1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Toxin
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
4LO8B 3N3HA 2DUQA 2WQZC 2PELA 2AREA 4P6AA 1LOBA 4Y22A 2R1DA 3QLQA 1G9FA 1FYUA 2NMNA 3A4UA 2A75A 2OUJA 1CJPA 4BLJA 3FIIA 2D6LX 4ZGRB 1DYPA 2D20A 2DVGA 2UWAA 1TWEA 4OW4A 2P37A 3WOGA 2FFVA 2AYHA 3RQ0A 3QJ0A 3IM7A 1G7YA 4R6UB 3D6EA 6I1BA 1KRIA 3GNEA 3V0BA 3ZXKA 1AX2A 1SCSA 3AH1A 1BARA 4FOVA 1IKQA 3OGGA 1CVNA 4JP0A 2G7QA 2ZGPA 1JY0A 3H6RA 5G00A 2VW1A 1ULGA 2I1BA 4YG6A 3FJIA 2SLIA 2C5DA 3A07A 1II4A 4Q8KA 4GALA 2TEPA 3BA5A 3IIRA 3IKWA 2D1ZA 1YBIA 3RTIB 3AP7A 3JRRA 3VEQA 2ZGSA 1J1TA 4USPA 3ZX7A 4H55A 3OY8A 1YI7A 2D44A 4YGBA 2A3YA 2PHFA 4HL0A 4XMAA 3FGMA 2Y9WC 4FGFA 1MS1A 2ZACA 2WSUA 4RA0A 1MVQA 1GV9A 4II0A 4D8HA 4KBBA 2F8XC 4UW5A 1GICA 3MW4A 2UU8A 1G86A 5FRAA 4XJUA 2DVFA 4LO2C 2GZBA 3FUOA 1CE7B 1YIFA 3FJEA 5H9RA 3IM6A 4IY9A 1G8WA 4QKSA 4XJAA 2DYCA 5DZFA 5HCFA 4I6IA 1LENA 5JOWA 3VUOA 3M1HA 4XJWA 1SACA 2AQZA 4M01A 1IILA 1V6OA 1JYIA 3KMVA 1RZOB 3CA1A 2I2SA 1IHKA 1WLDA 1LOCA 3USUB 4IZXA 2H0BA 3APBA 1ULCA 1QF3A 2E4MA 1L2HA 4FVVA 1SBDA 2ARXA 2RQ9A 1WLWA 4LO1A 2DVBA 2X2SA 2ZHKA 4GWNA 1V6MA 4YG3A 1GNZA 3O44A 5BP5C 1FN0A 1QNWA 3AP6A 4ELCA 4JRAA 3FFZA 4I4QA 1DIWA 1XQNA 4Q1RA 2KI6B 3AJZA 2FO1A 1LHOA 4LBQD 3BB2A 4D0ZA 3C9ZA 2NVHA 3R4SA 3AYDA 1SR4C 2D6KA 4C1WA 5GZCA 2E51A 1JUIA 2VH9A 1UZYA 5T54A 5JDBA 4XFSA 4LO7C 2FDBM 1PWAA 3GALA 4EFRA 3PVNA 3USUA 3CU1B 1LEDA 3SISA 1V00A 3D7WB 4ZA3B 3WDWA 3UD9A 2LALA 4Y1VA 2UWBA 4XZPA 3WINA 1SLIA 4R9AA 4XTPA 4P14A 1AJOA 4G6MA 1B09A 3AKFA 1VAVA 2X2TA 3HR9A 3WMUA 3BTAA 2ZZJA 1ITBA 4X3AA 3BRDA 5BVPI 5F9TA 2GMMA 4XDQA 4FQ4A 3WDYA 4F83A 3FLRA 3VKNA 2GN7A 1Z78A 1T3CA 3VV1A 3AXDA 1SFYA 1DQ6A 4Y1XA 5DSSB 3O5WB 2WNEA 1W3FA 2EAKA 3DGTA 1BA7A 2ZMKA 3LSDA 4FPOB 1MS5A 2ZQOA 4FQZA 3ZSLA 3CA6A 4Y1UA 4Y20B 2OVUA 4PBOA 2NTDA 1KJRA 1MS9A 3WG2A 4DEPA 4U2AA 1FNZA 3ASIA 3ZC9A 2Z49A 1BLAA 3QIYA 3FJFA 1T4QA 4I4UA 1MVEA 3CA4A 3NBCA 1IS6A 2FFUA 4LBNA 1Q1UA 1KITA 3I4IA 3AX4A 2R1BA 2CWMA 2ZR1B 4GAIA 1VALA 2RHPA 5I1BA 1BJQA 3BAVA 3T8SA 2ZGTA 4R9BA 1Y7BA 3UK9A 2YXSA 3NV3A 1S0JA 1H9PA 2ZGLA 2JKBA 2ZA9A 1NUNA 2Q3NB 1S0DA 1IOAA 2A5ZA 2ZABA 2IMCA 3FBYA 2CNAA 2ZGRA 4WZFA 3DDBA 4K1ZA 1VIWB 3IPVB 3D5OA 4G9MA 2D6OX 1W6QB 3ZSKA 3AJYA 3QYDA 4Y20A 1H9WA 3LSEA 5T50A 3NV4A 2RSTA 2ZGMA 5HPZA 3UJ4A 5D61A 3DDAA 2DVAA 1LHNA 5DG1A 1QOSA 1T3AA 1YF8B 1VAMA 5GM0A 1G82A 9ILBA 3CRGA 4IZEA 4XJ8A 3PVEA 4ZXKA 2YZ4A 5BQNA 1QMJA 4XIOA 3BX1C 1P63A 4I3NA 4YGEA 3QW6A 2BFHA 4DENA 3O4BA 4J2XA 4BMBA 1HLCA 1AVBA 3BONA 3O4OA 1RMLA 3E8LC 2NYYA 3SNMA 2HYKA 3IM5A 1V6VA 2PHUA 1ZKWA 4J1LA 3B01A 4XFUA 4ZLBB 2KKIA 3IPVA 1AXMA 1W6QA 3FJ8A 4KUFA 1FGAA 3W58A 5KXCA 3DEBA 2UUSA 2FPQA 4OEEA 3H0OA 2WT1A 2ISEA 5CNAA 3A0KA 1CPNA 1HWPB 2ZBJA 1BASA 5GLUA 5IT6A 4G9NA 3T2TA 2GNMA 4ENDA 4QKRA 4FPLA 1QXMA 1UZZA 3NBNA 3UJOA 3VKMA 1KQRA 1GZWB 4IQPA 3RMYA 2K8RA 4OWJA 4BM8A 2WT0A 2NN8A 2EIGA 5H9PA 2VW2A 1N47A 3MALA 1F5FA 4BLIA 4I1EA 1FNYA 3BOPA 3IMNA 1BFFA 1AXZA 3SITA 3WO2A 4YFWA 5H9SA 1XTFA 5D63A 3M3EA 1S0LA 2KLLA 4YZ2A 3N35A 3FJHA 4XE9A 2E7TA 4TYSA 3RSJA 3A23A 2ISGA 2A6WA 2CTVA 1W3GA 1XZZA 3W9TA 2GNDA 1SBEA 5GZEA 3IN9A 5JOXA 4Q27A 1GZWA 1IJTA 5JOYA 4AGVA 4I4PA 3C8AA 1V6WA 4XBQA 1DJSB 3LLPA 3ZYPA 3VT0A 1HCEA 1K5VA 4XJ9A 4YZ4A 3FJBA 4I4XA 3A21A 4YW3A 1OQLB 2D6PA 1ONKB 4JAWA 2NP0A 1PZ8A 3AZXA 1GKBA 3R05A 4I96A 5FZZA 3HALA 2HWAA 4LBLA 4KEKA 4YM3A 1RG8A 5CAZA 4DCKC 3BIWE 1VCLA 1EVTA 2E4MC 1D0HA 3SH5A 1R8NA 4I2SA 2VSAA 1JBCA 4EKXB 3O4CA 5E8AA 1F82A 4JQ0A 1BFGA 1X50A 4LO1C 1MR5A 3M2MA 4XOGA 4M3CE 1DQOA 1JYCA 2ZGNA 4J23B 2A97A 2E7QA 3ZUSA 3V0AB 1NXD1 2UWCA 2A6VA 3VT2A 2LIQA 2LTNA 3OY8B 4XIKA 2C9AA 2BEBA 1V6KA 1LU2A 4LBMA 3VKLA 2ARBA 1W6PB 2YY1A 2GMEA 4NO4A 4Q9GA 1DZDA 5D62A 1CIWA 2EXJA 3AZZA 3QW5A 4FP2A 1GYKA 3ZPYA 4IHZA 4DFSA 4USOA 2R0FA 3RG0A 2VY0A 1Q8PA 4I4VA 2B7YA 1ZA4A 3AFKA 3U4XA 3VKOA 1AVAC 1LHUA 1O4ZA 1ONAA 3L2YA 4EFQA 5EXOA 4Q8LA 3BWIA 4LBKA 5DUXA 2D6MA 4YZ1A 2AXMA 4EJ5A 3FLPA 5GAQA 2W68A 3WINC 1IS4A 1MZ5A 1HKNA 2VLCA 1GSLA 4Q26A 1WBFA 2V5YA 1S0BA 1YVGA 4I0YA 4WV8A 3V0AA 2CY6A 1KJLA 5T5LA 1QKQA 3UJ0A 1FMMS 2BEAA 2XB6C 1UX6A 1W6PA 1WD3A 3WDUA 3V79C 4P0JA 4Y26A 2NMOA 3AJ6A 2A3XA 4Z9WB 2ZHMA 1Q8QA 4YW4A 1E0OA 1SLLA 4L4HA 3TC2A 2GNBA 3HN1A 2D22A 2IMBA 3N7LA 3RS6A 1DQGA 1O4YA 3F62B 4FPEA 1ENRA 4J2YA 1R1ZA 1M2TB 1CQ9A 3EF2A 4AN6A 1APNA 3NV2A 3ILNA 1S0EA 2L5XA 4FPFA 1LEMA 1DQ5A 2GN3A 2AR6A 2ZGQA 4XHBA 2DU0A 2R16A 1GLHA 4ZFYB 5SV8A 4YW1A 1ZN3A 2HZ9A 1EPWA 3ZUQA 1AFCA 3ZXDA 5BXRA 4YLZA 1BQPA 1JT7A 5BXSA 2G4IA 2Q9XA 2D43A 1FQ9A 4A7YA 1OKQA 3V65A 3O4DA 1WBAA 1XYFA 2WSVA 5DZGA 4UW6A 5T5JA 1GZ9A 4DRRA 4GXLA 5EG6C 5GALA 2VW0A 5BOWA 3AXEA 31BIA 4R9DA 1MC9A 1IRAX 5DG2A 3PVOA 4GOVA 3WHTA 4QC4A 1QQLA 3WO4A 4J2SA 5KXDA 5GZDA 1ILR1 2VU9A 2A3WA 4F34A 1A3KA 5EWSA 3I2XA 1OQ1A 1JT5A 1HWOB 4GP0A 1RITA 2G7KA 4FOYA 4ZFWB 2FMDA 3RTJB 1I1EA 3POYA 3ZXFA 1QGLA 4LO0A 1FMZA 4H9WA 1ISXA 4XXAA 4ASMB 3P6IA 3NV1A 4U36A 1V6UA 3LCPA 2D6NA 4OZXA 5DUUA 3VSZA 1TWMA 4K1YA 1PUUB 3BAGA 1GZCA 4ISRA 2VSEA 2K43A 3WG1A 2DTWA 5EYYA 2UURA 4P9XA 2JECA 3AKIA 5BQMB 2D7IA 1F9KA 1WBLA 3N7MA 2ZMNA 3N7JA 1YXWA 1ISZA 4M3CA 2PHXA 1UMZA 2WBCA 1SBFA 1Z7HA 3OBTA 3WV6A 3B69A 1S1AA 3WCSA 3IM0A 1I3HA 1LOEA 2VUAA 2ET2A 4YW2A 4BOWA 1RINA 2AUYA 3D3XA 2QN4A 4XKIA 3N0KA 4CZSA 4YM0A 4Y1ZA 5L73A 4P9WA 3C88A 4LO3A 8I1BA 3CRIA 1CVSA 4BPZA 3ZXEA 4IY8A 3I2AA 4LBQB 4YOLA 3FIEA 4FPGA 3H6QA 1C4RA 3I8TA 3MPPG 3LTQA 4Z8BA 1BKZA 5BQMA 4XJZA 1WD4A 3NWKA 1AVWB 1LGNA 5DZEA 4I37A 2EXHA 1QDCA 2R0HA 2OUHA 3CNAA 1S0GA 1PZZA 2DWRA 3A0NA 1C1LA 5EC5A 1A78A 3WMVA 1BYHA 4XBLA 1Q8SA 1IOBA 3O0WA 3POWA 4DPNA 3O3QA 5B2HA 1N3PA 4ITCA 1Z0HA 4I30A 4R9CA 4I1BA 1S0CA 4P9YA 4NOTA 2GMPA 4GOYA 2W08A 4FPYA 1ZL5A 1W0OA 1ZL6A 3BAQA 4P0KA 4XFTA 4LBQA 1FWUA 3OYWA 1MD6A 1GANA 1QOOA 2P23A 7I1BA 1YRZA 3HBWA 1GBGA 2A6XA 3CAHA 3DUIA 1SCRA 4QD2B 5F8WA 1Q8VA 1WLCA 1HKDA 3WLUA 4AVTA 3F1RA 1AVXB 1WBCA 3BRFA 3CA0A 3K1XA 2SBAA 2DVDA 1DYKA 4TZDA 2PHRA 3FUQA 3OPZA 3AP5A 4KS6A 1FAYA 3AZWA 3ZC8A 3V64A 3WCRA 3OJVA 1WUVA 4BQ1A 3BAUA 4YW5A 4I4OA 3BAHA 5EHAA 1WCSA 4Q2FA 1YO8A 5DVHA 5FZYA 2DS0A 5GLZA 4PF5A 1Q8OA 1LULA 1DQ0A 3JUUA 2D3PA 5BXPA 1ENSA 3O5SA 4FOWA 2NZ9A 3QR5A 4QBCA 5BQUA 4LBJA 4OWKA 4I7IA 1N1SA 1DLLA 4OEFA 4YFZA 4DS0A 3DSEA 2GDFA 3I29B 1LECA 2EXKA 4EEEB 4C1XA 3H6SE 3WDVA 3O4AA 3POSA 5DZUA 3B9CA 1IT0A 2D7FA 2ZHLA 4I4SA 1N1VA 2YUGA 4FPJA 1WW4A 2GALA 3HMYA 1EV2A 1IS5A 3AK0A 4YGCA 4GAFA 2P3KA 1BLDA 2KH2A 1CN1A 1EYLA 2D3SA 1ULEA 5DUVA 2LIEA 4I4RA 3WG4A 1W3AA 4Y1YA 5HCAA 3O0XA 4YGDA 1URXA 1QNYA 5FZUA 1J0SA 4AGGA 2IMAA 1W6MB 2WRYA 2K4AB 1FWVA 2G7NA 1V6XA 5GZFA 3B9UA 1M16A 1PUMB 1HQWA 4IYBA 1HWMB 4KC3A 5CA6A 1SLTA 3SH3A 5KXEA 4JCKA 2J3PA 4TLPA 4EB2B 2OW4A 1LOFA 1JOJA 5CB7A 4W65A 2ENRA 2DUPA 1LHVA 5F90A 3CA5A 1UN1A 5FREA 5E89A 4K20A 2E53A 2P3IA 1N1TA 3AKGA 3B00A 1C57A 1N3OA 1ULDA 2F2FA 1V6LA 5E88A 1ZM1A 3UL2A 5T5PA 4XYXA 3WO3A 2ISHA 1SLCA 1ISWA 1DGLA 1BZWA 1JXNA 4YZ5A 3AYEA 5CBLA 1UPSA 1DBNA 1W6MA 2ZKNA 3JU9A 1HDKA 4FPHA 1CESA 3ILRA 3WNXA 4CJMA 4A7KA 1AF9A 3WUDA 1IS3A 5T5OA 2ZQNA 4UW3A 1F31A 2ESUA 2A8AA 1PC8B 3AYCA 1DQ1A 1AX0A 5KXBA 2MLLB 4AWDA 4ATEA 3P6JA 5GLTA 1C1FA 1LTEA 4CRQA 1ISVA 4ZFUB 4AYUA 4LO0C 3FJAA 1WW5A 3N36A 4KTXA 5HCBA 4DRVA 3M3CA 2PHTA 2D3RA 2QYIB 3POKA 2P39A 3TB0A 4EL4A 1W6NB 1JW6A 1KNMA 4Z8SB 3ZVXA 5T55A 2MIBA 4D69A 3O0VA 3AKHA 4L4IA 4OWLA 2FHRA 2ZGUA 1SLBA 2XG3A 1QOTA 1AZDA 1QDOA 2ZGOA 3FLTA 1LGCA 3WZ1A 4J2KA 1V6NA 3MEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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