1EPWA

Crystal structure of clostridium neurotoxin type b
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1epwA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1epwA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1epwA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1epwA01
4ITCA 4FPKA 1OFSA 5HPZA 5JOZA 3AJYA 1BXHA 1XYFA 2JJ6A 4Q26A 1UAIA 1QKQA 3N7MA 4ZOTA 3AJ6A 4J2SA 41BIA 5E89A 3VT0A 1II4A 4Y1XA 1AVBA 3OBRA 5F5QA 4YGCA 3IPVB 3ILNA 3LTQA 1PZ9A 2WSVA 2R16A 2D7FA 1OKQA 1YVGA 3V65A 4XMIA 1YTOA 2CWMA 2GMMA 5JOXA 3VSFA 5GZDA 1BZWA 3LSDA 2DV9A 5CNAA 3PJQA 2GO2A 5GZFA 3H6RA 2UWCA 5KXEA 2Z48A 4Q2FA 3NBCA 1JOJA 3HSMA 1GV9A 5FRAA 1GYKA 4UW4A 1F31A 1CPNA 2CWSA 1XTFA 3AH1A 1MS3A 3Q7XA 4DPNA 4YM0A 3N3HA 4FPEA 3DS9A 2GDFA 4KBBA 3QIXA 4DEPA 3VEQA 1U0AA 1W3GA 2JE9A 3M2MA 4YG6A 4XILA 3RS6A 3O12A 1MVQA 4H55A 4PQ9A 2A75A 5HCBA 3IN9A 4UW6A 3H6QA 1OQLB 2V5YA 1ZKXA 3NV4A 2K43A 2WJSA 1LECA 1XG6A 1CPMA 3IM7A 4LO7C 2Y9FA 2GN3A 1DQ0A 2VSEA 2NP0A 4YFWA 6I1BA 1HQLA 3AZXA 3CA5A 4GAFA 1LCLA 1LEMA 3VKFC 1M16A 1FX5A 1DLLA 1JT5A 3AKHA 1JUIA 3CA1A 1SLTA 1SLIA 1MS1A 5FREA 2AFGA 1JY0A 4Q1RA 4ZGRB 2CYFA 4P6AA 1ZL6A 1O4YA 3AYCA 5DZFA 5DSSB 5DUVA 3D3XA 1V6NA 1HCDA 1W6MB 4ZLBB 1TIEA 3FJ8A 1S0CA 4K21A 5GLUA 1N3OA 4LBQD 4KC3A 4DFSA 4I6IA 3FJEA 2KH2A 1LTEA 1G9DA 2A6VA 1G9FA 2ZGMA 2DTYA 3SLIA 4BPZA 3WOGA 1XQNA 5GM0A 4XBQA 2YZ4A 2ZMLA 1AF9A 1AXKA 2DVBA 4WVWA 1QOSA 2R1DA 4PBOA 4AN7B 4I2SA 1ZA4A 1W0PA 1V6KA 3OJBA 1Z4SA 1BFFA 3F1RA 3BADA 2YMZA 3ZSKA 3RTJB 3RMYA 5GLTA 4Z9WB 3ZXDA 1QDOA 2WRYA 3QCWA 1SCRA 4M3CB 3FIIA 3W9TA 3ZURA 1IKQA 1IS5A 1JTCA 3W58A 2A6YA 5F8SA 3QW7A 2NMNA 1KJRA 3T2TA 3CA0A 1URXA 4LO2C 2C9AA 2DU0A 1K5VA 3AKFA 4BMBA 2PHXA 1MZ6A 5BXRA 5GAQA 5JDBA 2E51A 2E6VA 3F62B 3HN1A 4FPGA 3ZX7A 4QD2C 3AP6A 3UD9A 1YBIA 5G00A 1GICA 1E1HA 4EKXB 3AXEA 4X3AA 1ZN3A 4EJ5A 1KITA 2JKBA 4K20A 4BQ1A 5CA6A 3PVOA 3R4UA 1TP0A 3USUB 1RY7A 3SH4A 4R9CA 3RSJA 3U4XA 3H0OA 3IAGC 1W0OA 2DS0A 1MACA 5BQUC 2FHRA 2R0HA 5DZEA 2CNAA 4WZFA 4XIKA 2D1ZA 5AVAA 4Q9GA 2P2KA 1RG8A 1LODA 4YGEA 4AWDA 1DQ6A 9ILBA 4GOVA 2D43A 2GNBA 2CY6A 1SLLA 4YZ2A 5BQMA 4KUFA 1AVXB 4XTMA 1VLNA 4II0A 1NXD1 4YM3A 3OY8A 1N1YA 1Q8VA 3OGGA 3HR9A 2V73A 4XZPA 3BONA 1ONKB 2W08A 3SH5A 4IHZA 1I3HA 4YG3A 3ZC8A 4GXLA 3GNEA 4P9XA 1T4QA 1LOFC 3JU9A 3MALA 2ETFA 1HKDA 3UD8A 3WDYA 4GKXA 4I4UA 4XFUA 1FAYA 3A21A 4XXAA 2AR6A 2D6OX 4OUJA 5L73A 4P9WA 4U2AA 1V6OA 4LBJA 1AXMA 1PZZA 3O3QA 3UL2A 3UD7A 2EF6A 1JXNA 4AGGA 3S8JA 4DRRA 1JLXA 3BAVA 3PMEA 2ZR1B 4FQZA 3KMVA 3P53A 4XE9A 3P6JA 3O4CA 3ZXEA 4A7KA 4AYUA 1RZOB 2P3IA 1LOAA 4G1RA 1HWMB 1KDMA 2IMCA 2G7NA 4FPHA 1NLSA 1TWMA 1UL9A 1AVWB 3BOOA 3POSA 4AN6A 5KXDA 3FJBA 4DENA 4Y26A 5T52A 3FFZA 5DZUA 4M3CE 4DCKC 1XZZA 3SH3A 1W6OA 1N1TA 1HWOB 2KM2A 2ENRA 3I8TA 2RQ9A 1D0HA 3AP7A 3BODA 3BRDA 3BA5A 3AKIA 4L8QA 1N47A 2DWRA 3FUQA 1ISXA 2ZMKA 3NV2A 1XTGA 4AVTA 1GZWA 4X37A 3AYDA 4QKSA 2DUOA 4ZFYB 5IK8A 5BXPA 3FJAA 3AH2A 2Q3NB 2WBCA 2ZGNA 1WW4A 4EL4A 4YG0A 3CRHA 4OEFA 3AZWA 1CESA 3PUBA 4XTPA 2X2TA 2M49A 4I4VA 2YUGA 1WW6A 4I3NA 4XFSA 4MYEA 2ZGLA 3WMVA 1AVUA 1SACA 4R9BA 1AX0A 1PC8B 3BA7A 1YF8B 2JECA 1ENRA 2DVAA 1YO8A 4CTEA 3BAGA 2Y9XE 2VH9A 3D4KA 3E8LC 5H9PA 1NZKA 5DUWA 3V79C 1AXYA 2P23A 2ISHA 2ZGOA 3S8KA 1LEDA 4Q9PA 2FDBM 5GLVA 3VKNA 2OUJA 3ZUQA 1FYUA 1O4ZA 5T5JA 3RRDA 2ZGRA 3P6IA 3IM0A 3AX4A 2PELA 1W6NB 3C8BA 1AJKA 2YY1A 2D6KA 4EEEB 2I2SA 1D2SA 1DQ5A 3ZXLA 3V0AA 3SISA 4WBCA 4W65A 2UWAA 2UURA 2GMEA 4ZJXA 5T54A 1BFGA 2KLLA 4USPA 4DQAA 2ARBA 5H9RA 4A7YA 4D69A 5D63A 5DUXA 3NWKA 1W3AA 1N1SA 2ZMNA 3B00A 4BLJA 1SBFA 2GALA 4Y22A 8I1BA 1LOFA 3WUCA 2WKKA 2F8XC 2LTNA 3AXDA 1JT3A 2E53A 3WG4A 3BAHA 4GKYA 4XJ9A 1SCSA 4NO4A 5HCFA 5JVVA 2R9KB 3WINA 3QW8A 2NYYA 5T5PA 1UZYA 2W68A 2JE7A 1BA7A 1TFMB 4KS6A 4BM8A 4IQPA 1BKZA 1LOGA 3WO2A 1DQGA 1A78A 1FMMS 1ISYA 3VT1A 3BAQA 3N36A 3N7KA 2VW2A 3WVJA 3M1HA 3ILAA 3R4SA 4QO3A 4JRAA 3DDBA 5GALA 3Q7YA 3HBWA 1W6QB 3M3QA 1ULGA 3BB2A 3ZXGA 1RITA 4L4HA 4LBNA 2YROA 1CQ9A 4BOWA 4KEKA 2D24A 3DEBA 2ZQOA 1V6XA 3FUOA 3V0BB 5D62A 4Y20B 5DXDA 3LCPA 3NBDA 1SLAA 3N7JA 1G86A 3AZYA 4G9NA 4K1ZA 2DVDA 1CE7B 2A6ZA 4WV8A 1TWEA 4FOWA 1A8DA 2R1BA 1S0JA 5EHAA 5IK7A 2D7IA 3DUIA 1LGBA 4GALA 3FLPA 2KI6B 2PHUA 4GP0A 3MW3A 1HLCA 4LBKA 4OEEA 5BXSA 3N7LA 1S0EA 2IHOA 3O0WA 2A71A 4FQ4A 1PZ8A 1MD6A 2DREA 1LU1A 5IK5A 1Q8QA 4YW4A 1MS5A 2XHLB 5IUQA 2AH2A 2IMBA 3OYWB 1LOEA 2LALA 4I0YA 4XJZA 3WHUA 1PZ7A 3AP4A 3B9CA 2UUSA 1AXZA 1N1VA 4F34A 1UPSA 2AQZA 1WW5A 1QOTA 2P39A 1DFCA 1A3KA 1SLBA 4AVVA 3POKA 2WQZC 3R05A 1G82A 1G9CA 2VXTI 1ENSA 1S0LA 3AH4A 1I1EA 1DQ2A 2A7AA 3WDTA 4YGBA 1W6NA 1VAVA 3O4DA 3QIYA 1ULCA 1LOCA 4EFPA 3FLRA 1YI7A 2ERFA 3DGTA 4XMAA 3IIRA 1G7YA 5EWSA 1JLYA 1W3FA 2W2DA 4I4XA 3FIEA 2EXIA 4OEGA 5EG6C 1F5FA 1TTUA 1W6PB 1H9PA 2E7QA 3MW2A 4GAIA 3D7WB 5F90A 1KJLA 1MS8A 3PG0A 3ZC9A 3IM5A 1N3QA 3BOPA 3QW6A 4YZ1A 4I1EA 3FGMA 3QIZA 4KEIA 1BFBA 4XJWA 2UWBA 4JCKA 3WDXA 1G9BA 4AGVA 4G6MA 3DSEA 4ZA3B 3TAYA 1AX2A 1IRPA 3MW4A 2D20A 1LHWA 3BTAA 3QW5A 2DUPA 3IPVA 2FMDA 4HL0A 3K3QB 1R8OA 1CJPA 1AVAC 5GZEA 3I2AA 4YM2A 2YV8A 1SLCA 1JBCA 3FJHA 3WCSA 3RQ0A 4SLIA 4BLIA 3WA1A 2D6LX 2ZGSA 3WHTA 1QXMA 3C9ZA 2Z42A 4XYXA 3OPZA 2L5XA 2D6MA 2ZGTA 3TC2A 2MLLB 2HW9A 2QYIB 3NV3A 3MPPG 5JMCA 5FNWA 2BEBA 2K4AB 2A70A 3BAUA 1R1ZA 4XHXA 3FJIA 1QOOA 1F82A 2VU9A 1AZDA 1KNMA 4XIOA 2PHTA 2P3KA 4I4PA 2D44A 2NN8A 1S0DA 4D0TA 3A0KA 1CVSA 3BX1C 1DJSB 1DQOA 4EFQA 5DG2A 2AUYA 1WD3A 2ZAAA 5FNXA 1ENQA 2DVFA 1C4RA 3BOKA 4YW2A 1IOBA 1LHUA 3ZSMA 4QALA 1DZQA 1S0IA 4NOTA 2G4IA 3CA3A 4YW1A 1QF3A 1CR7A 1DIWA 1WCSA 4HR6C 3AJZA 1G8WA 1IHKA 2ZQNA 4P9YA 2DTWA 1LENA 1CN1A 2AXMA 3ENRA 5I1BA 1QU0A 1WBAA 4LBQB 3T1MA 3ILRA 3B9UA 4Y24A 4QBVA 4IYBA 1H9WA 2YXSA 3OYWA 3CNAA 5BXTA 2WT1A 1FNZA 3QYDA 4HANA 3POWA 4I4YA 1J0SA 4Y1UA 2BEAA 3WINC 3HALA 1XHBA 3O0XA 1EYLA 4OWKA 1FQ9A 5KXCA 1SFYA 2ZHNA 3KM5A 4RA0A 1ISWA 2EAKA 4TYSA 3POYA 3DDAA 3WG3A 3C88A 2W52A 1W6MA 5F9TA 2HWAA 4LO8B 4JPZA 1IS3A 3FJ9A 4TZDA 1WBCA 2GNTA 3PVEA 1AX1A 2EXKA 3AYEA 4AVSA 2D3RA 1HCEA 3O4AA 2PHRA 1QGLA 5SV8A 3BIWE 1JQZA 3H6RB 5DUUA 2OW4A 5BVPI 2VLCA 4Q1PA 5DZGA 3BWIA 4YFZA 1CONA 1M2TB 4G9MA 4KEJA 5B2HA 3M3OA 1V6LA 2IMAA 3A0NA 2KI4A 4FPLA 3IMNA 3A22A 1SR4C 1F9KA 4ZXKA 4OW4A 4LO1C 4M3CA 2ZHKA 3QJ0A 3FJCA 1FV3A 3OJMA 1LHNA 1GZ9A 1Q8OA 2NM1A 4X39A 3FJDA 3SNVA 3N0KA 4QC4A 2NTDA 4Y1YA 1DZDA 3UJQA 5EXOA 3VSZA 2J3PA 1GNHA 1H30A 2IWTB 3RTIB 2VUAA 1DBNA 3WDWA 3OJ2A 1MZ5A 4ZFUB 4LBLA 4WVVA 3VKMA 3JUTA 7I1BA 4P0KA 3AP5A 1BLAA 1IS4A 4M3CF 1YXWA 4LO3A 4CRQA 3USUA 3BRFA 1LHOA 5E24E 3C8AA 5BYNA 3CRIA 2E4MC 2X2SA 3CRGA 2OUHA 4XKIA 1JT7A 1FV2A 4PF5A 1N3PA 4YOLA 1MVEA 2WLQA 1ISVA 2ESUA 1EV2A 3B01A 1BYHA 4YW3A 5BQNA 4FPOB 2ISGA 1EVTA 3NF3A 2JDZA 2ZBJA 4I1BA 2A5ZA 5DUYA 4JAWA 4JKXB 3NBEA 1FATA 1NUNA 4PBPA 1V6JA 3WMUA 1MS9A 1KQRA 1TOOA 2DRZA 3RG0A 1WD4A 1MC9A 1LJ7A 4XJ8A 3JRRA 4FOVA 3WCRA 3H6SE 4J1LA 4I4SA 2DUQA 1ULDA 3BA4A 5JOYA 4C1WA 3NJ5A 1HIBA 3O4OA 3WNXA 4FP2A 1R8NA 4FGFA 1Z2VA 1IT0A 3NBNA 3HMYA 4ATEA 4OZXA 4ISQA 2ZACA 1JT4A 5FZUA 1S0BA 3WLUA 2Q9XA 3IM6A 3GALA 5EYXA 1T9FA 2SLIA 2FO1A 2TEPA 4FP3A 3HOMA 4J2KA 4BMEA 2A3XA 1DGLA 1V6UA 4XHBA 2D22A 4YZ5A 3CU1B 2XOAA 1YIFA 4ELCA 4ISRA 2D6PA 4FPFA 5E88A 4FVVA 2FGFA 4R9AA 1PWAA 4ZFWB 5CBLA 2UU8A 2F2FA 2VSAA 5BP5A 1UKGA 1ULFA 5CB7A 3VUOA 3CQAA 3LSEA 1IKPA 3FJFA 2ISEA 1LGCA 2RHPA 4JQ0A 3Q9OA 2FFVA 3PVNA 3I4IA 2DURA 1Q04A 3ZXJA 3O5WB 4FPJA 5FZZA 4P0JA 1BASA 1E0OA 2LIQA 4H9WA 3FJKA 2ZHLA 3MEPA 3BRGC 1KRIA 1VAMA 1VIWB 2ARXA 1ZKWA 3I2XA 2D7RA 4XBNA 4JP0A 1ONAA 1HWPB 1IRAX 1G9AA 31BIA 1K5UA 1SR4A 4IY9A 3SNMA 1UX6A 2ZABA 5F8WA 2GZBA 4IZEA 4LO1A 4Q91A 2WT2A 5BQMB 1Q56A 3ILFA 4KTXA 3Q7WA 1SZ6B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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