The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
236
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structure length |
230
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Chain Sequence |
RSRTANRSGIVIRRRVTPAGDIIVTLLTPQGKLKAIARGSSSLNLFHHVGVQVYQGPHNDLASVKQAVLEGALPTLAEPERYAFAHLMAEFADALFQEGEFSEQAFDLFAASLRGVAHQPDPEWVALVMSYKLLGLAGVIPQTARCARCGAPDPEHPDPLGGQLLCSKCAALPPYPPAVLDFLRHAVRRTVRASFEQPVPSADRPALWRALEKFVTVQVGGVHSWRQLVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure and DNA-Binding Analysis of Reco from Deinococcus Radiodurans
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Dna repair
|
source organism |
Deinococcus radiodurans
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molecule keywords |
HYPOTHETICAL PROTEIN DR0819
|
total genus |
53
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structure length |
230
|
sequence length |
236
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2004-07-18 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02565 | RecO_C | Recombination protein O C terminal |
A | PF11967 | RecO_N | Recombination protein O N terminal |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | de novo design (two linked rop proteins) | de novo design (two linked rop proteins) | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QVC A; 1SR3 A; 2R92 H; 1X55 A; 3ZJY C; 5LMN Q; 4DR1 L; 1SE8 A; 3UE0 A; 5GAG C; 3GDE A; 1YI2 A; 1HH2 P; 3KLW A; 4YY3 Q; 4BXX G; 4HJ5 A; 1NY4 A; 1FJG L; 3D31 A; 3K7A H; 4B3T L; 4DV2 Q; 1B8A A; 1E3P A; 5FJ8 G; 2JEB I; 3J80 i; 1X3E A; 3HOV H; 4A3B H; 1L1O B; 3PUY A; 1VQ8 A; 3U58 A; 1JMC A; 4R4Q A; 2Q2U A; 4RG1 A; 5GRO A; 2L15 A; 2PQA B; 3GTJ H; 3FP9 A; 1N8R C; 5M3M H; 5BR8 Q; 1MKH A; 1Y1V H; 2RHS B; 4R4O A; 2JA6 H; 3G48 A; 3HOW G; 4R4I A; 4DV5 Q; 4NXM Q; 3T1Y L; 1HR0 L; 2MO0 A; 4MTN A; 5HY6 A; 1CSQ A; 4AYB G; 1FVI A; 5IYC H; 4YHH L; 4DV1 Q; 4DV6 L; 1HNX Q; 4A3C G; 2PNH A; 3ER0 A; 3W1G A; 2EIF A; 4OO1 I; 4TQU S; 4IFD I; 2UUA L; 2UXB Q; 1QUQ B; 4JI3 Q; 2UUC Q; 4QY7 A; 3KFU A; 3PUW A; 3NBH B; 3S24 A; 1FL0 A; 4QIW E; 2R92 G; 2EXD A; 4GNX B; 3WWV A; 1S72 A; 1PHJ A; 1XPR A; 2B29 A; 4IJL A; 1J5E L; 2DGY A; 1W2B A; 1KIX A; 1KD1 C; 5EAY A; 2F4V L; 3CME A; 1PH2 A; 2OQK A; 3EBE A; 1CKN B; 4X62 L; 3HOV G; 2K75 A; 1E1T A; 4PZ8 A; 2WP8 J; 1VQ5 A; 4LF8 L; 4JI6 Q; 1K8G A; 4A3B G; 2R93 H; 4JI2 L; 3CCQ A; 3CW2 C; 4LF4 Q; 4GS3 A; 1RL2 A; 4L5T A; 1K83 H; 4NB3 A; 4X64 L; 1N33 Q; 5ELO A; 5M3M G; 5GAH C; 4BA2 I; 1Y1V G; 4UPA A; 5FLM G; 3FKI H; 4DUY L; 2F52 A; 1VQI A; 4C3J H; 4GLX A; 2JA6 G; 4WJ3 M; 1EQR A; 2NVY H; 5IYC G; 4YWL A; 2R7Z H; 1XNR L; 1C9O A; 2VS1 A; 3AFQ A; 2I5L X; 3K0X A; 4LW1 A; 4YCU A; 4JI4 Q; 4L5S A; 1XNQ Q; 3H3V I; 4LUO A; 3BZC A; 2KCT A; 1N32 Q; 1VQF A; 1Z9F A; 1Q86 C; 1CKO A; 4DR4 Q; 1VQD A; 2AKW B; 4QQB X; 1TWG H; 4DR6 Q; 1UEB A; 1K9M C; 1Y1W H; 2C35 B; 4LF7 L; 1YIJ A; 2HIX A; 3AEV A; 3CF5 A; 3PF5 A; 2I5H A; 3L7Z C; 2R6G A; 4R1J A; 2R93 G; 4YWK A; 4PG3 A; 3I56 A; 3NEN A; 5LMN L; 4DV7 Q; 3J7A 5; 4HIK A; 4OWW B; 4YY3 L; 3AFP A; 3CC4 A; 4QL5 A; 2VNU D; 4JBM A; 3FKI G; 1PH5 A; 4DV2 L; 2CFM A; 1YJ9 A; 3GO5 A; 3PF4 A; 4IOA A; 3S1M H; 1IZ6 A; 2ZJQ A; 3GTK H; 2B3G A; 4DPG A; 4BY1 H; 3I4M H; 3CCV A; 3PCO B; 3S2D H; 1K73 C; 1U0L A; 1VQB A; 3CPF A; 2D0P A; 3AYH B; 2ZTD A; 5FLX c; 5BR8 L; 1YHB A; 4HIM A; 5M5X H; 1VQL A; 1L1O A; 1SRO A; 2E2I H; 4DV5 L; 2A8V A; 4NXM L; 1VQE A; 1VQG A; 5IYD H; 1D7Q A; 2AWN A; 5LMU Q; 4EX5 A; 1V43 A; 1A0I A; 2PQA A; 4DV1 L; 1VQO A; 1Y1W G; 3TS2 A; 4LF6 L; 1XTD A; 3S16 H; 1AE2 A; 1G29 1; 3KOJ A; 4IPC A; 1LTL A; 5HGQ A; 2UXB L; 4JI3 L; 1CKM A; 2UUC L; 1VQH A; 2DUD A; 2K5N A; 3NEM A; 3RZD H; 3PIP A; 1K8A C; 4P72 A; 1LYL A; 3KJO A; 2JQO A; 3OYY A; 4ALP A; 3CD6 A; 1QUQ A; 4KHP Q; 3HKZ E; 1MJC A; 4DR2 Q; 4LNQ A; 3RLN A; 4BXX H; 3PUX A; 1OXT A; 2WAQ G; 4GNX A; 3W5O A; 4JI6 L; 1IL2 A; 1HZA A; 3I4M G; 2K14 A; 4BY1 G; 2KEN A; 4LF4 L; 3ULP A; 3KF6 B; 2YTV A; 1N33 L; 4JI1 L; 1P8L A; 1CKN A; 5C4X H; 1Q8K A; 4GOP B; 1HNW Q; 3JAM i; 1KQS A; 1VQJ A; 1VQ6 A; 4JI0 Q; 2JA9 A; 5IYD G; 1KHI A; 3GD7 A; 3HOW H; 1YEZ A; 3CMA A; 4DUZ Q; 1AH9 A; 2MO1 A; 1TWH H; 4X66 Q; 2WB1 G; 2YTY A; 2EQS A; 3RLO A; 3HOX H; 1YIT A; 1XNQ L; 2NVX H; 2OTL A; 1RIP A; 4NXN Q; 4B3R L; 4AQY L; 1TWC H; 4IFD J; 1JB7 A; 1L2F A; 2UXD Q; 2IHF A; 1N32 L; 5GAE C; 4LF9 Q; 1A63 A; 3K7U C; 4P75 A; 3U50 C; 3GTL H; 1KRT A; 4DR6 L; 3CCR A; 2VZA A; 4OX9 Q; 4IPH A; 3AQQ A; 5IT9 c; 4GN5 A; 1T9H A; 2A19 A; 2YYZ A; 1IBK Q; 4L5R C; 1WCM H; 3M3Y H; 2KCM A; 4LF5 L; 5C3E H; 4JV5 Q; 4O2D A; 1U5K A; 2VY3 A; 5M3F H; 1PH3 A; 1EIY B; 4WJ4 A; 4DR5 Q; 4DV7 L; 4R4C A; 2VQF Q; 1M1K C; 2RCN A; 5LMN W; 5C4X G; 5E7N A; 2JJQ A; 4X65 Q; 2A1A A; 3DLL A; 3J7Z C; 2IX1 A; 4B3S Q; 5FLM H; 1X6O A; 1YBY A; 5K36 G; 3CP0 A; 3DM3 A; 1JT8 A; 4PZ7 A; 3HOX G; 3PO3 H; 2OWO A; 4A3G H; 1X3G A; 3E0E A; 4GN4 B; 2GVB A; 1N34 Q; 1HNZ Q; 4JI5 Q; 4GKK L; 1Q12 A; 4BBR H; 5LMU L; 2GN5 A; 3J81 i; 4GN3 B; 3G6E A; 4A3J G; 1OXV A; 4RMF A; 2BH8 A; 2HIV A; 1IBM L; 2UU9 Q; 3PUV A; 3ERS X; 4DKA C; 1WCM G; 5JEA J; 4QGU A; 3J81 j; 2N78 A; 1WI5 A; 5C3E G; 4A3F H; 1TWA H; 3CC7 A; 5M3F G; 2R7F A; 4XIG S; 4O0A A; 1V1Q A; 1VS0 A; 4IPG A; 4H02 A; 2KHJ A; 3KDF B; 2IT1 A; 1I94 Q; 4KHP L; 2QGQ A; 3UDX A; 3U4V A; 2BH2 A; 1Q81 C; 4DV4 Q; 1FGU A; 1I50 H; 3G71 A; 3OTO Q; 1MJE A; 2NN6 G; 3A0J A; 1YHQ A; 1R9T H; 1A62 A; 4QJF A; 4DR7 Q; 3BJU A; 3S1N H; 4GKJ Q; 4YCW A; 1KRS A; 3CCE A; 2UUB L; 3PGZ A; 3PO3 G; 3M9B A; 4A3G G; 1HNW L; 4JOI A; 4BY7 H; 2E5L Q; 4K0K Q; 3I4O A; 3HOY H; 2AHO B; 4BBR G; 4JBK A; 3KF6 A; 3CXC A; 4DUZ L; 3OW2 A; 2Z6K C; 4C3H H; 3CPW A; 3MXN B; 4GOP A; 5C0X I; 1GKH A; 1ASY A; 3M4Q A; 2N8N A; 4UP7 A; 4A93 H; 1JE5 A; 2VUM H; 4DR3 L; 4A3F G; 4HJ9 A; 4A3D H; 2UXD L; 2GVA A; 1YZ6 A; 3KJP A; 2CQO A; 2HHH Q; 2N3S A; 2RHQ B; 3KYH C; 3RR5 A; 2D0O A; 2VL6 A; 4LUV A; 3FHW A; 1X65 A; 3TS0 A; 5GQO A; 1V9P A; 5IP7 G; 1IBK L; 4JV5 L; 3K81 C; 1LM0 A; 4AH6 A; 4EQ5 A; 1I6H H; 1PH9 A; 3CAM A; 3UDI A; 5M5W H; 2VQF L; 4LFA Q; 3IRB A; 4A76 A; 3S1R H; 1NTG A; 3RN5 A; 4BY7 G; 4IFD G; 1EOV A; 1E22 A; 3HOY G; 4LWC A; 1N9W A; 2BA0 A; 2V1C C; 2Q2I A; 2LXK A; 4OXP A; 1PYS B; 4YCV A; 3A5U A; 1HNX L; 1PH1 A; 1FJG Q; 2VQE Q; 2LXJ A; 1YJN A; 2HQL A; 4BA1 I; 3HOU G; 4A93 G; 2JA7 G; 2VUM G; 2I5M X; 4JCV E; 2ZJP A; 4JI5 L; 5C44 H; 1N34 L; 1BVS A; 1HNZ L; 4A3D G; 3D0F A; 1PVO A; 4A3E H; 4DV0 Q; 4OWT B; 4HJA A; 1E24 A; 1XJV A; 4A3L H; 3CCU A; 4APV A; 3UDG A; 1Q1B A; 1JJG A; 2UU9 L; 4IOC A; 3GTG H; 3PUZ A; 1K3R A; 4Y7N H; 5M5Y H; 1HJP A; 3K80 C; 2I0Q A; 4IJH A; 5JJK A; 1K0R A; 3H0G H; 4OWX B; 2ID0 A; 4DV3 Q; 4A75 A; 3GTQ H; 2OTJ A; 1KAW A; 1WJJ A; 5IE8 A; 1EIF A; 4GLV B; 3B6Y A; 1I94 L; 5IWA Q; 2PI2 E; 3NEL A; 2N49 A; 2YV5 A; 2K5H A; 1B70 B; 4DV4 L; 4IO9 A; 5JJI A; 3RN2 A; 2IX0 A; 1YJW A; 2QA4 A; 2OCE A; 2KBN A; 3U4Z A; 3GTM H; 1GD7 A; 4DR7 L; 1BKB A; 3J80 c; 1PH8 A; 2LSS A; 3KF8 B; 1PH7 A; 4JI4 L; 2B63 H; 4JC0 A; 3I2Z A; 1CSP A; 5C44 G; 1EQQ A; 2E5L L; 4K0K L; 2ZM6 Q; 4A3E G; 1WFQ A; 3UDF A; 4P73 A; 4P74 A; 1EFW A; 3CC2 A; 3PIO A; 1IXR A; 1Q82 C; 2JK8 A; 4A3L G; 4DR4 L; 4DAM A; 4A3J H; 1IBL Q; 2JA8 H; 3ULL A; 1NE3 A; 2OQ0 A; 4BBS H; 1KXL A; 5C4J H; 1ASZ A; 1OTC A; 2ATW A; 1C7Y A; 1P16 A; 1XNR Q; 3H0G G; 4HJ7 A; 1NMF A; 2HHH L; 2MNA A; 4JI7 Q; 3EIV A; 1H95 A; 2NN6 I; 1Q46 A; 1BBW A; 3STB C; 1SRU A; 3J81 c; 3F1Z A; 1C0A A; 1UE1 A; 3F2C A; 3RNU A; 3BU2 A; 4A3I H; 4LFC Q; 3F2D A; 2ZJR A; 3L0O A; 1MIU A; 2AWO A; 1HZ9 A; 1PYB A; 4PMW A; 1VQK A; 4LF7 Q; 3PSI A; 1UE7 A; 1KC8 C; 4JYA Q; 2AMC B; 3LGJ A; 1I5F A; 5DLQ E; 2JA5 H; 1NJI C; 1BBU A; 2B63 G; 4A4I A; 3CCL A; 2R7D A; 2KHI A; 3CCJ A; 1NBW A; 2BA1 A; 2VW9 A; 2K4K A; 2MQH A; 1B7Y B; 4MNO A; 1IYJ B; 2JE6 I; 1N36 Q; 2VQE L; 4JBW A; 3UE1 A; 2JA8 G; 5C0X J; 4BBS G; 3I7F A; 4DAY B; 4J15 A; 2YU9 H; 1PFS A; 2D62 A; 4KHZ A; 4YWM A; 5J3B A; 4DV0 L; 3H15 A; 2E2H H; 4POG A; 4UY8 C; 4DNI A; 2IY5 B; 1L1O C; 3A74 A; 1SMX A; 1DGS A; 4OON A; 4R4T A; 3HKZ G; 2PMZ E; 3I4N H; 4A3I G; 4DR2 L; 3S14 H; 1EYG A; 2XGT A; 5IP7 H; 4LF6 Q; 1OXX K; 4DV3 L; 1PH6 A; 1PA6 A; 3M4O H; 3BZK A; 1Q1E A; 3ICE A; 3M7N A; 3RZO H; 3S15 H; 1X3F A; 2K5V A; 5JJL A; 1XMQ Q; 5IWA L; 2JA5 G; 1W3S A; 4A3K H; 2ASB A; 4LFB Q; 3PV0 A; 1GO3 E; 1OXS C; 4PZ6 A; 4AIM A; 2Z0S A; 4X6A H; 2E2J H; 1VQA A; 4JI8 Q; 1XPO A; 1Q7Y C; 3G4S A; 3VDY A; 4JI0 L; 2CWA A; 4GNX C; 4HID A; 1HZC A; 1KL9 A; 4X66 L; 3TRZ A; 2QEX A; 4HIO A; 1AE3 A; 1VQM A; 2WAQ E; 3HOU H; 2ZM6 L; 4NXN L; 2JA7 H; 2NVQ H; 2RF4 A; 5AJ3 Q; 3K8A A; 4JI1 Q; 4LF9 L; 5IP9 H; 1G6P A; 4UP8 A; 2K50 A; 4LUZ A; 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