5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
2OZBB 3GQUA 3NMUA 1NT2B 3NVKA 5GIOA 3GQXA 3NVIA 3PLAA 3ICXA 4BY9C 3SIVB 3T7ZA 3ID6A 3SIUB 2NNWA 3NVMA 5GIPA 5GINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLIA 4FJJA 5FRNA 5AQVA 5FDLA 4DQ8A 1KD1O 3GBTA 5KPRA 3KTQA 2JWLA 4KHUA 3PLAA 2LXTA 4DSFA 1OVYA 1A5WA 4OPJA 4JI0K 4OLAA 1BHLA 3K9KA 4KH6A 4DU1A 4KHNA 1KXPA 4G03A 3ZSZA 3K58A 3D7EO 3VQEA 3P39A 2O8CA 4GY2B 3S3MA 3V9SA 1BA0A 3HI0A 4FWKA 2P9KB 4CEAA 1YT3A 4ISGA 2A6AA 2GV9A 4QOZB 3CCMN 1NKBA 5EU7A 4LF4K 4CJSA 3CJ1A 4ELUA 3NF8A 4DFJA 4IBNA 3SPZA 2PZSA 4FLVA 4A2BA 5BN9A 3ZSRA 4IWVA 4FWSA 5E26A 3V9ZA 5HLFA 5JMVA 2UXCK 5DBYA 2RHKA 1NU0A 1ASUA 1NGHA 1HYZA 5EXWA 4CIEA 4JI5K 4ZBRA 3VERA 3ZSXA 3T19A 4DUZK 2P9IA 2Q31A 3MXIA 1VQ4N 1EWQA 2YJEA 3DXKA 4KB1A 3AVNA 3FNMA 4X64K 3CCVN 1C1BA 3VEWA 4EAHD 4WFNL 2QHBA 3CJBA 2KWFA 1HPZA 2PY5A 1WAJA 4DLGA 5CYMA 2DG5A 2P9NA 3UKRB 3DJCA 4HWIA 4CE9A 2B6AA 5M1FA 3FE1A 3OYAA 4DV5K 3CXCM 3LP1A 4M3TA 3RRGA 2LQIA 2FSJA 4MQ3A 2OCEA 4CJWA 1Y97A 2ZJRL 4M3ZA 3EL2A 1U2VB 4BR4A 3EKUA 4F5UA 1TKTA 2QXLA 2OT3A 4BG9A 2UXBK 1KVAA 1L3TA 2YI1A 4PO0A 4UQGA 1ZYQA 5AQYA 3H3OB 4LF8K 2YCHA 1FKOA 1YF5L 2X6SA 1Q18A 4B9UA 3SMPA 4JD2B 4ZC6A 3QBWA 1JJ2M 2QWRA 4CFDA 5LMNK 4O5BA 4Z0UA 1R59O 4EHTA 2B5JA 2BXNA 3CCUN 3CMEN 4GKJK 3EZWA 3BZCA 4NCAA 1FOUA 3CM6A 3HOTA 4MLEA 3U6FA 2A42A 3F9KA 4CHPA 1J6ZA 2E20A 3OS2A 2VG5A 4KI4A 4B3TK 3DLKA 2GBZA 4F5VA 2BH1A 5BN8A 5GAEP 4CJRA 2BXDA 2E6LA 2Z1IA 2HBMA 3THVA 2PAVA 4FJCB 2ATQA 4DLEA 2A5XA 5C0YA 4CF8A 3FFKB 4IW2A 3ITHA 5M1OA 2NLXA 4E19A 2X6NA 3SQJA 4DR5K 2O8EB 1XNRK 2IS3A 1J7EA 3VF6A 2G8UA 3ATUA 2KLAA 4JKHA 4BY9C 1NGIA 4YOYA 2VWKA 1G15A 1HQEA 4X65K 4LY7A 5AQOA 1E7BA 1HK2A 1JLQA 1LCUA 3H45C 3VOVA 4KHQA 3LAMA 3WXKA 3VPZA 1EQYA 3CPWM 2KTQA 2WC9A 4I9LA 4JI3K 3K57A 2OANA 1FKPA 4W5QA 5GAGP 4BE0A 3IAYA 1Y64A 3NF6A 3SUNA 1KDXA 4DV7K 4CF0A 1KLNA 2D1KA 5AR0A 3TAPA 5AQKA 1YHQN 3VQ4A 3OVNA 4KAZA 3LDPA 3ZX2A 3T7ZA 3CJ7A 2OPQA 4OLBA 2YHYA 4H5WA 4CZIA 1NK8A 1BL3A 3KJVA 2DTUA 2BXFA 2P9KA 3FZHA 2QWOA 5JS2A 4FZXC 2XY5A 3HJFA 4BRMA 3C6TA 5LMUK 3CQXA 3NGIA 2E0YA 3L4IA 3G25A 5FLXO 3DYAA 3DAWA 1NWKA 2QWNA 3KWGA 4NLBA 1RT2A 1BGXT 1JL2A 4LA0A 3NGZA 1N6QA 1BISA 4OT2A 2BUPA 4W5OA 4ELVA 3KK3A 1S9EA 3CC7N 4Z4CA 1RDBA 2HNYA 5EY4A 1DKGD 3GQUA 2O8FB 2IVNA 1OH8A 4BRAA 3SUPA 1QVGM 4B1VA 2GTDA 4Z9OA 3GDQA 4CHZA 3VQ6A 3PV8A 4DV4K 1ZBFA 4JK8A 2XVWA 4GV6A 3E01A 4LB9A 1VQ6N 3LU7A 5J2NA 1BWFO 3CCQN 1KXPD 4C8LA 4CIFA 4DG1A 4MLHA 3SMSA 3MXMA 5GAHP 4DTXA 3NH1A 2FBVA 3RTVA 3LP2A 4JI8K 2KFZA 2VQFK 2HF3A 1K8AO 5C42A 5KPZA 3QBXA 2HNDA 4HCBA 3VEXA 1RT5A 3NVMA 4CJTA 3SAFA 4FJ8A 1Q9YA 2BXGA 1U2VA 3ZT0A 3LP3A 4CGGA 1CZAN 2RE2A 4A62A 3WNEA 4DQIA 4IKFA 1LWEA 1BU6O 5JICA 3NFAA 1YVUA 3SQ1A 1RFQA 2NQOA 5M1NA 4FWRA 3TDLA 3K5NA 4DR3K 4CGJA 3DWLA 3AVGA 4KBOA 5HP1A 1WSHA 1T03A 1B9FA 3MEEA 2UUCK 4JD2A 2DPNA 3MN5A 4W5TA 1JLBA 4JK4A 3S3NA 4O0JA 3AO3A 3OW2M 1UA0A 1L3VA 2AJEA 1ASWA 3G0ZA 3RWUA 3WQUA 4QS8A 4NYFA 3DRRA 4GDKB 1E7CA 2Q2RA 4JI1K 2AP1A 2ITMA 3LANA 3KK2A 1VZSA 3HL8A 4KO0A 2DYOA 1SL1A 1KVCA 1VSMA 3LPTA 3VEVA 2PYLA 3SBTA 4LFBK 3J7ZO 2ZGZA 1L5UA 2HNZA 1VQ9N 5E41A 5KPTA 4FJXA 1HUXA 3HXMA 1QS4A 5AFUH 3H1VX 2FF6A 2BE2A 2EFEA 2G8VA 1N32K 4IW1A 4XEIA 3SJJA 3JRYA 2O8EA 2Q0UA 5AQJA 3FR0A 2BXOA 1TYQB 1YXQA 3ZSWA 4JS4A 1S72N 3UE5A 1QQCA 1DLOA 1Q7YO 3F5TA 4PY5A 3AVIA 2X78A 4ZCGA 2WTUA 4CBUA 1NGJA 3UIQA 3G6EN 3B9MA 1GLFO 1LWFA 1K8KB 3FLCO 4B9NA 2XW1A 4DQRA 1K9MO 1SKRA 3BF1A 1DEJA 1OH6A 3NH0A 1IKXA 2VGNA 3CPEA 3A73A 5D3GA 1BCMA 3LU6A 4OJRA 3C6UA 2DBUA 1C0UA 4H0OA 1NK5A 4E99A 4HTUA 5M1QA 1TK0A 3VQPA 2BXMA 3WHRA 4QCLA 2QM1A 1HPMA 1HQUA 4MDAA 2E5LK 2BANA 3VEOA 3LM2A 3QIOA 2O8CB 3LAKA 2XO7A 4FL9A 1Q9XA 4BE2A 3E1YA 1GLBG 4BRPA 4Y1CA 3SLCA 1WLJA 4FOEA 2F96A 4KHSA 4YORA 4A57A 2KKZA 1NOZA 1HNIA 3SK3A 3KD1E 4B3MK 1E7AA 4YOTA 4C8NA 2V7ZA 2ZD1A 1Z25A 1YJ9N 4FPBA 1XHXA 4FM0A 3SUQA 1E7FA 4IZ9A 2QTDA 4CJEA 3TAGA 5FPMA 3LU8A 2GELA 4BVOA 1NNEA 1BDGA 4LF7K 3MX5A 1WSGA 5ADXH 3CJ9A 1XWLA 4EFHA 1NMDA 2OTJN 3PSIA 2XY6A 4DKWA 3L2VA 3O9QA 4CK1A 4FM2A 1KAZA 1HK4A 4BDYA 5AFUA 1KAYA 2CGLA 2Y1IA 1LW2A 3OY9A 3KKRA 4FJNA 1JKHA 2P51A 3NVKA 1ATNA 3TAFA 2YNHA 3M3ZA 1V4TA 3MWTA 3I0SA 2E1YA 1KFSA 4E7KA 1U4BA 4JHDB 4GV9A 2P1JA 1T6DA 2BXKA 4M45A 4XIUA 3S41A 1VFIA 2E0XA 2PBDA 4O44A 4K43A 4R79A 3C7NB 4IG3A 1EP4A 3CC4N 1HJRA 4RWTA 4NO7A 4MFBA 5BPKA 4JI4K 1NJIO 3L0QA 2LXSA 1GLDG 2DFHA 2IVOA 3ZEUB 3OYBA 1J9AA 1YI2N 4OPKA 3UKUB 1RBRA 5EVZA 4BACA 4N76A 3LWMA 3OYDA 3VEYA 3ENHA 2GUIA 4H0VB 1MUSA 1RCHA 4A2AA 1QSYA 5LJVA 3W1SA 3O1BA 2NRTA 4JKAA 3LDLA 2AGHB 3TSUA 1ILYA 1S22A 2V52B 3VGMA 5FPNA 3H08A 5HRPA 2F8TA 3NHGA 1XQSC 3HT3A 3V1QA 4WQ4C 3C95A 2QWLA 4X66K 1SAZA 3SV4A 1C0TA 2EFHA 2DFEA 3HP9A 3MN9A 3O4WA 1VSEA 3AARA 3V08A 1ZBIA 5KTQA 1AO6A 1UOCA 1RBVA 3F2KA 4B1ZA 4F2SA 4DV6K 4KREA 1HK3A 4DR1K 1QTMA 4H4OA 4DR2K 4CBXA 3CD6N 4Q0BA 3ALYA 4I9QA 1TYQA 3V09A 2HHSA 4EMXA 3CQYA 3T1HK 1BIZA 1NG9A 3QINA 1C0GA 1W9HA 3WNFA 1UAXA 3V03A 5BRDA 4DS5A 2OTLN 5M1PA 1FW6A 3DLHA 2EFCA 3ZT4A 4F4KA 1K8KA 1QQOA 1YJNN 3NE6A 3HSCA 4CECA 2QWPA 2IGIA 4Z4HA 3CHWA 4KTQA 4KV8A 3TANA 4JAXA 2FLOA 4PA1A 3ZT2A 2CGJA 3HTVA 2I30A 2Q0RA 1X9JA 2FF3B 4B1XB 3MX2A 2KBZA 4GMJB 1RT7A 1GLEG 1IKVA 3THWB 3G4SN 3I56N 1X1PA 4IOCL 3VF4A 4DTRA 3ZSYA 3OYJA 2VUFA 3OTOK 3K59A 4OX9K 3FZKA 4O8UA 4J2VA 3NGYA 3SQ4A 4PL8A 3AVCA 4K0KK 5BPNA 1YJWN 4FJ7A 4FSVA 5HRRA 1JXEA 3TTCA 4W5NA 5M1KA 4CEDA 4QAGA 1VRUA 1NKEA 4DQPA 2KZZA 3I0RA 5GADP 3DXMB 5EX5A 2HW3A 4BC3A 1MWMA 3P5JA 3SNNA 3PX0A 1BUPA 1IBLK 4O8KA 4BWJA 3CG7A 5F0XA 3PIPL 3O80A 1ZC6A 1VHXA 3JYTA 3QICA 4LSNA 3AVMA 1BQNA 3QEIA 4DFKA 4C31B 4QS7A 4YFUA 5CHIA 3OYGA 1P8ZA 4E89A 4EIAA 1L3SA 4B9VA 2BXQA 4DWIA 1TVRA 3V1RA 5HROA 1H1VA 4CJUA 3C6AA 4FK5B 3U3GA 3VTHA 2RF2A 4G9ZA 3OYHA 1HK5A 3H6EA 4DQQA 3J81O 4M70B 4QS9A 1L3UA 1JLGA 3SJHA 5KGXA 3OYLA 1RDCA 3I8DA 4DTNA 2G8FA 3L2UA 1U48A 1ZXOA 4PKHA 1NT2B 3BPJA 4AF1A 3SPYA 3EYZA 2OA8A 3DRPA 5KQ8A 1WBBA 3KLGA 3WXJA 4AHSA 4NCBA 3QNOA 3VETA 3DLEA 4JHDA 3VGKA 2IDOA 3DOKA 1D9DA 1BI4B 3L2RA 2E2NA 1WAFA 3O9UA 3AVHA 3V9UA 2CH5A 4BR0A 3Q7CA 1ZBHA 3C7NA 4IFEA 1BA1A 1X9SA 4LSLA 2QW9A 1HLUA 3O3GA 3U8XA 2DY4A 1J78A 4JEPA 1S1TA 3GE1A 4RW7A 1C0FA 2YHAA 3ZEUA 1XC9A 2EWSA 1Q82O 3J80O 2GUTA 1GNIA 1YITN 1IBKK 3UKUA 3FZMA 4FW1A 1YAGA 3IUCA 3TAQA 2W42A 3R9PA 4F9OA 4B8AB 4AH9A 3DOLA 3WXLA 2QKBA 1VSJA 4FLYA 5FRMA 4IFVA 5BRHA 3VQ7A 5GIPA 3HVTA 2XHBA 3TTDA 3G10A 4CZGA 3M8SA 4CJ7A 5GIOA 1JXBA 3NDKA 2NRXA 3CX9A 5J2MA 4KB0A 4GVEA 1RDDA 3P31A 5IWAK 1NJYA 3HYFA 4Q5VA 4HUGA 1JCFA 1A5XA 1VSHA 4LD0A 3QEXA 5F1XA 4M7XA 5H1SQ 3K5LA 1RTIA 2YNIA 4KHWA 1YVNA 3KHYA 4EHUA 4CHQA 4BR9A 4OVLA 1T6CA 1I39A 2JUHA 2XMOA 5C24A 1BG3A 4LF6K 4E7HA 3HPGA 4DQSA 1WN7A 1RTHA 4BREA 3MHHB 4N0FD 2I2ZA 2XW0A 1NBWA 1WSIA 3G71N 4Z4EA 1KCFA 4C1NI 4YNQA 4ZTJA 1TL1A 4ILHA 3ZSQA 4FWLA 3VQCA 4OTTA 5GINA 4E7LA 4B8CA 4BRFA 3ATVA 3QEWA 3RMAA 2OZBB 1T3VA 1VK0A 3VF2A 5DM7L 5C10A 3NH2A 5SWMA 1W7AA 4BQZA 3V4IA 3NF9A 4AHRA 1O1WA 4BDPA 2J4RA 1MM8A 1IJJA 2VCPA 4OKJA 4JLHA 4YY3K 1RBUA 3P1GA 2WFBA 4CGFA 3THWA 2E2OA 4OGEA 2PFUA 4F5TA 3AGRA 4PHTX 1HX1A 2I7NA 3HZ6A 3ULEB 1NK9A 3ZT1A 5JLHA 1LAWA 2HMIA 1U6ZA 1F21A 3D2FB 5AQMA 1E4FT 1RBTA 2EHGA 1VQON 1HNXK 4M3RA 3DXMA 4CIGA 4M3WA 4L8UA 4I2PA 4BRQA 1NGAA 2VUEA 2BXHA 4C1NK 4JKEA 2QXFA 3AA3A 2YKMA 4AM7A 4E7IA 2QWQA 2HHVA 2NZTA 1IO2A 3OS0A 1T7PA 1VQ5N 1Z6RA 4WF9L 1HYVA 4V19S 3Q7BA 3AVKA 1BCOA 3VQAA 3ZX0A 4JNEA 2FSNA 4I6MB 4DR4K 4H5RA 3FZFA 4IJAA 4AHTA 2Q36A 3UB5A 5C15A 4KTWA 3ZCMA 4CJKA 3I55N 3HO1A 5BR8K 2UXDK 1N5UA 1D4XA 1ASVA 3EKSA 4LUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OZB B;  3GQU A;  3NMU A;  1NT2 B;  3NVK A;  5GIO A;  3GQX A;  3NVI A;  3PLA A;  3ICX A;  4BY9 C;  3SIV B;  3T7Z A;  3ID6 A;  3SIU B;  2NNW A;  3NVM A;  5GIP A;  5GIN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KLI A;  4FJJ A;  5FRN A;  5AQV A;  5FDL A;  4DQ8 A;  1KD1 O;  3GBT A;  5KPR A;  3KTQ A;  2JWL A;  4KHU A;  3PLA A;  2LXT A;  4DSF A;  1OVY A;  1A5W A;  4OPJ A;  4JI0 K;  4OLA A;  1BHL A;  3K9K A;  4KH6 A;  4DU1 A;  4KHN A;  1KXP A;  4G03 A;  3ZSZ A;  3K58 A;  3D7E O;  3VQE A;  3P39 A;  2O8C A;  4GY2 B;  3S3M A;  3V9S A;  1BA0 A;  3HI0 A;  4FWK A;  2P9K B;  4CEA A;  1YT3 A;  4ISG A;  2A6A A;  2GV9 A;  4QOZ B;  3CCM N;  1NKB A;  5EU7 A;  4LF4 K;  4CJS A;  3CJ1 A;  4ELU A;  3NF8 A;  4DFJ A;  4IBN A;  3SPZ A;  2PZS A;  4FLV A;  4A2B A;  5BN9 A;  3ZSR A;  4IWV A;  4FWS A;  5E26 A;  3V9Z A;  5HLF A;  5JMV A;  2UXC K;  5DBY A;  2RHK A;  1NU0 A;  1ASU A;  1NGH A;  1HYZ A;  5EXW A;  4CIE A;  4JI5 K;  4ZBR A;  3VER A;  3ZSX A;  3T19 A;  4DUZ K;  2P9I A;  2Q31 A;  3MXI A;  1VQ4 N;  1EWQ A;  2YJE A;  3DXK A;  4KB1 A;  3AVN A;  3FNM A;  4X64 K;  3CCV N;  1C1B A;  3VEW A;  4EAH D;  4WFN L;  2QHB A;  3CJB A;  2KWF A;  1HPZ A;  2PY5 A;  1WAJ A;  4DLG A;  5CYM A;  2DG5 A;  2P9N A;  3UKR B;  3DJC A;  4HWI A; 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