4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SSR26
molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3ICXA 2OZBB 3GQXA 3SIUB 1NT2B 5GIPA 3SIVB 3T7ZA 5GIOA 3NVMA 3ID6A 5GINA 3NVKA 2NNWA 3PLAA 4BY9C 3NVIA 3NMUA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGLA 1NKEA 3ALYA 4BRPA 2P9IA 4JLHA 4FM0A 4OPKA 1BISA 4IXCA 2NRRA 2O4IA 1GLJO 3AVFA 4JKGB 3C6TA 2E5LK 4XH4A 3P39A 3G6EN 2Z8KA 4ZBKA 1E7BA 4GG2A 4FWNA 2QXFA 2NRVA 3ZLJA 3NH0A 1E7HA 4B8CA 5I3UA 4FZYA 4B3RK 2QWNA 1NOZA 5I9EB 3P38A 1LCUA 3CFPA 4KBOA 2I5JA 1LAWA 1HYZA 2LSNA 2I2ZA 3ZX3A 4OLBA 4CGFA 5BN8A 3TDLA 2Z1IA 4CBUA 1LOTA 2P9LB 1E4GT 2UXCK 1P90A 2P1JA 3L2UA 1SV5A 5IIUA 1S72N 4DLGA 2P9SB 3MXMA 4LSNA 3DRRA 3UE5A 1WAFA 2HNZA 1GOCA 2RF2A 4J2AA 3SK3A 1K73O 2V36A 1M1KO 1NK8A 4ZBQA 1YI2N 3RMBA 1WBBA 4GVEA 3TU5A 3WNEA 4FSVA 5AQVA 4CBWA 4YOXA 4CEZA 3V08A 3MHSB 4CJFA 1GOBA 1GLBG 1KFDA 3C94A 5J2MA 4FJ5A 3F2KA 4CJSA 2FBVA 5EVZA 4BRLA 1QHTA 1QSLA 4QS8A 1K9MO 3KIOA 2Z1JA 4DFKA 3H37A 2GELA 4CFDA 4L8UA 3CJ7A 3VGLA 2VWJA 2A1SA 2HBJA 5GADP 4OPAA 1TGOA 1WLJA 2VYPA 2OCEA 4DG1A 3HO1A 1OH8A 3H3NO 3TSQA 1YTAA 4YDUA 1NBWA 1N34K 1FXXA 3V9ZA 4HUFA 3OYJA 3D2EA 2X78A 4LFBK 2UXBK 5KPTA 5HRRA 3SQ2A 3KJVA 4CIGA 3LAMA 3A5OC 3VQ6A 3L6QA 4YOUA 4BR7A 4PY5A 3AO4A 2UUBK 3THXA 3NH1A 1TKZA 4LH4A 5C0YA 1VQ6N 1O1WA 4D7XA 4AHCA 3ZYYX 1RBRA 3SUQA 4N5SA 4OPJA 4DV6K 1CXUA 2FBTA 2XHBA 3CFOA 3VQAA 3U6FA 4JKEA 2XVQA 4IDKA 1IBLK 5AQLA 5EXWA 3UKRA 3T1HK 3AVNA 1NK6A 4XH5A 5F2RA 3DOLA 4X66K 1C1AA 4H4MA 4AM6A 4DV4K 5AQMA 4M63C 2F4VK 2DBXA 3VQBA 3CPEA 5AZIA 3VETA 3NCIA 2BXGA 2XSIA 5HRSA 2XVVA 1NGDA 4FXDA 4LB2A 4IW1A 1XHZA 3V81A 4DM0A 3WXJA 4N0FD 3ZSOA 3AAQA 5FRNA 4FK0A 1S9EA 3WEEB 1Y64A 4AQYK 1XNRK 1BU6O 1YVNA 4UY8O 4OKKA 1RTIA 1Q18A 2XY6A 3WHQA 1NGHA 3I8DA 4F4KA 2BTFA 3LDOA 2HOEA 4K25A 2HHTA 4B1ZA 2BXDA 1K8KA 1DKGD 3DXKA 3HRGA 1RNHA 2HMIA 4A2AA 3VN5A 3NVIA 2A1RA 3AVCA 2NLXA 2GBZA 4ID1A 4PL7A 2FSNA 4OKJA 5ID9A 4L3QA 1KVBA 4FM2A 3HK2A 1WB9A 3C6UA 3K0SA 5C2FA 5EY4A 1Z25A 1YXQA 1NGGA 2CGJA 2O8EA 4WQ5A 3HT3A 4OTTA 1BL3A 1BDGA 2GEMA 1U2VB 4JKBA 3AO2A 1RT1A 1YTUA 2BXPA 1WBDA 4YDUC 3CX9A 3V03A 4IKFA 3SYZA 3NF9A 3E9LA 4OJRA 4BRAA 3SUNA 4FWMA 3GA9L 3L0QA 3LDQA 3QEIA 2IGIA 2Q1NA 1QQNA 3K5MA 4IW2A 1E7IA 4FLTA 3L8BA 1ATSA 3CCUN 2OYQA 1OVYA 4FJCB 2UU9K 4K8ZA 5AQRA 2VG5A 4X62K 4NLCA 1MDUB 1JL2A 1WSIA 4B9VA 3T69A 4E1JA 4OPHA 4B9TA 4JV5K 1J53A 5ADXH 2YNHA 1RDCA 4JKHA 1OH6A 5FRMA 3D0PA 4M41A 5BRFA 2E8AA 1R0AA 5HROA 4LUHA 5IFOA 4JI7K 2G8VA 3RMDA 2IVNA 1X3NA 1HYSA 1HMVA 3HI0A 4GKJK 2GX9A 1QQOA 1W9HA 2DPNA 4W5QA 1Q82O 2DBUA 4K42A 3DLBA 4LF9K 3PX0A 1JJ2M 2D5RA 3OTOK 1VQ5N 3BPJA 1E7FA 1HQUA 2O4GA 1KRPA 1TK0A 5C12A 3UKUB 1D9FA 4HGMB 3M6GA 1RDWX 3CF5L 3W0LA 4BR2A 2O8DB 3LDPA 4GW6A 1BG3A 3DLRA 5IJEA 3ZSRA 1ZBIA 3V1RA 5JLHA 4CJ7A 3ENHA 4DR1K 3EKUA 1IKVA 3AVKA 2O8BB 1NKBA 3VQ4A 2DYOA 5AQYA 4B1XB 3K2PA 2FF3B 3VEXA 3CHWA 4GDKB 3MDQA 4NO7A 3TTDA 1U45A 3ID8A 3DXMB 4WQ5C 3IUCA 3VQIA 1GLDG 1YUWA 4L9KA 4HCBA 4FVUA 3ID6A 4ILHA 3K5LA 1EETA 3OBYA 1S3XA 4FJIA 3K57A 1HK5A 3K9KA 3KD1E 4NYNA 3V6DA 2KWFA 1J6ZA 2FC0A 2OTJN 4A62A 1TK8A 3GOIA 1BA0A 5K14A 1DGKN 2WOMA 1TYQB 4W5RA 3FLCO 1HA2A 3NBPA 5FPEA 2E4LA 1WAJA 3V9XA 4E7LA 3LU6A 3JXUA 1N32K 2Q97A 5KPZA 2FBXA 5AQZA 4CJ3A 3KTQA 4ILJA 1VK0A 3TSUA 2XMOA 3IG1A 1NJZA 4XEIA 2OTLN 5DM7L 3RSEB 5AQUA 3AO5A 1TVRA 3FGUA 1L3UA 1NWKA 5CZ2A 4GNIA 1RT4A 1RT2A 3SLCA 3J7AP 1X9WA 1MWMA 3T1AA 1K8KB 2BUPA 4CHNA 4Z9OA 4BACA 4HGKA 3TR8A 3J7YP 2D4WA 4KO0A 3VQ7A 3ATUA 4XH1A 4CK1A 4EMXA 3TANA 2BXOA 3T1YK 4Z69A 3VGMA 3JRYA 4IEEA 2PYLA 5AQWA 4FIPB 2Z8IA 3KWGA 4CHZA 4IJAA 2HMPA 3PSFA 4DKWA 1FOUA 3O1WA 2P9KA 4WQ4A 2HB5A 5BR8K 4H0XB 4WE1A 2KHOA 4M45A 3AA4A 3A5LC 4ID5A 4F3TA 1C0GA 3T3FA 1UOCA 5BN9A 2WBNA 4M3WA 3LZJA 4KFBA 3VEWA 4FJ9A 3VQEA 2UUCK 4YFUA 4IDHA 4O0IA 4F2RA 5KGWA 4S1YA 3EL2A 5GAEP 4LF4K 5HRNA 1HPMA 4DQRA 1ATRA 4L9QA 4X65K 2XW1A 3BEXA 5AQFA 3TAFA 1TXUA 4E7IA 5KGXA 4F9OA 4CGGA 1KLNA 3I0SA 4PQUA 1T6DA 4E99A 4QS7A 1VSIA 4EZ9A 2IS3A 3QICA 4JHDA 2G8UA 2HF4A 1JLQA 3EE8A 3TAEA 2LXSA 2VG7A 4IEIA 4BRQA 4WA6B 3LDNA 3BY5A 3QDKA 4CJKA 4W5NA 5AQNA 1RFQA 4CHPA 2WONA 3IMXA 4OKEA 2P5GA 2DFFA 1X9SA 3O4NA 3MX2A 1T6CA 1U6ZA 4BQZA 3U8XA 3OA9A 3KLGA 4K43A 3DLLL 3I8BA 1Q7YO 2I7NA 3SQ1A 4Q0BA 3IAYA 3DOKA 2BXBA 3O9TA 2UUAK 3M3ZA 5AQIA 4CJUA 2HVIA 5AFUA 4KREA 2O8FA 4J2EA 5AQTA 4HUGA 4KHSA 1KFSA 3SAFA 1WN7A 5E41A 1MUSA 3C6HA 3GQUA 3OYGA 4KHNA 2IVOA 4I6MB 2Q0RA 1NG9A 3L4IA 3E9OA 4O44A 3SMPA 1C1BA 3KLHA 4CJQA 3SIVB 5SZTA 4H0OA 2LQIA 4I9QA 1HK4A 3FWCC 4ZC6A 4CEDA 5C42A 4BVOA 4BR0A 3H6EA 3LWLA 3CCLN 2KZMA 2KZZA 3CJAA 4E0DA 3A5MC 2F96A 3PLAA 2YNIA 1KCFA 3CYMA 3V4IA 4CD1A 4E7KA 1R59O 4CJWA 4WQ4C 3VTIA 3OS1A 2JWLA 3EZ5A 5JVHL 3ICXA 4J8FA 5ELZA 3AO3A 3P1GA 2D0OA 3CQYA 4IFYA 2A6AA 2RPIA 3O4QA 3JSMA 4FJ8A 3O4WA 4DR2K 5FPMA 2JLEA 3CXCM 1JXEA 1TKXA 1J7EA 3CMAN 4DSEA 2DTUA 3AVIA 3O1BA 3TABA 4W5TA 1IG9A 1TKTA 3VQPA 1LWEA 4Z94A 1L3SA 3IS9A 1QTMA 2EFEA 2BXCA 3NF6A 3VMFB 5B8HA 3ULEA 3OY9A 1T05A 4JNEA 4XIUA 2HHQA 2ZGZA 4CFAA 1S1WA 1HKGA 1NGAA 2BH1A 4EHUA 2HHWA 5AR0A 3OYKA 2YJFA 2VQFK 1JNBA 5LMUK 3JS6A 3WNHA 2DFEA 1HR0K 2J4RA 2ZGYA 2LQHA 3Q7BA 4RW7A 3AAPA 5LY3A 1M90O 3KD5E 1VSHA 3CIPA 1Q81O 2HNYA 1IKXA 2NRHA 1FW6A 1NK0A 4KHUA 3OYBA 4CERA 4DUYK 2F9WA 4DSJA 2V51B 3D2FA 1QS4A 1N8RO 3H1QA 3LPUA 3KVGA 1EO1A 3HTVA 3MN7A 2A3ZA 3JYTA 2YV0X 1NJWA 3DLEA 4BDZA 3VA0A 3LM2A 5IIHA 4N3ZA 4DSKA 1C0UA 3HPGA 3U3GA 1BJ5A 1YIJN 3ZX0A 3L2WA 2OANA 2G8IA 4IOAL 3WXIA 4PHTX 2G8HA 3MEGA 3PUFA 5FPDA 3MN9A 2CH5A 3J8AA 3LP3A 4PO0A 2V7ZA 3NH2A 2E6LA 3FZLA 2PZSA 3SCXA 3VQCA 5IJ5A 2VGMA 2G8FA 3S3OA 3WXKA 3PX4A 4E3SA 4BC5A 3CM6A 4H0TB 5D3GA 3L2QA 3PX6A 4HTLA 2ATQA 1UA1A 3D6RA 4K41A 1E7GA 1VQLN 5AQSA 4KAZA 2P9UB 2UYTA 4F5UA 4CJ4A 4BDYA 3W1SA 3PV8A 2EFDA 3FWBC 4Z4HA 4L8RB 2DFHA 2QWMA 2Z1GA 5LJVA 1BO5O 3O9RA 4CZMA 3M5RA 1BI4B 4W4UB 4JKDA 5CY4A 5JVGL 4ELTA 4A57A 3DRPA 1Y97A 1S6PA 3LPTA 2E20A 2XRIA 3LL3A 3QB0A 3V9UA 1T44A 3Q7CA 4JKFA 4CGHA 1MWKA 4JRPA 2HNDA 3ZCMA 4M7XA 4IOXA 1JLBA 1S1TA 5J1EA 4ELVA 4JK4A 3ZEUB 4KTWA 3E9PA 4CECA 3IFRA 2P9PA 1ZBLA 5EOYA 4H5WA 4O8KA 1DTTA 4CF0A 4DFMA 4DQQA 4JI4K 4KTQA 2HW3A 3QEPA 1GLFO 1D8YA 4G01A 1I3AA 5AQKA 4YOWA 4DU4A 1GLEG 3HSTB 1FKPA 4JK9A 3SMSA 3C0BA 1E7AA 2NRTA 4B08A 1ZXOA 2BX8A 4JKAA 1MU2A 3MWTA 3WHRA 1KTQA 3B8AX 3THWA 3MEDA 2AJEA 2PAVA 5CYMA 4CZLA 1VQMN 4GDLB 5MLCQ 4KHYA 3FZKA 3MECA 1TL3A 2E0XA 1F21A 1ATNA 2EHGA 2XY5A 1MA9B 2X74A 4DV2K 3J7ZO 1NGCA 3HVTA 4C23A 1KXPA 3DJCA 4BGBA 3OYFA 1XC3A 2PYJA 1RCHA 3NGIA 1N5YA 4U67L 3A5NC 1IBKK 1RT3A 3E1YA 2ZWHA 3CC4N 2BXAA 2FBYA 1VFIA 1SS6A 1ZYQA 2ASMA 4KHWA 1NMNA 3ZETB 3SAGA 1WSHA 4CEEA 1NMDA 3HOSA 3CC7N 4KKOA 4ICLA 4GV9A 1T3VA 3TWHA 4DV0K 4OTUA 3I33A 5J2QA 4BRHA 1YHQN 1Z26A 3EYZA 1NK9A 1S1VA 2DG5A 2P51A 2O8CB 4DTSA 3ZT1A 3HJFA 2NRXA 3EZWA 3VQQA 2KKZA 3ECPA 3LDSA 1YF5L 4N41A 4H4OA 1BGXT 1EWQA 3C6AA 3K59A 2YNFA 3THYA 1VZSA 1A5XA 3TSPA 4DQSA 1VQ9N 3D7EO 1Q9XA 4DB3A 5CR4A 2DY4A 2E2PA 5SWMA 2Z1HA 5E84A 3VEVA 5M1NA 2F8SA 4GKKK 4TQ1A 2E88A 4CJLA 5I42A 4Y1DA 4ZTJA 4B1YB 2E2QA 1BWFO 1RBVA 3HXMA 3KLFA 2QMCA 4Z4FA 1NLVA 4FW1A 1MM8A 3MN6A 3R6MA 4OLAA 2E2NA 3DLGA 2GV9A 4ISEA 2QHBA 2X6NA 4FWQA 4B3OA 3C95A 2KTQA 1SKRA 1BKEA 4TSXA 1B92A 4GDXA 2P9IB 4CZEA 3EE9A 2OZSA 2QEXN 4DSLA 4KI4A 3AVJA 1XI1A 1QQCA 5AJ3K 4J2DA 1HRHA 5J2NA 3AA5X 3A73A 3F9KA 2XVUA 1SL2A 2AA4A 2VG6A 3DAWA 1QZ5A 5CHIA 4MBEC 4DTUA 4CZGA 1DT9A 3GG4A 2EFHA 3OYIA 3M1FA 3KK2A 1RT7A 5AQQA 5JLFA 3JQZA 2E0YA 3ZX2A 4LFCK 2FXUA 4ILGB 5H1SQ 2IC3A 4B9UA 1NT2B 4FJLA 4CF8A 3AVHA 4MDBA 4B9SA 3O6WA 4DMNA 4MO4A 2ZJQL 3IDHA 4C8NA 1E7CA 4I9LA 3ULDA 5HLFA 1NKCA 5AQJA 4JI6K 1LOTB 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3CCSN 3MN6A 4CZFA 4FVUA 3SAHA 4JAXA 3R6MA 5AQHA 1DEJA 4F5TA 3ID6A 2E2NA 4ILHA 2QI2A 4ISEA 3VESA 2QHBA 4BROA 3OBYA 4FWQA 1S3XA 3I55N 1U2VA 1G99A 1BKEA 3DWLA 2E1ZA 1X9JA 4GDXA 3WT0A 1YITN 1GLCG 2P9IB 1ZC6A 2V52B 1HK5A 1EQYA 4CZEA 3NMUA 3K9KA 5GAHP 3EE9A 3A75A 3VGKA 3FR0A 1J6ZA 3ENOA 2OTJN 1IJGA 4A62A 3GOIA 2QEXN 1BA0A 1KAZA 1DGKN 4CI6A 3GBTA 2BXEA 4H0PA 1TYQB 2Z8JA 2YJEA 1N5UA 3MCAB 3A73A 3FLCO 2XVUA 1HA2A 2AA4A 4B1VA 3DAWA 5FPEA 3H1VX 2QM6A 1QZ5A 5CHIA 2JWKA 2Q2RA 4YOTA 3LU6A 3JXUA 3KJLA 4MBEC 2Q97A 5KPZA 4CZGA 1DT9A 3GG4A 3N4PA 4JKCA 4RTFD 5AQZA 3PIPL 5M1FA 2EFHA 3WHSA 3M1FA 4ILJA 2FSJA 5BR9A 5TKWA 1XUPO 3TSUA 2XMOA 1SZ2A 2AP1A 1V4TA 5AQQA 3R9PA 4XEIA 5JLFA 1BUPA 3JQZA 2OTLN 3A8YA 4FOIA 1MA9A 2E0YA 3SQJA 3ZX2A 2RE2A 2FXUA 3BP8A 4ILGB 4BRIA 5H1SQ 5DM7L 4GY2B 3RSEB 5BRDA 5AQUA 1QVGM 1MIVA 4BKEA 1KW2A 1NT2B 4CZHA 3FGUA 3CPWM 1JCGA 3CMEN 4MDBA 1NWKA 3O6WA 5BPLA 4JN4A 1O13A 3C65A 4MO4A 4GNIA 3IDHA 3SLCA 2ZJQL 1CZAN 3O9QA 1MWMA 1E7CA 4K25A 1K8KB 4CD3A 2BUPA 3KK7A 3MN5A 5AQJA 1LOTB 4EAHD 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ICX A;  2OZB B;  3GQX A;  3SIU B;  1NT2 B;  5GIP A;  3SIV B;  3T7Z A;  5GIO A;  3NVM A;  3ID6 A;  5GIN A;  3NVK A;  2NNW A;  3PLA A;  4BY9 C;  3NVI A;  3NMU A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CGL A;  1NKE A;  3ALY A;  4BRP A;  2P9I A;  4JLH A;  4FM0 A;  4OPK A;  1BIS A;  4IXC A;  2NRR A;  2O4I A;  1GLJ O;  3AVF A;  4JKG B;  3C6T A;  2E5L K;  4XH4 A;  3P39 A;  3G6E N;  2Z8K A;  4ZBK A;  1E7B A;  4GG2 A;  4FWN A;  2QXF A;  2NRV A;  3ZLJ A;  3NH0 A;  1E7H A;  4B8C A;  5I3U A;  4FZY A;  4B3R K;  2QWN A;  1NOZ A;  5I9E B;  3P38 A;  1LCU A;  3CFP A;  4KBO A;  2I5J A;  1LAW A;  1HYZ A;  2LSN A;  2I2Z A;  3ZX3 A;  4OLB A;  4CGF A;  5BN8 A;  3TDL A;  2Z1I A;  4CBU A;  1LOT A;  2P9L B;  1E4G T;  2UXC K;  1P90 A;  2P1J A;  3L2U A;  1SV5 A;  5IIU A;  1S72 N;  4DLG A;  2P9S B;  3MXM A;  4LSN A;  3DRR A;  3UE5 A;  1WAF A;  2HNZ A;  1GOC A;  2RF2 A;  4J2A A;  3SK3 A;  1K73 O;  2V36 A;  1M1K O;  1NK8 A;  4ZBQ A;  1YI2 N;  3RMB A;  1WBB A;  4GVE A;  3TU5 A;  3WNE A;  4FSV A;  5AQV A;  4CBW A;  4YOX A;  4CEZ A;  3V08 A;  3MHS B;  4CJF A;  1GOB A;  1GLB G;  1KFD A;  3C94 A;  5J2M A;  4FJ5 A;  3F2K A;  4CJS A;  2FBV A;  5EVZ A;  4BRL A;  1QHT A;  1QSL A;  4QS8 A;  1K9M O;  3KIO A;  2Z1J A;  4DFK A; 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