4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords SSR26
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
4BY9C 3NVIA 2OZBB 5GINA 3GQUA 5GIOA 3ID6A 3T7ZA 3NMUA 3NVMA 5GIPA 2NNWA 1NT2B 3NVKA 3SIUB 3SIVB 3PLAA 3GQXA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 2FC0A 4OPAA 1JL2A 3EZWA 1JLBA 3UKUA 3U4LA 4BR7A 4K71A 2EFEA 4FK2A 3K5MA 1C0GA 4FIPB 3CPEA 4LFCK 1TGOA 4AM6A 3V81A 4LF9K 4CZFA 5K14A 1BGXT 1NGHA 2VG7A 4DTRA 4BC2A 3WNEA 3BEXA 4E7LA 1D9FA 3IDHA 1NJXA 3CG7A 4FWNA 3SK3A 3T1HK 1EO1A 4CJ4A 2O8CA 4CJRA 4C1NK 3FZMA 4NYNA 4CECA 1HUXA 4W4UB 1O9XA 1LW0A 1XQSC 2OTLN 4CFCA 3AA2A 3T7ZA 4YOUA 4GKKK 2DYOA 4CGDA 4FJGA 4DU1A 4GDXA 2Z1HA 3C65A 5E84A 4KV8A 1EKEA 2BDPA 2LQIA 4H0VB 3OYCA 3VQPA 3M6GA 4KTZA 4FL9A 3VESA 2HHHK 1XHZA 4Z4FA 3VEYA 2IVPA 1RBTA 1VHXA 4CJSA 3LZIA 1VQ8N 4BRCA 4FJHA 4LH4A 2VCPA 3U9ZA 3M5RA 1BQMA 4DR2K 4DR6K 4B08A 1YT3A 3J81O 3TI0A 3PO5A 4F5UA 4QS9A 4KHNA 4O8UA 1SKRA 4IW1A 3K9KA 5AZJB 3DXMA 3EKUA 1JNBA 1GLJO 1RT5A 2UYTA 2ZGZA 5LMNK 3OYAA 3VGLA 4BR2A 3DLRA 1ZBHA 1M90O 4PKGA 1K8AO 1EWQA 3WEEA 3ECPA 3D6RA 3CPWM 2Z8IA 2HNYA 1ILYA 4FLVA 3TANA 3NF7A 2P9IA 1MM8A 4JNEA 1I39A 4IEEA 2PBDA 5TKYA 4FM2A 1U49A 1FKPA 4IWVA 3W0LA 3HPOA 3R6MA 4L3QA 2E2OA 5CY4A 4A5BA 3B9LA 1FXXA 4FJ9A 5KPTA 5AQQA 4JK4A 4CZEA 5JLHA 4H0YB 3L2VA 3DLHA 3P38A 1SV5A 4FCYA 3CQYA 1IO2A 3A2FA 3T1AA 1NGBA 4CEDA 2VWJA 1Q81O 3V1QA 3LP1A 4ELUA 4DS4A 4FLUA 1HPZA 5J2QA 4NXNK 1NBWA 4PKHA 2P9SA 4B1XB 4CK1A 5BRDA 2ZD1A 1XNQK 3P31A 5AZIA 5B5TA 3CC7N 4K25A 1HJRA 2OPSA 1WSFA 3PSFA 2X74A 4M3XA 1MA9B 1C0TA 2FSNA 4CD1A 5HP1A 4DTNA 1IKXA 4G9ZA 2HHUA 3FGUA 2BXBA 4N0UD 3QESA 1XC9A 1NK4A 4WYBA 4DV4K 1D9DA 4IFVA 4B1VA 3ULEB 3SCXA 2HMIA 2Q3SA 5KQDA 2O8DB 1ZBFA 4E7JA 4JK7A 1RCHA 2XY8A 5M1PA 5IJFA 5BN8A 2XY7A 1GLEG 2P9IB 3SPYA 4FW1A 3T19A 4WFAL 3FE1A 2KLAA 4O0JA 3DXKB 4CGHA 1SB0A 3WQTA 3CCQN 1XUPO 3V08A 3ENHA 2DG5A 4JKFA 1RT4A 1HK3A 3Q7BA 4PUOA 3BP8A 2G8HA 4RW4A 4DHXB 3E9PA 4NXMK 3LU6A 3K9JA 3MEDA 5HOZA 3S9HA 5BRFA 4RG8A 4PHTX 2GTDA 4JK8A 4MDAA 4Z94A 2UUBK 4BQZA 3UKRA 2BXOA 1ITGA 2YNHA 3B9MA 4A59A 4K8XA 3F9MA 3H6EA 4CJFA 1K8KB 1RBUA 3ZT3A 4U67L 3MXJA 5AQMA 3QFPA 5EU7A 3SJHA 1TXUA 5AR0A 3FZFA 4D7XA 2XW0A 5C24A 1GLFO 2FF3B 2FF6A 4ELTA 4IO8A 5KI6A 4OVLA 3TDLA 2KHOA 2I7NA 3ZX0A 3J7YP 1VSLA 3SI6A 1OKJA 5E41A 3O3GA 4DU3A 4DWIA 1TYQA 4MLEA 3EY1A 3CCJN 2HHVA 4M3RA 4CZLA 1HNWK 4LF5K 5AFUH 1CLQA 2XO7A 2PZSA 3O1WA 3VQ5A 3J7AP 2O8EB 4BWJA 2GBZA 4ZBRA 3B8AX 3ATUA 3Q7CA 1E7IA 2QWPA 4GG2A 2P9NA 5F1XA 3LDPA 4L9QA 3QEWA 2OZMA 1A5WA 1BL3A 4YOYA 4E1NA 2VG6A 3OA9A 2OYQA 4V19S 5J2MA 4CJUA 4AF1A 3V09A 5C0YA 4HVJA 1IBMK 2Q2RA 1HYSA 4HTLA 4BG9A 5FPDA 4MQ3A 2QM6A 5C10A 1ZBSA 2YNFA 1WB9A 2B5JA 4ILHA 5EX5A 1Q7YO 4Y1CA 4H5VA 4C31B 2VG5A 2G8UA 3AVLA 1RTDA 4FJLA 3AO5A 4BE2A 2W6KA 4N76A 3K5OA 3DRSA 4MFBA 3NH0A 1JCEA 1JLFA 5IJEA 3GQUA 3CFOA 3VTHA 4CEQA 3AGKA 4A2BA 1HNVA 2Z1GA 3OS2A 2D0BA 4ELVA 3MCAB 5HROA 3FZKA 1C0MA 3U9DA 2D1KA 1KDXA 1XNRK 2G8IA 3R9PA 1H1VA 4CZGA 4JV5K 1KC8O 3QEXA 3G0ZA 1Z6RA 2P9NB 2BGGA 4CHZA 1NG9A 4LF8K 3AO2A 5AQOA 1N33K 2A6AA 3ZT2A 3L8BA 5D3GA 1NK5A 1NKCA 2HVIA 3VF6A 1W0HA 4N56A 5IFOA 2BXPA 1OVQA 4DTPA 4I6MA 4B1YB 4BRKA 4KPYA 3H3OB 5JVHL 3TAPA 3BF1A 4BE1A 1EETA 1BKEA 4O5FA 4BG8A 4CHPA 1LWCA 2PYLA 1S1UA 3E1YA 3MX2A 4CD3A 1HYZA 2QWNA 5BREA 4OGCA 3S3NA 3JAMO 3HPHA 1KTQA 4W5OA 4I2QA 4LF7K 3ZX3A 4R79A 4OPJA 2VQEK 4DLEA 3KK1A 2NZTA 4FSVA 3OYKA 3SQ4A 1BJ5A 1GOCA 3KIOA 5CZ2A 2AGHB 2E2NA 3JYTA 2E6MA 1T8EA 1WBBA 4FWPA 4FO0A 3GQXA 4IO9L 1JL1A 4YOWA 3VGKA 4F2SA 2AJEA 1J5OA 3P39A 4CJQA 3LDSA 4A5AA 3LM2A 3D2EA 4ZTFA 3G4SN 4YNQA 3QBWA 3TAMA 2QWQA 1HA2A 4BR4A 5AQTA 3D45A 3G25A 4I6MB 5LJWA 1WSJA 3LZJA 4DU4A 1E7HA 3VENA 3AARA 5KRTA 1TK5A 2GELA 4M3TA 1BOTO 4M3UA 1RT7A 3WUHA 3WXMB 3CMAN 3DOLA 1YHQN 1BI4A 2ETJA 4C8KA 3NAEA 4EMXA 5CR4A 3JXUA 2JGUA 5KGXA 1BCOA 3CJBA 1BWFO 1O13A 5SZTA 3G9KD 3F5TA 2BX8A 3NHGA 2ZM6K 4AH9A 4B9MA 2HBLA 4CCHA 2JWLA 3UIVA 4GKJK 4BVPA 4ISEA 5E26A 4BRDA 3OYJA 2EWSA 3ZSVA 1XMOK 5DK5A 4F3OA 1FJGK 3EO3A 3QERA 1IG8A 3FWCC 1NMDA 3AVAA 3TAQA 3NGZA 1MUSA 4NAWB 2XW1A 2NRZA 4DFJA 3BY5A 3O08A 2HHXA 1N8RO 4E19A 3CI5A 2BXMA 4RCHA 4CF8A 2HBKA 4K0KK 3CX9A 3H08A 4B8AB 3VF4A 3H1QA 2D0AA 1GLBG 2XVQA 4RWTA 5TKWA 1GOAA 5HRNA 1N5UA 3VQDA 3KK7A 2ATQA 2FBXA 4DS5A 1TF0A 3FFIA 1ZC6A 1SKSA 2HVHA 3M3ZA 1I94K 1BIZA 4CEAA 4AHRA 1VQ9N 3LAMA 3L2UA 3KLIA 1TKDA 4CK3A 2BXKA 3AO3A 1NT2B 4ZBKA 5GHKA 3M1FA 3EE8A 3MN7A 4KTWA 1KD1O 1RTIA 3O9SA 4JI4K 4CZHA 3CCUN 4FJCB 5C2FA 4A57A 2YHXA 2IOCA 3CERA 1I3AA 3VQEA 4CFBA 1RNHA 1B9FA 2XVVA 4CIEA 3HZ6A 1O1WA 3RMCA 3BF3A 3QNOA 5M1OA 4B9VA 1TUUA 3K2PA 3O9RA 2YKNA 5LY3A 1IKWA 3AA4A 3O4QA 3W1SA 3TAGA 2AJQA 4BR0A 2ZWHA 1BISA 4BRIA 1IBKK 1WSEA 1JLAA 1S1VA 1TK0A 3CCRN 3HI0A 4JD2B 3C6HA 3QLHA 4XH5A 3I56N 4B9QA 2QHBA 2IVOA 4RW9A 1OH6A 1HKGA 1A5VA 2KWFA 3S3MA 1WSGA 4BACA 4J8FA 2XY5A 5C12A 1CZ9A 3M8RA 1UA0A 2YJFA 4HGMB 4UQGA 2ASMA 4E7IA 1GNJA 3CCMN 4CJKA 2R7YA 1C1BA 5F0XA 4IOXA 4OLBA 2B4JA 4DR5K 2OA8A 4AHSA 5M1NA 2HHWA 5ID9A 1BIUA 4MLHA 4EIAA 1QSSA 2QK9A 3J8AA 4FK0A 2D0OA 3QFUA 4CZMA 1U47A 3QIPA 3VQ4A 3QEVA 4N41A 1YVNA 4FJJA 3CFPA 1HR0K 1E7CA 2H3GX 2ZQBA 5AQRA 3VEVA 4CGGA 3TR8A 2OPRA 1HKBA 2IVNA 4CE9A 4O4GA 1G99A 1LCUA 3QB0A 4Q0BA 1YVUA 3MEEA 4FM0A 1X9MA 1BUPA 2BE2A 1H5WA 4GV9A 4IZ9A 5LJVA 4OTTA 3PUFA 1E78A 4Z9OA 4FWKA 1RILA 3ALYA 1EP4A 3OYHA 3D0PA 1KXPD 4KKOA 4GDLB 3RMBA 4KH4A 3LDLA 4FWOA 2OZBB 4FJXA 1U48A 4Z69A 4WA6B 3VOVA 3UB5A 2VYPA 2DBXA 1WSHA 4DCHA 3QETA 2PAVA 4DTJA 1VQ6N 1VQMN 4CJ7A 4BQLA 3T1YK 2Q97A 4DV1K 4FWLA 1G15A 5AZJA 4DSLA 3RSEB 4H5WA 3AVJA 3HM8A 1TKZA 4BGBA 3WHRA 4ICLA 5GAHP 2F7TA 1QVGM 3CYMA 3GE1A 1SL1A 1KCFA 1U45A 1UORA 1MIYA 1HNXK 3DWLA 4GMJB 3TSQA 5JMVA 1X9SA 4IEIA 2EX3A 3SAGA 3IUCA 1LV5A 3IG1A 4IFYA 4KTQA 3CCEN 3RMDA 4NCAA 4BRFA 4BC5A 1NNEA 3I8BA 1SL2A 4G1QA 5FPEA 2P9UB 3VQAA 1D8YA 2AA4A 2HHTA 3VQQA 4CK2A 4CFAA 2FLOA 3U8XA 4C8MA 1RDCA 4JS4A 4H0PA 2A5XA 4C23A 4GDKB 3VQIA 2YHBA 4EZ9A 4LA0A 1MA9A 4KHYA 4DTMA 3R3LA 3KD5E 3AGRA 4KHQA 3ICXA 5FROA 3OBYA 2PYJA 3DLLL 4NLBA 3WHQA 1NGGA 5JS1A 3ULEA 1OH7A 2O8DA 3I33A 2O4IA 3CIPA 4CVNE 4W5NA 2HNDA 4UY8O 1JCFA 2RN2A 4LC9B 4N47A 4CJLA 1NOYA 1W9HA 2LSNA 1VFIA 3AO1A 4RW8A 1EXQA 2LQHA 5CZ1A 3OTOK 2F8SA 3CETA 3KKRA 4DG1A 4CHNA 4DQSA 4WCEL 3R1XA 1QSYA 1YI2N 3OJUA 4HCCA 2CKXA 4K8ZA 3DXKA 2UXDK 2IGIA 3A5NC 3IMXA 2G8KA 1IKYA 1YJWN 3V9SA 1TVRA 2WFBA 3ISNC 3OYMA 3F2KA 4I9QA 4B9UA 2W40A 3AVMA 2KZMA 2PFUA 1ATRA 3L6QA 4BROA 5CHIA 3CC4N 5KRSA 1VSEA 3NE6A 4DR4K 1D4XA 3P5JA 4DV6K 5CYMA 4DQIA 1ASVA 1NOZA 2DYMA 2HSTA 4FLYA 4AHCA 4ILJA 4FZYA 4BWMA 3DLBA 3SBGA 1K8KA 4J2AA 2BTFA 2QTDA 3DJCA 1MWKA 1QQMA 3ASMA 2P9LA 3KLHA 2WUSA 4PA1A 3SQJA 2E88A 4LD0A 3SPZA 2UXCK 5AQNA 4WFNL 1ASWA 2D5RA 3HXMA 4CBXA 3S3OA 4XEIA 1VSKA 2EFHA 3NGIA 4BR5A 5AQVA 4CZIA 2F8TA 2YKMA 3SQ1A 3O6WA 2BXFA 4B3MK 2NRRA 4EFHA 3O4WA 3MXIA 3N4PA 4JAXA 3VQ7A 3LPUA 1X3MA 1VSFA 2E20A 2O8EA 1IKVA 1IV0A 4O5BA 1BCMA 4PWDA 4OT2A 1WSIA 4FOIA 1RT3A 4KFBA 4DF4A 3CD6N 4CFDA 4JI8K 4DV5K 4J2VA 1C6VA 2HF3A 1QE1A 3LAKA 3L2QA 3NVIA 1M1KO 4MDBA 4LFBK 2BXNA 1U2VA 3PIOL 3S41A 5DM6L 4OLAA 3ID6A 4FWQA 3KLGA 3K58A 1N34K 1Q82O 3DOKA 2FBVA 3ENOA 4AHUA 3AY9A 5AQGA 2Q0UA 4A62A 5ELZA 4DV3K 2QEXN 1Z26A 3OYIA 2P9LB 3VGMA 1T44A 4IDHA 3WXJA 1SS6A 3ULDA 1P8ZA 1C1CA 2LXSA 3QO9A 3QICA 1NJWA 3DM2A 2W41A 2CH6A 5JICA 1S9GA 4K42A 4KREA 5CE3A 4CGFA 1VSDA 5IIHA 4M7XA 3KWIA 3T69A 4DQPA 1VSMA 2NRVA 4IXCA 1JXBA 4JI7K 2GEMA 1XWLA 3FFKB 3WNHA 1RFQA 3RRHA 2VUEA 2E0YA 4ZUXV 4JI5K 1LOTA 4PO0A 3B6PA 4MO5A 1Z25A 3MX5A 3KK3A 1U2VB 1HKCA 1VQNN 1NK9A 1JLGA 2QKKA 4FLXA 4BRNA 4NCGA 2P9KB 4ZBQA 4WQ5A 2OCEA 1HMVA 4FZZA 2XRIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BY9 C;  3NVI A;  2OZB B;  5GIN A;  3GQU A;  5GIO A;  3ID6 A;  3T7Z A;  3NMU A;  3NVM A;  5GIP A;  2NNW A;  1NT2 B;  3NVK A;  3SIU B;  3SIV B;  3PLA A;  3GQX A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q18 A;  2FC0 A;  4OPA A;  1JL2 A;  3EZW A;  1JLB A;  3UKU A;  3U4L A;  4BR7 A;  4K71 A;  2EFE A;  4FK2 A;  3K5M A;  1C0G A;  4FIP B;  3CPE A;  4LFC K;  1TGO A;  4AM6 A;  3V81 A;  4LF9 K;  4CZF A;  5K14 A;  1BGX T;  1NGH A;  2VG7 A;  4DTR A;  4BC2 A;  3WNE A;  3BEX A;  4E7L A;  1D9F A;  3IDH A;  1NJX A;  3CG7 A;  4FWN A;  3SK3 A;  3T1H K;  1EO1 A;  4CJ4 A;  2O8C A;  4CJR A;  4C1N K;  3FZM A;  4NYN A;  4CEC A;  1HUX A;  4W4U B;  1O9X A;  1LW0 A;  1XQS C;  2OTL N;  4CFC A;  3AA2 A;  3T7Z A;  4YOU A;  4GKK K;  2DYO A;  4CGD A;  4FJG A;  4DU1 A;  4GDX A;  2Z1H A;  3C65 A;  5E84 A;  4KV8 A;  1EKE A;  2BDP A;  2LQI A;  4H0V B;  3OYC A;  3VQP A;  3M6G A;  4KTZ A;  4FL9 A;  3VES A;  2HHH K;  1XHZ A;  4Z4F A;  3VEY A;  2IVP A;  1RBT A;  1VHX A;  4CJS A;  3LZI A;  1VQ8 N;  4BRC A;  4FJH A;  4LH4 A;  2VCP A;  3U9Z A;  3M5R A;  1BQM A;  4DR2 K;  4DR6 K;  4B08 A;  1YT3 A;  3J81 O;  3TI0 A;  3PO5 A;  4F5U A;  4QS9 A;  4KHN A;  4O8U A;  1SKR A;  4IW1 A;  3K9K A;  5AZJ B;  3DXM A;  3EKU A;  1JNB A;  1GLJ O; 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