4I5Q | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	AMDPEFMDAAIRQSLAKLGVQSTEIQASPVAGMKTVLTHSGVLYVTDDGKHIIQGPMYDVSGAHPVNVTNKLLMSQLNALEKEMIVYKAPDEKHVITVFTDITCGYCHKLHEEMKDYNALGITVRYLAFPRQGLESQAEQDMKSIWCAKDKNKAFDDAMAGKGVKPASCDVNIADHYALGVQLGVSGTPAIVLSNGYVVPGYQGPKEMKAFLDEHQKQTS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of the periplasmic disulfide-bond isomerase DsbC from Salmonella enterica serovar Typhimurium and the mechanistic implications. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thiol:disulfide interchange protein DsbC
molecule tags	Isomerase
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	65
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-11-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10411	DsbC_N	Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A	PF13098	Thioredoxin_2	Thioredoxin-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.450.70	Alpha Beta	Roll	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal	4i5qA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4i5qA02

1QK8A 5J3RA 3CRUA 3LSZA 4HI7A 4L5OA 3CXGA 3RHBA 4HZ2A 4I5QA 1WOUA 2N5AA 5G1KA 2YJ7A 1GTIA 1EZKA 3QD9A 1O81A 1YEPA 5KN0A 2L5LA 2FA8A 2HE3A 1BQ7A 2GQMA 3EMXA 4ZBDA 2H6XA 3KM6A 4E8HA 2C0EA 4OO5A 4AJ8A 1U3AA 1M2BA 3I6AA 1IYIA 2FY6A 4GXZA 1X0RA 1WJKA 3LWAA 3ZTLA 1XW9A 4IS0A 2C8UA 1EWXA 5LD0A 3GL5A 4GRFA 4TVEA 3EVIA 4G19A 13GSA 3GN3A 3K8NA 1QMVA 2JZTA 2MMOA 2PN8A 4OFTA 3HZ8A 5IO0A 1VRSD 5B6NA 2AYTA 4IJ3A 3ZMLA 3KD0A 3HKRA 2WGRA 3Q74A 1MDKA 2KLXA 4MA9A 1JZWA 4ZXGA 1HNCA 4KE3A 2LUSA 2XPEA 1AAZA 4WBJA 2IYJA 3NZNA 3A3TA 5C00A 1H75A 4F9ZA 2PVQA 1JLVA 1VGLA 1JZDA 3IRAA 5DQYA 3P90A 5GAND 5AIXA 3ZRDA 3ISOA 5L71A 4TR4A 3VURA 1QXHA 4N10A 2L57A 1NW2A 4K7OA 2IL3A 5DALA 2X8HA 3GHAA 1Z3EA 3C73A 4DSSB 2QC7A 1BJXA 4X0XA 1K0BA 3D4MA 4MK3A 5DBQA 4EF0A 3A5WA 4IHUA 1M9AA 2VL3A 1FG4A 3F4SA 2C0FA 4WKWA 2LS5A 2LSTA 4N30A 3D4TA 2I3YA 3TCOA 2FNOA 3UEMA 3UVHA 1XOAA 3TKRA 4K2DA 4F2IA 2GT5A 1Z6MA 3GYKA 4FYUA 3QFAC 1SKWB 2OKAA 4IBPA 3F3RA 1DBYA 1V98A 2I1UA 3WD6A 3LQ7A 3ZMKA 1QQ2A 3M0FA 3M9KA 1XBSA 4DVCA 2REMA 4MABA 3GURA 2HXKA 5DCGA 3VI5A 3HA9A 4MJCA 4JBBA 4WEYA 1RW1A 5DQSA 1XWBA 4RUVA 2H6ZA 3CSJA 2L6DA 3VFIA 3F6DA 2R3XA 1TRUA 3PINA 4ZB8A 5F06A 3G7YA 1TXXA 1U87A 2V6KA 3L4NA 5D93A 1G6YA 1AC1A 1MD4A 2M72A 5J5NA 4EVMA 5KEJA 3FHKA 4F0CA 1EGOA 2F9SA 10GSA 4EO3A 2TIRA 4Q5NA 4HU7A 1FVKA 3QDNA 2C0GA 4OD7A 2M46A 4IW9A 4EDZA 4MZWA 3P2AA 3ED3A 4FH8A 1Y25A 3UVTA 4EUYA 2JZRA 5CRGA 1TK5B 1PX6A 3ZFLA 3LEFA 1DE2A 4PGTA 2GQLA 2VUPA 4NV5A 2X8GA 2IPAA 1AQVA 1TDIA 4ML1A 3G9BA 4WR5A 1N2AA 5FT3A 3WGEA 4IVFA 3KGKA 1K0DA 4XRDA 3TGZA 1VF2A 2B5YA 2Z9SA 5ECHB 3N5OA 1TP9A 2RM5A 1SJZA 3HDCA 1YEXA 1QFNA 2YOIA 3N9JA 1ZYEA 2PMTA 2KUCA 3HJMA 4KX4A 2FHEA 1VF3A 3U5RE 3A2XA 2GZZA 4WETA 1TI3A 3KH9A 2L5OA 5A4VA 2IJYA 2X8CA 3MWHA 5IMFA 3J7Yk 3QOUA 4D73A 4MZCA 5JCWA 1MTCA 4ZIJA 1K3LA 4HQSA 4XS4A 2WFCA 1B4QA 4OCEA 3TOUA 3MNGA 1OC9B 1GUHA 4K7NA 5B8AA 4PQHA 4I6XA 2OBKA 1B9XC 1ERTA 2HLSA 1O7UA 1R26A 1DSBA 1NHYA 1GH2A 1HNBA 4NHWA 1BEDA 1GWCA 2MBSA 1TK8B 2LRTA 2VCZA 4OFMA 2C3NA 1T4ZA 3TOTA 3FYGA 3VI7A 4HJ2A 3DD3A 3APQA 2F8FA 3H1NA 2N5BA 1J9BA 4ID0A 4F82A 1W4VA 3W8JA 2CAQA 2V6OA 2GZYA 4HEA2 4PQIA 3UIWA 1OKTA 3TJBA 3FZAA 1E6BA 5B8BA 6GSSA 3GKNA 1R7HA 3EU4A 3I43A 1M99A 2YZUA 2ZUPA 4E8EA 2IFQA 1ON4A 5ECLB 4O7HA 1TRWA 5ECSA 5A5KA 3UBLA 2CVDA 4BVYA 4MMMA 4NV2A 3ZFBA 5KN1A 6GSWA 2J23A 2IWTA 1YY7A 1V9WA 5ECOB 3SWLA 1KEBA 1TI1A 4XS6A 1X9WB 3KIJA 3C8EA 4KSOA 1U3IA 3FY7A 2WDUA 1X5CA 2K18A 1PX7A 4Q5FA 2PPTA 5CYYA 3DEXA 2DJKA 2FWGA 1XPVA 2L6CA 1GTBA 3LORA 5H5QA 2FWEA 3BOAA 1J0FA 2CZ3A 5CO3A 1ZYQB 5F0GA 1GTUA 1E2YA 1RK4A 2OA7A 3E9JB 4JR4A 4LA1A 2KHPA 4YQVA 1K3OA 1OKDA 4L8EA 4JR6A 2RM6A 3VWXA 1X5EA 4KDXA 4TR1A 2YANA 2VM2A 1G0TA 3M8NA 3O6TA 5C04A 1SL1B 3LYKA 1N8JA 4IQAA 5D73A 4XRAA 2X64A 1T1VA 4N0VA 1DE1A 2PUKC 3H4KA 3L0HA 3VPQA 2G2QA 1THXA 3DIEA 5D9XA 1A0FA 2LJKA 1WWJA 4MDCA 4NAXA 2YWIA 4HZ4A 3M1GA 4H86A 4DSQA 2VIMA 4EKZA 5B7CA 2O89A 3QAVA 3M9JA 1SJ6A 4AJ7A 4PX1A 1SK1A 3C1RA 1F6MC 3EMPA 4DEJA 1K0NA 16GSA 1GNWA 4CW9A 1SL0B 2EIQA 2B5XA 1X5DA 2H75A 1XWCA 5AN1A 1YKAA 4KH7A 3Q6OA 2FWFA 5IPGA 1XWAA 3ME7A 1LJRA 2GQKA 2H0GA 2CAIA 3DWVA 3UOMA 3F8UA 3GH6A 2B6MA 5GSTA 2C4JA 1YKCA 2FCHA 2GSTA 2G0FA 3LJRA 3WT2A 1ERUA 4XS1A 2C80A 4X43A 4DSRA 5J9BA 4JZQA 1X9SB 5CP1A 3HZ4A 1F3AA 2D2ZA 3UBKA 1AQWA 3IA1A 5EL8A 5ECPB 2H6YA 2VCWA 2EIRA 5GSSA 3Q18A 4MPGA 1XIYA 3FW2A 2RIIA 5F8BA 3TRQA 3GTUB 2IIYA 3FK8A 3PGTA 2KP2A 2A4VA 3P7XA 1YDKA 1NM3A 3GUSA 1PKWA 1UC7A 2PERA 17GSA 5A4UA 4EE0A 5IO2A 5KN3A 1Z7PA 3GSSA 5B6MA 1K0AA 3LYPA 3DVXA 2P31A 5JWOB 1EOGA 2VCVA 1TU7A 2K9FA 3HCZA 1PRXA 5AISA 2GSQA 6GSTA 2GSRA 1Y6EA 1EP7A 2LKUA 2FA4A 2CQ9A 4N11A 2GT6A 2H72A 1XVQA 4IN0A 5ELGA 3HXSA 1V58A 1TK0B 5E4WA 1M0UA 3DKSA 2NDOA 3IR4A 1FW1A 3WYWA 1SD8A 1HYUA 4V1Ap 4HU9A 4HOJA 5G5FA 1YJ6A 1NHOA 3E0UA 1MDIA 4BVXA 1GSQA 1OE8A 1A23A 3KJYA 4N0ZA 1PD21 2P5QA 1MD3A 5HFGA 4F03A 2M80A 2HNLA 2VD1A 1GSYA 2LEGA 2LV3A 4IJIA 2XBIA 3QPMA 2EC4A 4IKHA 1O6JA 3L9UA 5ECQB 1ML6A 4KCAA 2YV7A 4KUNA 2B7KA 1GSEA 2P0GA 5DJLA 4WF5A 1QUWA 3C1SA 3IHQA 3TRXA 1V40A 4TR3A 2LRCA 1CQGA 3GRXA 14GSA 3F3QA 2KOKA 1GLQA 6GSYA 3F63A 3RDWA 3W8SA 2HZEB 2BMXA 4K0GA 3VLNA 2XPDA 2AUVA 1GP1A 4TOPA 1XCCA 2H0IA 1HNAA 2PGTA 2YN1A 2CVKA 4ZILA 11GSA 4EL1A 6GSUA 2JU5A 3O76A 4ZBBA 1GSUA 4Q5RA 4OMVA 2MYGA 9GSSA 2LQOA 2F3MA 4HQZA 1XZOA 2MBTA 3BCIA 3Q19A 1GLPA 1CQHA 4YAPA 2C3TA 4KDUA 3E3EA 4OFNA 1F9MA 2V1MA 3KTBA 4G2EA 2VCXA 4PNGA 1Q98A 3MAKA 1JZRA 2FWHA 3KEBA 1AW9A 1QGVA 2K8SA 2KP1A 4PUAA 1SK0A 2K6VA 3FR9A 3A2VA 5ELAA 1FB0A 2ES7A 2JSYA 2B7JA 5DJMA 1ZGNA 5IOWA 2DMLA 2QSIA 3RPNA 4GCIA 1SJIA 2RUEA 4AGSA 3LG6A 2B1KA 5ID2B 4XTSA 3KZQA 5DAKB 1OVNA 4J2FA 5EVOA 2OE1A 3FEUA 2LRNA 5G1LA 2IN3A 2YPMA 1ACVA 2C1YA 2IFQB 2DC5A 4KDYA 1SKSB 1WE0A 2HZFA 1SENA 3IAS2 3HHVA 3ZL5A 4TR0A 4XCSA 1GTAA 2FUG2 5IIZA 2H76A 4ECCA 1WP0A 4HS1A 1ILOA 3V1WA 2H74A 3TUEA 1PSQA 3D0ZA 3F9UA 19GSA 1AUCA 1F37A 2V41A 3APOA 3FZ4A 1WIKA 3VWUA 3IOSA 2GS3A 1EEMA 1LBKA 2VCTA 1EEJA 1B48A 2WULA 20GSA 3DGQA 5D9TA 1R5AA 2R5GA 3HJPA 3IV4A 3IE3A 4KCEA 4L5LA 2K8VA 4NXIA 2ON5A 2AHEA 2HSHA 1PL1A 4BPYA 2C0DA 3NIVA 5CRDA 4GSTA 3EYTA 2AJQB 1U88A 2H1BA 3MDKA 1ZMAA 2FLSA 1UA5A 5IMCA 4TXOB 2H70A 1M2DA 1C72A 2ALBA 1O8WA 2H66A 1V57A 1AIUA 3IK7A 3QAGA 5HFIA 4ECJA 1F3BA 3KH7A 4AJ6A 2RLIA 3TKQA 1XFLA 3FZ9A 3H93A 3D5JA 1GSDA 1GNEA 1LU4A 1TW9A 3EE2A 2L4CA 3RBTA 1PMTA 1I5GA 4MH3A 3ME8A 3D22A 2GZPA 2OBIA 2JACA 5F07A 1Z7RA 4LMVA 3TJJA 1A2JA 2I9HA 2WZ9A 3UARA 2CZ2A 3KTLA 2DJ0A 5IMZA 2H8LA 3CYNA 1FB6A 5H5RA 3GV1A 3RPPA 2J9HA 1FAAA 1PN9A 2H1DA 4P3YB 3HJOA 2H1GA 3F4TA 4NHZA 2XBQA 5HFKA 3GX0A 2LNTA 4MJBA 3GNJA 4MF5A 1XXUA 4LMWA 1GUMA 3DMLA 3WGDA 4ML6A 4MP4A 3ZIJA 2A2SA 2GDRA 3WT1A 3NOFA 3GKKA 3ZZXA 1HQOA 3A2WA 2LJAA 4Q5QA 1MEKA 1F2EA 3ERGA 5J9CA 3CTFA 2GVPA 4GF0A 2CV4A 1WMJA 4OO4A 4L0UA 1A8YA 1JFUA 2LNSA 5CRWA 1T8EB 2VCQA 3GKMA 5DVBA 4ZL7A 2VOCA 2QGVA 1PKZA 4FIWA 5HR0A 1B9YC 3EINA 3J7Yb 3GH9A 3TJKA 1G7EA 4PXOA 2CT6A 3CBUA 1JHBA 3GIXA 4K6XA 4G10A 4F0BA 4K0NA 2I81A 2WB9A 1JZOA 2L4QA 2NVLA 2B5EA 3VWWA 4ILFA 1EV9A 2HT9A 1B4PA 2LQQA 2X99A 1OC9A 3ZYWA 4HDEA 1X9MB 4L0WA 1IYHA 2YWMA 4RQXA 2C3QA 1SL2B 2AB6A 5J4UA 1S3AA 2H30A 4X1UA 2WJUA 1AQXA 1TU8A 1M9BA 2MMAA 1ZCPA 2PWJA 3U6VA 1EGRA 1SU9A 2HYXA 5GAPD 4POLA 4EDYA 1K0MA 2CX4A 4EXJA 3TKSE 1ZOFA 3F6FA 5EPFA 5DALB 2OJLA 5LNKe 5G5EA 3TDGA 4O92A 3TRPA 3M3MA 2XHFA 1Z6NA 3TJGA 2DBCA 2DIZA 3IBHA 2VL2C 3D6IA 3LXZA 4IQ1A 2GGTA 1TOFA 1KNGA 4KW6A 1SK2A 1A24A 4I97A 2VL2A 2B1LA 5ECMB 1GULA 5HR2A 4XIHA 3WGXA 4QL9A 5J41A 5AGYA 5ENUA 2VO4A 5JCGA 2DSAA 3JCML 2BTOT 2OE0A 2HFDA 3F0IA 3GFKA 4QL7A 1M7TA 2VLVA 3BBYA 2VL9A 1JLWA 3KXOA 1OC3A 4I2TA 4ZBAA 2DIYA 4ISDA 2LTKA 1HD2A 4IELA 2OE3A 4BA7A 3CMIA 3UMAA 1K0CA 4MCUA 3UAPA 3APSA 3VK9A 2P5RA 1EP8A 2VLTA 5IMAA 4KNDA 4MZBA 1T00A 5D9VA 2DJJA 1FO5A 2N5FA 5FWGA 2LJRA 4NWYA 5D9WA 1A2MA 1G6WA 3TKSC 3VPTA 1ERVA 4ZL8A 2R37A 2V2GA 3TKSA 1T3BA 3PR8A 5ECKB 4YAVA 3H79A 4GQFA 2TRCP 2DLXA 4GQCA 2NTOA 3HD5A 4XHMA 4KA0A 3QFBC 3US3A 2IMFA 4ECIA 1SKRB 3OR5A 2GLRA 1BG5A 4ULXA 1R4WA 5LCZA 2VAFA 4YH2A 3L9VA 3SBCA 4QQ7A 3TKPA 1G7OA 3ZITA 4GTUA 1BAYA 2H01A 2JZSA 4LL4B 5IQYA 3EU3A 1DUGA 2NBSA 1S3DA 4O32A 4TKYA 4V2MA 5G31A 5D8IA 1V2AA 1K0OA 1OYJA 1B8XA 3HVSA 5F05A 1XWGA 1I9DA 5GZZB 2MZCA 4POBA 4TRXA 1Q4JA 1TJDA 4JE1A 2DMMA 4MLYA 3IPZA 5EY6A 2VD0A 3UJ1A 4D73B 4LL1B 2TRXA 1T4YA 4OCFA 5CAXA 4GWRA 2YV9A 3C7MA 1XOBA 2YCDA 1TRVA 3GTUA 2HRNA 2E2MA 3GL3A 4XS4B 5CREA 2IMDA 2O87A 3CSHA 1THOA 3EWLA 2E2GA 1ERWA 3I9V2 1PGTA 4J57E 4MJAA 3IXRA 5IOXA 1A2LA 1M2AA 3GA4A 4LLRA 2YWNA 5JWQB 4HJMA 4K7IA 1H4OA 2CX3A 4CDOA 1URMA 2HI7A 5ECRB 5COHA 3FR6A 2F8AA 2RUFA 1XW6A 3C71A 2PVOC 5A4WA 4YQMA 1SYXA 2H1AA 3FKFA 1UVZA 2O8VB 5IM9A 4ZL9A 3DRNA 3DXBA 4JU5A 1T7PB 2B3SA 1EV4A 4PNFA 4G9HA 4GLTA 4O5RA 2R6KA 1TTZA 2DJ1A 5IMVA 4YQUA 4KB3A 1KBNA 5H5SA 5HR3A 3F4RA 4TXVA 2IMIA 3EC3A 4MJEA 1PQNA 3RHCA 4BL7A 1YF0A 3IDVA 2I4AA 1YQ1A 3KP9A 4EC0A 2A2RA 3S9FA 3G7JA 3LXTA 2E7PA 4IGJA 1SD9A 1VF1A 3MSZA 1FOVA 5HR1A 3L78A 3GSTA 4DSSA 2YWOA 4WF4A 2H19A 1A8LA 5DCHA 3LGCA 5CNWA 4BWQA 1ST9A 12GSA 5JCUA 1ABAA 3KP8A 1XWKA 3DVWA 1A0RP 18GSA 1RQMA 4J56E 4K8MA 2ZNMA 4FO5A 3L9SA 3QR6A 2ZCTA 5DDLA 2HZEA 1GRXA 1NSWA 4TN8A 1YZXA 4CHSA 2OACA 1GL8A 4ECBA 1XW5A 4WXTA 5IPHA 3DYRA 2EIOA 1BYEA 3QAWA 4TR1B 5D96A 4FYBA 3ERFA 2QKEA 4NMUA 1J08A 7GSSA 1W89A 4V2LA 3R2QA 1TRSA 2NPBA 1GUKA 3KMNA 2F51A 2CA8A 2YZHA 3ZVJD 2WCIA 4FYCA 3FZ5A 4V2NA 1AXDA 1Z5YE 4POKA 1XVWA 2HRFA 4ACSA 1ZL9A 1WRYA 6GSXA 1VF4A 3RAZA 2E0QA 3KMOA 4PUFC 3I69A 3ZREA 1UN2A 2CVBA 4GSSA 4K1FA 2XC2A 3UL3A 2IMEA 2ON7A 5FHIA 1K3YA 3ZLPA 2JL4A 2MMZA 2BJXA 2YJHA 2YP6A 2DJ3A 5ECNB 3ZIVA 2R2JA 5AIVA 3P8WA 4JRRA 3CSIA 4KGIA 5G2ZA 5ID2A 3G7IA 5ABRA 4K9ZA 5DAKA 1BX9A 3H8QA 3AY8A 3D21A 4RI6A 3PH9A 4KSMA 3BD2A 3HVXA 4RQRA 1SYRA 3IK9A 3QCPA 2L59A 1YF1A 3BCKA 4WBRD 2HSYA 1OE7A 5KN2A 1OAZA 2FD3A 2IY2A 22GSA 2GSSA 1GSFA 5ECIB 8GSSA 4ZB6A 1PA3A 2O85A 1S3CA 1KTEA 2V32A 4TW5A 2JADA 4OWYA 2WRTA 2JSZA 4KAEA 5E59A 1OC8A 3FRCA 3KCMA 4Z7XA 6GSVA 2IMKA 1TKDB 4AF2A 1PL2A 4MF6A 4PURA 3VWVA 3HVVA 3IC4A 3QMXA 5HQPA 2PU9C 3GMFA 1USBA 4I2UA 4TXOA 4MPFA 4POMA 1R5PA 3ZVJA 2H71A 3GX8A 1GSSA 4I8BA 5CRHA 4MF7A 2YNXA 2WS2A 2R4VA 3HY2A 1O8XA 1U6TA 4RI7A 4ZB9A 2OADA 2H73A 1MDJA 2GTUA 4V1Ag 2H0HA 3EURA 2VLUA 2MMNA 3CRTA 1ZZYA 3HYPA 1FVJA 4NPBA 2DJ2A 3TJFA 4HUAA 3W6GA 1O73A 3O3TA 2VM1A 1Z9HA 4IP6A 4PQ1A 3TB2A 3ERWA 3LFLA 5IMDA 4MH2A 1FHEA 2AV4A 1EOHA 2O7KA 4IP1A 4JEDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4I5QA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations