1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
20040060080010001200050100150200250300350400
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
2004006008001000120012001000800600400200
0100200300400Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
2WNEA 3IPVB 3LLPA 1H30A 4R9AA 1N1VA 3BAGA 3FJKA 3OY8A 1DQ0A 1UPSA 3CRIA 1J1TA 3M3CA 1BJQA 5DZGA 3I2AA 3CNAA 3M3EA 4P14A 1ISYA 4ZFUB 3WG4A 1LU2A 3T1LA 2MIBA 2VW0A 3QIXA 6I1BA 3BADA 2A6ZA 3MW2A 2NP0A 1AJKA 4K20A 4Q27A 4J2XA 4CTEA 1IOAA 1IT0A 5BQUA 2PHFA 2DV9A 4ZXKA 3RG0A 1G9DA 1IS4A 3C2UA 4D0TA 3SNVA 1YVGA 2W39A 4GOYA 3VT0A 5E88A 4CRQA 4I4OA 1VAVA 5DZFA 1T9FA 3FJ8A 1BLDA 4Y20A 2AFGA 1N1TA 4JKXB 1HDKA 4P6AA 3CAHA 4FPJA 3QW5A 2WSVA 2HZ9A 4XE9A 1SR4C 3WO3A 4ATFA 4Q8LA 1LOFA 4W65A 5GM0A 2ZACA 2GO2A 3PHZA 4AVVA 3WCSA 1ZKXA 3QW7A 5DXDA 1JTCA 1TIEA 3NBEA 3WINC 2ZGRA 2D23A 4XJWA 1V6NA 4PQ9A 2HW9A 3BA4A 5L73A 3SISA 3BAOA 1I3HA 2JD4A 5CA6A 3A0NA 1BFCA 4FP3A 4LBJA 1DFCA 5GALA 4Y1VA 4M3CA 1V6JA 1AVXB 1RMLA 3AX4A 3WNXA 2Y9FA 4PCRA 2R16A 3VV1A 3VKMA 3CU1B 3UJOA 3CA0A 2A3YA 3O0XA 1QOOA 4YGBA 2WT2A 1MS0A 3WG1A 3BAQA 4DCKC 5KXCA 4Y22B 1WD4A 5GLTA 1QF3A 4XKIA 2DU1A 3N7MA 1AX1A 2W2DB 2WT1A 8I1BA 4I2SA 3CA6A 3O4BA 3CA5A 4ITCA 4OWLA 3AJ5A 4RL7A 2KH2A 2RHPA 3AP9A 1FYUA 3IM0A 3UDAA 4ZFYB 1UAIA 1WLWA 3ZXLA 1S0DA 4YW4A 1WW7A 3POYA 1RITA 5D61A 3P53A 2EF6A 2EXHA 3W58A 4P0KA 4XFUA 3CA3A 2ZMLA 1HLCA 1UZZA 21BIA 4YG3A 2DYCA 4FPHA 1LGCA 3I4IA 3DEBA 4XHBA 3HR9A 1CVSA 4U36A 2JE9A 1LCLA 1JHNA 1XYFA 1ULDA 3I29B 4H9WA 4LO8B 2F2FC 1A3KA 2KI6B 1BYHA 3IM5A 2NM1A 4YM0A 1AZDA 3O5WB 4AN6A 3FJBA 1AX0A 2DS0A 4GALA 1LOCA 5BP5C 2E6VA 2KLLA 3I2XA 2ZGOA 4EFPA 2A8AA 2AREA 4KS6A 5IK8A 4LO7B 4YZ3A 4I1BA 5FZYA 1AXYA 5SV8A 4ZBVB 5T5OA 4XBLA 1W6MB 4ASMB 4AGVA 3H6QA 3ZYPA 2AQZA 3MALA 1JT5A 2RQ9A 4AN7B 4I4RA 5JOYA 1C57A 2PHWA 4R9BA 2ZZJA 2DRYA 5CAZA 1LENA 2Z48A 4GP3A 5D63A 2GNMA 2DRZA 2ES3A 1BFBA 2DUOA 3O3QA 3UD8A 5GJ6A 5BVPI 4XJ9A 4QKSA 1W0PA 1F9KA 5BXRA 3RS6A 2NMNA 1T3CA 2ISGA 1Z4SA 1R1ZA 3NBNA 2AXMA 1AVWB 3BRFA 2HWMA 2ZA9A 3B3QE 1LGBA 1DQ1A 1WCSA 3OYWB 3UK9A 3ENRA 4IHZA 3POSA 4NO4A 1HCEA 4GOVA 4Q2FA 2R0HA 2H0BA 1Y7BA 4Q91A 1R8OA 9ILBA 1C1LA 3HOMA 3KQRA 2XB6C 3AXEA 1RY7A 5F9TA 3IIRA 1WD3A 4IYBA 3W9TA 2AH2A 4I4SA 3KM5A 1WW4A 1N1SA 1FGAA 2I1BA 2P3JA 1F82A 1KJLA 1YXWA 1A78A 2V5YA 2XHLB 1WBLA 3O5SA 5EXOA 5BQUC 1W6NB 2VW1A 1S0GA 1ZA4A 1AXKA 3IMNA 4EJ5A 1Q1UA 3N7KA 1SLBA 4YOLA 3A07A 2X2SA 5EHAA 5IUQA 2VH9A 1RIRA 3D3XA 5BQMB 1W6PA 4YLZA 3JU9A 3ZSMA 2Z42A 4IQPA 5T50A 5HCBA 1AXZA 2DVFA 5HPZA 5DZUA 3RSJA 1Q8SA 3H6SE 4GWNA 1S0LA 5T55A 3WINA 1U0AA 3ZPYA 4FGFA 5BYNA 3QIYA 4XXPA 3A0KA 1GNZA 5GLVA 5CBLA 1QQLA 1QMJA 3AYAA 1SCSA 1OKQA 1V6IA 3ILNA 4XDQA 5JOXA 3AKHA 3R05A 2DTWA 3FGMA 5BXTA 1MZ5A 1FNZA 5BQNA 1JT7A 2E7TA 2ZGMA 1PWAA 4XXAA 1GYKA 1UZYA 4ZJXA 1HCDA 2FO1A 3FFZA 4I0YA 4EFQA 4FPEA 4Y1UA 1CJPA 4JP0A 4GWMA 4FQ4A 3USUB 3OGFA 3AJ6A 2R9KB 2ZAAA 5GZEA 4LO7C 1CESA 1SFYA 2DWRA 3QW8A 1W6QB 4FPGA 5DUVA 4TYSA 2WQZC 4KEKA 3WDVA 2BEAA 2M49A 3VWCA 3O4OA 3WUCA 1AJOA 5DG1A 1V6OA 3TAYA 4G9NA 4ISQA 2PHXA 3DUIA 3AP4A 5F8YA 1LOBA 5E24E 3IPVA 3PUBA 4FOQA 4I96A 4OWJA 1KNMA 3BX1C 3WMVA 1FWVA 1GICA 2ERMA 1V6LA 2LIEA 2HYKA 2JECA 3AH1A 3PVEA 4D69A 3W59A 3FLPA 2D6KA 1MVQA 4FOVA 2ZMKA 1G9FA 3FIIA 1GNHA 1GLHA 1LHNA 1GZWB 2NVHA 2LIQA 1SBDA 2F2FA 3AH2A 1E0OA 1PC8B 2ESUA 3WV6A 3P6JA 1DGLA 3WOGA 4LO2C 1VLNA 1MS8A 1AXMA 1CVNA 1CIWA 1BARA 3ZC8A 4GKYA 3WO2A 3JUUA 4JAWA 1CE7B 5BP5A 3UJ4A 5EC5A 5JOWA 1HKDA 3A4UA 3VKLA 1N3QA 5GZDA 4UW3A 4YZ2A 1G82A 1KJRA 3AYCA 1GZ9A 3KMVA 1ILR1 3JUTA 3N7JA 1WBFA 1JXNA 2NN8A 4FOYA 3B9CA 4I6IA 2D7IA 3BAHA 1GBGA 4L4IA 1WW5A 4I4QA 1DYPA 1MS4A 5E8AA 3SNMA 1TTUA 2DVDA 5CNAA 3LTQA 1XTFA 5F8WA 3RQ0A 2HWAA 3POKA 3ILAA 3WHUA 3F62B 2NTDA 1KQRA 1BKZA 3WA1A 1JOJA 3IM7A 3WG3A 1DZDA 1EPWA 1CPMA 1E1HA 2ARXA 3B00A 1GZCA 1SBFA 2UWBA 4K21A 1ENQA 4OEFA 2DUQA 2VUAA 2TEPA 1S0EA 3FJEA 3IN9A 1FV2A 5GZCA 5DSSB 1DLLA 4HL0A 2F8XC 1PZZA 4Y22A 1WBAA 2A3WA 2WBCA 1JYIA 1W3GA 2W2DA 1TP0A 4EL4A 2Z49A 3C8BA 4FVVA 4P9WA 1CQ9A 3WUDA 3AZVA 4GAFA 2PELA 5GZGA 4KBBA 3V64A 1A8DA 4LBLA 4LO0C 1YF8B 4XZPA 1MR5A 1EYLA 3NF3A 2VXTI 3S8JA 1LTEA 4LBNA 4PF5A 4J2SA 3FJCA 4CJMA 2ILPA 4YM1A 5FRAA 1FV3A 1G8WA 4USPA 1HQLA 1BQPA 4YZ1A 5DG2A 1SLLA 1C4RA 4XMAA 1XQNA 2GN7A 1N4KA 2ZGLA 1LHUA 1YI7A 1FX5A 4AYUA 2CY6A 4P9XA 1DQ6A 4G6JA 4UW5A 5DZEA 4XMIA 3N36A 1FMMS 3H6RA 4ZKTB 1JT4A 1Q8PA 4ZA3B 2E4MA 4XILA 5FREA 1SLIA 1ENSA 4YFWA 1ONKB 1SLTA 1UL9A 3WCRA 3V0BA 1LOGA 1IHKA 2D43A 3E8LC 4L4HA 3UD7A 1IS3A 4IY8A 1NXD1 2AYHA 1QGLA 3K1XA 1W6MA 1DFQA 1BFFA 3ZURA 1HWPB 1V6KA 4KC3A 3VEQA 4LO1A 1IS5A 1JY0A 4SLIA 1PZ9A 1GGPB 1SBEA 2JDZA 2ZGQA 1LU1A 4J2KA 3ZC9A 3AK0A 4YW2A 2D20A 4OEEA 3D4KA 4JQ0A 4P9YA 1FMZA 3JRRA 1XG6A 2C9AA 2Q3NB 4Y1XA 4DRRA 2Q9XA 3HN1A 3RMXA 5F90A 3M3QA 4XJ8A 3A22A 4YM2A 4EB2B 1PZ8A 3OYWA 4WVWA 4FPLA 5E89A 3NWKA 4AVTA 1FWUA 4XFSA 4Y20B 5IK4A 4YW5A 1X50A 3PG0A 1DQGA 5DUYA 1ONAA 1IKQA 2GMPA 2CWSA 2R1BA 4JC1A 1IKPA 1ISWA 1I1EA 4LO2A 1V6MA 4FPOB 4C1XA 4EFRA 1MS9A 2XHLA 1PZ7A 2MC2A 3FLTA 1W6NA 2B7YA 1MD6A 4I37A 1BXHA 2VXRA 4ISRA 1N3PA 3NV1A 5BOWA 4QC4A 1QDOA 2EAKA 4G1RA 4KTXA 3WZ1A 3BA7A 5H9PA 3ZSJA 5BQMA 1IS6A 4BOWA 1BLAA 4NOTA 1ULEA 4PBPA 5DUUA 3QCWA 2UU8A 5GZFA 3VKOA 1BASA 5DUXA 3VKFC 4II0A 1MZ6A 3V65A 2NMOA 3IAGC 1FNYA 1O4ZA 3ZVXA 5T5JA 1S0FA 3OJMA 3Q9OA 3VKNA 4A7ZA 2CL2A 1JLYA 2EALA 2R49A 1Q04A 3HMYA 1N47A 2GN3A 2WT0A 3BAUA 2YV8A 4QBCA 1TOOA 1LGNA 1ABRB 2DVGA 4I4XA 3AZYA 4BQ1A 4I3NA 1PUMB 1TWMA 1FQ9A 2WRYA 3AKGA 1GSLA 2A97A 3SITA 5H9QA 2OUHA 1W3AA 41BIA 4C1WA 1KITA 1IJTA 1O4YA 1WLCA 2D44A 3MW4A 2ERFA 1PUUB 1JN2P 3AP6A 3AKFA 4ELCA 3ZSLA 1SZ6B 1DJSB 3OJBA 3CQAA 4ZOTA 4BLJA 4Q26A 2FFUA 5D62A 2VSAA 2UWAA 4Y1YA 3USUA 1DBNA 3FUQA 1LEDA 3BONA 4XYXA 2ZHNA 4Q8KA 3LSDA 3M2MA 2AENA 1JW6A 3RMYA 3RRDA 4XTMA 5JOZA 3K3QB 2D6PA 4LO0A 1HKNA 1RZOB 1Q8QA 2PHUA 1XZZA 5FNWA 2A71A 2R1DA 2Y9GA 4UW6A 2W08A 1I1BA 2MLLB 2G7KA 3OPZA 2ZGKA 4QD2B 4HANA 3AZXA 3ILRA 3IKWA 2K43A 4JCKA 4I8MA 1AVBA 1D2SA 5F8SA 4OWKA 2QN0A 1H9WA 2FDBM 2EXJA 1GZWA 2BQPA 3P6IA 4YW3A 3R4SA 3C9ZA 1T4QA 2KM2A 3N3HA 1QKQA 1ENRA 5DUWA 1G9AA 1NLSA 1HWMB 3O4AA 3ZUQA 4FQZA 1GKBA 2E7QA 3CA4A 1CR7A 3WDWA 3ZXGA 4LBQD 3VT1A 1YYNA 4JRAA 4J2YA 2GMEA 4G6MA 3UJ0A 2RSTA 5CB7A 2E4MC 5KXBA 1RINA 1URXA 2CTVA 2EIGA 1M2TB 1S1AA 4DRVA 2A6VA 3QYDA 2JE7A 3AP7A 4X37A 4XFTA 1SLAA 3TC2A 3INAA 3BIWE 1QQKA 4J23B 4YW1A 2PHRA 1IRAX 2VU9A 3NV4A 4BMEA 4LO1C 3FLRA 4AGRA 2WKKA 4XJUA 3ILFA 3AJYA 5H9SA 3D7WB 3OJ2A 2YZ4A 1K5VA 3C88A 4FOWA 4HJJA 5G00A 1QXMA 4G9MA 4M3CF 1T3AA 1F31A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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