1S0FA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 7.0
Total Genus 390
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
390
sequence length
1290
structure length
1276
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 390
structure length 1276
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0fA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0fA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0fA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0fA01
3NV1A 3BRDA 2ISGA 2RSTA 2PELA 1ULDA 4FOYA 4Q91A 3A21A 4LO2C 4J2SA 1DFCA 1W0PA 1C1FA 1WBCA 3P6IA 3M3OA 4BM8A 2BEAA 3QJ0A 3IIRA 3I2AA 4WV8A 1V6XA 4UW6A 2ZHKA 2P3JA 2ZHNA 1SR4C 1ZN3A 2YROA 1MS4A 3AH1A 1N1SA 4SLIA 3AP9A 2HW9A 1QQLA 1BFCA 4IZXA 3CA0A 4YG3A 3O0WA 3B9CA 3B69A 3CQAA 5BP5A 5DZUA 3WHTA 4Y22A 3ZC9A 1WD4A 3FIIA 2R1BA 5D62A 4M3CA 3CA6A 5FZZA 4ZJXA 2A97A 4XJ9A 4PC4A 1JQZA 2EXKA 3B00A 5DZFA 4DRVA 4I6IA 4DCKC 4YGEA 4LBQB 3GALA 1PWAA 1GYKA 1R1ZA 2AH2A 3U4XA 3FJDA 1W6MB 1YI7A 2LALA 1Q04A 4JAWA 3R4UA 1IHKA 4ZGRB 3IKWA 2WNEA 1HCDA 1LHNA 4AVSA 4X37A 2RQ9A 4ISQA 3H6QA 4Y26A 2DU1A 2G7NA 4YFZA 3QW5A 4I3NA 5DVHA 3OGFA 4H9WA 3ENRA 1W3FA 2NZ9A 2A70A 1GANA 4UW5A 3FLTA 1BQPA 2VW0A 1T3CA 5BXPA 3I2XA 1HWMB 1LEDA 5GLUA 3M3CA 2ZGOA 3BRFA 1DQ6A 3OGGA 2VXRA 4P6AA 1LODA 1ZB7A 3K1XA 3N7LA 3B01A 4IONA 3WDYA 5GLTA 4QBVA 4JCKA 4M3CE 3NV2A 1MZ5A 5GALA 2Y9FA 1KDKA 1GNHA 2A6ZA 3FUOA 5JLVA 3H6SE 4YGCA 4AYUA 3VKNA 1QF3A 4QALA 2D22A 4JC1A 4ATEA 2DVGA 4I8MA 1RIRA 4OEEA 3ZXGA 4Y20A 3NBNA 3OYWB 1LOBA 5BQMA 4R9BA 5IK5A 1MS8A 1QMJA 3H6RA 3D4KA 2GN7A 3Q7XA 1YBIA 4OZXA 3NJ5A 4YLZA 5EXOA 1OFSA 4Y1YA 4OWLA 1I1EA 2DRYA 3BODA 4TYSA 4LO7C 5F9TA 1C1LA 4XBQA 3AZXA 4YGDA 5DSSB 3D7WB 4YZ3A 3BAOA 3WMVA 2ZGUA 4XJZA 1O4YA 1JLXA 4JKXB 3VSZA 5H9PA 4LBKA 2CWSA 1IOAA 4EEEB 1IKQA 2W08A 2D7FA 1S0DA 1LECA 1AF9A 3BA5A 1MZ6A 2WKKA 2ZA9A 4TZDA 3WG3A 1M16A 1FAYA 3D6EA 3V79C 2WT1A 1V6WA 2R1DA 3BIWE 3T8SA 1QGLA 4XILA 3UD9A 1MD6A 4I4RA 4EL4A 3WDVA 4KBBA 1VALA 3FFZA 2E4MA 5BP5C 3O5WB 2ZGRA 2I2SA 1DZCA 1Q8OA 2VW1A 2JE7A 1AFCA 1LEMA 1LULA 1HIBA 7I1BA 2RHPA 4IQPA 4PCRA 1WBAA 3BAUA 3T1MA 1W3AA 4YM3A 5T50A 2NM1A 4QBCA 3WO3A 1LESA 5JOZA 4X39A 2A71A 5KXBA 3RG0A 1OQLB 3NV3A 1ISXA 1V6JA 5FNWA 4I1BA 1ZL6A 2D1ZA 4D0ZA 2ZGSA 3C8BA 1O4ZA 3BOOA 4EFRA 2GN3A 3ZXFA 1ISVA 1M2TB 2A6WA 1DLLA 4LBQA 1SBEA 5E88A 2GNBA 1W6MA 2JE9A 3OY8B 1IILA 5H9QA 3WOGA 3ZXKA 4XTMA 1V6UA 1YVGA 5BXTA 1CPNA 3FJ9A 3IM5A 4XJ8A 3AYDA 4XBLA 2ISEA 1L2HA 5GLVA 1LCLA 3ZXLA 5EG6C 2Y9GA 3L2YA 3I29B 4GOYA 2ISHA 4ZOTA 1LGNA 4BLIA 2D3SA 4U36A 4I4XA 1SLIA 5BQNA 4BPZA 2FO1A 2DTWA 31BIA 1GSLA 4DS0A 2Z42A 4UW3A 3QW6A 3FJCA 1DZQA 3AP4A 4GP0A 1CN1A 3QCWA 4P0KA 1SLAA 5HCAA 1S0FA 2D6KA 4LO1A 4L4HA 3P6JA 3OPZA 3CA5A 2G7PA 1PZZA 3UDAA 2DRZA 5DXDA 1YRZA 4YM2A 1LJ7A 3JU9A 1I1BA 2ILPA 4XFTA 4RA0A 3M3QA 3FBYA 3SLIA 2DVDA 1N4KA 4Q8LA 5F90A 4Q26A 4QKRA 2WT2A 1LOFA 3V0BB 3OYWA 3W9TA 4YG6A 4ZA3B 1V00A 4XFSA 1CJPA 1CIWA 3FIEA 3AJZA 1JBCA 2WRYA 1SLBA 1LOEA 3OBTA 1HWPB 2EXJA 2AXMA 3D3XA 2FHRA 2E7TA 1II4A 2WLQA 1SLCA 1YIFA 4QD2C 1FWUA 3CAHA 3N36A 3ZC8A 5DUYA 4GALA 1C4RA 4I2SA 4LBNA 4R9CA 5GJ6A 3CA4A 4C1XA 2AQZA 3FJJA 1V6LA 4A7KA 2NYYA 3WO2A 5CBLA 2ZQNA 3O4CA 2ES3A 3RTIB 1K5VA 3HN1A 4YM0A 4GOVA 1XTFA 3N35A 3A23A 2ZAAA 1TP0A 1C57A 4DFSA 2LTNA 3KMVA 5EYXA 4GAIA 1NUNA 1OQ1A 1JT3A 1F9KA 3WUDA 3DS9A 3BAHA 3QW7A 2Y9XE 4FPLA 2E51A 1IS5A 4PQ9A 4M3CF 4FQ4A 1RINA 1G86A 4EB2B 5CNAA 4OWKA 3AP7A 1KITA 3RMYA 3OJVA 3AP5A 3ZUQA 5GAQA 1PZ8A 4IY8A 4CZSA 4LO3C 2WQZC 4BLJA 1Q1UA 1S0JA 1S0BA 4YG0A 3ILNA 3MEPA 4XE9A 4IZEA 5GLWA 2R0HA 5BQUC 2UU8A 2EXHA 3QYDA 5GZGA 4J2YA 3POKA 5JVVA 2OUJA 2DUQA 4FPKA 4OEGA 5LK5A 3VWCA 2VU9A 3OY8A 2NVHA 1CQ9A 4I4YA 4YZ4A 1LGCA 4PBPA 4XXAA 4Y1ZA 4I4PA 2ETFA 3PVOA 4PBOA 1A8DA 3LCPA 4WVVA 5EC5A 4EFQA 4FOWA 4MYEA 3SH5A 2A3WA 1GKBA 1CESA 2IHOA 3V0AB 1PZ9A 1AXKA 5DUXA 1H9WA 1HKDA 4DPNA 2W39A 1ILR1 1DQ2A 3UL2A 1QKQA 1G82A 1DFQA 2VW2A 3QLQA 4AGRA 2UWCA 2A3XA 2DVBA 1AJOA 4FQZA 2PHFA 4L8QA 2RG9B 4XFUA 3ZVXA 5B2HA 3M1HA 2ZMLA 1LOFC 3LSDA 1JXNA 1W3GA 2VY0A 1DGLA 3CRGA 2IMBA 1IKPA 1ULFA 4BMBA 1XG6A 1CONA 1Y7BA 2Z48A 3FJHA 1AXMA 1DQ1A 3AP6A 3LTQA 1UAIA 4AGVA 3V0BA 4X38A 2WT0A 1GZWB 3AZZA 3ZUSA 4HA2A 4A7YA 1Z7HA 2ZKNA 2A75A 4C1WA 3VT1A 1GGPB 3SH3A 2FFUA 4G6MA 1JLYA 1ISYA 4J2XA 5JDBA 2V5YA 2D6PA 5BXRA 5GLZA 2Z49A 1JYCA 5DG2A 1G9CA 4XIOA 1UN1A 1W6QB 4AN7B 4I0YA 2DV9A 3WVJA 2A6YA 4ZBVB 2D6OX 5SV8A 1WUVA 5F5QA 4XMIA 4FPGA 1FNYA 1ZL5A 1HWOB 1LOGA 1QDCA 1GV9A 2D43A 5IK4A 3BAGA 4H55A 1DQOA 2ERMA 1AZDA 1ZA4A 3FJEA 1Q03A 4LBOA 3UJQA 2VLCA 1SBDA 2GMPA 1HWNB 3MALA 2P37A 1JHNA 2MLLB 1TOOA 3O4BA 1S0IA 2PHTA 1SBFA 1GNZA 5GZFA 3POWA 3VT0A 1YTOA 3WINA 3W59A 4JP0A 1BJQA 3SISA 3O3QA 2AFGA 1G9DA 1ZM1A 4GWNA 3O4AA 4YGBA 4NOTA 5IK8A 1TWEA 4A7ZA 4F34A 1V6KA 3GNEA 21BIA 3FJBA 3HOMA 4P9XA 1SACA 2UWAA 1MACA 3AYAA 1IS4A 4XHBA 2CNAA 4HEVA 2SBAA 5GZCA 3ZX7A 1MS5A 2HWMA 3IN9A 3H0OA 2D44A 2CWMA 1E0OA 3UD7A 1AXYA 3K3QB 3BADA 2X2SA 2FGFA 1DIWA 1DQ0A 4Y1VA 3VUOA 3WDXA 2ZHLA 1WBLA 2EF6A 2PHUA 2SLIA 1YYNA 2ZMKA 1N47A 4LO0A 4P0JA 3ZYPA 1IRPA 4I1EA 2GMEA 5T52A 4I96A 2FDBM 4GKYA 4USPA 5EHAA 4GWMA 3S8KA 1GLHA 2AGSA 2ZBJA 4FP2A 4F83A 5KXEA 3AKIA 3AFKA 1GICA 1FNZA 1KNMA 3PG0A 3F62B 4GP3A 1MR5A 3OJBA 1DJSB 1AVWB 3V0AA 1MS1A 1SCRA 3JUUA 2D7RA 1KDMA 4XKIA 3VKLA 4FVVA 4GKXA 1JT5A 2K4AB 4AWDA 1WW7A 1WD3A 4HL0A 2ZGTA 1NZKA 3VKOA 3WG2A 3VKFC 4G9MA 4KEKA 5F8WA 2A5ZA 3ZXEA 5E89A 3UJOA 1BA7A 2KI4A 1MVQA 5FNXA 1PUUB 1FYUA 1GZ9A 4XJWA 2JJ6A 5AVAA 2BFHA 3RSJA 1BASA 2P23A 1LU2A 1BKZA 2HWAA 2Q5TA 3T1LA 4XHXA 5GM0A 2YMZA 4JKQA 3DSEA 3R05A 1QU0A 3TC2A 5JOYA 3VT2A 3AK0A 4ZFYB 3FJFA 4FPYA 1LHUA 2P2KA 1PC8B 2AENA 2Q3NB 4LO7B 1GZWA 2M49A 2QYIB 3ASIA 4WVWA 3SITA 1BFGA 2H0BA 1AX0A 1H9PA 1HKNA 1UZZA 1V6NA 1Z78A 1DQ4A 3DGTA 5HPZA 4P9YA 5I1BA 2G7KA 2YZ4A 1K5UA 1IOBA 5CA6A 4Q1RA 3VEQA 3C88A 1ITBA 4JQ0A 3DEBA 1TEIA 3HALA 4KEIA 2P3IA 1UMZA 1LHVA 2GNMA 2BQPA 3B9UA 1G8WA 2ZZJA 3E8LC 3USUB 2W2DB 2HYKA 4ZFUB 4II0A 4K21A 5DG1A 3ATGA 1V6OA 1EYLA 5CB7A 1G7YA 4LO2A 2NMNA 3WDWA 3BX1C 5KXDA 1DQGA 8I1BA 1URXA 2AREA 2W52A 4YW3A 1WCSA 4M3CB 2A3YA 4XMAA 1FQ9A 4YM1A 3FJIA 1GZCA 4R6UB 4FPCA 2A6VA 4Y1XA 1CPMA 1WLWA 2KH2A 3AZYA 1T3AA 4EFPA 5T5PA 3EF2A 3HBWA 3INAA 3ZURA 5DZGA 1JT4A 1SZ6B 3ZPYA 2NP0A 1Q8PA 2DREA 2D3RA 4DEPA 3APBA 2ARBA 3N7MA 1PUMB 1BLDA 3QIZA 1VAMA 1A3KA 2ZACA 4BQ1A 2KLLA 2GMMA 3OJMA 1AVUA 4LO0C 4G9NA 3PUBA 3RTJB 5GZDA 1UZYA 4LBLA 1AXZA 2LIEA 3ZSJA 2E4MC 1CVNA 1JY0A 5E8AA 3PHZA 1AVXB 3WZ1A 2D23A 1TIEA 1ISWA 2A7AA 3HR9A 3BWIA 1DYKA 4LBQD 1XQNA 4DRRA 3AKGA 5IK7A 1ENRA 1R8NA 2WBCA 1ZKXA 1LU1A 5JOWA 4UW4A 1FX5A 3BB2A 3BRGC 1HQWA 5DUWA 1DQ5A 1V6VA 2C5DA 2DVFA 1G9BA 1D0HA 2E53A 2LIQA 4KS6A 1RZOB 5D63A 4KEJA 3FJ8A 4AVVA 4XJUA 3RRDA 5FZYA 1F31A 4PF5A 1JN2P 4FPEA 2G4IA 1W6OB 4ZKTB 3FJAA 2WSUA 5BOWA 4FOVA 2D7IA 2P3KA 5D61A 3AKHA 5BYNA 1IT0A 2Y9WC 4ELCA 4FOQA 5GZEA 2D6MA 2NMOA 4FGFA 1MS3A 3HSMA 4H04A 2PHWA 2WSVA 4YW5A 1LGBA 3PVEA 1QOOA 1OKQA 3ZYRA 1T9FA 2JKBA 3O44A 2DWRA 1S0LA 3LLPA 1UKGA 1D2SA 2R16A 4QD2B 4I4QA 2EAKA 2ZGQA 1BZWA 3N7KA 3CRHA 2KI6B 1YO8A 4IHZA 2VUAA 1G9AA 2GALA 1Q8SA 4LO1C 2VSEA 3BAVA 4D0TA 4ENDA 5T5OA 4G1RA 4I37A 3C9ZA 1YXWA 2XOAA 2D3PA 1LHWA 4XOGA 4XTPA 1SFYA 3WO4A 3VKMA 2P39A 4J1LA 3WDUA 41BIA 4J2KA 3BTAA 5E24E 3USUA 2W2DA 3NV4A 1KJRA 1ULCA 1WW5A 3O0VA 3C89A 1V6MA 2FPQA 2EXIA 1QOSA 5DZEA 3O4DA 1IS6A 2FFVA 4D69A 4GAFA 1G9FA 4XJAA 1A78A 1U0AA 3O12A 4HANA 1WW6A 3CA3A 1JUIA 4HJJA 3NWKA 1WW4A 1XYFA 2PHXA 4AGGA 1DYPA 5EYYA 3BA7A 1AVAC 4I4UA 3UJ0A 2GNTA 2OUHA 5L73A 1T4QA 1GBGA 3IM0A 5DUUA 1AVBA 5FREA 5F8SA 5EWSA 4ZFWB 3A0NA 3QIXA 3UD8A 3UK9A 3FJKA 1S0GA 5JMCA 1AJKA 5T5LA 4YOLA 2OW4A 4FP3A 4DENA 1TWMA 1X50A 1ZKWA 2K43A 2CY6A 3DDBA 2UURA 2KM2A 4Q27A 4JPZA 1JOJA 4Y24A 1ULGA 4R9DA 4FPFA 2G7QA 1N3OA 3I8TA 2ZGNA 3V65A 1WLDA 4Q8KA 4YZ1A 4YFWA 2IMCA 3UJ4A 4FPHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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