3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
5GINA 3NVKA 5GIPA 2OZBB 3ID6A 3NVIA 3NVMA 3PLAA 3ICXA 3NMUA 3GQUA 1NT2B 3GQXA 5GIOA 3SIUB 2NNWA 4BY9C 3T7ZA 3SIVB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZC6A 4CFBA 3WXIA 1ATRA 1VQ9N 3ALYA 2XY7A 2BXKA 4CJ7A 1D4XA 1VQNN 4DS4A 1ASWA 4FM2A 4K8XA 1MUHA 4JI5K 4F5TA 4E3SA 4AILC 3WNFA 1GLJO 3HOTA 4U67L 4CZKA 1GOBA 2OZMA 3T7ZA 1UA0A 3WHRA 4O44A 3LANA 1RFQA 2WC9A 1IBLK 3R8EA 4BR4A 3MMVA 4PUOA 3JS6A 1C0UA 2HVIA 1JCEA 4FLYA 4DR3K 3OYMA 4OGCA 1MWMA 5LL6Z 5HP1A 3OYBA 4OX9K 1YHQN 4QCLA 4V19S 3P39A 4N3ZA 1E4GT 1QHAA 4CK3A 3KWGA 4B1VA 3D2FA 4DV4K 1QVGM 4WQ5C 1UWBA 2BXQA 1NGJA 3L2VA 2UXDK 3E9LA 4W5QA 4K25A 1VQMN 3OY9A 5EOYA 4FK4A 4DFMA 1OVYA 3H1QA 1J5EK 3E1YA 4QS7A 3AA5X 2BXHA 1EKEA 3MN7A 3MN6A 3EY1A 1DGKN 3LM2A 3ID8A 5FLXO 3RR7A 4KAZA 2HF4A 4KHPK 3F9MA 3H46O 1TGOA 3RVCA 4KHSA 1K9MO 1S1UA 1BCMA 3DXKB 2F96A 4E0DA 4LD0A 2OPRA 3ISNC 4MQ3A 3IAYA 4CGFA 1SKSA 1OH6A 3KD5E 4FOEA 2Q0UA 2P9KB 3IMXA 3VTHA 2YI1A 1L3VA 5BR8K 3NAEA 1H9ZA 1T3VA 4PHTX 4BDZA 2V51B 1RT1A 1IKYA 2OPQA 4L3QA 4YOWA 1W2BM 4ELVA 3SV4A 1YJWN 2BE2A 1WBDA 4HGMB 3QBWA 3E9OA 3CXCM 3K9KA 5I3UA 2HBMA 1ZYQA 1NK7A 3VQPA 3P38A 4M63C 2HOEA 1C6VA 1HQUA 2YNHA 1BO5O 2BXCA 1WB9A 1E78A 3MCPA 3UE5A 4Z0UA 1QZ5A 4N47A 3HVTA 1T03A 5J2MA 3O80A 1Q86O 4CF2A 4RW7A 4BRDA 2IVNA 4KB0A 3LAMA 5CHIA 4CJVA 1RBTA 1YTAA 1U6ZA 3P31A 1NBWA 4CF0A 5E26A 1E7FA 5CE3A 1FOUA 3NBPA 2YNFA 1XQSC 4JI4K 4E99A 3M8PA 1S22A 4IEEA 4IXCA 3BGRA 5FPEA 2G8UA 4A2AA 3VN5A 4YOTA 4B9NA 1WSIA 1CZ9A 3DXKA 4M3XA 3LP1A 4RW8A 3L2QA 3FZKA 2HMPA 5EY4A 2W40A 5A2QO 4DTMA 3NH0A 1VSHA 1LW2A 3VEVA 4B1YB 2YV0X 3I0RA 2FSJA 3TARA 2P9KA 2BXMA 1GNIA 3OYKA 3EZ5A 4DSKA 2NRTA 3E9PA 4K42A 2Y1JA 3EE9A 4FCYA 2D0AA 2RPIA 4FXDA 2DBUA 4KFBA 4FLUA 3O1WA 4RG8A 3QETA 1F21A 4W5RA 1BDGA 2PZSA 5IJFA 3HPHA 5CYQA 4DFJA 5GHKA 3VEWA 3WT0A 2E6MA 4DFPA 3VF6A 4FOIA 1N32K 2HHHK 4Z4GA 1KVAA 3UKRB 5JLHA 4H0TB 3O3HA 1Y97A 3OYLA 2XSIA 2ASPA 4K43A 4FWRA 3V09A 3ZT4A 4CJFA 3O9RA 2WTUA 3LWLA 2QWPA 4GDXA 3NFAA 3CIPA 3O1BA 4CCHA 2ZF5O 4G1QA 4CEOA 1E7AA 2GUTA 1VSDA 4DR1K 4E7IA 3PV8A 1TYQA 3ZT0A 1VQ6N 3VQIA 2W6KA 5C42A 2BXDA 4TSXA 4PKHA 4IWVA 1X9WA 4N76A 4A61A 4ISGA 1RBUA 5AQSA 1XMOK 2PAVA 2IDOA 4KV8A 4WFBL 3TU5A 1FK9A 3AVJA 5CZ1A 2E0YA 4C23A 2HVHA 3KLGA 3CCRN 2GX9A 4YORA 4HVJA 3U4LA 1ZBUA 3TAMA 3MDQA 4CJQA 4CJUA 2P9NA 3TPQA 4W5NA 2A6AA 5J1EA 4TQ0A 2P9PB 3ID6A 3HK2A 3ZSWA 2PYLA 2VQFK 3B6PA 4C1NK 3AGKA 2X6SA 3F73A 1NGEA 2ZD1A 1EP4A 3V81A 3TR8A 1CZAN 4F8RA 3SQ0A 3VETA 1RILA 3AA4A 3CHWA 4IJNA 3TSQA 3SUPA 3CCLN 1E7GA 3AVIA 1TXUA 3RMDA 3BDPA 4CZHA 3MXMA 1IBKK 2G8KA 5M1KA 5AQUA 1BL3A 4I2QA 2B4JA 2K0NA 3DWLA 5KRTA 2V52B 3RSEB 3DJCA 4DLEA 4R5PA 3UIVA 3PX4A 4BC3A 3SV3A 4NLCA 4ICLA 4W4UB 2VG5A 4M3ZA 5FRMA 3J80O 4QS8A 2KLAA 4KH4A 1E3MA 1C0GA 4DR2K 2P51A 1IG9A 4G01A 1TUUA 4CJRA 3FZFA 1HYZA 1BOTO 1G15A 4BRLA 3KK3A 4L8RB 4CGJA 4HCCA 3RWUA 2ITMA 3I0SA 2XY5A 1VSLA 4IJAA 3TI0A 4EMXA 1NKCA 3D2EB 4DU3A 1FKOA 3J8AA 5IIHA 5CYMA 4AHTA 2W6LA 3C7NB 3S41A 1V4TA 1FJGK 4O0IA 3NGZA 1Q82O 3C6AA 3CM5A 3K5NA 1JLAA 1NGAA 3MXIA 3NCIA 3D45A 3CJ1A 1WSFA 3PO5A 4LFAK 1HKGA 4FW1A 3ZSRA 4YOUA 2HF3A 3WNEA 4CGIA 4I2PA 2Z1IA 1S6QA 4CHQA 5BPMA 5ELZA 4JYAK 2J4RA 3H1VX 1IO2A 3BPJA 4B3RK 3BP8A 5AQFA 3SCXA 4ELTA 3CERA 4DG1A 4WA6B 3JRYA 4J2DA 1RTJA 3VEOA 2BDPA 4H0PA 1OH7A 1D9FA 1MM8A 5EX5A 3ZT3A 1XMQK 2DTUA 5C10A 4M7XA 3V03A 3SK3A 4JKFA 4BDYA 4KH5A 4B9UA 3S3MA 1M90O 1RCHA 3SAFA 1J53A 3MX2A 4H5WA 3EYZA 2Z8JA 5HRNA 3M8QA 2GEMA 4DSEA 3DAWA 2E1ZA 1SKRA 1QSYA 1VK0A 3QO9A 3A0IX 4DHXB 3W0LA 5AZJA 4HTLA 3CMAN 4JHDB 2YHBA 4YDUA 3LALA 3EO3A 1S5JA 4CZIA 1EWQA 1X9JA 5C15A 1MUSA 1GOCA 2JWKA 1ILYA 1KLMA 3E66A 4OKKA 3LP0A 1YF5L 3LU7A 3D2EA 3ZSVA 4Q0BA 3OBWA 1HA2A 3NVIA 4JLHA 1XUPO 3T69A 2OZSA 3BZKA 1NK0A 2E1YA 1MIYA 4Y0WA 3VQ8A 1NT2B 2QTDA 2UXCK 3CX9A 5HROA 4JKDA 1E7BA 3HJFA 1EWRA 3EKSA 2LSNA 2OTLN 4E89A 2FXUA 1U45A 5KPTA 2E0XA 3HM8A 2X74A 3M3ZA 2IAJA 4HUGA 5TKYA 1BJ5A 2QWOA 4O0JA 3S9HA 1TKXA 3DOLA 3A5MC 4FJJA 2O4IA 3G4SN 3KK7A 1SZ2A 2VGNA 3VQBA 1O13A 4BVPA 1QTMA 4H4MA 1NWKA 4AHUA 4QAGA 3AVHA 1EXQA 2D0PA 4HTUA 4A59A 1VRTA 4LC9B 3CETA 3AVMA 1DEJA 3HRGA 3G25A 4ILJA 3TSUA 4KTWA 1CZBA 4CIFA 1YUWA 1MA9A 5LY3A 1E4FT 5AQIA 3V9ZA 3GOIA 2ZJPL 1LV5A 3QMLA 4JHDA 3FR0A 3TANA 1NGGA 1RT5A 2PFUA 3C65A 4ZCGA 3WHQA 3ZCMA 4CJ4A 3TTDA 3WEEA 1WSJA 3R6MA 4LFCK 4DR7K 3T1YK 3VQ4A 2HHWA 4C8MA 5BPLA 3THXB 4N41A 4DTSA 2IGIA 3R3LA 3LU6A 1K73O 4OKEA 1NG9A 1WAFA 2QA4N 2YKNA 1TK0A 4Y1CA 4M3YA 3LDNA 2GWKA 3SUOA 4JKGB 4B3OA 3UKUA 2XW1A 4CFAA 4FJCB 3FGUA 1CLQA 4FJKA 4OJRA 1BA0A 4DR4K 3CCUN 4IEIA 4KTZA 3VPZA 4FJ8A 3QBXA 1HJRA 3I56N 1JXBA 4BRFA 3VF4A 1Q9YA 1WUAA 3AVFA 3HPGA 4FZXC 2G8FA 1EQYA 2YNIA 3H3OB 5JS1A 4ZBKA 3UB5A 2P9SB 5AFUA 3VQAA 1Y64A 5AQNA 4YY3K 3CQYA 4UQGA 1P90A 5BPKA 4CEBA 2QEXN 1TF0A 1HNIA 1W7AA 3KWIA 4CZEA 5ADXA 1ASUA 2R7YA 4DTNA 3C6TA 4FPAA 4DQQA 4M45A 3OYFA 1QSLA 1N6QA 3GA9L 2GBZA 1HK4A 1XC9A 3FFKB 4FJXA 3TWHA 1YXQA 1V4SA 4E1JA 1D8YA 4F2SA 4RW9A 1LOTA 2HB5A 4S1YA 3IDHA 5BPNA 3OTOK 5C24A 3KLFA 4EP4A 2I30A 1N33K 1KXPD 3S3OA 2WOMA 3KKSA 2KFNA 4PKIA 3KKRA 4H5VA 4CJLA 3OHRA 4DV7K 2BTFA 4PL8A 2Q36A 2DFEA 4FZYA 3IUCA 3V6DA 2Z1JA 4JI1K 3CI5A 4BRAA 3DM2A 1C0FA 4JKGA 4GV3A 5JMVA 2A5XA 4CZFA 3HBTA 2P9UB 3B8AX 2P5OA 2YNGA 3MHSB 1SV5A 3EEQA 1SQKA 3K9JA 1IKWA 1QQOA 2E5LK 1JLFA 2DPNA 3VGMA 4BREA 3O3FA 4Z4EA 4DMNA 2NRXA 3IFRA 4JN4A 1WNSA 5CR4A 2I7PA 3V08A 3ENOA 5GIOA 5B8HA 5AZIA 3AO4A 4L8UA 5K14A 4BRMA 5JVGL 3SIVB 4KREA 1RTHA 4LUHA 1RDUA 2P9IB 2P9SA 2VYPA 2QKBA 1KTQA 1N8RO 5B5TA 5C25A 4O4GA 4ZTJA 3ZX0A 1VSKA 1JLEA 1T05A 1NMNA 1LNSA 3VGLA 4GMJB 3RR8A 2O8BA 1KRPA 4JKEA 5BN8A 4LB2A 3QNOA 2VGMA 4FWKA 1KCFA 4DTPA 1Q81O 3EE8A 3OYHA 1BIUA 1A5XA 4BRGA 4BE0A 1WN7A 3VERA 4NCGA 1UORA 3ULDA 4FM1A 2CH6A 3V1OA 1JL2A 2XVVA 4YDUC 3VEXA 3HSTB 1J78A 4FVMA 3NH2A 3RTVA 4DQ8A 4LF9K 2E88A 3HVRA 1BG3A 3ZSQA 1IG8A 4FPBA 1QZ6A 4BWJA 2XHBA 5F2RA 1KQSM 3ZYYX 4LSNA 4DQSA 3PY8A 1O9XA 3VEZA 3P5JA 4IOXA 2DY4A 4AF1A 2OCEA 1VQ8N 1DTQA 4BE1A 4DQPA 4B8CA 1IKVA 3NVKA 4BR5A 3AVLA 3AA3A 4BROA 1T6CA 2E6LA 2VWBA 1TK8A 1NGFA 2NLXA 5JVHL 2O8DB 3VQ9A 4D7XA 1QS4A 3IKMA 4ID5A 4K0KK 4CBXA 5GAHP 1BIZA 1XNQK 1O1WA 2ZGZA 3QICA 4Z9OA 4K8ZA 2P9IA 4DTOA 4FJ7A 4YFUA 1ASVA 1DLOA 3QDKA 2KW4A 5AFUH 4DSJA 4LUFA 3KIKA 4KBOA 3SJJA 3SNNA 3D7EO 2AP1A 2O8FB 3OYJA 4EZ9A 3HO1A 2OTJN 4KH6A 3MN5A 5BREA 4IO8A 4CJ3A 5AQOA 4BWMA 2A40A 4KHQA 1VAZA 1HK1A 1TVRA 2NQOA 4CEEA 2QI2A 3A2FA 4YOVA 1NGCA 4CHOA 4M70B 2IVPA 2W41A 3BZCA 3IS9A 1MIVA 4XH1A 3FNMA 3KK2A 4FWOA 2OA8A 5GIPA 2OZBB 2P9LB 2QWLA 2IOCA 2XVWA 3A73A 1RDBA 1HR0K 3CMEN 2JUHA 4BRNA 4I6MB 4B1XB 3PLAA 3HTVA 3BUZB 2E20A 2A41A 4CJSA 3K0SA 1X1PA 4KHWA 2RHKA 4LH4A 3WXLA 1E7EA 4NYFA 5DBYA 4I9LA 4IDHA 2O8DA 2QWNA 3DYAA 5DMRA 4XH4A 3A5NC 3VQ5A 1NOZA 1BI4B 2O8EB 3CJ9A 3VQ7A 1YVNA 4M3RA 4DV0K 2F9WA 2BUPA 3J81O 1NGBA 3CF5L 1NJYA 5KQ8A 3VOVA 4HCBA 3CQXA 4M42A 3OBYA 4FL9A 1GLLO 4CIEA 2LXTA 3C6HA 3U9DA 5BRFA 4IDKA 3KD1E 5KPZA 2XMOA 4M3TA 4BC5A 4M3WA 2LQHA 1RT3A 4NLBA 1S9GA 1QVFM 4DUYK 2QK9A 4BQZA 2KZMA 4ISFA 1VSJA 2PBDA 5SZTA 3ICXA 3VQQA 5M1NA 4RW4A 4ILGB 4OLAA 4J2AA 4OO1J 2VWJA 4HWIA 1UOCA 1C1AA 3OS0A 4CD1A 5AJ3K 4JAXA 4CJTA 1KAXA 3HI0A 2YDFA 4A2BA 3L2UA 3JXUA 2VQEK 3T19A 4IG0A 4OTTA 3KLHA 5I9EB 3QIPA 4U7BA 3ZX2A 4LFBK 1B9DA 4TQ1A 2V36A 4I6MA 4CD3A 4DWIA 5C2DA 3SQ2A 4LB9A 2KFZA 1WSHA 2A42A 4FJIA 4O55A 4CZGA 4JK7A 4JKAA 1BGXT 4FJHA 4CEQA 2IIRA 4F3OA 4IKFA 4HGKA 4YNQA 2D5RA 4AHRA 4M41A 1G99A 2G8IA 4Y1DA 5AQMA 2ROHA 2VDBA 4CF1A 3TABA 3AGRA 3I8DA 4XIUA 5TKWA 3IRXA 4NAWB 4O5BA 2BXAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIN A;  3NVK A;  5GIP A;  2OZB B;  3ID6 A;  3NVI A;  3NVM A;  3PLA A;  3ICX A;  3NMU A;  3GQU A;  1NT2 B;  3GQX A;  5GIO A;  3SIU B;  2NNW A;  4BY9 C;  3T7Z A;  3SIV B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZC6 A;  4CFB A;  3WXI A;  1ATR A;  1VQ9 N;  3ALY A;  2XY7 A;  2BXK A;  4CJ7 A;  1D4X A;  1VQN N;  4DS4 A;  1ASW A;  4FM2 A;  4K8X A;  1MUH A;  4JI5 K;  4F5T A;  4E3S A;  4AIL C;  3WNF A;  1GLJ O;  3HOT A;  4U67 L;  4CZK A;  1GOB A;  2OZM A;  3T7Z A;  1UA0 A;  3WHR A;  4O44 A;  3LAN A;  1RFQ A;  2WC9 A;  1IBL K;  3R8E A;  4BR4 A;  3MMV A;  4PUO A;  3JS6 A;  1C0U A;  2HVI A;  1JCE A;  4FLY A;  4DR3 K;  3OYM A;  4OGC A;  1MWM A;  5LL6 Z;  5HP1 A;  3OYB A;  4OX9 K;  1YHQ N;  4QCL A;  4V19 S;  3P39 A;  4N3Z A;  1E4G T;  1QHA A;  4CK3 A;  3KWG A;  4B1V A;  3D2F A;  4DV4 K;  1QVG M;  4WQ5 C;  1UWB A;  2BXQ A;  1NGJ A;  3L2V A;  2UXD K;  3E9L A;  4W5Q A;  4K25 A;  1VQM N;  3OY9 A;  5EOY A;  4FK4 A;  4DFM A;  1OVY A;  3H1Q A;  1J5E K;  3E1Y A;  4QS7 A;  3AA5 X;  2BXH A;  1EKE A;  3MN7 A;  3MN6 A;  3EY1 A;  1DGK N;  3LM2 A;  3ID8 A;  5FLX O;  3RR7 A;  4KAZ A;  2HF4 A;  4KHP K;  3F9M A;  3H46 O;  1TGO A;  3RVC A;  4KHS A;  1K9M O;  1S1U A;  1BCM A;  3DXK B;  2F96 A;  4E0D A;  4LD0 A;  2OPR A;  3ISN C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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