1EPW | Genus

Total Genus 401

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	401
sequence length	1290
structure length	1287
Chain Sequence	PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags	Hydrolase
total genus	401
structure length	1287
sequence length	1290
ec nomenclature	ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date	2000-03-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01742	Peptidase_M27	Clostridial neurotoxin zinc protease
A	PF07951	Toxin_R_bind_C	Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A	PF07952	Toxin_trans	Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A	PF07953	Toxin_R_bind_N	Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1120.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain	Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain	1epwA02
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	1epwA03
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	1epwA04
3.90.1240.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Zincin-like	Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like	1epwA01

1N1TA 1N1YA 1XYFA 4KS6A 2D43A 1TP0A 3NF3A 2QN4A 2SBAA 2LIQA 1MR5A 3A07A 4OW4A 2NMNA 5E8AA 3W59A 2W39A 3FUOA 3N7KA 1AX2A 2VW2A 4XZPA 5BXSA 1AVBA 3SH4A 1S0LA 1LEDA 2GZBA 4D69A 3O49A 2FFVA 4BM8A 3FJAA 4AN7B 4Q8KA 3FJHA 3PUBA 1LULA 3ILNA 2D6LX 1A78A 1W6PA 2R1DA 3MW4A 1MD6A 5DZGA 1C1FA 3ASIA 3QR5A 1AFCA 2DUQA 2G7NA 3FLPA 4FOVA 4I4OA 2ETFA 2WKKA 4LO2C 1LOEA 1UZZA 1AVAC 4AVTA 3DS9A 3VKFC 3USUB 1HWPB 3I2AA 1PZ7A 4LBQD 1S0EA 3B9UA 4BPZA 2RQ9A 4YLZA 2IMAA 5JMCA 1LGBA 3PG0A 3CRGA 4YFZA 4NO4A 3ZSLA 4ATEA 1ZKXA 3AZXA 1WLCA 4Q1RA 3MPPG 2FDBM 1LOAA 2E4MC 3AXEA 2DV9A 3CA5A 3MW2A 2FMDA 3B00A 4TYSA 1GICA 5CB7A 3D7WB 1WBLA 1ULCA 3PVNA 4I4RA 3V64A 5DZFA 3ZXGA 4KUFA 4XIKA 1WUVA 9ILBA 2GO2A 3Q7YA 2W2DA 1ISXA 3C2UA 5DXDA 1VCLA 1LCLA 3M3QA 2Y9FA 3OJVA 3AXDA 3ZSMA 2ARBA 1G86A 1AF9A 3WUDA 1YRZA 4I7IA 5IT6A 2R49A 2ZGTA 2HWMA 3UD9A 3TAYA 1GZ9A 2G7KA 4XYXA 4EJ5A 1I1BA 3OJBA 1BARA 2P34A 3CA0A 4AGGA 3O0VA 4YW3A 1DZQA 3FJKA 4M3CA 2DUOA 4FPOB 3NV2A 3B69A 1ULEA 3QLQA 1NXD1 3B01A 3K3QB 2BEBA 3SH5A 3AP5A 1G7YA 1V6JA 5IUQA 1PZZA 4P9WA 3JRRA 1GV9A 1AJKA 4YW5A 1IS6A 3NV3A 4LBOA 3O12A 1SLLA 3N0KA 1W6PB 4JRAA 4FPYA 2I1BA 1SLBA 4FOWA 1JW6A 2QN0A 3C88A 5KXCA 2GN7A 3AJYA 5I1BA 2JJ6A 1HQWA 2PHRA 3NBDA 3BOKA 1DIWA 3FJ9A 1FQ9A 2ZGLA 4FVVA 3AH2A 2EIGA 2ZHLA 2AFGA 4M01A 1GNZA 1MVQA 2G4IA 3IM6A 3M2MA 1LESA 4K1ZA 2GNTA 1HKNA 4ZKTB 4ITCA 4QBVA 3KMVA 1HLCA 1AX1A 2E53A 5G00A 2RG9B 1JTCA 3N3HA 4HL0A 1LGNA 3KQRA 3M3EA 1ZKWA 1WBAA 1DYKA 4Q2FA 1LU2A 1LTEA 3B9CA 4KEKA 4YG0A 2WSVA 2AENA 1Q8QA 3O0XA 3WHTA 4ISQA 1GKBA 1LOFC 3VKNA 1LHUA 1L2HA 4IONA 2DU0A 4RL7A 1HWNB 2L5XA 3E8LC 1YVGA 3VEQA 4I8MA 3QJ0A 2DVBA 3WVJA 3BWIA 1WLDA 2D7FA 4XFSA 1GANA 4KC3A 2D44A 2WLQA 2EXJA 1XTFA 1EPWA 3CA4A 1W6NA 4L4IA 1OQLB 1WBFA 3BAVA 1W3AA 1IJTA 3AYEA 4PBOA 1GNHA 1Q8PA 3WDVA 3AZYA 2ENRA 4UW6A 2OUHA 4M3CB 3BAUA 2A3YA 2R0HA 3SNVA 4J1LA 2Y9WC 5IK7A 3IPVB 1SCRA 3BAHA 1JQZA 4EFPA 1IOAA 1N3PA 4W65A 2CWSA 2GDFA 5CA6A 3UD8A 3FUQA 3ZSKA 1DFQA 2X2SA 4I3NA 1V6UA 4ZFUB 3CA1A 5EHAA 1YTOA 3LTQA 1NZKA 1BFFA 1UPSA 1MACA 1N3QA 1Q8VA 4FPLA 2P3JA 4Y22A 4AVSA 3R4SA 1R1ZA 5GAQA 3N7MA 3S8JA 1QU0A 4P6AA 1MZ5A 2YZ4A 1ZN3A 4EB2B 5FZYA 4QKSA 3WCRA 1AJOA 2D6MA 3FIEA 1TIEA 4GOYA 2A3WA 1KRIA 2YUGA 2ISGA 4JCKA 2ZACA 1CPNA 1CONA 3K1XA 1QMJA 3ZYPA 1S0DA 1KDKA 2ZABA 3C9ZA 2W52A 1ONAA 4AYUA 3AK0A 4BOWA 1W6QA 2ARXA 1DQOA 4GALA 1FAYA 3ILFA 4FPCA 3QIXA 3AH1A 1CESA 1V6IA 3VWCA 5EWSA 3DDBA 1FNZA 1C1LA 4DRRA 2KLLA 5KXDA 5JLVA 4XIOA 1WW5A 1ISYA 2CY6A 2WSUA 4CJMA 5E88A 4I96A 1KDMA 2AAIB 3RG0A 21BIA 2ZAAA 2A75A 1QDOA 3AYDA 4AN6A 4U36A 1GYKA 1GZCA 4LBKA 2ZGNA 3VV1A 2A6VA 2VY0A 3A23A 3CRIA 4JQ0A 1N3OA 3POYA 2ZA9A 5KXBA 4XDQA 4K1YA 2JDZA 5HCAA 3Q9OA 1DQ1A 3FJEA 5GALA 1PZ8A 3AKIA 1IRPA 1E0OA 5DUUA 4YG6A 3FBYA 1WW4A 4Y1VA 2VH9A 2WQZC 3Q7XA 2HYKA 3PVEA 2D1ZA 2NYYA 4XMAA 4G6JA 2DWRA 3FIIA 1K5UA 4XMIA 1SLCA 4OZXA 4FPKA 5JVVA 1G9FA 2P23A 4K20A 1GBGA 1BFCA 4Y22B 3QW5A 1S0JA 1J0SA 3BODA 1BFGA 2Q3NB 3SITA 4Q9PA 3C8AA 5DZUA 4GA9A 5DUWA 4YM3A 4HJJA 2ZGUA 1C4RA 4QC4A 4ATFA 3APBA 3VKLA 2R16A 5EG6C 4QO3A 3MEPA 3D5OA 3QW7A 1LGCA 1OKQA 4YM0A 3QW6A 2DYCA 5HCBA 1FGAA 1AVUA 5GLTA 1VIWB 3M3OA 3T1LA 1VAVA 1F5FA 4I30A 3WHUA 1Z4SA 2IHOA 3WNXA 1W6QB 2F8XC 3I2XA 5E89A 3AJ6A 3HMYA 1Z0HA 1JYCA 1DHKB 3H6SE 5F8WA 1ENQA 3O3QA 1ZL6A 2HZ9A 2Y9GA 2AXMA 2CWMA 3GALA 3DEBA 4LO1A 1BKZA 1JXNA 1FX5A 3NV1A 1YI7A 3ZXKA 1JT7A 1TFMB 2GALA 4JKXB 3IM0A 3ZYRA 3FLTA 3HALA 4X37A 1F9KA 4PF5A 2GN3A 1G9AA 5EXOA 2OVUA 4WV8A 3RQ0A 3AKGA 1ZM1A 2MC2A 1I3HA 3WG3A 4FPFA 3ILRA 1IT0A 4A7KA 4R9CA 2Z49A 5DUVA 5CNAA 3T2TA 1PZ9A 1CR7A 3OJ2A 3ZUSA 5T5JA 3NJ5A 4PQ9A 4OEGA 1JOJA 2EF6A 4D0ZA 2HW9A 4J23B 1YBIA 2AR6A 4YGCA 3INAA 4PCRA 2E7QA 1DQ2A 1AVXB 1Q04A 3POKA 2D6NA 3HBWA 4YZ4A 3BOOA 1QOTA 3OJMA 2GMPA 5BXPA 1JYIA 3M1HA 4AGRA 1G82A 4DS0A 1MS5A 5DUYA 1CIWA 1HCDA 4HR6C 2BFHA 4USPA 2AREA 4LBQA 4FPEA 5GJ6A 4GKXA 4GAFA 1IRAX 4GP3A 3A21A 4EL4A 4KEJA 1MC9A 2YXSA 3ZPYA 4I4QA 1T3CA 2C9AA 4BMEA 1LHNA 3BOPA 1LHVA 4LO1C 4YGEA 2ES3A 3AFKA 1CN1A 1TWMA 2Y9XE 4ZA3B 3P6IA 4IZEA 1QF3A 4BLJA 1ITBA 4XHXA 2YY1A 2A3XA 3VT1A 3CU1B 1RINA 4XJ9A 1DQ6A 3V65A 1UL9A 2ZHMA 1LOFA 3WINA 2OUJA 3VT2A 3DUIA 1LHOA 1AXYA 1QOOA 3NV4A 1QOSA 4Q8LA 4A7YA 2A6XA 2ZGOA 2DREA 2R0FA 2AUYA 2RHPA 4UW5A 1LOBA 2A8AA 1SBEA 4HANA 2A5ZA 4YW2A 1FWVA 2Q5TA 1DQGA 3PMEA 3UJOA 1II4A 3IM7A 3ENRA 2QYIB 1LODA 2AYHA 4YZ1A 3AYAA 4Y1XA 4Z9WB 4LBJA 3WLUA 1SBFA 1DLLA 2D24A 1GLHA 3JUUA 3RTJB 1V6MA 1MS0A 1T3AA 3FJJA 4GOVA 2P3KA 2EALA 1QNYA 2K4AB 2NZ9A 4F83A 3EF2A 3A4UA 5FNXA 2D20A 2X2TA 1FNYA 3AKFA 4H9WA 2NVHA 2J3PA 1IHKA 3N7JA 1LU1A 2PHTA 1WW7A 3MW3A 1IOBA 3H6QA 1DZDA 5LK5A 1IKQA 4H55A 3POWA 2DURA 31BIA 3UK9A 2PHWA 5DVHA 1V6VA 1WD3A 3OYWA 3FJ8A 3IAGC 1JLXA 3VSZA 4I37A 2D3RA 4JAWA 2DS0A 1LHWA 1AXZA 1XZZA 4ZJXA 2PHFA 3B3QE 3BA5A 1ZL5A 1WBCA 2VW1A 2W2DB 3OY8A 2NM1A 4IZXA 3WINC 4XXAA 3WG4A 2Z42A 1V6WA 4R6UB 3QIZA 2V5YA 4FPJA 4CZSA 4AGVA 3O4CA 2FFUA 2IWTB 5BOWA 1DZCA 4XILA 1DYPA 5SV8A 1W0PA 1XQNA 3IN9A 4FPGA 2MIBA 3S8KA 1Z7HA 3JU9A 2JECA 1UZYA 2ZGQA 4FP3A 1FMZA 4AVVA 3PVOA 2DTYA 3F62B 3BAOA 1RG8A 7I1BA 1T4QA 2ZHNA 4QD2C 1W3GA 3W58A 2D3SA 1MS9A 4G1RA 1WLWA 2Z48A 1UAIA 2P37A 1MZ6A 2FO1A 2VSEA 1H30A 4XTPA 4J2XA 3C8BA 4ISRA 3BAQA 2F2FA 2R9KB 2GMMA 2DRZA 3H6RA 2ISHA 4I4VA 5FRAA 2ZGSA 4DEPA 4DCKC 1Q8OA 3AX4A 4Y1ZA 1F31A 3PHZA 4YFWA 5GZGA 1O4ZA 2YV8A 4FOQA 2MLLB 4ZLBB 1YO8A 3UD7A 3A0KA 1MS3A 3R4UA 3WO2A 5IK4A 1FWUA 3FGMA 3QYDA 3BTAA 1VLNA 1XTGA 2E6VA 1LOGA 1AZDA 1CJPA 1IS4A 4IY9A 3WDWA 4XJZA 1NUNA 4JC1A 2KKIA 4YGDA 2KH2A 2FPQA 3AH4A 3ZSJA 1DQ0A 3BA4A 1SR4A 4IHZA 5FZZA 1JY0A 5BXRA 2ILPA 1DQ5A 4EKXB 4I4UA 3NBNA 1SLIA 1FMMS 1HQLA 2KM2A 4CRQA 5BP5A 2EXKA 1SZ6B 3IM5A 4G9MA 4EFRA 2WT0A 3ZC9A 4KBBA 1TTUA 2AGSA 4H04A 2HWAA 3LLPA 1CPMA 1MS8A 1VAMA 1W6NB 2ESUA 3IMNA 4EEEB 3D6EA 1PWAA 4DENA 2F2FC 2ZMNA 4YM1A 4DFSA 1D0HA 3FJCA 1RY7A 2XHLA 4U2AA 1HWMB 4K21A 3ZXEA 2RSTA 3UL2A 1IS5A 1AVWB 4J2SA 4JP0A 1ZB7A 3POSA 4OUJA 4I4SA 5GLUA 5JOXA 2VUAA 1O4YA 3HN1A 5FNWA 2A6WA 2ISEA 2D6KA 1CVNA 5EYYA 5T50A 3ZX7A 2ZHKA 4USOA 2M49A 3O5SA 3WDUA 4L8QA 3NBEA 1ULFA 3QIYA 3OGFA 3CA3A 3WG1A 3V79C 3USUA 1ULGA 3N35A 3OBRA 2WJSA 4CTEA 1KNMA 3VUOA 2DVAA 5GZDA 4OEEA 1TEIA 5B2HA 1SR4C 3AZWA 3UJ4A 4TLPA 1W0OA 4R9DA 2NMOA 5BQUA 2ZBJA 2AH2A 3DSEA 5GZEA 1G9BA 2Q9XA 4Z8BA 4ZGRB 4HEVA 2SLIA 3AP9A 1APNA 5JOWA 1W3FA 4IQPA 1KJLA 2JE7A 5T54A 4RA0A 5F5QA 4XBLA 4R9AA 1H9PA 2ZMLA 5BP5C 4YM2A 2DVGA 5T52A 3UDAA 1PUMB 3U4XA 5H9QA 4X38A 2A6YA 1ISZA 4I0YA 1N4KA 4PBPA 1Q8SA 1LECA 3WDTA 5CAZA 4P9YA 1AX0A 4BMBA 2LIEA 1C57A 5HCFA 4XTMA 4ZBVB 4M00A 2KI6B 1QNWA 3H0OA 4YZ2A 4XJAA 4J2KA 1NLSA 2DU1A 3AYCA 3HOMA 1LEMA 4LBMA 5BQNA 1Z78A 4ELCA 1QDCA 2EXIA 1WD4A 4XXPA 5CBLA 2JE9A 3SNMA 2EAKA 4OEFA 1RZOB 3WV6A 1ISVA 5BQMA 3RMYA 1XHBA 2NTDA 2WRYA 3O4AA 3O44A 1A3KA 2VXRA 2VU9A 1W6MA 2ZKNA 3WDYA 2IMCA 5E24E 4XE9A 4Y1UA 2XHLB 4SLIA 4YGBA 1ABRB 3AJZA 1UN1A 2UWAA 3Q7WA 3F1RA 2VW0A 1Q1UA 1JHNA 2D7IA 2CYFA 4LO7C 2YMZA 4X3AA 5GZFA 1W6OA 2TEPA 4YZ3A 1JUIA 1SLAA 1ZA4A 1V6KA 1J1TA 3QCWA 4PC4A 2YROA 5T5LA 3O4OA 5BQUC 2BQPA 2BEAA 1S0CA 5DUXA 2GNDA 4TZDA 2ZR1B 3MALA 1MS1A 3PJQA 3GNEA 5H9PA 3VT0A 2ZGPA 4M3CF 2EXHA 4LO7B 2P3IA 3I4IA 3A22A 4XOGA 1D2SA 2ZZJA 1IILA 1B09A 4Y20A 1BQPA 1V6NA 4Z8SB 3AP6A 2LALA 3VKOA 1XG6A 3FJFA 1CQ9A 3AP7A 5DG1A 2A97A 3VSFA 1UX6A 3HSMA 4Y24A 3FJBA 4Y26A 2CTVA 2C5DA 1I1EA 1KITA 1U0AA 3V0BA 5T5PA 1JN2P 2FHRA 2XB6C 1BFBA 5BVPI 4IYBA 1ONKB 1KJRA 2ERFA 5D62A 1ISWA 1BA7A 5F8SA 5DG2A 1V6XA 4D8HA 3L2YA 2ZGMA 2CNAA 3AKHA 4OWKA 1VALA 5H9SA 2DRYA 4WZFA 1RMLA 4Q27A 1IS3A 3CRHA 1BYHA 4D0TA 1BZWA 5JOYA 3P53A 5EC5A 2UWCA 2A70A 4LBLA 1LOCA 2W08A 3BONA 1OFSA 1MVEA 4Q9GA 3WOGA 4Q1PA 2D7RA 1UMZA 4GXLA 5GM0A 4I1EA 3FJIA 5D61A 4ZFWB 2WNEA 4WVWA 5KXEA 3IPVA 5BQMB 5GZCA 4DPNA 5T55A 1BJQA 4Q26A 2D6PA 3WMVA 3O0WA 2FGFA 1W6MB 3CNAA 6I1BA 1RITA 1LJ7A 4II0A 5IK8A 1SFYA 3ZXJA 3OGGA 1SBDA 1V6OA 3ZXLA 2AQZA 1W6OB 1S0BA 2P39A 2G7PA 4GKYA 3V0AA 3UJQA 3A0NA 4P0JA 2D23A 1QXMA 4P0LA 4I4YA 2W68A 4I4PA 2WBCA 1K5VA 3SISA 4YZ5A 2I2SA 5F9TA 1H9WA 1DJSB 1CVSA 1YXWA 3ZXFA 4LBQB 2E51A 3QW8A 3CAHA 3W9TA 3M3CA 1KQRA 4Y20B 3O4BA 1M2TB 3VKMA 5DSSB 4FQZA 4GWMA 1HDKA 1CE7B 4G6MA 2ZQOA 1SLTA 3TB0A 2JKBA 4XKIA 2VSAA 5GLVA 4J2YA 1BLDA 2P2KA 3R05A 3V0BB 2A7AA 1GGPB 4XFTA 1V00A 1QQKA 1R8NA 4YW4A 3WDXA 2GNBA 3WZ1A 2XG3A 2GMEA 2B7YA 4LO0A 2ZMKA 3C89A 4QKRA 1GZWA 3SLIA 3BX1C 1FATA 3N36A 2ET2A 4L4HA 3ZC8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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