1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
5BQNA 3SH5A 2YROA 2W2DB 4FOYA 5KXCA 2FFUA 1BJQA 1QGLA 4AVTA 4Q9PA 1WBLA 4JRAA 5JMCA 4ZFWB 1ISZA 2DU0A 1I1BA 1W6QA 3ZUSA 1WLDA 2JE9A 5DUVA 1KITA 3AZYA 1F9KA 3O4OA 1ULEA 1W6MA 4P0KA 2ARXA 3WVJA 2E6VA 1II4A 3ZURA 3KMVA 2EALA 1SR4C 3WDXA 5DZEA 1ZA4A 1SZ6B 1S0CA 3NBEA 1QQKA 2ZHLA 1WBFA 5F8WA 2NYYA 3B01A 4YZ4A 5HPZA 2D6NA 3ZYRA 1KQRA 3OYWA 4FPYA 1QDCA 3WCSA 4I96A 1G8WA 5JVVA 2WLQA 2GNDA 2KM2A 3O3QA 1Q8PA 1W3AA 1DBNA 4PBOA 1ULDA 2ZGOA 5IK5A 3AZZA 5FNXA 2VLCA 3BRFA 3FJFA 1AXKA 4IHZA 4FOQA 1FGAA 1YXWA 4Q9GA 3ZXEA 1PUMB 3C89A 1G9AA 1BFGA 3PUBA 2JKBA 4BMBA 4QD2C 1WBAA 2X2SA 1OFSA 4PQ9A 3NJ5A 2DUPA 4Y1ZA 4YGCA 4YG0A 4JAWA 1Z78A 1DQ4A 1Q56A 2W39A 1FMZA 1S0GA 1ONKB 1SBDA 2C5DA 3FIIA 1HWPB 1W6NB 4Z9WB 3OBTA 2VXTI 2J3PA 3RMYA 3RRDA 1LOEA 2ESUA 3BAQA 4Q2FA 2WT2A 2ZZJA 1DQ2A 3RMXA 1TOOA 2CY6A 2SLIA 4QALA 4D69A 1DYKA 1SFYA 3ATGA 3MW3A 2A7AA 3WG1A 1YF8B 5CB7A 1GZCA 3FJKA 1LU2A 2JDZA 2ZQOA 1GSLA 1NXD1 1VAMA 2A6YA 3JU9A 1OKQA 3A0NA 2FO1A 1QOSA 2FPQA 1SBEA 4H55A 5EHAA 5BVPI 4I30A 4I0YA 3M3CA 3WO3A 31BIA 1VLNA 3N0KA 2GMPA 2ERMA 1HQLA 2R1DA 4Y22B 4LO3A 1QMJA 3PG0A 1E1HA 1ZB7A 2ISGA 5JOZA 2PHXA 1U0AA 4J2KA 5T52A 3VWCA 4I4VA 1GGPB 1AJOA 3V79C 1GBGA 2EXHA 2IMBA 4GXLA 3WUCA 1W6QB 1NUNA 3WINA 1G9BA 1V6IA 1RMLA 4D0TA 5BP5A 4QBVA 5BYNA 1GV9A 4I4QA 2XOAA 3FIEA 3RTJB 1N3OA 4I2SA 2HW9A 4YW5A 5CBLA 2DV9A 5KXDA 2PHTA 4YW1A 5T5LA 1IILA 4ZGRB 3AH4A 1QF3A 2BEBA 1T3CA 3POSA 3HOMA 2D20A 3OYWB 2OVUA 4R9DA 1SACA 1XHBA 3C2UA 3AYAA 1G9DA 4ZKTB 2R0FA 2Q3NB 1MZ6A 3FJ8A 2F8XC 4J2SA 3L2YA 4X38A 1V00A 5EG6C 3ZSKA 4LBQB 2ZGLA 4LO2A 3NF3A 3V0AB 4JPZA 3HN1A 4CZSA 1O4YA 2Q9XA 5F8SA 4M3CB 2IMAA 4LBMA 3SITA 1S1AA 1BA7A 2WT0A 4LO0C 1GZWA 2DU1A 3V64A 3UJOA 1AX1A 4LO1C 3WHTA 1YVGA 4XFSA 1PUUB 1UKGA 1SLCA 5HCFA 3O4CA 3BTAA 1FMMS 1LESA 4UW4A 4JCKA 1VIWB 2DVAA 3M3EA 2Z42A 3N7MA 4YZ3A 4G9MA 1HLCA 2D44A 2CNAA 4YGBA 3LSEA 4IZXA 4HL0A 4YZ2A 1APNA 5DVHA 1Q8VA 4JP0A 4ZXKA 2GZBA 1MS8A 1URXA 1W0PA 4H9WA 4NO4A 2KH2A 2DYCA 2CWSA 2D6KA 3H6RB 1R1ZA 1DQOA 1WW7A 3NV3A 1Q8SA 3N35A 4LO7B 3QCWA 3BADA 3M2MA 5D61A 3I4IA 2UWCA 1AX0A 2R9KB 1C4RA 2B7YA 4EB2B 4IONA 4PBPA 4XJZA 2KI4A 5E88A 3DDBA 5JOWA 1BFFA 3AP6A 2E7TA 4OWLA 3P53A 3VKOA 2GO2A 4I4UA 1H9WA 1LEDA 2A6WA 3UL2A 2HWMA 4Y20A 3A4UA 1HWNB 4IYBA 2A70A 3V65A 5EWSA 2VUAA 2XB6C 2OW4A 2D24A 4XFUA 2G7KA 5IK4A 2DUQA 4QO3A 2P23A 3AXEA 2P37A 3IIRA 1CQ9A 2YXSA 1MS4A 3BRGC 4KEIA 1X50A 3CA3A 4XJ8A 3I2AA 3B69A 3PHZA 3POKA 1IS6A 2IMCA 4WVWA 1ZN3A 4DEPA 1IS4A 2XHLB 4Y1VA 4GAIA 1XTGA 1PC8B 3BA5A 1IKPA 3N7KA 1M16A 3HBWA 3GALA 1V6NA 4I7IA 2P2KA 2PHUA 3VSZA 1Z4SA 4ISQA 3P6IA 3AP7A 2KI6B 2NMOA 2AFGA 1D0HA 5H9SA 4ZJXA 1DZDA 3MEPA 2YZ4A 1MVEA 5GZEA 1S0DA 5IK8A 7I1BA 4R9BA 2QN0A 5CA6A 2FGFA 5DUYA 1KRIA 4NOTA 1GZWB 1BZWA 4XJ9A 3O12A 1VCLA 4AN6A 1EVTA 4ENDA 2AREA 1J0SA 4G6MA 5IUQA 4BQ1A 3FGMA 2LIEA 2BFHA 3QJ0A 3WUDA 4WV8A 3RTIB 2RSTA 3DUIA 8I1BA 1C1LA 1IS3A 1DQ1A 1QU0A 21BIA 1M2TB 4AGRA 2Q5TA 3ASIA 3D3XA 1B09A 4M3CF 3ILRA 1Q8OA 3BX1C 5F8YA 4L8QA 1LOFA 4XIKA 3N36A 2DTWA 1EV2A 1CPNA 4XJAA 3AJ5A 3OJBA 3NWKA 3QW5A 4GKXA 1TIEA 1T3AA 1MC9A 5GZDA 1ULGA 3O0VA 1Y7BA 4FP2A 3P6JA 1UL9A 2CL2A 5H9RA 2EXJA 2D3SA 3UK9A 2MIBA 1UZZA 1R8OA 4IY9A 1S0JA 3O49A 2A97A 3AJ6A 1SLIA 2YUGA 3C8AA 1BYHA 1JYIA 4PC4A 2P39A 3FJHA 4Y1YA 3WDVA 4YG3A 2ZGNA 4LBQD 1ZKXA 2PHRA 5BQUA 4KUFA 1BLDA 1KJRA 1BQPA 5H9PA 4HA2A 1FWVA 1JT5A 5FNWA 1LHVA 1CN1A 3AH1A 2D7FA 1UAIA 4XTPA 3FJCA 3C8BA 1DZQA 1SCRA 4FPFA 4R9AA 1TWMA 4OWJA 4YOLA 4I4RA 4P9YA 2DRYA 1S0EA 3R05A 3EF2A 3USUA 5BXPA 3MPPG 1JHNA 1JLXA 3ZXGA 1WLCA 5GLUA 1SBFA 3VKFC 1ITBA 4OEGA 1DHKB 2FFVA 1DIWA 3WO2A 2IWTB 2VW1A 3DSEA 1GNHA 4ISRA 3I8TA 1W6PA 4XXAA 3VUOA 2ERFA 5DZGA 1TEIA 1JW6A 3B3QE 3IPVA 5I1BA 4Q91A 2PHWA 2V73A 1W6OB 1YI7A 4EJ5A 4I1EA 3BONA 2FHRA 3M3OA 1AVWB 3VSFA 4FP3A 4Y1UA 4KTXA 4P0LA 1LENA 1N1SA 4UW5A 2G7QA 4P9XA 2I2SA 1ISWA 1VALA 3WLUA 1Z2VA 4D8HA 5DUXA 2F2FC 1CIWA 2K8RA 1S0FA 2D6MA 3OPZA 5DXDA 4Q8KA 3WG2A 3KQRA 4F83A 1T4QA 4J23B 2MC2A 4A7ZA 4YW3A 2GALA 1BKZA 4RL7A 1DFCA 1F82A 1T9FA 2ES3A 3FJAA 1FV2A 1MS1A 2E4MC 1MS0A 3ZSLA 5DG1A 2UWAA 1WW4A 4XILA 4P6AA 1PZ8A 5BXTA 2A3XA 3NBDA 1HQWA 1Q04A 3MW2A 3QW8A 3FJIA 1LODA 2ZABA 3FJJA 2DRZA 3K3QB 3BODA 1KNMA 1JN2P 3CRIA 3INAA 3O5WB 1UMZA 3WV6A 4G6JA 5F90A 2CWMA 3S8KA 1MD6A 1QKQA 1FX5A 4XJUA 3A21A 3QW7A 4W65A 1Z7HA 3D6EA 4FQ4A 1GICA 3QW6A 2W08A 1TWEA 1F5FA 4XBLA 3WG3A 1BFBA 3CNAA 4XBNA 4I4YA 2CYFA 2JD4A 4LBJA 2WNEA 4YGDA 5DG2A 4FPHA 2D3RA 3ILFA 3VKMA 3I29B 3JUTA 2ZGRA 1JT4A 2CTVA 1AVUA 5T5OA 3QLQA 1W6MB 4FPOB 2ZR1B 1W6PB 1SR4A 4II0A 3FBYA 1HCDA 4DS0A 3QIXA 3RG0A 4HJJA 1H30A 4ATEA 2A75A 4I3NA 2OUJA 2NTDA 2R1BA 1JXNA 3H0OA 1JBCA 2ZHMA 4XZPA 3WMVA 3WO4A 3W59A 2GNMA 9ILBA 1QOOA 5GZGA 3BWIA 3O0XA 1V6UA 4FPLA 1RINA 1LHUA 2GMMA 3OY8A 3UDAA 1ZL6A 3CU1B 1ZL5A 3AP4A 4Y1XA 1JQZA 1AJKA 1AXYA 5L73A 2LTNA 1UZYA 4IZEA 3OJ2A 1G7YA 4IQPA 5EC5A 4CRQA 1DQGA 1W0OA 3BA7A 4USPA 2AUYA 4X3AA 1RZOB 3ZXLA 1LHWA 4MYEA 3D5OA 3POWA 1ILR1 1UPSA 1DGLA 5EXOA 4FOWA 1JOJA 3IMNA 2BEAA 3WA1A 1N3QA 4ASMB 1CPMA 1FYUA 4RA0A 1AVAC 4GP3A 1UX6A 3WDWA 1CE7B 3Q7XA 4DQAA 3O44A 3RSJA 5IT6A 3HR9A 1QNWA 3RS6A 1WUVA 4XIOA 1ULFA 2JECA 1LOCA 4OUJA 2ZHNA 1H9PA 4A7YA 1L2HA 2ISEA 2XG3A 4I4XA 2Y9WC 4Z8SB 3BAVA 5KXBA 3IAGC 4FVVA 1JUIA 2ZBJA 3NBNA 3ZXFA 2ZGTA 2C9AA 3IN9A 3ENRA 1EYLA 2K4AB 3IM7A 1XQNA 1FWUA 4AN7B 3ZSJA 4ATFA 1DFQA 1ENQA 3MALA 3OJMA 5DSSB 1GZ9A 5GLWA 2G7NA 2WSUA 4GWMA 3PVNA 2WRYA 1HKNA 1YBIA 2YY1A 3HMYA 3B9UA 3AYCA 1CONA 5T55A 2AAIB 2D6PA 1LGNA 2K43A 5CAZA 2D1ZA 5GZCA 1LOBA 1W3GA 3MW4A 1KDMA 4DFSA 4P0JA 3NV2A 1V6WA 4DENA 1EPWA 2Y9XE 2ARBA 4UW6A 1MS3A 2ZACA 1HKDA 4ITCA 2P3IA 1XZZA 1AZDA 3FJ9A 3VT0A 4U2AA 4DCKC 4QC4A 3AJZA 1DJSB 1DYPA 4OZXA 4OW4A 4KC3A 1I1EA 4FPCA 4LO0A 1RIRA 1GANA 4QD2B 4LO1A 4GOYA 2LIQA 4AYUA 3M1HA 1CJPA 6I1BA 3BOPA 3N7LA 3SNMA 1N1YA 1LHOA 2A6VA 5T5PA 3I2XA 3IM5A 3C88A 3CA0A 5EYXA 3LCPA 1FNZA 2A6XA 4EL4A 4K21A 4BLIA 2ET2A 3K1XA 4XDQA 2AH2A 4FPJA 4SLIA 3FUQA 4BLJA 4WZFA 1ULCA 5BQMA 2R49A 5GAQA 2NVHA 1G86A 4BOWA 2YMZA 1V6OA 3AFKA 5JOYA 4USOA 1MACA 1WLWA 4XMIA 4EKXB 3AX4A 1HCEA 3ZYPA 5JLVA 4WVVA 5DZFA 4P14A 5GM0A 4Y20B 3WCRA 3A22A 1CR7A 3D4KA 3OJVA 3ZXKA 3WDYA 1YO8A 1SLAA 1XYFA 4Z8BA 4I6IA 2H0BA 3FJDA 1YIFA 1DZCA 2EXIA 5IK7A 4JKQA 4Q27A 3D7WB 2DVFA 2WKKA 5GLVA 4ZFYB 2EXKA 3F1RA 5D63A 1HDKA 3O0WA 1O4ZA 2HZ9A 1WW5A 5T50A 1YRZA 3AK0A 4XOGA 3W9TA 4YZ5A 1C57A 3ZX7A 1GYKA 3DDAA 3GNEA 1N3PA 5DUUA 1PZ9A 4LO7C 4GAFA 4FPEA 5BXRA 3FJEA 2W52A 3S8JA 1V6KA 3AKFA 2QN4A 3AKHA 4XJWA 4ZOTA 3ILAA 1SCSA 1LOAA 1Q03A 5FZUA 3VT2A 3E8LC 3AZXA 3O4DA 4HEVA 2A6ZA 1K5UA 1G9FA 5GLZA 1N47A 2A3WA 2E53A 4J1LA 4YGEA 3VT1A 3ZC8A 1DQ0A 4LO3C 4Y22A 3CRHA 3SH4A 1WD4A 4GOVA 2RHPA 5DZUA 1FAYA 3BRDA 3IM0A 4K1YA 3TAYA 1LU1A 1ISYA 4M3CE 3H6QA 3WINC 3JRRA 1V6MA 5BP5C 3VKLA 4XTMA 4XXPA 5DUWA 4TYSA 1DLLA 3C9ZA 4XHXA 2ETFA 2ZMKA 4BPZA 5T5JA 1LEMA 1VAVA 2G4IA 4I8MA 4PF5A 1CVNA 2NP0A 3ZPYA 4TZDA 5GJ6A 4DRRA 1IHKA 3T8SA 4QBCA 3ZVXA 5FRAA 2W68A 4I37A 1IKQA 4I4OA 3CQAA 2M49A 2ZKNA 3PMEA 3SLIA 3LTQA 1E0OA 3SH3A 5D62A 5BQMB 4KEJA 3DEBA 3ZSMA 4LO2C 4LBQA 4CJMA 2FMDA 3V0AA 2D6LX 1IOAA 2A71A 4M3CA 4K20A 4IY8A 3OGGA 3POYA 4YM1A 3CRGA 1V6XA 4G1RA 3QIZA 1ENSA 2ZMLA 3BOKA 2ZGPA 5E89A 3BAHA 2ENRA 2DVBA 4P9WA 4DRVA 5BXSA 1IJTA 1LCLA 3A0KA 2AXMA 4L4IA 4I4PA 3NV4A 1A78A 2E51A 2ZMNA 4C1XA 1PZ7A 4OEEA 1YTOA 2AR6A 3O4AA 3PVOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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