4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3NVKA 3NVMA 5GIPA 3GQXA 1NT2B 3SIVB 2OZBB 2NNWA 3NMUA 3T7ZA 3NVIA 4BY9C 5GINA 3ICXA 5GIOA 3GQUA 3ID6A 3PLAA 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QFUA 1KLMA 3DXKB 5KI6A 1HLUA 3O9SA 2QWOA 3P1GA 1QVGM 3Q7CA 4IO8A 3OTOK 4B1ZA 4B1YB 3KD1E 4DR3K 1UOCA 1WN7A 2AA4A 3T1YK 3M1FA 1OH6A 3UIVA 3U6FA 5F1XA 4FOEA 4BQZA 4HHTA 1RFQA 4LY7A 5J1EA 3VEOA 2VUEA 5AQGA 2P5GA 4DTPA 2EFCA 1IKXA 3EEQA 1OVYA 2ZM6K 2DFEA 4IW1A 4RTFD 3QESA 4FLWA 4M63C 4JNEA 4L8UA 1JLGA 2IGIA 4GKKK 2FSNA 4CZGA 4KRFA 3V9SA 1I39A 3QEVA 4IKFA 1BA1A 3KLEA 2LXTA 3THYA 1H9ZA 4CIFA 4CJVA 1E7GA 4WQ5A 1ZBSA 3AVKA 4H0XB 3SIUB 3VQEA 1YHQN 3CFOA 2X78A 4MLHA 1A5XA 2LQIA 2A6AA 5FRNA 4DSFA 2GX9A 2X6NA 4MBEC 2YHWA 2WBNA 5HRSA 1S9GA 3T7ZA 1IH7A 5GINA 4GY2B 3C6UA 3I0RA 1TAUA 4JLHA 2BXBA 1S1VA 3O3GA 1JCGA 4JD2B 3E9PA 5D3GA 1N33K 1DGKN 2O4IA 2XMOA 2G8FA 3TAFA 4AHSA 1GLLO 4KAZA 2F9WA 1WLJA 2VWBA 3EY1A 3V9XA 4FWPA 3VMFB 3VQCA 3D2FA 4ZBKA 1ILYA 4BC2A 2WOMA 2Z1GA 5DK5A 1S1TA 3TWHA 3L3UA 1J6ZA 3B8AX 1HPZA 4JHDB 1JNBA 5AQIA 5HRRA 1HJOA 2DTUA 5DM7L 1QTMA 1QVFM 3R6MA 2LQHA 3CPWM 5FPMA 4I7FA 3FR0A 1NBWA 1VSMA 4KHQA 3M3ZA 1QSLA 4Z94A 3SQ4A 3RSEA 1HPMA 1C0TA 4FYDA 1GLBG 1D9FA 3F2KA 3SUQA 3CCJN 4CF9A 2D0PA 3M8PA 3T1AA 3AVAA 2UUAK 1IG8A 3BEXA 4A62A 1XUPO 1VSLA 4EZ6A 4B3RK 2PFUA 3M5RA 3KK7A 3VGMA 4NYNA 4ZBRA 1ZBUA 1O9XA 3VQIA 2QXFA 3AARA 4MO5A 2EX3A 2KFNA 4CJ5A 2QM1A 4EZ9A 4H5VA 2QK9A 3ZSQA 2YCHA 3NH1A 3ZT2A 3V08A 3WNGA 3O3FA 4EIAA 1IBLK 4BRDA 4B9MA 3V9WA 4FPAA 1HKCA 1S6PA 4XH5A 4G1QA 4FJ5A 2CH6A 3G4SN 4DR4K 1ZBFA 2EWSA 1L3TA 5M1KA 1NGJA 1XC3A 4DV1K 5C25A 4PUOA 3VEWA 3UKUB 4ELTA 3SBTA 3JYTA 4M41A 5IWAK 4B9VA 1BKEA 2A41A 3C0BA 4JKFA 4NYFA 4F8RA 3KIKA 3ULEB 1HYSA 4KTZA 4DQRA 1DTQA 1YJWN 3KLIA 4YOVA 3KD5E 1FW6A 1WSGA 3EKSA 3ZX0A 3JRYA 1BIUA 4EFHA 2F8TA 3CC7N 1GOBA 4WF9L 5HBMA 2KLAA 1X9MA 3OYNA 2OPQA 1A5WA 3TAGA 2WUSA 4CD1A 2QTDA 1NGBA 3ZX3A 3CYMA 4BVOA 4OLAA 1E3MA 3L8BA 4Q0BA 2W6KA 5BREA 2P9SA 4LH5A 3VQ9A 3FNMA 1XMOK 3I55N 4FIPB 2Z1JA 3ZEUA 4Z69A 1UA1A 2KBZA 3SBGA 1WSIA 4ILGB 3WHRA 4YHHK 4YNQA 1GLFO 2HHTA 4DFPA 4CF0A 5I3UA 1D4XA 3TI0A 1NK0A 2NRHA 4BRMA 4B9UA 2DY4A 1NOYA 2Y1IA 2QWMA 3RMCA 4LSNA 5M1OA 1CZBA 4IOAL 1RGIA 1YUWA 2NZTA 5AQPA 2P9IA 3D6RA 4BC5A 3P39A 1UORA 4PY5A 3KK3A 3AA3A 2E2PA 2NUBA 4BGAA 3CPEA 4M3YA 3CM5A 3SV4A 4BR0A 3THXA 4LF4K 3L2VA 4WYBA 4H0PA 3HT3A 5C2FA 1A5VA 1JKHA 4FWMA 4JKAA 2VGMA 1F21A 3A2FA 1X9JA 3NGIA 4DSIA 3U3GA 4CJRA 4Y1CA 5I42A 2PZSA 3CQ8A 4NAWB 3J7AP 1GLAG 4Q5VA 1E7CA 4GMJB 1U47A 4Z4EA 3O9UA 1KXPD 1QSYA 3M6GA 2A42A 2P9KB 1EXQA 5GIPA 4DQQA 1N5UA 2LSNA 1VSFA 5F2RA 2PBDA 1RT5A 3VEYA 1SL2A 3E66A 2Q97A 1HQUA 2E88A 3ZCMA 3LP3A 5E41A 5AQQA 2GWJA 1EX4A 1QHTA 3H3OB 2FBVA 3WXKA 3GG4A 1VQPN 3NBPA 1L3UA 1VQMN 4B3OA 3D2EB 4DKWA 4O0IA 2OZSA 5IJEA 3VQPA 3KJVA 1VQ4N 2JGUA 3QICA 3MCPA 3RMAA 2GUPA 2O8BB 2JWKA 4BWMA 3CC2N 1NK8A 3C7NA 3QNNA 4CZEA 4JN4A 4KHSA 1EWQA 3VA3A 3THWA 4CHZA 2GBZA 3MWTA 3CERA 4FK0A 5AQKA 2HBKA 1Q9XA 3HP9A 4K42A 4B8CA 1S72N 3U4LA 1MUHA 4Z4CA 4E1JA 5BPLA 4X62K 2I30A 4AM6A 1R0AA 2XVUA 3V03A 2VG5A 2BXGA 1NK5A 3G25A 3IAYA 4BR4A 4JI8K 3ID8A 4G04A 4O5FA 4CEQA 4Z4IA 2FF6A 3CQXA 1YIJN 4FOIA 4FJIA 2BXEA 5A2QO 3TPQA 3C6AA 2OPSA 4AHVA 1KVCA 3TAMA 4B1XB 1K8AO 3KWIA 3ZETB 1GLEG 2CH5A 4JRQA 4JKDA 4BRPA 3SAHA 4DR5K 1KRPA 3WEEB 5AQFA 4IOCL 1ATNA 2KTQA 2B6AA 1HYVA 1VQLN 1NOZA 4CBWA 1NJZA 5BRDA 1E78A 2EHGA 4DTJA 1RDUA 2WONA 2FF3B 1UWBA 3WUHA 3V81A 1Q82O 1GNJA 2OZBB 4JYAK 4M3XA 1WUAA 2ASOA 4O44A 1JL2A 4H5TA 4A59A 3QFPA 5FPEA 4IDKA 1YT3A 4TSXA 4ELUA 1HK2A 4ELVA 3VN5A 4G03A 1V4SA 5AQVA 4B9SA 5JVHL 4CERA 3IG1A 4B1VA 2YKNA 1T7PA 1MUSA 3A73A 4LD0A 5JMVA 3OYMA 4GKJK 3ZSYA 1E7IA 2UYTA 3VETA 4N3ZA 4CGDA 4JI7K 2OPRA 4CF1A 4KHPK 4FLZA 2IOCA 4LUFA 2E2QA 3GBTA 5I9EB 1JCFA 2Q3SA 4I6MA 4DTMA 2VWJA 1ZYQA 3HP6A 4JEPA 3FGUA 3DLBA 1IJGA 3H3NO 1HQEA 2Y1JA 1ZBHA 3DM2A 4HCCA 4FWLA 1HK4A 2HHUA 3GQXA 1BUPA 4F3OA 3SQ1A 1S5JA 4JS5A 1XQSC 3DLKA 4YDUA 5C10A 3EKUA 3LANA 2NRZA 2QW9A 4BKEA 3FWBC 5DQFA 4F4KA 1YTUA 4K43A 1KLNA 3L2UA 3MXJA 1TXUA 3UKRB 5GIOA 3OBYA 2QM6A 4JI4K 5ELZA 4CEFA 3EYZA 2ZJQL 4M3WA 3CMEN 1WBBA 2H3GX 3OYFA 1ATRA 4DB3A 1LWFA 1SUQA 3OHRA 4IJNA 3OBWA 5H1SQ 4C23A 3RRHA 2EFHA 2DBXA 2FBYA 4OVLA 3I56N 1TKXA 3MXMA 1G15A 3AVMA 4XH4A 5AQXA 2YHBA 4PKIA 1WB9A 1FXXA 4ISEA 4YFUA 4OGCA 3TU5A 4L9QA 4OKKA 1KC8O 1J5EK 4AH9A 3WNEA 4CW7B 1RNHA 2ZGZA 4J8FA 2VG7A 3MN7A 4FWQA 1VSKA 4B1WB 5KPRA 1QQOA 4XIUA 1NKBA 3AVCA 1E7BA 3CCLN 4AF1A 4PL8A 1QE1A 3G71N 4FLUA 3WHSA 5TKYA 1BI4B 4E89A 3VEVA 3VEXA 4E7HA 3H37A 4GDKB 4FJ9A 5J2MA 4BR2A 5C24A 3WXJA 1HMVA 2X74A 4BRIA 4RCHA 3B6OA 4FLYA 3ZLJA 1NWKA 3SZ2A 4U7BA 3MWPA 3FZKA 3IUCA 4FM2A 2RN2A 5EXWA 1HX1A 2ZQBA 3M8QA 5BPNA 3SMPA 4BRAA 3L4IA 1TKDA 1TF0A 2O8CA 4FM0A 1HRHA 1MWKA 2P9NB 3U9ZA 2HVHA 4E7LA 1GLDG 4WE1A 3C6HA 4FLVA 5KPZA 3MECA 4DR6K 1CXQA 4HGMB 4IW2A 4J2EA 1RBVA 3IFRA 3QEWA 3SPYA 3LWMA 4JKGB 4FJXA 3ATUA 5CY4A 2BXMA 4JI2K 4I9OA 5JS1A 4LF8K 2BXHA 3ATVA 4M3ZA 4ID5A 3F9KA 1RBUA 4MDAA 1K6YA 3G10A 1HK3A 3GA9L 1Q9YA 3CI5A 5AZJB 3O08A 5JLFA 1E7FA 3CXCM 4WQ4C 4O55A 5K14A 3SAGA 3FZFA 4R5PA 4AHUA 2YHXA 1VSIA 2HBJA 3TANA 5E26A 2E20A 4M70B 2VYPA 2K0NA 4K2CA 5CR4A 5BN8A 2AJQA 5AZIA 2F8SA 1GNIA 2RE2A 2KW4A 4FJJA 3FZMA 1DT9A 1JLAA 1YTAA 2BE2A 1C0FA 1U2VB 3OYLA 3K59A 2HHQA 1MIWA 2QI2A 2AJEA 3ENHA 3DYAA 3BGRA 4EHTA 3NH2A 1Q18A 3TDLA 4BRLA 1TKZA 3N4PA 3SPZA 3NF6A 5D7GA 4FJMA 1XHXA 1E7HA 4OLBA 3EE8A 4AHCA 1HUXA 4JKHA 4PKHA 4DU3A 2IC3A 1OKJA 1NJYA 4B3SK 2QWPA 1KVAA 4HTLA 5HROA 4FW1A 1Z25A 4ZBQA 4N76A 2ZJPL 4BR7A 2ASPA 3AVIA 5JVGL 1K9MO 3ZX2A 5AQUA 2YHAA 2IDOA 4CJ3A 3KLGA 3FZLA 4OPKA 4M3RA 3HYFA 3O5BA 3DLRA 4CZKA 1J78A 3TSUA 4WFAL 1KQSM 3HPGA 4IG3A 3SI6A 1MWMA 4BACA 2O8FA 1X3NA 1RDWX 1RBTA 3OYIA 3THVA 3MXIA 1UA0A 1K8KB 1VSJA 3LWLA 1HKGA 4CEEA 4C8LA 2E0XA 2HSTA 4CFBA 1Z26A 1MIVA 1Q86O 2BGGA 3HZ6A 4DHXB 4NCGA 3O80A 4H5WA 2HB5A 3F73A 3ZT3A 4WA6B 1C1AA 1NGHA 3P5JA 3DXMA 4A5AA 2BXOA 4OKEA 4QS7A 5CHIA 1NGAA 2AGHB 5DBYA 4NO7A 4I2PA 4IO9L 1TGOA 3TSPA 3ITHA 1S9EA 3GQUA 2FBTA 3NF9A 4DMNA 3E01A 4B9QA 1EKEA 1ASUA 1D9DA 4E1NA 3CG7A 4BRNA 3U8XA 1KD1O 4ZCGA 2O8EB 3K9KA 2P9PA 5ADXH 1ZC6A 5M1FA 3KK1A 1HK5A 3VQ5A 3K57A 5EVZA 4DR1K 4H5NA 2G8HA 4BRQA 2Z8JA 4NLCA 2XSIA 3U3YA 3PO5A 3MAQA 3MN9A 1G99A 4OR0A 3OYJA 4FLXA 1NM1A 4LC9B 5AQSA 3LDSA 4FXDA 4F2RA 2JWLA 3CF5L 4DG1A 4C8OA 4C8NA 1E4FT 2FBXA 4DV4K 4CK1A 3KKSA 3LDPA 4AQYK 1FKOA 4LF7K 4RW9A 4LF9K 3PIPL 4IBNA 4CJPA 5IJFA 3SV3A 2WTUA 2P9UA 3DI6A 1AO6A 4YOWA 4AHTA 3SNNA 3M99C 2ZJRL 4B3TK 3AVLA 3WXMB 3AO2A 3MCAB 3QETA 3H1VX 1KAXA 4ILHA 3LP2A 3WT0A 4CHNA 4OPHA 3LU6A 2QXLA 4W5RA 3NGZA 3VF6A 2GWKA 3ENBA 1Q81O 5LL6Z 4PO0A 2QWRA 3OA9A 2HMIA 1I94K 2O8DB 3SLCA 4OX9K 5IJ5A 3MHHB 1BQNA 1MA9B 2IIRA 2ZD1A 1ATSA 1N8RO 1JXEA 2XW0A 1NG9A 1BIZA 4BG9A 1V4TA 3CCMN 2QKBA 1TK5A 2F7TA 4YOYA 3DLEA 5HRPA 3RWUA 1HKBA 3HOTA 3G0ZA 1REVA 3S3OA 4S1YA 3LPUA 4D7XA 4WQ5C 4B9TA 4FZXC 3HSTB 4IXCA 1TKTA 4CIEA 3NHGA 2AP1A 1NJIO 4FSVA 3SK3A 4JV5K 3DJCA 3J81O 2BXKA 2OPPA 4JS4A 4DHYA 3DMJA 4CZMA 1RTHA 1NMDA 4N5SA 1K73O 2BXQA 3ZSVA 3CC4N 3DRRA 2I7PA 4OO1J 1C1CA 3QIOA 3O4WA 1JLQA 4F5TA 3RMBA 3LU7A 5HLFA 1XWLA 1TK8A 2P9LA 2W42A 4GNIA 2YKMA 1HJRA 3B9MA 4XH1A 4ZTFA 3F9MA 2ZF5O 5MLCQ 2F96A 2HOEA 2Z8IA 3FLCO 1X1PA 5BR9A 1M90O 3CJAA 2VG6A 3EN9A 1HA2A 1U48A 4LUHA 1LWEA 3BY5A 1L5UA 5GAEP 3OYGA 2JUHA 1HNZK 4CVNE 1ZBIA 1ZXOA 5DMRA 5AQNA 1N34K 1NK7A 3R1XA 1HR0K 5M1PA 4BE1A 5GHKA 3PUFA 5M1NA 3CJCA 3CCRN 3E9LA 4HUFA 2NRVA 4DTOA 1DLOA 1YXQA 1OVQA 3W0LA 4M42A 4JI5K 2OZMA 1YJNN 1E7AA 1IKWA 3BF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVK A;  3NVM A;  5GIP A;  3GQX A;  1NT2 B;  3SIV B;  2OZB B;  2NNW A;  3NMU A;  3T7Z A;  3NVI A;  4BY9 C;  5GIN A;  3ICX A;  5GIO A;  3GQU A;  3ID6 A;  3PLA A;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QFU A;  1KLM A;  3DXK B;  5KI6 A;  1HLU A;  3O9S A;  2QWO A;  3P1G A;  1QVG M;  3Q7C A;  4IO8 A;  3OTO K;  4B1Z A;  4B1Y B;  3KD1 E;  4DR3 K;  1UOC A;  1WN7 A;  2AA4 A;  3T1Y K;  3M1F A;  1OH6 A;  3UIV A;  3U6F A;  5F1X A;  4FOE A;  4BQZ A;  4HHT A;  1RFQ A;  4LY7 A;  5J1E A;  3VEO A;  2VUE A;  5AQG A;  2P5G A;  4DTP A;  2EFC A;  1IKX A;  3EEQ A;  1OVY A;  2ZM6 K;  2DFE A;  4IW1 A;  4RTF D;  3QES A;  4FLW A;  4M63 C;  4JNE A;  4L8U A;  1JLG A;  2IGI A;  4GKK K;  2FSN A;  4CZG A;  4KRF A;  3V9S A;  1I39 A;  3QEV A;  4IKF A;  1BA1 A;  3KLE A;  2LXT A;  3THY A;  1H9Z A;  4CIF A;  4CJV A;  1E7G A;  4WQ5 A;  1ZBS A;  3AVK A;  4H0X B;  3SIU B;  3VQE A;  1YHQ N;  3CFO A;  2X78 A;  4MLH A;  1A5X A;  2LQI A;  2A6A A;  5FRN A;  4DSF A;  2GX9 A;  2X6N A;  4MBE C;  2YHW A;  2WBN A;  5HRS A;  1S9G A;  3T7Z A;  1IH7 A;  5GIN A;  4GY2 B;  3C6U A;  3I0R A;  1TAU A;  4JLH A;  2BXB A;  1S1V A;  3O3G A;  1JCG A;  4JD2 B;  3E9P A;  5D3G A;  1N33 K;  1DGK N;  2O4I A;  2XMO A;  2G8F A;  3TAF A;  4AHS A;  1GLL O; 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