The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
138
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sequence length |
375
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structure length |
375
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Chain Sequence |
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase/rna
|
| source organism |
Sulfolobus solfataricus
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| molecule keywords |
C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
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| total genus |
138
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| structure length |
375
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| sequence length |
375
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| chains with identical sequence |
B, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01798 | Nop | snoRNA binding domain, fibrillarin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GIO A; 3GQX A; 5GIP A; 2NNW A; 2OZB B; 3PLA A; 1NT2 B; 5GIN A; 3NVK A; 3ID6 A; 3T7Z A; 3NVI A; 3NMU A; 3SIV B; 3GQU A; 3SIU B; 3ICX A; 4BY9 C; 3NVM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NJZ A; 1SKW A; 5AQN A; 3K2P A; 4BRN A; 1OKJ A; 3WNF A; 1E7C A; 4B3T K; 3U3G A; 3IUC A; 3H6E A; 1UOC A; 3A5L C; 3SQJ A; 3HOS A; 4BRP A; 3NHG A; 3AY9 A; 3U3Y A; 3ZSZ A; 3CM5 A; 3PIP L; 4DTU A; 3VQ5 A; 1E4G T; 2NRV A; 4FZY A; 2O8D B; 1VSH A; 4C8K A; 1HNZ K; 3AA2 A; 1IBK K; 2FBY A; 5AQK A; 3L0Q A; 4O8K A; 1GNI A; 3VEW A; 3J7A P; 3LP2 A; 2GWK A; 3ZSW A; 4AHU A; 5AQT A; 3VQA A; 2YKM A; 4BE2 A; 4M42 A; 4BQZ A; 3VQ7 A; 1VRT A; 4AHS A; 1RT6 A; 3OHR A; 3EY1 A; 4NXN K; 4FWS A; 4KAZ A; 2IC3 A; 4FJI A; 4IO9 L; 4Z4F A; 2HBM A; 1U04 A; 3DM2 A; 2EFC A; 3O4W A; 4CJW A; 4PL7 A; 2RHK A; 3KTQ A; 1KLM A; 4BRQ A; 3NDK A; 5CY4 A; 4DKW A; 4F5U A; 3SQ4 A; 4IOC L; 2A1R A; 3KLF A; 1VQ5 N; 1BG3 A; 4CEA A; 4IEI A; 1YIJ N; 2EFH A; 4L9Q A; 2XSI A; 1E7I A; 4M7X A; 2Q97 A; 2D1K A; 3WNH A; 4OKK A; 4JI0 K; 4GKK K; 4ZTF A; 3PSF A; 1VQ7 N; 3SK3 A; 4Y0W A; 1FXX A; 3AVI A; 1NK9 A; 5GAH P; 4FK0 A; 3K5O A; 3MXJ A; 4ZBK A; 1OH6 A; 5IJ5 A; 1NKC A; 4HCB A; 3HRG A; 3LP1 A; 5C10 A; 4X64 K; 2RE2 A; 4E1M A; 5BRD A; 2LQI A; 3HZ6 A; 3DWL A; 1NGD A; 5AR0 A; 1D5A A; 4CK1 A; 1LW2 A; 3VGM A; 3TI0 A; 2ZE2 A; 5GHK A; 4IOX A; 4QS7 A; 1WSH A; 2UYT A; 2HOE A; 2DPN A; 3CER A; 1VSI A; 2WOM A; 3I0R A; 1YHQ N; 4FJL A; 2ZGZ A; 3DLE A; 4JN4 A; 1ESV A; 1YAG A; 2W6K A; 3THY B; 4O5B A; 3OYH A; 4DV6 K; 3K9J A; 1I3A A; 3MHS B; 2FBT A; 3VA0 A; 1S1T A; 4PQU A; 2ZD1 A; 3BEX A; 3OYD A; 5LJW A; 1R0A A; 4WFN L; 1OVQ A; 2DBW A; 4TSX A; 1VSE A; 1Y97 A; 1C0T A; 1YUW A; 4CE9 A; 4JNE A; 1GLL O; 3PUF A; 3O5B A; 3NE6 A; 4I9Q A; 4M63 C; 1J78 A; 2X6S A; 3OYG A; 4BR5 A; 5HRP A; 3W1S A; 2IVP A; 4FWP A; 4F5V A; 1WAJ A; 3HVT A; 1KVA A; 2P9N A; 3ATU A; 3HPO A; 3VN5 A; 2XVU A; 3K58 A; 4DHX B; 1DGK N; 4HUE A; 4BDP A; 4DF8 A; 2GWJ A; 3ZT2 A; 3K5N A; 3KLE A; 1GLC G; 4WQ4 A; 2IDO A; 4B8C A; 4WQ4 C; 1GOB A; 2G8F A; 1OVY A; 1WLJ A; 2AJQ A; 3V03 A; 3QFU A; 3THW B; 4EHU A; 3PV8 A; 1SS6 A; 1OH7 A; 4O5F A; 2YNF A; 3DLB A; 1H5W A; 5EY4 A; 1NGB A; 2YI1 A; 1S3X A; 4FXD A; 3VQQ A; 3D7E O; 3CJB A; 3F73 A; 2QWN A; 3F9M A; 2YKN A; 2VWK A; 3F5T A; 4AF1 A; 1JCG A; 2W6L A; 5E26 A; 1E7E A; 3AO5 A; 2BE2 A; 2HHX A; 4BDZ A; 4OPH A; 3ULE B; 4C8O A; 3TSP A; 1TUU A; 2BXK A; 3I8D A; 1F21 A; 4C8L A; 1K9M O; 2YHX A; 4A59 A; 3N4Q A; 2QWR A; 4I6M B; 2F8T A; 2FBV A; 4DFM A; 4BY9 C; 4JKG A; 5FRN A; 4DMN A; 1SZ2 A; 3EYZ A; 3RVC A; 5AZJ A; 5ADX H; 3OS2 A; 3V81 A; 1KDX A; 2E2Q A; 3FE1 A; 4B9S A; 3C0B A; 4LFB K; 1CZB A; 1FKP A; 1ZC6 A; 4PA1 A; 1JLF A; 4O44 A; 1C0M A; 4A5B A; 1HYV A; 1DEJ A; 1TV6 A; 2OPQ A; 1TK0 A; 2P9K A; 4WA6 B; 1E7G A; 1G15 A; 4ISG A; 3WHQ A; 4DFP A; 1Z26 A; 3WEE A; 2NRH A; 3M99 C; 5KRS A; 1KVB A; 4JRP A; 1SL0 A; 1U47 A; 2E0Y A; 3ZT4 A; 3WQT A; 3VEZ A; 4L9K A; 4M41 A; 5J2N A; 3OYI A; 3DXM B; 3ATV A; 4DQQ A; 1NKE A; 2HST A; 2P9I B; 4ISF A; 1TYQ A; 2V52 B; 1Q86 O; 4J2V A; 1HJO A; 4QOZ B; 3U8X A; 1YI2 N; 4CJL A; 4I7F A; 1RIL A; 4DTN A; 3V9S A; 5E41 A; 4KV8 A; 4FVM A; 2QKB A; 3SQ1 A; 1XNQ K; 3O80 A; 3SIV B; 3SQ0 A; 5BR8 K; 3ICX A; 4OPJ A; 4KPY A; 4B8A B; 5IIH A; 3CET A; 3F9K A; 4PKG A; 3T1A A; 3H3O B; 1GLD G; 3MMV A; 4RW9 A; 3VMF B; 4M3R A; 3V1Q A; 3NF7 A; 4E7K A; 5KPR A; 3D2E A; 3CPW M; 1KXP A; 4A62 A; 4WFB L; 2GBZ A; 1ITG A; 3LDS A; 4DV3 K; 4FW1 A; 3ZCM A; 3CCU N; 3LAN A; 1D8Y A; 4LUH A; 1HRH A; 4ISE A; 1ZYQ A; 1IKY A; 1KVC A; 3LPT A; 3KK1 A; 1VQN N; 4CD3 A; 4ILH A; 5JIC A; 4YOV A; 3J8A A; 1VQM N; 5GAD P; 2F9T A; 3UKU A; 4JS5 A; 2G8V A; 3OYA A; 1S72 N; 1JCE A; 4J8F A; 4J2E A; 5DM6 L; 3C7N A; 2O8F B; 4NO7 A; 1T6D A; 4JI1 K; 2RF2 A; 2OAN A; 2IVO A; 4DV0 K; 2Q31 A; 3IG1 A; 2F8S A; 1SKR A; 5KTQ A; 2AP1 A; 1UAX A; 3KWG A; 2O8E B; 1RBT A; 3HPG A; 5C0Y A; 3OYE A; 5AQM A; 3WUH A; 3AVN A; 4H0P A; 3PIO L; 3AAR A; 3OW2 M; 1MA9 A; 4B9V A; 4DV2 K; 1LNS A; 3ZSR A; 4GDK B; 3D45 A; 3C6H A; 4FLZ A; 4JK8 A; 3TAM A; 4S1Y A; 4DSK A; 5AZI B; 5BPK A; 3BZC A; 4M70 B; 4H5W A; 5B8H A; 4KHN A; 3DJC A; 4FWM A; 1GOA A; 2BX8 A; 4G03 A; 3HTV A; 3LAK A; 4JYA K; 4KBO A; 4BR7 A; 4G04 A; 3QIN A; 3QEP A; 4IW2 A; 3RSE B; 4K8Z A; 3PX4 A; 4L8R B; 4R79 A; 2ZJR L; 3L2Q A; 3K5M A; 3I0S A; 1XC9 A; 3M3Z A; 1U49 A; 1WOQ A; 4CJ7 A; 4OT2 A; 1RBS A; 3HBT A; 1EWQ A; 1NK5 A; 1S1W A; 2E2N A; 4GMJ B; 4FLW A; 4M3Y A; 2RKI A; 3V9W A; 1E7B A; 3UKR B; 2DFF A; 4FK4 A; 1NKB A; 2WBN A; 3GE1 A; 3RMD A; 2YNG A; 2QTD A; 4IO8 A; 1C1C A; 3ZX2 A; 4KHS A; 4F2S A; 3FR0 A; 4F4K A; 5AFU H; 3MED A; 3ZYY X; 2JWK A; 3OYN A; 2BTF A; 1QQN A; 4B1Z A; 3KHY A; 4CFA A; 3T69 A; 3JAM O; 3G0Z A; 3HO1 A; 1IJJ A; 2BUP A; 4OGC A; 2UUB K; 5SWM A; 3HP9 A; 5KGW A; 4YDU A; 5IIU A; 4YDU C; 5HBM A; 1RTI A; 4G9Z A; 1NWK A; 2BAN A; 2YJE A; 2VQE K; 5AQW A; 3H3A A; 1YJ9 N; 1HYZ A; 1XHZ A; 3C65 A; 3GL1 A; 1VQ9 N; 1DTT A; 1MWM A; 4H0T B; 3THY A; 2E8A A; 3NF9 A; 5KRT A; 2PAV A; 4BE0 A; 1RBU A; 1QHT A; 4CZF A; 3NGI A; 5AQF A; 2E1Z A; 2Q0R A; 1GLF O; 4B3O A; 4DTR A; 3FLC O; 2PZS A; 4JI6 K; 1TF0 A; 4BGA A; 4E1J A; 2VGM A; 4UQG A; 2KHO A; 4DUZ K; 2D4W A; 4M3X A; 5C12 A; 3IS9 A; 2KFZ A; 1HPM A; 2ATQ A; 4K42 A; 3VTI A; 3MWT A; 3MEG A; 1ASU A; 1RGI A; 3VEY A; 3OYC A; 3ZEU B; 4Z4I A; 1GOC A; 1BL3 A; 3HSC A; 1LW0 A; 3S9H A; 3ULD A; 3R9P A; 4ZUX V; 4J2A A; 4DLG A; 2DFH A; 1C1B A; 3DXK B; 3NF6 A; 5A2Q O; 3THW A; 3DI6 A; 2OCE A; 1BA1 A; 5AQU A; 3I55 N; 4PHT X; 1CLQ A; 1ZBH A; 3V1O A; 3CFO A; 1NMD A; 1NBW A; 5KPT A; 1YF5 L; 1A5V A; 2OPP A; 3FZM A; 4IFY A; 3QIP A; 4Z4C A; 2UXD K; 1HR0 K; 1RDD A; 3QNN A; 1DLO A; 3U9Z A; 3WT0 A; 4I2P A; 4AHR A; 1ASW A; 4G1Q A; 5BPM A; 1RT2 A; 3QEI A; 3A8Y A; 3QIO A; 1NK8 A; 1KRP A; 3AGR A; 2ZJP L; 4IFE A; 2VG7 A; 1ZBF A; 4DB3 A; 2I7N A; 4IG3 A; 3T19 A; 2IIR A; 1QQM A; 4A57 A; 2Q3S A; 4DFJ A; 4CER A; 2W41 A; 1NGJ A; 3T7Z A; 4HCC A; 3HYF A; 4CEO A; 4ICL A; 1N33 K; 4I9O A; 4BDY A; 2YDF A; 5BPL A; 4CBU A; 3O6W A; 3CIP A; 4CEQ A; 3H3N O; 3IFR A; 3L4I A; 4MO5 A; 4GY2 B; 4CFB A; 1JJ2 M; 3MN7 A; 3I56 N; 3CJ9 A; 4JD2 B; 4H0Y B; 3TSU A; 2PFU A; 2QW9 A; 3B6O A; 2P9U B; 3HT3 A; 3DMJ A; 1L3U A; 4CGG A; 5HOZ A; 1CXU A; 4FJM A; 1IKW A; 1LAW A; 1X9J A; 3C6A A; 1KLN A; 4E99 A; 1LWF A; 3TDL A; 3ZET B; 1K8K B; 4H0V B; 2YHW A; 4NCB A; 3WXJ A; 3NH2 A; 4CZE A; 5KQ8 A; 4LC9 B; 4LFA K; 5J1E A; 3QML A; 4B3M K; 1BJ5 A; 4K43 A; 1VQO N; 4RCH A; 1JNB A; 1Q9X A; 1XNR K; 5AQX A; 4ZTJ A; 1NJX A; 4CF1 A; 3KK3 A; 4YOX A; 2XY8 A; 3LDQ A; 5MLC Q; 2P51 A; 1KAX A; 2GEM A; 2BXE A; 4JK4 A; 4YOR A; 1HYS A; 3ZLJ A; 2BXA A; 5GAG P; 1REV A; 4NCA A; 4CBX A; 3O4Q A; 3VQ4 A; 3E01 A; 1BOT O; 5CZ1 A; 4B1Y B; 4CJP A; 2WC9 A; 2HHQ A; 4EHT A; 1LOT B; 1BUP A; 3VQ9 A; 3VEX A; 2HHW A; 1J6Z A; 3NF8 A; 3V1R A; 2P9S A; 3DAW A; 1J5O A; 5ELZ A; 3MAQ A; 3RR8 A; 2P9L B; 1N8R O; 3UIQ A; 3HPH A; 3SPY A; 3VF4 A; 5KQD A; 4OGE A; 3V9U A; 2E1Y A; 4CJF A; 1XI1 A; 4N0F D; 3ID8 A; 2YNH A; 5AQP A; 1XC3 A; 4LFC K; 4BE1 A; 5C2F A; 2BH1 A; 5EXW A; 3TAB A; 3LM2 A; 1EKE A; 1KAY A; 3D6R A; 3SCX A; 4BQL A; 2W42 A; 3RMC A; 1RT3 A; 3SV4 A; 1HK1 A; 2OYQ A; 2O8F A; 1JLB A; 2Q1N A; 3WNE A; 3PY8 A; 4N47 A; 5IJE A; 3EZW A; 4H8K A; 4FZZ A; 4CW7 B; 3L3V A; 4MO4 A; 1R59 O; 3V09 A; 1DTQ A; 3KLG A; 1BCM A; 3QLH A; 4DFK A; 3ITH A; 3DLH A; 2YX6 A; 3LWL A; 3KKS A; 2DFE A; 1NGC A; 1X3M A; 3DRS A; 3VGK A; 3P31 A; 3R6M A; 4FJC B; 1KSP A; 1EWR A; 1JL2 A; 3JRY A; 1QZ6 A; 2YCH A; 3I8B A; 4KB0 A; 2ZJQ L; 4GV9 A; 3OJU A; 1D9D A; 3G71 N; 4Q0B A; 3W0L A; 4OJR A; 1TAQ A; 5AQV A; 3H08 A; 4BRF A; 3M5R A; 4BC2 A; 4DTO A; 3RSE A; 3CM6 A; 2Z8K A; 1ZBI A; 2F9W A; 5M1Q A; 2E20 A; 3CME N; 1HNW K; 3BZK A; 2K0N A; 3AA5 X; 4DS5 A; 1RBV A; 3O1B A; 3NCI A; 3QO9 A; 4B1X B; 4Z9O A; 3A5M C; 2HND A; 2PYJ A; 3CQ8 A; 4FM0 A; 1IKX A; 3UKR A; 4B9M A; 4K71 A; 2WTU A; 3FZH A; 3L2W A; 3DLR A; 1K8A O; 2KTQ A; 1T05 A; 4JKH A; 2ITG A; 2QK9 A; 1VRU A; 1B9F A; 4F2R A; 2D0C A; 5LMU K; 4F9O A; 4IJN A; 2UXB K; 1MUH A; 4QAG A; 4BRM A; 2BGG A; 1N5U A; 1U6Z A; 2Z1G A; 2BXQ A; 3Q7C A; 1N5Y A; 2OA8 A; 2EHG A; 3C6T A; 2HNZ A; 5AQY A; 3VET A; 4EP5 A; 3R8E A; 3R1X A; 4JK9 A; 3SJH A; 4AHV A; 1WSE A; 3PX6 A; 4DSJ A; 1WBD A; 3JYT A; 3A5N C; 1WUA A; 2VCP A; 3VA3 A; 2HHU A; 2BXH A; 3CQX A; 3E9P A; 4QS8 A; 4OLA A; 5JLH A; 1X9M A; 4LF5 K; 4CIG A; 4MFB A; 3SPZ A; 2D0A A; 4JAX A; 2V7Y A; 3CC4 N; 2WFB A; 3PX0 A; 2UUC K; 4CHN A; 4Z69 A; 3DLG A; 4X66 K; 3C6U A; 4JKD A; 3QDK A; 5AQH A; 3CG7 A; 1FW6 A; 4K25 A; 3UB5 A; 2FF3 B; 2NUB A; 4ZBR A; 2GUP A; 1P8Z A; 4CEB A; 4N56 A; 1ILY A; 4CFC A; 2JWL A; 2RPI A; 4CD1 A; 5FUO A; 4ELV A; 3AVJ A; 2HBJ A; 4NLC A; 4OR0 A; 2NRX A; 1Q7Y O; 4N0U D; 3ZEU A; 1KFD A; 1H9Z A; 4LSL A; 5KPZ A; 1MIW A; 2XVQ A; 3TR8 A; 2QM1 A; 3V9X A; 3H46 O; 4C8N A; 1S6P A; 4AH9 A; 4DUY K; 3DXK A; 5M1F A; 1D9F A; 3QIC A; 1A5X A; 5KI6 A; 3LDO A; 1N6Q A; 3M8P A; 4BRE A; 1IKV A; 4DU4 A; 4H5T A; 4ELU A; 4CES A; 3ID6 A; 3C94 A; 4DQS A; 1S1X A; 4KRE A; 1L5U A; 4W4U B; 4C23 A; 4DTM A; 2B6A A; 5BRE A; 4DSF A; 3MXM A; 4XH1 A; 4OVL A; 1KAZ A; 4NYF A; 3CI5 A; 2I30 A; 1NG9 A; 4N41 A; 3H45 C; 5C25 A; 2A3Z A; 5JS1 A; 1IJG A; 3THX B; 2KZZ A; 1L3S A; 3JS6 A; 1EXQ A; 1UA1 A; 2YHY A; 2KKZ A; 4F3T A; 4LUF A; 3WHS A; 5FDL A; 3QB0 A; 2HVH A; 4IWV A; 4XEI A; 1NOY A; 3UE5 A; 4EFH A; 1UA0 A; 3OA9 A; 3OBY A; 1Y64 A; 3NVI A; 3ZSX A; 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