3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3GQXA 3PLAA 3NVIA 3SIVB 5GIOA 3NVKA 5GIPA 3SIUB 2OZBB 4BY9C 3NMUA 3ICXA 3NVMA 1NT2B 2NNWA 3T7ZA 3GQUA 5GINA 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1SA 3SMSA 4DTUA 4N3ZA 4M3YA 1WSIA 2D0AA 3ZLJA 4ZHRA 3I0RA 3UE5A 4KHNA 4HGMB 1ASWA 3W3DA 4OR0A 3U6FA 2HBLA 3JQZA 4DSFA 4CF0A 3L6QA 4DV4K 4LSNA 3GQUA 4F3TA 3I0SA 4FJJA 4ELVA 3CCQN 4L8UA 5JICA 1JXBA 3PLAA 5H1SQ 1D4XA 3P1GA 3OYMA 2I7NA 3OYEA 4I9OA 2NRHA 3T1AA 2O8CB 4AHRA 1MIVA 5J2NA 3OJSA 2YHAA 3KKRA 1VQKN 4HGKA 4H4MA 2OA8A 4DV6K 2DFFA 2LXTA 2D5RA 3OTOK 4C1NI 3F5TA 3ICXA 4M7XA 1X9SA 1WSEA 2F96A 2HBMA 3TR8A 1WUAA 2G8KA 1HPZA 5DM7L 3CD6N 2VQEK 1WAFA 1NJZA 4NAWB 3SIVB 5IIXA 3H1VX 4RW8A 2YNHA 5JLFA 3T69A 3ENHA 4B1VA 3OBYA 3DLEA 2QK9A 4B8CA 4DKWA 4IFYA 2KFNA 1BU6O 3VESA 3PV8A 1KW2A 4DR6K 3PO5A 2B4JA 3FR0A 2JWKA 1VQ5N 4CERA 4RG8A 1NK7A 3NBPA 3LP0A 4GV9A 4H0PA 1JCEA 1K9MO 2IVNA 2HMIA 5AQXA 4KRFA 1YT3A 2PFUA 3AGRA 3MN7A 3R3LA 3IG1A 5AQPA 4U7BA 2LXSA 4N76A 4B3TK 2YKNA 3KK1A 1EP4A 1N5YA 4JI5K 4DR4K 1VQNN 1HJOA 2E1ZA 1SB0A 3CC7N 1S1TA 1X1PA 4FJ5A 2KQ2A 3SAFA 3LU6A 3FNMA 4ZTFA 2GELA 3KTQA 3RSEA 4B3SK 4CJTA 1GOBA 4IFEA 3WUHA 1RBRA 5AZIA 5GAHP 3KLIA 5CYQA 5M1OA 1I3AA 1TK8A 3FWBC 3WXMB 4RWTA 3WXKA 1NG9A 4O5BA 3VETA 3E1YA 4IW1A 4YOTA 4E7IA 4IG0A 4JAXA 3PX0A 5JVHL 4A59A 4EIAA 3GE1A 4BRNA 4IFVA 5HLFA 3MK6A 2Z1JA 2ZJQL 3ZT4A 3DLHA 2KBZA 1EXQA 3CM5A 4BC4A 1E3MA 3VQ7A 4Z4HA 1VSFA 3MECA 4D7XA 4WQ5C 4FWOA 1P90A 1JLQA 4KB1A 2HHHK 4DTPA 3LDQA 1RTDA 4FJ8A 4JHDB 4KH5A 2KFZA 4MDAA 4MFBA 4FOIA 3I56N 2F7TA 1S1WA 4I6MA 4BE2A 5FDLA 1LW2A 3OYAA 1FOUA 1T03A 4FO0A 3TAGA 2QWRA 4JKGA 1TKDA 3QIOA 3F73A 5GAEP 4C8KA 1J78A 3MN6A 3K57A 3P83D 3AO5A 4DTJA 4CJ3A 4IXCA 3HJFA 4FWKA 2XY8A 2BXPA 2YHYA 3G10A 2KW4A 2F9TA 1NK0A 3EZWA 3O9SA 4GG2A 3C65A 4N47A 1T05A 4M63C 1HPMA 3KVGA 3OW2M 3TTFA 3OYFA 5ADXH 3HZ6A 1N5UA 3VQIA 1ZXOA 1RGIA 2QM1A 4E0DA 5AR0A 4RTFD 5C2DA 2XVVA 3UIQA 3O3GA 1E4GT 4IDHA 1JLCA 3SUOA 1SL1A 4NXNK 2YDFA 2O8BB 3WNFA 4DFPA 3K9JA 2BANA 3JXUA 3K5MA 1MUHA 4ILJA 4KREA 1G99A 1ATSA 1FKPA 3E66A 3O08A 4PKHA 4YDUA 4CJRA 3V1QA 3VOVA 1A5VA 3HP6A 3KJVA 4U67L 2YKMA 4C8NA 1TL1A 4DF8A 1NGJA 2ZM6K 3CCJN 3NF9A 3EKSA 4MQ3A 3LM2A 1BHLA 1C0UA 4KFBA 1KSPA 3NF8A 1HNXK 3VQEA 2WC9A 3BEXA 1S6PA 1HKBA 4KO0A 4M3WA 5CY4A 4NYNA 4BDPA 3FZFA 3CM6A 3DMJA 3ITHA 4IEIA 3VMFB 1SS6A 2E1YA 3G25A 4M42A 1SL2A 4DU1A 4OJRA 3CJ9A 2P9KB 3HOSA 2BXCA 2E0XA 4DSIA 2XMOA 4G1QA 3CF5L 3ATVA 1CZ9A 3HSTB 4QS8A 1RT1A 5AQMA 1FXXA 4B9TA 2HHWA 1X3NA 3U8XA 3BP8A 3OYJA 5JLHA 3VA3A 4JLHA 4KTZA 4CBUA 4YOUA 3ZT0A 4E89A 1RFQA 2BXIA 4YFUA 2KZZA 2FC0A 4NO7A 4DF4A 3MAQA 4OT2A 4OGCA 3TSPA 2OPRA 3KWGA 4IG3A 1U6ZA 5AQLA 4NCBA 1SL0A 1E7FA 4CJFA 2F4VK 5DM6L 4O8KA 3DXKA 4H8KA 2OZBB 2YV0X 4BG8A 2P9NB 3BZKA 4HVJA 4RW6A 5EY4A 4DG1A 4F5SA 4Q5VA 4YHHK 1UORA 4A2BA 4ELTA 2QM6A 4IOXA 4LC9B 4ID1A 3DLKA 3M3ZA 3C95A 3ZT2A 4PL8A 3J8AA 4F8RA 1FW6A 1BKEA 5AQSA 3S41A 5FLXO 5FROA 3SJJA 4JNEA 1E7CA 1QQOA 1GOCA 4KKOA 1REVA 2KHOA 3DI6A 3EZ5A 4EZ6A 2NRWA 1JLEA 2KWFA 1KFSA 1MIYA 4CJ5A 2YJEA 5GINA 4KPYA 4BRAA 2XRIA 3ZT1A 1C6VA 3PO4A 1IKXA 3THVA 4BQZA 1RDAA 3LALA 1EWQA 2LSNA 4FJ7A 3SCXA 4BRLA 1KAXA 3AVFA 4CK1A 4E7LA 1LAVA 2V36A 3A5MC 2VUFA 2VQFK 1NT2B 4HUFA 1X9MA 3QLHA 2QA4N 3P4IA 3F2KA 4LY7A 1C0TA 3ZX2A 1W97L 3TAMA 4BREA 4OTTA 4JK9A 4FXDA 3A0IX 4OVLA 4ELUA 3NVKA 3G9KD 3LAMA 2QWPA 4YORA 1SV5A 1GNJA 5IFOA 3OHRA 1W9HA 3Q7CA 4K41A 3C6HA 4ILHA 3A5LC 3TAFA 4CGIA 1YVNA 3NVMA 1VQ6N 4CHNA 3VQ8A 2YCHA 2VGMA 4IZ9A 4JKEA 1O1WA 1T3VA 4YOYA 4WQ5A 4JI8K 4KHYA 5KTQA 2H3GX 3K0SA 1RTJA 4B9QA 3MCAB 5C2FA 4CEEA 4DSLA 3L8BA 2XVWA 3G6EN 4BDZA 1EQYA 3LZJA 1N6QA 3D2FA 4FJCB 4JV5K 3VQ6A 4IJNA 2GTDA 3SK3A 4C8MA 4BRMA 5AQQA 1J7EA 1VAZA 1VZSA 5EVZA 4H5WA 4KH4A 4A5BA 1RDDA 5BR8K 1WB9A 1AO6A 2AA4A 3MEEA 4B3OA 1R0AA 3NVIA 2XO7A 5BPMA 3ZX0A 3H37A 5I9EB 4BVOA 2P1JA 3I33A 1YVUA 1C1BA 4BRHA 3E9PA 1OH6A 4BY9C 3QDKA 1WLJA 1K73O 2GV9A 3WEEA 3AVCA 4YY3K 2NRRA 3C94A 4YOXA 3KLEA 1UWBA 5HRPA 4IWVA 2HF3A 4DLGA 3VEXA 3QEIA 3CCUN 4Z9OA 3BGRA 5AQHA 3BF3A 4C1NK 4HCCA 3KK7A 1VQMN 4M3ZA 1NK5A 4BVPA 2BX8A 2BUPA 3OVNA 4CGDA 4QAGA 3D0PA 2D0OA 3CHWA 5IWAK 4KHWA 3WHSA 4BE1A 2O4IA 1TUYA 1NKBA 1KVCA 2Y1IA 3VERA 1NBWA 3B6PA 2P9LA 5SZTA 3S9HA 3WNGA 1T7PA 3AVGA 4FLVA 3RSEB 3WNHA 1S1XA 5AZIB 4BRGA 5FPNA 1U4BA 2FSNA 3CJ7A 1JJ2M 4F5VA 3H45C 2Z1IA 2CGLA 3TPQA 2LQHA 1HKGA 5ADXA 2P9PA 2YJFA 1Q9YA 1NGIA 1DTTA 3AVBA 4M45A 1TYQA 1TGOA 3EE8A 5M1KA 3OY9A 1UA1A 4BACA 3SUPA 2GEMA 4B9SA 3VQ5A 4FWSA 4MLEA 2RPIA 1MIWA 3VEZA 4E1NA 4FCYA 2A5XA 3TAPA 3C6TA 1SUQA 4B3RK 3U3YA 3ULEB 5IJEA 3UKUA 3ZSVA 3HRGA 3WQTA 2QWLA 2V52B 4N5SA 1S1UA 1D5AA 4NCGA 1HYSA 1RDBA 2VWJA 4Q0BA 3H08A 4C8LA 4B9LA 4K2CA 4LH4A 2DBUA 3VA0A 1K6YA 2XVUA 3IKMA 3AVLA 1VQ4N 3TTDA 4ZBKA 3N4PA 3QMLA 2HHVA 4B1UB 3VQ9A 3V1OA 4CF1A 4E19A 3LP2A 2XW0A 5K14A 4H0TB 1NJIO 2VGNA 4QCLA 2BXGA 2UUAK 1BI4A 4FJNA 4AM7A 5LMUK 5ID9A 5ID7A 5KQ8A 3HPOA 4DV7K 2OZMA 2E88A 3SNNA 4M3TA 3ZSXA 4LFAK 2DPNA 4OPJA 1I39A 4DTNA 2G8WA 1BISA 1OH8A 4IOAL 4B9VA 1E4FT 5IT9O 3EKUA 4WCEL 3TANA 3MCPA 2IS3A 4TQ1A 3LP1A 3RR8A 4Y1DA 2O8DA 1RT7A 2X6NA 4KV8A 5EXWA 1BCOA 1KCFA 5T7BA 3LDOA 2NQOA 2EWSA 3HVRA 2ATQA 3CIPA 2YHXA 5LJWA 3QBWA 3MWPA 2BDPA 4BROA 5IJ5A 4A5AA 4K71A 5CHIA 1HYVA 4FSVA 1DLOA 4H5RA 4FVUA 3SV3A 2FF3B 4BWMA 3T19A 3R8EA 2IDOA 4IO8A 3DXMA 1O9XA 3VQ4A 4NLBA 2D4WA 1JLFA 3QEPA 4B9MA 3V9UA 3TSQA 3AAPA 3CJAA 2VWKA 5ELZA 3SQ0A 1N36K 1E7IA 1BJ5A 4JD2A 5KPZA 1Q18A 1IBMK 4O44A 1ITGA 1T44A 1RDCA 3GG4A 2QWNA 4CEBA 1BM0A 2UUCK 1KAYA 4DR3K 2HNZA 4EAHD 3ULDA 4DS4A 3AA2A 2A41A 3JRYA 2F8TA 1N8RO 3CCEN 1U2VA 4B08A 3TARA 2Q3SA 2Q0RA 2FBXA 1ATRA 3QBXA 3EEQA 1XC9A 3U9DA 1UA0A 1BUPA 5BN8A 1QZ6A 4X64K 5FPEA 2GUIA 3M8PA 4BQLA 4GVEA 1EO1A 5CYMA 4DSJA 3SQ2A 2ROHA 1L5UA 4BGBA 3SLCA 3MXMA 3OYDA 3SI6A 4MO4A 4DCHA 2HSTA 1NGFA 2OZSA 3OYBA 1RNHA 3P39A 4B9NA 4UY8O 1QHTA 5AZJB 3R9PA 4YOWA 3ZEUA 4CEZA 4CJQA 3EY1A 4H4OA 1BL3A 1Y97A 3QEWA 4DFMA 3FFKB 4OKKA 3HXMA 1WBDA 3BDPA 3GBTA 3RTVA 4IW2A 1Q86O 3MWTA 1QTMA 2ETJA 3L2WA 1GLAG 4H0OA 5B8HA 2BXQA 3S3MA 3BZCA 1Y64A 3PSFA 5FUOA 3CI5A 3KK2A 5KGWA 4W5TA 1L3TA 4BRIA 3AVMA 2QTDA 3FGUA 4EHUA 4GKKK 1VRUA 3OA9A 3C6AA 2UXDK 3CG7A 4Y0WA 4DV1K 2EFCA 1GLEG 3M8RA 3ZX3A 4DB3A 3V9XA 1T6CA 4PA1A 4DTSA 3F9MA 3LWLA 1TF0A 3QICA 4CF8A 4IBNA 3LPUA 2JUHA 4FWQA 3ZCMA 2VG6A 3FWCC 1IG9A 2XY5A 3CX9A 1LW0A 3O9QA 2P9UA 2QW9A 4J2AA 1VRTA 1JLAA 1NJXA 1NGCA 4RW4A 4KHPK 4JKFA 4IKFA 1LV5A 4OKJA 4DWIA 3LDNA 1Q7YO 3D6RA 1HK5A 4KTWA 3NAEA 3LDLA 1KC8O 4CJSA 1MUSA 3T1YK 4ZBRA 2DYOA 3CMAN 4BDYA 1QVGM 4GV6A 2BXBA 3KHYA 2O8FA 4KHSA 1QSLA 1BQNA 2YNIA 2VWBA 2ZF5O 3SAHA 4PO0A 1Z05A 1W0HA 4FPBA 3OYGA 3O5BA 3H6EA 1XNQK 1N34K 1OH5A 1B92A 4CESA 4BR2A 4FVMA 4CIFA 1M1KO 3ZT3A 3LWMA 2K0NA 5M1QA 3V03A 5AQKA 4Z4CA 3D2FB 4NYFA 4R79A 2D1KA 3T3FA 4CFAA 4J2EA 1TXUA 1I94K 1QQMA 4O8UA 5DQFA 2W41A 4WFNL 4GKJK 2DY4A 2X74A 3KD5E 4Y1CA 3THWA 4LB9A 5B5TA 1C0FA 1U49A 5I42A 4ICLA 1VQLN 3WXJA 3SAGA 3FZLA 3FE1A 1NLVA 2P5OA 4PY5A 1CLQA 2BE2A 4CJLA 2DBWA 3W1SA 3V9ZA 4FW2A 3P31A 2O8EA 4C31B 3V1RA 3SUQA 3WEEB 2X78A 4S1YA 4NXMK 5C10A 3QEXA 1L3UA 3D2EB 1RBTA 4CHPA 2OPPA 4M7YA 4WFAL 1RCHA 4BRCA 4CECA 4FK5B 4OPHA 1NK8A 2VDBA 1H9ZA 1HYZA 4A57A 2VUEA 2ZGZA 3NH0A 2A42A 5BPLA 1U45A 1LWCA 2GWJA 5TKYA 1VQPN 1HA2A 1W7AA 4FJXA 1E7HA 3SV4A 1K8KB 1TKTA 4K8XA 2IVPA 3U3GA 2QXLA 4WA6B 2NRVA 3KLFA 4JRQA 4LUHA 1YTUA 4JS4A 2P9IA 4XH4A 5HRNA 3SYZA 4LFCK 2BXFA 4E1JA 5J2QA 4BRDA 1P8ZA 4ISFA 5KPTA 3THYA 3M8SA 2ITMA 1LOTA 5EX5A 1DT9A 4IOCL 2FSJA 4FWPA 1IKWA 3ZSRA 1Q8IA 3VQQA 5J2MA 3V6DA 3AVNA 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4CBXA 4CZMA 4YOXA 1VQ8N 4IWVA 2HF3A 3VGMA 1MDUB 4JKCA 1QQNA 5BRHA 2EFEA 1YIJN 4JKDA 2Q31A 3VEXA 3C0BA 2EFDA 1GLLO 3WQUA 3CCUN 4GV3A 2Z8IA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQX A;  3PLA A;  3NVI A;  3SIV B;  5GIO A;  3NVK A;  5GIP A;  3SIU B;  2OZB B;  4BY9 C;  3NMU A;  3ICX A;  3NVM A;  1NT2 B;  2NNW A;  3T7Z A;  3GQU A;  5GIN A;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A1S A;  3SMS A;  4DTU A;  4N3Z A;  4M3Y A;  1WSI A;  2D0A A;  3ZLJ A;  4ZHR A;  3I0R A;  3UE5 A;  4KHN A;  4HGM B;  1ASW A;  3W3D A;  4OR0 A;  3U6F A;  2HBL A;  3JQZ A;  4DSF A;  4CF0 A;  3L6Q A;  4DV4 K;  4LSN A;  3GQU A;  4F3T A;  3I0S A;  4FJJ A;  4ELV A;  3CCQ N;  4L8U A;  5JIC A;  1JXB A;  3PLA A;  5H1S Q;  1D4X A;  3P1G A;  3OYM A;  2I7N A;  3OYE A;  4I9O A;  2NRH A;  3T1A A;  2O8C B;  4AHR A;  1MIV A;  5J2N A;  3OJS A;  2YHA A;  3KKR A;  1VQK N;  4HGK A;  4H4M A;  2OA8 A;  4DV6 K;  2DFF A;  2LXT A;  2D5R A;  3OTO K;  4C1N I;  3F5T A;  3ICX A;  4M7X A;  1X9S A;  1WSE A;  2F96 A;  2HBM A;  3TR8 A;  1WUA A;  2G8K A;  1HPZ A;  5DM7 L;  3CD6 N;  2VQE K;  1WAF A;  1NJZ A;  4NAW B;  3SIV B;  5IIX A;  3H1V X;  4RW8 A;  2YNH A;  5JLF A;  3T69 A;  3ENH A;  4B1V A;  3OBY A;  3DLE A;  2QK9 A;  4B8C A;  4DKW A;  4IFY A;  2KFN A;  1BU6 O;  3VES A;  3PV8 A;  1KW2 A;  4DR6 K;  3PO5 A;  2B4J A;  3FR0 A;  2JWK A;  1VQ5 N;  4CER A;  4RG8 A;  1NK7 A;  3NBP A;  3LP0 A;  4GV9 A;  4H0P A;  1JCE A;  1K9M O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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