1S0EA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 6.0
Total Genus 407
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
407
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 407
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0eA01
3WCSA 5T5JA 2ZZJA 1ONAA 4LBMA 2YY1A 3AJYA 5I1BA 3NV2A 4FOWA 4PCRA 1LHWA 3BRGC 3FJDA 2E4MC 4I4QA 1PZ8A 5DZEA 2JE9A 3OGGA 4JRAA 2P3JA 1BYHA 2E7TA 4K1ZA 3PJQA 5BVPI 2FHRA 1A78A 2ZKNA 3BIWE 1SR4C 1LECA 3AJZA 1N3QA 3D3XA 3RMYA 2D6LX 1QMJA 3N35A 3QW5A 3T8SA 4YGBA 3QCWA 4XOGA 2Y9FA 3H6RB 4XJ8A 4BOWA 4YW4A 2D44A 2R0FA 4DPNA 3IPVA 2DRZA 1V6MA 4ZLBB 3ZSKA 5F90A 3INAA 1UZZA 2EF6A 1YO8A 1LU2A 3R4UA 4Q27A 4BLJA 4DS0A 4YZ4A 5DG2A 4QALA 2Z42A 1K5VA 3CQAA 3QW7A 3OPZA 3FLTA 4YM1A 4XTMA 2D7RA 3BWIA 2GO2A 4IONA 1I1BA 1Z7HA 4R9BA 1DQ1A 3DSEA 3WCRA 3OBRA 2HW9A 3MW3A 1UX6A 4YG0A 4D69A 1W6OA 3P53A 3IKWA 4FP3A 2MLLB 1S0BA 2DVAA 2ZGLA 3A0KA 5EYYA 4FOQA 1AX2A 1A8DA 3GNEA 3BONA 1DZCA 1BFGA 2G7PA 3POYA 4KEJA 3SNMA 2NMOA 5CAZA 3VT0A 1MS8A 1W3FA 3WO3A 1GBGA 4I4XA 4I0YA 2F8XC 1GZ9A 3AJ5A 4TYSA 3WHTA 4XKIA 3UDAA 1MS9A 5DUUA 2A8AA 5E88A 3OJMA 1CPNA 4A7KA 1LCLA 4LBKA 21BIA 3AXEA 4QD2C 5JOZA 3BTAA 1Q04A 3VKFC 4LO0A 4ASMB 2EAKA 3UK9A 3NV4A 2A3XA 1ZN3A 3R05A 2D24A 2PHFA 2VSEA 3I4IA 1AVAC 1HWMB 1G82A 4Q1RA 3AFKA 2G4IA 1ULGA 4AGRA 5FZUA 1LGCA 4G9NA 1IRPA 1DIWA 3O0VA 3BB2A 4X37A 2OW4A 2ARXA 1QQLA 3B9CA 3O49A 5BXRA 2YXSA 3QIXA 3D5OA 2JE7A 4GALA 4ZJXA 1O4YA 2AXMA 1S0CA 3WMUA 1AJKA 2DU0A 3K1XA 5F5QA 2XOAA 5DUYA 1QQKA 2A97A 1LENA 3ZYPA 2E4MA 2E53A 1WW7A 1Z4SA 1KJRA 4KC3A 1IT0A 4D8HA 3QW6A 3TAYA 3QIYA 5GZGA 1AVBA 4PBOA 1KJLA 3VEQA 2NYYA 4Q8KA 5JOYA 4XBNA 1APNA 1GKBA 2PHXA 4I2SA 2FFUA 4AYUA 1ILR1 5E24E 1N1TA 3POSA 2CWSA 2ZGPA 4ZA3B 1G7YA 3SLIA 2KLLA 4XDQA 4QKSA 1N3OA 2FDBM 4XJ9A 3UL2A 2ZQNA 3FJKA 1MC9A 4I4VA 3ZXKA 2FGFA 3POKA 1G9BA 2ETFA 4OEEA 4I30A 1CVSA 4XMAA 2ZGNA 3WO2A 3ZUSA 1HIBA 4JPZA 4DFSA 1V6OA 1WBAA 2Q5TA 1FN0A 1V6VA 4LO1C 2UURA 1QKQA 4TZDA 4Y26A 2A70A 3N0KA 4LO3C 4IHZA 1FMZA 1N1YA 3PHZA 2P3KA 4X3AA 2DUPA 2IMCA 4CZSA 1S0GA 1ULFA 4Y22A 1N4KA 1UN1A 2R49A 3WG4A 4GKXA 3ZURA 3BAGA 1Q8QA 3IIRA 2C9AA 3NF3A 1ZB7A 3F1RA 4YZ2A 1CN1A 4YW2A 1ISYA 4DRVA 1SCRA 1ZKXA 3H6QA 3SISA 3CAHA 1W6QB 1Q8OA 3ZSLA 4JQ0A 4A7ZA 1LHVA 4LO8B 4OEFA 3RTJB 2A71A 2KI6B 2DYCA 3AH2A 3VT1A 3FJIA 4PQ9A 4Y24A 5T5OA 1BQPA 2CWMA 2WNEA 2YV8A 3AX4A 3CA1A 1J1TA 2ES3A 5EXOA 1LGBA 3KM5A 3S8KA 3MPPG 1V6JA 1IS6A 3C8BA 3WDTA 3PUBA 4J2XA 2M49A 3O5SA 1IKPA 1AF9A 1DYPA 3CA6A 3FLPA 41BIA 9ILBA 2BFHA 2EXKA 2NMNA 5DXDA 4XMIA 3CRHA 3AZXA 1K5UA 1UAIA 4IZEA 5LK5A 3P6JA 5CA6A 1ISZA 5GZFA 5GLVA 1QOTA 4YM3A 1WLCA 3AKGA 2HYKA 3O5WB 3FJBA 4P9XA 5HCAA 3PMEA 4CRQA 2HWMA 4EKXB 3CU1B 1CESA 4LO2A 1SLLA 2E6VA 2WT0A 2YROA 2GALA 3FGMA 2KM2A 2A5ZA 3AP4A 3VKOA 3C9ZA 2G7NA 5DZGA 3BAHA 1Z78A 1LTEA 3I8TA 1PZ7A 1T4QA 4R9AA 3LTQA 5F8WA 4FPOB 1ZL5A 2A6WA 2ZMNA 2ISEA 2DVDA 4KBBA 1GZCA 1V6XA 3ILNA 3UD7A 2DVBA 1NUNA 4XJUA 1W6QA 4DCKC 5H9QA 4KEIA 2UWBA 1ULDA 3MALA 5JOXA 2F2FC 2W39A 4UW5A 3V64A 1W0PA 3BA5A 5H9SA 4XFUA 3QJ0A 3WLUA 4QBCA 3S8JA 1HQWA 4LBJA 2FO1A 4YFWA 1ISXA 4Z9WB 2R9KB 4LO1A 3ZXGA 2GN3A 3WO4A 1W0OA 1DQ2A 1IS5A 1PUUB 4GA9A 3CRIA 1AX1A 4IY9A 2QYIB 3AK0A 4KEKA 3VSFA 3UJQA 3ZSJA 5T5PA 4BMEA 3FFZA 4Q26A 4Y1UA 1W3GA 3WHUA 4H04A 5T52A 5D62A 3WG2A 4KUFA 3B69A 2DWRA 4XIKA 5BQMB 4TLPA 3IM7A 2EXJA 3ASIA 2I2SA 2EXIA 1FYUA 2GNDA 3ILFA 1TFMB 3F62B 3A21A 2TEPA 1A3KA 2WQZC 2YUGA 3FJ8A 5B2HA 1SBDA 4NO4A 4G9MA 1YIFA 4AGVA 3N7LA 3DDAA 4YZ3A 3ZYRA 1YF8B 3FJEA 1SFYA 3GALA 3M3OA 5JMCA 3BX1C 2V5YA 4LBOA 1BZWA 1ABRB 4XE9A 5KXBA 1DGLA 3VV1A 1DQ5A 1AJOA 2ZGOA 2KKIA 1F5FA 5BXSA 1MS1A 2DVGA 1JT4A 4XZPA 3ATGA 4I4UA 4YW5A 1WLWA 3V0AA 1KRIA 3BOPA 4XJZA 1T3AA 2H0BA 1MS5A 2HWAA 1H9WA 2A75A 2D6PA 2DS0A 4M00A 2VW0A 1GANA 3O4BA 4QKRA 1I3HA 4AN6A 1LODA 5GZDA 1RY7A 4GAIA 3AXDA 2Z49A 3BADA 4M01A 4Y1YA 2XHLB 1R1ZA 1SBFA 1DQ4A 4II0A 4AVSA 3A22A 5BP5C 5SV8A 1TEIA 3JUUA 3OJ2A 1Q03A 2ERFA 1XZZA 3A23A 3AH1A 3WDXA 1HCEA 4LBQA 1YBIA 4ZFWB 1GZWB 3FUOA 1XG6A 2ZA9A 1V6KA 3PVEA 1NXD1 2A3WA 1O4ZA 2K8RA 4Q2FA 3RMXA 1SCSA 2A6YA 4C1XA 3C89A 2W68A 5JOWA 3N3HA 5BQMA 3BOOA 2WSVA 4LBLA 1DJSB 2RQ9A 4OEGA 2ZGMA 4AWDA 4FPCA 1V6NA 5E8AA 3KMVA 1Z0HA 2ZAAA 1BFBA 3RG0A 5BYNA 3IM6A 1MVQA 1V6UA 3UD9A 3BAVA 5FZYA 3AKFA 2A6VA 1DQOA 2NP0A 1KITA 3B9UA 1JQZA 1AFCA 3BA4A 4EFPA 3A0NA 4Y1ZA 5EWSA 1WD4A 1QF3A 3AYDA 2ZGRA 3AZWA 1BFFA 2JJ6A 2AUYA 1JXNA 5BQNA 2P2KA 3L2YA 2GMPA 3M3EA 5T5LA 2I1BA 2DV9A 5JDBA 1L2HA 1LHUA 1FAYA 4ZFUB 1DHKB 1F82A 1VCLA 1C57A 3AYAA 1S0IA 2XHLA 4EEEB 1GNHA 4YG3A 4WV8A 4AN7B 1G9AA 3AZYA 4GWMA 1JUIA 1ISVA 3UD8A 2D3PA 1BJQA 2ZABA 3P6IA 2NVHA 1GZWA 3JUTA 2DVFA 3ZXLA 1V6LA 4Y22B 3M1HA 4Q8LA 2CY6A 4GKYA 3B01A 5KXEA 5IK5A 3WUDA 1DYKA 5DUWA 4HA2A 5GM0A 4USOA 8I1BA 1URXA 2GMEA 2R1DA 2UUSA 1HKDA 3ZPYA 1S0EA 3O4CA 1JT3A 2QN0A 4YGEA 4NOTA 4ATEA 1MACA 5GLUA 1JLYA 3UJ0A 1V6IA 3M2MA 4JKXB 2PHWA 4HR6C 2WKKA 4UW6A 5GJ6A 4GWNA 31BIA 4OUJA 3WUCA 1E1HA 1IJTA 1CONA 4XHXA 3FLRA 1U0AA 1B09A 3CA4A 3VKMA 1LOGA 1W6NB 1LOCA 1SR4A 1IKQA 1IS3A 3W58A 4QD2B 2A3YA 4KS6A 4Y1XA 3WNXA 1TOOA 1HWOB 5JVVA 4I4PA 2KI4A 1RINA 1LOFC 4USPA 3WDWA 1DQGA 2J3PA 1CE7B 4YOLA 1IRAX 4ZBVB 1UKGA 3WINC 3H0OA 2R0HA 1LULA 1D2SA 3FIEA 5D61A 1HQLA 1HLCA 3QIZA 4FGFA 4XYXA 1WW6A 4FQ4A 5DUXA 2EIGA 1GLHA 3FJFA 1KDMA 1S0DA 2VUAA 3AP9A 4K21A 4J2KA 1EYLA 2CL2A 2RSTA 1PC8B 2FMDA 4C1WA 4F83A 5JLVA 5DZUA 3QW8A 3WVJA 4BLIA 4GXLA 4XXAA 3WV6A 5F8YA 1EPWA 2HZ9A 3NJ5A 4G6JA 1WBLA 5GAQA 5IK7A 1HCDA 2D23A 2W08A 4RA0A 3OGFA 4H9WA 3UJOA 4XTPA 3KQRA 1IOBA 1E0OA 2DUQA 1ZM1A 1LHOA 3USUB 3HSMA 3FJAA 1ZL6A 5HCBA 2ISGA 3ZXFA 2E7QA 3N7MA 3O3QA 3EF2A 4RL7A 1ZA4A 1MS4A 4WVVA 2IWTB 1AXMA 1RITA 2A6ZA 1MZ6A 1W6NA 1W6MB 3ZXDA 1OQ1A 2SBAA 1CPMA 2PHRA 3I2AA 4FPLA 5HPZA 2CNAA 5HCFA 3ZVXA 1V00A 3DGTA 3WOGA 4X39A 1DZDA 2DRYA 1XHBA 4ELCA 3FJCA 5DUVA 2LALA 4ZKTB 2CTVA 4YW1A 4HANA 3SH4A 2D6NA 2PELA 2AENA 2VXTI 3O44A 3DDBA 4J1LA 1SBEA 2WRYA 3T2TA 3N36A 4G1RA 5KXCA 1R8OA 3VWCA 1F31A 1BLDA 3VKLA 1LHNA 1DFCA 3WZ1A 4WZFA 4YG6A 5GZCA 2NN8A 1LU1A 2ZHKA 3DS9A 1MS3A 4J2SA 3LCPA 2BQPA 5DSSB 4ISRA 5IT6A 4I4RA 4DEPA 2ZBJA 4IQPA 2SLIA 4Q1PA 1BLAA 1FMMS 5E89A 3W59A 1UL9A 2OUHA 3BODA 4BPZA 3V0AB 1GICA 1JT5A 4J23B 3OY8B 1QU0A 1GV9A 5CBLA 3CRGA 4XJWA 1R8NA 3M3CA 5FRAA 5GLWA 2CYFA 2NZ9A 2W2DA 2UWAA 3C2UA 3USUA 4I37A 1ENQA 4ZFYB 2YZ4A 4ZXKA 1KDKA 1OKQA 4FVVA 4YW3A 4GP0A 5D63A 2VLCA 4EFRA 3ZUQA 4XBQA 5H9PA 4LO7C 4LO3A 4D0ZA 1W6MA 1T3CA 4Q9PA 3RSJA 3T1MA 3I2XA 2ZGQA 4LBQB 5BXTA 2R16A 2ZACA 2D20A 1OFSA 2D6MA 2L5XA 1HKNA 4OWLA 3O4AA 3IM5A 2G7KA 5EYXA 4FPYA 4YGCA 4CTEA 4LBNA 3TC2A 1M2TB 1HWNB 1W3AA 3IN9A 3PG0A 1H30A 3CNAA 1UPSA 2ARBA 4XJAA 1YTOA 2AQZA 2FFVA 3BA7A 2ZHMA 3UJ4A 1BA7A 1QXMA 4Q91A 1DBNA 1RZOB 2ZMKA 3D6EA 1GYKA 2P39A 1C4RA 3BOKA 2ZHNA 4YGDA 1JYCA 4FQZA 1VIWB 3LSEA 4YZ1A 4ZGRB 3ILRA 1TIEA 3WG3A 3RRDA 4JKQA 3RQ0A 4I1BA 5FNXA 1N3PA 3JU9A 1ULEA 4FOYA 5IK8A 1Q8VA 4GP3A 5DVHA 2ZQOA 3AP5A 2ZHLA 1VALA 3AYEA 4KTXA 2ET2A 1FV3A 3FBYA 2GNTA 2C5DA 4P0LA 3A4UA 5FZZA 3OY8A 3WDUA 3IAGC 4ITCA 1TWMA 1JOJA 1Q8SA 2GZBA 1J0SA 3BAOA 3ILAA 4F34A 2YMZA 3PVNA 4LO0C 1TP0A 1WBCA 2NTDA 3NBDA 3FIIA 1AZDA 1CJPA 2JD4A 4UW3A 4K1YA 3NV3A 2R1BA 3N7JA 2ZGKA 3VSZA 5FREA 1JLXA 2ILPA 3Q7XA 4ZOTA 2NM1A 4QBVA 2K43A 3QR5A 4FPHA 2ZR1B 3APBA 3QYDA 1DLLA 1WCSA 2P3IA 2ZMLA 4AVVA 4Z8BA 2MIBA 5BQUC 1AVXB 3HN1A 3DUIA 2D3SA 3NBEA 3R4SA 4I4OA 2AFGA 2DTWA 3FJJA 3SH5A 1Q1UA 4ATFA 2ENRA 4YFZA 4QC4A 3ZC9A 4G6MA 3FUQA 2ESUA 1DZQA 1ONKB 4I8MA 1XTFA 1RG8A 3OJVA 2WBCA 3OYWA 4AVTA 3HR9A 2F2FA 2VH9A 5KXDA 4R6UB 2VW2A 1IOAA 1II4A 2EALA 1IS4A 4WBCA 2IMAA 4HL0A 1VLNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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