5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3NVIA 3GQXA 3ICXA 3PLAA 3NVKA 5GINA 5GIPA 5GIOA 2OZBB 4BY9C 3NVMA 3ID6A 1NT2B 3NMUA 3SIVB 3SIUB 3T7ZA 2NNWA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGXT 1OKJA 3AAQA 2XVVA 4CZMA 2V51B 3I33A 1LWEA 3J7YP 4GDXA 1DKGD 3TAGA 2O8FB 4IW2A 4F2RA 4CVNE 4H0VB 2QMCA 2YHYA 2CH6A 4DV4K 3TPQA 3DXMB 3SPYA 4I7FA 2QKKA 4DR1K 4J2DA 4CZIA 2HVHA 1QSSA 2LQIA 3FZFA 1NU0A 4CIGA 3OTOK 1L3UA 3J7ZO 1M1KO 3KTQA 1HKGA 2HF4A 2FBXA 1TKDA 4CZLA 1WSFA 3SCXA 2A42A 4JK7A 5E26A 5AFUH 3QETA 3DYAA 3PSIA 4WFAL 4DHYA 5E84A 3PX6A 3SQ1A 3AY9A 5C2DA 2UYTA 1NJIO 4KB1A 1GLJO 2E1ZA 3OS0A 4AHUA 3F9KA 1T3VA 1JLCA 2ZF5O 3C65A 3OYMA 3K5MA 3SMPA 3PX4A 2E1YA 1HQEA 2F96A 1C1AA 3ASMA 4I6MA 3I55N 3ZSQA 4PY5A 1VRTA 2BXPA 3FNMA 1FK9A 2XSIA 3IRXA 1TK8A 1BI4B 2OT3A 1RDAA 2NRRA 1R0AA 4M42A 2BXAA 3WNHA 1E7IA 4LUHA 2P9SB 3SAGA 3DLBA 3O4WA 2KKZA 4NXMK 2CGKA 1C0GA 3NF6A 1U04A 1RILA 1T05A 4N5SA 4KFBA 4UY8O 1GNJA 3NGYA 2YNIA 2D0OA 3FZLA 3PSFA 4AQYK 4CHNA 1I94K 4L9QA 3GDQA 3ZT3A 4HUEA 4JKHA 4CFAA 4LSLA 1HLUA 4DQSA 3SUPA 4B1ZA 3CC7N 3CCRN 4JS4A 3QINA 3ZT1A 2YKNA 2XVUA 3OA9A 1LWCA 3CFPA 4CJ5A 1RT4A 2E20A 3O9SA 1UAXA 4NXNK 1IKYA 4RG8A 3GG4A 5AQIA 5EU7A 5I42A 3KWGA 4ID5A 1S1VA 2BGGA 4FK4A 4NB4A 1HA2A 3O4QA 5I3UA 4OPHA 3OJSA 2VWKA 4CGJA 4DV5K 1NGCA 3IG1A 2WOMA 3RRGA 1XC3A 4N0UD 4ELTA 3LDOA 1V4TA 3K57A 3SIVB 3P4IA 4S1YA 1QZ6A 3CCMN 3CCSN 2E5LK 4K8ZA 4NCAA 3LZJA 5FPDA 2B5JA 2Z8IA 5GAHP 1H1VA 2IVPA 1ATNA 4JK9A 1Q18A 4DV0K 1U4BA 3OYJA 3O9QA 1TV6A 4JD2A 1YVUA 4Z94A 3CM5A 4B3RK 3O3HA 1WBDA 3JQZA 3QB0A 2KHOA 4GDLB 2XHBA 4H0YB 1WOQA 3CXCM 4FJXA 4JHDA 4CBXA 3DLRA 3C95A 1HNVA 4NYFA 3AGRA 2VQEK 3FWCC 4DSLA 3TU5A 3KIOA 2KLAA 2Z1IA 3CCVN 3A75A 1Q9YA 2PY5A 5GINA 2XVQA 5LMUK 5AQMA 4FLYA 1WAJA 5KQDA 1NJYA 1U48A 5AQOA 3QEWA 2G8KA 2BXOA 1LOTA 3PUFA 4CGGA 1I3AA 3DLLL 1WN7A 4JKDA 4RW7A 2CKXA 3VMFB 5JLHA 4LB2A 2KW4A 1FW6A 3MXMA 4E1MA 2UUAK 3E9LA 3DXKA 5JVHL 3HT3A 4OKEA 3DM2A 2XRIA 3ZSRA 3VA0A 5TKWA 3CCLN 3U9DA 5D7GA 4FPAA 4ISFA 4B08A 3LU6A 1Q9XA 1RDCA 3P38A 3BZCA 2FSKA 2Q3SA 3ATUA 3J81O 1RT2A 2X6SA 2HNDA 3PO5A 3M3ZA 3OW2M 3CC2N 3NBPA 3NF7A 5C0YA 1YIJN 3BP8A 5CYMA 5CE3A 4BDZA 4G9ZA 4DSKA 1Q7YO 2DBWA 3ECPA 4AF1A 1NG9A 4H4MA 2P1JA 3T7ZA 4ILJA 3ZETA 5AQGA 5EOYA 2HBJA 3GQXA 2HSTA 3CIPA 4NCBA 2GTDA 2P9LB 3ENHA 3NH1A 2NUBA 3VEVA 1RBUA 3CQXA 3QEIA 1OH7A 2OZSA 2RE2A 3O3FA 3U9ZA 4DLEA 4JI6K 3VF4A 3V9XA 3CYMA 4JK8A 2J4RA 1RDDA 1SKRA 1FJGK 5JVGL 4XH5A 4CJTA 1RDWX 1SUQA 2BE2A 2ZD1A 4IFYA 5KRTA 4R5PA 2WONA 1IG8A 3QLHA 4C8MA 3VEZA 3LZIA 3NAEA 4CZHA 5HRNA 5IJFA 4LH4A 4R79A 3RWUA 4GKKK 4O8KA 2BXIA 1BCMA 1TYQA 4W5TA 1IJJA 3R9PA 5C42A 4FJNA 3D2EA 3HYFA 4K0KK 4FWPA 1K9MO 3TAQA 1E4FT 4PUOA 2XW0A 5AQLA 4Q0BA 2Z1HA 2EFEA 3RR8A 2RPIA 1RBVA 5IWAK 1SKWA 1RTDA 3QIPA 3VEOA 4HGMB 4H8KA 4BWMA 4ZBQA 3VTIA 1YXQA 3V9WA 5AZJA 2BXNA 3H08A 4B9SA 1EWRA 1KXPD 3OYAA 4OPJA 3NF8A 4CBUA 3LP1A 3CX9A 4CGFA 5DM6L 3L3VA 5IFOA 3AA4A 5D3GA 3KD5E 1SL1A 2ATQA 5DMRA 2NRTA 1IO2A 2Z1GA 1QSYA 2PFUA 4J2EA 4KTQA 2E6LA 4DUYK 5CHIA 2HNYA 4M3UA 4Y0WA 4X65K 3SI6A 4FM0A 4KHWA 3LDNA 4CEBA 2AP1A 3CJBA 3ENBA 3AVKA 2B4JA 4YOYA 4F2SA 4JI8K 4KH4A 2X74A 1BWFO 3GBTA 3SQ0A 4WQ5A 4WQ4A 5FPEA 3LAMA 3ID6A 4DQIA 5HL7L 4FOIA 1UA0A 3CF5L 4DG1A 5AQPA 4CEQA 3ULEB 1WBBA 4B1WB 4PO0A 1TXUA 1K8KA 4LF7K 3TARA 4FYDA 2GV9A 4YOVA 1YTUA 2D5RA 1NGIA 4FLVA 2VWBA 4DQQA 4LSNA 1N6QA 1JCEA 4LB9A 4L3QA 4CEAA 1SS6A 3SUOA 1ASUA 3GL1A 3VQ4A 4EFHA 4LFBK 4BDYA 3QESA 3VETA 2D1KA 5F1XA 3EKUA 1J78A 5BN8A 3T19A 4EHTA 3DLEA 4AH9A 4DQ8A 3NH2A 5FRMA 4A61A 1TYQB 2QM6A 1FOUA 2ITMA 4H5VA 4C8NA 1K8AO 1BDGA 3K9JA 1B92A 2O8DA 4FW2A 5MLCQ 4OLBA 1N36K 5AR0A 4FJGA 4FO0A 1N32K 2NNWA 1NJWA 4KKOA 1S3XA 4FZZA 4V19S 3VGKA 2QWNA 1W9HA 3OYDA 4KHNA 1RGIA 5M1NA 4B9QA 3SBGA 4RW6A 3AO1A 4OTTA 2CGLA 3L8BA 2ZJRL 1Z26A 2O8EB 2ZJPL 2JLEA 4RW8A 3JRYA 5HBMA 2VDBA 5FPMA 4FXDA 4JI7K 2OYQA 3T1HK 2P9NA 5AFUA 2XVWA 1VQ8N 2HOEA 2BXMA 2IDOA 2AGHB 2W6KA 3E9OA 4CJRA 3R8EA 3UKRA 1NGFA 1ZBSA 1C1CA 1VSEA 3OYBA 1MIYA 2YHAA 4BC3A 3I8DA 3VTHA 3S3NA 3OYFA 4CJ4A 1S22A 1VAZA 4D7XA 4EP4A 3C0BA 1SB0A 4K2CA 2GWKA 2FLOA 4CK1A 2ZWHA 4OKJA 4C1NI 4DFKA 4FWMA 3V08A 3LP3A 3SNNA 1C1BA 3WXLA 4MFBA 5C15A 2AJEA 1JKHA 1NK4A 5J1EA 3VQ8A 1OH8A 2DG5A 4CEEA 2ZGYA 1IKXA 5T7BA 4N3ZA 3AVHA 1RNHA 2VUEA 3SMSA 3L2WA 5AQQA 4CHOA 2YNFA 1Y64A 2AA4A 3G71N 1VHXA 1E3MA 3SBTA 3BY5A 3H3OB 1E4GT 3ZYYX 3FZHA 3V1RA 3VGMA 5HOZA 4ISEA 4ZCGA 2CGJA 5DK5A 3MCPA 3VQ7A 2UXCK 4LFAK 4BRAA 4ZUXV 3CI5A 4E89A 3AVNA 3VQDA 4QOZB 3G25A 4YORA 3L2VA 5EY4A 2HF3A 1NJZA 3E01A 4BREA 2RF2A 4BRGA 2O8FA 4BR4A 2V7YA 3L4QA 1CLQA 4ZTFA 3P1GA 5KGXA 1M90O 3DXMA 4FJ7A 3SAHA 4IBNA 4JRPA 1BO5O 3M8PA 3CMAN 4E7IA 1IKWA 3VQ6A 2P5OA 5AQZA 3VEWA 2KTQA 3JSMA 1YJWN 3H37A 3M99C 1HYZA 3EE8A 2VG7A 4B9TA 1WSIA 4W5QA 4FJJA 3Q7BA 1BKEA 4Z69A 2ROHA 4AM7A 1J54A 1IH7A 3A5NC 4IEIA 3V03A 4BRNA 3RR7A 2G8FA 2ASMA 1QQCA 4G03A 1RT3A 4ICLA 1OH5A 1KLMA 4XIUA 3K5LA 1TGOA 3SPZA 1N5YA 2YJFA 1OVQA 4LUFA 4O4GA 3EN9A 3F2KA 3GE1A 4J2AA 2D0BA 4OPKA 1KD1O 4I9OA 2VG6A 1T8EA 2Q36A 1HNZK 3UKRB 2VGNA 2JUHA 1BA1A 2XY6A 1HYVA 4BGBA 4A62A 2OPPA 4BRMA 1RT7A 4FK5B 2P9SA 1VFIA 5B5TA 4H0TB 4JRQA 1JLAA 1REVA 5HP1A 4CGIA 4FK0A 3GOIA 3QIOA 3ICXA 4TQ0A 4KHUA 2QXFA 1DLOA 4K8XA 4Z4GA 4DHXB 1QQNA 4M70B 3F5TA 2PZSA 3CQYA 1SQKA 3CFOA 1S6QA 4AM6A 4F3OA 3IMXA 1JJ2M 2A40A 1O1WA 3U3YA 1RT5A 4N56A 4BRQA 1GLAG 3D0PA 5LY3A 2ZJQL 3ZSOA 4FLTA 4B3TK 1B9FA 1ILYA 4Z4EA 3V1QA 3KLEA 4CJLA 1P8ZA 3WNFA 4BRHA 3DRRA 4XEIA 3OYNA 3TSUA 5GAGP 2QTDA 4CHPA 4KHQA 5J2MA 3CPWM 1A5XA 3SQ2A 2NLXA 2DFHA 4FWRA 3UKUA 2OCEA 1JL1A 2E4LA 4BC5A 2A6AA 5M1OA 3RRHA 4CESA 1LAWA 5SZTA 2ZM6K 2Z1JA 2DYOA 2QWMA 1BM0A 1TKTA 1HYSA 4J8FA 4IFEA 4DU3A 3G6EN 4U7BA 4BRLA 5J2QA 3UIQA 2OA8A 4LF9K 3P83D 3VQCA 1S1TA 4DB3A 3CCUN 3JAMO 2ITGA 1J5OA 4OJRA 5BR9A 4WA6B 4M7YA 3LL3A 1RBRA 4FZXC 4JV5K 1VSHA 1O13A 3LDLA 2IVNA 4AHSA 5FLXO 4FJ5A 3VOVA 3MEEA 3J7AP 4KHSA 3AAPA 5SWMA 2LQHA 2KQ2A 3R1XA 1EWQA 4ZBRA 4F3TA 2BXBA 2QW9A 4Z4CA 5BRFA 4DV6K 3MAQA 3G10A 2ETJA 3QDKA 3OY9A 4RCHA 2FSNA 3LM9A 4M3XA 5KGWA 3ZT2A 3AVGA 4CK3A 1MUHA 1RDBA 3G4SN 4HCCA 3LAKA 3OYLA 3VESA 3HK2A 3ZLJA 1SV5A 3VEYA 4JN4A 3AA2A 4DTPA 1BUPA 3L4IA 4I2PA 1IBLK 4M63C 1KQSM 4JI1K 2G8WA 1QHAA 4BRDA 2IS3A 4FVMA 3OS1A 3NE6A 5EVZA 2Q97A 4BQZA 1TK0A 4CJQA 1NOYA 3H3AA 1ZBUA 3UE5A 4AHVA 1RT6A 2BXLA 4O5FA 1HKBA 3HL8A 3SUQA 3ZX2A 2KFZA 4BR9A 2YHWA 4H5WA 3L2QA 1Q86O 3MDQA 3CCQN 3KK2A 3I8BA 1NK0A 3HM8A 4EZ6A 2Z8JA 4DF4A 4MDAA 4B9VA 4CHZA 3C6UA 4WFBL 4CGDA 4DMNA 4Z4IA 1WSHA 4YHHK 3OYEA 2P9LA 3A5MC 3OYGA 3QO9A 3HPGA 1NGEA 4ZTJA 2HBKA 1GOAA 4H0PA 3VF6A 2PBDA 4M3YA 3NGZA 4JKGA 3UKUB 4E1NA 2FBYA 3BEXA 2Y1JA 1NT2B 3B6PA 3OBYA 4CF8A 2FBVA 3SYZA 3MHSB 4QS9A 2Q2RA 4CJVA 4BDPA 1NJXA 4LD0A 1FKOA 1BCOA 3D6RA 3DOKA 1D5AA 1TAQA 3MN5A 1KVAA 4M41A 3VGLA 3DLKA 3TAFA 4ISGA 3T1YK 3FZKA 3MWTA 1MDUB 5J2PA 1OVYA 3SJHA 4WCEL 1BHLA 3VN5A 4IKFA 3CJ7A 3O1WA 1KLNA 1VQ4N 1RBSA 1ZBHA 3DRSA 3H3NO 4FW1A 4CFCA 2UXBK 1S9EA 2D4WA 1U6ZA 4NYNA 1SZ2A 1QE1A 4FM1A 2G8IA 4NLBA 4IW1A 3C94A 4JK4A 4BVOA 4FCYA 1X9SA 3O80A 5HRPA 5BPNA 1BJ5A 3RMAA 2OPRA 3S3OA 2KFNA 3LU7A 1TUUA 3SUNA 1YI2N 3T69A 3NHGA 2YCHA 3O9UA 1HMVA 1KXPA 3W0LA 5M1QA 2YNHA 2PYLA 3K0SA 3HVTA 1HJRA 3VQIA 3LWMA 4DU1A 2BXHA 4JKAA 2B6AA 4QCLA 3EY1A 2NZTA 4C8LA 3N4QA 3PIOL 3DRPA 1CXUA 3THYB 1EXQA 4H5TA 3F73A 3TAEA 4JS5A 1MWKA 2E2PA 2QM1A 4H4OA 4PL8A 2JWLA 1RTJA 3H45C 5AQUA 1W2BM 4RWTA 4OGCA 3BPJA 3ITHA 1MWMA 1KVBA 3RTVA 4CIEA 4IJNA 5BRHA 3NGIA 1JLGA 1R59O 2E88A 1DTTA 5BRDA 3D7EO 3ULEA 5KI6A 2DFFA 3CCEN 2I7PA 2E8AA 2W41A 1CZBA 4FWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVI A;  3GQX A;  3ICX A;  3PLA A;  3NVK A;  5GIN A;  5GIP A;  5GIO A;  2OZB B;  4BY9 C;  3NVM A;  3ID6 A;  1NT2 B;  3NMU A;  3SIV B;  3SIU B;  3T7Z A;  2NNW A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BGX T;  1OKJ A;  3AAQ A;  2XVV A;  4CZM A;  2V51 B;  3I33 A;  1LWE A;  3J7Y P;  4GDX A;  1DKG D;  3TAG A;  2O8F B;  4IW2 A;  4F2R A;  4CVN E;  4H0V B;  2QMC A;  2YHY A;  2CH6 A;  4DV4 K;  3TPQ A;  3DXM B;  3SPY A;  4I7F A;  2QKK A;  4DR1 K;  4J2D A;  4CZI A;  2HVH A;  1QSS A;  2LQI A;  3FZF A;  1NU0 A;  4CIG A;  3OTO K;  1L3U A;  3J7Z O;  1M1K O;  3KTQ A;  1HKG A;  2HF4 A;  2FBX A;  1TKD A;  4CZL A;  1WSF A;  3SCX A;  2A42 A;  4JK7 A;  5E26 A;  5AFU H;  3QET A;  3DYA A;  3PSI A;  4WFA L;  4DHY A;  5E84 A;  3PX6 A;  3SQ1 A;  3AY9 A;  5C2D A;  2UYT A;  1NJI O;  4KB1 A;  1GLJ O;  2E1Z A;  3OS0 A;  4AHU A;  3F9K A;  1T3V A;  1JLC A;  2ZF5 O;  3C65 A;  3OYM A;  3K5M A;  3SMP A;  3PX4 A;  2E1Y A;  1HQE A;  2F96 A;  1C1A A;  3ASM A;  4I6M A;  3I55 N;  3ZSQ A;  4PY5 A;  1VRT A;  2BXP A;  3FNM A;  1FK9 A;  2XSI A;  3IRX A;  1TK8 A;  1BI4 B;  2OT3 A;  1RDA A;  2NRR A;  1R0A A;  4M42 A;  2BXA A;  3WNH A;  1E7I A;  4LUH A;  2P9S B;  3SAG A;  3DLB A;  3O4W A;  2KKZ A;  4NXM K;  2CGK A;  1C0G A;  3NF6 A; 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