1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
1C1FA 4NOTA 4HL0A 4Y24A 1ENSA 4WVVA 2HYKA 3A23A 4P9YA 4J2KA 3R05A 4M3CF 2VSEA 2Y9XE 1JYCA 1YF8B 1IS6A 4Y1VA 1PC8B 3M3CA 41BIA 1LEDA 4X3AA 3V0BB 5DUVA 4ZXKA 1KRIA 5GZCA 2WJSA 4J2SA 3OJ2A 1QGLA 5JVVA 3AH4A 3ILAA 4YGCA 3INAA 3S8KA 1GYKA 2P37A 1ISZA 2XHLA 1KNMA 2ZHNA 3ZXEA 4KC3A 1YVGA 1W6MB 1UZYA 3O12A 1W3AA 2D23A 4BM8A 4C1XA 1V6VA 1CVSA 4ITCA 3ZUSA 3C2UA 2D6NA 4M3CE 1EV2A 1ONKB 4PBPA 1AX0A 1LESA 4LO2C 5H9SA 1K5VA 5DUWA 3ZVXA 1RZOB 3NBCA 3O49A 4X39A 4WVWA 3HN1A 1S0DA 4I4XA 5G00A 1HWMB 3M1HA 2ZR1B 3DUIA 3N7LA 2PELA 1QOTA 5GM0A 3WZ1A 1JXNA 1M2TB 2VUAA 2A71A 1ULCA 1HWOB 5EG6C 3F62B 1RY7A 4ASMB 1S0GA 4I1BA 4J23B 4BOWA 1PUUB 3V64A 4KEIA 4P6AA 4A7ZA 5F8WA 1T4QA 4LO7B 1SR4A 1KQRA 1S0JA 1ITBA 4FPKA 2XG3A 2HWAA 2GNBA 1IOBA 1ENQA 3BB2A 1IJTA 3RG0A 1XG6A 1J0SA 2XOAA 1H9PA 1VLNA 1AVUA 4LBNA 1LCLA 1ZKXA 3WG4A 4R9BA 1M16A 1V6MA 1MD6A 4R9AA 3AXEA 3MW4A 3B01A 3WDUA 3FJIA 2AREA 3CA4A 1AJOA 1SFYA 2E53A 1HCDA 1WW7A 4ISRA 2D7FA 4FPJA 3AZXA 2UUSA 3BX1C 3HALA 2ARBA 3DS9A 4LO7C 1G8WA 4OUJA 2G7NA 1LJ7A 1FYUA 1JTCA 1JT5A 3PVNA 4FPGA 1MS8A 3JU9A 4KEJA 5JOWA 5KXCA 5GLVA 2FMDA 4YGEA 1A3KA 2ZBJA 4MYEA 2GMEA 1G9BA 4P0KA 4XMAA 3KM5A 3O0XA 1CVNA 1BARA 1S0CA 1MS5A 4XILA 1UMZA 1F31A 1LGBA 2EIGA 2UU8A 3BADA 4FP2A 2E6VA 5KXEA 4BQ1A 1N3OA 4I4RA 2ZKNA 2VLCA 3IPVB 4R9CA 3RMXA 3AP6A 1N3PA 3USUB 3P6JA 4KEKA 4HEVA 2JECA 5LK5A 4I37A 1BLDA 1AFCA 5E8AA 3KQRA 3QIYA 1HQLA 5DSSB 2WKKA 1QU0A 1BFBA 1HIBA 3N7JA 5T5JA 3WDYA 1ENRA 4GOYA 2ZGLA 1WLCA 3FJ8A 9ILBA 2NMNA 2G7QA 1S0EA 2ILPA 5F8SA 4D0ZA 4EFQA 2BEAA 3OY8B 4G1RA 1WBAA 2Q5TA 1HKDA 2VW2A 3UK9A 1EYLA 1YYNA 1W6PB 1JN2P 3FLRA 2OVUA 1YXWA 2HWMA 2GMPA 5BVPI 2FFVA 3BA5A 4OWLA 3ATGA 4EL4A 2DRZA 5F5QA 3V65A 2D24A 3LLPA 5L73A 4FOVA 2D22A 1V6IA 4UW3A 2UWCA 3OJMA 5KXDA 5JOZA 2Z49A 3D3XA 1SLTA 3CNAA 4GWNA 2AQZA 1LULA 5BQUC 5GLUA 2WLQA 4JAWA 2GNMA 4CJMA 5BQMA 4DQAA 4K21A 4LBQB 2I1BA 1QF3A 1V6LA 2XB6C 1AVXB 1HWNB 1W6QB 3VKFC 2CY6A 2X2TA 3PHZA 4Q91A 1FMZA 4BLJA 5IK8A 2AGSA 2VU9A 1O4YA 3PUBA 3WCRA 5GZEA 3SH5A 1MC9A 1JLYA 2DU1A 5EWSA 3UJ4A 2WSVA 1WCSA 1FV2A 2LIEA 4Y1XA 2ZGNA 2IHOA 4XXPA 5KXBA 1Z2VA 3V79C 2CWSA 2CL2A 2FGFA 4FPLA 2W08A 1XHBA 5GJ6A 3AH2A 4LO0C 4TLPA 1YBIA 5IK4A 2RSTA 1D0HA 1S0FA 1I1EA 2VY0A 4FOWA 1LHWA 2Y9GA 3T2TA 2DVFA 1ISYA 3AFKA 3OJVA 3QW6A 5FZZA 2C9AA 3ZSJA 3BOOA 4UW6A 3A07A 1V6NA 1DYKA 1KJRA 2VXRA 3FJJA 4RL7A 3VKOA 2GNTA 1LENA 3OBRA 1ILR1 3TB0A 3H0OA 1GANA 3H6QA 2RG9B 2ZMLA 5BXSA 3ZX7A 4YG0A 2DREA 5BP5A 2AENA 4YFZA 1Z78A 4M3CB 1T3CA 2E7TA 1TIEA 2ZACA 4L8QA 2YUGA 3C8AA 4BMBA 3SISA 2D7IA 3LTQA 1LOFA 2ZGRA 4XIOA 1BFFA 5H9PA 5E88A 3IM0A 2A75A 3O4CA 1AXKA 3O44A 3ZC9A 5CBLA 4XJWA 3DGTA 2VW1A 1MR5A 2P34A 3BAHA 4L4IA 3C89A 1LHVA 1JY0A 4EEEB 3BOPA 5GZGA 1FWUA 3H6RA 1V6KA 3WNXA 2ARXA 1WBLA 3EF2A 1BXHA 4D69A 2D3SA 1DQ5A 4LBMA 3PG0A 4YW5A 3FJAA 4JC1A 1WUVA 4KTXA 4IZEA 1DQ4A 2Z42A 4QBVA 2XHLB 4FOQA 4I6IA 3NV4A 1SACA 2D43A 3VSZA 4WBCA 4HANA 3AJZA 1Q8PA 4Z8BA 4XTPA 1Y7BA 3FFZA 1FGAA 2Q3NB 4OWJA 4G9MA 2R0FA 2ZMNA 2NVHA 1U0AA 2CTVA 4AGRA 4KS6A 3I29B 1G82A 4XMIA 4HR6C 1QDOA 4Q26A 3C8BA 4XXAA 3UDAA 3FJKA 4FPOB 3N7MA 3AP9A 4I96A 4LO8B 3PJQA 2D20A 5EC5A 3ILFA 1R1ZA 1IHKA 1UX6A 1MZ6A 2FHRA 4U36A 1ONAA 2YROA 1JOJA 1AXYA 3BA7A 1OQLB 1CE7B 1W3FA 4LO3C 4GXLA 3IN9A 5EYYA 5E89A 3ILRA 3QW8A 2YMZA 3O4DA 4LBLA 4ATFA 2PHUA 5B2HA 2D3PA 2DWRA 3A4UA 1VALA 1L2HA 1LGCA 1WD4A 2L5XA 1W6OA 4ZA3B 2EF6A 3RQ0A 1AXZA 2DS0A 1LGNA 2DVBA 3OPZA 3BRGC 4XJ8A 1LOAA 1R8OA 1YTOA 1DHKB 1ZA4A 4TZDA 2ISEA 1S1AA 1F82A 1XQNA 3VUOA 2NN8A 1ZM1A 2W2DA 2E4MA 2YZ4A 1QMJA 2VSAA 1CIWA 3T1MA 4I4SA 1APNA 1NUNA 2AFGA 2EXKA 3DDBA 1SR4C 4AN6A 3NV1A 1DZCA 1SLAA 1SBEA 4JRAA 4P14A 3RMYA 2DVAA 4XJUA 2GALA 3WHUA 2DUPA 5AVAA 3V0AA 1UL9A 3WDVA 2A3WA 4GA9A 3UD8A 1K5UA 5F8YA 3VT0A 2ZQNA 3HMYA 4QALA 1ISVA 5FZYA 1V6XA 4GKYA 2KKIA 3ZPYA 2VW0A 3IAGC 3O4BA 3QCWA 1AVWB 1Q1UA 4AWDA 5BOWA 3POKA 4FGFA 1SBDA 1OQ1A 1GV9A 4XJZA 2ZGMA 4YM3A 2DTWA 1N1TA 1XZZA 4QBCA 2DU0A 1VAVA 3CU1B 2SBAA 2VXTI 3WDXA 1TOOA 4QKRA 1DFCA 1AJKA 2QYIB 2FPQA 2A8AA 2AYHA 1V6JA 3HSMA 4P0LA 2I2SA 1EPWA 4SLIA 3SH3A 3AKHA 1PWAA 1QOSA 8I1BA 1TEIA 1YI7A 5BXTA 1LHOA 1T3AA 1GKBA 1KITA 2DV9A 4I4UA 1ZN3A 2EALA 2ZA9A 3BIWE 4CTEA 4EKXB 4IY9A 1N4KA 5FZUA 3ZUQA 4WZFA 4LO2A 6I1BA 1RMLA 3QLQA 5GZDA 1ABRB 4ELCA 2BFHA 1N1SA 1W6NA 4OZXA 3TC2A 1AVBA 2ETFA 1VCLA 4AN7B 3WUCA 5BQMB 4AVSA 1Q03A 3ZSLA 3AZZA 2WT0A 1Q04A 3AYDA 1V6UA 5T55A 1QKQA 4XDQA 3FLPA 1DQOA 4XJAA 4ZFUB 3N3HA 2OW4A 4XE9A 1AVAC 2R0HA 4QD2B 1BFCA 3QIXA 3ILNA 3OGFA 3AK0A 1WBCA 3FLTA 4ZGRB 1MVQA 1H9WA 2Q9XA 4IYBA 4I2SA 2K8RA 4ISQA 1MS0A 3N35A 3UL2A 1JW6A 31BIA 1G9FA 1Q8QA 2J3PA 1AZDA 1CR7A 5T5PA 3UD9A 5FREA 3MALA 4EFRA 4OEEA 4J1LA 4ZBVB 1IS5A 1IRAX 3WUDA 1BA7A 3QW5A 1EVTA 1QQKA 1N1YA 3JUUA 1URXA 4TYSA 4CRQA 3AX4A 3CA1A 2X2SA 1G86A 5FNWA 4QD2C 2ES3A 4D8HA 3RTJB 1II4A 2FDBM 3ZC8A 1SLLA 3AZVA 3N0KA 1MVEA 4YGDA 3K1XA 2FO1A 2A6WA 4LO1A 3FJHA 2D6OX 1JT4A 4FQZA 4AVTA 2ERMA 3VWCA 3WDWA 1JQZA 1FQ9A 2F8XC 2AXMA 3CRIA 3DEBA 1TFMB 2UURA 4Z8SB 3BRDA 4I4PA 3BODA 3FIEA 1W0OA 3A0NA 2Y9FA 2D1ZA 4XZPA 1RITA 3AYEA 4FOYA 4J2YA 1PZZA 4F34A 2PHWA 4Y26A 3BAVA 1SLCA 1G9DA 3H6RB 4I4OA 5CA6A 5T54A 1SBFA 3UJ0A 4Q1PA 4I0YA 4GP3A 2GZBA 5T52A 5BP5C 2JE7A 3AZWA 2NP0A 3WVJA 4YM1A 3MW2A 3IM5A 2DURA 3FJFA 2UWAA 2JE9A 5FNXA 4XBLA 1HCEA 3E8LC 1C1LA 4ATEA 4Y20B 3TAYA 4XFUA 2JD4A 2KM2A 4XIKA 4FPHA 3I2AA 1DQ1A 3M3QA 3NBDA 4F83A 1F5FA 1E0OA 5DZGA 1V00A 4H55A 1FNZA 4K20A 1VIWB 1GLHA 3IPVA 3NV2A 2KI6B 2EXIA 4DS0A 4M00A 1R8NA 1LU2A 1MACA 1V6OA 4U2AA 1YRZA 3R4UA 2V5YA 4JQ0A 3ZXFA 3PVEA 1KDKA 3KMVA 3QYDA 5EXOA 3W59A 4I30A 1TP0A 2E51A 1ISXA 1UKGA 3SNMA 3W58A 3Q7XA 1GZCA 5F90A 1WBFA 4Y22A 5FRAA 3AH1A 5HCBA 1DIWA 2G7PA 5GLZA 2A97A 2NMOA 4I3NA 2A6VA 2QN0A 3OY8A 4JCKA 3AKIA 2WT1A 3FBYA 3P6IA 1FNYA 1W6OB 1W6PA 3O4AA 1MS4A 2UWBA 4UW5A 1IS3A 2IWTB 1HWPB 2ZHMA 3I4IA 4QKSA 3T8SA 2R16A 2ZGSA 1FATA 2ZGOA 3CRGA 1GZ9A 2ZABA 4YLZA 2HW9A 3POYA 1ZL5A 2W2DB 2F2FA 1TWMA 3IM6A 3M2MA 4YG3A 1I1BA 5D62A 1S0BA 4BLIA 3FIIA 1LOBA 1DGLA 1HDKA 3SLIA 1GZWA 2DYCA 3BTAA 4GALA 5JMCA 3WMVA 1LOCA 3WMUA 3LSDA 4RA0A 4XOGA 2ZGKA 1ULEA 4PF5A 1HLCA 3AKFA 1A8DA 1LHUA 1NXD1 1WLDA 1NZKA 2IMAA 2ISHA 4USPA 1ZKWA 1UAIA 5BXPA 4FP3A 2WSUA 2K43A 4IQPA 2ZAAA 4YW1A 3VT1A 2V73A 3QJ0A 1PUMB 1MS9A 2WRYA 1ULDA 1Q56A 1X50A 3FJEA 4I7IA 4XBQA 2E4MC 3VSFA 1F9KA 3RTIB 4AVVA 1Q8SA 4XHXA 2IMCA 3IM7A 2HZ9A 1N3QA 5GALA 5T5LA 1DQ2A 1LECA 2ZZJA 3C9ZA 2NYYA 1FX5A 5HCAA 3WG3A 1ISWA 3D5OA 3O5WB 4AGGA 3UJOA 1BLAA 2ERFA 1O4ZA 2GN3A 1QDCA 3NF3A 1XTGA 3BAOA 1E1HA 1S0LA 5DZFA 1IILA 1LTEA 4NO4A 5JLVA 4OWKA 5BYNA 2JDZA 4M3CA 3O0WA 3O3QA 1BASA 4P0JA 1CPMA 3WINA 2QN4A 3N7KA 2LALA 2E7QA 1CESA 2ZHKA 3BOKA 2A6ZA 2ISGA 1SLBA 3OYWA 3BRFA 1BZWA 3W9TA 3WO2A 4AGVA 3WHTA 4Y1YA 2CWMA 3AJ5A 1ZB7A 1W6NB 1QXMA 2H0BA 2AUYA 1LHNA 4LBJA 1LOEA 3B9CA 1Z0HA 1YO8A 2D3RA 5GLTA 3DSEA 3NJ5A 4GWMA 2FFUA 4ZKTB 1QNYA 3WO3A 3WDTA 1FWVA 1HKNA 3CA0A 2EXHA 1WLWA 5IUQA 3VEQA 2DVGA 4I8MA 5IK7A 3ZSKA 4LO3A 4Q27A 3SH4A 4H9WA 3O4OA 3AZYA 2RQ9A 1Q8VA 4YZ1A 4YM0A 2MIBA 1LEMA 4LBQD 5DUYA 4R9DA 3VKNA 3RS6A 2A6XA 2A3XA 3ASIA 3QW7A 2G4IA 4XFTA 2M49A 1JHNA 3LSEA 1G7YA 3QR5A 4YZ2A 2WQZC 2P3JA 2ZMKA 5EYXA 4YZ3A 4AYUA 1MS3A 2BQPA 5BXRA 3FUQA 1JT3A 4FPEA 5I1BA 2SLIA 5H9RA 1AXMA 5E24E 3CQAA 1FV3A 1PZ8A 4P9WA 1QNWA 1WW5A 1MS1A 2ZQOA 3HBWA 3AJYA 5EHAA 2KH2A 2GNDA 3WOGA 4YG6A 1G9CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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