4NPBA

The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein dsbc from yersinia pestis co92
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
ADDSAIQQTLKKLDIQQADIQPSPIPGISTVMTESGVLYISADGKHLLQGPLYDVSGDQPINVTNQALLKKLEALSSEMIVYKAPEEKHVITVFTDITCGYCRKLHEQMKDYNALGITVRYLAFPRQGLSSQAEKDMRSIWCMADRNKAFDDAMKNNDISPATCKTDISKHYQLGVQFGIQGTPAIVLQNGTIVPGYQGPKEMLQMLNAHQASLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Protein disulfide isomerase II
total genus 59
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4npbA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4npbA02
2PMTA 5IMVA 1AC1A 3WT1A 3FZ5A 3RPPA 2LRTA 2L5LA 2K8VA 1GLQA 2LQOA 3TDGA 3C1SA 4L0UA 3GKXA 5F8BA 2LRNA 1E6BA 1Z9HA 4ZL7A 2CVKA 3UBLA 2HYXA 2JACA 5IOXA 1IYHA 1WJKA 4OCFA 1AW9A 2HI7A 3M0FA 3HJPA 5KN3A 2DIZA 5A4WA 5LNKe 1PKWA 2ZUPA 2FA8A 4KDXA 4MLYA 1SK1A 3W8SA 2FLSA 1S3DA 3HJOA 3F8UA 4ZBDA 4BWSA 2LNTA 5A4UA 4N10A 1Z6MA 3EC3A 4BL7A 1O85A 3HCZA 3CXGA 2IN3A 1GP1A 2VL9A 4GRFA 5D93A 1T4YA 2CA8A 6GSTA 1GSDA 2C0EA 1GSYA 3KP8A 2A2SA 3HDCA 2FHEA 3K8NA 3ZVJD 1Q98A 2WCIA 4EDYA 4ZL8A 1YEXA 2N5AA 4OWYA 3WT2A 4MMMA 3F63A 3C71A 3ZRDA 1FB0A 1G6YA 2LKUA 4FO5A 4D73B 1Z6NA 3EMXA 4J56E 3RHCA 4J57E 4KSMA 3QFAC 2B5YA 1M9AA 1EEMA 1MD4A 1GUKA 5F0GA 3HJMA 3ED3A 5IO2A 1XWKA 2F8FA 3L78A 4AJ7A 5J41A 5CREA 1A0FA 1ZL9A 2OA7A 3GH6A 1V98A 2DJ1A 1KBNA 3GUSA 2FWHA 1MTCA 4WETA 1RW1A 4XRDA 3Q18A 6GSSA 1A2MA 2JZTA 2K9FA 1G0TA 1Z7RA 4NHZA 4L5OA 4TXVA 3VWVA 3LG6A 3LXZA 1JZOA 3LXTA 4H86A 1K0NA 4KW6A 4ZILA 3L9SA 3LORA 5COHA 4NV2A 3H93A 5GAND 1OKDA 1BQ7A 2H6XA 5D9XA 5C00A 3A3TA 1M2AA 2CZ2A 1JLWA 2O85A 4KNDA 2TIRA 1GSEA 4FH8A 2OE0A 1H75A 4NAXA 2PERA 3TJFA 4EF0A 2LTKA 1PQNA 3FK8A 1V40A 2H73A 4ML1A 4LL1B 1UN2A 2IMDA 1NW2A 1WE0A 3H4KA 1V58A 2C1YA 3ZREA 2N5BA 4OFMA 1EGOA 3UVTA 5J9CA 3VWXA 4D73A 2VCQA 1OC3A 3D6IA 2QC7A 1EOHA 4XTSA 5H5QA 1M99A 1TK0B 3IBHA 2AYTA 2IMKA 1ML6A 1FHEA 3EU4A 2V6KA 3HYPA 4O32A 2JSZA 5AGYA 1NHYA 4POMA 2YN1A 4LMVA 1S3AA 2OBIA 2VCXA 4K6XA 1XW9A 2KHPA 3G7YA 1TKDB 2IYJA 2VD0A 1A2JA 2R4VA 5ECKB 3MWHA 4QQ7A 1XWCA 2FWFA 3ERWA 3S9FA 3HY2A 1YQ1A 1WOUA 3QFBC 2DMLA 4JZQA 4TKYA 2L59A 5B6MA 4EL1A 3E3EA 1Z5YE 4YH2A 1SYRA 3ZMLA 2K6VA 1ACVA 2BJXA 3UMAA 2DBCA 4YQMA 2WS2A 1OC9B 1BX9A 2O87A 2YNXA 1TRWA 4EXJA 4MJBA 1F9MA 1TU7A 2FGXA 4IGJA 4TR0A 3F3RA 3HXSA 5G31A 3SWLA 2B7JA 1PD21 5IO0A 1XVWA 1N2AA 4XIHA 4XS1A 4K7NA 1EP7A 1K0MA 5CNWA 4L5LA 3APQA 3FZ4A 3GIXA 4HZ4A 1SK2A 1AQXA 2RUEA 3KD0A 2KUCA 2CT6A 1V9WA 3ERFA 5F06A 2FCHA 4Q5RA 1QFNA 2PU9C 2R6KA 3IDVA 2R3XA 4IQAA 4PNGA 1HYUA 1C72A 3LYKA 4HJMA 5CP1A 4QL9A 1S3CA 1BJXA 19GSA 4MZBA 3TKPA 3KXOA 4V2NA 1PRXA 2PVQA 3I69A 3HA9A 1O6JA 1A24A 1PA3A 4G19A 2X99A 2YOIA 2AB6A 5AIXA 1T4ZA 2C4JA 4BA7A 2HRFA 2NPBA 4MZCA 1A8LA 4F82A 4ZB6A 2MBTA 1MDKA 2P5RA 4HEA2 1U3AA 4CDOA 1PKZA 4EKZA 4HUAA 1GULA 4Q5NA 1J9BA 4I97A 12GSA 2GLRA 1B8XA 3I6AA 4GQCA 8GSSA 2VLVA 4TXOB 3DWVA 3RPNA 3KP9A 3TRPA 1OC9A 2H6ZA 4MJCA 3EMPA 3DYRA 5F05A 4EE0A 6GSXA 4WEYA 4TVEA 2F3MA 4KX4A 1ERWA 2VAFA 2QKEA 2XPEA 5J4UA 4F03A 6GSVA 2BMXA 4ZBAA 1W89A 1R26A 4DEJA 3L4NA 5IPHA 2E2GA 3A5WA 3FR3A 2E7PA 1FOVA 3DD3A 3IXRA 3IAM2 5CRGA 2GZYA 4MCUA 4RI7A 2GSSA 5J3RA 4XCSA 1AAZA 1SU9A 3FYGA 3QAVA 3TCOA 4GF0A 5D96A 5HR2A 1GNEA 2XBIA 2P31A 3CRUA 3L0HA 4V2MA 3OR5A 2NVLA 4X43A 1WRYA 2CAIA 3US3A 3ZITA 3GX8A 2HLSA 1TU8A 3EWLA 2I9HA 2DC5A 5IMFA 3ZLPA 1XW5A 1T8EB 1VF4A 4XS4B 2D2ZA 3HKRA 4RI6A 2I3YA 3QMXA 5HR1A 2CX4A 1G7EA 2HZFA 4TRXA 4IN0A 2GDRA 2E0QA 1THOA 4K8MA 1BG5A 5ECSA 1A0RP 1Y25A 4HDEA 1KTEA 4X1UA 4TXOA 1ERTA 5A4VA 1FVKA 4TN8A 4PUFC 2YWMA 3DMLA 5AN1A 1FVJA 1DBYA 1ERVA 4CHSA 3QD9A 1EZKA 4OMVA 1SJ6A 2B1KA 2Z9SA 5CAXA 4IKHA 4I8BA 3HZ8A 1OE8A 4XHMA 3P2AA 1USBA 3KZQA 2HT9A 1K0DA 2YV7A 4FIWA 3N9JA 1R4WA 3CMIA 5AISA 1F3AA 3H8QA 2P5QA 2G2QA 5EY6A 2H1DA 1GLPA 3IOSA 4X0XA 1V57A 1DE2A 2A4VA 5LD0A 1Q4JA 1XVQA 4OFNA 3CSJA 2IMEA 5LCZA 1OC8A 5ECQB 4DSQA 5ENUA 3L9UA 3GKKA 3PR8A 2OACA 4TR3A 4RQRA 3BCIA 4V1Ap 3O3TA 4IBPA 5G5EA 1GTBA 2YWIA 5B8BA 3NOFA 3F6DA 1PGTA 3H79A 2GQLA 2MZCA 3FY7A 17GSA 3DGQA 4MF5A 3QCPA 2VL2C 2FY6A 3F9UA 4WBJA 3TKSE 4PQHA 5C04A 1I9DA 4XS4A 4DSRA 1F37A 1AUCA 4IQ1A 1GTUA 3M8NA 2ES7A 1K3OA 5DAKB 4ML6A 3IAS2 3RBTA 2CVDA 2FWEA 4MABA 3I9V2 5IOWA 1IYIA 1TK5B 2EIOA 3L9VA 3CTGA 5DBQA 1M2DA 5ELGA 2YANA 1PSQA 3PINA 1TXXA 5G30A 2X64A 4MA9A 20GSA 3AY8A 6GSWA 2YJ7A 1OAZA 3VWUA 4NPBA 2I81A 4K0GA 3BBYA 4GTUA 3F3QA 3HZ4A 1UC7A 4IP1A 6GSYA 3DIEA 4MPGA 2LUSA 3TOUA 3KTLA 5CO3A 4KGIA 5A5KA 3FR9A 2KP1A 4MJAA 3LGCA 4TR1B 3GNJA 3GRXA 3ME7A 2F9SA 1K0CA 1XW6A 4F9ZA 2C8UA 3A2WA 2IMIA 1AXDA 1HNCA 2LEGA 1YZXA 4AJ8A 4PUAA 3TKRA 3EINA 3CSIA 3P90A 3DVWA 1T1VA 2VLUA 1X5CA 4ZIJA 2XPDA 4GXZA 1A8YA 3W8JA 1B9YC 1A2LA 4BPYA 2FWGA 3U5RE 2WB9A 1TTZA 2QSIA 1AQVA 5KN0A 3EE2A 5GSSA 4GSSA 2HE3A 2LQQA 5DCHA 3TJBA 1TI1A 3CTFA 5ECLB 3CBUA 1URMA 1GNWA 1B4QA 1SJIA 4MP4A 2R37A 4Q5QA 1EEJA 1BEDA 2J9HA 5J5NA 2GSRA 1GSQA 2VCTA 1Y6EA 2XC2A 5JWOB 2R2JA 5DAKA 1SL0B 4P3YB 3IR4A 3QAWA 2H19A 2H76A 5GZZB 3FHKA 1YJ6A 4IELA 3CRTA 5H5SA 3IA1A 4BWQA 2VLTA 1FO5A 1TW9A 1B48A 2H1AA 1BAYA 2H30A 4MPFA 3TKQA 2LJAA 1SKRB 4YQVA 3LWAA 5FWGA 5GSTA 2CAQA 2GT5A 3KH9A 2L57A 2JADA 13GSA 2RLIA 1XWAA 2ZNMA 2H8LA 1OE7A 2IMFA 4WBRD 3A2VA 7GSSA 2TRCP 2ZCTA 3DKSA 1XPVA 2VCVA 2MMNA 4LMWA 1CQGA 2IFQB 4YAVA 3IC4A 14GSA 3G7JA 2WDUA 4TR1A 2EC4A 1ZYQB 3P7XA 1RQMA 5HFIA 4EO3A 1J0FA 1THXA 2HFDA 4NXIA 4BVXA 4IP6A 3TJJA 1M2BA 2PUKC 1PL1A 3J7Yb 3ZZXA 4PNFA 2X8CA 1E2YA 3LYPA 2MMAA 2EIRA 2AAWA 5IM9A 4XS6A 1SK0A 1O73A 3W6GA 2B3SA 1JZDA 3NZNA 4WKWA 3VPTA 4ECJA 2VIMA 2H75A 4KSOA 3GSSA 2X8HA 4N30A 3GMFA 2H74A 3LEFA 1M0UA 3GN3A 1G6WA 5ECHB 3R2QA 5CYYA 2WJUA 4GSTA 1MEKA 2WRTA 2HNLA 2OADA 4L0WA 2JZRA 2R5GA 2MMOA 1UVZA 2HSYA 1T3BA 3UAPA 3RAZA 2OJLA 3GH9A 3EU3A 4F0CA 3GFKA 2OE3A 4JU5A 4ZL9A 1Z3EA 4JR4A 2H1GA 2PPTA 4MH2A 4OD7A 1GH2A 3QR6A 1ZOFA 1GSFA 2V32A 2PVOC 2RIIA 4ECBA 3KMNA 1SJZA 1JZWA 1DUGA 2CX3A 2HSHA 1A23A 2H1BA 3TKSC 4GLTA 2IFQA 3VI7A 2LNSA 3C73A 3GX0A 4ZXGA 1JHBA 5DVBA 2VO4A 1TDIA 1YEPA 2YJHA 5IIZA 2H72A 4ID0A 1XOAA 1F2EA 5DQYA 4ZB9A 1R5PA 2FUG2 4K7OA 3F6FA 5D8IA 4DSSB 3KIJA 4IJIA 1ERUA 1LU4A 2IPAA 3Q6OA 2H0IA 5E4WA 4MJEA 3QPMA 1K0BA 2P0GA 3D4MA 4N0ZA 5G1LA 1PX7A 1ILOA 3F4TA 1QMVA 1M7TA 5KN2A 4GSNA 4V1Ag 3GSTA 3V1WA 2KOKA 3MAKA 4JRRA 4OCEA 1K3LA 2L5OA 2M72A 4FYCA 2HRNA 1TRUA 1TOFA 2MYGA 2GSQA 2C3NA 2F51A 4Q5FA 3N5OA 1SL2B 3H1NA 4L8EA 1EV9A 2LV3A 2QGVA 1X9MB 5FHIA 1R7HA 1K0OA 3GKNA 2H6YA 4KB3A 3M9KA 4K7IA 3TJKA 1TK8B 1XWBA 5F07A 2M46A 3LSZA 3MSZA 2C80A 1FG4A 4HS1A 5IMDA 4IJ3A 1YKCA 2NBSA 2J23A 4V2LA 3PGTA 2B6MA 4KAEA 4AJ6A 5ID2B 3ME8A 3VWWA 1M9BA 1XIYA 2WGRA 3CYNA 2NDOA 5CRWA 2HZEB 5G2ZA 2REMA 2YWOA 5E59A 4EC0A 4NV5A 2N5FA 4AF2A 4EVMA 2JU5A 2YP6A 1SKSB 1OKTA 1QGVA 3C1RA 1U88A 3CSHA 3UJ1A 4KE3A 1CQHA 3GHAA 4DSSA 1WWJA 3EYTA 4K9ZA 1GWCA 1J08A 2LJKA 3UOMA 3KTBA 2V2GA 4I5QA 1YKAA 5DJMA 5HFKA 4BVYA 2V6OA 4G10A 3HVVA 5DCGA 3P8WA 1QQ2A 3E9JB 5EL8A 4CW9A 1EP8A 3QOUA 1X5DA 3Q19A 5HQPA 1XZOA 1EGRA 2OKAA 3QDNA 5D9VA 2IIYA 5ECIB 2DJ3A 2IWTA 2M80A 2RM6A 3HVSA 1RK4A 1U3IA 3TRQA 4HJ2A 1GRXA 2RUFA 2WULA 4NHWA 5EVOA 22GSA 3ZYWA 1T00A 2H71A 4O5RA 4PXOA 3ZFBA 2HXKA 1WMJA 3EVIA 1ZCPA 3IHQA 5B6NA 5JWQB 2K8SA 1X9WB 2FA4A 3DRNA 2EIQA 5ID2A 5G5FA 4KCAA 1XWGA 2AJQB 5B8AA 4KA0A 1SD8A 3VK9A 5FT3A 3DEXA 2HZEA 5J9BA 3VI5A 3LFLA 1B4PA 5KEJA 5CRDA 1TRVA 4OO4A 2DLXA 3UL3A 2H70A 2AV4A 3QAGA 3GTUB 1NSWA 4ISDA 1TI3A 2B1LA 5INYA 4EUYA 4TR4A 2GVPA 4MZWA 1PX6A 3LJRA 1FB6A 3VPQA 11GSA 3VLNA 5IPGA 1U87A 3FW2A 4K2DA 3O76A 1YDKA 4O7HA 4POBA 3D4TA 2PGTA 1XXUA 3ZIJA 5ABRA 3APOA 10GSA 3HHVA 4E8EA 3GA4A 2V1MA 4G9HA 3UIWA 4MK3A 1LBKA 3WYWA 3UARA 1TJDA 3ERGA 3GV1A 1PL2A 1GTIA 2IY2A 1YF0A 1GSSA 5D73A 2XHFA 4MDCA 3RHBA 3TB2A 1ST9A 1PN9A 2MMZA 4RQXA 2GSTA 3SBCA 2VUPA 3LQ7A 16GSA 2AHEA 1O8WA 1K3YA 1O81A 1ZYEA 2DSAA 3A2XA 1YF1A 2OE1A 5EPFA 4GQFA 3KMOA 1XCCA 5CRHA 3ZTLA 1VF1A 2GTUA 2CQ9A 3Q74A 4YQUA 3G7IA 1EV4A 2B5EA 1TP9A 3IPZA 5AIVA 1ON4A 5ECMB 2NTOA 3IV4A 4XRAA 5D9TA 2GGTA 2L6DA 5ELAA 3FEUA 3WGXA 4WXTA 3TUEA 4MH3A 3FRCA 3GTUA 1GL8A 3IRAA 3FZ9A 1ZGNA 5HFGA 3JCML 1EWXA 1O8XA 3HD5A 3EURA 3C8EA 2I4AA 3M1GA 2B7KA 3TJGA 2V41A 3GL3A 3M3MA 2JL4A 1AQWA 1OYJA 5DALB 4PX1A 2VD1A 4FYUA 4HU9A 2F8AA 4K0NA 2DJ0A 1ZMAA 4WR4A 2DIYA 4GCIA 4OFTA 1V2AA 4KCEA 5JCUA 4EDZA 4YAPA 4IHUA 4HOJA 1NM3A 5JWRB 18GSA 1U6TA 1ZZYA 3D0ZA 4JR6A 2DMMA 2GT6A 2PWJA 4HI7A 3ZIVA 2O8VB 4IW9A 2IL3A 2LJRA 2VCWA 2FNOA 4KDUA 3DXBA 3ZL5A 5G1KA 4HQSA 4G2EA 4ZB8A 2VCZA 4J2FA 2BTOT 4AGSA 3E0UA 4POKA 3IK9A 2E2MA 2YZUA 1QUWA 4KDYA 1SD9A 1WP0A 3UEMA 3KEBA 4E8HA 1KEBA 4GWRA 5ECPB 2FD3A 3FZAA 4JBBA 2H0HA 2CZ3A 4RUVA 4NWYA 3KJYA 3KM6A 4ACSA 2DJ2A 4HU7A 9GSSA 2CV4A 4ILFA 1GUMA 3TKSA 3GL5A 4NMUA 2A2RA 2OBKA 4WF4A 1FW1A 2YZHA 2KLXA 3MDKA 3ZFLA 3FKFA 1EOGA 4TOPA 4ZBBA 2B5XA 4O92A 5HR3A 4WF5A 1TRSA 5DALA 2YCDA 1N8JA 3KH7A 4QL7A 5ECOB 4JE1A 4DVCA 2H66A 1GUHA 4K1FA 1JLVA 4N0VA 1LJRA 2C0FA 3C7MA 1Z7PA 4F2IA 2JZSA 5DJLA 2GZPA 4ECCA 2LS5A 3F4RA 4KH7A 1R5AA 3ISOA 4IS0A 3O6TA 4PQ1A 1UA5A 2KP2A 2WZ9A 1HD2A 5IMAA 2K18A 2L6CA 2GZZA 4PQIA 5KN1A 4IVFA 6GSUA 4OO5A 3M9JA 3G9BA 1XOBA 2C0DA 1H4OA 1QK8A 1W4VA 1X0RA 2GQKA 5IMCA 3WGDA 1HNAA 1HNBA 5ECNB 5DQSA 4ULXA 2GS3A 2ON5A 3APSA 3UVHA 1SKWB 1YY7A 3IE3A 3DVXA 2G0FA 2PN8A 1I5GA 2JSYA 1KNGA 1X5EA 1FAAA 3D22A 4LA1A 3GYKA 1O7UA 3BCKA 3WGEA 1VF3A 1WPIA 2AUVA 1NHOA 1F6MC 2H0GA 2VM2A 3F0IA 5IMZA 2L4QA 1SENA 2ALBA 3D5JA 3UBKA 5L71A 1GTAA 3GKMA 3F4SA 3TOTA 5JCWA 2VM1A 3FR6A 3TRXA 2L4CA 3NIVA 2CVBA 1GSUA 4LLRA 1AIUA 2WFCA 2MBSA 3HVXA 1T7PB 2XBQA 2DJJA 3KGKA 2C0GA 4JEDA 3WD6A 1DE1A 2X8GA 5D9WA 5IQYA 3ZMKA 1F3BA 1SL1B 2C3QA 4I2TA 4TW5A 1BYEA 1XFLA 3BOAA 2YPMA 1SYXA 1PMTA 1QXHA 3VFIA 1OVNA 2DJKA 3U6VA 1MDJA 2ON7A 3IK7A 1DSBA 3TGZA 1VRSD 3RDWA 2IJYA 1JZRA 5HR0A 2C3TA 4MF6A 4POLA 5GAPD 2RM5A 4ECIA 2VOCA 4F0BA 4I2UA 3J7Yk 3D21A 2O89A 3BD2A 1ABAA 1XBSA 2YV9A 5DDLA 1HQOA 1VF2A 4HZ2A 1MD3A 3I43A 4Z7XA 4PGTA 1WIKA 5JCGA 2LRCA 2VL3A 1VGLA 4WR5A 1G7OA 4HQZA 4KUNA 2LSTA 1K0AA 1B9XC 2VL2A 5ECRB 1JFUA 4LL4B 2TRXA 2GQMA 5B7CA 2O7KA 3BJ5A 4PURA 3ZVJA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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