1EPWA

Crystal structure of clostridium neurotoxin type b
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1epwA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1epwA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1epwA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1epwA01
3B01A 5JMCA 3MEPA 1SBEA 5CNAA 2IWTB 1LESA 1UKGA 4IY9A 6I1BA 2E51A 1O4YA 5JDBA 1Z2VA 3P53A 3I4IA 1V6MA 2HWAA 2DS0A 4P0JA 4P6AA 5JOWA 5DZFA 1ONKB 3CA5A 3T1LA 3QIYA 2ZHLA 2DVBA 3W58A 1FNYA 3WO4A 4XXPA 2B7YA 5DSSB 3DGTA 4LBQB 1S0DA 4K1YA 3BAUA 4M00A 2BQPA 4P14A 3JUUA 3AFKA 1RINA 3DS9A 3U4XA 2DRZA 4XXAA 4OEEA 1CVNA 4DS0A 3AX4A 2W52A 1QOSA 3GALA 2DVAA 3FGMA 2D7FA 2D43A 3ENRA 1JYIA 2BEAA 1OQLB 3I8TA 3NV4A 1QF3A 1XQNA 1GSLA 3FJIA 3Q9OA 3N7JA 3Q7YA 2A5ZA 3AJ5A 2ERFA 2UWBA 1BZWA 1JYCA 3WDYA 2G7NA 1HKNA 3UDAA 2ZKNA 3VUOA 4HL0A 4TLPA 1ONAA 1GKBA 3A0KA 1JBCA 1KNMA 5KXDA 4KEKA 1AX2A 1TWEA 2XB6C 2UUSA 2NMOA 3F1RA 3TB0A 2D22A 4Q8KA 5D62A 3QLQA 3BAOA 3RQ0A 1LHUA 2W08A 1UZZA 4M3CB 4I4QA 4M3CF 1IRAX 21BIA 2ZBJA 2ISGA 2LIEA 4IYBA 4I6IA 2WSVA 1GZWA 1Q8SA 2VY0A 4YG6A 3NF3A 2A6YA 4I96A 2KKIA 1MACA 1H9WA 4ZJXA 4OWLA 1LU1A 5DZGA 4LO8B 4Q8LA 2ZGQA 4KS6A 2JE7A 4J2KA 4PBOA 4SLIA 1CR7A 4BPZA 31BIA 1DQ0A 4YM3A 3FIEA 5FREA 2E7TA 4CZSA 3MW3A 3PVNA 2ERMA 2EXJA 2JDZA 1AXYA 3FIIA 2I2SA 1JQZA 3F62B 5FZZA 2R0FA 3OYWB 2CTVA 1VLNA 3AZZA 2OUJA 3BRDA 3PVOA 1DQ4A 3ZXDA 2Z42A 3AYDA 2ZA9A 3L2YA 3ILRA 3FJHA 3DDBA 3IM0A 4ZXKA 2P34A 3IPVB 4Y20B 1II4A 3I29B 3KQRA 4R9DA 4NOTA 1BFGA 3AYCA 4JC1A 3NBEA 1JN2P 3OJBA 4XFSA 3ILAA 5T54A 3D7WB 1LCLA 1LOFC 4LBKA 4LBQA 1RG8A 4QD2C 5B2HA 4A7KA 3O0WA 5BQMB 5F8WA 4OEGA 5EHAA 3KM5A 3SH3A 5FRAA 3AH4A 7I1BA 2KLLA 2UU8A 4IZXA 3H6SE 1LHNA 4Y1VA 2AR6A 3FLTA 1F82A 2F2FC 1WUVA 5CAZA 4CRQA 3IM6A 4G1RA 3C89A 4L4IA 4OW4A 2PHFA 3H6QA 1IOAA 4I2SA 1IT0A 3ZXFA 3C88A 4TZDA 4OWKA 2ZHMA 1SR4A 5D61A 1LJ7A 1LULA 2RQ9A 3P6IA 5LK5A 2SLIA 1V6IA 5GLWA 3ZUQA 3SLIA 5HCFA 4LO0C 1VALA 4M3CA 1D2SA 1AXZA 4FPYA 3PHZA 3V0AB 4J2YA 1HLCA 1LECA 1DZCA 1CPMA 1ISWA 4LO3A 3WINA 4LO2A 4I3NA 1Q03A 4GP0A 3UD8A 2ZMLA 3VEQA 4QD2B 4JKXB 1BQPA 1AVBA 1ZL6A 2P3JA 4XJAA 2DTYA 5DVHA 3MW2A 4Q1PA 1A78A 3POWA 1YBIA 2A97A 4XTPA 5T52A 2ESUA 3FFZA 2Y9FA 3RS6A 3WG4A 1ISZA 4GAIA 2V5YA 5BP5C 2LALA 1FYUA 1WBCA 4C1WA 4LBLA 2E53A 5CBLA 3BAGA 1WLWA 1N1TA 2TEPA 1GV9A 3DEBA 1IS6A 4ZFYB 3DDAA 3AH2A 4KUFA 3I2XA 1LENA 2ZR1B 2KM2A 1DYKA 1SLCA 4AN6A 1LGBA 3ZXEA 3AK0A 4YFZA 3WG1A 1WLDA 3O3QA 1C57A 1QKQA 5GJ6A 1GNZA 3T8SA 3IPVA 4JCKA 4Y20A 4FPHA 3S8JA 1SZ6B 2VXTI 4WVVA 4DPNA 4XYXA 2WNEA 3VKOA 2IMCA 2OUHA 1F5FA 4YG3A 4HANA 1EPWA 4XMAA 2ZGOA 1ZA4A 3POSA 3NV2A 1N3QA 5BQMA 3WDUA 1GLHA 2ET2A 1G9CA 5E89A 3BODA 1QXMA 4XHBA 4MYEA 4JAWA 3E8LC 4ZFWB 3AP6A 1WD3A 3WO2A 4USPA 2IHOA 2YMZA 1V6OA 5BXTA 1K5UA 2D7RA 2WT2A 3OBTA 2A3WA 4Q2FA 3PG0A 2VW1A 1WW7A 2GALA 1WD4A 1FV2A 1XTFA 4A7ZA 4JQ0A 3IM5A 3LSEA 3AZVA 2ZGTA 1Q04A 4XJZA 4ZLBB 3C8BA 4YGDA 1UZYA 4EB2B 1MS0A 1DGLA 3SITA 1M16A 5GM0A 1U0AA 5GAQA 4YZ4A 3OJ2A 3R4SA 3JRRA 5DUYA 4WV8A 1DQ1A 4XIOA 4FOQA 3CRHA 5FNXA 3RMYA 3V0AA 3FUOA 1RZOB 2PHWA 3NV1A 3USUB 3WNXA 1XG6A 3FJBA 3T2TA 2ISEA 1W6PA 4R9CA 1BFBA 4GA9A 4IZEA 4K20A 4AGRA 4YW1A 4BQ1A 2HZ9A 1HDKA 2D6KA 4YM2A 1WBFA 3WOGA 4JRAA 3SH4A 2WJSA 5H9SA 2FPQA 4KBBA 4YW3A 4XZPA 1GNHA 4IQPA 4I4UA 9ILBA 1JT7A 2VU9A 5KXCA 1AXMA 2P2KA 5BQUC 1KJRA 3OJMA 3OBRA 1W6MB 3HOMA 1PC8B 3RSJA 5KXBA 1T4QA 4I37A 1QNWA 1FATA 2VH9A 1N1YA 2ZAAA 3BRFA 3FJFA 4YM0A 1H30A 2P23A 4EFRA 1FX5A 2J3PA 1A8DA 3VKNA 5BYNA 1JLXA 1Q8OA 3A22A 1LEMA 1BXHA 4ENDA 3V79C 4Q27A 3P6JA 1DZDA 1V6UA 4CJMA 4ISQA 3UJOA 2NN8A 2D6MA 3VWCA 1MS8A 1CVSA 1SBDA 2GMEA 4FPGA 1MS9A 5T5JA 1DQGA 3RMXA 2P3KA 3FJCA 1DBNA 5GZGA 2AGSA 1SBFA 3WLUA 3FLRA 1MS3A 2WLQA 2P3IA 2D1ZA 1IRPA 3CRIA 3FJ8A 2G7PA 2D23A 3UL2A 4UW3A 4F34A 3CA3A 2GO2A 1IKQA 1BLDA 1YO8A 1EVTA 3V0BB 4D0TA 3BAVA 3QYDA 2HWMA 1N4KA 2Q9XA 4XKIA 1DLLA 3OGGA 3HR9A 2YZ4A 4YZ2A 1I1EA 5F8YA 2ENRA 3AP4A 1CQ9A 3ZC9A 2ISHA 1MS5A 3DSEA 3B69A 4XBQA 1LHWA 1QDCA 3D3XA 3FJ9A 4YFWA 4YZ5A 5F5QA 2SBAA 3USUA 2D44A 1RMLA 4GOYA 2Y9XE 1N3PA 3O4BA 2WQZC 3WZ1A 1W0OA 1GICA 2ZGKA 1G86A 5HCBA 3A4UA 3ZSMA 4BMEA 2PHTA 3R4UA 1PZ9A 4QALA 1G9BA 2ZGNA 1BFFA 2R16A 1S0GA 4IHZA 2G4IA 2GN7A 4FQ4A 4AWDA 1AX1A 2W39A 3QR5A 2D3SA 4FOWA 2C9AA 2Q5TA 3WO3A 5FZUA 3CNAA 3HN1A 3SH5A 1APNA 3BOPA 4YGEA 4LBQD 1W6MA 1Q56A 3SISA 5EG6C 1G82A 1UN1A 2EXHA 3AZXA 4AVTA 1QOTA 3HALA 3VV1A 2LTNA 3BB2A 3O44A 1NXD1 3AYAA 4KEIA 2GDFA 3OY8B 3VKFC 1GZ9A 4OZXA 5GLTA 2H0BA 4FQZA 1EV2A 4QC4A 2YY1A 5IK5A 4FPJA 1KITA 2DUQA 1DJSB 1KRIA 4USOA 3NWKA 1TP0A 1RIRA 1G9AA 3FJJA 2ILPA 1V6VA 2AFGA 4ISRA 4G6MA 1V6KA 2ZQNA 2ARBA 1BARA 1Q8QA 4D69A 1V00A 1HQLA 2DV9A 1IS4A 4JPZA 1MS4A 4FPOB 5DG1A 4XFTA 1V6WA 4I4OA 5BXPA 1YVGA 1LGCA 3ATGA 4PQ9A 4BOWA 4GP3A 3EF2A 2E4MA 5FNWA 1F31A 2HYKA 1PZ7A 3OJVA 3ZURA 2MC2A 3AKHA 3QW5A 1FN0A 3M3EA 2NTDA 3N7MA 1VAMA 4LBNA 4EEEB 2R0HA 5AVAA 4Y26A 3V0BA 4LO1C 4JP0A 2DVDA 3AKFA 3QIZA 4CTEA 2OVUA 3PVEA 1L2HA 2VUAA 4Y1ZA 2DREA 1QQLA 2DVGA 1R1ZA 3OPZA 1MD6A 5E8AA 2A75A 1Z78A 2WSUA 5GZFA 4FPEA 1W6OB 1KJLA 4XDQA 2HW9A 2VSAA 4OWJA 4QBVA 1UMZA 5DUUA 1LOEA 2JE9A 1YRZA 2X2SA 1HWOB 5JOZA 3FJKA 1AF9A 3KMVA 2P39A 5JVVA 3WVJA 3BTAA 1SLIA 3A0NA 4I4SA 5DG2A 1I1BA 4YW4A 1YTOA 2ZZJA 3BOKA 1SCRA 3BAQA 2OW4A 1XZZA 4FPKA 2D7IA 3IKWA 1IS5A 1LHVA 2CL2A 2AYHA 1GANA 3Q7XA 1W6QB 2K4AB 2ZGUA 1BYHA 2BFHA 1ISXA 4G9MA 4I7IA 1WCSA 5EYYA 4BM8A 2K43A 1SCSA 4XJ8A 3BAHA 3UJ0A 2JD4A 2WKKA 2GNDA 4Q1RA 1ULFA 4GWNA 1DQ5A 4LO7C 3AXDA 4HR6C 4D0ZA 1ULDA 5DXDA 5CA6A 1Z4SA 4G9NA 1ULGA 5IUQA 3FJDA 3BADA 3A21A 4XE9A 1TIEA 4R9BA 1S0CA 1FAYA 1CE7B 4OEFA 2UURA 3AP5A 3ZYRA 1QNYA 3UD9A 1XHBA 3OYWA 3CQAA 4XJWA 1IKPA 4FOVA 1EYLA 2DTWA 1DYPA 4Y1UA 1KQRA 1FWVA 4Z9WB 4FP3A 2EIGA 4YGBA 3K1XA 2NVHA 3WV6A 2R1BA 3NJ5A 1IILA 1QMJA 5GZDA 4NO4A 4JKQA 4WBCA 1ZN3A 1Q8PA 1BASA 1GYKA 4J1LA 4GXLA 3W59A 2A3YA 5F90A 4QKRA 3ZXLA 4C1XA 2M49A 5T55A 2DU1A 1LODA 1D0HA 1LOCA 1CJPA 1S0JA 1CONA 3K3QB 1IJTA 2QN4A 1JY0A 1C1LA 1TEIA 3NBNA 2XG3A 4HJJA 2A6WA 4OUJA 2QYIB 2A6VA 3CA0A 1H9PA 4FPCA 3FBYA 3FLPA 1PUUB 4DEPA 1YYNA 1C4RA 2FMDA 1PWAA 2VW0A 4WVWA 1W6OA 1ENQA 3VSZA 5EXOA 4G6JA 4DRRA 1E1HA 1BKZA 4ZKTB 1IOBA 5BOWA 1OQ1A 5BXSA 2WBCA 1XYFA 3IIRA 2NP0A 4XTMA 3WDTA 1VAVA 1FMZA 4Z8SB 4HEVA 1Q8VA 4UW6A 5T5LA 3I2AA 4YZ3A 3ILNA 3WG2A 1G9FA 3D4KA 2LIQA 2IMAA 3M3QA 1T3CA 4P9WA 2AQZA 2CNAA 1W6QA 4EFQA 1XTGA 4KTXA 2D6OX 3WCRA 2A6ZA 4K21A 4I4YA 2PELA 4FVVA 4RL7A 3QW7A 2F8XC 2Z48A 1LHOA 2AXMA 1LOBA 5I1BA 1LOFA 4H55A 4R6UB 4P0LA 4AYUA 3AJ6A 5IK7A 4M01A 4ZOTA 4FGFA 1JXNA 4FOYA 1DHKB 4W65A 3AXEA 1JTCA 3H6RB 3N36A 3AKGA 1LU2A 2C5DA 1R8NA 3CU1B 1FMMS 2VSEA 4ZBVB 1AVXB 2F2FA 1HWNB 3A07A 2DWRA 4PCRA 1GZWB 1RY7A 3M3CA 2IMBA 2WRYA 3AYEA 4QKSA 2ZGPA 3UJ4A 4I4XA 4Q91A 4U36A 1W3GA 2ETFA 5JOYA 1WW6A 2NYYA 3ASIA 2W68A 1FQ9A 2CWSA 4XJUA 1JW6A 1FNZA 1AZDA 2D24A 1MVQA 1BLAA 3APBA 1WBLA 2E7QA 1SLLA 5IK8A 5EC5A 2RHPA 3AP7A 1WLCA 4LO0A 3T1MA 2D20A 5T5OA 2EXIA 2I1BA 4UW5A 1ZL5A 2D3RA 3O5WB 3C9ZA 4D8HA 4EJ5A 4Y22B 2D3PA 4XHXA 3WDVA 5EWSA 1LGNA 1SR4C 3NBCA 3TAYA 1JT3A 2AREA 1BFCA 4FP2A 1LOAA 3CA6A 2Y9GA 2EF6A 2CYFA 4DRVA 2FFVA 2UWAA 3QIXA 4BLJA 5GLUA 5HPZA 4ZGRB 3BONA 2BEBA 2D6LX 2Q3NB 5CB7A 2ES3A 2A70A 5BP5A 4LO3C 3WINC 4LO2C 3O4CA 4TYSA 1M2TB 3WA1A 2D6NA 1LEDA 2GMMA 4YOLA 1DQ2A 5T5PA 1PZ8A 5F8SA 5HCAA 4J2XA 1T3AA 4XJ9A 3ZSJA 1TOOA 1OFSA 4Y1XA 3O5SA 1I3HA 1HCEA 1AJKA 4KC3A 1Y7BA 3FUQA 3C2UA 3M3OA 41BIA 4IONA 2YUGA 4DENA 1P63A 4UW4A 2ZABA 3N0KA 3QCWA 5KXEA 5DUVA 2E6VA 2YV8A 1S0LA 4ATEA 2YROA 3WDWA 3W9TA 3BWIA 1VIWB 4F83A 3WG3A 3IM7A 1SACA 3LCPA 5H9PA 3BX1C 4XBLA 3ZPYA 4RA0A 1FGAA 3RG0A 1TFMB 3O0XA 4AVVA 3H6RA 3M2MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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