5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
3GQUA 3SIVB 3PLAA 5GIOA 4BY9C 3NMUA 3SIUB 2NNWA 3NVKA 3NVMA 3T7ZA 3ICXA 3GQXA 1NT2B 5GIPA 3NVIA 3ID6A 2OZBB 5GINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 5FDLA 2FLOA 4EIAA 3B6OA 4BRDA 3R1XA 1EETA 1U4BA 1GNJA 4BKEA 4M3RA 1VQKN 4LF7K 1L3UA 4ELUA 4J8FA 3LWMA 1BIUA 3DXMA 4BC5A 4YHHK 4K2CA 3VQQA 4BR7A 3EKSA 3FZLA 2OZBB 1IKXA 2YHYA 2D0CA 4DTUA 3VN5A 3NGZA 2ZE2A 4I9LA 5AQMA 3O9RA 3HOSA 1S1TA 4I7FA 4BACA 3NMUA 4CJ4A 1NK7A 2P9UA 4BR4A 3MXIA 2E2NA 1KAYA 4FJGA 2ITMA 1W2BM 5ADXA 4DTSA 4JKGB 5F0XA 4W5RA 1EWRA 1JL1A 3TI0A 4RCHA 3S3OA 3OS2A 4QOZB 3HSCA 3AA2A 4CJPA 2E5LK 3RRHA 4W5NA 2AJEA 4KH6A 3V08A 1T6DA 5AQVA 4BQZA 5BRDA 1DEJA 4Z4EA 3U4LA 4N47A 3AVMA 1T44A 1U2VA 1WNSA 3QB0A 4FWKA 1U49A 1CXUA 4PKHA 3I55N 1HNXK 4NCAA 3LAMA 4CJ5A 4CHNA 1SAZA 4JKEA 1Q18A 4CHOA 4CF8A 4J2EA 3EE8A 4CJEA 3O1WA 4JYAK 2YKNA 3KWGA 4CD1A 2HHUA 2BE2A 1KTQA 3F5TA 2LXSA 1CZBA 3CCEN 2Q0RA 2HHSA 2VDBA 2W6LA 4NAWB 4KTWA 3K9KA 4IBNA 3HPOA 4ZBKA 1OH7A 3C94A 4DF8A 1VQPN 5KGXA 2HMIA 2LQHA 2J4RA 3BZCA 4WYBA 5EXWA 3O9UA 2P9NB 1RBSA 3T7ZA 2P9KA 4DSKA 4IXCA 2AJQA 4BR2A 3D2EA 1NBWA 1J7EA 3O3HA 3QIOA 4H5WA 4ILHA 1E3MA 2PFUA 3U3YA 3T1YK 4XH4A 3S41A 3VQ7A 1TGOA 3MWTA 5AQFA 4DS5A 3E9PA 3T3FA 5ADXH 4YORA 4FLXA 4KI6A 4IFYA 1ATRA 4K25A 4GKKK 3SCXA 5HLFA 2NRXA 3VTIA 3CQXA 3CIPA 2IVOA 4BVPA 4L3QA 4F5VA 1FXXA 1NT2B 2Z8KA 3T69A 3WUHA 4DTMA 4C31B 2YNHA 3PUFA 3OYIA 4Q5VA 2XO7A 4CHZA 1KRPA 3HXMA 2DFEA 2YNFA 1QE1A 3V9XA 3WEEB 2QWPA 1RDAA 1Y64A 1TYQB 3PIPL 4DFJA 3SJJA 4BE2A 4HHTA 4GG2A 4IJNA 4C8NA 2Q0UA 5JS2A 3M8SA 2YJEA 1TAUA 2G8IA 4Y1DA 3MEGA 4M41A 1SS6A 4CJVA 3A73A 3HZ6A 2NLXA 3MWPA 2ZF5O 4I9QA 4CZJA 2GELA 4ZBQA 4OKJA 3T1AA 1JLFA 1K8KA 1NOYA 4OJRA 2DG5A 3QETA 1NK8A 3AVJA 4OO1J 1VSIA 4JNEA 4HVJA 3MHHB 4FLVA 3ATVA 3UIQA 4H5NA 5BRHA 2E8AA 4E1JA 2OA8A 3FNMA 1IBLK 4F8RA 5GAGP 1JJ2M 2BXCA 2WONA 4FJNA 2IC3A 5AZJB 2BXMA 3AO1A 4JKCA 4RWTA 2ASOA 1BO5O 2ETJA 1S1UA 2VUFA 4B9TA 5FPEA 4CBWA 3NE6A 1RFQA 3O9SA 2W6KA 2EFEA 4FLYA 1EWQA 4DQSA 1SL1A 4OKKA 3VQIA 3MN7A 5GIPA 4KPYA 4K71A 1KW2A 4CJUA 1S1VA 1UOCA 2O8CB 5BPMA 2E88A 2D0OA 3VEOA 3U6FA 2I2ZA 1BWFO 1C1AA 3T19A 3U9ZA 4MO4A 4FJ9A 4GDLB 1HJRA 1BCMA 2FSJA 2FBVA 4JI8K 3CI5A 4CGFA 1Q9YA 3SQJA 2QKBA 5BR9A 1TUYA 4ZUXV 1BL3A 3MK6A 3MMVA 1J53A 2A1SA 2P9IB 4CESA 2V52B 1NGGA 1Z6RA 4JK9A 4K8XA 4JI1K 3K2PA 2PYJA 1ZC6A 3M8QA 5AZIB 3SQ2A 4JI4K 5AQQA 5IWAK 3O08A 1YXQA 3NH2A 4AHVA 2QWMA 4HTLA 4YFUA 4DFMA 4B8CA 4DTJA 1E4FT 2P51A 2E1ZA 1X9SA 2DBWA 4I6MB 2GBZA 1YJ9N 3WQTA 4BDYA 3CFPA 4FWSA 2P9LB 2JGUA 3GOIA 3O9TA 4TSXA 3PX4A 2CH6A 1GOAA 5EY4A 2BXNA 4FLUA 1N33K 4E0DA 4ZTFA 1IBMK 2W41A 1J5EK 4Z4IA 1NJZA 3A5MC 1Q8IA 3H08A 4NXMK 4OT2A 1YAGA 5M1PA 4R79A 2A41A 3VF6A 3BY5A 4C23A 4CEAA 4E1MA 4AH9A 2V51B 3THYB 1HNZK 1WBBA 1BQNA 2F8TA 2FXUA 4MLHA 4KKOA 1NKEA 2DBXA 3LP0A 1HK2A 3BF1A 3OVNA 1NU0A 4DQQA 5M1NA 4YOUA 3MN5A 3LU6A 2VUEA 3VETA 2HBJA 3CC2N 4Z4CA 3SUOA 1TKDA 2GUPA 1N6QA 1NGCA 4OTUA 3WXLA 3VQ6A 1QVGM 3MDQA 1RILA 4GMJB 2BH1A 2KFZA 4O55A 4LF8K 3K5LA 4FM2A 1N32K 1KSPA 1CLQA 4JI5K 4ZC6A 4BR0A 3FWCC 2E4LA 5AQHA 4HGMB 2HNDA 1TKTA 2D1KA 2GUIA 4OX9K 2NRHA 2XW0A 1A5XA 4CF1A 1K73O 4JD2B 1WBDA 1T6CA 3PX6A 1VRTA 2UXCK 5GAHP 2PAVA 2Q1NA 3IS9A 4FWLA 5CHIA 3OYFA 2P5GA 2BDPA 3EN9A 1NJWA 4IEEA 3CCRN 5HOZA 3THWB 1GLEG 1QVFM 4IDKA 4JS4A 1JLAA 3D2FB 5KRSA 4GKJK 3L3UA 5HRNA 3OYLA 1YITN 1OH6A 1VAZA 4ZBRA 1TK5A 1NK9A 3HBTA 5KTQA 3I8BA 1VQLN 3DRSA 1RT2A 3KJVA 3F2KA 3I0RA 3CJ7A 3VQ5A 2PZSA 1S3XA 3KVGA 1MWMA 3L0QA 4B1VA 1MA9B 4CIGA 1FKOA 2XW1A 3OJUA 3VTHA 2WOMA 2X6SA 4U67L 3LDOA 3KLHA 1BI4B 5AJ3K 4BWMA 1NJYA 4BRLA 2P9IA 4CI6A 4B9QA 3UB5A 1J78A 5JLHA 1NK0A 5AZIA 1C1BA 4B3TK 3NFAA 3KK7A 3VQ4A 4Z94A 4DU4A 3O1BA 4KHYA 2WBNA 3P83D 2V7YA 1NK6A 1FK9A 3KD5E 3VQAA 5I3UA 3HOTA 1B92A 2P9LA 5FLXO 2WUSA 1YIJN 4O44A 3HP9A 2YX6A 4K43A 4BE1A 1VHXA 2IVPA 2HHHK 3V9ZA 1C0GA 1MIVA 4KTZA 1XI1A 3HT3A 4FXDA 3CERA 4CF9A 5LMUK 1BGXT 4DTOA 1BG3A 1RT4A 3F9MA 4EAHD 1WOQA 3KKSA 1HK4A 3J8AA 1HNWK 2D5RA 1ASUA 2BXLA 2BXIA 1D5AA 5E41A 4L8UA 1TKZA 3VQEA 3QFUA 3THVA 3OYCA 3CFRA 3ZT4A 1BQMA 1ZYQA 1SKWA 3DM2A 4JEPA 2OT3A 5LY3A 4BWJA 5BRFA 2EFDA 3J7ZO 1LWEA 3KIOA 3C6HA 3CJ9A 1R59O 1S9GA 3CCLN 3CD6N 3H1VX 3S9HA 4K0KK 3TDLA 3LP1A 5EU7A 4B9MA 5F2RA 1X3MA 3SAFA 3H37A 4R5PA 1VSDA 4KI4A 2IAJA 3ZSZA 4LB9A 2QHBA 2BXGA 5D7GA 4UQGA 3SAGA 1I3AA 3AY9A 4ISFA 3WXKA 4FO0A 4JD2A 3KD1E 2ATQA 3AV9A 2CGLA 4CGGA 4YNQA 4F5SA 1TVRA 5AQNA 1FW6A 5M1FA 3O3FA 1TK0A 4DWIA 3E01A 4BRGA 4J2VA 3C65A 4CJFA 5SZTA 3ZT0A 3WNEA 3QNOA 4JS5A 3M6GA 4F4KA 3CQ8A 3OJSA 3NF7A 1HX1A 2QM6A 2UXBK 3B9MA 5K14A 4GW6A 3ULDA 4FM0A 3CJBA 4JI0K 5CZ1A 4AHTA 4O8UA 1YVNA 4BRKA 4CZMA 3HVRA 5C15A 5J2NA 3SPYA 4CFDA 4PL7A 3MXJA 4F2RA 3VQ8A 4H5TA 5EX5A 2YHAA 1VSKA 3OBYA 3VEYA 1YJWN 2BANA 4JI2K 1VQ4N 2XVUA 1G15A 3KJLA 4J2AA 1BI4A 1JLEA 2LQIA 3V1RA 2KFNA 4BG9A 5LJVA 1ZBLA 3ZT1A 3V9UA 1QSSA 3IFRA 1BIZA 1VQMN 2QTDA 3K5NA 5A2QO 5BPKA 3D6RA 4EHTA 3BF3A 3OYJA 5H1SQ 1HYZA 1HNIA 1VSFA 4RW7A 1WB9A 3VOVA 1NGBA 3L6QA 4FW1A 2P9SB 1VQ9N 4TQ1A 3LPTA 3O4NA 2Y1JA 1H5WA 1OH8A 1MUHA 3DLKA 3WHQA 4BE0A 1UWBA 3ID8A 4DFKA 4OVLA 1XNRK 1WLJA 4BRNA 4V19S 2O8BB 4YDUC 2BX8A 4KHNA 2RPIA 4CHPA 4N5SA 5AQWA 4ILGB 1IKWA 1N34K 1MM8A 2BXQA 1DTQA 3OY9A 3TAMA 3UKRA 2AGHB 4AM7A 1HKBA 3ALYA 1TL3A 3T1HK 4AHUA 4DR1K 3G25A 4K8ZA 4OGCA 3TABA 3E9LA 1V4TA 2KZZA 4Z69A 2DFFA 4RW4A 3CPEA 5TKYA 3WNFA 4FWOA 2D0AA 3FLCO 1TXUA 4CJRA 1KVCA 1UAXA 3EO3A 1W97L 2VQFK 1F21A 3SLCA 1DTTA 3RR8A 1VSHA 1U6ZA 3EL2A 3H46O 3BZKA 5EOYA 1NM1A 4N56A 4BC2A 1YTUA 4DQIA 3LPUA 4LH4A 3D45A 3EE9A 3GDQA 1UORA 1NOZA 2ROHA 1GLJO 2XHBA 2HSTA 2HVHA 4BY9C 1LCUA 1RT5A 2ZJRL 4CE9A 1NWKA 4MQ3A 2FBTA 1K6YA 3OBWA 4KRFA 3QEPA 4B9SA 4OPKA 2E2QA 1QSLA 5EVZA 1E7IA 4E3SA 4FSVA 4CF0A 1X1PA 4B1XB 2P1JA 1WUAA 2BTFA 3SAHA 4FJHA 4PQUA 3WHSA 1S5JA 3LALA 3EYZA 3LDQA 5GAEP 2ZD1A 3JRYA 2Z1GA 5I42A 4FLTA 4PA1A 4M63C 4M3YA 4DG1A 4CFCA 2VGMA 2OZMA 4QS9A 4EP4A 4A57A 2Q97A 1NJXA 1NGHA 4CFAA 4CFBA 3MXMA 5D3GA 3OS1A 1VRUA 4DSIA 3FR0A 3BEXA 3G10A 3MX5A 3OYNA 4WQ4A 5AQLA 2PBDA 3HRGA 1N5YA 3LDPA 2WTUA 4KH5A 4DLGA 4E89A 3AVGA 4X62K 3K9JA 1WSEA 5DMRA 3DOKA 3NH0A 5IIUA 3LANA 2A1RA 2XY5A 4M3UA 4CGIA 3VMFB 1NGAA 1HA2A 1SL2A 2UUBK 3AVFA 2HNZA 2OTJN 4ICLA 4K42A 2I30A 1A5WA 4IG0A 3OYAA 4EP5A 3O4WA 2NRVA 4FK4A 1VQ7N 5F1XA 4ZTJA 2QWOA 3SK3A 2BXHA 1EX4A 4DTPA 2BXPA 1Z05A 1QS4A 4KH4A 2XY7A 3FWBC 2HBKA 1SB0A 2ZWHA 3VGMA 1C0MA 3TR8A 4BR5A 1CXQA 4OPJA 4XIUA 3SV4A 1RTIA 3FZHA 2NQOA 2A6AA 2P9SA 2VCPA 3SMPA 3NVIA 4LF4K 4NCGA 1QQCA 2D4WA 3G6EN 1NGEA 4CHYA 4UY8O 3THXB 1RDBA 5KQ8A 5KPRA 5SWMA 2O8BA 2HMPA 1E78A 3GBTA 3TANA 2IVNA 1XQSC 5AQZA 2G8WA 4M7XA 3AARA 3O8MA 3H45C 4KV8A 3VA3A 5DQFA 2RHKA 1LV5A 4DM0A 4Y0WA 3IDHA 4I2QA 4FJCB 4CJTA 1OKJA 4W5QA 4DUZK 1N5UA 2O8DB 3ZSQA 3LU7A 5IJ5A 1KFSA 4JK4A 3CM5A 4CBUA 1E7GA 2LOQA 2W40A 3KK1A 4GY2B 3HSTB 3QBXA 3FZMA 4HCBA 3M8PA 3GG4A 5J2QA 1RTHA 1TAQA 3CM6A 1BCOA 2NUBA 4FZZA 1MWKA 2F96A 1WN7A 4DR7K 1JKHA 4RG8A 1SV5A 3QICA 4ELTA 4KFBA 4RTFD 1KVBA 3EKUA 4GV6A 3AVAA 5M1OA 2VQEK 4DV4K 1VZSA 4F5TA 1IKYA 5FRNA 5AQRA 4CJLA 2NRTA 2DPNA 4JKGA 4DSFA 1QQMA 2PY5A 5HBMA 3DLHA 2X78A 2G8HA 2ZJPL 3VQDA 5C2FA 2G8UA 4OLBA 4FK5B 1XNQK 4LF9K 1NNEA 4H0VB 3ASMA 1SUQA 2GEMA 4DR6K 3AO2A 3ULEB 5AQGA 3ZSOA 3OYHA 4C8KA 4J2DA 2E6MA 3F9KA 5BN9A 4FVUA 4GNIA 1TV6A 5BPLA 2E6LA 4JI6K 3BUZB 2VG7A 5ELZA 3RSEB 3SV3A 1BDGA 1H9ZA 3SUNA 1HJOA 4F2SA 4BQLA 3K0SA 1T03A 1S1WA 1Q9XA 1IKVA 3WXIA 1QSYA 3ZETB 3SQ1A 3HTVA 1Z26A 4OGEA 5AQKA 2P9NA 1X9WA 5CY4A 3PIOL 3AA4A 4CD3A 3AA5X 4OR0A 1O1WA 3TSPA 1O13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  3SIV B;  3PLA A;  5GIO A;  4BY9 C;  3NMU A;  3SIU B;  2NNW A;  3NVK A;  3NVM A;  3T7Z A;  3ICX A;  3GQX A;  1NT2 B;  5GIP A;  3NVI A;  3ID6 A;  2OZB B;  5GIN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGH A;  5FDL A;  2FLO A;  4EIA A;  3B6O A;  4BRD A;  3R1X A;  1EET A;  1U4B A;  1GNJ A;  4BKE A;  4M3R A;  1VQK N;  4LF7 K;  1L3U A;  4ELU A;  4J8F A;  3LWM A;  1BIU A;  3DXM A;  4BC5 A;  4YHH K;  4K2C A;  3VQQ A;  4BR7 A;  3EKS A;  3FZL A;  2OZB B;  1IKX A;  2YHY A;  2D0C A;  4DTU A;  3VN5 A;  3NGZ A;  2ZE2 A;  4I9L A;  5AQM A;  3O9R A;  3HOS A;  1S1T A;  4I7F A;  4BAC A;  3NMU A;  4CJ4 A;  1NK7 A;  2P9U A;  4BR4 A;  3MXI A;  2E2N A;  1KAY A;  4FJG A;  2ITM A;  1W2B M;  5ADX A;  4DTS A;  4JKG B;  5F0X A;  4W5R A;  1EWR A;  1JL1 A;  3TI0 A;  4RCH A;  3S3O A;  3OS2 A;  4QOZ B;  3HSC A;  3AA2 A;  4CJP A;  2E5L K;  3RRH A;  4W5N A;  2AJE A;  4KH6 A;  3V08 A;  1T6D A;  5AQV A;  4BQZ A;  5BRD A;  1DEJ A;  4Z4E A;  3U4L A;  4N47 A;  3AVM A;  1T44 A;  1U2V A;  1WNS A;  3QB0 A;  4FWK A;  1U49 A;  1CXU A;  4PKH A;  3I55 N;  1HNX K;  4NCA A;  3LAM A;  4CJ5 A;  4CHN A;  1SAZ A;  4JKE A;  1Q18 A;  4CHO A;  4CF8 A;  4J2E A;  3EE8 A;  4CJE A;  3O1W A;  4JYA K;  2YKN A;  3KWG A;  4CD1 A;  2HHU A;  2BE2 A; 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