5JMCA

Receptor binding domain of botulinum neurotoxin a in complex with rat sv2c
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
431
structure length
420
Chain Sequence
GSHMNIINTSILNLRYESNHLIDLSRYASKINIGSKVNFDPIDKNQIQLFNLESSKIEVILKNAIVYNSMYENFSTSFWIRIPKYFNSISLNNEYTIINCMENNSGWKVSLNYGEIIWTLQDTQEIKQRVVFKYSQMINISDYINRWIFVTITNNRLNNSKIYINGRLIDQKPISNLGNIHASNNIMFKLDGCRDTHRYIWIKYFNLFDKELNEKEIKDLYDNQSNSGILKDFWGDYLQYDKPYYMLNLYDPNKYVDVNNVGIRGYMYLKGPRGSVMTTNIYLNSSLYRGAKFIIKKYGNKDNIVRNNDRVYINVVVKNKEYRLATNASQAGVEKILSALEIPDVGNLSQVVVMKSKITNKCKMNLQDNNGNDIGFIGFHQFNNIAKLVASNWYNRQRTLGCSWEFIPVDDGWGERPLLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title N-linked glycosylation of SV2 is required for binding and uptake of botulinum neurotoxin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type A
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
total genus 113
structure length 420
sequence length 431
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2016-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5jmcA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5jmcA02
2JKBA 3AZWA 1V6KA 1AVAC 4I1BA 3UD7A 3HALA 3O0VA 1LGCA 3A23A 1PUMB 4OWKA 1JHNA 2DWRA 3UJOA 3RSJA 4UW6A 2DRYA 4PQ9A 1IILA 5JDBA 4Q8KA 4H9WA 1R1ZA 1KJLA 1JTCA 2CWMA 2NVHA 1V6MA 4QALA 1TFMB 1K5VA 2GNTA 4IYBA 3OJ2A 4FGFA 4I30A 4F83A 4GAFA 1V6WA 2QN4A 5E24E 4OW4A 1S0FA 4K21A 3UJ0A 4LBQD 3K1XA 3CQAA 3ZYRA 2AENA 4Y22B 1G86A 2GALA 4PCRA 4AGVA 3MW3A 1RY7A 2LIEA 1JOJA 3FLPA 1ISZA 1SACA 3TAYA 3WG4A 1WW4A 5HCBA 3FJJA 4CRQA 1F9KA 3WOGA 3P6IA 4K1YA 4AGGA 3UK9A 3WUCA 1P63A 3M3QA 1BKZA 2AH2A 2R49A 3AXDA 4A7ZA 3N7JA 3FFZA 2GMMA 2ESUA 3AX4A 2ET2A 3T1MA 1FAYA 4J2SA 1O4ZA 4DCKC 5H9RA 2J3PA 3AYCA 9ILBA 4FOWA 2VW2A 1W6MB 1HCEA 2A6XA 3A0NA 2ZGPA 4YGEA 3WDWA 4D0ZA 2ZABA 5E88A 1F31A 1Z2VA 2YXSA 4P9WA 5FREA 4ZKTB 3BB2A 2R0HA 2DU1A 1LODA 3N7MA 1W0PA 4XILA 2H0BA 2UUSA 4XYXA 4QD2B 4W65A 2BFHA 2YV8A 1GV9A 1MD6A 1DFCA 1JYIA 4DPNA 2ZKNA 4GOVA 5D63A 1QOSA 3CA4A 4CJMA 2ZBJA 4XFUA 3ILRA 3SH3A 4DFSA 3WDYA 3FBYA 4XJAA 4A7YA 1TEIA 3NBDA 2ZGOA 1DQ6A 2ZGRA 1VCLA 2DVFA 1BLAA 2PHUA 3BA7A 1ULGA 3QYDA 3PJQA 3B9CA 4GALA 1DLLA 1SCSA 4JRAA 4QBVA 1DYKA 3N3HA 4FPCA 3HN1A 1ABRB 3N35A 1GNZA 4ZOTA 2VW0A 1WBCA 5F9TA 1N3QA 5KXCA 1AJOA 1EPWA 1DQOA 1QOOA 2G4IA 2Z48A 1QNYA 2BEAA 4YG3A 4EFRA 1MS4A 3POWA 3AKGA 4GAIA 2WSVA 4LBKA 4QKRA 4YG6A 3H0OA 4I0YA 4TZDA 3O5WB 1GANA 1TTUA 1ULDA 4FPEA 3RMXA 2MLLB 4PF5A 4YM0A 2W08A 4AGRA 1YI7A 4Q8LA 2XOAA 3D4KA 1N4KA 1YO8A 2UU8A 3VT2A 3I2AA 1S1AA 1DQ2A 2RQ9A 1I1EA 4FPJA 2UWAA 4PBOA 1S0EA 5BXPA 1FNYA 3KM5A 5DXDA 4YM2A 1BQPA 3O0WA 5EYXA 1QU0A 2DTYA 4IZEA 1JLYA 2E51A 2RSTA 4QKSA 3ZYPA 2D7RA 3RTJB 4Z9WB 5EYYA 1T9FA 1TWEA 2FFUA 2KM2A 3WUDA 2VH9A 3ZVXA 3I2XA 2F2FA 5DZFA 4SLIA 1H9WA 1DGLA 4XTMA 2FDBM 3AZVA 2VXTI 1E0OA 2DURA 1Q8OA 3ASIA 2D22A 1WD4A 4NO4A 2I1BA 5BQUC 2HWMA 2OUHA 5BP5A 3OYWA 4XJZA 4Y26A 1DQ0A 3TC2A 3I29B 5CAZA 4ZBVB 1Q1UA 5GZDA 5BXSA 2WQZC 1LCLA 3UL2A 2PHXA 5T5OA 2ZGSA 1GGPB 3PVNA 4YFWA 4II0A 2Z49A 5GLUA 4Y1XA 1CQ9A 4LBOA 3I4IA 3D7WB 1W6NB 1SLIA 1LESA 3IKWA 3Q7YA 1II4A 1YYNA 4LBQA 3ZSMA 2Z42A 3W58A 1PZ7A 4YZ5A 4JC1A 1LECA 1AVXB 2CWSA 1URXA 3BRFA 3Q7WA 4I3NA 2W39A 1JY0A 1IS4A 4ZA3B 4I4SA 3USUB 4ATEA 1TOOA 2ERFA 2NMOA 2WT1A 3WDUA 2D1ZA 3OY8A 2MIBA 1R8OA 2AAIB 4FP3A 4I4VA 2HYKA 3ZSLA 3KQRA 3FJBA 4R6UB 3BAHA 1YXWA 3MPPG 1V6LA 2P39A 4G6JA 3OBRA 4JQ0A 3ZX7A 2M49A 4BLJA 1XYFA 1ENQA 4PBPA 3U4XA 4MYEA 2KI4A 1JN2P 2WT0A 2D6NA 4FPLA 5E8AA 5JOWA 2AUYA 5DUUA 2ZGMA 2DS0A 4UW3A 4RA0A 2K43A 4YOLA 5FRAA 3EF2A 3VEQA 1YIFA 3SNMA 1MACA 1VIWB 1N3PA 1CIWA 21BIA 4AYUA 3ENRA 3CA1A 3T8SA 4I96A 3FJ9A 3O49A 3O5SA 4JKXB 1TP0A 2CTVA 1ULCA 3OY8B 1BFFA 5DSSB 1ONAA 4ZLBB 3A4UA 2D6KA 2ZHKA 3AP4A 3RG0A 3UJQA 2E7QA 2GMEA 4ITCA 1CJPA 2YY1A 4I4XA 1HQLA 4GWNA 4LBLA 2Y9WC 1ZM1A 4EFQA 2A3YA 3LSEA 2D7IA 4OZXA 3NV4A 3S8KA 4Q1PA 4PC4A 1DZCA 2Y9XE 4KBBA 1FX5A 4ZFWB 3O44A 5DUYA 4ATFA 1XG6A 1SFYA 1G8WA 3F1RA 4GWMA 4DRRA 3WMUA 3OPZA 2SLIA 2GZBA 2L5XA 1S0BA 4Q27A 4J2XA 1W6QA 5DVHA 2GNDA 4LO2C 4XTPA 3TB0A 2GNBA 3OJVA 3E8LC 8I1BA 3VKMA 3HOMA 2WT2A 1QGLA 5GLZA 1MS1A 4OEGA 4BMEA 1HWMB 4I4UA 3AKIA 4M00A 3AJ6A 4C1WA 2ZHMA 1QQKA 3WA1A 4X39A 2HWAA 1NUNA 2P37A 4GP0A 4R9AA 1D2SA 2P23A 5T5JA 4M3CE 1Z78A 4H04A 2EXHA 1NLSA 2Y9FA 3V0BB 2KI6B 4XJUA 3ZXGA 3AP9A 1FMZA 1T4QA 5E89A 4XJ9A 1DJSB 4XFSA 2GMPA 3FUQA 3APBA 1BA7A 3LTQA 2ZGUA 1ENSA 5EXOA 2GNMA 4UW4A 4OEEA 1LJ7A 4FQ4A 4U2AA 4KEKA 1SCRA 5GM0A 2EIGA 3VT0A 3INAA 5HCFA 1A78A 2DVAA 2JJ6A 1KJRA 1YRZA 1RZOB 4Y1UA 2A5ZA 5DZGA 3SH4A 4LO3C 1YTOA 3POYA 2SBAA 3SLIA 3O4AA 3V65A 1Q8PA 2ZMNA 1GZWB 2V5YA 3LCPA 2ZQOA 1MS0A 1HKNA 2E4MA 3MW4A 1C1LA 1KRIA 3OGGA 3H6QA 1OQLB 1LOAA 1BZWA 2BQPA 2VXRA 3RRDA 4LO0C 3WO4A 3W59A 1WLWA 1SR4C 4XHBA 1ENRA 2X2TA 3FLTA 3AZZA 5GZFA 2HW9A 1WW6A 1JT4A 1LENA 2NTDA 4HJJA 5BYNA 4I2SA 1H9PA 3IPVA 2ZGLA 1N1TA 2Q5TA 5DUXA 4BMBA 5I1BA 3SITA 1AX1A 3ILAA 2P2KA 1M2TB 4BQ1A 4FOYA 2VSAA 2W68A 5F5QA 3AH2A 4OWLA 1FV2A 1JBCA 4UW5A 1LOFC 5BQUA 4D8HA 2A7AA 1UZZA 4DRVA 4YGCA 3BAQA 3KMVA 3WDXA 4FPKA 2A3XA 1CVSA 1UPSA 2D44A 3CRIA 1UZYA 1CONA 3AH1A 4BPZA 3AZYA 41BIA 3OBTA 5L73A 4DEPA 1SLBA 3D6EA 4G6MA 5EC5A 2C5DA 31BIA 3PHZA 4YLZA 1H30A 3NV3A 4AN6A 1HIBA 4P0JA 4IONA 2D24A 4ZFYB 3WDTA 4FPYA 1Z4SA 4Q26A 4JCKA 1FMMS 5AVAA 1IS5A 1HKDA 1J1TA 2D43A 4J23B 1Q04A 1FATA 2DREA 4XDQA 1AZDA 3M3CA 3RTIB 1A8DA 2WRYA 1GKBA 4GKXA 1BFGA 5IK8A 1K5UA 3C2UA 3WO2A 3BADA 1AXMA 4YG0A 5IUQA 2WBCA 4XBLA 2EXIA 3ZXLA 2GO2A 2VW1A 2A6VA 4M3CA 3S8JA 3ATGA 4WVWA 2PHRA 3WDVA 2ZHLA 1LOEA 2JD4A 4FQZA 3ZC9A 1QQLA 2AGSA 3W9TA 2PHTA 3VKFC 5IT6A 3Q9OA 1MS9A 2ZMLA 1IRPA 1UAIA 5D61A 1GYKA 2PHWA 5DUWA 1WCSA 2EF6A 1D0HA 4YZ4A 1QDCA 1S0CA 1LHOA 1AXYA 1PZ8A 4FPHA 3VWCA 4OWJA 1DQ5A 4J2KA 3ILNA 3SH5A 1U0AA 3O3QA 1L2HA 4Z8SB 3H6RA 2NN8A 1SLLA 3O4DA 4J2YA 4YM3A 3B69A 2P3JA 4C1XA 4R9CA 6I1BA 1W6PA 5GAQA 4IZXA 1CR7A 3A07A 3FJIA 1N1VA 2NM1A 1FGAA 1ONKB 2Q3NB 4XMAA 4GP3A 4BOWA 1MVEA 1X50A 5BXTA 1B09A 1KNMA 4FOVA 1LHNA 3MW2A 3A22A 5GALA 5DG2A 2K8RA 2VLCA 4FPOB 4YFZA 1AJKA 4A7KA 4ZXKA 1C1FA 2NP0A 2D3RA 1SBFA 2ZQNA 2DUQA 4AWDA 3FUOA 4LO2A 1KQRA 4QD2C 5DG1A 3O4OA 1F5FA 1Q03A 5G00A 1DYPA 4BLIA 4D0TA 3AYDA 3CA0A 7I1BA 4EKXB 3M3OA 4YW1A 2NYYA 3UD8A 4XJWA 1RINA 3R4UA 4AVSA 3AYAA 2TEPA 1M16A 4JAWA 4BM8A 3WV6A 4LO7B 4LO8B 3NV2A 4P0LA 4XIOA 4FOQA 3PG0A 4XOGA 1N3OA 1SZ6B 4P14A 5BOWA 2AXMA 3HR9A 4U36A 3AP5A 4AVTA 2IWTB 4AN7B 3BAUA 3WMVA 2D3PA 4FPGA 5T5LA 1YF8B 3A21A 1DQ4A 3BX1C 2AQZA 1ISYA 4OUJA 4IQPA 3IM5A 3P53A 3FJAA 2WKKA 1W6OA 2D20A 4XXPA 1WW5A 3OYWB 3OGFA 1GICA 1DZDA 5FZUA 2ZAAA 2LALA 1JW6A 2GN3A 5D62A 4YZ2A 2DVBA 2PELA 4XHXA 3WINC 5EWSA 1S0JA 4D69A 5EG6C 3BIWE 2D6LX 1AVWB 1BARA 3CA5A 3O0XA 4QO3A 3RQ0A 3NWKA 4GXLA 3M2MA 1DZQA 3O4CA 4KC3A 4Y1ZA 2DVGA 1HWNB 1FYUA 1LOCA 1CPNA 5H9SA 4LBQB 1GSLA 2ES3A 1EYLA 1VAMA 2Q9XA 1GBGA 4LO0A 3FJCA 1DFQA 5GZCA 4OEFA 1SR4A 1WLCA 3WG1A 4LBNA 3AP7A 1MVQA 1CPMA 1CVNA 1VLNA 3MEPA 3O12A 2R9KB 1C4RA 3QCWA 1HWOB 3FLRA 1W3AA 3N7LA 3PUBA 5FZZA 4YW5A 1UKGA 4GKYA 1V6XA 2E53A 4X37A 3WO3A 4XFTA 2WSUA 3B00A 1Q56A 4XIKA 2NMNA 1HCDA 3AK0A 5CA6A 3B01A 3R05A 3RMYA 1BFBA 2R1BA 2ZGTA 1V6JA 3CNAA 1C57A 1JUIA 2A71A 5BXRA 1FNZA 2D3SA 4DS0A 5F8WA 4XBNA 1VALA 5CBLA 1FQ9A 5CB7A 1KDKA 3V0AA 1QF3A 5FNWA 1LGNA 2YROA 3I8TA 3IIRA 1S0IA 3DGTA 2ARXA 2FGFA 4Y24A 2F2FC 5T54A 1BXHA 1ULEA 5SV8A 3LLPA 1LTEA 3DUIA 3IM0A 4HANA 4X38A 3FJEA 4XMIA 2DV9A 1TIEA 3ZXKA 4XBQA 1G9FA 1PUUB 1SBDA 3CU1B 2IHOA 4DENA 1V00A 4AVVA 2ZZJA 3Q7XA 3VT1A 3AH4A 4GA9A 2D6MA 1GLHA 1MS8A 2ZHNA 3VV1A 5JOXA 1W6QB 5T50A 2WLQA 1N1YA 3IMNA 3B9UA 1W3FA 1PZ9A 4P9YA 4Q91A 2FHRA 2OW4A 3VKNA 1IT0A 3IN9A 4Y22A 1Q8VA 4WVVA 1J0SA 3WVJA 3LSDA 4ISRA 2R16A 1OFSA 1AX2A 3ZSKA 3BRGC 3L2YA 4ENDA 1A3KA 3GNEA 1BASA 3IM7A 3FJ8A 1Q8QA 3BAVA 1SLCA 3JUTA 2AR6A 4JPZA 2WJSA 5GLTA 2AREA 3D5OA 1OQ1A 3ZSJA 1VAVA 3WNXA 1OKQA 2QYIB 1Q8SA 3JUUA 4YZ3A 2KKIA 4G1RA 1QMJA 5DUVA 2NZ9A 2FMDA 4ASMB 1W6MA 4G9NA 4P0KA 3SNVA 4LO1C 4Y1YA 1CESA 4Y1VA 1V6NA 4Q2FA 5GLWA 4CZSA 2YUGA 4XJ8A 3OJMA 3AXEA 3N0KA 2HZ9A 1IHKA 1LULA 3VSFA 2B7YA 2YZ4A 2DVDA 2GN7A 2CYFA 3AZXA 2K4AB 3CA6A 5GZEA 1UN1A 2GDFA 4IY9A 3FJFA 1SLAA 1MZ6A 5JOYA 1LEDA 1DHKB 1APNA 1DQGA 1IOAA 3M1HA 1RMLA 3UDAA 2KH2A 1BYHA 3ZC8A 3ZXJA 5H9PA 1N1SA 3JU9A 2W52A 2X2SA 3ILFA 4QC4A 2AYHA 2ZGQA 3A0KA 1S0LA 5B2HA 1V6IA 2A75A 5BVPI 5T52A 4F34A 4IHZA 3IPVB 5DZUA 5EHAA 2DUOA 2A6ZA 3VUOA 2VUAA 2WNEA 2AFGA 4FPFA 1AX0A 3CRHA 1FWUA 1AFCA 2RHPA 1Z0HA 4Q1RA 4WV8A 1SLTA 3FJDA 4YW2A 4KEJA 3BAOA 4JP0A 3NJ5A 1WD3A 3PMEA 4ZGRB 1S0DA 2UWCA 4USPA 5H9QA 4I4RA 3NBCA 2A3WA 3WINA 3HSMA 1DIWA 1BLDA 4XKIA 2E6VA 1ISWA 2ZACA 3V64A 1DBNA 2XB6C 1IS6A 4LBMA 3AJZA 4I37A 1LEMA 1ULFA 5IK4A 2A6YA 4WZFA 1TWMA 4HL0A 3FJHA 5CNAA 4I8MA 2EXKA 2D6OX 1LOBA 4R9BA 4YZ1A 1S0GA 4KEIA 4EEEB 2JDZA 3NBNA 5GLVA 1G9BA 2UWBA 3QLQA 1RIRA 1MS5A 1AXZA 3N36A 4RL7A 3PVEA 5T55A 1XHBA 4P6AA 1PWAA 3O4BA 5HPZA 4HR6C 1ISXA 5DZEA 1I3HA 2E4MC 4M3CB 4Z8BA 1PZZA 1W3GA 1HLCA 2KLLA 1N47A 3HBWA 4Y20A 4Q9PA 5FZYA 2DUPA 1QNWA 2LIQA 3WG2A 1WUVA 1BFCA 5JMCA 4WBCA 2JE7A 2FFVA 1LHUA 3WLUA 2ZA9A 4I6IA 1V6VA 4L4IA 2FO1A 1LOGA 2D7FA 3HMYA 4R9DA 1HQWA 3BTAA 1ISVA 3WG3A 1EVTA 2P34A 1EV2A 4G9MA 1LHWA 5KXDA 3H6RB 5F8YA 3WCSA 1W6NA 1WW7A 3F62B 4EB2B 3UJ4A 4ISQA 1G82A 2P3IA 1W6PB 2UURA 1AXKA 2JECA 3AKHA 3MALA 3SISA 3POSA 3V79C 1UL9A 2EALA 2DRZA 4FVVA 1LHVA 1GZ9A 1LGBA 3UD9A 1MZ5A 3USUA 1W0OA 2ENRA 4I4PA 4TLPA 2V73A 2ARBA 3CAHA 3N7KA 2CNAA 1UX6A 1XZZA 5T5PA 4I4YA 1WLDA 4Y20B 5FNXA 3IAGC 5JVVA 1IRAX 4L4HA 5KXBA 4H55A 1JT3A 4DQAA 1PC8B 2P3KA 4NOTA 3BAGA 1GZCA 4P9XA 5GZGA 3R4SA 1CN1A 1IJTA 1QOTA 3WZ1A 2RG9B 3FJKA 3BRDA 5KXEA 1KITA 2D6PA 1V6UA 2OVUA 4I4QA 1JT5A 3BA4A 3BA5A 3GALA 3ZXFA 3C9ZA 1IS3A 5JOZA 1AVBA 4CTEA 4EFPA 2MC2A 3AYEA 1UMZA 4XZPA 4LO3A 3IM6A 4GOYA 1QKQA 4FP2A 2XG3A 1IKQA 1NZKA 1QDOA 1DQ1A 1FN0A 1CE7B 2ZGNA 4K1ZA 1FWVA 5IK5A 2F8XC 2R1DA 5HCAA 5GJ6A 4Q9GA 1LU1A 5F90A 1V6OA 1GNHA 3POKA 3AFKA 2R0FA 5IK7A 1RG8A 2ZR1B 1W6OB 4YGBA 4M01A 2C9AA 2VSEA 4LO1A 4LBJA 2EXJA 2DTWA 3VSZA 2EAKA 1G9AA 3T2TA 2JE9A 4K20A 1JLXA 3QR5A 1R8NA 1Y7BA 2ZMKA 2PHFA 1G9CA 3ZPYA 3VKLA 1WBLA 1LU2A 2BEBA 3ZXEA 4USOA 5F8SA 3CRGA 2YMZA 4I7IA 2CY6A 3BODA 1HWPB 4L8QA 3AJ5A 2ERMA 1YBIA 1LOFA 5JLVA 1QXMA 2OUJA 1ITBA 4YW3A 4M3CF 2VY0A 1ZA4A 1ILR1 1NXD1 2ZGKA 2DU0A 4QBCA 2CL2A 3VKOA 4LO7C 1WBFA 1G9DA 4IY8A 4JKQA 1FV3A 5LK5A 1G7YA 1MR5A 4XXAA 3RS6A 2I2SA 3V0BA 1MS3A 3BOPA 1JQZA 3WHTA 2D23A 3NBEA 1HDKA 1JXNA 2A6WA 3CA3A 1IKPA 1JYCA 3M3EA 4TYSA 2LTNA 2VU9A 3NV1A 1IOBA 1RITA 4HA2A 5BP5C 4YW4A 1XQNA 1I1BA 1SBEA 1AVUA 3AJYA 1AF9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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