3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Type C neurotoxin
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
4WVVA 4K1YA 1IHKA 2G4IA 1DQ6A 4FPLA 5FNWA 3NBNA 4KEJA 1DZCA 5EC5A 2W52A 2MC2A 1UN1A 1ULEA 1UAIA 3H0OA 4I4PA 2ZGTA 5BXTA 1Q8SA 2PHXA 4XBQA 4IONA 3UJ0A 3L2YA 2EF6A 3CRHA 4ZFUB 1W6PB 1BYHA 3VSFA 4L4IA 3JRRA 3EF2A 2ZA9A 2D22A 1SBDA 1R1ZA 1HIBA 3INAA 3AXDA 3OPZA 4ZBVB 3CA4A 1HDKA 2A6YA 4YZ3A 4AYUA 1DBNA 4P0LA 1TWMA 1RG8A 4P14A 4R9CA 3VUOA 1XYFA 1AXZA 3WVJA 4USPA 1BQPA 1IKPA 1G9CA 1JYIA 3ZXDA 4NO4A 2VXRA 1S0EA 2R9KB 2A3XA 4R9AA 3A4UA 1MC9A 3O4DA 5CA6A 3USUB 3BAQA 1LTEA 1CONA 5F9TA 1F5FA 1YXWA 1W6MA 1MZ6A 3N7MA 2TEPA 4FPCA 3BA7A 1F31A 1HLCA 2RSTA 2MIBA 4ZGRB 1GBGA 2WSVA 4D0ZA 1KRIA 1W6NA 3Q7WA 2HZ9A 1N3PA 1Q8VA 3AJ5A 1TIEA 1AXMA 2Q5TA 1XQNA 4OWLA 3AKIA 1MVQA 4I7IA 3ZYRA 4KEKA 3QR5A 4I4YA 1II4A 4JCKA 1DQ4A 1KJLA 2ZGPA 4FPFA 4G1RA 1S0DA 2JKBA 3AXEA 4YG0A 3D5OA 1WBAA 3PVOA 2NMOA 3RSJA 5JOYA 2NYYA 1AX2A 2FFUA 2R49A 1MS8A 3BIWE 3FBYA 5H9RA 5BQUC 3JU9A 1WLWA 1SBFA 1FNZA 3OYWB 4GA9A 5HCFA 1IILA 1QQLA 2CNAA 1LGBA 2OUHA 1EYLA 3AZZA 3HMYA 4X37A 1MS9A 2DU0A 2LIQA 5DG2A 3AP6A 4PC4A 3AKGA 5IK7A 4LBLA 3V0BA 2D3RA 3NBCA 3B3QE 1YI7A 3A23A 1N1VA 4Q8LA 2D6KA 3IM6A 1O4YA 1ENRA 1YRZA 1SLAA 2BQPA 1FWUA 4LBNA 3N7LA 1E0OA 5E88A 3RRDA 3RTJB 4AN6A 1IT0A 4G6JA 3WCRA 1U0AA 1RY7A 3LTQA 3ATGA 5EXOA 3WZ1A 5GZDA 1CE7B 2CWMA 4LBQD 2WBCA 2ERMA 1QOSA 2E4MA 2A5ZA 4I0YA 1PUUB 4I4SA 4ITCA 2FFVA 1KITA 1GSLA 3PVNA 1JLXA 2KM2A 5HPZA 1MS3A 1AX1A 2XB6C 1AXKA 3FLRA 1BFCA 4XFUA 1GV9A 4X38A 1JHNA 2D3PA 3WO4A 5BP5C 4ZFYB 4EFRA 5GZCA 3A22A 1TFMB 1IOAA 1Q1UA 3BA4A 2D6NA 3FUOA 2D3SA 3V0AA 2HYKA 1LHOA 1G9BA 2EXJA 3P6JA 4I4OA 4FOYA 1DQ5A 4BLJA 1QF3A 3MALA 3VKFC 4GWMA 5T5PA 3R4UA 4QD2C 1LESA 2NTDA 2OUJA 4RA0A 2ZAAA 3BTAA 2NP0A 4YW1A 4FPHA 3PVEA 1H9WA 1ENSA 2HW9A 4XJ8A 1LGCA 4TYSA 3UJQA 2GNBA 3D7WB 3BAVA 4U36A 4NOTA 4QC4A 7I1BA 5GALA 4AGVA 1ISZA 1GLHA 2QYIB 3NBDA 4YW5A 1JY0A 4IY9A 2UWBA 4WV8A 2ET2A 1JYCA 2D6LX 2H0BA 4YZ4A 2KH2A 4PQ9A 4QKRA 4HL0A 3BAOA 4P0KA 4P9XA 4LO0C 4OEEA 4WVWA 1V6UA 4XHXA 5IT6A 4I96A 1SLCA 3WOGA 4G9MA 4XILA 1IS5A 3IAGC 4Q26A 2NN8A 3BRFA 1FX5A 5JOXA 3AKHA 3B9UA 5T5JA 4Q9GA 2C5DA 1T9FA 5E24E 1QKQA 2D6OX 2WLQA 4DFSA 1K5VA 3IPVA 3VT0A 1FATA 1Z0HA 1I1EA 9ILBA 5GZFA 5DG1A 4Y20B 1W3GA 4EFPA 3PJQA 4EKXB 1HWMB 21BIA 4QD2B 2Z49A 3AH2A 6I1BA 2V73A 5GLZA 2WQZC 1VLNA 5EWSA 1AX0A 5B2HA 4YGBA 4YM0A 3OJVA 2ZABA 2ZHKA 2VXTI 3WHUA 2A6XA 4YZ1A 1WUVA 2YV8A 1JT5A 3UK9A 4ZKTB 2Q9XA 4IZXA 1VAVA 2CWSA 4BMEA 3BAGA 4WBCA 1FAYA 3WO2A 3OBRA 4W65A 3OGGA 1YIFA 1GZWA 2RQ9A 4JKQA 2E7QA 1JXNA 1MS1A 3O49A 5KXBA 2VW2A 2XOAA 5E8AA 3VSZA 2ARXA 4X3AA 4IHZA 3FJJA 3GNEA 2W08A 1Q04A 1R8NA 3ZSLA 2PELA 2KI4A 3I2AA 2W68A 2ZGUA 3FJKA 1K5UA 1YF8B 3O0XA 3JUUA 2P37A 1PZ9A 4GKXA 4SLIA 1UZZA 2UWCA 1CVNA 5F5QA 1JOJA 4F83A 4BLIA 3WDVA 1HWNB 4XHBA 2Y9FA 1HQWA 3VT2A 1XG6A 1MACA 1W6MB 1ISXA 3O12A 2A7AA 4XJWA 1EVTA 1SR4C 2WT0A 1LEDA 1YTOA 3O0WA 1Q8OA 3N7JA 3N3HA 1W3FA 2BFHA 1W6NB 4I4XA 1N1YA 3IM7A 4EFQA 1V6VA 3RS6A 1BFBA 2DVAA 1HWPB 2AH2A 4HANA 3DGTA 1QGLA 4LO3C 2AGSA 3ZPYA 4QO3A 3SITA 1RMLA 1TEIA 1KNMA 3WNXA 3NWKA 3MW4A 4YLZA 3FJAA 41BIA 3P6IA 3A0NA 3HN1A 3AJZA 2ZMNA 3PMEA 1TTUA 4UW5A 4X39A 3WG3A 2Z42A 3AKFA 1DGLA 2ZGSA 1FN0A 2PHUA 3FUQA 2AQZA 2DREA 1GKBA 4P9WA 3JUTA 4YFWA 1LHUA 4JQ0A 2DUPA 2E4MC 3WG1A 3Q7XA 4FGFA 5JOZA 4I1EA 5JDBA 2ZHNA 3N0KA 2WSUA 5DSSB 3WDTA 1WLDA 1JT7A 3ZSJA 4YGDA 4LO0A 1DQOA 2MLLB 3A0KA 5JOWA 3BB2A 4K21A 1X50A 5H9SA 2AAIB 2VSEA 3OJ2A 5DUYA 1WD3A 4GOVA 3O4OA 1DQGA 3AH1A 2I2SA 5T5LA 2JE9A 4JPZA 2GALA 3ZC9A 4FOQA 1N47A 3V0BB 3CNAA 1Y7BA 3WCSA 1Z2VA 3A07A 2Y9GA 2ES3A 4H9WA 2VW1A 1BLAA 1GYKA 4YG6A 2EAKA 5FREA 4YGCA 3OBTA 1W0OA 4XZPA 2FHRA 2LIEA 1PZ8A 1H9PA 1Q8QA 2DVFA 3VT1A 5DZGA 5D62A 3AYDA 4YW2A 3NV2A 3WMVA 3CA6A 2Z48A 3IM5A 5FNXA 3AZWA 4K1ZA 2LTNA 4FPYA 4Q8KA 4XJAA 5GZEA 2F2FA 4C1XA 1A3KA 5JLVA 3I29B 5T5OA 2CTVA 1FV3A 2CYFA 2R0FA 3K1XA 4OUJA 2VU9A 1FMZA 3KQRA 1IS4A 1QDCA 2D6PA 1G9FA 1XHBA 3NJ5A 1ULCA 2ZMLA 1QQKA 1J0SA 5EYXA 2Y9WC 2GNDA 2YMZA 3HALA 4Q2FA 1LHWA 3V0AB 2RHPA 2ZGOA 3FJ9A 2DTYA 4D0TA 1LENA 1C4RA 1ULGA 1LODA 1S1AA 1RZOB 3LCPA 4FP3A 5DUUA 4KBBA 2FMDA 1LCLA 1PZZA 3PHZA 3FLTA 1SR4A 1UKGA 4XFTA 1N3QA 1JBCA 4CJMA 3AX4A 2SBAA 4Z8SB 2CY6A 5IK5A 2EALA 3R05A 4LO3A 2A71A 3V64A 3BOPA 1T4QA 1JT4A 5GLVA 1CPNA 1DYKA 3W9TA 1LOEA 3VKOA 2AUYA 3ZXKA 4ATEA 1QNWA 5T55A 1SFYA 2VH9A 4XTMA 1V6IA 3FJFA 1BKZA 3WDWA 3F62B 1DHKB 5FZYA 1VIWB 4AVTA 1D2SA 4ASMB 4GXLA 4Q27A 4HJJA 2AFGA 1ITBA 1Q8PA 2E7TA 3IPVB 4CTEA 1V6MA 1SCSA 4FVVA 4GP3A 1AXYA 1W3AA 1WD4A 2ZGRA 2P39A 3D4KA 1VALA 1WBFA 3A21A 3OJBA 4R9BA 3T1MA 3AP7A 4LBOA 1FQ9A 4IY8A 3M3EA 3IM0A 2YUGA 2A6ZA 1V6WA 4AGGA 1ILR1 1Z4SA 2KI6B 2E53A 1IRPA 2WNEA 1PC8B 2AENA 2D24A 5CB7A 4J23B 1ONAA 4YM2A 1MD6A 4U2AA 3VV1A 1URXA 2D7RA 1XZZA 4XJ9A 3GALA 2ZBJA 5BYNA 1ULDA 5EHAA 3SNVA 4Z8BA 1GZWB 1TOOA 4XBLA 2F8XC 3AYCA 4H55A 3WG4A 4EEEB 3WLUA 2AXMA 3VKNA 1HKNA 3MEPA 3VKMA 1AZDA 4Y22A 1TP0A 5KXDA 5D63A 2VW0A 3D6EA 1AJKA 1DQ1A 1DFQA 1A8DA 1AVUA 2K8RA 4GALA 3TAYA 1WBLA 2DURA 1LOGA 1G82A 4P0JA 2JJ6A 3NV4A 3ILFA 2GNTA 1KDKA 4YG3A 2V5YA 4BPZA 3HSMA 4RL7A 3AP5A 2X2SA 2D43A 2YROA 4I30A 5IK8A 4K20A 3RG0A 2A70A 4FPEA 3FJDA 2WKKA 5F90A 4YW4A 4AWDA 1GZ9A 2CL2A 4DRVA 2L5XA 2FO1A 1GGPB 1JT3A 3AYEA 4JKXB 5AVAA 1QXMA 1HKDA 3CQAA 5SV8A 3O44A 8I1BA 2BEAA 2GMMA 4ZXKA 4I4VA 1DLLA 2BEBA 5DUVA 4FP2A 2WJSA 3S8JA 4YGEA 5L73A 5G00A 4WZFA 1IJTA 2Y9XE 3O5WB 1S0FA 1IS3A 4PF5A 2UWAA 3FLPA 2GO2A 3Q9OA 4XIOA 2PHFA 2GMPA 4A7YA 1G7YA 4LBMA 1SACA 1UMZA 2XG3A 4I37A 1W6QA 4LBJA 2HWAA 1KQRA 4BOWA 3LSDA 3H6SE 3W59A 4TZDA 1GNZA 4OEFA 1N1TA 2DVBA 3VWCA 4I4UA 2DWRA 2F2FC 2NZ9A 1ABRB 2ENRA 1ZM1A 1QNYA 4XMIA 4Z9WB 2D7FA 1ENQA 4XXPA 2D44A 1FWVA 3AP4A 1G8WA 2JECA 3OY8A 3UJOA 1GZCA 3I2XA 5FRAA 1DYPA 5DZUA 2DU1A 4GOYA 1MS0A 3CAHA 1BLDA 4P6AA 1GICA 1V6NA 1OKQA 1APNA 2PHTA 1B09A 4D8HA 2ZHLA 3AH4A 3N7KA 4GWNA 1SLLA 3BODA 1AJOA 4I3NA 4XJZA 1LEMA 1QU0A 4JC1A 3BRDA 4QBCA 1WW5A 1AVAC 4YW3A 5FZUA 4I2SA 2P3IA 1BARA 1LOFA 1V6OA 3O0VA 3CRIA 5GLTA 3DUIA 1SZ6B 4M3CA 1FMMS 2EXHA 4BM8A 1WLCA 2DVGA 5HCAA 4L8QA 3SNMA 2P3KA 4YOLA 2E51A 3UDAA 1DQ2A 1MZ5A 3ZSMA 1TWEA 1DJSB 4LO7C 5CNAA 1S0GA 4JRAA 4Y1VA 4FPKA 1V00A 1WW6A 4PBPA 3AZYA 5EG6C 3HBWA 5KXEA 3NV1A 3QCWA 3ZXJA 3NBEA 4Y1ZA 3H6RA 2K43A 1F9KA 1EPWA 2IHOA 1LECA 2YZ4A 1I1BA 3RMXA 4M00A 2X2TA 1D0HA 3N35A 4LO1A 2ZKNA 4J2KA 3I4IA 1Z78A 3FFZA 5EYYA 5T54A 4J2XA 3B69A 3UD9A 5GJ6A 1CPMA 4DPNA 4HA2A 3WG2A 2YXSA 1RINA 3WDXA 2OVUA 3O4BA 3AZVA 2DV9A 4OEGA 2ZHMA 4QBVA 2HWMA 5D61A 1MS5A 1UX6A 2D20A 3IIRA 2ZGKA 3QYDA 4M3CF 1GANA 1LOBA 2GNMA 4BQ1A 5H9PA 2PHWA 5GLUA 1RITA 4ENDA 1DFCA 2YY1A 1BFFA 4GAIA 3WHTA 4ISQA 4LO7B 3W58A 4R9DA 3ILAA 1RIRA 4IYBA 3LLPA 5GM0A 5DZFA 1MVEA 2D23A 3M2MA 1ZA4A 3POWA 2ZGQA 1W6OA 1Q56A 4IQPA 4Q1PA 5IUQA 3WUCA 2JE7A 5DUXA 1AVBA 4LO8B 3TC2A 4XMAA 1DIWA 3B00A 4USOA 4LO2A 4HR6C 4I4RA 4YZ2A 1LHVA 2J3PA 1QOOA 4I1BA 2P2KA 1PWAA 3S8KA 1YO8A 3BX1C 3UL2A 5CBLA 3Q7YA 3UD7A 1MS4A 1ISWA 1BASA 2KLLA 5GLWA 4Y1YA 4LBQA 3C9ZA 1LOCA 1UL9A 2I1BA 1NXD1 3NV3A 2Q3NB 4Q9PA 4YM1A 1FV2A 3O5SA 4F34A 4P9YA 4M3CE 2JDZA 1OQLB 3FJCA 1VCLA 3ILNA 2EIGA 1LGNA 3FJEA 4OZXA 1NLSA 3VKLA 4JAWA 3CU1B 2D1ZA 1ISYA 1JN2P 3SH3A 5LK5A 4XIKA 2GMEA 2UU8A 4GKYA 3CA0A 4AVVA 4CZSA 1J1TA 1S0CA 1LULA 2AR6A 4A7ZA 3CA3A 5BOWA 4Y22B 3MW2A 1JQZA 1ULFA 3POSA 1DZQA 2ZACA 3V79C 5CAZA 3TB0A 3ASIA 4DQAA 1W6PA 1M2TB 2B7YA 2ZGMA 4YZ5A 5JMCA 3AZXA 1EV2A 2WT2A 1AFCA 5T50A 2DS0A 5BXRA 3AP9A 1V6LA 2ZGLA 2NMNA 2ZQOA 2P34A 3AK0A 1LJ7A 4XKIA 2DUOA 3WO3A 4EB2B 3O4CA 3E8LC 1CR7A 1QDOA 2R1BA 1S0BA 1JLYA 1C57A 4UW3A 5I1BA 3AYAA 1G9DA 2A6VA 2A75A 1S0LA 3POYA 2ZQNA 4YM3A 1O4ZA 2C9AA 3IN9A 2AYHA 2WRYA 4MYEA 3USUA 4G6MA 1WW4A 3POKA 4DENA 5GAQA 4AVSA 2P23A 3N36A 4KC3A 3RQ0A 5KXCA 1YBIA 1CJPA 1FNYA 3AJYA 4I4QA 3ZVXA 1IRAX 2DTWA 2VSAA 1HQLA 3SH4A 2EXIA 1HCEA 1OQ1A 1LOFC 5DVHA 4XXAA 5F8SA 3ZX7A 2A3WA 3ENRA 3T1LA 2DRZA 2VUAA 1G9AA 1AVWB 1CQ9A 4FQ4A 2QN4A 1W6QB 1KDMA 4OW4A 3M1HA 2A6WA 5H9QA 3IMNA 3CA5A 4Y26A 1I3HA 3AJ6A 1G86A 3ZXFA 3FJHA 3R4SA 4QKSA 1LOAA 2DVDA 3M3CA 5BXPA 5IK4A 1PUMB 2PHRA 3OY8B 1CVSA 1FGAA 4II0A 4FPJA 1L2HA 2ERFA 5HCBA 3OYWA 4DS0A 2LALA 5BXSA 2R16A 5F8WA 2ZZJA 4LO1C 1BJQA 2DYCA 2IWTB 3FJ8A 2ARBA 3ZXEA 1NUNA 3RTIB 2UURA 1YYNA 2JD4A 1S0JA 3WINC 4GAFA 3WA1A 4A7KA 2GN7A 4ZLBB 3SH5A 1LU1A 4YFZA 4Y24A 5T52A 4I8MA 4TLPA 1MR5A 2VLCA 3WMUA 1AF9A 3UD8A 1C1FA 4Q91A 1HCDA 3ZSKA 4M3CB 1JTCA 4FOVA 2W39A 5E89A 3QLQA 3OJMA 3KMVA 2GN3A 5BVPI 1SLBA 2ZGNA 4R6UB 1UPSA 3BA5A 1ISVA 1WBCA 1BXHA 1IS6A 3WV6A 2ESUA 5DXDA 1V6XA 2R0HA 2ZR1B 4FPOB 3FJIA 1V6KA 1P63A 1WW7A 3B01A 2D7IA 1CIWA 1V6JA 5JVVA 3I8TA 4Y1UA 31BIA 4ZOTA 5BQUA 5FZZA 1LHNA 3H6RB 2D6MA 4IZEA 2ZMKA 1BA7A 1BZWA 2OW4A 2SLIA 1LU2A 3PG0A 4Q1RA 1UZYA 3ZXGA 4XBNA 4UW6A 4LO2C 1SLTA 1FYUA 3WDYA 2KKIA 1ONKB 4M01A 2P3JA 4FOWA 3CRGA 4ZFWB 4C1WA 4XJUA 1R8OA 3V65A 4AN7B 4DEPA 4FQZA 3HOMA 1C1LA 3WUDA 3SISA 2FGFA 3F1RA 4PBOA 4DRRA 1A78A 3U4XA 3APBA 4D69A 1QMJA 3O4AA 3VEQA 1VAMA 4ATFA 3KM5A 3MPPG 1KJRA 4XYXA 4H04A 2M49A 4Y1XA 1IOBA 3ZC8A 4AGRA 1SBEA 1N3OA 2NM1A 1SCRA 1BFGA 3FJBA 2R1DA 4G9NA 5F8YA 1DZDA 3T8SA 4QALA 3FGMA 2WT1A 4J2SA 3BAHA 3M3QA 1Q03A 3BRGC 4XE9A 4LBKA 3RMYA 1GNHA 2EXKA 3SLIA 1M16A 1N4KA 4XTPA 4XFSA 3ZXLA 1W0PA 1W6OB 3OGFA 1NZKA 4L4HA 4OWJA 4J2YA 3PUBA 1QOTA 4PCRA 4XOGA 5DZEA 2FDBM 3H6QA 2A3YA 4XDQA 2K4AB 5BP5A 4FPGA 2GDFA 1H30A 3B9CA 4I6IA 3WDUA 3AFKA 2GZBA 3UJ4A 3O3QA 3CA1A 3M3OA 2E6VA 1HWOB 3IKWA 4JP0A 4ZA3B 4KEIA 1SLIA 4DCKC 1N1SA 3LSEA 4LBQB 3MW3A 2UUSA 4Y20A 4GP0A 2DUQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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