1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
3RMYA 2PHRA 1HKNA 2G7KA 1SLTA 1ULEA 4W65A 4QO3A 3WZ1A 3WDYA 2A7AA 4Q1PA 4RA0A 3A0KA 5F8SA 3FIEA 1VCLA 4ZXKA 4I4YA 4QD2B 4JQ0A 2GZBA 3AXDA 1ENQA 2DS0A 1UN1A 3WINC 1JT3A 1WLWA 3ENRA 4Y1YA 2P3IA 1LTEA 1G9CA 1ULFA 2Q9XA 4EL4A 5CAZA 2XHLA 1IS5A 3QJ0A 4OWLA 3LSEA 5JMCA 2QN0A 5T5PA 3BOPA 3DDAA 3RQ0A 2RG9B 3V79C 4JC1A 4ATEA 1ISZA 4I30A 1YVGA 4UW3A 8I1BA 1HWPB 2CTVA 4H55A 1VLNA 1WW6A 1MS9A 3Q7XA 2IMCA 4Y1XA 3WG4A 2ESUA 1JTCA 1ZL5A 1JUIA 3LLPA 2WRYA 1HQLA 1DBNA 2D3RA 4I37A 3BAVA 4LO3C 1I3HA 4P9XA 3AP5A 2XG3A 4R9CA 2BQPA 2A75A 1T3AA 4SLIA 5DUUA 1FNZA 3IIRA 3UK9A 3AJ6A 2RQ9A 2DTWA 4ASMB 3RSJA 4M3CA 3B9UA 3KMVA 4C1WA 4A7ZA 1G9BA 4YZ1A 5BQUA 3AP4A 1MS4A 3DUIA 2PHXA 3WG2A 4L8QA 1AXMA 1YYNA 1BLDA 2HWAA 3FJEA 3ZXLA 3OJ2A 4DQAA 4AVTA 3UJQA 1BZWA 4OEEA 3Q7WA 5AVAA 1ZKWA 2ARXA 4XBLA 4YW3A 4Y20B 4KEKA 2K8RA 1DQ1A 4FPJA 5DG1A 4I6IA 3ZC8A 4K1YA 1AX1A 3M3QA 4Q9GA 5IK7A 3K1XA 5E24E 2D22A 1LOFA 4GAFA 3VV1A 1CPNA 2RSTA 3RRDA 1A8DA 4LO0C 2ZGTA 3BRDA 2AREA 2ZAAA 2JJ6A 1GGPB 3WHTA 2AYHA 2D1ZA 1LOCA 1Q04A 3MEPA 2A71A 3O4CA 1ITBA 4D0TA 2A6WA 3UJOA 4R9BA 3O4OA 1DIWA 2XB6C 1R8OA 5GLTA 1V6UA 1JYCA 5F90A 3WDTA 2FPQA 1PUMB 2Z48A 2K4AB 3MALA 3AP6A 3RS6A 2A97A 4OWKA 1AFCA 2ZGLA 2UWAA 3BADA 2KLLA 3CNAA 3AP9A 1SR4C 1ULDA 1NXD1 2NZ9A 3SH3A 1Q8OA 2E4MC 1CR7A 2YROA 1LU2A 2XHLB 4LO7B 4YFZA 3FJBA 4JCKA 2D44A 1BFCA 4A7KA 3WUDA 4IYBA 4LBQA 3FGMA 4BMBA 1QDCA 3MW3A 4GXLA 3AYAA 3JU9A 4QD2C 5H9SA 1Z2VA 3NBDA 1O4YA 2WSVA 3OBRA 1HIBA 4U2AA 1UAIA 4TYSA 3FUQA 1HLCA 3CQAA 1LGCA 1QMJA 1DFCA 3APBA 3VT2A 4M3CB 2DU1A 4R9DA 4Y22A 2AUYA 2IMAA 1LOAA 3B01A 3FJ9A 3DS9A 3VSFA 1QQKA 2ARBA 1S0JA 4NOTA 4FPLA 3AH1A 21BIA 3O3QA 1GZWA 1DQ5A 5D61A 4YGBA 2DURA 1G9FA 5LK5A 3BAGA 2D23A 1K5UA 3O49A 2JD4A 4XJZA 4I4VA 1JHNA 2W2DB 5CNAA 4DRVA 4M01A 3O5WB 3ZYPA 1F82A 2PELA 4KBBA 1PUUB 5T55A 3A0NA 1E1HA 2DTYA 4FPGA 1RG8A 3WCSA 1ISYA 2ZGQA 3C8AA 3WCRA 1S0EA 3N0KA 3QW7A 1WUVA 1Q8SA 4ZFYB 4HA2A 1FV3A 2ETFA 2GN7A 4OW4A 2DVAA 2E51A 3P6IA 3MW2A 4YM1A 3NV2A 4I7IA 1TP0A 4ENDA 4GKXA 3MPPG 1SCSA 2ZGPA 4P0JA 2EIGA 3VKLA 3FJJA 3O4DA 5T54A 4XMIA 1DHKB 3OYWB 2D20A 4Q26A 4GOYA 1BFGA 2ILPA 4EEEB 4TLPA 1LJ7A 5T5JA 4MYEA 4LBQD 2ZMLA 2AGSA 1XYFA 4I4PA 3D4KA 2KKIA 2WT1A 4QKSA 5T5OA 2Q5TA 2WT0A 3A23A 4BMEA 1W6QB 1QDOA 1ENSA 2JE9A 4JPZA 1GNHA 3WOGA 2GNBA 1W6MA 5DZUA 4M3CF 1KQRA 5KXDA 3T1LA 3WO2A 2ES3A 4IHZA 1IKPA 3SLIA 3AZVA 1PZ7A 4IQPA 1N3QA 2R49A 1YO8A 1ONAA 3BOOA 3FJAA 3TB0A 2G4IA 2GN3A 2SLIA 2IHOA 3IAGC 4GWNA 1Q8VA 4HR6C 3T8SA 3FJDA 4GP0A 2WQZC 2NN8A 1XTGA 4XJWA 4LO7C 2KI4A 3ZUQA 5DZEA 2V5YA 2GDFA 1S1AA 2A8AA 4Y22B 3NBCA 1DQ0A 4AN7B 3L2YA 2E7QA 3CA6A 1LESA 5HPZA 1GKBA 1DJSB 5GLUA 4Q8KA 4LO2A 4LO8B 3H6RA 2ZGOA 3NF3A 4FPEA 2YUGA 1GZWB 3UJ4A 3VKFC 5DUVA 4AWDA 2DYCA 3GNEA 2DVGA 5DSSB 2DRYA 3CRGA 2Y9WC 5FNWA 2UUSA 3V65A 4M3CE 5DXDA 2E53A 5BQUC 4U36A 4XXPA 3JRRA 2F8XC 2FGFA 4P14A 3W9TA 2ZABA 2DWRA 1W6OA 4J2XA 4JKXB 2L5XA 3ZXGA 2WBCA 1RINA 2NMOA 1C57A 2ZGUA 2D7RA 1BXHA 1WBCA 4I4SA 2P3KA 4CZSA 2A6ZA 1XZZA 2ENRA 3LSDA 1S0IA 1LOFC 1HKDA 2OUHA 4Q91A 1DQ4A 3ZSMA 1AZDA 5HCFA 4WBCA 4C1XA 2I1BA 3ILNA 1JLXA 1M2TB 1VAVA 2ZGRA 1SLIA 5GLVA 3TC2A 3BTAA 1N1VA 3N7LA 3Q9OA 4XTMA 4FPYA 2E7TA 2GNMA 2ZGMA 3AKIA 5KXBA 1KDMA 5CA6A 1DYKA 3R05A 1FATA 1GSLA 4PBOA 4AN6A 4R6UB 1JT5A 3SNMA 1W6MB 1YIFA 3N7MA 4QKRA 1LOBA 1N1SA 2A70A 5E89A 1QGLA 2FFUA 1S0CA 2P3JA 3JUUA 4AGGA 2VSAA 1SBFA 1SZ6B 1AJOA 3AZYA 1BFFA 1LOGA 1PZ8A 4YLZA 1DZDA 2NP0A 1MD6A 2CWMA 2HZ9A 2AENA 1G7YA 3POWA 5FRAA 1HWNB 5BP5C 2EXHA 4XILA 2LIEA 2ZA9A 1N1YA 2LTNA 4K1ZA 3AYEA 1JY0A 1CESA 2AXMA 2VSEA 1UX6A 2Y9GA 2K43A 3I4IA 1OKQA 2H0BA 4FPCA 2DREA 2P2KA 3H6RB 1II4A 1BLAA 1ISWA 3CA5A 3N36A 3BRFA 2WKKA 1YTOA 1PWAA 4AGVA 4J2YA 3ZXFA 1UKGA 4Z8BA 4XKIA 1P63A 3M3OA 1LHOA 4LBKA 4I4XA 4FQZA 1WW7A 1HCDA 2GMMA 2Z49A 1ZB7A 4LO1A 5EWSA 3CAHA 1ZN3A 2F2FA 2QN4A 1W6OB 3ILFA 1F31A 3NBNA 2AR6A 2DVBA 4XE9A 2YMZA 4Q27A 1FN0A 4KUFA 1V6JA 1W3FA 1N3OA 3IN9A 2YZ4A 3POKA 1ZL6A 1J0SA 4XDQA 4WVVA 1CVSA 5BXRA 3PVNA 5H9QA 2R1BA 1WBLA 1RMLA 4I4RA 2QYIB 1FGAA 5BOWA 4NO4A 1S0FA 1V6WA 4XFSA 2WJSA 1TIEA 3I2AA 2IMBA 3FFZA 1JT7A 3ILRA 5FNXA 2ERFA 2WSUA 4I2SA 5DZGA 4EFQA 2EAKA 2D24A 1G82A 2PHTA 3Q7YA 1SLLA 3FBYA 1FNYA 5DUWA 4YM2A 2A5ZA 3ZPYA 2BEBA 4OWJA 3FJIA 3IKWA 5DUYA 1W6PA 4P0KA 4CRQA 5SV8A 1O4ZA 1KJRA 1FWUA 4GA9A 5EG6C 4AGRA 5T52A 3W59A 1G8WA 1UMZA 1W0OA 2P39A 1LULA 5JOYA 1Q8QA 1Q1UA 2YV8A 3IMNA 3RTIB 4XJ8A 2DV9A 2UWBA 1MS5A 2EALA 1LCLA 4YFWA 1DFQA 4KEJA 4ZOTA 1H9PA 4P6AA 1BASA 4GP3A 1TEIA 3VT1A 2ZQOA 2Y9XE 2ET2A 1GYKA 3IM5A 1BYHA 1EYLA 3PG0A 1F5FA 1AX2A 3KM5A 1MR5A 2KH2A 2ZHNA 4ZBVB 2A6YA 2A6XA 1SACA 3VKNA 1G9DA 4X3AA 4XXAA 1QOOA 2ZBJA 2OVUA 3VUOA 3PUBA 1B09A 3BAHA 5F9TA 2ZGSA 4QALA 5DG2A 4YM0A 3CA4A 4YG3A 3M3EA 4Y26A 4X39A 1VALA 2VY0A 1QOTA 1GLHA 5CB7A 3NV4A 7I1BA 3BOKA 3ILAA 1A78A 3H0OA 3M2MA 1OQ1A 4L4IA 2NYYA 3O12A 1RITA 4LO2C 3ZUSA 1IOAA 4G9MA 2W68A 3BAUA 3IM6A 3PVEA 2A3WA 4YG6A 3OJBA 4PQ9A 3WINA 4XTPA 1JW6A 1EVTA 1CIWA 2FDBM 3HN1A 4AVVA 3POYA 4I96A 2ZHLA 1ABRB 3F1RA 3I8TA 4XIKA 1AVUA 3UD8A 3S8KA 4YGCA 3WUCA 1WBFA 2BFHA 3QCWA 1R8NA 2MC2A 3C88A 3D7WB 1NLSA 1S0DA 4AVSA 2B7YA 1AXZA 4Z8SB 1MACA 1HWOB 3B3QE 2FFVA 5L73A 3RMXA 3K3QB 1SLAA 2D6OX 4Y1VA 1ILR1 1R1ZA 2ZKNA 5HCAA 1GV9A 4DCKC 4JP0A 4ZA3B 3A22A 5BXTA 2GMPA 4FGFA 1DZQA 3U4XA 2CL2A 3FLTA 2PHUA 3OGGA 1ULGA 3SH4A 3VWCA 1W6PB 3DGTA 2OUJA 4BM8A 3PMEA 4LBLA 2CWSA 2G7QA 5D62A 3E8LC 5F5QA 3ZSJA 1W0PA 3O4BA 1IRPA 1JYIA 5JDBA 4GKYA 5GZEA 1XQNA 3WDVA 3DSEA 5GZFA 1LHUA 2EXJA 4FOVA 4PC4A 5GZGA 2Y9FA 3AZWA 5JOWA 1GBGA 5IT6A 1QF3A 3QR5A 4Y24A 2ISHA 1S0GA 3SH5A 3VEQA 1XTFA 3ZSLA 1LHVA 1ISVA 1TFMB 1KNMA 1IT0A 4I1EA 3IPVA 1MS1A 3WDWA 3C9ZA 4Q9PA 4BOWA 4LBQB 1Q8PA 4EFRA 2R16A 3NV3A 2NMNA 5T5LA 5E8AA 2KI6B 5FZYA 3SNVA 3AYDA 2R0FA 3OY8A 4G1RA 4CJMA 3O0WA 4WV8A 1HWMB 2GNDA 1CPMA 4YW5A 1LGNA 4XFUA 1KRIA 2HYKA 1QU0A 4FPHA 1HCEA 9ILBA 1W3GA 4JAWA 1BA7A 1DQ6A 4OUJA 3UDAA 2ZHKA 5GLWA 3AKHA 4ISQA 4EKXB 1EPWA 4YZ2A 5I1BA 3WNXA 2ZHMA 1T3CA 2JECA 3AK0A 4DEPA 3D6EA 2F2FC 2D43A 1ZA4A 3ZXEA 1E0OA 3QIYA 2DUQA 1AX0A 1SCRA 4DRRA 3BX1C 3V0AA 1LEDA 2XOAA 1S0BA 4YZ4A 3FJHA 5EYYA 3WHUA 5JVVA 4YOLA 2R1DA 4YW2A 3EF2A 3A21A 3HMYA 3AX4A 4YW4A 5EYXA 3OPZA 3AZXA 1N4KA 3AP7A 3WO4A 4Q2FA 1WCSA 2PHWA 1GZ9A 4Q8LA 5GLZA 2DU0A 2CYFA 4YZ3A 3QIXA 2A3YA 3GALA 3SISA 2ISGA 1UPSA 1IKQA 2D6LX 2D7IA 4M00A 5D63A 3UJ0A 2UWCA 1WW4A 2GNTA 4X37A 1W6NA 5G00A 2D6MA 5JOZA 2E6VA 3INAA 2YY1A 3W58A 2EXIA 1FMZA 4DFSA 3PHZA 2G7PA 1YI7A 3BWIA 1ZM1A 2ZMKA 2D6PA 4I4QA 1I1BA 1UZYA 3NV1A 1X50A 3D3XA 3IPVB 3ZYRA 3WDXA 1PZ9A 5GZDA 5H9PA 5F8WA 3ZXJA 1Q56A 4Y20A 3WDUA 4DS0A 1N3PA 3SITA 3BA5A 2IWTB 2P34A 4XJUA 3HALA 4FP2A 1SBDA 4DENA 4ZFWB 1FX5A 2JDZA 3OY8B 1SLCA 4I3NA 1LU1A 4H04A 2DRZA 1U0AA 3FLPA 3M3CA 4IZEA 4XFTA 4FVVA 2JKBA 2MIBA 1CQ9A 1XG6A 2NVHA 3PJQA 1LHWA 3H6QA 3KQRA 1OFSA 3ATGA 5JLVA 3BB2A 2YXSA 2PHFA 1D0HA 5EC5A 5EXOA 5DZFA 4BPZA 1NUNA 3OBTA 5FREA 4XBQA 1Z78A 3FJKA 1GICA 4P9YA 4FPFA 3ZVXA 4ZJXA 3WA1A 2EF6A 4ISRA 1J1TA 3O0XA 1JBCA 3QW6A 1GZCA 4CTEA 2V73A 3DDBA 2HW9A 4FQ4A 3AH4A 3VKMA 3V0AB 5HCBA 5BYNA 4LBJA 3I29B 4YM3A 1FQ9A 3NWKA 4J2SA 4YW1A 1AJKA 1IILA 1APNA 1JT4A 5KXCA 2VLCA 2FHRA 1IS6A 1D2SA 4J23B 3QW5A 3AJYA 3WMVA 2R9KB 3LCPA 1WD3A 1GANA 3O5SA 3ZXKA 3BA4A 3S8JA 3VKOA 3F62B 2EXKA 4WZFA 3FJCA 1F9KA 1AVWB 4G9NA 4F34A 1IS4A 3JUTA 1IS3A 1LGBA 2AFGA 2X2TA 1TWEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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