1S0FA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 7.0
Total Genus 390
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
390
sequence length
1290
structure length
1276
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 390
structure length 1276
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0fA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0fA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0fA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0fA01
1BXHA 4GAFA 1BA7A 4AGVA 3QJ0A 4BOWA 1RG8A 3C9ZA 3RTIB 1QQKA 3OY8B 3P6JA 4J2KA 3BAGA 4D0TA 3WDYA 3FIEA 1KJLA 5BYNA 3ILRA 3FJKA 3T2TA 1S0JA 1HLCA 5BQMB 1W3GA 2WJSA 4FPKA 4GKXA 3AZYA 3GNEA 1VLNA 1IJTA 5FRAA 4Q8LA 1GNHA 3HBWA 5IK7A 1QMJA 4EEEB 4USOA 1GLHA 1V6IA 1K5VA 3ATGA 1R8OA 3AX4A 2EXKA 1LOFC 1T3CA 1APNA 2R1BA 1WW5A 1DHKB 1CVNA 4NO4A 4EJ5A 3OPZA 4XJUA 3BAVA 2OUJA 5F9TA 4YZ5A 1V00A 2EXJA 4YM0A 2ZGLA 3UD8A 1Z7HA 1A3KA 2VH9A 1SBFA 4I4UA 2ZMKA 3FUOA 3AP4A 4I4XA 1G86A 1S0DA 1E0OA 2W52A 2D6KA 5BXPA 1YTOA 4Q26A 2A6XA 3FFZA 3NBDA 3ZSMA 1AXMA 3KQRA 4ELCA 2ESUA 2D44A 3AJYA 1DZQA 2MIBA 3DSEA 3POWA 4A7ZA 2C9AA 1EVTA 4YW2A 5F8YA 1OQLB 1MVEA 3O0VA 5DZFA 3BAHA 1V6UA 1II4A 5IK8A 2PHFA 1UPSA 3AKGA 1Q04A 1URXA 4XMIA 1GZWA 3FIIA 3B3QE 3RSJA 2JDZA 3K3QB 4YW4A 3BRFA 3IPVB 3AYCA 3UJOA 4I4QA 2ERMA 3AZZA 4TZDA 3ZVXA 2A6YA 1TEIA 1V6LA 1OQ1A 5E24E 5GZEA 1I1BA 1HCDA 1QNYA 1DFQA 5E89A 1MS8A 4I4PA 2ZGQA 4Y24A 4I4RA 3WO4A 5T5PA 1S0CA 3MALA 2Z48A 4JPZA 4YG0A 3WG2A 2DUPA 3VKLA 1N3PA 3IM0A 5T52A 3LLPA 3BAUA 3BOOA 2ES3A 5GAQA 3D3XA 2X2TA 4PF5A 2H0BA 2K8RA 1MZ5A 1MS0A 1A8DA 3BIWE 1AZDA 2LALA 2CL2A 4K1ZA 1DQ0A 3AYEA 5EHAA 4I96A 2UWAA 2G7KA 4JCKA 1LOAA 4QD2B 4LO0A 2WQZC 4K20A 4M3CA 1LHWA 1JXNA 3IM5A 1UN1A 4LBQB 4IQPA 2FMDA 5DUWA 2AAIB 1ULDA 5GLWA 3BWIA 3SNVA 3C8AA 3PHZA 2ISGA 3WHTA 5FZYA 3TC2A 4JAWA 5GALA 3WNXA 2C5DA 1DQ4A 3EF2A 2P2KA 3FJCA 1XZZA 5BXSA 4PBPA 2MC2A 4PQ9A 2GDFA 3MW2A 1N1TA 3HMYA 1V6OA 4YOLA 3W59A 3K1XA 3POKA 2D1ZA 1WUVA 3VV1A 4I6IA 1MS9A 1W6OB 2BEBA 3OYWB 1FGAA 3ASIA 1MS4A 2ZA9A 1PC8B 5JOWA 3IM6A 5I1BA 3MW3A 3OJBA 3M3EA 3FBYA 1LECA 4I4YA 3ZC9A 4LO3A 1FAYA 5DZUA 4YGBA 1H9PA 3BA7A 2FFVA 2D7RA 1PUMB 1O4YA 1CE7B 2ZHKA 3WDTA 3OJMA 1D0HA 2V5YA 4QKRA 3ZX7A 2AREA 1N3OA 4I3NA 5GZFA 2ZGRA 3PVOA 2NMOA 1MVQA 1N1YA 3O0WA 3KMVA 4XXAA 3CA0A 1UZYA 4P9YA 4HEVA 2DUOA 4YW3A 3CU1B 3QCWA 3CRGA 2ZQNA 3NV3A 1LGBA 4JC1A 3O0XA 3FLRA 1YI7A 3BONA 1Q1UA 3ZSKA 3RMYA 1LODA 1PZ8A 2AENA 4IYBA 5FZZA 3O3QA 2W39A 4G9MA 1V6NA 1FYUA 2A70A 4ZA3B 1QOTA 5EXOA 2A6WA 2R49A 2A97A 1AJOA 4I4VA 2ZAAA 5BP5C 3WUDA 2TEPA 5IK4A 3INAA 4A7YA 4D0ZA 1R1ZA 2LIEA 4QC4A 3N0KA 5FNXA 1YYNA 4YZ4A 2WBCA 2NM1A 2K43A 3A21A 3IN9A 4FPHA 31BIA 1HKNA 4KEKA 1IKPA 3A0KA 4AVSA 1LOFA 1JUIA 1DQ1A 2ZGTA 4UW5A 1U0AA 3F1RA 1IT0A 1S0BA 4FP3A 3O4OA 1RITA 1LOGA 1ISYA 4JRAA 1IHKA 2AUYA 2ZGMA 4AYUA 3QW7A 2YXSA 2GZBA 2ARXA 3VSZA 3DGTA 2NVHA 4J2XA 3M2MA 1PUUB 3ZYPA 1HDKA 4J2YA 1BZWA 4L4HA 4AGRA 3VKFC 3V0AA 4HL0A 2IHOA 1N4KA 3BA4A 1CPNA 1JTCA 4YZ2A 3CA3A 5CAZA 3AZXA 1W6QA 2XHLA 5JDBA 3ZC8A 2VSEA 4I0YA 2EXHA 5BQUA 3WMVA 1XTGA 3POYA 4ITCA 5CBLA 3SNMA 2YROA 4YFWA 2GNMA 1FMZA 2HW9A 3M3QA 1LTEA 1Z0HA 5BOWA 2D24A 2GNDA 5T5JA 2A71A 2ZGUA 5DG2A 4YFZA 4L8QA 3LSEA 3BRGC 4FOYA 4UW6A 2VXRA 1QGLA 4LBLA 1W0OA 2FFUA 1HWPB 3WO2A 1W6PB 5T54A 1ULCA 5DVHA 2ZGNA 1QDOA 2PHTA 4FOQA 3ZXEA 3HOMA 2D23A 2OW4A 1WW7A 4HJJA 4YGDA 3SH4A 4U36A 2P37A 1HCEA 4BLIA 4Q27A 1N1SA 4H55A 2WRYA 2DURA 4HANA 3FLPA 1O4ZA 2P3KA 5FREA 4C1WA 1LGNA 2QN4A 3C2UA 4XZPA 1MACA 3POSA 3Q7XA 1M16A 4GOYA 2ZGKA 4SLIA 2GMMA 5G00A 1W6MA 1JT5A 2ZBJA 3HSMA 3H0OA 4CRQA 4Y1XA 1EPWA 2ZKNA 2CNAA 1GZWB 3WG1A 1DJSB 2GMPA 4EL4A 2AFGA 8I1BA 2JE7A 5EG6C 2ZR1B 3N7LA 1WLCA 4LO7C 1F82A 4XMAA 2D20A 1ZA4A 2RQ9A 1SCSA 5IK5A 1Z4SA 4XIKA 3FJJA 1BKZA 4WBCA 3E8LC 4ZFYB 3BOKA 4M00A 3VKMA 4DEPA 3CNAA 3RMXA 4AVTA 1DZDA 2DVGA 1DQOA 3B01A 1EYLA 2G7NA 2SLIA 1CR7A 3QLQA 4XDQA 3JRRA 3WUCA 1J0SA 3UJQA 4QBVA 1GGPB 2W68A 1N3QA 2JJ6A 1V6VA 1N47A 5GLUA 1BARA 1W6PA 3N36A 1IRAX 1FWVA 1F31A 3PVNA 1KQRA 5DSSB 1SLIA 1Q8VA 2GN3A 5L73A 4GP3A 4XJ9A 1ENQA 2D6LX 3QIXA 4AVVA 3O5WB 5FNWA 1UX6A 1T3AA 4KEJA 1NXD1 2P3JA 3ZXDA 3DUIA 4R9AA 2JKBA 3H6SE 3DDAA 3OBRA 3RTJB 4M3CB 1S0GA 1HWMB 2D7FA 1Z78A 4XJAA 1JOJA 1LU2A 4GKYA 5DG1A 1GZCA 4DCKC 5BQUC 2PELA 3CA5A 3H6RB 2IMAA 3O4CA 3AK0A 2IMBA 2LTNA 1N1VA 1LGCA 3B69A 4I2SA 5EC5A 2D3PA 1G9FA 3NWKA 2PHRA 2E51A 2Y9XE 1IILA 1LULA 4Q8KA 1V6MA 2DYCA 3D6EA 3N7JA 2A7AA 4RL7A 5HCFA 5KXDA 3W9TA 1AXYA 5BP5A 3A0NA 3WLUA 5AVAA 3AKIA 4X37A 1H9WA 1SLLA 4DRRA 1ISXA 2KI6B 4WVWA 1SBDA 1GBGA 4Q1RA 1FV2A 1PZ7A 4OW4A 4NOTA 3B9CA 2LIQA 5GJ6A 1F5FA 3JUTA 2E7TA 3TAYA 4Z9WB 4XYXA 2IWTB 3WCRA 3UJ4A 1WLWA 3ZYRA 2NMNA 4LBMA 5T55A 4TLPA 4ZXKA 2P3IA 2ZHNA 1IOAA 3KM5A 1SBEA 4FOVA 3I2XA 2NN8A 4Y20A 4M3CE 2FHRA 3QW5A 3R4UA 4I37A 1Q56A 3WMUA 4C1XA 1QXMA 1C57A 1C1LA 1SR4C 4KS6A 1W0PA 3I2AA 1QF3A 5DZEA 3ZXLA 2OVUA 4YM2A 1CONA 2ZACA 3DS9A 4XHXA 1QDCA 3VSFA 2SBAA 2AXMA 3ENRA 1SCRA 3NJ5A 3OJ2A 1DIWA 3HN1A 4XBQA 1JY0A 2XB6C 4XOGA 1P63A 4IY8A 1TWMA 3H6RA 4KTXA 1GKBA 4FPYA 1TWEA 4J23B 1QNWA 2M49A 3BB2A 1SLAA 3AP5A 4G9NA 4CZSA 1HWOB 2EF6A 4GXLA 1YVGA 3I4IA 3FJDA 1LU1A 1JN2P 4X39A 1JHNA 4LBOA 2Q9XA 4ZFWB 1ENRA 4FPFA 3U4XA 5D62A 1V6JA 4D8HA 3USUB 4I1BA 4QO3A 4IZEA 1D2SA 1DQGA 2E53A 2Y9FA 3GALA 1RMLA 2A3YA 1L2HA 5JOZA 2WT2A 3MEPA 1I3HA 4ZLBB 3OGGA 3L2YA 1VALA 1BYHA 3M3CA 7I1BA 1F9KA 1CPMA 3MPPG 2D7IA 1V6WA 1ZKXA 2UU8A 4P14A 2XOAA 2MLLB 1HQWA 4FOWA 1Z2VA 2L5XA 3WA1A 2F8XC 3V0AB 3QIZA 3R4SA 3I29B 3JUUA 4IHZA 1W6QB 2XHLB 1GICA 2D6OX 3IMNA 2XG3A 4LO2C 2Z49A 3LSDA 3ILAA 2F2FC 5H9RA 2DRZA 5DXDA 4YW1A 1S0FA 4YGEA 5KXCA 1OKQA 2WT0A 1CJPA 4XBNA 4FQ4A 1DYKA 1AXKA 2A5ZA 3AP6A 1ZL6A 1KDMA 4IONA 1G82A 1DQ2A 1UAIA 4Q1PA 5E8AA 3T1LA 1BJQA 3PVEA 2KKIA 1PZZA 5BQNA 4PCRA 1KRIA 3P53A 2PHUA 1JT7A 2YMZA 3I8TA 3UL2A 3QR5A 4CJMA 3VUOA 1MR5A 3ZXJA 2UUSA 1MS3A 3V64A 3CA1A 4YW5A 1CESA 2GN7A 2HZ9A 2DTYA 2YZ4A 1V6XA 1SZ6B 2EALA 4Y1VA 1TTUA 1AF9A 3WOGA 1Q8SA 3USUA 4XKIA 1EV2A 1ULFA 4P9WA 3V0BB 2GNBA 2ISEA 2A8AA 2QN0A 3OJVA 2CWSA 5KXBA 3Q7WA 1ISWA 2WSUA 3CQAA 1DFCA 1BLDA 1W6MB 2Q5TA 3NV4A 4FPJA 4QKSA 1A78A 4ZJXA 1LHOA 2HWAA 1WBLA 4BLJA 1W6NA 1KITA 4BQ1A 1S0EA 1WD4A 4USPA 1CVSA 1AVBA 1DQ6A 5JLVA 1PWAA 3RRDA 3UJ0A 5CB7A 4LBQD 4XXPA 5HCBA 3ZXGA 1JLXA 2BFHA 5FZUA 2GO2A 1TP0A 1JBCA 4Y22A 3CA6A 2A3XA 3NV2A 1E1HA 3VEQA 1G8WA 1GSLA 4XFTA 4Y1ZA 4TYSA 3PMEA 1S0LA 2GALA 5GLTA 1UL9A 3VT2A 1YF8B 4LO1C 4DENA 2ZMLA 3BTAA 5JMCA 2AR6A 4YZ1A 1ZM1A 1DGLA 4XTMA 1J1TA 5H9QA 3V79C 1ZKWA 4UW4A 4ZFUB 4WV8A 2G4IA 4XJZA 1BASA 1CIWA 3WINC 1LHNA 4G6MA 1K5UA 3N3HA 6I1BA 4YGCA 2DTWA 4F83A 1XYFA 1UMZA 3AJ5A 2YV8A 1ONKB 1X50A 4L4IA 4HR6C 2G7QA 1RZOB 3T1MA 1NZKA 2D3SA 2CYFA 3A4UA 1IRPA 2W2DB 1YBIA 9ILBA 2ZGPA 1AFCA 1HQLA 4R6UB 5GZCA 1JYCA 1IOBA 2E4MC 4EFPA 3FLTA 3FJ9A 4ZOTA 4WVVA 5GZGA 3BAOA 3FJHA 4Z8SB 3VT1A 1AX1A 3V0BA 3D5OA 3C89A 3PG0A 2ZQOA 4Y26A 2Y9WC 3N7KA 4OUJA 2D43A 3BAQA 3QIYA 2D6PA 5H9PA 1AVXB 4BMEA 1JT4A 1Y7BA 4XE9A 1GZ9A 1SR4A 3A07A 4RA0A 1BFBA 4ZKTB 3WDVA 2D22A 1WBAA 4Q9GA 1HWNB 3PJQA 1LJ7A 4I4OA 3O44A 1FMMS 4QD2C 2FDBM 4H04A 3AJZA 4ZGRB 4LBKA 1BQPA 4W65A 2UURA 4AN6A 1ISVA 5CNAA 3UD7A 3RS6A 4PC4A 1VAMA 4G6JA 5HPZA 2WLQA 3AH1A 3HR9A 3RQ0A 1H30A 4XFUA 3F62B 1S0IA 1IS6A 1MS1A 2KH2A 4P6AA 3UD9A 2AYHA 1ABRB 3P6IA 1ZB7A 2A75A 2PHXA 1CN1A 3WDUA 1BFFA 2NZ9A 3NBNA 1FV3A 1AJKA 4GA9A 1ENSA 3ZXKA 1XG6A 4R9DA 4XJ8A 3BOPA 3WHUA 5JVVA 2G7PA 3BODA 3LCPA 4YG3A 1IS4A 4Y20B 3FJIA 1LHUA 3SITA 2ET2A 1OFSA 1ZL5A 2D6NA 5GLVA 2UWCA 3UK9A 5GLZA 4AWDA 1IKQA 2W2DA 2DU0A 5EYXA 4Y1UA 4GP0A 1QQLA 3OGFA 5LK5A 3NBEA 1W3AA 2ISHA 5CA6A 4Q91A 4I30A 1JT3A 1DZCA 2CTVA 4IY9A 4YLZA 1R8NA 3AKFA 2X2SA 5T50A 3CRHA 4GAIA 4Z8BA 3D7WB 4BPZA 4D69A 4LO2A 1RINA 1BFGA 2F2FA 5EWSA 1AVWB 2NYYA 2Z42A 5BVPI 1XQNA 4FGFA 5DUVA 1AX0A 4OEGA 2KM2A 1RIRA 3WZ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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