1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
20040060080010001200050100150200250300350400
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
3N7KA 1L2HA 1GICA 2WT1A 2ZZJA 4EKXB 3HR9A 1ISWA 1K5VA 5DUVA 2D6KA 2ZGQA 1D0HA 3BAGA 3T1MA 2VY0A 2WRYA 1GANA 4UW6A 2D6PA 5JDBA 2AFGA 3JUTA 4L8QA 4H9WA 1AXYA 3QLQA 1S1AA 2UWAA 4BOWA 1AXKA 1I1EA 1I1BA 3OPZA 5DUWA 1DQGA 1S0DA 4JP0A 1MS3A 3BX1C 3O12A 4ISQA 1BKZA 1SACA 3R4SA 3NBDA 2J3PA 1ISVA 6I1BA 5IK8A 3FJ9A 4I1EA 2MC2A 1QQKA 5CBLA 1QOSA 4OEGA 3MPPG 4K20A 4Y1XA 2YUGA 1DHKB 1ULEA 3VV1A 4IY9A 3V0BA 1OQ1A 2ESUA 1G86A 4JQ0A 5KXEA 4LO0C 4SLIA 1SBEA 1CQ9A 3IM6A 4OWLA 4I4VA 3INAA 2ZGOA 1N1YA 2YMZA 1Z2VA 3ZSMA 5BP5C 3WDUA 1UMZA 3ILNA 1GSLA 1N3OA 1S0JA 2GDFA 4M3CA 4XE9A 4FPEA 3VKMA 4YFWA 1IT0A 2DU0A 4BQ1A 3NV4A 4FVVA 5GALA 1VALA 3FJJA 4LO3A 4M01A 4DRVA 1V00A 2ES3A 1XHBA 4LO1A 1YI7A 4YW4A 1Q04A 3FIEA 4QD2B 5GLUA 1BQPA 3QW5A 1JN2P 1GV9A 2XHLA 2SBAA 4PBOA 2ZR1B 3DUIA 1ONKB 2GNTA 4AWDA 1JQZA 4L4IA 1QOOA 1XZZA 2KLLA 2GALA 3ZSLA 2ZGUA 1QF3A 1JT7A 2HWMA 1HWPB 4G6MA 4FOVA 5D63A 1O4ZA 4NOTA 2RG9B 1UN1A 1WD3A 4Q26A 1A8DA 1MVEA 3FFZA 3ZXGA 1S0CA 3CA6A 2EXIA 1UZZA 4XKIA 1UAIA 4GKXA 4YM1A 3WA1A 4Y1ZA 2IMCA 4I1BA 1RZOB 4I3NA 4JPZA 3OGGA 2ZHKA 1T9FA 3ZSKA 4TYSA 4PC4A 1G8WA 4Y22A 2ETFA 3MALA 1APNA 5GZFA 1IHKA 4BMBA 1GNZA 1V6IA 3SH3A 5EYXA 2ZGRA 4YZ3A 1WD4A 1IOBA 2FFUA 5IK7A 5EC5A 3H6RA 1GKBA 3AZXA 2KM2A 3FLPA 1W6NB 3M1HA 1BFFA 4DENA 4Q27A 1IS3A 3IPVA 1Q8OA 3FJFA 2ZHMA 4EL4A 3NV2A 3SH4A 3C2UA 3CA1A 1CVSA 4I4RA 1CPNA 3POSA 4LO3C 4FOYA 2AQZA 4LO1C 1BJQA 3O4BA 1GZWB 1YBIA 3PVNA 3WDWA 3WHUA 1BZWA 1ULGA 1JT3A 5T5PA 1AVAC 4XFSA 2BFHA 4ENDA 2KKIA 3AJ5A 3AZZA 4FPLA 2QN0A 1V6NA 3WO3A 4OEEA 4C1WA 2NM1A 2D3SA 3N7MA 2E7QA 3GALA 1CR7A 1QKQA 3CAHA 2WBCA 2ZGLA 1W6OA 4I6IA 4GALA 1N1TA 3I2XA 2JDZA 5GZCA 1W6MA 1YO8A 4YZ5A 2DRZA 3UD8A 3QW7A 3F62B 3B69A 3UJOA 3QJ0A 1W3AA 4LBKA 3A22A 1MS4A 5FNXA 1WW4A 4ZJXA 4XJ8A 2CYFA 2G7NA 1T3CA 1KJLA 4I4UA 3L2YA 4QBCA 2ISHA 1ZM1A 4ZA3B 4YM2A 1MZ6A 5JOXA 1T3AA 1Q8PA 4NO4A 5HPZA 3VUOA 2ZMNA 4W65A 1JBCA 3AJZA 2OUHA 1FATA 1OKQA 1JT4A 4GAFA 1FV3A 3DGTA 4X3AA 2CNAA 2A3XA 1C57A 1UPSA 3KQRA 1G9FA 3RMYA 3DS9A 3PVOA 3BONA 3NV1A 1E1HA 2XG3A 3QW6A 3C88A 4I4OA 4RA0A 4YOLA 4KEKA 4F83A 4YG0A 3RSJA 1R1ZA 5FZUA 1CIWA 3ZXLA 3BA5A 2QYIB 4M3CE 1AX1A 2W08A 1SFYA 5JMCA 3VWCA 2ZKNA 2D24A 2WKKA 4P9WA 3VT1A 2W2DB 4P0KA 9ILBA 3H6SE 3ZUSA 1V6LA 3Q7WA 2BEBA 2NYYA 4P0LA 1LOGA 4A7ZA 3NV3A 4GP3A 3WG4A 1WW6A 1A3KA 4PCRA 4D69A 2A75A 3CRGA 1SLAA 1Q1UA 3BAOA 5SV8A 5E89A 3A23A 4K1YA 2W52A 3AKGA 3SNVA 4Q91A 1LHNA 2ARXA 5BQUA 2W68A 2D23A 3UJ4A 2GMPA 3M3QA 2PHFA 1DQ2A 2K8RA 1JT5A 4JCKA 5FZZA 3FJDA 1FGAA 4Q9GA 2CTVA 1PZZA 3BOKA 5EXOA 1AX0A 1AFCA 1ZKWA 3WDTA 2Y9FA 5BYNA 4EFRA 5EYYA 4UW5A 4XDQA 3VKFC 1G82A 1GBGA 3F1RA 2D20A 1DIWA 5DUXA 3O0WA 4FPKA 1CE7B 5BXPA 3WOGA 3OJMA 4GXLA 3V0AA 1TWEA 3AZWA 3PJQA 1DZDA 1HCEA 3JRRA 3C8BA 1W6PB 4USPA 4ZKTB 2R1BA 4FQ4A 1QQLA 3I4IA 2VW2A 1MS8A 4I4PA 2AUYA 4QALA 1JLXA 5BQMA 1WCSA 4WBCA 4Q8KA 4I37A 3AYEA 1BXHA 4XMAA 4YZ2A 4TLPA 3OYWB 1TP0A 2IMBA 2D44A 2DS0A 1YXWA 4LBMA 1QDCA 2A3WA 1U0AA 2P39A 3ZURA 5BVPI 2F2FA 3HBWA 2HWAA 2VU9A 1WBCA 2NP0A 5F5QA 3FJAA 4D0TA 1GNHA 4XJZA 2KI4A 1GLHA 4QKSA 2ZMKA 1LHVA 3WG3A 1CPMA 3T8SA 3D7WB 4HL0A 5BOWA 1ZA4A 2Y9WC 2D22A 1OQLB 2A3YA 2D7RA 5E8AA 2V5YA 3P6JA 2ZGSA 2JECA 3ZX7A 3I29B 1LOBA 2OW4A 5BQUC 2ZGTA 1AJKA 1N1SA 3GNEA 1Z7HA 3AKFA 5DXDA 4XBNA 1PZ7A 3BIWE 1SLBA 4Y1VA 3CRIA 1M16A 5IUQA 2UUSA 5BXRA 2F8XC 2G7QA 4U2AA 5H9SA 1DJSB 4DEPA 3AXDA 4I2SA 3I8TA 4XBLA 1RY7A 3RQ0A 4PF5A 2UWBA 3ILAA 1VCLA 3RMXA 1XQNA 3WZ1A 4ATFA 2DTYA 2C5DA 3SH5A 4YG6A 3AJYA 1IS5A 5GZDA 4FOQA 1HWOB 1KDMA 3OJVA 4G9NA 1YVGA 1W6NA 3HMYA 1MR5A 2A7AA 3O4CA 1URXA 2PHUA 3BODA 3PVEA 3FBYA 4XHBA 4IHZA 4IYBA 2Y9XE 3AP9A 2P3JA 4Q2FA 4DS0A 3BA7A 4XTPA 1JY0A 1PC8B 4J23B 4FPYA 4LO8B 3NJ5A 1AVBA 1GZWA 4G6JA 1D2SA 2Z49A 2DTWA 3NBNA 1F82A 1NZKA 1FYUA 1ENQA 4ZLBB 1QMJA 2F2FC 3WDYA 1PZ9A 3O0VA 2HW9A 1AXMA 1IJTA 1Z0HA 4QKRA 1T4QA 4J2KA 3IMNA 4IZEA 1JYIA 3DDAA 3M3EA 2VH9A 1S0FA 5CNAA 2R49A 3QIZA 1LEMA 3U4XA 3AP7A 1V6WA 4IONA 4FPCA 2E4MA 2IMAA 1NXD1 1H30A 2NN8A 3A21A 2QN4A 2EXJA 1N4KA 3E8LC 4P0JA 1Q8QA 1HLCA 4CJMA 1K5UA 4AGGA 2PHRA 1WW5A 5F9TA 2G4IA 2YZ4A 3IN9A 3AK0A 2EALA 1LGNA 2A5ZA 5GLTA 2JJ6A 5GLZA 1TOOA 1MACA 3Q9OA 2YY1A 3A0KA 4YGCA 1HDKA 2HZ9A 2K4AB 1NLSA 3ATGA 5GZGA 2FPQA 4GWMA 2E53A 2BEAA 2IWTB 4R9CA 4EB2B 3ILRA 2DVFA 2P34A 1PZ8A 5D61A 3IIRA 4YLZA 2ZACA 2ZA9A 3K1XA 3ZPYA 1TWMA 2AGSA 2DUOA 3AH1A 2EAKA 1FN0A 3K3QB 2ENRA 3D4KA 4IZXA 1IOAA 2FMDA 1IKQA 3DEBA 5IK4A 1NUNA 2PELA 3WMUA 2X2SA 4LBQB 1XG6A 2DVGA 2SLIA 4Z9WB 2VUAA 1QNWA 4HANA 2TEPA 4XYXA 1Z78A 1DQ6A 3MW4A 2L5XA 2GN3A 3QW8A 2KH2A 4GA9A 1S0GA 2UU8A 2PHTA 4QO3A 4YW3A 1DYKA 3POKA 3SNMA 2VW0A 1JXNA 5T5OA 3O4AA 1SLTA 2D6NA 1EV2A 1BYHA 1LU1A 1CONA 2Q5TA 2ISGA 5IK5A 5T54A 3NBEA 4FGFA 2EXKA 5E88A 2GNBA 1UZYA 2E4MC 2ZABA 4L4HA 1I3HA 3HOMA 1HQLA 4M00A 4KEIA 5IT6A 4XTMA 4KC3A 3A0NA 1ENRA 4K21A 2ZQNA 5DZEA 1C1FA 4XJAA 1M2TB 1KRIA 3LTQA 4XJWA 4KS6A 4Q9PA 3BTAA 1ISXA 1G9CA 4EEEB 1G9DA 4YFZA 5CA6A 1FMMS 1DFCA 3UJQA 1N3PA 3FJBA 1LOEA 3O49A 3USUA 5EHAA 5DUUA 4LBOA 3KMVA 1SCRA 5GM0A 4FOWA 4AN6A 4P9YA 1C1LA 1MS5A 3Q7XA 3APBA 4IY8A 5F8SA 2YROA 2G7KA 4AVVA 3N7LA 2GMEA 3MW3A 1ENSA 3VEQA 3I2AA 3V0BB 1UX6A 3EF2A 3RTJB 4JAWA 2GMMA 2A6ZA 5KXCA 3B00A 2P3IA 2WT2A 4YW5A 3N35A 4ITCA 1BA7A 2NVHA 2WNEA 1QGLA 4LO7C 4FPOB 1JOJA 4J1LA 4P14A 1MS1A 1E0OA 3OYWA 3PUBA 4FQZA 1FQ9A 3OY8A 3O4OA 1IRPA 5BQNA 4R9DA 31BIA 1AVXB 4AGRA 4EFPA 3W9TA 4R9BA 1VAVA 5D62A 5F8WA 4R9AA 2DVDA 4OW4A 1FNZA 4R6UB 1DZCA 3BRGC 1UKGA 8I1BA 1MD6A 4XFUA 1G7YA 2ZMLA 2JD4A 3VKLA 4I0YA 1Q03A 1BLAA 4HJJA 1V6VA 2AAIB 1OFSA 2EIGA 1IKPA 1W3GA 1R8OA 1LJ7A 1DFQA 1Q8SA 2D43A 1DYPA 1UL9A 1V6OA 2XHLB 5DZFA 1JW6A 4Q1PA 2LTNA 2C9AA 3AZVA 1V6XA 3ZVXA 1RIRA 3WINA 1IS4A 3WDXA 2R0FA 1SR4A 1LECA 5JLVA 3P53A 3P6IA 2ZHLA 1MVQA 1HQWA 4YM3A 3HN1A 5JOWA 3M3CA 2ERMA 4AN7B 3MEPA 4X39A 2CWMA 1MS0A 4ZXKA 3TB0A 1HCDA 3WCSA 1N3QA 3BA4A 2R16A 4XMIA 1P63A 1BFCA 4Q1RA 2VXRA 4PQ9A 2DURA 5DUYA 1WBLA 1S0LA 1F5FA 4LBJA 3CNAA 2EXHA 2DRYA 3QIYA 1PUMB 4QBVA 5LK5A 2D1ZA 3IM5A 1DGLA 2PHWA 4KBBA 4Y22B 3O4DA 4XJUA 1KNMA 1AVWB 2MIBA 4MYEA 3UJ0A 4F34A 1LGBA 2R0HA 1QNYA 1DQ5A 5HCFA 3O0XA 5GJ6A 2WQZC 4II0A 1QU0A 4HA2A 1LCLA 4G1RA 4ZOTA 5GLVA 3N0KA 4H55A 1DBNA 3KM5A 3IPVB 2I1BA 4JKXB 3ZYRA 1W0PA 3NBCA 1YIFA 1TEIA 4FPHA 1BARA 5DZGA 5G00A 1JYCA 1ABRB 4K1ZA 2BQPA 3S8KA 3T2TA 3WHTA 5T5LA 4ZBVB 5DZUA 4CTEA 1HWMB 3Q7YA 2UWCA 4YM0A 2WT0A 1O4YA 5B2HA 1KJRA 2GNDA 1JUIA 3AYCA 2DUPA 2ZGPA 1LENA 3JUUA 3WG1A 5GZEA 3AFKA 1HWNB 2LIEA 4FPJA 1CVNA 4JC1A 1CJPA 3WINC 1SR4C 3BAVA 1CESA 1YF8B 2Q3NB 3WUDA 2R1DA 1AF9A 1SCSA 1V6JA 4UW4A 2NZ9A 1W6OB 1FNYA 3V79C 4KUFA 1Y7BA 1HIBA 5F8YA 3VT2A 1AXZA 3A4UA 3VSFA 3FGMA 4XILA 5CB7A 1BFGA 5FRAA 5DSSB 3POWA 4Y1YA 1DQ1A 4YW1A 3T1LA 1W3FA 3WO2A 3V65A 3FJHA 1SLLA 3FJ8A 3WNXA 4FPGA 4J2XA 1ZKXA 3MW2A 4OWKA 4X37A 1RG8A 1IS6A 2A70A 2D7FA 2VSEA 4GKYA 1AVUA 1FWUA 1S0EA 4DQAA 2A8AA 2D6OX 4LBQA 3B9UA 3D6EA 3FJCA 3HSMA 1SZ6B 5KXDA 1B09A 1SBFA 2JE7A 3ILFA 4Y1UA 3VSZA 4A7KA 1FV2A 4U36A 5T5JA 5KXBA 2D3PA 1WBFA 4LBQD 2IHOA 1ONAA 3LSDA 4DPNA 3IM7A 1FWVA 3PHZA 2D6MA 3ZXEA 1SLCA 3IKWA 1YRZA 4ISRA 1G9BA 1WBAA 3IAGC 1SLIA 5T50A 2ZGMA 4DRRA 2DVAA 2PHXA 4P9XA 1Q8VA 2FDBM 3VKNA 4XZPA 1AZDA 2JKBA 3ZXKA 3CRHA 2XB6C 1IILA 1J1TA 4WVVA 1LESA 1YTOA 5BXTA 1IRAX 1FAYA 4KEJA 3SISA 1S0IA 4AVSA 1Q56A 2AH2A 2NMOA 4Y26A 2D6LX 1WLCA 3SLIA 3A07A 2VXTI 2X2TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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