1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
4Y20B 4GOYA 3V79C 4Q8KA 2ET2A 4AN6A 4XBNA 4FQZA 5I1BA 2PHFA 3M3EA 1AX2A 3QYDA 5D63A 1GYKA 4YG0A 4R6UB 1GGPB 1ENSA 4ASMB 1BFCA 3F62B 1BFFA 1F82A 2P39A 3RG0A 4CZSA 2ZQNA 2FO1A 1Z0HA 4OWKA 6I1BA 4NO4A 2A3YA 2VW1A 5DUVA 3CU1B 1JTCA 1W3AA 3NJ5A 3BA7A 1SLIA 2AR6A 1IJTA 2MIBA 1DZDA 3WO4A 2GNMA 5T55A 3D7WB 1CPMA 2OUHA 4OW4A 2A6YA 1SLAA 3UJ0A 4YG6A 1H9WA 2P3KA 1QDOA 1FV2A 3KMVA 3RQ0A 1W6NA 4M01A 3WINA 1BKZA 3FJIA 5FZZA 4R9DA 3E8LC 2FMDA 3OYWA 3WDXA 4R9AA 1BYHA 1CVSA 3HN1A 4XOGA 3D4KA 1PZ8A 1MVQA 4I1EA 1SLBA 4WBCA 4Q26A 5DZUA 1BLAA 1JT3A 2UWCA 1DGLA 4AN7B 3IM5A 1RY7A 3CA6A 3AZVA 5CNAA 1CE7B 3WUCA 1RINA 3FBYA 4FP2A 2ZGPA 4J2SA 4LO3C 3Q7YA 2KM2A 1G86A 3P53A 4YZ1A 4XXAA 3HBWA 1T3AA 5JMCA 2PHRA 3VKFC 2ZGNA 4AVVA 1BXHA 3O5SA 2PHWA 1G9CA 1JT4A 1LOCA 2GDFA 2ZHKA 1HWMB 3LSEA 3ZSMA 1PWAA 1JW6A 4UW6A 3BADA 1Z7HA 2PHXA 3WCRA 4L4IA 3AP6A 2WKKA 4NOTA 5EHAA 4LO2A 4XDQA 1MACA 2WSUA 1UPSA 3CNAA 1N3OA 4Y1VA 1N3QA 4XJZA 4ISRA 3USUA 3UD7A 4Q1RA 2E4MA 4I1BA 3A0KA 5IK7A 4U2AA 3WO2A 1OQ1A 3ZXLA 4IONA 1Q8PA 2VLCA 1AVXB 4FPJA 2XOAA 3BA5A 1KDKA 1QOTA 2DVDA 4I4YA 4Y24A 3ZC8A 1ULGA 1GSLA 3DDBA 4GKYA 2EXJA 3T8SA 2CWSA 1MS3A 3OGGA 4LBQD 4TLPA 4I37A 1DYPA 4G9NA 3ZPYA 1DFQA 2EXIA 2JKBA 2OUJA 1CVNA 3WA1A 1IS6A 1M2TB 1AX1A 1R8NA 4D0ZA 1P63A 3N7LA 2ISHA 1XTGA 2IMBA 4TZDA 3M1HA 3IPVB 3CRIA 4ZFUB 2R0HA 3WNXA 2NMNA 4YLZA 3ZVXA 1SLCA 3AZXA 3AZYA 4JQ0A 5LK5A 4DPNA 3I2AA 1UMZA 4DS0A 1IT0A 1PUMB 3BAQA 2VXRA 4Q9GA 5KXEA 2D3RA 2IMCA 1DQ5A 1RMLA 5BVPI 3ILRA 3OPZA 4AWDA 2GMPA 2AFGA 4FOVA 2QN0A 3WOGA 1SBEA 4HANA 4CRQA 2JD4A 2A8AA 5DZFA 2CYFA 5JOZA 3JU9A 3N35A 4RA0A 1TOOA 2D6OX 1G9FA 3AP7A 1B09A 3AP5A 3VV1A 5AVAA 2WQZC 2MC2A 2KI4A 1ENRA 2Z42A 4DEPA 4OZXA 1JQZA 3PMEA 1EYLA 1NUNA 2M49A 2FHRA 2SLIA 4D69A 5GZCA 31BIA 4LBNA 2E7TA 4TYSA 2YUGA 3K3QB 1DZCA 1V6KA 4JKXB 1TTUA 3ZXEA 2R49A 2D7FA 2UWBA 2DREA 3I29B 4FVVA 4WZFA 3LTQA 1WBCA 3OJMA 4ZJXA 2DUPA 1ITBA 4I6IA 2EAKA 1AVAC 3H0OA 4QD2C 3B3QE 4P9WA 3W58A 4XE9A 4Y26A 1QGLA 5IK5A 3D6EA 4FPFA 1JLYA 1V6OA 3PVNA 1W3GA 4KEIA 3SH4A 2KI6B 1D2SA 3P6JA 3H6QA 3FJCA 3BRDA 1Q1UA 1HWOB 2VY0A 1EPWA 4GKXA 3WDUA 1ZKXA 2LTNA 1LJ7A 3WHTA 4HEVA 4M00A 2ZGTA 5CBLA 4KC3A 2ERFA 4AGGA 3OJVA 2CL2A 3WG1A 2BFHA 3VSFA 5GAQA 2HWAA 2I2SA 3T1MA 3UDAA 3B9UA 3A21A 1VALA 3AJZA 4YZ5A 4LO0C 4GAFA 5JDBA 3NV3A 4LO7C 1J0SA 4MYEA 1IOBA 4DRRA 2D23A 2Y9WC 4QALA 4M3CE 2W52A 3UJ4A 1TIEA 1CJPA 1MS0A 3QW8A 1CN1A 1V6LA 4I7IA 4P0JA 4I30A 4KEJA 1YVGA 2ZHLA 5DZGA 2I1BA 1DQ2A 3AJYA 3O0VA 1LECA 3AK0A 1WD3A 3NV2A 3UJOA 2D1ZA 4AVTA 1O4YA 2XG3A 3T1LA 1W6QA 3O44A 1CESA 3ZXGA 2BEBA 1QQKA 3AZWA 4GA9A 1TWMA 5JOYA 4EL4A 2DU1A 1QXMA 4XJAA 1SFYA 3NV4A 4XILA 3N3HA 4Z8SB 1S0LA 2P37A 1BFBA 4KEKA 9ILBA 3AKFA 3WHUA 3N7KA 2QYIB 3O0XA 4GXLA 4UW3A 3BB2A 2ZGUA 3AJ5A 1C1LA 3WMUA 3HOMA 1UN1A 1A8DA 3PVOA 3QLQA 4KS6A 1DQ6A 1DYKA 3BAVA 1PZZA 1WBLA 5GLUA 4BOWA 5T50A 1GV9A 2WT0A 3SLIA 3ZSJA 1ILR1 1A78A 5GZGA 5BQUA 5HCBA 5IUQA 3RTIB 3ZSKA 4XTMA 1Q56A 3TAYA 5DUXA 3FJKA 4XMAA 1AXZA 4USOA 2VH9A 1FYUA 3OY8B 1LHWA 2EF6A 1Q8QA 4H04A 2A6ZA 1LEDA 1Y7BA 4YZ2A 3O4AA 1W6OA 3AYDA 4G6MA 4LO2C 2GN3A 3AXEA 1MVEA 2VSEA 1HCEA 1MD6A 2JE9A 2UU8A 1V6MA 1HKNA 4AYUA 4FOYA 4XXPA 2A70A 3RRDA 3AX4A 1ZM1A 3FUOA 3FFZA 4FP3A 3AH2A 2WJSA 4QKSA 4OUJA 5F5QA 2E4MC 3N7MA 3C2UA 3QIZA 3SNMA 1HQLA 2ZMNA 4FPYA 1AFCA 4OWJA 3VT2A 4XYXA 4YFWA 1GICA 1ONAA 1CIWA 4ZKTB 5DG2A 3V0BB 2UURA 3NV1A 3POYA 3N7JA 2Q3NB 1JHNA 4XTPA 5CA6A 1QMJA 3K1XA 4I8MA 4FQ4A 1IS4A 1LOEA 3ZYPA 4EFRA 4Q8LA 3BOPA 4XFUA 3O0WA 3A23A 1ABRB 3A07A 4IY8A 4P6AA 5DUYA 1N1YA 3CQAA 2YV8A 4IZEA 1DQ0A 3WDWA 2P3IA 3H6RA 5BP5A 1OFSA 3BAUA 4J1LA 1G82A 3O49A 1FMMS 3FIIA 4YW1A 3ZXJA 2NP0A 3OJ2A 4I4VA 2V5YA 4XJUA 3Q7XA 4Z8BA 2RHPA 4FPOB 1JLXA 1I3HA 3PJQA 1AF9A 4USPA 1AZDA 1ULDA 5GLZA 1UKGA 2GO2A 3NBDA 1QOSA 1LHVA 3SISA 4GWMA 5GLWA 4BQ1A 1QNYA 2DURA 3VT0A 1XTFA 3AKIA 2R0FA 1LTEA 5DXDA 4I4UA 4XHBA 2GNBA 1WW5A 3ENRA 1RG8A 5BQMA 2NM1A 1G7YA 5F90A 3BAHA 2PELA 2GALA 2AXMA 3ZX7A 4XMIA 4HR6C 3RMXA 2X2SA 2ZHMA 2A6WA 1DBNA 2GZBA 1JN2P 3S8JA 4EB2B 1AXYA 2DUQA 3H6SE 1SBFA 1SCRA 4ATEA 5GM0A 2DS0A 1DLLA 2W2DB 4SLIA 4XJWA 4M3CA 3QR5A 4WV8A 5DUWA 4D8HA 1TWEA 4II0A 4Q9PA 1PZ9A 5E88A 3WG2A 1DQOA 2BEAA 3DDAA 3VUOA 1LGBA 1MS5A 2P34A 3PUBA 1W6MB 1XHBA 2A5ZA 3WV6A 2AYHA 4WVVA 5DG1A 3I4IA 4G6JA 1VCLA 3M3CA 2DYCA 2ZMLA 1YF8B 1OKQA 3GNEA 4FPGA 4JC1A 4YZ3A 1F5FA 3MALA 2NZ9A 4PC4A 2D6PA 1APNA 1LOBA 4R9BA 4ITCA 4H9WA 2TEPA 3ZC9A 4DENA 3RMYA 3ZUQA 1K5VA 2ILPA 5FREA 1V6NA 3OBRA 4Y1ZA 2GMMA 2XB6C 4PQ9A 3DGTA 4AVSA 2E7QA 2E51A 2F8XC 2IWTB 4U36A 4FPEA 4LBLA 3O12A 1YI7A 5CB7A 2ZGOA 3B9CA 2B7YA 2V73A 2D7RA 1VIWB 3WDVA 2YROA 2VXTI 2Z49A 1R1ZA 1ZKWA 2Y9XE 4EJ5A 2CTVA 5F8YA 1WUVA 1K5UA 4OWLA 4I0YA 5DSSB 4YG3A 3LCPA 3M3QA 1S0IA 4P0LA 3AH1A 2GN7A 1KITA 1QF3A 1JT7A 1DHKB 3BRGC 3SH5A 5F9TA 4X37A 5JLVA 4HA2A 1ISXA 3WO3A 2JDZA 4XIOA 1XQNA 2CWMA 3V0BA 5JVVA 4JPZA 3WDYA 4OEFA 1T4QA 4FPKA 1UAIA 4I4XA 1DQ4A 4OEGA 3O4BA 3VKOA 5FRAA 4Y20A 4QD2B 2A97A 1CPNA 5GJ6A 2XHLB 1JY0A 3O4DA 1AX0A 3EF2A 3DS9A 2AH2A 1BQPA 2ZGQA 2F2FA 2FPQA 2YY1A 5D61A 4J2KA 4YFZA 3INAA 2WLQA 3O5WB 2D20A 1W0PA 1RITA 2HYKA 2DV9A 2JE7A 2W68A 2ZMKA 2OVUA 5IK8A 3FJ9A 4UW4A 3JUTA 3TB0A 5BQUC 3FIEA 4GWNA 1GZWB 1Z4SA 1IRAX 3IMNA 2KKIA 2OW4A 4GALA 1QQLA 2H0BA 1ULCA 3A4UA 5BYNA 3OJBA 3CA0A 1WCSA 2Y9GA 3AJ6A 5JOXA 1JXNA 2ENRA 1S0BA 1DFCA 5HCFA 1BFGA 4LO7B 4Y22B 1GZ9A 3SITA 5EWSA 3BX1C 2Y9FA 2SBAA 3ZXKA 3MW3A 3V65A 3FLTA 1FX5A 3KQRA 2ZGLA 1IILA 3T2TA 2WRYA 4P9XA 1F31A 4Q1PA 3U4XA 1KRIA 2RSTA 1AVUA 2ISGA 2KH2A 3IM7A 2RG9B 1N1VA 4JP0A 3ATGA 3HMYA 1IS3A 5GALA 4ZFWB 3ZUSA 3OBTA 1YXWA 3LLPA 3RTJB 2NMOA 1ZB7A 5EG6C 2EXHA 2GNTA 1S0FA 1YO8A 1W6NB 3DSEA 3ZYRA 4ENDA 1BASA 1AJOA 3OYWB 4H55A 5HPZA 2K43A 3JRRA 1FN0A 2Q9XA 4FGFA 3WZ1A 1W6MA 2ARBA 5BP5C 4Q27A 1V00A 2ZGRA 3M3OA 1W3FA 2ZACA 5DZEA 3WCSA 3IN9A 1LODA 1ENQA 1UZZA 3OGFA 1U0AA 3NBCA 3VEQA 3IAGC 2HWMA 2NVHA 1E0OA 3UK9A 5T5PA 1LHOA 4I96A 4GOVA 1HKDA 2BQPA 1JYIA 2ZBJA 2DVGA 3BA4A 3QCWA 1AJKA 1WBAA 3UD9A 1HLCA 4IYBA 5EYYA 5HCAA 5FZYA 2GMEA 4YW4A 3WVJA 1G9DA 2R9KB 1ULEA 4YM1A 3VKNA 4OEEA 4A7YA 1PUUB 3IPVA 3V64A 1HCDA 1M16A 3W59A 3PHZA 1F9KA 3CAHA 2WT2A 1UX6A 1WD4A 1C1FA 1SR4A 4JAWA 3PG0A 4YGBA 4EFQA 3SNVA 3IIRA 1ISZA 4F34A 5EYXA 2D6MA 1BA7A 4ZXKA 3USUB 4QBCA 8I1BA 1QOOA 2AREA 5H9PA 3FJEA 3IM0A 3POWA 1T3CA 4G1RA 3GALA 2DRZA 1D0HA 3MEPA 4PCRA 4CJMA 2ZKNA 1SZ6B 4ELCA 3B01A 3FJJA 1HWNB 2D24A 4ZLBB 1DQGA 2XHLA 2AENA 1DJSB 4I3NA 4KTXA 3BTAA 4DQAA 4PBOA 1BARA 1CQ9A 4YW3A 4C1XA 1SLLA 2DVFA 3IKWA 2DVBA 3ILNA 4IZXA 1FMZA 1FWUA 1YTOA 5D62A 4D0TA 4ZGRB 3AZZA 1N4KA 4ZFYB 3BAGA 4JRAA 1JUIA 1GZWA 3QW7A 1YYNA 3ILFA 5L73A 4BLJA 5BQNA 1LOFA 2WT1A 2A3XA 2D22A 5H9SA 2VU9A 4LBKA 2PHUA 1GZCA 1Q8OA 3ZSLA 4G9MA 4HL0A 1XG6A 4K20A 4YM0A 4BLIA 3AFKA 3W9TA 4I4PA 1PC8B 3I8TA 4QC4A 3MPPG 2UUSA 4P9YA 4P14A 3BODA 3WUDA 2X2TA 2R1BA 1ISYA 3CA4A 1MZ5A 1A3KA 4LO1A 3DEBA 1V6UA 1Q03A 1CR7A 1NZKA 41BIA 4XBQA 4XKIA 4J2XA 4ISQA 1X50A 1LESA 2LIEA 2QN4A 4Y1YA 4YM2A 4C1WA 3O4OA 1MS9A 1WW6A 3WG3A 1TEIA 1ISVA 1ZL6A 2G7QA 2VW0A 1BLDA 3I2XA 2G4IA 4R9CA 3O4CA 1S0DA 2K4AB 2E6VA 5FNWA 3V0AB 4GAIA 5T5LA 1GLHA 1IRPA 4K1YA 3VKMA 3FJ8A 2DWRA 1W0OA 3N0KA 1WBFA 1VAMA 4CTEA 3QW5A 4K1ZA 1YIFA 1II4A 2ARXA 5CAZA 2F2FC 3NWKA 3C88A 1LULA 1HWPB 2C5DA 2EIGA 5JOWA 1G9BA 1URXA 4JCKA 3O3QA 3AKHA 3KM5A 5SV8A 1LCLA 2ZA9A 2DRYA 2FDBM 1FNZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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