3TDG | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	232
structure length	232
Chain Sequence	QDNLVSVIEKQTNKKVRILEIKPLKSSQDLKMVVIEDPDTKYNIPLVVSKDGNLIIGLSNIFFSNKSDDVQLVAETNQKVQALNATQQNSAKLNAIFNEIPADYAIELPSTNAANKDKILYIVSDPMCPHCQKELTKLRDHLKENTVRMVVVGWLGVNSAKKAALIQEEMAKARARGASVEDKISILEKIYSTQYDINAQKEPEDLRTKVENTTKKIFESGVIKGVPFLYHY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional characterization of Helicobacter pylori DsbG pubmed doi rcsb
molecule keywords	Putative uncharacterized protein
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Helicobacter pylori
total genus	77
structure length	232
sequence length	232
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF18257	DsbG_N	Disulfide isomerase DsbG N-terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.450.520	Alpha Beta	Roll	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	3tdgA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3tdgA02

2GSRA 2K6VA 1AQWA 1KBNA 3GH6A 4MCUA 2WFCA 5E4WA 1TK5B 4LLRA 3F63A 4NHZA 4F82A 1OE8A 3F0IA 2DMLA 2GQLA 3A2WA 5D9TA 4DSSB 1T8EB 4NWYA 1K0CA 3QAWA 3RPNA 4ISDA 1J0FA 2H1GA 2EIRA 1GULA 3EINA 2FWGA 3F4SA 3GFKA 3QMXA 2YNXA 2V41A 2H0GA 1AQVA 2C3QA 1GNWA 2PPTA 4HJMA 3TRXA 1TRWA 4XTSA 1FB0A 1K0NA 1FOVA 3HZ4A 3GKXA 5ECHB 4MJAA 3RBTA 3IK9A 3UL3A 3K8NA 5HFIA 5G1LA 1N2AA 5ECOB 5J41A 4WKWA 1QMVA 2I1UA 2MBTA 5F05A 5ECSA 4MDCA 6GSWA 1ZOFA 3ZVJD 5ID2A 1ERWA 3JCML 3GX0A 2P31A 3ZL5A 1F9MA 3L9VA 5GSSA 5INYA 2R3XA 4L8EA 1PQNA 2LNTA 3TCOA 2PN8A 4ZILA 1USBA 1XBSA 3IA1A 1XXUA 4MABA 2CV4A 3APSA 2X64A 4NXIA 4MK3A 2H1AA 2GZYA 4KUNA 4AGSA 1KEBA 2YWMA 4IHUA 5HR0A 2H72A 3CTGA 2M80A 5F06A 4OCEA 2HZEB 2ZCTA 5E59A 5GAPD 3LXTA 4IKHA 2TRXA 3IPZA 4YQMA 4V2LA 1XIYA 3HVVA 3AY8A 1R26A 2HXKA 2XPDA 2MMAA 1F3AA 14GSA 2K8SA 2FA8A 2MZCA 2C3NA 5IMCA 1WP0A 3ZTLA 1GTBA 2HYXA 3UMAA 1JZWA 3RAZA 3NZNA 2DJJA 1K0MA 2H0HA 2JZRA 1GSDA 4N0VA 3MSZA 5CP1A 4IN0A 1Q98A 3KTBA 4RQXA 1PKWA 2IMEA 2VL3A 1M7TA 2K8VA 4XRAA 3MAKA 2AUVA 2HNLA 3KCMA 3HA9A 5IMFA 3GTUA 3DWVA 3PH9A 2A2SA 10GSA 1GH2A 3QFBC 4OFTA 3PGTA 1GSFA 4ZBDA 19GSA 5J9BA 3A2XA 3TOUA 2K9FA 3G9BA 3GL3A 2CT6A 3ZZXA 1N8JA 2RLIA 4NV2A 3UVHA 3FW2A 12GSA 4NMUA 3EMXA 1X9SB 4BWQA 1BX9A 5J5NA 2I4AA 4JBBA 4XS6A 3ZMLA 1SK1A 2OADA 2HFDA 4K1FA 4OD7A 1X5CA 4OFNA 5IM9A 1VRSD 2WS2A 2VCXA 4O7HA 1ILOA 1AC1A 1M2BA 4BA7A 4TXVA 4ZBBA 3FR6A 4D73B 1XW5A 1V2AA 1AUCA 5KN0A 2F8FA 2XBQA 1GRXA 1BAYA 5DJMA 5LCZA 4MJCA 3DEXA 3UBLA 2RIIA 1E2YA 3Q6OA 1EEMA 3CSHA 3BOAA 3VWWA 5CRGA 1SK0A 9GSSA 1SKSB 4K7NA 2L4QA 1MDJA 2I9HA 1B9XC 3QAGA 4GQCA 3FK8A 2G2QA 2IMDA 3D4MA 3I9V2 3M0FA 1JFUA 2OACA 4DSSA 3ZLPA 3M9KA 7GSSA 4AJ7A 4GRFA 2JSZA 1X9WB 2IL3A 2L4CA 2FHEA 4OFMA 5B6NA 1HNAA 3FZ9A 4IP1A 5ELGA 5DVBA 4XS1A 3C1SA 4N30A 2R4VA 1SJZA 2B7KA 4I8BA 4TXOB 1G6YA 3MDKA 1I5GA 5HFGA 3L78A 3A5WA 3KZQA 1EV9A 3D0ZA 1FAAA 3BD2A 3QDNA 5D9VA 1TI3A 1SL1B 1FB6A 1UVZA 3P90A 1T4YA 3US3A 1FO5A 1XWGA 3FY7A 3ZIVA 3IRAA 1Z9HA 3VFIA 3DD3A 4TKYA 1GWCA 1SJIA 3U6VA 2GSTA 1KTEA 2FWFA 4YQUA 1A0RP 1TW9A 2DJ3A 1YZXA 2REMA 3L9UA 3GMFA 5JWRB 1A8LA 1O85A 1GLPA 4JZQA 4HDEA 5IIZA 5D9WA 3CRTA 1QFNA 3F4RA 4KB3A 4MZBA 4WR4A 2H74A 2HZEA 3EE2A 4WXTA 2MYGA 1K0DA 1QUWA 4N11A 3ZREA 3PR8A 2P5QA 1GSYA 3U5RE 2CAIA 4MMMA 2WULA 1OC8A 1VF2A 5CAXA 4KA0A 1MTCA 4GF0A 5COHA 2E7PA 1BEDA 1H75A 3HJPA 3KM6A 2VO4A 17GSA 2GQKA 4N10A 3IDVA 3GL5A 2H73A 2DC5A 4EC0A 2O85A 2JZSA 1SYRA 5G30A 4ML1A 4ZL8A 2MMOA 1PKZA 2AV4A 4XRDA 5IMVA 4OO4A 4QL9A 3DIEA 2ON5A 1TI1A 2FWHA 1R5AA 3C1RA 5FT3A 2LNSA 3GHAA 2NBSA 1GTUA 1T3BA 1XWKA 2AYTA 4HUAA 1GUMA 4POMA 4K0NA 5JCGA 3V1WA 3N5OA 2VCVA 3OR5A 1AIUA 5LD0A 1XZOA 3C8EA 2LJKA 3UJ1A 2WCIA 3F3QA 4MF6A 4GCIA 5AIVA 4HU9A 1H4OA 2V1MA 1XVWA 1GSSA 4LA1A 5A4WA 5G31A 3GIXA 1K3OA 1K0AA 1X5EA 2N5AA 5DQYA 1TU7A 1S3CA 3BJ5A 3KP9A 4BVXA 2O7KA 1XWCA 5JCWA 5EY6A 1HD2A 4FYUA 4OWYA 1YKAA 2TRCP 18GSA 1MEKA 3QAVA 4IJ3A 4ZB6A 2R6KA 4D73A 2C0DA 1Z5YE 2D2ZA 1O8XA 3APOA 1PRXA 5AN1A 5ECQB 5ECNB 5JWQB 4G19A 2FA4A 1GUKA 4YQVA 2VM2A 3ME8A 1O81A 1PGTA 4WF4A 2CX3A 3CTFA 1ERVA 2CAQA 2V6KA 4H86A 3ZVJA 4MH3A 4TR4A 2F8AA 5G5FA 1QGVA 1O8WA 2B3SA 1TRUA 5JWOB 3P8WA 3S9FA 4HS1A 3I43A 4BL7A 11GSA 3TKPA 1TRSA 3LGCA 3LWAA 5AIXA 1ERUA 2H0IA 2QKEA 1C72A 4PQHA 3TOTA 1R4WA 4PNGA 1EV4A 1AQXA 2GT6A 4K0GA 4WR5A 2LJRA 3ZIJA 3O76A 2LUSA 3TDGA 1WMJA 3P2AA 2VD0A 5A4UA 1EP7A 4F0CA 1QK8A 4G9HA 2XBIA 3PINA 2FY6A 2O87A 4I5QA 5ABRA 3GUSA 1O7UA 2X8GA 3KP8A 4OO5A 5KEJA 2H19A 3IAS2 4POKA 3ERGA 1AXDA 1FVJA 4ZBAA 1T00A 4TXOA 4CHSA 5F0GA 5D93A 1LBKA 1WWJA 2DJ0A 1YF0A 3GH9A 5CO3A 2AAWA 2H6XA 4L5OA 2VCWA 4MPFA 1TOFA 1B9YC 1PX7A 2L57A 4KDUA 1PD21 5EL8A 5B7CA 5IOWA 3DYRA 5CRHA 4TR1B 2E2MA 4HJ2A 4HQSA 2PBJA 1OC9B 4MP4A 2AJQB 2LQQA 2HI7A 2X99A 1WIKA 4KSMA 5IOXA 3KMOA 3KIJA 2NVLA 4DSRA 3FKFA 2H30A 2R5GA 1FVKA 2GGTA 1Y6EA 5CREA 3MWHA 1EGOA 4ULXA 2IFQB 2TIRA 1TU8A 1TK0B 4MZWA 1F3BA 1JLVA 3DKSA 3Q74A 3VK9A 1ST9A 1JZOA 2P5RA 2VL2C 3H4KA 3UEMA 16GSA 3RHCA 3WT1A 3TRPA 3VI5A 4HQZA 1IYHA 5J9CA 2IPAA 1SD9A 4LL1B 2GLRA 3L0HA 4V2NA 2VD1A 2VLTA 2JU5A 2CVKA 4Q5FA 5DALB 5ENUA 3FZAA 5H5RA 5IPGA 1E6BA 3UVTA 4IP6A 3CMIA 4V1Ag 4POLA 1G7OA 1U6TA 4KDYA 2A2RA 4KE3A 2B5XA 2YWNA 2RM6A 3GSTA 2GS3A 4XHMA 4PURA 1K3YA 3EMPA 4MLYA 3TRQA 4YH2A 1Y25A 2WJUA 1R7HA 3Q19A 1THOA 5ECPB 1EWXA 3QD9A 3EU3A 2AHEA 3ERFA 3CSIA 1PSQA 2F51A 1U3AA 1SK2A 2GDRA 5CRDA 4KDXA 1WOUA 2C4JA 2NDOA 5ECRB 3TJJA 3TKSE 2OE3A 1TRVA 1OKDA 2YV7A 3F3RA 1HNBA 2GVPA 4K6XA 3HYPA 3LJRA 3UAPA 2H1BA 4WBRD 2YWIA 4XS4A 3HVXA 3F4TA 4MJBA 2G0FA 4IJIA 2ZUPA 4LMWA 1Z6NA 2GQMA 5ECLB 2JSYA 3F6DA 2JL4A 4PUAA 2LV3A 1W89A 4MA9A 4ZIJA 3A2VA 1GSQA 1B8XA 2H6YA 1K0OA 3QCPA 3BBYA 4I6XA 1YF1A 4P3YB 1A8YA 8GSSA 3VWUA 2GT5A 3DVWA 2DSAA 3LSZA 1Q4JA 3EU4A 3GKKA 3QFAC 1ML6A 1PX6A 3G7JA 2R37A 2LSTA 2YJHA 4YAPA 3D5JA 4E8EA 4EL1A 2B7JA 4JEDA 4V1Ap 3M3MA 5EVOA 1A23A 2YOIA 5EPFA 2J9HA 1JLWA 4DEJA 2BMXA 3FRCA 4JR6A 5HR1A 4PX1A 3WT2A 1SD8A 4E8HA 5J3RA 3DMLA 2NPBA 1M0UA 3CYNA 3ZFLA 4IW9A 1YJ6A 5D73A 1WPIA 1F37A 3HXSA 1SL2B 2IIYA 4IBPA 1FG4A 5HR2A 2DBCA 3TUEA 2H1DA 3APQA 3KJYA 2CVBA 3HCZA 1ZYEA 1G7EA 1Z7PA 2DJKA 1V57A 1A2MA 3HJOA 3GKNA 3I6AA 4KX4A 1S3DA 5KN1A 1YKCA 2X8HA 2LKUA 1ZL9A 2IWTA 4TR1A 2CX4A 1BQ7A 4Q5NA 3ZRDA 1O73A 4PUFC 1B48A 4HEA2 1OC9A 3GKMA 4J2FA 2R2JA 2HZFA 1DUGA 3KEBA 2XPEA 5C04A 4WEYA 1OC3A 4POBA 4RI7A 1DBYA 2L5OA 2B1KA 3HDCA 1WE0A 3GRXA 2IFQA 2BJXA 2C0FA 1LJRA 2IMIA 2C1YA 3W8SA 1OVNA 1G0TA 3HVSA 2WDUA 2H01A 1GUHA 3EVIA 3GA4A 2FCHA 2BTOT 3DGQA 1OE7A 4XCSA 3ISOA 4ECBA 3IBHA 4V2MA 2YN1A 2HRNA 2YZUA 1SL0B 2EC4A 2JADA 2FUG2 1M9AA 2OA7A 3KD0A 1HQOA 3SBCA 1A2JA 1KNGA 4RQRA 4RUVA 5DALA 2HRFA 1SKWB 3DRNA 4AF2A 2YZHA 3DXBA 5L71A 1MDKA 4O92A 2DIZA 2YV9A 4ECIA 1EP8A 2XHFA 2HSHA 3Q18A 4AJ6A 4G10A 1WRYA 2KP2A 2JZTA 4DVCA 1YY7A 3VPTA 3W6GA 2YPMA 1B4PA 2O8VB 2VUPA 3TJKA 4NHWA 1FHEA 1OYJA 3L4NA 2CVDA 1R5PA 1VF3A 2B1LA 2GZPA 4ZL9A 5KN2A 3D6IA 1F2EA 2V6OA 2C0EA 2V32A 4EVMA 3KMNA 5CNWA 5IPHA 2ES7A 3GN3A 4BWSA 4WBJA 3M9JA 1PA3A 1SJ6A 2H66A 1GNEA 2EIQA 1O6JA 5D96A 4TOPA 3GURA 1XOAA 4FIWA 1XVQA 3VI7A 5IO0A 2OE0A 3ERWA 1ZGNA 5IMZA 3HJMA 4EO3A 2L6CA 4JU5A 3R2QA 2FD3A 3TB2A 3WGXA 4J57E 2C8UA 2M72A 5HFKA 3C71A 4ECJA 1F6MC 2LRCA 3O6TA 2C80A 3O3TA 5A4VA 6GSTA 1OKTA 1ZMAA 4PQ1A 4FH8A 3ED3A 3FR9A 3LYKA 2VLUA 2LTKA 3G7IA 3KH9A 2PU9C 3F8UA 1TJDA 1Z3EA 3TJBA 1ON4A 3NOFA 5G2ZA 3QOUA 4L0WA 2YANA 3EURA 4KCAA 5DJLA 1WJKA 1U3IA 4Q5RA 1RQMA 5H5QA 4ID0A 3W8JA 2CA8A 5FHIA 2FGXA 4I2UA 2OKAA 5CRWA 1S3AA 3EC3A 1XPVA 3G7YA 1DE2A 4JRRA 2QSIA 1QQ2A 4TVEA 1MD4A 5GAND 2DJ2A 2B5YA 1HYUA 1GP1A 2CZ3A 3CXGA 4TR0A 4IVFA 2YP6A 1T7PB 2IN3A 4KNDA 4MF7A 5H5SA 2DLXA 3HY2A 1ZZYA 2B6MA 1TTZA 1TXXA 2O89A 1AW9A 3F9UA 1M2DA 2B5EA 2IMFA 1V40A 3GSSA 2GZZA 2VAFA 4EDZA 1GTIA 1DSBA 2YCDA 2LRTA 5DDLA 2LEGA 4F0BA 5HQPA 2PUKC 3ZYWA 1GSUA 1NM3A 2HSYA 2JACA 3LYPA 4HU7A 1MD3A 2WRTA 1BG5A 3VWXA 3H93A 3C73A 1U87A 1NHOA 1B4QA 1VF1A 4BVYA 3GV1A 5IQYA 1UA5A 1M2AA 4LL4B 2RM5A 1YEXA 4K7IA 1YEPA 4YAVA 4PGTA 4F03A 4GXZA 4NV5A 3QR6A 1XWAA 3IXRA 2GSSA 4K8MA 1EZKA 3HKRA 5HR3A 4CDOA 3RDWA 3VURA 5LNKe 2F9SA 2VL2A 4KAEA 5DAKB 5C00A 5B8AA 1NW2A 2AB6A 4IGJA 2LS5A 1UC7A 3UIWA 2PERA 2C0GA 2HT9A 1ZYQB 2VL9A 2WGRA 3CBUA 4TN8A 1J08A 3UBKA 1X9MB 4K7OA 2VCZA 4ACSA 1W4VA 3FYGA 1A0FA 3M8NA 2LQOA 1ACVA 2V2GA 3P7XA 1M9BA 6GSSA 2MBSA 3TKSA 2FLSA 5G1KA 2HLSA 1LU4A 2H8LA 4IQAA 3D22A 4OMVA 5GSTA 3TKSC 4EXJA 4EDYA 4Q5QA 3GX8A 3F6FA 2LRNA 1VGLA 2PMTA 1SKRB 1YDKA 5JCUA 3LQ7A 2QC7A 6GSVA 5ECKB 5CYYA 2XC2A 1Z7RA 3D4TA 2L5LA 2RUFA 5IMAA 1YQ1A 1ERTA 1JHBA 6GSXA 2DMMA 1EGRA 1SYXA 1PN9A 5DBQA 4Z7XA 5F8BA 3SWLA 20GSA 3ZITA 2N5BA 1FW1A 5J4UA 1XW6A 2ON7A 22GSA 4RI6A 2VLVA 3GNJA 5B8BA 2PGTA 5ELAA 4OCFA 2F3MA 3C7MA 4MPGA 3HZ8A 3ZFBA 1GTAA 1K0BA 4ILFA 2ALBA 4MF5A 2OJLA 2KOKA 1XOBA 2P0GA 4O32A 1TP9A 2E2GA 3BCKA 1V98A 1GL8A 1EOGA 1ABAA 2FNOA 13GSA 6GSYA 2VCTA 4TW5A 1JZDA 2I81A 2EIOA 3IV4A 2H6ZA 4EUYA 5A5KA 5GZZB 2HE3A 3RHBA 4DSQA 5DQSA 1URMA 3CSJA 2J23A 4KGIA 2DIYA 4LMVA 2M46A 3H1NA 3N9JA 4EF0A 3KXOA 3TJGA 1TDIA 2KP1A 4HI7A 5DCGA 4FO5A 4MH2A 4FYBA 4WETA 3DVXA 4I2TA 1MDIA 1RK4A 4TRXA 5FWGA 4HZ4A 3RPPA 2ZNMA 4GLTA 5DCHA 1BYEA 1T1VA 4EE0A 4KW6A 3KH7A 4QL7A 2L59A 4IS0A 3FR3A 2FWEA 3H79A 2VIMA 6GSUA 1VF4A 2N5FA 1CQHA 3IC4A 4JR4A 3LXZA 4KSOA 2NTOA 3FZ4A 1QXHA 2IMKA 1OAZA 3LEFA 4K2DA 5IMDA 2KLXA 2I3YA 3EWLA 1TK8B 2VM1A 3VLNA 2E0QA 1DE1A 4F2IA 5AISA 1RW1A 2Z9SA 3H8QA 3WGDA 4IELA 3D21A 1SENA 3TKRA 1JZRA 1XCCA 4MZCA 5ID2B 2LJAA 3J7Yk 4ZB8A 2GTUA 4FYCA 2YJ7A 1Z6MA 4GSTA 4TR3A 4GWRA 3ME7A 3I69A 4GSNA 2RUEA 4ZXGA 4JE1A 1SU9A 5D8IA 1NSWA 4GSSA 3FEUA 3FHKA 2CZ2A 5D9XA 2WZ9A 1J9BA 5DAKA 2KUCA 4KH7A 1EEJA 5IO2A 3GYKA 4GQFA 3J7Yb 1ZCPA 4HZ2A 4PXOA 1K3LA 2PWJA 3IHQA 1TKDB 2H76A 1NHYA 4NAXA 4X1UA 4L0UA 4AJ8A 3CRUA 4O5RA 1I9DA 1PMTA 2MMZA 4J56E 1X0RA 4CW9A 3E0UA 2H75A 2OE1A 3HD5A 4F9ZA 3KGKA 4N0ZA 2C3TA 5KN3A 1EOHA 4QQ7A 4X0XA 1A24A 3NIVA 3LG6A 1XWBA 4BPYA 5G5EA 2QGVA 3BCIA 2VOCA 5B6MA 4WF5A 4IQ1A 3VPQA 2K18A 4MJEA 3IOSA 3ZMKA 3LFLA 2X8CA 1X5DA 3TJFA 2GSQA 4ZB9A 1GSEA 1V58A 2OBIA 1G6WA 3E9JB 3TKQA 1UN2A 1PL2A 2PVOC 1XFLA 4HOJA 3L9SA 3GTUB 5AGYA 2OBKA 4ZL7A 3QPMA 3IR4A 1M99A 3MNGA 4GTUA 4K9ZA 3WGEA 2YWOA 4PQIA 4NPBA 3WD6A 3HHVA 3KTLA 4I97A 4PNFA 2KHPA 3TGZA 1GLQA 3VWVA 4ML6A 3A3TA 3M1GA 2WB9A 3IE3A 1IYIA 3FZ5A 4KCEA 4ECCA 4XS4B 1AAZA 1THXA 2H71A 2VCQA 2IJYA 2A4VA 1T4ZA 1V9WA 3IAM2 3WYWA 4XIHA 4X43A 2MMNA 3LORA 1BJXA 3IK7A 2PVQA 2H70A 3E3EA 1XW9A 4G2EA 3UARA 1U88A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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