1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
2FMDA 3MW3A 1FMMS 4OEFA 1ISZA 2G7KA 2W68A 2DU0A 2PHWA 1IRPA 5IK5A 3BTAA 4ZLBB 1FWVA 5I1BA 3UJ4A 4Q9PA 1ZB7A 1N3OA 5BYNA 4X3AA 5JOXA 2GMPA 1WUVA 3ZXKA 4FPOB 2BEBA 2J3PA 4AGGA 1RMLA 2C9AA 1YXWA 4FPEA 1OKQA 9ILBA 3AYDA 2A6ZA 1TEIA 1WW5A 1BZWA 1ONAA 3WOGA 4PCRA 4QKSA 4Y26A 5BXSA 2JE9A 4BMEA 3QW6A 3NJ5A 5DZEA 4LO7C 2GMEA 5BP5A 4KC3A 4F34A 1XHBA 5EXOA 2AXMA 3O44A 1Q8VA 5T5LA 3C8BA 2W2DB 3M3EA 2X2TA 1M2TB 1QGLA 4LO1A 3AZWA 4YGEA 4IZEA 3VUOA 1QQKA 2CYFA 4PQ9A 5DG1A 2P3IA 5HPZA 3M3QA 5EC5A 1V00A 3D7WB 3BX1C 4JPZA 4MYEA 4IQPA 3DSEA 1Q8PA 1SR4C 1LHUA 3UD8A 2CWSA 4YZ3A 4UW5A 4L4HA 4AGRA 1W6OB 4KEKA 2DV9A 3T8SA 1T3AA 3AXDA 1DZQA 1UPSA 1W6NA 3L2YA 2AAIB 1AZDA 4YZ2A 4WVVA 2GNDA 3H6RB 3V0BA 4ZJXA 1Y7BA 1OQ1A 1FATA 5JMCA 4GXLA 1CPMA 4Q26A 3V65A 4XJUA 2NN8A 1T9FA 3HALA 1A8DA 5FZYA 1Z4SA 3CU1B 3WMUA 3N3HA 4L4IA 1O4ZA 1PUMB 2A5ZA 3JUTA 2D6NA 4FQ4A 3IAGC 4FP2A 3BB2A 1BFFA 1PZ8A 2OUHA 3VSZA 4XIKA 1GV9A 1LEDA 1GNZA 4A7ZA 3ZSJA 4R9CA 3WO4A 3UJOA 1PWAA 3B69A 4PBPA 3AZVA 1S0LA 2WKKA 3VKMA 3PHZA 1LOFA 3H6QA 5GJ6A 1Q1UA 1DQ5A 3ZUQA 3DEBA 4BQ1A 5BQUA 4G9NA 3O5WB 1HIBA 3QLQA 2D3RA 1SBFA 4AGVA 3PUBA 3DGTA 1ENSA 4XBNA 1P63A 1H9WA 3IPVB 5DUVA 4ISRA 1DLLA 3AJ5A 4ENDA 4FOQA 4USOA 1M16A 3Q9OA 1LENA 3AP7A 3H0OA 4I1EA 4J2XA 2ZHMA 3S8JA 1II4A 2I2SA 1QNWA 1BYHA 3NF3A 2IWTB 2K4AB 2PHTA 4LO2C 2XOAA 3AZXA 5H9QA 1N1VA 4GWMA 5T52A 4JQ0A 1E1HA 1FV2A 3RQ0A 2NTDA 1DQ1A 4I2SA 4JKQA 1BXHA 1Z78A 5E88A 1HCEA 1CPNA 1WW7A 1GGPB 1LU2A 2EXIA 1WLCA 2PHRA 3A0KA 5EWSA 2EAKA 2D43A 4I96A 4Q2FA 1QOTA 2QN4A 3ZXJA 1D2SA 2XHLA 4I3NA 3RSJA 2DVDA 1G7YA 2VW1A 3QR5A 1ITBA 7I1BA 4RL7A 5GZCA 3FJFA 1MS1A 1FMZA 1V6LA 3POYA 3PJQA 2GNBA 1FN0A 5DG2A 3O4OA 3FFZA 2A75A 2DVFA 1HWOB 1W0OA 1TWMA 1MS5A 1YF8B 3BRGC 1DBNA 2GALA 1C1FA 1CJPA 3N7MA 3QCWA 1Q04A 1WLDA 5EYYA 2FFUA 2A6VA 4XIOA 3V64A 4FPCA 2R0FA 5CBLA 3CA3A 3RTIB 4J1LA 3RMXA 1CVNA 1T4QA 2DREA 4IYBA 3VT1A 3I2AA 4XKIA 1G8WA 3K1XA 3V79C 4YW3A 2E4MA 3A0NA 2YY1A 2D24A 4SLIA 3N7JA 1UN1A 4LBQB 1BA7A 1AX2A 1MVQA 3WV6A 2HW9A 4XJZA 1A78A 3UL2A 1J1TA 4I4UA 2KKIA 1BLAA 3ZSKA 3AP6A 4BLJA 3SISA 1YI7A 2ZQOA 5HCBA 3M2MA 5D63A 4Y24A 4G1RA 4Q91A 1AJOA 3QJ0A 3AZZA 4XBLA 1JT4A 2I1BA 1ABRB 1DGLA 3WDYA 5DZGA 5BQMA 1YYNA 4M3CB 3KM5A 4FOWA 4DCKC 4YW4A 3QIYA 1AJKA 4CRQA 3QW7A 3BAOA 2ENRA 1KRIA 4DRRA 1LCLA 1WW4A 3INAA 1BQPA 3AJZA 2Q3NB 2LALA 1IT0A 4KTXA 2FO1A 4M3CE 4XMIA 1DJSB 4JCKA 5FNXA 5JOWA 3S8KA 3BAVA 1ENQA 2ZGPA 3E8LC 4D0ZA 4KUFA 3C88A 2ZHLA 2Y9WC 3NV4A 1GZCA 3NV2A 3VSFA 2AUYA 4FGFA 1VLNA 2ETFA 1KDKA 2WNEA 3ZXDA 5H9RA 3VKLA 3GALA 1LESA 1W6PB 3TAYA 3NBDA 4EFRA 1WBAA 2AR6A 2K43A 2XB6C 4I1BA 4Y1UA 4ATEA 1GZWB 3O0VA 2M49A 4M3CF 1Q8SA 3BA7A 3FJIA 2Z48A 2ZGNA 2ZGKA 5H9SA 1HLCA 2ZAAA 3SH5A 1ZA4A 4Y22B 3WG3A 1DQOA 5E89A 3WCSA 5JLVA 1LOAA 1NXD1 1ZL6A 3B9CA 1LHWA 2MC2A 2D6PA 3O0WA 2ZBJA 5HCAA 2ZGTA 2DVGA 1AVWB 3AJ6A 4R9AA 4ZXKA 3WG1A 1QDCA 4TLPA 4LO8B 3VKFC 3UJ0A 4J23B 2AENA 2ZMLA 4ISQA 3R4UA 5GLUA 3OBTA 1I1EA 1IOAA 3AKIA 2ZGUA 2ZA9A 3AX4A 1WD4A 5E24E 3FUOA 2WT1A 4YZ4A 2P3JA 2QYIB 5GLTA 4Z9WB 3D6EA 3N7KA 4XHXA 3WCRA 2P37A 3LLPA 2CY6A 5DVHA 3C9ZA 5JDBA 3AKFA 4AVVA 2BFHA 2F8XC 2DYCA 41BIA 1RINA 5F5QA 1FX5A 2ILPA 4D8HA 1CN1A 1LOBA 1IKQA 1X50A 2G7NA 2PHFA 3OBRA 4ZGRB 3BRFA 1S0IA 4I4OA 2FGFA 3UD9A 1Q8OA 1G9FA 3FJEA 3WG4A 1JTCA 1V6NA 1V6VA 1LGNA 4XE9A 3A07A 3IM7A 2ES3A 5F8SA 1F9KA 4ZOTA 1W6QA 3BAGA 3LSDA 2UWCA 4OW4A 4HA2A 1RZOB 1G82A 2CTVA 2WLQA 5IK4A 4EEEB 5BXPA 5T5OA 3PVNA 2Q5TA 3AYCA 3FGMA 1GLHA 5IT6A 1W6MA 3FIIA 4R6UB 2Q9XA 1F31A 4WZFA 3JRRA 4EL4A 1IS4A 4I4QA 1EV2A 3VKOA 4X37A 3I8TA 1FNZA 1UX6A 3ZPYA 1QQLA 1AXMA 4R9BA 3RRDA 2UWAA 2Z49A 4XMAA 3CA6A 3WO2A 4A7YA 3BAQA 5KXCA 3N35A 2E51A 3H6SE 3Q7XA 2NMNA 1W6NB 1ISXA 4BMBA 3FJ8A 1JT7A 1HCDA 5T54A 2KH2A 1I1BA 3V0BB 3O4AA 1Q8QA 1MZ6A 3POKA 4KEJA 3AKHA 3PMEA 4WBCA 3BA5A 3RS6A 3IM5A 5KXDA 3AH1A 5FRAA 1E0OA 1N4KA 4QD2B 4LO0C 2SBAA 2UWBA 1FAYA 4FPFA 1ENRA 3HOMA 1W3FA 1FQ9A 2V5YA 2WT2A 3IM0A 4YG0A 2YXSA 1JN2P 2SLIA 3ZUSA 5FZZA 2R1BA 1DZCA 4XJ8A 1NLSA 3LCPA 1LODA 4GOYA 4PC4A 5G00A 3R05A 3WA1A 3MPPG 3AH2A 5GZFA 1YBIA 1EYLA 3AP4A 2R16A 3HN1A 3FJHA 4GAIA 3AYAA 2VW2A 2BEAA 3WVJA 2DTWA 4LO3C 2A71A 4XFTA 2WJSA 4ZFYB 1YVGA 2IMAA 2HWAA 3SNVA 4OUJA 3BODA 3CA5A 2YROA 3F1RA 4OZXA 3DDAA 4G6MA 4K1YA 2JDZA 4Q9GA 4PF5A 1KITA 1W0PA 1HKNA 4I7IA 1JQZA 4EB2B 4Y1YA 4M01A 1U0AA 1S0CA 3D5OA 4KEIA 1MC9A 4GOVA 2D1ZA 1XZZA 4WVWA 2DRYA 3CRGA 1SFYA 4CJMA 3BAUA 1S0DA 1GKBA 3W9TA 1GZ9A 5IUQA 3WUCA 3HBWA 2E6VA 3JU9A 1JLYA 3BIWE 3WINC 2GNTA 2ZQNA 1AXKA 4OEGA 4YG6A 1TOOA 2ZHKA 5FNWA 4LBNA 1ISWA 4HANA 5BXTA 2D23A 3QIXA 2EF6A 4YM3A 1KJLA 4I4XA 3B3QE 1V6XA 5LK5A 1FV3A 1RG8A 2XHLB 2UURA 3B9UA 2VH9A 4FPJA 1BFCA 1LHVA 2WQZC 3UD7A 3AK0A 2EALA 1SR4A 1S1AA 1Z7HA 1MS4A 1VAVA 3ATGA 21BIA 3OY8A 1AXZA 1DQ0A 1WD3A 1N3PA 1C4RA 2ZGRA 3NV1A 2P23A 1QKQA 3IIRA 2ISGA 2ZR1B 4Y1XA 1W3AA 3BA4A 4CTEA 4FPHA 3BWIA 3PG0A 5F90A 4FVVA 3CA0A 4OEEA 3ZYRA 1SCSA 2A6XA 3POWA 4K21A 2F2FC 2RQ9A 1HKDA 3ZC9A 3AH4A 1S0FA 2GN3A 3IMNA 3UK9A 5BVPI 2A97A 1V6UA 2JE7A 1H9PA 5DZUA 3AP5A 2G7QA 2GNMA 2DVBA 3M3OA 4ZA3B 1XTFA 1CE7B 3O5SA 4IONA 1W3GA 1V6IA 4HJJA 4HL0A 1RIRA 1GBGA 4YGCA 2A70A 1G9CA 1N1TA 5CB7A 4UW6A 2D20A 1PUUB 3UJQA 4GKYA 1SLCA 3ZYPA 3B00A 4UW3A 4EKXB 3SNMA 1XYFA 4IY8A 3OYWA 2ZGSA 2GN7A 2ZGLA 2CL2A 2CWMA 3IKWA 3BOOA 1MS3A 4Z8SB 3WUDA 4P9XA 5BQMB 1HQWA 4XJ9A 1G86A 1JY0A 2C5DA 3I4IA 4K1ZA 3PVEA 2RHPA 2AYHA 5CNAA 2XG3A 4XJAA 3ILAA 3RTJB 4H55A 2D6OX 4JKXB 3AP9A 1WBLA 4P0KA 2HWMA 3O4DA 2A3WA 1JYIA 1R8NA 4HR6C 5DUYA 4DRVA 4LO2A 1APNA 3ZSMA 3WDUA 1PZ9A 3V0AA 1ULCA 4QBCA 1WLWA 2D44A 4YW1A 2EXHA 1AF9A 2D3SA 1JBCA 1ISYA 1UL9A 3GNEA 3VEQA 1BARA 2A3XA 1R8OA 1SLTA 1PZ7A 3M3CA 1VIWB 5T5JA 1A3KA 1IRAX 4LBQD 2ISEA 2ESUA 4OWJA 4ZFWB 4I4PA 1UMZA 3NV3A 4P0LA 1FWUA 4XTMA 5DUXA 1N3QA 2MLLB 4XTPA 3WZ1A 5BQNA 1MD6A 1LGCA 4XXPA 1C1LA 3FJDA 4Y1ZA 1QNYA 4XJWA 4IZXA 2PELA 2UUSA 3R4SA 3RG0A 3USUA 4Q27A 3SLIA 4Q1RA 1WBCA 4GKXA 4ZKTB 4II0A 5FZUA 4DS0A 3FUQA 1D0HA 5HCFA 2AQZA 3WHTA 5GZEA 4P0JA 1CQ9A 3ZC8A 3ZXEA 4LBMA 1AVUA 4W65A 2A6WA 3NBCA 1F5FA 5DUUA 3ZSLA 4GWNA 4RA0A 4XZPA 1DQ6A 2DWRA 1ULGA 2EIGA 2JJ6A 4Q8KA 2ERMA 3ZX7A 5IK7A 1ZM1A 2KLLA 5T5PA 2EXJA 2QN0A 1FYUA 1TP0A 4Y20A 1ULDA 1ILR1 4LBLA 5BP5C 2Y9FA 1K5UA 2D22A 2D7IA 1RITA 2DURA 4YFZA 3WO3A 4P9YA 3OPZA 3FJBA 4LBOA 5F8WA 4LO1C 5EHAA 1SLLA 1S0BA 1JT3A 1LU1A 3FJ9A 4I8MA 5SV8A 4FQZA 3A23A 1F82A 4KS6A 5F9TA 1JYCA 1DYPA 2GDFA 2VSEA 3P6IA 2ARXA 1MZ5A 4ZFUB 3AKGA 3QIZA 2OUJA 5JOYA 3KQRA 4QC4A 5CA6A 2DUPA 1W6QB 4YM1A 1JLXA 1LGBA 1ZKWA 3MEPA 5CAZA 1DQ4A 4QKRA 1AVXB 3D4KA 3WDVA 1N47A 1W6MB 5GLZA 1HWNB 1EPWA 4FPGA 4YGDA 3QW8A 2WBCA 5AVAA 2X2SA 5FREA 2IMBA 1S0GA 1BKZA 1CESA 1N1SA 1MS0A 4OWLA 3BONA 5IK8A 4XHBA 4QD2C 3JUUA 5H9PA 3D3XA 1UZZA 1TIEA 4NO4A 1H30A 3VV1A 1QMJA 4XOGA 5GALA 1LEMA 1I3HA 3W59A 3T2TA 1SCRA 2R0HA 4XYXA 4L8QA 2B7YA 4EFQA 1LOEA 4YGBA 2E7QA 1IILA 1JHNA 1XTGA 1TTUA 4TYSA 4PBOA 1DFCA 3BOPA 1LOFC 5JVVA 1MR5A 4XDQA 1KJRA 1S0JA 1FNYA 1S0EA 1ZL5A 1SBEA 1ISVA 5BQUC 4U36A 2VY0A 4JRAA 4JP0A 3QYDA 3QW5A 2P3KA 4FPLA 2MIBA 3OGGA 2GZBA 1VAMA 1HWPB 5EG6C 1QXMA 4EJ5A 1V6JA 1SLIA 2K8RA 1LECA 3DS9A 2JD4A 4WV8A 1BLDA 5D62A 2JKBA 5GM0A 4FPYA 2P2KA 3AFKA 4HEVA 4P6AA 3RMYA 2RG9B 5EYXA 1SBDA 2VU9A 2Y9GA 4IHZA 5DZFA 3CAHA 1XQNA 1JW6A 4G9MA 4AN7B 4YG3A 1JOJA 1QDOA 2W08A 1CVSA 2ISHA 4BLIA 2DTYA 1B09A 4AVTA 3B01A 1YO8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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