2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3NVKA 3NMUA 5GINA 3SIVB 5GIOA 3PLAA 3NVIA 3GQUA 3T7ZA 1NT2B 3SIUB 2NNWA 5GIPA 3GQXA 2OZBB 3ICXA 4BY9C 3NVMA 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYHA 3H08A 3O8MA 5TKYA 4A5AA 2BXOA 1KAZA 4OPAA 1HJRA 4FM2A 5M1QA 5BPNA 4EZ9A 1S9GA 4BRMA 3DLBA 1SZ2A 4FWMA 4L3QA 3HPGA 5KGXA 4KAZA 3BZKA 4C8MA 1TXUA 2F4VK 3OA9A 3ZSXA 4PKHA 1WSEA 3LM9A 3MHHB 2IC3A 5M1NA 3OTOK 2ZJPL 4N56A 2Z1JA 2BXBA 4CZGA 5DM7L 3O6WA 3G4SN 5KQDA 4JRPA 4Z94A 1IG8A 3CJ7A 5HRSA 1Q81O 4LF4K 2HHVA 2BXFA 4MQ3A 2CGJA 2YCHA 3CJCA 4O0JA 1DGKN 2QWPA 2QWQA 3P38A 1EP4A 3CJ9A 5IJFA 1FW6A 4LFCK 1ZBUA 2IVNA 4KRFA 3LPUA 3DXKB 3AO2A 1HNWK 3ZT0A 2BXHA 4M3ZA 5CY4A 2IIRA 1RGIA 4DTMA 3TWHA 4JYAK 3V81A 3ZSWA 1E4GT 1KLNA 4XEIA 1HNZK 1WOQA 3BGRA 4B1WB 4OPHA 4B9MA 5ADXA 3CM6A 4CHZA 4FVMA 1XC3A 5FPEA 4BRFA 5SWMA 1SKSA 2NQOA 1VZSA 1TUYA 1XHXA 4ELTA 4KHUA 1B9DA 2XY5A 3MX5A 4FJCB 3THWA 1C0MA 2CGLA 4GVEA 1YI2N 5AZJA 1J9AA 2ETJA 2VWKA 4LH4A 1RT1A 3WNEA 1L3UA 5M1KA 4B1UB 2KW4A 2VQEK 4K43A 4DTPA 5HL7L 5DK5A 4M3UA 2OANA 4YOXA 3CCQN 1WBDA 2OPSA 1W0HA 2HHWA 1K6YA 4B9TA 4YOYA 2E2NA 2F96A 5KTQA 4LSNA 2E6MA 2YJEA 4E1MA 3LAKA 1FKPA 1MIVA 3AA4A 3AVLA 1BA1A 3SMPA 4I6MA 1VQON 3UKUB 3MN9A 1S1TA 1M90O 1OVYA 4ISFA 3I0RA 2XO7A 3WHSA 1K9MO 4DQIA 5AQSA 2VG5A 1S1UA 3OYGA 1MA9A 1QQNA 2VGNA 3VQ8A 4HGKA 1BG3A 2E20A 4CJRA 2FBXA 3QEPA 3RMAA 4BACA 4CFCA 4DFJA 2HBMA 1QZ5A 4BRHA 3ULEA 1C1BA 1NGGA 4CEOA 4FWKA 2QWRA 1OH8A 4BR0A 1GLJO 4O8KA 1E78A 1K8KA 1TKDA 3D6RA 4N41A 3VQEA 4KHQA 3KZBA 1HYSA 1J78A 1HYZA 1JKHA 3M1FA 4Z4CA 3K59A 2JUHA 3SBGA 1NJIO 4DR3K 4B9VA 1RDAA 3THVA 4PKIA 1JXEA 1RBSA 4CZJA 1CZ9A 1VHXA 3C6UA 4DU3A 4F5UA 1EKEA 3G9KD 4B8CA 4RWTA 2V7YA 4DSKA 3O4WA 3DRSA 3VN5A 4DV0K 2FF3B 4DQSA 5FUOA 4NCAA 2D0AA 4WQ4A 1LOTB 5BPLA 1Z25A 4BRCA 4I9QA 2LOQA 3CD6N 2O8EB 1VRUA 1VQ9N 4O55A 5BREA 2QI2A 3ZSZA 2NRTA 3OVNA 1XMOK 4CFAA 3LWMA 1HK1A 1VQLN 3O9TA 4NLBA 1D5AA 4E7LA 5AQIA 2A3ZA 3WXMB 4NCGA 3CCSN 4IBNA 5AQLA 3CI5A 4ZTFA 1WB9A 4DR7K 4C23A 2UXDK 4CF9A 4LSLA 2YNIA 4DLEA 4ZC6A 4RW6A 4PO0A 4UQGA 2D0OA 3I56N 4M3YA 3NGYA 5BRHA 2GEMA 3TABA 1KVAA 1WSGA 3OS2A 4A2AA 4J2BA 3MXMA 5AQZA 2E0XA 3QLHA 2BXNA 1OH7A 2QXLA 4JI1K 1ATRA 4IWVA 2DYOA 5GINA 4BRAA 3C95A 1HPMA 3SIVB 1G15A 4B9UA 1RDCA 3HOSA 1RTJA 5HLFA 4B08A 3RR8A 2BXQA 5I3UA 3KLHA 4IO8A 2HHTA 5AFUH 3VGKA 3EZ5A 4FLZA 3FZFA 3KIKA 3LPTA 3HRGA 1Q82O 1UA1A 3IS9A 5H1SQ 4Z69A 4M7XA 3FFKB 3C6HA 3VQAA 4E7KA 3KK3A 4PY5A 1BQNA 4K42A 3V1OA 1DKGD 3RRHA 2XY7A 3LWLA 1GLCG 1BUPA 4MLHA 4FLTA 5J2NA 2G8KA 1NOZA 5BPMA 1Q9YA 4Q0BA 3DLHA 3OS1A 3MMVA 4RW4A 4CEDA 2AP1A 1LV5A 2NRVA 2ASMA 1EWRA 2A1SA 4CEFA 4HCBA 1BJ5A 4KPYA 3R1XA 3LP3A 3W0LA 3SQJA 3V9ZA 4JKFA 5SZTA 2BGGA 2BANA 3QETA 1JLGA 3KLIA 2BE2A 2PFUA 2QWLA 3D2FA 1XC9A 3S3OA 1VQ5N 1MU2A 2EFEA 4RW8A 2OT3A 2E2QA 1C0FA 2P9UB 3OYDA 4OO1J 3GG4A 4CK2A 2XY8A 5JLFA 5ID7A 3MWPA 4OPJA 4DV1K 5CE3A 3EZWA 3WEEA 3CC4N 1HA2A 3AVKA 4JI6K 4ELUA 2P9SA 2W40A 1RT2A 5F2RA 3QO9A 3O3HA 4F4KA 5A2QO 2R7YA 4QOZB 3GA9L 3CYMA 3U6FA 4HGMB 3SAGA 2F7TA 2VQFK 4GV9A 4QCLA 5FRNA 3HXMA 1T05A 3HYFA 4H4OA 3NGZA 1J53A 2OZMA 1WAFA 4G03A 3CM5A 3OYMA 3BEXA 4ISEA 3UKRA 4NYNA 1KW2A 1LAWA 1JL1A 1U6ZA 2X6NA 3VQIA 2YV0X 4AQYK 2Q1NA 3THYB 4DHXB 1L3TA 4C8OA 3HPHA 4KB0A 4CIGA 4B1YB 3SQ2A 3ECPA 2RKIA 4DV4K 4GKKK 3CCMN 3AO5A 3M99C 4H8KA 2DPNA 3DXMB 4I9LA 4CESA 4CE9A 1SUQA 3ALYA 2YNGA 3ID8A 4OKEA 2E4LA 3NDKA 2ZGZA 1E7EA 3KD5E 4BVPA 1B92A 3BY5A 1YF5L 3EN9A 1T03A 3ZETA 1BCOA 4FJLA 1ASUA 1QE1A 2HBJA 4HVJA 1LWEA 3OYIA 4DS5A 3H1QA 3NE6A 3QEVA 3VQDA 1NGFA 5E41A 2O8DB 1S6QA 4DTXA 3CJ1A 3THXB 2E8AA 5IJ5A 1SKRA 5EY4A 3WT0A 4M3WA 3LP2A 4KHPK 1HK2A 4AM7A 4FK5B 3LL3A 2XMOA 4CGFA 1L5UA 3V03A 1LWCA 1NLVA 3TAQA 4FJ7A 4XH4A 2J4RA 5AQXA 3TAGA 4OTUA 1X3MA 4H0YB 3O4NA 3OYCA 5AQRA 3DLEA 4H0VB 3NVMA 4K41A 3DLKA 4Y1DA 4WCEL 1JLFA 3D2EB 1VFIA 5AQJA 2EFCA 1HQEA 5CYMA 3JAMO 1N6QA 1S72N 3E9OA 5AQTA 3VOVA 3VQ4A 3L8BA 3NVIA 4IO9L 4OKKA 2D0BA 4BGAA 2GELA 4DUZK 1UA0A 4QS7A 4FLVA 1QSSA 1BCMA 2G8HA 1U2VB 1HKBA 4B9NA 3M8SA 3TANA 3V08A 3V9UA 3C65A 5EVZA 4C1NI 4CJ7A 4KH6A 3RR7A 4G1QA 3FE1A 1HNVA 5C2FA 1OH5A 2YHWA 3VTHA 2P9KB 2KLAA 2Q31A 2E2PA 1WLJA 3A8YA 2I7PA 4NAWB 3EKUA 3AAQA 1KLMA 2DY4A 2AGHB 4M41A 3HM8A 4JKAA 5DM6L 3K58A 4F2SA 1X9JA 4EHUA 5EOYA 1IBLK 5C25A 1GOBA 1TAQA 4AHUA 3RSEB 3SUQA 1FOUA 3LU8A 1EXQA 3TAEA 1E7AA 3C7NA 3ASMA 1QSYA 4N76A 1WNSA 4RG8A 1J5EK 1CZAN 3SK3A 4I7FA 3R3LA 1I3AA 3NFAA 5AZIB 2P9NB 3L4QA 3K5LA 2FSNA 3WXJA 3RRGA 4CI6A 5FPMA 3ATUA 1E7HA 3L0QA 3PV8A 2XW0A 2VWBA 5ID9A 1NMNA 4BG9A 5DMRA 3V1QA 1NGJA 2IVPA 1GOCA 2O4GA 3CQ8A 2HNYA 5C42A 3M8RA 2HMPA 4H0XB 3A73A 3HSCA 3E9LA 3V9XA 3KWIA 4N0FD 2BX8A 5M1FA 3NH2A 3SPYA 1C0TA 4RCHA 4IDHA 4Y1CA 3HVRA 3SCXA 4DR6K 4KKOA 1EWQA 1NJWA 1IKXA 5ADXH 2IAJA 4C31B 3P39A 4E0DA 3TSQA 4YOTA 4BDYA 4C1NK 5LMNK 1ZC6A 2ZE2A 3W3DA 2NRRA 1IBKK 3O3FA 4J8FA 1E7IA 4CGJA 4I9OA 3DOKA 2WOMA 4BRDA 1GNIA 2V7ZA 3EO3A 1OKJA 1C0GA 3QNOA 2O8BB 4IG3A 2P51A 1RT5A 3F9KA 4FJGA 1IBMK 2OA8A 1Q8IA 5CYQA 1TK8A 3H37A 1TYQB 4JLHA 4B9SA 3ENBA 4DS4A 5B5TA 5HRNA 4FJNA 2BUPA 1HKGA 5EX5A 4JK4A 2QTDA 1M1KO 2ZF5O 5HP1A 3VEOA 2HOEA 4DF8A 2HHSA 2XY6A 4H5WA 1BU6O 1ATSA 4KBOA 1QQOA 1YITN 1JCEA 2P9PB 2QM1A 3AO1A 3CG7A 4FWSA 4WFBL 3J7AP 3K5MA 3PIOL 2LSNA 5B8HA 2DYMA 3L3UA 3VMFB 1RBRA 3UIVA 4LF8K 4DB3A 1SAZA 1JLCA 4AHRA 1S9EA 2P5OA 4LB2A 1BM0A 5AQQA 4H5NA 1LWFA 3EYZA 2UUCK 2QK9A 5E26A 4CJPA 2DBWA 4KHYA 1IV0A 3E01A 4FOIA 4KI4A 4PQUA 3AVHA 4DTNA 3HK2A 3OS0A 1P8ZA 1VSFA 1YVNA 5GHKA 1JNBA 1A5VA 3NF8A 3F73A 3LDQA 1JXBA 4H5RA 4Z4FA 5HOZA 3JRYA 2Q0UA 1IKWA 1IH7A 2DBUA 2DFHA 2OPQA 3PO5A 1YT3A 1J7EA 3P4IA 2WBNA 3CMEN 4BR9A 2VG7A 1N33K 4TQ1A 3C6TA 2E0YA 4N0UD 2GWKA 4ILJA 1LAVA 4DFKA 1MIYA 1T3VA 2BXLA 4N3ZA 2ATQA 3OYFA 4BDZA 4BE2A 4DTOA 2LXSA 2X78A 4KFBA 4MBEC 4QAGA 2IGIA 2XVVA 1TL1A 4NO7A 4CF1A 4M70B 2CKXA 4CHNA 4LUHA 3ZCMA 4DV6K 5IJEA 2W6LA 4GKJK 4WFAL 1NJXA 3OYJA 4DR5K 4HWIA 1S1XA 1EO1A 4DSJA 1RTDA 3IRXA 3HTVA 4AHSA 2IS3A 1D8YA 4JD2A 5AJ3K 4GG2A 3T1YK 1Z05A 3CJBA 1N34K 3LZJA 1KC8O 1BIZA 1OVQA 3PUFA 2YHBA 1GLAG 4OT2A 3N4PA 3CETA 2PZSA 1DT9A 3QB0A 2DFFA 3UB5A 3VENA 3QERA 3AVGA 4MDBA 4DU1A 3ENHA 4JHDA 2E6LA 4BRLA 1RDUA 3T7ZA 3AARA 2ITMA 1G99A 4XH5A 5BN9A 3ZSVA 3WNHA 3SAHA 3VEVA 3U4LA 4IOCL 1JL2A 2D4WA 2FSJA 5KPZA 1YVUA 4ZUXV 2EWSA 3LM2A 3QINA 5AQUA 4JKGA 4FPAA 3VF4A 3IAYA 2HBLA 3KVGA 2JWLA 2ZJQL 4PA1A 3QBWA 1VQPN 4EIAA 1YTAA 1GLFO 5C12A 4ZBKA 5C15A 4JS4A 4B9QA 2RHKA 5GIPA 4B3TK 4B3SK 1YIJN 1U4BA 1BIUA 4JI2K 5CZ1A 4JRQA 4GW6A 3NH1A 3E1YA 2VGMA 4CJKA 1TGOA 3HT3A 4HTUA 2DBXA 3B8AX 3MN7A 1NJYA 4KHWA 5AQYA 4H03B 3CCLN 5CZ2A 1QS4A 4JI5K 1TKXA 3WHQA 1U47A 3SQ4A 2A40A 3KK1A 1I94K 4U67L 1VQ7N 2ZGYA 4WFNL 3I55N 2UYTA 3BP8A 5FPDA 2JLEA 1RNHA 3UIQA 1BL3A 3CMAN 5GAGP 3THWB 5AZJB 2UXBK 1T6CA 5HRPA 5I9EB 5C10A 2AJQA 3KK2A 1XNRK 3O9SA 2P1JA 3VEWA 2DG5A 1NWKA 3ZT3A 3GL1A 1W97L 3Q7CA 4PUOA 3CFOA 3D45A 5AQFA 4EMXA 2BXAA 3HVTA 5FLXO 1TKZA 3O9UA 3MEEA 1NJZA 1T6DA 2LQIA 5AQNA 2VG6A 3SZ2A 4JKCA 3PIPL 3A5OC 3ZEUA 4BR7A 4DTSA 2BXEA 3U9DA 4C8KA 4DV7K 2HHXA 1GLLO 4KV8A 3FZHA 1WSIA 4I6MB 2ZM6K 2QKKA 4B1XB 4FJJA 1FXXA 4A2BA 1VSLA 4B3OA 1RDDA 4H0PA 4AF1A 4CJEA 1TK5A 3QFUA 4MO5A 1MA9B 4CVNE 4X66K 2QHBA 1S1WA 3WNFA 3F9MA 4E7JA 3JYTA 1Y97A 1U48A 3GQUA 3ULEB 1HK5A 1FK9A 4XH1A 1GLDG 2BXIA 1K8KB 1NKEA 3NF7A 4BREA 2P9LA 5LMUK 1NG9A 3ICXA 2F8TA 4CJFA 1NK6A 4I2QA 2YNHA 4J2DA 4K8ZA 4PWDA 4EP5A 4FYDA 2E5LK 3S3MA 2P9IA 4N47A 3KJLA 4CJQA 1NBWA 3O3GA 3CC7N 2E2OA 4LFAK 5LJVA 4JKHA 4FJ5A 3HI0A 3ZX3A 5D7GA 1BOTO 2YKMA 4JK7A 5LY3A 4M3RA 4OGEA 4XIUA 5IT9O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVK A;  3NMU A;  5GIN A;  3SIV B;  5GIO A;  3PLA A;  3NVI A;  3GQU A;  3T7Z A;  1NT2 B;  3SIU B;  2NNW A;  5GIP A;  3GQX A;  2OZB B;  3ICX A;  4BY9 C;  3NVM A;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYH A;  3H08 A;  3O8M A;  5TKY A;  4A5A A;  2BXO A;  1KAZ A;  4OPA A;  1HJR A;  4FM2 A;  5M1Q A;  5BPN A;  4EZ9 A;  1S9G A;  4BRM A;  3DLB A;  1SZ2 A;  4FWM A;  4L3Q A;  3HPG A;  5KGX A;  4KAZ A;  3BZK A;  4C8M A;  1TXU A;  2F4V K;  3OA9 A;  3ZSX A;  4PKH A;  1WSE A;  3LM9 A;  3MHH B;  2IC3 A;  5M1N A;  3OTO K;  2ZJP L;  4N56 A;  2Z1J A;  2BXB A;  4CZG A;  5DM7 L;  3O6W A;  3G4S N;  5KQD A;  4JRP A;  4Z94 A;  1IG8 A;  3CJ7 A;  5HRS A;  1Q81 O;  4LF4 K;  2HHV A;  2BXF A;  4MQ3 A;  2CGJ A;  2YCH A;  3CJC A;  4O0J A;  1DGK N;  2QWP A;  2QWQ A;  3P38 A;  1EP4 A;  3CJ9 A;  5IJF A;  1FW6 A;  4LFC K;  1ZBU A;  2IVN A;  4KRF A;  3LPU A;  3DXK B;  3AO2 A;  1HNW K;  3ZT0 A;  2BXH A;  4M3Z A;  5CY4 A;  2IIR A;  1RGI A;  4DTM A;  3TWH A;  4JYA K;  3V81 A;  3ZSW A;  1E4G T;  1KLN A;  4XEI A;  1HNZ K;  1WOQ A;  3BGR A;  4B1W B;  4OPH A;  4B9M A;  5ADX A;  3CM6 A;  4CHZ A;  4FVM A;  1XC3 A;  5FPE A;  4BRF A;  5SWM A;  1SKS A;  2NQO A;  1VZS A;  1TUY A;  1XHX A;  4ELT A;  4KHU A;  1B9D A;  2XY5 A;  3MX5 A; 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