2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
2NNWA 3SIUB 1NT2B 3NVKA 3PLAA 3SIVB 3ID6A 2OZBB 3NMUA 3T7ZA 4BY9C 3NVIA 3ICXA 5GIPA 3NVMA 3GQUA 3GQXA 5GINA 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ESVA 1VQLN 2G8IA 3C7NB 1C6VA 3RRHA 1HNVA 3HVTA 1UA1A 2P9IB 3O9TA 4JK9A 3SLCA 3L8BA 2P9UA 2E6LA 1NJWA 1T3VA 3O3GA 2D1KA 1X1PA 2YNFA 1MA9A 1LOTB 2JUHA 3VQAA 3NF7A 1N5YA 3AVGA 2O8EB 4FLYA 2OANA 3W1SA 4O5FA 4YDUA 2OTJN 3C6AA 1TYQB 2BH1A 1RTIA 3KHYA 4A5BA 3S9HA 1X3MA 1GLLO 1A5XA 5C2DA 1U48A 2HSTA 3T1HK 3OYLA 1JLGA 1W7AA 5HRRA 4O44A 2ZE2A 4X66K 3SQ0A 2JGUA 3ZT4A 3VTIA 3CCUN 5EXWA 3L0QA 4X62K 3DXKA 3AV9A 4MBEC 4FJMA 3MWTA 4V19S 4NLCA 2CH6A 2Z1GA 3QICA 4LUFA 1S9EA 3HSTB 2FBYA 3NDKA 3P5JA 4DCHA 4DR5K 3O80A 2P9IA 1K8KB 3I0SA 2BANA 3VERA 1LOTA 3PY8A 4FCYA 1W97L 2E2OA 5IT9O 1GOCA 3KJVA 2O8EA 5DBYA 2ITGA 4CJEA 1C0GA 3VF2A 1WB9A 5BN9A 1XUPO 1S5JA 4Z4IA 3A8YA 3U3YA 2E1ZA 4CBWA 1L3UA 3T3FA 1IBKK 5H1SQ 2HVIA 4F5UA 1N5UA 4W5OA 3DJCA 3SQ2A 4KV8A 2XVWA 5E41A 3IRXA 3CETA 4IZ9A 2QWNA 4TSXA 3MCAB 3M8QA 4CFAA 1NK8A 4J2BA 4ILHA 2KFNA 4RW9A 4AM6A 3U3GA 3HI0A 5I9EB 3IDHA 1K8AO 4DR7K 4BRCA 4E7JA 3VGLA 3V6DA 3ZSXA 4DMNA 5HOOA 2A1SA 3BP8A 1SKRA 2UXBK 2E0XA 3ZYYX 1TF0A 1JXEA 4EP5A 3NMUA 4CGHA 1WSEA 5JVGL 4FLXA 1HK5A 3DXMA 1D4XA 2FF3B 4DV5K 3HJFA 1BJ5A 4RWTA 4IOCL 3QEPA 1WBBA 4DTNA 4C8NA 4EFHA 4FK0A 3WXKA 5GIOA 4FLWA 1TKXA 2E20A 4B3SK 4M3XA 2PFUA 4FJHA 3M1FA 2HMIA 1BHLA 4EP4A 3L4IA 1IG8A 2XMOA 3SUNA 1U2VB 4JK8A 1NK7A 4OVLA 3L2VA 4QS7A 3NAEA 5HL7L 4AILC 4I9LA 1NGDA 4YORA 4CECA 2HVHA 1NK9A 1E4GT 3NFAA 3KZBA 3VN5A 1HK1A 4FVMA 3O4QA 2I5JA 5KI6A 3TAEA 3UKUB 3H08A 3RMDA 3I0RA 4I9QA 4CJ5A 4FSVA 1ILYA 1NJIO 3T69A 3T1YK 4JI0K 2O8FB 3MMVA 3TU5A 2E2QA 3B9MA 3ENHA 1B9FA 3PSIA 1HYZA 3CC4N 3ATUA 3MXJA 4FK5B 3MHHB 4OR0A 5DMRA 3E66A 1E7EA 4B8AB 2EWSA 3A75A 3LL3A 4Q5VA 3ATVA 2IOCA 1YTAA 3UIQA 2A1RA 1RDCA 4M3RA 1TAUA 1TVRA 2FC0A 3E9PA 2P9PA 1FK9A 3HP6A 2AJQA 5BRFA 1KFDA 3VEWA 3O1BA 5FRMA 1ITGA 3M3ZA 1ZBHA 3CIPA 2D0OA 4N47A 1JCEA 1RDDA 1C1CA 2OT3A 4GDLB 3C6HA 1TV6A 2F8SA 1K9MO 5AFUA 4E99A 4G03A 1KXPD 3SZ2A 4B9NA 3D6RA 3SAHA 5J2QA 3LM2A 3SV3A 3LDPA 4DU4A 3FZKA 2ASMA 3V9WA 1TL1A 1JJ2M 4BRKA 3IKMA 2Q0UA 4EIAA 3V9XA 3RSEA 1LWEA 5DM6L 1RILA 3CCLN 5KGXA 3HXMA 2DBWA 1P90A 4BROA 4CJKA 4KTWA 3GQUA 4FYDA 2QWPA 4CHNA 4DFKA 1NGJA 2GUTA 3AY9A 1NNEA 3AVMA 4WCEL 2DFFA 4ZUXV 4XH1A 5JMVA 3VQEA 4Z4HA 3VGKA 5AQFA 3U9DA 2BGGA 2BXNA 2Z8KA 5IJEA 1NT2B 4GKKK 1SB0A 4OT2A 4GG2A 4DSLA 3MK6A 3LP0A 2YNGA 1D9FA 1IKXA 3C6UA 5CYMA 3EYZA 3QIPA 2Y1JA 2G8HA 2QI2A 4JKDA 3V9ZA 1UA0A 3MEDA 1Z05A 2AGHB 4BR4A 4WFNL 4KI4A 5AQUA 3MHSB 4C1NI 4KH4A 4JAXA 3EEQA 4FJ5A 2YI1A 4PWDA 1L3VA 4NB4A 4NO7A 1W9HA 3LDQA 3TAFA 3P31A 1NBWA 1NGIA 3UKRB 4BR9A 2GTDA 2P9LA 1B9DA 1BA0A 2F9TA 4FWNA 1NLVA 3DI6A 3RMAA 3CCQN 5AQVA 4DQIA 1NM1A 3SMSA 4FWLA 1HUXA 1IJJA 2BXIA 2QA4N 4DTOA 3HT3A 2EFHA 4DSIA 3BUZB 3NGZA 1YIJN 4LB2A 4CEBA 3FZFA 3OYHA 4LFAK 2FBVA 4E1MA 2P1JA 3K2PA 3P39A 4CESA 3QEXA 3UB5A 3D2FA 3NH0A 4FOEA 1IH7A 2G8WA 4Z4GA 4FO0A 1YXQA 4FM0A 4HUGA 4CZLA 1HKCA 1BL3A 4KTQA 1RFQA 4Z4CA 5AQKA 5I42A 2Q0RA 2GBZA 2WUSA 2LSNA 1S1WA 3OYFA 3VF6A 4F9OA 4B3OA 1X9SA 4B1WB 4L9QA 3J7AP 1UORA 4A57A 4YOUA 3TDLA 1H9ZA 3N4QA 4N5SA 3V9SA 4DFMA 3UKRA 5IWAK 4A2BA 4DR6K 4FJLA 4LFCK 1MUHA 3AGRA 1JXBA 2GX9A 3O9SA 2BX8A 1C0TA 1BO5O 4FK4A 4B9SA 3KIOA 1EO1A 4OTTA 5M1KA 4FJJA 3V4IA 1WN7A 3TAQA 2BXHA 3WHSA 1QQNA 2V7ZA 3AVJA 3NGYA 4N0UD 4LF9K 1S6QA 3RMBA 5IFOA 4OGEA 3VQ9A 3CERA 2Z1IA 3AA4A 3QB0A 2ZM6K 4AM7A 2BXLA 2OPQA 1JL2A 1IKWA 4FWMA 4I9OA 3V1RA 2E1YA 3D2EB 4K42A 4DV4K 1LV5A 3K59A 4BWJA 3DLEA 2EHGA 3HVRA 4WQ4A 5AQOA 3ZSQA 4Q0BA 5IJ5A 5IIHA 3OYEA 4KH6A 2WTUA 4DU1A 4DG1A 5B5TA 4CFCA 2ZQBA 5AQTA 4FM2A 1R59O 2E2PA 2KWFA 5CZ1A 4GV6A 4KHUA 3HPOA 2I7PA 4DQSA 3DLKA 1DKGD 1XMQK 2OPRA 1HJOA 4LUHA 3O4WA 1VSJA 1VQKN 3H3AA 1HPZA 4BC4A 5BPMA 5DK5A 1RTHA 1I94K 5AQLA 2QWOA 3NH1A 1KC8O 4OKJA 4KAZA 3GA9L 4E1JA 4GDKB 3EY1A 4H0PA 1E7FA 1S72N 2BXKA 1E7AA 2RE2A 3OBWA 4JKGB 3OYJA 3CM5A 3NVMA 5AQSA 1VSEA 3SJHA 3J80O 3R9PA 3RR8A 3ZSVA 4KHYA 2KFZA 1XI1A 4IFYA 4FJGA 4CJTA 1ZBFA 2BXAA 3KLFA 4PKHA 3ZSYA 3T19A 2HHSA 2HHUA 4CJVA 3ZT0A 3THYA 3SQ4A 5LL6Z 3JAMO 3MCPA 4C8OA 4WFAL 3CCEN 3LZIA 1BM0A 5IIXA 3CJ7A 1JCGA 4YOXA 4YOYA 3NE6A 3OW2M 2AA4A 1YI2N 4MLEA 1RTDA 3OTOK 5KQ8A 1MIWA 1REVA 3WXJA 5FUOA 2HF3A 4BQLA 1G15A 2I7NA 4JI5K 1NKCA 1VQNN 2HHQA 5C24A 2B5JA 4DSFA 4DSEA 1RBVA 1RT1A 3TANA 4FL9A 1KAYA 3O5BA 3L2WA 3KLIA 1S1TA 4WQ5C 4OKKA 2A6AA 4FLVA 4G04A 5CR4A 1SUQA 1VQ4N 4WFBL 1J78A 3AAQA 3SUPA 3CHWA 1ZXOA 3O8MA 4E7KA 4LH4A 4K43A 2DFHA 3UE5A 3E9LA 1T03A 1BUPA 3V1OA 4FIPB 4F3TA 4DQ8A 4KB0A 3KJLA 2XRIA 4O0IA 2VGMA 3Q7CA 4JD2A 1ATRA 1LAVA 4DF8A 2V52B 3H3OB 1Q9XA 4JI6K 4FPBA 2BXOA 4MFBA 4CBXA 3ZX2A 1OKJA 3B8AX 2DBXA 4JLHA 2VUFA 4UQGA 2YKNA 1O1WA 1HRHA 1YF5L 4DFPA 2OPPA 3ZX0A 5M1OA 2D0AA 4BC3A 4KHWA 1KAZA 1MIYA 2J4RA 3DLGA 3ENBA 3HTVA 2BTFA 3KKRA 5HRPA 3CJBA 1QHTA 4DTRA 4R79A 3SBGA 4BGBA 1I3AA 1Q18A 3V03A 3V81A 1XWLA 2HB5A 1UAXA 3LALA 2KZZA 3CFOA 4CK1A 4OPKA 4JS4A 3KTQA 3ENOA 3V09A 1KD1O 1KVCA 4BR7A 5C12A 2RPIA 3HO1A 3FGUA 5C42A 2YKMA 2W6LA 1T44A 2X78A 5HOZA 1IBMK 3AAPA 5BREA 3ALYA 2O8DB 1SS6A 1ATSA 4Y0WA 5AJ3K 4B1YB 3AVCA 3DRPA 3SPYA 5AZJB 3FWBC 3PUFA 4K41A 5J2MA 1S3XA 1WAJA 3CMEN 4S1YA 3QBWA 4RW7A 3CF5L 5C0YA 1VSMA 4IEEA 2FSNA 4CF1A 1TKZA 3QEIA 2HBMA 3QLHA 3AVLA 1RDWX 1NGEA 5C25A 3CJCA 1FKOA 3W0LA 1Q8IA 4ID5A 4B1XB 4N3ZA 3SQ1A 4AF1A 2P9SA 1L3TA 4UY8O 3MX5A 2LXTA 1QVGM 4B9LA 3FZMA 2F4VK 4ISEA 1VRUA 1QSSA 5D7GA 4BE2A 1T05A 1ASUA 3LU6A 3IS9A 1K6YA 4RW6A 1YVNA 3S3NA 3A5NC 4CFDA 2VWBA 2NRRA 4JI8K 4BDZA 2VDBA 3O9QA 4DQQA 4ZBKA 2QMCA 4Z94A 4M63C 2D0CA 1KW2A 4FLZA 4BRFA 5M1FA 3O3FA 3KD5E 4FJCB 3ID6A 1VQ6N 4H5RA 3OY9A 4HGKA 5J1EA 1IG9A 1HK4A 2A40A 3QEWA 1EETA 1JL1A 4DV3K 1E7IA 2FSKA 1IV0A 2GEMA 3AVFA 4ISGA 3VEZA 1YJWN 1TUUA 2A5XA 3QESA 4KHQA 4B1UB 3WHRA 1JCFA 2F8TA 3WXMB 5HROA 4CJPA 4HUEA 1XC9A 4JI4K 4MO4A 1WSFA 3OVNA 3H1QA 3SAFA 4FPAA 3C7NA 4RG8A 4FJIA 5TKWA 2XW0A 4CHPA 5M1PA 5M1NA 3U6FA 2WFBA 2KLAA 4DV7K 3CG7A 3G6EN 3CCRN 4ICLA 1BIUA 3V1QA 1KCFA 3I56N 1VFIA 4BDYA 1FXXA 1Z6RA 5KPTA 3OS0A 4HCBA 2D0BA 4DF4A 3H1VX 2UYTA 1NMDA 1TYQA 2XY6A 3RMCA 1QE1A 2KW4A 4PA1A 3KLHA 4DS5A 2EFEA 4BY9C 4CGGA 1S1XA 5KPZA 4FLUA 2RKIA 3BZKA 1QHAA 4IOAL 5ELZA 4OJRA 2OYQA 5GINA 3DRRA 2FSJA 2BDPA 3CCMN 3B6PA 2VG7A 2IS3A 3CJ9A 1E7HA 5JLHA 1NKEA 3C95A 3OYCA 2X74A 1Q81O 1KQSM 1G99A 4CZKA 3LWMA 3QMLA 4CCHA 2QM1A 1NK4A 3L3UA 2LOQA 4BREA 4PQUA 1EWQA 2P9NB 3R6MA 5FLXO 2ZGYA 1A5WA 2YJEA 4FK2A 3G25A 2Q3SA 4K8XA 3C65A 1HNWK 3WNHA 3PIPL 1K8KA 3EN9A 1WLJA 1GLFO 1VSDA 4YDUC 1RDUA 4JI7K 4H0XB 5C15A 2EX3A 3KK3A 3AGKA 2IAJA 5AFUH 3KK7A 4PHTX 1NK0A 3VESA 1X9MA 5CE3A 5EU7A 3G10A 4W5TA 3CQ8A 3SI6A 2RHKA 3QNOA 2VCPA 4DR4K 3TR8A 3VQDA 3G0ZA 1N8RO 2HF4A 3OS2A 4NCBA 4ZCGA 2XY8A 2IVNA 2FXUA 4BDPA 5AQIA 1BWFO 2QWRA 1BCMA 1MU2A 5KTQA 2AP1A 1RT6A 2GWJA 1WOQA 4FJNA 2CGLA 4E89A 1JLFA 2HNDA 3GE1A 3P83D 3SIVB 4EMXA 3U9ZA 3KWGA 3S3OA 4BGAA 1VSFA 2VWJA 4IDKA 3I8DA 4QOZB 5AQHA 3KIKA 4OPHA 4KB1A 2QEXN 4C8KA 4FZYA 2HHXA 2DY4A 3EZWA 4DV0K 2YHBA 5KGWA 2ETJA 3JQZA 4CZIA 1DEJA 3CCSN 1NGFA 3VPZA 1ZC6A 3ECPA 2OZSA 5CY4A 1YAGA 5J2NA 4BR5A 4OLBA 2ZJRL 1DGKN 3H37A 3EKUA 4I7FA 4PUOA 1KRPA 3OBYA 3JYTA 3GG4A 2LQIA 3O08A 4M3WA 4DV6K 3TPQA 1E4FT 4C1NK 4BRAA 2UUBK 1X9JA 2BXQA 5BPLA 1C0FA 3LAKA 1U2VA 2QKKA 3K9KA 4CJFA 1KDXA 3VOVA 4QS8A 2QWMA 3HOTA 3A2FA 2CGJA 3L2QA 3CC2N 5AQZA 4IWVA 4JI1K 1KTQA 1QS4A 1TKTA 3NBPA 1WSGA 4M7YA 4H4MA 1H1VA 2OTLN 3N4PA 3UKUA 2P51A 4AHSA 3AO1A 3DYAA 4DKWA 3OJSA 4L8UA 4IBNA 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1YUWA 1X3NA 5C10A 5JVHL 5MLCQ 4FVUA 4FWOA 3FZLA 3WUHA 2F9WA 3A5LC 3SJHA 5GAGP 2IVOA 3R9PA 2P9KA 2W41A 4EAHD 3F5TA 3EE9A 5GAEP 3FZHA 4FWKA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NNW A;  3SIU B;  1NT2 B;  3NVK A;  3PLA A;  3SIV B;  3ID6 A;  2OZB B;  3NMU A;  3T7Z A;  4BY9 C;  3NVI A;  3ICX A;  5GIP A;  3NVM A;  3GQU A;  3GQX A;  5GIN A;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ESV A;  1VQL N;  2G8I A;  3C7N B;  1C6V A;  3RRH A;  1HNV A;  3HVT A;  1UA1 A;  2P9I B;  3O9T A;  4JK9 A;  3SLC A;  3L8B A;  2P9U A;  2E6L A;  1NJW A;  1T3V A;  3O3G A;  2D1K A;  1X1P A;  2YNF A;  1MA9 A;  1LOT B;  2JUH A;  3VQA A;  3NF7 A;  1N5Y A;  3AVG A;  2O8E B;  4FLY A;  2OAN A;  3W1S A;  4O5F A;  4YDU A;  2OTJ N;  3C6A A;  1TYQ B;  2BH1 A;  1RTI A;  3KHY A;  4A5B A;  3S9H A;  1X3M A;  1GLL O;  1A5X A;  5C2D A;  1U48 A;  2HST A;  3T1H K;  3OYL A;  1JLG A;  1W7A A;  5HRR A;  4O44 A;  2ZE2 A;  4X66 K;  3SQ0 A;  2JGU A;  3ZT4 A;  3VTI A;  3CCU N;  5EXW A;  3L0Q A;  4X62 K;  3DXK A;  3AV9 A;  4MBE C;  4FJM A;  3MWT A;  4V19 S;  4NLC A;  2CH6 A;  2Z1G A;  3QIC A;  4LUF A;  1S9E A;  3HST B;  2FBY A;  3NDK A;  3P5J A;  4DCH A;  4DR5 K;  3O80 A;  2P9I A;  1K8K B;  3I0S A;  2BAN A;  3VER A;  1LOT A;  3PY8 A;  4FCY A;  1W97 L;  2E2O A;  5IT9 O;  1GOC A;  3KJV A;  2O8E A;  5DBY A;  2ITG A;  4CJE A;  1C0G A;  3VF2 A;  1WB9 A;  5BN9 A;  1XUP O;  1S5J A;  4Z4I A;  3A8Y A;  3U3Y A;  2E1Z A;  4CBW A; 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 3H08 A;  3RMD A;  3I0R A;  4I9Q A;  4CJ5 A;  4FSV A;  1ILY A;  1NJI O;  3T69 A;  3T1Y K;  4JI0 K;  2O8F B;  3MMV A;  3TU5 A;  2E2Q A;  3B9M A;  3ENH A;  1B9F A;  3PSI A;  1HYZ A;  3CC4 N;  3ATU A;  3MXJ A;  4FK5 B;  3MHH B;  4OR0 A;  5DMR A;  3E66 A;  1E7E A;  4B8A B;  2EWS A;  3A75 A;  3LL3 A;  4Q5V A;  3ATV A;  2IOC A;  1YTA A;  3UIQ A;  2A1R A;  1RDC A;  4M3R A;  1TAU A;  1TVR A;  2FC0 A;  3E9P A;  2P9P A;  1FK9 A;  3HP6 A;  2AJQ A;  5BRF A;  1KFD A;  3VEW A;  3O1B A;  5FRM A;  1ITG A;  3M3Z A;  1ZBH A;  3CIP A;  2D0O A;  4N47 A;  1JCE A;  1RDD A;  1C1C A;  2OT3 A;  4GDL B;  3C6H A;  1TV6 A;  2F8S A;  1K9M O;  5AFU A;  4E99 A;  4G03 A;  1KXP D;  3SZ2 A;  4B9N A;  3D6R A;  3SAH A;  5J2Q A;  3LM2 A;  3SV3 A;  3LDP A;  4DU4 A;  3FZK A;  2ASM A;  3V9W A;  1TL1 A;  1JJ2 M;  4BRK A;  3IKM A;  2Q0U A;  4EIA A;  3V9X A;  3RSE A;  1LWE A;  5DM6 L;  1RIL A;  3CCL N;  5KGX A;  3HXM A;  2DBW A;  1P90 A;  4BRO A;  4CJK A;  4KTW A;  3GQU A;  4FYD A;  2QWP A;  4CHN A;  4DFK A;  1NGJ A;  2GUT A;  3AY9 A; 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