1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
1DZCA 3QYDA 3V64A 4D0TA 5EWSA 4X39A 3WG2A 1MZ5A 3M3QA 3PG0A 1W0OA 4XXPA 1KQRA 4EB2B 2CY6A 3H6SE 1WD3A 3AP4A 1UL9A 2W2DB 4LBMA 3V0AB 1YI7A 2Y9WC 2GO2A 1BZWA 2ZQOA 1YRZA 2XHLB 3B3QE 1SCRA 4YW2A 5GLTA 3FJKA 4P6AA 2D3PA 3AP5A 1Q04A 1EV2A 3O3QA 3D4KA 1B09A 3V79C 3WO3A 1SBFA 3RRDA 1YTOA 4QBCA 1ONAA 2M49A 1JLXA 1AX0A 2E51A 3ZC9A 4YG0A 1IT0A 1JTCA 4D0ZA 1VCLA 3OPZA 5DUUA 2DUPA 4FP3A 2AQZA 4BLJA 3ASIA 3WHTA 1MVQA 2UU8A 2ZGRA 4YG3A 1Q56A 4IY9A 3AYCA 4CTEA 4DPNA 1SLLA 1BJQA 1MS0A 2RHPA 3ZPYA 1LOEA 3WV6A 2D6MA 3UJOA 4G6JA 2Y9GA 3AH1A 5GM0A 4HJJA 3L2YA 3NBEA 5BQMA 4XJAA 2WSVA 2G7QA 1KJLA 2VLCA 1UKGA 3GALA 3SLIA 2A8AA 1GICA 4Q91A 5IK8A 1S0IA 2ZGMA 4ZOTA 4ZJXA 5H9PA 2P3JA 3USUB 3WDXA 5H9RA 1UMZA 2ZMLA 5E88A 4YZ2A 1DZDA 4YLZA 2IHOA 3SH3A 4ASMB 3FLRA 1ZM1A 1Q1UA 2HWAA 1A3KA 1N3QA 2GNBA 3VT0A 1DQ0A 2OW4A 4XFUA 4QO3A 3RMXA 3ILFA 3AYAA 3CQAA 3CNAA 1LOFC 1N3PA 3P6IA 3HALA 2R49A 4ENDA 5G00A 4YM1A 1FV2A 4AVSA 2D3SA 1HCEA 1CESA 2JD4A 2DU0A 4Y1XA 1L2HA 3S8KA 4BQ1A 4P0KA 4Q27A 5HCAA 3WUDA 5BQNA 2A6ZA 5LK5A 1SBDA 5BVPI 4XFTA 1CJPA 2D6KA 2XB6C 5T5PA 4FP2A 2C9AA 4Y1YA 1BA7A 3BOPA 2KKIA 3ZC8A 1BFFA 4G9NA 3D5OA 4FQ4A 4FPOB 1ISVA 3E8LC 4GKXA 1AX2A 4YG6A 3BRDA 2D23A 1JY0A 4YGBA 1S0BA 1ENSA 1MZ6A 1J0SA 1W6OA 1DYPA 1WW4A 4I7IA 4HR6C 2QYIB 2AR6A 3ZURA 2GZBA 2WRYA 1HWNB 4I1EA 1R8NA 1ISWA 1DQ6A 5BXSA 5T54A 4LO1A 2CWSA 3VEQA 1AJKA 1ZN3A 3VV1A 1LGNA 4I4OA 3Q9OA 3BAHA 1QKQA 3AZXA 1QU0A 2G7NA 1YVGA 3OGGA 1Z4SA 1JBCA 5DZEA 1JOJA 3CAHA 1W6QA 4FOVA 2ERFA 5AVAA 5KXBA 4LO7B 2CNAA 2ZGNA 1HQWA 3WMVA 1YF8B 5JOZA 4AVVA 4Z8BA 1SLIA 3M3OA 1LHVA 1SACA 1S0DA 3T2TA 2F2FC 2JE7A 4I6IA 1SZ6B 4XMAA 3QW5A 1OFSA 3VWCA 1ONKB 5IK4A 1S0FA 1DJSB 1DIWA 4D69A 1LGCA 1EPWA 2UWBA 2DS0A 1IRAX 5EYXA 1KDMA 4FVVA 5FRAA 3DEBA 2PHXA 4I4XA 2DUOA 1Q8SA 5DVHA 1V6KA 4LO3C 1DQ2A 4I4QA 3OJVA 5DSSB 2ZKNA 2VY0A 3DDAA 1V6JA 4AGGA 1HWPB 5DZGA 4IONA 1C1LA 4JCKA 4LO2C 4JQ0A 3DUIA 3VKFC 1GZWA 1BLDA 3O5WB 3U4XA 2DVAA 5I1BA 1SR4A 2MIBA 3AXDA 4XJWA 2EIGA 4I0YA 5JOYA 3FUOA 4YGEA 3AJ6A 2AUYA 1BKZA 3WHUA 1ISYA 3BAVA 1V6NA 4GKYA 3CRHA 1N1SA 4FQZA 3OJ2A 3ZUQA 5FZUA 1SLCA 1ABRB 3N7LA 1DYKA 1DLLA 3W58A 3NBDA 1WLDA 1W6OB 1NXD1 1WUVA 3R4SA 2WT0A 1ITBA 2FO1A 2ENRA 4M01A 4XBQA 2D6PA 1GNHA 3POSA 3OBTA 1CVNA 1S0GA 4FPYA 1W6NB 1FWVA 5T52A 2GMMA 4Y22A 1LEMA 5KXEA 1Z2VA 4OWLA 1P63A 1XYFA 3CA4A 4KS6A 1LEDA 4Q9GA 2VUAA 1WLCA 1DFCA 3I2AA 1FAYA 1N1YA 1W6QB 4XMIA 2P39A 5DUXA 3WINC 3AJYA 3WO4A 3N3HA 1KJRA 4AVTA 1M2TB 1D2SA 2Y9FA 3ZSMA 4AYUA 3AK0A 2VSAA 1QMJA 1O4ZA 4GALA 3OY8A 3CA6A 4OEEA 3ZSJA 1CONA 1RY7A 4DFSA 3P6JA 2IMBA 1YBIA 1Q8QA 1V6OA 3WG1A 1TWMA 1TTUA 1D0HA 4EFPA 4FGFA 3AYDA 2YXSA 3FJJA 2V73A 3ZYRA 2P3KA 1W3FA 2AAIB 3ZXEA 4GA9A 4XBLA 1V6IA 1ZL5A 3H6QA 1Y7BA 3O4OA 1ULCA 4R9AA 1Z7HA 2ZMNA 1F5FA 1Q8OA 1JT4A 1RG8A 3T8SA 4EKXB 4DCKC 2YUGA 3BA5A 3PHZA 4HL0A 3CRGA 1Z78A 5DG1A 3GNEA 1AXMA 2HWMA 4FOQA 1APNA 3PVNA 1R8OA 2CWMA 1DZQA 4UW5A 3MALA 1JW6A 3UD7A 1ZB7A 4P9WA 3UD8A 4LO0A 2ET2A 4J2XA 3WUCA 4WBCA 2FMDA 1MS4A 4GP3A 2ILPA 3AH4A 3VT1A 3R4UA 1QDCA 3VKLA 4I1BA 1GZ9A 4I4UA 2A6YA 3N7JA 1YYNA 4YGDA 3A4UA 4QC4A 3QW8A 2A5ZA 1ILR1 2JDZA 4U36A 4YFWA 2ZGUA 1PZ8A 2GMEA 2OUJA 1K5VA 1WBLA 2NVHA 2A71A 3KM5A 4XE9A 4IY8A 1JXNA 4PCRA 4AN7B 1DBNA 3FIIA 3RQ0A 3BX1C 1ULEA 3PMEA 4KUFA 4UW4A 1MS1A 2IMAA 1PC8B 2I2SA 5DXDA 2HZ9A 3M2MA 4USPA 1CVSA 2ISGA 3MW2A 2ESUA 2IMCA 1H30A 3ZXKA 5B2HA 1IS4A 3I29B 4PQ9A 4EL4A 1GKBA 1FWUA 4OZXA 1IILA 2HW9A 3QR5A 1BLAA 2GNTA 3UJQA 1VAMA 2ISHA 3PUBA 4Y24A 4JP0A 1ENQA 1HLCA 3QIXA 4H04A 3BADA 4LBQD 1JHNA 1X50A 2GALA 3ZUSA 4GWMA 3UK9A 4ISRA 1VALA 4LBQA 1AVBA 1LULA 5CA6A 3ILNA 1XTFA 3JUUA 5HCFA 4FPGA 3HOMA 4EFQA 3LCPA 4OWJA 3Q7XA 3WNXA 3ZXFA 5EC5A 2QN4A 1LOCA 3C8BA 3M3EA 4ZXKA 4P9YA 4BLIA 2GNMA 1I1EA 3I8TA 1LOGA 2LIEA 2ZABA 1C57A 4QBVA 2AGSA 2PHWA 4KTXA 3P53A 3I4IA 1AVAC 4GAIA 1SLTA 4IZEA 1V6XA 2OUHA 5HPZA 3N35A 1MVEA 3N7MA 4P9XA 1FN0A 2V5YA 2DWRA 4BMBA 1G7YA 2VW2A 4Y1VA 1LGBA 2DVGA 3SITA 1UZZA 4LBNA 2WBCA 3FJFA 2VXRA 4YGCA 3JUTA 2WSUA 4QD2B 1SBEA 3IAGC 4CRQA 4FPFA 1CE7B 2Q5TA 3BIWE 1AZDA 4QKSA 1WBCA 2ZGSA 3FJAA 2NTDA 3A07A 4ZBVB 4LBOA 4ELCA 3OGFA 3ZSLA 3QW7A 3K1XA 4UW3A 1S1AA 3NBCA 3FUQA 4PBOA 1DHKB 2NP0A 4HANA 1LHOA 4YW5A 1LECA 3C88A 3A0NA 4WVVA 5T5JA 4XIOA 5GLUA 2ZMKA 3SISA 3IM5A 3ZX7A 4LBKA 5T50A 5CBLA 3FJIA 2JJ6A 4G9MA 5BQUA 3ZVXA 21BIA 1UX6A 2WJSA 4BM8A 4LBQB 5EHAA 4Y26A 2E4MA 3AP9A 1JT7A 2G7PA 1G8WA 2K8RA 1AVWB 1MR5A 2E7QA 1G82A 4ATFA 2CL2A 3BRFA 5FNWA 3KQRA 1WW6A 2J3PA 3CRIA 5BXRA 3VKNA 2A6WA 2PHRA 3BOKA 5L73A 3FJ8A 1N4KA 3ZXLA 3BB2A 1GSLA 2B7YA 5DZUA 4YM0A 3RG0A 2ARBA 3B69A 1MS8A 3AKGA 5IK5A 2D7RA 5F90A 4II0A 1LESA 4GWNA 1IOAA 1GNZA 2DYCA 1KITA 4GOYA 2ZGKA 4XTMA 4P14A 3IIRA 2FHRA 2JKBA 1WW7A 2ZHMA 2EXIA 3WOGA 5FZYA 1XTGA 2ZR1B 3ILRA 3UJ4A 4FPKA 3CA1A 3APBA 1LJ7A 2YY1A 4YW1A 3WDVA 4I4SA 2JE9A 4YFZA 5GZCA 4DRVA 2ZGPA 1W6NA 4C1XA 1LCLA 1II4A 2D6NA 3WVJA 1W6PA 5KXCA 2UUSA 3AP6A 4FPHA 4QKRA 1T3AA 4JPZA 2WQZC 1UPSA 5DUVA 1ULDA 2GN3A 5E89A 3SNVA 4EFRA 4ISQA 1QQKA 3AYEA 1V00A 3C2UA 1VAVA 5EYYA 1PWAA 4IQPA 4J2YA 4I4RA 3JU9A 1FNYA 4YZ5A 4PC4A 1N1TA 2QN0A 4RL7A 3Q7YA 1WLWA 2A7AA 4R9BA 5BP5A 3C89A 2KH2A 3LSDA 3WCRA 1AXYA 2BFHA 4Q1PA 2PELA 2E6VA 3TAYA 3CU1B 3NV2A 8I1BA 3OJBA 2IWTB 1MACA 1LU2A 2YZ4A 2GN7A 4XDQA 1ULFA 1E0OA 4HA2A 2FFVA 4KC3A 4XYXA 1YIFA 4R6UB 5JLVA 4SLIA 1MS5A 3IM0A 3AP7A 3ENRA 1HWOB 1IKPA 3LTQA 1G9FA 5T55A 5F8WA 4LBLA 4G1RA 3SH5A 4K1YA 1BARA 5IT6A 3B9UA 1SLAA 2ZGLA 4X38A 3IPVA 5F5QA 3OJMA 3B9CA 1R1ZA 1DQ4A 1JQZA 5D61A 1WBFA 1PZ7A 4K20A 4YOLA 1DGLA 1JLYA 1JN2P 2EAKA 1F9KA 3H6RA 3PVEA 1G86A 2Y9XE 2FPQA 3AFKA 4OEGA 1HDKA 4M3CB 4U2AA 1W6PB 3Q7WA 3ZYPA 1QOOA 5GAQA 3AZWA 1TFMB 4GAFA 2W68A 1JUIA 1QQLA 4XKIA 3QCWA 1DFQA 1FV3A 5BOWA 4Y20B 4KEKA 3I2XA 2X2SA 3AZZA 3O44A 3FJBA 3C8AA 5DUYA 1C4RA 1WD4A 4XHXA 2A3WA 4DS0A 1V6UA 4Q8KA 1RITA 1BFBA 3FGMA 1BYHA 2EXJA 4YW3A 2VW1A 2VXTI 5SV8A 2VSEA 7I1BA 1QOSA 4FPEA 3WCSA 1SFYA 3VKOA 4CZSA 5GLWA 2OVUA 4XZPA 1RMLA 2R0FA 1LOBA 1S0EA 3A23A 3O4BA 2Z48A 1LOFA 1DQGA 2F8XC 3D7WB 1W6MA 4AGRA 3AJ5A 2C5DA 1CN1A 3OBRA 5T5OA 3IPVB 3VT2A 3O5SA 4XJ9A 1AXKA 2D7IA 2ZA9A 2ZAAA 5DZFA 3BONA 4PF5A 1XZZA 1IS6A 3K3QB 3C9ZA 3QIZA 2EXKA 4XOGA 1V6VA 2GMPA 1HKNA 4XHBA 2X2TA 1BQPA 1CIWA 1I1BA 2VU9A 3IM7A 2D3RA 3OYWA 1WBAA 2DURA 3H6RB 4DEPA 3AXEA 1GLHA 3TB0A 3AX4A 2KI4A 5DG2A 1AJOA 2NN8A 1AVUA 4OW4A 1EVTA 5BXTA 4TLPA 4NO4A 2L5XA 3HN1A 1TP0A 3BOOA 4H55A 2KI6B 1QXMA 1ENRA 4LO1C 4YZ4A 2DVDA 1NZKA 2YMZA 2LALA 2MLLB 2A70A 4USOA 4J23B 5GZGA 4XTPA 1TWEA 4QALA 2UWCA 3LSEA 2P34A 3FJ9A 1QDOA 2D7FA 3RMYA 2PHUA 2ZGTA 1HQLA 3PVOA 1N1VA 3WZ1A 2ERMA 3TC2A 1MS9A 3AKFA 1TIEA 3NF3A 1MS3A 2A97A 4J2SA 4IZXA 3F62B 1Z0HA 3RTJB 5FZZA 5JMCA 3ZSKA 3ZXDA 4JKQA 1XHBA 2FDBM 2JECA 2SLIA 1QF3A 2Z42A 4OEFA 4I8MA 1AXZA 1CPMA 4Q9PA 1F31A 4GOVA 3O49A 4F83A 2F2FA 4X37A 1RZOB 1ZA4A 3WG3A 4XILA 2D1ZA 2RSTA 1JT3A 4Q1RA 2Z49A 4I2SA 4P0LA 3BRGC 2A3YA 1V6WA 1URXA 4ZGRB 2D24A 1W6MB 3O4CA 3JRRA 4FOWA 4LO3A 4R9DA 1IHKA 1FMMS 1JYIA 3WG4A 5EXOA 1SR4C 2D43A 5FREA 1LTEA 2RQ9A 3AKIA 4LO2A 4XJUA 5E24E 4TZDA 5HCBA 3S8JA 1FNZA 2NM1A 2TEPA 5GLZA 3OYWB 2XOAA 5GLVA 3FFZA 3MEPA 1HCDA 1FATA 1QGLA 5FNXA 2ZBJA 1BFGA 2DU1A 3DDBA 1DQOA 1LODA 5T5LA 2XG3A 3AKHA 4I3NA 1W3GA 3MPPG 2FGFA 3HBWA 4M3CF 4FOYA 1IJTA 2K43A 3QJ0A 5GZFA 1FX5A 1HIBA 1C1FA 1AFCA 3VSFA 1IS5A 1DQ1A 2AFGA 1LHNA 2R1DA 4JC1A 1GBGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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