3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Type C neurotoxin
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
2ZMLA 3AJZA 3A23A 3BADA 2LALA 1S0GA 3A22A 5H9RA 5GZEA 1EPWA 2NYYA 4LBKA 1MS1A 21BIA 1V6OA 5LK5A 3UD8A 4FPJA 2UU8A 2FO1A 4Q1PA 5F90A 4GAFA 4Q8KA 1Q8VA 1GICA 2D44A 4FGFA 5D62A 1IS4A 3CQAA 4OEFA 3OYWA 2OUJA 1DQOA 1TOOA 2ERMA 4DPNA 1QGLA 4GP0A 5JOWA 2RSTA 3I4IA 4GALA 5F8YA 5T5JA 2H0BA 1GV9A 1CVSA 2ZZJA 3POYA 5G00A 3QLQA 1GBGA 2QN4A 1RZOB 2PHTA 1TP0A 3SH5A 4CRQA 3FLTA 3CU1B 1QF3A 2DTWA 4II0A 2ZGMA 1WBAA 1S1AA 1V6NA 2ZHMA 1FGAA 4PC4A 1K5UA 2R1BA 5DUXA 3K1XA 1IRAX 3WA1A 4QALA 1WW4A 1GZ9A 4X37A 1IS3A 2ZBJA 4Q27A 4FPOB 3NBEA 1W3FA 1URXA 4XIKA 3W58A 2P34A 1V6KA 4GOVA 4DQAA 5BVPI 1JQZA 4LBOA 1SACA 4LO1C 1EYLA 1AZDA 5EXOA 1SFYA 4YGCA 1G86A 1HWMB 4BOWA 1G9AA 5GJ6A 3D6EA 4XFTA 3AFKA 3T1MA 2AR6A 1DFQA 3N36A 4XZPA 1J0SA 2FGFA 5GALA 4G9NA 3OY8B 4D0ZA 5JVVA 3VKNA 4IZXA 1JOJA 4Q91A 3IAGC 1W6QA 5GZGA 3WCRA 2E7TA 5GLWA 3I2AA 1HWOB 4Q8LA 1LOFA 2CWSA 4M3CA 4Z9WB 3IIRA 4GWNA 5IK5A 2IWTB 2A71A 1ENSA 2VSAA 2AQZA 1HQWA 4A7YA 1Q1UA 4YM3A 4Y1ZA 4XJAA 3BODA 1GZWB 1V6XA 1FNYA 1BFBA 4I2SA 1Q56A 2X2SA 3MW2A 4R9BA 1HLCA 3ILRA 3BRGC 3L2YA 4G9MA 4CJMA 4DENA 2A6VA 4YFZA 3WMVA 3VEQA 2P3KA 5T5OA 2NN8A 2Q5TA 3W9TA 2YY1A 3R4UA 3ZXFA 4I4XA 3AP9A 1WBLA 3C9ZA 1LECA 3PUBA 1MS8A 1UMZA 2ZHKA 3V64A 3M3CA 1S0LA 4XKIA 4GKXA 1UKGA 3PVNA 2W39A 3O4CA 4GOYA 5GZDA 2GN3A 4ASMB 1H30A 2ZGOA 3RS6A 3P6IA 2DVDA 5F5QA 1GNZA 2Y9GA 4BM8A 1LENA 2XOAA 1S0CA 3WDXA 1BASA 1JXNA 5BXTA 3V0BB 4ENDA 4XIOA 3SITA 2DRYA 1EVTA 1TFMB 1KJRA 3ZC9A 4XJUA 2WT1A 2D1ZA 3I2XA 2LIEA 1RMLA 3VWCA 1MS5A 3TAYA 4K1ZA 3PVOA 5FREA 4AWDA 4I4RA 1RINA 1KDMA 1IS5A 1ZA4A 2JECA 1DQ2A 4LBJA 1WW6A 5EYXA 3HN1A 1NXD1 4M00A 2DREA 2RHPA 2DYCA 5DUVA 2ZGRA 4M3CF 4P14A 2GMMA 5BQUC 1CJPA 3WDYA 4OW4A 2VLCA 1A3KA 2ZGTA 3ZXDA 3BAVA 2J3PA 1JUIA 3O49A 1DLLA 3VKMA 1QOOA 5GLVA 3WCSA 4AGGA 4K21A 1LOCA 4BMBA 2YV8A 3O0XA 2LIQA 4L8QA 1SLBA 3HMYA 1XZZA 1SLAA 4I3NA 1V00A 4GAIA 5DG1A 4XDQA 2YXSA 1GGPB 3ASIA 2P37A 2ES3A 4JQ0A 3R4SA 2R0HA 3I29B 2NTDA 1G8WA 1IKQA 1V6JA 1ILR1 2M49A 2VW0A 5IK7A 3IPVB 3WUDA 4GA9A 2B7YA 3UJOA 5CAZA 1LEMA 1QNYA 1FMZA 3P6JA 2W08A 1PUUB 1SR4A 5DZGA 4I0YA 3O5WB 5L73A 2ERFA 2DS0A 2V73A 3M3QA 4WBCA 3SLIA 2F8XC 2EAKA 2ZKNA 1Q8PA 4PCRA 4ATEA 1QKQA 4KC3A 2YUGA 1LEDA 1ZM1A 3WMUA 3LLPA 3ILAA 3RSJA 3WV6A 4DRVA 4X3AA 1G9DA 1S0DA 2ZGQA 5F8WA 1AJKA 5DG2A 2OUHA 3APBA 4IZEA 4C1WA 1EV2A 3R05A 3BA7A 4P0KA 1SBFA 3O4DA 3ATGA 1APNA 2ZGSA 4ZLBB 4AVSA 2UWAA 2ARBA 3RMXA 2KLLA 3BOPA 4GXLA 1LHOA 2JJ6A 2WJSA 1Z4SA 2D23A 3VSFA 4LO0C 2A3YA 4JP0A 3T1LA 4ZA3B 1Q04A 2AXMA 4ZKTB 4YLZA 1OKQA 4L4HA 3UD9A 5CNAA 3Q7WA 1UPSA 2ZHNA 2DUPA 1SCSA 5DZFA 1U0AA 1IOAA 1N1SA 3BTAA 4Z8SB 3UJ4A 1IKPA 2JE7A 1JT5A 1MC9A 2HWAA 4Y20B 1PZZA 1UZYA 4F34A 1ULGA 4LO7B 3TB0A 1T4QA 3HOMA 1CE7B 4Q26A 4KEKA 3JUTA 2F2FC 1DQ6A 5H9QA 1TTUA 4ZOTA 3IPVA 1ULDA 1JT4A 3O4OA 5F8SA 2E51A 3BAOA 2I1BA 4I4PA 3Q7XA 4X38A 4YZ3A 2E6VA 2WBCA 2FFUA 3AP7A 2NM1A 1FAYA 2JKBA 2GNBA 4Y1YA 4LO3C 4Y24A 1VAVA 1JW6A 1VAMA 4XTPA 3N0KA 3BAQA 3KM5A 1N1VA 1DGLA 3O0WA 5T5PA 3FLRA 1VLNA 4R9AA 1MZ6A 3QR5A 5DSSB 3HALA 1WLDA 2HWMA 2WRYA 4G1RA 5BXRA 1DBNA 3WINC 1M16A 1V6IA 4Y1UA 1W6NA 2EF6A 1SZ6B 4I4QA 1HCDA 9ILBA 1JHNA 4R9CA 3N3HA 2C5DA 2YROA 4XE9A 1YRZA 3FJ8A 1LOGA 1IJTA 5IK8A 1MS3A 3LTQA 31BIA 4FOWA 2NVHA 1Z0HA 4AN6A 5DVHA 5FRAA 2DWRA 4IY8A 5BXSA 1W6QB 1NZKA 1AVUA 2KI4A 4IYBA 4USOA 3S8JA 5BXPA 4I4VA 3M2MA 5EYYA 1LOAA 2VU9A 4XBLA 4M3CB 2ARXA 4RL7A 3AZXA 4Y20A 4YGEA 4X39A 2YMZA 1W0OA 4HR6C 4F83A 1C4RA 4J2SA 1VCLA 4AVVA 5AVAA 3B9CA 2OW4A 3AKGA 4EFPA 2SBAA 1WLWA 2NMOA 1BZWA 4XXPA 1SLLA 4XMIA 5IK4A 1N47A 4DS0A 3OJ2A 4XJZA 1QU0A 1AXZA 1DZDA 3NV3A 4OWJA 4BMEA 4RA0A 1FMMS 4DCKC 1GLHA 4FQ4A 3O4BA 4M01A 4BLJA 2PHXA 4I6IA 2ET2A 5T55A 2ZA9A 2ZGNA 2GMPA 1DZCA 1KITA 3VT1A 3NV2A 2ENRA 1R8NA 4M3CE 1TEIA 1FX5A 4K1YA 5KXEA 1MS0A 1DYPA 3WDWA 3GALA 8I1BA 1Q8SA 2Q9XA 5DZUA 1QXMA 4QC4A 2ZMNA 3AJ5A 2A70A 3ZXLA 4QBVA 2XB6C 1F9KA 4ZFYB 1WW5A 2ZGPA 1AX1A 2A6YA 4I1BA 1WBCA 4H55A 1WBFA 3GNEA 5HCFA 4Q9PA 3SH3A 3AXDA 2WKKA 1LESA 1N3PA 2JDZA 2VW2A 2D3SA 5JOXA 4Y22A 1KQRA 4BPZA 1CPMA 1BFFA 3CA3A 3W59A 4YW2A 3D5OA 3CRHA 4LO2C 3N7MA 1IILA 3C2UA 1AF9A 4UW6A 1ISXA 1VIWB 1DQ4A 1FWVA 2ESUA 2D3PA 3WNXA 4DEPA 2HW9A 2PHFA 3LSDA 1LU1A 2D3RA 1ISWA 2D6MA 2Y9XE 2D6PA 4FPHA 1W6MB 4LBLA 3UD7A 4FPFA 1GZCA 1PZ9A 1G9CA 2VXTI 2IHOA 3KQRA 1N1TA 2VXRA 1V6WA 2V5YA 2GNTA 2JD4A 4PBPA 5EWSA 1I1EA 2A6ZA 5D63A 1CQ9A 1P63A 2D7FA 4DRRA 2P23A 3Q9OA 1DYKA 5E8AA 1HWPB 1LHVA 2Y9FA 5CB7A 4YG3A 2I2SA 4YG6A 3AZYA 3N35A 3E8LC 3MALA 1JT3A 3WG3A 1R1ZA 3MPPG 1UX6A 4C1XA 1RIRA 3A21A 4WZFA 3UJ0A 4YW4A 3U4XA 1PZ8A 3P53A 4UW5A 1HCEA 5EC5A 5T5LA 3WHUA 4LO1A 3ZXEA 1F5FA 2WT2A 3FBYA 4FP2A 2DRZA 1SLIA 4EKXB 3HR9A 4LBNA 5BP5C 4AGRA 3ZSJA 2Z48A 1YBIA 1WUVA 2ZQOA 4EEEB 2DVBA 2DVFA 5FZZA 2D6LX 3B01A 3FJCA 1FNZA 1N3QA 4FPYA 4KEIA 3B9UA 1KNMA 1B09A 2D7RA 4QD2B 1SBDA 4XFUA 1Q8OA 2E4MA 3POWA 2VSEA 3AYEA 4ZXKA 2PHWA 4ISRA 1ISVA 1YTOA 3A4UA 4Q2FA 2MIBA 1W6MA 2GNMA 1GYKA 5GM0A 4LO8B 4PQ9A 2AENA 1BFGA 2YZ4A 1MS9A 3AH4A 3BAHA 2FDBM 4P6AA 1FV3A 4YW3A 3ZYPA 3BA5A 2FMDA 1LGNA 1D2SA 1LU2A 2EXJA 1AVWB 3FUQA 4CTEA 3USUB 1FWUA 4IQPA 1BA7A 2WNEA 1ISZA 1AVBA 4IONA 3ZX7A 1T9FA 1OFSA 1FN0A 4GKYA 1Q8QA 5DUYA 4HL0A 4YGBA 2P3IA 2A75A 2GO2A 1AFCA 1SBEA 4ITCA 1LTEA 3BRDA 3BAUA 4YZ2A 3ZPYA 1G82A 1GNHA 1BARA 5EHAA 2DUOA 3IM0A 2ZGKA 2D24A 3AP6A 2WLQA 4FP3A 2BFHA 4BLIA 1RY7A 1CIWA 3RQ0A 2DVAA 1CN1A 3OPZA 1BQPA 1HWNB 2D7IA 4EFQA 4FPLA 4TZDA 4L4IA 5H9SA 3IN9A 1C1FA 4YFWA 1HQLA 3V79C 3BIWE 3WDVA 2VY0A 4WVWA 1LOEA 4J23B 1I3HA 4AVTA 3ZXGA 2Y9WC 3WG4A 2R16A 3JRRA 1MS4A 2GMEA 2Q3NB 4XBQA 1IHKA 2OVUA 1W6NB 4NOTA 1MR5A 1PC8B 3ZC8A 5IUQA 1RITA 1DQGA 5GLUA 5DZEA 1GANA 3NBCA 3LCPA 2R1DA 4XILA 3RMYA 4I4YA 3ZSLA 1D0HA 1Z78A 3RRDA 1QQKA 1MZ5A 1CR7A 1G9FA 1DQ1A 2MLLB 2ZABA 4HANA 2TEPA 4J2XA 2D6OX 2G4IA 1H9PA 4YGDA 2FHRA 4LO7C 2K43A 3O3QA 2KH2A 3USUA 1HIBA 1UN1A 3UDAA 5FNXA 3PMEA 5E89A 5GZCA 2R0FA 3EF2A 4P0LA 5I1BA 2EALA 1XYFA 4XYXA 3MEPA 5FZYA 3CA1A 4FPCA 1FYUA 1HDKA 1DFCA 1JY0A 4I37A 3VKFC 4YZ1A 1AJOA 1WCSA 2CYFA 2GN7A 3INAA 3SNMA 1BJQA 1GKBA 3O5SA 3S8KA 4Y26A 1TIEA 3D7WB 4XHBA 3FJKA 2FFVA 4XFSA 3WOGA 1LGCA 1S0JA 1WD3A 1WD4A 3T8SA 4OEGA 1SCRA 3V65A 1HKDA 1JBCA 4XHXA 4FVVA 2NP0A 2PHRA 5H9PA 1DQ5A 5E88A 1N3OA 3AP4A 4ATFA 2UWCA 2WSUA 5JDBA 2K4AB 3AJYA 1LODA 1PWAA 1OQLB 1XG6A 2RG9B 3JUUA 3CAHA 3M3EA 5GAQA 3TC2A 1QMJA 4JPZA 5DUUA 3CNAA 1WLCA 2AGSA 2P39A 2GALA 4KEJA 1IT0A 4I4UA 4XOGA 4WV8A 2CY6A 3SNVA 2MC2A 4JC1A 3WG1A 3F62B 1S0FA 4I96A 1C57A 5SV8A 1C1LA 1QOTA 4P9YA 4ZFUB 3AKFA 1RG8A 3AYDA 3AXEA 5GLTA 2D43A 2ZACA 1IRPA 1K5VA 2Z49A 4BQ1A 1QOSA 4Y22B 4JCKA 1LOFC 3PG0A 3IMNA 1JTCA 3IKWA 3FUOA 1JLXA 1KDKA 1LHNA 4Q1RA 1Z2VA 3T2TA 4D0TA 1PZ7A 4JKQA 1DQ0A 3PJQA 4LO0A 4YZ5A 1AXYA 2ZAAA 3NJ5A 4K20A 5HCAA 2VW1A 3SISA 4NO4A 1AVXB 4I30A 3B69A 3POKA 4YM0A 3CRIA 4IY9A 4XMAA 3OJBA 1CONA 4P9WA 1IOBA 2ZR1B 1ENRA 3UK9A 4USPA 1ISYA 2A6XA 2WQZC 4SLIA 2GNDA 2ZHLA 4HA2A 3WG2A 2F2FA 4YW5A 3N7JA 3O44A 4EB2B 4LBQD 4GP3A 1NUNA 2BEAA 1DIWA 4XJ8A 4Q9GA 2ZGLA 3OGGA 2GZBA 5T50A 3VSZA 1ULEA 3DUIA 5JOZA 4LO3A 3IM6A 2UURA 3POSA 4I1EA 3AYCA 4YM1A 2AAIB 3IM7A 4LBQA 3VKOA 3D4KA 3FLPA 4IHZA 1J1TA 2E53A 1UL9A 4ZBVB 3FJAA 4ZGRB 4QBCA 2CWMA 1CESA 3WDTA 3QYDA 3HBWA 3FJIA 1ENQA 3PVEA 3WINA 1BYHA 4YW1A 4FOYA 2AREA 2NZ9A 3FJFA 4AYUA 3BAGA 5GZFA 4P0JA 2W52A 1QQLA 3N7KA 2R9KB 2DU1A 2RQ9A 3WDUA 3M1HA 1II4A 1PUMB 1W3GA 2AUYA 2E4MC 3AJ6A 4P9XA 4Y1VA 1W0PA 1V6UA 1JT7A 1W6OB 1O4YA 1W6PB 3HSMA 4JRAA 5FNWA 3ZSKA 5JMCA 2VH9A 2R49A 1I1BA 1YO8A 1ONKB 2EIGA 3UJQA 3F1RA 1H9WA 2X2TA 1YYNA 2WSVA 2AFGA 3ENRA 1FV2A 1FATA 5DUWA 3MW3A 5CA6A 1LGBA 5KXDA 1BKZA 3I8TA 2W68A 1ITBA 2A3XA 2AYHA 3NV4A 4OUJA 1M2TB 4JAWA 3FJEA 4KBBA 1O4ZA 1YI7A 3A0NA 1QNWA 2P3JA 1V6VA 4A7ZA 3ZVXA 4XXAA 1V6MA 3AYAA 3N7LA 2QYIB 1SR4C 3AP5A 3WO3A 3H6RB 5GLZA 4G6JA 1E0OA 2P2KA 4LBMA 4Z8BA 2C9AA 5JLVA 3JU9A 1ULFA 5B2HA 3O12A 4WVVA 2WT0A 4EFRA 1S0IA 3CA6A 4XTMA 2D6NA 2XG3A 3OY8A 4H04A 2ZQNA 4GWMA 4QD2C 1JYIA 3AKHA 1SLCA 3ILNA 4FPGA 3WO2A 4FOQA 3O0VA 1DZQA 3AZZA 3VT2A 4ISQA 1OQ1A 1W6OA 3OGFA 4FOVA 3UL2A 1CPNA 3AH2A 1W6PA 3B3QE 4LO2A 4QKRA 1Q03A 1GSLA 4OWKA 4U2AA 2SLIA 41BIA 2AH2A 4I7IA 1SLTA 4U36A 1BLAA 1GZWA 3FJJA 3NBNA 1AXKA 4FPKA 2UWBA 1LHWA 4Y1XA 3BRFA 1NLSA 2DTYA 4J2KA 1AX2A 4FQZA 2KKIA 5DXDA 2EXKA 4FPEA 2DURA 5KXCA 3WUCA 4R6UB 3RG0A 1CVNA 5D61A 4TLPA 4AN7B 2EXIA 2VUAA 4DFSA 5T54A 4I4SA 1WW7A 3H6RA 3FJ9A 2KM2A 3H6QA 3OBTA 4G6MA 4I8MA 4AGVA 1DHKB 2DU0A 1F31A 2D20A 4PF5A 3DGTA 2GDFA 3CRGA 3H0OA 3V0BA 3PHZA 4HJJA 2D22A 1JYCA 1LJ7A 1BLDA 1YIFA 1AXMA 3NV1A 1LCLA 1YF8B 1R8OA 3NBDA 2CNAA 1QDCA 1X50A 3QCWA 4D8HA 7I1BA 3AX4A 3M3OA 4CZSA 3A07A 1YXWA 1VALA 3RTJB 3ZXJA 2DUQA 1JLYA 3NWKA 3FGMA 3AK0A 4OEEA 1HKNA 5BYNA 4UW3A 2JE9A 4I4OA 3WHTA 4YG0A 5BP5A 5FZUA 3BX1C 2PELA 2A6WA 3V0AB 1L2HA 5T52A 3FJHA 3VV1A 2UUSA 3RTIB 3CA5A 2A3WA 6I1BA 5BQUA 3WZ1A 4OZXA 1KRIA 1MACA 4YZ4A 2L5XA 5EG6C 3IM5A 2LTNA 1G9BA 3FFZA 1ONAA 1DJSB 1UAIA 2ZMKA 4MYEA 1TWMA 5E24E 5F9TA 3KMVA 4QO3A 2EXHA 1BFCA 1G7YA 2HZ9A 1MVEA 1S0EA 4XBNA 2D6KA 1IS6A 2CL2A 1A8DA 3VUOA 2DVGA 4JKXB 1MD6A 1XQNA 4OWLA 2CTVA 1S0BA 4J2YA 1Y7BA 1MVQA 2Z42A 1LOBA 3OYWB 4XJWA 3AZVA 1XHBA 2BEBA 1QDOA 3BA4A 1BXHA 3ILFA 2A7AA 3WLUA 1ABRB 5HCBA 3ZSMA 1V6LA 4XJ9A 4YM2A 1ULCA 4H9WA 5IT6A 4QKSA 3AZWA 3LSEA 1W3AA 1JN2P 1FQ9A 1AVAC 3AH1A 4TYSA 2BQPA 3OBRA 2A5ZA 1LHUA 4UW4A 3VKLA 3FJDA 2E7QA 3BB2A 3SH4A 2NMNA 3ZXKA 3ZYRA 3B00A 4W65A 5BOWA 4D69A 4LBQB 3CA4A 2ZGUA 2DV9A 2K8RA 4ZFWB 1N1YA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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