1EPWA

Crystal structure of clostridium neurotoxin type b
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1epwA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1epwA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1epwA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1epwA01
3SH4A 4JPZA 3FJEA 4EKXB 1GLHA 4YGBA 7I1BA 2B7YA 4AGGA 3N7JA 2A3WA 4WVVA 4A7ZA 3BOPA 3LCPA 1MC9A 4UW6A 4ZFYB 5FNWA 1MS0A 1LODA 2E7TA 3BOOA 2CWSA 2AH2A 3VKLA 4P9WA 2A5ZA 1S0EA 1Q8QA 3AYAA 2DU0A 4LBNA 1W0PA 1YI7A 1XTFA 1WBAA 3WDVA 4YGCA 4XE9A 4I8MA 3N35A 2OW4A 3W59A 2UWAA 4G6MA 1SBFA 1QU0A 1W6NB 3AXEA 5DZGA 1XYFA 2CTVA 4SLIA 3WMUA 2YY1A 2D1ZA 4I96A 3JU9A 1QQLA 2PHWA 2A6XA 1JT4A 4OWKA 3PMEA 5FZZA 3T8SA 3ZC8A 2IMBA 3M2MA 3BRFA 2GNTA 3CRGA 2GMPA 1OQLB 3P6IA 1R8NA 5CA6A 2WKKA 1BFCA 3NV1A 3B00A 3AP4A 1LECA 1SLAA 1S1AA 4YW1A 4I37A 1RIRA 8I1BA 3POKA 1HDKA 4AVSA 1LHOA 1N3OA 1Y7BA 4I4PA 1IS4A 3FUOA 1AFCA 3QLQA 5JLVA 1W0OA 2YROA 2PHFA 1ULFA 1NZKA 2NMNA 3C9ZA 1JW6A 2W39A 4Q2FA 3O0WA 4ASMB 1AJOA 1NUNA 4USOA 4JKXB 1QOTA 3HN1A 4WBCA 3H6RB 5F5QA 3DDAA 3AK0A 1VAMA 1ITBA 3R4UA 4W65A 2QN4A 4I7IA 2EXJA 1UL9A 2VU9A 4L4HA 4I4OA 2DTYA 2ZHKA 3IM0A 4XTPA 4EJ5A 1LULA 5GLTA 4ENDA 3FJAA 4X3AA 2G7KA 3QCWA 2R16A 3O49A 4CRQA 5BQUC 1W6NA 2VXTI 2ZMKA 4XHBA 3WA1A 3PVOA 4Y1XA 1KJRA 1W6MA 4IZEA 3RTJB 3PG0A 5HCBA 2ZHMA 3W58A 3IIRA 4YW5A 2K8RA 4UW4A 3WUCA 3FLRA 2VW0A 4Y1UA 1KDMA 3UD9A 1RITA 3V79C 2R9KB 3FFZA 2VSAA 1MS5A 1QXMA 3C8BA 1WW4A 3VKMA 2AAIB 2ILPA 1T9FA 5E24E 1LTEA 2EIGA 3ZSJA 2A71A 4XBQA 4Y22B 3CAHA 1LGNA 1S0IA 1TIEA 2GMEA 1F82A 1DQOA 2P3JA 2VUAA 2NN8A 1AX0A 2JJ6A 1Q1UA 2D6NA 2ES3A 3A0KA 3C89A 4ZA3B 3WUDA 2WSVA 3UJ0A 2CWMA 3OJMA 1TWMA 3IKWA 2W2DB 1YYNA 1LEMA 1W3FA 2KI4A 4M3CA 3OJBA 1ISWA 1CPMA 1ZKXA 2R0FA 2FFVA 5IK8A 1QF3A 3N7KA 3F1RA 3OGFA 4BLJA 4G9MA 5HCFA 3OYWA 3PHZA 4I1BA 1IKQA 5BP5C 1HQLA 3CA0A 1XZZA 1FGAA 1L2HA 2PHTA 2ZMNA 3QW8A 1BLDA 1YO8A 4R9CA 3UD8A 3CA6A 4XBLA 1JYIA 1XG6A 2A6VA 1FN0A 4GKXA 3POYA 5GLZA 4PF5A 4GKYA 1UZZA 4YOLA 4P14A 2DRYA 2NVHA 2WBCA 3FUQA 1ILR1 3I2XA 1SBDA 2VSEA 2DVAA 2HZ9A 3V0BA 1JUIA 1PWAA 3MALA 4XILA 1DQ5A 1DQ4A 1LHWA 4DENA 1W6OB 1V6VA 3UL2A 3SNVA 3GALA 2R1BA 2DTWA 1Q04A 4PBOA 2VXRA 5FNXA 4M3CF 4Q26A 1SACA 4YFZA 1EYLA 1FMZA 3CU1B 1WW6A 1RG8A 3N7LA 2XHLB 1WD3A 4Q91A 1LHUA 1O4ZA 4DPNA 1N47A 1HKNA 1WW7A 2ISGA 2R1DA 1JOJA 3A0NA 4EFPA 3ZXJA 4XJ8A 1D0HA 4QD2B 3CRHA 4FQ4A 1AVUA 4BLIA 4FPJA 5D63A 4YZ2A 1IS6A 4FPKA 1AZDA 4LO1A 1HCDA 3PJQA 4XMIA 3O4DA 3HOMA 1BKZA 4QBVA 3OBRA 3QW6A 4I4QA 2E7QA 1HCEA 3WMVA 1GNZA 2D24A 3RTIB 1WUVA 1ONAA 5H9QA 1ISZA 4LBLA 5LK5A 3WHTA 3A07A 4C1XA 3BA7A 3UJOA 2PELA 2J3PA 1UKGA 2JD4A 5DG1A 1T4QA 2ZQNA 4GOYA 2ZGRA 3M1HA 1U0AA 1FWVA 2LIEA 4OEGA 3MW3A 4KBBA 2DURA 5EHAA 2KI6B 3BX1C 1T3AA 1AF9A 3P6JA 4OZXA 2D6LX 1IS5A 5T55A 3W9TA 5FZUA 1V6KA 1N1TA 3D4KA 2A3XA 4DRRA 4LBQA 3BAHA 4YLZA 2P2KA 2ARXA 5F90A 1GZ9A 3ZXEA 5DZEA 1OKQA 4RL7A 2NZ9A 1W6QB 1EPWA 2JE9A 3SNMA 2DU1A 1T3CA 5BOWA 4J2KA 4QO3A 4PCRA 2W52A 4BPZA 4XXAA 3AKGA 1ZL5A 3N0KA 4FPLA 4C1WA 2ENRA 3Q7WA 4I4UA 3V0AB 2NTDA 3TAYA 5D61A 2ZGMA 3USUB 3FLTA 5H9RA 1QNYA 3BAVA 1IRPA 3WDYA 4I4XA 1IOAA 3MPPG 3SLIA 4LO7C 4XTMA 2D7FA 4LBQD 4ZGRB 1QQKA 3OY8A 1VALA 2ISHA 1DQ6A 4FOWA 3QW7A 3AXDA 4YW2A 3QW5A 3O3QA 1CR7A 4M3CE 3IPVA 2C5DA 2I1BA 1FV3A 1Q56A 5BQMA 3BRDA 4XIOA 4LBKA 4FPYA 3NBCA 4AGRA 3DSEA 4F34A 2RG9B 2ZAAA 5EWSA 2ARBA 1YBIA 1IT0A 1GICA 3O44A 5DZUA 1UPSA 4FPGA 4J1LA 4YFWA 2AUYA 2AXMA 2D23A 1K5VA 1WBFA 3WINA 2EXIA 3WDUA 3M3QA 3HBWA 2Q5TA 5T5LA 4WZFA 2XB6C 2WRYA 2LTNA 4IY8A 5F8YA 2V5YA 1PZ8A 1WLWA 1DYPA 3AP6A 1I3HA 3WZ1A 1DZDA 1N1VA 3VKFC 4I4YA 1DHKB 4R9DA 3FGMA 1YVGA 2YZ4A 1RINA 4AVTA 2G7QA 4GAFA 4I4RA 2BEAA 5DVHA 4I0YA 1FNYA 5BQNA 3FIEA 2DVGA 3B9UA 1LCLA 1LEDA 2D6PA 1QOOA 1G9AA 2F8XC 2F2FA 1ZN3A 2L5XA 4FPOB 2GMMA 3FJDA 3DGTA 3H6SE 2AR6A 3HALA 4H9WA 1BYHA 5GAQA 4HL0A 2ETFA 2NP0A 4CZSA 1XTGA 1UMZA 2D3PA 1J1TA 2NM1A 1ULDA 2DV9A 4YG0A 3O5WB 3O4AA 1V6MA 1UAIA 4USPA 4P0JA 3IM6A 4U2AA 3B3QE 1BQPA 3AX4A 3I4IA 4FOVA 2HW9A 1AVXB 2ESUA 2IMAA 4D0TA 3WO3A 3ATGA 2UURA 4HR6C 4ELCA 5FREA 4JP0A 2YV8A 1JYCA 3ENRA 1N3QA 4KEKA 2W68A 3WO4A 3A4UA 1PC8B 3I2AA 2KLLA 5IK4A 4R9BA 2K43A 4YW4A 4CJMA 4Y24A 2TEPA 4QC4A 4G6JA 2D7IA 3ZX7A 3WCSA 3WLUA 3M3OA 1MD6A 3VKOA 1JBCA 1I1BA 1GZCA 3A21A 2G4IA 1JN2P 1YRZA 5IK7A 2FGFA 3FJ8A 4ATEA 1RMLA 5JDBA 31BIA 1O4YA 4GAIA 4X37A 3WG3A 4Z8BA 1G86A 1GZWB 4KC3A 4CTEA 4AVVA 4LO0A 4IY9A 3A23A 4A7KA 1JY0A 4PQ9A 3AZYA 2H0BA 4ZOTA 3NF3A 5DUVA 5BXTA 1DGLA 1PZZA 1LGCA 3BAOA 4ATFA 2LIQA 2P3IA 2ERFA 3Q7XA 3WVJA 3VT2A 2Q9XA 41BIA 4G9NA 4XJAA 1LOEA 1JT7A 3AZVA 3RQ0A 4LBOA 2HWMA 5T52A 2BQPA 1CESA 3N3HA 3ZSLA 2ZGQA 2RSTA 3AP7A 2VW1A 1W3AA 1R1ZA 4LO1C 1SCSA 2MC2A 3CA1A 4LO2A 2CNAA 3H6RA 2HYKA 3TB0A 1DBNA 1AJKA 3B69A 2P37A 1AXYA 5D62A 2X2SA 1VCLA 1HLCA 2DREA 3D3XA 4XFUA 4FQZA 3QYDA 3ZXGA 1JLYA 1GV9A 3ZPYA 2VH9A 2JECA 5EXOA 2AREA 4Y1YA 4HA2A 1HWOB 1BJQA 2DRZA 1HWPB 1V6IA 1I1EA 2Q3NB 1CVNA 5B2HA 2ZACA 1MS8A 2E4MA 1IS3A 2A75A 1ONKB 4ISQA 1MZ6A 5CB7A 2IWTB 2P39A 2VW2A 3QJ0A 1ULCA 2IMCA 5T5JA 4FP3A 4XJUA 5IUQA 2UUSA 4ZLBB 4R9AA 5JOYA 3T1LA 4Y22A 2KM2A 1N1SA 2R49A 1WBLA 3AJZA 2MLLB 3HSMA 1GSLA 1YTOA 3BAQA 3BA5A 4JKQA 4XFTA 5T5OA 3AYCA 4IONA 3IM5A 4P0KA 4D0ZA 1ULGA 1M2TB 1DIWA 3HMYA 1HWNB 3FLPA 4LBJA 1FATA 1AX2A 2Y9GA 2D44A 4XDQA 1B09A 2WJSA 1IKPA 4DCKC 4J2XA 2VY0A 4Q27A 2D3RA 2W2DA 1SBEA 3AP5A 5SV8A 3VWCA 4HJJA 3D6EA 1CJPA 1BZWA 2PHXA 2ZMLA 3N7MA 2W08A 3WDWA 2M49A 2ZGKA 1FV2A 5H9PA 2RHPA 1PZ7A 3M3EA 4P0LA 1UZYA 2D22A 2K4AB 3K3QB 3L2YA 1V6NA 4K1ZA 5BXRA 1H9PA 1W3GA 3POSA 1YXWA 2DUPA 3VT0A 1AX1A 5GZGA 1F31A 3ASIA 3MW2A 3KM5A 1Q03A 4JCKA 4ZKTB 2P34A 1ISVA 3UJQA 4UW3A 1RY7A 1Z0HA 1A3KA 3JUTA 3RSJA 2D7RA 4Q8KA 1VLNA 4YG3A 4JAWA 2E6VA 1S0FA 3LSEA 1W6OA 4BOWA 4YZ1A 1ULEA 5GZFA 2PHRA 1GANA 3IMNA 3WINC 4Q8LA 2BFHA 3TC2A 4ZBVB 1E0OA 4TYSA 3S8KA 4JRAA 3ZURA 1GKBA 1MACA 5F9TA 2WLQA 3T1MA 2P23A 4FOQA 5E89A 4I4VA 2RQ9A 2XHLA 3FJIA 4ZXKA 3WDTA 3NV2A 2D20A 3WNXA 3MW4A 2DUOA 5DUWA 4J23B 3V65A 1IHKA 3IN9A 1G8WA 1TTUA 2GZBA 4EFQA 1H30A 2UWCA 3AP9A 2FO1A 1SZ6B 5F8WA 3WV6A 1AVAC 2F2FC 4F83A 2UWBA 1H9WA 1HQWA 2WQZC 3ZXDA 3VT1A 4R6UB 2GN3A 3CA4A 5F8SA 4YGEA 4XZPA 1SR4A 3O5SA 1BFBA 1CQ9A 1QOSA 3O12A 1AXKA 2HWAA 3CQAA 1D2SA 1IOBA 1TFMB 4GWNA 2EXKA 3LLPA 1F9KA 1V00A 2DUQA 2MIBA 4XOGA 1MS9A 4ITCA 3JRRA 1KRIA 1LU1A 2EF6A 4K20A 3VEQA 4AWDA 3WOGA 3WCRA 1F5FA 3O4CA 4I2SA 3OBTA 3POWA 1LU2A 1VIWB 3ZYRA 1URXA 2WT1A 4XBNA 4QKRA 4BQ1A 3SITA 3SH5A 4LO7B 5T50A 2FMDA 4K1YA 3AZXA 1SLTA 1LGBA 1QKQA 1BARA 1QDCA 5IK5A 3CA3A 2FPQA 1IILA 4YG6A 2ZGTA 1WLDA 1SLBA 1W6QA 1BFFA 3QR5A 2ZABA 5CBLA 1AVBA 4UW5A 4L8QA 1ZM1A 1G9CA 2ZGUA 1MS4A 2ZGLA 5L73A 4PBPA 3ZVXA 3VSZA 1JXNA 1V6LA 5EYXA 3ZXKA 4OUJA 3V0AA 1WW5A 1LOAA 1YF8B 3BB2A 3GNEA 4IZXA 3USUA 3UD7A 3OJ2A 5E88A 3AZWA 5T54A 3ZYPA 2KKIA 3APBA 1ENQA 3JUUA 4D8HA 3VKNA 5IT6A 1EVTA 1FX5A 4FP2A 3H0OA 3KMVA 4YW3A 4X39A 3AH4A 1ZKWA 4GP3A 3BWIA 1V6OA 2GALA 1XHBA 4YM0A 2G7PA 4LO0C 1BFGA 4L4IA 1KQRA 5HCAA 5JOXA 3RS6A 1GYKA 2DVBA 3S8JA 4AN6A 4XMAA 3BRGC 1G82A 3T2TA 3ZXLA 2OUHA 1S0DA 3FJ9A 2D3SA 1Z78A 1WCSA 2CL2A 4MYEA 5G00A 2PHUA 2ZBJA 4XJZA 1LOFA 2X2TA 1II4A 2Z48A 1LOBA 4YM2A 1HIBA 3I29B 3DS9A 2Z42A 1LESA 2OUJA 1RZOB 1W6MB 2ET2A 5DG2A 2QYIB 2ZR1B 2CY6A 2A3YA 2XG3A 4YZ3A 2KH2A 1Q8OA 5DSSB 2NMOA 3Q7YA 3VSFA 1MZ5A 4LO3A 1SLIA 2ZQOA 4XJ9A 4DRVA 4LO2C 1AXZA 4U36A 4XFSA 2D43A 4RA0A 1FQ9A 3VUOA 1FWUA 3WDXA 3F62B 1C4RA 1N3PA 3ZSMA 4Q9GA 3BTAA 1LJ7A 1C1LA 1P63A 4QALA 2ZA9A 3C88A 5GLUA 1S0CA 1JQZA 1DQ0A 5KXCA 1C1FA 3NV3A 5BXSA 2GNDA 4BMEA 2ZGNA 5GM0A 2E4MC 1SLCA 3D5OA 2R0HA 2QN0A 1SFYA 5KXBA 2GNMA 1KJLA 4M3CB 1SLLA 3ZC9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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