1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
1LEMA 4PBOA 2WT0A 4AVTA 1LCLA 1LHOA 1MS1A 4JRAA 5JOZA 4MYEA 4CTEA 4H04A 2D3RA 1XTFA 3OPZA 1W6PB 1LHUA 3A07A 1WW6A 3SNVA 1G7YA 4X3AA 5EWSA 3AXDA 3WG2A 3A21A 5F5QA 2ZKNA 1LOEA 1KQRA 3N7MA 1HKDA 4WVVA 3F62B 5L73A 3QW6A 1JLXA 5GALA 3R05A 4Z8BA 3CRHA 2R16A 3QW7A 1LODA 4I4VA 3ILFA 4QBVA 2EXHA 1K5UA 2NYYA 4Q26A 1WW7A 1XQNA 2ZGOA 3AZVA 2VLCA 2ERMA 1GZCA 3AKGA 1OFSA 5EHAA 3VKLA 1R1ZA 4XHBA 3DDAA 2JD4A 2QYIB 2IMCA 1T4QA 4KEKA 4YG3A 5IUQA 2D6LX 2RHPA 2ES3A 4XMIA 4Y22B 5DUWA 5BQUA 3ZXJA 3T1MA 4ISRA 1UMZA 1WUVA 1ENQA 2C5DA 1W0OA 5JLVA 3O4OA 3O4DA 1C1LA 4DQAA 2ZABA 5FNXA 2Y9FA 3FLPA 5IK5A 3QCWA 3M3EA 1V6JA 2Z49A 1SLCA 5EC5A 4HL0A 4HJJA 2E4MA 4WBCA 3N7KA 4Z8SB 4R6UB 4YZ3A 7I1BA 1QKQA 2ZZJA 1QNYA 4X39A 4G6JA 1BASA 1RZOB 2OW4A 1V6IA 1GNHA 3GALA 1CE7B 3C8AA 4EEEB 4PBPA 3DSEA 2MLLB 1WLWA 1GICA 2AUYA 2VSAA 4X38A 3W58A 1IS3A 1B09A 4Q91A 3PG0A 2E53A 4UW3A 2YY1A 3VEQA 4NO4A 4PQ9A 3AFKA 3SNMA 4ATEA 4AN6A 1G9CA 2CYFA 4XBLA 5JOWA 3N0KA 4I1BA 4DEPA 2F8XC 4FPYA 3KMVA 2VW0A 3FIIA 4U2AA 2EALA 3O3QA 2ENRA 4YZ1A 3WDUA 3RTIB 4I4XA 3CA6A 1RITA 5T50A 1SLLA 3AYDA 1TFMB 3O0XA 2CWSA 4WV8A 3BOOA 2SLIA 3NBNA 1LGNA 3RRDA 5I1BA 2K4AB 1KITA 2ZMLA 2R49A 4ZFUB 4U36A 2DRYA 2XB6C 4XXPA 1QDCA 3APBA 1FNZA 1WD3A 2ZQNA 2GN3A 4NOTA 1N1VA 1MS3A 1QQKA 4GAIA 1GNZA 4ZJXA 4XJ9A 1V6LA 5DSSB 3AZWA 3CNAA 2WSUA 2RQ9A 1S0CA 9ILBA 4JPZA 2FHRA 3AP7A 4KEIA 5BQNA 2FO1A 2A6WA 1DQGA 3A4UA 4OUJA 2ERFA 2ZGRA 2A8AA 2DUQA 1QGLA 2RG9B 4LO3C 3WDVA 4AGRA 2DVAA 1M16A 4LO0C 4DCKC 3WHTA 3B3QE 3BOPA 2R1BA 3WA1A 1WBCA 2EXJA 2NZ9A 1MC9A 1X50A 1AVAC 3S8KA 1VAVA 1VLNA 1R8NA 2HWAA 2E7QA 4I4QA 2ARXA 1I1EA 3JUTA 1G9AA 3UJOA 1DJSB 1V6XA 4EJ5A 3AZZA 1JN2P 4R9AA 3CA3A 3TAYA 2ZGMA 1WLCA 4JP0A 5FREA 1W6NA 4FP2A 5F8WA 4FOWA 3IN9A 1RMLA 1TEIA 1TWMA 2NP0A 3B00A 1DFQA 3N7LA 1G9DA 1QOTA 4I4PA 3OGGA 1JT5A 4R9CA 4HR6C 1TIEA 3NF3A 3UD8A 3HN1A 1LHVA 3LLPA 4I4RA 5F8YA 2BQPA 1U0AA 4IY9A 1ISYA 1AXKA 3FJEA 5DG1A 2A6XA 1ULFA 2D3SA 3SISA 4ZA3B 2LALA 2GNMA 1QOSA 1NLSA 4FPKA 1KJRA 3C2UA 4AWDA 2DREA 4XJZA 4XYXA 3HSMA 4JQ0A 1PZ9A 2Z42A 4JAWA 3MW2A 4YW3A 3IPVB 4XHXA 2WQZC 4Q1RA 4K20A 4YM3A 3ZURA 1YRZA 1GZWA 5BP5A 4XKIA 1YVGA 3R4UA 4QC4A 1ZA4A 4I1EA 5GLVA 1G82A 1AX1A 4LBJA 1M2TB 4FVVA 3OY8A 3K3QB 4Q1PA 1HWMB 2QN4A 1DFCA 3IKWA 2C9AA 2WBCA 1Q03A 2ZHKA 1P63A 2AR6A 3NJ5A 1ZN3A 5LK5A 3AJYA 4XJ8A 4IZEA 2G7QA 3M3CA 1IKPA 4M00A 4G9NA 3AXEA 1ZB7A 4UW4A 4P9WA 1QF3A 1V6OA 3N36A 5BQUC 4FPCA 3Q7XA 4K1ZA 4KUFA 4IZXA 4IQPA 2W52A 5JDBA 1DHKB 1W6MA 2GNBA 1OQ1A 3B9UA 1S0DA 1UZYA 3UD9A 5CA6A 1DBNA 2YMZA 2RSTA 2ZGLA 3OBRA 1N3PA 2W08A 2GMPA 3AJZA 1HQLA 2DYCA 1RINA 1CPMA 2E4MC 3MPPG 1Q1UA 4YM0A 4XFUA 1BKZA 2GDFA 2PHRA 3O0WA 1DQ4A 1LECA 1ZKXA 2UU8A 3WO2A 1YXWA 1SBDA 2DVGA 4K21A 2ZGKA 4AN7B 3VKMA 1MR5A 2IHOA 3CU1B 5GLTA 1G9BA 4YW1A 4FPJA 4QKSA 4GWNA 2ZGNA 3QYDA 2NTDA 4A7YA 4FGFA 1XYFA 1PC8B 3EF2A 1WCSA 3WV6A 2A97A 1FGAA 41BIA 3NV3A 3SLIA 3JU9A 3W59A 3OJMA 3WINA 4Y24A 3NBEA 1WBLA 4FPEA 4LO1C 4CJMA 2P3IA 3OJBA 3V64A 4TLPA 4P6AA 3DDBA 1AXYA 2ZGPA 1N1YA 4I37A 1FNYA 1V6KA 1LOBA 3C9ZA 1WW5A 1IS5A 2QN0A 1YYNA 4XJUA 1JXNA 4USOA 1FV2A 1W6QA 4DRRA 1MD6A 1Q8QA 3QR5A 4ISQA 2DUOA 2E51A 2YZ4A 4ELCA 5DZEA 2DS0A 5FRAA 1W6OB 3I2XA 1QOOA 2H0BA 4YGCA 3VT2A 2D6NA 1ULCA 3ZXFA 2DVDA 2HYKA 3WG3A 1S0GA 4Y20B 3ZXLA 3WG4A 4HEVA 2CTVA 3RG0A 3ZSJA 2NM1A 1FV3A 1GZ9A 4YZ5A 4BOWA 4GP0A 3LSDA 3M1HA 3D3XA 5HPZA 5BQMA 1FQ9A 3O0VA 1F9KA 3AYCA 3PMEA 3H6SE 4M3CB 2AH2A 3QIYA 3BTAA 1HDKA 1LGBA 1GSLA 5H9SA 1ZKWA 2UWAA 3POSA 3FJAA 3QIXA 4EB2B 3AKIA 1EPWA 3ZC8A 4L8QA 1Q8VA 3M3OA 4KTXA 2HZ9A 4OEEA 3A23A 1GZWB 4P0LA 4ENDA 1GANA 2G7KA 4AVSA 3CA4A 2P37A 3AP9A 5HCAA 3TC2A 4XBNA 1IOBA 2VW2A 4WVWA 3BRGC 3DEBA 4BLIA 3UD7A 3OY8B 4W65A 5EG6C 1QXMA 5CAZA 1GGPB 1Q8PA 4OWKA 1BYHA 5H9PA 3WMUA 3T1LA 1BZWA 2KM2A 2KKIA 4CZSA 1HKNA 2EXKA 1IHKA 1ISXA 3AX4A 3Q9OA 1EV2A 3VT1A 2UUSA 2XHLA 2HWMA 1LOFC 1BFBA 2M49A 2ZGTA 4BPZA 1ISWA 1Z7HA 1MZ6A 4ZKTB 1V6UA 4HA2A 2BFHA 1MS8A 4LBLA 3UK9A 4EFPA 1I1BA 4II0A 5DUYA 5G00A 5BP5C 1Z4SA 1UL9A 1C4RA 4GALA 2ILPA 1W6MB 4KC3A 3IM5A 3CQAA 4XTPA 3GNEA 3ZC9A 4JKQA 2JDZA 1S0LA 2DRZA 4LO2A 1JHNA 2VXRA 1RY7A 4Q27A 2D6OX 2PELA 4PCRA 1W3AA 4AVVA 3F1RA 4KEJA 3FJDA 1JT7A 3SH5A 3AH4A 3POYA 1MZ5A 1IS6A 3BRFA 3VUOA 2IWTB 4G9MA 2E7TA 1SCSA 4ZFYB 3LCPA 1UPSA 5T5JA 3BAHA 1MS5A 5DUVA 5D61A 2OVUA 2D20A 1ONAA 3ILNA 4H9WA 5JOXA 4XIKA 2D6PA 3CA0A 3ZXDA 1II4A 2W2DA 3FJCA 3H0OA 1SR4A 3PJQA 5CNAA 4OW4A 4LBQD 5DUUA 1AVUA 3ZUQA 2X2SA 1O4YA 4EL4A 2MC2A 2ZGSA 2JJ6A 4FP3A 3ZSKA 1V6NA 3P53A 1ISVA 1XG6A 2GMEA 1AVBA 1KRIA 5GZEA 1PUUB 3IM6A 2FMDA 3FJHA 3OJ2A 4XZPA 2YV8A 2ZR1B 2J3PA 3D7WB 4I4YA 1Z78A 3PVOA 4YGEA 5GJ6A 2R0HA 1W6QB 3PVEA 1TP0A 1IOAA 1JY0A 4Y1VA 2I1BA 3N7JA 3C88A 5E88A 2W68A 4XOGA 4ZXKA 3C89A 3VT0A 1S1AA 4I8MA 4BM8A 4I3NA 3CAHA 3OYWA 3OJVA 2A7AA 3WINC 4F34A 4I0YA 4EFQA 1YI7A 5BQMB 1V00A 1TWEA 1E1HA 5GLZA 21BIA 1AFCA 3FJJA 1N4KA 3INAA 2A71A 1ONKB 2OUHA 2ARBA 4LO7B 3POWA 1J0SA 2A3YA 4TYSA 5GZCA 1LOCA 4BMEA 2K8RA 4JKXB 3L2YA 4QKRA 3ZSLA 1RG8A 3CRIA 5FZUA 2KH2A 3OBTA 5IK4A 3WO3A 2D3PA 3WNXA 4LBQA 1QNWA 1D0HA 1ITBA 1F82A 1OQLB 3H6QA 2ET2A 1T3AA 2XG3A 3AZXA 2X2TA 2AXMA 2AQZA 4TZDA 4IYBA 4ZOTA 1W6PA 2A3WA 2CL2A 2Q5TA 3KM5A 2G4IA 1LESA 3C8BA 2NMOA 4KBBA 2HW9A 3RTJB 2D6MA 4I7IA 3I8TA 4GKYA 1S0FA 2L5XA 3HR9A 1CN1A 1ULEA 4GA9A 4LO7C 2K43A 3WDTA 1HWNB 4L4IA 4OWJA 3QJ0A 5KXBA 2ISGA 4YFWA 1AZDA 1O4ZA 1V6WA 2WLQA 3U4XA 1D2SA 1TOOA 1LHWA 2NN8A 1H9WA 3ZXEA 3ATGA 1C1FA 2W39A 1N1SA 4BQ1A 2FPQA 1BLAA 1QQLA 4ZGRB 3WDXA 1BA7A 3A0NA 2KLLA 3O49A 1IILA 4Y26A 5D62A 2I2SA 2A6VA 2JE9A 4Y22A 1JOJA 1DQ6A 2R0FA 3O44A 1WLDA 1DYPA 4GP3A 3AYEA 3DUIA 4A7KA 1QDOA 3D6EA 5JOYA 3BADA 2ZQOA 1YIFA 1IJTA 3BAGA 5KXDA 4IY8A 3FFZA 3N35A 4JCKA 4UW6A 1HWOB 2B7YA 3NV1A 3RS6A 3UJQA 2GALA 4Y1UA 4GWMA 3BA7A 4FOYA 2XOAA 1QMJA 3RSJA 4OEGA 1ENSA 4LBKA 2W2DB 2WT1A 2JKBA 3BA4A 5H9QA 3BA5A 3V0AA 4L4HA 3A22A 1GLHA 1XHBA 1UN1A 2YXSA 2FDBM 3BONA 5T5OA 2JE7A 3VWCA 3V0BA 3BRDA 4D0TA 4C1XA 4LO2C 4P0JA 1N3QA 3IM0A 5IK7A 4J1LA 1GKBA 1XZZA 3NV2A 1MACA 1JQZA 4FQ4A 2Y9XE 2G7PA 3JUUA 2D1ZA 4Q9GA 3E8LC 1BFFA 2DVFA 4LO0A 4XTMA 1UZZA 2FGFA 3I2AA 3BOKA 2GZBA 5DVHA 4M3CE 4Q8KA 1EYLA 4D8HA 3FGMA 1KNMA 2DU1A 5T5PA 3OYWB 1AF9A 4I30A 1PZ8A 1V6MA 1URXA 3UJ0A 3O12A 2KI6B 2YUGA 2F2FA 1SLTA 1LOAA 4XBQA 3AKHA 3BAOA 2KI4A 1LTEA 3FJIA 4J23B 1A3KA 1HQWA 4BLJA 2CNAA 5D63A 1FWUA 1AX2A 1CVNA 3WZ1A 5BXSA 1F31A 3WCSA 1W6NB 4EKXB 3VKNA 1BXHA 3ASIA 5CBLA 1DLLA 2P3JA 2PHTA 1HCDA 4YW5A 4F83A 4XE9A 3BX1C 5F8SA 1LJ7A 1SLAA 4LBQB 3AP6A 2D6KA 3UDAA 2JECA 3BAUA 4OEFA 3AJ6A 3O5WB 4K1YA 2D24A 4YFZA 1YF8B 3PUBA 4GXLA 1FATA 3FJ9A 1Z2VA 3N3HA 2MIBA 3H6RA 1KDMA 1PWAA 3O4AA 2GN7A 6I1BA 1F5FA 1V6VA 4XFTA 4FQZA 3VKFC 3B01A 1C57A 2ZBJA 3MW3A 1DYKA 4P9YA 2LIEA 1H9PA 1T3CA 1SBEA 3RMXA 3WO4A 1WD4A 4H55A 5FZZA 5E8AA 2AREA 2ETFA 3NBDA 3T2TA 1IRPA 3CA5A 4X37A 2DUPA 3S8JA 3IIRA 5F9TA 2DU0A 4XXAA 5BXRA 1SCRA 4XDQA 1WW4A 1W3FA 2AENA 4R9DA 2CWMA 2GNTA 4I4SA 2NVHA 2E6VA 1Q8OA 5H9RA 3ZYRA 1IT0A 4Y1YA 4ATFA 4ZLBB 3I4IA 1Q8SA 4YGDA 5BVPI 1YO8A 3VSFA 4OZXA 5HCBA 4USPA 2AFGA 3VV1A 5BXPA 1E0OA 1CIWA 1DQ2A 1DQ1A 3ZVXA 4GOYA 3IPVA 2YROA 2VY0A 4CRQA 4QBCA 1DQOA 5BXTA 1FAYA 4I96A 2LIQA 3VSZA 5FNWA 1LULA 3FJKA 1JT3A 3BB2A 3AH1A 5GLWA 3HOMA 5DZGA 1WBAA 4YGBA 1IRAX 1Q04A 2ZACA 2A70A 3LTQA 4PC4A 2DURA 1JBCA 5B2HA 1MS4A 1AJKA 3V65A 4C1WA 1OKQA 1JW6A 1CQ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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