5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3NVKA 2NNWA 3T7ZA 2OZBB 3NMUA 3ID6A 5GIPA 3NVMA 3ICXA 1NT2B 3GQXA 5GIOA 5GINA 3PLAA 3SIVB 3GQUA 4BY9C 3NVIA 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVGM 2A1RA 3NCIA 1GOBA 1QHTA 1RGIA 3DOLA 4V19S 1KLNA 3CX9A 1C0UA 4CEAA 1NK0A 4AH9A 4CW7B 1M90O 1BL3A 3ZX2A 3OW2M 3C6AA 3E9OA 3ATUA 3WXMB 4IDHA 1B9FA 3QEVA 2XY5A 2XW0A 3FZKA 1YIJN 4ILJA 3LL3A 3K5OA 5AQOA 1NGEA 1CLQA 3D2EB 3V1RA 3OY9A 2IGIA 3UIQA 4JI4K 3J81O 1LV5A 2E2OA 3DYAA 1IKVA 5HOOA 4GDXA 3SPYA 1N33K 3SIVB 1Q82O 4YFUA 1B92A 4B9VA 4G04A 1F21A 4B9NA 5KI6A 1QSYA 1YT3A 3E9PA 2HBMA 5K14A 5CHIA 2RKIA 2NLXA 4FPBA 3A75A 3WT0A 3C0BA 1NOZA 2NZTA 3K5NA 1VQ7N 2I7NA 1CXUA 4Z4EA 5J2MA 5CY4A 1YTAA 3W3DA 3KWGA 4FPAA 4BDYA 4WQ5A 1HK3A 3W1SA 3HT3A 1RILA 4FZZA 3EKUA 4M3TA 2O8CA 1WBBA 3EL2A 1S6PA 1RBUA 2V7YA 2FSKA 1GNIA 3IKMA 1LOTA 4W5RA 1C1CA 2D0AA 5JS2A 1NK6A 2BXMA 3THWA 2W6KA 2GEMA 4BVPA 3AVKA 1YITN 2LQIA 2EFHA 2OTJN 1IJGA 4KHPK 4KREA 1J6ZA 3EY1A 1FK9A 2DFEA 2O8DA 1T44A 3VQQA 2BXNA 3F5TA 1HYSA 4BQLA 4I9LA 3OBYA 3G10A 2Q2RA 2HF4A 1BKEA 4B1YB 2EFEA 4C8MA 1S3XA 4PKGA 2HMIA 2VQEK 3AA5X 3NGYA 3ID6A 1HJRA 4W5OA 5AQRA 3B6OA 1Q18A 4U67L 5MLCQ 1KDXA 1E4FT 2QWOA 5GIOA 2UUAK 1K9MO 4ILHA 2XW1A 1HK4A 2NRHA 3LALA 4LB9A 4EMXA 2P9LA 4H0TB 1C0TA 3DAWA 1E7BA 3DLKA 2DFFA 5BR9A 4EIAA 5KQDA 3CXCM 1VFIA 4FWNA 3AVLA 5JLHA 3CCJN 2VYPA 3A5MC 3WXJA 4CJLA 4N0UD 2OANA 1OH8A 4A5BA 2H3GX 2A1SA 1TKXA 3ZLJA 3TABA 4NLBA 2HHXA 4KKOA 1FW6A 2GWJA 1VZSA 1I39A 2HB5A 1QZ5A 3VEVA 5AJ3K 1DGKN 1K8KB 3SUNA 1S9EA 1HA2A 2G8FA 3TTCA 2GELA 1BJ5A 4B9MA 4CI6A 4ZBRA 1ZBLA 5AQNA 3HPOA 1X3NA 5HRRA 5AZJA 2EWSA 4E89A 3S3MA 3FLCO 2YKNA 2Q3SA 3U8XA 3E1YA 3U9DA 1BQNA 4X66K 4OTTA 4JI7K 3BEXA 4O55A 2QWNA 1MUSA 5EOYA 1C1AA 1J9AA 2A40A 4JI6K 1L3VA 4N0FD 1DTQA 2NRWA 4HUFA 3C6TA 3FFKB 4UQGA 3RR7A 3AARA 3KD5E 3SAFA 4AF1A 3ZEUA 3KWIA 3G9KD 5ID7A 4E7JA 2QMCA 2BXEA 2FBTA 3IFRA 5AQMA 4LF4K 2UUBK 4DFMA 3A8YA 2YHXA 4OT2A 3G71N 3HBTA 2IOCA 4A62A 1Z26A 2YKMA 3CCEN 4CF2A 4KI6A 2HVIA 3JS6A 3O9RA 4XH4A 4CJTA 3H3OB 4MBEC 1BISA 4CIFA 4CGFA 4E7HA 3SMSA 1E78A 4R5PA 3QESA 4LB2A 2LXSA 4K8ZA 1QE1A 3O3HA 1W0HA 3ULEA 2PFUA 4BROA 4IW1A 4L8RB 2GV9A 4LF8K 4DFKA 2J4RA 1ZXOA 4OGCA 2P9IA 3KLHA 4FXDA 4EAHD 4RW8A 3NVKA 2G8UA 4DR4K 4PKIA 4DQRA 3ISNC 4HCCA 1TYQA 3VPZA 4BRCA 4JV5K 5LMUK 2YNGA 5TKWA 2VDBA 2NRTA 3IUCA 4DV5K 4DCHA 4HHTA 4BE2A 1KSPA 4IG0A 4G03A 2FLOA 1LW2A 4W5NA 1WSGA 3N4QA 4DR7K 3OHRA 1SUQA 3FZLA 3O8MA 3SIUB 2BXPA 4Z9OA 1T8EA 4BR5A 3CJAA 4E7LA 3HOSA 3NHGA 2E6LA 1IBLK 3THYA 3VA3A 4IXCA 1NNEA 4Z4IA 4BACA 1TK8A 2B4JA 4DMNA 4EFHA 4JK8A 5DK5A 3JYTA 1GLAG 2OPRA 4BRDA 4DS4A 2CH6A 5AR0A 2IDOA 1VQ9N 4O8UA 1H5WA 1QSSA 4B3TK 3KKRA 2YDFA 4PHTX 3V6DA 3AO5A 3LWMA 5AQYA 3AAQA 5D7GA 1ZYQA 1SAZA 1QZ6A 1TXUA 4RW9A 3ICXA 2FSJA 4J8FA 1RT6A 1T05A 3OYMA 1T6DA 3MEDA 4C1NK 3NH2A 3NE6A 1YJ9N 3FZHA 3ALYA 5TKYA 3O9TA 4GMJB 3I56N 4DLEA 2NRXA 3CC2N 4Q5VA 4FJXA 1RT1A 1HYVA 4FK2A 1ASUA 3EE9A 1EWRA 4GNIA 3SUQA 3D2EA 4QS8A 3QERA 3ZT4A 4AHSA 1TL1A 5CYQA 3WQTA 1KAXA 5AQQA 1IKWA 1IBMK 1REVA 4DQIA 3OYBA 1WAJA 1XC9A 1S1TA 4M41A 3PSIA 5HOZA 4H5TA 4Y1DA 4N41A 4D7XA 1HMVA 3V9ZA 3HSCA 2P9PB 4OPJA 1KW2A 5DQFA 3BGRA 2IVPA 4DU4A 1RT2A 3OYKA 4HUGA 3FGUA 3DLBA 5FPEA 1D9DA 1WOQA 3VQAA 2VG6A 4CJUA 3A5LC 2AJEA 4JHDB 4K43A 5AQHA 3KK7A 4R79A 1WLJA 4CEZA 5C25A 1Q9YA 4I9OA 1HR0K 1BCMA 4ZCGA 3VQ4A 2BXCA 5DMRA 3M3ZA 4NAWB 4KBOA 1BCOA 3E66A 4DTMA 1VQNN 3R1XA 2A5XA 1KCFA 2QA4N 3DLGA 4JRPA 2LOQA 2G8KA 2XVQA 1NLVA 2ZGZA 4BC4A 2PZSA 3QIOA 4FSVA 1GLLO 2GTDA 4CZLA 3BF1A 4CGHA 2D0CA 4CZGA 4CHNA 2D5RA 5JICA 2JGUA 3I8DA 1HNXK 3PLAA 2RF2A 4CJKA 1KRPA 4H0OA 4DSEA 1P90A 5C15A 4DTXA 2DTUA 1XWLA 2QM6A 3BF3A 3CM5A 3LAKA 1C0FA 4CEDA 2G8IA 3CETA 1D9FA 4WYBA 4CHZA 2OPQA 4Z4FA 3UKRB 4E3SA 1RDAA 4LF9K 4M7XA 3CJBA 1K8AO 1VRTA 3L4QA 4LSLA 4QS9A 4DM0A 3K5MA 1CXQA 3Q7CA 2Q97A 5AQSA 3VTHA 1NM1A 1RBSA 3ZT1A 1WAFA 4KB1A 4AHTA 2I2ZA 3ZT0A 3HM9A 1RT4A 2JWLA 3K9KA 2D0PA 2KBZA 2HBLA 2VGMA 1X9WA 4FW2A 3MEGA 3QMLA 3LU6A 3H1VX 5HRSA 5C42A 2ROHA 4FM2A 4JKFA 1MIYA 2AA4A 4DTOA 4H0PA 4ZBQA 1V4SA 3M5RA 2CGJA 4MFBA 1Q7YO 1RDUA 3ZETB 3P83D 3LDNA 5AQFA 3VQ7A 4BGBA 1S1WA 1NJWA 1TVRA 3AV9A 2UYTA 5CZ2A 3CD6N 2UXDK 5F2RA 2BTFA 4WE1A 1XQSC 3K5LA 3KJVA 4AQYK 3T1YK 1K8KA 3ZSZA 1E7CA 3ITHA 1XI1A 5AQIA 4PO0A 3V9WA 1VSDA 1GNJA 1VSHA 1SL2A 4GV6A 4DTSA 2W41A 1TKDA 4H03B 3G6EN 3TTFA 3DI6A 3MHHB 4Z4HA 1N36K 2Q1NA 5BN8A 3NAEA 4DQSA 4BWMA 4M3UA 3SZ2A 4FWPA 3VQPA 1SKWA 4G01A 4J2VA 3QFPA 4CF8A 1W2BM 4MDBA 1S22A 4FWRA 4OO1J 2KKZA 1IBKK 5KPTA 1Z25A 1GLBG 4JKGB 1XMQK 4KH5A 3CJCA 2HNDA 4XH5A 2DBWA 4FJNA 3D2FB 3HZ6A 4CJ7A 4DF8A 3CMAN 5F1XA 3M1FA 3ZSXA 1HK1A 2UU9K 1RTIA 1O9XA 3EZWA 3EYZA 4B8CA 4JK9A 4CGJA 2UUCK 3TAEA 5IIHA 3DMJA 4FJMA 4GY2B 1GLCG 4H4OA 4FLZA 4F8RA 2E2NA 3O08A 4CHQA 5HRPA 3SQ2A 1QTMA 4BVOA 4B9SA 4BQZA 2ZM6K 2Q36A 5JS1A 1OH6A 2DG5A 1NGFA 4IJAA 2WFBA 3DLEA 4MO4A 4QS7A 3QETA 3IRXA 4TQ0A 2P9UB 3HTVA 5M1FA 1J5OA 3ULDA 1SB0A 4FZYA 1ITGA 2BUPA 3JXUA 3WXIA 2VG7A 3V9UA 4IFEA 5GHKA 2VQFK 2VCPA 3T1HK 1X9MA 2OYQA 1LWCA 3SPZA 1NMDA 3HJFA 4E99A 5C24A 2BX8A 4AHCA 3V81A 3SAHA 4WQ4A 4BE0A 3MXIA 3QBWA 1RFQA 3V1OA 4CFDA 4TSXA 3WHQA 1MWKA 4FJKA 2G8HA 1HNVA 2QI2A 2X78A 4B9LA 2BXQA 1RTDA 3K58A 2HNZA 4CEOA 2PY5A 3DRPA 4BRHA 4FJGA 1NJYA 2OTLN 1NU0A 4B9UA 4H5RA 4F2RA 2KLAA 2WONA 3GBTA 1EO1A 1RDCA 4DR6K 4N76A 3C6UA 4CFBA 5IJ5A 3A5OC 3QINA 1NGDA 3AVJA 4IZ9A 4KI4A 3FZMA 3OYGA 2ITGA 3NF7A 1KXPA 4JEPA 4DSLA 1BDGA 3A2FA 1E7AA 3ZX3A 4HTLA 2Y1JA 4IJNA 4AM6A 3JQZA 1UWBA 1KAZA 2X6NA 3CQXA 1WN7A 1BIUA 1N5UA 2HHQA 3J8AA 4L9KA 2YHWA 4OLBA 3MCAB 4O5BA 3CPWM 5BPKA 1Z05A 1NK9A 3VERA 3U4LA 3HOTA 4ISGA 5M1KA 3C65A 3QFUA 4BRPA 4BE1A 3BZKA 2F9WA 2JWKA 4RG8A 4DV7K 3SBTA 1U4BA 3KK1A 2ATQA 3D6RA 3NVMA 3AGKA 2FXUA 4DR3K 3O9QA 3L3UA 3NBPA 2BXIA 5AFUH 3SMPA 5AQUA 4JI2K 4PL7A 3L2WA 4C8KA 3HI0A 5IWAK 1N6QA 2W6LA 1L3TA 1RDWX 1YVUA 3SYZA 2QW9A 3VEZA 3FZFA 3QO9A 3PX6A 3O5BA 2P9PA 1HX1A 2VWKA 3ZX0A 4LH4A 3RTVA 1L3UA 3KHYA 1S72N 1WUAA 3CCVN 2ZE2A 4H5WA 5DBYA 4B1WB 3O80A 2HSTA 3R8EA 3IS9A 1QHAA 3I33A 4KH4A 4KV8A 2FC0A 3QNNA 4DSFA 4JHDA 3LDSA 3OYAA 4JK7A 3LM9A 3LPTA 3M6GA 4XIUA 2O4GA 1N32K 5JMVA 4FWOA 3TAFA 3MX2A 1C0GA 4YORA 4CGIA 4I2QA 4JI8K 2VWBA 5KPZA 4CCHA 4KAZA 1NT2B 5LMNK 4K25A 3AVMA 2KTQA 1XHXA 3KIOA 2ZJRL 4JKAA 1NG9A 3HK2A 3FNMA 1VQMN 2XY7A 1VQ4N 3V03A 2Z8IA 1JLQA 1IG8A 3C6HA 3VTIA 4M7YA 4ISEA 4LC9B 4MLHA 3AO4A 4CZFA 3SJHA 4FWQA 4B9QA 3KVGA 4K41A 1RDBA 1BOTO 4FLXA 1MUHA 2XHBA 4CFCA 4NCBA 5AQWA 4Y1CA 2IVOA 2JLEA 1IV0A 3AY9A 5D3GA 3CFPA 1VSEA 3DRRA 1MM8A 3UKRA 3O4WA 3CM6A 1YJWN 3OS1A 3J7YP 4WFAL 1ZBSA 3ASMA 1VAZA 2FSNA 3H3AA 5IT9O 1QQCA 1HKGA 1XC3A 3DLRA 3I8BA 4DB3A 4EHTA 3OTOK 1LAWA 2E0XA 4ILGB 4DTUA 2XVWA 3D7EO 2VUFA 3ENHA 4ZTJA 3FE1A 3VEYA 3IG1A 5AQLA 1D8YA 4FJHA 1TGOA 3V1QA 3ZSWA 3LPUA 4YY3K 2EFDA 3NF6A 1SV5A 3NVIA 4RTFD 4BREA 3MXMA 4FLUA 4I6MB 4PKHA 1NJZA 3HPHA 3NDKA 2P5OA 3ENOA 3LWLA 5JLFA 5GIPA 4NB4A 5EXWA 2ZGYA 3DLHA 5C2DA 2HF3A 2P1JA 4PL8A 5HBMA 1BO5O 3V09A 5ID9A 3WXKA 1YHQN 3WUHA 4H8KA 3QB0A 4E19A 5F0XA 3OVNA 2P51A 3QEXA 4GVEA 2P9SB 4LF5K 4CIEA 3NGZA 4HUEA 4ZHRA 1SQKA 3SUOA 1BM0A 1JLFA 4L9QA 2I7PA 4CBUA 1MU2A 4CK3A 4JKGA 1L3SA 5AQJA 1U04A 3OJUA 1XNQK 1VQON 1ZBHA 2AGHB 1KC8O 3D2FA 5M1NA 3CJ9A 4WQ4C 4UY8O 3HPGA 2HHWA 4CJ5A 4GG2A 2Z8JA 1HKCA 3VGLA 4MQ3A 1R0AA 2HVHA 1T6CA 2Q0RA 4BC3A 4CZIA 2F7TA 4YNQA 2BANA 4DV3K 4CVNE 1XMOK 2LSNA 4J2AA 3N4PA 1RT7A 3HVTA 2NRZA 2DBXA 3CG7A 2P9KB 3RSEB 5IIUA 3L2QA 4OX9K 1ATSA 3PX4A 2P9UA 4DQQA 4FOEA 4GDLB 5FPDA 2PBDA 3A73A 1JCFA 4YDUA 2QWQA 4BGAA 1C0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVK A;  2NNW A;  3T7Z A;  2OZB B;  3NMU A;  3ID6 A;  5GIP A;  3NVM A;  3ICX A;  1NT2 B;  3GQX A;  5GIO A;  5GIN A;  3PLA A;  3SIV B;  3GQU A;  4BY9 C;  3NVI A;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QVG M;  2A1R A;  3NCI A;  1GOB A;  1QHT A;  1RGI A;  3DOL A;  4V19 S;  1KLN A;  3CX9 A;  1C0U A;  4CEA A;  1NK0 A;  4AH9 A;  4CW7 B;  1M90 O;  1BL3 A;  3ZX2 A;  3OW2 M;  3C6A A;  3E9O A;  3ATU A;  3WXM B;  4IDH A;  1B9F A;  3QEV A;  2XY5 A;  2XW0 A;  3FZK A;  1YIJ N;  4ILJ A;  3LL3 A;  3K5O A;  5AQO A;  1NGE A;  1CLQ A;  3D2E B;  3V1R A;  3OY9 A;  2IGI A;  3UIQ A;  4JI4 K;  3J81 O;  1LV5 A;  2E2O A;  3DYA A;  1IKV A;  5HOO A;  4GDX A;  3SPY A;  1N33 K;  3SIV B;  1Q82 O;  4YFU A;  1B92 A;  4B9V A;  4G04 A;  1F21 A;  4B9N A;  5KI6 A;  1QSY A;  1YT3 A;  3E9P A;  2HBM A;  5K14 A;  5CHI A;  2RKI A;  2NLX A;  4FPB A;  3A75 A;  3WT0 A;  3C0B A;  1NOZ A;  2NZT A;  3K5N A;  1VQ7 N;  2I7N A;  1CXU A;  4Z4E A;  5J2M A;  5CY4 A;  1YTA A;  3W3D A;  3KWG A;  4FPA A;  4BDY A;  4WQ5 A;  1HK3 A;  3W1S A;  3HT3 A;  1RIL A;  4FZZ A;  3EKU A;  4M3T A;  2O8C A;  1WBB A;  3EL2 A;  1S6P A;  1RBU A;  2V7Y A;  2FSK A;  1GNI A;  3IKM A;  1LOT A;  4W5R A;  1C1C A;  2D0A A;  5JS2 A;  1NK6 A;  2BXM A;  3THW A;  2W6K A; 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 1X3N A;  5HRR A;  5AZJ A;  2EWS A;  4E89 A;  3S3M A;  3FLC O;  2YKN A;  2Q3S A;  3U8X A;  3E1Y A;  3U9D A;  1BQN A;  4X66 K;  4OTT A;  4JI7 K;  3BEX A;  4O55 A;  2QWN A;  1MUS A;  5EOY A;  1C1A A;  1J9A A;  2A40 A;  4JI6 K;  1L3V A;  4N0F D;  1DTQ A;  2NRW A;  4HUF A;  3C6T A;  3FFK B;  4UQG A;  3RR7 A;  3AAR A;  3KD5 E;  3SAF A;  4AF1 A;  3ZEU A;  3KWI A;  3G9K D;  5ID7 A;  4E7J A;  2QMC A;  2BXE A;  2FBT A;  3IFR A;  5AQM A;  4LF4 K;  2UUB K;  4DFM A;  3A8Y A;  2YHX A;  4OT2 A;  3G71 N;  3HBT A;  2IOC A;  4A62 A;  1Z26 A;  2YKM A;  3CCE N;  4CF2 A;  4KI6 A;  2HVI A;  3JS6 A;  3O9R A;  4XH4 A;  4CJT A;  3H3O B;  4MBE C;  1BIS A;  4CIF A;  4CGF A;  4E7H A;  3SMS A;  1E78 A;  4R5P A;  3QES A;  4LB2 A;  2LXS A;  4K8Z A;  1QE1 A;  3O3H A;  1W0H A;  3ULE A;  2PFU A;  4BRO A;  4IW1 A;  4L8R B;  2GV9 A;  4LF8 K;  4DFK A;  2J4R A;  1ZXO A;  4OGC A;  2P9I A;  3KLH A;  4FXD A;  4EAH D;  4RW8 A;  3NVK A;  2G8U A;  4DR4 K;  4PKI A;  4DQR A;  3ISN C;  4HCC A;  1TYQ A;  3VPZ A;  4BRC A;  4JV5 K;  5LMU K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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