1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
1G9FA 5D63A 4R9BA 4OWKA 4M3CE 3WDXA 4DENA 1Z4SA 1LODA 1A78A 3KM5A 4ATEA 2HZ9A 3ZSLA 2ZGNA 1UKGA 4DEPA 1ONAA 2HWAA 2D6PA 3FFZA 3CRHA 2R9KB 4FPCA 4EJ5A 2VW1A 2DVBA 4QBVA 2AXMA 1XG6A 5DZEA 1TFMB 1F5FA 1NUNA 4G6JA 3UJQA 1MVQA 4J2XA 1IS5A 1Z7HA 4IZEA 2D1ZA 4UW4A 5DUWA 4JAWA 1LGNA 4R6UB 4HANA 2XHLA 2YV8A 2DVFA 5IK4A 3CA3A 5BXPA 1Q03A 2IHOA 1DQ2A 3VKFC 5GM0A 1EVTA 1LHUA 2BQPA 1ULCA 4FPHA 3VV1A 2VY0A 2EALA 2YMZA 2UURA 3B9CA 5FZYA 4I4VA 3VKNA 3Q7XA 2AYHA 1WUVA 2ZGPA 4P6AA 5JVVA 5DUYA 1S0LA 4KEKA 2FO1A 4PBOA 4KBBA 3VSZA 2C5DA 3C89A 3DS9A 3WO2A 4GAIA 4JRAA 4P0KA 5IK7A 5F90A 2I1BA 1YYNA 1LGCA 5CNAA 4M01A 5HCFA 2DTYA 3WHTA 2IMCA 1W6PA 5GZCA 3ZC9A 5F8WA 4YW3A 3QYDA 1IKPA 4KC3A 1SBDA 4JC1A 3BAHA 4I3NA 1UAIA 2XOAA 3ZSMA 3PMEA 3OBRA 2OUJA 3HR9A 1WW4A 1RG8A 4YOLA 2ISGA 1WBCA 4IYBA 1VALA 1WCSA 2ZABA 5FNXA 5T5LA 4M00A 1VLNA 1SR4A 2D7IA 2LIQA 5CB7A 1ITBA 4R9CA 2EIGA 4HR6C 2EXHA 1IS6A 2FFVA 3AKFA 3R4UA 1HCDA 1R8NA 2BEAA 2DS0A 5JOXA 1DBNA 2ZGOA 4RL7A 3O12A 4JCKA 4WVVA 3SITA 5H9QA 3IM7A 2CWSA 1JY0A 1GANA 2W68A 4OUJA 2ZMLA 3O4DA 4QKSA 4AGVA 1ZL5A 2W2DB 3RMXA 2SLIA 2D23A 4YM1A 1T3CA 4H9WA 1S0JA 3NWKA 1AX1A 3IN9A 3POSA 4ISRA 1SR4C 1AZDA 4FPJA 1JN2P 1V6OA 4M3CA 2NP0A 3C2UA 3NF3A 3CA4A 1XTFA 2WBCA 4PC4A 4TYSA 4EL4A 1FATA 1ISWA 4P9YA 1GLHA 4ENDA 1DFQA 5BVPI 4AVTA 1Z78A 3N0KA 1H30A 2NYYA 5JLVA 3VKMA 1B09A 5GZFA 3O44A 3OJ2A 1DYPA 3ILFA 5EYXA 3ZPYA 4OWLA 4FP3A 1ZA4A 3AP4A 1UPSA 4XTMA 3WDWA 1BASA 1F31A 1CE7B 3DDAA 1Q8SA 4XHXA 2A71A 4GALA 3USUB 1WLCA 1O4YA 4GWNA 2A97A 1DFCA 1WLWA 3OY8B 1C1FA 1LU1A 5BXRA 4XXPA 3V0AB 5T5PA 3I2XA 3H6RA 3FIEA 4XIOA 3BONA 4EFRA 2D7RA 2KKIA 1I3HA 1QDOA 2DURA 1Z2VA 4XMIA 4ZFUB 3Q9OA 4LO3A 3IKWA 1LOGA 3ZURA 1W6NB 2ZGUA 4QALA 2WNEA 1LCLA 1PZ9A 2M49A 1WLDA 1GZCA 4DRVA 1C1LA 2ZZJA 4GP0A 3FJJA 3INAA 5BOWA 2P3KA 3QLQA 1FV3A 2CNAA 2RHPA 1Y7BA 2IWTB 3FJFA 3OJVA 1Q56A 2ZBJA 4GP3A 1G8WA 4LO3C 3JRRA 2GN7A 2JJ6A 2ERMA 2RG9B 1ILR1 4AYUA 1KQRA 5IK8A 3AJ6A 4ATFA 3BAVA 2DVDA 3BA4A 2AENA 3C88A 2R49A 3OPZA 2R0FA 2OUHA 2AREA 5CA6A 4ZBVB 4ZLBB 5H9SA 3LSEA 4XJ8A 1OQ1A 5DUVA 1H9PA 5I1BA 3A0NA 2A6YA 2JKBA 5HCAA 1LOFC 4GXLA 2VW0A 2D6LX 2GMPA 3FJHA 3O5SA 4P0JA 3H0OA 3FLPA 4NO4A 5E8AA 1GNZA 4LBQB 4GOVA 1JLXA 2SBAA 4Y20B 4Q91A 3V0BB 3F1RA 4Y22B 1YXWA 6I1BA 4OEEA 1XYFA 4YZ2A 1SLIA 3WO3A 1JHNA 3A4UA 3VSFA 1A8DA 4D8HA 5B2HA 3QW6A 1FGAA 3D5OA 1N1VA 3POYA 4ASMB 3MALA 3LSDA 1Z0HA 1QKQA 1LOCA 1FNZA 3IMNA 21BIA 3N35A 1KDMA 1GYKA 1QGLA 1G9AA 1DQ6A 1NZKA 1QF3A 1WD3A 1JYIA 1ZL6A 4Q8LA 1IOAA 4C1XA 3AXEA 2JECA 1V6IA 4FPOB 1OQLB 1ABRB 1FWVA 3B69A 2PHFA 1ENQA 1CVSA 5CAZA 1FMZA 2D24A 3T8SA 2DV9A 2DTWA 1WBLA 3NJ5A 5DVHA 2JE9A 3Q7WA 4KS6A 1W6MB 1DQ4A 4P9XA 3WOGA 2GZBA 4Y26A 3BA5A 2D20A 3CU1B 1HKDA 1LOEA 1GICA 1YF8B 4WBCA 4YW1A 5GLTA 3BOKA 4TZDA 3QW7A 2P2KA 1D0HA 4XJWA 2UUSA 4XKIA 2LIEA 5SV8A 1FNYA 4Y24A 1SLBA 2YROA 4LBMA 2EXIA 4JKXB 3UD9A 1W3FA 4Q1RA 3I2AA 4FQ4A 4DQAA 3OGFA 3I29B 4X39A 1W6OB 3OJBA 3FUOA 3ZVXA 3ZX7A 2MC2A 1BYHA 3N7KA 1V6XA 4LBNA 1MC9A 5GALA 3A23A 4DCKC 1WW5A 3BAUA 3AX4A 1CPNA 1CVNA 1ZM1A 2WSVA 3M3QA 2K8RA 1OFSA 3MPPG 3RS6A 3AZXA 1W3AA 2WRYA 1II4A 2CYFA 1DZDA 4I96A 4Q9GA 1IS4A 1BZWA 1AVXB 2CWMA 1BLAA 5JOZA 1QXMA 1GBGA 1DQ0A 3UK9A 3ZXKA 4FP2A 2TEPA 2A6VA 1HWMB 3GNEA 2HYKA 2AFGA 4EEEB 3D7WB 3PUBA 1YVGA 2I2SA 3E8LC 2E51A 3W58A 3RTJB 1GZ9A 1VIWB 1IJTA 3AJ5A 2Y9WC 3NBNA 3A0KA 2E7QA 2WSUA 2WT1A 4I4SA 3T1LA 3H6SE 4JKQA 2PHRA 3I4IA 4I0YA 1FWUA 3AH4A 3WDVA 1LHWA 3UD8A 2EF6A 4UW3A 3O3QA 4KTXA 3S8KA 1IOBA 1QNWA 2PHWA 5GZEA 2P3IA 1ZB7A 1QMJA 3AYCA 2IMAA 5DUXA 3CA6A 5BYNA 1NLSA 2E53A 3I8TA 4DFSA 1S1AA 2CL2A 1DZQA 5HCBA 3Q7YA 3WDUA 5T5OA 1BKZA 4QBCA 5BQUA 3VKOA 2GMMA 1UMZA 4FOYA 1AVAC 5KXBA 3BRFA 1G7YA 4YZ3A 2UWCA 1JUIA 2XB6C 4Y1XA 3FJ8A 2RSTA 2DVAA 3ZUQA 2GMEA 2E4MA 5IUQA 3C8BA 3SNVA 1SLLA 1X50A 5FRAA 5F9TA 4DRRA 4L4IA 1RZOB 3JUUA 3WG3A 5F8YA 1JW6A 2ARBA 3NBCA 1MACA 3D4KA 1JQZA 1JT3A 2J3PA 2LALA 2D7FA 4YGCA 4BMBA 1KDKA 1IRPA 4TLPA 3AXDA 3GALA 1MD6A 2ZGSA 3T1MA 4YGDA 5BQNA 1MS8A 2VXTI 3PVNA 2W2DA 3WLUA 4YGBA 3FUQA 2LTNA 2D6OX 4AGRA 1GNHA 4X38A 4J23B 2B7YA 4M3CF 4KUFA 1OKQA 3QW5A 2AUYA 2Z42A 1JT5A 2YUGA 1MZ5A 5L73A 3VT1A 1N1SA 3ZUSA 3ZSJA 4CTEA 3TC2A 3AZZA 1CESA 3AZVA 1S0EA 2GDFA 4LBJA 2WKKA 1TOOA 4YM2A 4PQ9A 5HPZA 2NZ9A 2PHUA 3BIWE 3VT2A 4G9MA 1JTCA 2WLQA 4OW4A 4Z8SB 2G7QA 5BXTA 3AYDA 5E88A 3B00A 4YW4A 2G7KA 2ZGLA 4YM0A 4XHBA 2ESUA 1CR7A 4OZXA 3FJAA 1XTGA 1Q1UA 4PCRA 3O0WA 5GJ6A 2EXKA 2GALA 1TWEA 1AFCA 3V0AA 2KM2A 3ATGA 2EAKA 1MS4A 4I4OA 3M3OA 3LTQA 4FOWA 2ISEA 1I1EA 2GO2A 3P53A 1BLDA 2CY6A 3POKA 5CBLA 1W6NA 3OJMA 1YTOA 1MS9A 2FDBM 3OGGA 2JDZA 2YXSA 3FIIA 3QCWA 3ZXFA 1DYKA 3OYWA 3K1XA 3SH3A 2GN3A 2A3XA 5T52A 4AN6A 1SLCA 1ISVA 1N1YA 3WMUA 3MW3A 3WG2A 1UZZA 3BRDA 4LO0A 3ILNA 2Q5TA 1MS0A 4Z9WB 1HQWA 1F82A 4FPGA 5EXOA 1LENA 2W52A 2QN4A 3WG1A 1R8OA 3MW4A 5BP5A 2G4IA 4XFUA 1LHOA 5FZZA 1AXMA 4LBLA 3HN1A 1UN1A 1GSLA 5JOYA 2ZMNA 1IHKA 4Z8BA 1N47A 2FHRA 5GAQA 2P39A 3O49A 1LU2A 1VCLA 4YZ5A 2DU0A 4LO0C 3WDYA 1WD4A 3V64A 5EHAA 3BOOA 3RTIB 2A6WA 5BQMB 5DXDA 2ISHA 1TP0A 4AWDA 3AJZA 4P9WA 4A7ZA 1M16A 1SBEA 2ES3A 5JOWA 3W9TA 4R9AA 2W39A 2OW4A 4Y20A 3P6JA 4J1LA 3V0BA 3SLIA 3AH2A 4Y22A 3IAGC 1AJOA 1LEDA 2D6MA 1WW6A 2AQZA 4I4PA 1LESA 2KI6B 5FREA 3BWIA 3WO4A 3RSJA 2Q3NB 1GZWB 4BPZA 2DYCA 1LECA 3W59A 3A22A 4H04A 3N3HA 3VKLA 4XFSA 1FQ9A 3FJIA 3QJ0A 2ZHNA 3M3EA 1TTUA 4I7IA 3NBEA 4IY8A 3ZSKA 2R0HA 4LBOA 4YW2A 4IHZA 1S0IA 1HDKA 3AKHA 1WBFA 2ZHKA 2WQZC 3UJ4A 3KMVA 1G9DA 4BMEA 4J2SA 5GLVA 3VUOA 2ZAAA 2A5ZA 5EC5A 1AF9A 4Y1ZA 4LO8B 1MZ6A 2UU8A 2VXRA 4FPKA 4FGFA 2ETFA 4GAFA 1W6MA 3O4BA 5T5JA 1CN1A 2V5YA 3BAOA 1ZKWA 2WT2A 1EYLA 1D2SA 4PBPA 2ZGRA 4F34A 3N7LA 5GLUA 3O0XA 4D69A 3SH4A 1SFYA 3WHUA 5EG6C 3ZXEA 3WUDA 1V6MA 2P23A 1Q8VA 1G86A 3IIRA 3RRDA 1BXHA 1BQPA 4FPEA 4BOWA 1V6JA 3CQAA 4KEIA 7I1BA 3UD7A 5LK5A 4HEVA 2VU9A 4YZ4A 2FFUA 3D3XA 4X3AA 1W6OA 3ILRA 3N7MA 4DS0A 4LBKA 4ELCA 4QD2C 4CRQA 4BM8A 2DUQA 4EB2B 3HOMA 1O4ZA 3N7JA 4FOQA 3ZXGA 1EV2A 3PJQA 4FPYA 5GZDA 2EXJA 3WA1A 2A8AA 2ERFA 3WG4A 4YW5A 3N36A 3A07A 5KXCA 1ULDA 3APBA 3R4SA 1QU0A 4GWMA 1V6WA 1QDCA 2RQ9A 4G6MA 4FVVA 2DUOA 3WINA 2ZGMA 4ZXKA 1PZZA 2V73A 2L5XA 3ZC8A 3FGMA 4AVVA 1MVEA 2K43A 1A3KA 1PWAA 2AAIB 3TB0A 4HJJA 5EWSA 3F62B 5T54A 3SNMA 1RIRA 4FPFA 3PG0A 4WVWA 3HSMA 1BFCA 3NV1A 1KITA 2XG3A 4XBLA 3POWA 1GGPB 1ULEA 1PZ7A 1YIFA 3CAHA 4ZFWB 4ZOTA 3WINC 1YI7A 1J0SA 3O5WB 3T2TA 3O4CA 1GKBA 3AP5A 1HQLA 1LTEA 4NOTA 1IT0A 1CJPA 2IMBA 3BAGA 3QIXA 1DZCA 2MIBA 1JLYA 2F2FA 3U4XA 1N3PA 4LO7C 3NV3A 4K20A 3SISA 4USOA 3MW2A 2Y9XE 1SCRA 1PUUB 2E7TA 2AGSA 2HW9A 1PZ8A 1WW7A 4XYXA 1FAYA 3ZYPA 3AKIA 3FJ9A 4XIKA 3ZXLA 4QC4A 1ISYA 2G7PA 1IS3A 3IPVB 1W6QB 1IILA 1LHNA 2D6NA 2NN8A 2YY1A 1KJRA 1ENRA 1RITA 2E6VA 1CPMA 2ZHMA 31BIA 4XFTA 1APNA 4K21A 3AZYA 4JQ0A 1PUMB 1XQNA 2GNDA 2ZGTA 1JYCA 4I4RA 3DDBA 3K3QB 3PVEA 1SZ6B 3UJOA 1JOJA 3QR5A 4QKRA 5EYYA 2W08A 1CONA 1TWMA 2ARXA 8I1BA 3WZ1A 1S0CA 5JDBA 4LO2A 1S0FA 1JBCA 1HIBA 2ZKNA 4ISQA 4I6IA 5FNWA 4QO3A 4AVSA 4IZXA 1Q8PA 4WV8A 4OEFA 5BXSA 4FOVA 2DU1A 4Y1VA 5D61A 2P3JA 1LJ7A 3B01A 3ILAA 1E1HA 1TIEA 1E0OA 1ENSA 1FV2A 2DRZA 1W0OA 4Y1YA 4F83A 2ZMKA 5KXEA 1PC8B 2BFHA 1M2TB 2A3WA 1VAVA 3FJEA 4W65A 4LO2C 2GNTA 3WCSA 5BQUC 4EFQA 1AVWB 1DQ1A 1YBIA 4ITCA 3CRIA 1K5VA 1Q04A 2ENRA 4I2SA 2D3RA 4RA0A 1N3QA 2E4MC 2XHLB 1URXA 4YGEA 4I1BA 2VLCA 1MS5A 1ISZA 3FLRA 3WVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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