1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
2ERFA 3WDWA 4G9MA 4LO7B 1XG6A 1W6OA 1I3HA 4YW4A 2R16A 4GXLA 1VAMA 2CYFA 3CQAA 2CWSA 3WG2A 3FUOA 2DV9A 3KM5A 3H6RB 4ATEA 1DYPA 1JXNA 1KNMA 2A70A 1AZDA 3PJQA 3FLRA 5IT6A 21BIA 3FJ8A 2A7AA 1R1ZA 2D44A 1ISXA 1DZDA 3UJQA 3RTJB 1RIRA 1ULEA 3WDXA 1CONA 3IPVB 1SACA 5F9TA 1T3AA 3AYAA 1W6QA 2FPQA 1MACA 1LOCA 1MZ6A 2AUYA 1W6PB 3AXDA 1VIWB 3VWCA 1IS6A 1QNYA 2D3PA 3WG3A 1UKGA 2R0HA 4I7IA 4EEEB 4R6UB 2QYIB 2P3KA 3QIYA 3RRDA 4UW6A 4HANA 3WLUA 1SLIA 3FJAA 2Q5TA 1SR4C 3WO2A 3CA3A 4X3AA 2I1BA 2JE9A 3ZSMA 4XIOA 4DRRA 1WBCA 1T9FA 4FPEA 1CR7A 1E0OA 4C1XA 2GZBA 1WLCA 1FYUA 5GZCA 1ULFA 4F83A 3ILRA 4GA9A 1CVSA 3MALA 1WBAA 1G86A 4R9BA 3T1MA 1GNHA 4EFRA 1N1SA 3NV4A 1N1YA 1EPWA 4ISRA 4Y20A 4Q8LA 4G9NA 2DUQA 4ZFUB 3B9CA 1WW5A 3BB2A 5BP5C 3H0OA 2ZAAA 1XTFA 4WV8A 2KLLA 2R9KB 4K1ZA 1SZ6B 1HDKA 1FWVA 5BQUA 2ZGTA 4WVWA 5GZGA 1XTGA 3AFKA 1S1AA 1PUUB 1QMJA 4M3CA 2CTVA 4GKYA 1WLDA 4R9AA 2KH2A 4HR6C 2EXHA 4Z9WB 4G1RA 3V65A 2A97A 2W52A 4DQAA 5JLVA 4P6AA 2VXRA 1GZWA 4ZFYB 2PHFA 3N0KA 4ZOTA 4I4OA 1DGLA 4FOYA 1GLHA 2HW9A 3UDAA 3MW2A 5FNXA 1LGNA 2AFGA 2XHLA 3M3CA 3BOPA 4XYXA 4EKXB 5DUXA 2NMNA 2P34A 1IKPA 1BA7A 3C89A 1CJPA 3OJ2A 3INAA 1SLAA 1Z7HA 4GWMA 3A0KA 3D6EA 5SV8A 2D23A 3OY8B 1ZB7A 3WHTA 2G7KA 2BQPA 1WBLA 2GN7A 5E24E 3JU9A 3T2TA 2YUGA 2DYCA 1AVAC 1J0SA 3V0AB 3HSMA 4QO3A 2DU0A 1WUVA 2ILPA 5HCBA 3PMEA 5T5OA 1T3CA 4YM2A 3AKHA 3A22A 4XFTA 3O0WA 5BYNA 1MD6A 4EJ5A 4D69A 1JY0A 3QW6A 1DZCA 1LOEA 5GZFA 4YFWA 4ZBVB 3W58A 4GWNA 4UW3A 4HA2A 1TWEA 3CA1A 1RG8A 5D63A 2DVBA 5DUYA 3NBCA 1XZZA 1DQGA 2E7TA 4FPHA 1OKQA 5FRAA 4I4QA 4DPNA 1ILR1 3O12A 3O0XA 5IK5A 3R4SA 2Y9FA 2ZMKA 3MW4A 3ZX7A 1G8WA 4YW3A 4TYSA 3Q9OA 9ILBA 1BARA 3DEBA 2DVDA 4JKXB 1DFCA 3O4BA 4R9CA 2EXJA 4A7YA 2RSTA 1IRAX 4X39A 4KTXA 1WD3A 1LESA 3WVJA 1V6IA 3WCSA 3USUB 1ONKB 1JQZA 2I2SA 3M3QA 2YZ4A 3ZC8A 2HWAA 1MZ5A 1VCLA 4M00A 3AH2A 2KM2A 5BXTA 1ZKWA 2A8AA 1V6WA 2YROA 3KQRA 3FJDA 5T55A 1W3GA 3P6IA 1PC8B 3SITA 4X38A 4LBJA 2A3WA 2W68A 5CB7A 3BRDA 1SLTA 3VKNA 3IM5A 3BRGC 3DS9A 5F8WA 4YW5A 2ZQOA 1MVQA 5GZDA 4XDQA 4XXAA 1W0PA 4Z8BA 1V6JA 2VSAA 2XB6C 1EVTA 4ATFA 5BVPI 1HWMB 2ZGPA 4JRAA 3VUOA 1AXZA 2WSUA 2MIBA 4AN7B 1V6LA 2D7FA 3ZVXA 3HBWA 4FPLA 2AH2A 1EV2A 2VY0A 2D6PA 1AVWB 2NYYA 5E88A 4GOVA 2VUAA 3HMYA 3UJ4A 1TOOA 1ZN3A 4BLJA 5GAQA 2BFHA 1GANA 2SBAA 1VLNA 1GNZA 1QOTA 5IK4A 2A5ZA 4LO1C 2DRYA 3C2UA 5DG1A 4XJWA 2A6ZA 4EFPA 1YVGA 4JP0A 5BXPA 2DTYA 2ZGSA 4Y1YA 1DQOA 4Y26A 1L2HA 3TB0A 4FOVA 3FJIA 2ZGOA 3JUTA 4YGBA 2AGSA 1ONAA 2P39A 4Y22B 4QBVA 2LTNA 2SLIA 5JOYA 3H6RA 1WBFA 5BQMB 1QOOA 2LIEA 5CNAA 1PZZA 1Z0HA 1WW7A 3R05A 4BM8A 2Z42A 4EFQA 1KRIA 1IJTA 5D62A 4Q8KA 3QYDA 1AXMA 1FNZA 2IMAA 3HN1A 1R8OA 4FP2A 3O5SA 4J2SA 3C9ZA 2D6KA 2ENRA 3IAGC 2IHOA 3V79C 2E4MA 3MPPG 4FP3A 5H9RA 4ASMB 4QALA 1PZ9A 3IMNA 5H9SA 2RQ9A 1S0BA 4AN6A 1TEIA 3UL2A 4M3CE 1W6PA 3OYWA 3AXEA 3AP4A 4YW2A 1FV3A 1RZOB 3WO3A 3FJKA 5BOWA 4JAWA 4ZA3B 4J2XA 1PUMB 3O49A 3I29B 1J1TA 4K1YA 1CE7B 3ZC9A 5BP5A 4NOTA 4FPYA 2J3PA 2JECA 2NTDA 3IM0A 5GLUA 3APBA 4Z8SB 1JN2P 4XJ8A 3VT0A 4AVVA 1FWUA 4AVSA 1MR5A 1UPSA 1WD4A 3TC2A 4XOGA 5E8AA 1C1LA 3ZXEA 3PHZA 4KEIA 4WVVA 4AGVA 4ZLBB 3CA0A 4XE9A 3A23A 2D3RA 4BOWA 2V5YA 3AZVA 2X2SA 3P6JA 4LBKA 1ISWA 5FNWA 2G7PA 3WMVA 4QC4A 2DU1A 3CA4A 1QKQA 1KDKA 1IS5A 3VT2A 1Q8PA 2AXMA 2TEPA 3N7JA 2E51A 3BAVA 3DDAA 5T5PA 5BXRA 5HPZA 5CAZA 1QNWA 4H55A 2GNDA 3POYA 4HJJA 2AYHA 4OZXA 4I4PA 1LOGA 1SCRA 1MC9A 1O4YA 4BMEA 4IY9A 1MS0A 1JT7A 31BIA 4QD2B 2D43A 2PHXA 1JLXA 1DLLA 4LBQD 4IZEA 3WINC 1NXD1 2F8XC 5H9PA 3AJ6A 1AFCA 2OW4A 1FN0A 4CTEA 4DCKC 1ISZA 4AYUA 3ILAA 3SH3A 3LTQA 2CWMA 4LO7C 4PBPA 3V0BA 3M3OA 1FATA 4JQ0A 2EIGA 2LALA 3N7LA 2NM1A 1AVUA 3M3EA 4UW5A 2CNAA 2PHRA 2Q9XA 4G6MA 1BFCA 1JYIA 5KXEA 1AVBA 1LOBA 3O4DA 3A07A 4CZSA 4QD2C 3R4UA 1BFFA 1HQLA 3VV1A 3OY8A 2A3XA 3P53A 1DJSB 2E4MC 3PUBA 3Q7WA 1LU2A 1M16A 2A71A 2DS0A 3N7KA 1Q8VA 1VAVA 4TZDA 5G00A 4YG3A 3DUIA 5DUUA 4DRVA 5EYYA 3NWKA 1Z78A 1UZYA 4K21A 4YZ2A 4YZ5A 4ISQA 1LHOA 3UK9A 1NLSA 3D4KA 4XJAA 1ULGA 1RITA 1CPNA 1RINA 3ASIA 1CVNA 4P9YA 3ZXLA 2WT2A 4I8MA 4I4XA 4I37A 4PC4A 4FPJA 2ERMA 4YZ1A 3BAUA 1S0JA 2ZGKA 1GGPB 3VKFC 2WT1A 3N7MA 3QW8A 1D2SA 2ZACA 1N4KA 2R1DA 1AX2A 1QXMA 4JCKA 1MS3A 4YM1A 4LO2A 5AVAA 4LO8B 4Y1UA 3H6SE 4FPFA 5JOWA 4Q26A 1LEMA 2YMZA 2EALA 4LBQB 1Q8OA 2C5DA 3FFZA 3ZSKA 3O4OA 1ENSA 2ETFA 2WSVA 3NF3A 3POSA 4ELCA 1G9CA 3D3XA 5JOZA 1SFYA 4LBMA 3DSEA 3AJYA 5D61A 3O4CA 1X50A 3AX4A 1DYKA 3USUA 3O0VA 3WUCA 1TIEA 2BEBA 3VSFA 1MVEA 5GM0A 2WKKA 3POKA 4OEEA 3FBYA 1N1VA 1QQLA 4H04A 3BX1C 2UU8A 3IKWA 1YO8A 4GAIA 3B9UA 4Q9PA 1HWPB 3JUUA 3FIEA 1IILA 1SBDA 3BAHA 1Q8QA 3OJMA 5DG2A 2XOAA 2M49A 3SISA 1FNYA 3UD7A 4YG0A 1AX1A 1QDOA 4LO1A 4I4SA 3BRFA 1CIWA 2PHTA 2CL2A 3AZYA 4I3NA 2DVGA 1DZQA 2FDBM 3BAGA 4GOYA 4EL4A 4JC1A 4AGRA 5LK5A 3RG0A 4I4VA 3QW5A 1U0AA 2ZGQA 1V6VA 1LEDA 1V6XA 5H9QA 4Q91A 5F8YA 3ZPYA 2PHWA 1N3QA 1DQ4A 4FOQA 3BAOA 2IMCA 4L8QA 1W6MB 5DUWA 1K5VA 1G9AA 1ZM1A 3RMXA 2KI4A 1I1BA 1AJKA 4R9DA 1WCSA 1QF3A 3BODA 4PCRA 5FZYA 1W3AA 1MS1A 4FPCA 4KUFA 1DIWA 4XJ9A 1S0EA 4USOA 2GNMA 5HCFA 1A78A 1N47A 1AXYA 4Q9GA 1P63A 2DRZA 4P9WA 4YFZA 2FFVA 1LECA 1IS4A 3LSEA 5L73A 4FQ4A 1YI7A 1XYFA 1MS8A 1SBEA 1F9KA 5GLVA 4Y22A 4XJZA 4XZPA 3O3QA 2E53A 3EF2A 5BQMA 2A6XA 1DQ6A 4I6IA 1WW4A 2VLCA 3UJ0A 1H30A 2NMOA 3FJHA 3FGMA 3WUDA 3AZZA 3B3QE 1N3OA 3ATGA 1GYKA 1GZWB 2WRYA 4J23B 4KS6A 1EYLA 3AH4A 2EAKA 3RSJA 1QGLA 1BASA 4FPKA 2VXTI 2QN4A 4FVVA 2G7QA 4LO2C 1BKZA 1QDCA 1IT0A 4OUJA 1QOSA 4DENA 3FJBA 4ZJXA 2WQZC 2ZGLA 3RMYA 1LOFC 4BQ1A 1Q03A 2D7IA 5HCAA 3OGGA 4LBLA 4KC3A 4OEFA 3O4AA 2P2KA 2JD4A 3F62B 4H9WA 1TP0A 2GALA 2ZHNA 3SNMA 1DQ1A 5EHAA 2ET2A 2RHPA 2JKBA 1KJRA 1F82A 4RL7A 4AWDA 1TFMB 3QIZA 2P37A 3QJ0A 2CY6A 3KMVA 3WOGA 4I4RA 2OUHA 4LBNA 2EXIA 4OWJA 2EF6A 2G7NA 1CQ9A 4P0LA 5CBLA 2KKIA 4I96A 4I30A 4GP3A 4ENDA 1BFBA 3NV2A 1Q04A 3WINA 3AKGA 4XKIA 2P3JA 1MS9A 1SLCA 2R49A 2ESUA 2KI6B 3BAQA 1H9PA 3ILNA 4Y1VA 1LODA 1Q8SA 2YV8A 1G82A 3CA6A 2ISEA 1BZWA 3AYCA 3D5OA 4A7KA 3BOOA 2W2DB 3WCRA 1YRZA 1S0IA 1F5FA 2Y9GA 3CA5A 3V64A 1PWAA 2GO2A 4IHZA 1LTEA 2GMMA 3IPVA 2D6NA 3ZSJA 3ZYPA 4M3CF 1YIFA 4C1WA 1LHUA 2IWTB 4W65A 3ZXKA 1HCDA 4M01A 3RTIB 1GZCA 3OJVA 1JUIA 1ISVA 4P14A 1QU0A 4ZXKA 3QIXA 4P0JA 4XIKA 1VALA 2BEAA 3OBRA 3S8JA 3ENRA 2C9AA 5F5QA 4GP0A 1SLBA 2D3SA 2R0FA 1YF8B 4L4IA 3WDTA 2FHRA 3PVEA 2DREA 3TAYA 1PZ8A 3OJBA 3AK0A 2K43A 2AREA 3N35A 4I2SA 2WT0A 1V6OA 3UD8A 1HQWA 2VU9A 1SLLA 4XILA 3HOMA 5EC5A 4XMIA 5DZUA 4XTPA 4I0YA 4EB2B 1Z4SA 1IKQA 1S0CA 1AX0A 1ISYA 2A3YA 4CJMA 4HL0A 3JRRA 2G4IA 1S0DA 2VW1A 4GALA 3O44A 2IMBA 5GLZA 1KQRA 1OFSA 1RY7A 3B69A 4YGEA 3ZUQA 4LBOA 5GJ6A 2DTWA 2DURA 4A7ZA 4XBNA 3POWA 3IN9A 1QQKA 2D7RA 1LHNA 3FLPA 3N3HA 2VW2A 3E8LC 3N36A 1D0HA 1LGBA 1N3PA 3C88A 1DFQA 2ISGA 3QLQA 3AJ5A 3WDVA 4LO3C 4YG6A 1G7YA 4Y1ZA 1CPMA 4ZFWB 2YY1A 4LBQA 2ZKNA 1DQ0A 3A4UA 3SLIA 4I4YA 3A21A 4QKRA 4LO0C 3IM7A 3M2MA 5T54A 3WG4A 1ZKXA 3BIWE 3VT1A 3AZWA 4XHXA 3LLPA 4XHBA 1IRPA 5E89A 1AXKA 3OYWB 2D22A 2D24A 3SH4A 1ABRB 2GMPA 5JDBA 2JJ6A 1JT4A 2A6VA 4USPA 4YM3A 4FPOB 1NUNA 2UUSA 2W39A 3I2XA 3U4XA 4KEKA 4XFUA 3WDUA 2ZABA 2AENA 1A8DA 5T52A 3V0AA 5DZEA 1IOBA 1BLAA 1KITA 3NV3A 5F90A 4D0TA 1ULDA 5T5JA 4J1LA 4IQPA 3NBNA 1S0LA 1W6NB 1GKBA 3VKOA 2Z48A 4RA0A 3NV1A 2ARBA 4QKSA 4OEGA 1LHVA 2MC2A 1W6MA 3ZUSA 3WZ1A 1UX6A 2E7QA 4KBBA 3PVNA 1GV9A 5BXSA 5KXBA 3L2YA 4TLPA 5IK8A 3WMUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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