3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
5GIPA 3NMUA 3SIUB 3PLAA 3NVMA 3GQUA 3ID6A 2NNWA 3NVIA 3ICXA 1NT2B 5GINA 3SIVB 2OZBB 4BY9C 3NVKA 3T7ZA 3GQXA 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK0A 3CC2N 1VRTA 3C6AA 4R79A 2Z1GA 3U9DA 4E0DA 2Z1HA 3J7ZO 2BXOA 4DV1K 3DWLA 2F8SA 2VDBA 3PV8A 3AVAA 5FDLA 4I9OA 4Z4FA 2P9UA 1QQNA 1XWLA 2YHBA 1LW0A 1C0UA 1P90A 1RT7A 1VSIA 4EHUA 4IBNA 3G10A 4B9QA 4YOYA 1RDCA 3WQUA 4NCBA 4Z69A 2X78A 3AVMA 4B1VA 3THWB 2HNDA 1D9FA 1BM0A 2CH5A 2BUPA 1U2VA 3RSEA 3TU5A 3E9PA 3VN5A 3H45C 3KD5E 3UKUA 2D0CA 5ID7A 3VOVA 4FM2A 4B1ZA 3ULEA 1KRPA 3TI0A 3TAPA 4JRQA 3U4LA 1WSJA 1ILYA 3JYTA 4N3ZA 1U49A 1ZBLA 1JL2A 2NRTA 3A5MC 3R8EA 4HUGA 3G71N 3V1RA 4FJLA 3M8SA 4BR9A 4V19S 4BRNA 1MU2A 4CJ4A 1HNXK 2E8AA 4A5BA 4CGGA 3GA9L 2Q36A 5KI6A 3AA3A 4IG3A 4OGCA 3ULDA 1HRHA 1S3XA 5FLXO 4KHQA 1HQEA 4JK9A 4O4GA 1KVAA 5AQTA 2NRXA 3WXKA 3P4IA 1C1CA 1VSKA 4IOCL 4MO5A 4CZLA 4M3WA 2ZQBA 5FRMA 3VETA 2AGHB 5GIOA 1NBWA 4FLUA 4CZIA 3WNGA 4FJ7A 1NOZA 4O8UA 4FVUA 4M3UA 1BCOA 1SUQA 2VGMA 3O1WA 3ZSYA 3BGRA 3LP1A 4FLXA 1OH6A 1TL3A 3U6FA 3AV9A 4DR6K 2F9WA 4B8CA 2NNWA 4JK7A 4ILHA 4LY7A 4B3OA 3FZMA 1GNJA 2RF2A 1Z26A 2Q31A 1CZAN 3ID8A 3N4QA 5H1SQ 3VTIA 4XH5A 4CGFA 3HI0A 2XRIA 1NGGA 1YTAA 3F9KA 4AHUA 5E41A 3ZEUB 3NMUA 1YAGA 2LXTA 4DS5A 4GDLB 1RT6A 1RBRA 3CI5A 4GDXA 5KQ8A 1IV0A 1NOYA 4DR3K 1RT4A 3DLGA 3M6GA 5KPZA 4OPAA 4WFAL 2P9KA 5EVZA 1U47A 2FC0A 2I2ZA 4KFBA 3ZETB 5DM6L 5AQYA 4DTJA 1O13A 3VF2A 1QVFM 3HPOA 1Z25A 3ENBA 3DRSA 4DV0K 4FW2A 4AQYK 3OS2A 4AHSA 4CJLA 5CR4A 3M8RA 3OA9A 3KWGA 2GUTA 4FLYA 3L2WA 3O4WA 3I8DA 3OW2M 1RBUA 1QHTA 1IKWA 2VWJA 3TTFA 4GKJK 5MLCQ 1C6VA 3HXMA 3RRGA 1IKXA 4KTWA 4O0JA 4DF8A 1A5VA 3HP9A 5BN9A 1NWKA 2NUBA 3HM8A 3HSCA 3CXCM 1RFQA 3ALYA 4E7LA 4JHDA 2LSNA 3AO5A 3PO4A 2J4RA 3HOTA 4JI8K 3W3DA 4AM6A 1YIJN 1HK2A 3CJBA 4CVNE 4PA1A 3H6EA 1A5WA 4WF9L 3EE9A 3DXMA 4IOAL 1TV6A 1XNRK 4CIFA 3LPUA 3MEGA 4DR1K 4DR4K 4B9SA 4IO9L 3OS1A 3D2FB 3B9LA 1WN7A 2QWMA 3E01A 4FK4A 1ATSA 3OYBA 2O8CB 1VFIA 5ELZA 1NK4A 2FSKA 3V08A 4DWIA 3U3YA 2E6MA 5AQGA 3M1FA 2Y1JA 2VGNA 4E7KA 1YT3A 3A5NC 4BVPA 1T8EA 1T05A 3V1QA 1EP4A 4JI3K 4CEZA 1C1BA 3QEWA 1TKXA 2QA4N 4BE1A 1NGIA 4BRHA 3CCSN 5JMVA 4B9NA 3K9KA 4NCAA 2I7PA 5HRRA 4U7BA 1E7HA 4M3ZA 3TR8A 3GOIA 5BPKA 2E1YA 4S1YA 1BI4B 3GG4A 3KWIA 2PYJA 4PKGA 4I2QA 2JWKA 2F96A 2P9NA 4Z4EA 4KREA 5C25A 4OLBA 3WNHA 4N47A 2UXBK 1UOCA 4CF1A 1OVYA 4CZHA 3DOLA 1RT1A 4IG0A 1RDDA 3U8XA 3JS6A 3OVNA 2KW4A 5AZJB 4EIAA 4LB2A 1NU0A 2VQFK 3SYZA 3TARA 5M1QA 2YI1A 2UUBK 4BC2A 3H3OB 3SZ2A 3IS9A 3THXB 3E9LA 1SAZA 4KHUA 4CGIA 2G8FA 4M7YA 4BACA 1WSIA 4CZJA 5IJFA 4B3SK 3RMAA 3T1HK 1HYVA 1MA9B 2XVUA 3DRRA 4F5UA 3WXJA 2BTFA 2D1KA 1S72N 3MXMA 4EZ9A 1S6QA 3O9UA 1WSGA 2PAVA 2G8HA 4DU3A 5J1EA 4H5WA 5TKYA 1G15A 3CD6N 4M41A 3PIPL 3AGRA 4DFMA 3NBPA 4ZBQA 1RCHA 1S1WA 2Y1IA 3HOSA 4BQLA 1I3AA 1JCFA 1JL1A 3H3NO 2P5GA 4CEAA 1BU6O 2FXUA 2Q1NA 4GV9A 4BKEA 3MHSB 3KVGA 4DSFA 3J80O 1FW6A 1E7IA 4DHXB 1KAXA 4BR5A 5EXWA 3NDKA 4IW1A 2HOEA 2I5JA 3U3GA 2H3GX 4LUFA 1H5WA 5JICA 4BDPA 2KBZA 2G8IA 5DM7L 5IIUA 1GLCG 1IJJA 4CZEA 2P9LA 1TKDA 1OH8A 2DYMA 1KW2A 1YVUA 2HHUA 3ZSWA 4FWNA 5GHKA 3PY8A 4NB4A 2YHWA 1S1UA 2A40A 3SPYA 4EP4A 4ZBRA 3ZETA 4DR2K 1MM8A 5BPLA 3EN9A 4E1NA 3J81O 2EX3A 1JLEA 3C7NB 3GE1A 1KC8O 1IH7A 2Q3SA 4KHYA 4BRAA 4G01A 2O8BB 4E1MA 2VG7A 1Q86O 2QHBA 5ID9A 2FSJA 3CHWA 2IVNA 5AQZA 4N0FD 1T44A 5SZTA 3QERA 4Q0BA 3LANA 4Z0UA 4IFYA 1SB0A 1E4FT 5EX5A 1OVQA 3T1AA 4C23A 4MO4A 2QWPA 4LC9B 5AQJA 4BWJA 2G8UA 1CLQA 5LJWA 2DYOA 4FPBA 4JD2B 1WBDA 3ID6A 2ZWHA 2P9IB 4JYAK 3TTCA 3NGIA 4K0KK 4HHTA 2E2QA 4JV5K 4A57A 3SJHA 4TQ0A 4CJKA 1W0HA 1E7AA 4BG8A 4BREA 3SK3A 3U9ZA 2Q97A 1Y97A 4X66K 1JXBA 4YOTA 2HSTA 3QEXA 1MUSA 3OYIA 1N6QA 3LAMA 3TAEA 1UA0A 4UQGA 4DR5K 4CI6A 3PX6A 4ISEA 4GG2A 3G6EN 2D0AA 4IZ9A 3QNNA 4CJPA 2DBUA 1JLCA 3G9KD 3K5OA 3VQ7A 4CZKA 2KFNA 3HT3A 2GELA 4E89A 4Z4HA 2E4LA 2XSIA 3VQ4A 3V09A 5BRFA 4BDZA 4CFCA 1NGBA 4M3RA 5TKWA 3VQCA 2OA8A 2HHSA 5IIHA 4CERA 5DBYA 3OJSA 3I56N 1X3NA 3SBGA 3NGZA 3UKRA 3CM5A 5A2QO 5FPMA 4FWSA 3LWLA 1B9DA 1EWRA 4HVJA 1VQON 5BPMA 4OT2A 3RMDA 4JKEA 4H5TA 1VQ4N 2EFEA 1ZXOA 5AQWA 4H0YB 2BE2A 2UYTA 3SLCA 3RR7A 2P9PB 4LB9A 3DLKA 3DRPA 4CESA 2QWLA 2IS3A 1QSSA 2GTDA 3QICA 3O3FA 3LDNA 1O1WA 4OGEA 1VZSA 1RBVA 5HL7L 4KPYA 1S5JA 4ZTFA 1CXUA 1HUXA 3BZKA 3CJ1A 4CJQA 2D0BA 1IBLK 1S1XA 3LP0A 4NCGA 2IC3A 3ZT3A 4FLVA 4C8KA 5D7GA 4BRCA 1X9MA 5LMNK 4EP5A 1HKGA 3EZWA 2XVQA 4Y0WA 1H9ZA 2HNZA 4OKEA 4BC5A 1X3MA 4DTOA 4D7XA 4KI4A 2KLAA 4DKWA 3O9RA 4KRFA 4JKCA 3ITHA 1N36K 1HX1A 5AZIB 4YOVA 4BRMA 5M1NA 4CZFA 3V4IA 2WFBA 3AA2A 4IXCA 1N5UA 3KKRA 4NXNK 2QWOA 3B6PA 4QAGA 2BGGA 3TTDA 2QM6A 2ASOA 1C0FA 1QS4A 2Q2RA 4JS5A 2W40A 3V1OA 1NK9A 1VQ7N 3ZLJA 3H37A 1Q9XA 1AO6A 3K5LA 4E3SA 3OYGA 4A5AA 4JI6K 2FBTA 5BRDA 1S1VA 1KXPD 1J54A 1BCMA 4AHVA 2W42A 4FXDA 4FWKA 4JI4K 3TAFA 4MLEA 1S6PA 4E99A 4BRFA 3S3NA 2OZMA 4IEEA 4IEIA 3ZT0A 3VEOA 2DFHA 4FOIA 3HJFA 5LY3A 2XY8A 3SQ1A 1W97L 4W4UB 1SL1A 4MQ3A 4PO0A 4BY9C 2YX6A 1D8YA 4JAXA 1R59O 3ENOA 3QBWA 4JI7K 2NZTA 3HL8A 1RBSA 3DXKA 3P5JA 5FROA 1KSPA 1RGIA 4OO1J 3ZX2A 2YDFA 3ZSOA 4JLHA 1RTJA 2LXSA 4X62K 4JNEA 3WEEA 3Q7BA 2KHOA 4BGAA 1ZYQA 4B9MA 4K41A 4PL7A 4JRPA 5IIXA 5GAEP 3BUZB 3NH0A 3RWUA 3LPTA 4DM0A 1FKOA 1WLJA 1D4XA 3KLHA 3VQ6A 1UWBA 1G99A 2QXLA 5B5TA 4ILGB 5LMUK 3CQXA 4WE1A 5DMRA 4B9UA 3VA3A 2G8VA 4FWOA 2YKNA 1XMQK 1E7CA 3VQ9A 4F3OA 1J7EA 4HCBA 3ATUA 1JCEA 3SQJA 1BOTO 4W5QA 4JKAA 3L2RA 4IW2A 3K59A 4WA6B 4I7FA 1S9GA 3DYAA 2IOCA 5AFUA 3OS0A 1LAVA 3NVKA 3KLGA 4FWQA 4AM7A 4YOUA 3BF3A 1BHLA 4RW6A 3A8YA 3ZYYX 2Z1IA 5M1KA 3SAFA 5KRSA 1SV5A 2G8KA 3A5OC 4M3XA 1TYQB 1KQSM 3FNMA 2DFEA 3BPJA 3PSFA 4EZ6A 4YY3K 1DEJA 3AA4A 1RT3A 2O8EA 3VQAA 4KHWA 2HMIA 4CGHA 5GAHP 4DQRA 4I2PA 3O9TA 2IIRA 4MDBA 3SQ4A 3VQ8A 3QNOA 5HRSA 4O0IA 4A2AA 2E6LA 2QI2A 4FLWA 4HGMB 5GIPA 3CCUN 1HJOA 4W5TA 5KGWA 1OH5A 4CEEA 5I42A 2O8DB 2EFCA 4BC4A 1ASWA 2WONA 1U6ZA 4NXMK 1KLNA 2VQEK 4AHCA 3LWMA 1YJ9N 4BRLA 4JK8A 1FOUA 4LF8K 1TL1A 3Q7CA 2DBXA 4IFVA 3JRYA 1TKZA 1XI1A 3H3AA 3L4IA 4NO7A 2VUEA 4LSNA 5AFUH 5FPNA 4DSLA 1DKGD 2ZM6K 4M3YA 2BXDA 2E88A 3SUOA 1U45A 4B3MK 4B9TA 4AILC 2BXEA 1HMVA 3TAGA 2A6AA 4KHNA 3WUHA 3OHRA 4FO0A 1J78A 3VENA 3ZSZA 3EYZA 4F8RA 1NGEA 3SBTA 4BR0A 1X9WA 4O55A 3MX5A 3L4QA 5M1PA 4ZC6A 1FK9A 1VSJA 1J9AA 1K6YA 2ZGZA 1K73O 5C10A 3HPHA 4I6MA 3VEYA 2QW9A 2YJEA 1MWKA 3MK6A 1VQPN 3LAKA 3KK2A 2EWSA 3SAGA 1XQSC 3TPQA 3GQUA 4MFBA 1HNZK 4CEDA 4FYDA 5BPNA 3A75A 2W6LA 1XMOK 1YF5L 5F2RA 4BDYA 1SKWA 2AA4A 3S3MA 4BRQA 2Z8KA 2B5JA 2QXFA 3EZ5A 2VYPA 4JKBA 1JKHA 3DLEA 4KO0A 5CY4A 1J53A 1GLAG 5HBMA 4BE0A 4PWDA 2IVOA 1VQ8N 3DLBA 1IBMK 4C8LA 4PHTX 3I0RA 4KH6A 3T19A 3O3HA 3AVBA 3VESA 3JAMO 3TWHA 1NM1A 4ZTJA 4OVLA 4JKFA 1LOTA 3S9HA 3GQXA 4E19A 2ETJA 4NAWB 4J2BA 1T6CA 2HHXA 1GOAA 4DV7K 2Q0UA 4FPAA 5T7BA 3R9PA 4CJ3A 1DTTA 1YI2N 3NVMA 1HNVA 1E3MA 2NLXA 1RDUA 3SV3A 1VK0A 1BA0A 3IAYA 2HF4A 1NJZA 1JLGA 4OTUA 1KAZA 4DLEA 1D5AA 3L0QA 1XC9A 3AGKA 3AVLA 3V6DA 1VQ9N 4JI1K 4M42A 3EKUA 4F2RA 5AQNA 2XY7A 2BXCA 2BXGA 4Z94A 4FJKA 4KH4A 5KTQA 2HHTA 3AVKA 1MIYA 1ASUA 3D2EB 4CBWA 4C8OA 3VERA 1EWQA 1TUUA 2BXPA 4IJNA 1NT2B 4Z9OA 3HO1A 4G1QA 3DLLL 1O9XA 4DUYK 4A2BA 1J6ZA 3CCJN 3ENHA 1RDWX 3HVRA 4FJHA 3DAWA 3T69A 4N76A 3V9SA 1KFDA 4DTNA 4N5SA 4H4OA 3KJVA 1I39A 4FOEA 1WAFA 5I9EB 2OTLN 3V9ZA 1RDBA 3AVCA 3PIOL 4PQUA 3I8BA 4FK0A 4Z4IA 1TAUA 1TXUA 2ROHA 1BJ5A 1NJWA 1IKVA 2YNGA 1JJ2M 3OBWA 3THWA 4YFUA 3P31A 3VEWA 1UA1A 3MN5A 1LNSA 3AO2A 1NJYA 1JCGA 2DG5A 2CGJA 4F3TA 3QEVA 2RN2A 4DTRA 1ZBHA 5HRPA 4DTUA 3VQPA 1NLVA 4QOZB 4GNIA 3LDSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  3NMU A;  3SIU B;  3PLA A;  3NVM A;  3GQU A;  3ID6 A;  2NNW A;  3NVI A;  3ICX A;  1NT2 B;  5GIN A;  3SIV B;  2OZB B;  4BY9 C;  3NVK A;  3T7Z A;  3GQX A;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TK0 A;  3CC2 N;  1VRT A;  3C6A A;  4R79 A;  2Z1G A;  3U9D A;  4E0D A;  2Z1H A;  3J7Z O;  2BXO A;  4DV1 K;  3DWL A;  2F8S A;  2VDB A;  3PV8 A;  3AVA A;  5FDL A;  4I9O A;  4Z4F A;  2P9U A;  1QQN A;  1XWL A;  2YHB A;  1LW0 A;  1C0U A;  1P90 A;  1RT7 A;  1VSI A;  4EHU A;  4IBN A;  3G10 A;  4B9Q A;  4YOY A;  1RDC A;  3WQU A;  4NCB A;  4Z69 A;  2X78 A;  3AVM A;  4B1V A;  3THW B;  2HND A;  1D9F A;  1BM0 A;  2CH5 A;  2BUP A;  1U2V A;  3RSE A;  3TU5 A;  3E9P A;  3VN5 A;  3H45 C;  3KD5 E;  3UKU A;  2D0C A;  5ID7 A;  3VOV A;  4FM2 A;  4B1Z A;  3ULE A;  1KRP A;  3TI0 A;  3TAP A;  4JRQ A;  3U4L A;  1WSJ A;  1ILY A;  3JYT A;  4N3Z A;  1U49 A;  1ZBL A;  1JL2 A;  2NRT A;  3A5M C;  3R8E A;  4HUG A;  3G71 N;  3V1R A;  4FJL A;  3M8S A;  4BR9 A;  4V19 S;  4BRN A;  1MU2 A;  4CJ4 A;  1HNX K;  2E8A A;  4A5B A;  4CGG A;  3GA9 L;  2Q36 A;  5KI6 A;  3AA3 A;  4IG3 A;  4OGC A;  3ULD A;  1HRH A;  1S3X A;  5FLX O;  4KHQ A;  1HQE A;  4JK9 A;  4O4G A;  1KVA A;  5AQT A;  2NRX A;  3WXK A;  3P4I A;  1C1C A;  1VSK A;  4IOC L; 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