3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin
molecule keywords LYSENIN
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Eisenia fetida
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
2AAIB 2D23A 3FJ9A 5JMCA 1ISZA 3FJBA 3IIRA 4KEIA 3BADA 1I1EA 1RG8A 2FGFA 2Y9WC 1CE7B 4J2SA 1G9AA 3CA0A 3IM5A 4QC4A 3V0BA 1PC8B 1HWOB 1HWNB 1TWEA 1FWVA 2D1ZA 3HALA 4AN7B 2KH2A 4LO8B 3UDAA 5E24E 3Q7YA 1G9DA 3WMVA 1AVWB 1XG6A 4QD2B 5DZUA 3WINA 3FJJA 2Z48A 2ZQOA 2X2SA 1V6WA 2VU9A 3RSJA 4YOLA 3BAUA 3AH2A 1Q03A 3PHZA 1S0EA 3O4CA 4FGFA 1S0BA 3B9UA 1ISXA 3N0KA 1SZ6B 4IY9A 3RTJB 3E8LC 1JTCA 1DZDA 4G6JA 4GAIA 4HR6C 2DS0A 5DSSB 4DCKC 3CA3A 8I1BA 2BFHA 1JLYA 1S0FA 3N7JA 3NBCA 1YF8B 1WD4A 2UUSA 1DZCA 1JT3A 3O5WB 5F8YA 1G9CA 3PMEA 5FZZA 4LO2C 4EEEB 5D61A 3BRDA 4EFRA 3O4BA 4LO1A 2VSAA 1JT7A 4D8HA 1AF9A 3I29B 3O44A 1JT5A 4I4PA 3I2XA 5FZUA 3QYDA 2KKIA 2FDBM 1FMMS 2F2FC 4Z8SB 1JY0A 1T9FA 3A22A 2D24A 3OJMA 4I96A 2WBCA 3IM7A 4JQ0A 4XFTA 3FUOA 3AH4A 2RG9B 3CA1A 4X38A 3CAHA 4A7ZA 5BXRA 4ENDA 2I1BA 2NVHA 1TP0A 1DFCA 3NJ5A 4ZGRB 3CA4A 4QD2C 3V0AB 1OQLB 1D0HA 4IQPA 4QO3A 4I7IA 4J23B 3ZXDA 2BEBA 2ZR1B 1DIWA 3F1RA 1XZZA 1BLDA 41BIA 4QKSA 4QBCA 4WBCA 5D62A 2P23A 4JP0A 3BTAA 3AKHA 4X3AA 1K5UA 1Z4SA 1BFGA 2KI4A 1WD3A 2Y9FA 1NUNA 2GZBA 1G9BA 3BRFA 4IYBA 1FV3A 2D44A 2DRZA 3AJ5A 1L2HA 1TWMA 1S0DA 4P0JA 3VT2A 3FJKA 3P6JA 5I1BA 4I4SA 4CJMA 5BQUA 4GOVA 4D0ZA 21BIA 2NZ9A 1TIEA 2Y9GA 3AKIA 3AH1A 4P0KA 4I1BA 1XHBA 1ONKB 4I4VA 3H6SE 3LLPA 1PWAA 4I1EA 3Q7WA 1T4QA 2WRYA 3QR5A 1MC9A 3IAGC 3FJ8A 5HPZA 2FFUA 1E0OA 3AZVA 1RMLA 2E4MA 3PG0A 3LTQA 4Q9GA 4ZBVB 2J3PA 4OEGA 2AXMA 3A23A 4EKXB 1ABRB 4KC3A 3BB2A 1EV2A 3JUTA 9ILBA 3H6RA 4LO7B 2X2TA 3N7MA 2DREA 4J2XA 1FN0A 4QALA 3BAOA 2R9KB 4EFQA 1ITBA 1PUUB 3WO2A 1R8NA 1UPSA 3H6QA 1RZOB 2Q3NB 2QN4A 1JLXA 1BLAA 3FJDA 4Q91A 1AVUA 3BRGC 1SR4C 1JT4A 5BP5C 3UD9A 1PUMB 3O3QA 4I4RA 3RTIB 1HCDA 1PZZA 4ZFWB 3AKFA 2LIQA 4X39A 2XOAA 3VSFA 1BFFA 3OGFA 2FO1A 2M49A 3UD7A 3VWCA 4XFUA 1FWUA 1EPWA 4P6AA 4I8MA 3AJ6A 4F34A 2ZQNA 6I1BA 5EG6C 1BFBA 4I4YA 4Z9WB 4ZFYB 3VSZA 1ISYA 2KLLA 3FJHA 5F8WA 2MIBA 3AZWA 4OWKA 1BFCA 1AVAC 3ZXGA 1IRPA 1DQGA 2F8XC 4ZFUB 4LO7C 4USOA 3WO3A 3F62B 1Q04A 4OUJA 1QQLA 1KNMA 3NBNA 3BAVA 1K5VA 4I4QA 4ZLBB 3VEQA 3V79C 4QBVA 4JKQA 1SR4A 1CVSA 1FQ9A 3CU1B 4IY8A 3WO4A 1RY7A 1YYNA 5EC5A 4I4OA 4ISQA 2K8RA 4G1RA 4OWJA 1HCEA 3CA5A 3RMXA 5BOWA 2ERMA 2ET2A 3W9TA 4GAFA 3UJ4A 1MD6A 4P0LA 1FMZA 4XKIA 3WMUA 1F31A 3O4AA 5BXPA 4G6MA 3PUBA 1AVXB 5G00A 1Z0HA 4ZOTA 4LO2A 4LO3C 4R6UB 4EFPA 3POKA 3D7WB 3I2AA 5F90A 3FUQA 4PC4A 2F2FA 3EF2A 1DLLA 2KI6B 3BA5A 4X37A 3FGMA 4GOYA 1WBAA 3Q7XA 4I2SA 4IZXA 1IRAX 31BIA 3OBRA 3A07A 1BARA 1BASA 4FVVA 1TFMB 5GAQA 2L5XA 3ILAA 2Z49A 4J2YA 4F83A 2Q9XA 3WINC 3ZC9A 1VCLA 3UD8A 3MALA 4G9NA 4LO0C 4L4IA 5FNWA 1ILR1 2Y9XE 1YTOA 1DQOA 1G82A 3FJEA 2HWMA 1S0LA 2LIEA 2IWTB 5BXSA 2HW9A 3OJ2A 3ZX7A 5F8SA 1DJSB 3BAGA 5JLVA 4LO3A 3UJ0A 3VUOA 4A7YA 2GO2A 5D63A 4AN6A 1M2TB 2ESUA 1FV2A 4IONA 1IILA 3BAQA 4LO1C 1N4KA 1J0SA 1R8OA 4H9WA 2MC2A 3OJVA 3OGGA 2QYIB 3HOMA 4IHZA 1HIBA 3FJFA 3S8JA 3T8SA 1HWPB 1HKNA 7I1BA 3HN1A 2RSTA 2NYYA 4II0A 5EHAA 3HMYA 3V0AA 1TTUA 1ISVA 1Z2VA 5BVPI 4LO0A 2P39A 2HZ9A 3RMYA 4A7KA 1DFQA 3CRGA 1AFCA 4HA2A 3FFZA 3BAHA 2VXTI 4I0YA 2AFGA 2D7IA 3H6RB 3O4OA 3JRRA 1W3GA 3V0BB 1HWMB 1EVTA 1IJTA 3AKGA 4KBBA 4XFSA 4ISRA 3IM6A 1IHKA 4HJJA 4I37A 1AXMA 1FGAA 3CRHA 4D0TA 2D43A 3O49A 3N7KA 4I4UA 1I1BA 4USPA 3MPPG 3NBDA 3O4DA 2NP0A 1V6UA 2K4AB 1QQKA 3ZC8A 5BP5A 4KEKA 4I3NA 2FFVA 2IHOA 3C9ZA 3P6IA 3WA1A 4TLPA 3BA4A 4G9MA 5BQUC 3CQAA 3HSMA 2HWAA 1YBIA 2YUGA 1W3FA 5DVHA 5B2HA 1Q1UA 1XYFA 4OW4A 1ISWA 2VSEA 4ZA3B 1GGPB 3VT1A 5FNXA 1A8DA 1II4A 4Q9PA 4JRAA 3BX1C 2DRYA 1S0CA 2RQ9A 2NM1A 1NZKA 4L4HA 2E4MC 2K43A 1BA7A 2VLCA 3FJAA 4OEFA 4JPZA 4OWLA 1WBCA 4QKRA 3R4UA 5DUYA 4DEPA 1S0GA 3FJCA 3TC2A 3S8KA 3FJIA 3CRIA 3NBEA 2AQZA 3HBWA 4KEJA 1EYLA 2VUAA 2D22A 4DENA 2D20A 4OEEA 2D7RA 4JKXB 2NTDA 3SNVA 4GP0A 4JAWA 4GP3A 4I6IA 4ZKTB 5FZYA 1W3AA 1V6VA 2BEAA 2VXRA 1V6XA 3BA7A 3N7LA 1IOBA 1M16A 3K1XA 5BXTA 1P63A 4H04A 2MLLB 4I4XA 3VT0A 3R4SA 3CA6A 1IT0A 1JQZA 1TOOA 3OBTA 3KMVA 3A21A 4J2KA 4EB2B 1YXWA 3P53A 1QXMA 4IZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KV6A 1X33A 4JHZA 2AAIB 1WGPA 2D23A 3RYPA 3C8XA 3QH7A 1PX4A 3DUIA 3GDBA 4ES9A 4CXYA 3IIRA 3BADA 2R071 3NJXA 4KEIA 1RG8A 3OD0A 1PK6B 4XPVA 2Y9WC 1E57A 3MV11 3VBHA 3L9JT 5D21A 2WKKA 3AK0A 3KLSA 4FQZA 3GCXA 2XR4A 4Q4W3 5BUVA 1G9AA 1CZTA 3WUCA 1LULA 4QC4A 5A6ZA 2OPWA 3A0NA 4HBNA 3SEEA 2ORXA 5FYIA 5A6YA 2E7AA 1BEV2 4J6GA 2ZGNA 2KH2A 1RUE1 2E9QA 2WABA 1CZSA 1DLCA 1FOD2 1SBDA 4M0NA 4BM8A 3WD5A 1IKPA 5F6LB 4COUA 4JX0A 2DBIA 4JKLA 1G9DA 3VKFC 4M4RA 2E51A 1WMFA 4HPKA 1F5FA 2R30A 1XNDA 4YYOA 1RUC2 3VBOA 2XBO3 4FT8A 5FZ3A 3ROUA 2IC1A 4PCRA 4UI9L 1O91A 2WN3A 3AH2A 3O4CA 3LWCA 4A3XA 4XZPA 4FGFA 4WVZA 1NXD1 2P3IA 3K51A 3OGJA 1JN2P 4QX0A 4XABA 4KG8A 1VMJA 2A6XA 2VPVA 2ZBJA 1APNA 2AACA 1HV1A 3HNYM 3LSEA 3MYXA 1J3PA 2TUNA 3EO6A 3POFA 1JTCA 3MIGA 4M00A 4Q4W2 2DS0A 2W95A 5I91A 2E7QA 4GWJA 4MZGB 3ZFGC 4DCKC 1PVC3 2W9XA 1Q8QA 5EJ1B 1EAH1 3W58A 1BQPA 1REFA 3H50A 5CKMA 5FZFA 1TVGA 3NBCA 1NY71 2VQTA 5C3QA 2HLEA 5IVBA 1LGNA 5JVVA 1WD4A 3ON7A 4MH0E 4X6QB 1UWWA 2UYBA 1ZBE3 3O5WB 5F8YA 5EYYA 1ZRCA 4JDOA 1TEIA 3HWJA 2XJUA 4KWLA 3WP6A 4DOUA 3ZN5A 1IGOA 4XBQA 3GXUA 4EEEB 3BRDA 3OY8A 1E5SA 1JT7A 1AF9A 2RDQA 2WFF3 4UXAA 3I29B 1HQLA 5FZKA 3E5UA 2XBO2 3VGIA 4RR3A 2KKIA 3TEYA 1JY0A 3ZSKA 4AK3A 3OJMA 3VBSA 3NJVA 1C8M3 1F5JA 3JXSA 5IVJA 1KQRA 2BP6A 2W1QA 3VZNA 3CA1A 4XTMA 3UESA 3VBFC 3B01A 1WCUA 2FMDA 1SLBA 3CAHA 3IDEA 3NNLA 3VZMA 3WP3A 1TP0A 3T4VA 2HH9A 3E6BA 2Q8OA 3SXWA 3NJ5A 5JWPA 1UZVA 3PVNA 1LHUA 2Y6GA 3LDRA 1LOGA 1ZX5A 2WLPA 3KF5A 3KV4A 2WNUC 5K8SA 4G4FA 3D8CA 3WP5A 1MS0A 5JPNB 2VTXA 5A33A 4Z82A 1ZBE2 1BLDA 3ILRA 4CPBD 4PBOA 4WBCA 2VQ0A 5CNAA 4JP0A 1RUH1 4ZZ8A 2WFF2 1DYKA 3BODA 1Z4SA 4QGMA 1QMJA 3T09A 2QZ3A 1PVXA 3WG4A 3K4AA 4LOSA 2KI4A 2YBSA 3M4FA 1WD3A 4K8FA 4H7MA 4WV8A 4AHYA 1OXCA 1C8M2 2Y9FA 2IXCA 4OMDA 3UGFA 4D69A 5A3NA 1G9BA 1UO9A 2XJRA 1LOAA 4CCEA 4CUGA 4ES8A 1CIWA 1XYNA 1YWKA 4KMQA 3WEZA 3WQ0A 1L2HA 4EV0A 4LO8B 3GJAA 1NCRB 3WF0A 3OPZA 2ENRA 4Q4Y1 1FYUA 3SITA 3VT2A 1OQDA 5IAXA 2DCJA 5A3OA 1CVNA 4I4SA 1AR61 2Q1ZB 2VOWA 1E5IA 5F3IA 1LECA 4K8RB 5FPBA 2VW2A 5A32A 4L99A 3BTZA 21BIA 4FPKA 2ZGTA 1A6CA 4MGIE 1TIEA 3M3EA 1ND3C 4XEZA 4A45A 4AOCA 1V6NA 5JI9A 1FX5A 3KD4A 4QB1A 5K0UA 3FJSA 3GJBA 3E97A 2XONA 5FZ8A 3J7MA 3ZFFA 1RJ8A 2A3WA 4YGDA 3SHRA 3Q7WA 4AN7B 2V4VA 2WRYA 3QR5A 2GMEA 4JKMA 3Q8CA 1UOBA 1T6GC 2JEMA 4GWIA 5BNNB 5JZGA 3N9QA 2GNTA 4FCAA 3FJ8A 4GJYA 3VB9A 1OPOA 2FFUA 4XFTA 5HPZA 3ZYPA 4ZU7A 1RMLA 3M3OA 4XACA 4YPJA 2J22A 1AX0A 4LE4A 4BQXA 2AXMA 5HBAA 3BIWE 4XUPA 1MEC3 4FP3A 1Y43B 9ILBA 2XB6C 1OA2A 3I2IA 4UFJA 5GZDA 2HWF1 1VBB1 1ZZ7A 3GHMA 1K42A 2ZEWA 5I0SA 1DQ0A 3AVSA 5H9PA 4P9XA 2PAEA 2WINB 2CDOA 4MSVA 2JDHA 1OHFA 5FLJA 4Y24A 4OHWA 4FPYA 4V2WA 1FN0A 2DRZA 4E8CA 4QALA 2R9KB 1ITBA 3AKQA 5FXVA 1UPSA 3AMNA 3WNPA 1MS1A 1R8NA 4PIZA 4H75A 1E5HA 2Q3NB 2VUJA 4JKKA 2WWUA 1LHOA 3ELNA 1NAEA 1OLQA 3PU8A 5FYUA 3B5LB 2BVVA 1N1SA 4LIVA 2F17A 4YM2A 5JSOA 3AZYA 2XPJA 4FQ4A 3WG1A 4YM1A 4B3NA 5C33A 2GN7A 3KWVA 1ULDA 4H7LA 5LASA 4IDZA 3NNGA 3T2TA 2W87A 3IIIA 2VQAA 3OUIA 4C90A 1W99A 4H55A 4AVBA 3S0MA 5F3EA 3AKFA 3LDKA 3MLLA 1BFFA 3WDVA 4QXHA 1C4RA 2XMLA 3RPQA 3U1XA 1MEC2 2R1DA 4FFGA 4BZ4A 4QPIB 1NOVA 2MEV3 2FDKA 1BKZA 5AVAA 5L7OB 4FOVA 1AYN1 4ZPIA 1C1LA 2PMWB 5J98B 1VBE3 1OUXA 1OVSA 3K4DA 4HKOA 1UPIA 4YVWA 4I4YA 1ZZCA 3MIBA 3SEPA 2OQ6A 4Z9WB 4ZFYB 3SKVA 5ABJC 3FJHA 1HW5A 3ASIA 4K9SA 3PUHA 3AZWA 4YW2A 1QJX3 2XLFA 3HEIA 1AXKA 2F4PA 5FPZA 3BYWA 2X5IB 2VR4A 4QXKA 2B7YA 3O7OA 3OPWA 1B35C 2F8XC 4WM8C 2J1SA 2HWB1 4A3ZA 1JU4A 1YO8A 1Q04A 5FZAA 2PLV1 2ZEYA 2FD8A 1RINA 3VKLA 2DWRA 3B7MA 1GZWB 1LOBA 1UAIA 1Y9QA 2XKPA 4GB31 1QJEA 4QDQA 5CKQA 2PXJA 5FMCA 1KNMA 4XF3A 3KCXA 4LKSA 5DMYA 2GC0A 1NYWA 4FXGB 5FZ9A 1OFNA 2DFBA 3VEQA 4ZLBB 2NMNA 3JB4C 4Y20A 4JKQA 2R073 4LO4B 1XE7A 2HWC2 1S4CA 2MEV2 1RVF3 2J7MA 2R49A 2WBKA 3WNLA 3PUIA 2VCBA 1MZEA 1XYOA 1KITA 3U11A 1GOFA 2ZACA 5FJHA 1VBE2 4AHXA 3GBGA 1VBD1 1K5MA 5FJKA 3WHTA 4ZY9A 3NAPB 4CYDA 5EC5A 4KU7A 4AXOA 4P9LA 1D2QA 1UMZA 4G1RA 2H6BA 1JBCA 4AZZA 3RMXA 3CA5A 2BGCA 4LBNA 1QJX2 3AKSA 3DXTA 2AEZA 3PMSA 1UU4A 4JAAA 4QPGC 3FFQA 5C5TA 3UJ4A 3Q8AA 4LA2A 1OOPC 4XQWA 5GLTA 4I0AA 1RUJ3 2YHJA 2VMIA 4NJ4A 5I0RA 4Z2WA 3VD5A 1JOJA 3O4AA 4BPZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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