1EPWA

Crystal structure of clostridium neurotoxin type b
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1epwA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1epwA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1epwA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1epwA01
4M3CB 1CVSA 3SNMA 4YM0A 1MS5A 4ZFYB 3QR5A 2D1ZA 3OJMA 4ZFUB 3A21A 5GAQA 2AUYA 1G9FA 4YW4A 1FMZA 1CN1A 3ZYRA 2D6KA 4YW2A 1MD6A 3UDAA 3UJ0A 4FQZA 2BEAA 3AZYA 4DCKC 1M2TB 3BONA 1C1LA 2R49A 3OGFA 2DVBA 4K1ZA 1R8NA 3USUA 1TIEA 1W6QB 4Z9WB 2HWMA 4FPFA 1FWVA 5DZEA 2PHRA 2VW2A 5FZZA 3MALA 4Y1ZA 3AH1A 3C9ZA 1CVNA 4EL4A 2EALA 4Q8LA 1RZOB 3O0WA 4Y24A 3QIYA 2FPQA 1N1TA 1JN2P 4Q1RA 3N7JA 4I4XA 4YZ5A 5GLUA 2P2KA 2YZ4A 3FJKA 1LODA 3QYDA 3QW8A 3RG0A 2UWAA 1Z4SA 3P53A 3ZPYA 2ZR1B 2P39A 4J1LA 1HKDA 1V6MA 2GN7A 3HMYA 1F9KA 1BFCA 2YROA 3FLTA 1LOEA 2ES3A 3O4DA 4XJ9A 2IWTB 1LHVA 3AP6A 3BADA 2HZ9A 1SFYA 1SLCA 1ULGA 3WUDA 1ONKB 4OW4A 2HW9A 2A8AA 3O5SA 4YM3A 2AXMA 4D69A 4ENDA 4GP3A 1Q8QA 4ISQA 1LGBA 4CTEA 2YXSA 2F2FA 4YLZA 3SISA 1AVUA 4FPCA 4CJMA 1V6KA 5HPZA 1XHBA 1S0BA 4FPEA 4DRRA 1UAIA 3K3QB 1MS4A 5E89A 3TAYA 1OFSA 5IK4A 2DURA 1JLYA 2ZGUA 4FPOB 4GXLA 1LEDA 4FGFA 4R9CA 3NBDA 4EFQA 1G8WA 4AYUA 5DUUA 3FJ8A 4Y20A 1LESA 1IRPA 3V0BA 1VAVA 4CZSA 5E8AA 4ATEA 2XHLA 3POYA 3IM7A 2G7QA 3QCWA 3IM6A 3PJQA 4KC3A 2F2FC 1VLNA 3T1MA 3AZZA 4PBOA 4AN7B 3OYWA 3Q9OA 3BAHA 4YW1A 4AVVA 4GOYA 2ZGMA 4PC4A 3A0KA 2X2TA 4XMAA 1HCDA 4P0LA 5F5QA 2G7PA 1KRIA 1GZWA 1DLLA 1YVGA 3BAUA 3IIRA 1S0JA 2VY0A 3AJ6A 5GLZA 2ESUA 2AAIB 3C8AA 3E8LC 5E24E 2LIQA 2BFHA 3AYCA 3VUOA 1AFCA 2Z42A 3Q7XA 3PHZA 3BA4A 1MVQA 3H6SE 3IM5A 3ZXFA 1TFMB 3ZUQA 2ZGRA 1SZ6B 1IJTA 2DVFA 1QOOA 3SH3A 2ZGSA 3N0KA 3CQAA 2PELA 4WZFA 1X50A 4Z8SB 3AXDA 5H9RA 1T3CA 2A3XA 1LECA 1ZA4A 2ZQNA 5JOZA 4FQ4A 2ZMLA 4YOLA 2WQZC 1Z2VA 3NV2A 2E4MA 3ZSLA 5F9TA 5HCAA 1ULDA 1Q04A 1Q1UA 3FJEA 2ZGTA 4LBQB 2JDZA 1DQ6A 2RHPA 2TEPA 1HWMB 1CIWA 3D3XA 3CNAA 1V00A 3ILFA 3RS6A 3B01A 4G6MA 1W3AA 4R6UB 3BODA 2ZMKA 4AN6A 1ZKWA 2C9AA 4JKQA 4I30A 3WVJA 5IK5A 1NXD1 1PC8B 4K1YA 3CA1A 1N4KA 1DQGA 1A3KA 3P6IA 5T5OA 1FMMS 2D24A 3TB0A 2I1BA 1QNYA 1OKQA 4L8QA 4IY9A 2E4MC 4LO1A 2CTVA 2CL2A 4UW6A 1S0LA 5DUXA 4G1RA 3UL2A 3ZSKA 4QO3A 1M16A 1F5FA 3HR9A 2JKBA 3IN9A 2EXHA 1LOAA 1GANA 1G9BA 1W0PA 5CNAA 4W65A 5I1BA 3V0AA 3USUB 4AVTA 1MS3A 3CU1B 2UWBA 3FUOA 2ISEA 1SACA 1Y7BA 1QOSA 1N3QA 3OBTA 3R05A 1W3FA 1MS8A 1DQ1A 3ZXEA 1MS1A 1S1AA 5IK7A 4OUJA 1BJQA 1IKPA 1U0AA 2A6VA 1XG6A 3WZ1A 1DIWA 4XTMA 2ZBJA 3LLPA 2NZ9A 4JC1A 4BMEA 5CBLA 4YZ3A 4YGEA 1AX1A 2SLIA 2LTNA 2D44A 1HQLA 2Z48A 2DVAA 2Y9GA 2OVUA 3HOMA 3ATGA 4USPA 3JUUA 5BP5C 2SBAA 1T3AA 1W6PA 2VU9A 1G9CA 3CRIA 1T9FA 3QW5A 2FDBM 4YM1A 1LOCA 4LBNA 1FN0A 3ZSMA 2UU8A 1KJLA 4TYSA 4YGDA 5JDBA 1Q03A 3WG4A 1V6WA 2D43A 3NWKA 2EXIA 2GZBA 1C57A 1D0HA 2L5XA 3ILNA 1WW4A 4OEEA 5EYXA 3N35A 1QOTA 2WT1A 4DFSA 1KJRA 3FLPA 2ARXA 2AH2A 2Q3NB 5T50A 4YG3A 4LO8B 4XXAA 4FP2A 3WOGA 5FRAA 1RMLA 3WDUA 4XIKA 1HWNB 4G9MA 5GLTA 2RG9B 2K8RA 2G7NA 2DTYA 4X37A 2A6WA 2ZKNA 4QALA 1I3HA 3BTAA 3B3QE 1LHWA 1DZDA 3AKFA 3NV3A 1S0DA 4GA9A 2A75A 1WBFA 1JBCA 4JKXB 3R4UA 3SITA 1GKBA 4D0TA 1H9WA 4Y20B 3V0BB 4Q91A 3O44A 2ZAAA 4J2KA 3GALA 2A71A 3DSEA 1BYHA 3CA3A 2XHLB 3UK9A 4Y22A 2ERMA 2MLLB 1EYLA 3ZUSA 2GMPA 5JOWA 2HWAA 1GICA 1QDOA 1AF9A 3WMVA 3SH5A 1SCRA 41BIA 3FJ9A 1Z78A 1JT7A 4D8HA 1ZKXA 5IK8A 3POKA 1GGPB 4P14A 1LU1A 4I4YA 1UL9A 4LBJA 2M49A 2A5ZA 2KLLA 3V79C 2NN8A 1O4ZA 4GWMA 3PVNA 2QYIB 5LK5A 2DUPA 4YM2A 2WLQA 2ZGKA 4F83A 5BXPA 1UKGA 1IS4A 2CWMA 2D6LX 3GNEA 3B9CA 4FPYA 3WV6A 1TTUA 2MC2A 1WD3A 4JCKA 1BQPA 1Q56A 5T54A 1UMZA 1BA7A 4BPZA 5JOXA 2RQ9A 4EKXB 2AGSA 2D6MA 2DVDA 3BOOA 4ELCA 4XOGA 1W0OA 1MC9A 3N7LA 3N3HA 1IHKA 1TWMA 1JTCA 3VSZA 4YGCA 4SLIA 2DU0A 1Q8SA 4EB2B 4XKIA 1BXHA 3VT0A 3BAQA 1G86A 2P3JA 2WKKA 3MW4A 3BA5A 5IUQA 2A3WA 1CQ9A 4U36A 5T52A 4I6IA 1YYNA 1LHUA 3FJJA 5GZEA 4L4IA 1FYUA 1CR7A 4GAIA 4XMIA 3WCRA 2K4AB 4J2XA 2B7YA 3I4IA 2D7FA 2NYYA 4KS6A 4ZKTB 3FUQA 3WHTA 3HSMA 1WUVA 1A78A 4XJWA 5BYNA 4IYBA 3FJHA 1BARA 4Y1XA 4ZGRB 1ULFA 3O3QA 3BAGA 1EV2A 4XFSA 4YFZA 1LTEA 1LCLA 5KXEA 3O4CA 2OUHA 3VKNA 1SCSA 1GLHA 4Q27A 2Z49A 1DZCA 1DYKA 3N7MA 1AX2A 3ZXJA 4A7KA 4BLIA 2D6PA 1TP0A 3LSEA 3C88A 2KI4A 1ISWA 3ZXKA 4OEGA 4GAFA 3ENRA 1IOBA 4USOA 2R1BA 4M3CF 4HR6C 2FHRA 4OWKA 2WT0A 3DDBA 4IONA 2YY1A 1YO8A 2YV8A 3CA4A 5DUYA 3O4OA 4KUFA 3WHUA 2K43A 5GZDA 1SLTA 1UZZA 3RTJB 4YZ2A 1N1YA 1SLBA 4LBOA 6I1BA 3TC2A 2IMAA 2DRYA 1DGLA 2GMEA 1UPSA 4YW3A 3OBRA 4Q9PA 3UD7A 1W6PB 2GDFA 1AX0A 1BFGA 3QJ0A 1VIWB 4ISRA 1SLLA 3VKFC 1YIFA 1SR4A 2P34A 3I29B 1T4QA 3AYEA 5BVPI 2NMOA 3W58A 1O4YA 1LHOA 1VAMA 2E53A 4KTXA 3FJIA 3EF2A 1LOBA 5CB7A 5EC5A 1HWPB 1HIBA 3NF3A 5T5PA 4XIOA 4EEEB 2VW0A 5FZYA 2XOAA 4P9YA 3C2UA 4GKXA 2I2SA 4LO7C 3DS9A 1L2HA 1IS6A 1UN1A 3N36A 2D6NA 3AP4A 2GNTA 4PQ9A 5L73A 2NVHA 3AYDA 1FV3A 4M00A 1SR4C 3WG3A 1FNYA 3I2AA 3JU9A 1JY0A 1PWAA 4JRAA 4QBVA 1FWUA 3HBWA 4JP0A 3VKOA 5DSSB 4RA0A 1C1FA 2Y9XE 1WBCA 2ZGQA 1ISVA 2D22A 3LSDA 2GN3A 4ZJXA 3BB2A 3AYAA 4Y22B 4RL7A 4ITCA 3O0XA 4XILA 5F8WA 4FPJA 5EXOA 3BOKA 4G6JA 2NMNA 1YRZA 2VUAA 1UZYA 4R9AA 2P3IA 3D6EA 3POWA 4R9DA 5GZGA 3ASIA 2JE9A 2IMCA 5AVAA 1PZ7A 4XHXA 2JJ6A 4YGBA 5DZFA 3SNVA 2GNDA 3BRFA 1GSLA 3RTIB 3ZC9A 5B2HA 3M3QA 2DYCA 1FGAA 4I3NA 2WT2A 1DQ4A 3OY8B 3MW2A 5IT6A 2FGFA 3D4KA 3WDYA 2IHOA 2W52A 4PF5A 5KXBA 3JUTA 3ZXGA 3BAVA 2ZZJA 2PHTA 3M3CA 3ZVXA 4Q8KA 1P63A 3FJBA 1W3GA 4IZEA 1DYPA 2AREA 2VXRA 1YBIA 5JOYA 4ZA3B 4YZ4A 3KM5A 5H9QA 1KNMA 2MIBA 1IKQA 5T5JA 3WG1A 1APNA 3WA1A 4BQ1A 4M01A 3VEQA 3AP9A 3LCPA 2ISGA 3AZWA 1GZ9A 3CA5A 1HLCA 2WBCA 4H55A 3BWIA 4XBLA 2ZQOA 1E0OA 3S8JA 2F8XC 3H0OA 1RY7A 4AGRA 1Z0HA 4X3AA 3UJQA 4C1XA 1QMJA 2VSEA 1JOJA 1WBAA 1K5UA 3CAHA 1AVXB 2ZGLA 4FOQA 4TZDA 1QU0A 1ENRA 2W08A 2BQPA 1RIRA 3WO4A 4FPGA 1BFBA 5HCBA 3M2MA 3D7WB 5GJ6A 1DFQA 1CPMA 1ABRB 4LO0A 3VT2A 5F8SA 1WW6A 3IPVA 2UWCA 3I2XA 3IMNA 2CWSA 1IT0A 4LO1C 5KXCA 3ZURA 5E88A 1V6OA 1N3PA 2DTWA 2D20A 4QD2C 1GNZA 4ZXKA 3AH4A 2VXTI 1BLAA 2VLCA 4I4QA 1JYCA 4P0JA 3A07A 4JAWA 3A22A 5JLVA 4Q9GA 2D3SA 4XZPA 3B9UA 4HJJA 1OQ1A 5T55A 4J23B 4LO0C 5D63A 1ZM1A 4NO4A 5GALA 3QIXA 4BM8A 3AJ5A 2G7KA 3AXEA 4J2YA 1VCLA 1ZL5A 2ZHKA 4HANA 3WCSA 1FQ9A 2FO1A 1IRAX 2AYHA 3SH4A 4XDQA 3R4SA 4UW5A 2EF6A 4FPHA 4KBBA 1FAYA 2DVGA 1F82A 5D62A 1YI7A 4EFPA 1HDKA 2ERFA 2A70A 2P37A 3W59A 1JLXA 4HA2A 2FFVA 4LO7B 2E6VA 2OUJA 1WLCA 4XBNA 1BKZA 1ZN3A 3FIIA 1VALA 4Z8BA 2CY6A 3ZXDA 2D6OX 1YTOA 2R9KB 1ISYA 1MACA 3C89A 2E7TA 3AZXA 3WO3A 2A3YA 31BIA 3FJCA 1Q8PA 3JRRA 3UJOA 3APBA 3NBCA 1W6NA 3OJ2A 4H9WA 2EIGA 3AH2A 2ZA9A 1OQLB 1XTGA 4XFUA 3VSFA 4H04A 4I4PA 2GNBA 3UD9A 3ILAA 1LULA 1Z7HA 3CA6A 3OYWB 4P9WA 4A7YA 5EHAA 5BXSA 4U2AA 3FIEA 5BQMA 1DBNA 3ZYPA 4Q2FA 2DUOA 2ISHA 2ZHNA 2NP0A 2JECA 1GZWB 1CESA 4C1WA 3FGMA 2X2SA 4DRVA 1QXMA 2V73A 3POSA 4I1BA 4GP0A 4WBCA 3M1HA 5D61A 1JHNA 4ATFA 4DENA 1RG8A 4AGGA 1H9PA 2ETFA 4HEVA 5DZUA 4KEKA 3WMUA 1LGNA 2ZABA 4FOYA 5FNXA 2ZMNA 1IOAA 1QDCA 3BIWE 4TLPA 1IS3A 3D5OA 1IS5A 3VWCA 4OWJA 1ENQA 4AVSA 1PUUB 3B00A 4FPKA 4GOVA 2EAKA 3QIZA 3L2YA 1WW5A 1S0GA 3WDWA 1GYKA 4Y1YA 2WSVA 4OZXA 2PHXA 1KDKA 4KEJA 4Q26A 1JT5A 2CNAA 4PCRA 4DQAA 2IMBA 3RMXA 1FATA 2LIEA 2R0FA 3IAGC 1GBGA 3INAA 3RRDA 1DJSB 1PZ8A 4Q1PA 3F62B 4LO3A 5SV8A 2YMZA 5DG2A 4IZXA 3WNXA 4I7IA 3O49A 1SBFA 1AVBA 3HALA 4GKYA 3Q7WA 2VW1A 1MVEA 3O0VA 2A97A 1V6NA 1DQOA 1ULCA 2D7RA 2W2DA 4QD2B 4I96A 3KQRA 1WW7A 4ZFWB 1DHKB 1URXA 4A7ZA 1LGCA 1CE7B 2D23A 3A4UA 3AFKA 4FP3A 3V0AB 3P6JA 1W6OA 1MR5A 1XZZA 2D7IA 4LO3C 4K20A 1QF3A 5FREA 4FOVA 3IPVB 4ASMB 1DZQA 4BOWA 1HQWA 1Q8VA 1AXYA 5T5LA 5GM0A 1CONA 3SLIA 4I8MA 2A7AA 4LO2A 2QN4A 1II4A 3BAOA 4ZBVB 2AFGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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