1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
3SH5A 3ILAA 3O5SA 4YW5A 3T1LA 2BEBA 2C9AA 1SR4A 2Y9XE 3O4CA 3WMVA 3WHTA 3Q7XA 4LO7C 1AX2A 1XQNA 2ISGA 4JC1A 3WA1A 1ENRA 5D62A 4BQ1A 2D23A 41BIA 3I4IA 1HWNB 1G9FA 3UD8A 2DUQA 1WW6A 4FVVA 3BOKA 4LO0A 4PC4A 4CJMA 4AGVA 3WCSA 4XMAA 3BTAA 2PHRA 3QR5A 4I8MA 3TB0A 5B2HA 1XHBA 1MD6A 4KC3A 3EF2A 4Y26A 2QN0A 4JP0A 3S8JA 1UN1A 3KMVA 1MZ6A 3FJKA 5IT6A 2VW1A 1BQPA 4IQPA 2W2DB 3ENRA 5EHAA 1Z7HA 4JCKA 1MS0A 3B3QE 3RMYA 3FJHA 2DVBA 3BAGA 4P14A 3OGFA 3WDWA 2D1ZA 4Y1ZA 1H9WA 4RL7A 1Z78A 4M01A 4OEEA 3JUTA 3CNAA 3WINC 4ZA3B 5FZYA 1W6MA 2P2KA 4LBQA 4HEVA 4P0JA 1LTEA 2WT1A 5IK5A 1FGAA 1LU2A 4D0ZA 3H6RB 3AXEA 3FJEA 2KM2A 3BAHA 3M3EA 3WG1A 4XJ8A 1FMZA 2GMEA 2ZGKA 4XJWA 2V5YA 1ENQA 4YGEA 1S0IA 2XOAA 1MS1A 1Y7BA 4QO3A 1Q8VA 2KI6B 4PQ9A 5AVAA 2XB6C 2P3JA 4BMBA 1BJQA 3WMUA 3BWIA 2UWBA 3QCWA 5F9TA 4Z9WB 1DGLA 1CPMA 1MVEA 5BQNA 4XOGA 1LGNA 1V6OA 2WSVA 4X37A 2A97A 3ASIA 1Q8PA 4UW4A 1BZWA 3AZXA 1P63A 5LK5A 3N36A 1Q56A 4II0A 5EXOA 1LOFC 1AF9A 4XJZA 1S0FA 1PWAA 1Q8QA 3WG4A 4R9DA 3HMYA 4HL0A 1W6NA 5EYXA 3D3XA 3ZXJA 3D7WB 1MZ5A 4EFPA 4C1XA 4FP2A 1IS5A 4K1YA 2AENA 2ERMA 3NBCA 1EPWA 1W3GA 1FN0A 4BOWA 1SFYA 1JTCA 3ZXEA 4J1LA 5EG6C 4I7IA 1MS3A 3F1RA 3AZYA 3BRFA 3BX1C 4OWLA 1TTUA 4DRRA 1FQ9A 1TWEA 5T5PA 3UD7A 1LOAA 2RHPA 1IHKA 4ATFA 2XG3A 1ZKWA 1IS3A 3OY8B 1MVQA 1AXYA 2LIQA 2A6WA 4EFQA 2XHLA 4Q91A 2UWCA 3P6JA 1DZCA 2ZGQA 3PVNA 2FGFA 3USUB 3NWKA 3NF3A 3VSZA 2PHUA 4USOA 3HOMA 2NMNA 1SBFA 1DZDA 1K5UA 4FPYA 3B9CA 2G4IA 3R05A 3CRHA 4I4OA 1ISVA 3WDTA 1ULEA 4TYSA 1QDCA 1T9FA 4AN6A 2GNDA 2AYHA 4HANA 4OEGA 1AJOA 4I6IA 4XXAA 2D6MA 21BIA 5FRAA 3ATGA 4G6MA 4DCKC 4Q1PA 1BYHA 3AXDA 4HA2A 3CA0A 3WCRA 4P6AA 4XBNA 1OFSA 3POYA 2RSTA 2ZACA 2YXSA 3BA5A 4JQ0A 3N7KA 2BEAA 1QOSA 1VAVA 1GYKA 4XFUA 4M3CF 3SH4A 2ZMNA 3WO2A 1GZWB 3FJDA 1YI7A 2FO1A 5KXCA 2GNBA 2Y9GA 3HN1A 3Q7WA 1CE7B 3RTJB 1ISYA 4Q2FA 2JD4A 4Y1XA 3LLPA 3SITA 4AVSA 4YLZA 3WINA 5HPZA 3DEBA 3MW3A 2BQPA 3N0KA 4G6JA 4F34A 5GZCA 4H55A 4FPEA 5E24E 1AXZA 1LOCA 3CA1A 3ZUQA 1V6KA 3FUOA 2AREA 3FLRA 4IY8A 1KNMA 2K4AB 3N7MA 3WLUA 3AZWA 2W2DA 2IMBA 2GALA 4IYBA 4EJ5A 3RS6A 5BOWA 1F31A 3ZVXA 4IY9A 2VU9A 2WJSA 3IPVB 4YG0A 2VH9A 3NJ5A 4Q26A 3CRIA 3W9TA 3IIRA 2FFVA 3QW8A 4XBLA 4NOTA 4I4SA 3AP5A 5CAZA 3FJFA 4ZLBB 2ZGUA 3CA3A 4Y1VA 4XE9A 3UJ0A 1LGCA 1DQGA 4GP0A 1N47A 4GWNA 1Q03A 2YMZA 3H6RA 4UW6A 4AWDA 3PMEA 5GZFA 4XJAA 1M2TB 5BXSA 2R16A 3T8SA 2CY6A 2DU1A 2OUJA 4XFTA 5FNWA 1LOFA 1CN1A 2ZKNA 2AH2A 1S0CA 1I1EA 1II4A 2NZ9A 2WT0A 3ZXLA 4FQ4A 4OW4A 3RMXA 1MACA 2FPQA 2CL2A 4R9AA 3BODA 1JN2P 3GNEA 1DIWA 4R9CA 3RG0A 5T55A 3CAHA 3AYAA 4M3CB 3I2AA 3O0VA 1JT5A 2ZHLA 1L2HA 1ZM1A 1QNWA 1CVNA 1A3KA 2PHTA 1QU0A 3UK9A 4OWKA 3QW7A 1HKNA 3AKHA 4I96A 2EALA 4AGRA 1O4YA 3QYDA 3ZXKA 4EFRA 1F9KA 3F62B 4YFZA 3BAOA 2IMCA 3ILFA 2WSUA 3FJBA 3CA5A 2YZ4A 5G00A 3INAA 1PC8B 1V6NA 4QBCA 4ZOTA 4LBOA 2E7TA 1LODA 2HW9A 1SACA 4YW4A 2IMAA 1SLCA 3C2UA 2ZQNA 4ENDA 3ZXFA 2UURA 1BFFA 1FNYA 3AFKA 1K5VA 2WNEA 1MC9A 3D6EA 1LU1A 1IKQA 1DQ1A 4A7KA 3DS9A 4JKQA 3IM5A 1DZQA 3AYCA 1ULDA 1WBFA 2GNMA 4L4HA 3FUQA 1AXKA 3VT0A 5DUWA 3V79C 1Q1UA 5SV8A 5CNAA 1V6VA 3FIEA 3BAQA 2W08A 2VW2A 2R1BA 3USUA 4IONA 1AZDA 1FX5A 3VV1A 5JLVA 5GLVA 3VKLA 3DGTA 4FOYA 1BASA 2DUPA 2TEPA 2ZQOA 4YOLA 3D5OA 2A6YA 5H9RA 3LCPA 3ZX7A 2PHWA 1T3CA 1ILR1 4GAFA 1TFMB 1SCSA 2A8AA 5GZGA 2DTWA 1J1TA 2D6PA 3HBWA 3BONA 1MS9A 1JT7A 4PF5A 1DFQA 3CRGA 4LO1C 3BOOA 4KEIA 3MW2A 4AGGA 4OZXA 2YV8A 1GANA 4I4QA 1J0SA 3OPZA 3IM6A 4YZ1A 1JY0A 4WBCA 2WKKA 3N35A 2Z49A 2ES3A 2JE7A 4QKRA 4PCRA 1V6IA 1LJ7A 3I8TA 2MC2A 2ZABA 1QOTA 4U2AA 1PZ8A 1GZWA 3OYWB 3AP9A 3FBYA 1AX1A 4ATEA 1LOEA 1QDOA 5EC5A 3V0BB 2R49A 2RG9B 5IK7A 2ET2A 3O0XA 5GLWA 1IJTA 3ZPYA 1HCEA 4YG6A 4LO2C 1NUNA 1VALA 1W6PA 1WUVA 3OBTA 1GLHA 3BRDA 2QN4A 4FOVA 1N3QA 1RINA 1WLCA 4G9MA 4WZFA 4GAIA 2ZHKA 4LBNA 1F5FA 2GZBA 1NXD1 1URXA 3QW5A 2D6KA 2IHOA 4U36A 1FNZA 2M49A 5EWSA 3AX4A 3M2MA 1AVXB 1C57A 3C8BA 3ZURA 2D6OX 3O49A 1IT0A 2WQZC 2C5DA 3ZSMA 1UKGA 2WLQA 5JDBA 1IOBA 1S0GA 1F82A 3GALA 2A5ZA 3IPVA 3WUDA 3OJMA 1W6OB 5KXEA 3WOGA 1DBNA 1KRIA 1KDKA 1CPNA 2LIEA 2GDFA 2D7FA 1LCLA 1JXNA 4R9BA 2ZHMA 1CESA 4L8QA 3FJ9A 5GLZA 3RRDA 1G9AA 4XFSA 4GXLA 4LO8B 4I3NA 1Q8SA 3NV1A 1JHNA 2DVDA 2JJ6A 1PZ9A 1GSLA 5H9QA 5E8AA 2I2SA 4YZ4A 1TOOA 1FWUA 4YFWA 3P53A 1ABRB 2P3IA 3NBNA 3IKWA 4EEEB 2DVFA 3W59A 1QMJA 1YIFA 1S0JA 5DVHA 1SCRA 2ARBA 1AVBA 1N1VA 4ZFWB 4ZJXA 1FAYA 1H30A 1LHWA 4I30A 3POWA 4FPCA 4KS6A 5GLUA 4G1RA 1SLBA 2ERFA 1DFCA 1U0AA 5BP5C 4YGDA 3FJJA 2UWAA 2GMMA 2D24A 1HQWA 1O4ZA 4P9XA 4XXPA 3HR9A 2KLLA 1UZYA 3JUUA 1E1HA 3NV4A 2DU0A 2F2FC 4ZFUB 4Q9GA 3FLTA 1IILA 4RA0A 3AH2A 2D44A 1ISZA 2G7PA 1T4QA 5F8SA 3AK0A 1WBCA 1SLIA 2Q5TA 3N7LA 3NV2A 5JOYA 1DHKB 1G86A 1QKQA 1AX0A 1KJLA 3DUIA 1CJPA 4W65A 2ZZJA 1H9PA 1LECA 1KQRA 2CWSA 2CNAA 3IM0A 1AXMA 3DDAA 4F83A 4ZKTB 3SH3A 1LGBA 5BQMA 2W52A 1EVTA 4XZPA 1WW4A 1N3PA 4JRAA 2AR6A 2A3WA 1ISXA 3VKOA 4IZXA 3QW6A 3LSEA 5JVVA 4YM3A 4ZGRB 2ILPA 1TWMA 1AVAC 4JPZA 1SLLA 1RITA 4XDQA 3FJAA 1ZA4A 3UJQA 2F8XC 1HWMB 2ZBJA 4TLPA 2VY0A 3IMNA 3B00A 2E53A 4Z8SB 4IZEA 1XZZA 5F5QA 4J23B 1RG8A 1DYPA 1YRZA 3VKMA 4I0YA 1ENSA 1HLCA 2ZGSA 1LEMA 1FV3A 1XYFA 4IHZA 3AKFA 1QOOA 2H0BA 3ZYPA 1JW6A 2L5XA 1QXMA 3AP7A 5CB7A 5GLTA 4K20A 3O4BA 5BQUC 2VXTI 3H0OA 3A23A 1DQ4A 4J2XA 1CQ9A 4XHBA 4AYUA 1BLDA 2D3SA 4LO2A 1ULCA 1T3AA 4ZBVB 3O4AA 1DJSB 2FFUA 1X50A 1WBLA 2VSEA 4AVTA 2A3XA 1JBCA 1BFCA 5DSSB 3WO4A 3O3QA 4YZ2A 1JYIA 1ZN3A 2V73A 1N1SA 9ILBA 3DSEA 4Q27A 4FPLA 4AN7B 3BRGC 3T2TA 5DUUA 1GV9A 3O12A 4UW5A 1SR4C 1W6QB 1FWVA 5DUYA 5BXTA 3V65A 1D0HA 5DUVA 2A6VA 3OYWA 1HIBA 3HSMA 4J2KA 2D3RA 3V0BA 2JECA 5GZEA 5GJ6A 2DTYA 4CRQA 3C89A 2MIBA 1YTOA 3B9UA 4OWJA 3WO3A 4YW2A 3FLPA 1ZL6A 4P0KA 3CA4A 1DQ0A 2A70A 3ZC8A 3D4KA 2R1DA 4I4XA 4Y20B 4P9WA 3SLIA 1YF8B 2ZGRA 1N1TA 1C1LA 2VUAA 2GMPA 2CYFA 4Y22B 1C1FA 5DXDA 2ZAAA 4M3CE 1WBAA 1UMZA 2EAKA 4GALA 4I4VA 1NZKA 4ELCA 3ILRA 3JU9A 5KXBA 1GBGA 1APNA 1W6OA 5DG2A 1UL9A 4Y1UA 1R1ZA 1S1AA 3SNVA 4FPOB 4P9YA 3IM7A 4HR6C 3CA6A 1IOAA 2AQZA 1LENA 2WRYA 1OKQA 2A6XA 2ZGMA 5BP5A 3BOPA 2VXRA 5BXRA 3AYDA 5HCBA 5T52A 1LULA 5GALA 1B09A 4D69A 1ISWA 2ESUA 1LEDA 1JLYA 5DZEA 1W0OA 1QQLA 1BLAA 1S0BA 2D22A 3WG2A 3OJVA 5FNXA 4P0LA 3SISA 4WVWA 4JAWA 4OUJA 1LHOA 4XIKA 4OEFA 3H6QA 1V6MA 3BADA 1NLSA 1BKZA 3M3CA 3ZYRA 4FQZA 2G7KA 2RQ9A 4ISQA 1GZCA 3BA4A 1DQ2A 4YGCA 3OJ2A 3AZVA 4Q1RA 1MR5A 3C8AA 3AKIA 4A7ZA 4BLJA 2Z42A 3Q9OA 3ZUSA 5D61A 4GA9A 4X38A 1QGLA 1G9BA 1RIRA 1YXWA 3APBA 4QBVA 3VEQA 3A21A 5JOZA 4HJJA 3QJ0A 4JKXB 3SNMA 1KJRA 4EB2B 5H9SA 3WDYA 3PHZA 4YGBA 5JMCA 2R9KB 4LBJA 4Q9PA 2LTNA 4KUFA 1G9DA 4XTMA 4K21A 4Y1YA 3OY8A 5E89A 2OUHA 3PJQA 4I4YA 2Q3NB 3WUCA 4Q8LA 4A7YA 4I4UA 1TIEA 2DWRA 3N3HA 2FMDA 3AH4A 3PG0A 1KITA 3AJ6A 1A8DA 1JT3A 3A0KA 2BFHA 2JDZA 1IRAX 3A22A 2G7NA 3WG3A 4Q8KA 1BARA 2A7AA 1HKDA 1KDMA 5CA6A 4PBPA 5DUXA 1G82A 4XHXA 4ITCA 1Q04A 1M16A 5BQUA 1W0PA 2HWMA 3W58A 2VSAA 4DRVA 3V0AB 4K1ZA 2W39A 5KXDA 1ULFA 2ZR1B 3WDVA 4QD2B 3BIWE 4YM1A 4ZFYB 1XTFA 4XIOA 2D7IA 1YO8A 2OVUA 2PHXA 3FJCA 3POSA 1VIWB 1HWOB 3MEPA 4QALA 1JLXA 5H9PA 4ISRA 4H9WA 2JKBA 1GGPB 3JRRA 3AJ5A 2MLLB 3P6IA 1CONA 2NVHA 3VT1A 3I2XA 7I1BA 3ZXDA 1N1YA 4D0TA 1D2SA 1JT4A 1RZOB 4QD2C 3QIZA 3MW4A 2DVAA 1DQ5A 1YYNA 1ITBA 4C1WA 3C88A 1IKPA 4FOWA 1XTGA 1DQOA 1W6QA 2GO2A 1VLNA 2E51A 5IK8A 4BMEA 4YM2A 5E88A 2IWTB 1VAMA 5IUQA 3LSDA 4FP3A 2DS0A 6I1BA 2QYIB 2EXIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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