYDA 4JP0A 3WO2A 5FZYA 3ZSKA 2VW0A 1FWUA 2DV9A 1V6OA 4Q1PA 2ZAAA 3SH3A 1H30A 1PWAA 1V6WA 3ILAA 4QD2C 3R4SA 3USUA 4I6IA 1GSLA 3IIRA 3R4UA 5BOWA 2SBAA 3WG1A 4YM2A 1N3PA 3POKA 4FOYA 3FUOA 4WVWA 4Y22A 1WD3A 1UZZA 1Z2VA 1JT3A 5GZGA 4HJJA 4UW6A 4ASMB 4Q2FA 4AGRA 2EXJA 1WW7A 3VSZA 1MS1A 2QN4A 4LO3A 1KJLA 5E88A 1PUMB 1YTOA 2XOAA 1HWNB 1OKQA 3NV3A 1CONA 3OJMA 2GDFA 2JD4A 1BZWA 2VSAA 2XG3A 1WLWA 4KEIA 3GNEA 2VSEA 2D7RA 2RSTA 2DVFA 3V64A 1TEIA 2KKIA 2E51A 1WBAA 4FOVA 3ZSLA 1JW6A 1Q04A 2BFHA 1MS9A 3R05A 3VEQA 4QKRA 1V00A 4FP2A 4FPLA 1B09A 1S0DA 4M3CF 1GV9A 1VIWB 1DJSB 4GAFA 4JPZA 1V6LA 2B7YA 1DQ5A 4OUJA 1CVSA 5IK5A 4EFQA 2W68A 1YI7A 3ILFA 3BX1C 4P9YA 3O3QA 4EFRA 3ZXEA 1QNWA 3T1LA 4A7ZA 1AXZA 4YW5A 2D3PA 1LEMA 2C5DA 5JMCA 3VSFA 2FFVA 4XILA 3FJEA 1IOAA 5GZDA 5HPZA 2DVGA 3LTQA 3PVNA 1MVQA 3N7KA 1SLLA 1BLAA 2AFGA 2KI4A 4YZ4A 5BXTA 4BM8A 4Q91A 6I1BA 5GLUA 2D6NA 3D4KA 2KM2A 2DUOA 5GLWA 5H9RA 4GALA 4I4PA 4CRQA 5AVAA 1WCSA 4G9NA 2UWBA 4C1XA 2D43A 2UWCA 3UD8A 1ULGA 5SV8A 2BEAA 1AVBA 4GWMA 5EYXA 4AVVA 4AGVA 4EB2B 4WV8A 5CB7A 4P9WA 2Q3NB 1Z0HA 1F5FA 4K20A 2A3WA 5F8YA 4Y20B 1PUUB 1GKBA 3V0AA 3OYWB 1F31A 4D0TA 2R0FA 4OEGA 5H9QA 2AGSA 1Z4SA 4AGGA 4M3CA 1Q8PA 2ZR1B 1S0EA 1J1TA 4ZBVB 3AYCA 4UW3A 1LOCA 2CYFA 2GNMA 1WBCA 5DZUA 4LO0C 1DZCA 5H9PA 4H9WA 3ZSMA 3WHTA 4XXAA 5GAQA 5JVVA 1QNYA 3CRHA 3TC2A 3IAGC 2D20A 4Y20A 1MACA 1IKQA 5FRAA 4MYEA 1UL9A 3AJ6A 2YY1A 1JBCA 1IOBA 3WDYA 5T55A 1QMJA 3BADA 1SACA 3S8JA 4PQ9A 4GOYA 4D69A 5E89A 1HQWA 2R49A 2D6KA 5GZFA 2ZBJA 4OW4A 5GZEA 2ZHNA 4XJAA 5KXEA 1GBGA 3ZX7A 4QC4A 3O44A 2AR6A 3AXDA 2TEPA 3M1HA 5BQUC 5CA6A 3INAA 4GAIA 1TWEA 2A6WA 2DREA 1N1TA 1UX6A 4FGFA 3N0KA 2VH9A 3H6SE 4J2XA 1FWVA 2W52A 4YZ5A 1RY7A 2GMPA 2A7AA 4QO3A 3B01A 4LBOA 1D2SA 3BB2A 2F2FA 4Y1UA 4I8MA 3FJDA 5FREA 3H6RB 3UJQA 2D3SA 3FJIA 1M2TB 1M16A 1BFCA 1HKDA 4R9DA 1FV3A 3FFZA 5IK8A 4XOGA 1WW6A 3A07A 3A23A 1MS8A 2ZMLA 1HCDA 1G9DA 3FLRA 4XDQA 1BFBA 1LOBA 3VUOA 3ZXFA 1KJRA 3IKWA 1MC9A 3O0XA 4I2SA 4I4RA 4IYBA 2AAIB 4YM0A 1BJQA 1GLHA 1QXMA 3VKOA 3UJOA 2A3XA 1FMZA 4JC1A 1KITA 1S0IA 4XE9A 4YW3A 4LO8B 1ABRB 3WDXA 5BXSA 3SH5A 2ZHLA 3GALA 5IUQA 5BXRA 4LBKA 3W9TA 4IZXA 5T5JA 2PELA 2R16A 5E8AA 3CA3A 5DG1A 2LALA 1FNYA 3N7LA 4LBQB 4H04A 2NYYA 3JUUA 5D62A 4DRRA 1X50A 5JOXA 9ILBA 4ZFWB 2IHOA 1U0AA 4GXLA 1HWMB 4XJWA 4K1ZA 3AH4A 1DQ6A 1DQ4A 1N1YA 2VY0A 1VCLA 4YFWA 3M3EA 1G9CA 3ZSJA 2YMZA 4FPCA 4CTEA 1DHKB 4I3NA 3BAVA 1ITBA 1NXD1 3VWCA 2CTVA 3OGGA 1BARA 3ASIA 2E53A 5BP5C 5BQUA 3V79C 4BMBA 3A22A 1KDMA 2WT0A 4LBQA 3O49A 2HZ9A 1DQOA 4OZXA 3CRGA 1A78A 1PC8B 3IN9A 3P6JA 3O12A 3WDTA 2UWAA 3O0VA 2YROA 4FPHA 4XMIA 1DFCA 1WLCA 3FJCA 3CQAA 4G1RA 5F8WA 1OFSA 1KDKA 3WV6A 1JYCA 5G00A 2AYHA 2VU9A 3ATGA 4XJ8A 4NO4A 1SCRA 4AYUA 1BQPA 3AP9A 2D24A 1WUVA 2IWTB 3HOMA 5CBLA 1SBEA 3O5WB 3B9UA 5KXBA 4Y1VA 4DFSA 3IMNA 4FOWA 1XYFA 3JU9A 4LO2C 3WG4A 2P2KA 1W3GA 2VW2A 1HIBA 1HWPB 4GKYA 5FNXA 2DRZA 3AJZA 4ENDA 3K1XA 2AENA 1AVXB 4FPGA 1AJOA 1YIFA 2A5ZA 2VLCA 3USUB 1SLBA 2AH2A 1DQ1A 1SLAA 1I3HA 3N3HA 3NV1A 4PC4A 1RINA 2E6VA 1LEDA 4I4UA 3PVEA 3AK0A 2Z42A 1OQLB 2MIBA 4Q27A 4ZOTA 1ONKB 5H9SA 1ULCA 3BODA 1BXHA 1DLLA 1KQRA 2KH2A 2WKKA 1YYNA 1AX2A 4G9MA 1NLSA 1LU1A 1FQ9A 3APBA 3AYEA 1S0FA 3I4IA 3HR9A 1W6MA 2GNDA 1IHKA 3ZYPA 4DPNA 1GGPB 1WW4A 4GP3A 2A6YA 5EYYA 1FX5A 1Q8QA 3NWKA 3T2TA 3A0NA 3CNAA 3FJBA 2DS0A 1PZZA 3HSMA 1F9KA 4XFSA 3WO4A 3PJQA 2YXSA 3P53A 2ZGPA 1QOTA 2P34A 1TOOA 1CESA 3AKHA 1IS5A 2Y9GA 3ZC9A 4BLIA 2DVBA 3ZXJA 2QYIB 1YRZA 1GANA 2FMDA 2ZACA 5GLVA 1LOEA 2D22A 1DYKA 2D7IA 1GICA 1HKNA 2SLIA 3LLPA 1SLIA 3O4AA 4KBBA 3WMVA 4Y1ZA 2PHFA 4LO1A 4AVSA 2P39A 3BOPA 1Q03A 2E4MA 4M00A 4USPA 4R9BA 4YOLA 1J0SA 1D0HA 3FJFA 3RS6A 2OW4A 3O4DA 3ZXKA 4YM3A 1DQGA 4Z8BA 5EC5A 1N47A 4LO2A 4LO7C 1QKQA 4XIOA 2DVDA 1JLXA 2XB6C 3VV1A 3WNXA 1AX0A 1FMMS 1SBDA 4R9AA 1IJTA 3UD9A 2H0BA 4QD2B 2PHXA 2A70A 1S0BA 1XG6A 2DU0A 1CE7B 2WSVA 4KC3A 4XFUA 3SITA 3V0AB 4FPOB 2DUPA 4L4HA 2D6LX 4UW4A 2ERMA 1LHNA 4M3CB 3WINC 5F5QA 1SR4A 4TYSA 3PG0A 1MS4A 4QKSA 1BKZA 1Q8VA 1ULDA 3DUIA 3D7WB 3SNMA 4L4IA 4NOTA 5DG2A 1UAIA 3MW2A 4XYXA 1LGCA 1W0OA 1YF8B 1W6OA 2JECA 3POWA 4M3CE 3I2AA 3WZ1A 1TTUA 4J2SA 5DVHA 1MD6A 4Q8KA 3AX4A 1R8OA 4XJZA 1QDCA 1V6JA 4YM1A 5I1BA 3FJ9A 1W3FA 1JHNA 1DIWA 3FLTA 1AF9A 5DUVA 1LOFC 3OJ2A 1QOSA 2M49A 1RIRA 5IK4A 1N3OA 2GNBA 1HWOB 1E0OA 1IRAX 4RL7A 1QDOA 4C1WA 4Y26A 3VKNA 3M3QA 4Q8LA 3WDVA 3LCPA 1JT4A 3BAOA 4K1YA 1MS3A 2AXMA 3PHZA 2KI6B 2P3JA 3SLIA 2A6ZA 3O4CA 2DRYA 2G4IA 2DTYA 4IQPA 4LBJA 1JY0A 3ENRA 3RTIB 3FJKA 1K5UA 4OWLA 2OUJA 2ZQNA 4JKQA 1I1BA 4GKXA 1V6XA 2JKBA 3V65A 3WG2A 1LENA 2FDBM 1O4ZA 4LBLA 1W6NB 3RMXA 3ZYRA 2NM1A 2E7QA 3WDWA 3VT1A 4CJMA 5EXOA 4DS0A 1LHOA 2YV8A 2K43A 3OPZA 1LHUA 1K5VA 4P0LA 2Z48A 2DYCA 1TP0A 4XKIA 4DENA 2HW9A 3A4UA 2DVAA 1G86A 2Y9XE 5DZFA 1UKGA 2D23A 4J2YA 4FQ4A 2A6VA 3MW3A 2A6XA 4GP0A 1MZ5A 1CPMA 2YUGA 3V0BA 1W6NA 4AN6A 1ZA4A 2D6PA 1QU0A 4BLJA 4EEEB 1ISYA 1IS6A 3AKGA 1JXNA 3HBWA 3WCSA 3CAHA 2V73A 3NBDA 2ARBA 2D6OX 3D5OA 2ES3A 2LIEA 5D63A 3FJHA 5EWSA 1R1ZA 1KRIA 2WSUA 3OBRA 1N1SA 2P23A 3FJ8A 1EVTA 5BXPA 2DU1A 4FPFA 2EAKA 4YW4A 3KMVA 1WLDA 5EHAA 4TZDA 3FUQA 3ZPYA 3CA5A 2VUAA 2EF6A 3QLQA 5JOZA 4I37A 1JT7A 4II0A 2HWMA 2ZGRA 2ZGOA 3UL2A 4JQ0A 4LO0A 4OWKA 2AREA 3AZVA 1JYIA 4P0KA 4XTPA 2K4AB 1SLCA 3PVOA 4XBLA 2FFUA 3SISA 1YO8A 2D44A 2VXRA 4I4VA 1VLNA 4YG3A 2VXTI 5KXDA 4HL0A 4YGCA 3HMYA 1LODA 3QR5A 1JOJA 1W6PA 3OJBA 3O4BA 2ENRA 1IILA 1TWMA 3QCWA 3BAGA 1TFMB 1FNZA 4JCKA 1WBLA 2ZMKA 3AKFA 3WA1A 3P6IA 5FZZA 4KEJA 4F83A 3POYA 3LSEA 3L2YA 4GWNA 5F8SA 1XQNA 1V6VA 2ZZJA 1FAYA 1GNHA 3N35A 3SNVA 3FJAA 4J2KA 5L73A 1JQZA 4R6UB 2ZGKA 4X37A 3VKMA 4OEEA 1CQ9A 3NV2A 4YFZA 4JKXB 1HLCA 5T54A 4USOA 3BIWE 4YW1A 2NVHA 2RG9B 1YBIA 1UZYA 1HCEA 1DQ2A 1CJPA 4BPZA 1AXYA 4X3AA 4HANA 1LOGA 2LIQA 4LO3C 3RSJA 1V6UA 4Y1YA 4I4SA 5LK5A 5T5LA 4YLZA 1W0PA 3AH1A 4PF5A 1BASA 3IM0A 3AJYA 3KQRA 3H6QA 5B2HA 3ZXLA 1MZ6A 1WW5A 4Y24A 1VAMA 4DRVA 1G82A 2AUYA 1SFYA 1VALA 1C4RA 2ZGNA 2P3KA 4QBCA 2D6MA 2NP0A 2OVUA 3BA5A 3RMYA 3PMEA 4F34A 5E24E 2YZ4A 1LGNA 3AZXA 1LGBA 3FLPA 1OQ1A 31BIA 1QGLA 5HCFA 4YZ1A 2KLLA 3HALA 4CZSA 4P14A 1ZM1A 4ATEA 1C57A 3ILNA 3WCRA 2V5YA 3OGFA 1W6MB 1SBFA 1AJKA 5CAZA 4YGDA 4OEFA 1ISXA 4YG6A 5BVPI 3NJ5A 2JDZA 1GZCA 4OWJA 4YGEA 3MPPG 2JE7A 4ZKTB 4XJ9A 5T5PA 1BFFA 1GNZA 2ZGMA 1PZ9A 3FBYA 3N36A 1ENSA 1IT0A 3AZWA 4U2AA 3CA6A 5KXCA 4D0ZA 1C1LA 1V6MA 3SH4A 3OY8B 5GALA 1BA7A 4XTMA 1QOOA 3UJ4A 4R9CA 5DZEA 2ZHKA 1LOAA 4DQAA 2ZMNA 4FP3A 2X2SA 2A75A 2Y9WC 4I4QA 5BP5A 2ZQOA 2I2SA 2P37A 3BTAA 5JLVA 2ZKNA 4U36A 1LESA 3PUBA 2HWAA 4IZEA 4YZ2A 1AFCA 3OY8A 4IONA 2GMMA 5DUYA 4AVTA 3NBCA 4FQZA 4RA0A 4HR6C 4I7IA 4P9XA 1QF3A 2ZGQA 2EIGA 3ILRA 2ZGLA 5JDBA 1RITA 3NBEA 4I4YA 3B3QE 41BIA 3OBTA 1CR7A 1GYKA 5IT6A 1FATA 1XHBA 4AWDA 2K8RA 1UMZA 3VT2A 3FGMA 2W39A 4FPKA 2E7TA 3O0WA 4ZLBB 1AZDA 1PZ7A 5GLTA 1RZOB 3AP5A 4WVVA 2BQPA 4Y1XA 1C1FA 3WHUA 1FGAA 3KM5A 1LJ7A 3TAYA 3RQ0A 2RHPA 1V6IA 2BEBA 3JUTA 3WMUA 1H9PA 2NTDA 4JAWA 4WZFA 3BAUA 3WG3A 3B69A 4J23B 1NZKA 2DTWA 1QQKA 4XHXA 4WBCA 1W6OB 1S0JA 1AVUA 3UD7A 3DGTA 5DUWA 1ENRA 2MLLB 2GZBA 1URXA 2UURA 4TLPA 1EYLA 3IM7A 1JLYA 2P3IA 4FOQA 1S1AA 4EFPA 1DZQA 4FPJA 1LTEA 1CVNA 4ZFUB 2F2FC 3WDUA 2EXKA 3AKIA 3AH2A 3M3OA 1V6NA 2Q9XA 1TIEA 2AQZA 3CU1B 4I1EA 3ZXDA 1PZ8A 3WVJA 5BYNA 1Q1UA 5DSSB 1T4QA 21BIA 1G9FA 4ATFA 1CN1A 3C2UA 1GZ9A 2NMOA 2WBCA 1G9BA 1AXMA 3CA1A 1AVAC 1DGLA 2OUHA 3IPVB 1T9FA 3VT0A 3WLUA 3F1RA 1SLTA 1ISVA 1AX1A 2R9KB 3CA4A 5FNWA 3NBNA 4JRAA 5D61A 2GO2A 2ZGSA 4FPYA 2VW1A 3WOGA 2FO1A 4LO7B 4YW2A 1A3KA 2L5XA 4XIKA 2NMNA 2WNEA 3T1MA 1G8WA 1UPSA 5F9TA 3A0KA 1JUIA 3AP4A 4P0JA 1QQLA 3BRGC 1XZZA 1G7YA 2ESUA 1FV2A 1S0GA 1ENQA 1DFQA 2ET2A 4Z9WB 1RMLA 1MVEA 2UU8A 3B00A 3IPVA 3Q7WA 3RG0A 4HA2A 3OYWA 3V0BB 5DUUA 2DURA 3BRDA 1Q56A 5IK7A 4PBOA 1EPWA 1LCLA 4I4XA 2MC2A 4DCKC 1VAVA 4XJUA 2I1BA 2LTNA 4SLIA 1S0CA 3M3CA 1II4A 1FN0A 3W58A 4YGBA 4EKXB 2R1BA 2ZABA 4ISQA 3AP7A 2ZGUA 4YG0A 1HQLA 2FGFA 2Z49A 3BRFA 4G6MA 1GZWB 1APNA 3FJJA 1N4KA 4IY8A 2GALA 3E8LC 3WO3A 3I2XA 2D7FA 4G6JA 3M2MA 3UK9A 2ZGTA 3LSDA 1AXKA 5CNAA 4I30A 2X2TA 3BAQA 2NN8A 4Z8SB 1LU2A 3WINA 1ULEA 3RTJB 4ZXKA 3Q9OA 3AFKA 1IS3A 4Q9PA 4I4OA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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