3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
3NVKA 3ICXA 4BY9C 3NMUA 3NVMA 5GINA 2OZBB 5GIPA 3SIUB 3T7ZA 3NVIA 1NT2B 3PLAA 2NNWA 3GQXA 3SIVB 3GQUA 5GIOA 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EMXA 1IBLK 4K8XA 4CJVA 1KCFA 3AAPA 3PUFA 3KK3A 1NKCA 4NAWB 2YNHA 3NMUA 2ATQA 2BXHA 3AVNA 3FFIA 3EEQA 3SPZA 3U3YA 4IDKA 1WSGA 4JKAA 2F8SA 4ZUXV 3VQAA 1S1WA 3BZKA 4U7BA 2V36A 2D1KA 2WOMA 4C8LA 3AVHA 2BH1A 1Z26A 3GBTA 3D0PA 4CESA 4CZLA 1RT3A 1NGEA 4M3UA 1TK8A 1RCHA 3CYMA 4IJNA 3UKRB 4LSLA 1U47A 1N33K 3CF5L 4H0TB 4M3TA 3CXCM 5KGXA 1IO2A 2HHHK 3JRYA 1Z05A 3D2EB 4GV3A 4PO0A 2FLOA 4FPAA 4J2EA 4AHCA 2OZBB 4WYBA 1QTMA 5LJVA 5HL7L 3QLHA 4CERA 4BVPA 4DKWA 3BUZB 4BRAA 1WBDA 2HNZA 2BXQA 1BL3A 1NK9A 4KTQA 2D0AA 1T03A 1E7HA 2AA4A 2D0CA 1DEJA 3WHQA 4DHYA 2WTUA 4KHYA 1SUQA 4KFBA 3OYLA 2XHBA 4H0XB 4KBOA 1TKDA 1WOQA 1BO5O 3ENHA 3ZCMA 4IBNA 3VQ7A 4FXDA 4CD1A 3OBWA 1VFIA 2DBXA 1KXPD 3H08A 4X66K 3MXMA 3LWMA 3FWBC 1X3NA 1W7AA 1O9XA 4O8KA 2QWOA 2ASPA 3UKRA 2DFFA 2HSTA 2DPNA 1GLBG 3C6TA 1ATSA 1C0UA 1C6VA 3DJCA 2BXIA 5AQIA 2YV0X 4Z4EA 4FK2A 3E9OA 4H0OA 4LA0A 3KKSA 4ID1A 2P5GA 3V1QA 3C6UA 5J2PA 1MIYA 4CJEA 4JI8K 2P9SA 3L2QA 4I7FA 4JK4A 3NFAA 1TYQA 1OKJA 3RR7A 2BXCA 2E8AA 2HHUA 3OY9A 4YOUA 1NJXA 3SQ4A 2O8CA 2GWKA 4FLTA 1HPZA 3WXKA 5DM7L 5GADP 3L3UA 3L8BA 4X64K 1A5VA 1OVQA 4CJKA 1NM1A 1VSHA 2BXLA 3WQUA 4JLHA 5SZTA 4ILGB 1B9DA 3SCXA 1Z25A 3LL3A 4BQZA 4WF9L 4CF9A 2Q31A 3CI5A 3MXIA 1IG8A 1XWLA 2QKBA 1K73O 4H5RA 3BY5A 3W1SA 3E01A 5IFOA 1TXUA 3DLBA 5EU7A 4LUHA 4MO4A 2ASOA 4CJPA 3LZJA 2P9PB 3QINA 4FPBA 3O4WA 4KI4A 1C0FA 4CBWA 3LANA 1H1VA 3ZSWA 3KJLA 3WUHA 4LF5K 3O80A 3DRRA 3DXMA 2GUPA 2F7TA 4CF2A 4B9LA 2HOEA 2ZE2A 5LJWA 1KAZA 1BU6O 1X9JA 1RDAA 2VG6A 4X65K 1VSMA 1NKEA 3C94A 4FJ5A 4CBUA 4DTMA 2VDBA 2KQ2A 1LOTB 3AY9A 3AVIA 3OYMA 2YNFA 2E0XA 5B8HA 3I56N 1ZBHA 3TTFA 2OPRA 2JWKA 1HNXK 4AHUA 1BQMA 3DOLA 3H6EA 1QVGM 4DR3K 3T19A 1L3VA 3W0LA 1SQKA 4E3SA 4DQQA 4YDUC 3M8QA 3ID8A 3OYBA 4LH4A 4I6MB 4DR2K 4UY8O 5BRHA 5EY4A 4DU3A 4QS8A 1TKTA 1KLMA 4ZC6A 2YHAA 3AARA 4IFVA 1XNRK 2VUEA 2NZTA 5JVHL 3VQBA 3SMPA 3UB5A 4B3RK 4OGEA 5TKWA 3B8AX 4L8RB 3WHRA 4DFJA 4CGFA 5J2QA 1BDGA 2HMIA 4GVMA 3HJFA 3RMCA 3AO4A 4I2QA 4DTPA 1YVNA 3R1XA 3CJ7A 4FJ9A 5FPNA 5GAEP 5FPDA 4KHUA 1T05A 2RF2A 2CH6A 2BGGA 4Z4HA 4LH5A 3CCVN 1B92A 3NGIA 4IO9L 3EO3A 3S3OA 1S9EA 1I94K 1NOYA 5KPRA 1NOZA 3K9JA 3TWHA 3PSFA 4E1MA 1SZ2A 1GLJO 5SWMA 3SI6A 1NJWA 1RT1A 2OYQA 3TANA 4FVMA 2ZF5O 4BRKA 4E7HA 1HUXA 4EIAA 3I0SA 3VQDA 5GINA 1S1XA 3D2FA 3T3FA 1WAFA 3B6PA 4KB0A 1V4SA 1CZAN 5BRDA 2OTLN 1VSDA 4DV2K 4YOYA 5CYMA 4PKGA 5D3GA 4CGHA 2FBVA 3O1BA 3QEXA 3VQEA 1FXXA 2A42A 2CGKA 2D0BA 4CEZA 3TPQA 4DB3A 4E19A 2K0NA 1S6QA 3ZSZA 3CCUN 2ETJA 4N5SA 1NGDA 1ZBSA 3OJUA 4O5BA 4AF1A 3SK3A 4K8ZA 4QS7A 4I9OA 2XMOA 2O8FB 1UORA 1XMQK 5IIXA 5CZ2A 4W5RA 3LDSA 4IJAA 1Q9XA 4H5WA 3VA0A 4J2DA 4G01A 5FRNA 3SBTA 4WCEL 4JS4A 2E5LK 4DR6K 5AQNA 5BR9A 4FWRA 1IG9A 3V4IA 3QERA 4IW2A 4F9OA 3QBXA 3NVMA 2OA8A 4LF4K 1VQON 5K14A 3F9MA 5D7GA 3K5LA 3VGMA 3DMJA 2JWLA 4B9UA 3U8XA 1HYVA 1J78A 3CG7A 5HLFA 4B9SA 3PLAA 5M1FA 2IOCA 2NRVA 4DF4A 1KC8O 1OH8A 4LF6K 4V19S 1BOTO 1VQ6N 2KFNA 2D0OA 4HCCA 3MX5A 1BCOA 2VWBA 1VQKN 1DKGD 1BI4B 1IBMK 3J81O 3BEXA 1N6QA 3O3HA 2W6LA 1U2VB 2F4VK 1VRTA 1RBRA 3VPZA 4LF8K 1NBWA 4C8NA 4CK1A 1UWBA 4Z4FA 3K2PA 4LB2A 3NAEA 4IOXA 1L3UA 4DQRA 2Z8JA 4MFBA 3KK1A 1KSPA 3ZEUB 3ZT1A 4JI4K 1JLCA 3THXA 1HYZA 3ZX2A 1R0AA 4HUEA 4E7IA 1QE1A 2HNDA 4HUFA 3KWGA 4B8CA 1IBKK 1D5AA 2P9UA 2P9NB 4KTWA 1SV5A 3GOIA 5FUOA 4RTFD 2BXFA 4F3TA 3RRGA 4M3XA 2E1ZA 2QEXN 4CEBA 5DQFA 4KTZA 1YF5L 3OS2A 4RW6A 5AR0A 4R79A 5F0XA 2D0PA 4XEIA 4ICLA 1U2VA 4A2AA 4DFPA 4K71A 1HNWK 3FGUA 4UQGA 3CD6N 3ZSQA 4IFEA 5LY3A 1T7PA 2KFZA 4B1UB 4LSNA 2XRIA 3QDKA 4DV6K 1K8AO 4FWLA 4CJ5A 1VHXA 5AQXA 4Z94A 3NBPA 3TR8A 3KD1E 4JHDA 1NJIO 4KB1A 1ILYA 5AQYA 3AVAA 5JLHA 1KQSM 5JICA 3CFRA 3ZSVA 3MEGA 4PY5A 2FF3B 2GTDA 2IC3A 3Q7BA 2P9NA 5AQHA 3F2KA 2NRZA 1ZBLA 4JI0K 4A2BA 4Q0BA 3IFRA 3IG1A 1WSJA 1YTAA 4WQ5C 3TDLA 4OPJA 3AGRA 1HKCA 1MWKA 5AQPA 3VEWA 4JI5K 1REVA 3SBGA 3P1GA 5IWAK 1TK5A 1C0GA 3HSTB 5E41A 3LP1A 5KGWA 1JCGA 4DQPA 3A73A 1IJJA 4W5OA 2UXDK 1NGBA 4CF0A 3I55N 2PYLA 1QQOA 2HBJA 3K59A 3HPHA 4K0KK 3VQIA 1VQ9N 4EZ6A 4CIFA 1RT5A 3HI0A 1WSHA 3KHYA 2NRTA 2YNGA 4MBEC 2RN2A 4BR4A 3U3GA 3HYFA 4IG0A 2Q1NA 3P4IA 3LP2A 1NGHA 3VQQA 1RDUA 4PQUA 3R8EA 4YOVA 4OKEA 1EP4A 1Y97A 2E2OA 2D4WA 3ZT4A 4BRQA 1TUYA 3A0IX 3ULEB 1HR0K 4JKFA 1NJZA 4HTLA 4WFBL 1RTIA 4C8KA 4B3TK 4KHSA 2EFCA 2EFHA 5BPMA 4DS4A 5M1NA 3O6WA 1VQ5N 3LAKA 5AQSA 4BRFA 1C0MA 4ZBQA 5C2FA 3C65A 1RNHA 4F3OA 2PY5A 5DMRA 3LPTA 1NK6A 4FWKA 1EETA 3VETA 3L2WA 4CZIA 1X9MA 1TKXA 1DTTA 3L4QA 4IW1A 4E7LA 4Z4CA 3SQ2A 1VAZA 3BP8A 3CHWA 1HNIA 3EZWA 2JLEA 2OTJN 2ZQBA 4JKHA 4E1JA 3ZSRA 4YOWA 3DM2A 4FLYA 4QOZB 2NNWA 2O8EB 1O1WA 1BQNA 3A5MC 3J7YP 1B9FA 4BRMA 4DV5K 4XIUA 5FRMA 1CXQA 4W4UB 3JXUA 3AAQA 2UXBK 3V6DA 4CF8A 1U6ZA 4CZEA 3SJJA 2XY7A 3THWA 1XNQK 1LAWA 4KO0A 4EFHA 5I3UA 3A5LC 5BR8K 4M3ZA 4CHZA 2IIRA 1P8ZA 4AM6A 4WQ5A 5AQUA 4BE2A 4CIEA 3RTVA 4FLUA 4XH1A 3UIVA 2VGNA 4FM1A 1XHZA 2VQEK 4JKGA 3ATUA 3RWUA 3U6FA 1UOCA 4GW6A 2WBNA 4KH6A 3C0BA 2O8EA 2KLAA 4H4OA 3CCLN 1NK5A 4CHQA 3CC4N 4BQLA 3AO3A 1VSJA 2IVNA 4B1ZA 4FM0A 4MDAA 1Q9YA 5AZIB 2F96A 5CR4A 2KKZA 4BREA 3LWLA 3OYIA 4C1NI 4Y1DA 4BG9A 4YFUA 1KFDA 3BPJA 3CERA 4DFMA 4J2BA 3O3FA 3VTIA 4LFCK 4M41A 4BRIA 3KJVA 4DLGA 3QICA 4K25A 3CFOA 1RDCA 4FWPA 3LZIA 2DFEA 5DM6L 3RRHA 3SIVB 4RG8A 3HZ6A 4C1NK 3E1YA 1YI2N 1Z6RA 1RT6A 4L9KA 1G99A 1T8EA 2QWRA 1GOBA 2QI2A 3MHHB 4CHYA 2Z1IA 4CJWA 3K9KA 5HRNA 3VF2A 1HK5A 3VTHA 3SLCA 4N41A 2XVWA 4Z4IA 3ATVA 1BUPA 3LDNA 3N4PA 1HNVA 3IUCA 5C25A 3D6RA 4A5AA 5AZIA 3VEOA 3K58A 3FNMA 5HOZA 3DXKA 5CHIA 2P9SB 3H3AA 1WN7A 1T6CA 3P38A 1VRUA 4KKOA 4O0IA 1QS4A 3PSIA 1OH6A 1NGFA 2OPPA 4PUOA 1QQMA 3AGKA 3MN9A 4F5TA 1TYQB 2NRRA 3MEDA 3OYGA 4CJ7A 2O8CB 3TAMA 3TAFA 4FWOA 4F2RA 5E26A 4ZCGA 2KW4A 1VQ8N 1U45A 1NMNA 3KIOA 1KTQA 4DQ8A 1WBBA 2VYPA 3CCJN 5IIUA 2UUCK 4PKIA 2CGJA 4CJSA 1EXQA 5KPTA 1SKSA 4HGMB 4CEFA 3G71N 5AQZA 3MCPA 4Z69A 4CIGA 4EP4A 1NGGA 3IS9A 4F5SA 4N3ZA 3OYDA 3VOVA 3OYFA 3PIPL 3DYAA 3OTOK 1VZSA 3VQ6A 2CH5A 3K57A 2A41A 3TAGA 1VSEA 3A75A 1NGIA 2NQOA 4GVEA 5GAGP 2HBLA 3UKUB 3DXMB 4KV8A 3HBTA 4CFDA 1QSSA 4O55A 5EVZA 4BRHA 3RVCA 2PBDA 2JUHA 1EKEA 4IXCA 2OPQA 3HM8A 2DYOA 1RFQA 3THYA 5E84A 4B9TA 3K0SA 4LF7K 3HO1A 1JLGA 1RDBA 2DG5A 4GV9A 4Q5VA 4C8MA 3TARA 2IVOA 2F8TA 3M5RA 4DUZK 1LCUA 2BXNA 5HRRA 4CZMA 2WUSA 2HF4A 3ALYA 4CGJA 3EZ5A 3DLEA 2IGIA 3KK2A 1SS6A 2ZJQL 4Z0UA 3L2VA 1C1CA 4YHHK 4N76A 3WXMB 2NRWA 1TV6A 4FJKA 4EHUA 2UUBK 3W3DA 2QWPA 4BRNA 4XH5A 3ZYYX 3UE5A 1RDWX 1D9DA 3UKUA 4J2AA 1ITGA 4CGDA 2Q0RA 3V81A 4FJIA 2GELA 3JAMO 2AJEA 4JKDA 3LU8A 4ELVA 3C7NA 5HRPA 2XY5A 4NCAA 3MWPA 2B4JA 1C1AA 4GMJB 5I9EB 3DLGA 3Q7CA 3V08A 2HHVA 3VQ4A 4B3MK 2FBYA 1YHQN 3VEXA 1J7EA 2YJFA 1UA1A 4M3YA 1LW2A 3LU7A 3PY8A 2BANA 1XI1A 2UYTA 4CGGA 1S6PA 3D45A 4GKJK 1Q82O 3E9LA 4EP5A 3AA2A 2BTFA 2QWNA 4DSFA 1Q7YO 4K43A 4PA1A 5GIPA 4CFCA 2O8BB 5AQGA 4FZYA 3D2FB 4WFNL 2VUFA 4KHWA 4U67L 2NRHA 1YIJN 3ZLJA 4JK7A 2KWFA 5KTQA 3H3OB 1S1VA 4F2SA 2I7PA 3LDQA 4YOTA 3HPOA 4B3SK 1IKYA 2QXFA 3OW2M 3RR8A 4IO8A 3MN6A 1O13A 2IAJA 1DGKN 2ZGYA 2HNYA 3SUOA 2Q2RA 4OTTA 5M1PA 4B3OA 4BRCA 4E89A 4NYFA 3QETA 1RT4A 1RDDA 4IWVA 4BROA 1DLOA 4OLAA 4JI6K 2G8HA 3OYJA 3BZCA 1HNZK 3VF4A 3BGRA 1X9SA 3MDQA 4CEEA 4FLXA 3ENOA 4RW8A 1ZBFA 4BR2A 1HLUA 3JQZA 3LU6A 1RTHA 3IAYA 3SMSA 3DWLA 4C31B 3QMLA 1M90O 2O8BA 1HJOA 3CJ1A 3OVNA 2GUIA 5I42A 4O44A 5AQOA 3R6MA 2O8DA 1MU2A 3EL2A 1HA2A 4H5NA 4M45A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVK A;  3ICX A;  4BY9 C;  3NMU A;  3NVM A;  5GIN A;  2OZB B;  5GIP A;  3SIU B;  3T7Z A;  3NVI A;  1NT2 B;  3PLA A;  2NNW A;  3GQX A;  3SIV B;  3GQU A;  5GIO A;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EMX A;  1IBL K;  4K8X A;  4CJV A;  1KCF A;  3AAP A;  3PUF A;  3KK3 A;  1NKC A;  4NAW B;  2YNH A;  3NMU A;  2ATQ A;  2BXH A;  3AVN A;  3FFI A;  3EEQ A;  3SPZ A;  3U3Y A;  4IDK A;  1WSG A;  4JKA A;  2F8S A;  4ZUX V;  3VQA A;  1S1W A;  3BZK A;  4U7B A;  2V36 A;  2D1K A;  2WOM A;  4C8L A;  3AVH A;  2BH1 A;  1Z26 A;  3GBT A;  3D0P A;  4CES A;  4CZL A;  1RT3 A;  1NGE A;  4M3U A;  1TK8 A;  1RCH A;  3CYM A;  4IJN A;  3UKR B;  4LSL A;  1U47 A;  1N33 K;  3CF5 L;  4H0T B;  4M3T A;  3CXC M;  5KGX A;  1IO2 A;  2HHH K;  3JRY A;  1Z05 A;  3D2E B;  4GV3 A;  4PO0 A;  2FLO A;  4FPA A;  4J2E A;  4AHC A;  2OZB B;  4WYB A;  1QTM A;  5LJV A;  5HL7 L;  3QLH A;  4CER A;  4BVP A;  4DKW A;  3BUZ B;  4BRA A;  1WBD A;  2HNZ A;  2BXQ A;  1BL3 A;  1NK9 A;  4KTQ A;  2D0A A;  1T03 A;  1E7H A;  2AA4 A;  2D0C A;  1DEJ A;  3WHQ A;  4DHY A;  2WTU A;  4KHY A;  1SUQ A;  4KFB A;  3OYL A;  2XHB A;  4H0X B;  4KBO A;  1TKD A;  1WOQ A;  1BO5 O;  3ENH A;  3ZCM A;  4IBN A;  3VQ7 A;  4FXD A;  4CD1 A;  3OBW A;  1VFI A;  2DBX A;  1KXP D; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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