5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
1NT2B 3T7ZA 4BY9C 3NVMA 5GINA 3ID6A 3ICXA 2OZBB 3GQXA 3GQUA 2NNWA 3NVIA 5GIOA 3SIVB 5GIPA 3SIUB 3NMUA 3NVKA 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR5A 1BI4B 4I2PA 5C0YA 3O8MA 4FXDA 3VA0A 1JLBA 1BISA 3MXJA 5CR4A 3FZLA 4DR1K 3O5BA 3M6GA 3OVNA 1HK5A 3R3LA 1TUUA 1HNVA 4EHTA 2HNYA 3D0PA 3QLHA 5TKYA 5AQTA 4DSIA 4CEZA 2BXOA 3K2PA 3P83D 3THYB 1QQOA 3FZFA 1HKCA 1VQ4N 4H5RA 1LAVA 1NJIO 4FWLA 1WN7A 4GV6A 2Q2RA 2BXBA 3FGUA 3IG1A 1MUHA 3RTVA 1U45A 4A62A 4FWSA 2D0BA 2I30A 4OTTA 1RDWX 1K8KB 3WEEB 3F9MA 4BR7A 4GDKB 3J80O 2I7NA 1A5XA 1NT2B 4EZ6A 4FWKA 3O3GA 4PA1A 1UA1A 1MIYA 4DV6K 4FO0A 2KQ2A 3RMDA 1K8AO 3MX5A 2F4VK 3UKRA 1LOTB 2BXFA 3QIOA 4B9LA 4KB1A 1HLUA 3EE9A 1GLLO 3NH0A 1O1WA 5LY3A 5KPZA 2PY5A 4B1ZA 4E7HA 1RT5A 2NRTA 4CFBA 1NGIA 2RE2A 1HK4A 5AZJB 2BXKA 1KLMA 3D2EB 3FZKA 4BGAA 2QHBA 4OPKA 4K25A 1T3VA 3TARA 2I5JA 1I94K 4RCHA 3AA4A 1RBTA 4IDKA 4DUZK 1E78A 3OY9A 5DMRA 3C95A 1J54A 3SUPA 1RNHA 4AH9A 3R9PA 3SI6A 1S9EA 1O13A 3RSEB 2VWKA 3GDQA 4BRDA 3SMSA 2BXAA 3ZSWA 4BE2A 3D7EO 4Z4EA 3HPOA 4KHSA 1VZSA 4OO1J 2A42A 2Q36A 1BM0A 3MK6A 1VRUA 3CIPA 3GQXA 4A61A 2GWKA 3CPWM 3BY5A 4CF8A 4CGDA 3OJSA 3SQ1A 2YX6A 1S6PA 2BGGA 4DR6K 1IH7A 1VQNN 1YHQN 2HF4A 3VQQA 2UXBK 4C1NI 1MIVA 1DT9A 2DBUA 2QWMA 4CF1A 5AQKA 1SUQA 1BKEA 1T7PA 3S41A 3O3HA 4ZHRA 3R8EA 1BQMA 1QVFM 2F8SA 2BH1A 3OS2A 5JS1A 3SUOA 1K6YA 4O4GA 4DS5A 4E3SA 3AA5X 1LW2A 4YOYA 3L0QA 3E1YA 3RMBA 2UUAK 5IT9O 1BWFO 1CXUA 2B4JA 2F8TA 1HRHA 3VQBA 1VQ6N 1IJGA 4JKBA 1NWKA 3SQ2A 2OCEA 5HLFA 1NNEA 1NGJA 4FL9A 4FIPB 3VQPA 2V7ZA 2G8KA 3HJFA 3R1XA 4H5WA 5I9EB 3QIPA 3ZX0A 4FWNA 3T1HK 5ID7A 4FLZA 3TANA 4FWPA 1Q86O 1NGBA 2KKZA 4W5OA 2YDFA 4Y1DA 3OS0A 4BDPA 3EZ5A 3E66A 3SUNA 3VERA 2HHTA 1U2VB 3LP3A 3OW2M 1H5WA 3PY8A 2W6LA 1EO1A 2OT3A 4LFAK 2YCHA 5HL7L 1S72N 1Q9XA 2BX8A 2AP1A 3V9ZA 4NCAA 3LDLA 4Z4HA 5D7GA 1T8EA 3TAFA 4O44A 2IVOA 3VQ4A 3THYA 4QS7A 1I39A 4DSJA 5BRFA 4DTRA 2HHWA 3LU8A 5KTQA 4CIGA 4DTMA 1QSLA 4CZJA 5LJVA 3CCJN 2D0CA 5B8HA 3TSUA 3V08A 1SV5A 4B9NA 1ZBFA 1BHLA 4CHYA 2EFHA 4HTLA 3PO4A 2P9NB 1C0UA 1JNBA 2KW4A 3KD5E 2OPPA 4F9OA 1HK1A 2RHKA 3CXCM 4JK9A 5FRNA 1K8KA 3WEEA 2Q0UA 1JCEA 5FPNA 2JWLA 3ENHA 1GOAA 3THWB 4L8RB 1C6VA 3EZWA 1JL2A 3K5LA 1HNXK 1ASVA 4NYFA 3LALA 1CLQA 4NCGA 3HSCA 1NK5A 3AVBA 3MWTA 5AQPA 1KQSM 4Q0BA 4AHTA 4FLXA 1E7HA 4CBWA 4CF0A 2FC0A 1XC3A 1HKGA 3PSIA 3AO4A 2XVWA 4BRNA 3P31A 4YY3K 3OYNA 4FWOA 4EZ9A 3DJCA 3KIOA 5M1OA 2LSNA 1TKXA 5CYMA 5AZJA 1VQKN 4PQUA 3VEVA 1L3UA 1HKBA 3OBWA 1A5WA 4JI3K 1IKYA 2A40A 1K9MO 2P5OA 1SKRA 3M3ZA 1D8YA 2V36A 1NGEA 1MM8A 1HNZK 3RVCA 3NHGA 4UY8O 3IRXA 3MXMA 1S1XA 3SNNA 3KZBA 1QE1A 5C24A 4L9KA 3RSEA 5I42A 3WHRA 3LDNA 4XH1A 4WFNL 1M90O 1ZXOA 1YJNN 4NAWB 1NM1A 3O9QA 1IKVA 1SAZA 3ENBA 2P9PA 3HPGA 5GAEP 1T03A 3CPEA 4DUYK 1ESVA 3AO5A 3QEIA 4GV3A 4DFMA 3LP0A 1YTUA 2CH5A 2G8HA 3HK2A 5JVGL 4B3TK 1NK6A 2E4LA 4CZIA 4J2EA 4M7XA 1SQKA 1J9AA 3IMXA 4QS8A 4HUGA 3BEXA 2HVIA 3EKUA 3CYMA 4CJSA 1FK9A 5KRTA 3M8RA 5GAHP 5A2QO 3Q7BA 4FJ8A 2VYPA 4M63C 2FBXA 4K2CA 3THVA 4F5TA 3LAMA 4B1YB 5EY4A 3ZETB 4Z0UA 1QQCA 5AQIA 1NGAA 3SAGA 1VSKA 4KHPK 4IDHA 2A1RA 1TKZA 4IFEA 2DBXA 1J5EK 4LFCK 2FF3B 5GADP 2XY5A 4OGCA 3J7YP 4H4OA 4R79A 4CEQA 2GV9A 3O6WA 2VUEA 4L8UA 4I6MB 3JAMO 1TYQB 4Y1CA 1JLAA 4BACA 4J8FA 3CQXA 4QAGA 1YVNA 4H5VA 1ZBUA 3MN5A 4CFDA 4Z9OA 2JWKA 4ILHA 4O55A 4JS5A 3A5MC 5JS2A 2HSTA 3H46O 4RW4A 4FPBA 3PIOL 3DXKB 4CJLA 3F2KA 3E9PA 5SWMA 4LB2A 3HOTA 4OR0A 1E7AA 5ID9A 4BC3A 3CC4N 3A2FA 3VMFB 3I0SA 4CHOA 1J7EA 5T7BA 4IZ9A 4RW7A 1XQSC 1LW0A 1S3XA 5BRDA 4S1YA 3FLCO 1S1TA 3EY1A 2IVNA 2DFHA 1ITGA 2NZTA 5K14A 4DV4K 5JMVA 1C0FA 2NRVA 1A5VA 2O8BB 3DYAA 4ILJA 3SPYA 1XUPO 4BR9A 4AHCA 3CX9A 3SAHA 3NE6A 2B5JA 4O8KA 3V9SA 1GLJO 1RDDA 3BGRA 3C6TA 2FF6A 4Z4IA 3C6UA 3IKMA 5FDLA 4K41A 4BRCA 2P9NA 1BG3A 4N41A 5C25A 1U6ZA 3AVHA 3EYZA 4CF2A 4DF8A 4RTFD 3AO3A 3ASMA 4J2AA 4OX9K 3THWA 3FE1A 3ZSOA 1C1BA 1JCGA 4BC2A 3ISNC 3A8YA 4NLBA 3LAKA 4PY5A 4IOXA 3KK1A 2IVPA 4KAZA 3AGRA 4KHNA 1KW2A 2BXLA 3DLLL 1XHZA 3HYFA 3HM9A 4LA0A 1KAZA 4B8CA 2QTDA 4OKKA 3K9JA 4H0VB 3CI5A 3KK3A 3O1WA 3C0BA 1ZBIA 2E5LK 3NGZA 4E0DA 4M3YA 4F8RA 2ZGZA 1KTQA 5AQGA 1J53A 1GLBG 4DFPA 2W42A 3HP6A 4LF9K 3UIVA 4DV0K 2YNIA 1JKHA 2X6NA 4JHDB 2GEMA 5BN8A 4FCYA 4L9QA 1HNIA 1JXBA 2VUFA 1MIWA 3MCPA 4GNIA 3VESA 4BRHA 4G1QA 1QVGM 3OBYA 1DLOA 4FJIA 4B1VA 5AQYA 3QB0A 4NB4A 5CE3A 4M7YA 1W0HA 2E1YA 4ZC6A 4XEIA 1WAJA 4TSXA 3DLHA 1X9JA 1QZ6A 2WUSA 5DM7L 4LSNA 3FWCC 4ISEA 3QINA 4IO8A 3CJ9A 1NMNA 1E4FT 2E1ZA 3ZEUB 3RRHA 4N5SA 1TL1A 1NBWA 3A5OC 2QXFA 1X9SA 1T05A 4EAHD 4CF9A 4BRAA 4DB3A 1N5YA 1E7BA 4JKFA 1XNQK 4JS4A 4V19S 3ZX3A 1EWRA 4IWVA 1WSFA 4FJ7A 3ALYA 3K57A 4GDLB 1KAYA 4JKGB 2BDPA 2BXIA 3B6OA 4H0XB 3ICXA 4ZBRA 4FZZA 2QK9A 3VTHA 1X9MA 4DSFA 3IUCA 2O8CB 3GG4A 3JS6A 3A5NC 4JYAK 1WSIA 3H3NO 2KWFA 2A3ZA 1TYQA 4FLYA 1V4TA 5BRHA 4RWTA 2ZM6K 1OH6A 2F7TA 4JKDA 1NK0A 3RR7A 2P9UB 1DKGD 1HYZA 4BREA 3IFRA 2DY4A 2HBMA 4DTSA 1ZC6A 4H4MA 3LWMA 3VPZA 3WXLA 1IG8A 1VQLN 2D0PA 3KJLA 1B9DA 5C2FA 5H1SQ 1TAQA 3QNOA 4JKCA 1VQ8N 3ULEB 5M1PA 4LY7A 3V1RA 2ZJPL 4R5PA 3GOIA 2HNZA 3SQ0A 4OGEA 3ENOA 4YOWA 1X3NA 4IW2A 1YI2N 3SQJA 4OLBA 3KLGA 3VOVA 4BRIA 3TWHA 1VAZA 1RT4A 2EFCA 1V4SA 4OTUA 2BANA 1Y64A 1LNSA 3K58A 3QFUA 4LH5A 1IBLK 3BP8A 4DR4K 1VSMA 4YDUC 1MDUB 2VQEK 3LM9A 3PV8A 3THXB 4DSKA 4DFKA 2Q1NA 4B1WB 3OYKA 4CJWA 4JK4A 2VGMA 2F96A 3AAQA 4JRPA 2P9LB 5LMNK 4DM0A 1GNJA 2LQIA 4LF6K 3LP2A 3PSFA 4CGGA 4CJ4A 3NDKA 1X1PA 4D7XA 3AVIA 4CGHA 1YJWN 1HYVA 2WBNA 3UKUB 2HHSA 4B08A 4GVEA 1NOZA 2G8VA 1TV6A 2A1SA 4HGKA 3CM5A 5HRRA 3MEDA 3JQZA 3DXMB 1E7GA 4YHHK 4JNEA 3VEZA 3K5OA 3F5TA 3O4NA 4BRFA 4CHNA 3P39A 1YIJN 1RILA 4DTOA 5C10A 2QWLA 3W0LA 2ASMA 2Z1IA 4QCLA 4E7IA 2YKMA 4CFCA 1WLJA 4B1XB 1NLVA 1W2BM 1ATRA 1UWBA 2F9WA 3QICA 3P5JA 5C42A 5AFUH 2NLXA 1QSYA 4JEPA 1XWLA 4CJFA 3B6PA 2HHHK 5F2RA 2FXUA 4KKOA 2ZGYA 3JSMA 3FR0A 4JI5K 4ZTFA 1VQ9N 3LL3A 3CJ7A 4U67L 1L3VA 3IAYA 3G0ZA 3M8SA 3DMJA 3NCIA 4Z4GA 3DLKA 2LOQA 5J2NA 2P51A 5AZIB 4KB0A 3V9UA 3ZT3A 4DF4A 5IFOA 3HPHA 4C31B 3MDQA 4FLVA 2YKNA 1ATSA 4KH4A 4CGFA 1W97L 2ZF5O 4RW6A 3VEYA 4IFYA 4DV5K 1CZ9A 1VSJA 3SIVB 3VF4A 4FJGA 3VQAA 3VQIA 3G4SN 5IJFA 1RTDA 2FBYA 3ZSXA 1C1CA 4EFHA 3SCXA 1R0AA 3ZEUA 4E1JA 5M1NA 5FPEA 1WUAA 4LB9A 4CJ7A 2GUPA 2ZQBA 2QWPA 4CD1A 2GTDA 4X64K 1HA2A 3GQUA 4CEFA 1KVBA 2DYMA 1MA9B 5DK5A 2HOEA 3SJHA 3AO1A 1M1KO 4FSVA 4NXNK 4FLTA 1UA0A 2P9SA 5C2DA 2NQOA 2XRIA 3H45C 4DG1A 4JKAA 1TK8A 3QNNA 2E2QA 2AJEA 3C7NA 1IG9A 3L2WA 4K8XA 2DPNA 1TVRA 3OYCA 5JVHL 3V1OA 2BXHA 5FRMA 2E2PA 1L5UA 4EP5A 3V03A 2YHBA 4NLCA 4CJ5A 1FW6A 3OHRA 4HGMB 1S1UA 3QEVA 2P9UA 4CGJA 1E4GT 2BUPA 2HBKA 2VWBA 1CXQA 3TU5A 1MWKA 4O0JA 4LD0A 3L2VA 3K5MA 3HRGA 3LPTA 2KTQA 4DQSA 4K42A 4JLHA 2YJEA 4M3ZA 3CJAA 4CEEA 4C8NA 2XO7A 2UYTA 2CGLA 4DLGA 3CCSN 3MHSB 4BRPA 4QS9A 5BPMA 3SUQA 3VQ8A 1ATNA 4FJHA 5CYQA 2YNFA 1RDBA 3K9KA 4FK4A 4HVJA 4MFBA 3EEQA 1BI4A 5AQQA 1TXUA 3SIUB 1VSHA 1SKWA 2X78A 4F2RA 4K8ZA 3SV3A 3OYJA 1ZBHA 2ATQA 4JK8A 2HF3A 5BPKA 3A0IX 4GV9A 1WBBA 1RDCA 4RW8A 2O8EB 3UB5A 1WSEA 5DQFA 4N3ZA 5GHKA 3JRYA 3H08A 1KXPA 4FK0A 3KTQA 3C94A 4O0IA 1BA1A 4JK7A 4B3RK 1KVAA 4FJ5A 5GAGP 1Z05A 3TTCA 1D5AA 1JLGA 4CZMA 2IS3A 4YOXA 4E7LA 1YUWA 1OVQA 4CZEA 4DV7K 3AO2A 4M3XA 3AVMA 3QBXA 3J7AP 1UOCA 2HMIA 4DU1A 3WNFA 1DGKN 1U4BA 4YORA 1NG9A 1ILYA 4WFAL 3CCEN 1HK3A 3TI0A 4FLWA 5GIOA 4BQLA 1Z26A 3AVGA 4ZBKA 5EVZA 1RT2A 4I9QA 3CFOA 1GOBA 5BPNA 3L6QA 3SJJA 1RBSA 4JI4K 1VQ7N 3S3OA 5IWAK 1LOTA 3CCRN 4MO4A 4J2VA 2HBJA 4ISGA 4FK2A 3R6MA 2HVHA 3L2UA 4A59A 3PUFA 1Q82O 4ELVA 1SS6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NT2 B;  3T7Z A;  4BY9 C;  3NVM A;  5GIN A;  3ID6 A;  3ICX A;  2OZB B;  3GQX A;  3GQU A;  2NNW A;  3NVI A;  5GIO A;  3SIV B;  5GIP A;  3SIU B;  3NMU A;  3NVK A;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BR5 A;  1BI4 B;  4I2P A;  5C0Y A;  3O8M A;  4FXD A;  3VA0 A;  1JLB A;  1BIS A;  3MXJ A;  5CR4 A;  3FZL A;  4DR1 K;  3O5B A;  3M6G A;  3OVN A;  1HK5 A;  3R3L A;  1TUU A;  1HNV A;  4EHT A;  2HNY A;  3D0P A;  3QLH A;  5TKY A;  5AQT A;  4DSI A;  4CEZ A;  2BXO A;  3K2P A;  3P83 D;  3THY B;  1QQO A;  3FZF A;  1HKC A;  1VQ4 N;  4H5R A;  1LAV A;  1NJI O;  4FWL A;  1WN7 A;  4GV6 A;  2Q2R A;  2BXB A;  3FGU A;  3IG1 A;  1MUH A;  3RTV A;  1U45 A;  4A62 A;  4FWS A;  2D0B A;  2I30 A;  4OTT A;  1RDW X;  1K8K B;  3WEE B;  3F9M A;  4BR7 A;  4GDK B;  3J80 O;  2I7N A;  1A5X A;  1NT2 B;  4EZ6 A;  4FWK A;  3O3G A;  4PA1 A;  1UA1 A;  1MIY A;  4DV6 K;  4FO0 A;  2KQ2 A;  3RMD A;  1K8A O;  3MX5 A;  2F4V K;  3UKR A;  1LOT B;  2BXF A;  3QIO A;  4B9L A;  4KB1 A;  1HLU A;  3EE9 A;  1GLL O;  3NH0 A;  1O1W A;  5LY3 A;  5KPZ A;  2PY5 A;  4B1Z A;  4E7H A;  1RT5 A;  2NRT A;  4CFB A;  1NGI A;  2RE2 A;  1HK4 A;  5AZJ B;  2BXK A;  1KLM A;  3D2E B;  3FZK A;  4BGA A;  2QHB A;  4OPK A;  4K25 A;  1T3V A;  3TAR A;  2I5J A;  1I94 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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