3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3NVMA 5GIPA 3NMUA 3SIUB 3GQUA 1NT2B 5GINA 3ICXA 4BY9C 3PLAA 3NVKA 3T7ZA 5GIOA 2OZBB 3NVIA 3ID6A 3GQXA 3SIVB 2NNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P4IA 4NB4A 3VERA 3AVCA 4DSJA 2QKBA 4QCLA 1KSPA 1H9ZA 4ZBQA 4M42A 4XH1A 4CF2A 3V81A 4MO5A 4BY9C 2XY8A 3T69A 4PL8A 1Z05A 1GLDG 4KFBA 4FIPB 1RTDA 2E1ZA 4B1XB 4BRLA 4Q0BA 4N3ZA 2GWKA 4JI6K 3EYZA 3KD5E 1NOYA 4KHUA 2XVUA 3SQ2A 2IAJA 3RSEB 2UUCK 2E2PA 1VRTA 1QTMA 3JQZA 5EOYA 4FYDA 3Q7BA 5K14A 2Z8KA 4AF1A 4UY8O 1KLNA 3H08A 3W0LA 3MEDA 3LP2A 4HUEA 4WQ4C 4FJNA 2E0YA 4CJ5A 4JI5K 4KHWA 2XY5A 4KBOA 2QM6A 1DKGD 1K9MO 2IS3A 3EO3A 3PSIA 4FJJA 1JLEA 4FWPA 3P5JA 1HQUA 4PO0A 2ITGA 4M7YA 1HYZA 4AM7A 1U2VB 4PL7A 2QXLA 1J78A 3DWLA 1X1PA 1NGEA 1KLMA 4KB1A 1BKEA 4FZYA 2EFHA 3C7NA 4J8FA 4C8OA 4B1UB 1BI4A 2KLAA 1KVBA 2DFEA 1TXUA 3WHSA 1XQSC 3AY9A 3WT0A 1W9HA 1TUYA 1KXPA 3ECPA 2BTFA 4YOTA 1I3AA 1Q18A 3AVJA 3EEQA 2OPQA 4B8AB 1XUPO 1K8AO 3ZLJA 1K8KB 4OX9K 5HRPA 3QICA 3HL8A 3NH0A 4ILJA 5AQIA 1WAFA 1YXQA 4FWSA 5BRHA 5HOOA 2HW3A 3P83D 2IVOA 4JHDB 1FJGK 5GAGP 4GDXA 3VGLA 2P5OA 4AHTA 2JGUA 2JUHA 4BRAA 1Z25A 3KJVA 3AVLA 5FROA 4FLXA 4IZ9A 5IJ5A 1B9DA 4KKOA 3OYEA 3L0QA 1YTAA 3AVIA 1E7AA 1I39A 2Q2RA 2BXHA 2BXFA 4B08A 1XI1A 3W1SA 2F8TA 2YI1A 1QQMA 4J2AA 3MHSB 4CEOA 3ENBA 4W5NA 1U49A 5H1SQ 4FLVA 3BGRA 4K8ZA 2BXIA 2BANA 3OS2A 1C0FA 3AARA 3ID8A 2ZJQL 3KWIA 3ZSQA 3LP1A 4DUZK 3M3ZA 4GNIA 4DV1K 4FJKA 4M63C 2LXSA 3P31A 4CBUA 3MK6A 1UA1A 4DHYA 1K73O 3O9TA 3FZMA 2Z1HA 2VCPA 5KGWA 2VG5A 2O8DA 5GIOA 3H1QA 5J2MA 4PUOA 3QIOA 1TKTA 3A73A 5AFUH 1VSLA 2G8KA 4IFYA 4BRNA 1NK7A 3HYFA 2UXCK 2BUPA 3JS6A 3AVKA 3VQCA 5KRTA 4BACA 4Q5VA 1RT5A 3V1QA 5C12A 3FGUA 4F2RA 1NGHA 3THWB 4CZMA 4WFNL 1MU2A 3AGRA 3FZHA 3TPQA 2V52B 1HR0K 3QESA 2YNIA 4Z4FA 3TAGA 4YDUC 3ZSVA 4B9NA 1GLEG 4F5UA 1BWFO 3UKUB 4KV8A 1O1WA 3ZX0A 2A5XA 5AQLA 1HYSA 2FF6A 4AILC 4B3TK 4I6MA 4AHRA 3KKRA 3NVKA 1JCFA 4H0OA 1HNZK 3EE8A 3FLCO 3NBPA 2XY7A 2CGJA 2QXFA 4JI8K 3TABA 3UIQA 4ID5A 3TU5A 3NHGA 3VF2A 4LF5K 3A2FA 2DFHA 3AAQA 3G25A 3KIKA 1BCOA 4FLUA 4Z9OA 1EETA 4FL9A 4W4UB 1QVFM 1JNBA 2BXPA 4OJRA 4CJQA 4FJ9A 4RG8A 3DRSA 1IBKK 2PY5A 4DFJA 1XHXA 3OS1A 4EZ6A 1GNJA 1TK0A 2BXMA 5C24A 5AQUA 3CCMN 1E7HA 4JI1K 4CJFA 2BGGA 1RT2A 1UA0A 2O8EB 2QW9A 3ENHA 2UXDK 1GLJO 3I0RA 3L3VA 2HMPA 4ILGB 1J9AA 1ZBFA 2NNWA 3H3NO 1QSSA 4B9VA 3IDHA 1BHLA 4KHYA 4KI4A 2IDOA 2OANA 1MIVA 2UXBK 1RTJA 3VEVA 4H8KA 4F8RA 1MIWA 1QZ5A 3HP9A 1NKCA 3L4IA 2IOCA 2NRWA 3CC7N 3SNNA 1S3XA 1J7EA 3SJJA 1EKEA 3ZT1A 4WCEL 4BDZA 3BP8A 4DB3A 3T19A 2FF3B 4FPAA 1NBWA 1Q8IA 4W5TA 1VSEA 4F3OA 3TI0A 3L2WA 3TR8A 1OKJA 2P9PA 4L9KA 1M1KO 3RWUA 5MLCQ 4CFCA 4CEQA 3PY8A 3MX5A 4EIAA 3ZYYX 1BOTO 3VESA 3V1OA 4YNQA 2Z8JA 1KRPA 2B5JA 5CYMA 1IBLK 5HRSA 1LNSA 2HHSA 5T7BA 4BROA 2EHGA 1S22A 1IBMK 4B1YB 1RNHA 2P9SA 1XHZA 4FJIA 4ELTA 4OTUA 3LU7A 4GY2B 1S5JA 1IO2A 4YHHK 3SIUB 4BRFA 4ISEA 3VQEA 3VA3A 3WQTA 3K5LA 4JKDA 1X9MA 3DXKA 2F7TA 3EZ5A 2CGLA 1E4GT 4DKWA 4KTQA 2XHBA 2FSKA 3M8SA 4CE9A 4GVMA 3MEGA 3CF5L 3MHHB 4H0XB 1W7AA 3BUZB 4EMXA 4DV7K 4DTUA 5AQHA 3CPEA 1GLFO 3TTFA 4DQQA 4FWRA 4DU4A 3CJAA 4CHOA 4FJ8A 3QFPA 2OZSA 4FM1A 3CFOA 3NE6A 3THYA 1VQ4N 2EWSA 1J6ZA 4FM0A 4C31B 5FUOA 3ZCMA 2GELA 4Z4IA 4BVPA 3JYTA 2BXDA 1WSFA 4CGHA 4HCCA 2XMOA 2QA4N 2QWLA 4IBNA 1VQ9N 4BRKA 4BRQA 3EKUA 3ZSXA 4CHPA 1TF0A 3VF4A 2O8FA 5LJWA 3MECA 3C6TA 4L9QA 1I94K 3UIVA 1NKBA 4IWVA 4DQPA 4AHCA 3M5RA 3R3LA 3RVCA 4A61A 3K9JA 1N33K 1BJ5A 4W5QA 3I8BA 2G8UA 3KLHA 3DYAA 2AGHB 1RDAA 4YORA 4DS5A 1CXUA 1KAYA 2Z1GA 3WXIA 3WXLA 1DTTA 1NOZA 1Q7YO 2A6AA 1MUSA 3QNNA 4E19A 4D7XA 3CCRN 5J1EA 3VQIA 1NJWA 2ASPA 2GUPA 1C1BA 3D2EB 1RDUA 3O9SA 4RTFD 4FWOA 1OH6A 1W2BM 2FLOA 4WA6B 4YOYA 1FK9A 2VQFK 4HGMB 3KZBA 1BGXT 3LZJA 4DR1K 3K5NA 3ZSRA 1F21A 5C10A 5FPMA 2I5JA 3IG1A 3CCUN 3IMXA 5AQMA 2E5LK 4CCHA 2HHXA 4O5BA 4KRFA 4BRPA 3ID6A 4EHUA 4DR2K 4DSLA 2KZZA 3LDOA 1UORA 2KW4A 5FLXO 5LMNK 4CGIA 5CHIA 2B6AA 3AA2A 4G03A 2D4WA 3A5MC 4B3SK 1BIUA 2KTQA 1HK1A 2NUBA 3G6EN 2NRXA 1JLGA 3QLHA 5A2QO 2XW0A 1J5OA 4C8NA 1WB9A 3K9KA 3KKSA 1LWCA 4PA1A 3DOLA 2XRIA 1HK3A 1WLJA 4CJVA 2Q0UA 4CEZA 1ZXOA 1N36K 3MDQA 2GWJA 3VEYA 3QBXA 5AQYA 3A75A 5C42A 5M1PA 1R0AA 3C6AA 2P9IB 2P5GA 1YJNN 4LF4K 3SJHA 3M8QA 2E2QA 1CXQA 4B9TA 1B92A 1YAGA 3SUPA 4CIGA 5F0XA 3CFPA 1XMOK 1C0TA 1Y97A 2XO7A 4KAZA 4QOZB 2LOQA 1RTIA 4WFAL 3DXMB 2O8BB 5CE3A 1E7CA 1Q9YA 1D8YA 3RMDA 2BDPA 1RDBA 1IV0A 3B6OA 4DSEA 2V36A 3AVAA 3CHWA 3CQYA 5KQ8A 2GBZA 4FJ5A 3L2QA 5ID7A 1X9SA 4FZXC 1MWMA 2OYQA 3IFRA 4YFUA 4HUFA 5DBYA 1YITN 4L8UA 3C0BA 3EY1A 3CX9A 4NYFA 4CESA 2PYLA 3ZX2A 3EN9A 4FLWA 1T7PA 4E7HA 3OW2M 4F5VA 4CZEA 2D1KA 5BRDA 3PIPL 5E84A 5FRNA 3ZETA 4ZTFA 1YVUA 1LAWA 5AQTA 1J5EK 4F2SA 4CEAA 3L4QA 1WNSA 1TKDA 4C23A 4IEIA 1UOCA 1VSFA 3TAMA 1VQNN 3K5OA 4O8UA 3DLGA 4X66K 1REVA 2O8CB 3OYNA 5BRFA 4DFPA 1QS4A 4GDKB 3TSQA 3R8EA 3SAFA 4CECA 5AZJB 1D9FA 4M3YA 1DLOA 4DSKA 4A62A 1TK5A 1YJWN 3PX0A 1JLBA 1KVAA 3J8AA 2ZJPL 1OH5A 3TARA 4M70B 3OBWA 3ULEB 5JICA 3KK3A 4L8RB 1MA9A 1LV5A 4B9UA 3D2EA 3V9SA 3RRGA 3DOKA 5SZTA 4FOEA 3WHQA 1HA2A 4Z69A 1Z6RA 3HBTA 5HROA 2FSNA 2NRZA 2VDBA 3U3GA 2Y1JA 3UKRA 4CHQA 4CIFA 2ZGYA 1HKGA 3MXJA 4CEFA 2FBVA 4CERA 3QB0A 2A1SA 4FWQA 2AA4A 3M8PA 1L3SA 4BG9A 4E3SA 3HOSA 1ESVA 1S9EA 2OPRA 4FOIA 1N8RO 5AQGA 4DR6K 4BRCA 4LD0A 4BC4A 2PAVA 3SYZA 3F2KA 1YT3A 4AHUA 3I0SA 4KB0A 2YHYA 5SWMA 3SK3A 4JI4K 1NWKA 3SQ1A 3S41A 1N5UA 1NGCA 4OKEA 2BXCA 2PZSA 5BPKA 4LH4A 1HK2A 2ASMA 4DV2K 4BVOA 3FFKB 1X9JA 4CZFA 5D3GA 2O4IA 4FWLA 1S72N 2DBWA 4BQZA 1NK0A 3HVTA 1VQ8N 3SLCA 4PY5A 3RMCA 3FZKA 4TQ1A 3WNFA 1SKWA 4IDKA 3S3NA 2WBNA 2HBKA 4IO8A 4KHNA 1QSYA 1E7BA 2NRRA 4CF8A 4H0PA 3LP3A 3LDQA 2HVHA 1CLQA 4GVEA 3VQ5A 1W0HA 2QMCA 3ZEUA 2P9LA 1NLVA 3L2RA 4EHTA 4LH5A 3QEPA 1KC8O 4N56A 2HBJA 3TDLA 1YTUA 3KTQA 3NCIA 1ILYA 3NDKA 1T3VA 3OBYA 2E2OA 2IVPA 3VQDA 3LAMA 4XEIA 3CXCM 3G10A 3MAQA 2VUEA 1SS6A 1LOTA 4I9LA 2GUTA 4CFBA 4OKJA 5AQJA 2HF3A 2ZM6K 4JD2B 3V03A 2H3GX 1JLCA 5HL7L 4CI6A 4YOUA 1VHXA 3OYLA 1H5WA 5I3UA 3SV3A 2Q0RA 1BL3A 1KQSM 2B4JA 1VSIA 3EZWA 3WEEA 1ZBSA 3AO5A 4HVJA 3S3OA 3KIOA 4CZLA 2R7YA 3CCEN 4F3TA 1TYQB 1NGBA 2BXKA 3PSFA 4YOXA 1KXPD 4U67L 2E4LA 3R1XA 4CEEA 1ATRA 1CZ9A 4GKKK 1RBSA 1WBBA 5IIUA 3SBTA 4YY3K 4Z4CA 1IJGA 1NNEA 3SUNA 1IG8A 3V4IA 2J4RA 4L3QA 4XIUA 4BE0A 2YHBA 2X6NA 4WQ5A 2O8CA 3E9LA 3CC4N 3GL1A 4X64K 3TANA 4C8MA 1E7GA 3WXKA 3FNMA 1K6YA 3OYIA 3QINA 3LZIA 1T44A 4B9LA 4OO1J 1XNQK 5AQQA 3THXB 3HO1A 1YVNA 4GV3A 2JWKA 4E0DA 4CF0A 4A59A 4NCBA 4UQGA 5J2QA 4BREA 2LSNA 5EY4A 4NCGA 3UB5A 3VF6A 3QEVA 1VZSA 2QHBA 1TAQA 4FK2A 4OKKA 4CZGA 2QM1A 4XH5A 1D9DA 4Y1CA 3J7YP 1RDCA 1NJIO 4Z4HA 1WSJA 5C15A 3V9UA 1FXXA 3BY5A 3WUHA 4B9QA 1VQ7N 2Q97A 4CJSA 4LFBK 3V09A 2F9TA 2YHWA 4CHYA 3T3FA 4ILHA 1VQ6N 3NF6A 1HYVA 4BR9A 3CJBA 4FJXA 2YNFA 4E89A 1RILA 4J2BA 2A3ZA 1J53A 2Q3SA 1TV6A 4FM2A 1YF5L 5HRNA 4U7BA 4GKJK 4O55A 3KD1E 1JLAA 4CK1A 3C65A 3RSEA 4MBEC 3PIOL 3QO9A 4IW2A 1LW2A 4B3MK 4DSFA 4I2QA 5ADXA 1HLUA 4CZIA 4B3RK 1WSHA 4B9MA 5CYQA 2VWKA 4FWNA 4M3WA 4PKGA 3TTDA 3DRPA 3KLIA 1HNIA 3IUCA 3CETA 3VQBA 2P9KB 3O1BA 1NKEA 1T8EA 3LWMA 4NAWB 2HHWA 2G8WA 4J2VA 1WAJA 5HBMA 3VENA 4DFMA 1U2VA 4ZCGA 2BE2A 5KPZA 2P9UB 3SMPA 1NK5A 3VPZA 2I30A 1MUHA 3WNGA 3D2FB 2VG6A 2K0NA 1QHTA 3SCXA 3ENOA 2G8IA 1DTQA 3KK1A 3TAFA 4JNEA 4RCHA 1N32K 4FLYA 4BR7A 3VGKA 5M1KA 4A2BA 5CY4A 3GA9L 5LMUK 2WONA 5AQRA 3J7ZO 4JK8A 1VQ5N 3MCAB 4ISFA 3SUQA 3CG7A 4GDLB 3TTCA 4CF9A 3V9WA 1V4TA 2AP1A 2VUFA 4OPHA 3DLBA 1K8KA 3OYFA 1EP4A 2OTLN 3CCJN 1BDGA 4FJ7A 3QEXA 3B9LA 3N4QA 3E9OA 4JHDA 3I55N 4ICLA 3OVNA 4K43A 3SIVB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVM A;  5GIP A;  3NMU A;  3SIU B;  3GQU A;  1NT2 B;  5GIN A;  3ICX A;  4BY9 C;  3PLA A;  3NVK A;  3T7Z A;  5GIO A;  2OZB B;  3NVI A;  3ID6 A;  3GQX A;  3SIV B;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3P4I A;  4NB4 A;  3VER A;  3AVC A;  4DSJ A;  2QKB A;  4QCL A;  1KSP A;  1H9Z A;  4ZBQ A;  4M42 A;  4XH1 A;  4CF2 A;  3V81 A;  4MO5 A;  4BY9 C;  2XY8 A;  3T69 A;  4PL8 A;  1Z05 A;  1GLD G;  4KFB A;  4FIP B;  1RTD A;  2E1Z A;  4B1X B;  4BRL A;  4Q0B A;  4N3Z A;  2GWK A;  4JI6 K;  3EYZ A;  3KD5 E;  1NOY A;  4KHU A;  2XVU A;  3SQ2 A;  2IAJ A;  3RSE B;  2UUC K;  2E2P A;  1VRT A;  1QTM A;  3JQZ A;  5EOY A;  4FYD A;  3Q7B A;  5K14 A;  2Z8K A;  4AF1 A;  4UY8 O;  1KLN A;  3H08 A;  3W0L A;  3MED A;  3LP2 A;  4HUE A;  4WQ4 C;  4FJN A;  2E0Y A;  4CJ5 A;  4JI5 K;  4KHW A;  2XY5 A;  4KBO A;  2QM6 A;  1DKG D;  1K9M O;  2IS3 A;  3EO3 A;  3PSI A;  4FJJ A;  1JLE A;  4FWP A;  3P5J A;  1HQU A;  4PO0 A;  2ITG A;  4M7Y A;  1HYZ A;  4AM7 A;  1U2V B;  4PL7 A;  2QXL A;  1J78 A;  3DWL A;  1X1P A;  1NGE A;  1KLM A;  4KB1 A;  1BKE A;  4FZY A;  2EFH A;  3C7N A;  4J8F A;  4C8O A;  4B1U B;  1BI4 A;  2KLA A;  1KVB A;  2DFE A;  1TXU A;  3WHS A;  1XQS C;  3AY9 A;  3WT0 A;  1W9H A;  1TUY A;  1KXP A;  3ECP A;  2BTF A;  4YOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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