2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3T7ZA 3NVIA 5GINA 3ID6A 3NVMA 3ICXA 4BY9C 5GIOA 3NVKA 2NNWA 1NT2B 2OZBB 3SIVB 3PLAA 3GQUA 3NMUA 5GIPA 3GQXA 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JHDA 2P9NA 1RDCA 3TARA 2Z1HA 3CX9A 1KVCA 3LAKA 4A5BA 3V08A 4CJWA 3MN6A 5FPMA 4M3TA 1NMNA 3QEWA 1VSIA 1N5UA 3QBWA 4ZTJA 4FK5B 2ZWHA 1LAVA 3C7NA 1HQEA 5GAGP 3V4IA 3MWPA 1I94K 1SQKA 4FJJA 4DTUA 2GUIA 3R8EA 3KK1A 4J2VA 4Z69A 2I5JA 1MWMA 4FJ8A 4DQQA 2KFZA 4KB1A 1EX4A 4W5OA 2PYLA 2OPSA 5C15A 1QQMA 1HNZK 3DLEA 2BXGA 4JNEA 1E7CA 1KAXA 1TUYA 5F1XA 2E0YA 4JN4A 2Q31A 1JCFA 3G9KD 3KVGA 4H0YB 4DV7K 4KTZA 2UU9K 1QQCA 3CCSN 4JS4A 3DOLA 4BDZA 3ZSXA 2GWKA 1K8AO 5JVHL 3S3NA 1KFSA 3HVTA 1ZBSA 4C8MA 3ULEA 3WNGA 1VQKN 4FWLA 1NJIO 4O8KA 3HSCA 2ZJRL 1D9FA 4B9TA 4CJTA 4QS8A 3M1FA 4FWSA 4NYNA 3O4NA 1QHTA 5BPMA 4DSKA 3D2EB 2P9PA 3MN5A 1IH7A 4L8UA 2ZGZA 3HM8A 1SL1A 5IJFA 4O44A 3RSEA 4BR2A 3TI0A 3HL8A 4Z4CA 3AVHA 3C94A 4HGKA 1Q81O 3A73A 1IJJA 4C8KA 1NU0A 2D0OA 4IFVA 5AQFA 2VDBA 4CFAA 3VQ5A 4CHQA 5HLFA 2JGUA 2KFNA 2PFUA 1X9JA 4FM1A 3KWIA 3PX6A 1FKPA 4PUOA 3P38A 4K2CA 4FZXC 4S1YA 4F5TA 4CEDA 1JLEA 1QZ5A 3LZIA 3CCVN 1FKOA 2QKKA 3BEXA 4CECA 1XC9A 1BDGA 3QIPA 2DBUA 3DRPA 2YJEA 1XC3A 4DSEA 3AV9A 2X78A 4JI6K 3CC7N 3UKRB 1KXPA 1RTIA 4CGIA 1RDUA 5AQPA 3VEYA 3VQCA 2DFHA 3SI6A 4OJRA 4KH5A 3K2PA 1C1CA 3LDPA 4YFUA 3U6FA 3C6UA 4FL9A 4JI3K 3MCPA 4M45A 1RT3A 4KRFA 4B9VA 2JUHA 3M8SA 4M63C 3SUNA 1WAFA 1HX1A 1XUPO 2CGJA 5AQLA 4X62K 2F7TA 3L2RA 2YNHA 2BTFA 3T1YK 1GOCA 3HOTA 3QLHA 3AVNA 4XH1A 3PV8A 2EFDA 3VEWA 3BUZB 2YNGA 1WAJA 3W0LA 2HHXA 3NGIA 3NF7A 3GG4A 4CEFA 4PY5A 4IEIA 3O3GA 2Z8IA 2P9LB 3UIQA 1NK0A 3THYA 4CEEA 3JAMO 3O9TA 4F5VA 3SJHA 1HK2A 1B9DA 4CIGA 4QS7A 5I42A 4CHPA 3DLKA 4B3TK 3MEGA 3V9XA 3OYJA 3H3OB 4JKDA 3NDKA 1D9DA 3MK6A 4CF8A 5J1EA 4BRIA 4CGGA 4OX9K 4GV6A 2B4JA 4DG1A 3OBWA 5E26A 4HUEA 2OPQA 4NLBA 1E3MA 4L9QA 3BP8A 5AQVA 4BRNA 3OYGA 3LANA 3RRHA 1S72N 5LMNK 3BZCA 4CJPA 3G71N 3THWA 1C1BA 2P5GA 3O4QA 3CF5L 3AA4A 1ATSA 4ILJA 3VQQA 4GKKK 3B8AX 4DTOA 3T19A 3G6EN 4JK4A 1O9XA 3BGRA 4A57A 1EXQA 1NG9A 2QWQA 4DB3A 2BXMA 3D7EO 1WSIA 2DG5A 3OYCA 2VG6A 3HXMA 2ZD1A 3E9OA 4HHTA 1A5XA 1U49A 3VQPA 3FFKB 5AQSA 4N56A 2G8VA 1WSEA 1NK6A 1EQYA 4KHQA 3DLGA 2W42A 2ASOA 2LQHA 1L3UA 2RKIA 1HYVA 4RW6A 1WN7A 4BY9C 4JKBA 1JLAA 3KD1E 4GDLB 3CM5A 4KH6A 3ZT1A 5AQKA 3PSIA 4DFPA 3VOVA 2E1YA 3MN9A 2Z1JA 5HRPA 1N33K 2HSTA 2RN2A 2JWLA 4CFCA 4CHOA 4ISGA 3G25A 1HLUA 2R7YA 2XRIA 2CH6A 3H6EA 5IWAK 1ZBLA 4EZ6A 4CEBA 3NF9A 3OBYA 4E89A 4FJ7A 1TAUA 1NOYA 4WFAL 4CFBA 3B6PA 4X64K 2HBLA 2V52B 3SUPA 4AHCA 5FUOA 4OKEA 1VQON 3IKMA 4H03B 4FK2A 2XVQA 4WFNL 1S1VA 1QS4A 3R1XA 4EFHA 2DFFA 4XH5A 4LF8K 1E7AA 2FXUA 2G8FA 5H1SQ 4CJRA 3NCIA 1TKTA 4W5QA 4ILHA 3O1BA 4NO7A 4OPHA 1LNSA 2IC3A 2BXAA 1VSLA 1T8EA 2Y1JA 4JKAA 4E7KA 2OZSA 5M1KA 4E1JA 2AJQA 1KFDA 2JLEA 4FK4A 2VGMA 4LFCK 3KIOA 3D45A 4IOCL 5C42A 4FOIA 4L3QA 3CJ7A 2E2PA 4LSLA 5CZ1A 3CXCM 2I2ZA 1CXUA 4ILGB 3E01A 1KDXA 2QTDA 2Z8KA 3OHRA 1GLEG 3TU5A 4ZC6A 1E7FA 3OYBA 3CFPA 3TAPA 2YKMA 3EN9A 2KBZA 2EFHA 3RMCA 1W7AA 2F9TA 3CCRN 1N32K 1U2VA 4IJNA 3OYHA 4WQ4A 4BWJA 4GY2B 3FNMA 1WOQA 3OYLA 3HVRA 4IXCA 3HP6A 4AHSA 3ALYA 3RMDA 4PHTX 2BXHA 2D0BA 1IKWA 4CZJA 3O3HA 3EYZA 5GAHP 3CCLN 1GOBA 3LM9A 1GLCG 3MECA 1YTUA 2FLOA 5JLFA 2IVNA 1HYZA 3MWTA 3MMVA 1K73O 4CESA 3CC4N 5EOYA 2DY4A 3MCAB 4JS5A 2I30A 3SMPA 4W5NA 3QNOA 4C8NA 5AFUH 1NGGA 2VUEA 1OKJA 3TSPA 2IOCA 3IDHA 1X9SA 2VG5A 1XMQK 2UXDK 1VHXA 2E6LA 2V36A 3VENA 4J2BA 3O9QA 1JL1A 4Z0UA 1RT6A 2F8SA 3KK3A 5GADP 4RTFD 1SL0A 3L2QA 5DQFA 1E4FT 2E2NA 1NGDA 3AO3A 4G03A 1J5EK 4ZTFA 4H4OA 4BDYA 5T7BA 4IOXA 3HP9A 4JD2B 1ZBFA 3HBTA 2Q1NA 2Q2RA 4HVJA 3F5TA 3FZHA 4H5NA 3AO5A 2GBZA 4NXNK 1KCFA 1LCUA 4M3UA 3WXIA 3KLEA 2UUAK 3O9UA 4NCAA 1U47A 1YJNN 4FLWA 3VEZA 4BE0A 3EE8A 1L3SA 4ICLA 4FZYA 2P9UB 4BRQA 3EO3A 4OPKA 4B3SK 1T6DA 2XVUA 4BRMA 4CZMA 1KSPA 1D8YA 3MX2A 5JMVA 3RR7A 1RT4A 2X74A 3BDPA 2BXEA 3WHSA 1L3TA 4B1UB 3PX4A 3J7ZO 1G99A 4CHNA 2D1KA 1MM8A 2BXCA 1R59O 3D0PA 3QEIA 3BF1A 4DSJA 2IIRA 4FM0A 1MDUB 2DTUA 3K5MA 4DR3K 3UIVA 3U9ZA 4LA0A 2A42A 5CE3A 1M1KO 4DU1A 1RBRA 3P5JA 5AQJA 1WBDA 1NGJA 1DTTA 4ISEA 4WFBL 1QSLA 2BX8A 3O9SA 1N34K 3PO5A 2VG7A 3ZSQA 4KH4A 4FWMA 5TKWA 4YY3K 3TAMA 4PKGA 3W3DA 3CCUN 1VQNN 3LWLA 1Z26A 3M8RA 3UB5A 2E0XA 4XEIA 4AH9A 4BE2A 2P9KB 4M7YA 3OYDA 3T7ZA 1BU6O 4FWQA 2OZMA 4CCHA 3DLHA 3V1RA 2GELA 4B3RK 3SQJA 3DXMB 1JLQA 1FW6A 3DXKB 5KRSA 4FW1A 4CJ3A 4DTSA 2E88A 4CEAA 2O8EB 4HUFA 2ZQBA 2HMIA 5KQDA 5BRDA 2E4LA 3NH0A 4A5AA 4WQ5C 2K0NA 4CF1A 2BGGA 3VQ6A 5TKYA 3OW2M 1HPZA 4LB9A 5IJ5A 3KLFA 3DJCA 3WXMB 1RBTA 1TF0A 1RBUA 1MUHA 4CGHA 1VRUA 1TKXA 4UQGA 2ROHA 4FWKA 3ZT3A 4AM7A 4DR4K 3MHSB 4Y1DA 3KIKA 2YDFA 5AQNA 3VA3A 1S1XA 1S1WA 3EE9A 4I6MB 3FZLA 2BANA 1T44A 2Q97A 3U4LA 4YOVA 4F4KA 4EP4A 5CYMA 3F73A 3ZX0A 1LAWA 4FJ5A 2NNWA 3C6TA 2W6KA 1NBWA 2FF6A 3OS2A 3IAYA 3LP1A 3P4IA 4LF7K 1C0FA 1MUSA 1P8ZA 4WYBA 4FPAA 3HSTB 3SV3A 4AHTA 4OLAA 2RHKA 3CC2N 1M90O 3H3AA 3AVBA 2KQ2A 4MLHA 5JVGL 3AVMA 3GE1A 1UAXA 3E9PA 3R9PA 3MXJA 5CY4A 5CR4A 2V7ZA 4DFJA 3PSFA 3CCQN 3OA9A 4DHXB 4JRQA 1KAZA 3TSUA 3AVIA 3AGRA 3V09A 3VQ8A 2QWRA 1Q9YA 1SB0A 5AQHA 4I9QA 5BPKA 5IJEA 4ZHRA 4NXMK 4M3YA 2BXFA 1XI1A 2VWBA 1Z05A 4BC5A 3NVMA 1NGAA 5M1FA 1S1UA 3RMAA 1VSDA 4E99A 4M3WA 4E3SA 4NYFA 2XY6A 1RT2A 5BN8A 2H3GX 2X6NA 3VF2A 5J2MA 1ZBUA 4TQ1A 3NF6A 1W97L 1HPMA 3KD5E 4FVUA 3SAFA 5KRTA 1C0UA 2QI2A 4HCCA 3WXJA 5IIXA 5GINA 3HOSA 1RTJA 2HMPA 1KLMA 3SUOA 3DRSA 4FLUA 3SJJA 3CMEN 5GIOA 2ATQA 3LPUA 3VQ4A 4XIUA 4AQYK 4ZCGA 3J81O 3PO4A 2OZBB 3SV4A 1DTQA 1NOZA 4LF5K 4Y0WA 5K14A 4MFBA 4GNIA 1BIUA 4BVPA 3LWMA 4DV1K 2O8FB 3O9RA 4M3XA 4PA1A 3OS0A 1IKVA 1RNHA 1ZYQA 3KWGA 2WC9A 2X6SA 2VWKA 1Z25A 3VEXA 4CK3A 2A5XA 5SWMA 1GLLO 4WE1A 4B9SA 1S6PA 1S5JA 1JCGA 4GV3A 5M1OA 3TAGA 1BUPA 3ENBA 3MX5A 4YOWA 1SS6A 4BRGA 2OPPA 3TAEA 1O13A 5HOZA 1SKSA 2VCPA 3I8BA 5GIPA 2P51A 3L6QA 3RVCA 1GNJA 1E7GA 3VGKA 3UKUB 4DQSA 1EWRA 2I7NA 3LP0A 4PKHA 3TANA 3ZETB 3KKSA 2PBDA 4GDKB 5FDLA 3ZSVA 3O3FA 1HNIA 2DPNA 3IMXA 3L2UA 1RDWX 3ISNC 1NK8A 1RGIA 2P9IA 3PY8A 3TTCA 4O8UA 2BE2A 1YUWA 3D2FB 4KV8A 2LXTA 3VQIA 3TR8A 3AAQA 4CEOA 3HPOA 5I3UA 2FSNA 3VETA 4AHUA 4B1YB 5AQUA 4DCHA 3SK3A 3M8QA 4EMXA 4X66K 1LWCA 3Q7BA 4JHDB 2P9NB 2PZSA 1CZAN 1DGKN 4X65K 1NGEA 1UOCA 3J8AA 3ATVA 2NRTA 5AZIA 2XMOA 4WF9L 2BXKA 5B5TA 1RTHA 1IV0A 3A5MC 4CJ5A 3RWUA 1W0HA 3BY5A 4LC9B 3D6RA 4YOYA 5KTQA 1FJGK 2RPIA 4G9ZA 3C7NB 2B6AA 3VTIA 1TYQA 1ASVA 4I2QA 3TABA 5HRRA 2A1RA 1WLJA 1OH5A 3I0RA 4IBNA 3VQ7A 2NRHA 4DUZK 1BA1A 1N5YA 2E2OA 1IBLK 1NMDA 4H4MA 5AQMA 2A6AA 1BI4A 4B3OA 3KHYA 5FPEA 3ZSOA 1RTDA 5KPZA 3NVKA 1S6QA 4BC2A 1J9AA 4KI6A 2WUSA 4C8LA 4E7LA 3J7AP 1VQLN 4PWDA 1E7IA 3OJSA 3P83D 1MA9A 4XH4A 4KTWA 4C1NI 3NMUA 5DMRA 4C23A 1BQMA 3RMBA 3THVA 3J7YP 3DMJA 2KTQA 5J2PA 1XWLA 2YI1A 4MO4A 3FZFA 4DTNA 3FGUA 1WNSA 5CZ2A 4Z4GA 3VMFB 3DM2A 1JXBA 3CG7A 3ULEB 3IS9A 2O8BA 3U9DA 2A1SA 4U7BA 1LWEA 1HYSA 1BJ5A 4IW1A 3IUCA 1C6VA 2P9PB 5ADXA 3ITHA 3OYNA 2RE2A 3NF8A 3K58A 2CH5A 4Q0BA 2KW4A 3MXMA 3HK2A 1E7BA 3AVKA 3RSEB 4E1MA 4FJKA 4H0PA 3V9ZA 4BC4A 2HF3A 3FWCC 1YITN 3CFRA 3E1YA 5AJ3K 2Z8JA 2ETJA 3I0SA 5DBYA 5SZTA 3KJVA 2AGHB 3VQDA 5IIUA 4FJNA 3SNNA 4B9QA 4BQZA 3LZJA 4IG0A 5A2QO 2O8DA 3WNEA 5AQXA 3K9KA 4IWVA 1NJWA 3SIVB 3V03A 2GUTA 2YKNA 1ZXOA 2QW9A 3E9LA 4RW8A 3VGMA 4FSVA 3ZT4A 4CFDA 1JJ2M 4V19S 4G01A 3FLCO 4B1XB 4B1ZA 1WSGA 2OA8A 1DT9A 3F9MA 2GX9A 4CJQA 1OVYA 3QEVA 4K43A 1NGCA 3OYMA 3SQ0A 1YXQA 3MEEA 4Z4IA 3HT3A 1VSJA 4M3RA 2EWSA 3VQAA 4ELUA 1QTMA 3LDOA 3QINA 3FWBC 1OH6A 1RILA 3CIPA 1LOTA 3CCEN 4F2SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 3T7Z A;  3NVI A;  5GIN A;  3ID6 A;  3NVM A;  3ICX A;  4BY9 C;  5GIO A;  3NVK A;  2NNW A;  1NT2 B;  2OZB B;  3SIV B;  3PLA A;  3GQU A;  3NMU A;  5GIP A;  3GQX A;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JHD A;  2P9N A;  1RDC A;  3TAR A;  2Z1H A;  3CX9 A;  1KVC A;  3LAK A;  4A5B A;  3V08 A;  4CJW A;  3MN6 A;  5FPM A;  4M3T A;  1NMN A;  3QEW A;  1VSI A;  1N5U A;  3QBW A;  4ZTJ A;  4FK5 B;  2ZWH A;  1LAV A;  3C7N A;  1HQE A;  5GAG P;  3V4I A;  3MWP A;  1I94 K;  1SQK A;  4FJJ A;  4DTU A;  2GUI A;  3R8E A;  3KK1 A;  4J2V A;  4Z69 A;  2I5J A;  1MWM A;  4FJ8 A;  4DQQ A;  2KFZ A;  4KB1 A;  1EX4 A;  4W5O A;  2PYL A;  2OPS A;  5C15 A;  1QQM A;  1HNZ K;  3DLE A;  2BXG A;  4JNE A;  1E7C A;  1KAX A;  1TUY A;  5F1X A;  2E0Y A;  4JN4 A;  2Q31 A;  1JCF A;  3G9K D;  3KVG A;  4H0Y B;  4DV7 K;  4KTZ A;  2UU9 K;  1QQC A;  3CCS N;  4JS4 A;  3DOL A;  4BDZ A;  3ZSX A;  2GWK A;  1K8A O;  5JVH L;  3S3N A;  1KFS A;  3HVT A;  1ZBS A;  4C8M A;  3ULE A;  3WNG A;  1VQK N;  4FWL A;  1NJI O;  4O8K A;  3HSC A;  2ZJR L;  1D9F A;  4B9T A;  4CJT A;  4QS8 A;  3M1F A;  4FWS A;  4NYN A;  3O4N A;  1QHT A;  5BPM A;  4DSK A;  3D2E B;  2P9P A;  3MN5 A;  1IH7 A;  4L8U A;  2ZGZ A;  3HM8 A;  1SL1 A;  5IJF A;  4O44 A;  3RSE A;  4BR2 A; 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