2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3NVIA 2NNWA 3PLAA 5GIPA 5GINA 3NVKA 3NMUA 2OZBB 3T7ZA 3SIVB 3GQUA 1NT2B 3ICXA 4BY9C 3ID6A 3SIUB 5GIOA 3GQXA 3NVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4OA 5SZTA 3P5JA 2Q31A 5J2NA 3PLAA 3AO3A 1IKXA 1UOCA 1BL3A 5C15A 2HNYA 5LY3A 2HF3A 5TKYA 1EXQA 3M5RA 2OZMA 2KKZA 4B1VA 4B9UA 1RT2A 3OY9A 4JI5K 4CIEA 3OTOK 4FJHA 3ENBA 3O4QA 2BXDA 4BRCA 2QHBA 4DFKA 4FK2A 2NRXA 3AVCA 2O8EB 3MEDA 4M3UA 3FZMA 2NNWA 5M1QA 4G01A 3FWCC 3H08A 1RT3A 4CHZA 3KJLA 4IOXA 4JKCA 1T8EA 2YNHA 3D6RA 4B9VA 4FK5B 3AA2A 1NLVA 3I0SA 5E41A 1GLCG 3AO1A 4OPJA 4B1WB 3CI5A 3SPZA 3MAQA 4CFDA 1T7PA 4C8MA 1NGIA 4HVJA 4JHDB 3KTQA 5BRDA 2FBTA 3NE6A 1CZ9A 3ZT2A 4CJWA 1BIUA 3LL3A 3SAHA 3D2FA 4IEEA 1XQSC 2VG5A 5SWMA 3CG7A 5AQHA 2Q0RA 4KHSA 3WQUA 3UKRB 1X9JA 2HMIA 1C0TA 3OYAA 1N5UA 5DQFA 4JI8K 2V51B 4A57A 1TKTA 1YXQA 4CW7B 4YNQA 2KW4A 3ZEUA 1RTHA 1FW6A 3TAMA 4A62A 2XMOA 2EFCA 4BRDA 4CEEA 3CHWA 5AQPA 1HLUA 3SBGA 4DV7K 3K5OA 3CC2N 5AZJB 2EWSA 3QINA 4KPYA 2IVOA 1IG9A 4XH5A 3DYAA 2YKNA 4B3SK 1NGBA 5M1PA 4JK4A 1N36K 4GV3A 4FZYA 2Z8IA 3VQ8A 4M3XA 3DJCA 3CCLN 4IW2A 4K42A 4CJ5A 2YJFA 4PKIA 3TTDA 4CEZA 4KHQA 3EYZA 4CEOA 2O8BB 3LDLA 1AO6A 4GVEA 3ZSWA 4A2AA 1T6CA 3O80A 3NGZA 2WTUA 3CX9A 4CF0A 3ZX3A 4AHRA 1KAXA 4M3TA 3A5OC 3AV9A 4C23A 2YHYA 2E2OA 2QWNA 3ULEA 3O5BA 4LF4K 3ZT3A 2UXDK 1I39A 4GDXA 1IBMK 3KD5E 4IKFA 1WUAA 3LAMA 3MN5A 2P9IB 3THYB 4BVPA 3ZYYX 1N6QA 3OYDA 3GA9L 2VDBA 1K6YA 3LU8A 3M3ZA 3WNFA 1ASVA 2O8DA 4G9ZA 3S3OA 4O55A 4FLXA 1D4XA 4TSXA 5E26A 5HBMA 4CEAA 3R8EA 1HPMA 3E9PA 4CZGA 2DBWA 3GE1A 3W0LA 4JS4A 4B8AB 3RVCA 3TAEA 1NNEA 2GTDA 4OGEA 5H1SQ 3DLKA 1SL0A 4B3TK 5BPLA 4M3RA 4JS5A 4CFAA 4K0KK 4FJIA 3CQXA 3FWBC 1TGOA 3VQBA 4E1JA 4QS7A 1C0MA 1KXPA 3G10A 4TQ1A 4HTUA 1T3VA 3KK1A 2P9KB 5CHIA 3SUQA 4L8UA 2UYTA 3QBXA 3CCSN 1UA0A 4JD2A 3UIQA 2OZSA 2LSNA 3THVA 3VEVA 3O4WA 2RHKA 2O8CA 3U8XA 4DTSA 1ESVA 1KW2A 4FLYA 1Q9YA 5HRSA 4LFCK 1H9ZA 4N3ZA 2ZWHA 4B3OA 4KB0A 3CFRA 4ZUXV 2HHUA 1IG8A 2BDPA 2ZQBA 4LF9K 3DXMB 5JLFA 2GEMA 4MLHA 2YX6A 4OPHA 1KD1O 2JWKA 3HVRA 4QOZB 3V1RA 1GNJA 3FR0A 3S41A 2D1KA 4EFHA 4Z0UA 1I94K 4H5VA 2OPPA 1ZBSA 4JI3K 1Z6RA 1N33K 1GLFO 3OYLA 3H1VX 2ZF5O 3LM2A 4Y1DA 2A6AA 4MDBA 4CJSA 4FW1A 4JEPA 5TKWA 3AAQA 1KFSA 2KTQA 2HSTA 4GMJB 1VQPN 3KLGA 1BU6O 1ASUA 5M1KA 3GDQA 4DQSA 3V1QA 3WXJA 1FK9A 1HNIA 4Y1CA 3JRYA 3ECPA 4A59A 2IIRA 1Q82O 4OLBA 1GLAG 4CJRA 5KTQA 3P1GA 2NLXA 3WUHA 1F21A 4X64K 3H3NO 2QI2A 3U3GA 2OPRA 4PWDA 3OVNA 3U3YA 1E7CA 4CF2A 1VQ7N 1C0FA 1TF0A 4FWRA 3VQDA 1U2VB 1X1PA 3VEXA 4DSEA 3CJ7A 4NO7A 1VQMN 4FWPA 1JLGA 3KVGA 3G6EN 3CJAA 3L2UA 1OKJA 3KK2A 2QMCA 1JLBA 2YV0X 4CFCA 1SKWA 1HMVA 1BI4B 3C6TA 4LC9B 1KC8O 3FZFA 1VQKN 3W3DA 2D0OA 4FK0A 4DSLA 2HHVA 4Z4CA 3L3UA 4CZMA 1YTUA 4PKGA 1SV5A 3RRGA 1XHZA 1YAGA 4KREA 1RT1A 4KB1A 4CJ3A 3DLGA 4B1ZA 4AHUA 3LDQA 2GX9A 4KTQA 3MEEA 4ELVA 2V7ZA 4DSJA 1DTQA 3L3VA 4Q5VA 5AZIA 4CJPA 1U48A 2KBZA 2ETJA 2WONA 3THXA 4DV3K 3SI6A 3TSPA 1E7FA 3EZ5A 5AQLA 4BGAA 1LWCA 2XVUA 2EHGA 1VSEA 3FNMA 3VF2A 1W9HA 2E88A 3PO5A 2P9UA 4CCHA 2YNGA 1NJXA 3EE9A 4IG3A 3WNGA 2NUBA 4K41A 3VA0A 2F96A 4PUOA 4DLEA 2YDFA 4W4UB 3R3LA 4FJ7A 3RSEB 3MN7A 5C24A 3LWMA 3OHRA 5GHKA 4LY7A 2P9NB 3HVTA 3VA3A 5M1FA 1JCFA 3AAPA 2HB5A 5AFUA 2DTUA 2VQEK 3VQ7A 2BTFA 4IXCA 1FOUA 1GLEG 3VQQA 2RF2A 5FPDA 1BQMA 4GVMA 1SKSA 5AQGA 4HCCA 2RPIA 3M8PA 2E2PA 3GL1A 1SL2A 4ICLA 5C2FA 4DU3A 1ZYQA 4N5SA 4X65K 1DTTA 1KAZA 3RTVA 2HHQA 2E2QA 4DR1K 4M3YA 4HTLA 1MWKA 4KHWA 3FGUA 4CE9A 4LUHA 3TTCA 5AQKA 2HBKA 4YOTA 1KVBA 4DV5K 5LMUK 4G1QA 2P9PB 1S6PA 5I3UA 2B4JA 4MO5A 3QIPA 1HR0K 4YOWA 4IFEA 1KTQA 1BOTO 1RT4A 4MBEC 3P39A 5CYMA 2HBJA 4L3QA 1HPZA 2OPSA 2YHBA 1KFDA 4BGBA 4F9OA 1LW2A 3HPOA 1QVGM 2HHWA 4FL9A 2Z8KA 1S9GA 1JCEA 5AQRA 4CD1A 3CXCM 5HOZA 3QEXA 2PYJA 4ZTJA 2WOMA 4JHDA 1YVNA 4AHVA 1FJGK 4DUZK 3TAQA 4FYDA 3NF6A 2QWLA 2E6LA 1GLLO 4BR4A 1OH8A 2HF4A 3BGRA 2UUCK 3DRSA 2P9SB 4OT2A 1JJ2M 3T1HK 2D5RA 4BR2A 4KHYA 2E1YA 3T1YK 3DRRA 3ID6A 4DWIA 4F5TA 2XY6A 2F8SA 3AGRA 4ZBKA 4B1UB 1NGDA 3CCQN 2GWJA 3V9WA 3WXIA 1RDAA 3CJ1A 3KWIA 3V03A 2ZJPL 1S72N 2Z1HA 3NHGA 1WBBA 4O0JA 3VEOA 4BR7A 5AZJA 4OO1J 2QWPA 5BREA 3RMBA 1L5UA 1RT6A 2FBYA 4CEQA 5IIXA 1BISA 1FKOA 4B08A 3HL8A 2QW9A 3K5MA 4Z4FA 4A5AA 2KQ2A 3O8MA 2XW0A 3ZSYA 1SS6A 1TAQA 3IDHA 4B3RK 1NBWA 4ELTA 2IAJA 1M1KO 4JKFA 1EP4A 4BRNA 4DTMA 3AVAA 4LF8K 5KI6A 3KJVA 2FF3B 4DSFA 4BRKA 1HK2A 3QERA 1LNSA 2XY8A 1T03A 4ILJA 4H0PA 3VGMA 1H1VA 1MUSA 3T19A 3EN9A 4OGCA 3C0BA 3LM9A 4DV2K 3GBTA 4AHCA 3SCXA 1ITGA 1NGCA 4LFBK 2Y1IA 4J2DA 3QO9A 4CZHA 4ZBQA 5ELZA 1NGJA 4RG8A 3S3MA 2QWRA 1KDXA 2P9IA 3ENOA 4CK3A 3THYA 4DV4K 2QM1A 4DLGA 3TU5A 4FLZA 5AQQA 2QXLA 1BA1A 3CIPA 3CCMN 1E3MA 3SJHA 1TUYA 4EHUA 3WHRA 1HRHA 4KFBA 1MUHA 4I9QA 1IKVA 1L3SA 3CJBA 1J9AA 4FJNA 2HMPA 2BXGA 4IG0A 1VQ9N 2DBUA 2I2ZA 3LZJA 4EAHD 4E0DA 4JKDA 4DR3K 1E7EA 1TKDA 3GOIA 3JQZA 3Q7BA 4LD0A 4KTWA 3CMAN 2VYPA 3K2PA 1HKBA 3ISNC 1KSPA 3HO1A 3EEQA 1ATNA 4LH5A 1C0GA 1HK3A 4WA6B 4EMXA 3LWLA 1TK8A 3K5NA 2P9KA 1NGHA 2WBNA 2I7NA 1YITN 2B5JA 1BJ5A 4RWTA 1T05A 1YVUA 1ZBHA 4S1YA 4BRFA 3TPQA 1Q86O 4NAWB 4DF8A 4B1YB 1HQEA 1U45A 3DXMA 2XY5A 5B5TA 5C42A 5J2QA 3SIVB 4BRPA 3NCIA 5GAHP 4BG8A 2HW3A 3AVKA 1D5AA 2IS3A 2WC9A 3QEIA 3DLEA 3ALYA 1LV5A 1EO1A 4W5NA 3OYNA 1DGKN 3P38A 2GELA 5F2RA 5DM6L 1LCUA 2X78A 4FWSA 4JN4A 3OYMA 3C6AA 3PX0A 1KRPA 3OJSA 5EXWA 1HYSA 3DXKA 4CZJA 4CGHA 1TYQB 3NVMA 1O1WA 2KHOA 4DU1A 1NWKA 3ZX0A 2W6KA 2YJEA 5AQZA 3BPJA 3MK6A 4NB4A 1EWRA 3C7NB 4CBUA 4DSIA 4OPAA 2E8AA 4PKHA 2YNFA 2H3GX 3RMDA 3A2FA 1HNVA 1SQKA 4KH6A 1A5WA 3CQYA 4DHYA 3CCEN 3MECA 4WYBA 2PYLA 1RBUA 1VFIA 1REVA 1VSMA 2ASPA 4O5BA 5HRPA 2W6LA 3B6OA 5AJ3K 4B3MK 1SB0A 1U2VA 3OS1A 3O3HA 2BXFA 3ITHA 1TL3A 4B9TA 5DK5A 2FSJA 5AQIA 4CF9A 4FM2A 5KPRA 2BXIA 4IJAA 1QTMA 4PQUA 3EKUA 3EE8A 1HX1A 5KPTA 3AVGA 5HL7L 4CBXA 1ZXOA 3CMEN 4E3SA 3I8BA 2EX3A 2GUIA 4HUFA 4BE1A 4YOVA 1JL1A 3CFOA 4BR5A 4XH1A 4BKEA 4BACA 1QZ6A 3DOLA 3ZLJA 1VRTA 4O4GA 4MLEA 4CGIA 1VQ4N 3DLBA 5GIPA 4F5UA 4DG1A 1NK7A 3TDLA 3VOVA 3MHHB 1RTDA 5HRRA 3VQ5A 1MIYA 1OVYA 4DTRA 3QEVA 2HNDA 5AQNA 1NOYA 1WSFA 2CH6A 5CY4A 3VEYA 2E0YA 5BR8K 2BXBA 3VQ4A 1QQOA 4E1MA 1NKEA 2CH5A 2DY4A 1DKGD 4XH4A 1S9EA 3E9OA 3WQTA 3HSTB 3TABA 3SPYA 1WOQA 3SMPA 3RSEA 1BG3A 4DS5A 3VQAA 4DFJA 4KAZA 1FKPA 2BXPA 3P31A 3VN5A 1RDCA 4LH4A 1K8KB 3L2RA 3H46O 2FSKA 3PSFA 1DT9A 1QSSA 1ZC6A 2GBZA 2QWMA 3MWPA 1J5EK 3NH0A 2LQIA 4J2EA 2FC0A 4H4MA 4LSLA 3TTFA 3OYHA 4RCHA 5KRTA 1J78A 3EKSA 5J2MA 2OA8A 3H3OB 2F8TA 3JXUA 4Z69A 3A0IX 3DI6A 2O8FB 3NH2A 1K9MO 5E84A 4B9MA 3P83D 2P5OA 3I33A 4FJ8A 3DAWA 1IJGA 2BXEA 2OPQA 1NK6A 1R59O 2FXUA 5BR9A 1J6ZA 2GUTA 1TKXA 1U04A 3JS6A 4E7LA 1WB9A 1BCOA 1CZBA 1YJWN 1QZ5A 3HPHA 3J7ZO 1HNWK 1CLQA 2P9PA 1GLBG 1GLDG 5KPZA 4A2BA 1MA9B 3B9MA 4WFAL 5JS1A 3QNOA 3J7YP 1NGGA 1V4SA 3ENHA 3LALA 2IVPA 3QB0A 3OYFA 3HPGA 2FF6A 1YF5L 2HHXA 5KGWA 2VGMA 1LAWA 4R5PA 3CYMA 4ZTFA 5GAEP 4U67L 3MXIA 3NVIA 3V6DA 3VENA 3WT0A 1X9WA 2AGHB 3KK7A 3E66A 2A1SA 1OH6A 3PIPL 5M1OA 5FROA 3LDSA 1K73O 1RNHA 4JKGB 4CGFA 3VETA 4LF7K 5D7GA 1QQCA 4ISEA 3UKUB 3VQ9A 2P9SA 2YKMA 4B1XB 2YCHA 1JXEA 4LUFA 1HA2A 4O5FA 1XMOK 4G04A 2X6NA 3ZSVA 4QAGA 4CGGA 4EP5A 5FRMA 1QE1A 4JK8A 1XC3A 2KWFA 3VMFB 3T3FA 1QS4A 1VSJA 2HHTA 3O6WA 4JAXA 1NK9A 3EZWA 1GNIA 4LB9A 2JWLA 4ISGA 1E4GT 4RW7A 5ADXA 2D0PA 1KXPD 2OYQA 4QS9A 3OYJA 2ROHA 4JRQA 4DQPA 1VQ6N 5IWAK 3VEZA 3FZKA 5M1NA 1NKBA 3EL2A 4PL8A 4MO4A 4AF1A 4JI0K 3P4IA 2WUSA 3VQ6A 2UUAK 2NRRA 5GINA 3M8SA 3UE5A 1NGFA 3TSQA 3SJJA 1ASWA 2VWBA 3SQ2A 1NJYA 2QA4N 4BRIA 3D2EB 2O4IA 3M8RA 2DFFA 2BXMA 5B8HA 3O3FA 1RBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVI A;  2NNW A;  3PLA A;  5GIP A;  5GIN A;  3NVK A;  3NMU A;  2OZB B;  3T7Z A;  3SIV B;  3GQU A;  1NT2 B;  3ICX A;  4BY9 C;  3ID6 A;  3SIU B;  5GIO A;  3GQX A;  3NVM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H4O A;  5SZT A;  3P5J A;  2Q31 A;  5J2N A;  3PLA A;  3AO3 A;  1IKX A;  1UOC A;  1BL3 A;  5C15 A;  2HNY A;  5LY3 A;  2HF3 A;  5TKY A;  1EXQ A;  3M5R A;  2OZM A;  2KKZ A;  4B1V A;  4B9U A;  1RT2 A;  3OY9 A;  4JI5 K;  4CIE A;  3OTO K;  4FJH A;  3ENB A;  3O4Q A;  2BXD A;  4BRC A;  2QHB A;  4DFK A;  4FK2 A;  2NRX A;  3AVC A;  2O8E B;  3MED A;  4M3U A;  3FZM A;  2NNW A;  5M1Q A;  4G01 A;  3FWC C;  3H08 A;  1RT3 A;  4CHZ A;  3KJL A;  4IOX A;  4JKC A;  1T8E A;  2YNH A;  3D6R A;  4B9V A;  4FK5 B;  3AA2 A;  1NLV A;  3I0S A;  5E41 A;  1GLC G;  3AO1 A;  4OPJ A;  4B1W B;  3CI5 A;  3SPZ A;  3MAQ A;  4CFD A;  1T7P A;  4C8M A;  1NGI A;  4HVJ A;  4JHD B;  3KTQ A;  5BRD A;  2FBT A;  3NE6 A;  1CZ9 A;  3ZT2 A;  4CJW A;  1BIU A;  3LL3 A;  3SAH A;  3D2F A;  4IEE A;  1XQS C;  2VG5 A;  5SWM A;  3CG7 A;  5AQH A;  2Q0R A;  4KHS A;  3WQU A;  3UKR B;  1X9J A;  2HMI A;  1C0T A;  3OYA A;  1N5U A;  5DQF A;  4JI8 K;  2V51 B;  4A57 A;  1TKT A;  1YXQ A;  4CW7 B;  4YNQ A;  2KW4 A;  3ZEU A;  1RTH A;  1FW6 A;  3TAM A;  4A62 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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