3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
5GIPA 3GQUA 5GINA 3NMUA 3NVMA 4BY9C 3NVKA 3ICXA 3PLAA 3ID6A 3SIVB 5GIOA 3SIUB 2NNWA 3NVIA 2OZBB 1NT2B 3T7ZA 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KRTA 3FGUA 3TWHA 2HOEA 4C8KA 4DCHA 5EXWA 4A5AA 4J2VA 3KIKA 2FSJA 4FWKA 1TYQA 4DV5K 1WAFA 3O3GA 3L8BA 3SAGA 2UUBK 3EKSA 4LC9B 4OKEA 3MHSB 3K0SA 3OBWA 1E7BA 5FRMA 4FWQA 1NOZA 3VEZA 3M8SA 3F2KA 1TAQA 5I3UA 3SYZA 4D7XA 1WSJA 2YNHA 2W6KA 1U4BA 2RE2A 3AVGA 5AZJA 4DTMA 2OCEA 2P9PB 2WTUA 1KSPA 1Z25A 4I2QA 1SKWA 3JS6A 1SKSA 5HOZA 1S1XA 4GVMA 4BY9C 4AHSA 4CZJA 1RDCA 2G8UA 3L3VA 3AVCA 3NF9A 2XY7A 5FRNA 3OYIA 4NCBA 2A1SA 4DLEA 5ADXH 1UOCA 2A41A 1UAXA 5DM7L 1J7EA 1NJYA 5BPLA 4JEPA 1MIWA 4FO0A 5BPNA 1R0AA 2YX6A 3ZSXA 1JXBA 1RDAA 3OHRA 1B9FA 2WFBA 4CZGA 1B9DA 4HCBA 5TKWA 1J53A 1T8EA 5GAEP 1WBBA 3HPHA 4FK5B 3ZT0A 4FWSA 2YHWA 3MN7A 2IVNA 4B1UB 5CHIA 3K58A 4RG8A 2ZE2A 4JKGB 2XVWA 2BX8A 4BRCA 3U6FA 3LM9A 5AFUH 5LJVA 1D9FA 1RBUA 2YJFA 1RDDA 4FW2A 4AM7A 4ILGB 3TTDA 4EP4A 3EKUA 4BR4A 3G0ZA 4ID5A 4HGMB 3D2FA 4IBNA 4GV9A 3IAYA 4B1YB 1TKDA 4FOIA 4ZC6A 1H5WA 3MK6A 4CHPA 4FJNA 4BWMA 4BR2A 1NOYA 2HNZA 4PL7A 2AA4A 2ZM6K 3DXMB 1MIYA 4JKFA 1KAXA 4M3TA 1JCEA 4J2AA 3VGMA 2O8CA 1NNEA 4C1NK 1Q82O 5CZ1A 4IWVA 3V6DA 3JSMA 1L3TA 3V09A 3N4QA 2O4GA 4FWMA 2KLAA 4CCHA 2AJQA 3U3YA 2F8TA 2HF3A 3VGLA 3L2QA 1T05A 1C0FA 4KH4A 3M99C 3GL1A 3L2VA 3NVIA 4CZEA 1BL3A 3AA2A 4DTUA 2W40A 3T69A 4HUGA 4OTUA 4LB9A 3UKUB 1HJOA 4OKJA 4ISFA 2HHUA 3EL2A 3CCRN 2Q0UA 2BANA 4RTFD 4JI3K 4FWNA 3ICXA 5HOOA 4OX9K 3D2EA 4KFBA 3ID8A 2GX9A 1U2VA 1VSIA 3VQAA 3ZSOA 3CCLN 4IOAL 3I8DA 4B1VA 1NKEA 2XY8A 4IG3A 4BRFA 4H0VB 2XY5A 1MA9B 4O4GA 5AQXA 1NJZA 3EE9A 4YDUA 1U04A 3CF5L 3KVGA 5H1SQ 1BA0A 1EKEA 1UA0A 2XW0A 3AA5X 3E1YA 4EZ9A 1J9AA 2EFDA 1QZ5A 3ZETA 1ZBHA 1IJJA 2VGNA 3CFOA 1QTMA 5IIUA 1LWEA 3JXUA 4KPYA 4YOWA 4DR6K 5HRNA 3K2PA 5EU7A 3NBPA 4I9LA 5CE3A 1VQKN 3UB5A 2VGMA 2O8FB 3MEEA 4BRGA 4OPJA 4PHTX 5KPRA 4L3QA 5B8HA 1KC8O 4JKDA 2D5RA 3G4SN 1FXXA 3CMAN 4JRPA 3CCQN 4K71A 2A40A 3CYMA 5AQFA 4JKHA 3VERA 1YVNA 3IKMA 3LP3A 3ITHA 4IXCA 3IUCA 2BXNA 4OT2A 1JLGA 1BI4B 2D0PA 4RW9A 1LV5A 3HPGA 2O8BA 2JGUA 2YKMA 3O4NA 1NK0A 2KZZA 4B9UA 4BE2A 2B5JA 2F4VK 1JKHA 1X1PA 3FE1A 5C2DA 3RWUA 2QWNA 3KK7A 1VQ5N 2RKIA 3DLHA 2GUPA 1E7GA 4CK3A 4H5RA 2X6NA 4DV3K 2DBUA 4H8KA 5FROA 5KI6A 4F5VA 4ZCGA 1VQ9N 3OVNA 5E41A 3OA9A 3FWBC 3H37A 2VYPA 5FPNA 1K8KB 1ZBUA 2OPQA 3SMSA 1CZBA 3SIUB 3UIVA 1VSHA 4NB4A 3ZEUB 3D0PA 1GOCA 3BGRA 4NYNA 1YITN 4F2SA 4E1JA 3AO3A 1KVCA 4CIGA 1NGHA 3DOLA 4KKOA 2DYMA 4TSXA 5LY3A 1L3SA 1C1AA 4EMXA 1NGJA 1TYQB 4R79A 3L3UA 1GLFO 1XC3A 4CI6A 2D0BA 1TVRA 3HVRA 3PX6A 2CH6A 1RGIA 3L0QA 3LU8A 4CEEA 1BA1A 2ASMA 3P83D 4FM0A 2OZMA 4I7FA 4HTUA 1KD1O 3M8QA 5AZJB 3LWMA 1N36K 3HVTA 1TKTA 5C24A 3ECPA 3VA3A 4IG0A 1GLDG 3A0IX 5C42A 1XI1A 3WNGA 3OY9A 3V9WA 1K73O 3SQ0A 4J2DA 1J6ZA 4EZ6A 2UXBK 4BDYA 3PLAA 4CZHA 4ZTFA 5AZIA 1WAJA 2UXDK 2IOCA 3VQ7A 3O9SA 1TAUA 1FKOA 3S41A 1ILYA 1SAZA 3KZBA 4CHZA 3JQZA 2E4LA 2E6LA 4IFYA 4PUOA 4BRLA 1Y97A 2JLEA 1EO1A 2E0YA 4DTSA 4NO7A 1MWKA 4ELVA 1OVYA 3KD5E 4O0JA 3MN9A 4U7BA 4BR9A 3AGKA 2PAVA 4FOEA 2HSTA 2I7NA 5GAHP 3HOSA 4LF5K 3VQ8A 4DQRA 4EP5A 4FJ9A 3IMXA 3J8AA 4OKKA 3BZKA 4Z69A 5IIHA 4KHQA 2KWFA 1VSKA 4AHTA 1T03A 3OYCA 4C23A 2P1JA 4CJSA 1W2BM 3D2FB 3HK2A 4KTZA 4OO1J 3EO3A 2Z8KA 3OBYA 2QKBA 3K5MA 3SPZA 4WYBA 3THYA 4K0KK 4DUYK 3A2FA 4FCYA 1HNZK 1VRUA 3QBXA 4DQPA 3AVIA 1N34K 4DF8A 2HB5A 3LP2A 3TANA 1DGKN 1I3AA 4FLTA 1ITGA 3CCSN 3T19A 4LF7K 3O1WA 4CFDA 3CM6A 2FSKA 3DOKA 4E7LA 4E7HA 2DG5A 3PO4A 3VQDA 3OYJA 3U9DA 1FKPA 1IH7A 4AHRA 2FLOA 2A6AA 1YJNN 4JK7A 3TAEA 2NNWA 1HK4A 5AQYA 4GKKK 4DM0A 3OYKA 3LU6A 4JI4K 5DBYA 4H0XB 4DU4A 1MU2A 1NGBA 4OJRA 3AVHA 5LJWA 4C8LA 1RFQA 4C1NI 1N33K 5SWMA 2E20A 1ZXOA 3KD1E 2KKZA 3OYGA 2NRZA 3L2UA 3KWGA 4K8XA 4JD2A 2JWKA 3O9QA 4ICLA 5CR4A 3A8YA 3E9OA 3TAQA 3K5OA 4JI0K 4GKJK 2O8EA 5TKYA 3KKSA 5E84A 1F21A 1RT2A 3OYEA 3TAMA 4BG8A 1IO2A 1U2VB 1KXPD 3CG7A 5DMRA 2YDFA 1CZ9A 3ISNC 3QESA 1X3NA 4DR2K 1OH7A 1S22A 1YAGA 5GAGP 2E5LK 1YTAA 2OPSA 3C6TA 2HHSA 4FJXA 1Q81O 4OPAA 4CF0A 2BTFA 4Z4IA 3AO4A 4PA1A 4YHHK 4JHDA 1ASWA 3ATVA 3ASMA 2KW4A 3MX2A 2E2QA 4A59A 3SQ2A 2DY4A 1Q18A 1QQNA 3BP8A 4ISGA 4DQ8A 1S6PA 2QTDA 5AQSA 2QMCA 4WQ5A 5F1XA 4DR7K 2BE2A 5DM6L 1VQ6N 3O9TA 4CF9A 3VEXA 3HSCA 2AJEA 2E6MA 3V4IA 2O8BB 2VG5A 5AQMA 4LSNA 3JAMO 4JYAK 4DKWA 2PBDA 3DAWA 4G03A 1HNVA 3A5MC 5AQVA 4IZ9A 4FL9A 4DFMA 1CLQA 2XVVA 3P39A 3L2RA 4CW7B 3BZCA 4KREA 1U49A 3ZSZA 3EE8A 1K9MO 2D0CA 5F2RA 1HK5A 4LH4A 1D5AA 3AVKA 4LFAK 4GMJB 2HNDA 2BXOA 5FPEA 3GOIA 4O8KA 4Y1CA 1HJRA 4O55A 4GY2B 2VWKA 1WSGA 3H45C 4FJIA 4K42A 4B1ZA 1S1TA 1BCOA 1TKZA 3P31A 1NWKA 3CCJN 2G8HA 4KHPK 4CJUA 4BRAA 3D6RA 4DQSA 2IVOA 4WE1A 5J1EA 3GG4A 4CZMA 5HRPA 4JS5A 1NKBA 3ZSQA 1XC9A 1XMOK 3QIOA 4BVPA 3TSQA 4H5NA 3CJCA 4DHXB 3O3FA 3OTOK 4MDAA 3AO2A 3QFPA 4WFAL 4IOXA 2Q3SA 4FZYA 1V4SA 2WC9A 2XRIA 4BG9A 1VQ4N 4FJGA 4X64K 4CECA 5JLHA 5EOYA 3JYTA 4H0YB 1S6QA 3ZT2A 4ZUXV 3FNMA 5J2MA 4CJKA 5AZIB 1Z26A 3H1VX 1L3UA 1NGAA 2OZBB 3VTIA 1FOUA 1Y64A 4FK4A 3H1QA 2KZMA 3IG1A 3KKRA 2BXGA 3GE1A 3SAHA 1U6ZA 4CBUA 3BDPA 4Z0UA 1GLLO 1S3XA 4H5VA 2I2ZA 1T3VA 4DSIA 4B3MK 3K9KA 4BRQA 1Z6RA 1VQNN 3T1AA 4N0FD 1YXQA 4BR0A 2LXTA 1W7AA 5FPMA 5FDLA 4WFNL 5IFOA 3H3OB 3HI0A 1WSFA 4WQ4C 1JXEA 3KK2A 3CERA 4JKCA 1YUWA 3WXIA 4ID1A 5T7BA 3WNEA 1WNSA 2QWMA 3CM5A 3DM2A 3I56N 2ASOA 4Q5VA 2NRRA 2KFZA 4BC2A 1VAZA 3CMEN 3PSFA 3ENOA 3THYB 1N5YA 3W1SA 3PX0A 2NLXA 3G10A 2GWJA 1BM0A 2E2NA 1HA2A 1DLOA 1YHQN 1ZYQA 3NDKA 2BXPA 3TAGA 3G71N 5BREA 1BIZA 4DFJA 3J7ZO 5AQWA 4AF1A 2KFNA 1M1KO 4FW1A 3WHRA 3OS0A 3MCAB 3DLGA 4KRFA 3GBTA 1GLBG 3NAEA 1NK5A 4AHVA 2Y1IA 4FLZA 2QW9A 3ZX3A 2YJEA 2YHAA 2NRTA 3P38A 1NGCA 3QEPA 4FXDA 1JLCA 3HSTB 1ESVA 1RDUA 1XHXA 3VQ9A 3THVA 4JD2B 4ILHA 3NE6A 3RMDA 2X74A 3UE5A 2O8EB 1C0TA 2P51A 3QEWA 5IJFA 1JL2A 3H6EA 1WSIA 5C2FA 4CZIA 2ATQA 3WHSA 4JNEA 4HWIA 5AR0A 4IJAA 4DR5K 1HQEA 2ITMA 3O08A 1Z05A 1NGGA 3G25A 2DTUA 2BXCA 5FLXO 2QEXN 5IIXA 3C65A 1QHAA 4GV3A 3MHHB 1KQSM 3J81O 3S3NA 3QFUA 3KK3A 4JHDB 3VEVA 3LWLA 3VQEA 1EWRA 5M1NA 3AVJA 4CF8A 3HBTA 2LSNA 2HF4A 2DBWA 2V52B 5EX5A 1HK1A 4I9OA 3V08A 5BRFA 1YJWN 2FBTA 2YNFA 1C1CA 1BG3A 3AA3A 4XEIA 2P9SA 4A62A 2BXIA 4M3UA 2QWRA 3R1XA 1JCFA 4BGBA 4FZXC 1NLVA 5JVGL 3SQ4A 2BXBA 4FLUA 1H1VA 3MXIA 1TK8A 2W6LA 3PSIA 3I33A 4JN4A 1T44A 4CF2A 4O5BA 4WQ5C 3B9LA 1KCFA 1KW2A 3P1GA 4I2PA 2B4JA 1GLAG 1BQNA 2FC0A 4O8UA 4DSKA 4C31B 3DLRA 4R5PA 4PKGA 4LF8K 2CGKA 2GUTA 4FSVA 4FJ7A 1TL3A 3RVCA 1P8ZA 3SUOA 3WUHA 4FPBA 1QS4A 1SL2A 3M8PA 2E1ZA 4UY8O 3DRPA 3HTVA 3L2WA 3R3LA 4QCLA 2BDPA 2QXFA 4DHYA 2HHTA 3UKRA 5M1OA 4CGDA 1NGFA 2IC3A 3V1QA 5I9EB 4A61A 3HPOA 2Q31A 5KTQA 1NM1A 1LWCA 2FF6A 1JCGA 1VFIA 3FZLA 4OGCA 4B1WB 4DSEA 3Q7BA 4KB0A 1QHTA 3LDOA 1YT3A 4CJ7A 4W5QA 4OLAA 3DI6A 3NGZA 4N76A 1RILA 4JKBA 3MDQA 4O5FA 3LDSA 4DTNA 5KPZA 4F3TA 2Q0RA 3VQPA 2CGJA 2F8SA 2DPNA 4RW7A 4ILJA 3NCIA 3CCUN 4W5RA 4FJMA 2VWJA 1OVQA 4OPHA 1XQSC 4AILC 2OTJN 2KQ2A 1BUPA 3VQQA 1NT2B 4CGIA 1NGIA 2ZWHA 2A1RA 4L9KA 2V7ZA 2KBZA 5GIPA 1O13A 4BQLA 4FWOA 3GQUA 3WEEA 2WOMA 2PY5A 3BF3A 5AQOA 1VQON 1FK9A 1BGXT 3NVMA 5AQIA 4YY3K 4Z4EA 1BU6O 2YNGA 3HRGA 4DFKA 3NHGA 1IV0A 4DV4K 1C1BA 4PQUA 4CBXA 1XUPO 2VUFA 1SS6A 5AQPA 2HHQA 4DTRA 4Q0BA 2W42A 1N5UA 4CHYA 2GWKA 3TDLA 1RT7A 1N32K 1QZ6A 2Q2RA 1X3MA 3W0LA 3WNHA 1NU0A 5E26A 1T6DA 5C15A 1J78A 1KFSA 3LAMA 1JL1A 2VDBA 4CEBA 3VA0A 3AV9A 4BROA 4E3SA 2Z1HA 3SMPA 3O1BA 3HYFA 4JKAA 3DYAA 3MXMA 3FWCC 4CJVA 3KLGA 4CHNA 1QSLA 2OTLN 4NCAA 2KTQA 2Z8JA 3QEXA 1O1WA 5HRSA 1YJ9N 5HL7L 1J5OA 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2QHBA 4EHTA 4I6MB 3ZEUA 2QA4N 3HZ6A 4JHDA 4CZLA 5JLHA 3KHYA 3WQTA 2OANA 3K9JA 4M7YA 2ZJPL 3VQIA 4ISEA 3ATVA 2QM1A 2BXMA 1HX1A 3MX2A 5ADXA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  3GQU A;  5GIN A;  3NMU A;  3NVM A;  4BY9 C;  3NVK A;  3ICX A;  3PLA A;  3ID6 A;  3SIV B;  5GIO A;  3SIU B;  2NNW A;  3NVI A;  2OZB B;  1NT2 B;  3T7Z A;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KRT A;  3FGU A;  3TWH A;  2HOE A;  4C8K A;  4DCH A;  5EXW A;  4A5A A;  4J2V A;  3KIK A;  2FSJ A;  4FWK A;  1TYQ A;  4DV5 K;  1WAF A;  3O3G A;  3L8B A;  3SAG A;  2UUB K;  3EKS A;  4LC9 B;  4OKE A;  3MHS B;  3K0S A;  3OBW A;  1E7B A;  5FRM A;  4FWQ A;  1NOZ A;  3VEZ A;  3M8S A;  3F2K A;  1TAQ A;  5I3U A;  3SYZ A;  4D7X A;  1WSJ A;  2YNH A;  2W6K A;  1U4B A;  2RE2 A;  3AVG A;  5AZJ A;  4DTM A;  2OCE A;  2P9P B;  2WTU A;  1KSP A;  1Z25 A;  4I2Q A;  1SKW A;  3JS6 A;  1SKS A;  5HOZ A;  1S1X A;  4GVM A;  4BY9 C;  4AHS A;  4CZJ A;  1RDC A;  2G8U A;  3L3V A;  3AVC A;  3NF9 A;  2XY7 A;  5FRN A;  3OYI A;  4NCB A;  2A1S A;  4DLE A;  5ADX H;  1UOC A;  2A41 A;  1UAX A;  5DM7 L;  1J7E A;  1NJY A;  5BPL A;  4JEP A;  1MIW A;  4FO0 A;  5BPN A;  1R0A A;  2YX6 A;  3ZSX A;  1JXB A;  1RDA A;  3OHR A;  1B9F A;  2WFB A;  4CZG A;  1B9D A;  4HCB A;  5TKW A;  1J53 A;  1T8E A;  5GAE P;  1WBB A;  3HPH A;  4FK5 B;  3ZT0 A;  4FWS A;  2YHW A;  3MN7 A;  2IVN A;  4B1U B;  5CHI A;  3K58 A;  4RG8 A;  2ZE2 A;  4JKG B;  2XVW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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