2A1SA

Crystal structure of native parn nuclease domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
430
structure length
391
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLREPVTIPEDQKKFIDQVVEKIEDLLQSEENKNLDLEPCTGFQRKLIYQTLSWKYPKGIHVETLETEKKERYIVISKVDEEERKRREQQKHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 391
sequence length 430
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1sA01
3.30.1370.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 R3H-like domain 2a1sA02
1YTUA 4H4MA 3C94A 3HP6A 1WAJA 1C1CA 2P5GA 4EP5A 2HMIA 3QEXA 2P5OA 3OYCA 4CJ5A 2D0AA 2OA8A 2ITGA 4CFBA 3KLHA 2P51A 3TWHA 3AVGA 3OYEA 4F2RA 2KTQA 1MSZA 1QSSA 4I7FA 4FJHA 1EXQA 2KZZA 4BDZA 1L3TA 1Q8IA 5HP1A 3NGZA 1FKOA 3TAEA 2DFHA 2A1SA 4E7JA 4B9MA 1KSPA 4Z0UA 4DSKA 3KK2A 1JKHA 3AVFA 1SL0A 1K6YA 3TAPA 5C25A 3OYAA 1NOZA 1NK4A 4OLBA 1A5WA 4FLTA 1X9SA 1U4BA 3DLGA 3LP2A 2VWKA 1U47A 3NAEA 1VSIA 4N5SA 2G8WA 5J1EA 4FM2A 1RTJA 3CFOA 2ZE2A 4N76A 3NGYA 4CJWA 3SQ2A 4ID1A 4M3XA 1HNVA 2D0CA 2NUBA 3DLEA 3H08A 5CZ2A 4CECA 3WNEA 1Q9YA 1ASWA 3QESA 4IBNA 4F3TA 4FK4A 1GOAA 3RWUA 1ASVA 1WSIA 1J9AA 3P5JA 1WNSA 1WSJA 1SKSA 1RT4A 2VG7A 1RT6A 3IRXA 1EP4A 4CEAA 4FJ5A 4PUOA 1RDBA 3KD1E 1NJWA 4LH5A 3VQEA 4Q5VA 3QINA 5SWMA 1VSHA 3V9SA 3F9KA 1LAWA 4KB0A 4CJLA 1SUQA 5J2MA 2F96A 4B9TA 3QIOA 4CJVA 1C6VA 1T03A 3OS2A 3VQBA 4CFAA 4FCYA 4O5BA 1IO2A 2IS3A 2OYQA 3IG1A 3CG7A 4CEFA 4M45A 3SUQA 1BIZA 3DLRA 4FJ9A 1T05A 3ZSWA 3TAMA 2EHGA 1JLFA 4DQIA 1F21A 1D9DA 4DG1A 3HJFA 1REVA 3OYMA 3PV8A 4G1QA 2KFNA 4CEDA 4C8MA 1N6QA 1KVCA 3QO9A 4MQ3A 4ZHRA 4FLZA 1JXEA 4LSNA 4B8AB 4QCLA 4E3SA 1HYSA 3RMCA 4Z4GA 2OZMA 2XY5A 4GMJB 1ZBFA 3SCXA 4K8XA 3SUPA 3V9UA 4YFUA 3NF9A 5J2PA 2OZSA 4DQSA 3U3GA 1KLMA 4ID5A 3QEWA 2CPMA 1LAVA 3K5NA 4KAZA 1BHLA 4CGDA 3OS0A 2IAJA 3I0RA 5J2NA 1HMVA 4CGFA 4ICLA 4LSLA 2W42A 2YV0X 1TKDA 4GW6A 2G8IA 3ALYA 4OKEA 3RMDA 1NK0A 4CHQA 4CHNA 2Z1IA 2LSNA 3VQ8A 1VSEA 2HNZA 2ZQBA 3JSMA 3MEGA 4NCGA 3CM6A 2YNGA 4CEZA 4AHVA 4HUGA 1XHZA 2X6NA 1U48A 1T7PA 4K8ZA 3IS9A 1VSKA 3LZIA 1SL2A 3NCIA 3DYAA 3VQDA 3O3GA 1A5VA 3THVA 4DS5A 2Y1JA 4WE1A 4Z4HA 2VG5A 3NH0A 4FJGA 3QEVA 4CHYA 3QEPA 1RT3A 1B92A 5T7BA 3TAFA 1G15A 4DWIA 3AO3A 4YNQA 4DFPA 1L5UA 3D0PA 1C1BA 4KB1A 3O4QA 5HRPA 3G0ZA 3ULDA 2E4LA 3ZT0A 4EZ9A 3QETA 1ITGA 1IKXA 3T1AA 2Z1GA 4CGIA 4W5OA 2IC3A 1ZBLA 3RR8A 4FZZA 1NK9A 3VQ9A 4N41A 3KK1A 3PX6A 4DSFA 1NK5A 4FJJA 4FZYA 3QNNA 3MEEA 4KPYA 4KHNA 3OYHA 4RW9A 3AA2A 5KTQA 1BCOA 4IG3A 5CYQA 1TVRA 1S1XA 3OYGA 4KTZA 4B9NA 1NK7A 1IKWA 1W0HA 4XIUA 1RT1A 4OJRA 3AVLA 3HPGA 1EX4A 3WNGA 2RN2A 2IDOA 4E89A 3HXMA 1J5OA 4E0DA 3HVRA 5CYMA 4EP4A 3QERA 1QSYA 3ZSRA 1VSDA 1VK0A 4FW1A 3KTQA 4W5RA 3C6TA 3TI0A 3T19A 3WNFA 5KRSA 4KREA 1JLBA 4AHCA 5FRNA 2HHXA 5FROA 1I3AA 1U45A 3SZ2A 3LZJA 4CHPA 1RBUA 4CFDA 4FJKA 2VWJA 2HB5A 1HQEA 4CJEA 3MAQA 3NH1A 2WONA 1NKBA 3MECA 5KI6A 4CF1A 4HUEA 2XRIA 3OYKA 3DOLA 3PX0A 3KLFA 4Z4FA 4F8RA 4DTSA 4B9VA 3LWMA 1UAXA 4KV8A 2HVHA 3OYFA 1Z26A 2GBZA 4DLGA 2HNYA 1TAQA 4BWJA 3ISNC 4I9LA 1QE1A 2IGIA 3HP9A 4BWMA 4CF9A 4FM1A 4E7IA 1SKWA 4M3ZA 4KHYA 4HTUA 1VSFA 2KW4A 3QIPA 3OYBA 4C8LA 4LH4A 4CESA 4IG0A 3HPOA 4CJ4A 4KKOA 4FM0A 1B9FA 3RMBA 1I39A 2LRRA 1LWFA 4KFBA 5KGWA 3HL8A 1S6PA 1TAUA 4B8CA 4CJQA 3VQ6A 4DQQA 3EYZA 2A1RA 3SV4A 1JL1A 1WLJA 1KFSA 4FK0A 4C8KA 4Y1CA 3B6PA 3VQ5A 3NDKA 1IG9A 4DQRA 4J2AA 4N47A 3T3FA 4KO0A 1C1AA 4RG8A 5HROA 1NKEA 5HRRA 2EX3A 3M8PA 3JYTA 1NJXA 5HBMA 4HUFA 1MU2A 4DF8A 5DMRA 3ZCMA 1SL1A 1RBSA 3V1RA 2XHBA 2P1JA 4DLEA 1HNIA 4CJ3A 1RT5A 3LAKA 1KRPA 4OGCA 3SNNA 4AH9A 2YNIA 3LWLA 4DTRA 2B5JA 2GUIA 4E7KA 2X78A 3G10A 3AV9A 3P83D 2X74A 4R5PA 4CHOA 1RDCA 4FLWA 4KI6A 4MFBA 5K14A 4HVJA 2G8VA 1KLNA 3MEDA 1CZ9A 2B4JA 3LP0A 4UQGA 1ZYQA 1J53A 4OKJA 1HYZA 3BGRA 3EZ5A 4B9LA 5FRMA 3SPZA 4Q0BA 1R0AA 3TANA 3NFAA 3NE6A 4O0IA 4F2SA 1KFDA 2HHQA 2G8HA 4FK2A 3LAMA 4CIGA 2HW3A 3AA4A 4H8KA 1BI4A 3MXIA 2F8SA 4CEEA 3CQ8A 4FLXA 4E19A 2BANA 1D5AA 1RTIA 1WSHA 4CF8A 3SPYA 2DY4A 3V1OA 3AVIA 1RT7A 3U6FA 3SJJA 2PZSA 3CFPA 4J2BA 4CIEA 2F8TA 4OLAA 4CERA 4FJLA 3VN5A 5E41A 3K59A 4B3OA 3A2FA 3PO5A 3V9XA 5I42A 1UG8A 3LDSA 1XWLA 4M3YA 2OPSA 1YT3A 1QSLA 4OPKA 1T8EA 2DFFA 3HPHA 1QTMA 4ELVA 2OPQA 4OGEA 4E1MA 3AVAA 1JL2A 4IFYA 1JLGA 5C24A 3AO2A 1LWCA 4HHTA 1RILA 2Z1HA 3AVJA 3DI6A 3V9ZA 4DS4A 1NJZA 4L8RB 2RF2A 4KHQA 3ITHA 1Y97A 2JLEA 3ZSXA 2YKMA 3NBPA 3ZSYA 4BACA 4OKKA 4CE9A 3C6UA 5HLFA 4AHUA 1WN7A 4CCHA 4NCAA 4BDYA 1KVAA 1LW0A 2FBTA 4I9QA 1Z25A 5D3GA 2IOCA 1TGOA 3VQQA 3ZSQA 1KTQA 1FK9A 1BI4B 4FZXC 1SKRA 1B9DA 1L3VA 4DTMA 4CF0A 4IFVA 1VSLA 3AO4A 3S9HA 1IKVA 4C8OA 2HHUA 4NYFA 2ZD1A 1HPZA 2FBXA 4FLYA 4DU1A 3S3NA 3RR7A 3RRGA 4ELUA 3VQAA 1WSGA 5CZ1A 3L2UA 4FLUA 3OYNA 4E7LA 3KKSA 1VSMA 3LALA 4Z4CA 1A5XA 1DTTA 4W5TA 3EY1A 4M3RA 2FC0A 3VQPA 3V4IA 3AA5X 3AO1A 2QK9A 3ZSVA 2HHWA 1TK8A 5KRTA 2E6LA 3IAYA 3OJSA 4ZTFA 3SUOA 1KCFA 4DSIA 3CM5A 2RKIA 1VRUA 2FBYA 3L8BA 4DFKA 3V81A 1W9HA 2OPPA 3V9WA 4CGJA 3L2QA 2YHBA 1QS4A 3PUFA 4FVMA 2XO7A 3MXMA 4EZ6A 4CFCA 1BQNA 1TK0A 3TR8A 1CLQA 3O4NA 3RRHA 3K2PA 4N56A 3NF8A 4CHZA 4M42A 1UA1A 2O4IA 1WHRA 1U49A 3B6OA 3OYDA 3L2RA 2PYJA 3V1QA 4DTJA 1JXBA 1TK5A 3VA0A 4E7HA 1GOCA 4CK1A 4B9SA 3VA3A 3M8SA 4O44A 4I2PA 4RW7A 2RPIA 4O55A 2Z1JA 2O4GA 4RW4A 3U3YA 3TAQA 4F4KA 4QOZB 3VQCA 1L3UA 1WAFA 1UA0A 2JGUA 2QXFA 1RTHA 3AVKA 4Y1DA 1RNHA 4CJPA 4KI4A 3LANA 3K57A 4DU3A 1BCMA 3KJVA 4DSEA 1X1PA 2KFZA 4JS4A 3S3MA 2AJQA 4DSLA 1S9EA 3F73A 1EETA 3PY8A 1TV6A 1S1WA 1GOBA 1CXUA 1TL3A 4BE1A 3AVBA 1VSJA 3ASMA 4DTNA 4ZTJA 4DQPA 2D0BA 3OYLA 1FKPA 2B6AA 3AVHA 4CJSA 3K5OA 3KIOA 3KKRA 4LD0A 3HM9A 3SYZA 3VQ7A 4FYDA 2YNFA 3LP1A 4M3UA 3OYIA 2QKKA 3HVTA 3S3OA 4ELTA 4PY5A 3AO5A 4M3WA 3ZSOA 4CJTA 3HT3A 3TAGA 1RBTA 4PQUA 4DFMA 1NJYA 1S1TA 1LW2A 4DMNA 4O4GA 1RBRA 3LP3A 4FW2A 1XC9A 4GVMA 1U04A 4FJNA 4CF2A 4CJRA 3FFIA 1UOCA 5JS1A 3SQ0A 4AHSA 1JLQA 4CEOA 4Z4EA 4H4OA 5CY4A 3AVMA 5JS2A 3LPTA 3L3VA 1XI1A 4CJFA 2BDPA 2PY5A 5C42A 3AVCA 3HSTB 4W5QA 1ZBIA 5I3UA 1D8YA 3NF7A 5DK5A 4AILC 3CYMA 1LWEA 3KK3A 3ZT4A 4CGGA 2HHSA 3KLEA 2DTUA 1TKZA 4FJ7A 3E01A 4OPJA 4CJUA 4KHWA 3VQ4A 5HRNA 4F3OA 1RDAA 1HRHA 4HCCA 3HO1A 1DTQA 3SV3A 2FBVA 1IKYA 3NHGA 4FJMA 4JRPA 2G8KA 2R7YA 4CK2A 1X9WA 1ZBUA 3PX4A 1ZBHA 4FLVA 1ASUA 2DFEA 3OVNA 1KVBA 4DTXA 5FDLA 3DMJA 1CZBA 4M41A 5SZTA 4M3TA 2KZMA 3I8DA 3K5LA 2G8UA 2Q3SA 2YHAA 3D45A 2E6MA 3DRSA 4DF4A 2PYLA 1C0MA 4FJXA 2QKBA 3DM2A 3SI6A 3DRRA 3L3UA 1BQMA 4BDPA 4FXDA 3RTVA 1WSFA 1NOYA 1X9MA 3I0SA 4RW8A 1CXQA 2YNHA 4W5NA 2ATQA 1NKCA 4BE2A 4E1NA 1RCHA 1IH7A 3NF6A 1YVUA 4QAGA 1BL3A 3SQ4A 3DOKA 3ZT2A 4DFJA 3SQ1A 3ZSZA 3ZT3A 1S1VA 3UIQA 3OY9A 3RMAA 4DU4A 3K5MA 2KQ2A 2HHVA 3GKUA 1DLOA 3OJUA 1C0TA 2OPRA 4TSXA 3KD5E 2XY7A 1C0UA 1EKEA 3OYJA 5J2QA 2D5RA 4C8NA 4AHTA 4KTQA 1TKXA 3LPUA 4LY7A 2XY6A 3C95A 3NH2A 4IKFA 3MXJA 1RBVA 2HHTA 4CJKA 4KTWA 1J54A 1UWBA 3KLIA 1JLEA 2GV9A 4J2EA 1SV5A 3SUNA 2HVIA 3DLHA 1TL1A 2BE2A 2XY8A 1LV5A 4DSJA 1NK6A 4JRQA 4BE0A 4DTOA 3O3HA 4HCBA 1S9GA 3CFRA 1VRTA 5EU7A 4KHSA 3HK2A 3M8RA 3QNOA 2ETJA 3QLHA 1RDDA 4O0JA 3TARA 4CK3A 3ZT1A 3NGIA 2WOMA 4FJIA 3AVNA 4Z4IA 4KRFA 1RT2A 3QEIA 4CIFA 3P1GA 4CGHA 1BISA 1BIUA 1QQCA 2YKNA 4CEQA 4I2QA 2G8FA 4AHRA 3KLGA 3HYFA 4KHUA 1RTDA 4DTUA 4FJ8A 1JLAA 1S5JA 2BGGA 4JLHA 4PA1A 3OS1A 3M8QA 3AA3A 4IDKA 4RW6A 5HRSA 3V6DA 2Y1IA 3O3FA 1O1WA 1D9FA 1NK8A 4J2DA 1S1UA 4OVLA 1YTAA 1HJRA 2X6SA 4CEBA 2HNDA 1TKTA 1N5YA 4NYNA 4B9UA 1JLCA 3WNHA 1HQUA 1HYVA 4NCBA 4PWDA 3PO4A 1S6QA 3BDPA 1BGXT 1WSEA 4B08A 1QHTA 4JS5A 3TABA 1FXXA 3L2WA 3DLKA 3DLBA 3DRPA 1Q9XA 1L3SA 1XHXA 2VG6A 5KGXA 3K58A 3L2VA 4DTPA 2I5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DT4A 3TSQA 1T44A 1WAJA 4JI4K 3QEXA 3OYCA 3TWHA 4DHYA 4IO8A 4FWPA 4F2RA 1KXPA 4BDZA 1EO1A 4ISFA 1OVYA 1RDWX 3AY9A 3G4SN 3TAEA 2FLOA 4DSKA 2Q0UA 3AVFA 1SL0A 1K6YA 4XEIA 5C25A 2M8WA 2QWLA 1NOZA 3QBXA 2HBJA 4FLTA 3DLGA 3LDNA 4YOXA 1U47A 3TSUA 1VQKN 3CFOA 4N76A 4CZIA 2NRTA 4M3XA 4A2AA 1HNVA 3DLEA 2UUCK 4IBNA 4FWRA 4WQ5C 1GOAA 3RWUA 1ASVA 1QVGM 2ZQEA 1WSJA 1WE8A 2QI2A 3J81W 4LH5A 5GAGP 3OTOH 1TUUA 3V9SA 2F4VK 3O9UA 3V69A 1YITN 4DR3K 1LAWA 4CBUA 2AP1A 1SUQA 5F2RA 1C6VA 5FPEA 3VQBA 2GUPA 2GEMA 1QZ5A 3MCAB 2IS3A 3ZSWA 1JLFA 5AZIA 5KQDA 1WB9A 1F21A 1YUWA 2DPNA 3M1FA 4C1NI 4G1QA 3HJFA 4IO9L 4ILJA 2ITMA 4BGBA 4FLZA 1JXEA 3T69A 3OBWA 4E3SA 3RMCA 2OZMA 3EO3A 3CCUN 4H0VB 3JS6A 5AQJA 1OH8A 5J2PA 2OZSA 4JKHA 3U3GA 2IIRA 2NRRA 1QQMA 4KAZA 3AARA 3I0RA 4H5NA 1NGEA 4DV3K 2CTMA 4CD3A 2E8AA 1OKJA 4DV6H 2Z1IA 1NG9A 4IOCL 5FPNA 4JI5H 3NCVA 4K8ZA 3IS9A 4A61A 2HBLA 1SL2A 3DYAA 3VQDA 3H45C 1A5VA 5M1PA 4CZEA 4DS5A 2Y1JA 4WE1A 1K8AO 3NH0A 4FJGA 3QEPA 4BRCA 3O6WA 4DV7H 1X3NA 5JVGL 1N36H 4EZ9A 3ZETA 4BG8A 5KQ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DT4 A;  3TSQ A;  1T44 A;  1WAJ A;  4JI4 K;  3QEX A;  3OYC A;  3TWH A;  4DHY A;  4IO8 A;  4FWP A;  4F2R A;  1KXP A;  4BDZ A;  1EO1 A;  4ISF A;  1OVY A;  1RDW X;  3AY9 A;  3G4S N;  3TAE A;  2FLO A;  4DSK A;  2Q0U A;  3AVF A;  1SL0 A;  1K6Y A;  4XEI A;  5C25 A;  2M8W A;  2QWL A;  1NOZ A;  3QBX A;  2HBJ A;  4FLT A;  3DLG A;  3LDN A;  4YOX A;  1U47 A;  3TSU A;  1VQK N;  3CFO A;  4N76 A;  4CZI A;  2NRT A;  4M3X A;  4A2A A;  1HNV A;  3DLE A;  2UUC K;  4IBN A;  4FWR A;  4WQ5 C;  1GOA A;  3RWU A;  1ASV A;  1QVG M;  2ZQE A;  1WSJ A;  1WE8 A;  2QI2 A;  3J81 W;  4LH5 A;  5GAG P;  3OTO H;  1TUU A;  3V9S A;  2F4V K;  3O9U A;  3V69 A;  1YIT N;  4DR3 K;  1LAW A;  4CBU A;  2AP1 A;  1SUQ A;  5F2R A;  1C6V A;  5FPE A;  3VQB A;  2GUP A;  2GEM A;  1QZ5 A;  3MCA B;  2IS3 A;  3ZSW A;  1JLF A;  5AZI A;  5KQD A;  1WB9 A;  1F21 A;  1YUW A;  2DPN A;  3M1F A;  4C1N I;  4G1Q A;  3HJF A;  4IO9 L;  4ILJ A;  2ITM A;  4BGB A;  4FLZ A;  1JXE A;  3T69 A;  3OBW A;  4E3S A;  3RMC A;  2OZM A;  3EO3 A;  3CCU N;  4H0V B;  3JS6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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