1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
3SH4A 1QU0A 3DEBA 3M3OA 5HCBA 3FUOA 4XBLA 3VKOA 1G9BA 3QYDA 5EYXA 3FBYA 2ZBJA 3WG1A 4X3AA 5FNWA 3W58A 4I2SA 3RG0A 9ILBA 2IMAA 2D6PA 1CVSA 5CA6A 4EFRA 5KXDA 3QLQA 4KUFA 3ZUSA 5BXTA 5KXCA 1JW6A 3VKLA 5F8SA 3MW3A 5E89A 2WT1A 2D1ZA 4P0JA 4UW5A 3UK9A 5D61A 2JE9A 4I1EA 4OWKA 4I4SA 2NTDA 2YZ4A 4UW6A 5JOWA 5T52A 2PHRA 4FQ4A 2DVDA 5H9PA 4F34A 2Y9XE 5L73A 1I1BA 2ARBA 2UWAA 3IIRA 1QXMA 5BQNA 1WBLA 3HSMA 4EB2B 4M00A 2AR6A 3ZSKA 4QALA 3I8TA 4JCKA 5DG1A 1LECA 3WG3A 4OWJA 2HYKA 4P0LA 4XHXA 3OJMA 2GMEA 4XE9A 3BAGA 5T5PA 4P6AA 4XJUA 4FPGA 2ZGNA 1AX0A 4LBJA 1N1VA 1S0IA 4J1LA 3FLPA 5BP5A 2XOAA 4HANA 5CB7A 2NMOA 4FOVA 2FDBM 5KXEA 1S0GA 3LLPA 4I4PA 1ULFA 4EFQA 2LIQA 4ISRA 4MYEA 1Q03A 3AZWA 3JUUA 1SCSA 3KM5A 1TOOA 4LO8B 4DEPA 1QKQA 1LESA 2W08A 3WV6A 3CQAA 1C4RA 4JKQA 1R8NA 4K21A 5GZFA 5CAZA 3ZXDA 2DREA 1CIWA 3R4UA 1Z4SA 1O4YA 1ILR1 2NN8A 3O5SA 4LO1C 4AYUA 3UJQA 2WRYA 3TB0A 1Q8SA 1KJLA 3GALA 2GMPA 4YFZA 1PZ7A 4J2KA 4PC4A 1ONAA 2NMNA 3ILRA 1YI7A 4XOGA 4JC1A 3O4AA 4XBNA 2JKBA 4KEJA 2E4MA 1LEMA 2KI6B 4XXPA 3NV2A 1DFQA 1N1YA 1DQ1A 3H0OA 4XTMA 1II4A 1CN1A 3M3CA 2CY6A 4YZ4A 5H9RA 1I3HA 3TC2A 1H30A 2DURA 5I1BA 2R1BA 1W0OA 4LBKA 4M3CE 4YW3A 2ZKNA 4RA0A 1CONA 3FJJA 1F82A 5EHAA 3AZXA 1GZCA 3AP4A 3WINA 1LHNA 4LBNA 4LO0C 2KM2A 3WDVA 1AF9A 1JQZA 3A07A 2D6KA 4ZGRB 3LSEA 2DS0A 1SZ6B 1R8OA 1PWAA 3AJ5A 5GZCA 4I4YA 3ZXFA 2ZQNA 1QF3A 5GZDA 4XBQA 3A21A 3RS6A 2PHXA 4XYXA 5JOYA 1BKZA 2HW9A 2JD4A 3UJOA 2WT0A 2BFHA 2FGFA 2Q9XA 4H04A 1Z78A 4GKXA 2IHOA 1LJ7A 2DYCA 4TLPA 2WQZC 5DUUA 4YW5A 4XFUA 1U0AA 3AKIA 3WUCA 4X39A 2AENA 2EIGA 3WG4A 1SACA 4Y1YA 4H9WA 4OUJA 2D7RA 3D5OA 2MC2A 3S8JA 1BXHA 4EKXB 3WO3A 3USUA 2GALA 1XTGA 1HWPB 4GAIA 5GLWA 1GNZA 4EFPA 4JKXB 2D3PA 2P3IA 2YROA 3PHZA 3A0KA 1KQRA 1W6QA 3BIWE 4Q91A 1GYKA 1S0LA 1WW6A 2J3PA 3ZSLA 3CRIA 1FWVA 4D69A 3P6IA 2ZGOA 5DUVA 5BQMA 5DUXA 2D6NA 2Y9FA 2ZA9A 3BRGC 2FPQA 4HL0A 4H55A 5JDBA 3FJ9A 2ERMA 1KNMA 3V0BA 1DBNA 1UMZA 4YZ5A 2FMDA 4YFWA 1MS9A 3NV4A 3AJZA 4QKRA 3N7JA 5BQUA 2ZHKA 1Z0HA 3ZUQA 2VXRA 4XDQA 1VLNA 2A6YA 3BODA 2WSUA 3AP6A 3SISA 2ZGMA 4G6JA 3H6RA 1B09A 3VKMA 1KRIA 5IK5A 2ZZJA 4FPHA 1G82A 3N0KA 3PVOA 3ZXEA 2SBAA 1FMZA 1QQLA 3UJ0A 1GBGA 4Y1UA 1O4ZA 1Q8VA 2A6VA 4U2AA 4XJ9A 3RTJB 2RSTA 2A75A 2ZHMA 2P3KA 1IT0A 1W6NA 3D3XA 1HDKA 1UN1A 2R1DA 1LOCA 4FOWA 4JQ0A 4AGRA 2Y9GA 1V6LA 4HA2A 3IKWA 5BYNA 4P14A 1LOEA 2WKKA 1E1HA 2GNTA 3RMXA 2VLCA 3BA7A 5BQMB 4XMIA 3IM6A 5G00A 2JE7A 3WMUA 1DQOA 3SNVA 5F8YA 3SH5A 4AVTA 2HZ9A 1ISXA 3V0BB 4DRVA 1HKDA 2AXMA 4BMBA 5EC5A 2A70A 4BLIA 1LOGA 2FHRA 2UWCA 3I29B 4FOQA 3DS9A 4RL7A 1HQLA 1W6MA 1Q8PA 4OEFA 3Q7XA 1YVGA 2GNMA 1S0BA 4Q8LA 4K1ZA 3CU1B 2ZGPA 3MALA 1J1TA 3FUQA 3LCPA 3U4XA 3H6RB 2RHPA 2M49A 1BFBA 1T3CA 3FJAA 2VUAA 1WLWA 1ISYA 2YUGA 3QW8A 2KH2A 5DUWA 2DRZA 3JU9A 3UJ4A 5CNAA 3O44A 1YBIA 1YTOA 3IM7A 1S1AA 4QO3A 1W6NB 2A6WA 4XFTA 4X37A 3ZX7A 5FRAA 1RIRA 4DCKC 4DPNA 2ETFA 2W2DA 5F9TA 1MVEA 1LHWA 4XZPA 5AVAA 3B9UA 5EWSA 1NZKA 3AFKA 3AJYA 2D3RA 4J23B 4FPJA 4XIKA 4AVSA 3B00A 1SLCA 5DXDA 2ENRA 5DZUA 1ZKXA 3WINC 1JTCA 1GV9A 5EXOA 3T1MA 4DQAA 1Z7HA 3M2MA 3NV3A 2G7QA 4BLJA 2KI4A 1PZ8A 4WZFA 4BPZA 2QN0A 3NJ5A 2WJSA 2NVHA 4EL4A 3JUTA 1W6MB 3N7MA 4ZFUB 3AZYA 3H6SE 2PHWA 3Q9OA 1ZB7A 4FPFA 1IS6A 5D63A 1IS3A 3HN1A 2GMMA 1VALA 2JDZA 1LULA 1DQ6A 5E8AA 1HWOB 3B3QE 4OW4A 2G7NA 1MZ6A 4UW3A 3Q7WA 1JY0A 3RRDA 3WA1A 4PBPA 1N3PA 1J0SA 2DUQA 1OQLB 4YOLA 1ZM1A 1MC9A 1JHNA 1JN2P 3A23A 4PCRA 5B2HA 4W65A 2DU0A 2BEBA 3OGFA 1AVWB 2ZHLA 1KJRA 2ZGQA 3SITA 1BLAA 1D2SA 1PUMB 2A6XA 1LOFA 1ENSA 1TP0A 3QR5A 5SV8A 2AFGA 1V6XA 1RZOB 2LIEA 3AKFA 4Q1PA 3O49A 1FGAA 1JT4A 4GOYA 2VY0A 3WNXA 3AYCA 4OEEA 1MS4A 1EYLA 3VKNA 4G1RA 3SNMA 2AUYA 3O4BA 2XG3A 2DV9A 2EALA 1LCLA 1MS3A 3D6EA 4Z8SB 4Y20A 3M3QA 2WBCA 2ZGLA 3T2TA 4II0A 2LTNA 2DU1A 4G9NA 4ISQA 2P37A 4F83A 4USOA 1W6PB 1IKQA 2F2FC 1SBDA 5T5JA 5DUYA 5GZGA 2ZGSA 3WG2A 5BQUC 3C88A 5T5LA 2I1BA 3H6QA 1A3KA 4XJWA 2EF6A 1N1TA 1F9KA 3ZPYA 4OEGA 1WBFA 2ISEA 4XHBA 3NV1A 1K5UA 4Q27A 1X50A 1CESA 5DZGA 1PZ9A 1C57A 1WCSA 5DZEA 5HCFA 2E51A 2FFUA 1IS4A 4K1YA 2EXKA 2TEPA 1VCLA 4ASMB 1IJTA 3N7KA 2ESUA 4AVVA 4Q1RA 2A71A 2XHLA 1F5FA 1JOJA 2UWBA 2VH9A 1T9FA 1Q04A 2UURA 1LENA 3V65A 4K20A 2ZHNA 5GJ6A 4Y20B 1JXNA 3WDXA 3BWIA 4AWDA 3CA0A 3OJBA 1LHUA 1IRPA 1G8WA 2MIBA 4LO2A 3INAA 5HPZA 3R4SA 3BRDA 2ILPA 3HBWA 5D62A 5T5OA 1RMLA 2PHUA 4ATEA 4I4RA 3A0NA 1DJSB 2A3YA 2GN3A 2D43A 3ILFA 4G6MA 2DRYA 2IMBA 2D6MA 2CTVA 4LBQA 1Z2VA 1AXKA 1AX1A 3WDYA 4LBQD 5GZEA 2VSEA 1DQ2A 2E53A 3FJHA 3AZZA 4ZOTA 3FJFA 1CE7B 2OUHA 4OZXA 1MVQA 1FWUA 1VAVA 4YGBA 4KEIA 4FOYA 4GP0A 4YG0A 1FNZA 2DTWA 3SLIA 2E6VA 3ZXJA 3ZXGA 4FQZA 1WBAA 3O5WB 1WBCA 3QIZA 4A7YA 1N1SA 2A6ZA 3POSA 4I4OA 4FP2A 1G7YA 1JLYA 4L4HA 3QIXA 3WO2A 4ELCA 1FV3A 2ZMKA 4FGFA 3APBA 1IILA 4GWNA 2X2SA 3N36A 4Y1XA 4L4IA 2MLLB 1SCRA 1N4KA 3O4OA 2R0FA 2WLQA 5KXBA 2NYYA 3WCRA 3VV1A 1LGCA 1GZ9A 2BQPA 4NO4A 1R1ZA 3DDAA 4USPA 3WHUA 5T55A 1ABRB 2DWRA 4GAFA 4LBQB 4I8MA 1JLXA 4YZ3A 3ZURA 4J2XA 1AVAC 4QD2B 1HCEA 4XXAA 4Y26A 5H9SA 1BQPA 2ISHA 3OGGA 3ZC8A 3O4DA 4ENDA 1HIBA 4QKSA 1QGLA 1CQ9A 2WSVA 3NBEA 3OBRA 1BZWA 3N35A 3OJ2A 2Z49A 2DUOA 4HR6C 1Q56A 4CTEA 4HEVA 3ZXLA 1AXMA 1I1EA 3PG0A 3MW2A 1JBCA 1FNYA 3BRFA 2C5DA 4R9BA 3O4CA 5JOZA 3DDBA 1YXWA 2PELA 1DQ5A 3VUOA 1MS8A 3A4UA 2VXTI 1SLTA 1TIEA 3BOOA 3L2YA 1CPMA 3K3QB 4R6UB 1AJOA 1QNYA 31BIA 3N3HA 3FLRA 3UDAA 2D6OX 1RG8A 3K1XA 1V6WA 4HJJA 2YY1A 3V0AA 1ENRA 2BEAA 3DUIA 5GALA 3CA4A 4LO7B 3P53A 1LGNA 4FPEA 4JP0A 4ZKTB 4YM0A 3VWCA 1DYKA 3ILNA 5E24E 4L8QA 1UL9A 1TEIA 3USUB 4GOVA 1OQ1A 4Q2FA 4JPZA 5GAQA 2CWMA 1EPWA 2UU8A 2AQZA 3CA6A 5BP5C 5H9QA 1AVUA 2OW4A 5F8WA 2W68A 4C1XA 3R05A 3B01A 1W6QB 4IYBA 1H9PA 1H9WA 3SH3A 2ARXA 2D6LX 3PMEA 4QC4A 3I4IA 4AN7B 4Q9PA 4D0TA 1TFMB 4LBOA 1BA7A 3NWKA 1ISZA 2OUJA 2ZGTA 4CJMA 3MW4A 1AVXB 2AH2A 3ZVXA 1AFCA 2QYIB 1W3FA 4M3CA 3O3QA 2C9AA 2R0HA 2VW0A 1VIWB 1W0PA 1FX5A 3FJIA 6I1BA 4XILA 2A7AA 3ZXKA 2FFVA 1XTFA 1HLCA 1AX2A 3V0AB 2YV8A 4KC3A 1DFCA 4YW2A 2WNEA 4M3CF 2R49A 3EF2A 1UZZA 4KEKA 4P0KA 3QW6A 4IY9A 4LO2C 1BJQA 2X2TA 3AH1A 3AH4A 1DGLA 3OBTA 3VT2A 3CA1A 2VSAA 4KBBA 3AYEA 1MD6A 1HQWA 2E4MC 2CL2A 4UW4A 3AP5A 3WDUA 2GZBA 4XIOA 2G7PA 1WW4A 4QD2C 4WVWA 1MS0A 2P23A 4Y1VA 4JAWA 1GKBA 3OY8A 3WOGA 5HCAA 3AYAA 4FPCA 1WD3A 3OYWA 3VT1A 3AP9A 2DVGA 4I37A 1RINA 1Y7BA 2RG9B 4LO0A 2KKIA 1YO8A 1JT3A 1Q1UA 1GLHA 2JJ6A 2DVAA 1L2HA 3FIIA 2HWMA 2ZMNA 4ZLBB 2AREA 3CA5A 2PHFA 1AJKA 3CRHA 1URXA 5BXPA 2EXJA 4G9MA 3A22A 1XZZA 4Q9GA 2LALA 1V6VA 3POYA 1UZYA 3IM5A 1TWMA 1JUIA 4AGGA 1AZDA 2DVBA 4A7ZA 1W6OA 3IPVA 1LTEA 2DUPA 3BA5A 1SLBA 1SBEA 3HMYA 4ZA3B 2F8XC 4FVVA 1HCDA 2NP0A 1NXD1 4R9AA 4CRQA 1LU1A 2DVFA 2ES3A 5F5QA 1DQ0A 1ISVA 3HR9A 4ZXKA 1S0CA 2K4AB 2D23A 2D20A 1YF8B 3T1LA 1V6OA 4GXLA 4EJ5A 2ISGA 2ET2A 1LODA 2V5YA 3T8SA 2W2DB 1CR7A 1G86A 3ZSJA 5GLUA 2E7QA 5DZFA 4P9YA 3OYWB 4IONA 1XYFA 2FO1A 4I4UA 3LSDA 3BADA 5GLTA 3WDTA 1V00A 3WO4A 1GICA 1IOBA 1BFGA 3O12A 1W3GA 3WLUA 1NUNA 3QW7A 7I1BA 3F1RA 1IRAX 1QDCA 2GDFA 3VSZA 2AGSA 3RTIB 4FPKA 1ULDA 3BAUA 1ZL6A 4FPLA 1OKQA 1FQ9A 4I4VA 1JYCA 3AZVA 2PHTA 1XHBA 1W6OB 3D4KA 3O0WA 4YW1A 3IPVB 3FIEA 1SR4A 1W3AA 4YW4A 1GSLA 1MR5A 4FP3A 3ZYPA 4PF5A 3ZYRA 5FZUA 2VW1A 3POWA 4YLZA 3WMVA 5JLVA 4Q8KA 4XKIA 2EXHA 4XTPA 5FREA 4BOWA 4I1BA 1ULEA 2E7TA 4TZDA 4DFSA 3VEQA 3D7WB 3OPZA 2R9KB 3FGMA 1RY7A 1IKPA 1APNA 1T4QA 1A78A 2A97A 5DG2A 1C1LA 1VAMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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