3ZXGA

Lysenin sphingomyelin complex
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AAEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSENIN
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
total genus 60
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxgA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxgA02
1JY0A 4X39A 4ZA3B 3P6IA 6I1BA 3CA5A 1L2HA 3FJAA 3MALA 1SZ6B 2K8RA 3RTJB 4I4UA 4II0A 3FJIA 1AVAC 3N0KA 2UUSA 4JPZA 1II4A 1HWPB 1YYNA 2IWTB 3BRDA 1ONKB 2QYIB 3V0BA 4I37A 1JT5A 2F8XC 3N7MA 2Q9XA 4JQ0A 3BAQA 4H04A 1TFMB 3BAOA 1PC8B 3OGFA 1IJTA 4ZGRB 4OWJA 3ZXGA 1RG8A 2HZ9A 3WA1A 3BAVA 1FGAA 3A21A 4XKIA 5FNXA 1F31A 3R4SA 4OEEA 2HW9A 3BAHA 5F8YA 3FUQA 2MLLB 2X2TA 2KI6B 4QBVA 3AJ5A 3BADA 4G1RA 1I1BA 2HWMA 4EEEB 2VU9A 3VT2A 4ZBVB 3H6RA 1Z4SA 3O49A 3W9TA 2NYYA 2FDBM 3VT0A 2M49A 1JTCA 4DCKC 1W3AA 4AN6A 3N7JA 1DFQA 2VUAA 3PHZA 4G6JA 4X37A 3CRHA 2BFHA 1TP0A 3RTIB 2FGFA 3FFZA 2D43A 2F2FA 5E24E 4KEIA 3O5WB 3ZX7A 1S0CA 3I29B 1DZCA 4OUJA 4I1BA 4YOLA 3JUTA 4J2XA 1RY7A 2X2SA 3P53A 4X3AA 3IM7A 4LO7C 4KC3A 2DRZA 4LO2C 3BA7A 4ENDA 3FJKA 2AQZA 1ABRB 3BAUA 1TWEA 3CU1B 3CA1A 4R6UB 2E4MA 1R8OA 1ITBA 4HR6C 3ZC8A 3AZWA 3PUBA 1W3FA 2FFVA 3A22A 1D0HA 2D24A 1W3GA 2F2FC 3VSZA 4D0ZA 2P39A 1HWNB 1ILR1 1GGPB 1FV3A 1TIEA 2P23A 3AJ6A 4J2YA 4DEPA 4I4YA 1SR4A 4D8HA 3IIRA 3HALA 2L5XA 1CVSA 2D20A 3NBCA 1HCEA 3CA0A 1YBIA 4I3NA 3BTAA 2D7IA 2NTDA 2VSEA 4I4VA 1AVUA 3FGMA 4XFTA 1AVWB 1AVXB 1M16A 1S0FA 3VEQA 3FJDA 1AFCA 2GO2A 3N7LA 3UD9A 4H9WA 3E8LC 3NBDA 4ISRA 41BIA 1FMMS 1HKNA 2KLLA 2HWAA 1A8DA 4OEGA 1HWOB 4EKXB 5EC5A 1FMZA 2XOAA 4Q9PA 2LIEA 4QD2B 4USPA 4IONA 4OWKA 3WO3A 4GP0A 2GZBA 4LO0A 5B2HA 4ZOTA 2Z48A 4FVVA 4JRAA 1KNMA 4ZFUB 4J2SA 2Y9WC 3VT1A 2ET2A 1DLLA 1NZKA 4XFUA 4WBCA 1BLDA 3O4AA 4QO3A 5JMCA 4IQPA 3BA4A 1K5VA 4F34A 3S8JA 4I4QA 1EVTA 3Q7XA 1M2TB 4A7ZA 3UJ4A 2DRYA 1Q03A 4LO0C 1S0GA 3UDAA 3PG0A 3FJHA 3UD8A 2QN4A 1PWAA 5DVHA 1EYLA 4QKRA 1FV2A 3UD7A 4I4XA 4Q9GA 4Q91A 1DQGA 2AAIB 4AN7B 2RSTA 3OBRA 1ISZA 1PUMB 1ISWA 4PC4A 3F1RA 3FJ8A 1DIWA 4I1EA 1BFGA 1BA7A 1HCDA 1Z2VA 2RG9B 1R8NA 3F62B 5BOWA 4IZEA 1RZOB 2WBCA 3I2XA 3FJFA 4LO2A 5F90A 2NP0A 1T4QA 2Y9FA 2FO1A 1JT4A 3EF2A 3NBNA 3O4OA 1FQ9A 2KKIA 5FZZA 5EHAA 3AZVA 8I1BA 4I2SA 1TTUA 3IM5A 3BB2A 5D63A 1YXWA 1TWMA 3SNVA 2KI4A 3V0BB 3ZXDA 1DQOA 2ZR1B 3CQAA 1BASA 21BIA 4USOA 2FFUA 4I4SA 3FJCA 3FJEA 2D22A 1YTOA 4QKSA 1S0LA 2K4AB 3O4BA 3BX1C 4I7IA 4LO1C 3H6QA 5HPZA 3FUOA 1J0SA 1VCLA 3HN1A 3FJBA 1N4KA 4F83A 3LTQA 5GAQA 1IRAX 3V0AA 4EFRA 2ZQNA 4IZXA 4ZLBB 5F8WA 1QXMA 2WRYA 3H6RB 4LO7B 1IHKA 5D61A 3BAGA 3O4DA 4ZKTB 1WBCA 1IT0A 5BP5A 1ISYA 1BFFA 3JRRA 3A07A 1JLYA 1G9CA 3RMXA 3B9UA 7I1BA 2ERMA 4L4IA 4QC4A 2Y9XE 3QR5A 1JQZA 3AKHA 1QQKA 3MPPG 4IY9A 1K5UA 3PMEA 4P0LA 1CE7B 4TLPA 4G6MA 4LO8B 5FZUA 2R9KB 3T8SA 1QQLA 2NVHA 3BRFA 3OJMA 1FN0A 1S0EA 3KMVA 1ISXA 2BEAA 5BP5C 1FWUA 2YUGA 4KBBA 2K43A 3O44A 2DREA 3C9ZA 2RQ9A 1G9AA 4ZFYB 5F8SA 3V0AB 5BQUA 1MC9A 1HIBA 4G9NA 1BARA 2LIQA 2VXRA 4J23B 4EB2B 4DENA 4I4PA 1T9FA 3RMYA 4L4HA 1WD3A 1YF8B 1DFCA 5BXRA 4A7KA 1DZDA 5EG6C 5BVPI 3QYDA 3CRGA 2MC2A 1IRPA 3AH2A 4X38A 3HMYA 3Q7YA 5BQUC 3WINC 5I1BA 4JKXB 3IAGC 4GAIA 1HWMB 3WO2A 5JLVA 9ILBA 1XG6A 3R4UA 3CRIA 4IY8A 1AXMA 4HJJA 4LO3A 2D23A 1XZZA 3POKA 1E0OA 3S8KA 4I96A 3IM6A 5DSSB 4FGFA 3FJ9A 3A23A 2D7RA 3WMVA 3WMUA 2NM1A 1FWVA 1XYFA 4LO1A 3AH1A 2Z49A 3VWCA 2D1ZA 4GOVA 4P0KA 4Z9WB 4JAWA 1JLXA 3D7WB 2MIBA 3RSJA 5D62A 1TOOA 1G9BA 2D44A 1AF9A 4ISQA 4LO3C 1I1EA 4J2KA 1JT3A 3VUOA 4GAFA 4IHZA 2AXMA 2VXTI 3NBEA 1EV2A 4QBCA 2IHOA 1PUUB 1V6UA 3AKFA 3P6JA 3CA3A 4EFQA 4I0YA 1JT7A 1RMLA 1G82A 4I6IA 4OW4A 3LLPA 1ISVA 1WD4A 5BXPA 2VSAA 3NJ5A 5FZYA 1P63A 4KEKA 1WBAA 4P6AA 4JKQA 1BFBA 4JP0A 2Q3NB 4QALA 4EFPA 3TC2A 3OGGA 1EPWA 3O4CA 2I1BA 3H6SE 1PZZA 2BEBA 4I4RA 3UJ0A 1UPSA 5DZUA 3BRGC 3V79C 4Z8SB 5BXSA 1S0BA 3CAHA 4OWLA 3CA6A 1Q1UA 3CA4A 3HOMA 1IOBA 3O3QA 4GOYA 3AH4A 3WO4A 1IILA 3FJJA 4P0JA 2ESUA 3HBWA 4G9MA 3ILAA 3AKIA 4HA2A 3ZC9A 2NZ9A 3OBTA 3VSFA 4CJMA 4I4OA 3AKGA 1V6VA 4XFSA 4D0TA 3OJ2A 4A7YA 4IYBA 2E4MC 4GP3A 2DS0A 5DUYA 4QD2C 31BIA 3BA5A 3HSMA 3N7KA 4ZFWB 5BXTA 4OEFA 1MD6A 1DJSB 1BFCA 1S0DA 1V6WA 4I8MA 3WINA 3Q7WA 1XHBA 2Y9GA 2AFGA 2ZQOA 2J3PA 1SR4C 3I2AA 1NUNA 1Q04A 5FNWA 2VLCA 1V6XA 3OJVA 1Z0HA 4KEJA 1OQLB 5G00A 1BLAA 1G9DA 3K1XA 2KH2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MVTA 4ZA3B 1K42A 1H1MA 4Y1ZA 3THPA 5CISA 2IWGB 3ZXKA 5T5PA 3WVJA 2PLV2 3JD73 4HL0A 5FQ0B 3AZYA 4MGYE 2PAKA 3FJIA 1AVAC 4I4UA 1RUJ3 2QBXA 5FOJB 4KH9A 3I8TA 5FZFA 3I54A 1UOGA 2BGPA 3Q8CA 1IGOA 1UMIA 2QZ3A 2XLAA 3LDBA 3MF9A 2IWTB 2R32A 2P34A 2QQJA 3NAPA 5GJ6A 5SV8A 3U14A 2QYIB 1AR61 1UOBA 4R9DA 3HSMA 3N7MA 1W03A 5CB7A 1VMHA 4UAPA 4KGGA 4RYDA 1ND2C 2WO1A 2ZA9A 3BAQA 4I09A 5FP8A 4C1XA 4EN7B 1TFMB 3BAOA 1PC8B 4RA0A 4R9AA 3GHNA 2HZ9A 1DHKB 1XNKA 1CAVA 3BOPA 1SDDB 4CPBA 3WA1A 4LKDA 1PO11 3BAVA 1K45A 3SCFA 4XKIA 2HYXA 2ZEYA 4IV3A 4BIFA 4MLOA 1JYCA 2XXZA 3HR9A 4L92A 5FUIA 2D5FA 3HPNA 2HWF2 5F8YA 1LENA 3BTXA 4XMAA 3HNBM 3BADA 2CHHA 2VXJA 2WBKA 1WMDA 3GALA 4PI0A 2R0HA 3UKVA 4BPZA 1I1BA 5EJ3A 3VT2A 2VAUA 4XHXA 4ZBVB 3PU3A 3AB0A 3GJAA 2GC0A 2NYYA 2FDBM 2ZMKA 1OI6A 3NNJA 4LIVA 1V6LA 4BMBA 4G3YC 1PMIA 4CEWA 2AACA 2HWB1 2RS12 5E16A 2H0VA 3RZLA 3LSEA 4G6JA 5FZEA 5FR3A 2JB8A 2JKXA 2VM9A 4JZRA 5H9PA 3WNMA 4S2HA 2BQPA 4KGQA 2RM22 1QEXA 3H1YA 2AUYA 4JQRA 5CFCB 4FAGA 1S0CA 4JTOA 4IGPA 1U5XA 2D5HA 3FLRA 5FP9A 4CEYA 3JUTA 1VAKA 2ADEA 4AK3A 4E2SA 1W06A 3PDQA 3WW4A 1ULCA 5JSPA 4JGZC 4P5HA 3WG3A 4KU8A 4LO2C 4WM7A 2IFRA 2QE3A 4CDWA 4LKSA 3FJKA 3QD6A 1OBNA 3BIWE 4YM2A 1TNRA 4LBOA 3BI3A 2UYAA 1NA1C 4LBMA 1TWEA 2HKXA 3CA1A 3AL5A 3ETPA 3W9AA 5F1RA 1R8OA 4DY5A 1HXS3 2NPIA 5F5AA 3I2OA 3A22A 5L9BA 2VVFA 2GNMA 1QXJA 2JB4A 3JU9A 1HWNB 1V70A 1ILR1 1PK6C 1OC1A 2RMU3 2PHTA 3GF6A 4DEPA 3OEBA 1CX4A 2XVLA 1COV2 4QPIB 4FFGA 5L7OA 4MOAA 1MS0A 1O4YA 4OCTA 3HALA 2IC1A 4KI5M 2D93A 3CL1A 1CVSA 3J7MA 2QDNA 4D8MA 3VDDB 2AC1A 3HIFA 1YEWA 3M3OA 2XHKA 3T0BA 1Y3TA 3K3NA 5GKAC 1L3JA 3MF6A 2EAKA 1AVWB 5IUQA 2DYCA 1BBT2 4GJZA 2HEVF 4U2AA 3T30A 3VEQA 3IPVB 2CGPA 3FJDA 3BOWA 1JZ7A 2MEV2 5JUVA 2ORXA 3E8LC 4ZY9A 1BJQA 2P1BA 3RYRA 41BIA 1FMMS 2KLLA 1OLQA 3FMGA 3LCPA 2BZDA 2ZS6B 4E4SA 1OQ1A 4MG2A 3UESA 1HWOB 1W2UA 2FHRA 1GANA 2L5XA 1I9RA 2OS2A 3WF0A 4P9YA 4AI0A 4N90A 1FAYA 5FZ9A 1ZBA2 1FMZA 3FHIB 4RQPB 4XXPA 5FZAA 3ZYHA 4BHPA 4QD2B 4IONA 3EO6A 1OF4A 2KA3A 3BODA 3OTFA 4XFAA 3WF2A 2BGCA 5C3QA 3U4XA 1REFA 5HV4A 2QNKA 3POEA 5IW0A 2Z5WA 5A3OA 5I93A 3I2HA 4LO0A 2QQUA 2Z48A 4N9IA 1KNMA 2XBO2 2VVEA 3ROUA 4YYOA 4J2SA 1J1LA 1QWRA 3S7EA 2JG8A 1DLLA 4UFHA 3HNYM 3IMNA 3HQXA 4Q4X2 3ZFFB 3LB9A 4WVMB 5LA2A 1CAUB 4Q4W2 1JH5A 3ZFGA 1O5UA 3DEMA 3VBOA 1D0GA 3LFMA 3O0XA 3OYWB 1L7LA 3JB8A 5DDJ1 3LA2A 1LEDA 4RGAA 3LPFA 4YZ1A 1CONA 1NCRA 3AYEA 3PVBB 1LOFA 1W2TA 2WSVA 5F6KA 1VE0A 4KWLA 3DN7A 4PBOA 1FOD3 3KD4A 4CP0A 1WW7A 2BPA2 3WNPA 3UETA 3ZDSA 2E31A 2XKOA 1W0OA 4JGYC 3ZVXA 1S0GA 3B5LB 3UDAA 1RGSA 4EN8B 5FK8A 4L99A 1POV0 1R091 3N35A 4FFFA 3WW2A 2QN4A 3LGRA 4B7EA 1PWAA 3D0SA 5LBBA 4Q4V2 4XBQA 1H4HA 4YGDA 3O1RA 4I4XA 4Q9GA 4FP2A 1Q5OA 4AVTA 4Y5TA 2VQTA 2QQWA 1F8VA 2HWE2 5FPZA 1DQGA 1V9U2 5F37A 1HRI2 3FN9A 2FDHA 5K0UA 4PC4A 3PUIA 2FMYA 2MEV3 3GZTB 3F1RA 2DUOA 1VRH3 4QKDA 1JYXA 1RUJ1 2A1XA 3HJRA 3FZ3A 1BFGA 1GBGA 5CKMA 2R0FA 4AHXA 2X8KA 4G4FA 3I3MA 1CIWA 1BA7A 1Z2VA 2DFCA 4IZEA 1RZOB 3C7EA 3BIEA 5FJHA 4HSJA 2QQOA 1HQNA 2XR4A 4FTSA 3GZAA 3NBNA 1O91A 3HVDA 1OOPA 1YFUA 2VZ1A 2YGLA 4U36A 3ZDVA 2YUEA 3OG2A 4K1ZA 5JXJA 3O4OA 5A80A 2JENA 1W8TA 2PELA 3MLLA 4Q0PA 3AZVA 4XUPA 4CCEA 3H1WA 4TTGA 3ZYBA 1GV9A 3CZUA 3IM5A 4FTEA 4KL1A 5F3EA 5JMOA 5LB6A 4MXWA 1ZRRA 4LE4A 4CDQA 3O0WA 3ZXDA 1RJ8A 4V2VA 5FLJA 3VBUA 5C33A 1FPN3 2FFUA 1CJDA 5HCFA 1ODNA 1LTEA 3I97A 4Q4W3 2VZSA 2WFF2 4GD4A 1N1SA 5BYNA 4D69A 4EN6B 2QTWB 1YTOA 3QBQA 1S0LA 4QQPA 3RDIA 3VBHB 5JWPA 1Q8SA 1K5MC 2VD7A 5KC5A 4E8CA 4I7IA 2ZX3A 4YG3A 3OPZA 2CAUA 4LO1C 2QQNA 5FYCA 3H8XA 2FDIA 3N9MA 3LKJA 3THDA 2CY6A 2J22A 1TZOA 1MZ5A 1NQDA 3S7IA 3FJBA 1XB9A 2VCBA 1H8TA 4JC1A 4QKBA 2ENRA 3GBGA 4P9JA 2FDJA 5L19A 1AJOA 5C4WC 4IEZA 4AGVA 1ULOA 3K77A 3IT8A 2G4IA 1UO9A 4LIUA 1ODMA 3NVCA 4LO4B 1V9U3 4JKLA 1SMVA 2DVFA 4CP9B 4S2FA 1RHI2 3POYA 2G9ZA 2ZGLA 4NJ4A 1ND3C 1EV11 1W2NA 4C91A 2E51A 3B93A 4W6XA 5JOXA 4FXKB 2BYVE 4ZONA 2GU9A 3SLIA 4DXSA 3CJIA 4YVWA 1UAIA 4XQWA 3RMXA 7I1BA 3SH4A 4L4IA 3QR5A 4BE3A 1UU6A 3MPPG 3QCWA 4YW3A 3PVOA 4IESA 4IY9A 3ZO0B 2WNOA 4QU1A 5L73A 4C1WA 4G6MA 4LO8B 1C8M1 3PTRB 5I0TA 1UYZA 1AXYA 1POQA 2EXHA 2VMGA 3BCWA 3HBKA 4FOWA 4J1WA 4BU2A 5BNPB 2R9KB 3BRFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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