1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Toxin
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
2TEPA 3NV4A 2LIEA 2V5YA 1IT0A 3S8KA 1R1ZA 3O4DA 3WG2A 1BA7A 1ZN3A 1GZCA 2D6KA 2ZHLA 4J23B 5FZUA 2QYIB 4AGRA 3FJJA 3C8AA 4AN6A 1BYHA 2WSVA 3FJDA 1NLSA 2DVDA 3WDVA 4IZEA 4II0A 4YG6A 2NZ9A 2P39A 2ZGNA 2UUSA 1SBEA 2XHLB 1BJQA 1CPMA 1ILR1 1SACA 5G00A 2A7AA 2IMBA 3VKLA 3ILRA 3NBDA 3NBNA 4YZ5A 3AJYA 1LOFC 1FNZA 2NMOA 1ULGA 2DUOA 2BQPA 4LBNA 5GZEA 1AXMA 2QN4A 3E8LC 3CNAA 3VKFC 2G7KA 2ZAAA 3R4SA 4QBCA 1LCLA 5DUWA 1E1HA 4XHXA 4I30A 4YGCA 3PVEA 1MS0A 2IHOA 2P3JA 3W59A 4LO0C 4XDQA 5BP5A 5BVPI 4XFUA 3BAUA 3CRHA 4YW1A 2AQZA 3OBRA 4LBQA 4XBNA 1YXWA 3NV1A 2KLLA 2VW1A 2ZMLA 2P23A 4GAIA 2JJ6A 4GAFA 3B9CA 4YM0A 1KJRA 1AVBA 4HANA 2AGSA 1DQGA 5JVVA 2DV9A 4GP3A 3C8BA 4BLJA 5GZFA 3PVNA 2QN0A 4ZFUB 4QALA 1LOGA 4OEEA 4D0TA 3FJ9A 2W2DA 2Z49A 3O4OA 3NBCA 1T3AA 3GNEA 4LO3A 2AUYA 4KEKA 2ARXA 4QBVA 5BQMB 2D7IA 5D61A 2P37A 1PZ8A 2PHFA 4C1WA 2WLQA 2KH2A 1EVTA 5IT6A 3Q9OA 3BB2A 1W6MA 3N7KA 2F2FC 4FPKA 3UJ4A 1Z78A 4HL0A 4FPFA 3QIZA 1DQ6A 1VALA 2EF6A 1M2TB 4ZJXA 1CVNA 1W6QA 3L2YA 1DQ1A 5EC5A 4ZLBB 4LBJA 3WG3A 5GLVA 3C2UA 4QO3A 1BFCA 5F90A 1GZWA 2E6VA 4XZPA 1N1YA 5B2HA 3JRRA 2L5XA 4XIOA 5GLWA 3IM7A 4XMAA 3AH4A 1Q8PA 2E4MA 3QW6A 2PELA 3FIIA 4RL7A 3B9UA 1FWUA 4YM1A 2DU1A 5JDBA 2F8XC 2WSUA 1LHWA 3ILAA 4LO8B 4ZA3B 3N3HA 1M16A 1HKDA 1OKQA 4LBLA 3BODA 4K20A 2EXJA 1W6NB 1RIRA 3ZUSA 4EEEB 2WT1A 4ZXKA 1LTEA 1G9CA 4YG3A 1V6XA 4F83A 1MR5A 1YRZA 4Y1YA 1S0GA 3F1RA 1AXKA 3O4BA 1WW5A 1FNYA 1WUVA 2YZ4A 4GWMA 4LBMA 4CZSA 1EYLA 1LOAA 3PUBA 4JKXB 3O5SA 4OWKA 4YW4A 5HCBA 4BMBA 3A0NA 2R0FA 2ZKNA 1JYCA 1QQLA 1G7YA 4FQZA 4DENA 2DTYA 2G7QA 1V6JA 1MS5A 2VW2A 3FJEA 3DSEA 3I2AA 4LBQD 1LOCA 4I1EA 3WO3A 1LGCA 4FPJA 4R6UB 4R9AA 3DDBA 1P63A 1S0BA 2A71A 4H04A 1D0HA 2KI4A 4M01A 3H6RB 5T5LA 1JLYA 3FJAA 3CRIA 2JDZA 1O4ZA 1L2HA 4Q91A 1K5UA 2A3XA 3N35A 3PVOA 1FN0A 2R9KB 2DVAA 3LTQA 2VXTI 5E88A 5GLTA 4XJUA 4G9NA 1MD6A 2YY1A 4BOWA 4EFQA 1DZDA 3TB0A 21BIA 4I4XA 5KXDA 1AX1A 3WG1A 3VSFA 1UPSA 1Z4SA 2ZGMA 2WT2A 3AP6A 1IOBA 1QDCA 4YZ4A 2ZACA 1RINA 3VSZA 3AX4A 1A3KA 5E24E 3VWCA 4ISRA 4LBOA 3FJKA 4Z9WB 3BTAA 2KI6B 5DG2A 3FJBA 1W6OA 3GALA 1E0OA 1ENQA 4M00A 3BADA 2XG3A 2ISGA 2VH9A 1APNA 4HJJA 3NV3A 3ZXLA 3ZVXA 1PZ9A 4CRQA 2D3RA 4J2YA 2EIGA 1S0LA 4LO7B 5HCFA 2Q3NB 3W9TA 3V0AB 4ENDA 1R8OA 1TTUA 3A0KA 2JE7A 3DGTA 4DRVA 3ZSLA 2HYKA 3O49A 5IK7A 2D3PA 3USUB 2GMEA 3ZXJA 2D23A 2P3IA 4PBPA 1JW6A 1SBDA 5H9RA 9ILBA 2GNBA 1KQRA 3BRGC 3QIXA 1FATA 1YI7A 4I4UA 2ZA9A 3DUIA 1AJOA 1AXZA 1LODA 2DUPA 4YW5A 4XHBA 3C88A 2E53A 2MIBA 2IMAA 1MC9A 4JCKA 3T1MA 4ZGRB 1BFBA 1CESA 1XYFA 4WZFA 4JRAA 2NM1A 4OWJA 1AVUA 4Y1UA 1MVEA 5DUVA 4I2SA 3SH3A 4YZ1A 4M3CA 2HZ9A 5D63A 3UJQA 1YTOA 1G8WA 1DIWA 3A4UA 1WLWA 3SITA 1V00A 4WBCA 3ZXEA 3P6IA 4Q27A 2K4AB 4K21A 3R05A 2FFVA 1BFFA 4P0JA 4EL4A 2I2SA 3QJ0A 2G4IA 1HWOB 1HWPB 2RSTA 1LOFA 3LCPA 1S0JA 1HIBA 1TWEA 2ZGRA 3WZ1A 3WDUA 4Z8BA 2X2SA 1UZZA 1XZZA 4CTEA 3SISA 4FPOB 4JAWA 4ZFWB 1NXD1 4Y1ZA 1LU1A 3FJHA 2GNMA 1V6MA 4OWLA 1SLIA 1ITBA 1FAYA 1N3OA 4XOGA 2IWTB 4BM8A 1AFCA 4LO0A 4GALA 3B01A 4H55A 4C1XA 4Y22B 4XJ9A 1S1AA 5FRAA 4ATFA 1URXA 1LU2A 5DUXA 3AYCA 4GOYA 4I4SA 1KDKA 3AYDA 2Y9GA 1MS8A 1S0CA 1FQ9A 3WNXA 4A7ZA 1PUUB 2V73A 4U2AA 4BPZA 1W6PB 1ISXA 1HWMB 4QKRA 1H9WA 1DBNA 1SLAA 1V6UA 1BFGA 4M3CE 1JYIA 4QC4A 4Y1VA 3OGGA 4IHZA 1HKNA 1DHKB 2ET2A 5F8SA 1KITA 3AKFA 1IS4A 2RG9B 3F62B 4JPZA 1ZKWA 3IPVB 5BXRA 2VUAA 3BA5A 3CA4A 1SCRA 3WA1A 4A7KA 5T5JA 2GN7A 2M49A 3BA4A 3CRGA 3FFZA 2FHRA 3HOMA 1ISWA 1VAVA 2KKIA 1HWNB 1QNWA 5GZDA 4EFPA 2LALA 3CA1A 2VSAA 5BXPA 2F2FA 1Z7HA 2HW9A 1IOAA 4I4QA 1JTCA 4DRRA 5HPZA 3UD9A 3C89A 1YF8B 2AAIB 1FGAA 4X3AA 2CWMA 5IK4A 4P9WA 3R4UA 1W3FA 4XBQA 3ZPYA 3MPPG 1YIFA 3B3QE 2OVUA 3FBYA 5D62A 2A5ZA 3Q7YA 1IKQA 3S8JA 1QNYA 1CONA 4WVVA 1S0FA 5DZEA 4QD2B 5H9QA 4EB2B 5DVHA 4YZ2A 2FGFA 1DYPA 1O4YA 2D24A 1HQWA 1LHVA 3VEQA 3P53A 4X37A 4FOQA 4XFTA 4FPLA 1PWAA 4YG0A 1SBFA 2UU8A 3DS9A 1V6WA 2W2DB 4K1YA 1WW6A 1XTGA 1X50A 4I4OA 1DGLA 5IK5A 1IJTA 2LIQA 2GNDA 1SLTA 2WBCA 41BIA 1PZZA 3NF3A 3O0WA 3FLRA 3H6QA 4D69A 4HR6C 1W6MB 3FJCA 4BLIA 4TYSA 1I1BA 3VT0A 3WOGA 1Q04A 1ONAA 4J2XA 3N36A 3SNMA 3ZUQA 1IS6A 4PCRA 3Q7WA 1OQ1A 2WQZC 4LO1C 2A70A 1G9DA 1WBAA 5BQUC 4OW4A 2AH2A 1GNHA 2DTWA 1HCEA 2ZGLA 2D6NA 1W3AA 1CVSA 2ES3A 5IUQA 2LTNA 5BQMA 4IQPA 1DLLA 4ZBVB 1ZL5A 3BOOA 2NMNA 1QOSA 5T52A 2DREA 3CA3A 3SH4A 3LSEA 5KXCA 1CIWA 1VLNA 2RQ9A 3O44A 2DVBA 2EXKA 2A3YA 1ISVA 3OYWB 4P0KA 4YFZA 3IIRA 5DZFA 3VUOA 4YGDA 1XHBA 2WRYA 5CNAA 3AJ6A 3FUQA 1G9BA 1FMMS 1UZYA 4FGFA 1N47A 2A6WA 3QLQA 1KDMA 4I4RA 3O4AA 2ZGTA 3ATGA 3BOPA 4UW5A 1N3PA 5EYXA 5DSSB 1DQ0A 4PBOA 2E51A 1ABRB 3OY8A 1G9AA 5FZYA 4QD2C 1Z0HA 1LJ7A 5E8AA 4FPCA 2A97A 2PHTA 3M2MA 2DRZA 4J1LA 1GYKA 4ZOTA 3N7LA 3PG0A 4YOLA 2DU0A 4YLZA 3AKGA 3O5WB 3WLUA 3T8SA 3O0VA 1T9FA 4P0LA 2GMPA 2WJSA 1Y7BA 3VV1A 2KM2A 1CJPA 3ENRA 4X39A 1EV2A 2GNTA 3ZXKA 3O4CA 4OUJA 2A3WA 1Q8QA 3OJMA 4EFRA 3CA6A 1N1SA 3T1LA 8I1BA 5DG1A 3BRDA 4R9CA 1BASA 2DYCA 1V6KA 3POSA 4YFWA 1ULDA 4DEPA 2Z42A 5EHAA 3BONA 3CQAA 5EG6C 1ULFA 1LGNA 1J0SA 5E89A 3ZYRA 1PZ7A 2P3KA 1DZQA 1U0AA 1UN1A 2AENA 1BARA 1RY7A 2MC2A 4YW3A 1JT3A 2D44A 4UW6A 1SR4C 1GBGA 1QF3A 3AP9A 2A6YA 4NOTA 2NTDA 1OFSA 3B00A 3APBA 2JD4A 4SLIA 1YVGA 3DEBA 3H6RA 5T55A 4XILA 5T5OA 2PHWA 4DS0A 2OW4A 2D7FA 3IKWA 3N7JA 1XTFA 3ZYPA 2FFUA 3D3XA 2K8RA 5LK5A 3N7MA 4G6JA 4I4PA 3RQ0A 4Q9PA 3W58A 5JMCA 1C4RA 1V6IA 4ASMB 5GAQA 2DURA 1MVQA 3POWA 4YGBA 2BFHA 2NVHA 3JU9A 3WHUA 1CE7B 4I8MA 4FPEA 1DQOA 2DVFA 4Y26A 1W0OA 2NYYA 3ILNA 3OJVA 4QKSA 3RMXA 1XG6A 2PHXA 2CNAA 2PHRA 3VKNA 2H0BA 2Q9XA 2ISHA 1TEIA 4D0ZA 1BXHA 5T50A 1Q03A 3UJ0A 3QYDA 3WO2A 5DZGA 2AR6A 5DZUA 2D20A 2ZGKA 3LLPA 3PHZA 3NWKA 3FIEA 2A75A 4UW4A 1TP0A 3WO4A 2GALA 3ILFA 3TAYA 2NP0A 1ENSA 1J1TA 3BAOA 1RMLA 1LULA 4I37A 2ZABA 1G82A 4M3CB 3PJQA 2D22A 4M3CF 5GZGA 3QCWA 3WHTA 4L8QA 5BOWA 1AVAC 2G7PA 2VSEA 1JQZA 2EXHA 3RRDA 4IY9A 4XJAA 3OGFA 3CAHA 3BA7A 4OEFA 3A07A 4FPYA 1WBCA 4Q9GA 3OBTA 3BWIA 1BLAA 2C9AA 3K1XA 1LHNA 2R1BA 1KRIA 3HN1A 3BAGA 2W39A 1GKBA 1ULEA 4YM3A 4G6MA 3BIWE 1SCSA 3AH2A 1IKPA 1HCDA 3O12A 1AVXB 4LO2C 4ISQA 3HR9A 1Q56A 1LESA 2ZMKA 4DFSA 4P14A 4PQ9A 4Y1XA 3IAGC 3AK0A 3SH5A 5CB7A 4FP2A 1DQ2A 3UL2A 3M3EA 1SLCA 4I96A 4EKXB 1FX5A 2Y9FA 1CR7A 2ZGQA 1FMZA 3BAQA 3K3QB 4XTPA 3JUTA 3WMVA 3NJ5A 2D6MA 2C5DA 3ASIA 1V6OA 1TWMA 1D2SA 1HQLA 4YM2A 1VAMA 4FOYA 1QGLA 2UWAA 1JUIA 1RG8A 1CPNA 3D5OA 3QW5A 1XQNA 2UURA 4UW3A 3V0BA 3MW3A 3MALA 1LOBA 1JOJA 3ZC8A 1F82A 5EXOA 4Z8SB 3AZVA 4MYEA 5JOXA 2ZQNA 2CL2A 4U36A 4W65A 1N3QA 3A23A 1MS9A 5GJ6A 5JOYA 1F31A 4XKIA 1FWVA 3OPZA 4BQ1A 1JT7A 4I0YA 4Y20A 4LO7C 2AFGA 4AYUA 5FREA 1JT5A 1LHUA 1W0PA 1G9FA 1KJLA 4FQ4A 1JHNA 1JLXA 4KC3A 3TC2A 1C1FA 4Y22A 1WD3A 3LSDA 3ZXDA 2B7YA 2GMMA 4J2KA 3CA0A 5T5PA 4JKQA 1GLHA 3VKMA 1LECA 2R1DA 3QIYA 3AYEA 1CQ9A 4HA2A 3ZX7A 2VW0A 2P2KA 1W6PA 4RA0A 5IK8A 1DFCA 2YV8A 4L4IA 4IZXA 2GO2A 4AVTA 4LO1A 1WCSA 5BQUA 4BMEA 4X38A 2Y9WC 4KS6A 2ETFA 1QKQA 5H9SA 2HWAA 3AZYA 5I1BA 4KEJA 3IPVA 3AXDA 1WLCA 2WKKA 1VCLA 5GM0A 2ARBA 2W52A 3WUCA 3N0KA 4I4VA 1MS3A 4YW2A 4P9YA 3AZWA 4LBQB 1LHOA 1I1EA 3SNVA 2J3PA 3AXEA 2VU9A 2XHLA 3KM5A 1H30A 4DQAA 31BIA 4GP0A 2ILPA 3INAA 5F9TA 2ZR1B 1B09A 1Q1UA 1Z2VA 3ZXGA 4AVSA 1V6VA 2YXSA 3V64A 2ENRA 3O3QA 1BQPA 3RS6A 5CBLA 2CTVA 1IS5A 3QR5A 1ZA4A 1ENRA 5EWSA 5KXBA 1PC8B 4FPHA 5BXSA 1AJKA 3WINC 1UKGA 4TZDA 2IMCA 4I4YA 4KBBA 4USOA 3T2TA 3CU1B 1A8DA 3M1HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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