4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3NMUA 5GIPA 1NT2B 2OZBB 3NVMA 3GQXA 3NVKA 5GINA 3PLAA 3ICXA 3SIUB 2NNWA 3ID6A 3SIVB 4BY9C 5GIOA 3NVIA 3T7ZA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YFUA 4B3OA 2DYMA 1RTJA 4FZZA 4KBOA 2I7PA 1U4BA 3QEWA 4B1XB 4C31B 3AO2A 1F21A 3AVFA 4JKHA 1CLQA 4I9LA 3UIVA 3THYA 1XHZA 4K0KK 2PZSA 1YTUA 2GTDA 2PFUA 1E7GA 3M8PA 5J2NA 4B9VA 2E8AA 2VG5A 4YOWA 1RILA 5GAHP 1A5WA 2HF4A 1GOCA 3RSEA 5H1SQ 3M8QA 3SI6A 1YJNN 3ULEA 1KQSM 2VUEA 4WA6B 3BPJA 2ZQBA 1C1BA 3EE8A 4BDYA 3HK2A 2VGNA 4FK2A 4JLHA 3AARA 2F96A 2Q0RA 3VQ9A 5KPZA 1CZ9A 4DLEA 2QXLA 3CPEA 1CXUA 4HHTA 1JLFA 2WUSA 2EFDA 3G9KD 4C1NK 3RRHA 2QTDA 1JLCA 2VG6A 5BN9A 4CW7B 1I3AA 2UXBK 4AHUA 1QZ6A 4F8RA 3PX0A 4HUGA 2AJQA 3SQ1A 4CHNA 3T7ZA 1ITGA 2CH5A 4O5FA 4IEEA 2ZGZA 4Z4CA 3NMUA 4JS5A 4A2AA 4BRCA 1KD1O 3L4IA 3D45A 1R0AA 3I33A 4B3SK 4DR1K 4XH1A 2HMPA 2AP1A 3NBPA 4B08A 2QMCA 1IH7A 4JRQA 1TVRA 1NM1A 1RT2A 4RW9A 3TR8A 1NOZA 3A0IX 3CF5L 4OX9K 4FWSA 5D7GA 2P9LA 3AGKA 1TAUA 4ZTFA 1KAXA 3ZLJA 3DJCA 1HK4A 1T3VA 3O1BA 1NWKA 3VQEA 3AVIA 1SQKA 3SAFA 4UQGA 3NGIA 1OH5A 3NGZA 1HX1A 2E1YA 5M1KA 3CPWM 2HNZA 3PIPL 1XNQK 1MA9B 3PSFA 2EX3A 4CHYA 1Y64A 2BXMA 3L2WA 3OJUA 1MU2A 2YNGA 2CKXA 3SQ2A 4GW6A 3VEWA 1JLAA 1RT3A 4B1WB 5E41A 4CJFA 4CEBA 1YJWN 1GOAA 4XH5A 3M99C 5A2QO 4CK3A 3L2QA 2BXKA 1BQMA 1C1AA 1NK8A 2ZM6K 1SL2A 3PY8A 4JK4A 2RE2A 3QEXA 3LDLA 4XH4A 4R5PA 4IG3A 1Q9XA 4BKEA 4F4KA 1BG3A 4JI7K 1TGOA 4JRPA 3GL1A 3WXLA 4Z4HA 4YDUA 4EFHA 4FPBA 1D9DA 4HUEA 2HHTA 2WC9A 5CYMA 3LP2A 4F5UA 3V81A 4F3TA 2YJEA 4ILGB 4BC2A 3S3OA 4CZKA 5EXWA 4CIFA 4LH5A 3FGUA 2OPSA 3V9ZA 1QHAA 3O3HA 2BXEA 2BXIA 5EX5A 1YXQA 3CC7N 3JAMO 3D0PA 2O8EB 1RDCA 4CJ5A 4BRNA 3UE5A 2O8CB 1L3UA 4X64K 3O4WA 1MA9A 3K5NA 4KRFA 3E9LA 4OTUA 3NF7A 5GAEP 4JI5K 3O5BA 3QIOA 5AQIA 4AM6A 4FL9A 3MEEA 2O4GA 1SL1A 5F2RA 2QWMA 4CF9A 1Q8IA 2VG7A 4C8MA 1HRHA 4BVPA 4CK2A 1TUUA 4CF8A 4DF4A 2YCHA 1TK5A 4FYDA 3OYNA 4CD3A 4NCGA 3HI0A 1VSLA 1IBMK 4GKKK 4RW7A 1K73O 1T6DA 5DMRA 4DV0K 4HUFA 3VA0A 2CH6A 1TK8A 5FRMA 2IIRA 1NJYA 4FWMA 3MAQA 1NGDA 5GIPA 4H5TA 2BXPA 4FJKA 1RNHA 3O4QA 5JICA 2I2ZA 1HK1A 1EKEA 2UU9K 1K8KA 4PKHA 5HL7L 4RWTA 1EO1A 3AAPA 2ITGA 4DV1K 4CVNE 4FLWA 4M42A 1RBVA 1A5XA 4E7IA 2QM1A 1BJ5A 1RGIA 1S9EA 3KD1E 2O8EA 1XUPO 3ZCMA 3AO4A 4O8KA 5AQUA 2OTLN 2YNIA 1P8ZA 2O8CA 3T19A 3MK6A 3ZX2A 1QSLA 1QQOA 4LSNA 4B9QA 3IG1A 2E2QA 4DTPA 4EZ6A 2HOEA 4FJXA 4A61A 3KLIA 4KREA 4AHTA 3D2EA 4DLGA 1RTDA 3NFAA 1WBDA 1JLGA 5K14A 1KW2A 5AQFA 1K8AO 4DHXB 2Z1HA 3AVCA 2GUIA 1QVFM 3AVJA 2BGGA 4O0IA 5BR9A 1EWQA 4X62K 5AQQA 3QBXA 2A3ZA 2VYPA 2X6SA 3J7YP 4YY3K 4MDAA 2IOCA 1VQMN 1Z6RA 3LAKA 2YHBA 3KK7A 2BXCA 4ZCGA 1NBWA 1VSJA 3WNHA 2UXCK 1SKSA 4NB4A 1S3XA 3CJBA 1J5EK 3HP6A 3V1QA 4F5VA 2NRXA 3BF3A 1XC3A 1QSSA 4Q5VA 1JCFA 4CHPA 1XI1A 3E01A 2PYJA 4O0JA 3P1GA 4OKJA 1ZBFA 3ZSYA 5FDLA 2ZD1A 3C6AA 2X6NA 3HT3A 4BC4A 4S1YA 4CBUA 2UYTA 4FCYA 4YDUC 1N34K 3WQUA 4A2BA 4CJUA 1IV0A 2OTJN 1MM8A 4DR5K 1LAWA 4CE9A 1HPZA 4CJRA 3G10A 3DMJA 4PKIA 1OVQA 3VQ4A 3NH1A 1D9FA 4IO9L 1MDUB 4JAXA 1VHXA 4JEPA 3A2FA 4LB2A 3OS2A 5E26A 2HHSA 4LFBK 4ILJA 4DR3K 1WBBA 4B3RK 3C65A 3I0RA 2Z8IA 4BROA 1JCEA 4FJIA 3NDKA 4DM0A 3C6HA 4JKCA 3GQXA 1I94K 4K8ZA 5CYQA 4FW2A 1S6QA 3K9JA 1GLBG 1HPMA 1S22A 4H0YB 4YOUA 4KO0A 3W1SA 1N6QA 1V4TA 1E78A 1BA1A 3ITHA 4K2CA 4JKAA 3DXKB 1JXEA 1X9MA 4EHTA 1CZAN 1NGCA 1N5YA 2KQ2A 4BRHA 5LL6Z 3SMSA 1C0MA 3CJ9A 3ZYYX 5HOZA 1RDWX 3O9SA 1YVUA 4DTSA 2VWKA 4J2VA 1DKGD 4BRQA 2EWSA 1OH7A 4NXMK 1TL3A 1KLMA 3J8AA 4EMXA 1S72N 2XSIA 3AGRA 4N0UD 1NGAA 1TUYA 4DTXA 4AHSA 3K5OA 1RT7A 3CCEN 4V19S 3VGMA 4NCBA 3M1FA 1E7EA 1EP4A 3MECA 2HHVA 4DSLA 1LCUA 3CQYA 4BR4A 3CFRA 4CIGA 1KAYA 4EZ9A 3GBTA 3RR7A 3LDPA 1MIVA 3F9MA 1SAZA 3SUQA 1Z26A 4GVEA 5AZJB 4LUFA 3SUOA 2DBXA 1KDXA 3SQJA 3TU5A 4DWIA 3DYAA 3ID8A 3J7ZO 2QA4N 4ELTA 3H08A 3SUNA 5AQOA 4NAWB 1W9HA 3RMAA 1QQCA 1HUXA 1BIUA 4BE1A 3N4PA 3ZT0A 2W6KA 4WE1A 2FBTA 4FSVA 3TABA 1DTQA 1FOUA 4KB1A 1YTAA 3MN7A 3TSQA 4DS4A 2P9IB 1WAFA 3QESA 4X65K 3EKSA 1J7EA 2YHXA 5LMUK 3C7NB 2FSKA 5BPNA 3MWPA 3KK2A 4YOYA 3UIQA 1SUQA 3JQZA 3UB5A 4MLHA 4CD1A 3H1QA 1YHQN 3A75A 5HRRA 4JI8K 2D0CA 2Q1NA 3PSIA 4DS5A 1W2BM 3O4NA 3O08A 4DTRA 1VK0A 1BA0A 3J7AP 2OZBB 4I9QA 3HP9A 1VQNN 1RBSA 4DQSA 4BRKA 5C15A 4JS4A 5FRNA 4YHHK 4RTFD 5BREA 2Z8KA 2VWBA 3TAPA 2HHXA 1NOYA 3DXMB 3ZEUB 4LH4A 4K41A 2AJEA 1VSHA 2YI1A 5IJ5A 1NK7A 4IFEA 4C8LA 5KPTA 4J2BA 4KI6A 5EOYA 3A5NC 3MCPA 3DI6A 3PUFA 3LU8A 4CJLA 2Q36A 5BRDA 3KLHA 2JWLA 2ZGYA 3AO1A 3VENA 5KGWA 3ZT4A 1NK6A 3PV8A 4LB9A 2P5OA 3C7NA 4N5SA 5IIXA 4ID1A 3KK1A 2A1RA 4KTQA 1FXXA 3SUPA 1WNSA 1ASWA 2OCEA 1RT5A 3ENBA 4KHNA 4PWDA 1H5WA 3QNOA 4CIEA 3KIKA 3AY9A 1T8EA 5MLCQ 1KFDA 3IUCA 1VFIA 1KTQA 4FJGA 4YORA 1GLCG 2VDBA 1VQPN 3I56N 3QFPA 3NH2A 1X1PA 3VQBA 3IFRA 2GWJA 3VEOA 1E7HA 3WXMB 3MXJA 2HHQA 1HNZK 1HJOA 1WAJA 2I30A 3FWCC 4H03B 1SL0A 5LY3A 1S1VA 2Z1JA 3VGLA 1VRTA 2F9TA 2J4RA 5AR0A 3ZX3A 1X9SA 3WNGA 1BKEA 1LWEA 3C94A 4ILHA 4U7BA 3EYZA 4JK9A 1RT1A 3BUZB 3PLAA 4IW2A 2D4WA 4DSIA 4M41A 3CCJN 4DR4K 1C1CA 1U45A 4N3ZA 1B9DA 3R8EA 4Q0BA 3C6UA 1WSJA 1GLFO 1DTTA 3V03A 1JLBA 3C95A 4GVMA 4EHUA 1GLDG 1HQEA 2XY8A 2V7YA 3CJ7A 2BE2A 4W5RA 4KHPK 3QNNA 4WFBL 2YHAA 4ZUXV 4E7JA 4OKEA 1MIWA 2VQEK 1K9MO 2HF3A 2QWLA 4DSJA 1KAZA 3ZSXA 3VQIA 3EY1A 4CEQA 1HK2A 4W5OA 3M6GA 3E9PA 4KI4A 4A59A 4IW1A 1BQNA 4B9UA 3WXKA 1LWFA 4NO7A 3VESA 4FWLA 4H0VB 1IBKK 4B3TK 1RBUA 2FSJA 1VQON 4BVOA 4HTUA 3H1VX 1AO6A 3CCRN 4B9SA 2EFCA 3AVAA 3TAGA 1JNBA 3I55N 1XHXA 3OYLA 2NZTA 2P9NB 4FJ5A 1SZ2A 3L4QA 1TKTA 3H3NO 2XW1A 4BQZA 3I8DA 1O13A 1E3MA 2F4VK 1SB0A 1NKBA 4F5TA 4QS9A 1Z05A 3DLKA 3G25A 4RW6A 1NJIO 3N4QA 4F9OA 3M5RA 4FM1A 2OPPA 3SAGA 5J2PA 2LQHA 4OR0A 2WTUA 1KCFA 3L2UA 3VEZA 1IG9A 1RTIA 4WFNL 4DKWA 3JXUA 1G99A 1OKJA 5SWMA 2G8KA 1BCMA 1BUPA 1SS6A 3SYZA 4L9KA 4EIAA 3HXMA 3CCQN 4M3UA 1I39A 4GDKB 4JK8A 4GV3A 3DAWA 3THWB 5CHIA 3J80O 4J2EA 2KKZA 2JUHA 3HBTA 1HKBA 5FROA 3SV4A 2DFHA 5AQKA 4KB0A 4CZHA 4FO0A 2Q0UA 1UOCA 1Z25A 4EP5A 1J9AA 4FK5B 1UWBA 2FBVA 3TAFA 1OH6A 2ZJRL 2P9NA 1LWCA 3T69A 2HBMA 4KH5A 4CERA 4DB3A 5KPRA 3AVKA 2F8SA 3WUHA 1E4FT 4KFBA 4OKKA 3O9RA 3OBYA 1IJJA 3OYJA 4BDZA 5C10A 1VQ8N 5IT9O 4H4OA 3MN9A 4M3WA 2P5GA 4N56A 1TKDA 3HO1A 2FF3B 4FW1A 5D3GA 3WEEB 4KV8A 4Z94A 2HHHK 1DEJA 2QK9A 2DY4A 3LP0A 5EVZA 2HVIA 3WHRA 4PY5A 3PIOL 2W42A 4NXNK 1NGEA 3KZBA 2QKKA 4CFAA 4K8XA 4C8OA 3FLCO 2Z8JA 3S3NA 3EZ5A 4CJEA 1U04A 3CM5A 3VETA 3RRGA 5BN8A 3P38A 4WQ5C 3ZT2A 3MN6A 3MDQA 4Y1CA 2OYQA 3MHSB 1SKWA 1NGBA 3OTOK 4TQ0A 4KH6A 4GMJB 2QWOA 4WF9L 3BEXA 4R79A 1TL1A 1A5VA 2NLXA 1BHLA 2Q31A 4KHUA 2BXNA 3IKMA 3VEXA 2HBJA 3KWIA 2HB5A 1KVAA 3ZSRA 1YT3A 1UA1A 3QDKA 2RF2A 1WLJA 3THXB 3KTQA 5HOOA 1T44A 3R9PA 1N36K 3B9LA 1QZ5A 4DV6K 4F2SA 4LF8K 3CX9A 2DG5A 4HGKA 3L2VA 3AO5A 3CI5A 3LWLA 4CGHA 1EXQA 4B9MA 2XVQA 1D5AA 1GOBA 2IDOA 3K9KA 4BG9A 3V9WA 3HVTA 3CYMA 4FJHA 4CGFA 1NT2B 2NRVA 3AVBA 4RG8A 5CZ2A 1T05A 3MEGA 4WCEL 1N32K 2QEXN 4I6MB 3KHYA 2O8DB 1VZSA 1VSMA 3K58A 4CFBA 1NK0A 2FXUA 2RPIA 4CGIA 3AVMA 5BPKA 2QW9A 1MWKA 3LDOA 4B8CA 4ZBKA 4FPAA 3P39A 4OPKA 4CZMA 5HBMA 4E1NA 3IAYA 1WSHA 3UKUB 4BY9C 4KH4A 1IKXA 4FWOA 4DTJA 5AQHA 3RMBA 4H0OA 5AZIB 1ZYQA 4G04A 1WSGA 1L3SA 3AA4A 4IO8A 4ZBQA 5B8HA 2NUBA 1ZC6A 3E66A 3SV3A 3THXA 3A8YA 4HTLA 3O6WA 1S1WA 2F9WA 3E1YA 3R6MA 4CEAA 2PY5A 4H4MA 3LALA 2KZMA 5M1FA 3CCLN 1VQ9N 4B1VA 2D0AA 4Z69A 1TAQA 1XQSC 4CJ3A 2DYOA 5AJ3K 3QEIA 1C6VA 4IOXA 1BGXT 4YOXA 4IWVA 5CY4A 3TSPA 3M8RA 4A62A 1YAGA 4O55A 1O9XA 4DQPA 3OVNA 3Q7CA 3NF8A 4KHSA 3QETA 1TKXA 4CFDA 3CCUN 3D6RA 4E1JA 3AA5X 4CGDA 4I6MA 5BPLA 4ZC6A 2KLAA 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4MLHA 1HLUA 3BP8A 3U4LA 3H1QA 3A5OC 2DBUA 4CD1A 3A75A 1YHQN 3GDQA 4BC5A 4YOTA 2Q1NA 3VERA 4ZBRA 4A5BA 1K8KB 1W2BM 2JWKA 1YF5L 5C0YA 2D0OA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NMU A;  5GIP A;  1NT2 B;  2OZB B;  3NVM A;  3GQX A;  3NVK A;  5GIN A;  3PLA A;  3ICX A;  3SIU B;  2NNW A;  3ID6 A;  3SIV B;  4BY9 C;  5GIO A;  3NVI A;  3T7Z A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YFU A;  4B3O A;  2DYM A;  1RTJ A;  4FZZ A;  4KBO A;  2I7P A;  1U4B A;  3QEW A;  4B1X B;  4C31 B;  3AO2 A;  1F21 A;  3AVF A;  4JKH A;  1CLQ A;  4I9L A;  3UIV A;  3THY A;  1XHZ A;  4K0K K;  2PZS A;  1YTU A;  2GTD A;  2PFU A;  1E7G A;  3M8P A;  5J2N A;  4B9V A;  2E8A A;  2VG5 A;  4YOW A;  1RIL A;  5GAH P;  1A5W A;  2HF4 A;  1GOC A;  3RSE A;  5H1S Q;  3M8Q A;  3SI6 A;  1YJN N;  3ULE A;  1KQS M;  2VUE A;  4WA6 B;  3BPJ A;  2ZQB A;  1C1B A;  3EE8 A;  4BDY A;  3HK2 A;  2VGN A;  4FK2 A;  4JLH A;  3AAR A;  2F96 A;  2Q0R A;  3VQ9 A;  5KPZ A;  1CZ9 A;  4DLE A;  2QXL A;  3CPE A;  1CXU A;  4HHT A;  1JLF A;  2WUS A;  2EFD A;  3G9K D;  4C1N K;  3RRH A;  2QTD A;  1JLC A;  2VG6 A;  5BN9 A;  4CW7 B;  1I3A A;  2UXB K;  4AHU A;  1QZ6 A;  4F8R A;  3PX0 A;  4HUG A;  2AJQ A;  3SQ1 A;  4CHN A;  3T7Z A;  1ITG A;  2CH5 A;  4O5F A;  4IEE A;  2ZGZ A;  4Z4C A;  3NMU A;  4JS5 A;  4A2A A;  4BRC A;  1KD1 O;  3L4I A;  3D45 A;  1R0A A;  3I33 A;  4B3S K;  4DR1 K;  4XH1 A;  2HMP A;  2AP1 A;  3NBP A;  4B08 A;  2QMC A;  1IH7 A;  4JRQ A;  1TVR A;  1NM1 A;  1RT2 A;  4RW9 A;  3TR8 A;  1NOZ A;  3A0I X;  3CF5 L;  4OX9 K;  4FWS A;  5D7G A;  2P9L A;  3AGK A;  1TAU A;  4ZTF A;  1KAX A;  3ZLJ A;  3DJC A;  1HK4 A;  1T3V A;  3O1B A;  1NWK A;  3VQE A;  3AVI A;  1SQK A;  3SAF A;  4UQG A;  3NGI A;  1OH5 A;  3NGZ A;  1HX1 A;  2E1Y A;  5M1K A;  3CPW M;  2HNZ A;  3PIP L;  1XNQ K;  1MA9 B;  3PSF A;  2EX3 A;  4CHY A;  1Y64 A;  2BXM A;  3L2W A;  3OJU A;  1MU2 A;  2YNG A;  2CKX A;  3SQ2 A;  4GW6 A;  3VEW A;  1JLA A;  1RT3 A;  4B1W B;  5E41 A;  4CJF A;  4CEB A;  1YJW N;  1GOA A;  4XH5 A;  3M99 C;  5A2Q O;  4CK3 A;  3L2Q A;  2BXK A;  1BQM A;  1C1A A;  1NK8 A;  2ZM6 K;  1SL2 A;  3PY8 A;  4JK4 A;  2RE2 A;  3QEX A;  3LDL A;  4XH4 A;  4R5P A;  4IG3 A;  1Q9X A;  4BKE A;  4F4K A;  1BG3 A;  4JI7 K;  1TGO A;  4JRP A;  3GL1 A;  3WXL A;  4Z4H A;  4YDU A;  4EFH A;  4FPB A;  1D9D A;  4HUE A;  2HHT A;  2WC9 A;  5CYM A;  3LP2 A;  4F5U A;  3V81 A;  4F3T A;  2YJE A;  4ILG B;  4BC2 A;  3S3O A;  4CZK A;  5EXW A;  4CIF A;  4LH5 A;  3FGU A;  2OPS A;  3V9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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