4NPBA

The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein dsbc from yersinia pestis co92
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
ADDSAIQQTLKKLDIQQADIQPSPIPGISTVMTESGVLYISADGKHLLQGPLYDVSGDQPINVTNQALLKKLEALSSEMIVYKAPEEKHVITVFTDITCGYCRKLHEQMKDYNALGITVRYLAFPRQGLSSQAEKDMRSIWCMADRNKAFDDAMKNNDISPATCKTDISKHYQLGVQFGIQGTPAIVLQNGTIVPGYQGPKEMLQMLNAHQASLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
rcsb
molecule keywords Protein disulfide isomerase II
molecule tags Isomerase
source organism Yersinia pestis
total genus 59
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4npbA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4npbA02
1TRSA 4O32A 1SD9A 2MYGA 2YWOA 2GVPA 4MPGA 4EF0A 5G1LA 3EINA 1NHOA 5IMCA 2H1AA 3US3A 2K8SA 1BX9A 4ECBA 3H93A 4IW9A 5IM9A 3GFKA 5EPFA 2HFDA 2HXKA 4OCFA 4FYUA 3GNJA 1V57A 1FVJA 4FH8A 4K9ZA 3KTLA 4F0CA 4HZ2A 2FHEA 2K6VA 4HS1A 5A4UA 1OKDA 1R5AA 3EMXA 4TR0A 3GH6A 1JZWA 3SWLA 4FYCA 1PN9A 4WBRD 1WP0A 2EIRA 4XCSA 2KLXA 2DIYA 2H1GA 2R2JA 4ZILA 3IK7A 4MJAA 2G2QA 4KGIA 5FHIA 3VPQA 4KX4A 1SU9A 2I9HA 1WOUA 2RUEA 1GSDA 3CBUA 1RW1A 4IBPA 1TDIA 2WCIA 3FYGA 1KBNA 1VGLA 4N10A 3U6VA 3J7Yk 3UARA 3BCKA 2VOCA 1WRYA 5ECOB 2GSQA 3BJ5A 3RBTA 3TGZA 2VD0A 3V1WA 3TKSA 1YQ1A 5D9TA 2YZUA 2FCHA 1THOA 4POLA 4BA7A 1BJXA 4H86A 1HNCA 1XW6A 4GCIA 1GTAA 1TW9A 3DWVA 3F4RA 1OC9B 1JZRA 1H4OA 3C7MA 4PQ1A 5ECQB 2IFQA 17GSA 5G2ZA 1A23A 1U88A 3N9JA 1Z7RA 2ZNMA 2H6YA 4KDXA 4HZ4A 4JU5A 2P5QA 4F03A 3GYKA 1N2AA 2C0FA 1QGVA 2J23A 4BVYA 1GTBA 1TXXA 4TR1B 1THXA 1PQNA 4MZWA 3TB2A 4L0WA 2C3NA 1RK4A 4QL9A 5F07A 1TRWA 2VL3A 22GSA 1OAZA 4E8HA 3FKFA 5B8AA 5GSTA 2OBKA 3EYTA 3BBYA 3MWHA 3GSSA 1K3OA 1KNGA 1FW1A 4K0NA 5D9VA 4OFMA 2C0EA 1TU7A 4XIHA 1U87A 4HQSA 4MP4A 4WEYA 1C72A 2IPAA 3I9V2 3EC3A 3HHVA 1A24A 1Y25A 1M0UA 4HU7A 1OC9A 3CYNA 2NTOA 5JCUA 4K7OA 3HJOA 3KTBA 1XZOA 2PMTA 2PN8A 3TRXA 4AJ6A 1T8EB 2I81A 3C1RA 1XWAA 2J9HA 2AAWA 3DEXA 1T3BA 3IXRA 1IYIA 1YF0A 4OO5A 2C3TA 2FWEA 2QSIA 2OBIA 2OE3A 1SYXA 2R4VA 2OACA 2LRNA 4TR1A 3LORA 2VLVA 2V6KA 2MBTA 2L4CA 1K0BA 4AJ8A 1V98A 4GXZA 1OYJA 5D8IA 4ECJA 2LJAA 1G7OA 4FO5A 4MA9A 1MDJA 2WRTA 2FWGA 4WKWA 2DMMA 5CRWA 4FYBA 2XBIA 2FD3A 2ZUPA 1FB0A 3PH9A 1XXUA 4XHMA 1XWCA 2BTOT 1AW9A 4MJCA 1H75A 1A0RP 1SJIA 2HSYA 2O7KA 5AIVA 4J57E 3I6AA 4XTSA 4J56E 4GLTA 4LA1A 2GQLA 3CMIA 2N5AA 1ILOA 1SKRB 5JCWA 3QPMA 1SJ6A 1VRSD 3O6TA 4IKHA 1O85A 5L71A 1X5EA 1ERTA 4X43A 2YJHA 1M9BA 3QR6A 3GN3A 1Q4JA 4N11A 2HLSA 2GDRA 1EP8A 2FWFA 5ECIB 4LLRA 2EIOA 3GKNA 3F63A 4KSOA 3KIJA 2JADA 1HNBA 1A8YA 3TJBA 3KH7A 1SKSB 3MDKA 5DALA 3HVXA 5E59A 5HR2A 3M3MA 1OE8A 2OA7A 1G6YA 2DSAA 3H4KA 1TRUA 2JU5A 1TP9A 5A4WA 4KA0A 5EY6A 3FR3A 3HDCA 2YWNA 2OE1A 1F37A 1YJ6A 2Z9SA 3IR4A 2H30A 3HY2A 1F3BA 3CTGA 5IQYA 4GSNA 1SL1B 2H76A 3APOA 4AGSA 2AV4A 2GQMA 3IBHA 5G30A 3HXSA 2PERA 2G0FA 5IIZA 1XVQA 5B7CA 2OJLA 5ECPB 1SL0B 1NW2A 5ECHB 3HVSA 1WIKA 4TXOB 1Z9HA 2H0GA 2VM2A 4HOJA 4TXVA 1ZOFA 2JZRA 5G5FA 3D6IA 2ZCTA 2YZHA 2FGXA 1PD21 4KAEA 1U3AA 1YEXA 1LU4A 2TRCP 3LXTA 4IJ3A 1S3AA 4X1UA 1URMA 2PBJA 4Z7XA 3KH9A 4CHSA 2YV7A 3JCML 2A2RA 2C1YA 20GSA 4K6XA 1PKWA 2RM6A 1E2YA 2CX4A 3F0IA 4LL1B 2O87A 2GSSA 4PUAA 2GS3A 16GSA 1PRXA 1AXDA 4ECCA 2BMXA 2V32A 5H5RA 2KP1A 4V2NA 4GWRA 4AF2A 4G10A 2DC5A 3KCMA 3LQ7A 1PX7A 2QGVA 2LQQA 4RQRA 1YZXA 2V1MA 3UIWA 3CXGA 2DBCA 5KEJA 1QFNA 5COHA 1EWXA 1UA5A 4MF6A 1QQ2A 2L5LA 2VAFA 2X64A 4TXOA 2O85A 2X99A 1ML6A 3W6GA 4TN8A 1T1VA 4GQFA 4YQUA 1X9MB 2C0GA 1B9XC 2PVOC 2GZZA 3A2VA 1EP7A 1TRVA 1A2JA 1ERVA 4V2MA 3F6FA 2IIYA 2QC7A 1J0FA 3QAWA 1EV9A 4ZB6A 2KHPA 3ZIVA 1V40A 2X8CA 5ECSA 18GSA 1K0OA 2D2ZA 4POKA 5GAND 3VPTA 5H5SA 5IO0A 1G7EA 4JR6A 4KNDA 3NZNA 2B1LA 4MMMA 5F06A 3QMXA 3QFBC 4EKZA 1XCCA 2H75A 4NHZA 4MDCA 2IMDA 5C00A 1TI1A 2R3XA 3M1GA 2H66A 3ZITA 3HVVA 4MH3A 1QUWA 3UL3A 1ST9A 3LFLA 2GQKA 1AQWA 3PR8A 4POMA 2ON7A 3C73A 3GH9A 3FEUA 2NDOA 1R5PA 3Q18A 4PGTA 4X0XA 3GKMA 2NVLA 2CZ2A 5EL8A 2LV3A 3S9FA 4D73A 1SYRA 3UBLA 3WD6A 4ZBAA 4IP1A 4XS1A 4RI7A 1EGOA 1DBYA 1GRXA 3M9JA 4DSSB 2L4QA 2L5OA 7GSSA 2LNTA 1M2BA 5CRHA 3EMPA 3L9VA 2DJKA 1EEJA 1A0FA 2IL3A 2VIMA 3ZLPA 1HQOA 3WGDA 2XC2A 4XS6A 2K9FA 3VWXA 1O6JA 3APQA 2DLXA 2V2GA 1KTEA 3KXOA 1FO5A 1JHBA 3TJJA 3HZ8A 2LJRA 5GZZB 1G6WA 1B4QA 4WR5A 4EXJA 5IOXA 4WETA 2WS2A 4YAVA 1T4YA 4HU9A 3TCOA 5B6MA 4HI7A 5ID2B 4GQCA 4TR4A 2HT9A 4XRDA 1EOHA 4EVMA 4JR4A 3MNGA 3VWVA 2B3SA 3D22A 2MZCA 3ZTLA 1DE2A 3GV1A 3Q19A 2AB6A 2EIQA 5D9WA 4GSTA 2F9SA 14GSA 1GLQA 2P0GA 2L57A 4JEDA 4PQHA 1MDKA 3F3QA 1GUMA 2CAQA 2VL2C 1GSFA 4Q5QA 2IMEA 1FVKA 4MZBA 2AHEA 2XBQA 4MJEA 1W4VA 3BCIA 4V1Ap 1WPIA 3DMLA 3FW2A 1TTZA 3H8QA 4F82A 3D0ZA 4IJIA 1ZCPA 3A2XA 2O8VB 5F0GA 5INYA 1ZYQB 2DJ2A 4MH2A 1PX6A 1FG4A 2L6DA 4BVXA 1ZZYA 2MMAA 2LKUA 1JZOA 4RI6A 4I2TA 5FT3A 4DVCA 5HFKA 2AUVA 2FNOA 2H72A 5DDLA 2FLSA 5ID2A 2YP6A 4EDZA 1AAZA 3VI5A 2PPTA 2PVQA 1XVWA 5ENUA 3FZ9A 1RQMA 3KGKA 5IMAA 2CX3A 2H70A 4EUYA 3E0UA 4I2UA 4RQXA 3LXZA 3UEMA 2LRTA 3LYPA 1MD3A 2WFCA 19GSA 3M0FA 3QAVA 2GZPA 1ON4A 5CAXA 1XW5A 1NM3A 4BWSA 1GH2A 1LBKA 3L78A 3W8SA 5HFGA 4JRRA 3WGEA 2FUG2 3D21A 4KDYA 3ZVJA 4GSSA 4ID0A 2H0IA 2H1BA 2JL4A 4IELA 5GSSA 2VCVA 4G19A 1Z6NA 4MJBA 4XRAA 4IS0A 2IYJA 1VF4A 1K0NA 1KEBA 3ZZXA 3HD5A 3QD9A 3ZYWA 2VLUA 5DVBA 3TDGA 4LMWA 1X9SB 2TRXA 4DEJA 2GSTA 4N0ZA 2VD1A 1WWJA 2N5FA 3VI7A 4N30A 3EVIA 5ECRB 2HRNA 2FY6A 1Y6EA 3U5RE 4L0UA 2JSYA 4ILFA 2O89A 1F3AA 3P2AA 4WBJA 2C3QA 3ZMKA 3SBCA 4ECIA 3J7Yb 1YF1A 3DYRA 2V6OA 5LCZA 1WE0A 1X5CA 1XWBA 4XS4B 4HJMA 3A3TA 1OC8A 3WT1A 1GNWA 1QMVA 3FY7A 2YN1A 5KN0A 4WF4A 3VFIA 1ERUA 1SJZA 1Z6MA 5D96A 2VLTA 1XFLA 4EC0A 2KOKA 3HA9A 5AISA 2HYXA 4G9HA 3P8WA 5CYYA 2VL2A 4ZL8A 1AUCA 5D9XA 1GSSA 1AQVA 4K2DA 3TJKA 1QXHA 3P90A 1ERWA 4NXIA 2VCQA 2B6MA 3ME7A 1NSWA 2GT5A 1VF2A 1F6MC 4YAPA 3HYPA 3QOUA 8GSSA 2BJXA 2GLRA 2WB9A 2REMA 3F8UA 4KW6A 1TK0B 2KP2A 2GZYA 2F8AA 3K8NA 2B5YA 3FR6A 2CVBA 5ECKB 4HEA2 4ML1A 3D4MA 1ACVA 2FA8A 12GSA 2P31A 3H79A 1NHYA 3EU4A 1A2MA 1PSQA 1R7HA 3LYKA 5IO2A 3UOMA 4XS4A 3LG6A 3LSZA 1W89A 4Q5FA 4GTUA 4IP6A 1U3IA 4GRFA 3WYWA 3D4TA 5E4WA 4NAXA 2C0DA 1BYEA 4DSQA 3FZ4A 5J41A 4G2EA 1TK5B 3Q74A 1VF3A 4OMVA 2GSRA 1XOAA 6GSWA 5JCGA 4HUAA 2YANA 5G1KA 2WJUA 4WXTA 4HQZA 5DJMA 3FZ5A 3ZL5A 5EVOA 3ZMLA 3F4TA 2FA4A 2LUSA 1UC7A 1XW9A 3TUEA 4ZIJA 4CW9A 1XWKA 4IGJA 2HZFA 3LJRA 4AJ7A 2K8VA 4PNGA 2PUKC 2C8UA 4ULXA 4BL7A 2NBSA 2H01A 2DJ3A 4PXOA 2H71A 1O73A 4NV5A 4EDYA 1G0TA 3WGXA 1OE7A 4QQ7A 3TKRA 3EWLA 2PGTA 4FIWA 3HCZA 4NV2A 3GA4A 2ALBA 2X8HA 4ACSA 3O76A 2FWHA 1PKZA 2LSTA 2GGTA 3N5OA 3GRXA 2B5XA 1F9MA 3IOSA 3TKPA 3TKSC 4OCEA 4HDEA 2M80A 2LRCA 4LL4B 3KD0A 2K18A 3KJYA 1JZDA 3KMOA 1XIYA 4KH7A 4K1FA 5HFIA 1FAAA 5DCGA 3DXBA 4MPFA 3L9UA 3GL5A 1YDKA 2CVDA 1O8XA 2OADA 4MLYA 3IHQA 2IMFA 3IAS2 2DJ1A 4PURA 1CQGA 1TI3A 3TKQA 5G5EA 5IMVA 3FHKA 3ERGA 1JFUA 3VLNA 1EOGA 4PQIA 1YEPA 3MAKA 4F9ZA 3UVTA 1WMJA 3IV4A 3GURA 4O92A 1GTUA 2HI7A 3ISOA 4PX1A 2JZSA 5J9CA 3D5JA 1UVZA 4I8BA 1YKAA 3H1NA 3QCPA 1GSQA 2VCWA 3IC4A 3IPZA 2QKEA 3KEBA 1SD8A 3P7XA 4YH2A 5ECNB 4O7HA 3ZIJA 4JE1A 3NIVA 3HZ4A 4IHUA 1M99A 1TKDB 2GT6A 1PL1A 1T7PB 2F51A 4ZB9A 5F05A 3W8JA 2F8FA 2RM5A 3DIEA 1JLWA 3HJPA 6GSSA 1MDIA 5D73A 3UMAA 5CO3A 5HR0A 1USBA 3GTUB 1OVNA 4IVFA 2WULA 1MD4A 1B8XA 2R5GA 2E0QA 5HQPA 3KZQA 1Z5YE 3GX0A 4P3YB 1GUKA 1SK0A 4TOPA 3IDVA 2L59A 2IFQB 1MEKA 10GSA 3O3TA 1J08A 4KCEA 4MABA 1O81A 4MZCA 1EZKA 4L8EA 3LEFA 1FOVA 1VF1A 1V2AA 1TOFA 2ON5A 4E8EA 1B4PA 3DGQA 3C1SA 1BQ7A 3LWAA 3KP9A 4KUNA 3AY8A 4ML6A 5JWRB 6GSXA 2B7KA 3RAZA 4K7IA 4POBA 5DCHA 1SENA 2IJYA 2H8LA 5B8BA 1K0DA 4I5QA 3ZRDA 6GSVA 2RIIA 1R26A 3TOUA 3NOFA 11GSA 3IE3A 3GIXA 2LEGA 3F3RA 3RPPA 1PMTA 1BG5A 3UJ1A 4CDOA 2A2SA 1GUHA 3GTUA 3EE2A 1S3DA 4K8MA 4NMUA 4NPBA 1YY7A 2LQOA 3M9KA 2VL9A 3RDWA 5IPGA 1Z7PA 1GSYA 5LNKe 2C4JA 2CT6A 2VCZA 3R2QA 4DSSA 4ZBDA 5CNWA 2F3MA 3C8EA 2L6CA 1XWGA 2H1DA 3DVWA 3IAM2 2AYTA 5ECLB 2AJQB 3GKKA 4YQVA 2YNXA 4PNFA 3ZFBA 2M72A 5D93A 5ELAA 4OWYA 4DSRA 1EV4A 5CREA 3A2WA 1GSEA 2NPBA 2R6KA 4K7NA 1B9YC 4KE3A 5IPHA 1ZGNA 1M2DA 1YKCA 3GSTA 2VUPA 4IQAA 3EURA 3KMNA 1K3YA 3Q6OA 5B6NA 4V2LA 5KN3A 4KDUA 2CAIA 3DVXA 2E7PA 3ERWA 1GULA 5HR3A 3MSZA 1N8JA 3L0HA 5AGYA 2E2GA 5IOWA 4TW5A 1U6TA 4I97A 2MBSA 2TIRA 2JACA 1A8LA 5AN1A 4IN0A 2WDUA 1XOBA 1S3CA 3KM6A 4TVEA 4TRXA 4F0BA 3TJFA 4I6XA 3ED3A 3DKSA 2I1UA 2B7JA 6GSUA 1SK1A 3FR9A 4ZXGA 1GTIA 4TR3A 2DIZA 3TRPA 5IMZA 2OE0A 3OR5A 2H73A 1EEMA 3G7YA 2I4AA 2XHFA 3LGCA 1PGTA 1T00A 2HRFA 4Q5RA 2PU9C 3G7IA 1OC3A 3I43A 1K0MA 3FK8A 3BD2A 3HKRA 4F2IA 2YOIA 2LS5A 1UN2A 4ZB8A 3TKSE 2LTKA 1GNEA 1XBSA 2YCDA 4ISDA 1PA3A 2YWIA 3VURA 4KCAA 1Q98A 1LJRA 5DQSA 5DALB 4ZBBA 1O8WA 1AQXA 2N5BA 1GSUA 3CSJA 1Z3EA 5J9BA 2CZ3A 2HZEB 1WJKA 5A5KA 5G31A 1I9DA 3EU3A 2CA8A 4MF5A 3QDNA 3WT2A 5ELGA 2A4VA 3ERFA 1FB6A 1MTCA 1SL2B 4N0VA 2OKAA 3F9UA 4YQMA 1HD2A 5J3RA 1B48A 4OO4A 2DMLA 3KP8A 4J2FA 2HSHA 2CV4A 5F8BA 3E9JB 1HNAA 4JZQA 1GL8A 1X5DA 2VCTA 3I69A 3IK9A 4V1Ag 2IY2A 2LJKA 3VK9A 1E6BA 9GSSA 4MCUA 2WZ9A 1F2EA 2MMOA 1T4ZA 5CRDA 3CSIA 2HNLA 3APSA 1FHEA 3CRTA 1J9BA 2DJ0A 1AC1A 3GMFA 3RHBA 2VM1A 4NHWA 1M7TA 5JWQB 3G9BA 1GWCA 5LD0A 1CQHA 1AIUA 4L5LA 4TKYA 2B5EA 2MMZA 4K0GA 3GX8A 2GTUA 13GSA 2IMIA 2MMNA 4ZL7A 1TK8B 2H6ZA 4GF0A 4WF5A 5DJLA 3ZFLA 2B1KA 2YV9A 3FZAA 1ABAA 1SK2A 2RUFA 2WGRA 3ME8A 5H5QA 2HZEA 4RUVA 2RLIA 1TJDA 1V58A 2V41A 4MF7A 1EGRA 5J4UA 4OD7A 3E3EA 2PWJA 2X8GA 3GUSA 3VWWA 3L9SA 3HJMA 3PINA 5IMDA 2CVKA 3A5WA 3UBKA 1TU8A 2KUCA 2YWMA 2XPEA 5KN1A 1DSBA 1JLVA 3GHAA 1V9WA 1K0AA 2M46A 1DE1A 2E2MA 1K0CA 1ZL9A 2YPMA 1BAYA 2LNSA 2VO4A 5KN2A 5HR1A 4BPYA 1ZMAA 5ECMB 3RPNA 3ZREA 1HYUA 1GLPA 3L4NA 5DQYA 4BWQA 4HJ2A 2JSZA 4JBBA 3UVHA 4WR4A 2IN3A 4OFTA 3GKXA 2CQ9A 3F4SA 3TOTA 4Q5NA 4EO3A 1PL2A 6GSYA 1M9AA 3F6DA 5DBQA 2HE3A 4O5RA 1K3LA 1X9WB 2IMKA 2R37A 5DAKB 5JWOB 2XPDA 4EE0A 2EC4A 5IMFA 5GAPD 2IWTA 3G7JA 2C80A 3TRQA 5ABRA 1OKTA 2H0HA 2H74A 1A2LA 3UAPA 3DRNA 3QFAC 4KSMA 1IYHA 2P5RA 2H6XA 5CP1A 5AIXA 4L5OA 3QAGA 3DD3A 5CRGA 5A4VA 6GSTA 1X0RA 1BEDA 3RHCA 4ZL9A 3GL3A 3CTFA 4D73B 3CRUA 4LMVA 3M8NA 1SKWB 2H19A 3CSHA 3BOAA 4EL1A 3IA1A 1XPVA 1O7UA 4QL7A 2JZTA 4IQ1A 5FWGA 4PUFC 2DJJA 1I5GA 3C71A 3ZVJD 1M2AA 4OFNA 2YJ7A 3VWUA 5C04A 5DAKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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