5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
4BY9C 3GQUA 3SIVB 3ICXA 3NMUA 2OZBB 3NVIA 3NVMA 3PLAA 3GQXA 3NVKA 5GIPA 5GIOA 3ID6A 3T7ZA 1NT2B 3SIUB 5GINA 2NNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IJJA 3CC4N 4N5SA 4JI0K 4N0FD 2DFFA 4E1MA 2YHWA 3LALA 3AVCA 3TAEA 2QKKA 1S6QA 3LP2A 3PO5A 3SMPA 4EHUA 3AA2A 4Z4IA 2I30A 4OLBA 4BRDA 3RMCA 4PY5A 1RTJA 4H0XB 4DQIA 3ECPA 3M1FA 1HA2A 4W5QA 1Q81O 2Q97A 4DTXA 3CCMN 4ELUA 3CJAA 4ISGA 2XY5A 3P83D 2VUEA 4MLEA 4JD2A 4O55A 1SL0A 2QWMA 4BRQA 2XMOA 3VQ4A 3WEEB 3SUPA 1FJGK 1HX1A 3J7ZO 2OYQA 1SL2A 5H1SQ 4CIEA 3RRGA 1S1VA 4JK7A 2F7TA 4B3SK 3IG1A 2HHSA 4BRFA 2E88A 3OJUA 1NGBA 1J53A 5J1EA 3O8MA 1BM0A 5EOYA 1NGJA 3A2FA 3VQ8A 4M3TA 2FC0A 1RBTA 5EVZA 4JI6K 4LF4K 1N5UA 1C6VA 1OH6A 4OTUA 5ID7A 5BN9A 3ZYYX 3IKMA 2Z1GA 1QE1A 2OCEA 2ZD1A 3B8AX 1EWRA 4KO0A 2OA8A 1ILYA 1XHZA 3D45A 3GQXA 1ZBIA 2KBZA 3U3GA 1MA9A 4EHTA 3DM2A 3HP6A 3TU5A 1E7IA 2YJFA 2FLOA 4BRGA 4CERA 3FFKB 1TK5A 2HF4A 1BUPA 3DXKB 3CQXA 2KQ2A 2OPPA 1SQKA 1X1PA 4F2RA 2R7YA 5B5TA 3VEXA 3NH1A 3CM6A 4LF5K 1IBLK 1TVRA 4FSVA 3DRSA 4RW6A 1KAZA 2O4IA 1GLAG 4FIPB 3O5BA 4O5BA 3VENA 4FVUA 2QHBA 4KTWA 1BCMA 5KPRA 3TTDA 5LJVA 4FM1A 4JN4A 4DV6K 2E5LK 2CKXA 4E7LA 1E7HA 1FOUA 1J6ZA 4B8AB 5HLFA 2BXIA 2CH5A 3VQ9A 1HNWK 4JKGA 3JSMA 3W0LA 3LWMA 5BREA 3SK3A 4OPAA 3FR0A 5M1KA 3GA9L 3RSEB 3AVAA 4JI4K 3B6OA 1MIYA 3J81O 4AHUA 5T7BA 3O08A 3V6DA 2BTFA 4WFBL 3QERA 2NRXA 3V9SA 5DM6L 3NCIA 5LL6Z 4KH5A 3MX2A 3VQBA 3FE1A 3OS2A 3HPOA 4IFEA 1NMDA 2A41A 3CERA 4BRNA 1UORA 4HCCA 4BKEA 3E01A 4FJLA 2BXBA 2YHBA 4K41A 4NCAA 1JLEA 2P5OA 4YOUA 2YNHA 1XI1A 4ZHRA 4PKIA 3D2EA 5FDLA 5AJ3K 4W5NA 4QAGA 2I5JA 2IAJA 1VSJA 4CZIA 1RBRA 4Y1CA 2VQEK 4FJIA 2O8DA 4YNQA 3VF2A 2YV0X 1K8AO 1NJWA 4W4UB 2HNYA 3ZT3A 4DV3K 2GWJA 2QW9A 3PY8A 4WFNL 3L2RA 2Y1IA 4FL9A 3LAMA 2BGGA 1XNRK 1VSIA 4CJKA 4R5PA 1C0UA 4B1UB 1WSIA 4DSEA 1T7PA 4H5RA 3MEGA 4LA0A 4YOTA 2VDBA 4CHZA 1YVUA 1D5AA 4XH4A 3R9PA 1QVGM 5FROA 1VQON 3WQUA 4CBWA 3RWUA 3HPGA 3ZCMA 1WNSA 1Q18A 4ICLA 4PQUA 3CJCA 4JI7K 3AO2A 5BPMA 1JLGA 1NK0A 4KB1A 5FUOA 3OYNA 2E20A 2O4GA 1TK0A 2HHWA 3QINA 4FJ8A 1S22A 1T6CA 1NLVA 4NLBA 4JD2B 3IMXA 1QS4A 4JI2K 4CK2A 2O8BA 1YJNN 3ID8A 3VQPA 3G6EN 1WAFA 4FWKA 1NK5A 2E2QA 3KD5E 4FJJA 1ITGA 3SBGA 4QCLA 1TAUA 2G8WA 1M90O 1UOCA 5AQHA 2I2ZA 4NB4A 4E1JA 1RTHA 4IEEA 2F8SA 2VWKA 4FLWA 3ZETA 4PL7A 3C6TA 3THYA 2ATQA 5GIOA 4C23A 2ASPA 2AJQA 1AO6A 1VSLA 3SQ2A 2F9TA 2D1KA 1JLFA 4BC4A 1TKZA 3E9OA 1IG9A 2E0XA 3NF9A 5M1QA 3SIVB 2VQFK 4EP5A 2BXGA 5HRSA 1XUPO 1E3MA 1WSJA 1Q9YA 3B9LA 1H5WA 2VCPA 3LL3A 3AVHA 4CHPA 1ZXOA 2BXLA 3TAFA 2H3GX 5B8HA 1S1WA 1EQYA 1MA9B 4AHTA 2QWOA 4B08A 3MWTA 1GLCG 4JS5A 2KWFA 2V52B 2D4WA 1RFQA 4YOVA 4C1NI 4ELVA 2AGHB 1NGGA 3CETA 3E9LA 1X3MA 1JKHA 2W41A 3KVGA 1OH8A 3IFRA 4DTSA 1CLQA 4JK4A 3LZIA 5AQYA 3SBTA 1WB9A 3WXKA 4DU3A 2DYOA 2BANA 4FWRA 3CHWA 1W0HA 4R79A 2KZMA 4W5OA 5LMUK 2PBDA 1X9MA 1YVNA 3L6QA 2A6AA 4H03B 4PHTX 1TUUA 3KK2A 5DK5A 4H5NA 3LDPA 2HW3A 4JK8A 2W40A 3CIPA 2AA4A 3NHGA 4JKGB 4ISFA 5C24A 3OHRA 4GVEA 1NK8A 4F3OA 1EO1A 4DSIA 1D9FA 4M3UA 4A5BA 3CX9A 2UXCK 2NUBA 5ID9A 4F4KA 4FLVA 3C6AA 2FF6A 2V7YA 5HRNA 3O6WA 4AHRA 4BDZA 4LSLA 1GNJA 3CQ8A 1WSGA 4AQYK 3THXA 4DV4K 2UUBK 4Q5VA 4H4MA 4F5VA 4I9LA 4CEEA 2X74A 1NBWA 4CHOA 3ICXA 1B9DA 1S1XA 4BREA 3U9DA 5AZIA 3PV8A 1VQ4N 1GOCA 3BP8A 5HROA 4K0KK 4LC9B 3V03A 2I7PA 4KBOA 4KRFA 1VQ5N 2X6SA 3D2EB 4CI6A 3AVGA 4KFBA 5KGWA 4C1NK 1BWFO 4CESA 3OYHA 4IFVA 2Z8KA 4MDAA 3NGIA 1RGIA 2GV9A 1NGHA 2YNGA 5I42A 3TAGA 2ZE2A 4NYFA 4CEAA 4EZ9A 2O8DB 2GUIA 3L2QA 3M99C 2ZF5O 3O80A 1WSHA 1Z05A 5AQJA 4YDUC 2VWJA 3HVRA 2IC3A 4PKGA 4JKAA 3ZSWA 3SPZA 4DSLA 4EZ6A 4CK1A 1SKRA 1LV5A 3J7AP 1VK0A 2HBKA 4E7HA 4FPAA 4M70B 2DG5A 4CGFA 4E7JA 4CFDA 4DR2K 4DS4A 1NGFA 3WHQA 4FJXA 2VWBA 3BZKA 4CIFA 5AQZA 2AP1A 4KH6A 1XC3A 4B3TK 3BEXA 4CEOA 1YUWA 4B9SA 3EY1A 1C0GA 1V4SA 3DLLL 2VGNA 3A5MC 4OTTA 4IOXA 5M1FA 3M6GA 3KHYA 4DV7K 2BXCA 3SI6A 1VHXA 4JKEA 1S1UA 3T69A 4K42A 3GQUA 4OGCA 2O8BB 4OVLA 4B3MK 4CZFA 4HWIA 3SV4A 1HKGA 2NQOA 4J2VA 3AA5X 3VQIA 4BC5A 2HVIA 4M3YA 1D9DA 4IJNA 4CF8A 4BRHA 1GLJO 2HB5A 3FFIA 1ZBLA 4FWOA 1VQMN 2A3ZA 2HHXA 3ZETB 3KK3A 3RR8A 3THYB 3LM2A 1BU6O 4BRAA 2CGKA 2YI1A 3GL1A 4AILC 2UXBK 5DQFA 3ZLJA 1YITN 1HNXK 1YTAA 2W6KA 3D7EO 3KLEA 5M1PA 4Z4FA 3ZT4A 1RDDA 1I94K 3SCXA 1RT3A 3AVIA 4D7XA 2GX9A 3SUOA 5HL7L 4DG1A 2LOQA 3QEPA 2X78A 3RRHA 1J5OA 1JLQA 3ZX3A 3A5OC 4EAHD 3SAGA 3TTFA 4DR1K 4CEBA 3QNNA 3QEVA 4K8ZA 1NJYA 1HK5A 3CC7N 4CD1A 3DLEA 1ATNA 3VQQA 5AQTA 3KD1E 4CGIA 2XHBA 5ADXA 3MECA 1QQOA 1LCUA 4CW7B 4DLEA 2BX8A 2Z8JA 4CHNA 1KFDA 3R6MA 4DTUA 3K0SA 4DQQA 3THVA 3ATVA 2P9IA 1VQNN 3WHSA 5AQFA 3D2FA 4HVJA 1K8KA 4F5UA 5CYMA 5BPLA 3W3DA 5C15A 5JS1A 2EFDA 4Q0BA 4GVMA 1ATSA 4DB3A 1HK4A 3NGYA 4Z4EA 3DYAA 1Q9XA 1OVYA 3VA0A 2DPNA 1VQ7N 4GKJK 2KKZA 4CJRA 3L8BA 5EXWA 3G25A 3C7NA 4CE9A 5AQUA 1NT2B 3I56N 3LU8A 1RDCA 3THXB 3PO4A 1GLBG 2RKIA 3NDKA 2FBXA 4A2AA 1SKWA 3THWA 3CJ1A 5BRHA 2QEXN 3VQEA 5ELZA 3M8QA 4CJTA 3HK2A 4ILJA 4ILGB 4KI4A 3S3NA 3LZJA 1T03A 4LY7A 1E7CA 4CJFA 5BR8K 4CFCA 3CD6N 1RILA 3ZSVA 3JS6A 3VMFB 3V9XA 2WFBA 5AZIB 3KJLA 4K71A 1WLJA 3CCSN 4DQSA 4YDUA 2LXSA 4CVNE 5MLCQ 4LB9A 2HNZA 1IJGA 4DUYK 1VFIA 3LP0A 4F5TA 4LFCK 1RBUA 3O3FA 3MWPA 4BWJA 2Q3SA 4BGBA 3PUFA 5AQGA 3R1XA 3HT3A 3O9UA 2HF3A 4B8CA 3A0IX 4UQGA 1N5YA 2OPSA 2GUPA 2QA4N 3KIOA 1BA0A 5IJFA 2DBWA 3RMBA 2A1SA 2E6LA 1G99A 3G9KD 3O9RA 4KV8A 2P9PA 4NYNA 1ZBHA 4JRQA 4FVMA 1RT5A 3CJBA 3H1VX 1BQNA 1S5JA 3SV3A 1J5EK 2NZTA 3H3OB 3S41A 2HHTA 4HUEA 4JAXA 1U47A 3AY9A 2B5JA 1SS6A 3V9UA 4JKFA 3VESA 3OYMA 3C65A 3LPUA 3CMAN 3J8AA 5AZJA 1BL3A 2BXAA 4PL8A 5HRRA 4ZTJA 1NNEA 2HHVA 1QSSA 3AVNA 2A1RA 4C8LA 4FLXA 3QEWA 4WA6B 3CJ9A 3EE8A 1E7FA 3V1QA 2YHYA 5KQ8A 4CFBA 3FZHA 1GLDG 4DTOA 3VEOA 4ZBQA 4CZJA 4GV3A 4OLAA 3U4LA 3QFPA 5DM7L 4KHSA 1VSMA 3NFAA 1DKGD 3P38A 4A2BA 4B1YB 4IFYA 3OYIA 2ZJRL 2XY6A 3TR8A 3F9KA 3AVKA 1ZBSA 3PSFA 2ETJA 1YT3A 2WC9A 4M45A 2QWRA 4PKHA 4N47A 4X62K 1J7EA 4L9KA 3GOIA 2ITGA 3WNHA 4S1YA 2KW4A 1MUSA 4K8XA 3BPJA 4G03A 1DEJA 3HRGA 3EE9A 2IVPA 4CJWA 4FLZA 5FLXO 1TL3A 2GELA 5SWMA 4AF1A 3SQ1A 1RT4A 3L0QA 3K9KA 3ZSRA 4KHQA 4EFHA 4JHDA 5FPMA 1KXPD 4CJ7A 4C31B 2BE2A 4WE1A 3MXMA 3ZSYA 1RDUA 3OYBA 1R0AA 3TSPA 5KRSA 4GV9A 4GDLB 1NOYA 4FOEA 4N0UD 4AM6A 1O1WA 5C10A 1CXQA 3PX6A 3TAQA 3WHRA 3ALYA 2FF3B 3O4WA 4BWMA 4B3RK 3AGRA 3TDLA 2P9IB 2BUPA 2GTDA 1VQLN 2OZSA 4A57A 3TANA 3D2FB 5I9EB 1SV5A 4G01A 3QIOA 1KVAA 1K8KB 3OJSA 4GG2A 2EFHA 1BI4A 3GBTA 3Q7CA 3BDPA 4B3OA 3KWGA 3T19A 2O8EA 4NCBA 2KTQA 4LSNA 5AQIA 4BG8A 1NJZA 3WXJA 5KPZA 2ZQBA 1QSLA 1MM8A 4DSKA 3C7NB 1KAXA 2GBZA 3EZWA 2OTLN 1OH5A 5TKYA 3OY9A 3HOSA 3THWB 3SPYA 1W97L 2WOMA 2RE2A 3QB0A 4FWSA 4BG9A 1DGKN 2Q1NA 3IDHA 5IIHA 4XEIA 3V4IA 4IO9L 3VETA 4QOZB 5LY3A 4G9ZA 1W9HA 1NMNA 3HM8A 3VEVA 3UIQA 3ITHA 2Q0RA 3CC2N 2QWQA 3G71N 1N33K 3VEWA 1L3VA 4CHQA 1I3AA 1VQ6N 3ZX0A 5BPNA 1HK3A 2XVQA 3DOKA 3MHSB 3L2VA 1SZ2A 3RMDA 2E2PA 5AQPA 4HCBA 1KVCA 5FPNA 1S6PA 4CJSA 3KJVA 5E41A 3UIVA 4IOCL 3L2WA 3SMSA 3MCAB 4A59A 4LF6K 3TSQA 5IJ5A 2P9PB 3H37A 1JCFA 4B1XB 4H8KA 4OPJA 1QQNA 3CCLN 1HKBA 3AO1A 2WONA 4CGJA 1RT2A 4FW2A 4BRKA 2DBXA 2RF2A 4U7BA 1T44A 4CBXA 4CF9A 3CMEN 3CCVN 1Y64A 3JQZA 4O0IA 1RT6A 3K5NA 1BDGA 1IKYA 2E6MA 4BVPA 3L4IA 2LQHA 3VQCA 3T1AA 4Z0UA 3HBTA 2ROHA 2F8TA 3LDLA 1L3UA 2XVUA 3LP1A 3CCUN 1WSFA 4BE1A 5D7GA 2QWPA 4IG0A 1C1BA 1VAZA 4GW6A 4FM0A 4H0TB 2HHQA 1O13A 3MXJA 4RW4A 2P5GA 3A5NC 1FXXA 5GAGP 4Z4GA 1TAQA 4I7FA 4L9QA 1C1CA 3R8EA 1WAJA 3O3HA 1OH7A 1TXUA 4N41A 4ZBKA 1NG9A 1CZBA 5IJEA 4B1ZA 4BY9C 1KTQA 5HBMA 4FM2A 4IW1A 4F3TA 3TPQA 4ELTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BY9 C;  3GQU A;  3SIV B;  3ICX A;  3NMU A;  2OZB B;  3NVI A;  3NVM A;  3PLA A;  3GQX A;  3NVK A;  5GIP A;  5GIO A;  3ID6 A;  3T7Z A;  1NT2 B;  3SIU B;  5GIN A;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IJJ A;  3CC4 N;  4N5S A;  4JI0 K;  4N0F D;  2DFF A;  4E1M A;  2YHW A;  3LAL A;  3AVC A;  3TAE A;  2QKK A;  1S6Q A;  3LP2 A;  3PO5 A;  3SMP A;  4EHU A;  3AA2 A;  4Z4I A;  2I30 A;  4OLB A;  4BRD A;  3RMC A;  4PY5 A;  1RTJ A;  4H0X B;  4DQI A;  3ECP A;  3M1F A;  1HA2 A;  4W5Q A;  1Q81 O;  2Q97 A;  4DTX A;  3CCM N;  4ELU A;  3CJA A;  4ISG A;  2XY5 A;  3P83 D;  2VUE A;  4MLE A;  4JD2 A;  4O55 A;  1SL0 A;  2QWM A;  4BRQ A;  2XMO A;  3VQ4 A;  3WEE B;  3SUP A;  1FJG K;  1HX1 A;  3J7Z O;  2OYQ A;  1SL2 A;  5H1S Q;  4CIE A;  3RRG A;  1S1V A;  4JK7 A;  2F7T A;  4B3S K;  3IG1 A;  2HHS A;  4BRF A;  2E88 A;  3OJU A;  1NGB A;  1J53 A;  5J1E A;  3O8M A;  1BM0 A;  5EOY A;  1NGJ A;  3A2F A;  3VQ8 A;  4M3T A;  2FC0 A;  1RBT A;  5EVZ A;  4JI6 K;  4LF4 K;  1N5U A;  1C6V A;  1OH6 A;  4OTU A;  5ID7 A;  5BN9 A;  3ZYY X;  3IKM A;  2Z1G A;  1QE1 A;  2OCE A;  2ZD1 A;  3B8A X;  1EWR A;  4KO0 A;  2OA8 A;  1ILY A;  1XHZ A;  3D45 A;  3GQX A;  1ZBI A;  2KBZ A;  3U3G A;  1MA9 A;  4EHT A;  3DM2 A;  3HP6 A;  3TU5 A;  1E7I A; 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