1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
5AVAA 3RS6A 3W59A 2FFVA 2ZAAA 2DVFA 2CL2A 1BA7A 1LTEA 4IQPA 2Q9XA 3ZXDA 2BEBA 4FPLA 4AGVA 4P0KA 4KEJA 2FHRA 3DGTA 4WZFA 4ITCA 4AN6A 4OW4A 3ATGA 2FPQA 5T5LA 4LBQB 4AVVA 1E0OA 2WLQA 1VCLA 4TZDA 3BAUA 2ZQNA 5GALA 4R9BA 5EHAA 3VEQA 1L2HA 3U4XA 1XYFA 1MACA 1V6KA 2ZA9A 1U0AA 1ZL5A 3ZYRA 3OYWA 4CRQA 4GXLA 1HCDA 4XJ9A 5DUVA 1LOFA 2E7TA 2EAKA 1CVNA 2A6XA 3EF2A 1LOGA 3RMXA 2X2SA 2PHUA 3WDVA 1PZ9A 4QKSA 4HJJA 1BZWA 1FAYA 3MW3A 1M16A 5DUWA 4USOA 3AZYA 5T5JA 1CPMA 41BIA 4P0JA 2DVAA 4P14A 4YG0A 1GV9A 1QF3A 4XYXA 1SLLA 4FPJA 3A4UA 4UW6A 4XFTA 2P3IA 1WBCA 1SR4A 3D7WB 4KUFA 2HZ9A 4J2YA 2IMCA 2F2FC 4ATFA 4Y22A 1CN1A 1AXYA 4CJMA 1W6NB 4GWMA 2HWMA 1N4KA 2VW1A 1CVSA 4G6JA 4LO3A 3BAVA 4DQAA 3WDUA 2QN0A 4U2AA 1YTOA 4FQZA 4BM8A 1GZWA 1CQ9A 4TLPA 3QYDA 3WA1A 1S0DA 2ZMKA 1FATA 1JOJA 3C89A 3PVEA 2A5ZA 2VW0A 1G9DA 1XTGA 1FQ9A 4I7IA 3FJ9A 4PF5A 1IS6A 1GSLA 3V0AB 1W3GA 4XILA 2XHLA 1A78A 5E88A 2K43A 4UW5A 3PMEA 3AP9A 3ILRA 4M3CA 4L4HA 3PHZA 2XOAA 4YM2A 1JW6A 4XJWA 1LESA 2G7PA 1MVEA 3UL2A 5FNWA 3V0BA 1LOFC 3WO3A 1DQ2A 5GLZA 3O4DA 3B3QE 1AXKA 3MALA 2RHPA 1QXMA 3BAOA 2I1BA 1V6OA 3IIRA 4I4VA 2ETFA 3H0OA 3RTIB 3ILNA 2Q3NB 2AAIB 3FJHA 2J3PA 3K1XA 1YI7A 5D63A 1FV3A 1SR4C 1CIWA 3A23A 3V64A 1N1TA 3L2YA 2AENA 1TEIA 1SLCA 3ZXEA 2AREA 2MIBA 3OYWB 4OEFA 1V6XA 4I3NA 2Y9XE 5DSSB 1ZA4A 1R1ZA 1KITA 3VKOA 4GKXA 4ASMB 2ZGKA 1VALA 3D4KA 4XBQA 2QYIB 4YGDA 3M3CA 3A22A 4J23B 4I4PA 1YO8A 1WW5A 5T50A 3DS9A 3IM5A 4HR6C 3OPZA 4IYBA 4Y22B 3O4AA 1WW7A 3FJJA 1DJSB 3NV4A 5DUYA 1N3QA 2LTNA 1DBNA 1W0OA 2WT2A 5EYXA 4D0ZA 1JUIA 1SLAA 1NLSA 1WW4A 4G6MA 1ISVA 1GZWB 4ZFYB 5H9QA 3WZ1A 3BA4A 1W3AA 2HW9A 4IZEA 5GJ6A 3T8SA 4GWNA 3HOMA 2ZGTA 2LALA 3POWA 1IS3A 1X50A 4GKYA 3GNEA 3USUA 4XZPA 4G1RA 3ILFA 3O5WB 3M3QA 2DTYA 3QW7A 2XHLB 4AVSA 5BOWA 2PHTA 2CYFA 4JKXB 1BJQA 1JN2P 4M3CB 1G7YA 3APBA 4ZOTA 3UDAA 2ILPA 2DUPA 5GLWA 4DS0A 5JDBA 3POSA 3V0BB 1AJKA 1Z2VA 5DG1A 2V73A 2GN7A 2L5XA 5D62A 2W39A 4YW4A 1XG6A 4ZGRB 3AX4A 3CA3A 4AWDA 4LBMA 5CAZA 2VXTI 1IRPA 1S0EA 2VW2A 1GZ9A 5I1BA 1LJ7A 1UKGA 1CJPA 4LO7C 4I30A 1YF8B 5IK8A 4YW1A 3SH5A 3SLIA 1ZKXA 4EKXB 4J1LA 1I1EA 3IM0A 4FP3A 2R1DA 4XXAA 3N36A 1LCLA 6I1BA 1HWMB 3LCPA 4XTPA 5GZDA 1WD4A 4Q2FA 1LU1A 2Q5TA 1UZYA 2GNBA 2ZGMA 2AGSA 2KI6B 1QKQA 3B00A 3AKIA 4LBJA 1DQGA 5BQMB 4BLJA 3C8AA 2FO1A 2OUJA 5GLTA 1HWNB 1F9KA 1DLLA 4XIKA 3AZVA 4FPFA 4U36A 4LO7B 5DZUA 4KC3A 5F5QA 3FBYA 1LGBA 4A7YA 1W6OA 1W6PA 3LLPA 3CU1B 2ZBJA 1ZB7A 4Y26A 3D3XA 3RTJB 1JLXA 2ESUA 2YV8A 3BOKA 5L73A 2I2SA 3AYDA 3IMNA 1MR5A 1JQZA 4XXPA 3ASIA 3I2AA 3C9ZA 3TB0A 2VH9A 1V6LA 1W0PA 4YGBA 3USUB 1OQLB 4DRVA 2AYHA 4XDQA 2AQZA 4F34A 3BOPA 2G4IA 2A6VA 3T1LA 1WCSA 2D6MA 2P2KA 2RG9B 5GZFA 3M1HA 3NV2A 1PC8B 3OY8A 3AKGA 2D23A 2NTDA 3O4OA 4HEVA 2OW4A 4YM3A 3VKFC 4EFRA 3OGFA 1DIWA 4XJAA 3C8BA 5BXRA 2ISGA 3FLPA 2VSEA 2D7RA 1RZOB 3FJEA 3PVNA 4JPZA 3ZURA 1FNZA 1I3HA 1WBAA 4EEEB 2A6YA 4C1XA 3E8LC 3N0KA 4BMEA 4Z9WB 2NYYA 1QDCA 4OWKA 3WNXA 3FJKA 4NO4A 2R1BA 3VT1A 2RQ9A 3FJDA 3HBWA 3BRFA 5JOYA 5EYYA 2JJ6A 1MZ6A 2EXJA 4M3CF 4YFWA 3AYCA 2GN3A 1CESA 4FPGA 1HIBA 3O4BA 1Q8PA 3QIXA 3IKWA 3Q7WA 4QBCA 2QN4A 4EFPA 1LOBA 1TWEA 5H9SA 1QQLA 3OJVA 1GBGA 2A8AA 1DZDA 4ZLBB 3VKNA 1YXWA 3ZYPA 2G7NA 3M2MA 4Q9GA 1RMLA 4DEPA 1QOSA 1LHUA 2H0BA 4Y1UA 2D3SA 5CNAA 1W6OB 1W6PB 3O4CA 3N3HA 1S0LA 1SLBA 1VIWB 1SZ6B 1Z7HA 1S0CA 4FOYA 4EJ5A 2P3KA 4R9DA 3AXEA 3CRIA 4PBOA 4I4QA 3CA1A 1ISXA 3C88A 1HLCA 2EXKA 3BAQA 3QW5A 4D0TA 1G9BA 3NBNA 1ZL6A 5E89A 4QKRA 4SLIA 3BIWE 5DUUA 4A7ZA 2ISEA 1GLHA 1S0BA 4HL0A 3JUUA 4X37A 3FGMA 1KJRA 1ISWA 4WVWA 4D8HA 1N1YA 5HCAA 3OY8B 1LGNA 4GALA 3TAYA 1BFBA 5HCBA 3QJ0A 2JKBA 2VY0A 5JOZA 1GZCA 1RY7A 2VSAA 5KXCA 3AP5A 3FJFA 1ZN3A 2OVUA 1OQ1A 1DQ5A 5B2HA 2UUSA 1AX0A 2JE9A 1ITBA 3AKFA 3ZSMA 3AP6A 5DVHA 1AVBA 2A3WA 1QNWA 4FOQA 3TC2A 1BXHA 4Y1ZA 4I6IA 2AXMA 1KDKA 4JRAA 4WV8A 2X2TA 4F83A 3ZC8A 4IZXA 3KMVA 2R0HA 1APNA 1WW6A 1LGCA 1DQ1A 3AFKA 5JLVA 2VXRA 2A70A 1G86A 3OJ2A 3T1MA 3M3EA 1LHOA 5D61A 4YZ5A 3R4SA 3UJ0A 3AP4A 1WLWA 4OUJA 1G9FA 5T55A 2ZMLA 1W3FA 3BX1C 3WV6A 4XTMA 4GAFA 3N7MA 3VV1A 3AYEA 3ZVXA 3DSEA 4XHBA 4XFSA 4YZ3A 4YLZA 1M2TB 3PVOA 1P63A 1XZZA 2D7IA 4FPHA 4ZXKA 3JUTA 5KXDA 2Y9FA 3FJ8A 4J2SA 4FP2A 2ZGUA 3WCRA 3IAGC 1EPWA 3VT2A 1IKPA 5KXEA 2DS0A 1EYLA 1DHKB 4GA9A 2SBAA 3AH1A 3A0KA 2GMPA 4PQ9A 2P23A 2CNAA 4Q8KA 1Q8VA 3HALA 3AJ5A 1NZKA 1MD6A 3VKMA 3W9TA 3VSZA 1V6UA 3B9UA 2A3YA 3M3OA 1DQ0A 2DWRA 1NXD1 1OKQA 1ABRB 4Y20A 2ERMA 4MYEA 3F62B 1JT5A 4P9WA 1Q03A 3OJMA 5DZGA 1HWOB 2WBCA 4I4OA 4JC1A 2MLLB 1S0FA 1W6MA 2FGFA 4XJZA 4LO1C 5GZEA 4USPA 2WSVA 1SLTA 1UZZA 1FNYA 1H9WA 1N3OA 2Y9WC 3R4UA 1C1LA 2WKKA 1BKZA 3CAHA 2ZGPA 2SLIA 5F90A 5BQMA 4LBQD 4OWLA 1TWMA 4ATEA 1JT3A 1V6WA 1RIRA 3O0XA 2P3JA 2ZABA 2ZGQA 1BASA 1YRZA 1O4YA 5IK4A 2KI4A 2D1ZA 3NV1A 3WINA 2ZHMA 1NUNA 1GKBA 3AJZA 5GAQA 1G9AA 1IS5A 1QOTA 3O0WA 1Q1UA 3ZSLA 2ZQOA 4YW3A 3BB2A 3POYA 3I29B 2DURA 2AFGA 3QIZA 4QC4A 1IS4A 3WUCA 1W6QA 2XG3A 3ZSJA 2DUOA 2E51A 4YZ2A 4BPZA 2Y9GA 5EXOA 3WG3A 2DRYA 3BA5A 1T4QA 4I4RA 3FLTA 4X38A 5BXSA 2NZ9A 1N3PA 5EG6C 1UMZA 5BQUA 4AVTA 2DYCA 5GZCA 4R9CA 2LIEA 3NWKA 1JXNA 3FJIA 1MVQA 1V6VA 3SITA 1JT7A 2WT1A 1BQPA 1SLIA 2EXIA 2D44A 1IT0A 3B9CA 4P0LA 5EC5A 4L8QA 1JYCA 2UURA 1WUVA 3AH2A 5BP5C 1HCEA 1IILA 1OFSA 1MS4A 1G9CA 2ZMNA 2GMEA 3NV3A 2EALA 4Y1XA 2PHRA 1V6IA 3ZSKA 3WO2A 2UWBA 5FRAA 3QR5A 2CWMA 1DFCA 1CPNA 1AVUA 2D3RA 2WQZC 3MW2A 1LULA 3GALA 4Y20B 3NF3A 3N7KA 1JY0A 3BADA 5T5PA 4ISRA 3WINC 4YOLA 2WNEA 4XMIA 2D20A 1WLCA 2E4MA 2V5YA 2Z42A 1ULFA 2ZGSA 3HN1A 4IHZA 1W6MB 1KDMA 2AR6A 1DFQA 5SV8A 1ZM1A 3NJ5A 3T2TA 3JRRA 4FPCA 1HKDA 1JHNA 3D6EA 4M01A 3MPPG 2ET2A 1GANA 1QOOA 1YYNA 1IHKA 5T52A 3D5OA 4Q27A 5BYNA 3CA6A 4I0YA 4FQ4A 5E24E 5LK5A 3H6QA 5BQUC 1GICA 2DRZA 4R9AA 3RMYA 1TOOA 1SACA 5H9PA 3SH3A 1QDOA 3FJAA 2GALA 3F1RA 3VWCA 1BFGA 3O5SA 1S0IA 1Z4SA 4QALA 2R49A 4PBPA 4WBCA 3I4IA 1W6QB 2BQPA 1FWUA 2A75A 1MS9A 3RSJA 1GGPB 4P9XA 3R05A 1LOCA 3ENRA 2ZR1B 3WG4A 2NVHA 3KM5A 3CQAA 4J2XA 2WSUA 3AK0A 4I4SA 3QW6A 1FGAA 2D3PA 3Q9OA 2ZHLA 1UX6A 1AJOA 2DU0A 3QIYA 4DRRA 2OUHA 4FOWA 4AYUA 4R6UB 4K20A 5BQNA 1A8DA 1H30A 3OJBA 2P37A 4I1EA 1B09A 1PUMB 1TP0A 1Y7BA 2E4MC 2FFUA 3NBDA 4FGFA 4K21A 3PJQA 2XB6C 3AZWA 4YZ1A 1SBDA 1ULCA 1N47A 3I2XA 2D6PA 2PHWA 2K4AB 3SH4A 4ZKTB 2A71A 2G7QA 2NP0A 4YW2A 4I4YA 5FREA 1FN0A 1AX2A 4QD2C 1S1AA 4X39A 2WRYA 5T54A 3QW8A 1H9PA 3OBRA 1URXA 1FX5A 8I1BA 4M00A 3P6JA 3WVJA 1F82A 2FDBM 1BYHA 4YGCA 2NMOA 4HANA 2A6ZA 2VUAA 2IMBA 1V6MA 4XBNA 4XMAA 1YIFA 4FPYA 3ILAA 3OGGA 4AGRA 1N1SA 5FZYA 2ARXA 2R9KB 2HYKA 3WLUA 2WT0A 1WD3A 2IMAA 4KEIA 4FPOB 3ZUQA 1KQRA 2KH2A 4M3CE 1C4RA 4CZSA 1HQWA 4RL7A 4XJ8A 3ZXJA 4KBBA 5E8AA 2IHOA 3NBEA 1SFYA 2UWAA 3BODA 2P39A 1MS1A 1PUUB 1J1TA 3AJ6A 2D24A 1MS8A 4I96A 4Y1VA 3A21A 5DZEA 3P6IA 2DU1A 2ISHA 2NN8A 7I1BA 3CRGA 1DYKA 3A07A 4BMBA 2ES3A 1Z78A 4K1ZA 3PG0A 4DENA 3POKA 1LOEA 4PC4A 3DDAA 4Q91A 1Q04A 2CWSA 4I37A 2D6OX 4XBLA 3ZX7A 1RG8A 5GM0A 1UL9A 1ENRA 4XKIA 4ZFUB 1ULEA 2D22A 2KLLA 4GOVA 2YUGA 3DEBA 3B69A 1ISZA 3WDYA 2JDZA 2VU9A 2D43A 3FUOA 1QGLA 4UW3A 1IOBA 1IKQA 3OBTA 3UJOA 1MS0A 1BFFA 2Z48A 2JE7A 2ENRA 1AVXB 4AGGA 1AZDA 3FIEA 3V65A 2D6KA 2JECA 1VAVA 1GNHA 1KRIA 1C57A 4LBOA 5BVPI 1DQ6A 3FJBA 1C1FA 2GNDA 1UAIA 5JVVA 2LIQA 5GLVA 3IM7A 3INAA 31BIA 3C2UA 1QNYA 1HDKA 1LHWA 5T5OA 4I2SA 1E1HA 2RSTA 4ZFWB 2IWTB 4YGEA 4H04A 9ILBA 3ZC9A 4LBKA 1D0HA 2W68A 2F8XC 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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