4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SSR26
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3SIUB 3NVKA 5GIPA 1NT2B 3NVMA 3ICXA 3NVIA 2OZBB 2NNWA 3NMUA 5GIOA 3T7ZA 5GINA 3SIVB 4BY9C 3GQXA 3GQUA 3ID6A 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O1WA 2YHYA 4CGFA 3UIVA 1KC8O 3RR7A 3FZMA 3WXLA 4IOXA 2BH1A 1VSJA 1NK0A 3H37A 4JK8A 2FF3B 3L0QA 5AQVA 2HVHA 2P9PB 3CCJN 3N4PA 2O8DB 4MO4A 4CIGA 3SIVB 3J7AP 4EHUA 1JLBA 5C24A 2HHWA 2VYPA 4WF9L 5AQIA 5AZJB 4CZJA 4YOWA 3DLGA 3LM9A 4DTRA 4CF0A 3OYIA 1NJYA 1KAXA 4O0JA 1LAVA 1KD1O 3DRRA 4E19A 4LH5A 3NE6A 1OKJA 3QICA 1RDWX 1KLMA 4CGHA 2FBVA 2JLEA 4CJWA 2VQEK 3U4LA 1JCFA 4WCEL 3I55N 5AQUA 3VQ5A 4CEEA 1K8KB 3HYFA 4AHUA 1Z26A 1K9MO 1DTQA 5AQRA 3AV9A 2OTJN 3SAFA 3H6EA 4OT2A 4BR0A 4OTUA 2QWRA 2P9LA 4BR2A 3AO3A 4Z4CA 4CBUA 2VUFA 4M7XA 2BXIA 1YF5L 3KKSA 4K8XA 1QZ6A 5AQKA 4H03B 1JLGA 1TL1A 2PYJA 4W5RA 1GOCA 3KLFA 1HYSA 3M5RA 3CC7N 4IEIA 4LD0A 3AGKA 5LL6Z 1WLJA 4R79A 1T7PA 5AQPA 3G10A 2ZJPL 4JI6K 2BE2A 5EY4A 3DLKA 4BRNA 2EFHA 1RFQA 4K25A 4R5PA 4C8OA 1KVAA 1HKGA 2OPSA 4QS7A 4BDYA 4H5TA 3SPZA 3MXJA 4QCLA 5GAGP 2QM1A 5D3GA 4FZXC 4DLEA 3L4QA 1NJZA 2RPIA 4O0IA 3B8AX 3R8EA 2WC9A 3F73A 4LF7K 4JI2K 3IG1A 2BXMA 1LWFA 3O4QA 2D0CA 2RKIA 3VQ6A 2OYQA 5DK5A 4CJVA 5HRPA 1FJGK 1GLJO 3OS0A 4JRPA 1H1VA 4DTOA 2ZGZA 3DJCA 2DTUA 3Q7CA 4WE1A 4DHXB 2GELA 4HUFA 3CCVN 4PKGA 3SI6A 1L3VA 5FROA 1HK2A 3GQUA 2E6MA 4H0OA 1SKSA 2HHTA 2VUEA 4BE2A 3V81A 4BACA 5SWMA 1OVYA 3RSEB 3ZEUB 3QBXA 1HK1A 4FJ7A 1TV6A 2QM6A 1YITN 4PKHA 3W3DA 3THXB 4BDZA 4NCGA 3AVIA 3VQIA 4CJ5A 4CGDA 4DR4K 1HQUA 3L8BA 2OTLN 2V7YA 3O4WA 1RDUA 2P9IB 4KHYA 1U4BA 2YX6A 3FZFA 3IAYA 3DXMA 3WT0A 4WA6B 1TUYA 1HNXK 4CJPA 4NLBA 1J7EA 3A5MC 1HNVA 1S6PA 4FWLA 4LFBK 2YJEA 1OVQA 3F2KA 4Q5VA 3V1RA 1HKBA 3K5LA 3AVJA 4JS5A 2X78A 1W2BM 4FLWA 1Z6RA 3CC2N 4DFMA 4Z9OA 1C0TA 3VQ4A 2CH5A 5ADXA 2OPRA 4HTUA 2HF4A 5ELZA 3A2FA 3CJAA 3SQ2A 3LDOA 3UKUA 3SMSA 4O44A 2GX9A 1SQKA 4YOUA 4FM2A 4FLVA 3WEEA 3RR8A 3GA9L 5GIOA 1FXXA 3ULDA 4GKJK 1K6YA 4CFDA 4WQ5C 5IIUA 2NRRA 2CGLA 2D5RA 4BRCA 4JRQA 1ESVA 1J78A 2P9NB 2NRHA 1NKCA 2XVVA 1KAYA 1C0UA 2XW0A 3QBWA 4CEZA 3L2RA 3LP0A 1WN7A 4PUOA 2RHKA 3VQ8A 4NCBA 2X74A 3M99C 3O08A 5TKWA 3NH2A 4DTUA 4BR9A 2FBTA 4DTJA 2AP1A 5AQSA 3TTDA 1HR0K 5J2PA 3LAMA 1C1BA 1SL0A 4BC4A 1D9DA 4DTSA 1ASUA 3I33A 3IS9A 1FKPA 3TI0A 4RW8A 2Z1HA 1HA2A 2G8KA 3ID8A 4FJKA 3BZCA 1TKZA 4DR5K 1DT9A 4FZYA 3AVKA 2WUSA 4YOVA 2QWOA 3DRSA 3TTFA 4W4UB 3HOSA 3OBWA 3QFPA 2X6NA 3FGUA 4WQ4C 2YI1A 2BDPA 3O1WA 2NQOA 4M3TA 3OYKA 5M1KA 4CHPA 3D2FB 3VEZA 2LQIA 1XNQK 4I9QA 4G01A 4M3UA 4GDXA 1VQ4N 3R6MA 3LP3A 3G0ZA 3NVIA 4J2DA 1BWFO 3QEIA 3V08A 3TARA 5DM7L 4NB4A 3VMFB 2V52B 4DFPA 4F3TA 4CFCA 2JUHA 1TKTA 2OCEA 3NF9A 4FJ9A 4OPAA 3KIKA 1JNBA 3ECPA 4AH9A 2OZSA 4PHTX 4LF8K 1BQNA 3C6TA 3I0SA 1GNIA 3VN5A 1VFIA 4BVPA 1JXEA 4KHSA 4B9UA 4YNQA 4CZGA 4BREA 2IOCA 1REVA 3DLHA 4EAHD 1N34K 5FDLA 4BQLA 3HP6A 1D8YA 3EKUA 4OGEA 5IT9O 3VF4A 2E1ZA 3VETA 4LUFA 3SZ2A 4KHPK 3MEEA 3MWPA 1BGXT 1DLOA 3OHRA 4CEDA 4DHYA 3O3FA 3SQ0A 1TF0A 3NH0A 1N32K 2YNFA 4DF4A 4TQ1A 1NGDA 2XVQA 3A5OC 3MX2A 2QKKA 3ZETB 2E2PA 4KTWA 1X9WA 1VQNN 4B3SK 2IVNA 4KTQA 5FLXO 2YNGA 3NMUA 4OVLA 2VDBA 4WFBL 3QESA 3ZT0A 3U3GA 2V51B 3VGKA 4KHNA 4BG8A 3G6EN 1QVFM 3ZX0A 4CF9A 4DU1A 1MUSA 1RDCA 3AO2A 3NF7A 2NZTA 3AO4A 5CHIA 1HJOA 3WXIA 4DSFA 3NGYA 1NG9A 3L6QA 4CJQA 1VQ8N 1MA9A 3O6WA 2EFCA 2E6LA 2E4LA 4DSIA 5DQFA 5HOZA 3KHYA 4LC9B 4LSNA 3BF1A 3QEWA 5M1OA 3O9QA 2QK9A 1U2VA 3C94A 3VQ7A 4E89A 5EU7A 4Y0WA 4QS8A 4CJEA 4DV3K 1RBVA 4F5UA 3VQDA 4B9TA 1WBBA 5AQYA 4BGBA 4BQZA 4L9KA 4L8UA 4FK2A 3ITHA 1G15A 4DFJA 1ZBUA 4KO0A 4CJ4A 2HB5A 3D2EB 2EX3A 3ZSRA 1T8EA 4Q0BA 3P31A 2IDOA 3ZSZA 2KZMA 4PWDA 1OH7A 2O8CB 4IW2A 2WONA 3BP8A 4CE9A 1TKDA 1YVNA 4N0UD 1WOQA 4PY5A 5BPMA 3C6HA 3UIQA 4FLYA 1NGAA 5AFUH 4GV3A 3CFOA 3KKRA 3DLRA 3JXUA 3C7NA 1RBRA 3LP1A 1CXUA 3VTHA 4DB3A 3CYMA 3VF6A 3B6OA 4W5QA 2NNWA 3QFUA 3KD5E 3C6UA 3CF5L 3HL8A 1UOCA 4Y1DA 5HRSA 1LWEA 4CZLA 5J1EA 2HNYA 2KBZA 5CZ1A 2Q2RA 5C2DA 3A5LC 4CHYA 3AVMA 1XHZA 2I5JA 1C1CA 4GW6A 2GWJA 2XVWA 3SUNA 3ZX3A 3NVKA 3THYA 5EXWA 4B9SA 1TYQB 1RT3A 1VQKN 1NOYA 1IKYA 3AVGA 4BE0A 4DQSA 1XI1A 4BRLA 5BPKA 1NLVA 5CY4A 2V36A 1KCFA 5AQWA 3UE5A 1ITGA 4C8KA 1MIYA 1ASVA 3LAKA 4F4KA 2Z1JA 5IFOA 4JKEA 1IJJA 4DSJA 2E2NA 4IFYA 2CGKA 1ZBLA 1RCHA 4CVNE 4B3RK 2FC0A 3DOKA 3ZSVA 2F8TA 3FWCC 2RN2A 3AO1A 4LSLA 3V9XA 1JLCA 4Z69A 3MDQA 1E7HA 4L8RB 4D7XA 3MK6A 4JD2B 3E66A 2K0NA 4JNEA 4XEIA 4N3ZA 4B1ZA 1TUUA 1JLFA 3TAFA 1CZAN 4KHQA 3FLCO 2XY8A 4K42A 1RT2A 2YKNA 4HWIA 1IKWA 2YNHA 5J2NA 2RF2A 3EY1A 3ALYA 4IOAL 4MLEA 4IFVA 1E7GA 5BPLA 3OBYA 3OYFA 4DUYK 4DQ8A 4NAWB 2VWJA 3SK3A 1Q8IA 2B6AA 4FLUA 4KH5A 5HOOA 1NK9A 5E26A 3SBTA 1QQOA 3OYEA 3CJ7A 5FUOA 3QEXA 4PL8A 4CZFA 1GLFO 2P9UA 2E5LK 3AVLA 4IG3A 4DUZK 3VQPA 3CCEN 2UYTA 4J2EA 1CLQA 1A5WA 2H3GX 4FVMA 3AVBA 2BXCA 3CCSN 1B9DA 4IDKA 4FLTA 3WHSA 4AM7A 4IWVA 3S41A 1NM1A 4BY9C 2E0YA 4K0KK 4GV9A 3C95A 4JKDA 4H0YB 2HBKA 5FPMA 2BGGA 3SMPA 2LXSA 5MLCQ 2BANA 1E78A 3K2PA 5ID9A 4KBOA 3WNHA 4AILC 4H4OA 5T7BA 2Q0RA 4M63C 1RBSA 2Q97A 1VQ5N 3DM2A 3KLIA 4DTPA 3QMLA 1X9JA 3CPEA 4HHTA 1MM8A 3BF3A 2O8FB 4O8UA 2WFBA 3PSFA 3VA0A 3HJFA 1NK5A 5KRTA 1HK5A 4A61A 5EX5A 4MDBA 3KLHA 4RW4A 3BEXA 4F2RA 1BIUA 3F9MA 5F0XA 3A0IX 3SNNA 4CJSA 3IUCA 5M1FA 5AQJA 3U8XA 3SUPA 4CZHA 4YFUA 4BWMA 3MMVA 5AQQA 1NGCA 2BXOA 5ID7A 1IG8A 5AQHA 3VQBA 1YIJN 4FJNA 3DLLL 4DG1A 2A6AA 3IFRA 4LUHA 1C0GA 3VEYA 2BXFA 4M42A 1QQNA 4FVUA 2ATQA 5KI6A 1BA0A 2EHGA 4I6MB 4CK1A 5FRNA 5KPZA 1E7AA 1NGEA 3CCUN 1QSLA 4DSKA 1WBDA 1E7EA 5C2FA 3LDQA 3BDPA 4B3TK 3QINA 4CW7B 2KQ2A 2P9SB 3OYJA 4FXDA 1JLQA 4N56A 3U9DA 2KLAA 2QA4N 1YTAA 1Q7YO 3ZT4A 1VZSA 5AQXA 1KRPA 1NWKA 3CCLN 1Y97A 1IH7A 1UA0A 3L3VA 1V4TA 4OX9K 2JGUA 4CGIA 4FJJA 3H08A 4E99A 1FOUA 4RW6A 3G4SN 1BCOA 1NK7A 1MWMA 2VGMA 1P8ZA 1BHLA 4IEEA 2OT3A 1RTJA 3HPGA 4LY7A 4EP5A 3LDNA 3UKRA 4Z4GA 4M70B 1JL2A 3DXMB 4CI6A 2I7NA 4DS5A 3ISNC 2BXHA 3MXIA 1J9AA 5AZIA 2E2OA 4B8AB 2FXUA 3WNEA 5M1NA 3MAQA 4JI5K 4IBNA 3QO9A 4EMXA 2LSNA 3RTVA 4A57A 2BXQA 1LW0A 3HSCA 4GVEA 3M8SA 2GUPA 1L5UA 1JL1A 1ZBIA 3VGMA 4JKFA 2OA8A 5HROA 4ZCGA 4B1UB 3UKUB 1LWCA 1X3MA 3CQ8A 2WBNA 3DAWA 3ENBA 3SAHA 1LCUA 2I7PA 2ROHA 3IKMA 1SS6A 5AQTA 2UUCK 2UUBK 1C1AA 1B9FA 4CF1A 3D45A 2F8SA 3PX6A 4NCAA 4KHWA 5IJFA 3C65A 2VGNA 4JYAK 1SL2A 1TL3A 3KK7A 2D0BA 1U49A 2GBZA 3CETA 3ICXA 1BDGA 1OH5A 2P9KA 3JRYA 4N0FD 2QW9A 4KH4A 2Q31A 1RDAA 4A5AA 1DTTA 1MWKA 3TWHA 1L3UA 3T1YK 4H8KA 2OANA 5M1PA 4LF6K 5J2QA 3BGRA 4N76A 2AJQA 3WXJA 5AFUA 3WHQA 2O8DA 1QHTA 2FSNA 4DTXA 1HQEA 1LNSA 1N33K 3O5BA 3HP9A 1VSFA 3W0LA 1VSDA 2GUTA 4O5BA 2A42A 4DTMA 1X3NA 4G03A 4YDUA 1HKCA 1YAGA 3V9SA 3E9LA 1HNWK 4HUEA 2VG5A 3HM8A 4A2BA 1NK4A 2YCHA 4KI4A 3RMAA 4JI8K 2DBWA 3A75A 4PO0A 2OPPA 1VQ6N 4S1YA 3VQQA 1VSHA 4JKHA 4N5SA 3WXMB 2P5GA 3DOLA 1S6QA 5CR4A 2W6KA 1HJRA 3CD6N 4H5NA 1V4SA 3OS2A 2QMCA 3PIPL 3EO3A 2FSJA 1XWLA 4DQIA 1WUAA 4IFEA 3M6GA 4CEQA 4CD3A 4FJ8A 2BTFA 3ATUA 4E7HA 1GLBG 1NJXA 2DBXA 4Z4FA 1KAZA 4OLAA 3FWBC 1KXPA 4O8KA 4B9MA 1VRTA 3T1AA 1DGKN 2ETJA 3CQYA 1CXQA 5E41A 1VK0A 3VTIA 1H5WA 1T3VA 4FJCB 3LANA 1TAQA 3WNGA 4U7BA 3PIOL 4CZMA 5HRNA 3SBGA 4W5OA 3SV4A 3EKSA 3AY9A 4CBXA 4FIPB 2PFUA 4ELTA 4GVMA 3QDKA 3K5MA 3CJ1A 4DSEA 3GQXA 1ATSA 3VOVA 3OYBA 3OYAA 4FM1A 3TAEA 4LF4K 3ZT2A 3KJVA 1ATRA 4HGMB 2BX8A 4LB2A 5GAEP 3OYDA 1S22A 2ZF5O 4B1WB 4BKEA 3CQXA 3KWIA 3M8QA 4E1JA 4OLBA 2WTUA 2E0XA 2O8EB 3MECA 3B6PA 3OS1A 1QSSA 1EQYA 3P83D 4ZUXV 4OTTA 3QIOA 3H1QA 1BOTO 4BRGA 3WHRA 2Q36A 1QHAA 4BROA 3MCAB 2X6SA 3M1FA 2HSTA 3B9MA 4NLCA 1RDDA 4DV4K 4FWQA 1XHXA 4W5TA 4FJMA 3DYAA 5BR8K 4ISFA 4MQ3A 1BI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  3NVK A;  5GIP A;  1NT2 B;  3NVM A;  3ICX A;  3NVI A;  2OZB B;  2NNW A;  3NMU A;  5GIO A;  3T7Z A;  5GIN A;  3SIV B;  4BY9 C;  3GQX A;  3GQU A;  3ID6 A;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1O1W A;  2YHY A;  4CGF A;  3UIV A;  1KC8 O;  3RR7 A;  3FZM A;  3WXL A;  4IOX A;  2BH1 A;  1VSJ A;  1NK0 A;  3H37 A;  4JK8 A;  2FF3 B;  3L0Q A;  5AQV A;  2HVH A;  2P9P B;  3CCJ N;  3N4P A;  2O8D B;  4MO4 A;  4CIG A;  3SIV B;  3J7A P;  4EHU A;  1JLB A;  5C24 A;  2HHW A;  2VYP A;  4WF9 L;  5AQI A;  5AZJ B;  4CZJ A;  4YOW A;  3DLG A;  3LM9 A;  4DTR A;  4CF0 A;  3OYI A;  1NJY A;  1KAX A;  4O0J A;  1LAV A;  1KD1 O;  3DRR A;  4E19 A;  4LH5 A;  3NE6 A;  1OKJ A;  3QIC A;  1RDW X;  1KLM A;  4CGH A;  2FBV A;  2JLE A;  4CJW A;  2VQE K;  3U4L A;  1JCF A;  4WCE L;  3I55 N;  5AQU A;  3VQ5 A;  4CEE A;  1K8K B;  3HYF A;  4AHU A;  1Z26 A;  1K9M O;  1DTQ A;  5AQR A;  3AV9 A;  2OTJ N;  3SAF A;  3H6E A;  4OT2 A;  4BR0 A;  4OTU A;  2QWR A;  2P9L A;  4BR2 A;  3AO3 A;  4Z4C A;  4CBU A;  2VUF A;  4M7X A;  2BXI A;  1YF5 L;  3KKS A;  4K8X A;  1QZ6 A;  5AQK A;  4H03 B;  1JLG A;  1TL1 A;  2PYJ A;  4W5R A;  1GOC A;  3KLF A;  1HYS A;  3M5R A;  3CC7 N;  4IEI A;  4LD0 A;  3AGK A;  5LL6 Z;  1WLJ A;  4R79 A;  1T7P A;  5AQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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