3RMYA

Crystal structure of hcr/d w1238a mutant
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
415
structure length
401
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 97
structure length 401
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmyA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmyA02
1V6JA 4YW2A 1MS4A 1QDOA 1GYKA 1FWUA 31BIA 2D6NA 2VU9A 4P9YA 5E8AA 5EYYA 2ZQNA 3CAHA 3AJYA 5D61A 3AFKA 2KKIA 2A70A 2OUHA 1OQ1A 1ENRA 1YBIA 1CJPA 3ZC8A 4XYXA 2PHWA 3WUDA 4JPZA 3BA7A 2ZGLA 2EF6A 3AZYA 3AXDA 4OEFA 2NYYA 4HL0A 2Y9FA 5HPZA 2YROA 1ENSA 1GANA 3AKHA 1R8OA 3USUB 2UURA 4BPZA 3ZXEA 2GMEA 2I1BA 3OJMA 2CWMA 2KH2A 4GWNA 1QXMA 2DWRA 2DVGA 2DVAA 4G1RA 5E24E 1IOBA 2AUYA 4YGEA 1XZZA 4I6IA 3M3EA 4FP2A 4LBKA 3VV1A 4YFWA 3BADA 1YTOA 2BQPA 3S8KA 1ABRB 3T1MA 1IT0A 5GM0A 2DS0A 3N7MA 5DUYA 7I1BA 1NUNA 1AXYA 1SBFA 4AVTA 3OYWB 4R9CA 4I4UA 3WCSA 4Y1VA 5EWSA 4R9DA 1S0LA 4M00A 4W65A 5EXOA 4K20A 5BYNA 4FPJA 2DTYA 1C57A 4K21A 2ZGOA 4FOQA 3VT1A 5DG1A 1NZKA 4A7YA 1DZQA 3O4BA 2XG3A 1GBGA 4HJJA 1IS3A 4FPYA 2F8XC 2L5XA 1AVXB 3UD8A 2K4AB 3HALA 2WRYA 2CTVA 2R49A 1W6MB 2DVDA 3ZXDA 4JCKA 1E0OA 5GZDA 1DQ0A 4R6UB 3OJ2A 1F5FA 3MALA 1IJTA 1MVEA 4Q8LA 1BFGA 2NVHA 3QYDA 3APBA 4YG0A 1UKGA 1RIRA 2D3SA 3I2AA 4WV8A 1N1TA 2E6VA 3BA5A 2P37A 3BX1C 4R9BA 1S0FA 2WT1A 2XB6C 3ZSLA 1Z0HA 1A8DA 3DUIA 1BFBA 4QBCA 1Q56A 2DREA 4Y1ZA 3RS6A 1TTUA 5GZEA 4Y24A 1GLHA 3AP5A 4WVVA 3FJAA 2IHOA 2HW9A 1K5VA 4LO2A 2ZZJA 3UK9A 4OW4A 3AH2A 5JOYA 1WCSA 2JKBA 1IS6A 1V6IA 3W59A 1ULFA 3LTQA 1Z78A 1DQ5A 5HCAA 5F9TA 1M2TB 3IM7A 5BP5C 1W6OB 3O12A 1FAYA 1AJOA 3A4UA 1GICA 4I96A 2ZKNA 3B3QE 1CQ9A 1CPMA 3INAA 4WZFA 4HA2A 2A6YA 2FFVA 5F90A 4XTPA 4YW3A 2DU0A 4USOA 4ZBVB 4ATFA 3O44A 1MZ6A 3TC2A 1LECA 2DUPA 1UPSA 4I4PA 3OPZA 1LTEA 5FREA 1UL9A 3BAHA 2D6LX 3BAQA 1EV2A 2D23A 2NTDA 1MVQA 1ENQA 1ULCA 2AAIB 1RY7A 4AN6A 1Q8OA 3AP6A 3N3HA 4XXPA 4LO1C 5D63A 3V65A 1N47A 3PMEA 1I3HA 1C1FA 3OGGA 2D6MA 4L4HA 1MS1A 4I0YA 2FFUA 1LGCA 1IHKA 4OEGA 2FHRA 2GNDA 1WLDA 3FLTA 2JDZA 3O0VA 1JOJA 3AKFA 4XZPA 21BIA 4KBBA 3WO4A 2DYCA 3VT0A 1ILR1 3A21A 1KNMA 4GAIA 1ONKB 4FPFA 5E88A 1Q8QA 1IOAA 1QGLA 3AZXA 2EALA 4ATEA 1ISXA 1BYHA 2OUJA 3BAVA 4NOTA 3Q9OA 4I4XA 5DZUA 1DQ6A 3WINC 3WA1A 4AVSA 1DHKB 1QOOA 4MYEA 4PBPA 3NBEA 3HBWA 1N3PA 5FRAA 1IKPA 4XFSA 1JYCA 5T55A 4XDQA 3WMUA 4KEIA 1TEIA 4FOWA 1CVSA 2A5ZA 2B7YA 4J2KA 4ITCA 3BODA 9ILBA 1S0IA 2GNTA 2R1DA 2R16A 5F8WA 3NWKA 1S0DA 4YGBA 3VKMA 1A3KA 2Z42A 3CA5A 1GKBA 3SISA 3FJKA 1HWNB 4I4OA 4YFZA 1W3AA 2ZR1B 4Y22A 2P3KA 2EXJA 4EFRA 1GGPB 5I1BA 1DGLA 3AYCA 4FGFA 1IS5A 3KQRA 1R8NA 3R4UA 3POWA 4IONA 5KXBA 3M3OA 4ZGRB 1OFSA 1SBEA 1ULDA 4DRRA 1RZOB 1KQRA 3MPPG 3VKLA 5LK5A 2EXIA 3WDYA 1V6WA 5JMCA 2VSAA 1DZCA 3LSDA 1CE7B 5BQUC 1CIWA 1AX2A 3PVEA 3Q7YA 4G9MA 4XMIA 4XHXA 4AGRA 3UJOA 1WW4A 2NN8A 4JRAA 3OBTA 4YM2A 2GN7A 4QALA 4I4YA 5H9RA 41BIA 3ZXLA 1CESA 3P6IA 2ZGQA 1RINA 4FOYA 1RITA 4OWKA 2EIGA 1J0SA 1NLSA 1MC9A 1JY0A 4II0A 4HANA 5E89A 4M3CE 3SH3A 2W39A 1AXZA 1JLXA 2DRYA 4KEKA 3WDUA 4UW3A 3ZXGA 4D0TA 1UMZA 3Q7WA 2AYHA 5CNAA 4C1WA 3WDTA 2ZQOA 1DZDA 4GOVA 1ISVA 4AN7B 1URXA 1G82A 1UN1A 5DVHA 1DBNA 4H9WA 3OGFA 2YMZA 1V6KA 4CRQA 2VY0A 3POSA 1U0AA 5BOWA 4DFSA 1C4RA 4D8HA 4TLPA 3M2MA 4XHBA 3OJBA 2AQZA 4YG3A 4R9AA 4J2XA 4IY8A 3B01A 4IY9A 2A75A 1APNA 4ISRA 1W3FA 5GZFA 2E4MA 2ZGRA 1N1YA 2HWMA 1SR4A 2D20A 1DFQA 1D2SA 2WT0A 1PWAA 1SLAA 2ZMNA 3T8SA 3FJHA 1LHWA 3HR9A 3EF2A 1G9BA 1HCDA 3WOGA 2ZHMA 1FMZA 4OUJA 3BA4A 4LO3C 3AJZA 2KI4A 1BLDA 2DU1A 2P39A 1V6OA 3CRHA 3BAGA 2MIBA 4I30A 4C1XA 4FPCA 3LLPA 3HMYA 3ZSMA 2CYFA 4G6MA 1G86A 4XIOA 3ZYPA 4A7KA 2R0HA 4YW1A 1MD6A 1ISYA 1IRPA 3SITA 1YF8B 3PVNA 3FJJA 5DUWA 5FNXA 3UD9A 3O0WA 1PZZA 2YXSA 3SNVA 1UZYA 4X3AA 1LENA 2GNBA 1BZWA 1X50A 2HZ9A 3AX4A 1PZ7A 5IK4A 3UL2A 1UAIA 2LIEA 5FNWA 4IZEA 3FLRA 3AYDA 3TB0A 1QQKA 4LBOA 4Z8SB 3NBCA 4IQPA 3B9UA 2DTWA 2JJ6A 2EXKA 1VALA 2A6VA 4AWDA 2EXHA 4PCRA 1LOCA 4D69A 1GSLA 3D4KA 3MW3A 1QOSA 1RG8A 4KEJA 3HN1A 8I1BA 5F8SA 1ULEA 4PF5A 1V6UA 4JP0A 1LOFA 1FV3A 1RMLA 2C9AA 3IIRA 1DQ2A 4P0KA 4XTMA 4G9NA 1FWVA 3BIWE 4ZFUB 5CBLA 1CVNA 3AH4A 3ZPYA 1HKNA 1N1VA 3D7WB 2KM2A 3S8JA 2EAKA 4DS0A 4ZXKA 2D6PA 2J3PA 3MEPA 4AGVA 4Y22B 1GZCA 4I37A 3CA3A 4QKRA 4OWJA 4X37A 3ZXJA 4QO3A 1BKZA 1ULGA 1VLNA 3WCRA 4PC4A 4JQ0A 4XFTA 3MW2A 3CRGA 5T54A 4YLZA 3FUOA 5DZFA 1TP0A 1YXWA 5L73A 1VIWB 4GP0A 1BFFA 5GLTA 4XBQA 3IM0A 4ZKTB 4WVWA 2K8RA 3O3QA 2X2TA 3IPVA 3O4CA 2D24A 2RG9B 2F2FC 3RMXA 5IUQA 1LESA 2WBCA 3O0XA 4YZ3A 3ILFA 4L8QA 1FNZA 1WBCA 2GZBA 2OVUA 3PG0A 3KM5A 1HKDA 2DURA 3NV2A 4H55A 3FJ8A 2A6WA 4XJUA 3WG4A 3JU9A 4QD2B 3BTAA 2VW0A 1YIFA 2CY6A 2D7IA 2ZHKA 5KXCA 3FJCA 2AENA 1W6QA 1QU0A 1WW7A 3BAUA 2WT2A 1SLIA 2DV9A 1VCLA 2ESUA 1LOEA 4Y1UA 1GNHA 1V6XA 1AF9A 5T5LA 4OEEA 1EYLA 3RG0A 3ENRA 4FPLA 3QCWA 3R05A 1I1EA 1DIWA 5CB7A 1S0GA 2D22A 2V73A 3A07A 4CZSA 3WDVA 4P9WA 1JXNA 2WSVA 1S0BA 5DUVA 1MS9A 1DFCA 4P0LA 1VAMA 3N36A 2RQ9A 5GLVA 5EG6C 4FPKA 5SV8A 2MC2A 2VSEA 1FN0A 1N3QA 3WUCA 4Q26A 3CU1B 1IS4A 2ZGUA 4BQ1A 1YYNA 3NV4A 1JHNA 3SNMA 3ZC9A 2A71A 3AJ6A 3VUOA 2ET2A 2W08A 4GKXA 4TYSA 1LJ7A 3ZVXA 2I2SA 1LU2A 4ZOTA 3WG3A 3A22A 3CA6A 1LHVA 3RTIB 2KI6B 3V79C 2DUQA 1LHNA 1NXD1 4LO1A 1SBDA 1WBFA 3OJVA 2ES3A 4NO4A 1V6VA 2DRZA 4QKSA 3I2XA 4AGGA 4LBJA 2A3YA 2VUAA 2BEAA 2DVBA 3ASIA 1EPWA 2WQZC 3VEQA 4Q9GA 2PHRA 3VKOA 4XJ9A 1Q8PA 3WDWA 1K5UA 5JOXA 1S0EA 3L2YA 3ZSJA 4GP3A 2E7TA 2QYIB 4Q1RA 3SLIA 2ZHLA 3WO2A 2GNMA 5GLWA 4PQ9A 3WG2A 3CA4A 2Y9XE 1AVUA 1LHUA 5IT6A 4U36A 1VAVA 3ILNA 2A3WA 1JT3A 2Z48A 3DGTA 4Q2FA 1FGAA 2WJSA 2R0FA 2V5YA 1QNWA 3A0NA 2E53A 1LEMA 4XJAA 1HIBA 5T5OA 3AZWA 2CL2A 1HDKA 3FJFA 3GNEA 4I4SA 3FJDA 1SCSA 2R1BA 4GOYA 1KDMA 1JN2P 2DUOA 4I8MA 4ENDA 1L2HA 4KC3A 2SBAA 5BXTA 4LO8B 5DUUA 1R1ZA 3POKA 3BRGC 5JDBA 3ATGA 3M3CA 3SH5A 1AXMA 4LBQA 3AKGA 4M3CF 5T50A 3UDAA 4Q91A 2Z49A 5KXDA 1BARA 4EFPA 4F34A 1Q04A 3KMVA 4GA9A 4GXLA 2GO2A 2JD4A 3UJ4A 1JUIA 3M1HA 1C1LA 5DSSB 1XYFA 5DZEA 4JKXB 3ILAA 4YM0A 3RRDA 4JKQA 5FZYA 3FJBA 2IWTB 1QOTA 4YZ5A 4FP3A 3QR5A 4FOVA 4BLJA 2XOAA 2LIQA 3VSZA 3ZXKA 4BM8A 3R4SA 1DQ1A 3BB2A 3VKNA 4YOLA 4F83A 3H0OA 1YI7A 3NJ5A 1AVWB 5T5JA 1JT4A 2WKKA 2ZA9A 2SLIA 1LOAA 1LU1A 4M3CA 4EKXB 3IPVB 4FPOB 1ITBA 3HOMA 4P6AA 2K43A 1KJRA 3AXEA 3FLPA 3CQAA 2TEPA 4H04A 1CONA 4LBNA 2BFHA 3AZVA 5EC5A 4YZ1A 6I1BA 5JLVA 3WZ1A 4YGCA 3VSFA 1W6PA 1GV9A 2DVFA 4YZ2A 1W6QB 3A23A 2YY1A 4ISQA 3H6RA 2AH2A 5GZCA 1LOBA 4UW6A 3LCPA 1SLLA 1JT7A 3VWCA 5GLUA 5GJ6A 1HWMB 4XILA 2QN4A 1I1BA 4XBNA 1HQLA 1S1AA 1LGNA 4UW5A 3ZYRA 2YV8A 3RMYA 1G7YA 1LOGA 1T9FA 4YW4A 2P23A 4LBLA 3O5WB 1XQNA 4XE9A 3WV6A 1LODA 3W9TA 1N3OA 1IILA 2ZBJA 3FUQA 2E4MC 3AP4A 4LO0C 4GKYA 2GDFA 1BXHA 4XOGA 5BXPA 1SR4C 2GMPA 3V0AA 5BVPI 5GLZA 2AGSA 1WLCA 2D6KA 3N7JA 4Y20A 4P9XA 3WHUA 3I29B 4XIKA 4LO3A 2UU8A 3IMNA 1Q1UA 2ZAAA 3N7KA 3P53A 3ZXFA 2X2SA 2GN3A 2C5DA 4DENA 3AZZA 4HR6C 1AVAC 3GALA 2FMDA 3AYAA 2D7RA 3I4IA 2NMNA 4LBMA 2D3PA 1ISWA 1D0HA 2AR6A 3NBDA 3WO3A 3IN9A 1UX6A 1PZ9A 1O4ZA 5F5QA 1BASA 1V6MA 4XJZA 2GMMA 2CNAA 4LO7B 3PVOA 4L4IA 3OBRA 3FFZA 2E51A 1AXKA 1ISZA 1FNYA 4DCKC 2FO1A 1JW6A 1ZM1A 1G9DA 5GALA 3VT2A 1QQLA 1PUMB 1QKQA 4Z8BA 2H0BA 4YG6A 5JOZA 2BEBA 4I2SA 5IK7A 4EEEB 1WBLA 3PJQA 1SFYA 4RL7A 2ERMA 3AJ5A 1QDCA 2HYKA 3A0KA 3H6SE 1MS8A 2P3IA 3O4OA 1H9PA 4FQ4A 1TFMB 3I8TA 1LOFC 3OY8A 2AXMA 4LBQB 1LEDA 5EHAA 2VW1A 3UD7A 1DQGA 2NP0A 3NV3A 1G9AA 1IRAX 4DEPA 4FPEA 5D62A 1V6LA 2RSTA 4J2SA 1DLLA 1Q03A 3CA1A 3ZX7A 1XHBA 3CRIA 1BA7A 2ERFA 1Q8SA 3RQ0A 4BOWA 2UWBA 4GAFA 1H30A 5G00A 2ARXA 3BRDA 1Z4SA 4ZFWB 3AH1A 2ZGSA 3BAOA 2NMOA 1S0JA 1LGBA 1W6NA 2D44A 1DJSB 1HWOB 4QBVA 4XKIA 3RSJA 2ZMLA 2UWAA 4IZXA 3NBNA 2A3XA 2F2FA 4EFQA 3O4AA 1W3GA 5GZGA 5HCFA 4M3CB 2FGFA 3UJQA 1WW6A 4X39A 1BFCA 1AFCA 2WNEA 4XJWA 2CWSA 1WBAA 5BXSA 4FQZA 4LO2C 4RA0A 2PHXA 2ZACA 4J2YA 2WLQA 4SLIA 3C9ZA 2Q3NB 1HCEA 5H9PA 2JE9A 1FYUA 4JAWA 2ZHNA 3AYEA 5DXDA 1PZ8A 1MR5A 2NZ9A 4XMAA 1G8WA 1W6PB 1T4QA 1DQOA 3B00A 2ZGNA 2KLLA 5BP5A 4Z9WB 1KRIA 2A6XA 1MACA 3N7LA 4YGDA 5DG2A 1AVBA 3H6RB 3T1LA 4Y1XA 1SZ6B 1QNYA 1AX0A 4YM1A 1S0CA 1V6NA 1J1TA 1B09A 2PHFA 3N0KA 3V0BA 3WHTA 1HWPB 5JOWA 4XXAA 1ONAA 5DUXA 4XFUA 3PHZA 1Z2VA 3JUTA 4UW4A 3M3QA 1F9KA 3D5OA 1II4A 2HWAA 3F62B 1GZ9A 3AP7A 2A6ZA 5JVVA 2OW4A 3HSMA 5CAZA 2ARBA 3SH4A 1W0PA 2P2KA 1JQZA 4ASMB 4BMBA 2LTNA 3E8LC 4I4RA 1TWMA 3FJ9A 2G4IA 2P3JA 1GZWA 1QF3A 1OQLB 1KJLA 1JTCA 4DQAA 2JECA 3BRFA 5T52A 1EVTA 1IKQA 1BJQA 4Y1YA 3V0AB 2P34A 1XG6A 5IK8A 2YUGA 3AKIA 2W68A 1FMMS 4Y20B 1TIEA 2Q5TA 1TOOA 4BLIA 1AJKA 1JLYA 3IAGC 3P6JA 4JC1A 3WG1A 4USPA 3AK0A 1QMJA 3N35A 3O5SA 5KXEA 2ZABA 4P0JA 4J23B 1O4YA 1F31A 3TAYA 5T5PA 5FZZA 4AVVA 4LO7C 4I1BA 3USUA 4OZXA 3PUBA 3BOPA 3B69A 4A7ZA 1WD3A 2RHPA 4LBQD 1YO8A 4XBLA 3CNAA 4OWLA 4WBCA 1FATA 3WINA 1SLCA 1Y7BA 4IHZA 4G6JA 4I4QA 4ZLBB 1WW5A 3NV1A 1Q8VA 4QC4A 2PHTA 1YRZA 1LCLA 2JE7A 3IKWA 4EB2B 1HQWA 3O4DA 2D3RA 4ZA3B 1OKQA 4ZFYB 4IYBA 1FV2A 3OYWA 3V64A 1GNZA 1FQ9A 1MS5A 3H6QA 1LULA 3JRRA 3D6EA 4DRVA 2D7FA 3K1XA 4TZDA 2UUSA 1TWEA 3WMVA 3OY8B 4FVVA 1AX1A 4FPHA 3U4XA 4I3NA 1JYIA 2ZGPA 3Q7XA 3WLUA 1JBCA 1SACA 2YZ4A 2D43A 5IK5A 2UWCA 1W6MA 2M49A 2W52A 1WUVA 3WVJA 1KITA 2WSUA 5DZGA 3T2TA 5H9SA 1DQ4A 2AREA 1H9WA 1WLWA 5EYXA 3FGMA 1CN1A 1MS3A 4PBOA 1BQPA 4BMEA 2VXTI 4Q8KA 1UZZA 4YZ4A 2FDBM 3F1RA 4X38A 1N1SA 4D0ZA 3JUUA 4FPGA 2D6OX 1ZA4A 3QLQA 2Y9GA 4I1EA 1A78A 1HLCA 1V00A 4Q27A 5F8YA 2A7AA 5BXRA 1DYPA 4I7IA 3C2UA 1W6NB 4Y26A 1SLBA 5BQUA 2ENRA 2R9KB 4K1ZA 5CA6A 3FJIA 3WDXA 4I4VA 4QD2C 1BLAA 3UJ0A 3B9CA 4YW5A 4GWMA 5B2HA 2PELA 2PHUA 3IM5A 2VW2A 1MZ5A 5HCBA 2Y9WC 1MS0A 5FZUA 3VKFC 3AP9A 3ILRA 3FBYA 1JT5A 3CA0A 5GAQA 1FX5A 3MW4A 4P14A 1W6OA 4DPNA 1G9FA 2ZGMA 2VH9A 1PC8B 2D1ZA 4GALA 2E7QA 3POYA 4K1YA 2VLCA 3FJEA 2ZGKA 5H9QA 1WD4A 1AZDA 2VXRA 1W0OA 4U2AA 1N4KA 3V0BB 1CPNA 1KDKA 4M01A 4XJ8A 4CTEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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