3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
3NVMA 3NVIA 3NMUA 3PLAA 5GIPA 3GQUA 3NVKA 3T7ZA 3ICXA 2NNWA 3SIVB 3ID6A 5GINA 3GQXA 4BY9C 3SIUB 5GIOA 2OZBB 1NT2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UAXA 2E8AA 3M8RA 3TDLA 2JWKA 3LWLA 3VA0A 3O3GA 1T7PA 1Q8IA 2UU9K 4F3TA 1IV0A 1J5OA 1M90O 5BPMA 4CK2A 1XMOK 3OYGA 5BREA 4JHDA 3EE8A 2YNGA 3SBTA 3U3GA 4I2QA 3E66A 1HYVA 4BDYA 4QS9A 4RW4A 4ELUA 4ILGB 5AJ3K 1WSJA 1TL1A 3RSEB 5C10A 3CIPA 1IJGA 1JLQA 5JS1A 1JLCA 4QOZB 2BTFA 5LJWA 4ISEA 1EWQA 1HNIA 3IMXA 1N5YA 5IIXA 3JS6A 4I2PA 4DFPA 4YOXA 4PUOA 2HNDA 4BGAA 2OCEA 1RT6A 3EZWA 1GNJA 3V9UA 1NGFA 3AO4A 3SUQA 1OH5A 1I94K 2OZMA 3F9KA 4KH6A 4Q5VA 2JLEA 4A62A 3I8DA 5M1OA 4EIAA 5HLFA 2E2QA 3WQTA 1RBRA 3ZETB 2ZQBA 4OTTA 2OZBB 4PY5A 4FJGA 3CG7A 3ENBA 2HNYA 3CM6A 1RDUA 3C0BA 5AFUH 4X64K 4DF8A 5J2QA 1IBMK 4LFCK 3HVTA 1OKJA 1YXQA 2EWSA 3MECA 4IFYA 4BE1A 1BO5O 1J9AA 2YJFA 4FOEA 3ZX2A 3P5JA 3FZKA 1RT1A 1DKGD 5C42A 4PKIA 2PBDA 3ATVA 2BXPA 4WQ5A 2VG5A 1TXUA 4GDLB 1T03A 1JCFA 1EXQA 5HL7L 4M3XA 4JEPA 3KHYA 3LDPA 3N4PA 1HQEA 3T69A 3VQPA 3W3DA 4JRPA 4DV1K 2O8BA 4ZBKA 2E2NA 4A59A 1Q9XA 4F2RA 3SAHA 1QVGM 3CQYA 3H46O 2RE2A 1ATRA 5I9EB 3ID6A 2YNHA 5SZTA 3CCRN 2VQFK 1IBKK 4ZBQA 1Q9YA 3TABA 3WNFA 3H1QA 4H4MA 3OJSA 4OKEA 2P9KB 4FWPA 2ZJQL 4KO0A 2VWJA 1X9MA 3B6PA 3KLHA 5AR0A 4FM2A 4LF7K 4CF0A 2IDOA 3NH2A 1D9DA 3HOSA 3O3FA 2DYMA 3QEVA 3AO2A 5JMVA 1ATSA 4B9UA 1Y97A 3ZEUA 5JLHA 3AVMA 4BVPA 2XY6A 3TI0A 4CK3A 4NO7A 4ZBRA 2ZGZA 4JKFA 3DRRA 3VQ9A 2YKNA 4IOAL 4Z4GA 3NVIA 2IAJA 4F9OA 2IS3A 4KTQA 3PLAA 4C1NK 4B9QA 5KQDA 3H3AA 4CHQA 1VSDA 3OYHA 2J4RA 3VQDA 4BRMA 2QKBA 1C0UA 3I0SA 5BPLA 3BZKA 3A5MC 3HK2A 4KTWA 1NMNA 3ZSWA 2LQIA 4DTRA 5ELZA 4C8MA 1KCFA 1YUWA 4WQ4A 1VZSA 2G8FA 3BEXA 1HKCA 2IVNA 4AHTA 1HKBA 1L3UA 2NRWA 4DTSA 3I55N 3O4WA 4Z0UA 2WC9A 4EP5A 1BJ5A 4CF2A 2DBXA 1SL0A 2QXLA 3AVNA 4CF9A 1JXEA 5IIHA 4YFUA 1HPZA 4KV8A 3CCMN 3EE9A 3QLHA 4B1YB 1XHXA 3OYJA 2BXNA 4EZ9A 1KSPA 3L4QA 4ZCGA 1RTJA 4B1UB 1NWKA 3P4IA 4FLXA 2GUPA 4G03A 4CJWA 1BISA 1VSIA 3W0LA 5AZIA 3ASMA 3NFAA 1RDBA 3PSFA 4OLBA 2A3ZA 4W5NA 1BDGA 3THYA 5KRTA 1XC9A 2PYLA 1REVA 1D9FA 1YHQN 1N36K 3UB5A 1YI2N 3HBTA 4RW7A 1FXXA 1HR0K 4IFVA 4BQZA 4FWLA 5JS2A 1O1WA 5GIOA 4ZUXV 2IVPA 5HRSA 3WNGA 4YOVA 1K9MO 2BXQA 4CESA 4PHTX 1NGBA 3RR8A 2IIRA 3ZT0A 1BQNA 2RPIA 3SV3A 4DQRA 4FK0A 1GOAA 3DXMA 3MDQA 2P9LB 2WONA 4Y1CA 3UKRA 5HBMA 2DTUA 2AGHB 1T3VA 1DLOA 4H8KA 1ZC6A 1S1VA 1SKRA 2BXCA 3ULEB 3E1YA 5CHIA 4M42A 3ZSYA 4WE1A 3V1OA 2HHWA 3QEXA 1CXQA 1YJWN 1MUHA 3QINA 1NOYA 3WXIA 3RMBA 2QWMA 2ITGA 4B9SA 1HYSA 4J2VA 4CGFA 5JVHL 3KWIA 4IEIA 3MMVA 4M45A 4DSKA 4FPAA 1RBSA 1VQMN 4Z4FA 4FJ7A 5T7BA 3DJCA 3C6HA 4M3RA 1NK5A 3I33A 2Z1GA 2FF6A 3E9PA 4R79A 4Z4EA 1ASUA 4IJAA 4O0JA 1HLUA 3PUFA 1SB0A 4DR4K 1YVUA 1Q7YO 3PX6A 4PWDA 2HHHK 2R7YA 4LF5K 4ID1A 2LOQA 1K6YA 5JICA 1BOTO 3J81O 2GBZA 5I42A 5FROA 1OH8A 3SJJA 2D0BA 3QIOA 3V1QA 4L8RB 4FJXA 4F4KA 2XVVA 5JVGL 3ZX3A 4CEOA 4EMXA 3ICXA 1LAWA 2QWOA 4L8UA 3B6OA 3JAMO 3WXKA 1K8AO 4O4GA 4DV6K 3NCIA 4KREA 2P9NB 1EWRA 3FGUA 3FZMA 4DQQA 4DS5A 2EHGA 4NAWB 1WAJA 4JHDB 3O4NA 4DF4A 2QEXN 3C6TA 4CHYA 3W1SA 4J8FA 4FJNA 3CQXA 1QSYA 2P9IA 3MN7A 4LH5A 1R0AA 3KD5E 4EZ6A 3L2RA 4JKDA 1GLLO 1VSHA 4OPKA 4OTUA 3SMSA 1ZBLA 4BRCA 2WBNA 4C8KA 3IRXA 4W4UB 4RTFD 4B1WB 4JI5K 2GWKA 4MQ3A 2G8KA 1JJ2M 4F5VA 3K5NA 3SPYA 1GLDG 1S72N 4LF9K 4C8LA 2DG5A 3S9HA 2BXLA 3HP9A 5GADP 2W6LA 3E9OA 1BI4B 1ZBIA 3PO4A 1W7AA 3OYNA 3FNMA 1S5JA 3SJHA 4V19S 3DXKA 3A5OC 1S1XA 5M1QA 4CF1A 4E1NA 3K9KA 4BE0A 2P9KA 3U9DA 1NGJA 5AQKA 3TTFA 1LNSA 1UOCA 4BR7A 3ATUA 3G6EN 2CH5A 3OVNA 5DM6L 3OBWA 3VTIA 1SQKA 1IKYA 4C8OA 2YHAA 3LP0A 3TTDA 4CVNE 4M3WA 5DK5A 3E9LA 4AH9A 4FWSA 1S3XA 1C0GA 4DQPA 2O8EB 2UUCK 2G8VA 2Q3SA 1G15A 4F2SA 2HNZA 3EN9A 1SL2A 1RDAA 2QHBA 1MWKA 2E2OA 1W0HA 2I7PA 3K2PA 3FWBC 1JCGA 2BXBA 4YDUC 4NXMK 2O8BB 3GOIA 4A5BA 3K57A 1CZAN 4PO0A 4JRQA 3F2KA 4KRFA 4BRQA 3FWCC 1YAGA 1N6QA 1D8YA 4TQ0A 1YF5L 4JD2B 3MN5A 4FWOA 5A2QO 4DV2K 3C6UA 4IXCA 2QWNA 1N33K 3ENHA 1LWCA 4B8AB 2QM1A 4DSIA 1Z6RA 1NK9A 3G10A 1LOTB 4TQ1A 3HM9A 3K5MA 1J5EK 3RTVA 4K2CA 4BC2A 1KXPA 1NGIA 4KH4A 2VYPA 4M7YA 4JK7A 2IOCA 3IFRA 5LJVA 5AQYA 3MX2A 4H5VA 2KHOA 4M70B 4L9KA 4EFHA 2EFEA 3ZEUB 1WBDA 1KW2A 3VEWA 3CX9A 1CLQA 2Z8JA 5FPNA 3T19A 3TU5A 5KTQA 2HMIA 1RBVA 2HW3A 1TUUA 2YDFA 3GE1A 2DFFA 3VQQA 1HNWK 4BRIA 2Y1JA 1VRTA 3DM2A 1FK9A 3L8BA 4GVMA 3CERA 4BRLA 2YHWA 3O1BA 1ITGA 3C94A 3PV8A 1GLJO 1YJ9N 4GG2A 3MEDA 4OVLA 3VA3A 5AQMA 5CYQA 1VSKA 4JKHA 2QA4N 3DRSA 3QBWA 3VOVA 2PYJA 3VEYA 4KHUA 3OYEA 3NF7A 2IVOA 4O5BA 3CJ7A 2X6SA 2ZGYA 2D1KA 2UXBK 3MXIA 2E4LA 3WNHA 3DWLA 1BQMA 4B08A 2BDPA 2VGNA 1C1BA 5AQNA 4IOXA 4CEAA 4CI6A 1JL2A 1QZ6A 4CK1A 2A40A 4CHNA 1L5UA 3TTCA 2NRVA 4BE2A 1QSLA 1E7FA 4DV3K 3TSQA 3HJFA 3CJAA 3D6RA 2KQ2A 1BU6O 5KI6A 2ZD1A 1TGOA 1UWBA 2QM6A 4FJ9A 1FJGK 5AQGA 2FBTA 3AGKA 3THYB 1ZBSA 4TSXA 3ULDA 3B9LA 3RMCA 3NF9A 4C23A 2BXHA 4XH4A 1ILYA 3OS0A 2Z1IA 3QEWA 2V51B 4CF8A 1N32K 1HJRA 4CFBA 3D2EB 3K58A 1SV5A 1KXPD 4FYDA 4L9QA 2HBMA 4OKKA 1IKWA 1HNVA 3DXMB 4KI6A 4HVJA 1EX4A 2UUAK 5AFUA 4DV7K 1E78A 1DTQA 3O8MA 3OY9A 4K42A 4FVMA 3H6EA 4BDZA 4LUHA 2LQHA 3UKRB 1H5WA 2VDBA 1NM1A 4F5UA 4BREA 1YTAA 3VQ7A 1Z25A 2WUSA 3FR0A 5GINA 4DLEA 4PKHA 4FW1A 1JL1A 3DLEA 1OH6A 2YV0X 3HSCA 1BL3A 5DBYA 3ID8A 1NGHA 3VQ8A 1EO1A 4JKAA 1C0TA 1TYQB 1L3VA 2P9NA 3D7EO 1VHXA 1DT9A 3LL3A 1RILA 1RTHA 4FW2A 2F8SA 3HYFA 4CJEA 4CEDA 4M3ZA 4BRDA 2NRTA 2Q2RA 5BN9A 4FZXC 1LWFA 4F5TA 2ITMA 3ZSVA 2NRXA 4FPBA 4G01A 1E7GA 3UKUA 4CJKA 5C2DA 3V03A 3OW2M 1GOCA 3QETA 1VQNN 3BF1A 4BRNA 4CZFA 4B9TA 3NGIA 3SCXA 2NRRA 1OH7A 3VGLA 1QQMA 1HK4A 3NF6A 4JI2K 1QHTA 1TKZA 3WHRA 1BI4A 3A5NC 3MEEA 1RFQA 4FJJA 2YKMA 3EKUA 3L3VA 4Z9OA 2A1RA 5FRNA 1XUPO 3SAFA 3HI0A 2XSIA 4G04A 4AILC 3IG1A 3WNEA 3IAYA 1HK3A 3GBTA 3O1WA 1XMQK 4CBXA 3L2WA 1KQSM 5H1SQ 2ZWHA 5FPDA 3ZSOA 3BY5A 3QEPA 2W6KA 3KLEA 4I9LA 4OLAA 4WFAL 1GOBA 3FE1A 1BA1A 1KAXA 3OBYA 5K14A 2F9TA 2VG6A 2O8CB 3DLHA 3FZFA 5AQHA 3AVAA 4M63C 3OTOK 3AVJA 2NNWA 3CF5L 4BC4A 4HCBA 3RWUA 2NZTA 1U47A 5GAGP 2O8EA 2ZJRL 4UY8O 1ZBUA 4KBOA 3MN9A 2P9IB 2WOMA 1BUPA 1BHLA 4J2BA 1BCOA 2FBYA 4IO9L 3DLRA 3J80O 4KB0A 1XWLA 1C0MA 3WXMB 2EFDA 4JLHA 3VQBA 4W5OA 3FZHA 4H5NA 4ELVA 4YOUA 5TKYA 3OYMA 2D4WA 3Q7CA 4LF6K 4B3RK 4BR9A 3M6GA 1JKHA 1QS4A 4JD2A 3HT3A 3S41A 4BRKA 4E1JA 3M8SA 2Q97A 3AVHA 3DRPA 5IIUA 3DXKB 4ILHA 4GDXA 3CFPA 3HL8A 4DQIA 4FK4A 3AO3A 4Y0WA 4OPJA 4E0DA 2GUIA 4E99A 2Q36A 3EY1A 1LOTA 1GLCG 1RT2A 1B9FA 3TSPA 3VEXA 1VSMA 3EEQA 5AQLA 5AQWA 1CZBA 4CZMA 2ASPA 3F5TA 1YJNN 1NJIO 4M7XA 5ADXA 2BXFA 4GW6A 3MAQA 1MU2A 1DTTA 4LSNA 3DOLA 4JAXA 2D5RA 5BRFA 2PZSA 1WB9A 1E7CA 4CJPA 4LF8K 2AP1A 3SQ4A 4B3SK 5KGWA 2YNFA 2NRZA 2X78A 3OJUA 3SQ1A 4O44A 4XH5A 2P1JA 4F3OA 4FLZA 2P5OA 2BXGA 3GA9L 4DV5K 3BDPA 5AQVA 3CXCM 2NUBA 1T6CA 5E41A 4C8NA 1TVRA 4DR1K 2BXIA 3KK1A 1SS6A 4LH4A 4NLBA 4B9MA 3H3NO 4CFAA 3SUNA 3N4QA 3MXMA 4HCCA 4DWIA 4DTOA 2OPSA 1MM8A 3O80A 5M1FA 5GAEP 3OYLA 1IKXA 1RBUA 1VFIA 3ECPA 1RT5A 3I8BA 1HJOA 2YJEA 5FPEA 4K25A 2YHXA 4J2DA 3SBGA 4BVOA 1NG9A 3CCSN 3VESA 3CPWM 3DLBA 4W5QA 3QEIA 2XW1A 4BRPA 3CCJN 2QW9A 4WA6B 1T6DA 5FRMA 3GQUA 1WSIA 3HP6A 5LMNK 4K0KK 1RGIA 1TUYA 4E7LA 4N41A 1VQ6N 1EP4A 5ADXH 5F0XA 4OGCA 4BROA 4OPHA 1IJJA 3O9SA 2O4GA 1KLNA 3CPEA 4BR2A 5ID7A 4A57A 1VQ9N 2YHBA 4JI0K 4HUGA 2O8FA 1C1AA 3O08A 2FXUA 2RKIA 4JKGA 2HVHA 2E1ZA 4JYAK 4DTPA 3D2EA 4CGIA 1VK0A 1NK0A 2KZZA 4BG8A 1MA9B 4H5RA 3WQUA 1RTIA 1HUXA 4BKEA 2NQOA 1TAQA 1VSEA 2WFBA 3U4LA 2FBVA 4CW7B 1SKWA 1O9XA 4XEIA 3E01A 4CEZA 2OZSA 1WUAA 4GV3A 2VWBA 3LU6A 4XIUA 3SPZA 1I39A 1RT3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVM A;  3NVI A;  3NMU A;  3PLA A;  5GIP A;  3GQU A;  3NVK A;  3T7Z A;  3ICX A;  2NNW A;  3SIV B;  3ID6 A;  5GIN A;  3GQX A;  4BY9 C;  3SIU B;  5GIO A;  2OZB B;  1NT2 B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UAX A;  2E8A A;  3M8R A;  3TDL A;  2JWK A;  3LWL A;  3VA0 A;  3O3G A;  1T7P A;  1Q8I A;  2UU9 K;  4F3T A;  1IV0 A;  1J5O A;  1M90 O;  5BPM A;  4CK2 A;  1XMO K;  3OYG A;  5BRE A;  4JHD A;  3EE8 A;  2YNG A;  3SBT A;  3U3G A;  4I2Q A;  3E66 A;  1HYV A;  4BDY A;  4QS9 A;  4RW4 A;  4ELU A;  4ILG B;  5AJ3 K;  1WSJ A;  1TL1 A;  3RSE B;  5C10 A;  3CIP A;  1IJG A;  1JLQ A;  5JS1 A;  1JLC A;  4QOZ B;  2BTF A;  5LJW A;  4ISE A;  1EWQ A;  1HNI A;  3IMX A;  1N5Y A;  5IIX A;  3JS6 A;  4I2P A;  4DFP A;  4YOX A;  4PUO A;  2HND A;  4BGA A;  2OCE A;  1RT6 A;  3EZW A;  1GNJ A;  3V9U A;  1NGF A;  3AO4 A;  3SUQ A;  1OH5 A;  1I94 K;  2OZM A;  3F9K A;  4KH6 A;  4Q5V A;  2JLE A;  4A62 A;  3I8D A;  5M1O A;  4EIA A;  5HLF A;  2E2Q A;  3WQT A;  1RBR A;  3ZET B;  2ZQB A;  4OTT A;  2OZB B;  4PY5 A;  4FJG A;  3CG7 A;  3ENB A;  2HNY A;  3CM6 A;  1RDU A;  3C0B A;  5AFU H;  4X64 K;  4DF8 A;  5J2Q A;  1IBM K;  4LFC K;  3HVT A;  1OKJ A;  1YXQ A;  2EWS A;  3MEC A;  4IFY A;  4BE1 A;  1BO5 O;  1J9A A;  2YJF A;  4FOE A;  3ZX2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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