5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3SIVB 3NVIA 5GIPA 3T7ZA 3GQUA 3SIUB 3ICXA 4BY9C 1NT2B 5GINA 3NVMA 3NMUA 2NNWA 3PLAA 5GIOA 3GQXA 3ID6A 2OZBB 3NVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KH6A 5DM6L 4LF9K 1SV5A 5IJFA 1HKBA 3P31A 4LC9B 3F73A 1LAVA 5ELZA 5JS1A 5FROA 2YHBA 4A61A 3Q7BA 3AARA 4K0KK 3WT0A 2P9LA 5C2FA 5HRSA 3RR7A 3S9HA 2P51A 1T8EA 2A1SA 2O8BA 4CFBA 4FLTA 3NH2A 3SUPA 4IW2A 3CCEN 3FZLA 1GLJO 3B9LA 1RDDA 4C8LA 2NRHA 3HM8A 3CFPA 3FLCO 2BXGA 2P1JA 4KV8A 3FZFA 2E5LK 1G99A 3LP0A 1VFIA 1HK1A 4DR1K 5HOZA 1D8YA 4KFBA 4FVUA 1Q9XA 4GDLB 4FM2A 3O5BA 3DRPA 4FJCB 3VGKA 4I9QA 4I6MB 4JHDA 1WSEA 1S1XA 3D6RA 1TL3A 4E99A 4J2VA 1JL2A 2G8KA 1BQMA 4JN4A 3SQ1A 4GDXA 3OYMA 2I5JA 4B3OA 1DLOA 4O5BA 4WQ5A 4KHSA 2IVPA 2P9IB 1Z26A 1RTHA 2UXCK 1ATNA 1HKCA 1ZBFA 5J1EA 5EOYA 4FJJA 1NK7A 4JKCA 4OKJA 3OYJA 3H08A 4CD1A 3CC4N 1T05A 4K8XA 3KLIA 2YNIA 2G8UA 5AZJB 3A2FA 1NGBA 2W6LA 3V09A 3LP1A 4C1NK 4EHUA 4KTQA 4CD3A 5BR9A 4KHNA 5KQ8A 2YNGA 5KGWA 4CJUA 4IO8A 4ZUXV 1MWKA 2E2QA 2RPIA 3SLCA 3WNFA 2PFUA 3KK2A 3L2VA 1HKGA 1VQMN 4DLEA 3B6PA 3K5OA 3LDOA 3M1FA 2IOCA 1IJGA 3VQPA 2YI1A 4E19A 1MIYA 4OO1J 4DTOA 4LF4K 2HHXA 2BXEA 4CZHA 1RBTA 2G8WA 1GLDG 4F5SA 3C7NA 3O1WA 2B5JA 4DHYA 1C1CA 4WFAL 4ISFA 1MUSA 2DPNA 1K9MO 4KAZA 3LM2A 3HK2A 3JYTA 2HBLA 3U4LA 4E1MA 4RW7A 2YJEA 3DXKB 1NLVA 1U04A 1FW6A 1EKEA 1C0UA 4GDKB 4RTFD 4XH5A 2BXKA 4JRQA 4CZFA 5AQVA 3ZX0A 2BGGA 5CHIA 3O08A 1S1WA 4A5AA 2A42A 4ELUA 1IH7A 3HP9A 5FPMA 4BRGA 4JLHA 3K2PA 3J7AP 4MLHA 3O6WA 3HO1A 3TDLA 4CJ5A 3SV3A 3DOKA 1KXPD 2E0XA 2E88A 4DLGA 4EIAA 4C8MA 3I8DA 1JKHA 3AO5A 1NKEA 3NVIA 4AQYK 4DKWA 2GEMA 4LH5A 3AA5X 3DOLA 5IWAK 4A5BA 3EN9A 3OW2M 3RTVA 4H0TB 3O3GA 1BG3A 3CMEN 3KJLA 2G8FA 3QMLA 3KLEA 4L9QA 4BR4A 2CGLA 4YOVA 1NK9A 4F4KA 2VUEA 3RMDA 3L0QA 3AVAA 3SIVB 1BIUA 4X62K 5JVGL 1QSLA 3PSIA 1W2BM 1S5JA 2HHUA 4NXMK 4MFBA 2O8FA 4ZBRA 4BQLA 4DB3A 3RMAA 4G04A 5E84A 3P83D 4OPKA 2IIRA 3MHSB 2WUSA 2UUCK 2OPRA 4BRCA 2XW1A 3AO2A 1TKDA 5AQSA 3KWGA 2P9LB 1IKYA 1NK8A 4O8UA 4U67L 3AO1A 4H0PA 1YTUA 4W5TA 4BGAA 3PX4A 3SQ0A 2GWKA 2CH6A 4CGHA 3VEVA 4F5TA 1HJOA 1WAJA 4RW6A 4BR7A 3L2UA 4EZ6A 3LPTA 5IJEA 5GINA 1A5VA 1C0FA 2NNWA 1OH7A 1DTTA 2D0OA 3M5RA 1WLJA 1VQ4N 1BWFO 5KPRA 4JS5A 3G4SN 5LJVA 2Y1JA 1KDXA 2NQOA 5CZ1A 3B8AX 3WXJA 4KHPK 4GVMA 1H1VA 1YHQN 1WNSA 3T1AA 1NGCA 4IOAL 5AQIA 2RN2A 4FJMA 1HA2A 2BXMA 5C0YA 3QO9A 1HPZA 4H5RA 2Z1IA 4B1WB 4CEFA 1ZYQA 3OYFA 3THYA 3E9OA 4ICLA 1X3NA 4HHTA 2VG5A 5AQRA 1V4SA 2QWOA 4FSVA 3S3OA 1QQOA 3G0ZA 4F5VA 3Q7CA 2NRZA 1Q7YO 3NE6A 3RRHA 4CFAA 3HPGA 1Q82O 4LF5K 2ZF5O 4WFNL 4JKHA 1N5UA 5HBMA 5AQPA 1SL1A 2QKKA 3HVTA 4LY7A 3R1XA 4FJXA 3TAGA 2BXIA 4WYBA 4Z4HA 4FVMA 1GOBA 3CMAN 3P5JA 1YI2N 3LZJA 5BPMA 4C8KA 3DLGA 1NK0A 1BOTO 4WQ5C 2W6KA 2LXTA 2J4RA 3O1BA 3VPZA 5DMRA 3AO4A 1SKSA 3EZWA 1Q18A 2JWKA 2D0BA 4O5FA 3C6HA 3KKSA 3I33A 4CCHA 4OGCA 2WFBA 4F3OA 2UYTA 3VQIA 2WC9A 4ISGA 4TQ0A 1S1UA 3MN9A 5AQJA 1VQ6N 1XHXA 2JGUA 3G25A 3SQ4A 2RE2A 3M8SA 4JKFA 5TKYA 1JCEA 1JXEA 1J9AA 4E7HA 5E41A 4DSLA 2EFDA 4LFBK 4KPYA 1YAGA 2WONA 5AJ3K 4I9LA 4AHCA 1SB0A 1TUYA 4MQ3A 1W9HA 3HBTA 3ID8A 3H3AA 1HK3A 1BISA 3G10A 4WQ4A 3HM9A 3FR0A 2KFNA 3K59A 4E7LA 4K41A 2EX3A 2E6MA 3OYHA 3WHQA 3ZT3A 3NGIA 2IC3A 1KC8O 4DTMA 5AQFA 1JXBA 3JS6A 3VQCA 4JI1K 4AM6A 1SL2A 2IS3A 3HXMA 4CHZA 1TKZA 1DKGD 3AVHA 4QS7A 2ZJRL 3BUZB 4DFJA 1ZC6A 3LM9A 1RCHA 3KZBA 4M45A 4IKFA 3K0SA 3T69A 3S3NA 3HYFA 4ISEA 4KTZA 4CIGA 4AM7A 4FLXA 1VQ9N 4KBOA 3DLEA 3MMVA 1WBDA 4BKEA 3AA2A 1RBSA 2OA8A 4EMXA 3MXJA 1N34K 3T7ZA 4OX9K 3SBGA 4CGJA 3IRXA 3M3ZA 2OT3A 4L8UA 2A1RA 3CCRN 3MEDA 1F21A 3ENOA 4CZEA 4R79A 4CBXA 1WSHA 1Y64A 1XMQK 2JWLA 4ZCGA 3GBTA 1XC9A 2VGNA 3VF2A 1RT3A 1TVRA 3EO3A 1YIJN 3FFIA 4JD2A 3WXLA 5AQTA 2E0YA 1NGJA 1S1TA 5BRDA 4DSEA 1BUPA 3O4WA 2E2NA 5F2RA 3VTHA 5EXWA 3IUCA 3TARA 4FOEA 5AQOA 3NAEA 1P90A 2ASPA 1QS4A 4DSFA 2E8AA 4C1NI 3GQXA 3SAGA 1L3VA 4BR9A 4FJHA 5MLCQ 4BRIA 3OYLA 1EP4A 3WXIA 3AVCA 4IO9L 2G8VA 4OPJA 3HPHA 2V51B 4H0XB 1O1WA 4CHOA 3WHRA 3SAFA 1R0AA 4F2RA 1UOCA 4OT2A 4Y0WA 4Z9OA 3AY9A 3UKRA 3MEEA 3DLRA 4L3QA 3K5NA 4D7XA 1I3AA 4N56A 1VAZA 3V9WA 3MXIA 1T03A 4FOIA 4ELTA 4NXNK 4CF9A 1NMNA 3DAWA 4IDHA 1L3TA 4PY5A 1Q8IA 2O8DB 4PL8A 4J2AA 4FJ8A 3UIQA 4LA0A 3L2WA 4JNEA 1E7CA 4BY9C 3CCSN 5DQFA 3O9SA 3ATVA 1JLEA 1VRTA 2Z1GA 4LF8K 4M70B 3H3NO 2YHAA 3ZCMA 3ULEA 3LDPA 3THWB 3BF3A 4B9MA 2QM6A 4GV3A 4H8KA 4DUZK 4C8OA 3LDLA 5M1KA 1LW0A 5B8HA 4GVEA 1SQKA 3BDPA 1E7HA 1X9JA 2P9IA 1DT9A 3ZSQA 4ZTJA 4F8RA 5JICA 4DQPA 4FCYA 4DQQA 3NHGA 1VK0A 2G8HA 3UIVA 4HGMB 2O8EB 4I2PA 5AZJA 2ASMA 1S6QA 4LD0A 1TK5A 5GAHP 4EHTA 4GNIA 1E3MA 4M42A 4KKOA 1QHAA 2UXBK 1GOCA 1YJ9N 2QHBA 5EVZA 3G9KD 4B1ZA 1HMVA 4FPBA 4CZIA 5M1NA 5J2PA 1FKOA 4BRPA 1BCMA 1XMOK 1W0HA 2BE2A 4DTSA 2NUBA 3FNMA 2YCHA 2XHBA 1E78A 3AVGA 2P9KB 1MIWA 1MU2A 3DXKA 4KREA 1Q9YA 4CJVA 3N4PA 2BXQA 2HBMA 3TPQA 4E89A 5T7BA 3TABA 5IIHA 1MUHA 5IIXA 4YHHK 2OZMA 3H46O 3ZT0A 2DFHA 4JRPA 2UUBK 1JLCA 1RDAA 1O13A 1QVFM 2YHWA 3TWHA 2Z8JA 1TYQA 4RCHA 3TAQA 3TI0A 1SL0A 2I7NA 4WQ4C 2Q0RA 4NCAA 1FXXA 3AAQA 3THXB 4CJTA 4FW2A 2OANA 4W5OA 2KQ2A 1T44A 3MDQA 3CC7N 4LSLA 4BVOA 3LU7A 2LXSA 4CBUA 2G8IA 2OPQA 4QOZB 1S6PA 2D4WA 1NGDA 1GLAG 5BPNA 4BRHA 3NCIA 5AFUH 4LH4A 4X64K 4FWOA 5BR8K 3M8PA 4C23A 1HNWK 3FZHA 1SKRA 1TXUA 3T1YK 4KH4A 1KD1O 4BQZA 5H1SQ 4BRDA 1E7AA 4M3TA 1K8KB 3NGYA 2YDFA 3NMUA 3BY5A 4KHUA 1LOTB 4O8KA 4WF9L 5AQKA 4KB0A 1VSIA 4IJNA 2HHQA 2BXFA 2QXLA 3UKRB 5F1XA 4KI4A 4N41A 1IG8A 1G15A 3H37A 2HHWA 1LW2A 3SYZA 4JKAA 5ID9A 1YUWA 3ZSVA 2VQFK 3FGUA 2GX9A 4CW7B 2QWRA 4UQGA 1NJIO 3OYIA 1NOZA 1QQNA 5HRPA 2D1KA 3P39A 4BRAA 2UUAK 3C94A 4DR5K 1J78A 4JV5K 4Z94A 3VA0A 1D4XA 3VOVA 4N0FD 2D5RA 1BM0A 3R9PA 3PLAA 3MCPA 4HCBA 3MECA 1X1PA 2HBKA 1EETA 4PO0A 3ULEB 5M1QA 3ZT2A 3MWTA 1HNIA 1LWEA 3O4NA 4CFCA 5FPDA 4YNQA 1VQPN 1YTAA 5HRRA 2B4JA 1JLGA 4FPAA 1AO6A 1Z6RA 4WFBL 3PO5A 4RG8A 3E01A 3I8BA 2GUTA 3DLKA 4DS4A 4Z0UA 1N5YA 2DYOA 3WXKA 3CCVN 1WB9A 5AQXA 3FWCC 2HW3A 4HGKA 1OH5A 1EWRA 4DV2K 4F5UA 2UXDK 1YT3A 3V6DA 1RDBA 4J2DA 1FKPA 2E6LA 4OLAA 1KCFA 3M99C 3TTDA 2Y1IA 1BKEA 1J5EK 5ADXA 2O8CA 4LUHA 1E7BA 2EFCA 3SIUB 3QDKA 4GV6A 1S72N 3ASMA 4FJGA 3GDQA 4A57A 1RDCA 3TANA 2FSNA 4PA1A 3BPJA 3RWUA 4GY2B 3W3DA 3QEWA 1FOUA 2ZJQL 4CEZA 3HOSA 3KVGA 2V36A 2NRTA 5FDLA 2BH1A 4W5RA 2A41A 2ZM6K 4CEEA 4PL7A 3CJBA 2R7YA 2X6NA 3GE1A 4JI7K 1WSJA 4BRMA 1RTDA 3OS2A 2BXCA 3H1QA 4FJNA 4YDUA 1UAXA 4C31B 4BGBA 4BC4A 3G71N 3I55N 4FWSA 3NVMA 3CJ9A 4QCLA 3CHWA 2O4GA 3O3FA 4QAGA 4K71A 1JJ2M 5DM7L 2DFEA 1Z05A 1NGAA 4CJSA 2BTFA 4L9KA 3J8AA 3VQ8A 4CESA 1TYQB 4DQ8A 3FE1A 2CGKA 1QQMA 2ETJA 3QNOA 3I0SA 5M1OA 2V7YA 4H0YB 1VSMA 4Z4IA 2GELA 3RR8A 5KI6A 4A2BA 3EKSA 4CZLA 1K8AO 2BXNA 2KKZA 2DBXA 3CCJN 1HNVA 1RT6A 3OYNA 1NOYA 4B9UA 1KSPA 4H4OA 4FJIA 3LDSA 4LFCK 2F9WA 3R3LA 3RVCA 4AHUA 3ECPA 2W40A 2CGJA 4GMJB 4B08A 3OYBA 5E26A 1HYVA 1E4FT 4JI2K 1L3UA 5GAEP 2RKIA 4KB1A 3N4QA 3VA3A 1D9DA 4CZJA 2QWPA 4DQSA 3QICA 2VG6A 2W42A 3UB5A 4YOUA 5C12A 1RT1A 5C25A 4LF7K 3L8BA 4BC3A 2V7ZA 1WSFA 3F5TA 1RBVA 3WUHA 4DSKA 4W4UB 2D0AA 3F9MA 3ID6A 3NVKA 1TK0A 1VQ5N 3A5LC 1RTIA 3KK3A 1VSHA 2HSTA 4CJKA 1W97L 3VQ7A 4CE9A 5JS2A 4MO4A 3KK7A 2AGHB 3L6QA 4N76A 3P38A 3OYCA 1HLUA 1JLAA 3ZSZA 1NGFA 3EE8A 4DV5K 4EFHA 5D3GA 3AA3A 4A62A 3QETA 4JS4A 2F9TA 2NRWA 3ZETB 1NJWA 4PUOA 1A5WA 4FJKA 2FBVA 1RT5A 2BXHA 2W41A 4B3MK 3LDNA 2FXUA 3SNNA 1ATRA 1V4TA 2Z8IA 1IJJA 2BXBA 1MWMA 4JEPA 3T3FA 3RSEB 1GLBG 1YVUA 3MXMA 4Y1DA 1VHXA 4JK8A 2BXAA 4XH4A 4FK2A 3W1SA 4B3RK 4TQ1A 4HUGA 4BE1A 1RT4A 1KAXA 3CERA 1U4BA 1W7AA 4O4GA 1ILYA 2WTUA 1RT2A 1KFDA 3AGKA 4YY3K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIV B;  3NVI A;  5GIP A;  3T7Z A;  3GQU A;  3SIU B;  3ICX A;  4BY9 C;  1NT2 B;  5GIN A;  3NVM A;  3NMU A;  2NNW A;  3PLA A;  5GIO A;  3GQX A;  3ID6 A;  2OZB B;  3NVK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KH6 A;  5DM6 L;  4LF9 K;  1SV5 A;  5IJF A;  1HKB A;  3P31 A;  4LC9 B;  3F73 A;  1LAV A;  5ELZ A;  5JS1 A;  5FRO A;  2YHB A;  4A61 A;  3Q7B A;  3AAR A;  4K0K K;  3WT0 A;  2P9L A;  5C2F A;  5HRS A;  3RR7 A;  3S9H A;  2P51 A;  1T8E A;  2A1S A;  2O8B A;  4CFB A;  4FLT A;  3NH2 A;  3SUP A;  4IW2 A;  3CCE N;  3FZL A;  1GLJ O;  3B9L A;  1RDD A;  4C8L A;  2NRH A;  3HM8 A;  3CFP A;  3FLC O;  2BXG A;  2P1J A;  4KV8 A;  3FZF A;  2E5L K;  1G99 A;  3LP0 A;  1VFI A;  1HK1 A;  4DR1 K;  5HOZ A;  1D8Y A;  4KFB A;  4FVU A;  1Q9X A;  4GDL B;  4FM2 A;  3O5B A;  3DRP A;  4FJC B;  3VGK A;  4I9Q A;  4I6M B;  4JHD A;  1WSE A;  1S1X A;  3D6R A;  1TL3 A;  4E99 A;  4J2V A;  1JL2 A;  2G8K A;  1BQM A;  4JN4 A;  3SQ1 A;  4GDX A;  3OYM A;  2I5J A;  4B3O A;  1DLO A;  4O5B A;  4WQ5 A;  4KHS A;  2IVP A;  2P9I B;  1Z26 A;  1RTH A;  2UXC K;  1ATN A;  1HKC A;  1ZBF A;  5J1E A;  5EOY A;  4FJJ A;  1NK7 A;  4JKC A;  4OKJ A;  3OYJ A;  3H08 A;  4CD1 A;  3CC4 N;  1T05 A;  4K8X A;  3KLI A;  2YNI A;  2G8U A;  5AZJ B;  3A2F A;  1NGB A; 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