1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
4WBCA 2ZGPA 1M2TB 3IPVB 3M3QA 3MW4A 3V0BA 4OZXA 2VLCA 2YV8A 5EXOA 1T9FA 1V6UA 5FNXA 3DUIA 1RY7A 3NBDA 2E4MA 1IKPA 1V6XA 1C57A 3ATGA 1A78A 5BYNA 2DVFA 2DRYA 3B9UA 4YW3A 1N3QA 4XHBA 3AZVA 2ZGMA 4BM8A 4A7ZA 2Z49A 3P6JA 2EXIA 4JQ0A 4PC4A 3N7JA 1LEMA 4P0JA 4F34A 1Q04A 3MW2A 3I2XA 3IMNA 2Y9WC 4GA9A 1IS3A 3IPVA 1AVXB 3AYEA 5CNAA 1FATA 1ISWA 1LOAA 2ET2A 3I2AA 2FFVA 4BQ1A 1U0AA 5T5PA 1HCEA 1Q56A 4UW4A 2ZGTA 4KUFA 2W52A 3FUQA 2I1BA 4AVVA 1XHBA 4GAIA 4LO0C 4ZA3B 4I1EA 5BOWA 1X50A 4CRQA 4I7IA 1JT3A 4I6IA 4RA0A 3DDBA 4AWDA 5DVHA 5BXSA 2ZACA 1SLIA 2FHRA 1H9WA 2JD4A 1S0JA 5IUQA 3AXEA 4M3CA 4IZEA 1F9KA 1SLTA 1W6OB 4I4QA 4YGEA 1HKDA 1BARA 2D6PA 4R9CA 4JKQA 3ZSMA 1QNWA 3ILNA 4OUJA 2R0FA 1KRIA 2K43A 5AVAA 2NMOA 4ISRA 1PUMB 9ILBA 3WG3A 2Y9GA 5F9TA 3ZPYA 4ZLBB 4I4YA 5D61A 3AH4A 1KJRA 3WUCA 1Q8SA 1MS3A 2AREA 3AYDA 2W68A 3T1MA 3BOOA 1ISXA 3BRDA 4JPZA 1XQNA 4QD2B 3SNMA 4PBPA 3FFZA 5H9SA 1CONA 1N1TA 1EVTA 1IS6A 2ESUA 1GSLA 3VKLA 3WLUA 1W6OA 1YYNA 2D23A 4QALA 3FJEA 1EPWA 3ZYRA 4XFSA 1G9CA 4XXPA 1ZM1A 5E89A 2WSVA 2ENRA 4XJ8A 4XBLA 2ZGNA 3OGGA 1G82A 2UWCA 5H9PA 4Z8SB 5E8AA 1BJQA 3AYCA 2DTWA 4CJMA 3FJHA 3D6EA 3PMEA 1W3FA 1CESA 2D7RA 3FJJA 3E8LC 1IS4A 1UN1A 3QIZA 4KC3A 3UJ4A 3P53A 3ZXFA 2P39A 4FOQA 4GAFA 4Y20B 3QR5A 2Q5TA 2G7PA 2FMDA 3IN9A 4LBQB 4XJWA 1CQ9A 2UURA 3WA1A 3RG0A 4OEFA 2A97A 1LGNA 1RITA 1EYLA 1MVQA 2F2FC 1DQ4A 5BXTA 1TWMA 5BVPI 2FGFA 2ZMKA 3NWKA 1NUNA 4IZXA 4YG0A 3VEQA 2LIEA 2EXJA 3Q9OA 3OJMA 3M2MA 4ISQA 4I2SA 3I8TA 4LBNA 1LGCA 1N1SA 1Q8PA 3Q7YA 1SCRA 3AJ5A 1ZKXA 5T5LA 4FPKA 1O4YA 4X37A 4IONA 1LOFA 1JOJA 3FJFA 3QCWA 1SZ6B 4Q26A 5T5JA 3PG0A 1LU1A 2D22A 1HWNB 1HIBA 2D3PA 1Z78A 4Y20A 3SH3A 1V6LA 3RMYA 3QJ0A 1MD6A 4I4VA 4LBQA 1ISZA 4Y1UA 3ZXDA 1DBNA 1QQKA 1Z7HA 2P3IA 3LSDA 1HDKA 1AVBA 2NTDA 3OPZA 3CQAA 4IYBA 4JP0A 1KQRA 3D7WB 2UWBA 5GAQA 3GNEA 1S0CA 5GZCA 3CU1B 2D3RA 2R1DA 1W6PB 1ZB7A 1UL9A 1RINA 3A0KA 4USPA 1WD4A 4P0KA 1V6JA 4D8HA 2P2KA 3B9CA 2ZMNA 3M3CA 1FV2A 4FOWA 1MR5A 3QW7A 2ZR1B 5HCAA 1HWMB 3FJ8A 2LIQA 1R8NA 4Z8BA 1WLCA 1AVAC 2YZ4A 2OUHA 2ZGSA 3CAHA 2D6OX 1ENRA 4ITCA 1FNYA 4GKXA 2GMEA 1DQ5A 3ZXGA 4K21A 4JC1A 1IRAX 1TEIA 2ZAAA 3ZXJA 1S0DA 2PHRA 4Y22B 4QC4A 2F8XC 5GLZA 3SITA 3UK9A 1V6VA 2R49A 2GNTA 1JN2P 1G8WA 5FNWA 2JE9A 2FO1A 4AGVA 4UW5A 3ILFA 2EXHA 4K1YA 3CA1A 3NJ5A 3AJ6A 2E53A 3QYDA 2R1BA 1W6PA 4XTMA 3WDTA 4AGGA 5JMCA 2ZMLA 3F62B 1IOAA 3ZC9A 5GLWA 3BAQA 4I4PA 2WKKA 4EB2B 4JAWA 4FPYA 4P9WA 3M3OA 3IKWA 1BXHA 3ZSKA 1CVSA 4YW4A 3BRGC 4XILA 4QBVA 1O4ZA 2FPQA 1CR7A 4DRRA 4YM1A 4F83A 4LO7B 1FN0A 2IHOA 1L2HA 1SCSA 2G7NA 4Y22A 2CWSA 1KNMA 4YW1A 3VKOA 1LEDA 4Y1YA 3MPPG 4DEPA 3AFKA 4XJZA 4GXLA 5DZFA 3AH1A 3LCPA 4Q2FA 5DG2A 3ZXLA 1P63A 3EF2A 5IK5A 2A71A 2MLLB 2TEPA 4G6MA 1F5FA 1SLLA 3C88A 4IQPA 2VH9A 2D3SA 4M00A 2ZBJA 2FDBM 3NBNA 4LO0A 3FBYA 3A22A 5F8WA 4X3AA 1A3KA 3T8SA 3O5SA 4X38A 1PZ9A 5SV8A 4GP3A 3WINC 3AK0A 1JQZA 3WO3A 1FAYA 1WLWA 2MIBA 1V6WA 1ISYA 2CNAA 1G86A 1FWUA 3K3QB 3PVEA 3SISA 4FOYA 2PELA 3O4CA 4C1WA 1V6MA 4EFPA 4ZKTB 3RQ0A 3UDAA 2HW9A 3WNXA 2SBAA 3BWIA 3BRFA 1ISVA 3POWA 4XXAA 1MZ5A 1AXYA 1SFYA 4I96A 2XG3A 3D5OA 3C9ZA 2PHWA 3ZUSA 5GLVA 3IM6A 1W3AA 3QW8A 4D0ZA 3NV4A 3OY8B 4IY9A 4I0YA 4OEEA 1F31A 3AZYA 3R05A 4H04A 5T5OA 1C1FA 2AENA 4XDQA 4C1XA 1JUIA 1I1BA 5GZEA 1OKQA 1SLAA 1G9FA 2P3KA 2KI4A 4LO1C 2AH2A 3JRRA 3PJQA 2WBCA 2Q3NB 2PHUA 4AN7B 3AKGA 3FUOA 4II0A 5KXDA 1XYFA 2DURA 1AJOA 3L2YA 1LOEA 2D1ZA 1N47A 1VAMA 2NMNA 2DU0A 1MZ6A 5F5QA 1XTGA 3N3HA 2D44A 2AUYA 1CVNA 3OY8A 4SLIA 2ZGQA 5JLVA 3OYWB 1F82A 4XIOA 1DYPA 3FIEA 2D20A 2DVDA 1YVGA 4K1ZA 2WRYA 5JOYA 2P34A 4HJJA 2F2FA 1SR4A 1YIFA 4QO3A 1V6NA 1S0GA 1JT7A 4ENDA 4YZ4A 4FPEA 3BAVA 3ZSJA 4GWNA 4YGCA 1PZZA 1ABRB 1FX5A 1WW5A 3JU9A 5EG6C 4J2XA 4P9XA 1LHWA 4J2YA 3IM7A 2ZGKA 3VSFA 4AVSA 4XHXA 4XJ9A 4AYUA 3ASIA 5CAZA 2WT1A 2BEAA 4KEKA 5KXCA 2E7QA 1ULFA 3T1LA 4USOA 3OYWA 3FJAA 2PHXA 3NV2A 2ZQOA 3B3QE 4P0LA 4R6UB 4GWMA 2A7AA 2K4AB 3POYA 1Q1UA 3KMVA 1W3GA 3O0WA 1ZN3A 2NN8A 4FGFA 1SLCA 2YXSA 3BAHA 4LO2C 4YM2A 3VUOA 4EKXB 3V64A 3P6IA 3AH2A 3O44A 1LHOA 4XTPA 1QOTA 1FV3A 2CY6A 2YUGA 4GOVA 2R9KB 4CZSA 4ZFUB 3JUTA 5IK8A 1G9AA 3UL2A 1QKQA 3AJZA 5F8YA 1LGBA 5D63A 3N7LA 3VT2A 1Z0HA 2XB6C 2ZHMA 4KEIA 1QDCA 1UX6A 4GOYA 5EYYA 1LU2A 1PZ8A 5DUVA 2DV9A 3RMXA 3CA4A 3UJ0A 1NLSA 4OEGA 1BA7A 5DZUA 1BQPA 5JDBA 1W0PA 1BFBA 3AZZA 3KQRA 4XFTA 2A75A 3S8JA 2DVAA 2B7YA 2VU9A 4LO3C 3VKMA 5JOWA 1LOGA 1GZ9A 1D2SA 4Q9PA 4GKYA 2WQZC 2E51A 2ZGOA 2RSTA 2ZGRA 1DZDA 3WHUA 4XBNA 3QW5A 4AVTA 2V5YA 1RG8A 1AX2A 1UMZA 2IWTB 2ERFA 3ZC8A 3MALA 1ULGA 3LTQA 1DQ6A 5DSSB 5KXBA 1ULEA 1JLYA 5GZDA 1WD3A 3BONA 2EF6A 3WCSA 4XBQA 1JT5A 1ENQA 2ZGUA 3LLPA 2DUOA 5DUYA 3CRIA 2M49A 4X39A 1YRZA 3PVNA 5IK4A 1BLDA 2RQ9A 3TB0A 1S1AA 3RTIB 2ZGLA 3PUBA 3V65A 4YGBA 1PC8B 1FMMS 3HALA 1I1EA 4YLZA 1QF3A 4I4RA 3WVJA 2L5XA 2R0HA 1SBDA 4PQ9A 1QQLA 3C8AA 1YXWA 2WSUA 3HOMA 4NO4A 5D62A 5I1BA 4PBOA 1RIRA 2A3WA 2C9AA 1KDKA 2D7FA 1DYKA 2NM1A 3BADA 1V6KA 3AZXA 5CA6A 1BFFA 2LTNA 2VUAA 3Q7XA 1FGAA 4KTXA 1YBIA 5E24E 1C1LA 1WBFA 4LBMA 5EWSA 3WINA 4WVVA 1ZL5A 5GZGA 5IK7A 2W08A 4QBCA 4Y1ZA 1HCDA 4YG3A 1CIWA 1SLBA 1WW7A 2AXMA 4ATEA 4WZFA 4YM0A 1W6QB 3FJBA 2ARXA 5CB7A 1TFMB 2A3YA 2BEBA 4AGRA 3ZVXA 2D7IA 2JECA 1DQ1A 3WOGA 1URXA 2OW4A 4HA2A 4LBJA 1IJTA 2V73A 2WJSA 2AAIB 1GZCA 3A23A 4KEJA 5T50A 1QGLA 1JY0A 1T3CA 4FPOB 1AXKA 2DUPA 1V6OA 5EC5A 2P23A 1WUVA 5HCBA 1N1YA 3NV1A 3FGMA 2NP0A 4ZGRB 4FPGA 2IMAA 3BOKA 31BIA 5BP5C 5FRAA 3W9TA 4XKIA 4DQAA 1JW6A 3VWCA 4EL4A 4FQ4A 2W39A 3K1XA 1HQLA 5T55A 1GICA 1G9DA 1V00A 3AYAA 3QLQA 1W6QA 3IIRA 1OQLB 4I4UA 1DZQA 1C4RA 4LO1A 3KM5A 4DRVA 3WMVA 1Z4SA 41BIA 3W59A 1II4A 1BLAA 5FZYA 1IKQA 4A7KA 1Z2VA 3FIIA 4XMIA 4YGDA 1VIWB 1ILR1 8I1BA 2P3JA 3WG2A 2UWAA 1KDMA 1R8OA 2GZBA 4Y1XA 3GALA 1NZKA 3OBTA 3SH5A 4ZJXA 2GDFA 4XZPA 2Y9XE 2XHLB 2DREA 3FJ9A 4ASMB 1MACA 3BA7A 2KLLA 2CYFA 1ZL6A 1T4QA 3S8KA 4P9YA 1J1TA 4OWKA 4P6AA 2WT0A 3FJIA 4YG6A 5CBLA 3N7MA 1TOOA 1QOOA 4TYSA 5DUXA 2J3PA 2GALA 3WG1A 4H55A 2DWRA 2ZQNA 1K5UA 1TP0A 3AP4A 3NBCA 4FPLA 4ZFWB 3CNAA 1CPMA 2Q9XA 1JLXA 1DIWA 1DHKB 2ISEA 1CJPA 3O3QA 3I29B 2VSEA 3RRDA 2ZHKA 3B00A 3HR9A 3VKFC 3QIXA 1TWEA 2A70A 1Q8OA 1UPSA 1FNZA 3ZX7A 4L8QA 2ZHLA 1LENA 3WDYA 4JRAA 1WBLA 2XHLA 1B09A 2GO2A 4R9DA 4G9MA 2W2DB 4LBKA 4Z9WB 1LHVA 1OQ1A 4G9NA 1ENSA 1BYHA 1TIEA 4YZ1A 4YOLA 3ENRA 1QMJA 4J23B 3UJOA 4K20A 3O5WB 2JE7A 5GJ6A 3SNVA 2CWMA 3WDUA 3APBA 2ISHA 1FQ9A 5FZZA 3AX4A 4P14A 1JYIA 3RTJB 4ELCA 4LO2A 2OVUA 4BLJA 1RMLA 4YW5A 2D6NA 2QN4A 2DUQA 3AKFA 1V6IA 3N7KA 2D6MA 3FJCA 1GNZA 3VKNA 1GGPB 1CN1A 5JOXA 1UZZA 1SBFA 1DZCA 1A8DA 3N35A 4U36A 1MC9A 2ARBA 1RZOB 4UW3A 3QW6A 2W2DA 2QYIB 3WDVA 1CPNA 3LSEA 1LOCA 5BQUC 3BA5A 4HL0A 4IY8A 4J2KA 1GANA 4Y26A 2P37A 3BODA 2X2TA 3UD9A 4OW4A 4ZFYB 1KITA 2HYKA 1JXNA 1HLCA 2ZHNA 1H9PA 1W6MB 1GNHA 4XE9A 3AKHA 1DFQA 2A6VA 3OJVA 4DS0A 4KS6A 4W65A 4ZXKA 3USUB 3ILAA 3T2TA 3NV3A 3WDXA 3F1RA 1MS5A 2R16A 4FPFA 3M3EA 3H6RB 3A0NA 5IT6A 1QNYA 2ISGA 5T52A 1DGLA 5F90A 3CA6A 1FWVA 2HWAA 1LOBA 3BAGA 1SACA 1Q03A 3H0OA 2DVBA 3O49A 1GZWB 4I4OA 2YY1A 4M3CB 3DSEA 2E6VA 2UUSA 3B69A 4I4SA 3MW3A 1S0BA 1XZZA 1WBAA 4JKXB 5KXEA 3C2UA 2YMZA 1W6MA 1XTFA 3O12A 3BB2A 5DUUA 5DG1A 1GV9A 2AFGA 5LK5A 3DS9A 2JDZA 1HWPB 3USUA 2C5DA 3D3XA 4M3CF 1E0OA 4YFWA 4XJUA 2AGSA 3ZYPA 4NOTA 4GP0A 2WT2A 1FMZA 1YI7A 1QXMA 3O4OA 3H6RA 4LO7C 1S0IA 4Q1PA 3IM5A 1VALA 3AZWA 3FLPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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