3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3NVIA 5GIPA 4BY9C 2OZBB 5GIOA 3GQUA 3SIUB 3SIVB 3PLAA 3NVMA 3ID6A 3ICXA 3T7ZA 2NNWA 3GQXA 5GINA 3NMUA 3NVKA 1NT2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BUPA 3OYMA 2DFFA 3V9XA 3SJJA 3CCJN 3CYMA 2A41A 3ZSOA 4G01A 4YDUA 5I3UA 5BPMA 3ATVA 1H9ZA 4B3OA 2P1JA 5ELZA 3ZX0A 2ASPA 5AQFA 4OPJA 3MXIA 2QEXN 2JUHA 2VWKA 4CJ7A 1KAZA 1LWFA 3DXMB 1NJIO 1KXPD 3DLLL 2XVUA 4L3QA 3U9DA 3RRGA 1EWRA 1RT3A 5CHIA 4YOTA 3CCLN 4IO8A 4Q5VA 1KXPA 4DTRA 2G8IA 3W3DA 3L6QA 3C7NB 4DV4K 5HLFA 3D0PA 4HCBA 2BE2A 3V08A 3AO4A 2P9PB 4DTSA 4KTQA 2VCPA 2G8FA 5IIHA 1E7IA 3AVAA 4BG8A 4NCGA 1VSDA 4FVMA 1M1KO 4C8KA 3G6EN 3O3FA 5E26A 3DLHA 4LFBK 4WQ4A 1KW2A 4J2DA 4L8UA 1BI4A 3H08A 4WQ5A 1E7CA 1S1VA 1N8RO 3F9MA 3M6GA 3L2RA 3WHQA 4DQQA 1E7AA 4CFAA 3BP8A 3CCSN 2OZSA 2RF2A 1XC9A 4JV5K 1HX1A 4BR9A 2YJEA 3SUNA 1N6QA 4FLWA 2LQHA 4QS8A 4FLXA 2D0OA 4FPAA 5HRNA 3U4LA 4I9LA 1LW2A 3P83D 2W6LA 3FGUA 2D1KA 3KWIA 3RMDA 3SUPA 2XW1A 2BXFA 1VFIA 2PFUA 2P9LB 2WOMA 4FIPB 1VZSA 3H3NO 3ALYA 2Q1NA 4DLGA 3A5NC 3P1GA 4BGAA 2DFEA 3RMAA 3THWB 1YT3A 4DQPA 1RBRA 2I30A 1KAXA 1G15A 1VSMA 4BQZA 1MA9A 5C2FA 4B9TA 4PL8A 1QSYA 4C1NK 4KHUA 3G10A 1BWFO 4JNEA 2Q0RA 3D2FB 2YV0X 1RILA 3K59A 1VQ4N 3OW2M 4K8XA 2X74A 4DSFA 2GUTA 3EZWA 4CGJA 3WHSA 3TU5A 2BXMA 2FF3B 3OYAA 4KPYA 2F96A 4FL9A 1QHAA 2A6AA 4UY8O 4E7IA 4X66K 3FZLA 3R8EA 1M90O 3WXIA 4E7JA 1QVGM 2KFNA 4IOCL 3MMVA 1R59O 2I7NA 1TK5A 1N5YA 5ADXA 2O8CB 1BGXT 3VEVA 1T03A 5LJVA 3D7EO 5JS1A 2R7YA 3O4WA 4DTNA 2IAJA 1EQYA 4CW7B 4FW1A 2E6MA 5M1FA 3KVGA 4J2VA 4BRKA 1VK0A 1KCFA 3TAFA 1OH8A 1NLVA 3CJCA 2Y1IA 4Z4IA 4QOZB 4N47A 4YOWA 2GTDA 4BRFA 3WNEA 3WQTA 5BRDA 3DXMA 3C6TA 2UXCK 3ECPA 3CCEN 5E84A 4FWPA 1RDCA 4XH5A 2BXOA 2O8DB 1VQ8N 4CCHA 1WBDA 2XY6A 3CFPA 3S41A 2B4JA 2NLXA 4E7KA 4DSEA 4FJIA 1U4BA 2HBMA 3C7NA 1HR0K 4IJAA 2NRXA 2P9PA 2I7PA 3SQ2A 3LAKA 1Q18A 2EFEA 2QWOA 4FOEA 4DTMA 2PY5A 3O4NA 3AVGA 4XEIA 3EY1A 3V1RA 1S72N 4CEAA 3ULDA 3P39A 5AZIB 1GLAG 1C6VA 4FJ9A 3ENOA 4F3TA 1SS6A 3VQ9A 5J2MA 1IKXA 3VQ8A 4FK2A 3B6OA 3BEXA 1FKOA 3CCUN 3I33A 3NF8A 5CY4A 4M45A 3SAGA 1FXXA 1YIJN 1K9MO 1CZBA 4OPAA 4PUOA 2NNWA 3DOLA 2P9NB 1EXQA 2FXUA 3AVBA 2OTLN 1U2VA 3PSFA 1IV0A 3VMFB 4DG1A 5AQJA 2IIRA 3B6PA 1NGDA 3THWA 3G9KD 4LF7K 2CH5A 3O9RA 4F2RA 3VTHA 3P5JA 4ZCGA 4DSJA 3DLRA 3VQ6A 2JWLA 2YHYA 4LSNA 5CYMA 5AQVA 2UUCK 2D0AA 1N32K 1VQPN 1YJ9N 3SCXA 2IDOA 1HUXA 4DM0A 4IDHA 2BXLA 1G99A 3JS6A 3M8PA 5JLFA 4WE1A 3NF9A 1T6DA 3MX2A 3L2VA 3OBWA 5F0XA 5AQSA 1NK0A 3DRRA 4I7FA 2ASMA 1S1WA 2KLAA 4LF9K 2KKZA 2CKXA 4Q0BA 2O8EA 2DG5A 4B1XB 4CHOA 1QHTA 3DLKA 3TWHA 3LU7A 3R3LA 3H3AA 3H1QA 5DK5A 1HYSA 4JKGB 2XVWA 2IGIA 2VDBA 4H0YB 4I2PA 4H5TA 1SL0A 2XSIA 1KLNA 3VEYA 2YKNA 1WLJA 3M5RA 2OZMA 3CQXA 3AVLA 3AAQA 4H0OA 5B5TA 1LAWA 4GV6A 3L8BA 1GLEG 1VSJA 4GVEA 4BVPA 2VUFA 1S1XA 2OA8A 3QNOA 4K71A 1NGBA 3MX5A 2DYOA 5CZ1A 1BUPA 5FRNA 3FNMA 1ILYA 2D0CA 2E0XA 1NGFA 5DMRA 4X64K 4FXDA 4DR4K 4K41A 2D0PA 1HLUA 3QFPA 2B5JA 2YNGA 3KLFA 4DS5A 4JD2B 3TI0A 1CZAN 1C0FA 3WEEA 3G0ZA 4JI5K 4DR1K 2LXTA 1NGGA 3HM8A 1O13A 2FBYA 2PAVA 1ZBHA 1WB9A 1S1TA 2CGKA 5FPEA 3HP6A 2YHAA 2BXIA 3HPHA 4HHTA 2V7ZA 1NJYA 1WSGA 1U49A 5AZIA 4CE9A 4DFJA 2LXSA 3IFRA 2FSNA 4DR2K 4RWTA 4F8RA 2OPSA 3GOIA 4E1NA 5BN9A 5AFUH 3NVIA 1O1WA 3O8MA 4G04A 5KPZA 3HRGA 3DM2A 5HRSA 4JS4A 5EU7A 3SPZA 3TTDA 4LH5A 4CZEA 1RBTA 3ZSVA 2HHHK 3RRHA 3V9WA 2NRWA 5AQYA 2HMIA 1IJJA 4CF1A 3QNNA 2ITGA 2IVOA 2P9KA 3BZCA 4IO9L 4ICLA 3VQ4A 1MU2A 4PQUA 2XW0A 5SZTA 2Q0UA 4BWJA 2DY4A 2UXBK 4CHNA 3QBXA 5LMUK 4DTJA 4KI6A 3QEPA 3CC4N 3HSCA 4CJ3A 5HRPA 3TAQA 4IEIA 4CZKA 4IFYA 4B1ZA 4BC5A 4BR4A 3M8SA 3MCPA 4DTUA 1NKBA 4CGFA 5IIXA 4M70B 1VHXA 2GV9A 3AO5A 4O5FA 3A8YA 1W9HA 4BC3A 4C8LA 1J6ZA 4IFVA 3HPOA 1VSEA 1TUYA 1I94K 4BRLA 3UIVA 1TL3A 4DQ8A 2FBTA 1L3SA 4D7XA 4MDBA 3AY9A 4C23A 3OYDA 4CEQA 4JKGA 4DHYA 2HF4A 1XHXA 1TK8A 1SL1A 3F9KA 3TDLA 2QA4N 1IG9A 1C1AA 3OYBA 4EHTA 1FJGK 4MO5A 2HBJA 3KKSA 4DUYK 4HUFA 1QQOA 4BDYA 4DLEA 4ISEA 1HK3A 1RBSA 2J4RA 3PX0A 3AO1A 3CCMN 4JI7K 1A5WA 1L3TA 1SL2A 1KRPA 3AARA 1WSIA 3HM9A 5GAEP 4CESA 4FLTA 1DTTA 3K57A 3LALA 2P9UA 3F2KA 4DS4A 4FK0A 4JD2A 4LH4A 1E7GA 3TAEA 4RCHA 2XY8A 5BRHA 2ZJRL 3KD1E 2ZJPL 3CXCM 2Q31A 5AQGA 1TYQB 2X6NA 3NF7A 1YVNA 1REVA 5IWAK 1EKEA 3C94A 2PYLA 4WCEL 1BCOA 3MHSB 1FW6A 1SQKA 1HKBA 4ZC6A 2HOEA 3AV9A 1BG3A 2YJFA 1T05A 1TKZA 1NJXA 4AQYK 3KIKA 3FWBC 3ENHA 4QCLA 4BR5A 4CJFA 3LU8A 1LW0A 1KQSM 3ZCMA 2IVNA 4JLHA 4JKBA 1DT9A 4FPBA 3RTVA 3LDOA 1UWBA 1MUHA 4JI0K 4BQLA 3QBWA 1NK4A 4FOIA 4O4GA 1W7AA 2DBUA 3J8AA 4G1QA 3MXJA 3DLBA 2QWRA 2EFDA 4B8CA 4DU1A 3NDKA 2VGMA 3I8DA 3KK1A 3OYJA 1BKEA 3TABA 3NH2A 4E19A 4KHNA 3RSEB 1KSPA 2F7TA 1VAZA 1QTMA 4BR2A 1BA0A 2HHVA 4IG3A 1HNWK 3CX9A 3EKUA 4B1UB 4MFBA 3GG4A 1GLBG 3NFAA 1T6CA 3KZBA 4PA1A 1Z6RA 1RTJA 4EP4A 4BC4A 2YI1A 4F5SA 3IMXA 3LDQA 3LDPA 3L3UA 4CHZA 4DUZK 1DEJA 3LDNA 4LF6K 3O9TA 4N5SA 1X9MA 4YORA 3C0BA 2E2OA 4AILC 3Q7CA 4CJVA 4ILGB 2X6SA 4LF8K 1VQ7N 3IUCA 5J1EA 5GINA 4KKOA 5CR4A 2ASOA 5J2NA 2HVIA 3V09A 3DWLA 4GV9A 1W97L 5F1XA 4JKHA 1MM8A 2Z1JA 1QVFM 3VQ5A 4CJRA 3U9ZA 4ZHRA 1NG9A 4RTFD 4CGDA 4M7XA 2G8VA 3JQZA 3E9OA 3SIVB 3KLGA 2IC3A 5AQQA 1S22A 4XH1A 4Z4FA 3M99C 5SWMA 3KLEA 5AQPA 1A5VA 3HT3A 4A59A 4W5OA 4DFPA 3OHRA 2EX3A 4RW6A 1L5UA 4H4MA 4QAGA 2BH1A 4IZ9A 3HTVA 4H5NA 2KFZA 1TYQA 1LCUA 5KQDA 1H1VA 3LU6A 3O9UA 4PKIA 4CJWA 4FK4A 3PIOL 2XO7A 4CK1A 3F73A 3FZHA 3B8AX 1GLFO 3H45C 1O9XA 1X9JA 3THXB 4O0JA 1VSKA 1YTAA 3DYAA 3LP3A 4ISGA 1X3MA 1N33K 4RW9A 3M1FA 2DYMA 3IS9A 1E7EA 3G25A 4W4UB 1E4GT 1Y97A 5JMVA 4C1NI 3R9PA 3TAMA 1N36K 4DSLA 4DR7K 1TVRA 3ZETA 1KAYA 1KFDA 1JLAA 3V1QA 3BZKA 3ITHA 3ZT3A 4CFBA 4CEEA 4PKGA 1NGIA 1VRTA 1IJGA 2HBLA 1OKJA 2VQFK 2QKKA 5JVHL 4ID5A 3A5LC 3E66A 4BE1A 3GL1A 1GOBA 4GDXA 3U3YA 3RSEA 1D4XA 3W0LA 5ID9A 4CEZA 3QEVA 5GAGP 4BRMA 1E7FA 1HQEA 3EN9A 4FK5B 1C0GA 2Q3SA 3P31A 1QS4A 3QICA 1BQNA 4CD1A 5DM7L 1W2BM 4KH6A 1WOQA 4AHCA 1Q82O 3AA3A 2KWFA 4B9MA 1N34K 1DTQA 2IOCA 3MWPA 1NU0A 4EFHA 1SV5A 3WHRA 3DI6A 1HRHA 3CCVN 2XY5A 1K73O 4NAWB 2DBXA 4CHQA 1KD1O 4LSLA 1U2VB 2IS3A 4L9QA 3ZLJA 3BY5A 3MHHB 1Z26A 1BL3A 2ZD1A 3MK6A 3WXJA 3SQ4A 2GWKA 4E7LA 2BXEA 1B9FA 3V81A 4FZYA 4A5AA 2LOQA 4AHUA 3IRXA 4BRHA 1JXBA 4R79A 3BDPA 4Y0WA 4ELTA 4OGEA 4BGBA 1OVQA 5TKWA 3K5MA 3LM2A 1QSLA 4FJ8A 4CJSA 2QWLA 4JI8K 1TGOA 3A75A 5FPMA 1NK5A 3B9LA 4FJCB 4BRIA 4E99A 1XI1A 4AF1A 2DPNA 1D5AA 5JLHA 2O8EB 5C0YA 3T1HK 3LZJA 4FLYA 2HSTA 3AVCA 2KBZA 4JI3K 3VETA 3ZT0A 1ZBFA 3NH0A 1WSHA 3JSMA 1RDDA 4KHSA 4H0PA 4WA6B 5AQOA 1YJNN 4N0UD 4CIEA 2A40A 2E0YA 3ZSQA 3THXA 1ZXOA 4F2SA 2BXQA 3WNHA 2Z8JA 1JLEA 4F3OA 4E89A 2QWNA 1S6PA 5J2PA 3WQUA 1BHLA 3HSTB 2CGLA 3KLIA 4J8FA 3KK7A 4E1MA 1L3VA 1GLJO 3VESA 2Z1HA 3EZ5A 4ELUA 2O8FB 1QQCA 4DTPA 3RR7A 3LDSA 2HBKA 4JRQA 1YVUA 3HVRA 5HRRA 3QEWA 5BPNA 3JRYA 1OVYA 1DLOA 2D5RA 4CZHA 2GWJA 3KHYA 3UIQA 1FOUA 1S9EA 3CM5A 3E1YA 4KAZA 5IT9O 1RGIA 2GUPA 3S9HA 3WEEB 3SQ0A 1R0AA 3A73A 3EEQA 5FDLA 1RDUA 4DKWA 1SKSA 4AM6A 3SLCA 2HVHA 3AVHA 2HF3A 2DTUA 4W5NA 3WXMB 4CJPA 4BDPA 5BPLA 4TSXA 4DSKA 5FUOA 4YHHK 1HK1A 4BR0A 4N41A 3QEXA 3VEOA 2BXNA 4ZBKA 3LP1A 1QQMA 3PY8A 5KQ8A 5AR0A 4BREA 4DV5K 3CJBA 4DQSA 3CC7N 4C8OA 1HNIA 4CGHA 1RT6A 4OLBA 3V1OA 2WONA 1GLCG 2E2QA 2P9SB 1HYZA 2WTUA 3SNNA 1HNVA 3CC2N 1J5EK 1RDAA 3BF1A 4EMXA 1Q86O 1BIZA 1NNEA 3J80O 1C1CA 2OPRA 4FJMA 4JI1K 3OS0A 1VQ9N 2P9KB 4ZUXV 4CFDA 1BOTO 4HCCA 3C6AA 2EHGA 3DLGA 4S1YA 2HHUA 4BRQA 3NGYA 1QSSA 4BACA 4XIUA 3IG1A 3OYLA 2UUBK 4WFAL 2ZGZA 3CMAN 4OPKA 2BTFA 4B3SK 4I2QA 5KPRA 5AQMA 1CXUA 4ILJA 4CVNE 4YY3K 2JLEA 2LSNA 3FFIA 5AQIA 4U67L 4IXCA 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5IJEA 3OA9A 5M1PA 1O13A 1E78A 2GUPA 2PAVA 3P4IA 5ADXH 4YOVA 2OT3A 1WUAA 3MN5A 2BXAA 2QM6A 2CGKA 4GNIA 3UKUB 3WEEB 5FPEA 1GLDG 2DBWA 3A73A 5B8HA 2BXIA 2JWKA 1RDUA 2V7ZA 2Z8KA 1X3NA 4BRGA 4DKWA 5AZIA 4AM6A 3SLCA 4CZJA 4H5RA 2BXKA 4F5UA 1NM1A 3IFRA 2FSNA 2HF3A 2CGJA 3L4QA 3WXMB 4RWTA 2E8AA 4A62A 3CJ7A 3WT0A 4M63C 2OANA 3WUHA 5BPLA 3GOIA 3VGLA 3SQJA 5BN9A 5FUOA 5AFUH 3H3OB 3NVIA 3P38A 3TSUA 1HK1A 3O8MA 4BR0A 4G04A 5KPZA 2AA4A 3HRGA 3VEOA 4A57A 2BXNA 4ZBKA 1P8ZA 5C12A 3TTDA 1QQMA 5KQ8A 5AR0A 4BREA 1S3XA 3CJBA 3CC7N 3BF3A 1YITN 4CZEA 3K9KA 4HWIA 4YOYA 4CI6A 1GLCG 4BKEA 2NRWA 2W40A 2E2QA 5D7GA 2P9SB 5AQYA 4A5BA 4F9OA 1IJJA 1Q81O 2IVPA 5BPKA 2QTDA 1N5UA 2QW9A 3CC2N 4MDAA 3BF1A 2RE2A 5LJWA 1VQON 4EMXA 2IVOA 2P9KA 4IO9L 3O1WA 1MWMA 1Q86O 3UB5A 2GX9A 3AGRA 3CJ9A 3VERA 1BM0A 2XW0A 5AQXA 3ZEUB 2Q0UA 3CPWM 1VQ9N 3SBGA 2P9KB 3ENBA 1RFQA 5FPNA 5TKYA 4ZUXV 4MLHA 1MIWA 1BOTO 5AQKA 3C6AA 3FZKA 4H5VA 4S1YA 2VWBA 3CQYA 4BRQA 3QBXA 4CZGA 2EFHA 2FSKA 4EAHD 1UORA 3CCRN 5HOZA 3U8XA 3CC4N 4WFAL 2ZGZA 3HSCA 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1AO6A 2P9UA 3F2KA 4WQ5C 3D6RA 4JD2A 1E7GA 2FF6A 3IDHA 4RCHA 4BRDA 1NGHA 1HK5A 5M1QA 2GEMA 5BRHA 2ZGYA 4JK9A 4FWSA 2ZJRL 4H5WA 2P9UB 3MN9A
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVI A;  5GIP A;  4BY9 C;  2OZB B;  5GIO A;  3GQU A;  3SIU B;  3SIV B;  3PLA A;  3NVM A;  3ID6 A;  3ICX A;  3T7Z A;  2NNW A;  3GQX A;  5GIN A;  3NMU A;  3NVK A;  1NT2 B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BUP A;  3OYM A;  2DFF A;  3V9X A;  3SJJ A;  3CCJ N;  3CYM A;  2A41 A;  3ZSO A;  4G01 A;  4YDU A;  5I3U A;  5BPM A;  3ATV A;  1H9Z A;  4B3O A;  2P1J A;  5ELZ A;  3ZX0 A;  2ASP A;  5AQF A;  4OPJ A;  3MXI A;  2QEX N;  2JUH A;  2VWK A;  4CJ7 A;  1KAZ A;  1LWF A;  3DXM B;  1NJI O;  1KXP D;  3DLL L;  2XVU A;  4L3Q A;  3U9D A;  3RRG A;  1EWR A;  1RT3 A;  5CHI A;  4YOT A;  3CCL N;  4IO8 A;  4Q5V A;  1KXP A;  4DTR A;  2G8I A;  3W3D A;  3L6Q A;  3C7N B;  4DV4 K;  5HLF A;  3D0P A;  4HCB A;  2BE2 A;  3V08 A;  3AO4 A;  2P9P B;  4DTS A;  4KTQ A;  2VCP A;  2G8F A;  5IIH A;  1E7I A;  3AVA A;  4BG8 A;  4NCG A;  1VSD A;  4FVM A;  1M1K O;  4C8K A;  3G6E N;  3O3F A;  5E26 A;  3DLH A;  4LFB K;  4WQ4 A;  1KW2 A;  4J2D A;  4L8U A;  1BI4 A;  3H08 A;  4WQ5 A;  1E7C A;  1S1V A;  1N8R O;  3F9M A;  3M6G A;  3L2R A;  3WHQ A;  4DQQ A;  1E7A A;  4CFA A;  3BP8 A;  3CCS N;  2OZS A;  2RF2 A;  1XC9 A;  4JV5 K;  1HX1 A;  4BR9 A;  2YJE A;  3SUN A;  1N6Q A;  4FLW A;  2LQH A;  4QS8 A;  4FLX A;  2D0O A;  4FPA A;  5HRN A;  3U4L A; 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