3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3NMUA 2OZBB 3NVMA 3ID6A 3ICXA 2NNWA 3SIUB 1NT2B 5GINA 4BY9C 3GQXA 3T7ZA 5GIPA 5GIOA 3PLAA 3SIVB 3NVKA 3NVIA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5VA 3MHHB 1U47A 3O9SA 1R0AA 1O13A 1Q8IA 3O3FA 3ZEUA 5HROA 1WSHA 3U3YA 1IBLK 4YY3K 5SWMA 2E1YA 3V1QA 2A1RA 3C0BA 2GWJA 3GG4A 4DV5K 2ZM6K 3OYCA 4DSKA 4ZBRA 3SIVB 5KTQA 3ZSWA 4W5OA 4H0VB 5FPNA 3VERA 4H5NA 1JLEA 3MN5A 5BRDA 1WSFA 2Q1NA 1NGJA 4JI2K 3F73A 3QEVA 1HYVA 3VF4A 2I30A 4FJKA 1E7HA 1BI4B 4YOYA 2KFZA 3BUZB 1S72N 4CHQA 2OZSA 4DSIA 3MX5A 4XH4A 4BR7A 1VZSA 1RBTA 3BZKA 3DWLA 1O1WA 4DQQA 2WUSA 4DR2K 4IEEA 4M3RA 1E7FA 3AO1A 3E9PA 1HJRA 4ELVA 4GVMA 1KVCA 1GLJO 4RW9A 4E7IA 4K71A 1LW2A 4GKKK 5LJVA 1WSJA 2ITGA 1UOCA 1D5AA 2ZWHA 3M8PA 3NF8A 3P1GA 1ILYA 1VSHA 4H0YB 2I2ZA 4CESA 4KPYA 2X78A 3A5LC 4PL7A 1YVUA 2VGNA 3AY9A 3U8XA 2QM6A 5BPMA 1Q9YA 4B9TA 3J7AP 3QERA 4F5UA 3MDQA 3C6TA 1IBKK 2ASPA 3WEEA 2O8BB 3B8AX 1HK1A 4CJVA 3IRXA 3T69A 2LXTA 1ZBFA 3TPQA 1SL0A 1FW6A 4AF1A 4DTNA 3H6EA 4XEIA 4MQ3A 1VQ7N 1GOBA 1EETA 4WQ4C 4FYDA 2QA4N 4S1YA 3NVKA 1B92A 1C1BA 3KD1E 1YAGA 3O1WA 4M63C 4PWDA 4CZEA 3A73A 4C1NI 3AVIA 4JHDA 3ZSVA 2VUFA 4KHPK 3L6QA 1HKGA 4N47A 1RTJA 2WC9A 3N4QA 4CGFA 3KKRA 2EFDA 4FXDA 5AQNA 2A3ZA 3E9OA 3C6HA 4ISFA 3LU6A 4G9ZA 1E7EA 3CCJN 1RT7A 2HSTA 1HK2A 2G8VA 1QQNA 4AHVA 4GDKB 2XHBA 3DJCA 4DV6K 5BPLA 2QWRA 5C42A 4J2AA 4FK2A 2YX6A 1RDAA 1XQSC 3A5MC 5ELZA 4JK8A 3SPYA 1VFIA 3DLHA 3WNEA 4JI8K 4B1XB 2YDFA 1VQON 3H37A 2KQ2A 3HL8A 1DGKN 2E0XA 3G9KD 3SAHA 1D8YA 3LL3A 5M1NA 2V7YA 3QIPA 4IBNA 4CIEA 4LF7K 4C8KA 2PAVA 1JLQA 1EKEA 4C8OA 3WHQA 2XVQA 1P8ZA 4O5BA 1YXQA 4BC4A 4C1NK 3WXLA 1HPZA 3CFPA 1FOUA 1YJWN 2NQOA 3PIOL 1E4FT 3CJ7A 4NAWB 3GQUA 1TAUA 4DV1K 4UY8O 2YJFA 3ZT4A 2OZBB 3NVMA 2IS3A 4FZXC 3VTIA 5M1OA 2WBNA 1OH8A 5ID7A 3TAPA 1E7AA 3QBXA 2UUAK 2HNDA 2FBYA 2HBMA 4QS8A 4BVOA 5BRFA 4I9OA 5DM7L 5F1XA 2HMIA 2O8EA 4HUEA 4DTPA 4BRMA 4IG0A 3ECPA 3ENHA 4A2AA 4J2EA 5IJEA 3RMCA 4FOIA 5GADP 1TL1A 3WNFA 2G8FA 5AQVA 4Z69A 4ILHA 5JLHA 1GLCG 3TSQA 5AQUA 1RBRA 3OYFA 1C0UA 4PUOA 2A40A 3LAMA 2HVIA 4CERA 5FDLA 1BIUA 1UA0A 4FWKA 2IDOA 4KHUA 1HNVA 3AGRA 2QXLA 3SZ2A 1NJIO 3BPJA 5LMUK 3NDKA 1VSMA 4LA0A 3OYLA 5KQ8A 2UXBK 2QI2A 2WTUA 4DTJA 4IDHA 2A6AA 4B3RK 3G6EN 3SI6A 3V08A 3VGLA 3O6WA 4FJNA 2QKBA 4KV8A 1WLJA 1RGIA 3LALA 2BXCA 5J2NA 3LDOA 3NGIA 2YKMA 4BWJA 5ID9A 3GDQA 5KRTA 1VHXA 2ZE2A 5EU7A 4B08A 5C0YA 4E1MA 3DXKB 3KD5E 3SCXA 3WNHA 4CZLA 3GA9L 3THWA 4CF2A 5AFUA 1BIZA 2OT3A 4DR5K 1N36K 1NJXA 4Z0UA 1KXPD 3SYZA 2NRHA 1HYSA 3OS0A 1WB9A 2Z8IA 1IG8A 1BHLA 2XY5A 4TQ1A 2W6KA 3O5BA 1X9JA 2D0PA 4J2VA 5ADXA 4BRAA 4B9UA 4AM6A 4DF4A 3ZCMA 3I8BA 4PL8A 4BDYA 1SV5A 3J7ZO 4B3SK 2E5LK 1ATSA 3THYA 2PYJA 1CZBA 2A42A 3CFRA 3B9LA 1BUPA 1S6PA 1IBMK 3O4QA 1L3UA 1XUPO 4XH5A 2P9UA 4BR2A 2OPPA 1S22A 2BTFA 1GOCA 4OJRA 5HBMA 1JLFA 3FLCO 1EX4A 1BM0A 2HMPA 3U3GA 4PKIA 3DXMA 4DQSA 3VF2A 1XHZA 2FLOA 2XO7A 2FF6A 2O4GA 4DV0K 1TXUA 4CJ3A 4K2CA 4YOTA 3AGKA 3NH1A 4EAHD 4I6MB 3VTHA 4UQGA 1MIYA 4JKHA 4AHSA 3DI6A 2VG5A 3R6MA 3TAEA 3VQIA 3RR7A 1FJGK 1RT1A 2DPNA 4E3SA 5JVHL 5CYMA 2YNHA 3WUHA 1SKWA 1HQUA 4CHOA 2E2QA 3QLHA 2D0OA 1OKJA 4OR0A 4W5RA 4GW6A 2JWKA 2RF2A 3FFKB 4CJTA 3Q7CA 4PKHA 4CF0A 3SJJA 2VQFK 5BR8K 3HPGA 1QSSA 2F9TA 4NXNK 1RTIA 4CJ7A 3TTCA 1ZBHA 4EP4A 2W40A 2DBUA 2ZJRL 4JKFA 3THXB 2LSNA 4FWMA 3CETA 3NE6A 3L8BA 5AZJA 4FVUA 1TUUA 3HRGA 1RBSA 3KLEA 1NJWA 4E1NA 3DLGA 4LC9B 3F2KA 3AVBA 1SKRA 3MEGA 2HHUA 4BE2A 2QWQA 2ASMA 2E20A 3CCVN 1HQEA 5AQJA 1XC3A 1MA9A 1GLBG 1NK5A 4BC5A 3OS2A 4CFCA 3ZSOA 3GOIA 2CGJA 3EY1A 4OKEA 3L2QA 4GG2A 2BX8A 1TUYA 2Z1HA 4GY2B 4YORA 5JS1A 2HHTA 2JLEA 4XH1A 4JRPA 1RDBA 4LFCK 1KDXA 1TL3A 5F2RA 4BRNA 2P9NB 4H5TA 4EZ9A 3BEXA 1HNWK 4WQ5C 2O4IA 1BKEA 1VAZA 4BWMA 2OPQA 4B9QA 3T3FA 4CEAA 3D2EA 5SZTA 4OGEA 3PY8A 3ASMA 5AQGA 4CF8A 2X6SA 3TANA 4O8UA 4DV3K 4J8FA 4CHPA 4CHYA 1HNIA 2AJQA 3MCPA 2BXAA 4CEDA 5HOZA 3HO1A 3CC7N 1CLQA 4CJLA 5AJ3K 1KAYA 2F4VK 3OYIA 1WNSA 3SJHA 4EHTA 4OX9K 4G03A 3CPWM 2OPRA 1KFDA 3F5TA 2Q2RA 2O8FA 1RT6A 5GINA 3AO2A 3CERA 1LOTB 3PV8A 1NKBA 3ZEUB 2BXMA 1RT4A 4CJUA 2QMCA 4JKEA 4YHHK 4K41A 1MUHA 4FJGA 1MIWA 4B1WB 2BXHA 3E01A 2ZJPL 3HOTA 1C1AA 4M3TA 4CGGA 4DQIA 4CBWA 1HKCA 1T3VA 4OLBA 3NCIA 4FW2A 3QO9A 3FZMA 4DFJA 3L4IA 4E7KA 1Q9XA 4E7LA 3DOLA 4CJEA 2ROHA 1EXQA 3VQAA 1HUXA 4BRCA 3QIOA 3MEEA 4DTUA 3AVHA 4CJSA 2AP1A 2BXBA 4Y0WA 1Z05A 3K5MA 1GLFO 4NYNA 4JS4A 3SUOA 3K9KA 3MN9A 1UA1A 1QQMA 3ZSQA 4CHZA 1S1UA 5E41A 1A5XA 2Z8JA 4TQ0A 3VF6A 3FE1A 3KJLA 3VEVA 4KI4A 1IKWA 2HHXA 3ZX3A 4LUFA 3WQUA 4CVNE 4NLBA 3LZIA 2XMOA 1NMNA 4CZMA 1K6YA 1MWKA 1U6ZA 3AARA 4H03B 4KH4A 4O55A 2XSIA 3J7YP 2CGKA 3WNGA 4NCGA 5I9EB 2KLAA 1NGHA 3OTOK 2P5GA 2W42A 4FVMA 2WONA 4JI5K 5M1FA 3J80O 2LOQA 4ZC6A 3PX4A 1K8KA 4KB0A 1QZ6A 3C7NA 1NK4A 3FWCC 1I94K 4Q5VA 2FBXA 3SQ4A 3ZX2A 3SQ0A 4B3MK 5H1SQ 4K42A 3V1OA 2QTDA 2QWLA 3ZSXA 3WEEB 3VN5A 3SV3A 3VQ7A 5J2QA 1DT9A 1NOZA 3CXCM 2Q31A 3VGKA 3P83D 3BDPA 5HRNA 4FM0A 2XRIA 4CBUA 5DK5A 4DHYA 3MWTA 3BGRA 1QHAA 5AZIA 5CHIA 5AR0A 3ATUA 3FFIA 3HI0A 4CFDA 1EQYA 1KTQA 4RTFD 3QNOA 4B9LA 1W2BM 2EFCA 2GWKA 4ILGB 3SAFA 4DU4A 3H46O 4KTQA 3R3LA 3PSFA 4AHUA 2F7TA 2P1JA 3O08A 2DBWA 1WSEA 3G0ZA 2UXDK 4NLCA 1LCUA 4M41A 4YOXA 1GOAA 1GLLO 2FC0A 4B9NA 1XWLA 1V4SA 1X9SA 4DCHA 1NJZA 1HLUA 3HM8A 2UXCK 4CJRA 4ZTJA 2HHHK 3CHWA 1QE1A 1JNBA 3T19A 3JYTA 4DSFA 2VQEK 3CCUN 3V4IA 2IVPA 4KTZA 3VESA 3VEZA 2IOCA 2ZF5O 2UU9K 5BR9A 3B6OA 3T1AA 4B9MA 3TAMA 1R59O 1VSLA 3L0QA 3OYGA 4ID5A 3SPZA 2NLXA 3WXJA 4BGAA 5FPDA 4G1QA 1RTHA 2PFUA 1U45A 3RMDA 2RN2A 2HBKA 1GLAG 4JKAA 1ZBUA 4CBXA 1NG9A 1S6QA 1LW0A 3QFUA 3B9MA 3JRYA 2FSJA 3H3AA 1LOTA 3P5JA 4BDZA 3PO5A 3RSEA 1RFQA 3BF3A 3WXMB 2ZGZA 3CCMN 1E78A 3C65A 3WHSA 2BGGA 1Q7YO 2O8EB 3LM9A 3VMFB 4HUGA 2BUPA 4QOZB 3HPOA 5FPMA 4KHYA 5EVZA 1I3AA 5IJ5A 5BN8A 1L5UA 4GDLB 2XW0A 4CZJA 4FM1A 4CZIA 3KHYA 3BZCA 1C0GA 3HZ6A 2P5OA 3M8SA 3QICA 3CC2N 3WT0A 4FWOA 3WHRA 1QS4A 1ZBSA 4FLYA 1M90O 2P9IA 1Y97A 4CIFA 4C8NA 4CJ5A 4FLZA 4KO0A 3LU8A 1SS6A 4HHTA 2NRZA 4N3ZA 2QKKA 4M3ZA 4WF9L 3TI0A 3KJVA 4F5SA 2HB5A 3AA2A 4W5NA 3M3ZA 3ULDA 3IAYA 2G8UA 4B3TK 1M1KO 2D5RA 1T6DA 3VENA 2NZTA 3HJFA 4DUYK 3KKSA 3OS1A 2Q97A 3CMAN 1VSJA 4LSNA 3OYMA 2W41A 3I33A 1H9ZA 1BA1A 4FLUA 1RT5A 3THWB 1J5OA 2FBVA 3NGYA 4E89A 3ISNC 3LU7A 4FJHA 1SL2A 5J2PA 4JYAK 1YIJN 2DG5A 1MU2A 4LF4K 4BRLA 2D1KA 4LF6K 4RG8A 3VQ5A 2HHVA 4GV6A 1VSEA 2GELA 2VWJA 4KKOA 4BR5A 1NKCA 4K43A 4IOCL 3CI5A 3OYKA 1REVA 3THYB 5CE3A 1HK5A 1JL2A 1TK8A 4YDUA 3CCSN 4JI0K 3RMBA 4A62A 4F5VA 3JS6A 4DTXA 3OBWA 4Y1DA 2P9UB 4I9QA 5KI6A 3KLHA 4F2SA 5AFUH 4M7YA 4M3XA 4LD0A 1HK3A 2YHBA 4FIPB 1T03A 2HHQA 3GL1A 2V52B 5HP1A 4IDKA 4KH5A 2OYQA 3CC4N 3DXMB 5AQPA 1KAXA 3V9SA 5ADXH 2E8AA 4A61A 3AVAA 2K0NA 3DLEA 1IKVA 4EMXA 3GE1A 4FM2A 2GUTA 4QCLA 4QS9A 1UWBA 4NCBA 1XNRK 1Z26A 5IIUA 1NGAA 4JEPA 1VRUA 3L2UA 1EWQA 3V03A 4BG8A 3O4WA 4OPHA 2BXGA 4LUHA 3EZWA 1VQKN 2BXOA 4EZ6A 4QS7A 4HGMB 4H4MA 2KKZA 3H1VX 3OVNA 4DSLA 4JKGA 4M70B 4OPJA 2NRVA 5CY4A 4DFKA 3I0SA 1TV6A 4DTOA 2ZGYA 1VQNN 3S3MA 1IJGA 5AZJB 1J6ZA 2GUIA 4E19A 3EE9A 4BRGA 4N76A 1SKSA 1OH5A 4Y1CA 1U04A 3QB0A 4CD1A 1C0TA 1JCGA 3V9WA 2G8KA 1WAFA 2NRTA 4OO1J 1YI2N 1T6CA 1KW2A 3KIOA 3AVJA 1E7BA 5BPKA 4RW4A 3R9PA 4A2BA 4DQPA 2X6NA 1KCFA 5GAGP 1NGFA 2YI1A 4B9SA 3WQTA 2YCHA 3QEPA 3SUPA 1MA9B 4DV2K 4DG1A 1GNIA 4CE9A 3Q7BA 2JUHA 4HCBA 1HA2A 4ZBKA 4WFBL 4BR0A 3EL2A 4FWQA 4JRQA 4BRHA 4IG3A 4GVEA 5FRNA 1RT3A 4PO0A 4BR4A 3OYBA 4NYFA 1RDCA 2E2OA 3H45C 3IFRA 2KBZA 1RTDA 4FJ8A 1WN7A 4JI1K 1S9EA 5FUOA 4ICLA 2A41A 3N4PA 4DR4K 4CZGA 1YVNA 4B1UB 1E7IA 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5IIXA 4K41A 4KBOA 4WQ4A 5KQDA 1HPMA 4JN4A 1MDUB 1N5UA 1MIWA 4B1WB 2BXHA 1ATRA 4BQLA 4C31B 1VQ9N 1BWFO 5AQYA 4OTTA 3FNMA 2ZJPL 2DYMA 3CCRN
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NMU A;  2OZB B;  3NVM A;  3ID6 A;  3ICX A;  2NNW A;  3SIU B;  1NT2 B;  5GIN A;  4BY9 C;  3GQX A;  3T7Z A;  5GIP A;  5GIO A;  3PLA A;  3SIV B;  3NVK A;  3NVI A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A5V A;  3MHH B;  1U47 A;  3O9S A;  1R0A A;  1O13 A;  1Q8I A;  3O3F A;  3ZEU A;  5HRO A;  1WSH A;  3U3Y A;  1IBL K;  4YY3 K;  5SWM A;  2E1Y A;  3V1Q A;  2A1R A;  3C0B A;  2GWJ A;  3GG4 A;  4DV5 K;  2ZM6 K;  3OYC A;  4DSK A;  4ZBR A;  3SIV B;  5KTQ A;  3ZSW A;  4W5O A;  4H0V B;  5FPN A;  3VER A;  4H5N A;  1JLE A;  3MN5 A;  5BRD A;  1WSF A;  2Q1N A;  1NGJ A;  4JI2 K;  3F73 A;  3QEV A;  1HYV A;  3VF4 A;  2I30 A;  4FJK A;  1E7H A;  1BI4 B;  4YOY A;  2KFZ A;  3BUZ B;  1S72 N;  4CHQ A;  2OZS A;  4DSI A;  3MX5 A;  4XH4 A;  4BR7 A;  1VZS A;  1RBT A;  3BZK A;  3DWL A;  1O1W A;  4DQQ A;  2WUS A;  4DR2 K;  4IEE A;  4M3R A;  1E7F A;  3AO1 A;  3E9P A;  1HJR A;  4ELV A;  4GVM A;  1KVC A;  1GLJ O;  4RW9 A;  4E7I A;  4K71 A;  1LW2 A;  4GKK K;  5LJV A;  1WSJ A;  2ITG A;  1UOC A;  1D5A A;  2ZWH A;  3M8P A;  3NF8 A;  3P1G A;  1ILY A;  1VSH A;  4H0Y B;  2I2Z A;  4CES A;  4KPY A;  2X78 A;  3A5L C;  4PL7 A;  1YVU A;  2VGN A;  3AY9 A;  3U8X A;  2QM6 A;  5BPM A;  1Q9Y A;  4B9T A;  3J7A P;  3QER A;  4F5U A;  3MDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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