3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3SIVB 3NVIA 3NVKA 5GIOA 3PLAA 3GQXA 2OZBB 3T7ZA 3NMUA 3ICXA 3GQUA 1NT2B 3NVMA 3ID6A 5GINA 2NNWA 3SIUB 5GIPA 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVMA 1IV0A 3K57A 3NVKA 3KIOA 1YTUA 2DBWA 3ULDA 4DV0K 3DM2A 3M8PA 4CJUA 1BDGA 2GBZA 4JRPA 3W1SA 3NF8A 5CYMA 3NGIA 3FZLA 2FBXA 2NRTA 1SKRA 2ASMA 3IMXA 3K9JA 4K71A 5EVZA 4CD1A 4R79A 1VFIA 3AGKA 3K0SA 4IBNA 4LF4K 3E66A 1DTQA 3KLHA 3CF5L 4BROA 4OX9K 2BX8A 4I2QA 3UKUB 2HVIA 4G01A 1E78A 4JS4A 3DYAA 3AAQA 3KD5E 2I7PA 4CCHA 4GV6A 3CCQN 4HWIA 2PYJA 3JSMA 1K73O 1U47A 2P9LA 1W9HA 4KI4A 1BKEA 3OYGA 3O1WA 4B1ZA 3AA3A 5JS2A 4M3YA 1JCEA 1NGFA 3ITHA 5D3GA 1S1XA 4FJGA 3ZCMA 1JLBA 4M3RA 1XUPO 3CC2N 5HROA 4Z4CA 5JVGL 1NKCA 4A57A 3ZSOA 4FWPA 4CJ7A 1UWBA 3OYIA 2ZJQL 2XVWA 3E9OA 1N5UA 1J78A 3E9LA 3T1AA 4DSEA 1IBLK 3MECA 4FWSA 3OS2A 2XHBA 4CK3A 3QBXA 1M1KO 3O9TA 4ZBQA 1Q81O 2CGJA 2BXPA 5EY4A 3G4SN 1HLUA 2YJEA 1KCFA 1RNHA 4DV2K 3CJAA 4FM0A 3F73A 1L5UA 5BR8K 3HK2A 2OCEA 1TF0A 4EAHD 3B9MA 3DXMB 1J7EA 3IS9A 4KHYA 2LXTA 2YNHA 2ZD1A 3CD6N 3RWUA 3O3FA 3CI5A 4AHVA 4DV4K 3D2FA 3F9KA 4EZ9A 3IKMA 4CGJA 4DF8A 4J8FA 3C0BA 5AZIB 3TTFA 4W5TA 1OH6A 4CZJA 1VQ7N 4DU4A 1ILYA 2V36A 2A3ZA 4H5TA 3EZ5A 5HRRA 1QQCA 5KPTA 2BANA 5C15A 3OHRA 3I0RA 1S9GA 5BRDA 1YHQN 4M3UA 3MEEA 4GDLB 1GLFO 4F5VA 3O8MA 3RR8A 3QEPA 4CJRA 4FSVA 1S9EA 1X9JA 3LDQA 3FLCO 3K5NA 4CHOA 5AQLA 2FSJA 3E01A 4J2BA 3M8RA 4B8AB 4LSLA 1GLJO 1VQ8N 2GEMA 3DLEA 2KW4A 1HRHA 3U9DA 4DM0A 4PQUA 4CJWA 1Q86O 5DM7L 2E0YA 4DG1A 3ZSYA 4B9QA 2YHYA 1RTIA 2G8KA 1I39A 1D9DA 1NM1A 1KDXA 4CI6A 1NGIA 5I9EB 3WXJA 3VF4A 4BDYA 1HJOA 4JI8K 1UORA 3E9PA 1TAUA 1N6QA 4E99A 3OS0A 4HCCA 3WXLA 1VQ6N 4CJVA 4ISGA 2BXOA 1MUSA 3T7ZA 3NHGA 3ATVA 5K14A 4J2EA 3O4NA 2VDBA 2V7ZA 2HHWA 4IOCL 4H4MA 1H1VA 4DUZK 1Y97A 3EKSA 3D6RA 2VGMA 2G8UA 3SQ4A 4OPJA 4GNIA 2EHGA 1VSFA 2CH5A 3AGRA 1RTJA 2ITMA 3CCJN 4DTUA 2YNIA 1LAWA 4A5BA 4I9OA 2E88A 4C8NA 1SL2A 3QERA 2KZMA 5GIOA 4OJRA 3L3UA 1W0HA 2K0NA 1KW2A 4BR4A 4LFAK 1YVUA 3UKRB 2VCPA 2PAVA 2YJFA 4H03B 1ASVA 4CEFA 1IG9A 4BRHA 1CLQA 3BP8A 2HNZA 4KHUA 3VQBA 2G8FA 4B1UB 4E7LA 1E7CA 3TU5A 1TK8A 2O4IA 1HK3A 2HBMA 3MXJA 2HW3A 3DXMA 4A5AA 2ASOA 3A5NC 4C8KA 4LH4A 3HM8A 4DUYK 1Q18A 1VSKA 4ZTJA 3O4QA 3JAMO 1NK7A 2YCHA 4K25A 4LUHA 4AILC 1HMVA 1MDUB 5EXWA 4B3MK 5AZIA 2LXSA 4JEPA 2ZM6K 4FJIA 1LWCA 3TTDA 2NRWA 2IDOA 3FWBC 3VEOA 3ZSWA 4CJ5A 1XMQK 1GOAA 1S1TA 5LL6Z 4EZ6A 1JLEA 1JLGA 2QM6A 3QEVA 2HMIA 3PY8A 4K8XA 4B9SA 1L3TA 4M3XA 1Q82O 5M1PA 4JHDA 3HP9A 3NMUA 3QETA 3LWMA 5I3UA 3QFPA 1U4BA 1KXPD 4DTSA 1X3NA 3VN5A 1FXXA 4N47A 2ROHA 4CHNA 1XNRK 4CJTA 4WFAL 5AQJA 2X6NA 4BRFA 2P9UB 4OR0A 3VF2A 3NBPA 5C24A 1NGBA 3NF7A 1KVBA 3PLAA 3QIPA 4IFYA 4BRIA 1SL0A 3H37A 1CZ9A 2QWNA 5FDLA 2Z8JA 1B92A 2OPRA 2QXLA 4WYBA 4Y0WA 4BC5A 1O13A 1HK2A 1DKGD 5LY3A 4O0JA 4CZEA 1NOZA 1VSEA 1HK4A 5C0YA 4CJ4A 1HYZA 5FLXO 3PV8A 2YDFA 5M1KA 3A8YA 3THYB 1FKOA 5IFOA 4AH9A 2VWBA 4KB0A 1IKWA 2P9SB 1J54A 4LY7A 3UB5A 4NYNA 4DR1K 2HB5A 1RT6A 5CY4A 4B9UA 3MCPA 1BL3A 3CFOA 5FRNA 5GINA 3AVIA 3RMDA 4B9NA 1ASUA 4DLGA 1QQNA 1TV6A 1E7AA 3ISNC 3UKRA 3K5MA 3U4LA 1OH8A 1OVQA 3AVGA 4IO9L 1LOTB 1Q8IA 5TKYA 1TKXA 4AHUA 1QQOA 4JK7A 1NJYA 1X3MA 5ID9A 4N0UD 3CCVN 4HUEA 2KTQA 4GY2B 4W4UB 4PHTX 1WUAA 3BZKA 1BIUA 1HK1A 1MU2A 3O3GA 1Y64A 3EZWA 4CJ3A 5KQDA 4M41A 1W2BM 1BISA 4IEEA 3VGKA 1ATSA 4LSNA 2Y1IA 4DSJA 2XY6A 3JS6A 3A5MC 3WXKA 3THWB 1NWKA 3ZETB 4D7XA 1KLNA 3C7NA 4IJNA 4ELUA 2HHXA 4IW1A 2BXGA 2FSKA 4B9VA 1BI4B 5HP1A 3T19A 4WQ4C 3C6AA 1QQMA 3EN9A 3VERA 3QFUA 3GA9L 2X78A 4KHWA 1NJZA 3CJ7A 2OANA 3BF1A 4IWVA 3L2WA 4EHUA 2LQIA 4YNQA 4FLVA 2G8IA 5B5TA 5H1SQ 4O55A 4PUOA 1BCOA 4ICLA 2DY4A 2XVUA 3LANA 3MK6A 3AVCA 2GX9A 3J80O 4YOVA 2XY8A 2QHBA 4B9TA 2PZSA 4BE2A 3ZSZA 3RRHA 4CZKA 3SJHA 2P9UA 2IIRA 4FPAA 3VQEA 2H3GX 4CEDA 4GMJB 3KTQA 2QWOA 3WXMB 3FZKA 5IJFA 2D0AA 4PO0A 4KO0A 3VQ6A 3H3NO 4W5QA 3VQ7A 2HHSA 3ZYYX 4FLWA 3C6UA 1X1PA 3DOKA 4MDAA 4DQPA 3ZT4A 4GG2A 5JICA 4YFUA 3V9WA 3LM2A 3NH1A 4F3OA 4OO1J 1C1BA 1JLQA 3AO1A 1TXUA 5AQRA 2XY5A 4DR6K 1YITN 3V81A 3THYA 3PX6A 1EWRA 2HNDA 3C6HA 1D5AA 2W6KA 1KSPA 1TL1A 3OVNA 1A5VA 2YHXA 4CJSA 4EFHA 3OYDA 4EMXA 1E3MA 3AO5A 3GDQA 2ZF5O 5HOOA 3LPUA 5AQGA 2DBUA 1HKGA 2F7TA 4KH4A 4IDHA 3RMAA 2A42A 3HBTA 2BXLA 1VQ9N 4MQ3A 1IJGA 1VK0A 1D4XA 3GQUA 5HBMA 1LOTA 2E0XA 2LSNA 3RMCA 1JL2A 2Q36A 3JRYA 5JLFA 5MLCQ 3CCMN 3OW2M 4JK4A 4YOWA 4X65K 3RMBA 2QI2A 4JKFA 3VQDA 4B08A 1EQYA 2JWKA 4DSIA 5EOYA 1VZSA 3OBYA 1Z6RA 3F2KA 1E4FT 3LP1A 3EL2A 3OYNA 5IT9O 3VENA 3H3OB 1IKYA 3KLEA 4ZCGA 3ZSRA 4DQQA 4YHHK 4JK8A 3HJFA 3THWA 4U7BA 1IG8A 3AVMA 2BGGA 3ZETA 4Z4GA 1N5YA 1WAJA 5F1XA 2Y1JA 1RT1A 4FJKA 5E41A 3LDSA 1KFDA 1BI4A 4FO0A 1VQON 2HHQA 2NRZA 3FE1A 4MO5A 5AQWA 5BRFA 1IBKK 3ENOA 4F5UA 1JXBA 1KXPA 4I7FA 3QINA 5FROA 4CBXA 4IOAL 3HI0A 3O80A 4JKDA 1LWEA 2OPQA 1JCGA 3R6MA 2XMOA 3RTVA 3ZEUB 4NCGA 1F21A 3HPOA 4OKJA 3OYKA 1BG3A 1ZBFA 1E7GA 5C42A 4JYAK 1S3XA 2P1JA 5SZTA 1CZBA 3F5TA 5LJWA 3O6WA 3O4WA 2OPSA 3KIKA 2OZBB 1RT4A 4DKWA 5HRSA 2WONA 3ICXA 2EFHA 1RILA 2FBYA 1HK5A 3FWCC 4FZXC 4G04A 2DPNA 2YI1A 2KKZA 2UUAK 1TK0A 3KZBA 3TWHA 3DRPA 4PL8A 4DFJA 2A1RA 4A59A 1RDAA 2O4GA 1ZBUA 4H4OA 3HOTA 1BWFO 2IOCA 1NJXA 5AFUH 2YHBA 5AZJA 3DXKB 3DLGA 4Z69A 3VETA 1HQUA 3J81O 2CH6A 4KTWA 1RDDA 3L4IA 1X9MA 2GUIA 4B1XB 2XW1A 4Z4EA 2O8CB 3U8XA 4GDKB 3O5BA 1WSIA 3A75A 1DTTA 3O9RA 4KBOA 2D1KA 4HCBA 1GOCA 4CZLA 4WF9L 1CXUA 1Z26A 3ZT0A 4BVPA 2BXCA 2Q0RA 3ZT2A 3OYFA 3O9UA 3KVGA 4HVJA 2EFCA 4EHTA 4JKHA 5J1EA 3OYLA 4CGDA 2W6LA 2HF4A 1HR0K 2AJQA 2D0CA 3MXIA 4M3TA 4LA0A 1QZ6A 3I55N 3ATUA 1CZAN 4JI1K 4BWMA 3FGUA 4PY5A 3BF3A 1KTQA 4X64K 4JI5K 2DG5A 4AHSA 4WE1A 2YKMA 4BY9C 4LB9A 4CHYA 3L6QA 4CGIA 2CKXA 3LZJA 2A41A 3ZSQA 3DJCA 2OYQA 1HNXK 4CJFA 3KLGA 4DFMA 4WCEL 3ULEB 3VGLA 3THXB 4ELTA 4HUFA 1WSFA 4DSFA 2RN2A 4H8KA 3HXMA 2O8DB 2FBTA 1KD1O 3A5LC 4XIUA 4KHQA 4OGEA 3RSEA 2OT3A 4DLEA 1OVYA 3OYBA 5A2QO 1MWKA 4GW6A 1QE1A 4DTXA 4W5RA 3O9QA 4IXCA 3I0SA 3HRGA 1NKEA 2O8BB 2VGNA 3P1GA 5AQVA 4CZIA 5HRNA 3A0IX 2BH1A 3AAPA 1G99A 4RW7A 1IBMK 4HGMB 4FJJA 3ZEUA 1HNVA 4CEAA 4B1YB 2G8HA 3WEEB 5C12A 2RF2A 1KAYA 3D2EA 3SAFA 3RR7A 3SQ1A 3KHYA 4CERA 2QWMA 3MN7A 3R3LA 4HTLA 4LD0A 1RBSA 5E26A 2VYPA 5CHIA 2NLXA 3VQ8A 4JN4A 1BO5O 2ASPA 3LALA 1BOTO 4IO8A 1JL1A 3MN5A 1ZBIA 2ETJA 4CK1A 4MLEA 1XNQK 4OPHA 1DGKN 3S3MA 1C0MA 4JD2A 4CBWA 4CIEA 5IJ5A 2RE2A 3C94A 4TSXA 1BIZA 3MN6A 4CIGA 2KBZA 4KH5A 3FNMA 4YORA 3ZX3A 4CF2A 3V09A 5IIUA 4RCHA 1T6DA 2UUCK 4FZZA 1VHXA 2Q2RA 4DSKA 3QESA 1OKJA 4FJ9A 4B9LA 3VQ9A 3ZT1A 2Q97A 3CQ8A 3DLHA 3VOVA 2ITGA 1U2VA 4FJ8A 4YOXA 1BJ5A 4M63C 4AHCA 3GG4A 4K41A 4XEIA 4KPYA 3SZ2A 1BGXT 3VQ5A 4DHXB 1YAGA 3OYEA 1J5EK 3KLIA 3I56N 3TAQA 1WLJA 3PSIA 3EE9A 2B4JA 4CW7B 3AVLA 4L3QA 5AQFA 4DV5K 4DFKA 4YY3K 3S3NA 3MHSB 2IGIA 4KV8A 5AQPA 4B8CA 1NK9A 3NDKA 1QSSA 1S1UA 5BREA 2RKIA 4IZ9A 3M6GA 2FF6A 1LW0A 3L4QA 1EXQA 1QZ5A 4CF0A 1NGCA 4L9KA 2V7YA 1P8ZA 4IG0A 3THXA 3SV3A 5LMUK 4CEQA 2ZGYA 4IFVA 4E7KA 3VQCA 3UKUA 4CEOA 2E20A 3TAPA 1IJJA 4FK4A 5GAGP 4NLCA 4CZHA 2WUSA 2BXAA 2CGLA 3L2VA 2FBVA 1VQPN 4KRFA 4OKEA 4KHSA 3ECPA 3THVA 4YDUC 1YI2N 5J2PA 3KKRA 4G9ZA 2P5GA 5BPNA 4B1WB 3PSFA 4B3OA 4M7YA 3G6EN 4KHNA 1NJWA 4DTJA 4CEEA 1EKEA 2HNYA 2XVQA 4LF5K 3O08A 5CZ1A 3MEDA 3ZX2A 2F9WA 5AQZA 5LJVA 4EP5A 2D0BA 4JI0K 4NB4A 3WEEA 4PL7A 4K43A 3IDHA 3J7YP 3V9UA 2KZZA 3WNEA 4R5PA 4NXMK 1NK8A 3SBTA 2ZWHA 3DOLA 2VG5A 4O8KA 4FM1A 3KK7A 1MIWA 5AFUA 5IJEA 4N56A 4CJKA 4ID1A 2UUBK 3LU8A 1NK4A 3NAEA 4LF7K 3SAGA 2PY5A 2Z1JA 4KREA 3BUZB 1RT7A 4BR5A 4BACA 4Z0UA 1Q9XA 4BQLA 4N3ZA 1LCUA 3HOSA 3V9ZA 3WXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIV B;  3NVI A;  3NVK A;  5GIO A;  3PLA A;  3GQX A;  2OZB B;  3T7Z A;  3NMU A;  3ICX A;  3GQU A;  1NT2 B;  3NVM A;  3ID6 A;  5GIN A;  2NNW A;  3SIU B;  5GIP A;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GVM A;  1IV0 A;  3K57 A;  3NVK A;  3KIO A;  1YTU A;  2DBW A;  3ULD A;  4DV0 K;  3DM2 A;  3M8P A;  4CJU A;  1BDG A;  2GBZ A;  4JRP A;  3W1S A;  3NF8 A;  5CYM A;  3NGI A;  3FZL A;  2FBX A;  2NRT A;  1SKR A;  2ASM A;  3IMX A;  3K9J A;  4K71 A;  5EVZ A;  4CD1 A;  4R79 A;  1VFI A;  3AGK A;  3K0S A;  4IBN A;  4LF4 K;  3E66 A;  1DTQ A;  3KLH A;  3CF5 L;  4BRO A;  4OX9 K;  2BX8 A;  4I2Q A;  3UKU B;  2HVI A;  4G01 A;  1E78 A;  4JS4 A;  3DYA A;  3AAQ A;  3KD5 E;  2I7P A;  4CCH A;  4GV6 A;  3CCQ N;  4HWI A;  2PYJ A;  3JSM A;  1K73 O;  1U47 A;  2P9L A;  1W9H A;  4KI4 A;  1BKE A;  3OYG A;  3O1W A;  4B1Z A;  3AA3 A;  5JS2 A;  4M3Y A;  1JCE A;  1NGF A;  3ITH A;  5D3G A;  1S1X A;  4FJG A;  3ZCM A;  1JLB A;  4M3R A;  1XUP O;  3CC2 N;  5HRO A;  4Z4C A;  5JVG L;  1NKC A;  4A57 A;  3ZSO A;  4FWP A;  4CJ7 A;  1UWB A;  3OYI A;  2ZJQ L;  2XVW A;  3E9O A;  1N5U A;  1J78 A;  3E9L A;  3T1A A;  4DSE A;  1IBL K;  3MEC A;  4FWS A;  3OS2 A;  2XHB A;  4CK3 A;  3QBX A;  1M1K O;  3O9T A;  4ZBQ A;  1Q81 O;  2CGJ A;  2BXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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