1S0BA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 4.0
Total Genus 408
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
408
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 408
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0bA01
1V6OA 5DZGA 3OYWA 3UJQA 2D43A 3F62B 3RRDA 2VH9A 2DUOA 3MEPA 2D22A 4P9YA 4I4RA 4OWKA 2KKIA 1EVTA 4XJUA 1MVEA 4R9CA 3IKWA 4YGBA 1LTEA 1W6MA 2A3YA 1Y7BA 5BXRA 1W3AA 3JUUA 1AF9A 4IY8A 2R0HA 4ITCA 3BAGA 1JT3A 2DYCA 2ET2A 2WT2A 4G6MA 3I29B 2BEAA 3RS6A 1DQ5A 1WW7A 3ZXEA 1IILA 2D23A 2K43A 2WRYA 1W6QB 1ZKWA 4D8HA 1BFFA 2Y9WC 1LU2A 1HLCA 1O4ZA 4XZPA 1ULCA 4IONA 3ZC8A 2F8XC 3PVOA 4YM2A 2AGSA 5FZZA 1ZM1A 1LGNA 1JHNA 2K4AB 1ITBA 1T4QA 5DSSB 3N36A 4M01A 1G9BA 1GZ9A 4GA9A 4J2SA 2HYKA 1W6OA 2FFUA 1CJPA 1WBFA 3WHTA 4R9BA 1F5FA 5IK8A 1GANA 5DUYA 4HJJA 3ZYRA 1VIWB 5FZYA 5BQMB 3USUB 1N1TA 4I1BA 4KEIA 1HKNA 1MS8A 2DURA 5EG6C 1HCDA 1C4RA 3PVNA 5DVHA 2FDBM 1BYHA 3GNEA 4DQAA 4USOA 5BXPA 2LTNA 3VSZA 4EEEB 3MPPG 3I2AA 5HPZA 3O44A 5JOWA 4OEGA 3AYCA 2VW2A 1OKQA 4GOYA 2UURA 3QW8A 3NWKA 3B9CA 2CYFA 3RMXA 1KJLA 3A22A 1S0GA 3QIZA 4F83A 1CE7B 3OJVA 4WBCA 4UW3A 4FP2A 2DVAA 1QGLA 2YXSA 2P3IA 1S0EA 4OWLA 3ZX7A 3AJ6A 2BFHA 5BXSA 1LHOA 5H9PA 2NN8A 3NF3A 5JOYA 3ZURA 1FQ9A 3WDYA 3S8KA 1BLDA 1ISXA 5BXTA 1BKZA 4M3CA 5F90A 1B09A 3POWA 1MS5A 2ZGPA 2ZMLA 5HCAA 4XMIA 3CRHA 4U36A 1BLAA 2OW4A 4P0KA 2ZZJA 4XXAA 1ISVA 3D3XA 5JOXA 3O5WB 1R8OA 4W65A 1YF8B 1MS0A 1AFCA 4JRAA 1SBEA 3C89A 1FYUA 3CNAA 3AYAA 1MVQA 3QCWA 3MALA 2E53A 3HMYA 4WV8A 2A7AA 4LBJA 1V6MA 2ZGSA 3OJBA 3NBCA 1DJSB 2XOAA 2VLCA 2FFVA 2DTWA 3O49A 4LO3A 1URXA 4I96A 4IY9A 4XKIA 3BOKA 4BMEA 3CA1A 2K8RA 3BAQA 3P6JA 3NV3A 2VXRA 2HW9A 2EXKA 1QXMA 4ZOTA 5IK7A 2D7FA 1BA7A 3LCPA 1MZ6A 3FJFA 1SLTA 2ZGNA 1GYKA 4YM0A 1J1TA 4M3CF 1QDCA 4LBMA 1HWNB 2MC2A 1SLCA 2YUGA 3AZYA 3AXDA 4Z8BA 1PUUB 3JRRA 4ZKTB 1ZB7A 2EIGA 2D6KA 2MIBA 2GNBA 3V0AA 2JKBA 1NXD1 1V6VA 3BRGC 3AZZA 2A3XA 3I8TA 3O0XA 4D0TA 1MACA 2A6YA 3BAHA 1SFYA 1JQZA 3ASIA 3T1LA 2YROA 3ILRA 2DVFA 3RMYA 2WT1A 1LHVA 4J2YA 3OBTA 2BEBA 4XFSA 1BXHA 4XHBA 1F82A 4YZ4A 2JE7A 1AVUA 4YG3A 5DZUA 1PZ8A 4GKYA 3VKNA 1CQ9A 3BA7A 2D7RA 1HKDA 4KC3A 2UWAA 1K5UA 4DFSA 4Q91A 1FAYA 1BZWA 1VAMA 3ZXLA 3WZ1A 2FGFA 2ZGLA 4P0JA 4GAIA 3D7WB 3HBWA 1UL9A 1LHNA 2PHFA 3POSA 2V73A 3Q7XA 2R1BA 3C9ZA 5GLWA 2LIEA 1ZL6A 4QD2C 4LBOA 4LO0A 1IRPA 1Z4SA 2ERFA 4ZBVB 1VAVA 1YXWA 1DZDA 3SH4A 1SR4A 1HWMB 1UKGA 2SBAA 2ZMNA 3WDUA 1W6NA 5DG1A 5GZFA 4YM3A 3M3CA 1KITA 1DQGA 5BP5C 2LIQA 4K1YA 1V6JA 1S0BA 2BQPA 4LO7B 1FNYA 3A4UA 2FPQA 4QO3A 2F2FC 4QKSA 3ZC9A 1FWVA 3WA1A 2Y9XE 4HL0A 4FPHA 3WDVA 2YZ4A 4PBOA 1HQWA 5IK4A 4XTMA 1Q8VA 4ZA3B 1ZKXA 3OJ2A 1S0IA 1N1YA 3UJ0A 2G7PA 2D3PA 3N7LA 2W2DA 3LTQA 3WUCA 2AR6A 3T2TA 4X38A 4PQ9A 1BFGA 1I1BA 4CTEA 3I4IA 5G00A 3VT2A 4HR6C 1DFQA 5DZEA 4X3AA 1JUIA 5JMCA 1WW4A 1G9DA 2WQZC 1ISZA 1HQLA 3BA4A 1SBFA 1XQNA 2C9AA 3CQAA 1ZA4A 3TC2A 2RG9B 1WCSA 2JJ6A 2R49A 4HANA 3IM7A 3OJMA 1IS4A 3D4KA 5EYXA 4LO0C 2D3SA 5T54A 3F1RA 4I6IA 3T8SA 5GM0A 1FX5A 1G82A 4EFPA 3M2MA 2W39A 1T3CA 2AH2A 4DPNA 3IAGC 4J2KA 5FRAA 1SACA 2GNTA 4G9MA 1W3GA 2A6XA 3WCRA 3NJ5A 1WBAA 1PZZA 1QNYA 2FO1A 1H30A 3R05A 2KI4A 3AP7A 3IPVB 1LU1A 4Y22A 1KRIA 4Z9WB 3O4BA 3OY8B 3IM5A 2QN4A 2R0FA 1Q03A 1P63A 4USPA 5GLVA 1Q8SA 1QNWA 1MS4A 3C8AA 4IHZA 1DGLA 1LOFA 2A70A 4QBVA 3A07A 4YFZA 3VSFA 1W6PA 2AQZA 1UAIA 1AVBA 3FJKA 2LALA 5F5QA 3JUTA 3IM6A 3WO4A 1Q1UA 3B69A 4OW4A 3B00A 3O4AA 3QW7A 4I1EA 1C1FA 3NBEA 4BPZA 4I4XA 3OPZA 2D6MA 1TIEA 2E4MA 3UDAA 2ILPA 5JVVA 3BIWE 1ENQA 1LEDA 1OQLB 3Q9OA 1S0JA 4Q2FA 2VSEA 1GZWB 2W08A 1ABRB 4C1XA 3POYA 5IT6A 3TAYA 4ZLBB 3HALA 3C2UA 1WLWA 2Q3NB 3AH2A 4OEEA 1LGBA 5KXDA 1EPWA 3SNVA 2PHRA 1J0SA 1VALA 4YZ1A 1FMZA 1O4YA 4D69A 1RMLA 1WLDA 3C8BA 3N35A 2D6NA 2E7QA 2AREA 5AVAA 1QQLA 1W6QA 4FOWA 1GLHA 1MR5A 3WG2A 1DLLA 3R4SA 4HA2A 2AAIB 3FUOA 3IIRA 1WD4A 1YI7A 1IJTA 4LO2A 1Z0HA 1LOFC 5DG2A 3MW2A 5DUUA 3M3EA 1IOBA 4TZDA 1DQOA 3CRIA 2Q9XA 3FJEA 1ISYA 3WG4A 4CRQA 2NMNA 4FP3A 3DS9A 3FLRA 4AGRA 4Q8KA 5E88A 4ISRA 2XG3A 3LLPA 3ILFA 3AJZA 1HDKA 2P39A 5EYYA 5BQMA 4M00A 2E4MC 1S0DA 1FGAA 1OQ1A 4YW1A 2KLLA 4IYBA 5JOZA 3VUOA 3AKFA 3WINA 5L73A 1G9AA 1LULA 1N47A 2ZHNA 4AGVA 3ZSKA 2KM2A 1AJKA 2VW0A 2A6VA 1Z78A 3ZPYA 4YGDA 2X2SA 3UD8A 5GLUA 3AP6A 1KDKA 1C1LA 4Y1VA 1DQ6A 3KMVA 4JAWA 4J23B 4LO8B 1YBIA 2DU0A 1CR7A 4WVWA 1WD3A 2QN0A 2JECA 4FPYA 3P53A 3TB0A 2ZGKA 4G6JA 5CAZA 8I1BA 4BMBA 1QOSA 1NZKA 2XHLB 2ZACA 5T52A 1DFCA 2JDZA 4Y24A 3FUQA 2Z48A 5H9RA 4XJ8A 1TWMA 2DVGA 4P0LA 1JTCA 41BIA 4QKRA 4D0ZA 4K1ZA 1IHKA 4LO2C 3N7JA 2NTDA 1ISWA 2Q5TA 4XMAA 2PELA 1APNA 3V65A 4I2SA 4I3NA 4H9WA 3WG1A 3O4DA 2GMMA 2ZHLA 4FPOB 2CL2A 4GWMA 1MS3A 4ATEA 1SCRA 2DRZA 3Q7WA 1V6UA 4XDQA 3FGMA 4EB2B 1GKBA 1TP0A 1FATA 1JT5A 4FPEA 4DEPA 2D6LX 2AYHA 2UWCA 3AJYA 1W0PA 3BRDA 1HWPB 1JXNA 4UW4A 3ZXKA 3O0WA 3ZSJA 3ILAA 3CA4A 1I3HA 1Q8QA 3VV1A 2KH2A 3A23A 2ES3A 2ZR1B 1FNZA 2A5ZA 2DRYA 1MS9A 3N3HA 1EV2A 3PVEA 4X37A 1JW6A 5T5OA 4KEJA 1JY0A 4AVTA 1IT0A 3FJCA 2AENA 3B3QE 3WO2A 4J2XA 1RITA 2ZA9A 2ISEA 1WBCA 1UZZA 3PHZA 4XHXA 1GZCA 1MD6A 1V6IA 2CY6A 4XIOA 1G9CA 3APBA 1QDOA 5BQUA 4FPKA 5D63A 1Z7HA 3FFZA 2JD4A 2CWSA 4FPCA 3QW6A 1ULFA 1CVNA 2GDFA 3ZXJA 4CJMA 3H6RB 3GALA 4XTPA 3AKGA 1E1HA 3UL2A 4L4IA 3D6EA 3PJQA 4AGGA 2CWMA 3BB2A 3B01A 3SNMA 4CZSA 1XZZA 4Q1RA 3BAVA 1LGCA 4PCRA 4U2AA 3I2XA 2A71A 3WO3A 2DUPA 4IQPA 1LHWA 1VLNA 2RQ9A 1DQ4A 3BADA 3AP9A 1DQ0A 4BQ1A 2A3WA 4NOTA 4I4VA 3MW3A 1QU0A 4YOLA 4GWNA 3B9UA 3P6IA 2Z49A 3ATGA 3CA6A 1HWOB 1FMMS 4JPZA 1CVSA 1A8DA 4I4YA 4YGCA 3V0AB 5T55A 4Q9GA 3BRFA 2NZ9A 1AJOA 5GZGA 4XFTA 3ENRA 5FNXA 4IZXA 3N7MA 3V0BB 4LO3C 3HOMA 4RA0A 2Z42A 1LHUA 4C1WA 2DS0A 1Q8OA 4Q26A 4I4QA 1JT7A 1H9WA 3A0NA 3UJ4A 2E6VA 4YW4A 4I0YA 5LK5A 3CU1B 3VKLA 4TYSA 5JDBA 1N3OA 2WKKA 3DEBA 2B7YA 5CBLA 3FJAA 4IZEA 1JYCA 5E8AA 2IWTB 1R1ZA 2H0BA 3DDAA 1V6XA 2D20A 4Q8LA 4FVVA 3SH5A 2ZABA 4DS0A 2IMBA 1U0AA 3NV4A 4QALA 4ZXKA 4I8MA 1NUNA 3V79C 1QKQA 1XTGA 1IKPA 2GMPA 5FZUA 3QIYA 1WLCA 3QW5A 4I4PA 2OVUA 1QOOA 1RIRA 2MLLB 5KXEA 1YTOA 5EXOA 3WDWA 1V00A 1WW5A 4GAFA 2Y9FA 4YW3A 1LENA 1V6NA 5F8WA 3ZSLA 3BONA 1KDMA 4XOGA 4Y1UA 1PZ9A 2DVBA 1S0CA 5E24E 4FQZA 4XJZA 1HCEA 1ONKB 3CA3A 1SCSA 1GNHA 3AKIA 5GLTA 3WDXA 4X39A 3WMUA 4A7KA 3FJIA 1MC9A 1BARA 1M16A 5EWSA 1Q56A 2ZGQA 1LOAA 1AXKA 2CTVA 3BAOA 4Q1PA 4LBQB 3RTJB 3ZXGA 1N3PA 4ELCA 1KNMA 2RHPA 5T5LA 1S1AA 3WNXA 4YG6A 1AVWB 3R4UA 3HR9A 1SR4C 2QYIB 2NYYA 3N0KA 5E89A 2KI6B 1RY7A 5FNWA 2AUYA 3FJ8A 2PHTA 5JLVA 3RSJA 1LCLA 1DYKA 2G7NA 5SV8A 4LO7C 1UMZA 3IPVA 3UD7A 4XJ9A 4DRRA 1LOBA 1D2SA 3OY8A 3KM5A 2DWRA 3E8LC 1VCLA 1G7YA 3WDTA 4AVSA 4OUJA 2WLQA 4JCKA 3CA0A 3VWCA 1FV2A 3QR5A 3DGTA 4ATFA 2I2SA 2ARBA 4FPLA 1Q04A 3K3QB 1CIWA 1CONA 3VT1A 3M3OA 3DUIA 1II4A 3L2YA 1JOJA 4II0A 1IS3A 5DXDA 3VEQA 3FIIA 1ULEA 1DQ2A 1X50A 2A6WA 1PWAA 1CPNA 4XBQA 2RSTA 2ENRA 1V6KA 4I30A 1UN1A 5IUQA 1DYPA 1A78A 4TLPA 3WCSA 21BIA 2P34A 3CAHA 4R6UB 4J1LA 4YZ3A 5DZFA 1N4KA 2NMOA 1ULDA 1HIBA 2D24A 4Y20B 3T1MA 2IMAA 1FN0A 1LOEA 3SLIA 4ZJXA 4YLZA 4LBNA 1GZWA 4ASMB 2ERMA 4G9NA 2EXIA 4P6AA 5BQNA 1JYIA 2DV9A 5DUVA 3SITA 1AZDA 3OYWB 2HWMA 5D62A 4FQ4A 1RINA 1MS1A 3AZXA 4XBLA 3UK9A 2D7IA 2EF6A 3VKFC 1XYFA 1Z2VA 2WSUA 4QBCA 4EKXB 2VU9A 1XG6A 4JP0A 4KTXA 4YZ5A 4FPFA 4WZFA 1GSLA 1W6MB 2GN3A 4I7IA 4P9WA 3CA5A 4ENDA 4AN6A 1LOGA 4PF5A 4K20A 2X2TA 2E7TA 1ILR1 2TEPA 2ZQNA 1N3QA 5KXCA 2P37A 2A6ZA 5F9TA 3WMVA 2HZ9A 3C88A 3FJBA 4BM8A 4XJAA 3DDBA 3PUBA 3POKA 4ZGRB 2VXTI 3QJ0A 1JT4A 2ZMKA 3QYDA 2C5DA 1ONAA 3WUDA 1GBGA 2I1BA 5HCFA 5CA6A 3USUA 1C57A 1EYLA 2D1ZA 1W6OB 3QLQA 2P2KA 2VY0A 2ZGMA 3WG3A 3AXEA 2DUQA 2ZHMA 3K1XA 3BOPA 5KXBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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