1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Toxin
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
2V5YA 4YZ5A 3TB0A 2WRYA 5EYXA 2RHPA 4ATEA 3SNVA 4OUJA 1MS4A 4WV8A 3WO3A 3N3HA 3UK9A 3VKLA 4XJWA 4A7KA 3IM0A 4XHXA 1B09A 3R4UA 5H9SA 4ASMB 1IHKA 2P39A 3V0AA 4ITCA 2E51A 1LGNA 1QKQA 1ENRA 2CNAA 4D0TA 3BAQA 3CU1B 4X3AA 4EL4A 1JQZA 1JOJA 1W6QA 2YY1A 2WLQA 2GALA 4QALA 1ISZA 3MW4A 4ZGRB 3UD7A 3ILAA 3FJHA 3I29B 2ZMKA 1N1VA 3OJVA 4Q9PA 3RMXA 5EC5A 2DU0A 2D6PA 4ISQA 2P3JA 2DVGA 2CTVA 3NJ5A 3LCPA 1D2SA 2R0FA 3LLPA 5EWSA 3BAGA 2W08A 2ZACA 5LK5A 2GN3A 2P3IA 1QDOA 1GV9A 4YM0A 1TIEA 1CN1A 2XHLB 4OW4A 1IRAX 1ZA4A 3FLPA 31BIA 3WO2A 1W6PB 6I1BA 1HKDA 3USUA 1W6NB 3S8KA 4G1RA 2GO2A 3WUDA 3P6JA 1FMZA 4Q91A 1ILR1 2D20A 1SLTA 1G9BA 3R05A 1MZ6A 2EAKA 3AP4A 3IM7A 2VXRA 5HPZA 2QN4A 3BTAA 4M3CA 1AVUA 4I4UA 3FFZA 3AX4A 3WLUA 3OJ2A 4FOYA 1XZZA 1DHKB 2YXSA 2OUJA 3ZSMA 1W3FA 1GNHA 5KXBA 4FGFA 5GZGA 1Q8VA 4I4YA 1VAVA 1EPWA 3FJCA 1RG8A 3SITA 4H9WA 3MW2A 5GLVA 3K1XA 3M1HA 3FJJA 2JE9A 3N7LA 1T3AA 1HQLA 5FZUA 3LSDA 4Y26A 4YLZA 1F9KA 1P63A 3O4BA 4P0KA 2FFVA 5CNAA 2ZBJA 5DZFA 1UPSA 1Z4SA 3NV1A 1Q03A 1DBNA 1IS5A 4K1YA 1YIFA 2WJSA 4FPYA 4YG3A 1DZCA 3BODA 4OEEA 3O4AA 4GAFA 4YG0A 1A78A 5T5LA 3JUUA 4A7ZA 1V6XA 3WV6A 1CVSA 5IK5A 3V79C 1JHNA 3IM6A 5H9RA 5L73A 2UWAA 3KMVA 4SLIA 4EEEB 1SLLA 1G86A 1II4A 4G9NA 3AJ6A 2HWMA 4XJUA 1BA7A 1WD4A 4Q9GA 2GNTA 1M2TB 2FHRA 2WSUA 3VUOA 1JLXA 1AX2A 2QN0A 2NMNA 1ENQA 4AGRA 1DLLA 4OZXA 2NN8A 1JTCA 4PBOA 1AJKA 1AVXB 8I1BA 1YTOA 3FBYA 2PELA 1LU1A 1DQ2A 3DEBA 2XB6C 3NF3A 1VIWB 1TTUA 1LOGA 3USUB 4IQPA 5FZZA 4XBNA 4FOVA 3HBWA 2AXMA 2OUHA 3AJYA 3UJQA 4C1XA 1IS3A 4Q2FA 1JBCA 3FGMA 4Y1ZA 4D69A 3AKGA 3FJAA 3AZVA 3LTQA 5EHAA 5JOWA 1NXD1 1WBLA 4FQ4A 2CWSA 4ZKTB 2E6VA 2EXIA 3ZXJA 1IRPA 3QR5A 2ZHNA 1LCLA 1QQLA 2A3XA 2G7QA 1ONAA 3OJMA 2AR6A 2X2TA 1HLCA 5FNWA 2ZR1B 4YM3A 3AKHA 2ZGSA 2ZGKA 3I2XA 4Y20A 4XOGA 4U36A 5HCBA 2VU9A 3ZYPA 4FPLA 4Y1XA 4Y1VA 1N1YA 1JYCA 4I37A 4I4QA 3KM5A 3M3CA 3VWCA 2V73A 4XZPA 2A6VA 1LODA 2ZGLA 3WINA 1LGCA 4JP0A 5IT6A 2AUYA 1HWOB 3UD9A 1I3HA 3WCSA 2WQZC 2Q5TA 1UZYA 3PVNA 5F90A 5E88A 3WDUA 2ZQOA 1X50A 1MS3A 1JT4A 1ISYA 1ITBA 1GYKA 2R49A 1SZ6B 2MIBA 3HOMA 1SBFA 4GWNA 2FPQA 2D3PA 1N3QA 2QYIB 1IJTA 3O12A 4LO7C 3H0OA 2D3RA 1Q8QA 4I1EA 4Y22B 1DZDA 1SCRA 5T54A 2NVHA 1N4KA 1PUUB 4ZA3B 5BQUA 1HWPB 1YVGA 2JJ6A 3OBTA 4Q27A 4ZLBB 4M00A 2E4MA 2UURA 3UJOA 5T5JA 5JOZA 4CRQA 2R16A 2D6MA 3TAYA 4K20A 1VALA 3MPPG 3AYDA 1CPNA 2HWAA 1V6KA 1BFBA 3AP5A 2ZGRA 1NLSA 1ZKWA 4L8QA 2AREA 4Y1YA 5BXRA 2P34A 3I8TA 3C9ZA 3PG0A 3BADA 1J0SA 3UJ4A 1KJLA 1MZ5A 1J1TA 3AXEA 3WINC 1IT0A 2KI6B 4II0A 4AVTA 5EYYA 2G4IA 1TFMB 2Q3NB 1Q8PA 5GJ6A 1ZL6A 2D7IA 3BOOA 2PHRA 2OVUA 4I4VA 3BB2A 5T50A 1Z2VA 2Y9GA 1SLBA 1PC8B 1Q1UA 3LSEA 5SV8A 3POSA 3WHUA 4G9MA 2DVDA 1JY0A 2E7TA 4I6IA 2ZGPA 3AYEA 1V6VA 1A3KA 2ENRA 1R8NA 3VSFA 1Y7BA 2XHLA 4L4HA 5BQUC 4YGBA 4OWLA 2P37A 5H9PA 5GLWA 3AP6A 3ZXEA 4F34A 1W6NA 3M3OA 2E4MC 3O5WB 3CA4A 5BXTA 4ZFYB 5EG6C 2KM2A 3ZXGA 3WNXA 2P2KA 4FP3A 4WZFA 2NTDA 4P0LA 3BONA 2Z49A 1QQKA 1KNMA 4ZJXA 3ZSJA 5IK4A 1WUVA 5G00A 5GM0A 4J2YA 1EV2A 1Q8SA 1BYHA 1WD3A 2HYKA 3CA1A 1UMZA 3ZVXA 4USPA 2ZGQA 3VKNA 1JYIA 3P6IA 3AZXA 3O4DA 3H6QA 4FPEA 1DZQA 3SH3A 4HJJA 3ASIA 3OPZA 4M01A 1YXWA 5I1BA 1WW7A 3AYAA 3HN1A 2A70A 3AP9A 3TC2A 4GOVA 2BFHA 4UW4A 1WCSA 4LBKA 1AX0A 2VH9A 2G7KA 1AXKA 2D22A 3RTIB 3ATGA 1OQLB 3RG0A 2K8RA 2ISEA 4I1BA 4TZDA 1W0OA 1FGAA 2ZZJA 1LOBA 4R6UB 2I1BA 1G7YA 5GZEA 2D43A 1LHUA 1S0BA 2EXHA 5FREA 4FPOB 2D6LX 5FZYA 2A6ZA 1YI7A 4QBVA 4R9AA 1S0LA 4Q8LA 4C1WA 3HALA 1HIBA 4DS0A 4J1LA 4YGDA 2W52A 1R1ZA 3WA1A 2AGSA 1DQ5A 4LO1A 2WT1A 1JUIA 3O49A 2R1DA 1SBEA 4KC3A 5D62A 3FLRA 2GNMA 4HR6C 1V6UA 1YYNA 1SACA 4HANA 2AH2A 2D1ZA 4XFTA 4XIOA 1GZ9A 1ABRB 2Z42A 1IS4A 2EALA 2D6NA 2JKBA 1H30A 1SLAA 4UW3A 3CAHA 3M2MA 4OWKA 4JKXB 5BOWA 4EFPA 1ULEA 1QMJA 2SBAA 2HZ9A 1GSLA 4P0JA 2WNEA 2R1BA 4I8MA 1WLWA 3WG1A 3RQ0A 2E53A 4YW1A 4KS6A 5T5OA 4XILA 3NV3A 3BAVA 1AFCA 2A5ZA 1BFCA 3BAOA 1WW5A 3BAUA 5CA6A 4XTPA 3MW3A 3IM5A 1RINA 1AVAC 3OGFA 3B01A 3CNAA 1NUNA 2VY0A 4DFSA 1DFCA 4H55A 5GLUA 2GMPA 3R4SA 1DYPA 5FNXA 2F2FA 4J2SA 3H6RA 5BQMB 5DG2A 3IAGC 2LIEA 2ZGOA 1FMMS 3WUCA 1KDMA 3ZSKA 2J3PA 3VKFC 3PVOA 3RS6A 2CL2A 1E0OA 1V6LA 3VT1A 1GZWB 3A07A 4NOTA 3INAA 4DQAA 2ZMNA 3F1RA 1AXMA 3AXDA 1RY7A 1ONKB 4FPGA 4XTMA 4H04A 2NP0A 4LO1C 4XJ9A 1FV3A 3BRFA 3V64A 3PHZA 1A8DA 1HKNA 1YRZA 5DUVA 5D63A 3AH2A 4D8HA 2D44A 1UKGA 5HCAA 1W6OB 1BQPA 3A4UA 3C8BA 3N7MA 3UL2A 4BLJA 2GMEA 4I4XA 4ZXKA 3ZUQA 1G9DA 2DU1A 5GZDA 1GANA 2ERFA 4G6MA 4QC4A 3ZXKA 3IPVB 2DREA 4Y22A 1GNZA 5T5PA 4IHZA 4XDQA 4GKXA 1HWMB 1CONA 3BRGC 3Q7WA 4HA2A 4GWMA 4CJMA 1PZ7A 2IHOA 1G9FA 3AH4A 1VLNA 1HCDA 3ZSLA 2ISGA 4YW4A 3BX1C 2IMAA 4ELCA 1F82A 1XQNA 2PHUA 1AVWB 3V0BA 3N36A 3NWKA 2JE7A 2VLCA 3S8JA 1S0EA 3QLQA 5DUUA 2F2FC 2HW9A 1I1BA 5JOYA 4YW2A 2D7FA 5KXCA 3WVJA 2DVAA 3RSJA 4P9XA 2ZHKA 3GALA 2PHTA 3PUBA 2Y9FA 2LIQA 3FJKA 4IONA 1D0HA 3BWIA 3MALA 9ILBA 2D6OX 4YG6A 1Z0HA 3FUOA 3O4OA 1QOSA 1XTFA 3VT0A 4YW5A 5F8YA 5DSSB 4GA9A 3QCWA 3FJEA 5GZCA 1FV2A 3FJIA 1LU2A 2DTWA 2D7RA 1CQ9A 1C1LA 3O0XA 1KDKA 1UZZA 4YZ3A 5E8AA 2PHWA 3F62B 2NZ9A 1N1SA 1LTEA 1AX1A 3DDAA 2VSAA 3BA4A 1BKZA 1LULA 1QOOA 5DVHA 3W58A 2D23A 2ZAAA 3OBRA 1GGPB 3ZUSA 2E7QA 3H6RB 2DVBA 3L2YA 4NO4A 3MEPA 4YFWA 3P53A 2DUQA 4XHBA 1MVQA 5GALA 1SCSA 4JRAA 4YZ1A 2KI4A 4LO8B 4FPCA 5KXEA 3IIRA 2ETFA 1LOAA 1LJ7A 5DUWA 2AENA 3DGTA 1WLDA 3AKFA 3KQRA 3QW8A 4LO0A 3Q7YA 4I7IA 3O44A 3IN9A 2DUPA 1IOBA 1HWNB 2G7NA 1ENSA 4GKYA 3DSEA 3FUQA 1HCEA 1G82A 4AN6A 1HQWA 2TEPA 2DRYA 3AH1A 2RSTA 3PJQA 3T1MA 3E8LC 3ENRA 5BXPA 2GDFA 3AYCA 4XFSA 3VKMA 4WBCA 3A21A 3QIXA 5JDBA 1EYLA 3FIIA 3ZPYA 4AVVA 1T9FA 2Y9XE 1KQRA 2GN7A 4BMBA 3DUIA 3NBEA 2DRZA 4Z8BA 3CRHA 2UUSA 2GNDA 2PHXA 5IK7A 1QNYA 2I2SA 5GLZA 4F83A 4FPJA 4GXLA 1JN2P 3AZZA 1CR7A 4XKIA 1T4QA 5GZFA 1LHOA 3V0BB 3NBDA 2R9KB 1F5FA 2ZABA 3SNMA 1C1FA 2ZA9A 4FVVA 2WSVA 4FPFA 1V6IA 4BLIA 2ZKNA 2RQ9A 2JD4A 3QYDA 4YM2A 1V6MA 2K4AB 1CIWA 4J2XA 1JT7A 3ZC8A 2Z48A 1URXA 5JMCA 3DDBA 3O3QA 3C2UA 1S0DA 3CA6A 1TOOA 4LO0C 4RL7A 2C9AA 4CZSA 4EFQA 1RMLA 5JOXA 2P3KA 1M16A 2KKIA 3RTJB 4HL0A 1W0PA 1S0IA 2XG3A 4CTEA 1DQ6A 4KEKA 1WW6A 1KRIA 3FJBA 4I4RA 4YOLA 1FWVA 1MS5A 4QBCA 4BOWA 1ZKXA 2UWCA 5JVVA 1K5UA 4I4PA 1ISXA 3Q9OA 2ES3A 4DCKC 3HR9A 3A23A 4WVVA 1ZM1A 1LOEA 3AJ5A 3EF2A 2P23A 3JRRA 3POKA 2MC2A 4OWJA 1FNYA 1BLAA 3WMVA 3CA3A 3AP7A 1Q56A 3RMYA 1MS0A 1DQGA 3C89A 4DRRA 1RIRA 1GKBA 1TEIA 1GZCA 3M3QA 1XTGA 1S1AA 4AGGA 4W65A 3T2TA 2DURA 1AJOA 1FX5A 5B2HA 1PWAA 1UX6A 2A8AA 1Z78A 2FFUA 1H9PA 3O5SA 4AVSA 1SLCA 3SLIA 3PVEA 2AYHA 3DS9A 1S0GA 4Y24A 1V6WA 4OEGA 2FO1A 5DZEA 4AN7B 1MD6A 1YF8B 4X39A 1JLYA 4UW5A 1DQ4A 4XIKA 5BQMA 3CQAA 1BLDA 3ZYRA 5F8SA 2WT2A 3D3XA 3WG2A 1JT5A 3QW7A 3ZXLA 4YGCA 1G9CA 3POYA 1GZWA 3CA5A 4P14A 2DWRA 5BVPI 4R9BA 3C8AA 3T8SA 1LESA 3ZXDA 1FN0A 2DV9A 3U4XA 3A0NA 1GICA 1ZN3A 3FLTA 3C88A 4FPKA 1QDCA 3BAHA 3VT2A 1LHNA 3BOKA 3BOPA 1E1HA 4LO3A 4EB2B 2SLIA 5DXDA 1CVNA 4TYSA 1W6OA 2ZHMA 3BRDA 3VKOA 3O0WA 2VSEA 3WCRA 2A75A 1VCLA 3WHTA 3N7JA 2G7PA 4XE9A 3N7KA 5FRAA 3VSZA 3OYWA 3IPVA 4K1ZA 3UD8A 4UW6A 2NMOA 1MR5A 2UU8A 4WVWA 4JC1A 5EXOA 1V6JA 2YZ4A 2WBCA 2B7YA 4AYUA 4M3CE 1RZOB 1AF9A 2X2SA 4I30A 1R8OA 1Q04A 5KXDA 2A7AA 5F5QA 4JQ0A 4XXAA 4OEFA 2YMZA 2VW0A 4QD2C 5CB7A 3AZYA 4I4OA 5BP5A 2CYFA 2ZQNA 1C4RA 21BIA 2ZGUA 5DG1A 3H6SE 1W6MB 4AGVA 2IMBA 4I0YA 2EXKA 3O4CA 1MC9A 1G8WA 3BA5A 4GOYA 4Q1PA 1BXHA 1FNZA 2ZGNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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