1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
2LIEA 3FIEA 1LECA 1HDKA 3QW7A 3PHZA 2PHTA 1AJOA 3K3QB 2P34A 2ISHA 4A7ZA 4XOGA 3BWIA 1MS9A 1IT0A 4YZ1A 1LOFC 3A4UA 3H6QA 3DSEA 3PJQA 3VV1A 2ZHKA 2JDZA 2EF6A 3VSFA 4OWJA 5EYXA 1QQLA 1MS3A 2V5YA 2AUYA 2D6OX 4XJZA 4HA2A 2UUSA 2L5XA 2XB6C 5B2HA 4LBQA 3ZUQA 4IZXA 1SLBA 4M3CF 1Z7HA 1N1TA 4X39A 2A8AA 2D7FA 4CTEA 3UD8A 3AP4A 1KJLA 3ZC8A 3R05A 3FJKA 3POWA 4JC1A 5DSSB 1VAMA 3WUCA 1BFCA 4I6IA 3QW8A 3KMVA 3AK0A 4EFPA 3PVNA 1ISVA 4HJJA 2DU0A 4FPFA 1S0DA 2A6VA 5EHAA 5E8AA 2D22A 4BQ1A 1DBNA 2D6KA 3ZUSA 2I2SA 1DQ5A 4R9BA 3WG2A 3LLPA 3OGFA 4FPHA 4HL0A 4D0ZA 1BZWA 1I1BA 4ATEA 4FOQA 1MC9A 3WDTA 3CA5A 5HCBA 4KC3A 1DQ6A 1S0IA 3OJVA 3VT0A 2D1ZA 5SV8A 3FUQA 1BLAA 3C2UA 3JU9A 3CRHA 4AN7B 3FLPA 3MW2A 3WINC 3BOOA 1VCLA 3ZSKA 4Y20B 3ZXFA 4AVVA 1MZ5A 1CQ9A 5FNXA 3W9TA 4J2KA 4HANA 1ISZA 3ZXEA 1BYHA 2EXIA 3FJAA 2IHOA 1MS5A 5BQUC 1LGNA 3N7MA 1SCRA 3I2XA 1DLLA 2XHLB 2WKKA 3U4XA 5H9SA 1RINA 5IT6A 2VW2A 2NMNA 1ONKB 4TLPA 4WVVA 4Y1YA 1ULEA 2KI4A 1II4A 4EJ5A 1WBFA 4ISQA 3QR5A 4Q8LA 4YG0A 4Q9PA 2FPQA 2P39A 3AP9A 4AGRA 4KEIA 2W52A 3ZYPA 4J2YA 5DXDA 3AH2A 2C9AA 2GNDA 2UWCA 2FMDA 3DUIA 1CVNA 1AVUA 4I4RA 3AYAA 1AX0A 4LBQB 5IK8A 1VIWB 3SH5A 2AREA 3O0XA 1HWOB 3BAOA 1WBCA 2HZ9A 1ENQA 1Z78A 2EXJA 1FATA 3QCWA 3KQRA 1HQLA 3H6RA 3WCSA 1UKGA 2ZABA 4FOYA 3ZURA 5BP5C 4OEGA 2Q5TA 4XFTA 4EB2B 4C1WA 1UN1A 3POYA 3TAYA 1ZL6A 1AX2A 1LCLA 4LBMA 4XJ8A 3Q7XA 5GAQA 1AVXB 4K1YA 3B01A 3NWKA 1VLNA 1W3AA 1ZL5A 1GSLA 2QN4A 1GANA 1KJRA 1AVWB 1KQRA 2VXTI 3RRDA 1LESA 1HWPB 4G1RA 3ZC9A 4U2AA 2VSAA 2OVUA 1BFBA 4XXAA 3AJ5A 1T3CA 3P53A 3PUBA 4Q1PA 3AKGA 3V64A 3AZVA 4YGCA 1K5VA 2ZGQA 3WLUA 2FFVA 2VLCA 4QC4A 1ZKXA 1YRZA 3N0KA 1Q04A 2CNAA 2WLQA 3LCPA 3HOMA 4QALA 1T4QA 2D6NA 4Q91A 1CESA 3HALA 2D6LX 2GNTA 4AWDA 2CWMA 4Y1ZA 1DQ2A 1IRPA 1Z4SA 2DRYA 3POKA 3B69A 3Q9OA 3VKLA 4XJUA 1Q56A 1YF8B 1PZ9A 3ZSLA 1MZ6A 4A7KA 2R16A 3ILAA 1S0CA 3B9UA 1TP0A 1UAIA 4R9DA 1QGLA 3O0WA 3CA0A 4K20A 1QF3A 3A21A 2DVAA 3UD9A 1DQ4A 4UW3A 2JE9A 1LEMA 3DEBA 2W39A 3WV6A 2P2KA 1TWMA 2D3PA 4WZFA 2Z48A 3NBDA 2W2DA 3APBA 4JRAA 5JLVA 1WD4A 1V6UA 5BQMA 3UJ4A 3S8KA 3UJQA 3FBYA 3FUOA 2G4IA 1QDCA 4L4HA 2ERMA 1IKQA 2EAKA 1W6PB 1W0PA 3H6RB 1SCSA 4XHBA 2ZGSA 1HKNA 4LBJA 5GLWA 1GYKA 2MIBA 5E89A 4ZOTA 1KDMA 2A75A 3AFKA 2E51A 3N3HA 3M3EA 3IMNA 3ZSMA 2YROA 1UL9A 1EV2A 4USOA 3UDAA 4EL4A 5H9PA 5JOZA 3RTJB 2ZQNA 3WDYA 4Q2FA 1JT3A 3FJJA 3VSZA 4USPA 4ASMB 2E53A 4L4IA 2KKIA 3AZXA 3VKMA 4FGFA 4AYUA 4ZXKA 1TIEA 4GKYA 1GBGA 5GLZA 1BQPA 4YW2A 3WHTA 1JLXA 1EVTA 4LO2A 4G9MA 5L73A 3R4UA 1FWUA 2BFHA 4TZDA 4QD2B 4P6AA 4YM1A 4GKXA 4I30A 3ILFA 4AGVA 1JLYA 3AXEA 1HLCA 3MPPG 2WSUA 1N47A 1OQLB 4BPZA 2ZMLA 3FJEA 2Y9XE 1M16A 1LHUA 4LBKA 2R1DA 31BIA 3WUDA 4Z8SB 1FQ9A 1WLDA 2DVGA 5DUUA 1LENA 2GDFA 2R0HA 4YW5A 2LTNA 2GN3A 2P23A 1S0GA 1QU0A 4X37A 5AVAA 4TYSA 3B00A 4YZ5A 4CRQA 3CRIA 1GZCA 2W2DB 5BQMB 4EKXB 3RG0A 5FREA 1O4ZA 3AYEA 1DQOA 4XBQA 2E4MA 4IQPA 1XTGA 3AJZA 1WBAA 1YI7A 5CB7A 5T5OA 4LO7C 5DUWA 4YW3A 2I1BA 1BARA 2K43A 1SFYA 4BLIA 4FOVA 1SR4C 3ZXDA 4ELCA 3RTIB 3NF3A 2D3SA 3AX4A 3WDXA 2HWAA 3NBEA 3WO3A 3ZXKA 2P37A 2ZAAA 1J0SA 4I0YA 1KDKA 2WSVA 3BAHA 4I7IA 5I1BA 3H6SE 4P0LA 3ZSJA 3TB0A 4Q9GA 1LGBA 3BRDA 1KRIA 3HMYA 1LHWA 2ARXA 1RIRA 2DREA 1RY7A 1W6MA 4BOWA 4H9WA 4D0TA 1SBFA 5D63A 2ZHNA 2FGFA 1E0OA 4PCRA 4BMBA 3O4BA 1TTUA 1CJPA 2D44A 4YOLA 1WW7A 1O4YA 4P9XA 4ZFUB 2UU8A 3AJ6A 4BMEA 1FGAA 1HCDA 2VH9A 2EIGA 3A07A 4GAFA 7I1BA 3QIZA 4XTMA 4LO0A 3OGGA 5LK5A 41BIA 1GZWA 2E7TA 5D61A 5EG6C 1C4RA 1YYNA 2BQPA 1SZ6B 2F8XC 1SLLA 4P0JA 3WNXA 2DVFA 1PUUB 4HR6C 2ETFA 3FJFA 3WCRA 5JVVA 1CVSA 2A6YA 1MR5A 2ESUA 1RMLA 1GLHA 2DU1A 2IMBA 5GLVA 2ZHLA 4JKQA 5EC5A 3MALA 4QO3A 3MEPA 4SLIA 2H0BA 1CPMA 3WMVA 2GO2A 1DQ0A 4MYEA 5GZDA 1CPNA 3NJ5A 1JUIA 4IY8A 5GZFA 2NTDA 4M3CA 1V6LA 2F2FA 3FJ8A 3VT1A 3EF2A 1LULA 4ITCA 1FNZA 3JUTA 1S0JA 3RS6A 2VSEA 2GZBA 3D7WB 2ZHMA 1H30A 4WV8A 3C8BA 1SBDA 1UX6A 8I1BA 2D7RA 5BQNA 4XILA 2VUAA 3AZZA 1R8NA 1IS3A 3BODA 3FLRA 2C5DA 4DS0A 3BA4A 1HCEA 3CA6A 3BAGA 2A71A 2P3JA 1A8DA 4XMAA 2Q9XA 1ZB7A 3C9ZA 3QW6A 1BFFA 3A0KA 1FV3A 3S8JA 3VKNA 4OZXA 1G82A 2KI6B 1FX5A 1GGPB 4FPEA 1N4KA 1IKPA 4LBNA 4QKRA 5F90A 1W6MB 3SH3A 2B7YA 4M3CE 1V6OA 1DZDA 1LU1A 5EWSA 1S0EA 4Q27A 1MVEA 2M49A 2IMAA 3M3CA 4I4UA 3AKHA 3IPVA 5KXDA 2PHRA 2RG9B 1DZCA 2CY6A 2D24A 5T5PA 2FO1A 2XG3A 1Q8OA 3P6JA 4FPLA 5EXOA 3O4CA 4Y1VA 2WT1A 3O4AA 2FHRA 3FJHA 1GZWB 4NO4A 4ISRA 3VUOA 2G7PA 2JD4A 2Z42A 4I1BA 2KLLA 3LSEA 2DRZA 1DQGA 3CAHA 3WG3A 1YIFA 2ZGUA 3BAQA 1PWAA 3BTAA 2K4AB 3PMEA 3PG0A 1HKDA 4KUFA 4YM3A 1IS4A 3FJCA 1HWNB 2DVBA 4LO1C 3CA4A 1CIWA 3WVJA 4PBOA 1UMZA 2NM1A 3P6IA 5GZEA 2LALA 3IM7A 1WW4A 4XXPA 4J1LA 1CR7A 3C88A 3CA3A 4UW6A 4YGDA 1W6PA 1QQKA 5GZCA 3QJ0A 4M3CB 3OJ2A 1QNYA 1IJTA 1B09A 1V6MA 3V0BA 4Z9WB 1RZOB 2X2SA 3O12A 2GNBA 3T1MA 5DUVA 3OPZA 5BOWA 4AGGA 1TWEA 5BXRA 3A0NA 1H9PA 2VW0A 3SLIA 1MD6A 2ERFA 2RQ9A 2ENRA 3FJDA 4X3AA 1SLTA 2D23A 5T54A 5KXCA 1BA7A 1JHNA 4I4OA 1TFMB 3SNVA 2JE7A 1N1YA 3N7LA 5HCFA 3B9CA 1URXA 3K1XA 4YGBA 4DENA 5DZGA 3A23A 2WQZC 4GWMA 3WZ1A 1ISWA 2DV9A 1BJQA 1PZ7A 4YG3A 3VKFC 5KXEA 2SBAA 3R4SA 4Q8KA 2ARBA 1QKQA 2RHPA 1ISYA 1ZM1A 5DUYA 3IPVB 3C89A 3IM6A 5GM0A 2PHFA 1HIBA 4IONA 4Y22A 5BXTA 2FFUA 3B3QE 2R9KB 1LOFA 4KS6A 1Z0HA 4LO3C 4GP3A 5EYYA 5GALA 3FJ9A 3AYCA 2UWBA 2YV8A 2ZZJA 3AYDA 1A3KA 1YTOA 1SBEA 5BXPA 1NZKA 2ZGOA 2GMEA 3BA5A 3M1HA 2ZBJA 4YM2A 2CTVA 1BFGA 3FGMA 4XFSA 4QKSA 2NP0A 1R1ZA 1SLCA 4J23B 1MS1A 3PVEA 5CA6A 4FPCA 2BEBA 3I2AA 3AH4A 1AXMA 4FQZA 3BOPA 2A97A 1LJ7A 1JYCA 3BADA 2DVDA 2A3WA 1IOBA 4K1ZA 3PVOA 4A7YA 2EALA 4IZEA 3HBWA 1D2SA 4YM0A 3JRRA 3T2TA 1G9AA 1WLWA 5E88A 1V6KA 2P3IA 2DTYA 3V0BB 1N3OA 4IY9A 4YFWA 4Z8BA 3E8LC 1RG8A 3M2MA 1QDOA 1QNWA 3JUUA 4FPGA 3AZWA 3SITA 1AJKA 5DG2A 4J2SA 3DGTA 1HQWA 4ENDA 1GV9A 3OBRA 1QOOA 4DFSA 1IHKA 1JT4A 2ET2A 4BM8A 1PZZA 4JCKA 2EXHA 3HN1A 4P14A 5DZEA 2ZA9A 1LOAA 2G7NA 3Q7WA 1FNYA 2XOAA 4F83A 3BA7A 4JP0A 5DZUA 2G7QA 1Q8SA 3BB2A 3WINA 1ILR1 2GMMA 4WBCA 1CE7B 2A70A 1EYLA 1CN1A 4XJWA 3INAA 4XIOA 2J3PA 4YW4A 4YZ4A 1TEIA 5BQUA 3N7KA 5GLTA 1G9DA 2YY1A 4X38A 3QYDA 5JMCA 3HSMA 1ENSA 1FMZA 2HWMA 4C1XA 1L2HA 3WO4A 1OKQA 2WT2A 3M3QA 1E1HA 4ZFWB 4EEEB 4Y22B 4U36A 3OYWA 4OEFA 3NV2A 5E24E 1MS8A 2KM2A 2D6PA 4P0KA 2K8RA 1LTEA 1FMMS 2WNEA 3VT2A 1XTFA 1F5FA 2JJ6A 1BLDA 3CNAA 1BKZA 1FYUA 4FPJA 2PHXA 4I4PA 4G6JA 4IHZA 3CRGA 1LHVA 4EFQA 1Q8VA 2NZ9A 5T52A 3D5OA 1ONAA 4PQ9A 4GXLA 1AFCA 3SH4A 4D69A 2ZKNA 5BP5A 2ZGKA 1WW5A 1M2TB 4AVSA 4IYBA 3OJMA 1C1LA 3AP5A 1K5UA 5T5LA 1IOAA 4ZA3B 3F1RA 3IN9A 3VEQA 1U0AA 1WUVA 4LBOA 1G8WA 1MS0A 2A6XA 1DIWA 3IM0A 1GZ9A 3HR9A 1LEDA 2LIQA 5DG1A 2Y9FA 2PHUA 2JECA 1AX1A 2VY0A 3WG1A 4XZPA 1DFQA 2A6WA 2ISGA 1ABRB 4PC4A 1ZKWA 5DVHA 1R8OA 1ULGA 9ILBA 5IUQA 2A3YA 1W6OA 3H0OA 1V6XA 5BVPI 4I37A 2AYHA 2A7AA 2ES3A 2ZGMA 3UL2A 3RMYA 3AZYA 2ZR1B 2IMCA 4RA0A 1JYIA 4HEVA 4JQ0A 4M00A 4OEEA 3O0VA 4ATFA 4QD2C 1JT7A 3OYWB 3LTQA 2AAIB 4AVTA 2WBCA 4OUJA 3AP6A 3O5WB 1G7YA 2DUOA 4FP2A 4XYXA 4R6UB 4I4YA 4ZFYB 4I4SA 2ZMKA 1I1EA 3WMUA 1VAVA 5DZFA 2SLIA 5FNWA 1JW6A 1DYPA 5T5JA 1MVQA 1YXWA 4JAWA 1QOSA 1OQ1A 2DTWA 1XYFA 1V6WA 4YG6A 1JOJA 4QBVA 1GNHA 4GWNA 3USUA 1AVAC 1T9FA 4Y1UA 2ZGNA 1N3PA 1Y7BA 4I2SA 4YZ3A 3GALA 4XBNA 1MACA 2CWSA 1ITBA 4DEPA 2OUHA 4BLJA 5G00A 3WDWA 4R9AA 3SISA 3BAVA 3ZX7A 1UZZA 3QIYA 3ENRA 1BXHA 3CU1B 4GOYA 1S1AA 2D7IA 3O5SA 2D3RA 4LBLA 1N1SA 1G9CA 4EFRA 1W3GA 1LGCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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