1S0BA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 4.0
Total Genus 408
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
408
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 408
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0bA01
2A7AA 4FP3A 2EIGA 2AGSA 2D1ZA 1IKQA 5BQUC 2JE9A 2ZGLA 4DEPA 3QJ0A 1OQLB 4LO3C 1CR7A 4Y1UA 4IY9A 4I4SA 4GP3A 1LGNA 1CQ9A 1IT0A 4I4PA 1ISVA 4OEEA 1QGLA 5FZUA 4AVVA 3EF2A 4KUFA 4EKXB 5KXDA 3IIRA 4C1WA 1MZ6A 3B69A 1Q8OA 1MS1A 5BXSA 1XZZA 1XHBA 3AH1A 3O4BA 5JOZA 1N1SA 1YIFA 1HCDA 1HIBA 1AJOA 5CA6A 2EAKA 5FNWA 2OVUA 3M1HA 2V5YA 5DUYA 1GLHA 2DVGA 3O0WA 2GMEA 2VW0A 2X2TA 4DCKC 1MD6A 3BONA 4ZGRB 1TEIA 3GALA 4MYEA 3M3OA 5D61A 2ZHLA 2R0FA 3NV2A 3FJCA 3VKNA 2D43A 2E51A 5EWSA 3K1XA 3OPZA 2D3PA 2L5XA 4KC3A 3UDAA 3ZSMA 3IKWA 2W2DA 3E8LC 1HKDA 1SLCA 3BAVA 4YFWA 3PUBA 2KLLA 1W6PA 2ISEA 1YTOA 2A8AA 2EXKA 4EB2B 2BEAA 2JJ6A 2ZACA 2Q5TA 1ENQA 2A97A 4HANA 1LODA 5H9QA 3ZXKA 2VY0A 2QN0A 1CPMA 3R4UA 3BA7A 4KEIA 2CTVA 4YW1A 5HCFA 2LTNA 3I2XA 5BP5A 1F31A 3VKMA 2R9KB 5LK5A 1ULFA 4I4QA 2AFGA 3MALA 1MS8A 4FOVA 1KDMA 4KTXA 4RA0A 2AUYA 3AJZA 1LESA 5T5JA 5GZFA 2A3WA 4BOWA 4XJ9A 5GLWA 2C5DA 3I4IA 4ASMB 2DUPA 2DUQA 2FFVA 1BFBA 1JT7A 3DGTA 2DU0A 1MC9A 4XIKA 4AWDA 1I3HA 3OGFA 3SNVA 2BEBA 4HL0A 1RG8A 4YG0A 4KBBA 2ESUA 3WDVA 4FPCA 4J2KA 1W3FA 2DUOA 1Q8SA 5DZEA 3O12A 3WDXA 3F1RA 2YZ4A 3OJVA 1ULDA 4YM1A 2VW1A 4LO0A 1G82A 1YXWA 2ZHMA 2NZ9A 3AP7A 4XJZA 1SR4A 3JUUA 4XMAA 2DVBA 3POYA 4P9YA 1JUIA 3K3QB 1AX1A 5HCBA 1TP0A 1Z0HA 2GALA 1AVAC 1NZKA 2CY6A 1PZ9A 3DSEA 1ULEA 3R4SA 1YI7A 1IKPA 4J2XA 1IJTA 3ZVXA 5IK5A 4YW3A 2NM1A 3AP4A 5GZEA 1GGPB 3AZZA 5BXTA 1V6KA 1LEMA 3OBRA 1AXMA 4I1BA 9ILBA 2WSUA 1JYIA 3QIXA 2NMNA 4Y1VA 3AKGA 4ZFUB 4AVTA 2ZHNA 3TB0A 4H9WA 3S8KA 1SBDA 1ZM1A 1N1TA 1GZ9A 4XJ8A 4FPLA 3SNMA 4I30A 4Y24A 3WO4A 3N7JA 1S0FA 2XHLB 2UUSA 3FFZA 4PC4A 1W3GA 2HWAA 4GAIA 2G7PA 1TWEA 3AZVA 3FIIA 4XFSA 3BA5A 1JBCA 1UPSA 4J23B 3WO3A 4UW3A 2AXMA 1V6MA 3A4UA 4XBLA 2ET2A 1JQZA 3CA6A 3AP6A 2NN8A 5FNXA 2B7YA 1CJPA 1IS4A 3CA3A 4XZPA 2CYFA 4LO2C 3SISA 2TEPA 2V73A 1FATA 5HPZA 1C1LA 5E89A 4Q26A 1C57A 3S8JA 3IPVB 3ZYRA 1FYUA 2WKKA 1BJQA 1MVQA 2E6VA 4G6MA 1Q56A 1AXKA 1XTGA 3VKFC 1W0OA 4G1RA 1DZDA 5L73A 1CVSA 3WUDA 1E1HA 3CA1A 5GLVA 4WBCA 4Y20B 2WLQA 4XE9A 3PHZA 1HLCA 1LULA 3QYDA 1N3PA 3VUOA 1QMJA 3AH2A 5DUXA 3WVJA 1ISXA 4EFQA 2E7QA 4M00A 3NJ5A 3NBDA 5BQUA 2D20A 3KMVA 2PHFA 5FREA 4FPJA 1F5FA 4I8MA 2XOAA 3O44A 4OEGA 3P53A 1GSLA 4LO3A 2ISGA 1CONA 2A3XA 1UAIA 1W6OB 3FLPA 5FRAA 2LIEA 4K1ZA 2K8RA 2ZGNA 2UU8A 4YZ3A 1FNYA 2C9AA 1JT5A 3IAGC 1LCLA 4XMIA 4XXAA 1KNMA 4GWNA 3BWIA 4D0ZA 2D6KA 3ZUSA 2IWTB 3BOOA 3IPVA 3IN9A 1GNHA 2YMZA 1SLIA 3BOPA 1NUNA 1HQWA 3BADA 3ZUQA 1IILA 3O5WB 4L4IA 4L4HA 2K4AB 3BODA 2SBAA 3NV3A 1QNYA 2D6PA 1Q8QA 1PZ7A 4Q91A 4UW6A 4G6JA 1EV2A 1HWPB 4AGVA 1D2SA 4I4RA 3FLRA 3TC2A 3AJYA 1CE7B 1W6OA 3DS9A 3WDUA 1DGLA 1SCSA 3F62B 1VAMA 2G7QA 3QW5A 5D62A 2HW9A 3W58A 2QYIB 1VALA 7I1BA 1EYLA 1UL9A 5T5OA 3AKIA 31BIA 2VXRA 2DYCA 1VLNA 1GV9A 2DWRA 4YM0A 1JT3A 4FPFA 3ASIA 4Q8LA 2D44A 4LBNA 3T8SA 1LHOA 3FJJA 3T1MA 5DUUA 1GKBA 4BLIA 2P37A 1N1VA 2RQ9A 4ZXKA 4R9BA 4JPZA 3VSZA 3QLQA 1G9BA 4Y1YA 1BLDA 1LHVA 2KH2A 4FOYA 4I0YA 3MW2A 1DZCA 1SLAA 2YV8A 1DFQA 4YGBA 4G9MA 2P2KA 4OW4A 2YY1A 4PBOA 5GAQA 3BA4A 3ILRA 3Q7XA 2P3KA 4PF5A 1FX5A 3GNEA 5IK4A 1SACA 1LJ7A 3I29B 4F34A 4J2SA 5DZUA 2W52A 2DVAA 2ZBJA 4CTEA 3WG4A 3D3XA 1CPNA 1ISYA 3MW3A 4W65A 3FBYA 4H55A 2ERMA 2NTDA 4IONA 2Y9WC 4Z9WB 4QALA 1BXHA 4GKYA 2D24A 1YRZA 5CNAA 2CWMA 4Y1ZA 1ZN3A 1K5VA 3CA5A 5AVAA 3FJIA 4Q9GA 1YO8A 4QBVA 4GWMA 1QNWA 1OFSA 3CA4A 2DVDA 3C2UA 4I4UA 3B00A 1LOGA 3WMUA 3C88A 1RMLA 2PHUA 1AX0A 2KI4A 4LBKA 5H9PA 1QOOA 3JRRA 3AYDA 1O4YA 2EXIA 1FMZA 4QKSA 1JT4A 3O0XA 2RHPA 1SBFA 3NWKA 5FZYA 4LBJA 4Q9PA 5DG2A 4GA9A 1LGCA 3RTJB 5GLZA 1AXZA 4XKIA 4FPKA 3FJ9A 5JVVA 4LO2A 5EYXA 4JKQA 3VSFA 4X39A 1WBFA 4P6AA 4AYUA 4I4OA 2D6MA 4K20A 1ULGA 4K21A 1QDOA 1HWOB 2R1DA 2GNMA 1BA7A 3AXDA 3D4KA 3MPPG 4YZ1A 4I4XA 4YW4A 2FHRA 4Y1XA 2JD4A 3V79C 2E7TA 1V6IA 3AYEA 2ZA9A 2GZBA 1UZZA 4BMEA 1XQNA 4Q2FA 6I1BA 4ZA3B 2VSAA 1MS9A 1UZYA 1NXD1 4DRRA 4FOQA 1QKQA 1AJKA 5DZFA 4LBLA 3CA0A 1DYPA 4X3AA 3WCRA 4TZDA 2WQZC 1DYKA 3LLPA 1DLLA 1KITA 3USUB 1BARA 4FP2A 1S0EA 4ISQA 2ZGOA 3QW6A 1SLLA 2DU1A 3UD9A 4DFSA 3V65A 1TIEA 4CJMA 1S0GA 2ZMLA 1EPWA 2Z42A 3FJFA 3H6RB 3SH5A 1M16A 1ENRA 4Q1RA 1N3QA 1N47A 1QF3A 4G9NA 4H04A 1QU0A 2VUAA 5GZGA 3LCPA 2JE7A 2W68A 2YXSA 3RS6A 2OUJA 2FO1A 3VEQA 1MS0A 1ONKB 2YROA 3PJQA 1HDKA 4YFZA 1W6QB 2J3PA 1P63A 3FLTA 2AYHA 3P6IA 3HOMA 1WLCA 4QO3A 1QDCA 3HBWA 1D0HA 1DZQA 1AZDA 4OWJA 3OJ2A 4LBOA 3USUA 3WUCA 1LOFA 2GNDA 1IS5A 1YVGA 2UURA 3QIYA 3PVOA 4Y26A 3RTIB 3N36A 2DV9A 3WDYA 1DQ1A 3M3CA 2A5ZA 2Y9XE 4M01A 4DPNA 5GLUA 1RITA 4DQAA 3H6RA 3QR5A 4YZ5A 4IY8A 1LHUA 5BVPI 4Z8SB 4LO8B 4II0A 2RSTA 1LECA 1FMMS 1GZCA 5JMCA 4X37A 4XJAA 1E0OA 5GM0A 3BAQA 1QOSA 2DRYA 2CL2A 1IS6A 1DQ0A 5DG1A 1W0PA 4JAWA 4NOTA 1V6LA 2D6OX 4LO1C 3OYWB 5DUVA 1HWMB 2GNBA 1ONAA 4KS6A 2NMOA 2VW2A 1XYFA 1X50A 2P23A 4Q1PA 3QW7A 1I1BA 4YG6A 5E24E 4FQ4A 4UW4A 2UWBA 4P9XA 3ZXFA 3NBCA 3ZXLA 5DUWA 1DQOA 1XTFA 5JOXA 2WRYA 3IM5A 3WOGA 2EXHA 21BIA 4J1LA 1ISWA 1LTEA 4JCKA 1GBGA 3B01A 1YF8B 1M2TB 2VSEA 3O5SA 3IM0A 1DQ2A 1RINA 3C8AA 3ZSJA 3AZYA 4HA2A 2RG9B 3JUTA 1JY0A 1T4QA 2AREA 2ETFA 1GANA 2A3YA 3UD7A 2GO2A 3WO2A 4ATEA 4WV8A 3H0OA 3OYWA 3WINC 4YZ4A 3WLUA 2DVFA 1LOAA 1H9WA 3BX1C 3B9UA 2MLLB 3CRIA 2D7FA 1LOCA 1G9AA 3ZSLA 2K43A 2XB6C 2D3SA 1FN0A 3VKLA 3AK0A 5IT6A 4ZLBB 3B3QE 1LOBA 2UWAA 2GMPA 4XXPA 1RZOB 2XHLA 2LALA 1CIWA 2AH2A 3OBTA 2IHOA 3DDBA 1BQPA 3PVNA 4USPA 5DVHA 3CU1B 1N3OA 4OUJA 4YG3A 3FJAA 2ZMNA 1ILR1 2D6NA 1GYKA 4QBCA 2Z49A 1N1YA 1WW4A 4ZFYB 1FWUA 1R8NA 3OY8B 3N3HA 3ZXGA 1BASA 5JDBA 1J0SA 3O4AA 1W6NB 5KXCA 1JXNA 2KM2A 2ZMKA 4XHBA 4Y20A 3FJEA 4YLZA 4ITCA 5JLVA 2ZGTA 1WCSA 4XILA 1DQ4A 2EF6A 4P0LA 3BRGC 3ILAA 1W6MB 4ZOTA 2R1BA 5F5QA 1KJRA 1MVEA 3RMXA 1Q8PA 2IMCA 4I1EA 2SLIA 1CN1A 1GNZA 1RY7A 3WHUA 3OJMA 1HWNB 3ZURA 4D8HA 2GNTA 3V0BB 4YW5A 2PELA 2EXJA 2PHWA 2LIQA 4P0JA 1WW5A 2ZQOA 1DBNA 1A78A 1FQ9A 1Q1UA 3OY8A 2A6XA 5T5PA 1K5UA 3H6SE 4LO0C 3UJ0A 4GKXA 5IK7A 1JN2P 1W6NA 1T3CA 4PBPA 2PHXA 3RQ0A 2R49A 4QD2C 2G7KA 4DRVA 3INAA 4KEJA 3O4DA 1LGBA 5T55A 4XTMA 2A75A 5EXOA 2A6ZA 1JOJA 3MW4A 1BLAA 5BOWA 1V6XA 3T2TA 5DZGA 4EFRA 2KKIA 2W39A 5GZDA 3DEBA 3R05A 1W6MA 5EYYA 4EFPA 2NVHA 1PZ8A 3DDAA 3C89A 2NYYA 1Q8VA 2ZZJA 1IOBA 4U36A 3O0VA 3WDWA 3O4OA 5JOYA 2ILPA 3H6QA 3UD8A 1L2HA 4XJWA 3CNAA 2HWMA 3LSEA 3V0BA 2A6YA 4FPYA 2JDZA 4D69A 4M3CB 2GN3A 1PWAA 3ZPYA 2FMDA 2Z48A 4K1YA 4QKRA 4R9CA 3AKFA 3M3QA 3A0KA 3P6JA 2A71A 1V6UA 1LEDA 3SITA 4AVSA 4XJUA 1C1FA 2GN7A 4NO4A 4Q27A 1CVNA 2WT2A 4XDQA 3D5OA 4LBQD 2YUGA 4LO1A 4FPEA 3V64A 1S0LA 4LO7C 4OZXA 1HCEA 4OEFA 4ENDA 2AR6A 3Q9OA 1ZKWA 1HKNA 3WZ1A 1LHWA 5CBLA 2DURA 1F9KA 1SCRA 1G9CA 2P3JA 3ENRA 2ZQNA 2BFHA 1Z2VA 2AQZA 5BYNA 3QCWA 5F8YA 3NV4A 4GXLA 3FJ8A 1R1ZA 1PUMB 3AYCA 3UL2A 1VAVA 3A07A 2P39A 3FUQA 3AXEA 1TFMB 1A3KA 1HQLA 4ZKTB 4EJ5A 3N35A 2FGFA 5EC5A 1G9FA 4IYBA 3SH4A 3CAHA 1MACA 3WV6A 1S0CA 1Z7HA 4M3CA 3ZC8A 3AP5A 3PG0A 4XTPA 3RMYA 3QIZA 4XFTA 2R0HA 2VLCA 2WNEA 2OUHA 1JYCA 3NBNA 2W2DB 2D3RA 5IUQA 4FOWA 5KXBA 5F8SA 3M3EA 1W6PB 3LTQA 3BOKA 1UX6A 4HEVA 3NF3A 1OKQA 3CRGA 2D7IA 1FAYA 1F82A 3ZSKA 1ABRB 4YM3A 4I4VA 3WINA 4I96A 1QQLA 4I37A 2DRZA 2NP0A 4AN7B 3AP9A 3ZX7A 2ZKNA 3TAYA 2E53A 1ZKXA 2JECA 4XHXA 1I1EA 2ZAAA 1BYHA 3FJDA 4GOVA 5HCAA 1G8WA 2DS0A 2X2SA 1Y7BA 1IRAX 1II4A 3ATGA 5SV8A 3M2MA 4OWKA 4IZEA 2GMMA 1DJSB 3VT1A 2ZGPA 1YBIA 4FPGA 4DENA 2Q9XA 1QOTA 4OWLA 3JU9A 1KRIA 1TOOA 4XBQA 1QXMA 1RIRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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