4NPBA

The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein dsbc from yersinia pestis co92
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
ADDSAIQQTLKKLDIQQADIQPSPIPGISTVMTESGVLYISADGKHLLQGPLYDVSGDQPINVTNQALLKKLEALSSEMIVYKAPEEKHVITVFTDITCGYCRKLHEQMKDYNALGITVRYLAFPRQGLSSQAEKDMRSIWCMADRNKAFDDAMKNNDISPATCKTDISKHYQLGVQFGIQGTPAIVLQNGTIVPGYQGPKEMLQMLNAHQASLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
rcsb
molecule keywords Protein disulfide isomerase II
molecule tags Isomerase
source organism Yersinia pestis
total genus 59
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4npbA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4npbA02
3IPZA 2BJXA 2PVQA 2X8CA 1PSQA 2DMLA 1XWGA 1ON4A 4IW9A 5DVBA 5G31A 1ZYQB 3F8UA 4XRAA 1JZRA 2GVPA 4DSSB 4QL9A 4F2IA 4N11A 3ZITA 1QQ2A 4BVYA 1FVKA 3C1SA 2GT5A 2VCQA 2AJQB 6GSYA 2HSHA 2H66A 2PWJA 2OBIA 4WF5A 4EXJA 1TI1A 2GSRA 1WIKA 3GA4A 4ZL9A 3P7XA 4YQUA 1GSQA 3RBTA 4KDYA 4MPFA 1K0MA 4IGJA 1K0BA 4EVMA 1V9WA 1WP0A 2XC2A 1M2DA 4IQ1A 3M9JA 1RW1A 3TOUA 1FOVA 2JACA 2H70A 1HD2A 3QDNA 1EV4A 1EGRA 2GZYA 3WGEA 2VAFA 5CRDA 2DJ3A 1ZOFA 1XIYA 3KH9A 2P31A 1LBKA 2P5RA 2B7KA 4LLRA 2OE0A 2PUKC 5B6MA 4HDEA 3APQA 1XW6A 3HY2A 3WT1A 3HDCA 2HNLA 3FZ5A 1R5AA 3QFBC 2I81A 5ECIB 4P3YB 2GSTA 3HCZA 5J4UA 2H1BA 5IO0A 2DJJA 1HYUA 4WEYA 1G0TA 1EEJA 3ZFBA 1THXA 2G2QA 3F3QA 3M1GA 1IYHA 4ZBBA 1G6YA 2YOIA 2EIOA 5DALA 4HU9A 4NV5A 3MAKA 3FR6A 5GSSA 4OO4A 4L8EA 4HZ4A 3BOAA 4D73A 1JZDA 2YANA 2FNOA 4EDYA 2MBTA 4NWYA 5IO2A 1T8EB 5CRWA 4V1Ag 2F3MA 5HFIA 1EOGA 4OFTA 1IYIA 2PPTA 4V1Ap 3V1WA 2LJAA 1N8JA 4OCEA 3D4TA 3ZMLA 2DJ2A 3IBHA 1WOUA 3FW2A 1G6WA 3RAZA 2LKUA 3O6TA 2ZCTA 5CNWA 5HR1A 4FO5A 4AJ6A 1XPVA 3A2XA 4Q5RA 2JL4A 4MLYA 4LMVA 2VCWA 3IR4A 4TR1A 1A2JA 5G5FA 3GYKA 3IC4A 4MF7A 5E59A 3HZ8A 2K18A 1RQMA 3L4NA 3UAPA 1URMA 1XOAA 3WD6A 2IMKA 2PERA 3F6DA 1AAZA 4TRXA 1YDKA 4RI7A 2BTOT 1VF1A 2H0HA 3KTLA 1S3AA 2C80A 3UARA 4L5OA 5A5KA 3HD5A 3QFAC 4XCSA 2TIRA 4HEA2 3W8JA 1M7TA 5FHIA 2L6DA 2MZCA 2H6XA 5KN2A 3RHCA 1OE8A 1F37A 1V40A 2RLIA 4EDZA 5FT3A 4KCEA 4K0NA 1J08A 1Y25A 3ZTLA 3H79A 2P5QA 6GSUA 4TOPA 4YH2A 2IIYA 4EC0A 4HS1A 2VCXA 4NXIA 1YEXA 3G7JA 5C04A 2HLSA 1TRWA 1QMVA 5IM9A 1XW9A 1R26A 3ZVJA 3BCIA 3A3TA 2YN1A 1BYEA 4AF2A 3CSHA 2MMNA 2L59A 3HJOA 2VCZA 1O73A 3S9FA 1V58A 2GQMA 3QD9A 3TRQA 1GH2A 1X0RA 3TRXA 1UA5A 3VPQA 2ON5A 6GSWA 2K6VA 1OKDA 2PMTA 4OMVA 2ZNMA 2B1LA 3IK9A 3KCMA 2HZEA 3IXRA 1H4OA 3TOTA 1K3LA 1FO5A 1A8YA 4TKYA 1U3IA 1ERWA 3IK7A 2CZ3A 5ECHB 3FY7A 3ZREA 4WF4A 4E8HA 2FY6A 3KMNA 1NM3A 1T3BA 4ID0A 1TOFA 4LL4B 3FZ9A 2L5OA 1PL1A 3UEMA 17GSA 1AC1A 3IAM2 1QFNA 1X9WB 3APOA 4MPGA 1YKCA 3NZNA 4BL7A 2CX4A 2M46A 3D6IA 4FYBA 5G1LA 3GSTA 2JZRA 2OBKA 4BVXA 3IA1A 1HQOA 1VF3A 3QOUA 3TUEA 4EL1A 5B7CA 1XFLA 4ISDA 5HQPA 4IQAA 3GH9A 4TR1B 2LEGA 2EIQA 2FWFA 5IMFA 3KMOA 2VUPA 1SD9A 4MMMA 19GSA 1AW9A 4POMA 4GQFA 1A0FA 3GHAA 3CTGA 4HQZA 4NMUA 4O32A 5DQYA 1U6TA 5F8BA 5JWQB 2CX3A 3LXZA 1M2BA 1W89A 2JZSA 2KP1A 2Z9SA 3HJPA 1XBSA 1NSWA 4MF5A 2GSSA 4YQMA 3GN3A 1NHYA 2LV3A 2MMOA 2N5BA 4XS1A 1B4PA 2WCIA 2YWOA 1SK0A 3DIEA 3DD3A 1YF1A 3HYPA 3VI7A 4KUNA 3M8NA 1EWXA 3GNJA 3U6VA 4IP1A 5ELGA 2OE1A 3UBLA 3WT2A 2I1UA 6GSXA 4TXVA 2AHEA 4I8BA 5CYYA 3VPTA 4E8EA 2CAQA 1SD8A 2L4QA 1O8WA 1TU7A 2FHEA 1ABAA 11GSA 18GSA 2WGRA 3IV4A 2IL3A 4ZBDA 1GTUA 1G7EA 4OO5A 4ULXA 4ZB6A 2VOCA 3E9JB 1HNCA 4Q5FA 3FR3A 3LORA 2H72A 5LNKe 3I43A 1ZZYA 4O7HA 1FG4A 3LWAA 2HZEB 3TB2A 3C8EA 5ECKB 1GSFA 2DLXA 3GTUB 2PGTA 1VF2A 3GL5A 1FHEA 4IKHA 1U87A 1Z7PA 1ST9A 4ZL7A 1W4VA 3EINA 4MH2A 4LL1B 5IIZA 5DQSA 3ERFA 2AAWA 3P8WA 3M9KA 1MD4A 3TJKA 2OJLA 2IYJA 1CQGA 3EU3A 2CQ9A 2H1AA 1OYJA 1XVWA 1LU4A 2D2ZA 5KN1A 5IMVA 4ECBA 3F4SA 1B4QA 2LQOA 4XS4B 2ES7A 4GLTA 3ED3A 1GSYA 4K1FA 1V57A 1TRSA 2A2RA 5HR2A 3HHVA 2YWMA 2H1GA 4I97A 1PX7A 5D96A 3NOFA 1SKWB 2VL9A 3N5OA 1FVJA 1ZL9A 4ZL8A 1PD21 4IP6A 3D22A 3GFKA 5KEJA 4MA9A 5A4WA 2C0DA 2YCDA 2YZHA 4Z7XA 1DE2A 6GSTA 2RM5A 1V98A 4WBJA 4MF6A 4TR3A 3C73A 1PMTA 3ZYWA 1ZCPA 2H30A 3J7Yb 3CSIA 3CTFA 3LQ7A 3VWVA 1EV9A 4HZ2A 4POLA 1JHBA 4TXOB 3VK9A 1F9MA 3FR9A 1T4YA 1TI3A 4K7NA 1B9YC 5DCGA 3UL3A 4K7OA 5JCWA 3DKSA 1TTZA 3LGCA 1TRUA 2L5LA 3CRUA 4GTUA 1USBA 1JZOA 4QL7A 2FD3A 4EF0A 2M72A 1GTAA 2H0GA 4KAEA 3G7YA 4NHWA 3GSSA 3J7Yk 1BAYA 3H1NA 1SKSB 4Q5NA 2JU5A 3FZAA 1JZWA 12GSA 5ID2A 2K9FA 2H8LA 1XCCA 5D9VA 2LUSA 4WR5A 4K2DA 4PXOA 1GTIA 2YV9A 4WETA 1GRXA 3DRNA 2DMMA 4IJIA 2H6ZA 1T1VA 5HR3A 2IFQB 4AGSA 1HNAA 3ME8A 2OA7A 2R37A 4HJ2A 2H19A 2K8VA 5G1KA 2VLTA 2E7PA 3LFLA 2B3SA 4HOJA 2A4VA 1NW2A 3VLNA 1GL8A 1I9DA 1OC9A 3CBUA 2VL2C 1QUWA 3GV1A 2GZPA 4PNGA 2O85A 1SL0B 1YF0A 1ML6A 2FWEA 3HVSA 5HFGA 2DJ0A 3FYGA 3MDKA 2PVOC 2HYXA 1O7UA 5DAKA 5HR0A 4KDXA 2HRNA 2WULA 2L6CA 3TGZA 3MSZA 2XBIA 5B8AA 5D9TA 2C8UA 3UMAA 2HXKA 3DMLA 2EIRA 3DGQA 5ECMB 3N9JA 3KH7A 3F4TA 2C3TA 3TJJA 4CW9A 2IMIA 2LRNA 4WKWA 2V1MA 2CVBA 3FK8A 1JLVA 2V41A 3KD0A 3EURA 2R2JA 3DXBA 2VLUA 3KP8A 2MYGA 3ZLPA 2V32A 1ZYEA 3VWUA 2FA4A 1TP9A 3F63A 3I9V2 1U88A 4WXTA 5J9BA 3O76A 2KLXA 1GUMA 1F2EA 1YY7A 3ZMKA 5ECOB 2TRCP 4HU7A 4MZCA 5A4UA 1ERVA 3L78A 3FKFA 1O85A 4PUAA 4GSSA 1EGOA 2L57A 2C0FA 2NPBA 5CREA 3RPPA 5F05A 1MEKA 3LJRA 1MD3A 2O7KA 4DEJA 2O8VB 1AQVA 5CRGA 4MJCA 3G7IA 3A2VA 3VI5A 3GKMA 5J9CA 3FHKA 2GT6A 1PQNA 3MNGA 1K0NA 3ERGA 3TCOA 3KJYA 4POKA 1E6BA 7GSSA 5LD0A 3K8NA 5GSTA 2YZUA 5IOWA 1G7OA 3Q19A 3UVHA 3R2QA 3C71A 3WGXA 1GSUA 3H93A 3HVVA 3M0FA 3ISOA 2WS2A 2C0EA 5EY6A 5HFKA 4MJEA 3H4KA 3EE2A 1FB6A 2X64A 3L9UA 2IMFA 1AXDA 1TDIA 4KGIA 1LJRA 3HKRA 1SL2B 1A0RP 2R4VA 1YKAA 2AUVA 3PINA 4X43A 3QAVA 3KXOA 2CA8A 2DIZA 5IMDA 2M80A 2HFDA 4V2MA 5J41A 4MJBA 5ECSA 2F8AA 4OD7A 3TKQA 4KDUA 2X8HA 3MWHA 3ZIVA 1UN2A 2WDUA 2R5GA 5DALB 5J3RA 1BX9A 4EUYA 3RDWA 2VM2A 1B8XA 2DJ1A 2HI7A 4WR4A 4RQRA 4D73B 2RM6A 3PH9A 4J2FA 4N0VA 1U3AA 3GKXA 4N0ZA 2O87A 2CT6A 4MCUA 4YAPA 5DJMA 3CYNA 2DJKA 5B8BA 1OE7A 2DSAA 3KTBA 4TR4A 3QR6A 1GSEA 2JZTA 4PQ1A 4GSNA 2ALBA 4ZB9A 1K3YA 2E2GA 5GZZB 5DDLA 3LG6A 1T4ZA 1SJIA 2FCHA 3F3RA 2H75A 1JLWA 4F0CA 5ECPB 2VL2A 4JBBA 4BPYA 5CRHA 5JCUA 4PQIA 1K0CA 1X5DA 3FEUA 2H0IA 4ZILA 1M2AA 5D73A 1GNEA 4I2TA 3DWVA 3VFIA 3EMPA 1WWJA 4TW5A 2HSYA 3LYPA 1VRSD 3HA9A 2LJKA 4XS6A 6GSSA 2KOKA 4K6XA 3EWLA 9GSSA 1XZOA 5F0GA 1GULA 4ACSA 2KHPA 3IRAA 1R7HA 4DSSA 1UVZA 2KUCA 2OE3A 2VD0A 2WRTA 2BMXA 1H75A 1GNWA 2OKAA 3SBCA 2QC7A 1FAAA 1T00A 3EMXA 4H86A 3F4RA 2MMZA 1THOA 3ERWA 2VD1A 3HVXA 1TU8A 4IS0A 1MDIA 1ERUA 1GUKA 1Q4JA 4JEDA 4JE1A 4F03A 2VM1A 3A5WA 4KCAA 1R4WA 1BQ7A 2FUG2 2H71A 4TN8A 3D21A 2R3XA 2QKEA 1A24A 3IE3A 5IPGA 3I6AA 4IBPA 2HT9A 1EP8A 2G0FA 2DIYA 4MZWA 4MZBA 3E0UA 1EP7A 3D4MA 1YZXA 8GSSA 1TK0B 1PKWA 3P2AA 5ECRB 1PL2A 3LXTA 1XWKA 4K9ZA 3BBYA 3I69A 4JZQA 2B5EA 4GRFA 1TRVA 3QAWA 1I5GA 1CQHA 2GZZA 2GDRA 3HJMA 2CV4A 5IMAA 5DBQA 4I5QA 5DJLA 2IY2A 2B1KA 3NIVA 1RK4A 4I2UA 4JR6A 5EVOA 2H76A 4EKZA 1WRYA 1Z5YE 4KA0A 5FWGA 2XPDA 3CSJA 1F3AA 5E4WA 2VL3A 4OFMA 4OWYA 3ZRDA 2LS5A 4KW6A 1GUHA 2J9HA 4IVFA 1NHOA 1C72A 2VCVA 1X9SB 1KEBA 10GSA 1SYXA 1BG5A 4IELA 2F9SA 4ML6A 2FGXA 3GURA 3TKSC 4KE3A 3Q6OA 2JADA 1N2AA 4EE0A 5H5SA 2NVLA 2JSZA 4RQXA 2R6KA 3GX0A 1QXHA 3BD2A 1F3BA 4HQSA 3H8QA 1J0FA 2CZ2A 4X0XA 2OACA 4FYUA 5D93A 2WB9A 1EZKA 1OC8A 1UC7A 1Z3EA 5F07A 3GKKA 2FLSA 3CXGA 2CVDA 4ZIJA 2YP6A 2LJRA 3P90A 4GCIA 4I6XA 2GQKA 3Q74A 1EEMA 2H6YA 3GRXA 4N30A 1TK8B 3RPNA 2NBSA 2GTUA 5H5RA 1VF4A 3WGDA 4XRDA 3E3EA 1Y6EA 1K3OA 3KM6A 2FWGA 4AJ7A 2C1YA 4ECIA 5ELAA 5KN0A 4GSTA 3GL3A 1WPIA 2TRXA 1SU9A 3WYWA 2E0QA 1TW9A 1GSSA 3APSA 4PNFA 2C4JA 4POBA 1O81A 4NPBA 2KP2A 4CHSA 20GSA 1TKDB 3QCPA 3D5JA 2AV4A 2VO4A 1XW5A 2VLVA 1XWAA 2LNTA 2PN8A 4FH8A 2DBCA 2V2GA 4JU5A 2WFCA 1QGVA 13GSA 1XOBA 1E2YA 3U5RE 1K0DA 4RUVA 5IOXA 2A2SA 4J57E 1TXXA 3GIXA 4K7IA 5B6NA 3EVIA 4J56E 4KSOA 4L0WA 1ZMAA 2E2MA 2LRCA 1Z6NA 4ZB8A 2MBSA 4CDOA 5CAXA 4IN0A 4O5RA 1SJZA 1YEPA 2GQLA 2IWTA 4NHZA 1S3CA 3EYTA 6GSVA 2X8GA 5KN3A 5EPFA 2ON7A 4V2LA 2IPAA 1Z9HA 3VURA 3TDGA 2YNXA 2YV7A 3TJGA 2FWHA 1J9BA 2C3QA 3QMXA 5GAPD 3TKRA 1HNBA 2LTKA 1ACVA 2RUEA 5ECQB 3QAGA 1GTBA 1R5PA 1OC3A 3LYKA 1X5CA 2VIMA 3EU4A 1AQXA 4MK3A 1PGTA 5H5QA 2HRFA 2JSYA 4DVCA 2H73A 1SENA 1GLQA 2V6OA 1PN9A 5JWRB 3PGTA 1OAZA 1GLPA 2YPMA 4PGTA 1A23A 2IMEA 3JCML 2B5XA 2FA8A 4ECJA 3GX8A 3GUSA 2H1DA 3EC3A 1PRXA 5EL8A 2EC4A 4EO3A 4HUAA 4N10A 4QQ7A 3HXSA 4MH3A 4TR0A 4G10A 1FW1A 1DBYA 5D9XA 2B6MA 1ILOA 4G9HA 4HI7A 14GSA 1KTEA 4GQCA 4GF0A 5AIVA 1DE1A 3BCKA 1AIUA 2GS3A 2VCTA 1M9BA 4KH7A 5AGYA 5C00A 5J5NA 3IOSA 1AUCA 1DUGA 2NDOA 2MMAA 5ID2B 1XWCA 4TVEA 1PKZA 2LSTA 1B48A 5LCZA 3KIJA 4G19A 3TKSA 4G2EA 1X9MB 2N5FA 4XIHA 1VGLA 3IDVA 2B5YA 4F0BA 3UVTA 4X1UA 3KP9A 4KX4A 4WBRD 4L0UA 3LSZA 5ENUA 5COHA 1SK2A 4IHUA 4YQVA 2LQQA 4NV2A 3VWWA 1KBNA 1OC9B 2WZ9A 4XTSA 2X99A 1F6MC 4BWSA 4KNDA 4LA1A 2WJUA 3D0ZA 1B9XC 2CAIA 22GSA 4MP4A 3ZZXA 2GSQA 3IAS2 5DCHA 1M0UA 1FB0A 1Z7RA 3TKSE 4PQHA 4F9ZA 4MDCA 5GAND 1SJ6A 5DAKB 2N5AA 2IJYA 3GH6A 1PX6A 1SL1B 1XXUA 5A4VA 2B7JA 4AJ8A 3TKPA 2GLRA 3TJBA 2P0GA 4PX1A 4FYCA 4OFNA 2IMDA 3UOMA 2C3NA 5AN1A 1K0AA 1PA3A 1A2MA 1SK1A 2AB6A 2ZUPA 1YQ1A 1SKRB 3KEBA 3VWXA 1BEDA 2RIIA 3SWLA 3GTUA 3GKNA 3US3A 3O3TA 3BJ5A 3KZQA 2YJHA 4GXZA 3ZVJD 3ZL5A 5ECLB 4IJ3A 3CMIA 2I3YA 5JCGA 3Q18A 1M99A 5F06A 3TRPA 2YWNA 2O89A 4HJMA 1A8LA 2YWIA 4ZBAA 2F8FA 3A2WA 3AY8A 2F51A 5L71A 4XS4A 1X5EA 3UJ1A 3DVWA 4RI6A 1WE0A 3UBKA 2J23A 1O8XA 1MDKA 5IPHA 4L5LA 5INYA 3DYRA 5IQYA 16GSA 3F9UA 3DEXA 1GP1A 3FZ4A 1KNGA 1WJKA 1MDJA 3M3MA 3GMFA 1QK8A 4GWRA 3LEFA 4PURA 3C1RA 4LMWA 3ZIJA 2PU9C 3L9VA 2XHFA 2IN3A 2I4AA 1ERTA 5JWOB 1ZGNA 1EOHA 1SYRA 4MJAA 1YJ6A 1V2AA 5ECNB 3FRCA 4NAXA 5AISA 4ILFA 2OADA 2XBQA 4K0GA 3ME7A 2NTOA 1K0OA 4DSRA 4V2NA 3QPMA 2YJ7A 5ABRA 5D8IA 4TXOA 4PUFC 4XHMA 3CRTA 2HE3A 4BA7A 2C0GA 4Q5QA 3ZFLA 5G30A 5G2ZA 1O6JA 1M9AA 2H01A 3OR5A 1BJXA 1AQWA 4JR4A 3RHBA 2LRTA 2K8SA 3UIWA 1Z6MA 3W6GA 4MABA 1MTCA 4YAVA 3IHQA 4ECCA 5AIXA 1XVQA 2H74A 1GWCA 5CO3A 2AYTA 4F82A 3C7MA 4K8MA 4ML1A 3W8SA 1XWBA 4ZXGA 2I9HA 3DVXA 4KSMA 2LNSA 2L4CA 2IFQA 3KGKA 1TJDA 5D9WA 5CP1A 4OCFA 1GSDA 1DSBA 2PBJA 2QSIA 4O92A 2XPEA 2V6KA 1TK5B 3F6FA 1Q98A 1OVNA 2RUFA 3G9BA 1T7PB 3TJFA 1A2LA 2REMA 1S3DA 2CVKA 1JFUA 1WMJA 5IMCA 1OKTA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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