1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
3SH3A 3HR9A 2ZGPA 5BVPI 3WCSA 2P3KA 3OGGA 3QIYA 4LO8B 1N1SA 3SNVA 5SV8A 3B9CA 2A5ZA 3AP9A 4EFRA 1FATA 1TWEA 1SLTA 2R0FA 3NBCA 2K4AB 4M3CB 1QGLA 5AVAA 1XTFA 2G7QA 4XHBA 4UW3A 1W0PA 3WO3A 1CPNA 2AGSA 1K5VA 3N35A 1KJLA 4YGCA 1V6KA 2WT0A 3Q7YA 1QOSA 2ZHNA 1ABRB 4OEEA 4FPJA 4U2AA 1BKZA 4YOLA 3VKMA 1BFFA 3C9ZA 1FWVA 3IPVB 1AVAC 3ZC8A 1CVSA 3Q7XA 1MS8A 5F5QA 5EYXA 1AXMA 5HPZA 1XYFA 3IAGC 4Q8KA 4XKIA 2LALA 2ISGA 3CA1A 1URXA 2C5DA 1W6NB 4EB2B 3B00A 3AFKA 4AGVA 1JYIA 1MACA 2VY0A 4OEGA 1DFCA 3TAYA 1M2TB 4LO1C 3BAGA 1G9DA 3WA1A 4EFQA 2VSAA 4BMBA 3AH4A 1LGCA 5E24E 4FPFA 2W39A 1CIWA 3ZUSA 1LECA 4ZBVB 2A3XA 1GGPB 2EIGA 4GALA 2D6PA 1JHNA 1G9BA 3WG1A 1D2SA 4R9DA 3NF3A 3BA4A 3AXDA 3QR5A 4Q1RA 5GLZA 2ZHKA 2DRZA 3PJQA 2ZMLA 4FGFA 1BFBA 5H9SA 1HCEA 4Y1XA 1BQPA 3LCPA 1V6JA 1PZ9A 1QU0A 4QALA 2ZGUA 1R8OA 4A7KA 3OYWA 2RSTA 5T5LA 3BOOA 1CPMA 4Y24A 4YW4A 4F83A 3D5OA 1V6LA 1S0BA 3BWIA 3SISA 2G7PA 1DGLA 1R1ZA 3V64A 1YIFA 3AYEA 3FJHA 4WV8A 4Q27A 5IUQA 4BM8A 1V6VA 1SBDA 1ITBA 4X37A 1YVGA 2PHRA 4YGBA 3BRDA 3RQ0A 1FQ9A 2EXIA 3D3XA 1QOTA 3BA5A 3P6IA 3ZX7A 2ILPA 3OPZA 3IMNA 3O4BA 2ZA9A 3INAA 5BOWA 3TC2A 1HQWA 2VUAA 4XIKA 4K21A 5H9QA 2VSEA 2D6MA 3RTJB 3FGMA 4G1RA 3QJ0A 2TEPA 5BXPA 3AZVA 1G7YA 3BB2A 3DS9A 1HKDA 5T52A 3JUUA 2HWAA 1Q56A 4P9XA 3CQAA 3O0XA 4LO0A 3VEQA 5FRAA 2D23A 4PBOA 1S0DA 2ZHLA 3OYWB 2VXTI 2ZGQA 3BOKA 4X3AA 4YW3A 1PC8B 5KXDA 1IS3A 2R1BA 2VW2A 4YGEA 1Q8PA 3FUOA 1IHKA 4CJMA 1AF9A 1KJRA 2GALA 2FMDA 4BPZA 3O49A 1YXWA 3AYDA 5DUVA 4FPYA 2NMOA 4ATEA 5BP5A 1ISWA 5JOZA 5BXSA 2DRYA 1I3HA 2X2SA 5BQUC 2JJ6A 3SITA 4JPZA 3V0BA 2ZGLA 3D4KA 2F8XC 4YZ2A 4YZ5A 1V6IA 2WSUA 1LENA 1LESA 2GNMA 4GAFA 4KUFA 1N3PA 3VKOA 1DHKB 5D61A 4EKXB 3V0AB 3A0NA 1JLYA 4XFTA 4LO3A 4FQZA 4AGRA 1IKQA 4QD2B 2QN0A 1VCLA 4I4VA 3LSDA 3WDTA 2WNEA 2OUHA 1KDMA 1WD4A 1BLAA 1UL9A 1FAYA 1ULDA 2ZACA 1DQ5A 2OUJA 4R9AA 2X2TA 3C8AA 4I2SA 4CZSA 3R05A 2WBCA 3O12A 3AP4A 4YFZA 4PCRA 4IZXA 1PZZA 4LBJA 1AXZA 3WDYA 3M3EA 1DBNA 4FPKA 4FQ4A 3QW8A 4WVWA 4GWNA 2QYIB 3HMYA 1JUIA 5G00A 2A3YA 3V0BB 3NV3A 5GZCA 2D43A 4GKXA 3UJQA 4IYBA 1DLLA 3GNEA 4W65A 1VIWB 2KI4A 2WJSA 1LGBA 5LK5A 2YZ4A 5GLVA 1ISVA 2G4IA 3DDAA 1AFCA 1NXD1 1WLCA 3BAOA 1LTEA 3NV1A 2D3SA 1ENRA 1DZCA 2GMEA 2KI6B 3PUBA 1DQGA 4DQAA 5DVHA 1QDOA 1AVWB 4LO2C 3H6SE 4D8HA 4H55A 1FGAA 2ZKNA 2A6YA 3POWA 1NLSA 3N36A 2DU0A 3H6QA 3IM7A 1V6UA 3OBTA 2ZGOA 2EF6A 2P23A 2KM2A 4FPCA 3NBDA 1ULFA 2ARXA 3PMEA 5FNXA 4RL7A 3FJEA 1IS5A 3MW4A 4QO3A 2NMNA 2XHLA 3C88A 5DSSB 1YRZA 2L5XA 2WRYA 1VAMA 1IS6A 4I7IA 5DUXA 1Q8OA 3WINC 2CNAA 4Q26A 1AVXB 3VT0A 4YM3A 3UL2A 1LOAA 2ZGTA 2A6XA 2Z49A 4XJZA 4G9NA 3GALA 3WUCA 3ZSJA 3WUDA 3IKWA 4ZLBB 1HWNB 2ES3A 1JQZA 1CE7B 1WW5A 1OKQA 3M2MA 1FWUA 1LOFC 2UWBA 4YLZA 3I4IA 1VALA 3PG0A 3POYA 4XMAA 3AZWA 1TOOA 2P2KA 3WOGA 1QF3A 3QW6A 4ELCA 1DZDA 1GZWA 3WHTA 1D0HA 5E88A 2CWSA 2AQZA 4Q91A 4C1XA 4XIOA 2HWMA 2XHLB 3VUOA 1GLHA 3WG4A 4P0KA 3N7KA 1UMZA 5JOWA 1LHNA 5F8WA 2P3JA 4GXLA 3DGTA 2DS0A 3JRRA 4CTEA 1PZ8A 1CONA 1K5UA 5L73A 1JTCA 2ZGNA 1UPSA 1WBAA 2A6VA 4IZEA 3EF2A 4JQ0A 2ESUA 1AXKA 3BRGC 4AGGA 2WT1A 1UZYA 1VAVA 2V73A 3BOPA 4AVVA 3FUQA 3K1XA 2EXHA 3BTAA 1DQ6A 1GICA 5IK8A 4YFWA 1ZL5A 2IMAA 4QKSA 1SLIA 4KC3A 1S0GA 3WZ1A 5EC5A 1GZWB 1SFYA 2FPQA 1W6QA 2BEBA 1UAIA 3ZXGA 1LOCA 3BAUA 1CJPA 1IILA 3ZXKA 5FZYA 3M3CA 3AH1A 2UWAA 5EHAA 4Y20B 1PZ7A 2AR6A 3AZXA 4XJ9A 1PWAA 1FNYA 2F2FA 4CRQA 2R9KB 4H9WA 4XBNA 3IM6A 3ZYRA 2WQZC 1SR4A 3O5SA 4G6MA 4X39A 2DWRA 2KLLA 2JECA 5DG2A 2IWTB 2QN4A 3L2YA 3FLPA 1JY0A 2AXMA 1AX0A 3ENRA 1LU1A 2ZZJA 2XOAA 3N7LA 1XZZA 3I29B 4GAIA 1XG6A 1JT4A 2ZGMA 1G82A 4JKQA 3DDBA 1G9AA 2OW4A 2UUSA 4YW5A 1RMLA 3FJ8A 1FV3A 3D6EA 3F62B 1O4YA 1LCLA 2R16A 3ZURA 4BLJA 4YM2A 3A21A 2D7IA 3NWKA 3QCWA 1WUVA 3ZYPA 4GP3A 4II0A 3QW5A 1T3AA 3OJ2A 2D24A 1Z0HA 2D6LX 3RMYA 1ONKB 3O0WA 3BX1C 3HBWA 5JVVA 1S0EA 2W2DA 4P0JA 4BQ1A 3ASIA 5BQMA 3Q7WA 1SLCA 4Y1UA 4P14A 1FMZA 4XXPA 2AUYA 1ZN3A 1Q8QA 4I30A 3R4SA 1TEIA 3WDXA 4IY8A 2V5YA 1APNA 1S1AA 4Y22A 3AYAA 4LO0C 4QD2C 5EG6C 3VSZA 4UW4A 1Z7HA 3WNXA 5CNAA 3FLTA 1A78A 3A0KA 3NJ5A 3QLQA 1NZKA 1JYCA 1RIRA 2AAIB 2LIEA 4XHXA 3F1RA 3RS6A 3WVJA 4XILA 2C9AA 3S8JA 3JU9A 3FJCA 2K43A 5BYNA 1DYKA 3IM0A 5BP5C 3DUIA 2MIBA 4J2YA 3O0VA 1TTUA 2D44A 4PF5A 3UK9A 2D7FA 4KEIA 2GDFA 5BQMB 2AREA 4I4UA 2ET2A 21BIA 1DQ0A 3VT2A 3NV2A 2MLLB 5T54A 4RA0A 4ZFWB 1LHVA 2UWCA 4ATFA 4TZDA 2FO1A 5EWSA 4GA9A 2P37A 3BIWE 3AP7A 1W3GA 1KDKA 1IT0A 1ZKXA 3WHUA 1ONAA 1FN0A 1HWMB 1UZZA 4USPA 2EXKA 2UURA 4PBPA 4I4PA 5GALA 4I4XA 1GNZA 1QOOA 1ZL6A 4XBQA 1IS4A 3I2XA 2GNDA 2MC2A 4ISRA 1QNWA 1RITA 2HYKA 1TP0A 3ZXDA 2NN8A 2WKKA 1YO8A 2A3WA 3IM5A 3ILRA 1DJSB 2GO2A 4YG0A 4Q2FA 5FREA 3ILAA 4P0LA 3AH2A 4JCKA 4GP0A 3WCRA 3UD9A 3R4UA 1Q1UA 3O5WB 4K20A 1T3CA 4YM1A 4Z9WB 3B01A 3O3QA 3O4OA 2SLIA 3CA5A 2DVFA 2P39A 1BASA 4XYXA 2UU8A 3I8TA 5HCBA 1RINA 3AJ6A 2CYFA 4ZFYB 1SCRA 1WCSA 1G86A 4QBVA 2DTYA 3O4DA 4FP3A 3ZSMA 2E7TA 4Q9PA 5BQNA 3A23A 3H6RA 5BXRA 2AYHA 1GV9A 3AJYA 1BARA 2A71A 1J0SA 1AJKA 2D6NA 3AX4A 3NV4A 1ISZA 4Q9GA 1DQ2A 1QNYA 4OEFA 3C89A 4A7YA 2ERFA 2ISEA 1E1HA 2E4MC 3S8KA 5HCAA 4I4RA 2JDZA 5D62A 5DZGA 3N7MA 3AYCA 3T2TA 2VXRA 2D1ZA 4LO7B 2WLQA 1N4KA 2Y9WC 4JP0A 1BA7A 4XJWA 1G9FA 4PQ9A 1BFGA 2PHWA 2DURA 4KEJA 4XJAA 4R6UB 4YW1A 4XFSA 3AK0A 1LODA 1YI7A 5F9TA 1GZ9A 1SLLA 1V6MA 2DVGA 2D3RA 3SNMA 3DSEA 3UJOA 4OWKA 1SCSA 31BIA 3H6RB 4ZFUB 4JKXB 1RZOB 2A70A 2DVDA 1QQKA 1SZ6B 1DQ4A 1Q8SA 1G8WA 1HKNA 4GOVA 2I2SA 1AXYA 2PHXA 1OFSA 1MS9A 4HANA 2WSVA 3MEPA 2ZQOA 1MVQA 1F5FA 1LULA 1N1YA 4FPLA 4DPNA 1WD3A 1U0AA 2WT2A 2D6KA 1MS5A 1AVBA 1HIBA 1SLAA 1W6PA 4AYUA 2VH9A 4XE9A 3B69A 4J1LA 5DZEA 1ILR1 2YY1A 2NTDA 2FFUA 5T5JA 3ZSLA 2ZABA 1L2HA 2GNTA 4FP2A 1C1FA 3AZZA 4ENDA 4SLIA 4ZJXA 3RSJA 3PHZA 1S0LA 4EFPA 2ETFA 3OJMA 2W08A 1MR5A 4I0YA 2GNBA 4YW2A 1I1BA 4M01A 5BQUA 2M49A 3CRHA 3CA0A 4DCKC 4HR6C 4KBBA 3V79C 1H9WA 3T1LA 2B7YA 3MPPG 2DREA 1MS4A 1H9PA 1GNHA 5JOXA 1A8DA 2F2FC 4FPGA 3FJ9A 5F8SA 1W6MA 1W6PB 1V6WA 2I1BA 5E8AA 2D3PA 5CBLA 3QYDA 2RG9B 2ZMKA 2BFHA 3FLRA 5JLVA 1Q04A 3CA6A 3PVOA 2RHPA 3D7WB 4P9WA 4XZPA 4IHZA 5KXCA 1FMMS 3W59A 1JXNA 1W3AA 1IRPA 4DS0A 3CRIA 4ZKTB 3WDWA 4OZXA 1WW7A 3POSA 4C1WA 5IT6A 2VW1A 3NBNA 4AN7B 1V6NA 3OJBA 2BEAA 4FPEA 3AP6A 3RRDA 1F82A 2CY6A 3B9UA 4KS6A 1ULCA 3ZC9A 1T4QA 1MD6A 4OUJA 1LHOA 5KXBA 1LU2A 2EXJA 1CVNA 4HJJA 4XBLA 4H04A 1MS1A 4YG3A 2KKIA 3UJ4A 1S0FA 4A7ZA 1W6MB 1C57A 3SLIA 3POKA 2A6WA 1SACA 1MZ6A 1KQRA 2YV8A 5FZUA 1T9FA 4LO2A 2GZBA 9ILBA 4IONA 4Q8LA 5GLUA 5H9RA 4XXAA 1AX2A 3BADA 3ZXFA 4EL4A 2PHFA 1CQ9A 4Y1VA 2E7QA 4Y1ZA 1N47A 1SLBA 5F8YA 4LBQD 2GN3A 3CNAA 2Y9GA 2YXSA 4DEPA 3B3QE 3I2AA 3VKFC 2NYYA 3BODA 5EYYA 1ZM1A 1F31A 5BXTA 1TIEA 5B2HA 1V6OA 1WW6A 2DUOA 4DRVA 2AFGA 4I4SA 1HCDA 3FJFA 2PHUA 2W52A 1WBFA 4LBLA 1DQ1A 3E8LC 5IK4A 1KNMA 1R8NA 1LOFA 2XG3A 2Q3NB 3ZSKA 4ZA3B 4EJ5A 2D6OX 4D0ZA 1KRIA 1YF8B 3FIIA 2E51A 3CRGA 1XQNA 5HCFA 2ZMNA 1LOBA 3MW3A 1ZB7A 3N3HA 3UJ0A 1EV2A 1DZQA 1HDKA 1W6QB 3C8BA 1W6NA 3FJJA 3WO4A 1IKPA 1LEMA 1X50A 4LBQA 2VW0A 1MC9A 1BFCA 2PHTA 2VLCA 4AWDA 3KMVA 1KITA 3Q9OA 1RY7A 2A7AA 4BMEA 3A22A 3ZPYA 1S0CA 1JT7A 4P9YA 2D22A 1SBFA 5DXDA 2KH2A 3BA7A 2PELA 4LBNA 1EPWA 4WVVA 4FVVA 4ZOTA 1ULEA 3FJDA 1IJTA 3AXEA 1A3KA 1FV2A 4DRRA 5DUYA 1II4A 3M3OA 4HEVA 2DV9A 2H0BA 4F34A 5GJ6A 1W0OA 5GLWA 4LO7C 1ISXA 4K1ZA 41BIA 1N1VA 2FGFA 2E53A 5H9PA 5T50A 2D7RA 2JKBA 3M3QA 2R49A 4I1BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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