2A1SA

Crystal structure of native parn nuclease domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
430
structure length
391
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLREPVTIPEDQKKFIDQVVEKIEDLLQSEENKNLDLEPCTGFQRKLIYQTLSWKYPKGIHVETLETEKKERYIVISKVDEEERKRREQQKHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 391
sequence length 430
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1sA01
3.30.1370.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 R3H-like domain 2a1sA02
1JXEA 1LWFA 3AO3A 4DTSA 3MEGA 2XHBA 2Y1IA 2OZMA 3CG7A 4CJSA 2Z1HA 4OLAA 3KIOA 4QAGA 3RWUA 3VQDA 1D8YA 1ZBUA 3L2RA 1JL1A 2HMIA 3SPYA 1LW0A 1TKTA 1JLEA 1GOBA 4FZZA 1RDAA 4O44A 4KPYA 3QIPA 3VQQA 3OYDA 2XY8A 1EXQA 3VQ8A 4RW4A 4DLEA 4FJXA 1UOCA 3SJJA 2VWJA 1U49A 1TGOA 1Q9XA 3LALA 3KD1E 4B8CA 1NOZA 1XWLA 4AH9A 4K8XA 4CHPA 4DTUA 4CHYA 4FZYA 2O4GA 3CFOA 4M45A 5FDLA 2Z1JA 4FJHA 1KLMA 4KV8A 3NFAA 3CFRA 4OGEA 5CZ2A 3I8DA 1LV5A 4L8RB 4M3YA 3TAPA 1C1AA 3VQAA 5HLFA 1IKXA 4LH4A 4EZ9A 5HRPA 1NK4A 3KLGA 1L3VA 3V9UA 4M3WA 3OYLA 3OJSA 1KVCA 3P5JA 4E1NA 1RT2A 1HQEA 4MFBA 3HL8A 1HYSA 1UAXA 4E89A 3MXJA 4CGFA 1RT1A 5KGWA 1RCHA 1NK9A 5J2NA 3G0ZA 3K59A 2HHVA 4DU4A 2ETJA 2RF2A 3DRRA 4HUGA 4OKKA 1C1BA 1VSJA 3VQEA 1TKDA 3KJVA 4I9QA 3K2PA 1BHLA 2YKNA 3IAYA 3V9ZA 1ITGA 3PX6A 3FFIA 3O3FA 4LH5A 1BI4B 1T03A 5K14A 1L3SA 2HVIA 3OJUA 5CY4A 4O4GA 3M8SA 4CEBA 1CZBA 3DM2A 4I7FA 3SYZA 4DQQA 3HP6A 1Q9YA 2G8KA 1VSHA 4DLGA 1YT3A 1FKOA 3DLHA 4B9UA 1EETA 4RW9A 4KKOA 4N47A 1SUQA 4CHOA 4AHTA 1X9SA 4FM0A 3VQ7A 4E7IA 3OYBA 1G15A 3V6DA 4FJGA 2HHTA 3AVFA 4DSKA 3AO4A 2ATQA 4C8MA 3JSMA 4FJKA 4FK0A 3A2FA 3U6FA 1IG9A 2WONA 3OYCA 3ZCMA 2E4LA 2FBVA 2A1RA 3ZT2A 1SKSA 4OKJA 4CEAA 3HT3A 4B9VA 1J53A 2X6SA 1RDCA 3O3HA 4DFMA 4JLHA 1TK0A 4W5NA 2VG7A 4OPJA 2DFFA 1T05A 4FK2A 1HNIA 4CGHA 1TVRA 2IOCA 1RT4A 4LD0A 3NH0A 4DU3A 4E7HA 1B9DA 3V1RA 4FLVA 4B9TA 1BISA 1KFDA 3P83D 1JLFA 1LAWA 1TAQA 4CGDA 4CK1A 1RTHA 5CYQA 3ZSRA 1LWCA 3AVJA 4DTJA 3VQ4A 2OZSA 3LZJA 4F3OA 3CM6A 2KFNA 2JGUA 3SCXA 3K57A 1ZBIA 4CJLA 3KLFA 3L3VA 3BDPA 1DTTA 1HYZA 3KTQA 3DYAA 2E6MA 4Q5VA 4E0DA 4J2DA 3OY9A 2FBXA 1NKBA 2HHSA 1HJRA 4HCBA 4NCAA 5FRNA 3K5MA 3LP1A 1XC9A 1L5UA 2KW4A 4H8KA 5C25A 3QEPA 4CEOA 2G8HA 3DOLA 3AVNA 1RBTA 3ZT0A 2O4IA 4KTZA 4DU1A 2XY6A 2PYLA 1WN7A 4CGGA 5HP1A 4CERA 1WSHA 4KHUA 3C6UA 2AJQA 1RDBA 3QETA 3UIQA 2VG6A 4ZHRA 3THVA 4FW1A 4ELVA 1FXXA 4CF0A 2OPQA 2P5OA 3WNGA 1WSFA 2F96A 2ZD1A 3T1AA 3OS2A 4DFKA 3HP9A 2G8FA 4FJJA 4B3OA 3B6OA 1U47A 1QQCA 4KI6A 3TARA 2BE2A 2OPSA 3HO1A 3NDKA 2X6NA 3AVMA 3T3FA 4O55A 2WOMA 3HXMA 1TKZA 2YKMA 4QOZB 2HHUA 3C6TA 5KRTA 4K8ZA 1VK0A 1TAUA 2EHGA 3HVTA 3QESA 3KK1A 3NHGA 3CQ8A 3C95A 4CJ3A 2QKKA 2KZMA 5CZ1A 3DLBA 4OLBA 4Z4HA 1U48A 1U45A 4AHCA 4PA1A 3LP0A 3CYMA 4KAZA 2XRIA 1A5VA 1J9AA 3K5LA 3OYMA 1ASVA 3B6PA 1K6YA 2BGGA 5JS1A 3KK2A 4B9LA 3MXIA 1W0HA 3LZIA 1WSEA 1LWEA 2Q3SA 5KI6A 2E6LA 4IG3A 3HM9A 4N5SA 4CESA 4C8LA 4FJ9A 2YNFA 5HRNA 3RRGA 3ZT4A 3HPHA 4Z4GA 3V9WA 2BANA 4AHRA 3KLEA 2B6AA 3NGIA 4FJNA 4Z4IA 3KLIA 4BE0A 1HPZA 3OYFA 1KSPA 3KK3A 4W5TA 2ZE2A 1ZBLA 4CFCA 1NJZA 3M8QA 1T7PA 1CLQA 4PY5A 3E01A 3F73A 5KGXA 1HQUA 3NH1A 1JL2A 4BDYA 1BQNA 3LAKA 4CFDA 4FJLA 5FROA 4IFVA 1F21A 3ITHA 4B9SA 3IRXA 4CEZA 4JS5A 2XO7A 1FK9A 1ZYQA 3NF6A 4CF8A 1SKRA 3I0SA 4R5PA 4O5BA 5CYMA 1N5YA 4CHNA 4MQ3A 1BIUA 1HNVA 2YNIA 1Y97A 4E7JA 3TAMA 4BDZA 1TKXA 4PWDA 1IKYA 2I5JA 2D5RA 3BGRA 2PZSA 1RT3A 3ZT1A 3V1QA 3SV3A 2HVHA 1LAVA 3O3GA 4HVJA 1WAFA 1W9HA 3ALYA 4GVMA 4NYFA 3TABA 4FLYA 1EKEA 4LSLA 4CK3A 2OA8A 1LW2A 1RBRA 1C1CA 3L2QA 4CJEA 3EYZA 1X9WA 3VN5A 4CJ5A 3AV9A 3HPGA 5C42A 5KTQA 3OYGA 3VQ5A 3EZ5A 4BE1A 5D3GA 1RBSA 1CXQA 1WLJA 3SUOA 2EX3A 4CGIA 4F2RA 1FKPA 1HMVA 1VSKA 2IS3A 1MU2A 1WAJA 3ISNC 4J2AA 2GBZA 1S1VA 3LP2A 1BL3A 4I2QA 2DTUA 4DQPA 3ZSQA 2HHQA 4HUFA 4TSXA 3OYNA 2FBTA 4DSLA 2X74A 3AVCA 2FBYA 4EZ6A 3QEWA 1KFSA 3DLGA 4FLTA 3QEXA 3QINA 1RTJA 4CHZA 3LDSA 4KB0A 2HB5A 1RDDA 4CJPA 1GOAA 1XI1A 4Z4CA 5SZTA 1D9FA 4DSEA 4FJ5A 1JLAA 4CEQA 4M3TA 4HCCA 1C6VA 3DLRA 2QK9A 4HTUA 2X78A 2YNGA 4DF4A 4FZXC 3L3UA 3EY1A 1JLCA 1RT6A 3K58A 1D9DA 4ELUA 1ZBHA 4C8OA 3NF8A 4W5QA 3ULDA 3DLEA 4CHQA 3L2VA 5HRRA 3KD5E 3K5NA 1RNHA 3G10A 3KKRA 3QNNA 2HNDA 3QERA 1BI4A 1KVBA 2YNHA 5J2MA 4KTWA 4Z0UA 1QHTA 3AA3A 3MEEA 4CJVA 4YNQA 3SQ1A 1NJYA 1NKCA 4FYDA 3CFPA 1RT5A 3NF9A 3AO2A 5E41A 4PUOA 1I39A 2RN2A 4KHWA 4CECA 2IC3A 3S3OA 2P51A 5SWMA 3L2UA 3ZSXA 1L3UA 1N6QA 1JLGA 1Z26A 3CM5A 4KI4A 2IDOA 2GUIA 1A5XA 4F2SA 3HK2A 3RMAA 3MECA 4M41A 3DOKA 4FLZA 3V9XA 3TAQA 4O0IA 1L3TA 4W5OA 4Z4FA 4ICLA 3H08A 4QCLA 2GV9A 3HYFA 1IH7A 4F8RA 4OPKA 2KZZA 5J1EA 2NUBA 3PV8A 3K5OA 4ID5A 3IG1A 4FLXA 2BDPA 4NCGA 4DTXA 1SV5A 1Z25A 1GOCA 4ID1A 1HRHA 3IS9A 3LAMA 5EU7A 3SQ4A 3RMBA 5JS2A 4RW6A 4FW2A 1RILA 4M42A 3SPZA 2IGIA 1B92A 1S5JA 2D0AA 3V1OA 3TWHA 2Y1JA 4ZTFA 3PO5A 4DQRA 3RR8A 1C0MA 4M3XA 4BDPA 1DLOA 3SI6A 1J5OA 3ZSWA 3S3MA 3VQ6A 1J54A 4GMJB 3SQ0A 3OVNA 4C8KA 4FJ7A 1BGXT 2KTQA 1WNSA 1S9GA 3NGYA 1I3AA 4I9LA 4KFBA 3VQ9A 5HRSA 4CJTA 2D0BA 1NOYA 2LRRA 4XIUA 3OYHA 3RTVA 3ZSVA 4DTMA 3OS1A 1JLBA 2OPRA 1RT7A 4AHVA 3V81A 3WNHA 4KHQA 3DRSA 1SL2A 2A1SA 4AHSA 3P1GA 3SUPA 2HHXA 3QLHA 4KHNA 2HW3A 3PO4A 4Y1CA 3ZSZA 1T8EA 1SL0A 4NCBA 4AHUA 4E7KA 1X1PA 1YTUA 2G8UA 2R7YA 3M8RA 4FJIA 4FJMA 3AA4A 3ZT3A 4RW8A 5DK5A 3NF7A 3U3GA 3SNNA 3AO5A 1QSSA 2ITGA 4DTRA 5FRMA 1KVAA 2DY4A 2F8SA 2OPPA 4IKFA 4J2BA 1QS4A 1S6QA 2VWKA 4CIEA 4CJKA 3V9SA 3MEDA 3U3YA 3OYIA 2ZQBA 4KREA 5DMRA 3LWMA 5J2QA 4YFUA 4I2PA 2QKBA 4C8NA 2VG5A 3VQPA 4HHTA 4BACA 4DQSA 1EP4A 3LPUA 4E3SA 2W42A 3AVLA 3TAFA 4ZTJA 4F3TA 4CFAA 1HYVA 4CF9A 4JRPA 3AA5X 2FC0A 1ZBFA 2JLEA 1CXUA 4AILC 2DFEA 2P5GA 2F8TA 3HVRA 3ASMA 2LSNA 4CEFA 3QEIA 4CIGA 5C24A 1QSLA 3T19A 4CJ4A 3C94A 1BQMA 4DG1A 4DSJA 3QO9A 4CJFA 4DTNA 3MXMA 3QIOA 4M3ZA 1YVUA 2B5JA 1D5AA 4WE1A 3NE6A 3PY8A 4DSIA 3HPOA 4LSNA 1NK5A 4PQUA 3SUQA 4DFJA 2CPMA 3VQBA 1VSEA 1B9FA 1R0AA 3HSTB 2PYJA 3ZSYA 3AVIA 3PUFA 1S1UA 5KRSA 3NCIA 1BCMA 2RKIA 2YHBA 2KFZA 1VSIA 3QEVA 4OGCA 4Z4EA 3ZSOA 4Q0BA 4DFPA 1X9MA 4FVMA 3WNEA 1JXBA 1A5WA 5HROA 2P1JA 3RMDA 1TK8A 1EX4A 4DMNA 5J2PA 4CCHA 4CJRA 1C0TA 4FCYA 4IDKA 4RW7A 4O0JA 4B08A 3LWLA 2KQ2A 1WSGA 3SZ2A 1QTMA 4ELTA 1VRTA 2HHWA 5T7BA 3DRPA 3O4QA 4OKEA 1UA1A 3TR8A 3AO1A 4FK4A 1NK8A 4CJWA 4B9NA 4H4OA 3LPTA 4CK2A 2Z1IA 4FXDA 4W5RA 3RMCA 4DQIA 4CJQA 1IKVA 3SQ2A 3LP3A 1VSFA 1U4BA 3MAQA 4JRQA 4EP5A 1JLQA 4J2EA 3NGZA 4FM1A 4KRFA 1REVA 4JS4A 4N41A 1TL3A 1KTQA 3AVBA 5I42A 1VSLA 4E1MA 4OJRA 4BWMA 3M8PA 3TANA 3O4NA 4CFBA 4N56A 4KHYA 4FLWA 1BCOA 2HNZA 1C0UA 1IO2A 4EP4A 4M3RA 4BE2A 1RBVA 1VRUA 4CF1A 1NK6A 3GKUA 3V4IA 3OYAA 1KLNA 3NH2A 1S1XA 1S1TA 3RRHA 1TV6A 2DFHA 1UG8A 1NK7A 1UA0A 4DSFA 2HNYA 2XY7A 4KB1A 4KHSA 2YV0X 3D0PA 3D45A 2G8VA 1MSZA 3AVKA 3RR7A 3HJFA 1JKHA 4CF2A 3S9HA 2RPIA 1YTAA 4KO0A 4CGJA 3JYTA 3DLKA 1SL1A 1SKWA 4DF8A 4CE9A 2G8WA 1U04A 2QXFA 4DS4A 1DTQA 2OYQA 2G8IA 3AVGA 3PX0A 3L8BA 1QE1A 1VSDA 3KKSA 1S1WA 4CEDA 3TI0A 4FJ8A 1BIZA 1KCFA 1WSJA 4IFYA 4GW6A 3AA2A 1RTDA 4KTQA 4DTOA 3VA3A 4Y1DA 1XHXA 3TAEA 3AVAA 3NBPA 3DMJA 4CEEA 3OS0A 3S3NA 1TK5A 4N76A 4OVLA 5I3UA 1NJXA 3AVHA 4HUEA 3DI6A 2Z1GA 4M3UA 3PX4A 4DS5A 1VSMA 3OYJA 3L2WA 5HBMA 3VA0A 4DTPA 1KRPA 1Q8IA 3LANA 1WSIA 4G1QA 1CZ9A 3F9KA 3KLHA 1NKEA 1S6PA 1NK0A 3SV4A 1QSYA 1WHRA 4CIFA 1NJWA 1S9EA 4H4MA 4E19A 4FLUA 4IG0A 3QNOA 4B9MA 4RG8A 3I0RA 3SUNA 1O1WA 1RBUA 2IAJA 3VQCA 4CJUA 1UWBA 4UQGA 3OYEA 2XY5A 4DWIA 1RTIA 3NAEA 4B8AB 4E7LA 2PY5A 4IBNA 4NYNA 1XHZA 4F4KA 1IKWA 2D0CA 1TL1A 2YHAA 1ASUA 3WNFA 2B4JA 4FM2A 3OYKA 1ASWA 4LY7A 3TAGA 4BWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HI0A 3Q7BA 4DTSA 2Y1IA 4OLAA 3VQDA 4H0YB 1IBLK 1JL1A 4H03B 4WALA 1LW0A 1GOBA 4BA2I 4KPYA 3VPZA 2O8FB 3OYDA 5EY4A 4RW4A 4FJXA 2JZXA 3VEYA 1JCFA 3LALA 4GVEA 4K8XA 1XWLA 4AH9A 4DTUA 4CHYA 4FZYA 2O4GA 3OSSD 3CFOA 4M45A 4FJHA 2Z1JA 5AQYA 3PLAA 3KWGA 4L8RB 2V7ZA 1LV5A 5FLXW 4M7XA 4LH4A 3V9UA 1VQ8N 4LFAH 3P5JA 3VEWA 1RT2A 2QNDA 1EC6A 1YUWA 3CETA 2A41A 4BGAA 3G6EN 2HHVA 4HUGA 4YOWA 4FO0A 3V9ZA 1NGGA 1BI4B 3VEVA 5LMNH 1BWFO 2G8KA 4CZFA 1HKCA 4DLGA 3O9TA 4RW9A 3BEXA 4EAHD 1SUQA 2O8DA 1VBIA 2PT7G 1T6CA 4C23A 3VQ7A 3THYA 1BDGA 4BR5A 4K0KH 2HBMA 1SAZA 3JSMA 2G8YA 2LF0A 3LM2A 3ZT2A 4CEAA 4B9VA 4H8AA 4W5NA 1TK0A 5CHIA 3RSEB 2VG7A 3HSCA 2Q0RA 3O9SA 1HX1A 1QVGM 1KAZA 1TVRA 2IOCA 4LD0A 1VQPN 5AQZA 4PL8A 5GADP 3V1RA 3SAFA 1XNRK 4OCHA 3DWLA 4BROA 2UUAH 4CK1A 1RTHA 1LWCA 3UKUB 2BA0A 3VQ4A 3NMUA 3CM6A 4CJLA 4Q5VA 2E2PA 2E6MA 3CHWA 4CZLA 2FBXA 1NKBA 3WT0A 4HCBA 4NCAA 1XC9A 1WBDA 4MLHA 4JKHA 4U7BA 4OX9H 2G8HA 3DOLA 2O4IA 4CBXA 1KC8O 2PYLA 1WN7A 3SAGA 4X62K 4CBUA 3C6UA 2AJQA 2WBNA 3A5LC 3THVA 4DV7K 1FXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HI0 A;  3Q7B A;  4DTS A;  2Y1I A;  4OLA A;  3VQD A;  4H0Y B;  1IBL K;  1JL1 A;  4H03 B;  4WAL A;  1LW0 A;  1GOB A;  4BA2 I;  4KPY A;  3VPZ A;  2O8F B;  3OYD A;  5EY4 A;  4RW4 A;  4FJX A;  2JZX A;  3VEY A;  1JCF A;  3LAL A;  4GVE A;  4K8X A;  1XWL A;  4AH9 A;  4DTU A;  4CHY A;  4FZY A;  2O4G A;  3OSS D;  3CFO A;  4M45 A;  4FJH A;  2Z1J A;  5AQY A;  3PLA A;  3KWG A;  4L8R B;  2V7Z A;  1LV5 A;  5FLX W;  4M7X A;  4LH4 A;  3V9U A;  1VQ8 N;  4LFA H;  3P5J A;  3VEW A;  1RT2 A;  2QND A;  1EC6 A;  1YUW A;  3CET A;  2A41 A;  4BGA A;  3G6E N;  2HHV A;  4HUG A;  4YOW A;  4FO0 A;  3V9Z A;  1NGG A;  1BI4 B;  3VEV A;  5LMN H;  1BWF O;  2G8K A;  4CZF A;  1HKC A;  4DLG A;  3O9T A;  4RW9 A;  3BEX A;  4EAH D;  1SUQ A;  2O8D A;  1VBI A;  2PT7 G;  1T6C A;  4C23 A;  3VQ7 A;  3THY A;  1BDG A;  4BR5 A;  4K0K H;  2HBM A;  1SAZ A;  3JSM A;  2G8Y A;  2LF0 A;  3LM2 A;  3ZT2 A;  4CEA A;  4B9V A;  4H8A A;  4W5N A;  1TK0 A;  5CHI A;  3RSE B;  2VG7 A;  3HSC A;  2Q0R A;  3O9S A;  1HX1 A;  1QVG M;  1KAZ A;  1TVR A;  2IOC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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