1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
5HCBA 2A5ZA 2ISEA 2ZGRA 3TAYA 3A07A 4J23B 4XMAA 2FFVA 4IONA 3H6SE 3WV6A 3LLPA 3AH2A 2VLCA 5B2HA 5BP5A 1HQLA 3GALA 5T5OA 3V0BA 1S0BA 4UW4A 4KTXA 2NYYA 5D61A 3O5SA 1T4QA 4QO3A 1DYKA 2WSUA 3OYWB 4NO4A 1N1YA 4YG3A 3VEQA 4II0A 3AXEA 1ISYA 5L73A 3MPPG 2CWSA 3VSFA 1W6MA 2VW1A 1UMZA 1YTOA 4DS0A 4DQAA 2A6XA 4I3NA 1N1SA 3WNXA 3CA4A 3POKA 4XE9A 4XBQA 1R8OA 3FUOA 4FP3A 5IK7A 1APNA 1V6VA 3FJBA 1SLAA 5DUUA 2V73A 1NLSA 4WBCA 4QC4A 2DWRA 2ERMA 1AJKA 4GKXA 1V00A 2NVHA 3RSJA 5CBLA 5H9PA 3AH1A 3CA3A 4PC4A 3ASIA 2KH2A 2GDFA 4Y20A 1PZ7A 1Z4SA 3QW6A 2E7TA 4EL4A 2MLLB 1Q8SA 4L8QA 1CR7A 3BA5A 1W6PB 5DXDA 1CVSA 1S0LA 3AKFA 1UPSA 5KXEA 3VT0A 2DYCA 3O4DA 4K21A 1UZYA 2OVUA 3FFZA 3FJHA 3UD8A 2JE7A 4YW3A 3T1MA 3DEBA 1ULCA 5FZUA 1HWNB 1LOFC 1GNHA 3RQ0A 1SLIA 3N35A 2HWAA 3UDAA 3VUOA 4KBBA 3BAUA 2D7FA 2D22A 1DQ6A 4Z8SB 3WLUA 4QD2C 5HCAA 4A7KA 1GICA 4P9WA 4I2SA 3BIWE 1SACA 1MS1A 4YZ5A 5JVVA 4P14A 2BEAA 3WO3A 1IRPA 2ZGTA 5DUWA 4HA2A 3IM0A 2IMAA 4H04A 1IKQA 1MD6A 4Y1YA 1AVXB 1CESA 3PVOA 4Q1PA 1MS9A 3ZXFA 2GMPA 1YYNA 3H6RA 1AXYA 3HOMA 2EXJA 4YGBA 5F90A 1ENSA 1SLBA 3BADA 3OGFA 3RS6A 3QW8A 4IQPA 4Z9WB 3PVNA 2D44A 5GZDA 3QLQA 2OW4A 4Y26A 1K5VA 1R8NA 2WT2A 1S0GA 1SFYA 8I1BA 5KXCA 3I29B 2YZ4A 1OQ1A 5FNWA 1D0HA 2G7KA 4YM0A 1ISWA 4ISRA 4LO3A 2ZBJA 1EVTA 3CNAA 1Q8QA 4M3CB 1JHNA 2A7AA 1Q8OA 2R1BA 3AJYA 1OQLB 4ISQA 3TC2A 1M16A 2G7NA 3SNVA 4SLIA 4QALA 4BLIA 2DRYA 1HKNA 1LGNA 3FJIA 5E88A 2A3WA 1AX1A 1FAYA 4XTPA 3BAHA 4GP3A 1SR4A 4AN7B 3IN9A 4PCRA 1LESA 1Q04A 4Q9PA 1SBEA 3VKMA 2DVBA 1JT7A 1ZKXA 1G9FA 1ULGA 5JOXA 3Q7XA 1SBFA 3AKHA 3BAVA 1YRZA 2AR6A 2Z48A 1A3KA 5DUXA 1DQ2A 2CYFA 2GN3A 2NZ9A 2LTNA 1L2HA 5T52A 4EKXB 1QMJA 3AX4A 1O4YA 4WV8A 1WW6A 4EFRA 1Q56A 2L5XA 3DGTA 4XJAA 2ENRA 1KJRA 3NWKA 5IUQA 4XIOA 2GMEA 3N7JA 2E4MC 1CQ9A 1Z7HA 5BQNA 3QIZA 2A8AA 2JE9A 3I2XA 1W6QB 3AZVA 5JOZA 3HSMA 4FPEA 5BP5C 2IMCA 4XHBA 4LBJA 4BMEA 3CA1A 1EYLA 4YGEA 1V6OA 2DUPA 4XIKA 2ZR1B 2JD4A 2PHRA 3C8AA 1LOGA 2MC2A 1MVQA 3OY8A 1W3FA 4I30A 5FREA 4D0ZA 1XTFA 2QN4A 1DJSB 2YMZA 3WOGA 2CWMA 4IY9A 2A3YA 2ISHA 4Q8KA 2P3JA 3D6EA 2P2KA 1J1TA 4GOYA 4DPNA 2GALA 2D23A 4XOGA 1DGLA 4KS6A 1MS8A 3WDWA 1W3AA 4XBNA 2W52A 2R9KB 4BLJA 2NP0A 5HPZA 4GXLA 3QIXA 3AZYA 2ZHMA 1NUNA 5SV8A 1BFBA 4BQ1A 1LULA 2VUAA 1EPWA 5E8AA 3Q7WA 3VSZA 3JUUA 1FYUA 3FJAA 1ZB7A 1Y7BA 1ZA4A 4LBQD 3RMYA 3WHTA 5KXBA 1QKQA 5I1BA 3ZSJA 1UL9A 3NV4A 2D6NA 4NOTA 1F82A 2R1DA 2LIQA 4ZFUB 1LOAA 3LTQA 2PHFA 4JCKA 3ZXKA 2P39A 3POYA 5JMCA 4M00A 1ILR1 4FPFA 3P6IA 1LJ7A 1WW5A 1W0OA 3AZWA 4XILA 2QYIB 5T5PA 5T55A 5BOWA 4ZJXA 2AXMA 3M1HA 4GAFA 4H9WA 3CA6A 2ZA9A 2D3RA 4QBCA 2JDZA 3N36A 2UUSA 3W58A 4MYEA 1RMLA 1TIEA 1BZWA 3W59A 2CTVA 1MC9A 3CU1B 3I4IA 1HQWA 2WRYA 1LOBA 3VKNA 3FLTA 2OUJA 3OGGA 3JU9A 3KMVA 2FMDA 2IMBA 3C2UA 3P53A 1CPMA 4GP0A 5DUVA 3VV1A 1XQNA 3WCSA 3WVJA 2DU0A 1IS3A 1GZCA 5D62A 2PHTA 2SLIA 2ZGQA 4A7ZA 3NV2A 3NBCA 2DVDA 1AXZA 1KJLA 1KDMA 3LSDA 3O5WB 3O12A 5IK4A 3AP4A 3SLIA 3ZXDA 4QBVA 1A8DA 1JXNA 3KM5A 3L2YA 4F83A 1DQ1A 4LO7C 3PG0A 4IHZA 1WW7A 4AN6A 1V6KA 3R4SA 3ZXLA 2YROA 3HN1A 1LECA 2IHOA 2WQZC 2GNTA 1C1FA 1XYFA 5G00A 2NM1A 2I1BA 2D6PA 1Z78A 3IIRA 1HWPB 4I37A 1MZ6A 4I4UA 5DSSB 2P37A 3AP9A 2AFGA 2P3KA 3USUA 1YXWA 3Q9OA 1DFCA 3UJ0A 1SR4C 1FWUA 1M2TB 1BLAA 3C88A 3E8LC 1GKBA 4OWKA 4XFSA 2DS0A 1O4ZA 4EB2B 1DLLA 2HZ9A 4XBLA 3UD9A 1AJOA 5DUYA 3IAGC 1JLXA 3NJ5A 4OWLA 1Q1UA 4LO1A 2D6LX 5T54A 4CZSA 1ISVA 3FJFA 1HIBA 4OEGA 1AVUA 1F9KA 3IPVB 4X38A 3DS9A 2UWAA 2P34A 1LGBA 4D0TA 1W3GA 5GZFA 3JUTA 1CIWA 4PBOA 1K5UA 3POSA 1H30A 2W2DB 2WNEA 3LSEA 2ZMKA 2JKBA 3BOOA 4YW2A 3PVEA 4JPZA 4FVVA 4LO2A 1AZDA 3MW3A 1V6XA 4QD2B 4WVWA 3OPZA 1G8WA 1KRIA 1H9WA 2XG3A 3AYEA 1HCEA 3FJCA 3A0KA 1C4RA 1ABRB 3R4UA 3ZC8A 4I4YA 3UJOA 2AUYA 5F8WA 3WA1A 1S0JA 4XFTA 1GV9A 2KLLA 1IT0A 3N7KA 3ZUQA 2UWBA 4UW3A 4XJUA 5HCFA 1MZ5A 1UKGA 1RINA 3CAHA 4ZOTA 5F8YA 1TEIA 1FX5A 4JAWA 2ZKNA 1TOOA 1W6NB 4ZGRB 2HW9A 4HEVA 3IMNA 4KC3A 3S8KA 4RL7A 1FQ9A 3V0AB 1AX0A 3FJJA 3HMYA 1N4KA 2WT1A 4U36A 5BXSA 3V64A 3WDUA 1LHOA 1URXA 3I2AA 1Z0HA 3WDTA 4Q2FA 3RRDA 1A78A 2FHRA 2A70A 1JBCA 2BFHA 3FUQA 2ZZJA 5GZEA 4OWJA 3WUDA 3ZURA 3O49A 3ZXGA 1BYHA 5T50A 2E53A 1CE7B 5E24E 3NV1A 3SH4A 4YGCA 4F34A 4ATFA 3U4XA 3ZXJA 4LO8B 1LODA 5GLWA 3FGMA 3O0VA 4KEJA 1D2SA 1GZWA 3S8JA 2OUHA 4BPZA 3UL2A 4YLZA 4ZXKA 3SITA 1V6JA 4RA0A 3DDBA 1G86A 1PUMB 3D5OA 2Y9FA 1IILA 5CNAA 5GLVA 2D6KA 2F8XC 1DZDA 1W6OB 4ZLBB 1LENA 1LU2A 4FGFA 3D3XA 4I4OA 4JQ0A 3H0OA 1RY7A 5KXDA 5EC5A 1ISZA 2ARXA 4USPA 4OUJA 3A22A 1C1LA 1V6NA 1TWEA 3AYDA 1QOOA 4ASMB 4C1WA 4FQZA 4H55A 1LEMA 3M3QA 1ULEA 2C9AA 1PC8B 4AGGA 5BQMB 2ZGOA 1N1TA 1G9AA 1LCLA 4DEPA 1QDOA 3WO2A 4GWMA 4UW5A 2Y9XE 1U0AA 2GZBA 4LBQB 2W68A 4HANA 2IWTB 4HR6C 3AK0A 3WUCA 2DV9A 4YG6A 1HWOB 1LHVA 3WZ1A 5JDBA 1QNYA 3WMUA 2D24A 2X2SA 1BJQA 4XJ9A 3V0BB 4TYSA 2E6VA 4LBOA 3SNMA 3AP5A 2CY6A 2DRZA 1WD4A 2D43A 3W9TA 4WVVA 4J2KA 5GLTA 3WHUA 5GJ6A 3QIYA 4JC1A 1Z2VA 5GZGA 2PELA 1AXMA 2AREA 2HYKA 2UU8A 2XHLA 1CONA 1NXD1 3AJZA 3OJBA 1W6MB 4IZEA 1WD3A 2D3PA 1S0DA 9ILBA 3AP6A 2DVAA 4YFZA 2HWMA 2DUOA 1X50A 3I8TA 1B09A 3FJKA 4EFQA 4DRVA 3POWA 5LK5A 3O4AA 2P23A 1SCSA 3QJ0A 3B01A 2ZGLA 2EXKA 1RIRA 1ULFA 3WDXA 3QCWA 3ILNA 1SBDA 4LO0A 3OJ2A 4Y20B 1XTGA 2DVGA 4M3CF 3C89A 4XYXA 5E89A 3ILFA 4DENA 3O4BA 3ZC9A 4LO1C 5JOYA 1ULDA 4YZ2A 2C5DA 1QXMA 1V6IA 3AJ5A 3WO4A 4ITCA 1AVAC 1G9BA 1FV3A 2KKIA 4TLPA 4Y1ZA 1QF3A 1OKQA 4FOYA 1WLDA 4I4SA 1FATA 2B7YA 4FPOB 4Y22A 1FMZA 1IHKA 3APBA 2WSVA 1BASA 5T5LA 4ZA3B 1SLLA 1T3CA 5H9QA 5DG2A 3DSEA 5BQUA 2Y9WC 2Q3NB 4LO2C 1WBCA 1II4A 3BTAA 3QR5A 4FPJA 4YGDA 3T8SA 1NZKA 4UW6A 4Z8BA 5IT6A 3M3OA 5FZZA 3UJQA 2D3SA 2FO1A 5GZCA 4ZFWB 3BX1C 4P9XA 2TEPA 4AVVA 3AFKA 1WBLA 1FGAA 2QN0A 3OYWA 3PHZA 1HCDA 2XOAA 4CRQA 3H6RB 2YV8A 1YO8A 4GKYA 4FOQA 3MW4A 1H9PA 3FIEA 4JKXB 5FNXA 1MACA 1G7YA 4LO7B 1ZL5A 3IKWA 4D69A 4L4IA 3WCRA 1V6MA 1QDCA 4I7IA 2EF6A 4ENDA 3T2TA 1BLDA 3O3QA 2A3XA 1FV2A 1IJTA 2RQ9A 3HR9A 4GA9A 3JRRA 3FLPA 1WUVA 4KEIA 2D20A 2A97A 1ISXA 3MEPA 2DVFA 1XG6A 3EF2A 1LEDA 3M3CA 1TFMB 3RTJB 3MALA 1W6PA 4ATEA 4I1EA 1OFSA 3IM6A 2LIEA 5GAQA 2EXHA 2ZQOA 3DDAA 5EYXA 1BKZA 3WG3A 2H0BA 1FNYA 4X3AA 2ZGUA 1DBNA 1ONAA 3AZZA 2Y9GA 3B9CA 1JOJA 1KITA 2FFUA 2PHUA 1JLYA 4G9NA 5CA6A 1AXKA 1CJPA 2EAKA 2ZHNA 1E1HA 4DRRA 2FGFA 5IK5A 1GANA 4DFSA 4P9YA 4OEFA 3AYAA 1DQ0A 3UK9A 2WT0A 1LGCA 1MS3A 5DZUA 4Q26A 4FPYA 4Q91A 2R0FA 1IOAA 1MS4A 4LBKA 5GALA 5BYNA 3WMVA 5GM0A 3F1RA 1ZL6A 2AGSA 3ZSLA 1RZOB 1MS5A 5JOWA 2WLQA 4Y1UA 2WBCA 1I1BA 3BAOA 3A0NA 4I4VA 4GWNA 4AGVA 2RG9B 3OJMA 1YBIA 2BQPA 1WW4A 1V6WA 4K1YA 4YZ4A 4FPGA 1JN2P 21BIA 4AGRA 4HL0A 4PBPA 1HLCA 5CAZA 4XJZA 4KUFA 4J1LA 5GLZA 3OY8B 3ZUSA 1UAIA 4GAIA 3BRDA 2CL2A 5EWSA 5FRAA 1KNMA 2W08A 3AXDA 4FOWA 3VWCA 4YM1A 3CRHA 5IK8A 3AZXA 4XXAA 2EALA 4M3CA 4XMIA 1V6UA 4EFPA 4HJJA 1UN1A 3V79C 1ITBA 4CTEA 2ISGA 2AYHA 2NMNA 5DG1A 1FMMS 1AF9A 4PQ9A 2LALA 5CB7A 3WDVA 3C9ZA 4LBLA 1GYKA 3OBRA 3ZVXA 2MIBA 1T9FA 1TP0A 4OZXA 3H6QA 4IYBA 1AVBA 2VXRA 4IY8A 4LO0C 3NBNA 2A75A 1LU1A 5FZYA 1JY0A 4I6IA 2VXTI 4X37A 1W0PA 3VT1A 2KI4A 1FN0A 1VLNA 1T3AA 4G9MA 4AWDA 1PZZA 2ERFA 3OBTA 4R9DA 1LTEA 3CA0A 4I4RA 4I0YA 2K8RA 1PZ8A 1MVEA 1YI7A 1LOEA 2YXSA 5BVPI 4FPKA 2FPQA 1LOCA 1QOTA 2GN7A 1S0EA 5BQUC 3ILRA 2ZAAA 5F8SA 1JTCA 2ZGSA 1W6QA 1IOBA 2ZHKA 3QW5A 1Q8VA 3T1LA 3K3QB 3SISA 2WKKA 3RTIB 4I4PA 1JQZA 2ET2A 5DZFA 3A21A 4P6AA 2VSEA 4DCKC 3INAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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