5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
5GINA 3NVKA 3T7ZA 3PLAA 3ID6A 2NNWA 3SIUB 3SIVB 3NVIA 2OZBB 3GQXA 1NT2B 4BY9C 5GIPA 3ICXA 3NVMA 3NMUA 3GQUA 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGWA 3UB5A 1SQKA 1ZXOA 4DR7K 1K8KA 4O5BA 3CMEN 4JI3K 4LF5K 2CH6A 4EIAA 1CZBA 5HL7L 2CGLA 3T19A 4OT2A 2A6AA 2LOQA 3AO4A 4JKGB 2HHVA 4CHOA 2WFBA 3ZEUA 4WF9L 1IG9A 4K0KK 3VN5A 3J7ZO 4CK3A 4EZ9A 1X3NA 4DR3K 3CCJN 4FJ8A 4IEEA 3SMPA 3AVNA 3AVKA 3FZHA 3DAWA 3MN5A 2YNIA 3CCQN 3VQ7A 5FPEA 2BXIA 3HP6A 2JUHA 3QFUA 2Z1GA 3OBYA 2O8DA 2Z8JA 1DGKN 3AVMA 1WBBA 3LU6A 1HNZK 4DU4A 3SJJA 1WSEA 1H9ZA 3O80A 2XO7A 4BRDA 1BJ5A 4X65K 1DT9A 3DRRA 2F96A 3ZT2A 3DLLL 3GQUA 4DV2K 1XI1A 3JQZA 1NM1A 3AA2A 2P9PB 3VTIA 1HX1A 1Q82O 1REVA 4Y1CA 1Z25A 3VGKA 3ZX2A 4KH6A 2E2QA 1VSFA 4D7XA 1FK9A 2DY4A 3RWUA 4CJVA 1HKCA 1IJGA 4C1NI 3KK1A 4OPKA 1GLEG 4DV0K 4Z4GA 5AQLA 2WTUA 4FLXA 3F9MA 1B9DA 3L2QA 1OH8A 3C7NA 2ZGZA 5HOZA 1MUSA 1FXXA 1YAGA 3SQ4A 1XMQK 1NGBA 4OPJA 2P51A 3TTCA 5JS1A 1HMVA 4BRGA 3G25A 4B9SA 3ZX3A 1BU6O 2OPSA 3NHGA 3VEWA 4FJ7A 3HPGA 3DXMB 3SIUB 4BRQA 1YF5L 5EU7A 4FWQA 5HRPA 2P9IA 3R3LA 4CJ5A 4CJKA 4DTMA 1D9DA 2QI2A 4YOUA 5KPRA 3I33A 1NOZA 1KCFA 5AJ3K 1ESVA 4ISGA 5BRDA 4BRFA 5FPMA 4IOCL 4FYDA 4B9LA 1ILYA 2QKBA 3JXUA 4TQ0A 3LDLA 1YT3A 3V9WA 4H4MA 1KTQA 1J54A 4ILHA 4JAXA 2DTUA 5KPZA 3F2KA 3ATUA 3CM6A 3WQTA 1R0AA 1A5VA 2XVUA 1SKWA 3VQBA 4YHHK 4FK0A 1G99A 2HOEA 1WSGA 3AO3A 4L3QA 4IWVA 3B6OA 4OO1J 1E7EA 1L3VA 4CJQA 3RSEA 3BP8A 4FM2A 2YHWA 1J78A 1XHZA 1YVUA 2BE2A 4FWRA 4Z94A 4NAWB 3AGRA 3DOKA 4CEFA 3DWLA 1NGDA 4JS5A 4DSEA 3QNNA 4BWJA 2O8FB 3IAYA 3I8DA 3SAGA 3FZKA 4OTTA 3F5TA 3D2FB 4G1QA 2JGUA 4CF9A 3QDKA 2I7PA 4BVOA 1VAZA 1SB0A 1VSHA 4MDBA 3KK2A 5CYQA 3QFPA 4IZ9A 2VQFK 5M1OA 3R9PA 1WSIA 3CCVN 4DV4K 4BRCA 3K5NA 4H5RA 1C0FA 1ASVA 3GE1A 1VQ4N 2K0NA 4MLEA 3VPZA 2GUTA 1S5JA 1UWBA 4I6MB 4CZMA 5FPDA 3O8MA 5AFUH 2ITMA 3BY5A 5JLHA 1W7AA 3O6WA 1H5WA 4BREA 1W9HA 4A59A 5IJ5A 2JWLA 4CI6A 2OYQA 5M1QA 4AILC 4M3TA 2BXDA 2BXQA 3K57A 3ZSQA 3VF2A 4PA1A 3FR0A 3L6QA 2QWOA 4RWTA 3G71N 4B1VA 1NGCA 3U6FA 4DSIA 2XSIA 4FL9A 4J2DA 1HPZA 5EXWA 3WHSA 3O9UA 3IUCA 1NU0A 4YOVA 2NNWA 3NGZA 4BE0A 4U67L 2VWJA 3BZKA 3VQ9A 1EQYA 4L9KA 2YNFA 4CZGA 4N56A 4KAZA 4JKCA 5DBYA 1T03A 2GUPA 2G8IA 4B1UB 4JKDA 4GKKK 1RT3A 2JWKA 1S22A 4LSNA 3T69A 4B1YB 3LL3A 4AHVA 2OPQA 4XH4A 4QS7A 2NZTA 3PX6A 4DR5K 1MWKA 3MWPA 3V1OA 3H08A 4DV1K 4C8NA 1VZSA 3PV8A 1YVNA 4M7XA 1U49A 4DG1A 1J5EK 1HQUA 2BXEA 4G9ZA 3VQ8A 1EETA 3E01A 2ZJQL 3V09A 1VRTA 1XUPO 4DM0A 3CHWA 1HA2A 3SBTA 4QAGA 4YOYA 3A75A 4K43A 4E3SA 4OKJA 3SI6A 3NF9A 4HCBA 1Z6RA 1X9MA 3AAPA 4CGHA 1YITN 4KB0A 4F5VA 3THXA 4JI2K 3SAFA 3HBTA 4C1NK 4EFHA 3OHRA 3M8QA 1T6DA 1GOAA 4FK5B 2E6LA 4LF4K 4WCEL 3R6MA 4WQ4A 2KZMA 4DFMA 3U8XA 4LF9K 1JJ2M 3JSMA 3PLAA 1TV6A 2A1RA 1TKTA 1U2VB 3CC4N 1K8AO 2YV0X 3NH2A 3AVFA 4CZIA 1OVQA 2BXLA 4LUHA 5KPTA 3K5OA 3R8EA 3T3FA 1F21A 4ZBRA 1RBSA 1J5OA 3LU7A 3CD6N 1KAZA 1C1AA 3EZWA 3L4IA 4CEEA 5HRRA 4AHRA 3EE9A 4M63C 4B3OA 1BO5O 2YJEA 4FK4A 3CCSN 4DHXB 2ZGYA 1VQLN 2QXFA 3NGYA 3V4IA 4DB3A 4B3SK 3O4NA 4ZCGA 1X3MA 1NGEA 5LMNK 4RW4A 3K59A 4N76A 3RMDA 2Y1JA 4NXMK 2O8EB 3KKRA 3HZ6A 4W5QA 1JLQA 1KD1O 3UKRA 4CJSA 4JV5K 1M1KO 5AR0A 1E4FT 1NGGA 3C6AA 4FPAA 4AHSA 4MQ3A 3UE5A 4FW1A 2ASMA 2UUBK 2DYMA 2P9KA 2YNHA 1SKRA 2UXDK 3KD1E 4CEDA 4B1WB 1TKDA 1RT7A 1KAYA 4AQYK 1P90A 2F7TA 2KFZA 3SPYA 4JI5K 4PWDA 3ISNC 2PY5A 4Z4EA 4ZUXV 5JLFA 5F0XA 4J2VA 1MA9B 5FRMA 1N6QA 4NXNK 1IG8A 4IW1A 1HUXA 4KH5A 1TYQA 5C15A 3MECA 1LNSA 1BQMA 4FWPA 1GOBA 3ULEB 1C0MA 4CHYA 5KI6A 2VGNA 3IG1A 3TDLA 4A2AA 4O44A 5GAGP 4CFDA 3SBGA 5IIUA 1TK5A 1EKEA 4AF1A 4X66K 3HXMA 3BEXA 1RT2A 4A5BA 1D9FA 3T7ZA 4CEZA 4ICLA 4WE1A 2YJFA 3MN7A 1BDGA 3O9QA 3KK7A 3L4QA 5ADXA 1J53A 4GV3A 1HYZA 4BDPA 3QIPA 2D0OA 4BRPA 4CGIA 4E1JA 4DQRA 3C6UA 1VQPN 3HI0A 4MBEC 1TKXA 1BI4B 1NNEA 2V36A 3CQ8A 2IDOA 4ZTFA 1KVCA 1CZAN 3LM9A 3OBWA 2EFCA 4CZJA 1N8RO 2FXUA 4CD1A 2A41A 4M45A 2Z8KA 4FM1A 4HUFA 3Q7CA 4GW6A 2ATQA 5C24A 4E7JA 1WN7A 5AQRA 3BPJA 1BKEA 3NF7A 2A5XA 2QWQA 4IG3A 4YOWA 5J2NA 4PKIA 1ZBFA 3VF4A 1LW2A 4ISEA 5CHIA 4FJ5A 4JEPA 1N33K 1LW0A 3KD5E 1S6QA 2HVHA 4BRAA 3NAEA 2UXBK 3QICA 4ZBKA 3FE1A 4GV9A 3QMLA 2VUFA 2HHQA 4JN4A 2QHBA 3PSIA 4KFBA 1QSYA 2G8HA 1HKGA 3UIQA 1YJNN 2P9SA 3ZSRA 3AVIA 3NBPA 3WXLA 3VEZA 3LPUA 1BHLA 4KTWA 2UUAK 3TR8A 2J4RA 4LY7A 4BROA 4DWIA 5E26A 4FJNA 4A57A 3TU5A 4JD2A 3HM9A 1VQNN 4BY9C 3V03A 2VG7A 1QZ6A 4O8UA 3K0SA 4F4KA 1JXEA 2GX9A 3H6EA 4IG0A 1I94K 4AHTA 3L2RA 1CXUA 1N5YA 2GEMA 3OVNA 4JRPA 1GNIA 3OYDA 4IEIA 2KQ2A 2NUBA 3FFIA 3D2EB 1VQ8N 3QETA 1NGFA 2P9UA 3C7NB 3LZIA 4FLVA 3UKUB 4BC5A 3AA5X 1OH7A 3LP2A 3O1BA 3M3ZA 3AVBA 4F2SA 3I8BA 5KRTA 1VQ7N 1U48A 2HVIA 3EEQA 1ZBIA 3VEOA 1NGJA 1BGXT 2I5JA 3LZJA 4DR1K 3L3UA 2QEXN 3OTOK 3TAPA 3AVJA 1X9WA 3HJFA 1MIYA 3I0RA 5FLXO 3TABA 2BXNA 1BCMA 2NQOA 2IS3A 4JK9A 4NCBA 3DRPA 1S9GA 1RBRA 2BXMA 3MCAB 3M1FA 2ROHA 3J80O 2BXGA 1NLVA 4CZKA 3PUFA 1QTMA 3ASMA 4LH5A 3SQ2A 4I7FA 4OPAA 1H1VA 3QESA 3MXJA 1UA1A 3B8AX 5C0YA 4HGKA 2YI1A 2D4WA 5HLFA 5AQTA 2Q97A 1IKYA 1IJJA 3VQ4A 1A5WA 3SUPA 3SPZA 3ITHA 2B6AA 5ID9A 4R5PA 1W0HA 3HTVA 3KHYA 4NO7A 3ZX0A 4H5VA 2KHOA 1XQSC 3HOSA 1G15A 4PUOA 5D3GA 3JRYA 3BGRA 1O9XA 4GKJK 1WUAA 2W6LA 5IT9O 3VENA 1C0TA 2QK9A 4CZFA 5BRFA 3NDKA 3DXKB 1NKBA 5FPNA 5C12A 1QVGM 2PBDA 2AJQA 4DSKA 1HNIA 3PX4A 4O55A 3FLCO 1JLEA 4DTOA 1BQNA 4O0JA 2OZBB 4E7KA 3T1YK 1Y64A 2ZM6K 2WONA 4DR6K 2D0BA 3CFPA 3CF5L 1SAZA 5EVZA 4FLWA 3TAGA 3SLCA 2GWJA 3THYB 4CFBA 5HROA 3WHQA 3P1GA 3ZSXA 5GIOA 1BCOA 4L8RB 4BDYA 1VQ6N 2HB5A 3NH1A 4JK4A 3KK3A 4HCCA 2BXKA 2HBJA 1CLQA 3WNEA 3P38A 4YFUA 2EFDA 1IV0A 3MHSB 5BPKA 3GDQA 1D8YA 1OKJA 2FSJA 3EY1A 2P5GA 4C8OA 4ILJA 1E4GT 1R59O 2YX6A 2WBNA 2VDBA 5GHKA 2LQHA 2B4JA 3SK3A 5CR4A 4BRHA 3ZSYA 5AZJB 3V1RA 2W41A 5BR9A 4DU3A 3ID8A 3QNOA 3VQEA 4BKEA 5BN9A 3F73A 3KIKA 1VSEA 4CZEA 2QMCA 4HWIA 2BUPA 4RW9A 4I9QA 3NVKA 1VK0A 1JLCA 2HBKA 5AQYA 4F8RA 1NGAA 3I0SA 1WB9A 3RTVA 3TWHA 1RNHA 2BXCA 1KXPD 1S72N 1Q7YO 5E41A 3H1VX 4IXCA 3NVMA 2NRXA 3JS6A 3RRGA 3QEVA 3QERA 5HBMA 3TSQA 2FSKA 2O4GA 1QQNA 2E5LK 2VG5A 1JLAA 3CQYA 4ELUA 4BR0A 2V7ZA 2LXSA 3GA9L 1K73O 3WXKA 1WAFA 4AH9A 3MXIA 3PY8A 2IOCA 4O0IA 1N36K 1U47A 1TAUA 3NF8A 3VQ5A 3VQDA 1RDCA 3VF6A 2FF6A 3A5MC 4XH5A 1I3AA 3LM2A 4DHYA 1XC9A 1HNWK 2BXPA 3KZBA 1W97L 4KB1A 5CZ2A 2XY5A 3NFAA 5IWAK 2OZSA 4DKWA 1U45A 1BISA 2XVQA 3ATVA 4BR4A 1NK8A 1DTQA 3GL1A 1RBTA 3D45A 1ZBLA 1J6ZA 4FVMA 4W5RA 3OS1A 1NK7A 3B6PA 2D0PA 3R1XA 2QM1A 3KVGA 4UQGA 2OA8A 4CD3A 2QA4N 4DS5A 3V81A 4Z0UA 3PX0A 3AO2A 2NRZA 2RHKA 1JL2A 4IOAL 5J2MA 3E9LA 4LB2A 3SUQA 5AQXA 4AHCA 4CE9A 4KO0A 4YDUC 1VSLA 4DR4K 1IKVA 2EFHA 2E2OA 4PKGA 1E7IA 1AO6A 3GOIA 4E7HA 4M3UA 2XRIA 2YKMA 4OGCA 3VEXA 1RT1A 2BH1A 5C42A 2BXHA 4GDXA 5CZ1A 3ICXA 4CEBA 1KFSA 4CEQA 4BC3A 2D0AA 3CC2N 3OYJA 2Q0UA 3KKSA 4FJ9A 1EWQA 4PKHA 3KLIA 1J7EA 5JMVA 2AA4A 3I56N 1VQKN 4DSJA 1J9AA 5FDLA 4BRMA 5ID7A 1EP4A 3JAMO 4FJCB 3S3OA 3KJLA 4CBWA 2P9LB 3KIOA 3SQ0A 4DSLA 4BC4A 4CERA 2W6KA 3OW2M 2ETJA 4N41A 5F2RA 1BG3A 4JKGA 3O3FA 3MEGA 1L3UA 1ZBUA 4C31B 1Z26A 4BGAA 1OH6A 1XWLA 3A5LC 3EE8A 3ZCMA 4AM6A 2FF3B 4LF7K 4JLHA 3MXMA 5JICA 4E19A 5DQFA 1VHXA 3CC7N 1KW2A 1HK1A 4BC2A 4JKBA 5AZIB 4FZXC 3AO1A 3B9LA 2E20A 2YHAA 4JI0K 4LFCK 4KREA 1KQSM 3FWCC 4OJRA 4WFBL 2UXCK 3WXIA 2CKXA 2CGJA 3M99C 1HYVA 4KBOA 4KTQA 1HK3A 4FWSA 4XIUA 2P9PA 4I9OA 2GELA 5CYMA 4B9TA 2O8BB 2PFUA 4HUEA 2F8TA 3HK2A 2FBYA 2CH5A 2HHTA 4DV5K 2HHHK 3AY9A 1S1VA 1JLGA 3H45C 2I2ZA 4FWOA 3HM8A 1VFIA 4H03B 4CW7B 2DFEA 5HOOA 1YIJN 4CECA 4BR7A 4HTLA 2D0CA 4ZBQA 3WHRA 3OYNA 4JS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIN A;  3NVK A;  3T7Z A;  3PLA A;  3ID6 A;  2NNW A;  3SIU B;  3SIV B;  3NVI A;  2OZB B;  3GQX A;  1NT2 B;  4BY9 C;  5GIP A;  3ICX A;  3NVM A;  3NMU A;  3GQU A;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KGW A;  3UB5 A;  1SQK A;  1ZXO A;  4DR7 K;  1K8K A;  4O5B A;  3CME N;  4JI3 K;  4LF5 K;  2CH6 A;  4EIA A;  1CZB A;  5HL7 L;  2CGL A;  3T19 A;  4OT2 A;  2A6A A;  2LOQ A;  3AO4 A;  4JKG B;  2HHV A;  4CHO A;  2WFB A;  3ZEU A;  4WF9 L;  1IG9 A;  4K0K K;  3VN5 A;  3J7Z O;  4CK3 A;  4EZ9 A;  1X3N A;  4DR3 K;  3CCJ N;  4FJ8 A;  4IEE A;  3SMP A;  3AVN A;  3AVK A;  3FZH A;  3DAW A;  3MN5 A;  2YNI A;  3CCQ N;  3VQ7 A;  5FPE A;  2BXI A;  3HP6 A;  2JUH A;  3QFU A;  2Z1G A;  3OBY A;  2O8D A;  2Z8J A;  1DGK N;  3AVM A;  1WBB A;  3LU6 A;  1HNZ K;  4DU4 A;  3SJJ A;  1WSE A;  1H9Z A;  3O80 A;  2XO7 A;  4BRD A;  1BJ5 A;  4X65 K;  1DT9 A;  3DRR A;  2F96 A;  3ZT2 A;  3DLL L;  3GQU A;  4DV2 K;  1XI1 A;  3JQZ A;  1NM1 A;  3AA2 A;  2P9P B;  3VTI A;  1HX1 A;  1Q82 O;  1REV A;  4Y1C A;  1Z25 A;  3VGK A;  3ZX2 A;  4KH6 A;  2E2Q A;  1VSF A;  4D7X A;  1FK9 A;  2DY4 A;  3RWU A;  4CJV A;  1HKC A;  1IJG A;  4C1N I;  3KK1 A;  4OPK A;  1GLE G;  4DV0 K;  4Z4G A;  5AQL A;  2WTU A;  4FLX A;  3F9M A;  1B9D A;  3L2Q A;  1OH8 A; 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