1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
1VIWB 3OJ2A 2GO2A 2DVGA 1SLAA 4J2KA 3BAGA 4YZ2A 1HDKA 4ZFWB 1ULEA 2A6XA 2DUOA 3DSEA 2A7AA 3FIIA 1N3QA 2CTVA 2WNEA 2EXKA 4WZFA 5T50A 5GJ6A 1V6JA 1W6OA 3ZSMA 1MD6A 1G7YA 1DBNA 2PHXA 3WDTA 4GOVA 1G9CA 5GZEA 3F62B 2E4MA 5IK8A 3FJEA 3FJ8A 4JKXB 1IJTA 2ZGTA 1AXZA 3SLIA 2NYYA 1I3HA 3KMVA 1XTFA 4D8HA 1F9KA 5IUQA 4ZFUB 1WCSA 1FWVA 1T9FA 4ELCA 2RG9B 2WT1A 2D1ZA 2D6KA 4PBPA 1S0LA 3ILFA 3W59A 1DHKB 3W9TA 1IOAA 1CONA 1N1YA 1XZZA 3B69A 3R4SA 3S8KA 3WZ1A 4QBVA 4XHBA 2XOAA 2PHUA 3H6RB 2NN8A 5F90A 4XTPA 1TP0A 3INAA 1ISWA 5EYYA 3Q7WA 4L4HA 4KC3A 4R9AA 3I2XA 3BOPA 1YIFA 1WLWA 2PHFA 3AJYA 2BEBA 3MW2A 3WINA 2GNBA 1PUMB 2FPQA 2NVHA 1ZKXA 3DDAA 3PUBA 2ZGQA 1UMZA 4XBQA 2W39A 1C57A 2QYIB 5T5OA 1BARA 3OPZA 2JE7A 2FGFA 2YUGA 3BOKA 2ZMLA 1IS5A 1SFYA 4FP3A 4L4IA 1RZOB 1GANA 2KI4A 5HPZA 2VU9A 1ENRA 3AXDA 1NXD1 2GNMA 4OWLA 5BXSA 2UURA 4LO0C 3AXEA 2WQZC 1FMZA 4XILA 1S1AA 2HWMA 3AYEA 1FQ9A 4R9CA 3NF3A 4TZDA 4LO3C 1LHUA 2YZ4A 4FPGA 1FWUA 5E24E 2PHWA 4L8QA 1DZDA 4ZXKA 1BZWA 1GGPB 1W6MA 3FJIA 2DS0A 1WW5A 3AJ5A 2K43A 3FJHA 3I8TA 5HCBA 4IONA 1DFQA 2CL2A 4M01A 1SLLA 1WBAA 1W6OB 1BFGA 3RMXA 3N35A 1IKPA 3PG0A 3BA4A 2ERFA 1WD4A 1FMMS 3ILAA 4OUJA 3VKNA 4KEKA 3OJVA 5DVHA 2A6YA 2A3YA 5D62A 3VT1A 3ZYPA 1HQLA 3NJ5A 4JP0A 5BQUA 2YMZA 2D3PA 1MS1A 4WVVA 3LCPA 4Q27A 4LO2C 2ISEA 4Z9WB 1LTEA 1ZN3A 3QIZA 4OW4A 1I1BA 2QN4A 4FQ4A 1RMLA 4ZGRB 2ZQOA 5JMCA 1T3CA 4DFSA 3BAUA 1URXA 4DENA 1YBIA 6I1BA 4ITCA 2J3PA 3HSMA 1J1TA 1BQPA 2A6WA 4I4QA 3SITA 1DQGA 1UZYA 2WT0A 3SISA 1GNHA 2P34A 4QBCA 3ZUSA 5CNAA 1HCDA 2LALA 1II4A 4X39A 1ONAA 2XHLA 2RQ9A 2ZGLA 1AX0A 1SZ6B 2HZ9A 3N7LA 1G82A 1W3FA 5FNWA 1UPSA 1WW4A 4YG3A 3WUCA 3K1XA 1PZ7A 3ZSLA 4YG6A 4F34A 3ZXJA 1D0HA 4UW5A 5B2HA 4I4OA 1NUNA 3O3QA 4H04A 3A0KA 3UJ4A 3AH4A 4DQAA 4AYUA 2UUSA 2Y9GA 2VXRA 5CA6A 1YVGA 2MLLB 1AFCA 5FRAA 4LO7B 3BX1C 3ZC8A 1LOCA 1G9AA 1EYLA 4IZXA 1IILA 5IK7A 2GNTA 4KEJA 3BRFA 1C4RA 1W3AA 2WBCA 4XMAA 5BXPA 3MW4A 4P0LA 3WO3A 2EALA 3O0XA 1QDCA 3IM7A 3LLPA 1BJQA 3WCRA 3FJJA 1VALA 3WCSA 4ZLBB 1WUVA 1Z2VA 2VY0A 3APBA 1S0IA 1QDOA 3KQRA 2R16A 1Z4SA 1IS6A 1LJ7A 3RMYA 1V6MA 1V6XA 2D6MA 3AYDA 2Z49A 4Q1PA 3M3OA 4LBMA 4XDQA 1JQZA 2VW1A 1N3OA 3IAGC 2D43A 3BA5A 2SLIA 5FZZA 2VW0A 4CZSA 2LIQA 3AKFA 1IS3A 2BEAA 1BYHA 2EF6A 2RHPA 1CJPA 4PQ9A 1SACA 3GNEA 1QQLA 1LCLA 1T3AA 4LO1C 1LGBA 4FPCA 1K5VA 5DZEA 1QNWA 1DQ0A 5DG1A 3CRHA 1PZ9A 5JOXA 3PVEA 5AVAA 4PC4A 1CE7B 1LOGA 1JT3A 2Y9FA 2IMAA 2XB6C 1PWAA 1UKGA 1LHWA 3L2YA 3CQAA 5HCFA 1WW7A 7I1BA 4BOWA 2DVBA 4UW3A 2ENRA 1LHOA 1DZQA 1B09A 3O49A 1DIWA 2YY1A 3AH1A 1LOFA 1MACA 2D7FA 2E6VA 5IT6A 4ZKTB 2E7QA 1V6VA 2KKIA 4FQZA 2ZGMA 4GAIA 2D23A 4FOQA 3HBWA 2ARXA 3AZVA 1KRIA 2R1DA 4XFTA 4JC1A 2VLCA 3AP9A 3POYA 3N36A 3RS6A 4I37A 2OVUA 1VAVA 3H6RA 1W6QB 4ZA3B 5BQNA 4HR6C 1FNYA 3OY8B 4AN7B 3ZXFA 5H9SA 4J23B 2ZMNA 5E89A 2D3SA 4ISQA 4OWKA 5BP5A 4K21A 2D6PA 1Z0HA 2A5ZA 1OQ1A 2D3RA 2DTYA 2VH9A 4BM8A 2RSTA 2JE9A 2ZABA 3DGTA 1KNMA 3QLQA 4A7YA 4FPHA 4XMIA 5BVPI 2K8RA 2DWRA 31BIA 4XJ8A 4I2SA 2ZHKA 3AJZA 4ZOTA 3EF2A 4XTMA 3ZXDA 3WNXA 1SCSA 3OBTA 4K1ZA 1IHKA 1V6NA 1IOBA 2CNAA 3CU1B 1QU0A 4XXAA 2ILPA 3OGFA 3AP4A 1R1ZA 1HIBA 5EG6C 3ATGA 3BRGC 1LU2A 1MR5A 4QC4A 4Y22A 1DYPA 4HANA 4QKSA 1CR7A 3FBYA 1N1VA 2A70A 3O44A 3VKFC 2VXTI 3JRRA 1ENQA 2TEPA 3FJ9A 3WO2A 3MW3A 1KITA 1W3GA 3A22A 5DG2A 4PBOA 2ISHA 4XBNA 1YYNA 2DUPA 2B7YA 2E4MC 3ZXGA 3BTAA 3WG2A 3A07A 1JT5A 2C5DA 1GNZA 3BRDA 4ZJXA 4GA9A 1QF3A 3VUOA 3VSFA 4I4RA 4HL0A 4BLJA 1QOSA 4RL7A 2WSVA 5GLWA 1LESA 1APNA 3VKMA 3WDUA 4FPJA 3A23A 1SLIA 1MVQA 4YW2A 3O5SA 1H9PA 1JN2P 1WBCA 2ZA9A 1GBGA 1N1SA 4Y1UA 2DU0A 2Z48A 4YW5A 4OZXA 3QW5A 1JBCA 4X3AA 3BAHA 3QIYA 4I30A 5H9QA 4AWDA 1O4YA 3O0WA 1ENSA 3T8SA 3SNMA 3V79C 3RG0A 1Q03A 3WINC 3PVOA 3C89A 4P6AA 4XBLA 1BLAA 3I29B 5EYXA 4EFQA 1BFBA 2F2FA 4P9YA 2SBAA 1SLBA 1IRPA 3NBEA 4P9WA 3CA4A 3ZXLA 3UJQA 3AP7A 3IM5A 1IS4A 1DGLA 1M2TB 1CVNA 4YOLA 1AXYA 2NMOA 5GLTA 4Y1YA 4DRVA 4ATFA 4I8MA 5BQMB 2WT2A 3SH3A 1ISZA 3AP5A 5EHAA 3QCWA 4X37A 4YGBA 1SBFA 1CPMA 1DZCA 3N7JA 3M1HA 4KBBA 2ZHMA 1AX2A 1NZKA 3V0BB 4Y22B 2R0FA 2AUYA 1GLHA 2NM1A 4D0ZA 1C1FA 1DQOA 5JOYA 2ZHNA 4GKXA 3IIRA 3WDYA 2EAKA 3CA6A 4FOYA 1H9WA 3ZURA 2M49A 4JKQA 2CY6A 2D20A 1S0BA 1MS4A 5DUYA 2P37A 2GN7A 1ILR1 2YV8A 4WBCA 3DEBA 1FV3A 3TB0A 4KS6A 4AVTA 1LENA 1WW6A 4YM0A 2JDZA 5F8WA 3V0AB 1RG8A 5JOZA 3BAVA 1LGCA 4FPYA 1ULGA 1SBDA 1LULA 3H6SE 3D6EA 1S0EA 1C1LA 1WBFA 3FLTA 3AX4A 4H55A 2DVDA 2LIEA 3UJOA 1ULFA 3NBNA 1DQ2A 5CBLA 5KXDA 3DDBA 5G00A 5F8YA 1GZWA 5GM0A 2UWAA 4OEEA 3C8AA 3ZX7A 3KM5A 5F5QA 5BXRA 3NWKA 5GLVA 3WHTA 4BPZA 2Y9XE 1GV9A 4KUFA 1S0JA 3POWA 2Y9WC 3JUUA 3WMUA 1AVAC 1QMJA 4Y24A 1N1TA 4A7KA 2ZBJA 5JVVA 2F8XC 3FJBA 3ILNA 3D3XA 5CAZA 3CA3A 2NZ9A 4DPNA 5GLZA 3BB2A 2ETFA 3BAOA 3FJDA 1LOBA 1TIEA 21BIA 3M3QA 5DZFA 1AZDA 4FPLA 4NO4A 5GZGA 2JKBA 5GZFA 3WDXA 4AGGA 3ZXKA 4LO2A 3RRDA 4Y1ZA 3P6JA 1JYIA 1LEMA 3NV3A 3WDWA 4YGCA 5E88A 1AVBA 2AQZA 2DUQA 5DUVA 2AREA 5GALA 1KDMA 3BWIA 2AXMA 3WDVA 2KLLA 2FFVA 4D0TA 1JUIA 4EB2B 2G7KA 3Q9OA 4IY8A 3NV2A 4BQ1A 3HN1A 3Q7YA 2ZGPA 2D7IA 1LODA 2A3XA 2X2SA 2W2DB 2G7QA 3CA0A 4CRQA 5SV8A 1W6QA 4YW1A 1SR4A 2LTNA 2P3KA 4LO8B 3OY8A 1S0CA 4Q8LA 4YM2A 2A6VA 1S0DA 1SLTA 3H6QA 3T1MA 3B00A 1A78A 4QALA 3AK0A 2EIGA 3W58A 1Q1UA 2VSAA 3P53A 4YZ4A 1U0AA 4G9NA 2W68A 3WO4A 5T5LA 3VKOA 1ZA4A 3I4IA 5BXTA 1N3PA 3QR5A 2FO1A 1X50A 3OYWB 3BOOA 1BFCA 4LBQD 2YXSA 1YI7A 1LOAA 2ZMKA 4YGDA 2QN0A 3N7KA 1UN1A 5DSSB 4Q91A 2ZKNA 4HA2A 1ISVA 2DVFA 9ILBA 5KXCA 3FIEA 2MIBA 1PZZA 3E8LC 4EL4A 1W6NB 4DEPA 3AP6A 1QNYA 3N0KA 4M3CE 4LBQB 1GZWB 3ZYRA 4AGVA 4Y1XA 4D69A 1XG6A 4I4YA 1DQ5A 2FFUA 2R0HA 3BONA 2ARBA 4JRAA 2AFGA 1HKDA 3POSA 4EKXB 4YFZA 4XIOA 3CA1A 3FJCA 1GKBA 4XZPA 5HCAA 4R9DA 1Z78A 3ZSJA 4YZ5A 2A8AA 2WKKA 5T5JA 1W6PA 1WLDA 3UD9A 1V6WA 2VUAA 2D22A 1ZL5A 2AGSA 1Z7HA 4Y20B 3WHUA 2FMDA 3QIXA 4G6MA 2R9KB 3B9CA 3T2TA 1YO8A 3ZC9A 1GZ9A 2H0BA 1KDKA 4UW6A 4Q2FA 4H9WA 5E8AA 4XIKA 2UWBA 4XKIA 4LBNA 1G9DA 4YW4A 4Z8BA 1G9FA 1JW6A 1L2HA 1HLCA 1KQRA 4AGRA 2EXJA 3O4OA 4QD2C 1MZ5A 2X2TA 2P3JA 5T52A 1BKZA 3P6IA 4TYSA 1EVTA 1XYFA 2IMBA 2MC2A 4FP2A 1EV2A 5H9RA 1UAIA 3V65A 2G7PA 1HQWA 3VV1A 1Q56A 3FUQA 3FGMA 1QOOA 2WSUA 3QW6A 4M00A 4I4VA 1A3KA 4LBOA 1LEDA 5EC5A 4TLPA 4C1XA 3WV6A 4U36A 2I2SA 3QJ0A 4GKYA 3DS9A 4K20A 3IM6A 3C88A 4IQPA 5BOWA 1ZL6A 5BQMA 3AZWA 2D44A 1ZB7A 4MYEA 3UDAA 2DURA 3H0OA 3AH2A 4YZ3A 2EXHA 2ZGOA 3USUB 4EFPA 3V0BA 4JCKA 1JLXA 3FFZA 2ZGUA 5I1BA 4I6IA 1NLSA 4GWMA 2PHRA 3QW8A 4IZEA 4IYBA 3IPVB 4P0KA 1KJLA 3JU9A 1JYCA 1DYKA 1Q8PA 1MS0A 1A8DA 4M3CA 1M16A 4IY9A 2D24A 1Q8SA 1OQLB 3N7MA 1LHNA 2FDBM 4I4XA 2IHOA 3HMYA 3ZSKA 2GMMA 2Z42A 2UU8A 4I4SA 4PF5A 3PMEA 4GP0A 4ZFYB 4F83A 4XFSA 1IRAX 5IK5A 2ZQNA 3ILRA 4Q1RA 1W6PB 1F82A 2JJ6A 2P39A 3V0AA 2GMEA 4ENDA 4A7ZA 4XJAA 3CRGA 1QOTA 5DZUA 4GXLA 3A21A 4RA0A 1JY0A 4ATEA 1ABRB 4K1YA 2WLQA 4I0YA 4KEIA 8I1BA 1GZCA 3FJAA 5DUXA 2ZAAA 3AYAA 1UL9A 3IM0A 2UWCA 1BASA 2D6LX 1AJOA 2AH2A 2WRYA 5FREA 3O12A 4FOVA 3VT0A 2DV9A 4ISRA 4HJJA 2C9AA 1AXMA 4JPZA 1G8WA 1F5FA 2OW4A 3I2AA 2ERMA 1PUUB 4JQ0A 2ESUA 1S0FA 4FVVA 5DUUA 2KH2A 4I4UA 4J2SA 4DS0A 1QQKA 4QO3A 1N47A 2F2FC 2R49A 3AKHA 1SCRA 4DRRA 3WG4A 1R8OA 1AF9A 1DQ1A 5GLUA 3AFKA 5DZGA 4YW3A 1MS8A 4QD2B 2OUHA 2DRYA 2A6ZA 1ONKB 4LBJA 2I1BA 4YZ1A 3WUDA 3O4CA 4FPFA 1LHVA 1MVEA 2V5YA 4I7IA 1MZ6A 4J1LA 2DREA 3AZZA 1F31A 3HR9A 4AVVA 4R6UB 4I3NA 1TFMB 1CQ9A 2R1BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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