3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3T7ZA 3GQXA 3NVIA 3ICXA 3ID6A 5GIOA 3SIVB 3NVMA 5GIPA 3SIUB 1NT2B 4BY9C 3GQUA 3NVKA 3NMUA 5GINA 2NNWA 2OZBB 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LUFA 2I7NA 4BKEA 4CZMA 4FLTA 2HSTA 3OYKA 1LW0A 4ELVA 2NRTA 4TSXA 2E2NA 3U3GA 2VUEA 2V7YA 3DRRA 5ADXH 3KK7A 4DQ8A 1BOTO 4HGMB 4AH9A 4W5OA 1NK9A 3F9KA 4F4KA 4B9VA 4AF1A 4FWQA 3RMDA 4CHOA 4M3YA 4EP5A 3RRHA 2O4GA 2ZWHA 1VHXA 5GADP 1HMVA 2BH1A 4H0XB 1LCUA 5HRPA 1HX1A 4IFEA 3WHSA 3VEYA 1XUPO 2QWPA 2LXTA 1QSYA 3MWTA 4BWMA 3GDQA 1WUAA 3A73A 1RT1A 3O9RA 3H3AA 1FKPA 4CJVA 3CMAN 1NBWA 4FPBA 4M3WA 4B1UB 4DV0K 3ZEUA 2HNYA 1IKYA 4DSIA 2A3ZA 3AY9A 1UWBA 3BUZB 3VTHA 3CIPA 5KRTA 1K8KB 5HRSA 3FNMA 5HOOA 5CZ2A 4FJGA 3BGRA 1X9MA 4LFBK 2CH5A 4CIFA 5BR8K 1VQ7N 4G04A 1KLNA 5KQDA 3I56N 3R6MA 4GW6A 4KHSA 2HOEA 1O13A 4BRNA 4W5NA 2B4JA 4ILGB 5F2RA 3V9SA 1YITN 1MUHA 2O8DB 4HGKA 4EMXA 4CD3A 1G15A 4DU4A 1HYSA 5KGWA 4KFBA 1C1BA 2XVUA 1NGDA 3ZCMA 3A5OC 1V4TA 4FK2A 1J6ZA 3P31A 4CEZA 1KW2A 3EYZA 5CHIA 2ASOA 5AZIA 3GA9L 1P8ZA 2KFZA 4DR6K 3MCPA 2QKKA 1HQUA 5AQSA 4BR4A 1KD1O 3K0SA 4FZZA 5GAEP 2E2OA 1V4SA 3AA4A 5AFUA 4CESA 2ZJQL 5E41A 1BM0A 3MN7A 3UKRB 3ZX0A 4JYAK 3SNNA 4I9QA 1BU6O 3CJ9A 1VQON 4N76A 4E1MA 1TYQA 2LXSA 4ZUXV 1HJRA 2HNZA 4ID5A 3ZT1A 1KAYA 3ASMA 2W42A 5JS1A 5AQIA 1OH5A 2BXDA 2NRWA 4JHDA 1TKTA 1OH8A 3V6DA 3K9KA 2YNHA 3O4NA 4F5UA 3FZHA 3LL3A 4KB0A 2F7TA 5BREA 5HL7L 2LQHA 2HW3A 1RBVA 3WNEA 3CI5A 3QB0A 4JD2B 3FWBC 1ASUA 3S3MA 4X64K 4CJKA 4G03A 1NGAA 2EX3A 3OYJA 3AARA 4JNEA 1EX4A 1Q8IA 1TV6A 3RR8A 5KPRA 2JUHA 4K8ZA 1SAZA 1NNEA 5DK5A 2ZGYA 3ZETB 2JGUA 3FZFA 4K8XA 3AV9A 4CHPA 4JKAA 4CJSA 1JLBA 1XC9A 1WLJA 3C7NB 2GWKA 4BR5A 4E1JA 2F4VK 4B3SK 3JAMO 3UKRA 2RN2A 3AAPA 2WTUA 1NMNA 4LF5K 3D7EO 4JKEA 5CZ1A 1NGHA 2P9UB 1N36K 4CZIA 1JLQA 3U9DA 3BDPA 1S6QA 3KLFA 4EAHD 1NJIO 3DWLA 4OKJA 3WXMB 4B9QA 2PZSA 5AQUA 4QS9A 4DUZK 3QIOA 2UXBK 1W0HA 2CKXA 3NFAA 3C95A 4HUEA 3DLHA 1HYZA 3QFPA 2VYPA 4JD2A 2PY5A 4M3RA 2KWFA 4KTZA 3G9KD 4IW2A 4JKCA 4FCYA 1BJ5A 3SLCA 2Q3SA 3MK6A 4H5RA 2Y1JA 2UXDK 1QSLA 3AO1A 4DF4A 4DQRA 3LP3A 3ZETA 4Y1DA 3RR7A 3SK3A 3VA0A 2A41A 3O9QA 3PX4A 3WHQA 3E9PA 3C7NA 4IKFA 4YOVA 4J2EA 2EFHA 4JK4A 3HTVA 2YNFA 5HLFA 3G4SN 3CM5A 4G9ZA 1T6CA 4DSEA 4FW1A 2KZMA 3K59A 4LUHA 1VRUA 2QWQA 3M1FA 1KVCA 3THVA 2YNIA 3VMFB 2XMOA 4U67L 3SUNA 4DV6K 3AO4A 4KRFA 3PO5A 1VSKA 2JLEA 2AJQA 3N4PA 1YHQN 5EX5A 3DLGA 1D8YA 2KZZA 4EP4A 3C6AA 3ZSWA 4EHUA 3LP1A 1BGXT 4OGEA 3M8SA 2YCHA 1OKJA 4XH1A 2E8AA 4XIUA 3I8DA 1RBUA 3NHGA 3H3OB 3DXMB 1HK1A 1KFSA 5B5TA 3VEZA 1H5WA 1BCOA 4AM7A 3ALYA 3KLGA 1SQKA 3G0ZA 1G99A 2IIRA 5BPNA 3QEXA 3SQ1A 4GMJB 4CZHA 4DTNA 4G1QA 3PIPL 3SV3A 1ESVA 3SCXA 3GE1A 2ZGZA 1M90O 1ZBIA 3SUPA 3PV8A 1N6QA 5J2PA 3KD1E 4H0YB 1RILA 3LU8A 4K71A 4AHSA 1W7AA 2FXUA 4FK0A 3JQZA 5JMVA 2GEMA 1E7AA 1NGIA 3QFUA 5LL6Z 2YX6A 5IIHA 3B8AX 2HMIA 3HVRA 1YUWA 2P9LB 4FJ5A 3T19A 4PWDA 1QHTA 3EY1A 2F8TA 2YKNA 1B9FA 1HNVA 5GHKA 1BWFO 4H03B 3L2UA 5C2DA 4FM1A 3CC2N 3J81O 3OYCA 1E4GT 1UA0A 4B9UA 3WT0A 1J54A 4OPHA 4YDUC 4M3XA 4R79A 4DHXB 3VQQA 4FJHA 4CECA 3RSEB 3DXMA 3O1BA 4KHQA 2WOMA 1EXQA 4CBXA 3TAPA 4CJQA 1HLUA 3VGLA 2HVIA 1YI2N 1NMDA 1YF5L 2DTUA 1IO2A 5HRRA 3V81A 4FLYA 1WNSA 1TKZA 1W2BM 2NLXA 4D7XA 1HR0K 2Q0RA 3HPHA 4FWKA 1JLFA 3OYDA 2ZJRL 2P51A 4YORA 1HJOA 3A75A 5AQNA 1NGEA 4WCEL 3GOIA 1QTMA 1RT2A 5D3GA 1ZBUA 4O8KA 3FGUA 4I2PA 4FW2A 1RT3A 2H3GX 3G6EN 2VGMA 5A2QO 1WBBA 3TPQA 1YTUA 1JCGA 1QSSA 2P9LA 3EKSA 1ATNA 1MA9B 4WQ4C 3AVAA 1JCEA 4V19S 3V1RA 4IZ9A 4NB4A 1NKEA 2HHQA 3THXB 3P39A 1TK5A 4AM6A 3HM8A 4DTSA 1NG9A 2VWBA 4HCBA 1U47A 2Z1HA 3MN9A 4CZEA 3G25A 2O8BB 2G8HA 3NVMA 2BXIA 2ROHA 4M63C 2G8IA 3CJCA 1R0AA 1JLGA 4CERA 2UXCK 2KFNA 1D5AA 2LQIA 4WFAL 1C6VA 4H0OA 3L2QA 1YIJN 4F3OA 1WN7A 2NUBA 2DFHA 4DKWA 2E1ZA 1S1TA 4X65K 4BGAA 1F21A 2FLOA 3ZSQA 1BI4B 1GNJA 1DT9A 5HBMA 4PO0A 4AHVA 3CCEN 2V51B 2E0YA 4IOCL 2D4WA 3LP0A 4CE9A 4JI2K 4DR4K 3SIUB 4FLVA 3WXKA 3IKMA 4A2BA 3DLRA 4W5QA 1MIYA 3HRGA 4H5WA 3ZSRA 3K5LA 4Z4HA 4FJ9A 4E7LA 2O8EA 1GLCG 1RDUA 3NF7A 2BE2A 3S41A 3NE6A 1MA9A 4LF8K 4MQ3A 3C0BA 3VQ4A 3AO5A 1L3UA 5I9EB 3DMJA 1QVGM 3L4IA 1SL1A 2LSNA 3D6RA 4BQZA 4BE0A 2O8BA 4QOZB 4LF9K 1JLAA 3OW2M 2BXEA 5SWMA 2QM6A 4ZTJA 1KXPA 4BR9A 3VF2A 3DRSA 4KI4A 1XC3A 3FWCC 4CEEA 4L3QA 1GLLO 4I6MA 3M8PA 1CXUA 3VF4A 4DR5K 2IS3A 4WA6B 2BDPA 4O44A 5DBYA 3VN5A 3LDQA 2FBXA 4IWVA 4JK9A 2DFEA 4A5BA 4HUFA 1Y64A 4CFDA 3R8EA 2FSJA 3AVIA 2I7PA 1BG3A 3VQ6A 5KI6A 1N5YA 4EHTA 4F9OA 1TXUA 1IH7A 1KC8O 3SQ2A 4CJTA 3V9XA 3DLBA 2KHOA 4RW6A 3T7ZA 2QK9A 3VTIA 3NVIA 1CZAN 1P90A 4NYFA 3VQ5A 3O08A 1OH6A 2E88A 2PBDA 4DTXA 2RE2A 4YOWA 4H4MA 3H08A 3FLCO 2OPRA 4BVOA 3ENHA 5IWAK 4Z4IA 2IDOA 3ULDA 4GNIA 3TTFA 3V4IA 3AGKA 3SJJA 4ELUA 3ZSZA 1UOCA 1ZYQA 3HL8A 3S9HA 5LMNK 2G8FA 1QVFM 4IO9L 3NGIA 3LWLA 1C1AA 2OANA 1HKGA 4HTLA 5KPZA 1IBMK 4FWPA 3FR0A 5TKYA 4PKHA 4NLBA 4JI6K 4B08A 1XWLA 1MWKA 5JS2A 3H37A 3G71N 3CC7N 4JAXA 2QXFA 2NRZA 3V03A 2ZF5O 4J8FA 5AQQA 3SPYA 2VG7A 5GAHP 2KW4A 4HTUA 1WSIA 5AQMA 2E20A 2E2PA 3ZEUB 2NNWA 1LWCA 3HZ6A 4JKBA 4ID1A 1EP4A 1WOQA 1KLMA 1Z6RA 1SKWA 4OGCA 4PL7A 3WNFA 4FM2A 5KTQA 4W5TA 3OYLA 3VEWA 2F9WA 4DR7K 1ASVA 1WAFA 3KVGA 4EIAA 3QNNA 2V52B 3OYEA 1HPZA 1SS6A 3VOVA 3GQUA 2VGNA 3SI6A 1HYVA 5C12A 4FM0A 1HNIA 2DBWA 3VESA 1JKHA 3BF3A 4OT2A 4O0JA 3VEXA 3DLLL 1UA1A 5IJ5A 1IG8A 3ZSVA 3EKUA 4CK1A 1KSPA 4M7YA 4OKKA 2FSNA 5C25A 3DRPA 3DOLA 3SAHA 5AQLA 3M6GA 3CCJN 3P5JA 1SB0A 3VENA 2I5JA 4LA0A 3QNOA 1C0FA 4K41A 2HHXA 4X66K 1MM8A 5AZIB 4UQGA 4Y1CA 5CY4A 3TTDA 2FBYA 1HUXA 5EU7A 3OBYA 1SKSA 4JI1K 3MWPA 2RHKA 3D45A 3V9UA 3AVBA 1MUSA 3M5RA 4B1XB 3H45C 1E78A 5HRNA 4RWTA 3MDQA 4N5SA 2ZM6K 1U4BA 5AQHA 3IRXA 2YHYA 1RTIA 3L6QA 2ITGA 4E89A 1TAUA 4BRLA 4KHWA 1HK4A 1TYQB 2DYMA 2P9PA 5IT9O 3U3YA 2XSIA 4O5BA 2Q0UA 3CETA 5AQKA 1JL2A 2WBNA 3ULEA 1B92A 2VDBA 4JHDB 1FW6A 4CJ7A 3QEPA 2JWLA 4C8KA 2BX8A 1LV5A 5M1QA 4Z9OA 1O1WA 4M45A 1U2VA 3W1SA 3CJBA 3CJ7A 3KZBA 1N5UA 4A5AA 4MDAA 4I7FA 1LAVA 3L2RA 3VQEA 2OZSA 3OJUA 4CEDA 4KBOA 2HHVA 5AR0A 4KO0A 5BRDA 1N8RO 3BP8A 4DSKA 2EFCA 5GIOA 5C15A 3TSPA 2Q97A 4BROA 1NGBA 5TKWA 3SUQA 3M8QA 4JEPA 5J1EA 4ZTFA 3AVGA 4CJ5A 3SQ4A 4JI5K 2NQOA 3MEDA 4A62A 2QM1A 2PYLA 1L3SA 4HUGA 1NK8A 3OYIA 1JNBA 4LY7A 1QHAA 4CW7B 1KRPA 3KJLA 4DM0A 3O6WA 2WFBA 3VGMA 3L2WA 4BRCA 4M3TA 2P9KA 2DYOA 4E3SA 3SUOA 1WSEA 4G01A 3D2FB 3LDOA 4BRKA 5LMUK 2IC3A 1LWEA 4FOIA 1QQMA 4GV6A 4CJ4A 5FROA 4B1WB 1RNHA 3VQBA 3QINA 4H8KA 4O4GA 1IG9A 1RFQA 2V7ZA 3OYBA 3CCVN 4E99A 4JK7A 2I30A 4LSNA 3TAEA 1VQ6N 4C8LA 3DXKB 3KD5E 4A57A 4FJXA 5C2FA 4WFNL 2OA8A 4RCHA 2AJEA 3OJSA 2BXFA 2VG6A 3P4IA 4JI0K 3HVTA 1QZ6A 4ILJA 1GNIA 4CI6A 3LAMA 1DEJA 1XMQK 2UUBK 4FJIA 4DLGA 2AP1A 1GLJO 1RDCA 4DV7K 4F8RA 4DR2K 4CF8A 5FPNA 4BG9A 2HNDA 2HHTA 3VERA 1TVRA 4M42A 4IG0A 3LDSA 3A5LC 1HNZK 1GLFO 2OTJN 4Y0WA 4ICLA 2IVNA 2XVVA 5M1PA 4B3TK 4GY2B 3FE1A 2X6NA 2G8VA 4FYDA 3D2FA 3OS2A 3QEIA 2YI1A 3ZSYA 2W6KA 4LF7K 2DY4A 4DQQA 2G8UA 3ZLJA 3CCSN 4E7JA 4RTFD 4WYBA 1TUYA 1HNWK 2UYTA 5AFUH 2P9IA 1VZSA 3DXKA 4YNQA 3UB5A 3S3NA 1H1VA 2BTFA 5E26A 4C1NK 1RT6A 4GDLB 1L3TA 1VQKN 2BXBA 3AVHA 2EWSA 1Q9YA 4FLZA 2VCPA 3NF8A 4BRGA 3GBTA 4ELTA 5LJWA 4WE1A 2GTDA 2W40A 3LDLA 5C0YA 1W97L 1X9WA 3SBGA 4DTPA 1S5JA 1NKBA 4LFCK 3H1QA 3SQ0A 3TTCA 3KK2A 4M3UA 1Z26A 4DS5A 4BRAA 2NRHA 4OPKA 1MIVA 2HHSA 4GDXA 1I94K 4BC2A 4FK4A 1SL2A 1NWKA 2CGKA 1SKRA 3B9MA 1RTJA 5BN9A 1U04A 4DQSA 1VQ4N 2G8WA 3CG7A 3J7YP 3RMCA 2HBLA 4AHUA 4B1ZA 2IVOA 3A5NC 1LOTB 3ECPA 5IJEA 5AQJA 4Z69A 5BN8A 1UAXA 3CERA 4IO8A 4CBWA 3VA3A 4DFMA 1MDUB 4AHRA 4NXMK 5I3UA 5SZTA 4CBUA 4JKGB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  3GQX A;  3NVI A;  3ICX A;  3ID6 A;  5GIO A;  3SIV B;  3NVM A;  5GIP A;  3SIU B;  1NT2 B;  4BY9 C;  3GQU A;  3NVK A;  3NMU A;  5GIN A;  2NNW A;  2OZB B;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LUF A;  2I7N A;  4BKE A;  4CZM A;  4FLT A;  2HST A;  3OYK A;  1LW0 A;  4ELV A;  2NRT A;  4TSX A;  2E2N A;  3U3G A;  2VUE A;  2V7Y A;  3DRR A;  5ADX H;  3KK7 A;  4DQ8 A;  1BOT O;  4HGM B;  4AH9 A;  4W5O A;  1NK9 A;  3F9K A;  4F4K A;  4B9V A;  4AF1 A;  4FWQ A;  3RMD A;  4CHO A;  4M3Y A;  4EP5 A;  3RRH A;  2O4G A;  2ZWH A;  1VHX A;  5GAD P;  1HMV A;  2BH1 A;  4H0X B;  1LCU A;  5HRP A;  1HX1 A;  4IFE A;  3WHS A;  3VEY A;  1XUP O;  2QWP A;  2LXT A;  1QSY A;  3MWT A;  4BWM A;  3GDQ A;  1WUA A;  3A73 A;  1RT1 A;  3O9R A;  3H3A A;  1FKP A;  4CJV A;  3CMA N;  1NBW A;  4FPB A;  4M3W A;  4B1U B;  4DV0 K;  3ZEU A;  2HNY A;  1IKY A;  4DSI A;  2A3Z A;  3AY9 A;  1UWB A;  3BUZ B;  3VTH A;  3CIP A;  5KRT A;  1K8K B;  5HRS A;  3FNM A;  5HOO A;  5CZ2 A;  4FJG A;  3BGR A;  1X9M A;  4LFB K;  2CH5 A;  4CIF A;  5BR8 K;  1VQ7 N;  4G04 A;  1KLN A;  5KQD A;  3I56 N;  3R6M A;  4GW6 A;  4KHS A;  2HOE A;  1O13 A;  4BRN A;  4W5N A;  2B4J A;  4ILG B;  5F2R A;  3V9S A;  1YIT N;  1MUH A;  2O8D B;  4HGK A;  4EMX A;  4CD3 A; 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