1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
1S0BA 2K43A 1NLSA 1DQ4A 1JOJA 1UL9A 3H6RB 1G9DA 3AJ5A 2WSUA 3ILNA 1LODA 4LO8B 4M3CA 3BRFA 3PJQA 1TOOA 4BQ1A 2FFUA 4DQAA 4QKSA 4ZFWB 1WW6A 3C88A 8I1BA 4I7IA 3APBA 2H0BA 2WT1A 2E7TA 1APNA 2VSAA 4ZOTA 2ZA9A 2V5YA 2ERFA 4TZDA 1XTFA 1DQ2A 4KEIA 3T2TA 5F8YA 2YZ4A 1HWMB 1LOEA 1WBFA 3IM0A 4Y22B 1PC8B 1N3QA 1EV2A 4Y1UA 1WLWA 1QF3A 1GNHA 4YM0A 2CY6A 2WBCA 4ENDA 3TC2A 3KM5A 4K21A 4XHBA 1ZB7A 3I4IA 5BQUA 3GNEA 1FN0A 31BIA 1HCEA 1S0EA 2VSEA 2CL2A 4CJMA 3M3CA 1WW5A 1QKQA 2W52A 4Z9WB 3BAOA 5E89A 5CBLA 5FREA 2D3RA 3M1HA 1WW7A 4X39A 1WBLA 3UDAA 1Z2VA 3D5OA 4P6AA 1QU0A 2ZGNA 3O0XA 2DREA 2ZQOA 2E53A 4GA9A 2VLCA 5GALA 3MPPG 1FATA 1AZDA 4XJUA 2XHLA 1QQLA 2GMMA 3B69A 4TYSA 2ZHNA 1CVSA 2R9KB 4FQZA 2NTDA 1T4QA 3ZXDA 2GALA 4LO1A 5BXPA 4IHZA 4ISRA 3MW4A 3OY8A 1WBAA 4K1ZA 3V64A 4XXAA 2IMAA 2ZABA 2F8XC 1ULCA 3K3QB 4ZFYB 3UJOA 4JPZA 1W6NB 1BFBA 2D6PA 1ZM1A 3SH4A 4LBNA 5BP5C 2ZGMA 3NJ5A 4HJJA 2DV9A 1IT0A 5GAQA 2EXHA 1MACA 1U0AA 1YRZA 1K5VA 5DG2A 1RG8A 3R05A 3H6RA 4C1WA 3PVOA 2BEBA 2EF6A 5IUQA 1EVTA 2VH9A 2D3PA 4YW3A 3AH1A 1G8WA 1SLIA 1TWMA 5JLVA 3OPZA 3BRDA 2WT2A 4YFWA 4XMIA 4BOWA 3AKHA 1Z0HA 1GBGA 3RQ0A 4ZLBB 3WINC 5DUWA 1N47A 4GAIA 1ZL6A 2DTWA 4GXLA 3WCRA 2R1DA 2NMOA 3CA4A 4YGCA 1DGLA 3C2UA 1V6VA 5JDBA 3N36A 4H04A 1W3GA 1J0SA 3VKNA 4AYUA 2VXRA 3M3OA 4GWNA 4Y22A 2A8AA 1PUMB 2J3PA 2A7AA 1W6OB 4ASMB 5IT6A 4I1BA 4YG0A 1WW4A 4PC4A 1AX1A 1K5UA 1IRPA 3DS9A 1I1BA 1YYNA 2JD4A 2XG3A 2D7IA 4ZA3B 1HDKA 1WBCA 5GLVA 1C4RA 1WLDA 1SLBA 5FNXA 1SCRA 1TEIA 1ZN3A 5KXDA 2R49A 3Q7YA 3AZWA 1S0DA 4I4RA 4YOLA 2AH2A 1RINA 1ISYA 1LOCA 3C89A 4I4OA 3QIYA 4G1RA 3PVEA 4Y24A 3V65A 1RY7A 1DQ6A 5D62A 3VSFA 3FUQA 3INAA 1IJTA 5DUYA 3WG1A 2R16A 4XFSA 2ILPA 4KS6A 4D8HA 2ZGPA 2DWRA 1IOBA 1LGNA 5BVPI 4XFTA 3OJVA 4J2YA 1SBFA 4ZXKA 1UAIA 1DFCA 4DENA 4HANA 4M01A 1GV9A 4UW4A 4IQPA 2JE7A 3WV6A 3BOPA 4L4HA 1H9WA 1UKGA 2KH2A 4IY8A 4DRVA 3OYWB 1ENSA 1JT5A 3D4KA 3JRRA 5GJ6A 2HYKA 3BAVA 1LHNA 2KM2A 2EXJA 4P9YA 1DIWA 3WDTA 2W08A 3VUOA 2D6NA 1DZCA 5LK5A 1AVUA 4L8QA 4EFPA 2EXKA 3FJIA 3V79C 1W0PA 3KQRA 3ZXFA 3OGGA 4FPLA 4JC1A 3B01A 4YGDA 1GKBA 5BOWA 5DZEA 2Z49A 2Z48A 1ONAA 1FWVA 1IKPA 3NF3A 2DUOA 4QD2C 2LIEA 2VW2A 4UW3A 1DQ1A 4YG6A 1NZKA 2WRYA 3I29B 4IONA 2ZAAA 3C9ZA 4A7ZA 4PQ9A 1R8OA 3IN9A 1N1SA 3BODA 4EB2B 4K1YA 1P63A 5GLZA 5BQMB 3AYAA 1V6IA 4YG3A 2P3KA 3MW3A 3QR5A 4JRAA 3D3XA 5GZGA 1IOAA 3WHTA 2PHUA 4J2SA 3BOKA 2BFHA 5JOXA 4FOWA 2GNMA 2EXIA 1SLAA 5B2HA 2YUGA 4XJ9A 4M3CB 1HQWA 1UZYA 5EXOA 4Y1YA 2E4MC 1G7YA 4JKXB 2GN3A 3AXDA 2Z42A 1HKNA 3FIIA 1HWOB 1YBIA 2ETFA 4DEPA 3N0KA 4BPZA 3BWIA 4YZ3A 3JU9A 1N4KA 3NBDA 3ZX7A 4PCRA 4Q2FA 3LSEA 5BXRA 3NWKA 1S0IA 1KDMA 2ISEA 1F5FA 4GKYA 1Q1UA 4ATEA 4XMAA 2WNEA 4G6JA 1V6XA 2WJSA 2GDFA 5GLTA 1SLCA 1AVWB 3NV1A 4G9MA 4Q8KA 2JE9A 2AR6A 4LO0A 4JAWA 3L2YA 5HCBA 1QXMA 1RZOB 4R9DA 5BYNA 2CWSA 2R0HA 3CRIA 1QDCA 1WCSA 1JLXA 1XZZA 3TB0A 3AH4A 3WHUA 4Q91A 3POSA 1IKQA 3AH2A 4AVVA 3ZSJA 2E7QA 4XJZA 1HWNB 3DSEA 3UJ0A 1MVQA 1CIWA 2FGFA 3NV4A 3UJQA 5BQNA 3LLPA 2ZGOA 5T5OA 5GZDA 4Q1PA 4Q9PA 5EHAA 3FBYA 3MW2A 4AGVA 1Z78A 4WV8A 1A8DA 3USUA 4FPHA 3VV1A 3P6JA 1VAVA 2KKIA 2UWCA 3O0WA 1BLAA 5BXTA 5D63A 3ZYRA 2DUQA 4HL0A 5HCAA 1Q8SA 1FAYA 4XTMA 2EALA 1ISWA 9ILBA 3T8SA 2WT0A 3O5SA 2DVBA 4BMBA 3IPVB 3O4BA 1XYFA 3OY8B 4FPJA 1JT3A 3C8BA 2G7KA 3EF2A 2OW4A 1RIRA 2A70A 1TP0A 2D20A 2E6VA 3UD9A 3U4XA 2CWMA 1V6MA 3WG4A 1HIBA 5BQMA 3HR9A 3AYEA 1HQLA 1DJSB 4QD2B 2WLQA 3D7WB 1QOTA 4CTEA 1MS1A 1CESA 3CRHA 3I2AA 3BB2A 1BFCA 1DLLA 3QW5A 2ZMLA 1UX6A 4PF5A 2SBAA 3PHZA 2L5XA 2ZKNA 3BA5A 1DZQA 3ZSMA 1G82A 2ZACA 2D6LX 1AXKA 4LO3C 1FV3A 2GNDA 3BA4A 1NXD1 4ZFUB 4AN6A 1AVAC 4OWKA 5HPZA 1LHUA 4P9XA 3AZZA 4I6IA 3WDVA 4EL4A 2WKKA 2A5ZA 4FGFA 4DS0A 3W9TA 4JCKA 1VALA 1FMMS 41BIA 2DS0A 1I3HA 3AJ6A 3WOGA 1BFFA 4PBOA 1ZL5A 1F9KA 3AP6A 3UK9A 3CU1B 3WA1A 1O4YA 2JECA 4YLZA 5CB7A 3NV3A 1E0OA 1ILR1 1C1LA 1Q8QA 4KBBA 1LGCA 2YV8A 3M3EA 1R1ZA 1Q8VA 4P0KA 1V00A 4XIKA 3B3QE 5JOWA 3CNAA 3SISA 5T55A 2K8RA 5JMCA 2EAKA 4XHXA 4Q1RA 4Y1XA 5HCFA 2UWBA 4GALA 4QBVA 3QIXA 4R6UB 3RRDA 4QKRA 2TEPA 1O4ZA 4OWLA 4LO0C 3N35A 3O3QA 2D7RA 2CYFA 2ZR1B 4WVVA 4BMEA 2A75A 5DUUA 2MLLB 1D2SA 1T9FA 5T50A 4EKXB 2LIQA 5E24E 1Q8PA 4EJ5A 3O5WB 4I4UA 3IPVA 1EYLA 4L4IA 3ZC8A 2D6KA 3WDYA 4XJWA 3QW7A 3QLQA 1G86A 2E51A 5T52A 1LULA 2OVUA 4GKXA 1N1YA 5FZYA 1KDKA 3F1RA 5DUXA 2PHXA 3PVNA 1AVBA 3WZ1A 3NBEA 4OWJA 2QN4A 3VSZA 2BEAA 2UUSA 1MS0A 2ET2A 1FWUA 3AFKA 1HLCA 1R8NA 4YM1A 2ISHA 2HWAA 3V0AB 3TAYA 1ULEA 2A3YA 1LCLA 1ONKB 3BA7A 4QC4A 2A3XA 1T3CA 4D0TA 5F8WA 1IRAX 1W3FA 3HSMA 1V6KA 4MYEA 3IM7A 1RMLA 1H30A 3A4UA 2W39A 2VUAA 2NZ9A 1Q04A 5DG1A 3WO3A 3WCSA 2C5DA 1LOGA 4BLJA 1JBCA 2P2KA 1AVXB 2AQZA 2E4MA 4LO7C 1A78A 2IWTB 3RMYA 5G00A 1V6LA 1GZWA 4WVWA 3AZXA 2P39A 3AX4A 5JVVA 3UL2A 3DUIA 1DBNA 4PBPA 1JQZA 2DRYA 3F62B 4LBJA 3BX1C 4GOYA 3IMNA 1GNZA 3CA3A 3OGFA 2VY0A 1SBEA 5GZEA 2GMPA 3ZPYA 4ISQA 3DDAA 1RITA 2PELA 2YY1A 3N7JA 4LO2A 1SACA 3HN1A 1LU1A 1V6UA 4LBQA 5GZCA 1LENA 4II0A 1GLHA 2WQZC 1AJOA 3CQAA 5F90A 4XBNA 4WZFA 4OZXA 4OEGA 2ES3A 3QW6A 3FFZA 1S1AA 1BA7A 2DU1A 1ULDA 3VKLA 2RHPA 3NV2A 2GN7A 1BZWA 5JOZA 4J2XA 2IMBA 3DGTA 1LOBA 5H9RA 1DQ0A 3RSJA 2NM1A 2R0FA 3UJ4A 3RMXA 1HCDA 4P14A 3SLIA 1AXMA 5DZFA 3ZUSA 3E8LC 2W2DA 4NOTA 2ERMA 3H6SE 1AX0A 1YTOA 4Q8LA 2ZGSA 3FJFA 5H9QA 3FGMA 1LTEA 1LJ7A 3USUB 2OUJA 1DQGA 2X2SA 4YW5A 3A21A 1D0HA 1JXNA 2B7YA 3V0AA 1ISVA 2ZGLA 1LOFA 4J1LA 1OKQA 1BKZA 2G7NA 2DYCA 3JUUA 1NUNA 3AK0A 1GZCA 2BQPA 4Y1VA 2D1ZA 4LBOA 2LTNA 3Q7XA 4QO3A 2GMEA 4FQ4A 3T1MA 4I4XA 2P34A 3A0KA 2AUYA 1YF8B 2V73A 2XOAA 5D61A 3AKGA 3AP9A 2AGSA 4AVSA 2FFVA 2R1BA 1FMZA 3ZSKA 2IHOA 3ZC9A 2MIBA 1ULFA 4LO3A 3ILRA 3I2XA 4M3CF 4LBLA 3POWA 4DPNA 4IZXA 4RA0A 4I8MA 5DZGA 1IILA 1J1TA 2KI6B 1CJPA 1ITBA 4KEJA 2D23A 4UW5A 1DHKB 3FJ9A 4F83A 3AZYA 4FPKA 4A7YA 5T5LA 4P9WA 4Q26A 3WVJA 2GNTA 5KXBA 3VT0A 2NN8A 3D6EA 1QMJA 3A07A 3CAHA 4Z8BA 3N3HA 3ENRA 2YROA 1UN1A 1ISXA 2VXTI 4RL7A 4XZPA 1HWPB 3FIEA 5AVAA 4XFUA 4XIOA 3BAQA 4IZEA 2D6OX 3AYCA 1ISZA 4YZ5A 4I4SA 1XQNA 3CA0A 1FNYA 1N3OA 4FPOB 2JDZA 1AXZA 4LO2C 3AYDA 4P0LA 2ZMKA 3S8JA 3B9UA 1MVEA 4FVVA 4DFSA 3WO2A 3ILAA 1M2TB 1WD4A 5T5JA 1ZA4A 1E1HA 1S0JA 3IIRA 4FPFA 3IM5A 1Q8OA 2AAIB 2PHWA 3WO4A 1WD3A 2I1BA 1JY0A 2D44A 3IAGC 2ZHLA 4DCKC 2XB6C 1LESA 1T3AA 4I2SA 3O4AA 4UW6A 4I4YA 5FNWA 4XJAA 1KJLA 3CRGA 2W68A 3RTJB 1C57A 1LU2A 3K1XA 2HZ9A 4JKQA 4AVTA 1CR7A 4USPA 4LBMA 3A22A 3PUBA 2WSVA 5DXDA 4ATFA 1MS8A 3SH3A 4XOGA 1TTUA 2A6VA 1ULGA 1SR4C 1BFGA 5IK4A 1QGLA 1QOOA 2D7FA 3BADA 2PHFA 1MD6A 1Z7HA 1IS6A 1LOFC 4YZ1A 2ZMNA 1BJQA 3BONA 1AXYA 2P3JA 3POYA 5DZUA 2UU8A 3HMYA 4FOYA 2JJ6A 3WLUA 4FP2A 3SITA 2Y9FA 1S0FA 4WBCA 1BLDA 1KNMA 2AFGA 2DTYA 1SFYA 3OJBA 4CRQA 2QYIB 2D22A 4USOA 3ZSLA 2RSTA 3O4DA 3VT2A 1GYKA 2ZGUA 3QIZA 3BAHA 3ZVXA 1MS9A 1QNWA 4I96A 1AF9A 5BXSA 2ZGQA 3ASIA 1L2HA 4ZJXA 4LBQD 2P23A 2ZQNA 1UMZA 1KQRA 3H0OA 2KLLA 3BOOA 2A6XA 4YW4A 2C9AA 2JKBA 4QALA 1IS4A 2DVAA 4KTXA 4BLIA 1BYHA 3C8AA 1OQLB 1CVNA 2ZGKA 4IYBA 4YW1A 4QBCA 1GZWB 4M3CE 1LHWA 1H9PA 4EFQA 1XG6A 1YXWA 4YM2A 3WDWA 4ELCA 3AZVA 1YO8A 5EYXA 4LBKA 3BIWE 2ZHMA 5JOYA 3PMEA 4KEKA 1V6WA 4I4PA 5KXCA 3FLTA 3T1LA 2KI4A 2FMDA 6I1BA 1SCSA 3B00A 3QYDA 2AYHA 3ZYPA 5F5QA 3FLPA 1W6MB 3Q7WA 1SBDA 1G9AA 4ITCA 4LBQB 4XILA 3LCPA 1A3KA 3NBCA 1DZDA 4XYXA 2A6ZA 4YZ2A 4D69A 3FJCA 1JYIA 1N1TA 5T54A 1TWEA 1WUVA 4I1EA 4W65A 4U36A 1MC9A 2VW0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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