4NPBA

The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein dsbc from yersinia pestis co92
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
ADDSAIQQTLKKLDIQQADIQPSPIPGISTVMTESGVLYISADGKHLLQGPLYDVSGDQPINVTNQALLKKLEALSSEMIVYKAPEEKHVITVFTDITCGYCRKLHEQMKDYNALGITVRYLAFPRQGLSSQAEKDMRSIWCMADRNKAFDDAMKNNDISPATCKTDISKHYQLGVQFGIQGTPAIVLQNGTIVPGYQGPKEMLQMLNAHQASLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
rcsb
molecule keywords Protein disulfide isomerase II
molecule tags Isomerase
source organism Yersinia pestis
total genus 59
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4npbA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4npbA02
2VL2A 3L9UA 3GKKA 5IO0A 3UVHA 1RW1A 1S3CA 2O7KA 2X8HA 3WGDA 1EV9A 4XS4B 3H79A 3Q18A 2CX3A 5ECPB 1EOGA 4KAEA 4I2TA 2Z9SA 1OKDA 3OR5A 4NV5A 1GL8A 2R3XA 2GZYA 3UVTA 2IMEA 3GTUA 3HZ8A 1Q4JA 1K0AA 1O85A 3HZ4A 2AB6A 2AYTA 2HZEB 2CAQA 5IMCA 1ZYQB 4XRAA 2OACA 1K0NA 4O92A 3GN3A 5EY6A 4RI7A 1U88A 2JSYA 3H4KA 3ISOA 3TGZA 2XHFA 2VCVA 2WS2A 1HNCA 4L0WA 5ECLB 1PKZA 3UBLA 3H93A 1A8LA 1NHYA 1RQMA 3QD9A 3FR3A 2V6KA 3DXBA 1QMVA 2X99A 4WBRD 4PURA 1F37A 2B6MA 1V9WA 4TXOA 4AJ6A 1XBSA 1VF1A 1SJIA 3WYWA 3C1SA 2FLSA 3DGQA 1W89A 4RQXA 3GH9A 4BPYA 4RI6A 5LD0A 1DBYA 1ZOFA 3K8NA 4OFTA 22GSA 2OJLA 3UJ1A 4MH2A 1MDKA 1ACVA 1GSEA 2E2GA 2TRXA 1XVWA 3GHAA 3KD0A 5G2ZA 3CRUA 4PNFA 1PL1A 2IMIA 2YN1A 4G9HA 4Z7XA 4K7NA 4F82A 2CX4A 4GWRA 4V2MA 1ZL9A 3J7Yb 4ZL9A 5ECIB 4IN0A 3RHCA 3W6GA 4JEDA 1GNWA 4IQAA 1K0CA 3M1GA 6GSYA 2RUFA 1Z9HA 5EPFA 3Q6OA 1OC9A 2XPDA 3HVXA 1OE8A 4NAXA 4MZCA 2M72A 2PPTA 4PQHA 5D8IA 1F3AA 2JZRA 5A4UA 5CRHA 4F0CA 1M7TA 1MEKA 2L4QA 1T4ZA 5DJMA 4TR0A 5F0GA 5HFGA 3FEUA 5HFKA 5DVBA 5ECRB 2VCQA 3IBHA 3D6IA 4RUVA 3R2QA 1MDIA 5IPGA 1OVNA 3EU4A 3JCML 2YWMA 2C80A 4V2LA 1WOUA 13GSA 2PMTA 4IJ3A 2YPMA 2MMZA 5D96A 3O76A 3US3A 5H5QA 3FYGA 3IPZA 1GSUA 2VCZA 2GVPA 2K8SA 3KZQA 5A4WA 3SWLA 2I9HA 2FWHA 4OCFA 4KH7A 1GSFA 1ZCPA 4IBPA 2ON5A 2YWOA 2C3NA 2IPAA 1TW9A 1B48A 3GIXA 2DJKA 4ECBA 2CT6A 4J57E 4E8EA 2VM2A 1AUCA 1KTEA 1QFNA 4YQVA 3BOAA 2H0HA 1GUKA 3DVXA 3DEXA 4KDXA 5G30A 4POMA 2PUKC 3I43A 2XPEA 4DVCA 1XWAA 5B6MA 4D73B 4GF0A 1WMJA 2YV7A 4IQ1A 5D9XA 4OD7A 2HNLA 4TXVA 3H8QA 3GV1A 4TN8A 2FY6A 1B4QA 3ZYWA 2NVLA 4DEJA 4KSOA 5ID2A 3F4TA 3FR6A 3IDVA 3F4RA 4KB3A 4F0BA 2OKAA 2L6DA 5F8BA 1A0RP 5IMDA 1GUHA 2QKEA 2MMOA 4MZWA 3D22A 4Q5QA 4HU7A 4GLTA 3QFAC 3GMFA 2FWEA 3VI5A 5ELAA 3TJGA 3KXOA 2X64A 4TR1B 1SYXA 4OMVA 3GL3A 1Q98A 2IL3A 1O8WA 4ACSA 1J08A 3DMLA 1XOBA 3O6TA 5KEJA 2DJ3A 1OAZA 3Q19A 1ERVA 1GTIA 3IV4A 1MD4A 2HI7A 2XBQA 2HFDA 3FHKA 4F03A 1G7EA 2MMAA 5DJLA 1SL1B 4JU5A 1G0TA 2C1YA 4GXZA 1WWJA 3CSIA 4E8HA 3ZMKA 2IYJA 2G2QA 2VCXA 3P2AA 1R5PA 4I5QA 4MJEA 1GUMA 4KA0A 2C3QA 9GSSA 2DJ1A 4AGSA 2P0GA 1OYJA 4WXTA 3KH9A 1GSYA 2FA4A 2GT5A 5F05A 4NWYA 4IP6A 3UAPA 4JE1A 5IIZA 4CW9A 3O3TA 3P8WA 1EZKA 1FVKA 1S3AA 3EINA 3HVVA 2F3MA 4ZXGA 4TRXA 2AAWA 3UARA 1YY7A 5DALB 4MCUA 4V1Ap 4ECIA 4PXOA 5C00A 1GULA 2DJJA 1EOHA 2H72A 1Z6NA 2LNTA 3GYKA 1X5DA 1XPVA 2I4AA 1SKWB 3FRCA 8GSSA 2DJ2A 3QMXA 4ZL7A 3PINA 1G6YA 2V2GA 3E0UA 3GKMA 4MP4A 2L5LA 4ZB6A 2WCIA 3RBTA 3C73A 2N5FA 4HQZA 3UOMA 4GTUA 3ED3A 2VL9A 5IMVA 3CXGA 4XHMA 3HVSA 4QL7A 3U6VA 3LQ7A 2HLSA 1UA5A 4LL4B 3KP9A 2FWGA 4JBBA 3F9UA 3GKNA 3V1WA 1SK2A 5CO3A 1LBKA 3ZMLA 3M0FA 1VF3A 2DMMA 3G7JA 1X0RA 3TJKA 3VPTA 4EF0A 1U6TA 1XWKA 2ALBA 4KGIA 5ECHB 1A2MA 3RHBA 2H76A 3ME7A 2PERA 1V57A 2ES7A 1U87A 2GQMA 2O89A 5JCUA 5KN2A 4POLA 4NV2A 4IW9A 1ERTA 2JZSA 2CV4A 3RPPA 2HYXA 5HFIA 3ZL5A 2KOKA 3ZFLA 2LJRA 1QGVA 2OA7A 1ERUA 3ZVJD 2GSTA 2LEGA 2IFQB 1I9DA 1SKSB 2VL3A 4FYBA 3FZ4A 1K0BA 5D9VA 1M99A 3FZAA 2FHEA 4X0XA 3CSHA 4GSSA 1WE0A 4IGJA 3D21A 4J56E 2A4VA 1TRUA 2CA8A 1Z5YE 5B6NA 1AQVA 1Z7PA 1V58A 3LXZA 5CYYA 1M2BA 1EV4A 5CAXA 2X8GA 5GAND 5IO2A 2DJ0A 4PUAA 1U3AA 3L9SA 5J4UA 1T4YA 5H5SA 1K3OA 1PD21 4MPGA 2H74A 3MAKA 3F6FA 4GQCA 2KLXA 4KUNA 2PBJA 2CVDA 2GTUA 2P5RA 1SENA 2H1BA 2HE3A 4NHWA 3TRQA 4TOPA 2O85A 4I97A 5ECMB 4N30A 2ZNMA 1SD8A 4PUFC 3QAVA 5ECKB 1X9WB 2GSSA 1TP9A 4GRFA 1GTUA 4PGTA 2LKUA 1DE1A 1E6BA 2R37A 1O73A 4FYUA 1HNBA 3HY2A 1A8YA 3TRPA 3WD6A 3RDWA 1KEBA 2HSYA 1K3LA 3APOA 1U3IA 1A23A 2JL4A 1XZOA 5EVOA 4POKA 4KE3A 3G7YA 5JCWA 3GSTA 1E2YA 3GTUB 1ABAA 1GSSA 1WRYA 1AW9A 5CRGA 5IMZA 5AIXA 4EXJA 2F8AA 2YOIA 5D9WA 3A2WA 3DKSA 5FWGA 2IWTA 4XIHA 3RAZA 2A2RA 2F8FA 2C0FA 3RPNA 2L57A 4OFMA 4F2IA 4TR3A 2OBIA 4QQ7A 2DSAA 3KGKA 5F06A 3KM6A 2FWFA 3J7Yk 3N5OA 3A3TA 2YCDA 3A5WA 1T00A 1VGLA 2EIOA 4RQRA 2YANA 3VWVA 3UL3A 4IS0A 5AIVA 4HZ2A 2VOCA 1QXHA 1FAAA 3HKRA 3FR9A 2HXKA 5J3RA 2K18A 3F63A 4HQSA 2DBCA 4MABA 3EE2A 5ELGA 5J9BA 1XWBA 2X8CA 4YQMA 4FH8A 3TJBA 2DIZA 5KN3A 2GGTA 2PU9C 3E3EA 1VRSD 1AIUA 1PL2A 2BMXA 1PRXA 5G1LA 5DBQA 2MBSA 3D4MA 4FO5A 2H75A 5GSTA 2RLIA 4I8BA 3TKRA 2GQKA 5J41A 6GSTA 1BQ7A 4ZIJA 3EC3A 3FZ5A 1OC9B 2YP6A 2RM6A 3IC4A 2VIMA 1SYRA 3TJJA 1YF0A 1LJRA 3P7XA 2FNOA 1YEPA 4MH3A 5COHA 1ML6A 2GSQA 1ON4A 2VM1A 3VWUA 1M0UA 18GSA 2BJXA 3VWWA 2REMA 5DQSA 1M2AA 1ZMAA 3MSZA 3ZTLA 4L5OA 2LTKA 2DMLA 1B8XA 1DSBA 1YJ6A 4ZBAA 1GLPA 2H66A 3DRNA 1O6JA 3BBYA 3VURA 3LYPA 1XWGA 5ECQB 3GNJA 4LMWA 4GSTA 3KMNA 3LEFA 3IR4A 4K0GA 2AV4A 1TTZA 3TKSC 1PA3A 4G2EA 1TI1A 5CRDA 3FY7A 1TXXA 4OFNA 2B3SA 2LS5A 3W8SA 3HJOA 4DSRA 3KP8A 3F6DA 4JRRA 4BVXA 1QUWA 3HD5A 4EVMA 4FIWA 4QL9A 2NPBA 1HNAA 3C7MA 1FVJA 2C0DA 4JZQA 1EP7A 5CNWA 3DIEA 4XTSA 3A2VA 3DVWA 3HDCA 3BCKA 4TR4A 4G19A 14GSA 3QR6A 5CP1A 3QPMA 1JZOA 2B7KA 4X43A 4XCSA 2LRNA 2YJHA 4ML6A 2NDOA 3TOTA 4EO3A 1K0OA 4GSNA 4DSSA 4MDCA 4LL1B 4XRDA 2LRTA 3TRXA 2VD1A 4K7OA 5GZZB 1TU8A 5ID2B 2YV9A 5DAKA 3AY8A 4LMVA 2HSHA 2AHEA 4K0NA 3VI7A 5JCGA 4MK3A 5IPHA 1YDKA 3MWHA 3QOUA 4WR5A 4V2NA 1TI3A 1TOFA 2QGVA 4KDUA 2YZHA 2CVKA 1TK5B 2L6CA 2TRCP 2VO4A 1JZRA 2YNXA 1X9MB 1TK8B 1M9BA 2OE0A 1WIKA 4N0ZA 1J0FA 1AQWA 3TB2A 1O7UA 2CAIA 4O5RA 2C4JA 5E4WA 4K2DA 1OC8A 1PMTA 1WP0A 3C1RA 2M46A 4Q5RA 3WGEA 2VLVA 4F9ZA 2MYGA 2JADA 2EIRA 1XW5A 2M80A 2V6OA 4BL7A 5G31A 2O87A 3EYTA 2C8UA 3GKXA 2NTOA 1T1VA 4Q5NA 5AISA 3C71A 1THXA 5KN1A 2L5OA 1PX6A 4EL1A 2C0EA 1EEMA 3TKSA 2LJKA 2GT6A 1XCCA 5HR1A 3HXSA 4HJMA 1ILOA 2HZFA 5EL8A 3WGXA 3L78A 1F2EA 2LUSA 5KN0A 3LGCA 3FZ9A 3IE3A 1SKRB 3IAM2 3CRTA 1WPIA 2VCTA 4WEYA 2GDRA 3M9KA 1V40A 5DCHA 2B1KA 3F3QA 4MZBA 2PVOC 2ON7A 4YQUA 1Y6EA 4PQ1A 5ECNB 4GQFA 1JZWA 4NPBA 4N11A 5G1KA 1NM3A 2TIRA 3I69A 3QAGA 1XXUA 3ZRDA 1GH2A 2FUG2 4AJ7A 1SK1A 4IHUA 2YZUA 1YQ1A 1KBNA 1AC1A 5DCGA 5IM9A 4TKYA 2WZ9A 3LSZA 1W4VA 4P3YB 3PR8A 3D5JA 1HQOA 3L4NA 5E59A 1YF1A 3VFIA 4BWSA 4TVEA 1UC7A 1TU7A 3KIJA 2V1MA 1X5CA 4PNGA 4HUAA 11GSA 4WF5A 2G0FA 1GWCA 1X9SB 1MTCA 5INYA 1K3YA 1UVZA 1N2AA 19GSA 5G5FA 3QCPA 3PGTA 2XBIA 4EDYA 16GSA 1X5EA 1G7OA 6GSUA 3IHQA 3LYKA 4WBJA 2H01A 3ZLPA 1PSQA 2VAFA 2WRTA 3UMAA 2H70A 2FA8A 1TJDA 3EWLA 5ENUA 4KNDA 4I2UA 3UBKA 4EE0A 5D73A 2I81A 2LV3A 5JWOB 2H6ZA 1GTBA 2C3TA 3CMIA 5FT3A 2IJYA 1R26A 1KNGA 4OO5A 2PN8A 1SL2B 4XS4A 1FO5A 1J9BA 4ID0A 4EC0A 1JLWA 3NOFA 2ZUPA 1WJKA 1QK8A 3BD2A 4MA9A 3IK9A 1ERWA 4LLRA 1TDIA 2HZEA 2F51A 4L0UA 4L8EA 5IQYA 2CVBA 2L4CA 4MJAA 2CQ9A 4HI7A 2H0GA 4KW6A 4OWYA 3N9JA 5F07A 3F0IA 1B4PA 1MD3A 2KP1A 17GSA 1NHOA 3ZITA 2PGTA 2OADA 1FB6A 2R2JA 2IY2A 4IP1A 1T3BA 1BG5A 1OKTA 2NBSA 3I6AA 4ILFA 2OE3A 3VLNA 3NZNA 1YEXA 4K9ZA 5HR3A 1ZZYA 3VPQA 1I5GA 4XS6A 1YZXA 2IMFA 1TRSA 5ECSA 2R6KA 2R5GA 3W8JA 1A24A 4MPFA 4J2FA 1JZDA 1B9XC 2I1UA 2PVQA 4MF6A 1JLVA 4GCIA 4DSQA 1R7HA 5A5KA 2F9SA 1FB0A 3LG6A 3DD3A 1RK4A 3P90A 4ZB9A 5HR2A 1O8XA 4ISDA 2XC2A 3TUEA 4TW5A 4EUYA 5HR0A 2DIYA 1TK0B 2VD0A 1F9MA 2IN3A 2JZTA 4TXOB 3UIWA 1SJZA 6GSXA 2A2SA 3LFLA 1FHEA 2ZCTA 3SBCA 6GSVA 1Y25A 4KSMA 4HEA2 5J9CA 1PN9A 2LRCA 2GS3A 2H19A 2H1DA 4BVYA 4MLYA 10GSA 4LA1A 3GL5A 1C72A 3KH7A 4HDEA 1XWCA 2AJQB 4NMUA 2WB9A 4JR4A 4ULXA 1N8JA 2C0GA 4OO4A 3S9FA 1ZGNA 3GRXA 4MJBA 1AAZA 4EKZA 3ZZXA 2H6XA 4IJIA 2GLRA 3KTLA 3KEBA 4WR4A 2RIIA 3TKPA 2H71A 3F4SA 3APQA 1F6MC 2VLUA 2QC7A 2CZ2A 3D4TA 2FCHA 1V98A 3GSSA 3CTGA 1HD2A 3IXRA 2E0QA 3G9BA 3U5RE 1A2JA 5FHIA 2E7PA 5JWRB 4H86A 5L71A 2V32A 2R4VA 2WFCA 3EVIA 5CRWA 4HJ2A 2HT9A 1IYHA 3ME8A 5G5EA 2KUCA 1SU9A 2OBKA 1GNEA 2N5AA 1XW6A 1FG4A 1XIYA 3LORA 4AF2A 2O8VB 2YJ7A 2JSZA 4YAVA 4D73A 1YKAA 1ST9A 3CSJA 1H4OA 4OCEA 2VUPA 5IOXA 1GRXA 2H73A 4PQIA 2WULA 2RM5A 1VF4A 5ECOB 4ML1A 1S3DA 1IYIA 2LNSA 4X1UA 1BYEA 1B9YC 3E9JB 4HOJA 5DDLA 3GX8A 2LSTA 3MNGA 3TKQA 2PWJA 3HCZA 3EURA 1PX7A 4O32A 3BJ5A 3A2XA 1YKCA 5D93A 4FYCA 2D2ZA 3H1NA 5IMFA 1JFUA 3DYRA 4TR1A 3F3RA 4Q5FA 1XVQA 4CDOA 2B7JA 2HRNA 1CQHA 4WETA 3QAWA 2JACA 3TDGA 2FD3A 1ZYEA 1K0DA 2DLXA 4MF7A 7GSSA 3VWXA 5HQPA 2YWIA 1BJXA 5ABRA 1XW9A 3NIVA 1TRWA 5B8BA 1GSQA 3M3MA 1NW2A 3CYNA 4K6XA 5AGYA 1GTAA 1SD9A 3IAS2 1EEJA 2H1GA 1UN2A 12GSA 1BAYA 5IMAA 1A0FA 2N5BA 1VF2A 1OC3A 2IMDA 4KCEA 4ECJA 3DWVA 2AUVA 4V1Ag 3BCIA 5C04A 4DSSB 1M2DA 2QSIA 1OE7A 3KMOA 2B5XA 3APSA 2MBTA 1QQ2A 5DAKB 3CBUA 3EMXA 5B7CA 3F8UA 3C8EA 2MZCA 1LU4A 5CREA 4ECCA 1SL0B 2P5QA 1T8EB 3KCMA 2B5EA 4ZB8A 2IIYA 5GAPD 5DALA 4BA7A 1EP8A 1H75A 4NXIA 4K1FA 3GUSA 4MJCA 2K8VA 4ZBDA 3VK9A 1T7PB 3FK8A 2GQLA 4IKHA 3GX0A 4L5LA 4KCAA 4ZL8A 3M9JA 1TKDB 4K8MA 5J5NA 1PQNA 5JWQB 4IELA 3HJPA 1BEDA 20GSA 2WDUA 1O81A 1FW1A 5IOWA 2E2MA 1F3BA 3Q74A 2RUEA 4MMMA 4N0VA 2MMNA 2H6YA 1A2LA 3IK7A 1JHBA 2VCWA 5H5RA 1DE2A 3QDNA 2LJAA 2B5YA 1CQGA 1Z3EA 1USBA 2FGXA 5DQYA 2V41A 2YWNA 3LXTA 3GH6A 1NSWA 3G7IA 4KX4A 1DUGA 3WT2A 3L9VA 5A4VA 3ZIJA 3TJFA 3M8NA 4I6XA 2B1LA 3I9V2 1GP1A 2VL2C 3EMPA 4XS1A 3EU3A 1HYUA 4O7HA 3ERWA 1EGOA 1M9AA 4JR6A 4G10A 3KJYA 2VLTA 1XFLA 3L0HA 4EDZA 4CHSA 4HS1A 3ZIVA 2EC4A 2DC5A 2KHPA 3HA9A 1AQXA 3KTBA 3GURA 5LCZA 1XOAA 3IA1A 5GSSA 2WGRA 4N10A 3MDKA 1PGTA 1SK0A 1URMA 5LNKe 2H0IA 2H30A 4POBA 4NHZA 4ZILA 4YH2A 3IRAA 2IFQA 4KDYA 2LQOA 1MDJA 3FKFA 1PKWA 3CTFA 2L59A 2K6VA 3ERGA 4HZ4A 4K7IA 3ERFA 2JU5A 2J23A 4AJ8A 3GA4A 2GZPA 4WKWA 1R5AA 1THOA 4MF5A 2K9FA 2J9HA 3TOUA 4BWQA 2EIQA 2CZ3A 2WJUA 1V2AA 2P31A 1GLQA 1BX9A 2H1AA 1R4WA 2HRFA 3LJRA 1AXDA 4WF4A 1SJ6A 1GSDA 1G6WA 3ZREA 3TCOA 3FW2A 3LWAA 4ZBBA 2H8LA 2IMKA 3HJMA 3PH9A 3UEMA 5B8AA 4PX1A 3QFBC 1Z6MA 5D9TA 4HU9A 2BTOT 2OE1A 3ZVJA 3HHVA 1FOVA 4IVFA 2GZZA 2I3YA 5AN1A 3WT1A 6GSWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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