5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
3ID6A 5GIOA 1NT2B 3NVMA 3PLAA 3SIUB 4BY9C 3ICXA 5GIPA 3NVIA 5GINA 3NVKA 3NMUA 3T7ZA 2OZBB 3GQUA 3GQXA 3SIVB 2NNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UAXA 2UU9K 4DLEA 3SAGA 4IOAL 3SUNA 2YJEA 2O8EA 1VSHA 1LOTA 4CEOA 5EVZA 3T3FA 3TAGA 2LQIA 2FSKA 1SKWA 1VRUA 4KO0A 2QWLA 1P90A 3IFRA 4YOUA 2IDOA 4H5RA 5GADP 1ESVA 3PY8A 1RDWX 1JLFA 3TANA 3T19A 1EWQA 1TKZA 1XQSC 3FR0A 2BXDA 1JNBA 4CK1A 2PYJA 1BKEA 4F9OA 1J78A 1T03A 3NCIA 4IOXA 3ZX2A 1HR0K 4W5QA 3DXKB 1QTMA 2YHWA 3QO9A 4BDYA 1VRTA 3CCVN 3QICA 1NK5A 2RN2A 3I8DA 1TAUA 1Q7YO 3DYAA 3HI0A 4I9LA 4FJNA 4DV1K 1TKXA 1X3MA 3T1AA 3OYHA 3E66A 1YHQN 2J4RA 4BDPA 4ZBQA 2YHXA 3TAMA 2Q36A 5EY4A 1SKSA 4FM2A 1JLEA 3SZ2A 3FNMA 4E19A 5GAGP 5CE3A 3PLAA 4I9OA 4HUEA 4CJLA 1N32K 1J6ZA 4E7HA 1HPMA 4B9UA 4YOVA 1VQLN 2E1YA 5GHKA 3BP8A 2E0XA 4B3OA 2P9NB 4LF9K 2KTQA 2A41A 3OY9A 4KHWA 1WUAA 4K0KK 2RKIA 4CHOA 1KDXA 1HNXK 4DV3K 1ZBSA 3OS2A 1X3NA 1C6VA 3L2VA 1GLBG 2D0AA 1XMQK 4FJLA 2OCEA 5BPKA 1QSSA 2NZTA 4C1NI 4DCHA 4AQYK 4DUYK 4F5TA 3A73A 3O3HA 1MU2A 2ZJQL 5IJ5A 3SJJA 3C95A 2JWKA 4G04A 3C0BA 3P4IA 3K5LA 2BXNA 3HZ6A 4I2QA 4E0DA 4BRNA 4QOZB 3DLHA 4CGJA 4FWOA 4LUHA 3CM5A 4CIEA 4OR0A 2HB5A 2E6MA 5FUOA 1QS4A 4G9ZA 4FLVA 1RNHA 3WT0A 3ZT0A 2P5OA 1BL3A 4H5TA 1NNEA 2A40A 4N76A 3G9KD 3R9PA 1GLAG 1VQKN 4KI6A 4KTQA 4B9NA 1L3UA 4BC3A 5LJWA 1HK3A 3NGZA 3BEXA 3KZBA 1VSEA 3SQ4A 2HHHK 2DYMA 3CC4N 3B9LA 5M1OA 1L5UA 1QVGM 3CYMA 3LU6A 4PY5A 4CZFA 2AP1A 2HW3A 3SIUB 1U2VB 1MUHA 2W6KA 4KV8A 3LALA 5C12A 4DKWA 3AVMA 4OPHA 1CZ9A 1N34K 3BPJA 3NF6A 4CGDA 1JL1A 3A5LC 1JLQA 1E7CA 2QWQA 4DSJA 1HQUA 4BQLA 3IMXA 3OJSA 4H8KA 2NLXA 4BWMA 4FLWA 1C1CA 2OTLN 3V03A 1NG9A 1UA1A 3SNNA 1S72N 3WHSA 1REVA 4JS4A 1BIZA 3BDPA 3AVFA 3WXIA 3AVKA 3QERA 3A0IX 2QWNA 3F5TA 2P9IA 4JI2K 3LPUA 4AHCA 4B9SA 4GKJK 3ECPA 1UORA 2ITMA 3RVCA 1E7AA 3ZETA 2OTJN 4O0IA 4FWNA 3M5RA 3AVCA 1RDCA 3K0SA 2OYQA 1D5AA 5I9EB 1RBTA 5BREA 3WHQA 3IAYA 3LDPA 2KBZA 1BG3A 2IVOA 2WONA 3FZKA 3U4LA 3N4QA 3VQ5A 3GDQA 5KQDA 3OYEA 4DSEA 3LZJA 4DF8A 4QCLA 4YHHK 4BDZA 5LY3A 4DSLA 1T6DA 4WCEL 2FF3B 3CCUN 3CETA 3P83D 4KI4A 4FSVA 5DM6L 1WSEA 4PWDA 3GL1A 5BR8K 4O0JA 3J7AP 3RSEB 4FWLA 5CR4A 3E1YA 2HVIA 4RG8A 3AVAA 3ZLJA 3QNNA 1TYQB 4CJRA 3AA2A 3UIQA 4M41A 4OTUA 4Z4GA 5FRNA 2NUBA 4JKBA 2F9TA 5FROA 5KPTA 4YDUA 3T1YK 3SYZA 5ADXH 1RT3A 3ZSOA 2OPQA 1LV5A 1KRPA 3G0ZA 3LM9A 1L3VA 1SL0A 2XW0A 4A2BA 1JCEA 1SZ2A 3CIPA 3ULEA 3TR8A 3ZSWA 4CE9A 3ITHA 5HRNA 4WQ4C 3NHGA 4CCHA 1S6PA 2BXCA 4CJ7A 4H0XB 3MXIA 1MA9A 1D4XA 4Z94A 3HVTA 1TL3A 2FSNA 1C0GA 4M3XA 2P9UA 1KC8O 3VQ8A 2P9KB 2E2QA 3M8PA 4FIPB 2F7TA 3ATUA 4BR7A 5JMVA 1JLBA 3AA5X 1W9HA 3BZCA 4CW7B 4DM0A 4JN4A 1G15A 5M1KA 1F21A 3VQEA 3F9KA 1TK8A 3DOKA 2BXHA 3AVIA 5EOYA 3HM8A 1J7EA 3LM2A 4LB9A 2D5RA 3GOIA 2IC3A 1HMVA 3HTVA 4CHZA 4B9LA 1ZBUA 4AM7A 4X62K 1R59O 2Z1IA 4BRFA 4B9TA 1LOTB 2QXFA 2NRXA 3L6QA 4LFAK 3AA4A 2Z8JA 1GLFO 4RWTA 2PZSA 1HA2A 4PKGA 3U3GA 4CJFA 4FJ8A 4MBEC 2OZSA 5HLFA 4C8NA 5ELZA 4JKHA 5KGWA 3THVA 3O8MA 4GDKB 4CEFA 2EHGA 1WBBA 1BO5O 1S3XA 4AM6A 1ASVA 2BXLA 1HNWK 4WQ5A 1KVCA 1BJ5A 5M1NA 3LP0A 3L2RA 3V4IA 1GLLO 1RT2A 1XUPO 4KH5A 3LP1A 4CF8A 2JGUA 4ELTA 4J8FA 2X6SA 3EO3A 3TSUA 5IIXA 4CJUA 4BGBA 4J2BA 3HJFA 2YHBA 1GOAA 3MECA 2W40A 3IDHA 3IG1A 2V51B 2XSIA 2V7YA 4CEBA 3NMUA 4C23A 3JRYA 5IFOA 2P51A 5IIHA 5KPRA 3VQDA 4GDXA 1H1VA 3R1XA 3VQAA 1E7FA 2P9NA 4JD2B 4CGGA 3AO1A 4JKCA 5AQSA 4CD1A 2NRRA 1T8EA 3OYKA 4FJGA 5J2PA 1BOTO 1E3MA 1IO2A 4DV7K 3EZWA 1XWLA 4CF0A 1IJJA 3WNEA 3PX6A 3VQCA 2BXIA 4FWPA 4B1VA 3TWHA 1NM1A 4L3QA 3VTHA 1SB0A 5FPNA 1TUYA 1BCMA 3HO1A 3AGRA 3HK2A 3FE1A 4DQSA 4KHPK 1CXUA 3CCRN 4YOXA 1VSKA 2F9WA 4XIUA 1D8YA 2HBLA 4LFBK 3LANA 3JQZA 2VQFK 4O5BA 4FZXC 1TF0A 5LL6Z 3JAMO 1FW6A 1OH8A 4OLBA 3DRPA 3P1GA 1C1AA 4FLTA 4WYBA 3VEZA 4CEZA 1HJOA 1K9MO 1JCFA 1RILA 4DSFA 2AA4A 3T7ZA 3SCXA 2FSJA 4DR3K 3SV3A 3ZT3A 5BRHA 2PFUA 1VFIA 1AO6A 5AQOA 4E99A 4CZMA 3VPZA 2VG7A 2G8HA 5JVGL 1VZSA 3H3AA 4JI0K 4LH4A 1YJNN 2QW9A 1HK1A 3WUHA 2I7NA 4DSIA 2H3GX 3OBWA 2CH5A 5EXWA 4CF1A 1VQ8N 5DMRA 1VQ6N 1NK8A 4G01A 4NO7A 5HBMA 5SZTA 4JKDA 2E2OA 4F5VA 3IKMA 3GQXA 2GEMA 4CZIA 3IRXA 4CZGA 3H45C 3O4NA 3M3ZA 4C8OA 3EYZA 2ASPA 4NCAA 2XVVA 2QI2A 3D6RA 2BXEA 1HLUA 1RBSA 4B9MA 3VOVA 3K5OA 3LPTA 4AF1A 3QIPA 3SLCA 4FO0A 4CEDA 1TUUA 3KVGA 5AQIA 3MWTA 4I7FA 4BG8A 5I3UA 1JJ2M 5M1QA 4FWSA 4WFAL 4BQZA 3TDLA 2FBXA 2DBXA 4IG3A 5AJ3K 5AQJA 1QZ5A 1GOBA 4FZZA 3DLKA 5CZ1A 3ZETB 5FLXO 3AVLA 4K71A 1KXPA 3SQ0A 3E9OA 4IXCA 4JK4A 2F4VK 4BR0A 2D4WA 1MUSA 3HBTA 2OA8A 5D7GA 4AILC 5BPNA 3AVJA 4DV6K 3WNGA 4NXMK 2LSNA 1S9GA 4GV9A 2UXDK 4Z4IA 4JV5K 2O8CB 3O08A 3D0PA 1VSLA 3L3VA 5AFUA 4JK8A 1MIVA 4IO8A 1Z6RA 3VMFB 3ZSQA 2I30A 2X78A 3BUZB 5JLFA 3RSEA 2XW1A 3VQQA 4W5TA 3AAPA 4K43A 4EZ9A 1NMDA 3KK7A 2KWFA 5CYQA 3KKRA 4F2RA 4CZKA 2RF2A 4DHXB 3SMSA 1NWKA 3QIOA 4ISGA 4CFBA 4YY3K 3O80A 4HHTA 4B3RK 3O3GA 4DF4A 5AQMA 2Z1GA 3SQJA 3OYFA 4IEEA 3V9XA 3Q7BA 3KJLA 4NCGA 4Q5VA 2Q31A 5KRTA 4NYNA 2HHWA 5IT9O 4MLHA 3ICXA 4MO5A 5KGXA 4CECA 1I39A 1IKWA 1LAWA 3SK3A 5GIPA 4NB4A 4A2AA 4Z0UA 3WNHA 3OJUA 4EIAA 1KAXA 4KBOA 1J54A 2BTFA 4OLAA 3VF6A 4DQRA 4K42A 4BRPA 1NK6A 1HNVA 1VHXA 2BUPA 3C65A 5AQYA 4NXNK 2O8DB 4NCBA 2A3ZA 4PKHA 3A8YA 3HYFA 3OYCA 1A5VA 3D45A 4OKKA 2IOCA 3BF1A 1IJGA 1DKGD 2P5GA 2D0PA 4JI4K 4M3UA 2RPIA 2WC9A 3NGYA 4IJNA 2CKXA 3MX2A 4A59A 3MX5A 3O9QA 3KD5E 1E78A 1EWRA 2KZMA 3NH1A 4YORA 4FOEA 4DTMA 1B9DA 3NH0A 5C42A 2A1SA 4JKFA 2Z8IA 1C0MA 3QEPA 2PBDA 2Q1NA 1BHLA 3V81A 1C0UA 3C7NA 3U8XA 2PY5A 3VQPA 1WLJA 2DYOA 3FFIA 4ZHRA 4FCYA 2BXGA 3NDKA 4LD0A 3O1WA 1ZXOA 5JS1A 3P39A 3I33A 3B8AX 4JI6K 1HKGA 3MEDA 3TTFA 1GOCA 2Q3SA 4C8LA 2DFEA 5BN8A 2JWLA 2G8KA 2VDBA 3DLEA 3QMLA 1WSFA 1K6YA 3V1RA 1IBMK 3DRSA 5LJVA 4LF6K 2OT3A 2GUIA 3ZX3A 2XY7A 4CBUA 1JXEA 3G6EN 2W6LA 1OKJA 4YOTA 3MN9A 5AZJB 1S1XA 4QS7A 3L2WA 2GTDA 1BU6O 3CXCM 4DR1K 2P9LA 4JD2A 5BRFA 1ATNA 3V1QA 3LWMA 4WFBL 5AQVA 4TSXA 2B6AA 4H0TB 4UY8O 2F8SA 5JLHA 1BIUA 4K8XA 2E20A 4DB3A 2QWOA 1VSDA 1WOQA 3M99C 4A57A 1ILYA 1HK2A 3CJCA 5AQWA 2G8UA 4BROA 3BF3A 3FLCO 1LW2A 3EE8A 2YI1A 5C0YA 4I2PA 4CEQA 5HL7L 1EX4A 4BVOA 4O8KA 4C1NK 1RCHA 5KQ8A 1QVFM 2G8FA 3CFPA 4RTFD 4JK7A 1VSIA 4BE1A 2RHKA 2W42A 3MXMA 2RE2A 2BXOA 3CJBA 4M42A 1M1KO 1WBDA 1HYVA 1YJ9N 1HRHA 3UB5A 2EWSA 5DBYA 1EETA 3O4QA 3OYNA 4DLGA 2ZM6K 3GE1A 1S1TA 3J81O 4OGCA 1HYSA 4B08A 1EO1A 4BG9A 4IO9L 2X74A 2FBTA 4OTTA 4EFHA 1NK4A 2BXPA 3DJCA 1O9XA 3ZYYX 4L8RB 2P1JA 1HQEA 4N3ZA 3DI6A 4CJKA 3I8BA 3LZIA 3M6GA 2K0NA 2FLOA 3ALYA 1G99A 4N56A 2YNHA 1A5XA 1QHAA 4CZJA 3CX9A 4OX9K 2VWKA 3BGRA 4B3SK 1OH6A 4E1JA 3KHYA 1KSPA 3AVGA 1EQYA 3H08A 1VSFA 1JLCA 2ASMA 4JKEA 4J2AA 3OYMA 4J2DA 4DTJA 2E5LK 4BRIA 1TV6A 1T6CA 2KHOA 3THYA 3I0SA 4R79A 4FJKA 5MLCQ 5KI6A 5JVHL 3H1VX 1XMOK 1YVUA 4OPKA 3C6AA 2KZZA 5HROA 3K57A 5J2QA 3MN7A 1NU0A 4F3TA 3V6DA 4HUFA 3AO2A 3V1OA 1TXUA 4DMNA 1S1WA 4KPYA 2O8CA 5E84A 3QFUA 4DV0K 2O4GA 3VA3A 3VEOA 1B9FA 4DQ8A 1W0HA 5F1XA 4BRKA 4F4KA 2OPPA 5AQZA 4FLZA 1YTUA 3V09A 3E01A 1MM8A 1WNSA 2HHSA 2DPNA 3S3NA 3FFKB 3VERA 1OVYA 3OVNA 1Y64A 1J5OA 5AQGA 1NK9A 1O13A 1BQMA 3VEVA 4CJWA 4CHQA 4IW1A 2ZD1A 4ICLA 5JS2A 3VEXA 4JAXA 1U48A 4K41A 1IH7A 4FWRA 1C0FA 4F8RA 4O4GA 3J80O 4FK4A 3TARA 5FDLA 4ZBRA 2ZJRL 2CH6A 2NRWA 3DOLA 3LWLA 1KVBA 2KFZA 2HHTA 3MWPA 4BREA 4W5RA 3RTVA 4IBNA 4BC5A 4LY7A 4DFJA 1NMNA 1WN7A 4O55A 1ZBHA 4ID5A 3L4IA 1IKYA 3TPQA 3CFRA 1ZBLA 1NGDA 3SBGA 5M1PA 1BQNA 5BPMA 1MWMA 4JRQA 3QETA 2O8DA 3A5OC 4BRDA 1HUXA 3UKRA 3KIOA 3BZKA 5CY4A 4FZYA 3VQ7A 3VTIA 4JLHA 3EE9A 1GNIA 3VQ6A 4DQQA 3CERA 4BR2A 4ISEA 3O5BA 3WQUA 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2D0BA 2O8BB 5J2NA 3QESA 2F96A 2YKNA 4DU4A 3MEEA 3P31A 1KTQA 3LAKA 2LXTA 4A5BA 1S5JA 3O3FA 2QK9A 3K5NA 3LL3A 3EEQA 4HGKA 5JICA 1K8KB 1C0TA 1EKEA 5CYMA 5AZIA 1VSJA 1W97L 4E1NA 1BM0A 3WHRA 3MK6A 4QS9A 4WFNL 2YKMA 3C6TA 4HCBA 2QA4N 1WSIA 3JS6A 3MAQA 1SKRA 3S3OA 2ATQA 3ZX0A 1FJGK 4IOCL 5AR0A 4H0PA 1HX1A 1E7BA 1ATSA 4M3RA 3OTOK 2HMPA 4BC2A 2B4JA 1Z26A 1S9EA 2IVNA 1N36K 3HOSA 1T05A 4MDAA 4K8ZA 3WEEB 5M1FA 1N8RO 1NBWA 4AHUA 1XHZA 2DFFA 3WQTA 1KAYA 3D2FA 4IKFA 1QHTA 1HKCA 2NRTA 2UXBK 2DTUA 2YNIA 3ZSZA 3QEIA 2X6NA 3CJ7A 1JL2A 3MMVA 1NKBA 3TAFA 1V4TA 2AJQA 2LXSA 3A2FA 5SWMA 1P8ZA 1J9AA 2GBZA 4RW8A 4E1MA 2NRZA 3VGKA 4BRHA 3THYB 1KQSM 4AHVA 2F8TA 4FL9A 3RMCA 4TQ1A 3VESA 1ZYQA 4DTSA 4DFKA 1DGKN 3EKUA 3DLGA 1YXQA 5KPZA 3L0QA 5AQNA 2DBWA 4D7XA 1GLCG 4CK2A 3NVIA 1NGFA 1LWFA 3OYBA 2HF4A 4H5NA 4MDBA 4KH6A 4CJTA 3T69A 2NNWA 1TK0A 3VN5A 2IS3A 3AVBA 4IG0A 3K59A 3TTCA 3O4WA 1UWBA 5E41A 3HVRA 1N5YA 3CJ1A 4CVNE 1RT7A 1BGXT 1V4SA 1U4BA 4KREA 2VQEK 2ZGYA 2EFEA 3KKSA 4LSNA 1CZAN 4CZEA 4ILJA 1BCOA 1TKDA 3OW2M 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  5GIO A;  1NT2 B;  3NVM A;  3PLA A;  3SIU B;  4BY9 C;  3ICX A;  5GIP A;  3NVI A;  5GIN A;  3NVK A;  3NMU A;  3T7Z A;  2OZB B;  3GQU A;  3GQX A;  3SIV B;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UAX A;  2UU9 K;  4DLE A;  3SAG A;  4IOA L;  3SUN A;  2YJE A;  2O8E A;  1VSH A;  1LOT A;  4CEO A;  5EVZ A;  3T3F A;  3TAG A;  2LQI A;  2FSK A;  1SKW A;  1VRU A;  4KO0 A;  2QWL A;  1P90 A;  3IFR A;  4YOU A;  2IDO A;  4H5R A;  5GAD P;  1ESV A;  3PY8 A;  1RDW X;  1JLF A;  3TAN A;  3T19 A;  1EWQ A;  1TKZ A;  1XQS C;  3FR0 A;  2BXD A;  1JNB A;  4CK1 A;  2PYJ A;  1BKE A;  4F9O A;  1J78 A;  1T03 A;  3NCI A;  4IOX A;  3ZX2 A;  1HR0 K;  4W5Q A;  3DXK B;  1QTM A;  2YHW A;  3QO9 A;  4BDY A;  1VRT A;  3CCV N;  3QIC A;  1NK5 A;  2RN2 A;  3I8D A;  1TAU A;  1Q7Y O;  3DYA A;  3HI0 A;  4I9L A;  4FJN A;  4DV1 K;  1TKX A;  1X3M A;  3T1A A;  3OYH A;  3E66 A;  1YHQ N;  2J4R A;  4BDP A;  4ZBQ A;  2YHX A;  3TAM A;  2Q36 A;  5EY4 A;  1SKS A;  4FM2 A;  1JLE A;  3SZ2 A;  3FNM A;  4E19 A;  5GAG P;  5CE3 A;  3PLA A;  4I9O A;  4HUE A;  4CJL A;  1N32 K;  1J6Z A;  4E7H A;  1HPM A;  4B9U A;  4YOV A;  1VQL N;  2E1Y A;  5GHK A;  3BP8 A;  2E0X A;  4B3O A;  2P9N B;  4LF9 K;  2KTQ A;  2A41 A;  3OY9 A;  4KHW A;  1WUA A;  4K0K K; 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