1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
2ISGA 2JDZA 1LHVA 1IILA 5CNAA 4JKQA 4CJMA 4XTMA 1HWNB 1WW6A 2A8AA 1BARA 2FPQA 4J2XA 2BQPA 5H9PA 2D1ZA 2AENA 4DCKC 1DYPA 3BRGC 2EF6A 1HWPB 3O4BA 2ZACA 2GN3A 1CVSA 4IZEA 3O0WA 1Y7BA 4XOGA 1RG8A 1QOTA 4Z9WB 3ZC8A 3N0KA 5FZYA 2CYFA 3VEQA 3FJHA 2EIGA 1OQ1A 3OYWA 4ZXKA 2CL2A 4WV8A 3WVJA 1S0EA 3O4OA 2GNBA 41BIA 4G6JA 4LO7C 1JW6A 3RRDA 4YW4A 1DQ5A 2EXJA 1V6WA 1D0HA 1II4A 1CPMA 1SLLA 1DQ0A 1VALA 1CE7B 2CWMA 4LO8B 3PJQA 2E51A 1VCLA 4D0TA 4XTPA 2TEPA 2WSVA 4GAIA 2WT2A 4YM2A 5F90A 2D6PA 4KUFA 1TOOA 4AN6A 3UD9A 1AJKA 2F8XC 1JN2P 4OEFA 2R0FA 5T55A 4DFSA 3CRGA 1BA7A 4LBJA 3QW7A 1GZ9A 3OBTA 3VSZA 1ONAA 3HSMA 3QIXA 4ENDA 3ZXGA 2OUJA 4XBQA 4WZFA 1X50A 1Q8OA 3OYWB 1SLAA 4X39A 4WBCA 2VXRA 2ZHMA 1T4QA 2D6LX 1XQNA 1BFCA 3DSEA 4QC4A 2XOAA 3VKNA 4G9MA 1G8WA 3N7LA 1W3FA 4TYSA 3ZUQA 3W9TA 2DWRA 5EWSA 4Q8KA 3OJ2A 4R6UB 3BAVA 4I96A 3AH4A 4QKRA 4LO2A 1V6IA 3WG1A 1BFGA 1JUIA 1Z78A 3FUOA 1FATA 1W3AA 1Q1UA 2IHOA 4AWDA 1ABRB 4XIKA 4Q9PA 2DVAA 1ZM1A 31BIA 1ISXA 1CIWA 3VWCA 3C9ZA 2R49A 3QW8A 3C8BA 3VKOA 1JLXA 3UD7A 2DUQA 4UW4A 1D2SA 2K4AB 5CAZA 4EJ5A 4GAFA 4HA2A 2VW0A 1V6UA 2JKBA 5G00A 1LOGA 1O4ZA 1YIFA 1ZKWA 4G9NA 3AZWA 3LCPA 2IWTB 4USOA 4I4UA 3A07A 3FJDA 4MYEA 2A6YA 1KRIA 4H9WA 4EB2B 1W6OA 2XHLB 1Q8QA 3SH5A 5AVAA 1HWOB 3FUQA 3MALA 1IS6A 3BAOA 2AYHA 1VLNA 1PZZA 5FRAA 4XMAA 4P0LA 4IONA 3ILAA 4LO3A 3T1MA 4FPCA 4J2YA 2NYYA 5BXTA 3M2MA 2LTNA 1TTUA 3SISA 3N7JA 4AGRA 4EEEB 1Q8PA 5DUYA 4XFSA 3AFKA 4I4QA 3Q7YA 3D3XA 1AX0A 1I1EA 2GNDA 2AR6A 1T3CA 3V64A 3WDUA 4P9WA 1TP0A 2A97A 5BVPI 1SLCA 2HW9A 3FJJA 1QF3A 3WHTA 3N3HA 4PQ9A 3H0OA 2UWCA 5T5PA 4P14A 3UL2A 1G9AA 5H9SA 2Z49A 4OEEA 1LENA 3GNEA 3ILFA 3IMNA 2FGFA 1HCEA 3AXEA 3TAYA 1WW5A 3ZURA 1IS5A 4Q1PA 1WBAA 1RIRA 1CN1A 4AVTA 4JRAA 4OW4A 5EYXA 3BAUA 4BLJA 3UDAA 5E8AA 3AP5A 1N4KA 3O3QA 1BKZA 1MD6A 1GBGA 2ZGLA 1MS4A 3O4AA 1SR4A 1LEDA 1MR5A 1WBCA 3R4SA 4R9CA 5DUWA 1XZZA 1GZWA 3FJ8A 5GM0A 1TFMB 4IY9A 5JDBA 1FAYA 1H9WA 3M3CA 1AVUA 3T2TA 1DIWA 1DQOA 2VLCA 2VW2A 1FGAA 3DUIA 4SLIA 1JY0A 2YROA 2F2FA 1LOBA 4GA9A 4EFPA 1UN1A 4Y1UA 1OKQA 3LSEA 2GNTA 5GJ6A 1AVXB 5CBLA 3WDWA 2SBAA 4XFTA 3WMUA 1BFFA 3PVNA 3FJAA 2A6VA 1R1ZA 5IK8A 1V6VA 2ESUA 2WJSA 2ZBJA 1Z0HA 4ASMB 4UW5A 1UPSA 5BQNA 3BAQA 2NMNA 3VKMA 2AAIB 6I1BA 3PVOA 4P9YA 4R9DA 2P37A 4DEPA 4DS0A 2UUSA 2WSUA 2E7QA 4LO2C 1YTOA 4GP3A 1WLWA 1QDCA 5DZFA 2X2SA 4YZ2A 3ZSLA 1FNYA 4XJZA 4XILA 3NV4A 2ZGKA 1ZN3A 1GZWB 2DVBA 4KS6A 4I2SA 2ZKNA 3L2YA 2R16A 3WUDA 3BAHA 2A75A 2FFUA 5H9RA 1DHKB 5KXCA 2AFGA 1TEIA 4WVVA 4K20A 2OW4A 4OWJA 2ZQOA 1AZDA 2NVHA 2W39A 1C57A 4YM3A 5DG2A 3VUOA 5EXOA 3OJMA 1A78A 2A6ZA 3ZSJA 3PG0A 2AH2A 2JE7A 1LU2A 4OWKA 5HCFA 1W0OA 1S0FA 2GMPA 2P3IA 4M00A 4BMEA 1BJQA 1KITA 2DTYA 4YGBA 1B09A 3BOOA 2A3YA 1RINA 4IHZA 4LO3C 3WMVA 1MS5A 4I1BA 4F34A 1V6OA 1GZCA 4NO4A 1N3QA 3LTQA 1LGNA 1FQ9A 4A7YA 5BXRA 4C1WA 1NZKA 5SV8A 3NV3A 1ZA4A 2MLLB 2YV8A 5GZGA 3ZXJA 1LOAA 1XTFA 3LSDA 3U4XA 1ZL6A 1DZQA 3BODA 3APBA 3BONA 2ILPA 1W3GA 1M2TB 1QNYA 4FOYA 4YM0A 4X3AA 1IS4A 2EALA 3DGTA 2P2KA 1NLSA 2ZGMA 1MZ6A 2A7AA 4HJJA 1IKQA 8I1BA 4AVSA 1W6PB 3AX4A 3BIWE 4DPNA 2ZGUA 2D3RA 4CTEA 4GWNA 5JOXA 1NXD1 4NOTA 2ZA9A 1E1HA 3ZYPA 3SH3A 1UKGA 1UZZA 1DBNA 1R8OA 1WW7A 3ZVXA 1KDMA 4LO1A 3FBYA 5KXBA 2EXHA 1MS8A 3H6SE 3CU1B 4KTXA 2WT1A 4EFQA 4YM1A 1JXNA 1PUMB 3RMXA 1EPWA 4ZFYB 2BEBA 1JT4A 1BZWA 1MS9A 5T54A 3P6JA 2CWSA 1N1SA 1SR4C 2OVUA 2GMMA 1KNMA 2Q9XA 1NUNA 3RG0A 1BQPA 4PC4A 3NBCA 4XDQA 2I2SA 2MC2A 2Y9WC 3CA3A 1GGPB 3HALA 3B9CA 1P63A 4I4OA 3M3OA 2A5ZA 1N3OA 3ZXKA 1F9KA 4YZ4A 5IUQA 3UJ0A 3O49A 2LIEA 4AGGA 1QQLA 2F2FC 3POSA 4J2KA 2DU0A 1BASA 2DRYA 1DZCA 1I3HA 1SLIA 4LBMA 4AGVA 4Q9GA 2A3XA 2DRZA 1DLLA 4QD2B 4A7ZA 4R9AA 1BLDA 5T52A 1APNA 3TC2A 4LBOA 2R0HA 1DFQA 5DZGA 1EVTA 2ZMLA 5BYNA 4I4XA 2ZHNA 2DVGA 2GALA 3A4UA 4Z8SB 4YG6A 3C89A 4YGDA 2RSTA 4HEVA 4ZFWB 3QW6A 3NBEA 1JBCA 3ILRA 3ZC9A 5GLWA 4XYXA 3SLIA 3FJBA 1LHUA 4FVVA 3C8AA 1AX1A 5DZUA 2DVFA 4KEIA 3QIYA 3O12A 1AX2A 3BA4A 2X2TA 1ZL5A 2D43A 1MACA 4XBLA 3NBNA 3K1XA 3ZPYA 2NMOA 2HWAA 4FQZA 3T8SA 1FWVA 1MC9A 3ZXFA 2D7RA 4HR6C 2ENRA 1EYLA 1LOEA 1RZOB 3FJ9A 4D69A 4BQ1A 3WHUA 1S0DA 1SLTA 1TWMA 3A0NA 4PCRA 1V6MA 3ZX7A 1QNWA 1DQ1A 3IM7A 3R4UA 1G82A 2ZMKA 4M01A 1CVNA 3AZVA 4IZXA 3AZXA 3MPPG 3WDYA 4YOLA 3IAGC 3RMYA 4G6MA 2CY6A 2Y9GA 3IM5A 1LESA 4YG0A 3ZXLA 4TLPA 1UX6A 3MW2A 1AXZA 2E6VA 1V6JA 5F9TA 4IQPA 3JUTA 4ITCA 4YZ3A 3QJ0A 5BQMA 1YF8B 3ASIA 5T5LA 2YZ4A 4K1ZA 1LGCA 3NBDA 1C1LA 2W68A 1Q8SA 4I4RA 2NN8A 2IMAA 1KDKA 3D6EA 1RMLA 3N36A 2VW1A 3QCWA 4OZXA 1SCRA 1G7YA 5D63A 1WCSA 1G86A 4J23B 3MW4A 1N47A 1QOOA 4LBLA 1Z2VA 4BLIA 1VAMA 4RA0A 2QN4A 2L5XA 3WO2A 3ZXDA 2VSAA 3OGGA 2J3PA 2E4MA 3FIIA 2UWBA 1DYKA 2DTWA 4XHXA 2K8RA 1LHWA 1JOJA 2ZGNA 4QD2C 5F8WA 3S8KA 4PBOA 2D20A 1CPNA 1AVWB 2WQZC 2YUGA 4LO1C 1S0IA 1PC8B 2D44A 2YMZA 4DRVA 2ZHLA 1BFBA 9ILBA 1QQKA 2ETFA 4I4SA 5I1BA 4FOWA 4I3NA 4XJ9A 3A21A 5DUUA 2PHTA 3AYDA 3JRRA 3BWIA 1GLHA 1MVQA 1N3PA 3N7MA 1BXHA 1W6MA 2FHRA 3CRHA 3CA4A 4JC1A 2WRYA 1XYFA 2B7YA 3KM5A 1HKNA 3S8JA 4CZSA 4OWLA 3ZYRA 3R05A 4I8MA 3WNXA 4JAWA 4FP2A 4K21A 1S1AA 5JOWA 2AQZA 4FOVA 3SITA 3V79C 1LHNA 5L73A 1LHOA 1EV2A 1ULFA 2ZGQA 2AGSA 2HWMA 3A22A 1AJOA 4ZBVB 1BLAA 3DDBA 3BRFA 4LBQA 2JE9A 3RTIB 1W6OB 1HDKA 3E8LC 2NM1A 4YFWA 2G7NA 3I8TA 1WLCA 1DFCA 2D3SA 1LU1A 2A70A 4OUJA 1SZ6B 3M1HA 1DZDA 5GLUA 4X38A 4XFUA 1W0PA 5BOWA 4KEKA 2W2DA 1LOFA 2R9KB 1AVBA 1W6QA 2Q3NB 1SFYA 1ONKB 4Y20A 3WOGA 1W6MB 5F5QA 1ULEA 4XJUA 1ENQA 4YGEA 2MIBA 2D7FA 1HIBA 1K5UA 4AYUA 1FV3A 1CONA 2P3JA 1V6XA 1GSLA 3AH1A 2D22A 1V6LA 3USUA 4FPEA 4X37A 2PHWA 4Y1VA 1FN0A 3I2AA 1SLBA 1DQGA 3PMEA 1JT3A 1W6NA 1ISWA 3IM6A 4EKXB 2BEAA 4W65A 3OBRA 1YO8A 1FV2A 1FMMS 2ET2A 4A7KA 2EXIA 3VV1A 1JLYA 3FGMA 3UJOA 3N35A 2WLQA 3JU9A 3HBWA 3UJ4A 2G7QA 1GANA 3BX1C 3CRIA 1WUVA 4AN7B 1MS0A 5H9QA 5IT6A 1IKPA 4YZ1A 3GALA 3IPVA 5T50A 1Q04A 1SBDA 3M3EA 1W6QB 2ZGOA 2AREA 4Y20B 3O5SA 1KJLA 2AUYA 4Y1ZA 1TWEA 2G7KA 1MVEA 2W08A 3F1RA 2D6KA 3DDAA 2P34A 2SLIA 3AP4A 3IKWA 3OJBA 2RHPA 3Q7WA 3DS9A 3USUB 3WG3A 3I4IA 4RL7A 4I37A 4GOVA 2VUAA 2E7TA 1YXWA 2ISEA 3BB2A 1WLDA 1MZ5A 2C5DA 5BQUA 4FOQA 1W6NB 1JYCA 2PELA 4USPA 3POKA 5DZEA 2GDFA 1ISYA 1IS3A 4ISQA 3QIZA 1AFCA 4EL4A 3VKFC 3A23A 3UK9A 2E4MC 2D7IA 3ILNA 2ZHKA 1S0JA 1LCLA 1CJPA 7I1BA 2PHUA 2VH9A 1QMJA 1ZB7A 2KI4A 5BXPA 5HCBA 5F8YA 3IPVB 3FJEA 1TIEA 1ULDA 4XHBA 1S0CA 5E89A 4LBNA 4K1YA 1CESA 3H6RA 2IMCA 4ATEA 3AZYA 3RS6A 1T3AA 5GLZA 4XZPA 3OJVA 1I1BA 2P3KA 1IOBA 2QYIB 4XMIA 1QXMA 2G4IA 3SH4A 2JD4A 4FPGA 4AVVA 2RG9B 1FNZA 4FPFA 3UJQA 3B9UA 3UD8A 3NF3A 1GYKA 4U36A 2HYKA 3WLUA 2YY1A 4FQ4A 4Y1XA 4JPZA 5CA6A 2ARXA 3CA0A 2GMEA 4L8QA 4XE9A 5DXDA 2DUOA 4ATFA 4I4YA 3D4KA 2XG3A 2ZZJA 4F83A 1HCDA 1J1TA 1WBFA 4CRQA 1Q03A 2KLLA 1E0OA 4ZA3B 5F8SA 2UURA 4LBQD 1CQ9A 2E53A 1QGLA 3H6RB 4M3CA 3WUCA 1QOSA 3WA1A 2P39A 2AXMA 1FYUA 5FREA 3AJ5A 1LOFC 4QO3A 3TB0A 4GKYA 4YGCA 5EG6C 1LJ7A 1SACA 4G1RA 5E88A 1N1YA 2GN7A 4XJ8A 2FO1A 1ULCA 4FPLA 2UWAA 1N1VA 2FDBM 1PZ7A 4UW6A 3MW3A 4HL0A 1S0LA 3O4CA 3B3QE 2DREA 2KI6B 4GP0A 2LIQA 1ENSA 1VIWB 5BXSA 4JP0A 1OFSA 4ZFUB 3OGFA 3OY8A 3O0XA 3AP6A 5GZEA 1T9FA 3N7KA 4XXAA 1YYNA 3RQ0A 3WCRA 4P0JA 4QBCA 4KC3A 2A3WA 5JOZA 2RQ9A 3JUUA 1FX5A 2DURA 2VXTI 1YVGA 1UMZA 5JOYA 1FMZA 1AXYA 3SNVA 4J1LA 4C1XA 1DJSB 1G9BA 2QN0A 2D23A 2NTDA 5IK5A 1DQ2A 2PHFA 3T1LA 4M3CB 3VT2A 2OUHA 3QW5A 3WO4A 2Z48A 4H04A 4M3CE 2DV9A 2ES3A 1ITBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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