3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3SIUB 5GINA 3GQUA 3NVIA 3ID6A 3ICXA 3PLAA 5GIPA 3NVMA 5GIOA 3SIVB 3GQXA 2OZBB 3T7ZA 1NT2B 4BY9C 2NNWA 3NVKA 3NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ9N 3LWLA 2IDOA 1CXUA 3ZYYX 2EFHA 4GDKB 1BCMA 5HLFA 4CK3A 2QM6A 1U2VA 5AQVA 2HHWA 4HTUA 4FWMA 3VTIA 1NK8A 4BDPA 3SUOA 1KVAA 3THYA 3SIVB 3A5MC 5JLHA 3SV3A 3R3LA 1EQYA 4RTFD 5LMNK 4K71A 1Q81O 1TVRA 4B9UA 3LDSA 3ZSWA 1NK6A 4BWJA 4DR7K 5AQSA 1VQ4N 2XW0A 5FPMA 5AZJB 3VEVA 2UU9K 4DV1K 1D5AA 4YHHK 3RMCA 3Q7CA 1L3TA 1S22A 4M42A 5IIUA 1DT9A 2CH6A 4BWMA 1E7BA 3EEQA 3ECPA 1ZC6A 1AO6A 1C1CA 1YF5L 3L0QA 3I56N 3SQ1A 2CGLA 5SZTA 3ISNC 1WAFA 3AA4A 4K25A 3B6PA 3ZX2A 4WE1A 3MN5A 1S1UA 5IWAK 2QWNA 5HRSA 4Z4GA 3LAKA 3HP6A 1QHAA 4L9QA 1ESVA 4C1NI 1E4FT 3TPQA 2JUHA 3CYMA 4I2QA 2XHBA 4ZBQA 3DLBA 3RVCA 4DSKA 4MO4A 4CF8A 3LDLA 3O3HA 1YJWN 3VQ4A 3HSTB 2QM1A 4J2BA 4LUFA 1Q9YA 4QOZB 4CJFA 2A41A 2KTQA 4BRGA 3JQZA 4FXDA 4JKBA 4CIFA 3KK3A 2WUSA 3SV4A 4H8KA 3HL8A 3WHQA 1IJJA 2QKBA 4EZ6A 4OGEA 4OKEA 5F2RA 1X3NA 5FROA 1RTHA 4BGBA 1IO2A 2BTFA 3OYNA 2ZJQL 2HOEA 3JXUA 3OHRA 4YORA 1RBUA 1W97L 1EO1A 1GLEG 1T7PA 3CMEN 1IBKK 2YI1A 4GV9A 3TANA 3GQXA 2YHWA 4CJRA 4DHXB 3CJBA 3U9ZA 4IJAA 1YVUA 1ZBFA 3H1VX 3SIUB 4M3XA 1ASVA 4DV2K 1KVBA 1SV5A 3L3VA 2QA4N 3ENOA 2LOQA 1RBTA 3AV9A 2ITMA 3CM5A 3PLAA 3VN5A 1MDUB 4FJLA 4ZBRA 5J2QA 2UXCK 3RWUA 4H5TA 1QQCA 3DLLL 4JEPA 1KW2A 1RTIA 3WQUA 5C2FA 2A5XA 4KKOA 4DTOA 1RNHA 4LFCK 1S6PA 3VEOA 5AQTA 2BXKA 1KRPA 4CEOA 1TKDA 4XH1A 2HB5A 2P1JA 2WC9A 3MAQA 3AO5A 1I39A 3MDQA 2Q36A 2P9SB 4Y0WA 1I94K 4BE1A 1ZBLA 5JS2A 1SKRA 3KD5E 2VUFA 1ZBUA 3K0SA 3H08A 3CCEN 3O3FA 1UWBA 4FLZA 3CX9A 5AQMA 3EL2A 3MX5A 2O8CA 4DSJA 4BR9A 3EO3A 2BXHA 3GG4A 3R8EA 4LFBK 1R59O 2QTDA 3JAMO 3SQ0A 3ENBA 1TYQB 1EX4A 5FDLA 2ZJPL 4I6MB 4CCHA 4FJKA 2NZTA 1UA1A 1WUAA 3T1HK 3M8RA 5AZIB 2LXSA 4RWTA 3TSPA 1RCHA 2FF6A 4D7XA 4CJ5A 3ZETB 3DWLA 4BACA 4NO7A 4CZLA 4KTZA 4CJ7A 3CF5L 5BPMA 1HNWK 3K2PA 1HYSA 4CGIA 4JK9A 3IRXA 3RRGA 1E7AA 3IG1A 3OJSA 4HGMB 3DMJA 3VTHA 3NE6A 4DFPA 3MXMA 4FYDA 4ELTA 4JI8K 1BJ5A 1RBSA 4JI7K 3OS2A 5FLXO 5AQHA 4AM6A 1Z25A 3AAPA 3K9KA 3DRSA 2O8DA 1NLVA 3GOIA 5LMUK 5DBYA 5AQLA 4Z0UA 4C1NK 3CC2N 5KGWA 4FVUA 4QAGA 4C23A 2OANA 3NVKA 3IDHA 4FOIA 4DCHA 4NLCA 3NGIA 1VSHA 2E6MA 4MLEA 2P9IA 3ZX3A 2YDFA 1SL0A 3P4IA 1WBDA 3C6UA 1J7EA 5AQRA 5BPNA 3ASMA 1KDXA 3OYIA 3OY9A 4CK1A 3TI0A 5ID7A 3AA5X 1C0MA 1X3MA 3K5NA 1T6CA 5IIHA 3W0LA 4NXNK 1KTQA 1QSSA 1XC9A 1D8YA 2HHSA 3RSEB 1LAVA 2F9TA 4JN4A 4PL7A 2I2ZA 1JKHA 4IZ9A 3VEWA 5CY4A 4YOUA 4CF2A 4FLWA 1LOTA 1W9HA 2Z1IA 3WXKA 2HHXA 4FOEA 4F2RA 1S5JA 3TAFA 4KH4A 1I3AA 4RG8A 1BGXT 5GADP 3QB0A 1D9DA 1NKCA 3LPUA 5AQWA 5AQIA 3VQBA 1VQON 1XMQK 3KLGA 2VQFK 1N33K 1KXPA 3TWHA 3M5RA 1YAGA 3TAMA 1ZYQA 4KI6A 2VGNA 4BVOA 4V19S 3MEGA 4LF8K 4DTUA 1NGHA 4JHDA 3CQ8A 3RR8A 4DFMA 1RDAA 4FWNA 3K58A 5IIXA 3K9JA 4CBWA 3VA0A 4CGJA 2E4LA 2BH1A 3WXLA 4CIGA 3FZLA 1NGIA 4DLEA 1E7FA 2D0CA 2VQEK 1RT2A 4FSVA 1EWRA 2OPSA 1N8RO 4GY2B 4FLYA 4EZ9A 3SUQA 4CEAA 3WNHA 1QZ6A 4WQ5A 4DV5K 2P9UB 1M90O 3K57A 3VPZA 3LP2A 4FK5B 2F4VK 3CJCA 2WFBA 4CJUA 2Q3SA 2GTDA 3LU8A 2VGMA 3QICA 3TAGA 5HRPA 1K8AO 3HOTA 1MIWA 1ATNA 3I0RA 4OTTA 2Q31A 4G04A 1KFDA 3D0PA 4Z9OA 3EN9A 3IMXA 3RMDA 3HT3A 4KFBA 1BA0A 4QCLA 1GOBA 3MHHB 3RMBA 4LF5K 1G99A 4B1ZA 2OTLN 3CXCM 4NYNA 3CHWA 3J8AA 4K2CA 3CD6N 1TK8A 4JKCA 1C1BA 4MDAA 2PAVA 4Y1DA 4H0XB 1BI4B 2BXPA 3G9KD 3FZHA 4HVJA 5C2DA 1WSGA 3KIOA 4G01A 3U4LA 4Q5VA 4M3ZA 4N41A 3O9QA 4ZHRA 4IOCL 4WYBA 1JLFA 4WQ5C 3ZT4A 4H4OA 2J4RA 3F9MA 3J80O 4M63C 4KHNA 4OGCA 1BCOA 1QQMA 4CJQA 1XNRK 4IFEA 2V51B 1HRHA 4B9QA 1B92A 1QQOA 3FE1A 4E7HA 3L4QA 4CHNA 2AJQA 4ZCGA 3ZT0A 1IBMK 4NYFA 1HK4A 2X6NA 3JRYA 1WSHA 5C0YA 5CR4A 4TQ1A 4E19A 2RPIA 3GA9L 4BC3A 3QINA 2X74A 1VSFA 5GHKA 1EKEA 1LV5A 4JI2K 3ZSRA 3DAWA 4E7IA 4H0PA 2B5JA 3AY9A 4B1UB 3PX0A 1ZBIA 1YJ9N 2HNYA 3ATVA 3LP3A 1YJNN 4DTJA 2HBKA 3LZJA 3DM2A 4GMJB 4JS4A 2HW3A 3ID8A 4AHCA 2NNWA 4PL8A 3MECA 1KC8O 3BY5A 1IV0A 4K43A 4PHTX 3L2UA 1R0AA 1E7CA 4DMNA 3NH2A 4JK8A 3NF9A 1S6QA 1S9EA 3L4IA 5BRFA 5A2QO 4BKEA 2BANA 3V9UA 1JXEA 2YHXA 3WNEA 4CBUA 1GNJA 1C1AA 5CYMA 3WUHA 4AHUA 5AQYA 1NMNA 4DSEA 4A2BA 1JLAA 4KBOA 3E1YA 5B8HA 2YHBA 4DV3K 4FJCB 3VF6A 4HTLA 2YNHA 4QS9A 2GUPA 2P9NB 4M7YA 5AJ3K 3TSUA 4UY8O 4JI6K 2YKNA 1IKYA 1N5UA 3JYTA 4E1NA 1H1VA 2O8EB 5M1KA 3ZSVA 3V9XA 4KB0A 4CI6A 2BXCA 3SNNA 5I42A 4O0JA 1EXQA 1T05A 3ZX0A 3O9UA 1HKBA 1TL3A 4BRHA 4CJSA 2EFCA 3RMAA 3HPGA 3AVAA 4A61A 3W1SA 4M3TA 2E2QA 2BXIA 4J8FA 4BR4A 1VSIA 4H5NA 2FBXA 2O4IA 3VQQA 2P9SA 3VEZA 3OTOK 3CC7N 4Z4HA 4FLXA 5J2PA 2KZZA 3VQDA 3CI5A 4E0DA 4M3WA 2ZE2A 4DHYA 3H1QA 2E1YA 4K8XA 2BGGA 3H3OB 3C6TA 3QIPA 1TF0A 1ZBHA 4FK4A 1J5OA 5FRNA 1VAZA 3HBTA 1BOTO 4AILC 1HK5A 4JK7A 1OH5A 3MXJA 1YI2N 4C8KA 5AZIA 1Y64A 1ITGA 3SCXA 3SJJA 4LB2A 2FC0A 3ZETA 4JI5K 1SS6A 4CZKA 2NUBA 2W41A 3KHYA 4NB4A 4H5WA 5AQJA 2GUIA 5HOZA 3IAYA 1YVNA 1Z6RA 2Q2RA 4CE9A 1RT5A 2E88A 4FWPA 3WNFA 4CEBA 4TQ0A 1HMVA 4BE2A 5LY3A 1QZ5A 1VQPN 1SKSA 3S3NA 3VQIA 3LAMA 3O4QA 3KD1E 1NWKA 3V9WA 1WSJA 2FSKA 2HBJA 4M7XA 1JCGA 1TAUA 4EHUA 4ICLA 3ZT1A 5DK5A 3OYLA 4JI1K 2V7ZA 2VG7A 1RBVA 2KQ2A 5AQNA 4HUEA 3AVLA 4Z4FA 2A42A 1T3VA 4WFBL 2YHYA 3C94A 4O8KA 3I33A 3HPOA 4YY3K 4CECA 2HVIA 4N5SA 3ZEUB 4DFKA 2QKKA 3PO4A 3RSEA 1EETA 1HQEA 1QVGM 4NXMK 4BREA 1VQMN 3G10A 3KKRA 3T3FA 1HR0K 1BL3A 4YDUA 4CIEA 5I9EB 5HRNA 3CCRN 2YV0X 3QEWA 3CFPA 1C0UA 5FRMA 3F2KA 1NGBA 4FL9A 1NK4A 2G8WA 1HA2A 3BDPA 4CJVA 3P5JA 4DF4A 3MK6A 2YNIA 3O5BA 3L2RA 4EHTA 3SBGA 1NT2B 3FFKB 2QWRA 2W6KA 3P31A 3VQ6A 3LU6A 1UOCA 4C8MA 3VQ8A 1VSLA 4GG2A 4IDHA 4FWKA 1MWMA 3SJHA 1X9JA 3NF7A 4DLGA 3UB5A 4GDXA 2ASMA 4HHTA 1HKGA 3DLGA 3CJ7A 4CGHA 1IBLK 2KFZA 1V4TA 3I8DA 3V1OA 4DV7K 4CVNE 4JI4K 2P9UA 3QBXA 2LQIA 4YDUC 1KVCA 4QS7A 4CD3A 4H0VB 4PO0A 1NM1A 4PQUA 3OW2M 4RW7A 4DU1A 2E2OA 4ISFA 2WTUA 4GDLB 1U45A 1FXXA 3MCAB 4BQLA 3VENA 2JLEA 3TTDA 3CPWM 1MU2A 1NKBA 1N5YA 1ZXOA 4CERA 4WF9L 3OYJA 3V9ZA 4GVMA 1E3MA 1BIUA 1EP4A 3DI6A 3OA9A 3THVA 3ZSXA 4BR7A 1X9WA 2F9WA 1TXUA 1UA0A 2OZMA 1KAXA 4JKGB 2QWMA 2E5LK 2XY7A 1BI4A 3BP8A 4JKEA 3OYGA 4FVMA 5FPEA 1B9DA 4FPBA 2E20A 4IJNA 2E1ZA 3M8QA 4J2AA 3KTQA 3TTFA 3SUPA 2G8KA 1KD1O 3ATUA 3A5NC 1QSYA 4FM1A 3F9KA 1LCUA 2UUBK 1WNSA 4DTXA 3VESA 2XMOA 4LH5A 4BR5A 2QMCA 4CZGA 3DYAA 4YFUA 1RILA 1BDGA 4EMXA 3CJ9A 3CCJN 2R7YA 2OA8A 1IJGA 3NGYA 3AAQA 4B1YB 1Q9XA 3OYBA 5CZ2A 4IDKA 4MBEC 3RR7A 1X9MA 2YX6A 4H5VA 4FW2A 3NBPA 3GBTA 4FJHA 1E4GT 4DTNA 3G25A 1Q86O 2GWKA 5ADXH 4W5NA 3KJLA 3A73A 5BPKA 4E89A 1VSDA 2BXDA 4Z4CA 1NOYA 4H0YB 4I9OA 3O8MA 2BUPA 3SZ2A 1U47A 1VSJA 3NVMA 3HXMA 3EZWA 2BXOA 4CEEA 4BR0A 1MIVA 2O8FB 4ZBKA 1RT4A 2W40A 4F5UA 2DPNA 4BR2A 1C0TA 2Q97A 1SL2A 2G8IA 2HF3A 1MUSA 5AR0A 4CHOA 1NK0A 2ASPA 4OKJA 3PUFA 1YTUA 3VQPA 5ADXA 3SPZA 2BXFA 2P5OA 4Y1CA 3OS1A 2JWLA 1D9FA 1IKWA 5DQFA 5KTQA 2QWOA 3PX4A 4OPAA 1CZ9A 3THWB 2HHHK 1QHTA 3AVCA 4CJPA 1S1VA 4ISGA 5C42A 3DXKB 3D2FB 3LALA 4CJTA 3BEXA 4FWRA 1GNIA 4M3RA 3CG7A 1LWFA 1CXQA 1SKWA 4CGFA 3BF1A 2VUEA 3TARA 3AVHA 3U9DA 1GLDG 3H3AA 2P9NA 4GNIA 3ID6A 4RW4A 1T8EA 5GAGP 2Y1JA 1Q82O 3AO3A 3O4NA 3JS6A 1HJRA 3V6DA 2DTUA 2PYJA 4BDZA 1RTJA 4B8CA 2YHAA 2O8EA 1HNVA 2F7TA 3ULEB 2PZSA 4FJGA 4EFHA 5FPNA 4ELUA 3EE9A 3C0BA 4ZTFA 4MFBA 1NJXA 3T1AA 2NRRA 3WT0A 4AM7A 1RDBA 4ID1A 3WXIA 4JS5A 1XHXA 3CCQN 2Z8IA 4JYAK 3EY1A 4KHSA 4W5QA 4L9KA 3V9SA 4A57A 3OYDA 2P9PB 2QI2A 2GV9A 4B3MK 2D4WA 3VGMA 4RW8A 1OKJA 2NRZA 2F8TA 2DYOA 5E84A 2IGIA 4XH5A 1SAZA 5B5TA 5HP1A 4ISEA 4BRNA 1VHXA 4CBXA 1VQ6N 5J1EA 4BRKA 2GBZA 1KQSM 3GQUA 1MWKA 2IAJA 3CETA 3M8PA 5C24A 2D5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  5GIN A;  3GQU A;  3NVI A;  3ID6 A;  3ICX A;  3PLA A;  5GIP A;  3NVM A;  5GIO A;  3SIV B;  3GQX A;  2OZB B;  3T7Z A;  1NT2 B;  4BY9 C;  2NNW A;  3NVK A;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ9 N;  3LWL A;  2IDO A;  1CXU A;  3ZYY X;  2EFH A;  4GDK B;  1BCM A;  5HLF A;  4CK3 A;  2QM6 A;  1U2V A;  5AQV A;  2HHW A;  4HTU A;  4FWM A;  3VTI A;  1NK8 A;  4BDP A;  3SUO A;  1KVA A;  3THY A;  3SIV B;  3A5M C;  5JLH A;  3SV3 A;  3R3L A;  1EQY A;  4RTF D;  5LMN K;  4K71 A;  1Q81 O;  1TVR A;  4B9U A;  3LDS A;  3ZSW A;  1NK6 A;  4BWJ A;  4DR7 K;  5AQS A;  1VQ4 N;  2XW0 A;  5FPM A;  5AZJ B;  3VEV A;  2UU9 K;  4DV1 K;  1D5A A;  4YHH K;  3RMC A;  3Q7C A;  1L3T A;  1S22 A;  4M42 A;  5IIU A;  1DT9 A;  2CH6 A;  4BWM A;  1E7B A;  3EEQ A;  3ECP A;  1ZC6 A;  1AO6 A;  1C1C A;  1YF5 L;  3L0Q A;  3I56 N;  3SQ1 A;  2CGL A;  5SZT A;  3ISN C;  1WAF A;  3AA4 A;  4K25 A;  3B6P A;  3ZX2 A;  4WE1 A;  3MN5 A;  1S1U A;  5IWA K;  2QWN A;  5HRS A;  4Z4G A;  3LAK A;  3HP6 A;  1QHA A;  4L9Q A;  1ESV A;  4C1N I;  1E4F T;  3TPQ A;  2JUH A;  3CYM A;  4I2Q A;  2XHB A;  4ZBQ A;  3DLB A;  3RVC A;  4DSK A;  4MO4 A;  4CF8 A;  3LDL A;  3O3H A;  1YJW N;  3VQ4 A;  3HST B;  2QM1 A;  4J2B A;  4LUF A;  1Q9Y A;  4QOZ B;  4CJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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