1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
3AKFA 4XIKA 4FQZA 3IM6A 2GNBA 5DUVA 1QNWA 2BEAA 2WQZC 1CIWA 2DVFA 1IKPA 4XMIA 1V6KA 2VW0A 2UWBA 2A6VA 1UMZA 4Y24A 3V65A 2W08A 3VKLA 3WOGA 4LO1C 2DUPA 4YG6A 2DUOA 1AXKA 2EXKA 3FBYA 6I1BA 1GGPB 2ETFA 1QDOA 3INAA 3H6RB 5IUQA 3HN1A 5E24E 4XOGA 3BOOA 1V6IA 1CONA 2A70A 1WLDA 3GNEA 3N35A 4ZFWB 1ISWA 1ENRA 1Q8SA 5IK5A 8I1BA 2ZGRA 1KNMA 2NP0A 4FP2A 1ZN3A 2KM2A 1DQ0A 1JOJA 2ZGUA 2E4MC 3USUA 5GLWA 4XHBA 3O4AA 3IN9A 3IPVA 2R0HA 1BFCA 1AFCA 2B7YA 1F9KA 3B9UA 1ULGA 2E7TA 4R6UB 4XMAA 3IMNA 4YZ2A 1QOOA 1HWMB 3AP5A 1K5UA 1VIWB 2D6NA 1GNZA 3AJYA 4Q27A 2YUGA 1SLCA 3F1RA 2AGSA 1NUNA 1BFBA 4IZEA 1O4YA 4IQPA 1IS3A 2D43A 2WT1A 1HQLA 1CJPA 1W6PB 2ZKNA 3CRGA 5FZUA 3IIRA 1RG8A 2Y9WC 1ISVA 4IYBA 5F8WA 2G7QA 1GYKA 3AP6A 4EJ5A 5LK5A 1V6JA 2BQPA 4QALA 1ILR1 1W6MB 3BA5A 1AXZA 3AXEA 4YZ4A 1CESA 1LECA 4R9AA 1LOEA 1YXWA 1AF9A 4XE9A 2R1BA 3WHTA 5GLTA 1UL9A 5BXSA 5F8YA 2D24A 4P0JA 4X37A 2A5ZA 1G86A 2W52A 4ITCA 1WBCA 3C8AA 2AR6A 5E88A 5IK7A 4EFRA 4LO2C 1JBCA 2CWMA 2EXJA 2UURA 4DQAA 3B69A 4I4XA 4YLZA 3UJOA 4ZGRB 2JE7A 1DZQA 2E7QA 3TAYA 4YOLA 4HANA 3PUBA 1LGCA 1QDCA 1S0JA 3D4KA 3B3QE 2P3IA 3PVNA 4YZ1A 3RSJA 1IRAX 4ZBVB 3DS9A 1YYNA 1LODA 2D6OX 4LO3C 5DSSB 5JLVA 5JOYA 2XOAA 3ILNA 3HMYA 2DTYA 4GAIA 2CWSA 3N7JA 2A3WA 1LCLA 4M3CE 1MVEA 4CTEA 4K1ZA 4WV8A 3N7MA 3ZXEA 1S0DA 2KH2A 2ZABA 1LJ7A 2ZGSA 2E51A 4GWMA 3MW2A 4J23B 4WZFA 1VCLA 3FJ9A 1A8DA 2D6LX 1L2HA 2YMZA 1WUVA 1I1EA 3H6QA 2NVHA 2RG9B 3F62B 4XFTA 1AZDA 4EEEB 2X2TA 1V6WA 1DZCA 4H9WA 3BRFA 1LEMA 4XIOA 3I29B 2G4IA 1TFMB 3AKIA 3EF2A 1Q8PA 3CA0A 3RMYA 1CVSA 3KM5A 3NBNA 2IMBA 1RY7A 1SZ6B 1ZM1A 2WNEA 2RHPA 3OY8A 3ZXGA 1BKZA 3ZUSA 2JD4A 2WRYA 3CRHA 4TLPA 4DEPA 3NV1A 2GO2A 3BX1C 3RMXA 1M2TB 1OQ1A 1GSLA 1C1LA 1SLAA 4QC4A 1HLCA 2EXHA 3T1LA 3V0BB 1SR4C 4YM0A 4K1YA 1QGLA 3ZYRA 3WDTA 3AJ6A 3AZYA 5DZGA 4XJZA 2D6PA 1Q8VA 4LBQA 3OJBA 3VT2A 2VH9A 3OJMA 3AYEA 2VW1A 1Z2VA 3M3CA 3CA4A 1N3QA 4XFUA 3IM5A 4GAFA 2YY1A 1HWNB 4Y20B 1JT4A 3NBEA 4C1WA 1DQGA 1SBEA 3WCSA 1SBDA 1BASA 3S8JA 3RQ0A 1ULEA 5JOXA 4FPJA 5HCFA 2VXTI 2Q5TA 3OBRA 3Q9OA 5HPZA 3ATGA 3AZWA 3I4IA 3T2TA 4QD2B 3A0NA 2DVDA 2XHLA 4LO8B 3S8KA 2FFVA 1S0GA 1DJSB 1E0OA 5BQMB 1Q56A 1MS3A 1LOAA 4Y1UA 2MIBA 5JDBA 1DFQA 4GA9A 4LBOA 1HCEA 4DS0A 4JAWA 1BFGA 2D44A 3CA6A 5JVVA 3C8BA 4CJMA 3O4BA 1FAYA 1N4KA 4M3CB 2A3XA 4LO0A 1ISZA 1S1AA 4Z8BA 3CA5A 3AYAA 3B01A 2C9AA 4XZPA 1NLSA 2DVBA 4P9YA 5EHAA 4UW6A 1FYUA 1HKDA 2XG3A 5BQNA 4YG3A 3WDXA 4DENA 4IY9A 4YM1A 4DRRA 1QF3A 1DBNA 1QU0A 5HCBA 3ZXLA 3CAHA 1YTOA 5EC5A 1ABRB 2DWRA 1XG6A 4YZ3A 2D7RA 2YXSA 1W3GA 4L4IA 2W2DA 1MR5A 1PWAA 1JUIA 1JLYA 2LTNA 1R8NA 3AKHA 1G9FA 2JKBA 2JE9A 4FPGA 5EYYA 2FDBM 1WBAA 1LU1A 2WSUA 1AXMA 2AAIB 4KTXA 3PMEA 2P37A 4WVVA 4Y22A 5F9TA 4JKQA 2LIEA 3UJ0A 1ZB7A 4KBBA 3AX4A 3ZXJA 2R49A 2D6KA 1DQ4A 4I4PA 1OKQA 1BFFA 2R1DA 1H9WA 1LGNA 4OZXA 1ZKXA 3POWA 1LHVA 1C4RA 5T5PA 1XTFA 1MS1A 2YROA 3CU1B 3USUB 1VAMA 4I4OA 3AXDA 5EXOA 3O4DA 2DVAA 5GAQA 2F2FA 5BOWA 4YGDA 3KQRA 2DVGA 4XKIA 4QKRA 2D6MA 2ZHMA 4BM8A 5D62A 2LIQA 1KITA 4LBJA 4SLIA 4F83A 2UU8A 4PCRA 2EALA 2ZA9A 2PHUA 2AQZA 1LOFC 4JC1A 3WUDA 1BYHA 3FJ8A 4JRAA 4XJ9A 2DV9A 1BJQA 4D0TA 3FJJA 2EIGA 4ZLBB 1N47A 5T52A 2FMDA 1TTUA 1HDKA 1HQWA 4H55A 4TYSA 4XJUA 3DUIA 1TOOA 1SLBA 2Y9XE 1TP0A 1W0PA 2A6YA 4P6AA 1G8WA 4U36A 4Q8KA 2DREA 3AFKA 3AYCA 5L73A 3T1MA 1AVBA 4XBLA 2OVUA 3TB0A 2OUHA 1W6OA 1D2SA 5GZFA 1QQLA 4GWNA 4GP3A 2J3PA 1JLXA 4EFQA 4QKSA 1AVAC 4PBPA 4X3AA 1LOBA 1FX5A 4P9WA 4XBQA 1SLIA 2QN4A 4G6JA 1GICA 3RRDA 2DRZA 4JP0A 2MLLB 4ZXKA 1S0EA 4KEJA 1XTGA 4LBLA 5JOZA 3FUOA 3JUUA 4JQ0A 1LENA 4OWJA 1SFYA 1OQLB 3W59A 3WLUA 3BTAA 1MZ6A 2W68A 3HALA 3AZZA 1APNA 1ULCA 9ILBA 2NMOA 2R0FA 1GKBA 2CL2A 1UKGA 1EV2A 4EKXB 2GN3A 3O0XA 3FJKA 4J2KA 4Y1VA 3WV6A 4IY8A 3RG0A 2P2KA 1ENSA 4RL7A 5GZDA 3WINA 4AWDA 1MS5A 3DDBA 4A7KA 1HCDA 4IZXA 1BLAA 2ERMA 2VLCA 2WT2A 4QD2C 2C5DA 5KXEA 4OEGA 2YZ4A 3LCPA 3ZURA 1FNYA 3FUQA 4AVSA 1O4ZA 1FWVA 1U0AA 1A3KA 1ENQA 1WBFA 1KJLA 4FPEA 2ZMKA 3FLTA 3WUCA 3SH4A 1MS0A 4OW4A 1WD4A 1W3FA 1ZA4A 3OGFA 5AVAA 3MALA 3VT0A 2AFGA 4QO3A 2GMEA 3QYDA 2G7NA 4HA2A 4XJWA 3WMVA 1C1FA 2D7FA 3W58A 1GZWA 1BARA 3VV1A 1WD3A 2IWTB 3SITA 3JRRA 5F90A 3OY8B 2F2FC 2DU0A 3CRIA 3WG4A 4USOA 3I2XA 3H6SE 1G82A 1IT0A 3POSA 3MPPG 2F8XC 1GZCA 4Y1YA 2DTWA 3I2AA 1ISYA 4I0YA 4KUFA 3UD9A 4AN6A 5DZEA 2SBAA 1FGAA 2ZACA 4X38A 2A75A 2WSVA 3O3QA 1WLCA 3ZVXA 1FATA 1YVGA 1KRIA 1R8OA 3VSFA 1W6QA 1DYPA 4OWLA 2AENA 2NMNA 1UN1A 3VEQA 3D6EA 2HWAA 4G9MA 3CA3A 2P3KA 3L2YA 2PHRA 2CYFA 3O0WA 3WCRA 3O44A 4AYUA 2VSAA 3M2MA 4W65A 3A0KA 2Q9XA 4XTPA 3BB2A 1WLWA 1M16A 4XHXA 3SNVA 3DSEA 4LBQB 2MC2A 3ZC8A 1V00A 3R4UA 5GJ6A 1ITBA 3RTJB 3DEBA 3FJIA 3UL2A 2SLIA 3FLPA 4I4QA 4Y1ZA 4BLIA 1UPSA 1TWEA 5BQUA 1SCSA 3M3EA 1SBFA 2ISEA 3ZXKA 2ENRA 3O12A 4YGCA 5T50A 5GLZA 2DUQA 3WA1A 3VSZA 3WDYA 3C2UA 1AX1A 3Q7WA 3HBWA 2RSTA 3BAVA 1FMMS 3BAUA 3NJ5A 1W6MA 2ZQOA 3AYDA 3FJAA 4FGFA 2G7PA 2ZGMA 1PZZA 4HR6C 1XHBA 1HWOB 3M3QA 3D3XA 2BEBA 2UWAA 4DCKC 4Q8LA 3A23A 3DDAA 1PUMB 1BXHA 3AZVA 1HKNA 4XFSA 2A6WA 1D0HA 3R4SA 4BOWA 1FN0A 2VXRA 21BIA 4AGRA 3AP9A 3BRDA 3NF3A 3FIEA 3HSMA 4IONA 4AVTA 1WW4A 2XHLB 4I4YA 4I4RA 1UAIA 4XDQA 1T4QA 2A8AA 2ZBJA 3VWCA 4I7IA 4ZKTB 2NZ9A 2D3PA 2QN0A 1FQ9A 3IKWA 4IHZA 3MEPA 5T55A 4II0A 3ZXDA 2ZZJA 3V0AA 1DQ1A 3NV4A 4G9NA 2ZGLA 1V6MA 4D8HA 3WINC 4PF5A 2EXIA 1R1ZA 1W6NA 1GNHA 1NXD1 3ASIA 4WBCA 1IS6A 4FP3A 4PBOA 5GM0A 4YW2A 3A07A 1GLHA 3NV3A 1RZOB 1JXNA 1CN1A 3OPZA 3C88A 4K20A 1T3AA 3O4OA 2AYHA 2HWMA 1FNZA 5CB7A 4WVWA 1V6LA 3FFZA 1LTEA 3PHZA 1KJRA 1JHNA 3UD7A 4NO4A 1G9DA 5CA6A 1G7YA 1A78A 4FOQA 2W2DB 2FO1A 1YO8A 4ISRA 4USPA 5GLUA 3P53A 1QOTA 4YW5A 4YW3A 2VY0A 2NTDA 3BRGC 4FPOB 4Q2FA 1V6VA 2NN8A 1LOCA 3BA4A 1N1YA 1II4A 2EF6A 3RS6A 5DXDA 3K1XA 1UX6A 4Y22B 3JU9A 3P6IA 2ERFA 4I2SA 1JT3A 1YRZA 4U2AA 1TIEA 4ZFUB 4ASMB 2K4AB 3LTQA 1DZDA 2KKIA 3Q7XA 3BAQA 3FJFA 3QW8A 3BWIA 1EPWA 5DUYA 3APBA 5DG2A 2Z42A 2H0BA 1C57A 4GOVA 5DUUA 5E8AA 2WT0A 2ZR1B 4DRVA 4FOYA 1Q04A 3OBTA 3BONA 2Z48A 5T5LA 4FPKA 4P14A 5BQUC 5GZCA 1UZZA 1ISXA 1GBGA 1N3PA 1Q8OA 3V79C 5DUWA 3HOMA 2E6VA 3B9CA 2D1ZA 4PC4A 1KDMA 4XJAA 1TWMA 4I4UA 1IKQA 3UJQA 1QKQA 2P23A 5JMCA 3E8LC 2ISHA 3FJHA 1FV2A 1ONKB 4R9BA 3WDUA 3QCWA 4JKXB 4GKYA 1BZWA 4I96A 4YGBA 1MS9A 1EVTA 4EB2B 3VUOA 4BLJA 3FLRA 4OWKA 3BAOA 4LBNA 3VKFC 5G00A 4LBMA 1PZ8A 3KMVA 4GALA 2I1BA 3WVJA 4BMEA 2GNDA 1BLDA 1N1VA 3WDWA 3OYWA 3MW3A 1T3CA 2ZAAA 4R9DA 1QOSA 3H0OA 5F5QA 4ZOTA 4JPZA 4M3CF 1JTCA 3ZSKA 3IM7A 4YFZA 1LHOA 5DG1A 3IAGC 1PC8B 1SLTA 1VALA 5CBLA 4Q1RA 2QYIB 4LBKA 7I1BA 3IPVB 5I1BA 4YW4A 5T5OA 4GOYA 1J0SA 3N0KA 3LSEA 1E1HA 3PVOA 2E53A 2TEPA 5D61A 1YF8B 1H30A 1LHUA 5GALA 4LO2A 3WG1A 1I3HA 3SISA 1DFCA 1K5VA 3NV2A 2FFUA 4XXPA 31BIA 4J2XA 3WHUA 1JT7A 4BPZA 1FV3A 1IILA 2ESUA 4X39A 1F82A 5H9SA 3ZX7A 1IHKA 4UW4A 2VUAA 3MW4A 5FZZA 2WLQA 1Q1UA 2GN7A 2WJSA 2V5YA 3WMUA 1WW6A 1G9BA 3AH4A 1S0BA 3LSDA 1F31A 3QW7A 1MS4A 2A97A 4P0KA 2A7AA 4YW1A 3BADA 2ZHLA 4Q9PA 1PZ9A 3ZXFA 1DGLA 5KXCA 3NBCA 4PQ9A 1ONAA 1XQNA 3LLPA 1DQ2A 1N1SA 3BA7A 3C89A 1V6NA 3QIYA 3O0VA 2D3RA 3PJQA 3PG0A 4FVVA 1HIBA 1RITA 3OGGA 2D7IA 4L8QA 2PHWA 1F5FA 4CZSA 1ZKWA 3VKOA 2DU1A 3FJEA 4ISQA 2M49A 1GZWB 4LO0C 4ZA3B 2JDZA 4FOWA 1CE7B 4Y1XA 3A4UA 3V64A 1DYKA 1DQOA 1CVNA 3UDAA 4ZJXA 2ZGOA 2GNMA 4FPFA 1LU2A 1ZL5A 5FRAA 2Y9GA 2VU9A 1Z7HA 3BOKA 1AVWB 4AGGA 1Q03A 3AH1A 2HW9A 2IMAA 1W6QB 5EWSA 1GZ9A 3GALA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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