3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
5GIOA 5GINA 3ID6A 1NT2B 5GIPA 3SIVB 4BY9C 3ICXA 2NNWA 3GQXA 3NMUA 3PLAA 2OZBB 3NVIA 3NVMA 3GQUA 3NVKA 3SIUB 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHYA 3MX5A 4AHUA 1OH5A 4IOXA 3SJHA 3CXCM 2FLOA 4Y1CA 2UXDK 4G9ZA 5AQUA 4ZC6A 3L3VA 4GDXA 4JI5K 4M3YA 1J54A 3ICXA 2NRZA 4LF9K 2WUSA 2X78A 3DLGA 4M7XA 1YF5L 1VSLA 4Z94A 2HHSA 1GLFO 5DM6L 4BRFA 2F7TA 3DLLL 2W42A 4DUZK 3AVLA 2AJQA 1N36K 2J4RA 1ITGA 3LDPA 5AZJA 3SV3A 2O4IA 1S6QA 3CM5A 1JCFA 3DXMA 3ZEUB 5JICA 3D2FA 3C6TA 2UU9K 3MDQA 3VQ6A 4DR2K 5AQLA 3W3DA 3ISNC 4W5OA 2WFBA 4CD1A 2G8KA 3LPTA 3J7ZO 4H5NA 4O0JA 4Q0BA 1DLOA 3D45A 1YHQN 4DQIA 4TSXA 1U49A 1IKXA 3BF1A 3MECA 3L2UA 2PYLA 1JKHA 4OR0A 2P9PB 2RKIA 2DYOA 3AVBA 4KTQA 5J2PA 1SS6A 4BRCA 1P8ZA 4CIFA 2Z1JA 3OYIA 4DKWA 3OYAA 4DFKA 1N32K 4WFAL 4CZGA 1VQ9N 4DS5A 5HROA 3TAQA 2IVNA 4ISGA 3ALYA 2QW9A 1U04A 3T7ZA 1KAYA 3OYFA 3MEEA 2HHQA 4LF7K 5C0YA 4ZBQA 3QEVA 3LANA 3CCUN 4O44A 1RDAA 4FWLA 4B9MA 3QERA 4AHRA 4GMJB 2Q31A 4B1UB 1J6ZA 3U9ZA 2VYPA 5BPKA 3T1YK 4LA0A 1JCGA 4J2DA 3E1YA 1ZYQA 3ASMA 4E89A 4ELTA 2Q3SA 2VUEA 1EQYA 2OT3A 3AVHA 4ID1A 3KK3A 3KD1E 2O8EB 1G99A 3GG4A 3K5NA 5GIOA 3BP8A 4DR5K 3F2KA 5AQGA 4DFJA 4NLCA 1YUWA 4YDUC 3BZCA 1BG3A 3TPQA 3HYFA 4FLVA 4GV3A 1XWLA 1RDUA 5H1SQ 1EX4A 4DU1A 3A73A 2GBZA 3VQ5A 1K8KA 4RW7A 4IW2A 4B9UA 1OVYA 3IMXA 3O1WA 1TKDA 3O9RA 4ILJA 4M45A 3C6UA 4WFNL 2BXAA 1BI4A 3J7YP 4NXMK 3DMJA 4ZUXV 5J2QA 2YHYA 2YHWA 4JKFA 1TYQB 1WLJA 1RBSA 2HHUA 1IG9A 4FXDA 1QE1A 3T1HK 2PYJA 2BDPA 1RDBA 3VESA 4EP5A 3L4QA 3AY9A 2QWLA 4H5VA 1WB9A 1ATRA 4A2AA 4AF1A 1LV5A 1YJWN 1Y97A 4I2PA 3EEQA 3E66A 4NCBA 3CPWM 4EMXA 3DRSA 5IJEA 1KFSA 2G8HA 3KWIA 4CZIA 4WFBL 1YIJN 4MO4A 4K2CA 3PIOL 1DTTA 3CC2N 4Z4FA 3VGMA 3AVJA 3C65A 3HT3A 3KK1A 3E9PA 3UKRA 1J53A 1BIZA 3F9MA 3P5JA 2ASPA 1HR0K 3NF9A 2KZZA 5BRFA 3ZETB 4BR7A 4FLTA 4DSIA 3FZHA 1SB0A 2QXFA 2EFEA 4BRIA 1BQMA 2VG6A 1S5JA 3PX0A 1EWRA 4M7YA 4QAGA 2EFDA 2P51A 1IKYA 3F5TA 1RFQA 1NK6A 2QM1A 1VQ8N 4FSVA 4L3QA 4B9LA 3BZKA 1ZBFA 3OS0A 1ILYA 3MHSB 5I42A 4OTUA 3M99C 3VEZA 4F4KA 5AZJB 3DRRA 1WAJA 3RR7A 3DXMB 1T7PA 3V09A 1X9WA 3JQZA 4RW9A 1VQ4N 3H3NO 4O4GA 3IDHA 3SQ2A 2OZSA 5DM7L 5GAHP 4FJGA 2HMIA 3VQCA 3UIVA 4DM0A 4OJRA 2CGJA 3SPYA 1KAZA 3AARA 1TKTA 5AJ3K 4YOWA 4J2VA 4H5TA 4N56A 3ZT0A 3E01A 3N4PA 4IEEA 1VQKN 2HHHK 4YY3K 4FJJA 3V6DA 1KC8O 4B3RK 1OH7A 2DBWA 3VQ7A 3JYTA 3HPHA 3WT0A 2KFZA 1HPMA 1X1PA 4H0OA 1TK0A 1OH6A 3DXKA 3TDLA 3S3OA 1WN7A 2E0YA 1FJGK 2W40A 3S9HA 4E0DA 1MDUB 3LU6A 5LMNK 2BH1A 3OVNA 3T3FA 4B3SK 4FZXC 3BEXA 4DR1K 4DUYK 1JLEA 4B1VA 4ZTJA 3M8SA 4DF8A 3CC7N 1XHZA 1HK3A 1X3MA 5BRDA 4B9NA 3HO1A 1OH8A 3ZT1A 2KKZA 1I39A 4CEFA 4C8MA 3CERA 3RMDA 4IFYA 1XNRK 2FXUA 2GTDA 4LY7A 1U4BA 1N5YA 2O4GA 3OYKA 1L3VA 3WNHA 1RTHA 5C2DA 3VTHA 4CZKA 3V9WA 3QFPA 3G10A 4MFBA 4HCBA 5M1QA 4DU3A 1TAUA 1XC9A 4DQRA 1S9GA 4DTRA 3S3MA 1C0FA 1UA1A 5AQIA 4CEOA 3H37A 4FOIA 3F73A 2E1YA 4M63C 5CYMA 2OANA 2P9SB 3HPGA 1EETA 4I7FA 3L6QA 1S1XA 3TABA 1A5VA 1MA9A 4HUFA 2P9IA 1K8KB 5EVZA 2ITMA 3VF4A 5HOZA 3ULEA 4YHHK 2BXMA 4OGEA 5KGXA 4BVPA 1T03A 1XNQK 1BI4B 4FWPA 4IWVA 2KFNA 4IG3A 2F4VK 2DFHA 4TQ0A 2AP1A 1NGGA 2HMPA 3CJAA 3FZLA 4JKGA 4M3UA 2FC0A 3K5LA 3QIOA 1FKPA 1D9FA 1BISA 2F96A 3EE9A 4FCYA 5AFUA 5IJ5A 1E78A 5AQSA 4CBWA 1SUQA 2GUIA 2OPSA 2VWBA 5BPNA 3CFOA 4ID5A 1LWFA 5M1OA 3UKRB 2YKMA 1A5XA 1BQNA 1LCUA 5CE3A 3NCIA 4C8LA 2IC3A 4KPYA 1NM1A 2NNWA 3ENBA 4BWJA 1GLBG 2OZBB 2HB5A 2ZF5O 2OPPA 2NQOA 4KB0A 4JI8K 1ZBSA 3K2PA 3HSCA 1TUYA 2GWJA 3NF7A 3MWTA 2KZMA 3TANA 4MLHA 3LL3A 2JWLA 1BDGA 1ZBIA 2X6SA 2QWPA 1GNIA 4CJ5A 1WUAA 4BRKA 3SJJA 2NZTA 4Z4IA 2YHBA 3WXJA 1NKCA 4UY8O 1SL0A 4CCHA 4FJKA 1X9SA 3PLAA 4KRFA 5KRTA 3O4WA 4OKKA 4WA6B 3T19A 1G15A 3JAMO 1BHLA 3B6OA 2XY5A 4FWRA 4CJUA 3CQXA 4CI6A 5AFUH 3OS2A 3CIPA 4I9QA 4YOXA 4KHUA 5DQFA 3SBTA 4EZ9A 1NJZA 1VSEA 1JL2A 4O8KA 4E1NA 2O8BA 3R3LA 1HKCA 1ZC6A 1HQEA 3CCRN 2QXLA 4F2SA 1HNIA 4CZMA 3GDQA 4DS4A 1VSMA 4PKHA 4QS8A 4DV6K 3LP2A 3RSEA 1UWBA 4M3TA 4CJRA 1E4GT 4IEIA 4C8NA 3HVRA 4JHDA 2PFUA 3J80O 1W9HA 4CFBA 5HRNA 1E4FT 4AHCA 1FKOA 2PY5A 5M1PA 5JVHL 3B9LA 3OHRA 2ZJPL 4LUFA 5EOYA 4B8AB 2P9NA 4EAHD 5GIPA 3OYCA 3K59A 5CHIA 4Z4CA 1HKGA 4U67L 5KQ8A 5M1FA 2OYQA 3FWCC 5SWMA 3LP1A 5F0XA 2CGLA 4XH1A 3NAEA 5E84A 2KLAA 2QWQA 3HM9A 3K58A 4KAZA 5C12A 3O5BA 2QK9A 3NGZA 2QHBA 1V4SA 4CF2A 2UUAK 1CLQA 3D7EO 5MLCQ 4ISFA 4FW1A 1RBRA 4PKGA 4CFDA 5KRSA 1LNSA 4YOVA 4LH5A 3NF8A 3VENA 4CZEA 2P9KA 3MEGA 2E8AA 4JAXA 1KAXA 3U6FA 1LWEA 4PL8A 2Y1JA 3O4QA 3WHSA 2JWKA 3L4IA 2QM6A 3PIPL 2P9IB 5CZ1A 1CZ9A 4DSKA 4MBEC 3SAFA 3VA3A 3ZX0A 2ZWHA 4OGCA 3EO3A 2P9PA 1NWKA 3QLHA 4NCAA 3TAPA 3UIQA 2YJEA 1BOTO 4FM2A 4MDBA 3I33A 4FWOA 4NLBA 4CBXA 1E7IA 1GLDG 2VWKA 2B4JA 4GKKK 1U45A 3LDLA 2GEMA 1WSEA 4JV5K 1D8YA 2EHGA 5AQHA 1ATSA 4JK8A 1HNWK 1LAVA 4CJSA 3ECPA 2RF2A 4I9LA 2D1KA 1LWCA 1NNEA 3NFAA 1YVNA 4BRHA 4OO1J 1RT1A 3KTQA 5C10A 4PL7A 2BGGA 1MIWA 2YCHA 4IJNA 2EFCA 3EKSA 2ITGA 1HK5A 4ZCGA 4HTLA 3V9ZA 2B5JA 1LW0A 5AQVA 3QBXA 3CMEN 4FJ8A 3JRYA 2FBXA 4F3TA 1RGIA 2KTQA 3ZT2A 1U6ZA 3AAQA 1HK2A 3SCXA 3V9SA 3V03A 2EX3A 1NT2B 4CJ4A 3M3ZA 3VQDA 4N41A 4RTFD 3CQ8A 3AVNA 2V52B 1TAQA 4FZZA 5AQTA 1YXQA 3OTOK 4G03A 3E9LA 3DLHA 3RMCA 3SMSA 3SPZA 4Y0WA 4CF1A 4RW4A 1QZ6A 1QQOA 1DT9A 5GAGP 4GVMA 5AZIA 1WSFA 3HL8A 4CJVA 1N34K 4RCHA 2NRVA 3LP3A 3I0RA 4BR4A 2A1RA 2F8SA 3KLEA 3A0IX 1NK8A 2DBUA 2HVIA 2O8BB 4CK2A 3OYGA 1HKBA 2E20A 1S6PA 1C1CA 3RSEB 1GLLO 4DU4A 1E7AA 1SV5A 4JI3K 4JHDB 3CCJN 3LM2A 1TVRA 1C0UA 1HNXK 3TAFA 3AO4A 5CR4A 2B6AA 4B9QA 4CEZA 2Q0UA 3ZETA 4G1QA 3TR8A 3DLEA 1H1VA 1NGCA 2P9NB 3HM8A 3QDKA 3GA9L 4RW6A 4JN4A 4IOCL 4BKEA 3JS6A 2ETJA 4KHSA 3SYZA 2O8FA 4BRLA 3K57A 1BWFO 3DRPA 2BXGA 5HP1A 4LSLA 5SZTA 1T44A 3ZSVA 3O6WA 4C1NK 3CHWA 4MQ3A 4OLAA 3TSQA 3SQ1A 3V1OA 3MN9A 4K8ZA 3VQ9A 4LF8K 2QWNA 4ILGB 4DTMA 1T05A 3AVIA 1MUSA 2LQIA 4B3OA 4H0TB 3ZT3A 2ASOA 3Q7CA 3VEOA 1HK1A 1QTMA 1UAXA 2P9KB 2VQFK 4IOAL 5J1EA 1Q8IA 3RRHA 4JI4K 1JXEA 4OTTA 3DI6A 1JLFA 4CEDA 3QEIA 5KI6A 3CCMN 5BREA 3BGRA 3K9JA 2RPIA 1JXBA 3G0ZA 3DLKA 4N3ZA 4H5RA 4BR9A 4DV4K 4O0IA 5DBYA 4PKIA 1YTUA 4HUEA 4JNEA 2VQEK 4YOYA 4FLZA 3SUPA 4JRQA 5D7GA 3AGRA 2UUCK 4J2AA 4CHOA 1VAZA 3HTVA 4CFAA 5IJFA 1JNBA 2HOEA 3OA9A 1BA0A 3HPOA 1EO1A 3ZSQA 3O3FA 3HI0A 3G71N 2ZGYA 5J2NA 3NH2A 3ID8A 3CCQN 2PBDA 1WSGA 1SKSA 3VETA 3N4QA 3H3OB 3WQTA 4YOTA 5FPMA 1NGDA 3NHGA 3VEYA 3VQQA 4DQPA 1N6QA 3VEXA 2NRTA 4JKCA 3EZ5A 3MAQA 2AJEA 4X62K 5LY3A 1C1BA 2YX6A 5FPDA 2WBNA 4CJKA 4QS7A 4FWNA 3J8AA 1DTQA 3CCSN 3FR0A 4K0KK 2IVPA 4IO9L 2NRWA 4WQ5A 4CF9A 2P9SA 3HXMA 4V19S 4GG2A 4CGDA 4J2EA 1TK8A 2WC9A 5AQOA 4DSLA 4DV2K 1U48A 3O8MA 1Q86O 4B1YB 5A2QO 3IAYA 4B1ZA 3I56N 1HA2A 5GHKA 3GL1A 4FJ5A 4HUGA 4OLBA 1VQON 3KK7A 3RMAA 1NK4A 4E7LA 3S41A 2HNDA 2Z1IA 5CY4A 5AZIB 2P5OA 4Z0UA 1NJYA 1VQ5N 1UORA 4DCHA 2E2OA 5HOOA 4X66K 1RDCA 1RTJA 1HLUA 5AQXA 4LF5K 4DWIA 4QOZB 1VSHA 4CIGA 4BRAA 2JUHA 2D0BA 2NRXA 4KO0A 5HL7L 5C42A 1TK5A 3QEWA 1BUPA 2W6LA 5IIUA 3O4NA 2NRHA 2XHBA 3CFPA 4DV1K 4GVEA 3P39A 2Q2RA 1YTAA 4H8KA 1CXUA 2D5RA 2E2QA 1NMNA 4CZFA 1ASVA 3GBTA 3L0QA 2KWFA 1IBMK 3ZSZA 4CF8A 3BUZB 4DG1A 4RW8A 2H3GX 1FOUA 4CW7B 4JI1K 2HVHA 4BRNA 3TSUA 2O8FB 3LU7A 2IS3A 4BC2A 1C0TA 1LW2A 3CJ9A 2YDFA 4WQ4A 1QVFM 4N0FD 5CZ2A 1WSHA 4DTNA 4BRQA 3R1XA 3DLBA 4DR7K 5C2FA 2E88A 2E5LK 4B8CA 4E3SA 1C0MA 2V7ZA 2EFHA 3AVGA 2LOQA 2Z8KA 3THWA 3SUOA 1NJXA 4FJXA 4EFHA 1S1TA 3SV4A 2E1ZA 4XH4A 5EX5A 4CGJA 3GE1A 5FPEA 3EL2A 5D3GA 1JLAA 4PUOA 1N33K 1CXQA 4I9OA 3C6AA 5K14A 1I94K 1UOCA 1NOZA 3K5OA 3VQ4A 1EWQA 4YFUA 3THXA 3J7AP 2FSKA 2HF4A 4MO5A 1S9EA 1NGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIO A;  5GIN A;  3ID6 A;  1NT2 B;  5GIP A;  3SIV B;  4BY9 C;  3ICX A;  2NNW A;  3GQX A;  3NMU A;  3PLA A;  2OZB B;  3NVI A;  3NVM A;  3GQU A;  3NVK A;  3SIU B;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KHY A;  3MX5 A;  4AHU A;  1OH5 A;  4IOX A;  3SJH A;  3CXC M;  2FLO A;  4Y1C A;  2UXD K;  4G9Z A;  5AQU A;  4ZC6 A;  3L3V A;  4GDX A;  4JI5 K;  4M3Y A;  1J54 A;  3ICX A;  2NRZ A;  4LF9 K;  2WUS A;  2X78 A;  3DLG A;  4M7X A;  1YF5 L;  1VSL A;  4Z94 A;  2HHS A;  1GLF O;  5DM6 L;  4BRF A;  2F7T A;  3DLL L;  2W42 A;  4DUZ K;  3AVL A;  2AJQ A;  1N36 K;  2J4R A;  1ITG A;  3LDP A;  5AZJ A;  3SV3 A;  2O4I A;  1S6Q A;  3CM5 A;  1JCF A;  3DXM A;  3ZEU B;  5JIC A;  3D2F A;  3C6T A;  2UU9 K;  3MDQ A;  3VQ6 A;  4DR2 K;  5AQL A;  3W3D A;  3ISN C;  4W5O A;  2WFB A;  4CD1 A;  2G8K A;  3LPT A;  3J7Z O;  4H5N A;  4O0J A;  4Q0B A;  1DLO A;  3D45 A;  1YHQ N;  4DQI A;  4TSX A;  1U49 A;  1IKX A;  3BF1 A;  3MEC A;  3L2U A;  2PYL A;  1JKH A;  4OR0 A;  2P9P B;  2RKI A;  2DYO A;  3AVB A;  4KTQ A;  5J2P A;  1SS6 A;  4BRC A;  1P8Z A;  4CIF A;  2Z1J A;  3OYI A;  4DKW A;  3OYA A;  4DFK A;  1N32 K;  4WFA L;  4CZG A;  1VQ9 N;  4DS5 A;  5HRO A;  3TAQ A;  2IVN A;  4ISG A;  3ALY A;  2QW9 A;  1U04 A;  3T7Z A;  1KAY A;  3OYF A; 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