3ZXGA

Lysenin sphingomyelin complex
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AAEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
molecule keywords LYSENIN
total genus 60
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxgA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxgA02
4J2YA 1HCDA 2D23A 5BXRA 41BIA 1AVWB 3NJ5A 2IWTB 4JPZA 1G9CA 4QD2C 5B2HA 1HCEA 2XOAA 1S0BA 1DIWA 2AAIB 3HBWA 4I7IA 4LO2A 4XKIA 3AZVA 1FWVA 4I4VA 3R4UA 4QKRA 3CA5A 4QC4A 2Y9FA 5D61A 1ILR1 4QBVA 3AZWA 4YOLA 1A8DA 3P6IA 5D62A 4Z9WB 3ZXDA 4Z8SB 1AF9A 1RMLA 3I29B 3FJIA 2YUGA 2P39A 4LO0C 3PG0A 3AH1A 1CVSA 1QXMA 3WO3A 5F8SA 3ZX7A 2QN4A 4JQ0A 1J0SA 3AJ5A 4H9WA 21BIA 4L4HA 1W3FA 3JUTA 1G82A 3IM6A 2KKIA 3BAVA 5BQUC 2Q3NB 2E4MC 4I6IA 4X38A 4ZOTA 1VCLA 2I1BA 1M2TB 4USPA 3V0AB 1BASA 3NBNA 1ISZA 2VLCA 4L4IA 4P6AA 2LIEA 3D7WB 4IONA 6I1BA 4QKSA 3QR5A 1EVTA 1DLLA 4I1EA 4OEGA 2ET2A 3A23A 1ABRB 1Z2VA 1SZ6B 3BRGC 4ZFWB 1NZKA 4LO7B 1BA7A 1JT4A 2KI6B 2F2FC 3WA1A 3R4SA 4LO3C 4I0YA 1Q03A 1QQKA 4HA2A 3BB2A 4ZA3B 3AKFA 3H6RB 4LO8B 4GOYA 2VSEA 3CQAA 5BXTA 3CA6A 1G9BA 1TIEA 1FWUA 1KNMA 1TFMB 4Q9GA 4F83A 1I1EA 3PMEA 1Z0HA 3NBDA 4G9MA 3N7LA 4ZLBB 5FNXA 4ZFYB 3MALA 3O49A 1IOBA 3OBTA 1JT7A 1E0OA 2K4AB 5BXSA 3O4BA 5JMCA 2IHOA 4GP3A 5DVHA 2HWMA 1ISVA 2DREA 4LO7C 3FGMA 4LO2C 3MPPG 3SNVA 3FJ8A 4OWLA 3CA1A 1BLAA 3BTAA 1T9FA 3S8KA 4A7KA 3IIRA 1P63A 4I3NA 4USOA 3WMUA 3K1XA 2WRYA 1FMMS 1XYFA 2AXMA 4D8HA 2M49A 4LO1A 1XHBA 31BIA 1AVXB 3TC2A 1V6WA 4AN6A 2Z49A 3F1RA 4I4YA 1AXMA 3FJCA 3UJ0A 4CJMA 4GAFA 4PC4A 2DRYA 2R9KB 2NTDA 4ENDA 3VWCA 1AVAC 1HIBA 5I1BA 3PUBA 4H04A 2NM1A 1R8OA 1FV3A 5DSSB 4J23B 5F8YA 3VT0A 5BXPA 1WBCA 3RSJA 1DFCA 2VXTI 3JRRA 1V6XA 4JKXB 4X37A 3CA4A 4IYBA 1BFBA 1Z4SA 2BEAA 4JAWA 4P0KA 3RTJB 4D0TA 1RG8A 5F90A 4G1RA 3O4AA 4I4SA 3OJ2A 3H6SE 2F8XC 2LIQA 3FJDA 2Y9WC 1RY7A 1HKNA 3BAOA 4G6MA 2VU9A 1AVUA 4OW4A 5BP5A 2DRZA 3HSMA 3O4DA 1FGAA 2ZQOA 2NZ9A 5DUYA 4HJJA 2FO1A 1JT5A 3EF2A 4DEPA 1DZCA 5HPZA 4OUJA 4JKQA 4OWKA 3Q7YA 3BAGA 3H6QA 1G9AA 4G9NA 1G9DA 3BA5A 4EFRA 3FUQA 2J3PA 1ISYA 2X2SA 4IQPA 3CA0A 1PC8B 1QQLA 3NBCA 1DFQA 1TWEA 5F8WA 4DCKC 3O4CA 2D20A 1DQGA 1AFCA 1ITBA 2GO2A 1M16A 1RZOB 3ZXGA 4I4PA 3W9TA 3O44A 4FGFA 3VEQA 4LO1C 1N4KA 4I4QA 1R8NA 3P6JA 3A22A 5EC5A 1FMZA 1IT0A 2D7RA 4EKXB 1PUUB 3KMVA 2VUAA 4A7ZA 3VSZA 3CRHA 1DQOA 4I96A 1S0CA 1S0GA 1UPSA 4IY9A 1SR4A 2QYIB 3CAHA 2D1ZA 3V0BA 3RMYA 3HALA 4I8MA 3BRFA 5FNWA 1Q1UA 4IZXA 2D7IA 1V6UA 1ISXA 3OGGA 3BRDA 4J2XA 1T4QA 4D0ZA 2NP0A 3ILAA 2X2TA 9ILBA 4ZGRB 5BVPI 1JT3A 2AFGA 3LLPA 4TLPA 4IHZA 2NVHA 4EEEB 4I37A 4P0LA 3HOMA 4DENA 1BFFA 1WBAA 4OEFA 1S0DA 3FUOA 3C9ZA 1FQ9A 3B9UA 4II0A 3AKGA 3I2AA 1W3AA 5BP5C 5FZUA 2P23A 4Q9PA 3BAHA 4ISRA 1BARA 4QALA 3FJEA 1S0FA 1BFCA 5EHAA 1FV2A 3N7KA 3FJJA 3WO2A 3OGFA 2MC2A 4I4RA 3AH4A 1IILA 3CA3A 3A07A 4ZKTB 1ONKB 3BAUA 4ISQA 4OWJA 1I1BA 1DJSB 3T8SA 2ERMA 4HR6C 2ESUA 4JRAA 1IRPA 3AJ6A 3A21A 1S0EA 1HWNB 1OQLB 3BADA 4I4UA 3V0AA 1MD6A 3RMXA 2ZQNA 3CU1B 2D22A 2FFUA 5EG6C 1GGPB 3HMYA 1WD4A 1XZZA 2MLLB 3WINA 1D0HA 3FFZA 5DZUA 3S8JA 4X3AA 2KI4A 5FZYA 3FJAA 1Q04A 4KC3A 2RQ9A 3UDAA 2K43A 2D44A 3FJHA 2DS0A 3O4OA 1JY0A 3OJVA 3FJFA 1TTUA 3FJBA 3H6RA 1V6VA 1NUNA 2Y9GA 1CE7B 4Q91A 1IRAX 2KH2A 3BA7A 3I2XA 1HWMB 1IJTA 1SR4C 2GZBA 3E8LC 3OBRA 2L5XA 4OEEA 4J2SA 1DZDA 1S0LA 1ISWA 4I4OA 5GAQA 1MC9A 3UD9A 4ZFUB 5E24E 7I1BA 4XFTA 1EPWA 4KEKA 3CRGA 4A7YA 1HWOB 3WO4A 3P53A 1JTCA 4F34A 1K5VA 1TP0A 3AKHA 3UD7A 3O5WB 4I1BA 1HWPB 3VSFA 1EV2A 3N7JA 2HZ9A 2NYYA 3AKIA 1XG6A 4IZEA 3OJMA 3UD8A 3BX1C 5JLVA 2Z48A 8I1BA 3UJ4A 1WD3A 2Q9XA 3CRIA 3N7MA 2BEBA 2D43A 4R6UB 3RTIB 3O3QA 1TOOA 2VSAA 3NBEA 1L2HA 2ZR1B 5G00A 1EYLA 3FJKA 3IM5A 1JLYA 4LO0A 2FDBM 4FVVA 4ZBVB 3V79C 1W3GA 3VT2A 3IAGC 3N0KA 2AQZA 4WBCA 3FJ9A 4IY8A 2D24A 2Y9XE 3LTQA 4I2SA 4J2KA 2HW9A 3POKA 5BQUA 1YXWA 2E4MA 1PZZA 4XFSA 3ZC9A 3BAQA 2HWAA 3ZC8A 4EFQA 1TWMA 3VUOA 4I4XA 3WINC 1JQZA 1YBIA 2KLLA 4EFPA 1JLXA 3HN1A 1PUMB 2K8RA 2VXRA 1F31A 2UUSA 4EB2B 2FFVA 3AH2A 1IHKA 4QD2B 1K5UA 4GP0A 4KEJA 4P0JA 3VT1A 1BLDA 1YTOA 2MIBA 5D63A 2F2FA 3Q7WA 4LO3A 3PHZA 4G6JA 2RG9B 4KBBA 4X39A 1BFGA 4GOVA 2WBCA 4JP0A 4KEIA 2RSTA 3WMVA 1YYNA 1II4A 1PWAA 3IM7A 3QYDA 4QBCA 4XFUA 4AN7B 4GAIA 5BOWA 3V0BB 2BFHA 3F62B 1FN0A 4QO3A 2FGFA 5FZZA 3Q7XA 1YF8B 3BA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IGOA 4L9BA 41BIA 1AVWB 3NJ5A 3B9IA 4PIYA 5H9SA 2JJ6A 1VAKA 2B5HA 2DBNA 2EXKA 2GALA 4CUCA 2VQ0A 3NQHA 2VOKA 1RUE3 1V9U2 3RZMA 2IFWA 4CUAA 1D4VB 4LO2A 2GMPA 1JU3A 2PXJA 2WS92 5FP9A 3AZVA 4I7IA 1UL9A 3ZR5A 2WFF1 1AXKA 5JZGB 3PVOA 3VZJA 3CA5A 5JDBA 4JV4A 4QC4A 4DZGA 3VBFC 4RR3B 2D98A 3AJZA 3RZZA 4Q8KA 1ZA4A 2VCAA 2VZVA 3I7DA 3O1TA 1MZFA 2WN2A 4KL1A 1ZA7A 2GC2A 3VBUB 1O3TA 4ZA3B 4V2VA 5C33A 4Z9WB 1WGPA 2I74A 2HEWF 4Y3OA 3RRDA 3T4HB 2XPJA 4Z8SB 4S2DA 3ZYPA 4MADA 2GMEA 1IPSA 1KJLA 3FJIA 3NVCA 3ZO0B 4I30A 5KXEA 2BGCA 2WFF2 5F5CA 5IWFA 4LO0C 3PG0A 5JOWA 3AH1A 2BTVC 1YIPA 5F8SA 1NA1B 1QWRA 3OOXA 4JKKA 4H9WA 1NAEA 2SBAA 3AL5A 3O1MA 1J1LA 4LBLA 3JQXA 3WNPA 3W5NA 2XJQA 2CGOA 2KKIA 3TN91 1RUE1 2Q3NB 3WW2A 2OIIA 2ZX3A 3INAA 1MZ6A 2UYBA 1C3HA 3KHBA 2ZGRA 4B3NA 4FBFA 1KQRA 5E88A 4I6IA 2YG0A 1GZCA 3OG2A 4O9GA 5GLWA 3A0KA 3WNXA 5GZCA 5JPMB 1BASA 3NBNA 3UL2A 2YYOA 4AGRA 1ISZA 3LWCA 3I2FA 4QX7A 1XE0A 2BU9A 3ZPYA 4CPBD 2Y6KA 4K1YA 4XBQA 2XDVA 5FXXA 5FDBA 1CVNA 1FMD3 1JTZX 2PHFA 2JWPA 2Y0OA 1TMF3 3QCWA 1RUE2 1GOFA 5SV8A 2GH8A 1DLLA 3TN92 4B8EA 2XHKA 4ATFA 5ERLA 3MIBA 5L7OA 2PTMA 1Z2VA 1SZ6B 5FWJA 3FJSA 4ZFWB 4UWDA 1BA7A 4YG0A 2QQJA 4LULA 2A3XA 1JI6A 2KI6B 3WA1A 3R4SA 3M3EA 3PURA 4JGYC 4N53C 1A78A 2G9FA 2C5DA 3O12A 4UF0A 1QQKA 4HA2A 4NIHA 1O3QA 4TN7A 3DKQA 4XJ9A 4TWTA 5CG8A 3DPRA 5HPOA 2VSEA 4MGZE 1NG0A 1PX4A 2VZRA 1G9BA 3CA6A 5BXTA 2E31A 4GKYA 3IDEA 5A3MA 3EB7A 5A6XA 1K42A 4NHMA 4CA9A 1TG7A 2D5HA 1MVQA 3VHPA 1GQPA 1Y4WA 2P3JA 2VTFA 3NBDA 2OVUA 2RDQA 3O1UA 5J36A 4YM2A 1Y9QA 1DQ0A 4LORA 4DFSA 3O49A 2LW8A 5KBFA 1FMD1 2DCKA 3MHZA 1H2MA 1PMJX 4IEYA 3DN7A 2K4AB 5BXSA 2RDRA 5EFUA 4E8DA 1TMF1 2DU1A 3SKJE 1UY0A 2HBUA 2A7AA 1UZVA 1NCRA 2P6CA 1JZ6A 1P8JA 2IHOA 4GP3A 1VMFA 5A33B 2J22A 4Y1YA 5DVHA 3O0VA 1W2UA 4NPLA 5IATA 2HWMA 3AFKA 1URXA 2XL9A 2DREA 1RB8G 3FGMA 2Y9GA 3MPPG 5IVBA 5C4WB 4MZUA 3FJ8A 1GZ9A 2GN7A 1BLAA 3ILRA 1MQTC 3OY8A 1W2TA 3H3ZA 5FY1A 3EBRA 3AKQA 2P4EA 3H8OA 3IIRA 3M3IA 4R52A 1FMD2 1DGRN 4GH4B 2ZXQA 4MZGB 3MIHA 2R1BA 4RS5A 1TMF2 4USOA 5C9AB 2UURA 2ZMLA 4DY3A 1G86A 1TEIA 2P6HA 3MUZ1 4M4RA 4D8HA 4XFCA 3ZYJB 4LO1A 1SFPA 2HH9A 4XVHA 4XKIA 1T6BX 4C1XA 1UZ0A 5KC5A 4AK3A 2WNUA 3EMRA 1WZXA 1UQXA 1V6MA 1V6KA 2VOVA 2LRPA 1EY2A 3ES1A 5BNPA 2Z49A 1W6MA 1WCSA 3T30A 3O1OA 3MLLA 4QDSA 1W9SA 4B4QA 4WZCA 3BTXA 3I2GA 4KGQA 1EYBA 4QHBA 4I4YA 3ZKUA 1I3HA 3ATGA 1CESA 3ZFFC 4LOSA 3O14A 4GZ9A 5IK7A 4GAFA 1Y43B 2R9KB 4WVZA 2MHFA 4ENDA 4N8MA 4AR2A 2IVIB 2WT0A 2Q30A 3G7DA 3IT8A 3IZOA 3POSA 1G6NA 1HX6A 2VBPA 5SV5A 1W2AX 3BIWE 3MIFA 3PUBA 4TLFA 1ONAA 4CEWC 2NM1A 2JDUA 1FAYA 1MS0A 1O4TA 1LAJA 4HVRA 4J23B 4H7LA 1X7NA 2OXBA 2BNOA 1WBCA 3P6BA 3JRRA 3FWEA 1GANA 1VBC2 4XAAA 1Z4SA 2LALA 2BEAA 2BQPA 2XLGA 2QUOA 3AKTA 4LITA 4BH9A 4R4XA 4I3GA 2VZOA 1RG8A 2Y60A 2DBIA 4XQDA 1CAXA 4KMQA 3U1XA 4COWA 5A3LA 5FMDA 4G1RA 2QKDA 3HQRA 5C71A 5KR7A 1PGW1 5LBBA 3AMHA 3VD3A 4TZDA 1JMUB 3EQEA 4QXHA 1AVUA 1V6IA 4L92A 2ZX1A 1LGNA 5IJRA 5T5PA 3O4DA 5DUYA 4CDUA 4N7UA 5CISA 2VUCA 1OLQA 2WSUA 4FFFA 4IEXA 5DAQA 1OH4A 1DF0A 2BV4A 3ZDSA 2FO1A 3N4MA 3WUCA 1DZCA 5C8CB 1QJU3 3UKVA 1IOAA 3URFA 4OUJA 3H6QA 1XU2A 2Y33A 3AYDA 4ASLA 4DXZA 1G9AA 2RS33 5FQ0B 4AFMA 3N9MA 1S2BA 4G9NA 2H0VA 1IKQA 2ZX2A 1PGW2 4HLTA 2ZBJA 1AVBA 5K0UC 4EFRA 4E4SA 3VBOB 2J3PA 2ZTNA 1DGWA 2DUOA 2EA7A 4I3PA 4M3CB 1SEFA 1F2NA 2OPWA 1LOFC 2VR4A 2ZGTA 4DCKC 5FZ0A 2D3SA 5E16A 1H8TB 4FPOB 5JCTA 2D20A 1BYHA 1H2LA 4QPGA 1B35C 4NVPA 3SCFA 4L0PA 1BXHA 2PAEA 4N43B 4YVSB 5BY5A 1AFCA 1M16A 1OVSA 4LK6A 2OW4A 1LCLA 1MR5A 4MGYE 1YJLA 1S2KA 2YU2A 4MXVA 3VHOA 1U12A 3ZMNA 2YFUA 1RVF3 3HQUA 1REDA 2D6KA 3AVRA 3JBG3 1JZ2A 1QJU1 3MV01 2ZCWA 4PBPA 4WM7B 2O8QA 4CU8A 1ZRDA 1R8NA 3GBGA 2JG9A 4XUPA 3M7AA 3BKZA 3P6JA 4AWDA 5FPZA 1YI7A 2RS31 2VH9A 4W4ZA 4QPIA 4XFBA 4QKNA 4GJYA 3GCWA 4MGQA 5FZMA 4GJZA 5ACA2 1PUUB 4EKXB 1PMHX 2WN3A 5FYCA 4B1MA 1UOFA 3VSZA 2W1QA 2VOXA 4MGKE 4XJAA 5I0TA 1NKGA 1S0CA 2WYFA 3BPSA 4YGEA 4DEVA 2J42A 2QYIB 2J1SA 1XXNA 5T50A 3V0BA 4K21A 4Y1ZA 2FHRA 1QJU2 1A8MA 3RWNA 3MF9A 2PYTA 3HALA 2QZ2A 3BRFA 4M01A 1O5LA 1OA3A 2PAKA 4NIIA 1Q8PA 4XIOA 4QPWA 4ONUA 1QJEA 3GHNA 2X5IB 1CIWA 1ISXA 2D7IA 3LDRA 2H6BA 2CGNA 5GLUA 4GULA 1T4QA 4E2SA 2W46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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