3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
molecule keywords LYSENIN
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
3CRIA 5DVHA 4XFTA 3KMVA 2D24A 3FJFA 1JT5A 4LO1C 4OWJA 2KI4A 4EFQA 1QQLA 1EPWA 1S0BA 1FWVA 1P63A 1ISZA 1JT4A 4WBCA 2KKIA 3WINA 1DQOA 4G9NA 2YUGA 1G82A 1BASA 1ISWA 3IIRA 1L2HA 3H6QA 2DS0A 2XOAA 3CAHA 3FJDA 1PUUB 1TIEA 4EEEB 4EFRA 4OEEA 4QKSA 1V6UA 3UD7A 1G9BA 4PC4A 2HWMA 3PUBA 3UD9A 3CRGA 3IAGC 2D1ZA 2NZ9A 3AKIA 3UD8A 5JLVA 3D7WB 2D7RA 2E4MA 1M16A 2NTDA 2FDBM 4I4OA 4LO1A 4P0LA 5D62A 2M49A 3WA1A 1SZ6B 3N0KA 4DENA 3HOMA 4HA2A 3ZC9A 3RMYA 2QYIB 2D43A 3BTAA 4JP0A 4QO3A 1KNMA 3WO3A 3IM7A 1MC9A 1V6VA 3C9ZA 1XZZA 1BA7A 3O4AA 1DJSB 3O4OA 1DFCA 3AJ5A 1EV2A 1BFFA 2RG9B 1FWUA 3ZC8A 3V0AA 1QXMA 3Q7WA 3QR5A 4G6JA 4I4VA 1FGAA 1Q1UA 3R4UA 1IILA 1WBCA 4JQ0A 2FFVA 1Z0HA 1CVSA 4G9MA 1G9CA 3N7LA 4F83A 1IRPA 4AN6A 5EG6C 4H9WA 3MALA 2BFHA 4D0TA 3BAVA 3I2XA 1IOBA 4QBVA 2K8RA 3AH2A 1AF9A 2Y9XE 3I2AA 4F34A 3VWCA 3S8KA 2HZ9A 3CA6A 3A23A 1DZCA 1ISYA 3OBTA 4ZKTB 2D20A 1TOOA 3BAUA 4LO0C 4I8MA 4I4YA 2MC2A 3K1XA 4A7ZA 1K5VA 3V79C 4IY9A 1EVTA 3JUTA 3W9TA 1F31A 3A21A 2GZBA 41BIA 5D61A 1M2TB 4GP0A 4GAIA 4OWKA 3F1RA 4USPA 1DIWA 2NP0A 1W3FA 1Q04A 2P23A 3WO2A 8I1BA 1FMMS 4Z9WB 2DREA 5F8SA 2RQ9A 1JLYA 2Y9FA 4KEJA 4I1EA 1XG6A 3FJIA 3VT0A 4YOLA 1UPSA 2FGFA 3FJ8A 1IHKA 3FJEA 4J2YA 3S8JA 1J0SA 1HWOB 3A07A 3WO4A 4ZFUB 1GGPB 2F8XC 2F2FC 4EFPA 4IQPA 4X38A 3AZWA 3HMYA 3VSZA 1BLAA 3EF2A 3NJ5A 5FZYA 2KH2A 3CA5A 1AVAC 1Q03A 4I0YA 1AVWB 1E0OA 5FNXA 1OQLB 1HKNA 3SNVA 1HCDA 3BADA 5F90A 5BXRA 1ISXA 1RY7A 3I29B 3O49A 4I1BA 1TP0A 3OGFA 4HJJA 4IY8A 3BA4A 4LO2A 4AN7B 1BFCA 3VSFA 4D8HA 3T8SA 4ZOTA 2Z48A 1V6XA 4IONA 5BXSA 4I4UA 5EHAA 5E24E 3WMUA 1S0CA 2D44A 1SR4A 3FJBA 1PC8B 1JQZA 3RTIB 2AAIB 1ISVA 3F62B 2VLCA 1I1EA 1EYLA 5DSSB 3LLPA 1HIBA 3N7MA 3QYDA 3ZXGA 1RMLA 4L4HA 1A8DA 3O4DA 3FJKA 3OGGA 1S0DA 1G9AA 1JT7A 5EC5A 5F8YA 5BOWA 3OJVA 4KBBA 1XYFA 3P53A 2D7IA 4I2SA 4G6MA 2MIBA 4Q9GA 4DEPA 2R9KB 2ZR1B 3OBRA 1VCLA 2DRYA 4FVVA 4ZBVB 4J2XA 3ZXDA 1PZZA 4JKXB 2Q3NB 4ZFYB 2NYYA 2X2SA 4X37A 1AVXB 4A7KA 6I1BA 1YBIA 1JLXA 4D0ZA 4I3NA 4JAWA 3FJAA 1FQ9A 3OJ2A 1DLLA 2KLLA 1JT3A 5DUYA 4ENDA 5B2HA 3RSJA 1HCEA 3P6JA 1RG8A 5G00A 5FZUA 3AZVA 1NZKA 4OEFA 1DQGA 31BIA 3AKHA 1G9DA 1RZOB 4ISRA 4USOA 1I1BA 4CJMA 4Q91A 4ZGRB 3UDAA 1MD6A 4I7IA 3BA7A 3BRFA 4IYBA 3BRDA 1BLDA 2K43A 3CQAA 3NBDA 3A22A 5BVPI 1Z4SA 2QN4A 3PMEA 1TWMA 1TWEA 4IHZA 4IZXA 5BP5C 4LO7B 3NBEA 2X2TA 4L4IA 3AH1A 1R8NA 4R6UB 4QC4A 4OW4A 3O44A 4IZEA 3R4SA 4QBCA 3CRHA 3WINC 4KEKA 3O4CA 1TFMB 4LO0A 3CU1B 3V0AB 1TTUA 4I4SA 4DCKC 5DZUA 4P6AA 1BFBA 2D22A 1W3GA 4X39A 1AXMA 4P0KA 3BAQA 3N7JA 1PWAA 3B9UA 2ESUA 2WRYA 4I37A 3ZX7A 1K5UA 2FO1A 3WMVA 1HWMB 4KEIA 3CA4A 5I1BA 2WBCA 3E8LC 4ZFWB 4OWLA 3O5WB 3FJ9A 4GOVA 3ILAA 3H6RB 5BP5A 2VXRA 1Z2VA 4P0JA 2UUSA 3BAGA 3IM5A 3BX1C 3HN1A 3BAHA 1R8OA 1WBAA 2Y9WC 1S0EA 2VSEA 3FJHA 1ONKB 1XHBA 5FNWA 4ZA3B 4J2KA 3AJ6A 2F2FA 4JKQA 4LO7C 3HSMA 4I4PA 1PUMB 3O3QA 2ERMA 4Z8SB 3UJ4A 3VEQA 1V6WA 4II0A 2MLLB 4HR6C 4LO3C 2ZQNA 3UJ0A 2VSAA 2D23A 3LTQA 2HW9A 4LO8B 4ZLBB 1N4KA 4ISQA 3V0BB 2VXTI 3BA5A 1YF8B 3BAOA 1FMZA 4JRAA 1ITBA 2RSTA 4J23B 1II4A 1YYNA 5BXTA 1AFCA 4FGFA 4TLPA 2K4AB 3OJMA 1JY0A 2VU9A 1S0FA 1DFQA 3NBNA 3PG0A 2NM1A 2HWAA 3VT2A 4A7YA 3VT1A 4QD2B 3PHZA 2L5XA 3RMXA 1JTCA 4I6IA 4LO3A 2I1BA 4XFSA 5JMCA 21BIA 4J2SA 3AH4A 4OEGA 2KI6B 3NBCA 4EKXB 3RTJB 2IHOA 2AFGA 3CA0A 4GP3A 1S0GA 4I4XA 2Q9XA 4GAFA 3CA1A 3JRRA 3BB2A 1IRAX 5BQUC 3FJJA 1WD4A 1HWPB 3FUQA 1NUNA 5BXPA 2J3PA 3N7KA 1BFGA 3HBWA 5D63A 3H6RA 1BARA 3VUOA 2VUAA 9ILBA 3O4BA 4OUJA 2BEBA 4I4RA 2ZQOA 2LIQA 3Q7YA 1DZDA 4QD2C 3FJCA 4Q9PA 4H04A 2IWTB 1W3AA 1IT0A 3POKA 4G1RA 1AVUA 4JPZA 1ILR1 4QKRA 5HPZA 3BRGC 3FFZA 1YXWA 2GO2A 4QALA 1QQKA 3P6IA 5F8WA 3Q7XA 4EB2B 3V0BA 5BQUA 1T9FA 3IM6A 5FZZA 4I4QA 1FN0A 4XKIA 2AQZA 2NVHA 1YTOA 3MPPG 2ET2A 3AKFA 4GOYA 1D0HA 3FGMA 1IJTA 1CE7B 3FUOA 1T4QA 5GAQA 2Y9GA 4LO2C 1S0LA 1FV3A 3AKGA 3TC2A 2FFUA 1WD3A 2AXMA 4I96A 4KC3A 2BEAA 3CA3A 1ABRB 3HALA 3H6SE 1SR4C 7I1BA 2LIEA 2Z49A 2P39A 1HWNB 1FV2A 2E4MC 2DRZA 4X3AA 4XFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WP6A 4FPJA 1VBC1 1UMIA 4QDRA 1OLQA 4HPKA 1S2EA 5C33A 2QVSB 4Q4V1 1J3PA 2KA3A 2YFUA 4XFCA 4AI2A 5C8CB 3MIBA 1S0BA 5E89A 3ZR6A 4UF0A 1JT4A 2KKIA 5IWFA 5GZDA 1NT0A 3P6BA 4C90A 4LHSA 1J1TA 3BTZA 4OHYA 1C3HA 3DXUA 5D8AA 1BASA 1W6NA 2JG9A 1W6PB 4D6SA 2YC2A 2EA7A 4NIAA 4AVBA 1PUUB 2XVKA 1ST8A 3ILFA 3F95A 1TIEA 4OEEA 2EAKA 5FJHA 1V6UA 4JZRA 4AI8A 4XJAA 3UD7A 5LWBA 4ZONA 4XDOA 5LZ6A 1H0BA 4AHYA 2Y6HA 5FO7B 2GN3A 2QQOA 2UWCA 3ZIXA 3MBWA 4QMAA 3CRGA 3IAGC 2JDHA 2OS2A 3DKQA 1ZZCA 2WAOA 3LCPA 2GSYA 4D94A 5JLVA 1ZRFA 5D1IA 3KQ4B 2D7RA 5EJ3A 3OTFA 2FDIA 2Q4SA 1EYBA 5T52A 3O1RA 2Y64A 1PMJX 3PJYA 4I4OA 2YC0A 4PJYA 4WZFA 1O3SA 4P0LA 5D62A 2YROA 1RUF3 1SZ6B 3H1WA 1J58A 3CJIB 3PURA 2QJVA 1AR92 1J3QA 3HT2A 3OCPA 4R4XA 5T54A 3GCXA 5F3EA 2D43A 3OB8A 1NX9A 2E7AA 4JP0A 1QJY2 1RYYA 1UNBA 1JYVA 3I3DA 1QQP1 1HRI3 2RR12 3LOIA 1OI6A 4FPLA 3TBDA 1IKQA 2V09A 2VR4A 1ASJ3 3C7OA 4XQ4A 2HWB1 2VMIA 2X5IB 1JUHA 1F5JA 2HWD2 1ODMA 1LGNA 5FYMA 4XXPA 3WDXA 2C6SA 1OH4A 4NOTA 1QXMA 1RUE2 3OGSA 1UOBA 2BZDA 1JHJA 4B29A 4FI9A 2OXBA 4AQ2A 5FTTC 2P3YA 5FV3A 5SV5A 4GWIA 1PGSA 1Z0HA 1FMD1 1ULEA 1WWYA 4F83A 1IRPA 3RPQA 3KF3A 1NXD1 2JDMA 1W05A 5EG6C 1NZCA 2GC3A 2ZKLA 3K3NA 3WW1A 2PELA 4CDWB 5JOZA 2F6BA 5EPAA 1AYM1 1POV1 3AYAA 3T4VA 3T30A 1QJEA 1HIXA 2WZR3 4I0AA 3I2XA 5K0UC 3TN91 1S0JA 1Z7S3 3CIHA 3ZXAC 2F17A 1FPN1 2FHRA 3OYWA 4DPNA 4K7JA 1EUTA 3LEKA 3LSEA 3EXUA 1UZ0A 3MDPA 1OKOA 2E32A 1EV11 2XUMA 4GXLA 5E16A 4F7ZA 5C8CA 3RRDA 1W9SA 4R4ZA 3WX5A 5LEJA 4COWA 2J1UA 5FPVA 4Y4YA 4OHZA 1DGLA 5EIYB 1RUI3 3BIWE 1Q8SA 1PGL1 1YQ6A 3OBTA 1ZZ8A 4QQOA 3BB6A 1S4CA 1W6PA 3BPSA 2VUDA 3JD72 2MC2A 1ND3B 2VGDA 2QE3A 1MVQA 4HZFA 4FP3A 4L2NA 2PLV3 3MPBA 1HV1A 3V79C 4OYUA 2GC1A 4IY9A 3IWZA 1EVTA 4IV1B 4Q8LA 4RR3B 5F3IA 2ARAA 4OVEA 1GWMA 2WS93 3GDBA 1LHUA 4XAEA 2GZBA 41BIA 2H6BA 3QOPA 3IKWA 4DIQA 4YM1A 3Q8CA 4PI0A 4EWAA 3J8F1 1H8VA 1M06G 4XFBA 4NMIA 1ZRIA 1DIWA 3SNMA 4USPA 4XHBA 2NP0A 2VZRA 3LGRA 1W3FA 3W20A 1Q04A 1JN2P 2DWRA 5K4LA 8I1BA 5ABJC 2ZX4A 2RDSA 5C3SA 4RGAA 4BXFA 5LA1A 4KEJA 3VZKA 3CJIA 2YYOA 1C57A 2JB4A 1NLQA 2NMNA 4Y1VA 5A3PA 1GNHA 2FGFA 3MZHA 3FJ8A 1UQXA 2RS12 4XEZA 3S8JA 1UAIA 4ZFUB 2JB8A 1UYYA 2XXZA 4LBKA 4BQ4A 2P17A 3EHKA 2KM2A 4FT8A 3AZWA 3HMYA 1CAWB 1W6OA 1BLAA 2ZBJA 1ZM1A 2KH2A 2X5IA 1LKNA 2LRPA 3K3OA 5FKCA 3CA5A 5FO9B 1F15A 4QPGB 5JR7B 5JPNB 1HQWA 2OVUA 1U12A 5FCCA 1IPSA 1URXA 3OGRA 2GP3A 1LECA 2Y6KA 4LULA 4AGVA 3MLKA 2QQKA 1OQLB 3SNVA 1IG3A 1NOVA 2G9FA 5DG1A 4EWEA 5BXRA 2VTXA 3VKFC 3ZLIA 2ARXA 1HW5A 2QTWB 1ISXA 3O49A 3I29B 2GDFA 2R16A 4YVWC 4I1BA 5F5AA 4KI5M 5GLVA 5EFUA 4N90A 4X6RB 3ZN5A 1TP0A 3OGFA 4P02B 4RS5A 5A3WA 5T55A 4CDWA 2RG4A 4YARA 4BCUA 1D2SA 4HJJA 4LO2A 1PHMA 2JDAA 2XJRA 3GALA 4X8PA 3THPA 4ES9A 3T8SA 1YQCA 3J4UH 2Y33A 1B35C 2EXIA 1SLTA 4PIYA 4Y4RA 5FYBA 1SR4A 1HX6A 4MHUA 5BNOC 1E5RA 4RD7A 4E27A 3TEYA 3WLUA 2JDNA 4Q4Y3 1D4M1 4GIQA 4Y22B 1V6JA 1PK6B 5FMOS 5C9AB 3JBG3 1H1IA 2VLCA 5FOBB 1QDOA 3SC7X 3O0WA 4FOYA 2HWD1 4D69A 4MGQA 1CIYA 3VKMA 2XJPA 2JG8C 4C91A 1DDLA 1R093 3LF7A 1RVF3 2VTFA 1AL0G 1MQTB 4R9CA 5A6ZA 3VD9A 4L4HA 1A8DA 4MGTA 1W9YA 1S0DA 4KGQA 4BU2A 2ZABA 3GZUC 4Q1RA 3VD7A 1LU2A 1TNFA 3WV6A 4XW3A 1N1YA 2X10A 3H1MA 3IDAA 1H9PA 2BNNA 4XIOA 1QXRA 5KR7A 2W08A 4KBBA 5EWSA 3N35A 4DUXA 4G6MA 2JENA 3ABZA 2ZGNA 1UXZA 4JDNA 5L9BA 4Q9GA 4IEOA 4SLIA 1VCLA 4UW6A 2WNVC 3HBZA 2OPKA 4IGQA 1O8SA 4BDVB 3NV1A 4FVVA 4PDWC 1R083 3I2GA 5APAA 1RB8G 5CVRA 1AUYA 1WGPA 2GMPA 3POWA 1OLRA 3ZXLA 5J09A 4XUNA 4JKXB 1JS9A 4J1WA 1WCDJ 3ORJA 1FOD3 1RUD2 4YW4A 1FNZA 2QZ3A 4ZFYB 4AGGA 3SKVA 2RDRA 1MZ6A 5DDJ2 2NYYA 3ZIWA 3KT4A 3ZYRA 2Z42A 1DU3D 2VOVA 3FBYA 5DN2A 1JLXA 2XBO3 4B1MA 3H7JA 4YNIA 4DY3A 1UX7A 3POGA 4Y1UA 3ZYIB 4F3JA 2R1DA 2GH8A 4I3NA 5A3UA 2VW0A 4IEQA 4PLNA 1ZBA1 1FX5A 5KC5A 1OA3A 4DS0A 4AVAA 5C8WA 2UU8A 1GU3A 4QPGA 1HCEA 3MYXA 3P6JA 4LQRA 2EF6A 1RIRA 1XC6A 2VXJA 2ZOEB 4OI1A 1CZTA 2J7MA 4ASLA 3RZMA 3RNSA 4MZFB 1TNRA 2SLIA 3PMSA 5L19A 3MIGA 3ZFEC 1XJAA 2WWJA 3AL5A 1MEC3 2AACA 5E8AA 2CGPA 2BVVA 5EYXA 1G9DA 1RZOB 4AI0A 5M0TA 1K45A 2BERA 2W39A 5C71A 3SH4A 1ULPA 2XPJA 2JE8A 4DXSA 3O1MA 4Y24A 3KVAA 1RHI2 4E8DA 4IESA 3CQAA 2PHUA 4DOUA 4S2FA 1VBA3 2W1UA 3I2FA 4XURA 5LRSA 4YVSC 2G9ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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