3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3ID6A 5GIOA 3NVIA 3GQXA 3NVMA 3GQUA 1NT2B 5GIPA 5GINA 3SIUB 2OZBB 2NNWA 3PLAA 3NMUA 3ICXA 3SIVB 3NVKA 4BY9C 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OKJA 3QO9A 5I42A 3L2QA 3LU6A 4XH5A 4O4GA 4CEZA 3KD5E 3U8XA 5IJEA 2Z1IA 2OPPA 3O9QA 1REVA 3NH0A 1MWKA 2OPQA 4CEQA 1TGOA 1KXPD 3OYAA 4CGIA 3NGIA 4HCBA 4J2EA 1E7CA 3C95A 1IBMK 1RFQA 1ZBSA 3TTCA 5H1SQ 5AFUH 3WEEB 3AGRA 3RVCA 2JGUA 4FO0A 5FPDA 1JKHA 3QNNA 1P90A 3GDQA 3VA0A 3DLBA 3QBWA 1NMDA 2YJFA 4CJLA 1HQEA 3DYAA 4QS8A 4FXDA 2P9NA 4FLYA 2EHGA 3IFRA 5JVGL 1VHXA 2GUPA 3MCPA 1BU6O 5DMRA 4JI4K 1HPZA 3LWMA 3AA2A 4LB2A 4JI3K 4BRHA 3SQ4A 4C8OA 4H03B 3CHWA 3MCAB 1QZ6A 1C0FA 1WSEA 1A5VA 4WFNL 4BVPA 2ZJQL 4M3TA 4DTUA 3V1QA 1UA1A 5D3GA 2HNDA 3EKSA 5GAGP 2BXDA 3D7EO 1UAXA 3PIPL 2IDOA 1S1VA 3QINA 1VRTA 3ID6A 2PZSA 4FZYA 3OTOK 2YX6A 5GADP 2XSIA 2FSJA 2UYTA 2BGGA 1BCMA 2NZTA 1U2VA 3D2EB 4I2PA 5HOOA 1S9GA 1LWEA 3UIQA 4B1XB 3SAFA 5FPNA 2IVPA 3HP6A 4DSEA 4DFKA 2IS3A 4OKEA 3OYJA 1MUSA 1RCHA 1BI4B 1DTTA 3QMLA 4FZZA 4NAWB 5JICA 3DLHA 3KKRA 1HYZA 3KK1A 3CPEA 1YXQA 2XMOA 1VAZA 3V81A 1HK4A 2A3ZA 1N8RO 3MDQA 4O5FA 2DYMA 4ISEA 4NO7A 3QEXA 4FJNA 4KHNA 4BRFA 4JHDA 4CJTA 4E7JA 3CCEN 5C0YA 4I6MB 1NOYA 1T7PA 5ADXA 1HMVA 4C1NI 2OZMA 2AJQA 1E3MA 4G1QA 5C15A 1NJYA 4AHCA 1B9FA 1TKDA 2QWNA 3D0PA 3GOIA 2BX8A 4H0OA 3ZETB 2HMPA 1UOCA 2P9KA 4EMXA 1SKRA 4DFMA 3ULEA 4F5UA 3VGLA 3AY9A 1E7EA 3H3AA 5FROA 4E1MA 3R9PA 4CJUA 3P83D 3ID8A 3HPGA 1Q82O 3E9PA 5GAEP 3CCLN 1QQCA 3SPYA 3UKUA 2G8FA 3G9KD 4K71A 3L6QA 5FPEA 2IAJA 1ITGA 2VQFK 3U6FA 3VGMA 4HVJA 4DSFA 4BWMA 4BR7A 1TUYA 1J54A 4CZHA 1N6QA 4ICLA 3IS9A 2OZBB 4KAZA 3B9MA 4PL8A 3SUQA 4O0JA 4E7HA 1CLQA 3V03A 4FL9A 5AQGA 1RDDA 3BUZB 3Q7CA 3SUNA 1HNWK 3VEVA 1QSSA 4FJGA 3HZ6A 1NGAA 1NMNA 5IJ5A 3V4IA 3FFKB 2XVWA 4H5NA 1BCOA 4CK2A 1I94K 5GIPA 4EIAA 1DTQA 3K5LA 4YORA 3AVCA 4PWDA 2CKXA 1ASVA 3H1QA 3VQIA 2BXOA 1NKBA 3ZT2A 1L3VA 1DT9A 1X3NA 3AVJA 4WFAL 2VDBA 3M3ZA 4M7YA 4Y0WA 2HHWA 3ZT3A 2GELA 3H45C 2VUEA 3FLCO 1VSIA 2CGLA 1Y64A 4CJ7A 4DTJA 1EWQA 2W6LA 3NF8A 1WOQA 4KH5A 1D5AA 3B9LA 1TK5A 2LQIA 3DRRA 1DLOA 3CM5A 4PA1A 4AH9A 1ATNA 1NGFA 5IFOA 4KO0A 3A5MC 2BANA 3TARA 3E9LA 3V9XA 1D8YA 1KLMA 3AO4A 4M3RA 4BGBA 1R0AA 4B3SK 2HF4A 4FLVA 3O8MA 1NU0A 1NNEA 1ATSA 3HTVA 1BA0A 4LF4K 1VSMA 4B3RK 4CFAA 4A62A 4OKKA 2DBUA 3LDNA 5AQKA 3VA3A 3S41A 4EHUA 2Q1NA 2E0XA 1X9JA 1ZBLA 3CETA 2DY4A 1E7AA 4C31B 2CGJA 3F9MA 3ZSOA 2NQOA 1NKEA 4KH6A 3CD6N 3VF6A 3NAEA 2O8CB 3VEXA 2LQHA 1XUPO 5M1OA 3T7ZA 3J80O 1IBKK 3CX9A 3LM9A 5CYQA 1TL3A 3OYMA 3HOSA 2O8CA 5AQUA 3SBTA 4CHOA 1HKBA 3AVFA 4CGGA 5HRNA 3SPZA 4JKEA 3J7YP 3CM6A 4GKJK 4EHTA 3QEWA 4O44A 1HNIA 4CBXA 3E9OA 3EE9A 3C6AA 2QA4N 3OVNA 1E7IA 1NWKA 3LPUA 4FLUA 4B9VA 3EY1A 2B4JA 4CGFA 2XW0A 3LDOA 4WA6B 4DF4A 4F5SA 4G01A 3DXKB 2IVOA 4H0TB 5DK5A 3CJ9A 1ZBUA 4CJ5A 1T03A 3DXMA 3ZT1A 2OANA 3MEEA 3IKMA 4PKIA 2BXFA 3A5NC 1RT6A 4JRPA 2KW4A 3SCXA 1FJGK 1TV6A 1JLCA 1S6PA 3L4QA 1J78A 1YT3A 3PUFA 4IFEA 1MA9B 1Y97A 5C24A 4ZC6A 3O4NA 4M3YA 4A5AA 4BKEA 1T8EA 4DR6K 3RWUA 4JKBA 3WXIA 3NMUA 3TDLA 1S1TA 5J2QA 5FRNA 4DV1K 2YHWA 4BY9C 3OA9A 2W42A 1S5JA 2Z1GA 4CF0A 3VQQA 3M8RA 4DTXA 2ITMA 2P9LB 1F21A 4M63C 5KI6A 3MX5A 3TANA 4EZ9A 2YNFA 1K9MO 2P9IB 1X1PA 2P9LA 3K9KA 1E4FT 3RMCA 1NGGA 1YTUA 1YI2N 5J1EA 1G15A 1BJ5A 1ASWA 1OH7A 1VQMN 1HUXA 4FCYA 4CF9A 3MXMA 2E2OA 4DLGA 5HP1A 4YY3K 3EZWA 3HK2A 3CERA 4CCHA 3C7NA 4FJJA 2E2NA 2BH1A 4DQQA 3SIUB 1HYVA 3O6WA 1O1WA 3M5RA 4JK9A 5LMUK 2KBZA 4IEIA 2BXNA 3VQAA 3F2KA 3SQ0A 4CF8A 3ZX3A 2QKKA 4X66K 4FJHA 3ENHA 3FZFA 4YHHK 5IIXA 2F4VK 2KQ2A 1JLBA 5CY4A 4C8MA 1MM8A 1QHTA 2LXSA 3SV3A 1TUUA 2X74A 2QMCA 1DGKN 2HHTA 4S1YA 1Z26A 1Q9YA 4WQ5C 1KC8O 2V36A 4AM7A 3QERA 1C0GA 4FJ7A 1NJZA 2BXIA 1UA0A 5JS2A 1XC3A 3MWTA 1S1UA 4H5VA 3AAPA 1NK7A 2KFZA 1OVYA 2FF6A 4DUZK 4FWRA 3NVIA 3AA3A 3CJAA 4OT2A 4GVEA 1XC9A 4EZ6A 5A2QO 4KI6A 3UE5A 4PO0A 2V7ZA 2CH6A 1SQKA 2GWJA 3NH1A 3EKUA 1Q18A 3VESA 5AQIA 4ELUA 3HSTB 2P5GA 2D1KA 2RKIA 1LWFA 1NGCA 4CBWA 4XH4A 2XW1A 3J81O 4BRNA 4DHYA 1T6DA 3GG4A 4J2VA 3CCMN 1W97L 1VSHA 4X64K 4I9QA 1S22A 2KZZA 4CEAA 4NXNK 1TAUA 3H46O 1X9MA 4BE1A 1MIYA 3OS1A 4OTUA 4BR5A 1P8ZA 2QEXN 4CE9A 4FJCB 3KK7A 4DF8A 1RT4A 2BXGA 4CERA 3B6PA 4B1UB 2YDFA 2E6MA 3VETA 1D9FA 3MN5A 4YDUC 1VSDA 3WQUA 4HGMB 4YFUA 1UORA 3TTDA 3HPHA 5GAHP 3OBWA 4GW6A 2Q31A 3GQXA 4OTTA 1FKPA 3UB5A 3CMAN 1XMQK 1SL0A 2KWFA 3V1RA 4K43A 3VGKA 4BC3A 4K8ZA 1C1BA 4JAXA 1NBWA 2NRHA 4G03A 2NUBA 1GLDG 4IJNA 5HBMA 1LCUA 2NRVA 2IC3A 4JD2B 3LU8A 1Z6RA 3IDHA 3ZT0A 1BG3A 1S6QA 1XHXA 4AHUA 3EYZA 2YKMA 4JD2A 5M1PA 1U4BA 2HVHA 1TKTA 4FIPB 4JKDA 5GIOA 1YVNA 4H0VB 2UU9K 1NK4A 4M3UA 4CHPA 1KTQA 5C2DA 1J7EA 2KLAA 3V08A 3JAMO 3SQ2A 1MDUB 4CJFA 4OPJA 2DBXA 4CZGA 4MDAA 2HHUA 3VQ5A 4BR9A 4TQ1A 3O4WA 2ZJPL 2QI2A 1UWBA 2V7YA 4FK4A 1IKXA 3MXJA 3VEOA 2ZE2A 2YNIA 4CBUA 3ATVA 4E89A 5AQWA 3L8BA 1O9XA 2HBMA 3O08A 3KJVA 3ENBA 2IGIA 3TAPA 1IO2A 3VF2A 3V09A 4ID1A 4F4KA 1KAXA 2GEMA 1KVAA 5AQXA 4FJ8A 3DLEA 4LF6K 4DV0K 4ELTA 2XO7A 4FVUA 2BXHA 3ZSYA 4LA0A 1ILYA 1M1KO 5FLXO 4CEEA 4CGJA 3ZT4A 3QEIA 1GLLO 3LAMA 4ZTJA 2I7NA 1H5WA 1GOCA 4OKJA 4LF8K 2HBLA 1OH8A 1QS4A 4NCAA 1VSLA 3NE6A 2NNWA 1Q7YO 2LXTA 4BE0A 3V9UA 4ZUXV 1IBLK 4GG2A 4FJMA 3OHRA 1SS6A 4MLEA 1E4GT 4NXMK 2GTDA 4CJQA 4DQRA 3M6GA 5LJVA 1C6VA 1L3TA 5DM6L 5AQRA 3O3FA 2DYOA 3BEXA 2A40A 3NVMA 4F3TA 2UUAK 3UKRB 5B8HA 3N4QA 2OCEA 4AM6A 4CIGA 3HT3A 4Z4FA 3ZSZA 1GNIA 1Q8IA 4LFAK 3OYIA 4DS5A 5BRFA 2ATQA 1TK8A 4CI6A 2EFDA 3A73A 3CI5A 4L8RB 1CXQA 3HPOA 3DLGA 4CVNE 1GLAG 4A2BA 3S3NA 5C25A 4DV4K 1RT3A 4QS7A 4FM2A 2Q2RA 4GMJB 4KBOA 3H3NO 4LY7A 3R3LA 2XRIA 3WEEA 4FLTA 4FOEA 4W5TA 4HHTA 3E01A 4KB0A 3A5LC 1LAWA 1W9HA 5DQFA 3WHSA 5AQOA 3OYHA 3KTQA 1BHLA 1TF0A 4FJLA 4CJSA 4F5VA 3MHHB 3D45A 4FOIA 4CZEA 2FC0A 3Q7BA 1RT5A 2BE2A 4JS4A 2B6AA 1RTHA 3TSQA 3OS0A 3KKSA 4RWTA 4YOUA 4PL7A 4IXCA 5J2NA 3BP8A 4RW7A 3ZLJA 2XY7A 2DPNA 2P9SB 4M42A 3WNGA 3G71N 1VQ9N 3AV9A 1L3UA 3TR8A 4GV6A 4K25A 4BDYA 2HNYA 3EE8A 3SIVB 4HUFA 2FF3B 1YJ9N 5F2RA 1RBTA 1B92A 3BY5A 4ZCGA 4O55A 2E8AA 2Z1JA 3A5OC 4CZIA 3SQ1A 3DOLA 1NK0A 3ZEUB 3ZX2A 1JL1A 1WBBA 2VWBA 3SNNA 4KTWA 4DTOA 2A1RA 5HLFA 2UXBK 4FWMA 2FBVA 2QWPA 1D4XA 4WQ4C 3D2EA 1IV0A 3K58A 4N76A 4BWJA 4PKGA 3PY8A 3U3GA 4JKGB 4E7LA 4F2RA 4YOTA 3CCRN 2NLXA 3KWIA 4AILC 3CC4N 1SKSA 1TKXA 3CCUN 1QE1A 2JWKA 1QSYA 4ZBQA 2D4WA 4NB4A 4DLEA 1U45A 1BI4A 3LALA 3ZSRA 1YHQN 4LFCK 2RF2A 1TKZA 4I9LA 1WSHA 3CJCA 3THWB 4LF5K 3OY9A 4DQIA 4D7XA 2D0PA 1VK0A 3WQTA 3AVBA 3FZHA 4RG8A 1VQON 4FWQA 3CFPA 1CZAN 3T3FA 4I6MA 4OX9K 2DFFA 2PFUA 2VWKA 2Z8IA 2O8EB 2A1SA 2FXUA 4BRLA 2Z8KA 3ZETA 3AVIA 3MAQA 1T3VA 1WSFA 2D0AA 3CYMA 3ENOA 4K8XA 5AZJB 4WE1A 5AQFA 5ADXH 2EX3A 2E6LA 1GLJO 3KWGA 4KH4A 3PIOL 2F8SA 3KZBA 4GV9A 2ZQBA 4CZLA 1O13A 1HQUA 1BQMA 2E2PA 3DM2A 4PQUA 2VCPA 1WAJA 2G8HA 1WSJA 4FM1A 1GOBA 4E0DA 3H1VX 2OA8A 2NRZA 4JI5K 2QWMA 5AQMA 2OZSA 4BQZA 4DB3A 4K2CA 4B3MK 3NFAA 1EXQA 2P9PB 3DMJA 4RCHA 3C94A 4U67L 2BUPA 3TTFA 1RBRA 4M3WA 3OS2A 3VERA 2IOCA 2ASMA 3VN5A 4FWSA 1J6ZA 3T1AA 3HI0A 4KHQA 4CHNA 3LZJA 2QW9A 3NGYA 2PYJA 1EP4A 4EFHA 2ASPA 2X78A 5J2MA 1BQNA 3LDLA 4JRQA 1Q86O 3I33A 2VWJA 1CZ9A 3VTIA 4RTFD 4I9OA 2VQEK 2QM6A 3RRGA 2HOEA 2BXCA 5AQQA 4DM0A 4FJKA 2BXEA 1TYQB 1RT2A 3V9WA 5CR4A 5DBYA 3QEVA 4JLHA 2ZJRL 3CJ7A 2I5JA 1X9WA 4NLCA 2O8DB 3RMDA 2BXLA 4BRDA 3T69A 3CCSN 3IAYA 4O8KA 3PX0A 3CFOA 2DFHA 2QM1A 3SV4A 1KLNA 2X6NA 3VOVA 2WBNA 2YHAA 5AQVA 4ID5A 4DG1A 4KB1A 3QNOA 3I8BA 1NGIA 4DR1K 4FWNA 2BXMA 3O9RA 1YAGA 5HOZA 3SLCA 4B9TA 3WHQA 1MUHA 4OO1J 3A0IX 3R1XA 3W1SA 1ZBHA 4B8CA 1V4SA 2G8WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  5GIO A;  3NVI A;  3GQX A;  3NVM A;  3GQU A;  1NT2 B;  5GIP A;  5GIN A;  3SIU B;  2OZB B;  2NNW A;  3PLA A;  3NMU A;  3ICX A;  3SIV B;  3NVK A;  4BY9 C;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OKJ A;  3QO9 A;  5I42 A;  3L2Q A;  3LU6 A;  4XH5 A;  4O4G A;  4CEZ A;  3KD5 E;  3U8X A;  5IJE A;  2Z1I A;  2OPP A;  3O9Q A;  1REV A;  3NH0 A;  1MWK A;  2OPQ A;  4CEQ A;  1TGO A;  1KXP D;  3OYA A;  4CGI A;  3NGI A;  4HCB A;  4J2E A;  1E7C A;  3C95 A;  1IBM K;  1RFQ A;  1ZBS A;  3TTC A;  5H1S Q;  5AFU H;  3WEE B;  3AGR A;  3RVC A;  2JGU A;  4FO0 A;  5FPD A;  1JKH A;  3QNN A;  1P90 A;  3GDQ A;  3VA0 A;  3DLB A;  3QBW A;  1NMD A;  2YJF A;  4CJL A;  1HQE A;  3DYA A;  4QS8 A;  4FXD A;  2P9N A;  4FLY A;  2EHG A;  3IFR A;  5JVG L;  1VHX A;  2GUP A;  3MCP A;  1BU6 O;  5DMR A;  4JI4 K;  1HPZ A;  3LWM A;  3AA2 A;  4LB2 A;  4JI3 K;  4BRH A;  3SQ4 A;  4C8O A;  4H03 B;  3CHW A;  3MCA B;  1QZ6 A;  1C0F A;  1WSE A;  1A5V A;  4WFN L;  4BVP A;  2ZJQ L;  4M3T A;  4DTU A;  3V1Q A;  1UA1 A;  5D3G A;  2HND A;  3EKS A;  5GAG P;  2BXD A;  3D7E O;  1UAX A;  3PIP L;  2IDO A;  1S1V A;  3QIN A;  1VRT A;  3ID6 A;  2PZS A;  4FZY A;  3OTO K;  2YX6 A;  5GAD P;  2XSI A;  2FSJ A;  2UYT A;  2BGG A;  1BCM A;  2NZT A;  1U2V A; 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