The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
317
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structure length |
317
|
Chain Sequence |
KTIKVFTTVDNTNLHTQLVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHVNHEGKTFFVLPSDDTLRSEAFEYYHTLDESFLGRYMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNCYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRARAGDAANFCALILAYSNKTVGELGDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLTGVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLQQGTFLCANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTIKPLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Recognition of Lys48-Linked Di-ubiquitin and Deubiquitinating Activities of the SARS Coronavirus Papain-like Protease.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Human sars coronavirus
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molecule keywords |
Replicase polyprotein 1ab
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total genus |
86
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structure length |
317
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sequence length |
317
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chains with identical sequence |
D
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
pdb deposition date | 2015-10-09 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5E6J A; 3MJ5 A; 4OVZ A; 4REZ A; 4M0W A; 5KO3 A; 4OW0 A; 4MM3 B; 4P16 A; 4RF1 A; 4PT5 A; 4R3D A; 3E9S A; 2FE8 A; 4WUR A; 3MP2 A; 4RF0 A; 4OVZ B; 4RNA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV1 M; 4Q8G A; 2BT6 A; 3O65 B; 5KHO A; 2ZNV B; 3APD A; 1T3T A; 4YYU A; 1AU4 A; 3KUC B; 5IP4 D; 2CHZ A; 3TE6 A; 1XHB A; 5EE9 A; 3SYL A; 2BBC A; 1GC6 A; 1DGJ A; 3WHL A; 1S3S A; 3AV0 A; 3L27 A; 3OVZ A; 2L6O A; 4RF1 A; 3K1J A; 2CHV A; 4LFC M; 1GJS A; 1VZ7 A; 2DZO B; 1FXA A; 1LGR A; 4OZB A; 3BK1 A; 3ZNG C; 3K24 A; 3PHX A; 1QAO A; 2W9N A; 4HWI B; 3GQ3 A; 3GLI B; 2J5Y A; 4F2L A; 4FN2 A; 4MZO A; 3W0L B; 5EXT A; 3S2A A; 1TH4 A; 1SE4 A; 2AL6 A; 3JW0 X; 3PNR A; 2JQF R; 2JQG R; 1WZ0 A; 3SD5 A; 3VUY A; 2YNM D; 4B0M A; 3QWL A; 2DAJ A; 3BIN A; 1Y8R C; 2O2V A; 4YYR A; 3EUB 2; 2KFK B; 4NXM M; 3PVL A; 2KKC A; 5LXH A; 3HVZ A; 2KNV A; 1AU3 A; 2JZZ A; 4USA A; 3RFW A; 2DHZ A; 1GJT A; 4CGY B; 4KOD A; 2RSU A; 4IBK A; 2DAE A; 1DO2 A; 1UGM A; 2IO1 B; 2R2Q A; 5CHT A; 1DO0 A; 2M5Z A; 3WAL A; 2VF8 A; 1JQP A; 2WZJ A; 2Q5W D; 2XH9 A; 1OIP A; 2V6Z M; 1F1H A; 3B9P A; 4IC7 B; 4BOP A; 1HXY D; 1JWU D; 1QOG A; 4QRG A; 3L25 A; 1E0Z A; 3V6E B; 4A90 A; 3Q3M C; 2CHG A; 1RYJ A; 3DWG C; 4ZYN A; 1L2N A; 2ZM6 M; 2QIE B; 2Z84 A; 2JWZ A; 5EQT A; 3C9P A; 4RH6 A; 4W9D A; 3T38 A; 4KX6 B; 2WX0 A; 1FXT B; 2AL3 A; 2GMI C; 2RMM A; 1RM6 C; 4PT5 A; 1T5X D; 3BYY B; 4Z6Y A; 4IWQ A; 3UQA A; 1Q5W B; 2G45 B; 1OQQ A; 3PTF C; 1PJS A; 2M8S A; 1TKG A; 5T8I A; 1KOT A; 4ANX A; 2VH2 A; 1Q3C A; 4M00 A; 5DPW A; 4GXB A; 4WA6 A; 3AOE A; 4MJS B; 3R8B A; 2LTU A; 2L05 A; 2WP9 B; 1VDV A; 3HD3 A; 3Q8B A; 2YR0 A; 5EP3 A; 4GRI A; 2IZV B; 5EGW A; 3IG3 A; 3FTD A; 3APC A; 2DC7 A; 4BOS A; 4D8B A; 2PE6 B; 3AE2 B; 2C5L C; 3DQV A; 2JPH A; 4IBE A; 2KZR A; 4GUA A; 3AEF B; 4PDI A; 4I5S A; 4WAF A; 1ME3 A; 1I4H A; 1K8R B; 4N9F 4; 4OVZ B; 4YHH M; 2OJW A; 3HWN A; 1P3Q Q; 2JUO A; 1SXJ C; 2Y3A A; 2P86 A; 3GLF B; 2C0Y A; 2R9C A; 5EF4 A; 3P4S B; 2FUD A; 2DZM A; 1QOL A; 1VEK A; 4B3M M; 1CQV A; 4NL4 H; 1I4P A; 2FO5 A; 3KW5 B; 1XXH B; 2GBM A; 5BR8 M; 2YLM A; 3KQ4 A; 4LDT D; 2ZW0 A; 4X66 M; 2XBB C; 3BWU D; 3NBX X; 2JUJ A; 2P0R A; 2IJ0 A; 2DCB A; 2V1Y A; 3EFC A; 2LMC A; 2DAF A; 1ZGU B; 3L10 B; 5JH3 A; 2DC6 A; 3ZNH B; 5JHB A; 3NVW A; 3LVV A; 3DBH I; 1QQW A; 2BVC A; 1KFY B; 4B9K A; 3B79 A; 2INP E; 2CJO A; 2X49 A; 4I4L A; 2K5P A; 4DBG B; 3EHV A; 1YUB A; 4D2K A; 2JY7 A; 4YXD B; 1R7S A; 2ZW1 A; 3KVF B; 4JL9 A; 4Z8X A; 4GOC A; 3QX1 A; 3E46 A; 2Y0Q A; 4BBN F; 2DLB A; 2LGX A; 3FTE A; 3BC3 A; 4DXG A; 2I7N A; 1XNQ M; 2ZEQ A; 4BKS D; 4JI2 M; 2O6X A; 2BS3 B; 2ARY A; 4DMY A; 4ANW A; 1VLB A; 1TKE A; 2N7E A; 3ENE A; 4W9J A; 3RNG C; 1I4W A; 2WYQ A; 4II7 A; 4AS1 A; 2BKF A; 3KH0 A; 1SXJ B; 4MZS A; 4HCP B; 3MFG A; 3OIS A; 3DVN U; 4NZL B; 4EEW A; 2AYN A; 1P7E A; 4K81 A; 4XX5 A; 3SHQ A; 4AG6 A; 1THE A; 1KXR A; 1QOF A; 1WJN A; 2LJI A; 2N1W A; 2XGN A; 4JX1 C; 4I04 A; 3KXE C; 2OOB B; 4K3B A; 4KGS A; 4TUU A; 5C23 A; 1J0G A; 2IY1 B; 1V6E A; 4BVU C; 1S1Q B; 1P7F A; 4OZA A; 3UQB A; 2D11 A; 3LCV B; 2LAS A; 3U4E G; 4EFO A; 2JX5 A; 4AUQ C; 2J0K A; 2ZAM A; 3EFU A; 2DZJ A; 3L28 A; 5FTN A; 1MIR A; 1AWD A; 2XZF A; 4JI1 M; 4W9E A; 1V86 A; 3H9D A; 3VAW A; 4M01 A; 1MDW A; 1R4M B; 3PHW B; 3CF6 E; 1DGF A; 4LJ6 A; 5E6N A; 2JY8 A; 4LJ9 A; 4ITK A; 2ZAN A; 2DNA A; 3I57 A; 2E01 A; 3H4J A; 4RM9 A; 1F29 A; 3BCN A; 5IT9 S; 1WGY A; 4HEA 1; 1WIV A; 1MHH E; 3V61 A; 4AOF A; 3DOA A; 4QAY A; 3CF2 A; 2QHO B; 2N4F A; 4EIW A; 3GPY A; 1CB5 A; 2LVP A; 4KVG B; 5EZQ A; 1R6B X; 1PPD A; 2G9H D; 4HRO A; 2L0F A; 1Z5A A; 2J53 A; 2M4N A; 2SEB D; 1TTE A; 1XC8 A; 3A46 A; 2OPF A; 3PZ8 A; 1KTK A; 3Q14 C; 4A6Q A; 3DFZ A; 3W67 A; 3C3E A; 1PJI A; 1T0R C; 4IKG A; 3I9V 1; 2QIL A; 4XDC A; 2J7Q C; 3L13 A; 1VJV A; 4KKJ A; 3PRM B; 2KWU B; 4FJZ A; 1EWC A; 3B7Q A; 3F92 A; 1V80 A; 2O6V B; 4FJV B; 2IBI B; 4KIK B; 2BTW B; 2FYE A; 1V97 A; 1I35 A; 2Z0D B; 1HNZ M; 1O0E A; 3KW9 A; 3FUX A; 3J7A S; 3NBI A; 4S17 A; 1OTR A; 4OU7 A; 2KJ6 A; 2L1A A; 3TEY A; 4FIP A; 2FIF A; 3HHA A; 1QF6 A; 3HHY A; 4MGK E; 5BMH A; 3RN9 C; 2R4E A; 4GKK M; 1SEB D; 2WXR A; 4JPS A; 3PSE A; 3N32 A; 5JI2 E; 3EEC A; 4LF6 M; 2PW9 A; 4ZTB A; 1R5L A; 4JI5 M; 4PS7 A; 2Y5C A; 3ZGZ A; 1IBM M; 3GE8 C; 2O5R A; 2V9H A; 5JH5 C; 1GVN A; 1DYQ A; 1PGX A; 1N5X A; 5FR6 A; 2WXG A; 5PAD A; 3O65 A; 2Z8L A; 3IBE A; 2KDL A; 1YQ3 B; 2GOW A; 2PVG C; 3AFH A; 1J7C A; 1ZDV A; 4DXA B; 4C7Z A; 1WGN A; 1UBQ A; 2VHS A; 4OW0 A; 3V76 A; 1EIJ A; 3Q8C A; 3BPM A; 1F2R C; 1WZ3 A; 2BPS A; 3EIH A; 1WH3 A; 2BB5 A; 1RFA A; 2KT7 A; 4LJO B; 3ZJT A; 4UN2 B; 4HVB A; 2YEP F; 5EXX A; 2VQF M; 4YYW A; 2V0G A; 1SGH A; 3GPX A; 3KYC D; 3U7Z A; 1NYR A; 4LZJ A; 3LDZ E; 4LRT A; 4OVV A; 2J7Q B; 1P3Q U; 4HK2 A; 5CHF A; 1NB5 A; 4F1I A; 2F4V M; 3GLI A; 1MS6 A; 1UGJ A; 2GB1 A; 3NS8 A; 3IT6 B; 1U9V A; 1C4C A; 2RD0 A; 1B1Z A; 3HHI A; 4I05 A; 1G4A E; 3B74 A; 2MHJ A; 2RGF A; 3OVX A; 4FAD A; 2DHY A; 3U5Z B; 1EF1 A; 2C7M B; 2WU2 B; 5IKC M; 4X65 M; 2DBY A; 1OEY A; 2B1M A; 1MHW A; 3RD2 A; 1WGK A; 4G3O A; 4LJ7 A; 2CU3 A; 3U61 B; 3APF A; 2LBC A; 3U6C A; 2GQF A; 1JWA D; 1PJT A; 1HE8 A; 3VHT C; 1JRP A; 3GRV A; 1RFK A; 4WP2 A; 2NTT A; 2C96 A; 2DJF B; 2UUC M; 5CVM A; 2JSV X; 4FWD A; 1EF7 A; 1IY0 A; 3PHU A; 1GB1 A; 4C00 A; 4DR4 M; 3ZLZ A; 3RPF C; 4AWJ A; 1V1P A; 2WBF X; 1SB3 C; 4HXD B; 2R9F A; 3SBJ A; 2JY6 B; 4M0W B; 4J3O D; 1PUT A; 3UJN A; 3DCG A; 2G8L A; 2J7N A; 3RYT A; 1T6O A; 2QMT A; 1ZMU A; 2WGS A; 4J6I A; 1E8W A; 3C58 A; 4D8I A; 4MJS A; 1N5W A; 4PCZ A; 3VK7 A; 1G71 A; 3LVW A; 2NPT B; 4GDL A; 1I4R A; 4R3D A; 1FPY A; 3VUW A; 1F2A A; 3RNE C; 1ET9 A; 3SDL C; 3MP2 A; 1WX8 A; 3AMZ A; 3IFU A; 3GS2 A; 4XR7 A; 2M60 A; 4YTP B; 3NHE B; 1WHC A; 3TEX A; 3TWM A; 2KTR B; 1U9X A; 2H7J A; 3DVG Y; 1YSY A; 2Y21 A; 5BMG A; 3GRR A; 2MGW A; 3VFD A; 1DV0 A; 1MX0 A; 3ZQ4 A; 2DWN A; 2Z4R A; 3HHM A; 3KWZ A; 3KOW E; 5D7G A; 2ASQ A; 3AEG B; 3HRD D; 3GZN B; 5JZE B; 3V6C B; 2PPH A; 1S3S G; 2A5Y B; 2KDI A; 4LNK A; 1XXH A; 3A98 B; 4ASW C; 2KXE A; 4PDG A; 1PYW D; 4B0E A; 3RNV A; 3SHG B; 4HJK A; 4KDI C; 1YAL A; 3UIP B; 3PRZ A; 4WQO B; 3BVG A; 4OEM A; 2KDF B; 2WXN A; 3U6D A; 3TUO A; 2JWS A; 2E3T A; 1SP4 B; 1N62 A; 1UWM A; 2KZU A; 3T8M A; 1IY2 A; 3SAU A; 1HZ6 A; 3H1U A; 2DC8 A; 2UXB M; 3N3K B; 3QWZ B; 3L29 A; 3SR6 A; 5EDS A; 3GPU A; 1XKG A; 2DX5 B; 1TY0 A; 2J52 A; 4BBN C; 4MDK E; 5CHV C; 3JAM S; 5G2N A; 1TGZ B; 1I7H A; 2UWQ A; 1CPJ A; 5ITY A; 4L1B A; 2PMV A; 3ZNI D; 4QRX A; 4PP1 A; 1BUI C; 2R18 A; 5G5G A; 2PE9 A; 2DJG B; 3I06 A; 2BYV E; 3O13 A; 1TZ1 A; 1SXJ A; 2JY5 A; 1QUS A; 3KOY E; 2F5Q A; 1NY6 A; 4LF4 M; 1GJZ A; 1M94 A; 3THG A; 3ZTC A; 2OOB A; 4BKG A; 1R2Y A; 1GB4 A; 1WI0 A; 1XLN A; 2IO0 B; 1WGH A; 1SE9 A; 1D5M C; 3TWL A; 5FTK A; 1W5T A; 1EFU B; 3AU5 A; 2C9W B; 3H7P B; 2KN4 A; 1AAR A; 3PHW A; 2OQ4 A; 1EWY C; 2LGS A; 4G4N A; 3QJZ A; 2DZY A; 1TR8 A; 2VQE M; 1C7Y A; 3N1Z C; 2LHC A; 1IXZ A; 3BVM A; 2KAN A; 2AQ1 B; 3A33 B; 2PBH A; 4IJF A; 2MR9 A; 4JWS C; 1BP4 A; 1CVZ A; 2D3A A; 3U6S A; 2KW0 A; 5ITQ A; 2ZJD A; 2MJ5 B; 2KQ7 A; 5DYG A; 1CJL A; 4XYC A; 4JI0 M; 2J4X A; 3MMP A; 3S3R A; 3R66 C; 4DDI D; 1U9W A; 2WXM A; 4L2Y A; 4HDO A; 1AEC A; 1NYQ A; 2DI0 A; 3ZW3 A; 3A42 A; 2A4Z A; 1BXT A; 3R7Q A; 3W1Y A; 2AU1 A; 4IM0 A; 2B76 B; 1MG4 A; 2AUX A; 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4LJ5 A; 2YJB A; 3NOB A; 1YQB A; 4CDE B; 3HU1 A; 2QBY B; 1VDL A; 2QSF X; 5TSS A; 4YTM B; 4DHZ E; 3D8B A; 4IBJ A; 5L95 C; 2MRO B; 2X4A A; 4AQY M; 2KWC A; 1WIA A; 3I01 M; 2XU1 A; 4FWH A; 3OG5 A; 3VUX A; 4P17 A; 1WRD B; 4M8N A; 2R45 A; 3D32 A; 4NAM A; 1YX5 B; 2L2D A; 2JRI B; 1QKZ A; 1ORY B; 2DVW B; 3SAS A; 2L4E A; 3U6P A; 1UNS A; 3UF8 A; 1T3Q A; 2YQZ A; 1IN5 A; 3DA1 A; 3T1H M; 3H6N A; 2HWJ A; 2JTC A; 4X6J A; 3E9S A; 3S3Q A; 1BT0 A; 2Z4S A; 1NEK B; 2DOS A; 1QYR A; 2XFS A; 3GLH B; 2V3S A; 1C1K A; 3X23 A; 4MEM A; 2YFQ A; 2VRR B; 3WAO A; 4AJY B; 2WQY B; 1GOZ A; 1C79 A; 3VRB B; 3ZC7 B; 2JY6 A; 1KSF X; 2Q2E B; 4RY2 A; 1IY1 A; 4FLH A; 1YZB A; 1K52 A; 1QAQ A; 4X64 M; 1QZE A; 2QCU A; 4GLS C; 2D7E A; 1VJK A; 2V1C A; 2NPT A; 4K7C A; 4MGH A; 4DV2 M; 3RZF A; 2K39 A; 4HCN B; 1N32 M; 1QUT A; 1E6E B; 4FW9 A; 1L7Y A; 2LVO C; 2XFT A; 2FT2 A; 1OAI A; 1CMX B; 2LJ5 A; 1DOI A; 3O0U A; 1G6J A; 5C2T B; 2DCD A; 1VD2 A; 3NHE A; 2KTR A; 5E6O A; 4BFR A; 3FKE A; 2AQ3 B; 4DMX A; 4FWG A; 4DV5 M; 1PBH A; 4FK5 A; 3DHG C; 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