3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3GQUA 3NVIA 2NNWA 3NMUA 3SIUB 3ID6A 5GIPA 5GINA 3NVKA 3T7ZA 3PLAA 3ICXA 1NT2B 2OZBB 4BY9C 3SIVB 5GIOA 3NVMA 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U67L 3OYEA 3V9UA 4JS4A 2P9IA 1RT1A 3PO5A 3IS9A 4RCHA 4CZFA 5EX5A 1CZBA 2UYTA 4CJVA 3F2KA 3LZJA 4JK7A 4HUFA 4U7BA 3ZT3A 1VRTA 5M1PA 3KK2A 1XWLA 3KLGA 1HPZA 2WOMA 5C2DA 4IJNA 4JI4K 3KWIA 2HF4A 3BZKA 4E7JA 1M90O 3E66A 2E2OA 2ZGZA 3MX2A 3ZETA 3FZHA 3AO1A 2E8AA 3UKUB 4BR9A 2VWJA 3VQIA 5ADXH 4HUEA 3KJLA 2AA4A 4C1NK 4DSJA 3L6QA 5AQNA 1EWQA 1L3UA 4LUFA 1LNSA 4X65K 2YHWA 5JICA 4CHZA 4V19S 2OYQA 4BC2A 2PY5A 5IWAK 3EYZA 1FXXA 1U2VA 5FRMA 4PL7A 4H4MA 3OW2M 3B9LA 2QM6A 4HWIA 1FKOA 4KHUA 5HRPA 3UKRA 4NLCA 1VHXA 1W9HA 4RG8A 1VAZA 2IVOA 4F3OA 2Q0UA 4DTNA 3L3VA 2XY8A 2P9IB 4FLTA 5FPMA 3ZSVA 1J5EK 4DQQA 4CF1A 1W97L 2JGUA 5EOYA 4LD0A 4Q5VA 4ZUXV 1B9DA 1OVYA 4AHCA 5J2NA 1WBDA 1MA9A 1YITN 1EQYA 2BE2A 3DLRA 2VG6A 4JRQA 3LPTA 3GG4A 4B1WB 1MM8A 3SBTA 3ZETB 2ZJPL 5AFUH 1JCFA 3ZYYX 4CJSA 2XY7A 4H0PA 5AQSA 4JK9A 3SV3A 1NU0A 3NF7A 1HK3A 2B6AA 4KFBA 2ZJRL 3CFPA 1TK0A 2XVVA 4F5SA 1NGIA 3IG1A 3CCLN 1GLLO 3OS1A 4WYBA 3E01A 3QNNA 2O8CA 1E7HA 3V03A 2OZBB 3CETA 4JN4A 1U2VB 4CJ4A 3C95A 4Y1DA 1VQ5N 4JI0K 4YFUA 4BWMA 1RT3A 3CM5A 4J2EA 1KXPD 3UKRB 2EWSA 3NMUA 3ENOA 5FRNA 3K5LA 4DG1A 3EN9A 1IH7A 1K8AO 2G8KA 5SZTA 1N33K 3KHYA 4I2PA 1H5WA 4FCYA 3AVCA 4M3WA 2I5JA 3AVHA 3VF2A 1JL1A 4FWRA 5ID9A 4ISGA 4AF1A 5I3UA 1HKGA 1OH5A 4LSNA 3FFIA 1MA9B 4CHNA 4DHXB 3KKRA 1T8EA 3HVTA 2Z8KA 1GOAA 4DF4A 3KTQA 3KK7A 1ASWA 1ILYA 4B9UA 2ZWHA 4IO9L 2JUHA 1X9SA 3QB0A 2NRXA 1QQNA 1RGIA 3A8YA 3E9OA 1DT9A 3AGKA 5J1EA 2NRWA 2O8BA 4IOAL 3SZ2A 1NKCA 4ZTJA 1T6CA 5ID7A 4A61A 2DY4A 1J78A 3PLAA 4WCEL 1MWMA 4LF6K 2IIRA 4QS8A 4OKEA 3CC7N 2O8CB 4E7IA 4N5SA 5AQFA 4FZZA 1HNZK 1E4GT 3BP8A 4PA1A 1BA1A 1JLCA 3CXCM 5IJEA 2VUEA 3MXIA 3K9JA 5CR4A 2WFBA 5KPTA 3V81A 2XVWA 1BQNA 4DKWA 1ATNA 1KFDA 4CZEA 3T1HK 4BRPA 4FPAA 1U6ZA 4DR4K 3M3ZA 3EZWA 4IOXA 1T05A 2HHSA 1RFQA 3DM2A 3JS6A 3U6FA 3ZX3A 2RHKA 4AH9A 2IVPA 2LSNA 3SIUB 3QLHA 3OS0A 2OANA 2E2QA 2PAVA 3LDLA 1GLEG 2GWJA 2VQEK 4O0IA 3ZSWA 3HOTA 1NK5A 5F2RA 2O8BB 3V1OA 3THXA 2FSNA 2R7YA 4RW7A 4H0OA 4FWSA 2I30A 3CQXA 4C1NI 3HOSA 4I2QA 3DAWA 1U49A 3IMXA 1W2BM 4OGCA 3CD6N 4O5FA 3ZSYA 2D5RA 4F2RA 4MDAA 2QKBA 4AHVA 3D7EO 4CJFA 3M99C 4I9LA 4JKBA 3L2QA 3O5BA 2OPPA 1YVUA 3D2FA 1RTHA 5DQFA 4DFMA 4CW7B 1QE1A 1FKPA 3CCEN 2GX9A 4E1JA 3H1QA 5FPEA 3SBGA 3C6TA 3LL3A 2Z1GA 3EKSA 3KLEA 2F96A 3DRSA 4KB1A 3SJJA 4JKAA 4M3XA 1SUQA 3E9LA 3QIPA 1VSEA 4FM2A 4JS5A 4DS5A 2HW3A 4GG2A 1EX4A 1V4TA 4FOIA 3W1SA 4R79A 4CI6A 5C12A 4ILJA 4DV3K 1VQ4N 3ZT1A 3THXB 4L9QA 4Z9OA 4JI5K 1BG3A 3HPHA 3Q7CA 3P83D 3SAFA 1CXQA 3QEIA 3WNEA 4CFAA 4RTFD 4BRCA 2IGIA 3S3MA 3LWLA 3WXJA 3O9UA 4Z69A 4B3TK 1HNIA 3P31A 4CZGA 1E7EA 3CX9A 4FLYA 3IFRA 4B1YB 3H6EA 3D2FB 3NFAA 3CF5L 3CFOA 4FIPB 2HNZA 3AVMA 4IO8A 1YAGA 3NH0A 1NK6A 1NOZA 4DV1K 4LFBK 1WSEA 3J7ZO 3DRPA 3IAYA 4FK0A 4LB2A 1RT2A 4MLEA 1RBUA 1N6QA 4QS7A 4H0XB 4CEEA 5DM6L 1GLDG 5DBYA 4BGAA 2BXGA 1VSMA 1N36K 3ZSOA 4JKCA 2E2NA 3OBYA 3VPZA 3RMBA 4LY7A 4CESA 3ATVA 4CJWA 4PUOA 2Y1JA 2W6KA 4M45A 4ELVA 2ITGA 1VZSA 4ELUA 2QMCA 2NZTA 3THVA 1S22A 5CHIA 3AY9A 4DSIA 3JQZA 3H46O 4LH4A 3SYZA 4H0YB 5CZ2A 4FL9A 3WUHA 4ZC6A 1J7EA 5GINA 1C6VA 1NMDA 2HMIA 3U3YA 4G01A 2Y1IA 3DWLA 3A75A 3FFKB 5AQLA 1M1KO 2KW4A 1HUXA 3VF4A 2D0BA 4CGFA 3JRYA 4CE9A 3SAGA 3M8SA 3GQUA 3O6WA 4N56A 3MDQA 3OYFA 4IEIA 2RE2A 4LFAK 4GDKB 3V1RA 1GLJO 4FJCB 2YHBA 3J7AP 4WQ4C 3K5OA 3MAQA 1C0MA 3D0PA 1HK2A 4DF8A 3SNNA 3J7YP 1C0GA 1IV0A 2Z8JA 1OKJA 3K9KA 4FWNA 1QSLA 3L4QA 4TSXA 4BC5A 1V4SA 1U45A 5HRNA 1VSKA 3DMJA 3LAMA 2ZQBA 3WNFA 4DCHA 4DU4A 2XY6A 1JCGA 3I56N 1LWCA 3NF9A 4CZMA 2FBVA 1QSYA 1JNBA 3DXMA 3JAMO 4KHNA 1Q9XA 1HNVA 5FUOA 4CEDA 2FBTA 4QAGA 2XSIA 4JYAK 4A57A 3CCQN 2A41A 2QEXN 4ELTA 3QBWA 4BE1A 1WOQA 4K8ZA 5BN8A 4L8UA 1HNWK 5IJ5A 4IW1A 2CKXA 4B9VA 1LOTA 4EP4A 3H45C 4DV0K 2QWQA 1X1PA 4IBNA 3DOLA 2OPRA 3OYDA 5GHKA 4A5AA 3O3HA 3FWCC 2VQFK 5AQJA 2WC9A 4BDZA 2P9KA 4ZTFA 1FK9A 4F4KA 3A5LC 1QSSA 1MIVA 2WBNA 4BREA 5I42A 3EL2A 4CBXA 5FLXO 3KJVA 1S1TA 3WEEA 4FZYA 1NGBA 4KB0A 3CJAA 3QFPA 3VQDA 3AVFA 3VGKA 4ISEA 5CZ1A 1DTQA 2XW0A 1SS6A 4KPYA 1EP4A 2VGMA 3MCAB 5KGWA 1B9FA 4BDPA 4AHUA 2Z1JA 4FLVA 3PIPL 3E1YA 2UU9K 5KGXA 2YHXA 3DXMB 2OTLN 1MUSA 4XEIA 1QVFM 3FZFA 1RBTA 4ILHA 3MHHB 5HRRA 1VSJA 4KTWA 1T44A 5EU7A 4E3SA 3KK1A 4GVEA 3H37A 3AVKA 1HJRA 3K57A 4IJAA 2YV0X 4B3SK 2YNIA 2Q1NA 3D45A 2VUFA 4XH5A 1VSIA 4FJ7A 2JLEA 3J81O 2P9KB 4KHYA 4YDUA 2HHQA 5HBMA 4FLWA 3O8MA 3VQ8A 4AM7A 3B6PA 2GUIA 1IG8A 2FF3B 2DBXA 3WEEB 2G8UA 4L9KA 1KSPA 2YX6A 4N3ZA 3H3NO 3TTCA 1RCHA 3L2UA 3ASMA 2YNFA 2BXEA 5HP1A 3WXKA 4RW4A 2P9SA 1VFIA 4B9LA 3CERA 5JLHA 4O8KA 4A2AA 2G8FA 3A0IX 3UIVA 3I0RA 4CD1A 3ZT4A 3PY8A 4KHPK 2P9NA 2KZMA 2NUBA 3ULDA 3GQXA 3NVIA 2VG5A 4DQRA 1L3VA 4CBUA 4JI8K 2EFEA 5HOOA 1ZBIA 4IDKA 3V08A 1O13A 1S9GA 3ID8A 4PKHA 3HXMA 4O5BA 1Q18A 2OPSA 4JI2K 3CPWM 2HMPA 4IZ9A 4JKEA 3SPZA 2RPIA 5JMVA 1ZBFA 3OA9A 3VENA 4Y0WA 1XHXA 1WAJA 1HKBA 4KV8A 4KREA 5GAGP 1TAUA 4JEPA 2PFUA 3KLIA 3CJ9A 4FWQA 4JKFA 3OYBA 4OVLA 4KH5A 4WA6B 4JKHA 3TSQA 5GAEP 4MDBA 2G8HA 4FSVA 1SL2A 3C94A 4WFAL 4JKGA 4MQ3A 4DLEA 4G03A 1P90A 2QWOA 3SAHA 4FLXA 4L3QA 2P9SB 3I0SA 3VQ6A 3D2EA 1DEJA 3CCVN 2VWKA 1KDXA 3AO3A 5AQPA 3SQ4A 4DTRA 2E6LA 1ZXOA 2KQ2A 4HHTA 3G71N 1E3MA 4OT2A 4EZ6A 2P9NB 4HUGA 2HSTA 4LFCK 1BO5O 3CCMN 3ZX2A 3CJCA 3VESA 4C31B 4BVOA 4CJLA 2X74A 4OPHA 1GLCG 4DV7K 2X78A 2E2PA 1EXQA 5SWMA 3TPQA 1KLMA 4Z94A 3I55N 4FLUA 4PY5A 3ATUA 1TYQA 5HOZA 1WSIA 3C6AA 2HVHA 4FZXC 1RILA 4FXDA 1TVRA 1YTUA 4WFNL 2UXCK 4PL8A 4CFDA 4CGDA 2BXBA 5D7GA 3SJHA 1UA1A 1IKWA 1TK8A 5E41A 5KRTA 2HBLA 3D6RA 5LJVA 3ENHA 4CEZA 4CVNE 4CJPA 3RVCA 4CZJA 1XUPO 2FXUA 3HT3A 4FJ8A 4NO7A 3IKMA 4BRKA 5IT9O 5H1SQ 2GELA 1NK9A 4JKGB 2AP1A 3BF1A 1VQMN 4J2VA 1RT5A 1FOUA 4DFJA 3VEXA 3BUZB 3LALA 4HVJA 2X6SA 2AGHB 4M42A 3D2EB 3VEZA 1TK5A 3PIOL 2HVIA 4H5VA 1ZBLA 1QVGM 3C0BA 2Z1HA 1WSGA 3TAGA 3V9ZA 1GNJA 1VQ8N 4ID1A 3OYMA 4YY3K 1IKYA 3JSMA 1E7CA 4C23A 4M41A 3K59A 3LM2A 1LWFA 4K25A 4NXNK 4CF9A 1TYQB 4CFBA 1BQMA 2GUPA 2BDPA 3LU7A 3DLGA 2DBWA 3OVNA 4ZHRA 1RDDA 2EFCA 1N5UA 3AO2A 3LPUA 4NCAA 4J2BA 3TAPA 4FO0A 1LWEA 4MO4A 4ZBRA 2BH1A 3DLKA 4FK5B 3WXLA 2XW1A 2AJEA 4YOWA 3KVGA 3SV4A 3HJFA 1TKXA 4PO0A 4EP5A 1RDAA 3L4IA 3M8PA 4F5VA 1KAYA 3EKUA 2HHVA 3MK6A 1ZBHA 2BXKA 1BHLA 3QBXA 4BROA 3CJ7A 4FVMA 5IIUA 5AZIA 3THYA 4KI6A 4O0JA 1K6YA 2BTFA 2GWKA 3LDNA 4B3MK 4I6MB 4EHUA 4Z4IA 4ISFA 4KO0A 4K43A 3LP1A 1NJZA 3TAEA 5IIXA 1ASVA 1Z05A 1WLJA 2BXMA 4I7FA 1RDWX 3AVNA 2HNYA 3CJ1A 1RNHA 1L3SA 4M3UA 1HK5A 4CF8A 3AA4A 4CJ5A 3EZ5A 4ICLA 1B92A 5M1OA 1CLQA 3SQ1A 1K8KA 3QEXA 4B9QA 3TARA 3O9SA 1EKEA 5FPNA 4CF2A 5E26A 5AQGA 3ENBA 5BPNA 1Y97A 1YJWN 4O55A 3FWBC 2O8EA 3T3FA 5BRFA 1TXUA 2DBUA 1S9EA 4IG3A 5AQUA 4CEOA 5BN9A 3OJUA 4DM0A 2G8VA 1WSFA 3OTOK 4DSLA 2EFHA 4YOTA 3C65A 1C0TA 2BXLA 1LW2A 3K5MA 4K8XA 3ISNC 1RTDA 5AZIB 3RWUA 3THYB 1VQ6N 2ASOA 1RBSA 4IDHA 4PWDA 3CHWA 4BRNA 3CIPA 5EVZA 1JLQA 2FLOA 4GKJK 1U47A 3HO1A 1DGKN 4EAHD 2NRTA 3U9ZA 1LAWA 1KQSM 3V09A 4OPJA 3A5OC 1SAZA 1C0UA 4CGIA 2ITMA 3OYJA 3AA2A 2Q31A 3BY5A 4BR4A 1K8KB 2QK9A 1J6ZA 3HK2A 3G4SN 1N32K 4JLHA 4FWMA 4FPBA 3O80A 1RT6A 1Y64A 2ZE2A 4NCGA 4LF7K 2VCPA 2O8EB 3EE8A 3PX6A 4KTQA 3AVBA 1G15A 1P8ZA 3DYAA 1S72N 2A1SA 2Q3SA 1G99A 4N76A 1VRUA 1BIZA 1REVA 3NH2A 1SKRA 1Q82O 2YJEA 4LSLA 4HGMB 4DUZK 1YF5L 4Z0UA 4QCLA 3AVIA 3SIVB 5HRSA 4JNEA 1NGCA 2RN2A 3G0ZA 3TU5A 4DTJA 5M1NA 2IDOA 1Q86O 1X3MA 4B9SA 2E4LA 3VQ9A 3CI5A 4Z4FA 4G9ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  3NVI A;  2NNW A;  3NMU A;  3SIU B;  3ID6 A;  5GIP A;  5GIN A;  3NVK A;  3T7Z A;  3PLA A;  3ICX A;  1NT2 B;  2OZB B;  4BY9 C;  3SIV B;  5GIO A;  3NVM A;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4U67 L;  3OYE A;  3V9U A;  4JS4 A;  2P9I A;  1RT1 A;  3PO5 A;  3IS9 A;  4RCH A;  4CZF A;  5EX5 A;  1CZB A;  2UYT A;  4CJV A;  3F2K A;  3LZJ A;  4JK7 A;  4HUF A;  4U7B A;  3ZT3 A;  1VRT A;  5M1P A;  3KK2 A;  1XWL A;  3KLG A;  1HPZ A;  2WOM A;  5C2D A;  4IJN A;  4JI4 K;  3KWI A;  2HF4 A;  3BZK A;  4E7J A;  1M90 O;  3E66 A;  2E2O A;  2ZGZ A;  3MX2 A;  3ZET A;  3FZH A;  3AO1 A;  2E8A A;  3UKU B;  4BR9 A;  2VWJ A;  3VQI A;  5ADX H;  4HUE A;  3KJL A;  2AA4 A;  4C1N K;  4DSJ A;  3L6Q A;  5AQN A;  1EWQ A;  1L3U A;  4LUF A;  1LNS A;  4X65 K;  2YHW A;  5JIC A;  4CHZ A;  4V19 S;  2OYQ A;  4BC2 A;  2PY5 A;  5IWA K;  3EYZ A;  1FXX A;  1U2V A;  5FRM A;  4PL7 A;  4H4M A;  3OW2 M;  3B9L A;  2QM6 A;  4HWI A;  1FKO A;  4KHU A;  5HRP A;  3UKR A;  4NLC A;  1VHX A;  1W9H A;  4RG8 A;  1VAZ A;  2IVO A;  4F3O A;  2Q0U A;  4DTN A;  3L3V A;  2XY8 A;  2P9I B;  4FLT A;  5FPM A;  3ZSV A;  1J5E K;  4DQQ A;  4CF1 A;  1W97 L;  2JGU A;  5EOY A;  4LD0 A;  4Q5V A;  4ZUX V;  1B9D A;  1OVY A;  4AHC A;  5J2N A;  1WBD A;  1MA9 A; 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