3ZXGA

Lysenin sphingomyelin complex
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AAEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin
molecule keywords LYSENIN
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Eisenia fetida
total genus 60
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxgA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxgA02
3TC2A 1BFFA 1KNMA 3O3QA 1S0BA 4EB2B 3VT0A 1RG8A 2I1BA 3PG0A 3HMYA 3IM7A 4EEEB 2RG9B 4OWJA 4F34A 3BRDA 3P6JA 2Y9XE 3BAQA 1IJTA 3SNVA 3A23A 5DZUA 4J2XA 2HWAA 4EFPA 2AAIB 2VUAA 4F83A 1XG6A 3IIRA 2F2FC 4ISRA 1I1EA 2D24A 3FJDA 2DREA 2Q9XA 4XFSA 3PMEA 4I4YA 3LTQA 4I4XA 3WO3A 1XZZA 2P23A 1G9BA 3AH4A 2UUSA 4GP3A 3AKFA 3RTJB 2DRZA 1DQGA 3FJ9A 4ISQA 1T9FA 4OWLA 1G9AA 1AVWB 1ISWA 2BEAA 3CA1A 4II0A 1NZKA 1YXWA 1MD6A 5DUYA 1N4KA 5FZYA 1R8OA 1ISVA 2GO2A 4Q9GA 3RTIB 2FFVA 4QALA 3WO4A 2HWMA 2FGFA 1FWVA 1BLDA 2LIQA 1ISZA 3IM5A 1BFBA 4A7KA 4XFUA 1V6VA 1DLLA 4Z9WB 3FJFA 4P0KA 4P0JA 2AXMA 3H6RB 4YOLA 2KI4A 2Y9FA 3MPPG 1PUUB 3BAGA 3AKHA 3BADA 3Q7XA 3V0AB 2D44A 1JT3A 1DJSB 3NBCA 4OEGA 3HALA 1S0FA 3OGFA 1FGAA 3UD7A 2J3PA 3LLPA 4Q91A 2RSTA 1FMZA 5D62A 1Z4SA 3FJ8A 1TOOA 3AH2A 2X2SA 2DRYA 3O4CA 1AXMA 3RMXA 1HCEA 1II4A 1IRPA 4OEFA 3QR5A 3P53A 3BTAA 3H6RA 3H6QA 3N7KA 2D7IA 3K1XA 1JLYA 3BAUA 4QKRA 31BIA 2Z48A 3FJEA 3N7LA 1S0LA 4Z8SB 2NTDA 3VSFA 3S8KA 4XFTA 4JKQA 3BRFA 1J0SA 1TFMB 5FNWA 1DZDA 1ABRB 1ILR1 2ZR1B 4GOYA 3F62B 4EFQA 3JRRA 3N0KA 4LO3A 2Q3NB 4ZOTA 3UDAA 1ITBA 4H04A 1DZCA 3VSZA 4L4IA 2Y9WC 4I4QA 4GAFA 3Q7WA 3AH1A 3UD9A 1HWPB 5BXRA 1NUNA 2K43A 2NZ9A 4PC4A 3NBEA 3N7JA 4JQ0A 4LO8B 3H6SE 4FGFA 3CA6A 1JLXA 1IOBA 4I6IA 4QKSA 4I4SA 4IHZA 21BIA 1FV3A 4HJJA 1YF8B 4I0YA 5BOWA 5D63A 4WBCA 1BASA 3N7MA 1K5UA 3OJVA 3T8SA 1PC8B 1WD4A 3MALA 3BAVA 1JTCA 3FJIA 5I1BA 1TTUA 1JT7A 5F8WA 1AF9A 4G9MA 5BXPA 1RY7A 3BA7A 3UJ4A 3O4OA 3O49A 1CVSA 3ILAA 4KC3A 2HZ9A 4LO3C 4QBCA 1FV2A 3C9ZA 3WINA 1RZOB 3PUBA 1D0HA 3POKA 1PZZA 1V6UA 3WMUA 1HWNB 3S8JA 41BIA 3W9TA 5D61A 3WMVA 3NBNA 5FZUA 1DFCA 4GP0A 4DENA 4JAWA 1JQZA 4IY9A 3FGMA 5EG6C 4I8MA 1F31A 3F1RA 4AN6A 2KI6B 2IWTB 4L4HA 2YUGA 3O4AA 4LO2C 3I2AA 2MIBA 4J2SA 1G9DA 2KLLA 4ZA3B 1YBIA 3ZXGA 3OBTA 1FWUA 4KEIA 5BP5A 2LIEA 2MC2A 2FO1A 3O5WB 3AZVA 5F8SA 3QYDA 5GAQA 2Y9GA 1QQKA 5B2HA 3BX1C 4I1EA 4OWKA 3WINC 3A07A 1W3FA 1EVTA 3OJ2A 3CA5A 1Q1UA 3CRGA 1E0OA 1W3GA 2ERMA 4X37A 7I1BA 1P63A 2NP0A 3RSJA 1FQ9A 3AKIA 1RMLA 1VCLA 3R4UA 2IHOA 1DIWA 1XYFA 2ZQNA 3FJAA 1PUMB 2WRYA 2D1ZA 4ZFWB 4FVVA 5E24E 3JUTA 3OBRA 3FJBA 2VSEA 3WO2A 3V0BB 5BP5C 3IAGC 3CU1B 1CE7B 1BARA 1V6WA 3BAOA 4OW4A 5JMCA 2E4MA 2KH2A 3VEQA 2GZBA 2NVHA 4GOVA 1TWEA 2XOAA 4I7IA 1OQLB 3FUQA 1T4QA 6I1BA 3HN1A 4P6AA 1W3AA 4IY8A 1EPWA 1UPSA 1QXMA 2AQZA 1SR4A 1FMMS 4I3NA 1TP0A 5BXSA 3NJ5A 3A21A 1PWAA 4ZFUB 3V0BA 3O4BA 1HWOB 4KEJA 1G82A 3O44A 4TLPA 1IT0A 3FFZA 2X2TA 4IZXA 3UJ0A 2VSAA 4IQPA 4I4UA 1K5VA 2ESUA 4QBVA 3AKGA 4LO2A 5FNXA 1HIBA 4AN7B 2FDBM 2M49A 3AJ6A 1A8DA 4I2SA 4JP0A 4D8HA 4I37A 2P39A 3BAHA 1DQOA 3AJ5A 3BRGC 4IYBA 1MC9A 1BFCA 3OGGA 1XHBA 4I96A 2E4MC 8I1BA 1Z0HA 2DS0A 1S0CA 4Q9PA 3BA5A 4R6UB 5EC5A 3R4SA 1DFQA 2VXTI 5BXTA 3CA4A 3VT1A 1JT4A 4D0TA 3IM6A 9ILBA 1IRAX 2RQ9A 3EF2A 1EV2A 3I2XA 4QO3A 4P0LA 1SR4C 2QN4A 4LO7B 2F8XC 4I4OA 4ZLBB 4EFRA 5BQUA 2QYIB 5HPZA 1M2TB 4JRAA 4JKXB 2D43A 3FJJA 3CA3A 1G9CA 3HOMA 2ZQOA 2BFHA 2MLLB 3CQAA 4I4VA 4D0ZA 5EHAA 4G9NA 3ZXDA 4CJMA 1L2HA 4IONA 4QD2C 5F8YA 2K4AB 4HR6C 4ENDA 4ZFYB 3I29B 3AZWA 3PHZA 2HW9A 4ZGRB 3OJMA 2VLCA 4X39A 3VT2A 3FJHA 3P6IA 5DVHA 3RMYA 1V6XA 2NM1A 3BA4A 2AFGA 3HBWA 4J23B 1SZ6B 2D22A 2D7RA 4GAIA 4KBBA 3O4DA 3D7WB 5F90A 4EKXB 4G6JA 4LO0A 1AFCA 2KKIA 3V79C 3A22A 4LO1A 5FZZA 1WBAA 4XKIA 4A7ZA 2BEBA 5BQUC 3VUOA 3FUOA 3CRHA 1TWMA 1HWMB 1QQLA 2L5XA 3CAHA 1EYLA 1BLAA 1GGPB 1ISXA 4A7YA 4IZEA 1WBCA 1WD3A 4OUJA 1S0GA 4G6MA 4USOA 4KEKA 3KMVA 3ZC9A 1ONKB 1YYNA 1TIEA 2FFUA 4H9WA 3ZX7A 1I1BA 1JT5A 1AVUA 4LO7C 4G1RA 2D20A 2D23A 2K8RA 4J2YA 4ZBVB 5G00A 4X38A 4ZKTB 4I4PA 5BVPI 3Q7YA 1IHKA 1S0DA 1AVAC 4DEPA 1Z2VA 2Z49A 1BA7A 4USPA 3CRIA 1HKNA 3CA0A 4QD2B 1JY0A 1HCDA 2ET2A 4LO0C 3FJKA 3E8LC 4QC4A 4OEEA 1AVXB 1BFGA 2VU9A 3VWCA 2WBCA 4LO1C 1Q03A 1R8NA 3BB2A 4JPZA 4DCKC 3V0AA 1YTOA 4X3AA 4I4RA 3UD8A 1ISYA 3FJCA 1IILA 2F2FA 3NBDA 2VXRA 1Q04A 3B9UA 2R9KB 5JLVA 1S0EA 4I1BA 4J2KA 3WA1A 3HSMA 3ZC8A 5DSSB 1FN0A 2NYYA 4HA2A 1M16A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VVFA 3GHMA 3O1TA 1G6NA 3ASIA 2R49A 2BYVE 3VKMA 2BGOA 4YZ3A 2BU9A 1POV0 3GCWA 1ZBA2 5CNAA 5GLWA 3O3QA 2RDNA 1S0IA 1XXNA 1X8MA 4EB2B 1DQ2A 5J48A 2I1BA 4AHZA 1ASJ2 3IM7A 2ZAAA 5A80A 4OWJA 3HD8B 1EAH3 2G9GA 4F34A 1OURA 2Y6KA 1GU3A 1O5UA 1ITBA 2XR4A 4UFHA 1YJKA 3QBQA 3SNVA 5DZUA 4YFWA 1CAVA 4IEUA 2GN7A 1VJ2A 3IT8A 4Q8KA 4EFPA 4LUMA 4Y4YA 3MEPA 2PMWB 3BYWA 1OLQA 4JGZA 1BBT3 3H3ZA 4JKLA 4CU8A 1XG6A 1H30A 3LSDA 4NHLA 1UN1A 3AL6A 4ISRA 4LO8A 5CG8A 3GZTB 1RUC1 1IS6A 5HV4A 1I1EA 3M3CA 1OLMA 2EAAA 1SMVA 4RGKA 1MEC1 4NR1A 3W59A 5JPMB 4AGRA 4JDMA 1QNWA 5FWEA 4N43C 2D24A 4X8PA 3FJDA 4BHPA 5GZDA 3WW1A 5A7NA 4MSVA 1HN1A 3T4VA 5FY4A 5A32B 4FXGB 5FK8A 1VAKA 4ZXKA 1G9BA 1HLCA 2J1RA 1MEC2 4Q26A 3RZLA 3HVDA 3NV4A 2K46A 2UUSA 1MQTB 4HVRA 4AEMA 2DTWA 2YBSA 3I3DA 3U75A 3RTJB 2ID4A 1WA6X 3PNAA 1FOD3 5L7OB 1DQGA 1FPN2 3FJ9A 3WDUA 1G9AA 1AVWB 1YNAA 5ACA2 4DXSA 3AVRA 4II0A 1NKGA 3N9QA 4LULA 1NZKA 4XABA 1AL0G 3PIJA 2IUWA 3OY8B 3RZJA 1HRI1 1CJDA 2XL7A 1AR73 1ISVA 1YFWA 1XSQA 1A6CA 1QDOA 2CDOA 4OHWA 4QALA 3OGVA 3T2TA 2HWMA 3GCXA 5EJ1B 1K5MA 4ZBVB 4H7LA 2IVJA 1HRI2 5ANNA 5AVAA 1KS4A 4CP9B 1BQPA 3R6SA 3WNOA 1FWVA 2VW0A 4JGZC 3FHIB 3KGZA 3ALQA 4QX1A 1ZNPA 3BRFA 1UF2C 1CZSA 2OUHA 2BW8A 4AG4A 4ASLA 5FYVA 4BK4A 3T2QA 4MZHA 3WG2A 3E6BA 3OPZA 4AHXA 4MGTA 4ASKA 1PMIA 2C1FA 1LENA 2RDQA 5IW0A 2Y9FA 4IERA 3B9CA 4AQSA 3BAGA 2DURA 1ULFA 3K4ZA 3O1UA 2VMHA 3BADA 2RMU1 2E7AA 1VAVA 4GIQA 2WZPP 1JZ5A 3VHPA 1AR63 2ZMKA 3AP7A 1S0FA 2CAUA 3RI9A 1CR7A 3H7JA 4BYYA 3OGFA 3UD7A 4HK9A 1REEA 3ZMOA 1OFSA 2ZHLA 1XRUA 2RMU2 3NV1A 3LLPA 4Q91A 5D62A 1U12A 3O4CA 2EF6A 3OPWA 2DRYA 1XBFA 5F32A 1HCEA 1II4A 2D3PA 1YQ6A 4OEFA 2PA7A 2ZGPA 4QM8A 3H6RA 2D7IA 2DF7A 4QKRA 2WZR2 1GWKA 1K5MC 1PMJX 1W04A 3LZZA 4JV4A 1NT0A 4Q4Y1 4Y20B 4LK6A 3FJEA 4PT6A 1ZZCA 1LOCA 1ND2B 2NTDA 3VBHB 3O0VA 5C3RA 1IGOA 1DBNA 1ULOA 2EVXA 4XFTA 5FZMA 4JKQA 4CP1A 1RUD2 1AL23 4JDOA 2JDNA 5FZ3A 5B4XA 4AI9A 3ZXKA 1Z7S1 2JG9A 4C0BA 4CSWA 1OPOA 1WLDA 2DTYA 3I2OA 3RWKX 3PUSA 4LO3A 4ZOTA 2Q3NB 4YM3A 1D4M1 4WM8B 4XVHA 4Y26A 5K4LA 2WO2A 3UDAA 4OI4A 5FZDA 3AP4A 2WKKA 1OQEA 3LGRA 1A34A 4GAFA 3J7HA 2W95A 1GNHA 1UY4A 1NCQB 2JE9A 2RR13 4XIKA 5K0UA 2X29A 5FXZA 1VBE3 2NZ9A 1SLIA 3NJXA 5BNPB 2PHXA 2C9AA 2D6KA 2VQAA 4JQ0A 5E1RA 4AVSA 2WT1A 5DAVA 4FGFA 1C1LA 1JLXA 4I3GA 1QEXA 1Y9QA 4QKSA 1C8M1 3POKA 4TSVA 2VTXJ 2W1UA 3ZKUA 1FV3A 2WDBA 4XDPA 1AR93 3GBGA 4I0YA 5BOWA 1BASA 5DDJ1 5KXBA 2DCKA 3FJSA 3TN92 3NAPA 3OOXA 4M3CF 1S55A 1RL3A 2XOMA 1WLTA 2Y0IA 2QQUA 1PC8B 4NHYA 1WD4A 4KMQA 2WZEA 3USUB 5I1BA 3NRUA 3CKHA 2QCSB 4HANA 1U5ZA 2D97A 2PHDA 1ND3A 5DDJ2 3M3IA 5DUVA 4R4ZA 5F8WA 4U36A 4G9MA 5JCTA 4GJZA 1RUG3 3M3OA 5BXPA 3V65A 2JG9C 3BA7A 2PXJA 1JS9A 2BGCA 1X8EA 2QJVA 4HN0A 1H6YA 4ARYA 5FWJA 1RUH2 4LO3C 2JDKA 1VRH3 3FLTA 3CZJA 2UYAA 3A0KA 4A45A 4LHNA 1UZ0A 4ZPIA 2DCJA 5KHKA 3WG1A 3H42B 5LA1A 3S8JA 2OQ7A 4QGNA 5D61A 41BIA 4XAAA 5DAXA 3PIGA 2HWE1 5FQ0A 1G7YA 5K0UC 1ODMA 4DENA 4JAWA 1N3QA 3SEPA 3K4AA 1VMFA 1GMMA 1ZBA3 3OCPA 3LA7A 3FGMA 5GM0A 1VMHA 2QKDA 3WT3A 3NV2A 1W8UA 1W9WA 3F1RA 4AN6A 1IG3A 2HWE2 4D3WA 2IWTB 1ASJ3 1H2MA 1XSRA 3ACIA 4PIXA 4LO5B 4XURA 4YVWA 5F6LB 4P14A 4YPJA 2YYOA 5EYYA 5C8CA 4LLOA 5IWFA 4LR4A 2EALA 4XUNA 2MIBA 4XF1A 1QU0A 1G9DA 1RB8G 3CHXA 3LPGA 3NAPC 3N9NA 2KLLA 4FT8A 2D5FA 3CNAA 4NE9A 4YSFA 2D3RA 3ZYFA 3U4XA 5A33A 4FTEA 3INAA 1YBIA 4ZA3B 3IIIA 4Q4V2 5BP5A 3SCHA 1OA2A 4GJYA 1ZRDA 1A8MA 5F5QA 4FOYA 3M1HA 4QPIA 1ND3C 1XNAA 3AZVA 3O5WB 3QYDA 5GAQA 1QH6A 5FUIA 1LOFA 3S5AA 1Y9GA 3BTXA 2JKBA 3MFCA 4JRLA 1LOGA 4YGEA 3WNLA 4A42A 2WUHA 1YC61 1W3FA 1JUHA 1HXS1 4EWEA 1IPJA 3CA5A 5JZGA 2H0BA 5L9BA 1C3HA 1KDKA 2D5HA 4CXXA 1QJZA 1PX4A 2ZGQA 4GAZA 1XYOA 2BWCA 2YMZA 3KB5A 5AC92 2ERMA 1JZ4A 1FX5A 3WNNA 4CCCA 4DFSA 4XYXA 2WQ8A 4P9JA 5DAPA 4IDZA 3RSJA 4QHOA 1FPN3 1JYVA 2AGSA 4HONA 3MW4A 3BN6A 5ACA3 1NZCA 5KXCA 2WN3A 5LA2A 4PJYA 4W6YA 1RUE1 5IK8A 4YVWC 2YC4A 5C8CC 2XB6C 4FPFA 1V6IA 4UOJA 2ZQNA 2B9VA 5C3OA 2E32A 1O7FA 1TME3 5E24E 1VE0A 3PUIA 3ZKYA 4BQ2A 3I4IA 2QDNA 2DDUA 3FJBA 2AEYA 4BQWA 2VSEA 2W94A 2VOTA 1ZA4A 1HRI3 5BP5C 5BYNA 3CU1B 1CE7B 5DG1A 1UZVA 3WG3A 1OHFA 3KHCA 1V6WA 2QQIA 1QH7A 3ORJA 1KS5A 4QPIC 3WD5A 1U5XA 2KD7A 4NHMA 4IV1C 2PHUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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