The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
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sequence length |
312
|
structure length |
312
|
Chain Sequence |
KTIKVFTTVDNTNLHTQLVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHVNHEGKTFFVLPSDDTLRSEAFEYYHTLDESFLGRYMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNCYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRARAGDAANFCALILAYSNKTVGELGDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLTGVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLQQGTFLCANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus papain-like novel protease inhibitors: design, synthesis, protein-ligand X-ray structure and biological evaluation
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Viral protein
|
source organism |
Sars coronavirus
|
molecule keywords |
Replicase polyprotein 1a
|
total genus |
90
|
structure length |
312
|
sequence length |
312
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chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
pdb deposition date | 2010-04-12 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MM3 B; 4PT5 A; 4OVZ B; 4OW0 A; 3MJ5 A; 4RF1 A; 4P16 A; 4OVZ A; 3MP2 A; 4REZ A; 4R3D A; 4RF0 A; 4WUR A; 2FE8 A; 4M0W A; 3E9S A; 5E6J A; 4RNA A; 5KO3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IN4 A; 2RGH A; 2ZEQ A; 3VRB B; 1WZ0 A; 3ZNH B; 4ITQ A; 2DBY A; 1PGY A; 1GB4 A; 5LMN M; 2JWU A; 4B3T M; 1L2C A; 2VQE M; 5IZ7 D; 2XSZ A; 1B1Z A; 3BVZ A; 2QCZ A; 1YMH E; 3KFU G; 5CTR C; 1VD2 A; 2OOB B; 4GH9 A; 2BDZ A; 2MP2 A; 1N32 M; 2QBY A; 4BB9 A; 2AS8 A; 2R2O A; 2D07 B; 2DZM A; 3T38 A; 2MBH A; 1PJJ A; 1AIM A; 3P4Q B; 1MIR A; 4B0M A; 2CKH B; 3LXS A; 1FFU A; 1MFW A; 1WY8 A; 5F3W A; 1IN5 A; 4NAW B; 1T6B X; 4I05 A; 3UIN B; 3Q2A C; 3A98 B; 1IY2 A; 3ZYY X; 1F2R I; 3BB7 A; 1C1Y B; 1H6U A; 3PVS A; 4PP1 A; 3WHK A; 1CPJ A; 2RPV A; 1XKG A; 3LVW A; 3N4C A; 2Z84 A; 2KX3 A; 3PRM B; 2CIO A; 2LVA A; 1ZUD 2; 2KTR A; 1GEC E; 1YIW A; 2LVQ D; 2ERC A; 3BK2 A; 2PIA A; 3QAR A; 3AH7 A; 4EKU A; 1RLF A; 4MH0 E; 5A2Q S; 4I8O A; 2VHF A; 4US8 A; 3P1M A; 2VH2 A; 4XC2 A; 2QDF A; 3VK8 A; 2GHU A; 2Y5B B; 1TT5 B; 1UGM A; 3Q8E A; 1FFV A; 2K6Q A; 1HJP A; 2K25 A; 3BK1 A; 1HZ6 A; 2WWZ A; 2NCN A; 4NJ7 A; 1P9D U; 5I4D A; 4LLG M; 2UXC M; 4LJ8 A; 1TDZ A; 2QEJ C; 1CVZ A; 4M9Z A; 4P7I A; 2ZVO A; 4JN6 A; 1BML C; 2M56 B; 2ZAN A; 2N35 A; 3NHE A; 5DNY A; 2N9L A; 1VLB A; 3FIL B; 5D94 A; 4OZA A; 3HHI A; 4X64 M; 2D7E A; 3MFG A; 3V62 A; 2DWZ B; 1L2N A; 2HD5 B; 1JQ4 A; 3T8M A; 4L23 A; 4EOY A; 2O6V B; 2FCM A; 3DVN U; 2FUG 1; 2ON8 A; 1YN3 A; 5EZS A; 1J7B A; 2IPK D; 2IO2 B; 3U6Q A; 3GOE A; 4GSW A; 2CWB A; 4GKJ M; 2RD0 A; 2OOA A; 2ATO A; 4LFB M; 1HZ5 A; 3H4J A; 3U6M A; 2F5S A; 1A6R A; 3TUO A; 1NQC A; 2BYT A; 4LJ5 A; 2NQ8 C; 3IAM 1; 1NVM A; 3BVG A; 2Y3A A; 1MHH E; 4X66 M; 4BKT A; 4LNK A; 4ARC A; 4AJY B; 1OIZ A; 4J3O D; 1R7R A; 3M3J A; 5HHD G; 4BBN F; 1EM7 A; 2AYO A; 3W5U B; 3IFU A; 3NJT A; 3V3X A; 4N4Z A; 3AE9 B; 3APC A; 1E9M A; 4S17 A; 4HXD B; 1X1M A; 5FSW A; 3TWK A; 1VJV A; 5LXI B; 1BP4 A; 4YTM B; 1CSB B; 1UBI A; 1MJG M; 2ZM6 M; 1XT9 B; 1D0L A; 4MSM B; 3ZO5 B; 1GNU A; 1YQ4 B; 2APL A; 3VFD A; 3AXC A; 1SXJ D; 3NUH B; 2A5U A; 1V8C A; 5HG2 A; 4YHH M; 2KDI A; 2Y6E A; 1DGF A; 3RUL A; 1V49 A; 1HE8 A; 4KLN A; 2KKC A; 1Z59 A; 3BPM A; 3A1Q B; 1AYF A; 4CIZ A; 1VEK A; 1D5M C; 1NL6 A; 2K9D A; 2ZPY A; 3A4S C; 1KXR A; 2R61 A; 4HDQ A; 1OQR A; 2P5T A; 2VII A; 3DBS A; 2LXE A; 3BII D; 1G8P A; 1V9J A; 3KWB X; 3THG A; 4L6V 6; 2UUC M; 2JVC A; 3E9S A; 1YD8 U; 3ZNI D; 4WQM A; 3FRI A; 2H88 B; 3U4E G; 3V6E A; 4IWP A; 4D8B A; 3Q8F A; 2WXR A; 3PLV A; 4Q8G A; 3V6C A; 4JV5 M; 2Z4S A; 5EE3 A; 3QJZ A; 5FTJ A; 1HTO A; 2DJG B; 4MI7 A; 3U7D A; 3HK0 A; 3FTC A; 1WGK A; 2BTE A; 2E01 A; 4QAY A; 1PPD A; 2IGG A; 2KXJ A; 2WNM A; 1JWS D; 3FUW A; 3O1G A; 4DR5 M; 2JYT A; 2LVQ A; 2LUE A; 1LQB A; 3AE2 B; 3N20 C; 1ZE3 D; 2JWZ A; 4B6W A; 2VF8 A; 2MJD A; 3JW0 X; 3ZW3 A; 3KWZ A; 4D82 A; 5IOI A; 1F2A A; 1L2B A; 1IYF A; 3C19 A; 2AGA A; 4KZC A; 2DVW B; 1UWX A; 2BWF A; 3KQ4 A; 4KGT A; 2DC8 A; 1HNZ M; 4HJK A; 3ZLZ A; 2UU9 M; 4BQV A; 3SC3 A; 3L25 A; 3GLG A; 2PE6 B; 4KVG B; 1WM2 A; 3Q3N C; 1EF7 A; 2WP9 B; 3FYD A; 1IN7 A; 3K9P B; 3CGW A; 4XWT A; 3SAU A; 1HNW M; 2GLS A; 3DBH I; 2DWQ A; 1BQI A; 3S3Q A; 4MB7 A; 2JXT A; 1FMA D; 4ANW A; 3BYY B; 1XO3 A; 4CJ6 A; 2GI9 A; 4DR4 M; 2WXH A; 4DMX A; 1QDT A; 2DEN B; 2YJC A; 5CVN B; 2KZS A; 1WJU A; 3DWG C; 3NS1 A; 7CAT A; 2W3R A; 4KKI A; 3BZD B; 4KX6 B; 4D81 A; 4CO7 A; 2Y5C A; 1E0Z A; 3A42 A; 1R4M B; 3PZD A; 4JWS C; 4CQN A; 1FH0 A; 2L2D A; 3M7G A; 2LVN C; 1MHW A; 2QIE B; 2IO0 B; 4LGY A; 4L1B A; 2LAS A; 2ZTC A; 2IY0 B; 4LGM A; 3EUB 2; 3ML9 A; 3ZIM A; 1NNJ A; 2O2V A; 1UFZ A; 3R7Q A; 5H37 D; 2HXZ A; 2JQG R; 1N5X A; 4YXD B; 4IKG A; 1K3X A; 2MBE A; 2Z4R A; 4GDL B; 4LY6 A; 1ISN A; 1J09 A; 4A8X C; 3VVW B; 3TEY A; 2M17 A; 5JI2 E; 4ACF A; 1POP A; 1SXJ A; 5K16 A; 3MMP A; 1NY5 A; 2KFJ A; 1V6E A; 2W55 A; 3OIS A; 2X4A A; 1WGG A; 5G5H A; 3OVX A; 2VF7 A; 3GLI A; 4J6I A; 4HWY A; 1I4W A; 2X8X X; 2LGS A; 2W54 A; 4C4V A; 4AKH A; 1IN8 A; 2CFO A; 3AE8 B; 2J52 A; 5EP2 A; 3LJ3 A; 2YR0 A; 4HPM B; 4N6E B; 1WXM A; 1V34 A; 2R4J A; 3KW9 A; 1NSF A; 4F2L A; 1TGU A; 3W1Y A; 5C2T B; 4W9F A; 1W5T A; 3PGE A; 4G11 A; 3PXG A; 4YYR A; 3ZTC A; 4N58 A; 3TJP A; 2JRI A; 3PRP A; 5EF4 A; 2BTW A; 4K7W A; 1FRR A; 2WDQ B; 4GMQ A; 4D80 A; 3FE3 A; 3ALB A; 4P6E A; 2JY6 A; 2MP2 B; 3RMK C; 2QBY B; 3CH2 X; 3DFZ A; 2WQY B; 2DZO B; 2J7N A; 2RKO A; 3SMS A; 2LWX A; 2HHH M; 3U5Z B; 4B9K A; 3GLF B; 4BOU A; 3QT4 A; 1YX5 B; 3J2P B; 2MLB A; 2VQF M; 5HI1 A; 1WJ4 A; 4BLC A; 4G4O A; 4QRX A; 5C18 A; 2OQ4 A; 1YUB A; 3U6E A; 2DWL A; 1OAI A; 5FKA C; 2N7E A; 1GL7 A; 1MN3 A; 2L7I A; 1OGW A; 2KQ7 A; 4L16 A; 3B89 A; 3ZCB B; 1P7E A; 3ERV A; 3OQC A; 3ZXR A; 2QSF X; 1GVN A; 1UWM A; 2G4D B; 1VCB A; 3KDS E; 2PRE A; 3FRH A; 2I38 A; 4TUU A; 3IG5 A; 2KAN A; 5IAA C; 4G4R A; 2BF8 B; 2Z0E B; 5L8R F; 4NZL B; 1RAX A; 3L10 B; 2OJW A; 5LMU M; 4ZRK A; 1GAQ B; 1BVS A; 2AQ1 B; 2FTD A; 3ZVV A; 4MSQ B; 3ZDT A; 3ZJV A; 1E9R A; 3AKZ A; 2DC9 A; 2R45 A; 4FWH A; 2R62 A; 4ZRJ A; 4ZRI A; 1FPY A; 4K1R B; 1Q5W B; 2C7H A; 3P2B A; 4JIO U; 1JWM D; 2ZJD A; 5C23 A; 2PBH A; 4Q8H A; 1SEB D; 2R4E A; 5J17 A; 2I7P A; 3DOW A; 2KNB A; 3QWZ B; 5FPW A; 3DCG A; 2AEH A; 5CHV A; 1FEH A; 2D10 A; 2NBU A; 3IXS A; 4G54 A; 1M4V A; 5KPZ A; 2J7Q A; 3H4M A; 1HEZ E; 3PNY A; 4KV2 A; 4W5C A; 3FUU A; 2K39 A; 4JI6 M; 4QOZ C; 3GO8 A; 1ATK A; 2L0F A; 1YQ3 B; 5JH3 A; 4W9L A; 4HCP B; 4DR1 M; 4HJG E; 1OAO C; 3PHU A; 3UJN A; 2JX5 A; 1H4R A; 2DJF B; 4KIK A; 4JI4 M; 2V4L A; 2QP9 X; 4FJC A; 3KUZ A; 2FIF A; 4W5B A; 1W5S A; 4XR7 A; 2EKE C; 4DXG A; 2AYN A; 4RFB A; 3UGB B; 1Q3C A; 2MH8 A; 3ZGZ A; 3DHG C; 4TV3 A; 4LFC M; 5HKH A; 2JQF R; 3AE4 B; 4BZA A; 3I3T A; 3DF0 A; 2XEP A; 2ZNV B; 1B9R A; 2N1V A; 4GDK B; 2DAE A; 2QPA A; 2HTH A; 2QQ8 A; 2GBR A; 1IQP A; 4N9F 4; 4C56 C; 3QAU A; 5FK9 C; 3FD9 A; 4XYC A; 1XWI A; 4EFO A; 1XXH B; 3HJS A; 1L6U A; 4B08 A; 1Q0W B; 2QHO A; 3H7S A; 4GN1 A; 3HGI A; 3IFW B; 1MDW A; 2RGF A; 3AM9 A; 3AU4 A; 2J5Y A; 1WXA A; 4CIS A; 2NPT A; 2XFT A; 3D32 A; 1E32 A; 3GPY A; 3RVV A; 4JL9 A; 1QQW A; 1NYQ A; 4DV5 M; 1WMH A; 1XD3 B; 4G3O A; 4LRT A; 4IWQ A; 3A9J B; 5E6P A; 2R18 A; 2G6D A; 4WJQ A; 4MGI E; 1PFD A; 4TSS A; 3VTW A; 4URK A; 2AL3 A; 2EKK A; 1R7S A; 1BGO A; 3PW3 A; 4USA A; 3W67 A; 1CQD A; 3W2D A; 4BPV A; 1WE6 A; 2ZZP B; 1D2N A; 2D2Q A; 2G3Q A; 2OP3 A; 1PJS A; 4DHZ B; 1AYW A; 4IUM A; 1WR1 A; 3KFQ A; 3K8Z A; 1F2B A; 1KHP A; 3KOX E; 2FCN A; 3AEA B; 4DR7 M; 2XEW A; 3T3O A; 2WSE F; 1RFA A; 4M00 A; 3SMP A; 3V6E B; 2WXG A; 4JX1 C; 4L2Y A; 1JR3 E; 3W1S C; 4E74 A; 1DGG A; 1SG9 A; 1N34 M; 1QAN A; 4AJW A; 5JH5 C; 1TIF A; 3V6C B; 3BVM A; 4D2K A; 3U8E A; 2ACT A; 2QJL A; 2LH0 A; 4JI1 M; 1YE9 A; 4HRS A; 2DHR A; 2I2Y A; 2ARY A; 4YV8 A; 3DDC B; 4ASW C; 1TH3 A; 1Y08 A; 3A45 A; 4GHA A; 2ZNV C; 1ZXH A; 1OKS A; 2AHM A; 3SAR A; 3RI7 C; 1C79 A; 2BJV A; 3V76 A; 3PNV A; 2M19 A; 2JT4 B; 3PZ8 A; 4FCV A; 3B7Q A; 3RGP A; 1F29 A; 2MW5 A; 3APF A; 2LVP A; 4XUI A; 3AU5 A; 2V9H A; 3R9X B; 2HTM E; 4KSL C; 3VQI A; 3GQ5 A; 1PGA A; 3PTF C; 4ZTB A; 3VDP A; 3GLG B; 4YT0 B; 3P5X A; 3AUL A; 5CHF A; 3TEW A; 1S3S G; 1YN4 A; 4R71 A; 1OQY A; 2JRH A; 3R2I A; 1YK8 A; 1E7P B; 2DZY A; 1XEE A; 3AEG B; 3PT2 A; 1O0E A; 3AV0 A; 2ZCB A; 2L8J A; 3LXF A; 2DYB A; 3PRZ A; 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3PRP B; 2V1C A; 3N30 A; 3RNC C; 4EE2 A; 5J18 A; 2BTW B; 3WAP A; 3OJ4 B; 2R9C A; 4JI5 M; 2J0M A; 3EC8 A; 3PRE A; 3KYD D; 4BSQ A; 1EWM A; 1IXS A; 1WH3 A; 2DHY A; 4OEL A; 4DHJ B; 5ITR A; 4ZPX A; 4AKG A; 2FCQ A; 1CB5 A; 4K3B A; 2LTU A; 2PKO A; 1S3S A; 2WXJ A; 4FK5 A; 2FBW B; 1ZGU B; 2M0X A; 5C3J B; 1N75 A; 3GLH E; 3T1Y M; 1G6J A; 4TQ0 A; 1KHQ A; 5AZH A; 1PM5 A; 1TY0 A; 4LDT D; 1L1Z A; 1N78 A; 2YLM A; 4YTP B; 1R2Z A; 4RM9 A; 1Y56 A; 1TZ1 A; 4W9D A; 1SNK A; 3QAQ A; 2IBI A; 4EIW A; 1NEN B; 2N9P C; 4NJ6 A; 3K9O B; 3KP1 E; 1K52 A; 4RF1 A; 4OX9 M; 1T3Q A; 4OVZ A; 4OVU A; 3WAL A; 3VTV A; 1NB3 A; 4DV0 M; 3IAS 1; 4IM3 A; 4KLB A; 3HD3 A; 3EFU A; 5EE0 A; 4LTU A; 3GE8 C; 5CVO B; 5D7G A; 3HIZ A; 2FOI C; 1K82 A; 2E5L M; 2EKI A; 3P5V A; 5ITQ A; 2K0P A; 1IN6 A; 3CF2 A; 4GB9 A; 4GC9 A; 2H5X A; 1MS6 A; 4CHT B; 2CV1 A; 3JYU A; 3RNF C; 3C3D A; 1MEM A; 4DR2 M; 1JAL A; 2Q2E B; 3ZC7 B; 5AUK A; 2M0A A; 1XXG A; 2J7Q B; 2F4V M; 1VR9 A; 3OF8 A; 2HJ1 A; 3MC8 A; 4AXM A; 3N3G A; 2N1W A; 3SYK A; 5EZQ A; 3Q3F A; 2DZN B; 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