3TDG | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	232
structure length	232
Chain Sequence	QDNLVSVIEKQTNKKVRILEIKPLKSSQDLKMVVIEDPDTKYNIPLVVSKDGNLIIGLSNIFFSNKSDDVQLVAETNQKVQALNATQQNSAKLNAIFNEIPADYAIELPSTNAANKDKILYIVSDPMCPHCQKELTKLRDHLKENTVRMVVVGWLGVNSAKKAALIQEEMAKARARGASVEDKISILEKIYSTQYDINAQKEPEDLRTKVENTTKKIFESGVIKGVPFLYHY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional characterization of Helicobacter pylori DsbG pubmed doi rcsb
molecule keywords	Putative uncharacterized protein
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Helicobacter pylori
total genus	77
structure length	232
sequence length	232
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF18257	DsbG_N	Disulfide isomerase DsbG N-terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.450.520	Alpha Beta	Roll	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	3tdgA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3tdgA02

2XPDA 5AIXA 1GP1A 1PSQA 3FR3A 2OA7A 2L6DA 2MYGA 5J4UA 5ECPB 2MMNA 4ZL9A 3RHBA 2LQOA 4JBBA 3J7Yk 1F37A 5J5NA 2GT5A 3LGCA 4JZQA 4LL1B 2H71A 2VL2A 2DJJA 2H70A 3ZMKA 1X9WB 4WR5A 4Q5RA 18GSA 3F3QA 2G0FA 13GSA 1MDKA 2FWHA 2CT6A 2WULA 1FB0A 4OWYA 2B5YA 1ZGNA 3HZ8A 2LRTA 1TU7A 4O32A 1O73A 1Z7RA 2X64A 5DAKB 2H76A 4HQZA 5G30A 3E3EA 6GSUA 4HOJA 1AUCA 1ZOFA 3VLNA 3GX0A 4KNDA 3IR4A 4YQMA 5DJMA 4I2UA 3HDCA 4IGJA 4ZL8A 3WGDA 4O92A 3M8NA 4NXIA 4LA1A 1MD4A 4IBPA 3PR8A 2HZEA 4GRFA 4HI7A 3LORA 4GLTA 3VPQA 3D6IA 4OO4A 4E8EA 4EDYA 3HVSA 2AUVA 1PX7A 2H6YA 2LJRA 1SK1A 2IMKA 2DJ2A 1PA3A 5D8IA 3F0IA 1BQ7A 1SKSB 3I6AA 4G19A 2VM1A 1TK0B 1GSEA 2LEGA 3RDWA 3GN3A 2JSZA 1OE7A 3GSSA 1X9MB 3P90A 3QFAC 5J9CA 4PQHA 4TN8A 5CRHA 2KLXA 4F9ZA 1XWAA 1PMTA 1B4QA 2CVDA 1FB6A 1YY7A 2B3SA 1G7EA 3FZ4A 6GSWA 1SYRA 4GSNA 5CNWA 2F8AA 3P8WA 3WT1A 5FWGA 2VAFA 4AF2A 1EEJA 4YAPA 3IC4A 1AXDA 4KGIA 2GZYA 2R5GA 4CDOA 4YQUA 4ID0A 2O89A 3VPTA 4K9ZA 1OC9B 2EC4A 5IMCA 4OO5A 2OBIA 4FYCA 1PKWA 3WGEA 1A2JA 1GLQA 2H0IA 3BBYA 1EGRA 1O8XA 2VD0A 1SJ6A 3Q74A 3GHAA 5D9WA 5GSTA 3KMOA 2OE3A 3DVXA 3OR5A 3IPZA 3CSIA 4WKWA 2IMDA 1K0BA 1TXXA 5E59A 3HA9A 1ST9A 3ERGA 4ECCA 2MMZA 3H93A 1K0NA 4LMVA 5C04A 1BEDA 2FCHA 3DGQA 1R4WA 1N2AA 5A4UA 3C73A 5DALA 3WT2A 4EE0A 1XWBA 4HUAA 2H1DA 3IK9A 1UN2A 1WE0A 1MDJA 2IMIA 2LNSA 2MBTA 3HVXA 1FVJA 3TCOA 5IO0A 3TJFA 2NDOA 2DBCA 4XCSA 2H66A 2D2ZA 5F0GA 3TGZA 4JR4A 4GQFA 3TOUA 2N5AA 4XS6A 5IMDA 3APSA 3GSTA 1GSFA 3GKMA 2JZRA 5HFKA 4MH2A 3UARA 1WMJA 3RBTA 4OCEA 1QQ2A 3C7MA 2I4AA 3QOUA 1TU8A 3KJYA 2HLSA 1WRYA 2IMFA 3ZL5A 12GSA 1GSDA 5A4VA 5L71A 5ECNB 4MJCA 3UJ1A 4L0UA 3BCKA 1XWKA 4MJAA 4PQ1A 4EDZA 4HZ4A 4LLRA 2HZEB 5EL8A 2VCZA 4ZBBA 2HZFA 1PRXA 1KEBA 2CQ9A 3IRAA 1I9DA 5E4WA 2L57A 3ZIJA 2REMA 4MCUA 4MPGA 2NTOA 3FK8A 1SD8A 1EOGA 3A2WA 3AY8A 3KIJA 2VL9A 2OJLA 2IWTA 5B7CA 1PL2A 1GUMA 1HNAA 2CAIA 1H75A 5LD0A 4MF5A 1ILOA 2KUCA 1XW6A 3IBHA 5A4WA 2P5RA 5G5FA 5HR2A 1AW9A 4OCFA 4ZXGA 2R37A 4XIHA 4JEDA 2C1YA 1S3AA 3C1SA 1SK0A 1F3AA 3UIWA 4XS4A 3ZFLA 4IELA 2EIQA 3GNJA 1LBKA 2LV3A 3SWLA 2K18A 3IOSA 5INYA 1Z6MA 2M72A 2VD1A 1RK4A 4I5QA 4FYUA 1B8XA 2KHPA 5A5KA 4X0XA 4FIWA 3HY2A 1SK2A 4X43A 5HFIA 3VURA 1QK8A 2YANA 2TRCP 2IIYA 4TRXA 4HQSA 1GSYA 3F6DA 3F4SA 3ZTLA 4J57E 3N9JA 3L78A 3PH9A 3M1GA 2LJKA 5D96A 2CVKA 2GSQA 4MF6A 3IA1A 1TJDA 2GVPA 1SJIA 4NHWA 2V6OA 4K6XA 1F2EA 2GDRA 3HKRA 4EKZA 4ZBAA 2FA8A 3G7JA 3Q19A 5DALB 2OE0A 6GSTA 4WEYA 3ME7A 1THXA 5ELGA 3SBCA 3H1NA 2I9HA 2WFCA 5D9XA 3HCZA 4N0ZA 2F3MA 2HRNA 3ZIVA 5HR3A 3TJBA 4N10A 1XW9A 1T3BA 2HI7A 3ZLPA 2BJXA 4IJIA 3J7Yb 1QFNA 3FW2A 2IL3A 1M7TA 1ML6A 5KN0A 1Z9HA 1AQXA 3W8SA 1MDIA 1EGOA 1XVQA 1ZZYA 4TOPA 2K6VA 2H01A 3EMPA 1PQNA 1W89A 5B6NA 1QXHA 1ERUA 4POLA 1QMVA 1FOVA 5IMVA 1O7UA 4ECBA 2VIMA 2VUPA 1K0MA 3F3RA 2MMAA 1XW5A 4F03A 1EP7A 3G7YA 2XBIA 3E9JB 2GT6A 3F9UA 1URMA 1SL2B 1B48A 2QSIA 1G7OA 4K8MA 1J9BA 2H0GA 3IHQA 3TKRA 3A5WA 2YCDA 2B1KA 2E0QA 4V2NA 4ISDA 3KTBA 2C80A 3EU4A 3F4TA 4QL7A 2DJKA 1SL0B 1JLWA 1G6YA 2RLIA 2C3QA 1DE2A 2KP2A 2IN3A 4XS4B 1XFLA 2WGRA 5KN3A 4BWQA 3IE3A 2H0HA 2XC2A 4IHUA 4YQVA 5G1LA 4PNGA 1S3CA 1Z7PA 2C4JA 2N5FA 3GH6A 4K2DA 2LRNA 3O6TA 5GSSA 2VLTA 1R5AA 1PD21 4KCEA 5IMZA 2GLRA 3HYPA 2YNXA 3EVIA 4KE3A 1GTUA 3DKSA 4TR3A 3CBUA 2B7JA 2GSSA 2HSYA 2QC7A 4GWRA 1WP0A 4L8EA 3FYGA 3EE2A 3GH9A 2XBQA 1GLPA 4BPYA 2VCTA 2NPBA 4F0BA 5JCWA 1AQVA 2F8FA 3ME8A 4J2FA 2PUKC 1V98A 2RM6A 1M2BA 1J0FA 2H8LA 3L9SA 2ON5A 1VF3A 1RQMA 2C0GA 4P3YB 2HRFA 3VK9A 3E0UA 1K0CA 3D5JA 4AJ7A 3RPNA 3M9JA 1N8JA 1GNWA 3QPMA 1EV9A 3LSZA 4ML6A 20GSA 1LU4A 2GTUA 1CQGA 4RUVA 1A0RP 5JWOB 4TR1A 1T4YA 3ERFA 2DJ0A 1GTAA 2V2GA 1OC8A 2P31A 2J23A 3UL3A 1ZL9A 3CRTA 2RM5A 1GRXA 3TKSC 4BL7A 1UC7A 2FY6A 2YJHA 3QR6A 3GIXA 5CREA 1GWCA 2L5LA 2E7PA 2RIIA 1A0FA 1HNBA 4DVCA 1X5CA 1KTEA 1WIKA 3QAGA 1UVZA 4V2LA 1YF0A 2C3NA 5DCHA 1T4ZA 2OKAA 2I3YA 2HYXA 3F8UA 1OE8A 4K0GA 3LG6A 1B9YC 2JZTA 2QGVA 2B5XA 5AIVA 3GKKA 2L5OA 4MMMA 3TB2A 2CX4A 3BOAA 2I81A 3QFBC 2H19A 4I8BA 1ERWA 4I97A 2YJ7A 1M2DA 3G9BA 2C0DA 4TW5A 3CTFA 2H74A 1ZYEA 2FD3A 1EZKA 3O3TA 1JLVA 4PNFA 1LJRA 4JR6A 4DSSA 4FO5A 3CSHA 2XPEA 2N5BA 17GSA 3QD9A 5DCGA 3D4MA 4NHZA 3WYWA 1FVKA 2OE1A 1AIUA 5COHA 3UVHA 2G2QA 2VL2C 3H8QA 2IJYA 3NIVA 2B1LA 2E2GA 5ECKB 5IOXA 1OC3A 1TTZA 2VLVA 9GSSA 2YPMA 3LEFA 4IN0A 2A2RA 1SENA 1V57A 3TKPA 3UBLA 3GL5A 4RQRA 2C0FA 1GSSA 2LJAA 3FR9A 3LJRA 4WXTA 5D9TA 4Q5FA 1E6BA 4K7NA 3FEUA 1GNEA 4OMVA 2GGTA 4HEA2 3CYNA 3IV4A 2YZHA 4PX1A 1Q4JA 4MZWA 1KBNA 1SD9A 2VO4A 3H4KA 1FO5A 2V6KA 3M9KA 5ECSA 1TW9A 2YZUA 3VI7A 1V9WA 5C00A 1G6WA 4GQCA 3ERWA 4N11A 3MNGA 4EL1A 4DSRA 3KP8A 4L5OA 3DRNA 2FGXA 3UMAA 1JZWA 4KDXA 14GSA 4K1FA 2TRXA 2DJ3A 1G0TA 3MAKA 4TR1B 3EURA 3GYKA 4KDYA 22GSA 1GH2A 3W6GA 2NBSA 3KMNA 3TJGA 1ERVA 2CAQA 4F82A 4ILFA 2B6MA 2X8HA 4WBJA 2H30A 1SU9A 1WWJA 4POMA 3TJKA 4V1Ap 3DD3A 3GL3A 5CYYA 1EWXA 1GTIA 3EINA 3O76A 3HXSA 4PQIA 1ON4A 3HJMA 4NAXA 3QDNA 4MDCA 4ZIJA 1XVWA 2R3XA 2TIRA 1FG4A 3KCMA 4JE1A 3IK7A 4IP1A 4PXOA 4WR4A 4HS1A 4N0VA 3HZ4A 4KX4A 5D93A 5KEJA 2A2SA 1U87A 3ZVJD 5F8BA 4K0NA 4HJ2A 1NHYA 2IFQA 3QAWA 2H75A 2HE3A 4HZ2A 5ENUA 5G2ZA 2KP1A 5IPGA 3LYKA 1NSWA 3LFLA 4L5LA 2CA8A 1XXUA 4DSSB 5EY6A 1JHBA 1HNCA 3ED3A 3DXBA 1YEPA 2YN1A 1T7PB 2LSTA 4MPFA 5CP1A 2C0EA 1XWCA 5JWRB 5DJLA 5F06A 5AN1A 2ES7A 3I43A 3IAM2 4BA7A 4IW9A 5H5RA 2C3TA 4ACSA 16GSA 4BWSA 2B7KA 1TRUA 1M0UA 5EPFA 4ECJA 3DEXA 2YP6A 2LNTA 1YF1A 2CV4A 4TXOA 1XPVA 5G1KA 1YQ1A 3ZMLA 1HYUA 2ZNMA 2MMOA 2LTKA 4POKA 4Q5NA 3M3MA 1V2AA 3EU3A 5H5QA 1TRVA 2GZZA 2FHEA 2BTOT 6GSSA 3FKFA 5IIZA 2HSHA 1X9SB 1XZOA 2R6KA 3IDVA 5JCUA 5ECHB 5CRDA 3BD2A 3DMLA 2OBKA 3QAVA 2ZCTA 4PGTA 3GURA 2EIOA 1IYIA 2JL4A 3ZVJA 3D22A 2GSRA 1USBA 3TRQA 5HQPA 3NOFA 1GSUA 2J9HA 5HR1A 3UBKA 5H5SA 2LKUA 2DSAA 1M2AA 4F2IA 4MJBA 1BX9A 3L4NA 2PWJA 10GSA 3L9UA 3HJOA 4MP4A 5GZZB 4O5RA 2YWMA 2K8SA 2AHEA 3RPPA 5IMFA 2R4VA 1F6MC 3GUSA 4MZCA 4GSTA 4WBRD 1VF2A 2CZ3A 4G9HA 3APQA 3FY7A 1TK5B 1GUHA 3F6FA 2IPAA 2QKEA 4MJEA 2AB6A 5D9VA 2E2MA 2L59A 1K0AA 4OFNA 3EWLA 1A8YA 1SKRB 3TKSA 3CRUA 4LL4B 3VWWA 4KUNA 4IVFA 2K9FA 4IJ3A 1K0DA 2DJ1A 1S3DA 3GA4A 2JACA 2LUSA 4EUYA 3ZZXA 1U3AA 4HJMA 2M80A 4L0WA 1PKZA 3BJ5A 2IFQB 4IS0A 1Z6NA 1ZYQB 2X8CA 5DQSA 4EF0A 3S9FA 4WETA 1JZOA 2V41A 3L9VA 5ECLB 1A2MA 2DIZA 4CHSA 4F0CA 4J56E 2A4VA 1Y25A 4HU7A 3UEMA 1AC1A 1ACVA 4KCAA 2V1MA 3FZ9A 3EYTA 3A2XA 3P7XA 4PUFC 4YAVA 2DMMA 3K8NA 2MZCA 3FZ5A 2YV7A 1TRWA 5GAPD 3M0FA 3EMXA 3R2QA 5CRGA 1GSQA 1VF4A 1YDKA 2ZUPA 4CW9A 5FHIA 2VOCA 2YV9A 4MF7A 2KOKA 2PGTA 4TKYA 1J08A 3MSZA 4V2MA 4ZBDA 4TXOB 2FUG2 1K3YA 4X1UA 4D73A 1YKCA 3QMXA 4PURA 4NWYA 7GSSA 2X99A 1A24A 2WS2A 4TVEA 1A2LA 1OKTA 4GTUA 3TRPA 3MWHA 3KTLA 3PINA 1X0RA 3GX8A 8GSSA 1R5PA 4TR0A 4N30A 2X8GA 2VM2A 5J9BA 4PUAA 4DSQA 5ECMB 3D21A 5IQYA 1VRSD 4POBA 3DVWA 2FWFA 3RHCA 1OVNA 1A8LA 4TR4A 1O6JA 4V1Ag 2FWEA 2YWNA 1BYEA 1SYXA 1XOAA 3U6VA 4GXZA 2VLUA 1TK8B 5ECQB 2M46A 1Z3EA 2HXKA 3N5OA 5AISA 4Q5QA 3LXTA 2DLXA 1WPIA 1F9MA 3GTUA 2MBSA 5DDLA 2H73A 1JFUA 3EC3A 2O87A 1T00A 2OADA 5J3RA 3NZNA 4EXJA 4YH2A 2XHFA 2FNOA 1U88A 3C8EA 3CSJA 1YEXA 4BVYA 2PPTA 4I2TA 3HJPA 1HD2A 2PN8A 2PU9C 5AGYA 2GZPA 2H1AA 3GFKA 2AV4A 3IAS2 1BJXA 3BCIA 5IOWA 3VFIA 2C8UA 5B8BA 1YJ6A 3TJJA 5KN2A 1TKDB 2LS5A 5JWQB 6GSVA 4AJ8A 2VCVA 5ECRB 2AAWA 3KH9A 1XBSA 2CVBA 5G31A 1GTBA 4KH7A 2WCIA 3RAZA 3D0ZA 4XRAA 4OFMA 2DMLA 4KW6A 1HQOA 2WB9A 1TI3A 3VWVA 5ABRA 2GSTA 3H79A 2H72A 5DVBA 4G2EA 4RQXA 1GUKA 4K7OA 3Q18A 4GCIA 2F9SA 5DBQA 1NHOA 1EV4A 2ALBA 2GQMA 3F63A 2L6CA 4DEJA 5FT3A 3P2AA 5F05A 5IPHA 1CQHA 1FW1A 1DUGA 2VCWA 4ZL7A 2H6XA 3KD0A 3PGTA 2R2JA 1B4PA 3HHVA 1W4VA 3I9V2 1H4OA 2Z9SA 1X5EA 3A2VA 4EC0A 1XOBA 4D73B 4FYBA 2WZ9A 3GV1A 3KM6A 5ID2A 3IXRA 3APOA 1ZCPA 1DSBA 4EO3A 4FH8A 2RUEA 1U6TA 3GKNA 1PGTA 1F3BA 1SKWB 4EVMA 1K3OA 2DC5A 1WJKA 1K3LA 2F51A 5ECOB 5IM9A 3KXOA 4E8HA 4H86A 4OD7A 1XIYA 4KSOA 3GRXA 2YWOA 2PVOC 2K8VA 5ECIB 1VF1A 1MEKA 1R26A 2AYTA 1M99A 2VCXA 4XS1A 1YZXA 3I69A 2AJQB 3CTGA 2CX3A 4KAEA 3ZITA 4KA0A 4QQ7A 4NMUA 5HR0A 1NW2A 5LNKe 4XRDA 4MLYA 3V1WA 3U5RE 2IMEA 1C72A 1V40A 2WJUA 3W8JA 4ZB8A 3ZRDA 4NV5A 5B8AA 4ML1A 4OFTA 3ZREA 1ZMAA 1Q98A 5JCGA 5GAND 2FWGA 3JCML 11GSA 3GTUB 3ZYWA 5LCZA 4JRRA 1BG5A 2PMTA 4RI6A 3TDGA 3TUEA 3C1RA 2JU5A 3GKXA 3DWVA 3KP9A 3D4TA 1QGVA 2NVLA 1OYJA 3KH7A 4MZBA 2WDUA 1MTCA 3KGKA 2LQQA 1GULA 4JU5A 2O7KA 1TP9A 1KNGA 1TOFA 2HT9A 5F07A 2RUFA 5DQYA 2JSYA 3MDKA 1XCCA 1BAYA 4MA9A 3VWXA 1O85A 3LQ7A 2PBJA 1UA5A 1WOUA 1PN9A 1DBYA 2DIYA 2V32A 4IKHA 1E2YA 3HD5A 2VCQA 3G7IA 19GSA 2LRCA 1IYHA 2JADA 1EEMA 3VI5A 5IMAA 1AQWA 1Y6EA 1SJZA 4RI7A 2EIRA 2YOIA 4AGSA 1PX6A 6GSYA 2O8VB 5CAXA 5CRWA 5CO3A 4XTSA 1M9BA 3FHKA 4QL9A 2CZ2A 2GQKA 4ULXA 4BVXA 3TRXA 4ECIA 1MD3A 2H6ZA 1T8EB 2GS3A 3UAPA 1EP8A 3HVVA 1QUWA 5IO2A 3UVTA 6GSXA 5DAKA 2PERA 3A3TA 1X5DA 5ELAA 1OKDA 1R7HA 4G10A 1TI1A 5B6MA 3FZAA 4ZILA 3FRCA 4XHMA 2OACA 2P5QA 4KDUA 2L4QA 5ID2B 1K0OA 1M9AA 4MH3A 2P0GA 3KEBA 3CXGA 2HFDA 1FHEA 3TKQA 4KSMA 2B5EA 4I6XA 1I5GA 4HU9A 1T1VA 5G5EA 3L0HA 1ABAA 3VWUA 3ZFBA 1PL1A 2FA4A 3WGXA 1ERTA 1JZRA 4ZB9A 1OAZA 1XWGA 2O85A 3Q6OA 5D73A 2VL3A 2BMXA 3US3A 3LYPA 1TRSA 2I1UA 1VGLA 3UOMA 3GMFA 2PVQA 2YWIA 4GF0A 3DYRA 4IP6A 1FAAA 4GSSA 4K7IA 2FLSA 3FR6A 1V58A 4Z7XA 1EOHA 3TOTA 1DE1A 4WF4A 1O8WA 1AAZA 3ISOA 4HDEA 3QCPA 5HFGA 1GL8A 1SL1B 3LXZA 4NV2A 3KZQA 4ZB6A 4MABA 5KN1A 4WF5A 4NPBA 4AJ6A 4TXVA 1B9XC 3LWAA 1OC9A 2H1BA 4O7HA 1YKAA 4KB3A 3TKSE 1RW1A 5EVOA 2JZSA 1O81A 3CMIA 1THOA 2WRTA 1U3IA 1TDIA 1Z5YE 1A23A 2H1GA 2ON7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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