3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
4OWKA 2EIGA 4AWDA 5GJ6A 1BQPA 4YOLA 3ZC8A 1RINA 4YW3A 1IT0A 1YBIA 3O3QA 4M3CE 4I3NA 2E6VA 2ZGMA 1AJKA 2FFVA 2UWAA 4G9MA 1W0PA 5KXDA 2FGFA 4NO4A 4IONA 3CRGA 2AGSA 3IM0A 1DQ4A 3OY8A 1G9BA 1ILR1 2VW1A 2IWTB 4G6MA 1JT7A 2VY0A 4OZXA 2PHUA 3B9CA 1XZZA 2E4MA 4H55A 1JY0A 1GSLA 1JYIA 3O4OA 3WDWA 2DUPA 4ATFA 2F2FA 1S0BA 1ENSA 1MVEA 1YF8B 3TC2A 4GP0A 4KC3A 5BVPI 3N7JA 5GLUA 1UAIA 1GKBA 1H30A 1F5FA 2PELA 1G9FA 5F8YA 3LTQA 3FLPA 3ENRA 4TYSA 2DTYA 5T54A 5H9PA 4FOVA 5AVAA 21BIA 2ZGRA 3OJMA 3AK0A 1N1YA 4ZXKA 4XFTA 1MS9A 1TOOA 2X2TA 3NWKA 2AAIB 1J1TA 2AFGA 1TWEA 4YGBA 1F9KA 1UPSA 1VALA 1WW4A 5L73A 3HALA 5E24E 1AVAC 3AYCA 5T5JA 1SLCA 2A6XA 4BPZA 5DUUA 2FDBM 4FPYA 4XJ9A 1ISYA 3BAOA 3ZXGA 4L4IA 1APNA 2ZHLA 4I8MA 2GDFA 2BFHA 3HN1A 2WLQA 2NYYA 4I96A 4Y1UA 5IK7A 2MIBA 2RQ9A 3CA5A 4QKRA 2K43A 4LO1C 4XILA 4YZ5A 3RG0A 3WG3A 3AKGA 4XMIA 4XXPA 1GNZA 2P3JA 1ULFA 2LALA 1IS5A 5IK4A 3M1HA 5GLZA 3FJKA 3UD7A 5E8AA 2A6WA 5FZYA 5GLVA 1LGBA 1UZYA 4LBQD 2ZGKA 4M00A 4G6JA 5D61A 2R0HA 3M3QA 3AX4A 1MACA 3USUB 1ITBA 1S0CA 1LHUA 1GLHA 3I4IA 3BAUA 2WRYA 1SCRA 4LBMA 2BQPA 3ZSKA 3ZSMA 2DYCA 3A23A 4Z9WB 3CAHA 4K21A 3N35A 3ZVXA 1T9FA 1QNYA 3UK9A 4IY9A 1TIEA 3NBCA 1DQ2A 2CY6A 3IPVB 1DZDA 4XFSA 2VW0A 3ASIA 2VW2A 5EWSA 1PZ8A 1DYPA 4YM2A 5JDBA 5EG6C 3AP7A 4QD2C 1WCSA 4FP2A 2LIQA 2AENA 3BA5A 3UDAA 3PVEA 4GAFA 3A07A 3QCWA 3Q7XA 5JOXA 2ARXA 3JRRA 2E53A 1PZ9A 3I2AA 3O0VA 4Q1RA 4GA9A 2ZAAA 4LO2C 3FJIA 2VSAA 3AKHA 4YM1A 1QOTA 4Q8LA 1LU1A 1JT4A 2D6MA 4AGVA 3AJ5A 1S0DA 3ZXLA 2KI4A 3ZX7A 3AFKA 3PUBA 2ZZJA 1IOAA 1JT5A 2DRYA 1Z0HA 1AVXB 3I2XA 4Q1PA 1LGNA 1IILA 1S0IA 3VV1A 2JE7A 4XYXA 5JLVA 3NJ5A 1QMJA 3FJBA 1GZCA 1DZCA 3NBNA 2OUHA 1PC8B 1SACA 4PC4A 4I4SA 5GALA 1CQ9A 3USUA 2ZHKA 4I1EA 1IS3A 1W6PB 4YZ2A 3POYA 3WG2A 2ZKNA 2A3YA 4G1RA 4DS0A 4MYEA 1Q03A 2YUGA 2WSVA 2YROA 3BADA 1V6WA 4OEFA 1S0FA 1JLYA 4FP3A 1FAYA 1A78A 4Q91A 3IAGC 1W3GA 3VT2A 5BYNA 3IPVA 5FZZA 2AREA 2GMPA 2CWSA 1QQLA 1A8DA 3RS6A 2DRZA 4Z8SB 2CNAA 4ZA3B 3FJHA 5DUVA 2JD4A 5HCAA 2C9AA 1ISXA 4H9WA 1HKDA 3WLUA 4ZBVB 5IK5A 2FHRA 4YM0A 3ILRA 2VXRA 2CL2A 1R8OA 3WZ1A 4XHBA 1FMZA 4AGRA 4P9XA 3BRFA 3Q7YA 1Q8QA 2DV9A 1YRZA 3MALA 4Y22B 3SH5A 1GICA 4Q27A 1NLSA 1SLBA 3O49A 4YG6A 1AX2A 2YXSA 1QDCA 1ULCA 2VH9A 2D7IA 3BODA 1KRIA 1Z2VA 3MW2A 1YYNA 3T1LA 2ZMKA 4I4PA 4FVVA 3PHZA 4TLPA 4YW5A 4L8QA 2BEBA 4IY8A 8I1BA 4HR6C 1AFCA 4XJAA 4PBPA 2UWBA 4ZGRB 1DQ1A 5GZEA 4R9AA 2UUSA 1IKPA 5HCBA 3ZXEA 2JECA 3CRIA 4GXLA 2ZGUA 3AP6A 1LU2A 1W6PA 1V6XA 1S0JA 1KJLA 3HOMA 2D44A 3AYDA 3VKOA 1BFBA 4QC4A 4YG0A 1C4RA 1DQOA 4LO3C 5GLWA 5F8SA 1C57A 3AZWA 3N7MA 3ILAA 1H9WA 1LOCA 3OGGA 2ZGSA 3WHTA 3C2UA 4JP0A 4Q26A 1N4KA 4DRVA 4I4VA 2KKIA 4JAWA 1NXD1 1TEIA 2W08A 4OWJA 5SV8A 1W3FA 5H9QA 5DSSB 2I1BA 4GOVA 2QN4A 1LOBA 5F8WA 3R05A 1DQ6A 4Y22A 3RTJB 2VXTI 3WOGA 4EEEB 2D3RA 1BFFA 2DVDA 3UJOA 3F1RA 1GYKA 1PZZA 3WCRA 1XG6A 4X39A 4YFZA 1G8WA 4XJWA 4LO2A 3O4CA 2PHWA 3BA4A 2JKBA 1QDOA 3B00A 1SLIA 4GWNA 6I1BA 3FFZA 1ONKB 1PUUB 1ULGA 1CN1A 5DG1A 3U4XA 1O4ZA 1RIRA 3WNXA 2A3XA 4C1XA 2P3IA 3HBWA 3ZC9A 4TZDA 1LEMA 1LHWA 5G00A 5HCFA 4JCKA 3CA0A 5CNAA 5FNWA 5IT6A 1O4YA 2V5YA 1SLAA 3UJQA 2GO2A 1KQRA 3APBA 1S1AA 1BFGA 1BA7A 1K5VA 4H04A 5T50A 1HWMB 1EPWA 2P37A 1YXWA 3B9UA 1UL9A 4P9YA 5EXOA 2HW9A 2PHRA 3UL2A 4AVTA 1ISWA 2ENRA 1FNYA 3K1XA 4JKQA 5KXBA 4EFRA 1HCDA 3GALA 5EYYA 2AR6A 5BQUC 1SCSA 4JC1A 2DURA 1I1BA 5E88A 2PHXA 3HMYA 2R0FA 1AX0A 4GWMA 4OW4A 4W65A 3FJDA 2C5DA 4XZPA 2KLLA 1GBGA 4AGGA 1WLDA 2P2KA 2Q3NB 1Q56A 1SR4A 1AJOA 2Y9WC 4OEEA 1GNHA 4YGDA 1N47A 1S0GA 5CB7A 2D43A 4Z8BA 3WMUA 2UURA 2KM2A 2YY1A 2OVUA 2D6LX 4R9BA 5GZFA 2J3PA 1QOOA 3IM5A 2XB6C 3NBEA 2RG9B 1LOFC 3AZZA 4ZFUB 1YI7A 3S8KA 2EALA 2HYKA 3IM6A 3OJ2A 3ILFA 1LODA 4M3CF 3O0XA 3D4KA 2WSUA 3VT0A 2P39A 4I4OA 5DVHA 2D3SA 2SBAA 5DG2A 3P53A 4YW2A 3V0AB 3SISA 4IQPA 3D5OA 2D7RA 1WW5A 4J2SA 4XBQA 4UW4A 1IRAX 2WNEA 2GMEA 3W59A 4FPJA 4FOQA 3WDUA 2GZBA 2ZACA 5H9RA 3DGTA 2D6KA 5FRAA 1CR7A 3FLRA 3VSFA 2ES3A 3CNAA 2A6ZA 2VUAA 3O5WB 5T5LA 2A7AA 1IRPA 3SNMA 1HWNB 3SITA 4JKXB 4FGFA 1WD4A 2EXKA 2YMZA 3VEQA 3N0KA 3OJVA 1LOEA 2E7TA 1BYHA 4YZ1A 2DVAA 1SBEA 1W6OB 1KDKA 4II0A 3NV2A 2A3WA 4QBVA 1D0HA 2WT1A 4XDQA 1GZWB 1ENRA 3CQAA 2ZR1B 1JHNA 3AP4A 3CA6A 5KXCA 1YTOA 2ET2A 3NV4A 2D20A 1LENA 1OQ1A 1MR5A 2WQZC 3FUQA 3RMXA 2QYIB 4XFUA 1LOAA 2DVBA 4ZKTB 3VKMA 3T2TA 3KMVA 1ULEA 2ZGLA 1N1TA 3SH3A 4P0LA 2DWRA 4PF5A 4ZFWB 4X37A 3V0AA 3VKFC 1Z78A 1I3HA 5DZGA 5CBLA 1NZKA 4BLJA 3DUIA 2WBCA 3CRHA 4R9DA 2B7YA 4CJMA 3NV1A 1SFYA 1SLLA 3ZYRA 3OYWB 1CVSA 1LHVA 1E0OA 2NTDA 2DUQA 1F31A 3WDVA 4BQ1A 3OPZA 3A0KA 4LO0C 3WCSA 5JOWA 1D2SA 1R8NA 4LO7C 4EFPA 2R16A 5BQUA 2ZQNA 2W68A 4LBQB 1W6OA 1LESA 4WV8A 3LLPA 3AH1A 3ATGA 2EXJA 3AZVA 2P34A 1LJ7A 1TP0A 4IYBA 1FMMS 3M3EA 3FGMA 1GZWA 4M3CB 1ISZA 4FPHA 2GNDA 3FJCA 4ATEA 3GNEA 1N3OA 4XIKA 1HCEA 3V64A 5D62A 3UD8A 2I2SA 2D6NA 4WVVA 1JUIA 4A7YA 1G9CA 5KXEA 4FQZA 1SZ6B 3INAA 2D23A 1CONA 3FLTA 3RQ0A 4XJUA 1QU0A 1VLNA 4DQAA 4BMEA 1MS3A 1A3KA 1IHKA 1V6LA 2FO1A 4OEGA 4X3AA 1CPMA 1QF3A 3VKNA 1WLWA 3RTIB 4HANA 3WINC 4C1WA 4QD2B 3W9TA 2OW4A 1K5UA 3WDYA 3PG0A 2ZGPA 3ILNA 3FJ9A 1AXZA 4AN6A 4ZFYB 3I29B 5T5PA 4ISRA 3O44A 1CIWA 3H0OA 3WG1A 4D69A 41BIA 1QNWA 3OYWA 5DZUA 1HKNA 1FYUA 1RITA 3ZSLA 3CA1A 3CU1B 3P6IA 4U36A 1FV3A 2D24A 1EYLA 1HQWA 4IHZA 4LO1A 1V6JA 4Q8KA 1W6NB 3PVNA 1BLAA 2Z48A 5EC5A 1OQLB 1L2HA 2E4MC 4LBQA 1HIBA 2K4AB 1MS5A 3O4BA 1JXNA 2F2FC 3LSDA 4D8HA 1HWPB 1MS1A 1V6OA 1JTCA 5FZUA 2AH2A 3BAGA 4I1BA 3AKIA 4M3CA 1FV2A 4HL0A 4EKXB 1QXMA 2A75A 1LULA 2AUYA 2HWAA 1DIWA 2ZABA 1LHOA 5JOZA 1T4QA 4XTMA 2GNBA 2CYFA 4KEJA 1LTEA 3NV3A 1LGCA 4QKSA 3JUTA 5JMCA 1VIWB 4YW4A 1X50A 3T8SA 2D22A 1DHKB 4UW5A 1AVWB 1GV9A 2UWCA 1VAMA 2VLCA 4KEIA 1WW7A 1G86A 4HA2A 2JE9A 2W39A 4GALA 1S0EA 2A70A 1U0AA 4XMAA 2TEPA 3ZXKA 1V6NA 3CA4A 3BAHA 3IIRA 1FGAA 1IOBA 3MW4A 4I0YA 1BJQA 4AYUA 4DPNA 5DZEA 4JQ0A 4YG3A 2ERMA 2ZA9A 1BASA 2D7FA 4QALA 4I7IA 4XOGA 3LCPA 1H9PA 4PQ9A 2ZMLA 3BB2A 1W6NA 1G9DA 2BEAA 2GNTA 5D63A 4ZLBB 2A71A 4FPOB 4Q9PA 4J2YA 4LO0A 4SLIA 4FOWA 4BM8A 1II4A 2EXIA 1JN2P 2NM1A 2DS0A 2CTVA 3FJFA 1BARA 1WBFA 2CWMA 5EYXA 4OWLA 1B09A 4HJJA 1EV2A 3M2MA 1FWVA 3BAVA 2R1DA 3FJEA 3A4UA 1DLLA 4Y1ZA 4IZEA 1DGLA 4FPFA 3A0NA 3UJ4A 2DREA 1UMZA 1BFCA 4BLIA 4XKIA 2AYHA 3VUOA 2Q9XA 3QLQA 3S8JA 1Q04A 5H9SA 2XG3A 2L5XA 3AJYA 2P3KA 3BRGC 3H6RA 2OUJA 4UW6A 2FMDA 1N3QA 3AXEA 4DRRA 2JJ6A 3AKFA 4DFSA 5GAQA 1MVQA 3ZPYA 4I30A 4D0TA 4YM3A 4DEPA 1W6MB 1DQGA 3WINA 5JVVA 4I37A 3B01A 4J23B 2W52A 4LBOA 1ZA4A 2JDZA 9ILBA 2HZ9A 2E7QA 4L4HA 1JYCA 4Y20B 1AF9A 1J0SA 1R1ZA 3B69A 3AZYA 4YGCA 3VKLA 3BOPA 4USPA 2NP0A 2ZGTA 1TWMA 5DXDA 2X2SA 1PZ7A 1Q8OA 4X38A 3NBDA 4Q2FA 3ZXFA 1KITA 3VSZA 4LBJA 4XBLA 2G4IA 3SH4A 3LSEA 1ULDA 4FPLA 4LBKA 4I4QA 4J2XA 3D6EA 4K20A 3WMVA 2WT0A 1V6IA 3AZXA 1AVBA 4XE9A 3O5SA 1AXYA 5CA6A 1MS4A 3W58A 1IJTA 1Y7BA 1SLTA 4Y1VA 1GANA 3ZXJA 3P6JA 4LO3A 2DU1A 3TAYA 5DUYA 2E51A 4ZOTA 3OJBA 3L2YA 1V6UA 4WZFA 1ABRB 5I1BA 4XXAA 4FOYA 2PHTA 4FPCA 1DBNA 2V73A 3N7LA 1N3PA 2A6VA 2M49A 1AX1A 2GNMA 2Y9GA 1BZWA 1WBCA 3AJ6A 1W6MA 2EF6A 5DUXA 4BOWA 5T5OA 4GAIA 3BRDA 1LECA 2DU0A 2ESUA 1CJPA 2ARBA 1LCLA 5T55A 3WA1A 3TB0A 4JPZA 1LHNA 4Y20A 3IN9A 2UU8A 1KDMA 1ONAA 1UX6A 1C1FA 1XHBA 1JQZA 5DZFA 1G7YA 1MZ6A 4ITCA 2R49A 5BP5C 1SBDA 2XOAA 1FNZA 1BKZA 1KNMA 1G9AA 1Q8VA 2ZQOA 3HSMA 3C9ZA 2FFUA 3JU9A 5JOYA 2NMNA 4GKXA 2SLIA 2D1ZA 1IS6A 2NVHA 1OKQA 3AYEA 3VT1A 5GZGA 1BXHA 4EFQA 3CA3A 1UKGA 3N7KA 5BXTA 2ZGNA 3WO4A 1GZ9A 4KEKA 1MZ5A 1DFCA 4LBNA 1HDKA 3WUCA 3RMYA 2KI6B 1V6VA 5EHAA 1CVNA 2RHPA 4D0ZA 1SBFA 7I1BA 3H6QA 3R4UA 3IKWA 2YZ4A 1RMLA 4R6UB 1PWAA 1N1SA 4LO8B 1WW6A 2A6YA 4ISQA 3POSA 2GN7A 3BA7A 3RRDA 1FX5A 1AZDA 4GKYA 3QYDA 4XTPA 1P63A 3FUOA 5LK5A 3HR9A 3A21A 5DUWA 3AH4A 1W0OA 1IKQA 3ZXDA 3EF2A 4CRQA 2R1BA 1YO8A 3AJZA 4OUJA 3ZYPA 1MD6A 1ENQA 3WVJA 2LTNA 2AQZA 1WBAA 1Z4SA 5BOWA 1OFSA 4YGEA 4PBOA 1WD3A 3FBYA 4AN7B 4F34A 3V65A 2HWMA 2ZGQA 4P9WA 4U2AA 1RZOB 3FJAA 4YW1A 2D6PA 3T1MA 2ZMNA 3I8TA 3N3HA 1CE7B 1UZZA 1KJRA 5IUQA 4G9NA 2GMMA 1ZM1A 4GP3A 3QR5A 1EVTA 4XHXA 4I2SA 3POWA 2LIEA 1FQ9A 1W3AA 3O4DA 5FNXA 5GZCA 3F62B 3AH2A 3FJJA 5E89A 1LOFA 1JW6A 3WHUA 2WT2A 2NZ9A 4ENDA 1S0LA 3WV6A 3MW3A 1JOJA 2Z49A 1DZQA 2YV8A 4Q9GA 3V0BB 2DTWA 1XQNA 1DFQA 2DUOA 2MLLB 4Y26A 3WUDA 1HQLA 5FREA 31BIA 3A22A 1Q1UA 3WO2A 3IMNA 2Y9XE 2Q5TA 4R9CA 4P6AA 3SLIA 1HWOB 1MS8A 2GALA 3WDTA 2WJSA 3RSJA 2ZBJA 3POKA 1URXA 3V79C 1JBCA 3FJ8A 1V00A 2NMOA 4Y1XA 2ZHMA 2PHFA 4WBCA 3KM5A 3M3OA 1M16A 2EAKA 4CZSA 4I4RA 2Z42A 1CPNA 2DVFA 1W6QB 5F90A 2VSEA 5IK8A 2DVGA 2AXMA 3Q9OA 3BTAA 5GM0A 3SNVA 3O0WA 1UN1A 1SR4C 4LO7B 1WLCA 1AXKA 1DJSB 5GLTA 1XYFA 4AVSA 1RG8A 3BIWE 4BMBA 3WDXA 4I4YA 1RY7A 2Y9FA 4GOYA 1WUVA 3D7WB 1Q8SA 1FWUA 5BP5A 4K1YA 2D6OX 3MPPG 5GZDA 4FPEA 3MEPA 3AP5A 3KQRA 4XBNA 4FPKA 5F5QA 5CAZA 3WG4A 3O12A 2NN8A 4DCKC 2EXHA 1HLCA 4WVWA 3OGFA 4PCRA 1QOSA 2D3PA 4M01A 2ERFA 2A5ZA 4ASMB 3H6RB 1IS4A 1LOGA 4Y1YA 1JLXA 3V0BA 1WBLA 3IM7A 4YZ4A 2IHOA 4QO3A 3OBTA 1JT3A 5BXRA 3BX1C 3B3QE 2K8RA 4P0JA 2MC2A 1NUNA 2H0BA 4A7ZA 4IZXA 3VWCA 4DENA 4A7KA 4XJ8A 4EB2B 3M3CA 4I6IA 3PJQA 3ZSJA 4KBBA 3AXDA 4XJZA 2ZHNA 1DQ5A 4XIOA 4I4XA 4USOA 3OY8B 4YLZA 1DYKA 2R9KB 2F8XC 1MS0A 1W6QA 3AP9A 3WO3A 5T52A 1QKQA 3OBRA 5F9TA 3UD9A 1QQKA 1G82A 3N36A 2P23A 4UW3A 1C1LA 3JUUA 4FQ4A 1BLDA 3O4AA 3Q7WA 2ZGOA 1I1EA 1GGPB 1V6KA 3R4SA 2WKKA 4J2KA 5HPZA 4LBLA 1N1VA 4RL7A 1VAVA 3PMEA 4YFWA 3PVOA 4RA0A 1Q8PA 4YZ3A 1LEDA 5B2HA 3E8LC 2VU9A 1QGLA 1AVUA 1FN0A 1TFMB 1AXMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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