1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
4YLZA 3MW3A 1G9DA 4LBQD 3Q7WA 3OJ2A 2Q5TA 2ISGA 1FMZA 3N7LA 3B9CA 2E51A 3WDTA 3JU9A 2P2KA 3M3EA 4K20A 4HANA 2A6ZA 2Y9WC 2YUGA 2VSEA 4XTPA 2E4MC 3UD8A 2ZA9A 1LU2A 3ZXKA 1JN2P 1L2HA 3ZUSA 1W6MB 5DSSB 5IUQA 1IT0A 2DVDA 2ZBJA 2OUJA 1H30A 3C8AA 3ZSKA 2ZGMA 4OEFA 1ZA4A 3INAA 2F2FA 3AXEA 4XIOA 4LBKA 2DYCA 3O0XA 2BFHA 3NBEA 2ZHLA 4ASMB 4U36A 3VKFC 4I3NA 3IPVA 1FNYA 3USUB 3OBTA 2ZZJA 3AYDA 4RA0A 4KC3A 1Q04A 4GALA 2D6NA 4YW2A 4Q1RA 5IK8A 1SR4C 3BAOA 4F34A 1V6OA 1O4YA 4ZKTB 3FJJA 4P6AA 3ENRA 3WG4A 4WV8A 5JOZA 1N3PA 4ISQA 5DXDA 2Q3NB 1GSLA 4QBVA 1R8NA 1LU1A 3QCWA 3WINC 4OW4A 2DREA 1BA7A 1APNA 1DQGA 2CNAA 1J1TA 5DZFA 2JJ6A 5CNAA 4Y1XA 4AGVA 2DVAA 1V6LA 4WBCA 3ZC9A 5BOWA 1MS4A 4LO8B 3FUQA 2V73A 2WLQA 3WHUA 3ZX7A 1S0FA 3P6JA 2DUOA 5D62A 5CA6A 1N1VA 1DZCA 3WDUA 1AXZA 1TWMA 1IHKA 4LBMA 4FPCA 3CA5A 1QKQA 3BA4A 2VW2A 2FFUA 4BOWA 2PHXA 3ZURA 1ENRA 3H6QA 3SH5A 3W9TA 5GLZA 5H9QA 1RZOB 1QU0A 1QXMA 3BAVA 1FN0A 4I4VA 1PZ9A 1Q56A 3BWIA 1Z78A 3WZ1A 2JECA 1B09A 2AUYA 4AVVA 4X37A 4DRRA 4FPJA 3B00A 2DVFA 2I2SA 3ATGA 2R1BA 5E24E 3QLQA 1W6OB 1SLLA 2Z49A 1SLIA 1SFYA 2GMMA 3MW4A 2WNEA 1GANA 4LO1A 1HWMB 2ZGPA 3AJ5A 1IJTA 2KI4A 1YI7A 1Q1UA 4KEIA 3NV3A 3ZXLA 1FWUA 1S0GA 3BAGA 4P0KA 1C57A 1CN1A 1K5VA 1BASA 4FP3A 2ZGSA 1GZ9A 1XTGA 5EG6C 5IK4A 2P37A 3T1MA 4FOQA 5HCAA 3BRGC 3AH1A 3WLUA 4Y20A 2VXRA 2W52A 4DS0A 3M2MA 2NMOA 1YIFA 4YW4A 1P63A 1C1FA 1JT7A 1QQLA 1RY7A 4J2SA 1BFFA 1FMMS 4QBCA 1AFCA 4QO3A 3VSFA 4RL7A 1VIWB 2VXTI 1S0JA 5BVPI 4Y1VA 1MVEA 3FLTA 3FGMA 4M3CF 4GKYA 4YZ4A 4ZGRB 1S0DA 4QC4A 4G9MA 1ZL6A 4EEEB 3SITA 3AKGA 4A7YA 1MZ6A 1ZKWA 4FOYA 4HEVA 2WSVA 4M3CB 1SZ6B 1V6VA 4HJJA 1K5UA 3HALA 2D6LX 3HR9A 1DFQA 5GZEA 1TEIA 3RMXA 2C9AA 2VSAA 2Y9FA 2ZGQA 1MR5A 4IY9A 3WO4A 4YGBA 1DJSB 4KUFA 4XXPA 3CRGA 4YM0A 3PJQA 3AP7A 1T3AA 5KXBA 1ZKXA 1ITBA 3VKLA 1IOBA 1AX2A 3WUCA 4Y1YA 3RTJB 1HCDA 3FIIA 2D20A 1R1ZA 1T3CA 5JVVA 4KEKA 4I4XA 3LCPA 4FOVA 1OQ1A 4ZXKA 1SLAA 1G7YA 3FFZA 2SLIA 2VW1A 2W2DA 2ZABA 3POWA 2FPQA 2UUSA 2W68A 2JKBA 2EXHA 1Z4SA 1V6WA 5HCBA 2MC2A 4LO3A 1ONAA 2ETFA 3IPVB 4FVVA 1WBAA 2R16A 1DGLA 4FPYA 1LJ7A 1I1EA 3KM5A 2PHWA 2F8XC 5T5LA 2M49A 1ILR1 2VU9A 3BODA 2YMZA 1VCLA 2Q9XA 4XFUA 4Q8LA 4R9CA 4X39A 3D3XA 2PELA 3GALA 5FNWA 1KNMA 3FUOA 3QR5A 2KKIA 4YM2A 5T54A 1LHWA 2DVBA 3DEBA 2WSUA 3Q9OA 1LOFA 1OFSA 4FPOB 4F83A 1WLDA 4I2SA 2NTDA 5H9SA 3QIZA 1AJOA 4Y26A 4SLIA 1FAYA 1CQ9A 5T50A 4LBJA 1DYPA 2R0FA 3AJZA 3O4CA 3W58A 3VKNA 4FPGA 4M3CE 3TC2A 3B3QE 2X2SA 4GOYA 1LGNA 3CA1A 1YXWA 2A6YA 1N47A 1Q8PA 3VV1A 2ESUA 4JC1A 3AKIA 1YBIA 1TOOA 1LULA 1KDKA 3PVOA 4XBQA 3AKHA 2UWAA 2YROA 1WLCA 1TTUA 2P23A 4JRAA 1PZ7A 1IILA 4WVVA 1BQPA 4XHBA 2WT0A 2K8RA 3NJ5A 1CE7B 2XHLA 1BXHA 1BYHA 3ZSJA 1AVAC 1N1YA 3RS6A 1V6MA 2R49A 3BAUA 4K1ZA 1Q8QA 1KJLA 4CRQA 5GZDA 3ZSLA 5DUYA 2UWCA 3OPZA 3B69A 5KXCA 1W6QA 1WBFA 5D61A 3PVNA 3FJFA 2A71A 1AVBA 2DVGA 1RMLA 4R9BA 3ZYRA 4IQPA 4PBPA 2GO2A 2VY0A 4Y20B 2D6PA 2GMEA 4YGEA 1W3AA 3KQRA 6I1BA 5JMCA 5GLTA 3N3HA 2ZGLA 1MZ5A 1SLCA 4HR6C 5BYNA 3N36A 2ZGOA 1WW4A 3SNVA 5T55A 4OUJA 4BLJA 3ZYPA 4PBOA 4EKXB 1ISVA 3WO3A 1SCRA 2E4MA 1IS3A 3ZSMA 2LTNA 1IRAX 4YW3A 2HZ9A 2WT1A 3C88A 2Z42A 3NBCA 4XOGA 4EB2B 3N7MA 3WMUA 4J2KA 3HBWA 1DQ0A 1S0IA 4ATEA 4XFTA 3M3OA 1GZCA 1CPMA 1A78A 3O4BA 3A0KA 4WVWA 4JKQA 1DHKB 4EJ5A 2DV9A 3FJHA 4PC4A 2ARBA 2HWAA 4XDQA 3OYWA 5F8SA 3DSEA 1SLBA 2D7RA 3CAHA 2D6OX 1DQ4A 2YXSA 4J2YA 4UW3A 3CA3A 1Q8SA 2FMDA 2YY1A 1BFBA 1XG6A 2PHUA 4WZFA 4I4YA 4A7ZA 2GNMA 3WINA 3T1LA 1FV2A 2DS0A 1EVTA 5GLUA 2AR6A 1SCSA 2W2DB 4JQ0A 1S0EA 5DZUA 1O4ZA 2CY6A 1QDOA 2P3IA 3SLIA 2PHRA 3AP4A 1OQLB 3NWKA 1JT4A 3U4XA 5BQUC 2D43A 2JE9A 2EXJA 1F31A 5BQMA 4W65A 4U2AA 1CJPA 4K21A 4AWDA 3PVEA 1DYKA 1DZQA 1DFCA 3WHTA 5FNXA 4XJ8A 3DS9A 1WW5A 1DQ6A 5L73A 3VKOA 2D6MA 2R9KB 1FGAA 3PMEA 4JPZA 1SBDA 2ERFA 3GNEA 3PUBA 4TYSA 4J2XA 3M1HA 3OY8A 2A8AA 3CRIA 4BM8A 3LTQA 3DGTA 2X2TA 4LO7B 3FJEA 2LALA 2L5XA 5DUVA 2CL2A 2ZMLA 2H0BA 4JAWA 1UZZA 4KEJA 3AZZA 4C1WA 4Y24A 1LCLA 4PF5A 4ZLBB 4EFPA 2ZHKA 3QW7A 4FPEA 1YTOA 4IONA 1YVGA 1SBEA 3Q7YA 1BZWA 4BPZA 4IHZA 5G00A 3T8SA 2RQ9A 1YYNA 2A6VA 1TWEA 2GNTA 1U0AA 4A7KA 3FIEA 3WDWA 3ILAA 1G9CA 3HSMA 3FLRA 4JP0A 4GP3A 2XHLB 3A4UA 1HDKA 3AXDA 3NV4A 3UD7A 1D2SA 5H9PA 3ZPYA 5BXTA 4OWKA 1NZKA 5IK7A 31BIA 4QD2B 2ZGKA 4EFQA 5JOYA 1OKQA 1GYKA 4LBQA 3BX1C 1ULGA 4H55A 1W6QB 4DPNA 1RIRA 3O3QA 3OGGA 2AREA 1A3KA 4XZPA 3ZXGA 3SNMA 3FJ8A 1I3HA 4UW4A 2AYHA 3ZXDA 4XKIA 3FJKA 2D22A 3N7JA 2ZGRA 1LOEA 3O5WB 2RHPA 1G9AA 4AN6A 4L4IA 1QOTA 3AZVA 3H6RA 1BLAA 3V0AA 1URXA 2GMPA 1S0BA 1RG8A 2ZACA 1SLTA 3A07A 1CPNA 4UW5A 4EL4A 3IN9A 4YM3A 1V00A 4NO4A 3NBDA 4J1LA 5F8WA 3D7WB 1GV9A 3IIRA 3OJMA 3ASIA 5IK5A 1PZZA 4P0LA 2ISHA 2R0HA 3HMYA 1LOAA 5DG2A 4XJAA 5GALA 4EFRA 3APBA 4XXAA 4GWNA 5DUWA 1WLWA 4G6JA 1AX0A 2P39A 3WA1A 1WBCA 2XB6C 1JBCA 1MS5A 3DDBA 2A6WA 2Y9XE 2VW0A 1JT3A 1N4KA 4AVSA 4LO0A 3QIXA 2ZKNA 1MACA 3BONA 4OEGA 1LGBA 3OYWB 4Q91A 5DZEA 1Q8OA 1HIBA 1UMZA 4Q27A 3T2TA 3MALA 2D24A 4USPA 1LODA 1KRIA 3I4IA 3RMYA 3PHZA 1CVSA 4LO2C 2OUHA 2A3XA 4GXLA 2D6KA 4CZSA 3QW8A 3S8JA 4GKXA 2VLCA 3FJCA 5E88A 1LTEA 3CRHA 4XE9A 4BMBA 4BMEA 3BAQA 1C1LA 4I4QA 2G7QA 1GGPB 1ONKB 5T5PA 2FFVA 4TZDA 3AZXA 3FJBA 2DRYA 5BQMB 4C1XA 2NN8A 3AZYA 3K3QB 1NXD1 3AP5A 2NP0A 3O0VA 4ZFYB 5EYYA 3N7KA 4YFZA 2HWMA 2A97A 1XZZA 4LBNA 1DQ5A 4HL0A 2A70A 1LHOA 3WNXA 4IZEA 4YW1A 2AGSA 1AXKA 2KLLA 4AGGA 5JDBA 4FGFA 3BOOA 3AYAA 3OY8B 2CYFA 1VAVA 1EV2A 2EXKA 3WCRA 3AP9A 1CIWA 1JXNA 1R8OA 1RITA 2P3JA 3ZXEA 5GLWA 2ZQOA 2TEPA 1QQKA 3FJ9A 4ELCA 3SISA 1MS3A 2QN4A 1CESA 3S8KA 4I6IA 1LHNA 4DQAA 3P53A 2E53A 5DVHA 4G1RA 4FPKA 3WG3A 1DZDA 2CTVA 3BADA 2A3WA 3VEQA 2KM2A 1W6PA 3AJ6A 1C4RA 4PQ9A 4GWMA 2ZGTA 2G4IA 3CA4A 2VUAA 2GDFA 3QW5A 4DEPA 4I96A 3IMNA 4L8QA 3QW6A 4XTMA 2AENA 4IYBA 5EYXA 2D3SA 4IY8A 4J23B 5GLVA 3SH4A 1UX6A 3OJBA 4YZ2A 3C8BA 4FQZA 4ZBVB 5FZYA 5KXDA 4I4PA 2UWBA 4ISRA 3VSZA 2E7QA 5CAZA 3CQAA 5DG1A 2CWMA 4LBQB 2HYKA 4M01A 4AVTA 1QGLA 1N1TA 5F90A 1F5FA 4QALA 2E6VA 1AXYA 1UZYA 3ZC8A 2ZHNA 5JOWA 1UN1A 1JHNA 1UKGA 3O44A 1HQWA 3MPPG 3KMVA 1JOJA 4LBOA 3H6RB 3O5SA 2I1BA 4LO3C 3V0AB 3BRDA 2ZGUA 3FBYA 5BP5C 1LENA 2D44A 1G8WA 5LK5A 5GM0A 3R4UA 4QKRA 4ATFA 4D0ZA 1ULDA 3V79C 2NZ9A 1FYUA 2EF6A 1V6NA 5BXRA 2JDZA 1VAMA 3WG1A 3LLPA 3I2XA 4D69A 1MD6A 3FJDA 1BKZA 1T9FA 5EXOA 3POYA 4YG6A 2ILPA 4LBLA 3WV6A 1GZWA 1MS0A 4XJUA 2J3PA 3LSEA 1PWAA 4IZXA 5HPZA 5BQUA 2ZMKA 1V6IA 2AAIB 4R6UB 2XG3A 1IS6A 1WBLA 3WDVA 3HN1A 4YG0A 3CA6A 5I1BA 1ISXA 1HWPB 1YF8B 2AXMA 21BIA 2IMBA 5DUXA 1A8DA 4NOTA 4YOLA 2NYYA 3TAYA 8I1BA 3D4KA 2ENRA 1LESA 4II0A 2P3KA 1J0SA 3Q7XA 1KITA 2WRYA 3O12A 1GNZA 4XBNA 3RG0A 2DU1A 4Z8SB 1SR4A 3IKWA 4JCKA 1NUNA 1HKNA 3WO2A 4JKXB 5E8AA 3CU1B 1F9KA 4FOWA 41BIA 2IHOA 3A21A 1ISYA 2BQPA 4KBBA 1GNHA 3O4AA 2JE7A 1PUUB 1FATA 4M00A 1V6KA 2DWRA 1XHBA 1ISWA 4AN7B 2NM1A 1T4QA 3AZWA 1V6XA 2FO1A 1HQLA 5BXPA 4KTXA 3MW2A 2C5DA 3C9ZA 2EIGA 3IM5A 5GZFA 3D5OA 3UJOA 1DQ1A 4CTEA 3AJYA 3AK0A 2Y9GA 2DUPA 3LSDA 4Q1PA 4ENDA 2ARXA 2D23A 1W6PB 1IKQA 2W39A 3NV2A 5F5QA 1EPWA 4I0YA 4YZ5A 5FRAA 4UW6A 1DBNA 3AYCA 2A6XA 1AVWB 1F82A 3WMVA 4G6MA 3AKFA 5FZZA 5DUUA 2WT2A 4KS6A 1DQOA 1SACA 5GZGA 2LIQA 3UJ4A 1Q8VA 1ZN3A 3WCSA 1LGCA 2SBAA 1XYFA 2K43A 3BRFA 5AVAA 3ILFA 1UPSA 5CB7A 1S0LA 4Q8KA 1Z2VA 3OBRA 2R1DA 1ZL5A 3BA5A 4I1EA 5T5JA 3ZUQA 1V6UA 2A75A 3NF3A 2XOAA 2UU8A 2EXIA 5GAQA 4XMAA 3FJIA 2P34A 5IT6A 1M2TB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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