4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SSR26
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3SIUB 3NMUA 2OZBB 5GINA 5GIPA 3NVKA 3ID6A 5GIOA 2NNWA 3NVMA 1NT2B 3GQUA 3T7ZA 3PLAA 3NVIA 3GQXA 3ICXA 3SIVB 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HROA 3VGKA 3IG1A 2RKIA 4J8FA 1WOQA 1Y64A 3CHWA 4EP4A 3Q7CA 4M7XA 3LM2A 4A62A 2XVQA 3PY8A 4B1UB 4FIPB 4KTWA 2O4GA 3AVBA 3AAQA 4JKGB 1HNVA 2UXBK 1WAJA 4DSJA 2KHOA 2ZWHA 4CVNE 1KVCA 4FWPA 1GNIA 5ID9A 1BIZA 2F96A 4BRDA 1BDGA 4H0TB 1UOCA 4FJJA 3D0PA 3K59A 4I9OA 2NRZA 3LWMA 4LD0A 2Q1NA 3THYA 3VEYA 1HYVA 3UIQA 5C10A 3CMEN 3QESA 1D4XA 3J80O 5DMRA 3CC4N 1NKEA 1U48A 4M7YA 1L3SA 4JN4A 1Z05A 1NLVA 4RW6A 3GDQA 3LM9A 3SQ4A 4BRLA 4JK7A 3THVA 3C94A 4V19S 3SPYA 4HHTA 3PSFA 1L5UA 1NOYA 1HLUA 5HRPA 1SL0A 4CEFA 3M5RA 1MA9A 1C1AA 3IS9A 1RBSA 3L4IA 4PKGA 5F2RA 4H5NA 2F8SA 3OTOK 3AO2A 1WN7A 3GE1A 4HUEA 4DR1K 2Z8KA 1NU0A 4FJ7A 1YVNA 2BXEA 3OYJA 3MXIA 1NJIO 3OYDA 1MDUB 3DMJA 1JKHA 1QTMA 4HUGA 1C1BA 3GA9L 2OPQA 2V51B 3G25A 4FM0A 3HI0A 5JICA 3KKRA 4BROA 1E7IA 3PX4A 2D0CA 4DFMA 3CCLN 1MU2A 4AH9A 4QOZB 2AJEA 2FF3B 3I0SA 1NGCA 2Z1JA 4CK1A 1NK4A 1NKBA 4IG3A 2YKNA 3ASMA 3DLEA 4O55A 4X66K 4BRMA 1IG9A 1YXQA 3HPOA 4DTSA 4MLEA 3OYBA 3T7ZA 4DSFA 3F9KA 1J7EA 3VQ7A 1EWQA 4KPYA 2QWNA 4F3OA 4E3SA 3A8YA 3S3MA 4A2BA 4H4MA 2UXCK 1JL2A 2Z1HA 1RT1A 3CQ8A 5C24A 2IVPA 2NRWA 3RMBA 2P9IA 1YF5L 1UA1A 2LSNA 1C0MA 3NGYA 3FZFA 3SUPA 5M1FA 2P9LB 2DYMA 2E20A 3EKSA 4KI6A 4I9QA 2O8FB 3AVGA 2BXPA 3KZBA 2NNWA 4IW2A 3JYTA 4LH4A 1BQMA 1H1VA 3VQAA 2W6KA 3DOKA 3S3OA 1RT2A 1IBKK 3GOIA 1LWCA 1BCMA 1SAZA 2PBDA 4F4KA 4C31B 3WHRA 3U3GA 4LSLA 4BRNA 2E6LA 4DQQA 1MIYA 3BDPA 1N8RO 4O4GA 1E7BA 1BM0A 2I5JA 3L6QA 2E2OA 4E19A 4X62K 3SI6A 4FJNA 4Y0WA 5AQTA 3VQEA 3NH0A 1TF0A 3LPUA 4ZUXV 1IBMK 5MLCQ 3O3GA 3V08A 5AQRA 2A6AA 3QMLA 4A5BA 4FWLA 3TPQA 4H0XB 4KHUA 3EO3A 1JCGA 3CERA 2DY4A 1X3MA 2FC0A 2YJFA 3ZT4A 4YORA 4CGGA 4XIUA 1Q82O 4LUFA 3OJSA 2G8KA 3SQ1A 4BC5A 1RGIA 3WXIA 1S1XA 2XW0A 3FFIA 3P38A 1BO5O 4DUYK 1LV5A 4IG0A 3AVAA 4JV5K 1O13A 3CF5L 1BJ5A 3MHHB 4OJRA 3O3HA 4NAWB 1TL1A 3ALYA 4HGKA 5TKYA 4FLUA 1N36K 2KKZA 3SJJA 2F8TA 4QS7A 5I3UA 4M42A 3M8RA 3AO4A 1L3TA 4PL8A 1E78A 1RT5A 2Z1GA 3KK2A 3AV9A 3MECA 2QWLA 5KGWA 4CJKA 5JVHL 3MMVA 4H03B 3ZT0A 1QSYA 2W6LA 3RMAA 2NQOA 1DTQA 2K0NA 1KAYA 2BANA 1KLMA 4BE0A 3CFRA 3J7YP 1EWRA 1TAQA 3O08A 1O9XA 2DTUA 3CCJN 1GLFO 1YJ9N 3EL2A 4CW7B 4CFCA 3O4WA 4BR9A 3AAPA 1Q18A 4JKEA 5HBMA 4FM2A 4FWOA 3QEVA 1D9DA 3NGIA 3GQUA 3KIOA 4BDZA 2GTDA 1D5AA 1NK7A 3AA5X 4MQ3A 3C7NA 4OGCA 5DK5A 3EKUA 3FFKB 3M99C 2A42A 1WBBA 3FZLA 3PIPL 4ISFA 5KPTA 2VDBA 3VGMA 5M1NA 2DBXA 3F2KA 3O1BA 4JD2A 1NGBA 3QINA 2IVOA 4PQUA 4FJ9A 1RFQA 1GLDG 3HSTB 3CD6N 3TSPA 4JKAA 2WBNA 4ZHRA 5FRMA 1HPZA 3LP2A 4M3UA 3BGRA 5AQUA 1SS6A 3NVIA 1SQKA 3OBYA 3A75A 1VSIA 3AVLA 2YDFA 4B9QA 1FK9A 4KAZA 4KH6A 3LAKA 2A41A 1QHTA 2NRVA 2YCHA 2IS3A 4M3ZA 1JLAA 2ASOA 3AO5A 3LALA 4OO1J 4IJNA 1B9DA 4FLWA 1BCOA 4OTUA 3HOTA 4E7HA 4FL9A 3OBWA 4I7FA 3MN5A 2GX9A 4DR6K 4M41A 2E4LA 4BRCA 4ELTA 4BRHA 5BPLA 4DV5K 2RN2A 4OPAA 5ID7A 3CCVN 4G03A 1NJWA 2BUPA 2ZJQL 2UYTA 5AFUA 3RR8A 2Q0RA 1CZBA 3SUOA 3QERA 4K43A 3R3LA 1U2VB 3C6HA 4IOCL 2NUBA 1HK2A 4LUHA 1WB9A 3KD1E 4F3TA 4IXCA 4LY7A 4DV1K 1GLAG 4KV8A 4MO5A 4IFVA 3LAMA 5JS1A 1LCUA 3VEVA 1YTAA 4JS5A 4J2DA 1XC3A 3CG7A 5I42A 4K41A 4JKBA 2QW9A 3UIVA 4AF1A 3DM2A 3CC7N 3FZKA 4W5NA 2B4JA 2VGNA 1KD1O 1WSIA 2XY7A 4B3OA 1KSPA 1NMNA 4CJ4A 3MX2A 2P5OA 3THXA 1Q9YA 2HHXA 2IDOA 5M1PA 4B3MK 4KHPK 5AQJA 4CJSA 1Q81O 2X6NA 3DXKB 3DXMA 4O0JA 2EFHA 4CHQA 4YY3K 3P39A 1C0TA 3A5NC 3HL8A 4CF9A 4JK9A 4GVEA 4CK3A 4BRFA 2CH6A 5CHIA 4H0OA 1GOAA 2DPNA 2YNIA 4H4OA 5HOOA 3HTVA 2CGJA 3W1SA 3ULDA 2NRXA 1BGXT 1FJGK 1W2BM 4FVMA 3L3UA 3VQ9A 2YKMA 3KWGA 5AQFA 3IRXA 3AVIA 2D0BA 3SIUB 3CI5A 3NF7A 4H5RA 2AP1A 4CD3A 1VQ9N 1RT3A 3ZEUA 3P1GA 4DFKA 1QHAA 3THWA 4KH4A 5KPZA 2V52B 2QEXN 3NH2A 5EX5A 4WYBA 3H45C 4CF8A 2QXLA 2YHYA 3VETA 3IFRA 1EKEA 1CXQA 2BXQA 5DM7L 2PAVA 1ATRA 4DR7K 3CCUN 3RSEB 3MCAB 1GLJO 1UORA 4M3RA 5JS2A 4C8LA 4OGEA 2IVNA 4CFBA 1T6CA 3A2FA 3AVHA 4H0PA 1ZBSA 4JKHA 2V7YA 3RRHA 1NK0A 4GDKB 4Z4CA 1MM8A 4BRIA 2P9KB 4IJAA 5IT9O 3CCMN 3V9SA 4RCHA 1KC8O 1FXXA 4CJQA 4HGMB 3TAFA 3TAMA 3ZETB 1RDDA 3VA3A 5IIUA 4BGBA 4AQYK 1S9EA 2XY8A 3MEEA 2HHVA 3T3FA 1VSEA 1RBRA 4CBXA 4JI2K 2OYQA 1IJGA 1GLLO 3CM5A 4NCAA 2OPRA 2KFNA 3VQ8A 1SL1A 1HNWK 4Z4FA 3V1RA 4GKJK 3CCQN 4JK4A 5CY4A 5I9EB 3CPEA 5ADXA 1N33K 4FOIA 4NB4A 2PYJA 5E41A 1QQOA 1BHLA 1MWMA 2QI2A 4M3YA 4FPAA 3JXUA 1TUUA 4DSEA 1NK5A 4CJPA 4DS5A 5E26A 4I6MB 1IJJA 4L9QA 1NK9A 1K8KA 2NLXA 3P31A 1AO6A 3CMAN 2BTFA 4FJMA 3CC2N 4B9SA 3R8EA 3CCSN 4DR2K 1YHQN 2WONA 2Q31A 3L0QA 2HNDA 3F5TA 2PYLA 2BXIA 3FZMA 3LU8A 4LF8K 1JCFA 3ZSQA 4JHDA 4Y1DA 3WNHA 1WBDA 3DLBA 3V9XA 3O1WA 1QQCA 4WA6B 1HKCA 3EYZA 3BZCA 4R5PA 4QS9A 3UKRA 2XVUA 2WUSA 3V4IA 1IKYA 2HW3A 1TVRA 4W4UB 4LF4K 4KHYA 2X6SA 3CFOA 2HB5A 3R1XA 2BGGA 4KHSA 4JKCA 1TV6A 3VQPA 4HUFA 3NVMA 1XNRK 5HP1A 4JI8K 3V1QA 3E1YA 3TU5A 1DKGD 4N0FD 4FJXA 4CHNA 2ZGZA 4A61A 3K5MA 3JS6A 2XVVA 2RF2A 1VHXA 4RW4A 2HF3A 2E2NA 3V9WA 5GIPA 3DRSA 3O6WA 4FWMA 2G8WA 4LB2A 3VOVA 4JK8A 4O0IA 1TK0A 2P9UA 4DR3K 4AHTA 1RTHA 3VQDA 4CGIA 3IUCA 3VTHA 1VQMN 1ZYQA 2FSNA 2PFUA 2ZQBA 4FJ8A 4CEBA 4F2SA 4FXDA 3OHRA 2ZJRL 4DTNA 4YFUA 3UKUA 4JKGA 4FLZA 4CIGA 2X74A 1LNSA 1TYQB 1HK3A 4B1XB 1RBVA 2ZD1A 3WHQA 4JI7K 1ASWA 1I3AA 4J2EA 2A40A 2EX3A 1EQYA 1JNBA 3JRYA 3H37A 3B9LA 1P90A 1VSMA 3L4QA 5DM6L 2HBLA 1HA2A 4Z4HA 4KTZA 5AQZA 3MEDA 4JI1K 4FW1A 2QA4N 1HYZA 4RW9A 3ENBA 5BPKA 1S9GA 5CYQA 1WSEA 3OYKA 2QWMA 4KRFA 3QNOA 4E89A 2VGMA 2VUEA 4JNEA 5J1EA 4BRGA 4WFBL 4UQGA 4CFDA 2JUHA 1TKTA 4IOXA 4A5AA 3GQXA 4IDHA 2YHAA 3BEXA 4N5SA 3V03A 4OPJA 1U45A 4FO0A 4YOWA 4DF8A 3RWUA 2NRHA 4XEIA 4DHYA 4JS4A 1RCHA 4IEIA 2P9NB 1VQPN 2P5GA 2YNFA 4DR5K 4GDXA 2E0YA 1E7EA 3FLCO 3I8DA 3MXMA 1YIJN 3ZLJA 4OX9K 3KK3A 3CJ7A 4BRQA 4C8KA 1A5XA 1W0HA 4FJCB 4DSLA 2O8BB 3SUNA 3M8QA 4FW2A 3CYMA 2Q2RA 3K2PA 3H1QA 3BUZB 1NGJA 1V4TA 2DFHA 3GBTA 3K5LA 2OT3A 2FF6A 3H1VX 4HTUA 3O9RA 3R9PA 2KLAA 3DOLA 1QSLA 3DJCA 4OPKA 1VSJA 1I94K 5HRRA 5E84A 3Q7BA 4DU1A 5C42A 1EXQA 1E7HA 4B8AB 3T1AA 3NF9A 3I33A 4H5TA 2E8AA 3PO4A 2P9LA 5IJ5A 1TKDA 4B9VA 1T6DA 2VCPA 3EEQA 3I0RA 4F8RA 3MWPA 3O8MA 4OKJA 4FJLA 3TABA 1VSLA 3LP0A 3M6GA 1YJWN 3CJ9A 2GV9A 4GV3A 3O80A 4DG1A 3U9ZA 2BXKA 4BWMA 4LH5A 4ICLA 4CGDA 4A59A 1UA0A 4JI6K 1S5JA 2O8EB 1ATNA 1I39A 4GW6A 2O8DB 5AQOA 1R59O 5AQQA 1YITN 3ZT3A 3ZSWA 1RT7A 3SBTA 4BDYA 1LAWA 2ETJA 4IO9L 3D2FB 2G8IA 2LQIA 3H08A 3LL3A 4M3XA 5EXWA 3KHYA 4R79A 3MXJA 3ZSZA 1NK6A 1JLBA 3S3NA 2EFEA 1NWKA 5GAGP 2DFFA 3OYHA 4LA0A 2QKBA 4MBEC 4BGAA 4YNQA 2QMCA 3U4LA 4BG8A 3OYEA 4DTXA 3P83D 4I2PA 2FSJA 1YVUA 4DM0A 3SZ2A 4KB1A 3HP9A 1MIVA 1S1VA 4OVLA 4IDKA 4DFPA 3THYB 3A5MC 3V1OA 4CHYA 3FWBC 3D45A 3NE6A 4W5RA 5SZTA 5H1SQ 4HCCA 3A0IX 4E1JA 1G99A 4N0UD 4BC3A 2KTQA 4DTMA 1YT3A 4C8OA 4OKKA 3FNMA 1HK1A 2GWJA 3ATVA 5TKWA 4FK4A 2D1KA 3PO5A 5D3GA 4HVJA 5BREA 4J2VA 5AZIA 4D7XA 2BXGA 4JAXA 5DQFA 4FWKA 4FK2A 3QDKA 3J7ZO 3TDLA 4BDPA 3MN9A 4JLHA 3CFPA 4BRAA 4CJFA 3N4QA 1L3VA 3M8SA 1IKWA 5HRNA 5EU7A 4B3RK 4CE9A 3DRRA 2ZM6K 1CZ9A 1J78A 1RT4A 1OH6A 2BXHA 3AY9A 4XH5A 3G6EN 5LMUK 3LP3A 1LOTA 4BWJA 4JRQA 3CQYA 3T1HK 1O1WA 1S1TA 3HBTA 3OYAA 4YDUA 4CF1A 3TAPA 4I9LA 2FSKA 3MAQA 4LF6K 4FJHA 1HKBA 2VYPA 5JMVA 4N76A 3AA4A 1CLQA 1E3MA 4TQ1A 2GEMA 4O5BA 4MLHA 3OYIA 2OZBB 2XO7A 2BE2A 3H3OB 3TTDA 4B1WB 4E7LA 3BY5A 5AZJB 3NDKA 5C0YA 1YUWA 1UAXA 4K42A 1Q86O 2E5LK 3B6OA 3TANA 3RVCA 3QO9A 5AQGA 1HQEA 3G0ZA 4EAHD 4FLTA 2VG6A 3CIPA 4NCGA 2JGUA 5FPDA 1E7FA 2UUBK 2QWQA 4CJ5A 1W9HA 3HO1A 3SPZA 4ILGB 4NYFA 3VA0A 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1KXPD 3EN9A 3MDQA 4FOIA 4NB4A 3O9UA 2DBWA 5C12A 2DG5A 1KW2A 4CBWA 3TSQA 1QQOA 5C2DA 2F9WA 1MWMA 2QI2A 2A3ZA 4BRPA 4FPAA 3JXUA 1TUUA 5BRFA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  3NMU A;  2OZB B;  5GIN A;  5GIP A;  3NVK A;  3ID6 A;  5GIO A;  2NNW A;  3NVM A;  1NT2 B;  3GQU A;  3T7Z A;  3PLA A;  3NVI A;  3GQX A;  3ICX A;  3SIV B;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HRO A;  3VGK A;  3IG1 A;  2RKI A;  4J8F A;  1WOQ A;  1Y64 A;  3CHW A;  4EP4 A;  3Q7C A;  4M7X A;  3LM2 A;  4A62 A;  2XVQ A;  3PY8 A;  4B1U B;  4FIP B;  4KTW A;  2O4G A;  3AVB A;  3AAQ A;  4JKG B;  1HNV A;  2UXB K;  1WAJ A;  4DSJ A;  2KHO A;  2ZWH A;  4CVN E;  1KVC A;  4FWP A;  1GNI A;  5ID9 A;  1BIZ A;  2F96 A;  4BRD A;  1BDG A;  4H0T B;  1UOC A;  4FJJ A;  3D0P A;  3K59 A;  4I9O A;  2NRZ A;  3LWM A;  4LD0 A;  2Q1N A;  3THY A;  3VEY A;  1HYV A;  3UIQ A;  5C10 A;  3CME N;  3QES A;  1D4X A;  3J80 O;  5DMR A;  3CC4 N;  1NKE A;  1U48 A;  4M7Y A;  1L3S A;  4JN4 A;  1Z05 A;  1NLV A;  4RW6 A;  3GDQ A;  3LM9 A;  3SQ4 A;  4BRL A;  4JK7 A;  3THV A;  3C94 A;  4V19 S;  3SPY A;  4HHT A;  3PSF A;  1L5U A;  1NOY A;  1HLU A;  5HRP A;  1SL0 A;  4CEF A;  3M5R A;  1MA9 A;  1C1A A;  3IS9 A;  1RBS A;  3L4I A;  4PKG A;  5F2R A;  4H5N A;  2F8S A;  3OTO K;  3AO2 A;  1WN7 A;  3GE1 A;  4HUE A;  4DR1 K;  2Z8K A;  1NU0 A;  4FJ7 A;  1YVN A;  2BXE A;  3OYJ A;  3MXI A;  1NJI O;  3OYD A;  1MDU B;  3DMJ A;  1JKH A;  1QTM A; 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