5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3SIUB 3ID6A 3GQXA 2OZBB 5GIPA 5GINA 5GIOA 3T7ZA 3NMUA 3NVMA 3SIVB 3NVKA 3GQUA 1NT2B 3PLAA 2NNWA 4BY9C 3NVIA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF9A 3VGMA 2QM6A 4FM1A 4CBXA 3AVJA 4CK2A 4LA0A 3G6EN 2FBYA 4ID5A 4FZZA 3AVKA 3MCAB 4CJ5A 3HSCA 1BG3A 4CJTA 4N76A 4BRDA 2VG7A 4IO8A 2K0NA 2BUPA 3BGRA 1NBWA 4EZ9A 4BREA 2ITMA 1VQ4N 1JCEA 1FJGK 1RBRA 1IKVA 2YHBA 2EHGA 2QXLA 4BRCA 4FLTA 3SQ4A 3C7NA 2HHWA 3U8XA 4GVEA 2P9NB 4CJFA 4M3UA 1CLQA 3LDQA 2V7ZA 1WAJA 3V1RA 2GUPA 2X74A 3RMAA 3ZLJA 2I2ZA 4CFBA 4MDBA 3O08A 1LWFA 4CE9A 3NH1A 1VQLN 3HOTA 3EEQA 5IIUA 4MLHA 3J7ZO 3O6WA 5C25A 4B3OA 1E3MA 4RW8A 3D2FB 1UORA 4DV5K 4BGBA 3K2PA 4M3RA 1HJRA 5IIHA 2XW1A 3D7EO 5KPTA 3NGIA 4FLXA 3I56N 3QBXA 4FJMA 3W0LA 2G8IA 1EKEA 2F4VK 4KTZA 3H3AA 1HKBA 3WHRA 1NGCA 1NJWA 4M3TA 3E9LA 4DQSA 3E9OA 1S1TA 3CG7A 4KB0A 3ZX2A 4HHTA 3KKSA 3LP3A 4C8OA 4PKGA 3TAEA 1VSKA 2OPSA 4BY9C 2BDPA 4CJSA 4CHOA 4OGCA 4UY8O 3OW2M 4H5NA 3FE1A 2V51B 3CETA 4ZBKA 1ATRA 1WLJA 3AAQA 3F9KA 3OYKA 4B8CA 1NNEA 3E1YA 4H0TB 1BA1A 3EZWA 3QLHA 4F5VA 4CFAA 1VAZA 2HF3A 3V9WA 4BG8A 3ENHA 4X65K 4CEEA 4DFJA 1B9DA 1QS4A 4ICLA 5GHKA 1YXQA 3VEOA 3THXB 4X66K 4Y1CA 4IEEA 1DGKN 3V1OA 5BRHA 3FLCO 4OPKA 2BXPA 3SIUB 1U48A 4J2BA 3M8RA 3M3ZA 1T8EA 4LSNA 5JLFA 2UXDK 2BXQA 5GIPA 1RT1A 4CESA 4B1YB 2DFHA 2OPQA 4D7XA 1VRUA 3ENBA 3DLEA 4ILGB 3S3OA 3JS6A 3OS0A 4B9SA 3TAFA 1OH5A 4FO0A 2UUAK 3AA4A 3CQXA 4CHZA 1SZ2A 4M70B 3FFIA 1QVGM 3CCRN 4F5TA 3CMEN 1EO1A 4CHYA 2DG5A 2HBMA 5AQZA 5IJFA 2VUFA 4BR2A 4FCYA 1KD1O 2XW0A 3AARA 3G25A 1WBBA 3GDQA 2E6LA 2P5OA 4IJNA 3WQTA 4OLBA 1KAYA 1RT3A 4F5SA 3U9ZA 3HRGA 5C10A 2G8FA 1VSHA 2GUIA 3TI0A 3NF8A 1KXPA 3RR8A 1TXUA 2FSNA 1XQSC 3W1SA 5LY3A 1HMVA 1X9SA 1NKBA 3B6PA 1NJIO 1UA0A 4LSLA 4FLUA 3TPQA 3ZX0A 1TK0A 5JVGL 1NGFA 1S6QA 2E88A 1R59O 3KVGA 3LAKA 4Z4FA 1EQYA 2XVQA 4FK0A 1XMOK 1HK3A 2E2QA 3QNNA 1HRHA 4LF7K 4DR7K 2Z1GA 4BWMA 4E1NA 1P90A 5C12A 4LF9K 2G8KA 3SJHA 2LXSA 4CGGA 1HX1A 3CERA 3SAGA 5ID7A 4BRLA 3QEIA 2G8VA 3C6AA 4HCCA 3KD5E 1NGAA 3O4QA 5CR4A 2KFZA 2EFEA 3TANA 2GEMA 3CQYA 4WYBA 3ULEA 1GLBG 3W3DA 1EWQA 5JS2A 5LJVA 4BE1A 1LOTB 2KZZA 1S5JA 3H1QA 2QHBA 1RTIA 2CGLA 1BQMA 3ZSQA 4DUYK 4KHSA 2QI2A 3Q7BA 4JAXA 3TAQA 2V7YA 3D45A 2VGNA 4BQLA 1MIYA 2GX9A 2AA4A 4FWPA 3VQ5A 1B92A 1HNWK 5AQOA 3SMSA 4EP4A 3VTIA 3TABA 4BDZA 2XY7A 4KAZA 2E0XA 3L2RA 4CIFA 4JKFA 4KH5A 4HTLA 2O8FA 4BE2A 2Q3SA 3S9HA 4JV5K 3A5LC 5CE3A 4DTJA 1VSIA 2CGJA 4FLWA 4BRKA 1BIUA 3HT3A 3FZHA 4N0FD 1VZSA 3TTDA 1HKCA 2IC3A 4CCHA 3C65A 5AFUH 1RDDA 1QZ5A 3SBGA 1W97L 1TAUA 4NCAA 5EX5A 4DTMA 3KK1A 4JHDB 3AGKA 4FWLA 3VA3A 2Q1NA 3G9KD 3DAWA 3R9PA 4J2EA 3RMBA 3I8BA 3O9QA 5KGWA 2HOEA 4A5AA 3KK2A 3LDSA 3TAGA 1S9EA 1SUQA 3HI0A 1Q7YO 3LM9A 1RT7A 3MN5A 3HVTA 3QICA 1X3NA 1HYSA 4DWIA 2DBXA 2Z8JA 4I9OA 1KXPD 3UB5A 4B3SK 2P9LA 5BRFA 3LDNA 1JLGA 4ZBRA 4RTFD 4C1NK 3JAMO 3C0BA 4ZC6A 3WXMB 5D3GA 4NXNK 3K9JA 3BEXA 1G99A 4FJLA 1VK0A 1YJ9N 5FUOA 4FW2A 4CF9A 3M8SA 4GY2B 2HHVA 4DSLA 5B5TA 3VA0A 1N5YA 2GELA 1F21A 3MXMA 4DB3A 2IIRA 4HGMB 3CYMA 1RFQA 1RTHA 4FM0A 1N32K 3QEVA 5AFUA 1FKOA 4FXDA 5D7GA 4JS4A 4FJGA 5IJEA 2Z8KA 1S1UA 1YTAA 3MXIA 2HVHA 4JYAK 3TTCA 4E7JA 4DTOA 4DTNA 2BXCA 1RDCA 4FLZA 2WBNA 3L6QA 3CCQN 1VFIA 4EFHA 3CCJN 4IW2A 1KQSM 4JKBA 4N41A 4M41A 3AO2A 5AQSA 3ZSXA 1T6CA 1BA0A 5EOYA 4GMJB 5CYMA 3CX9A 2OT3A 1L3SA 4YOXA 4KPYA 4G03A 3CXCM 2JLEA 4PL7A 1AO6A 4N3ZA 3OHRA 4H4MA 2RE2A 2NLXA 1K9MO 2YHWA 4OKEA 5KQDA 3TSPA 4XH5A 3O5BA 3JRYA 3OJSA 2KWFA 3K9KA 1WBDA 4MLEA 4N5SA 3GE1A 4WQ5C 4A62A 3K5LA 3VF6A 4H4OA 3H3NO 3LL3A 1HPZA 5EVZA 3V1QA 5JMVA 4E1MA 1TK5A 1ZBHA 2HHHK 1H5WA 4GKKK 3QESA 2O8BB 1NM1A 5J1EA 3EZ5A 4JRPA 4H0PA 4AHSA 4HCBA 4RWTA 3VEVA 3ZT4A 5ADXA 4L8UA 4KBOA 2P9PA 4FJ5A 1NK6A 4LUFA 5CYQA 5HLFA 2DYOA 3UKRB 4AHUA 2D0CA 1J5EK 2BXKA 4CGIA 3L2UA 4C1NI 4FPAA 2XY5A 4KREA 2HW3A 2RKIA 4C31B 3T1AA 2BH1A 5FPNA 3DXKA 2FSKA 1GLJO 1VQ9N 1NJYA 4NB4A 2P9KA 1EXQA 1CZ9A 2HBJA 4FJCB 3VENA 2VWBA 4CW7B 5FDLA 1GLCG 2NNWA 3DXMB 3O4NA 4C23A 1HNIA 2E4LA 4S1YA 3O3FA 3L4QA 2G8WA 4ZUXV 4BR4A 1LCUA 4ZBQA 3J8AA 1BWFO 5BPMA 4YOWA 1E4FT 3HXMA 3LDOA 3L2VA 3SIVB 5HROA 4K8XA 3E9PA 3KLGA 4YOUA 1JLAA 4BR0A 3KHYA 1DT9A 4XH1A 3DOLA 5AQVA 1VQMN 2P51A 4K42A 4CJEA 1YVNA 1O13A 4A2AA 4X64K 1NGIA 3S3MA 1RCHA 2BXGA 1NG9A 2P9NA 2VQFK 3OYNA 2E0YA 5K14A 4DUZK 4FJXA 3LALA 1N5UA 3SZ2A 4DTXA 1KSPA 1N6QA 1VQ8N 4FYDA 3ZX3A 3RMDA 1YI2N 2O8DB 2IGIA 3T1HK 4EHUA 1VSEA 4EIAA 3VQPA 3EO3A 1NK8A 4F3TA 4FWOA 2QEXN 3CCEN 3FZLA 2H3GX 4FOIA 5DBYA 2NRVA 5BREA 3SI6A 5JVHL 3D2FA 3VEYA 2HBLA 5BPNA 5SZTA 3IFRA 4B3RK 1DKGD 1SS6A 3PIOL 4K8ZA 1D4XA 4H0OA 4ISGA 2FXUA 1RDWX 4ELUA 2DYMA 3KTQA 4F2SA 1SKWA 3QNOA 4DF8A 4GW6A 4LC9B 4DV7K 5BN9A 4BR5A 1VQNN 4QCLA 1X9JA 2FBXA 4CHNA 4KFBA 2ETJA 5I42A 3A0IX 4I2PA 1HNXK 3TTFA 1NU0A 1OKJA 4Z94A 4GG2A 2B6AA 1ATNA 3WHQA 3VQEA 3WQUA 3WEEB 3ISNC 4K2CA 2O8CB 1WSIA 1YHQN 1IKXA 3RTVA 4CJLA 4DSJA 3EKUA 1HUXA 1VSMA 1NMNA 5M1NA 4J2DA 3VEZA 3OYDA 4FK4A 3QERA 1EX4A 2VG6A 3OYHA 4B9MA 1GLDG 5E41A 1NLVA 1JLEA 3IUCA 3MEDA 3THXA 4XEIA 1NJZA 4K25A 2W41A 1ZYQA 4L3QA 4FK5B 2NRHA 5M1OA 5J2QA 1NK0A 1FW6A 4HGKA 2YX6A 4KI4A 4W5OA 3H46O 3OBYA 4ZCGA 1W9HA 1J9AA 4JKGA 3TR8A 1U4BA 1N34K 3HSTB 3P39A 4IFYA 3KWIA 2OPRA 3VETA 4EHTA 2VWKA 2D0OA 1GOCA 3VPZA 3ZYYX 2UXCK 5KQ8A 3OYCA 3VEXA 4R79A 3B8AX 4HVJA 1KCFA 5LMUK 1BL3A 3U6FA 3NF6A 4O8UA 3L3UA 3OTOK 1LNSA 4DG1A 1S9GA 4H0VB 3VQ4A 1JXBA 1HK1A 5C24A 1WUAA 3K58A 4FJ9A 4FZXC 4JK8A 4WFBL 3SUOA 2I7PA 1QVFM 1IH7A 2KZMA 4DLGA 3SQ2A 2ITGA 3AVFA 5IWAK 4FOEA 1KLMA 1NGDA 2IVNA 3DLHA 2IVOA 1YT3A 1D5AA 3LP0A 3CM6A 3O80A 4TQ1A 4BRGA 2OZBB 2B5JA 1EETA 4YDUA 3U3GA 4N56A 4JRQA 4NLBA 4JI7K 1T3VA 1FK9A 2BXFA 3DRPA 2ZQBA 5I9EB 2UYTA 1GLFO 4OX9K 2YHAA 2V36A 3OYEA 3EN9A 4KV8A 4F4KA 3P1GA 1U2VB 4DF4A 4K41A 4A61A 1KW2A 3GG4A 4JN4A 4QS9A 1Q9YA 2UUCK 2P9SA 4FJJA 1WNSA 4CIGA 3MHSB 4JD2B 2BANA 3SV3A 4ISEA 2QWPA 1ATSA 4FJHA 3H1VX 1LOTA 2E5LK 5C2FA 4L9KA 3NVKA 5AQRA 3IAYA 2YHXA 1H9ZA 3KK3A 2GTDA 2HVIA 1IBKK 2E8AA 4IFEA 3OYAA 1T7PA 4CFCA 1KRPA 1TKDA 3M99C 3OYMA 2RHKA 3L2QA 3OYLA 4DSEA 2D0BA 4J2AA 4M63C 4KTQA 1G15A 3J80O 2YJEA 3HJFA 4Z4EA 1ZC6A 4CBUA 2Y1JA 3CD6N 5FRMA 4PQUA 4OGEA 1I94K 4JKAA 4B1ZA 2YDFA 3AVGA 4DU1A 1T6DA 2VG5A 3K59A 4DFKA 4DSIA 2RF2A 4JI2K 3V4IA 1HPMA 4JLHA 3OYIA 3WNGA 4RG8A 3ENOA 1NMDA 4CZIA 3V9SA 1Z25A 5AQIA 2E20A 3QINA 2AP1A 1HK5A 4CZFA 4W5QA 2ZJPL 3O9SA 4CHPA 2IS3A 1YAGA 1RBSA 1BO5O 2Q0RA 4BGAA 4M3ZA 3UKUA 1ZBUA 4Z9OA 1QHTA 2UU9K 3VOVA 1NWKA 3CJCA 1WSJA 1JLQA 3HTVA 4OJRA 2BXMA 5TKWA 2ZGYA 3G10A 2QWRA 2O4IA 3F9MA 3A5NC 4BC3A 1BISA 3B9LA 5C2DA 3L2WA 3KZBA 4IW1A 2LQHA 2XMOA 4FJNA 1YIJN 4IG3A 1GOAA 1KAXA 4W4UB 3Q7CA 3VQ8A 4LH4A 3SQ0A 4KHUA 2ZD1A 3A8YA 1N8RO 4CIEA 2X78A 4JKHA 3THVA 4FWNA 1MDUB 3HO1A 3A2FA 3NGYA 4HUGA 2I7NA 1ZBLA 5HBMA 5AZIB 1IKYA 1U47A 1LW0A 5GAEP 4JI5K 5BR9A 4LFCK 3MEGA 3L4IA 1SL0A 3RMCA 3GQXA 3QEXA 4CEOA 3BUZB 3WXKA 2UXBK 2OANA 2E2NA 3P31A 5AQMA 4Z4GA 3FNMA 4IBNA 1YTUA 3NAEA 3CCVN 3O4WA 3D2EB 4CZLA 3LANA 1LWCA 1JL2A 5AQLA 3ZSRA 3HP9A 1HKGA 3B9MA 3FR0A 3SK3A 2PFUA 1C1BA 2LSNA 4H5VA 1TYQB 4DU4A 4M7XA 2O8BA 5BPKA 4CJUA 1HR0K 3MDQA 4EP5A 5B8HA 3RRHA 1HNVA 2YHYA 4M45A 4DV0K 2DY4A 4RW7A 4Y0WA 4PA1A 1D8YA 3MN6A 3UKRA 3F73A 3S3NA 3R1XA 1FKPA 2YV0X 4RW9A 4W5RA 4YNQA 3CC4N 5LJWA 1ILYA 3PSIA 4LF8K 1C0MA 1NGHA 3D0PA 5EU7A 3C7NB 4FJKA 1MU2A 3BY5A 3DJCA 4KO0A 4ZTFA 4M3YA 4MBEC 1XNQK 1KFDA 4KHQA 2ZJRL 4NYNA 1RT2A 3ZEUB 3DXMA 3RRGA 1RBUA 2DFFA 4DV2K 4JI4K 4NCGA 1WSGA 1OH8A 2VGMA 3DLKA 5BR8K 5AQNA 1D9DA 4IG0A 3SV4A 1HQUA 1T03A 2OYQA 5C42A 2QWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  3ID6 A;  3GQX A;  2OZB B;  5GIP A;  5GIN A;  5GIO A;  3T7Z A;  3NMU A;  3NVM A;  3SIV B;  3NVK A;  3GQU A;  1NT2 B;  3PLA A;  2NNW A;  4BY9 C;  3NVI A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NF9 A;  3VGM A;  2QM6 A;  4FM1 A;  4CBX A;  3AVJ A;  4CK2 A;  4LA0 A;  3G6E N;  2FBY A;  4ID5 A;  4FZZ A;  3AVK A;  3MCA B;  4CJ5 A;  3HSC A;  1BG3 A;  4CJT A;  4N76 A;  4BRD A;  2VG7 A;  4IO8 A;  2K0N A;  2BUP A;  3BGR A;  1NBW A;  4EZ9 A;  4BRE A;  2ITM A;  1VQ4 N;  1JCE A;  1FJG K;  1RBR A;  1IKV A;  2YHB A;  2EHG A;  2QXL A;  4BRC A;  4FLT A;  3SQ4 A;  3C7N A;  2HHW A;  3U8X A;  4GVE A;  2P9N B;  4CJF A;  4M3U A;  1CLQ A;  3LDQ A;  2V7Z A;  1WAJ A;  3V1R A;  2GUP A;  2X74 A;  3RMA A;  3ZLJ A;  2I2Z A;  4CFB A;  4MDB A;  3O08 A;  1LWF A;  4CE9 A;  3NH1 A;  1VQL N;  3HOT A;  3EEQ A;  5IIU A;  4MLH A;  3J7Z O;  3O6W A;  5C25 A;  4B3O A;  1E3M A;  4RW8 A;  3D2F B;  1UOR A;  4DV5 K;  4BGB A;  3K2P A;  4M3R A;  1HJR A;  5IIH A;  2XW1 A;  3D7E O;  5KPT A;  3NGI A;  4FLX A;  3I56 N;  3QBX A;  4FJM A;  3W0L A;  2G8I A;  1EKE A;  2F4V K;  4KTZ A;  3H3A A;  1HKB A;  3WHR A;  1NGC A;  1NJW A;  4M3T A;  3E9L A;  4DQS A;  3E9O A;  1S1T A;  3CG7 A;  4KB0 A;  3ZX2 A;  4HHT A;  3KKS A;  3LP3 A;  4C8O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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