1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
4AN7B 1UAIA 2VU9A 2TEPA 3P6IA 1UPSA 3UK9A 2RHPA 2WT1A 2AH2A 1C57A 1QDCA 2D43A 5F5QA 3MALA 1BXHA 4XDQA 2M49A 2VH9A 1YVGA 4L8QA 3SISA 4LO0A 3AP4A 1QNWA 2G7NA 1GKBA 3DSEA 1W0OA 1YBIA 3PJQA 1VAMA 2DUOA 4AVTA 2ZGOA 1XQNA 3ZYRA 31BIA 3W58A 2D1ZA 3W59A 4DCKC 4Q8LA 4M3CA 1GYKA 3ZXKA 3IM0A 2D7IA 3BOPA 1IKQA 4Y24A 4FPYA 4YGBA 1PUMB 3NV2A 1SLBA 2GDFA 1T3AA 2AAIB 4LBLA 4YZ5A 4QD2C 1G7YA 1W6OB 3RS6A 1SLAA 2UU8A 1MD6A 3PUBA 3AZVA 1T9FA 2I2SA 1LESA 2HW9A 4KUFA 3OJ2A 3NV4A 4FPLA 3BAHA 1W6MB 2R1BA 1Q8VA 3BA4A 2ERFA 4Y1YA 1TEIA 5CB7A 3O0WA 2YZ4A 4CZSA 1TWMA 2D6OX 5BQNA 4QC4A 3FIEA 1DZQA 1K5UA 3BAUA 3CA1A 4XTPA 1LCLA 5DZFA 4DRVA 2P3KA 5CA6A 2DS0A 5JDBA 5T5PA 3MEPA 2D7RA 3O4AA 1ZM1A 1F31A 3QW8A 4EFPA 3U4XA 1Z4SA 1CPMA 1DQ2A 6I1BA 4LBNA 1W3AA 3WO3A 1FMMS 1KNMA 3QIXA 1UMZA 3HSMA 3L2YA 1WW5A 2A6ZA 5T5LA 3O0VA 3OJMA 3LCPA 3M3QA 3SH4A 3WG2A 1DQ6A 2PHFA 3FLPA 4SLIA 2GALA 1G82A 1N1SA 3FLRA 2PHXA 1R8OA 1J0SA 2YV8A 5DVHA 1FGAA 3M3OA 4PC4A 1VLNA 2NM1A 2A8AA 1BARA 4I6IA 2KM2A 4ENDA 4XXPA 2WJSA 1N4KA 2JD4A 4A7KA 2R49A 2KI6B 2OUHA 3MW4A 4P0JA 2JDZA 1VCLA 3B01A 5GLZA 2DWRA 4G6JA 3N7MA 2W39A 4LO3C 3WDYA 2JE7A 1S0FA 4IONA 1IHKA 1AXZA 2E7QA 4TLPA 3BAQA 3FLTA 4I4QA 5EG6C 4DRRA 1YTOA 2AREA 5T55A 3WDWA 3FJEA 1SLLA 4JKQA 2OW4A 3FJCA 2ZGRA 1BASA 1RZOB 2LTNA 3M3EA 1UL9A 2V73A 1WUVA 2WBCA 2ZHLA 2DVBA 4XBNA 1AXMA 1IRPA 1SR4C 3K1XA 1QF3A 1LHOA 3PMEA 3H6RB 1XYFA 1MS9A 1ULEA 5F9TA 4QD2B 1W6OA 1SZ6B 4P14A 4AWDA 2UWCA 2E4MA 1I3HA 5KXEA 3P6JA 3UDAA 4J2SA 2PELA 1JT4A 5GLUA 3WHTA 1XHBA 1AZDA 1W6MA 3C2UA 3I8TA 3WUCA 3I4IA 5DXDA 5FZUA 1APNA 2A7AA 5IK8A 1GNHA 1W3FA 5HCFA 2R1DA 1LOGA 2PHWA 5IK5A 1ENSA 4BOWA 1S0EA 3POYA 1TIEA 4Y1VA 3IM6A 2QN0A 4MYEA 1JT3A 2G7KA 5DSSB 3WDXA 3W9TA 4DEPA 1NXD1 5BQUA 4OEGA 1DQ0A 5HCBA 1ONKB 3AJ5A 1NUNA 1KJRA 1HIBA 1HKDA 4XYXA 1YYNA 1WCSA 4D8HA 1YRZA 4M00A 3UJ0A 1N1TA 1F9KA 3AKHA 1EVTA 4A7YA 5BP5C 1V6XA 3WA1A 2P3JA 1ISXA 3P53A 3N35A 2D6MA 2J3PA 5E8AA 5GJ6A 3GNEA 2KI4A 3WZ1A 4UW5A 1ZL5A 2IHOA 1TWEA 4GA9A 2PHTA 2A3WA 3KQRA 3FJBA 3RQ0A 1GBGA 2Q5TA 1QKQA 3SITA 5F90A 2QYIB 4Q1PA 3AH2A 2FFVA 1V6KA 1QDOA 3Q7WA 2AUYA 4AGGA 4GKYA 4XZPA 3WHUA 1A78A 4Y1XA 3VV1A 4Y22B 1MACA 2XOAA 2EXKA 3H6RA 5GZCA 2R9KB 2ZZJA 1DBNA 3K3QB 3B9CA 3R4UA 2NMOA 2ZHKA 3QLQA 2AFGA 1Z78A 2GNBA 4WV8A 3ENRA 2VLCA 1LEDA 1NLSA 3N0KA 4R9AA 3QW7A 1UZYA 5GZFA 5HCAA 5IT6A 2D44A 4OUJA 4M3CE 4OEFA 2AYHA 4K1ZA 4JRAA 4OZXA 5F8WA 4ZXKA 3JRRA 3CRIA 1PZ9A 2ZKNA 1N3OA 4J1LA 2AENA 8I1BA 1IKPA 1FV2A 4WBCA 1DQOA 1JW6A 2C5DA 2XHLB 5CBLA 4CJMA 2IMAA 1V6MA 3SNVA 1IS6A 4FOQA 2EIGA 4U36A 2W52A 1H9PA 3NJ5A 4KBBA 3IM7A 4JP0A 2GMEA 1FWVA 3VT2A 1JUIA 3FJIA 4P0KA 4I1EA 3E8LC 1A8DA 4YW3A 3IMNA 5CNAA 1MZ6A 2D3PA 4BLJA 3WCSA 3MW2A 1TFMB 1LULA 2A71A 3JU9A 1EPWA 4YFZA 1BA7A 4FPOB 1N3QA 1ULCA 1WW7A 1JT7A 3OGFA 5JOXA 3H6QA 4JPZA 1V6WA 4LO3A 4LBKA 4XJUA 1JXNA 1JYCA 3T1LA 9ILBA 1LODA 1F82A 2ZABA 1IILA 2UWBA 1SLCA 1ILR1 1G9DA 4XHBA 1AVAC 3B9UA 3FIIA 2DUQA 1B09A 4XJ8A 1CE7B 2WLQA 2DV9A 3CA0A 5EC5A 3A0KA 4LO8B 1XTGA 3WDVA 3UD9A 4BQ1A 2UURA 2WSUA 4R9DA 1LOEA 1SR4A 1I1BA 4I96A 1Z0HA 4GOYA 1RIRA 5EWSA 4KC3A 5L73A 1MS4A 4XMAA 1V6JA 3CQAA 4XOGA 1SCRA 5BQMB 1BFFA 1KDKA 3ZUQA 1BLDA 5DUVA 1IOAA 2CY6A 3NBDA 4U2AA 4XFUA 4ZGRB 1URXA 3AYDA 3WMVA 3JUTA 3ZXEA 1AXKA 1HQWA 2D3RA 2GMMA 4I4OA 4HR6C 1CVNA 1V6NA 4M3CF 3WINC 1AVWB 4ZJXA 5BXSA 3FUOA 1WBLA 4FPKA 5EYXA 4YM1A 2JKBA 5JMCA 1N3PA 3Q7XA 2NTDA 1O4YA 3PVOA 2UUSA 5FNXA 3D5OA 3R05A 1H30A 2XHLA 1QQLA 1BLAA 2MC2A 1SCSA 1GSLA 1FV3A 1S0GA 2HWMA 2VW1A 4HEVA 3A22A 2G7QA 1ISZA 1AJKA 2VXRA 1DHKB 4W65A 4ZFYB 4USOA 3FJKA 1RMLA 2ZBJA 1DFCA 1M2TB 1AX0A 2ISHA 3DGTA 4I4XA 1FATA 5SV8A 4EKXB 3M1HA 2ZGMA 1EYLA 5BP5A 5JVVA 1ENQA 3VKLA 4IQPA 4AN6A 5JOWA 3ZX7A 3BODA 4Y1UA 1LU1A 3Q9OA 4JQ0A 4OW4A 1VIWB 2AGSA 3CAHA 2GZBA 3QCWA 4YFWA 3N7KA 5GLWA 3O5WB 3OJBA 3IPVA 3CRGA 4OWJA 1V6LA 4K1YA 1FN0A 4Y1ZA 2LIQA 2DU1A 5GLVA 1PZ7A 1YF8B 4R9CA 3AFKA 5JOZA 2F2FC 5GAQA 2IMBA 2WQZC 1TTUA 2DVDA 3H0OA 2Q3NB 4EFQA 4Z8SB 1LOFC 4QALA 3ZURA 1LHUA 1YI7A 3DDBA 3B69A 2ZAAA 4LBQB 4J2KA 2F8XC 3T2TA 1S0JA 4Z8BA 5D61A 1BFCA 3WNXA 3WO4A 1LJ7A 1LHWA 1HWPB 2ZGTA 3VT1A 1QOOA 1HLCA 5BQMA 4I2SA 1XG6A 2XB6C 1GZ9A 3F62B 3R4SA 2YUGA 1X50A 1CN1A 4DFSA 3AZWA 4I4PA 4KS6A 4IHZA 3D3XA 3SLIA 1CONA 3AH1A 4AGVA 1FQ9A 5E24E 4I4YA 1VALA 5DZGA 4YW5A 5T54A 4LO2C 1Q8SA 3UD7A 5H9SA 5JLVA 4CRQA 2SLIA 4I7IA 1JOJA 5AVAA 4D0ZA 4ZKTB 2CYFA 1E0OA 1AX2A 4BLIA 2G7PA 4G9MA 2GNTA 4OEEA 3USUB 5I1BA 1YIFA 3AKFA 2W08A 4LO7C 3N7LA 5KXBA 1QU0A 4P6AA 1DYPA 4UW6A 1DJSB 1BQPA 3ASIA 3RRDA 3O4OA 3ZSKA 2D20A 3AH4A 4HA2A 3POSA 1LGCA 5KXCA 1G9AA 3WG3A 3FJJA 1LU2A 3C8BA 4ASMB 4XTMA 1T3CA 3V0BB 1AFCA 3FJ9A 4YM2A 2NN8A 2ZHMA 2ZGNA 4ELCA 2X2TA 1LOBA 3APBA 2QN4A 3DS9A 4I8MA 2VW2A 4IY9A 3VSFA 1AVBA 2A6VA 1ZL6A 4PCRA 3RMYA 3O4BA 3OYWB 4GWNA 3H6SE 3PVNA 1W6NB 3N7JA 1MC9A 4BM8A 4FPJA 2P39A 1DYKA 1QOSA 3QW6A 1QMJA 3ZYPA 2DREA 2D6LX 1CPNA 1JLYA 4YW4A 1IS4A 2FHRA 1ABRB 4LBQA 1ULFA 2WRYA 1BFBA 4ISRA 2RSTA 3NWKA 2SBAA 1N47A 1ZKWA 5EHAA 4H9WA 1C1FA 1Q8OA 2Z49A 1KQRA 1V00A 4ZLBB 3IIRA 1GZWB 3QR5A 4XBQA 1FNYA 1JQZA 4D0TA 1WW4A 2Z48A 2Q9XA 1LGNA 2ZMLA 5LK5A 1GLHA 5T5JA 3S8JA 4Q27A 5BOWA 4KTXA 3BRGC 3AYCA 4HJJA 3LTQA 4I4RA 4YW2A 5H9PA 2D6NA 1M16A 3ILAA 2W68A 4YM3A 4L4IA 4NO4A 2ESUA 4PBOA 2A6XA 1WD3A 3NF3A 5T5OA 2EALA 4P9YA 3WINA 4FQZA 5BVPI 5B2HA 3QJ0A 1FX5A 2R16A 3CA3A 4FQ4A 4YGCA 4YGEA 3UL2A 3AZZA 1LGBA 1CJPA 2ZGSA 1Q56A 1GGPB 1S0LA 1TOOA 4X38A 3RTJB 1JY0A 2D7FA 4TYSA 3ZXLA 3CA4A 3V0AB 3N3HA 3USUA 2NP0A 2ET2A 2C9AA 3BONA 2ARXA 1QGLA 2CTVA 1MS0A 2UWAA 3AZXA 1GICA 4LO7B 4LO1C 1AXYA 5FREA 3AXEA 3RSJA 3OY8B 2ZGKA 2AXMA 3V0BA 1XTFA 3C8AA 1C1LA 2YMZA 3O49A 1IT0A 1BKZA 3FUQA 1LHNA 2A3YA 3UD8A 5DG1A 5DZUA 1LTEA 1SBFA 3BX1C 1WBAA 1JTCA 3O5SA 2W2DB 2ZQOA 3OYWA 2VSAA 1W6NA 2JECA 2F2FA 1IRAX 1MS5A 4UW4A 3BAOA 5FNWA 5GZDA 1DQ4A 3LLPA 1DQGA 4X37A 2DVAA 2GNDA 3BADA 3A4UA 4UW3A 1LOFA 3T8SA 3UJOA 1TP0A 1OFSA 3BAVA 3CU1B 1H9WA 3O44A 1GZWA 2CWSA 1UKGA 4PF5A 2GMPA 4ZFUB 1JHNA 4DENA 2OUJA 1I1EA 1WBCA 1AVUA 4BMEA 3BWIA 1WD4A 4XFTA 1G86A 3OBTA 3O4CA 3M2MA 4ATFA 3BIWE 3NBNA 2NZ9A 1A3KA 3ZUSA 1PC8B 1Q8PA 2VW0A 3Q7YA 3AP7A 4P0LA 4DS0A 3ILRA 1JLXA 1Y7BA 1XZZA 1OQ1A 5G00A 3FJDA 3A07A 3NV3A 3CA6A 2DYCA 1YXWA 3O0XA 4P9WA 5IK7A 1MS3A 2FGFA 4FOYA 2BFHA 4GP3A 2E53A 3V0AA 4P9XA 1MVQA 3CNAA 4YGDA 1SLIA 4K21A 1GANA 4PBPA 1UZZA 4YG3A 2DRZA 4F83A 4IY8A 2R0HA 3WMUA 2WSVA 4XHXA 5DUYA 3WVJA 3OY8A 4XJ9A 2KH2A 3ILFA 4IYBA 2DVGA 1GNZA 2ETFA 1SBEA 3V64A 3AP9A 1KDMA 4G9NA 1SACA 1PWAA 3FBYA 1F5FA 3FGMA 4Y22A 4Q1RA 3WDTA 3ZXGA 1OQLB 2W2DA 1FWUA 3RG0A 3KM5A 3AYEA 2K4AB 2ZGLA 1KITA 3VSZA 4KEKA 3FJHA 4J2YA 1MZ5A 41BIA 3AXDA 4IZEA 3AZYA 2K43A 1J1TA 4X39A 3VWCA 1AX1A 4XE9A 2YXSA 1DIWA 2DURA 5DG2A 4GAIA 4EJ5A 3LSEA 4G1RA 1IOBA 3D4KA 4A7ZA 4LBQD 5GZGA 2VXTI 5T50A 1FNZA 4LBJA 3FJ8A 3O4DA 3WG4A 5DUUA 4XIOA 4H55A 1QQKA 2MLLB 2A6YA 4QKRA 1P63A 2FDBM 5IUQA 1QOTA 2I1BA 1VAVA 4OWKA 4QBCA 3WO2A 5BYNA 1K5VA 3FJFA 2WT2A 5FRAA 2DRYA 3QW5A 1JT5A 1YO8A 3DUIA 4HL0A 3FJAA 4XILA 3KMVA 1O4ZA 1DLLA 2FPQA 1LOAA 5BXPA 4TZDA 2A75A 3WV6A 4XJWA 5GM0A 3WCRA 4YZ4A 1U0AA 3OBRA 3V79C 2IMCA 5EXOA 3EF2A 4JKXB 4YOLA 2WT0A 1FMZA 2D24A 1LENA 3NBCA 3GALA 3AJYA 1BYHA 3WDUA 2ZGPA 4XJAA 1DGLA 3C89A 3OPZA 2WNEA 4LO1A 1HCDA 3AKIA 4EL4A 5BXRA 2D6KA 4AVSA 2YY1A 1HWNB 4I37A 4XIKA 2FMDA 4NOTA 5JOYA 1QXMA 2FO1A 2D6PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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