1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
3SISA 1J1TA 2Z48A 3ZVXA 3FJKA 5CBLA 4ZBVB 3QW7A 1HKDA 1TFMB 2A8AA 2C5DA 3BRFA 1KDMA 3DDBA 4I0YA 3W9TA 1W6MB 5JMCA 3AH1A 1BKZA 1C1FA 1HKNA 4KS6A 1G82A 4I37A 2ZGUA 3BOPA 1QQLA 1VLNA 1IHKA 4QC4A 1O4ZA 1PC8B 2GMMA 3AH4A 4I1BA 3WDXA 1F31A 4WV8A 1UX6A 1IS6A 3MPPG 3POSA 3VWCA 2D6OX 1S0FA 1VCLA 4D0ZA 1QDCA 1UMZA 1Z78A 2A97A 2BEAA 2CTVA 4XHBA 2HWMA 2R0FA 2ETFA 4YFZA 4YG0A 3A0NA 1JT4A 3BRGC 4ZXKA 2WKKA 1SR4A 4FPLA 4KBBA 3AYDA 2MC2A 3CQAA 1HCDA 1GLHA 4YZ3A 4BM8A 2DUOA 3IPVA 3NV3A 2FFVA 1S0DA 2ZGRA 5IK5A 1IKQA 2NP0A 5GZFA 2DS0A 4SLIA 4YW3A 1DQ4A 4GAFA 5DZEA 4I30A 3VKLA 1JYIA 5HCBA 4Q1PA 4FOVA 4J2YA 4FP2A 1T9FA 5T54A 3CRIA 5JVVA 3AX4A 1FAYA 2D3PA 2R9KB 3VKOA 1FMZA 3K3QB 5JOWA 1URXA 4X37A 4WBCA 2IMBA 4IONA 2UWCA 3NV1A 3JRRA 4LBMA 1DFQA 3USUA 2P23A 5DZGA 3SH5A 4ZFUB 1DQGA 2ZMKA 2GDFA 2ES3A 1DBNA 3QCWA 1WW6A 2WSUA 2HW9A 2X2TA 2VUAA 1JBCA 4P9WA 3FJBA 1JHNA 1SR4C 1VALA 1XG6A 3U4XA 3WDWA 1GZWA 4M01A 1H30A 3ZSKA 1FYUA 2RSTA 4FGFA 1V6IA 3ZXJA 1AJKA 4XFTA 2R49A 4P0KA 1TIEA 4OWJA 2Y9FA 4Z9WB 8I1BA 3AZVA 2OW4A 3Q7YA 31BIA 4G9NA 5DZUA 5GLTA 3AP7A 3IN9A 3FBYA 3AP5A 3WO2A 4GALA 4F83A 4L4IA 2RHPA 2VW1A 3FJ9A 4IZEA 3FJAA 1MACA 2I2SA 4P9XA 2IMCA 3LSEA 2MIBA 3A23A 2D7FA 4H9WA 3INAA 3TAYA 2NVHA 4IYBA 5BQUA 3IPVB 2Q3NB 3WV6A 2EXIA 3SNVA 1YYNA 4OEFA 3NBCA 3B69A 1S0BA 3EF2A 5D62A 3PJQA 3UL2A 4OEGA 4GKYA 4QD2C 1IS4A 3VSZA 2ZMLA 3FJJA 4P14A 3OGGA 1LU1A 1QF3A 5BQNA 2YY1A 3IM6A 1ULFA 1U0AA 3A22A 2D6KA 3GNEA 3O4OA 1HDKA 3ZUQA 3T2TA 3P6IA 2ZGLA 1K5VA 2D20A 1Q1UA 4XXAA 1SFYA 5JDBA 2ZR1B 1V6NA 3AJ6A 3CA6A 4II0A 1N1SA 1GZWB 3ZYRA 4LBKA 4LBJA 4LBQA 5KXCA 1ULCA 2FPQA 4XBNA 4M00A 2E53A 3OPZA 4I4RA 2A6WA 3FLPA 5HPZA 5GLZA 4JCKA 2P34A 1DGLA 5BXSA 1TOOA 2JD4A 3BA7A 5IK4A 1QU0A 3WO4A 3ILRA 2NYYA 2G7NA 1WUVA 2ZQNA 1SBDA 2WSVA 2M49A 1II4A 5FRAA 1VIWB 4EEEB 3AKFA 4DFSA 4FP3A 3WHTA 4KUFA 1DFCA 5HCAA 2LIQA 2RG9B 3FJDA 4I4XA 1ULEA 2G7PA 1YVGA 5E24E 1LOFA 1QOTA 1FNZA 2DU0A 4UW4A 4RL7A 2AXMA 5KXDA 2DVAA 4I3NA 4Y1XA 4C1WA 3M3EA 1FX5A 3WDUA 3PUBA 5DUUA 2ZGOA 1A3KA 3O4AA 2PHUA 5T50A 3AJYA 4DS0A 5BQMA 3I29B 5JLVA 1S0JA 5DVHA 1WBCA 4P0LA 1LOAA 5GJ6A 2XB6C 2HWAA 3GALA 2HZ9A 1SZ6B 4XOGA 1DZCA 2XHLA 1Q03A 3BODA 3WVJA 4FPHA 2TEPA 1PZ8A 2WT1A 2WRYA 4ZA3B 1IS3A 1TEIA 1W6QA 1GYKA 4M3CF 4LBQB 4H04A 4R9BA 1TWEA 2EAKA 2EF6A 2A5ZA 3AZZA 4LO3A 3BAUA 1HQLA 5BOWA 21BIA 2CL2A 1SCRA 4PBPA 4F34A 3FJEA 2W52A 2D44A 2OUHA 3IM5A 1AVUA 2DRYA 1UZYA 4WVVA 4XIKA 4XJUA 3FGMA 1YXWA 1F5FA 4PQ9A 1YO8A 5DUXA 5GZCA 3E8LC 4XFSA 1V6OA 3ZX7A 4J1LA 3VT1A 4R9AA 3FJCA 1BXHA 1W6NA 1E0OA 1MVEA 1SCSA 4X39A 3OBTA 2LTNA 2R16A 5FZZA 4LO0A 1WD4A 4H55A 3O12A 5DUWA 1W6MA 4HA2A 1BARA 3WCSA 5LK5A 2NTDA 4I4YA 1AVBA 5G00A 4LO2C 1Q8QA 1S0CA 1CVNA 5BQMB 2ZKNA 2GNDA 1IRAX 3IAGC 1MR5A 4AGGA 4ZFYB 5DZFA 1JT5A 3B9CA 4YG3A 4G6JA 3WO3A 4DEPA 4XE9A 4EFRA 1UKGA 4YW2A 2QYIB 2ERFA 3AZXA 1HWNB 1CPMA 3I4IA 2NMNA 3VEQA 2GNBA 3WG4A 3D7WB 1TP0A 4X38A 1W6QB 5DG1A 2AR6A 4YM3A 3Q7WA 1A78A 3N7LA 5D61A 2A75A 3ZUSA 2G7QA 3IM0A 2EXHA 4Y1YA 2A3WA 1XQNA 1V00A 2D6NA 4LBQD 4USPA 1Q56A 4I4VA 1AXZA 2QN4A 2DREA 4Q2FA 5GM0A 41BIA 4NO4A 1IOAA 2AH2A 1DYPA 3PVNA 3HOMA 1WBAA 3CA5A 3NBEA 4XJ9A 1MZ6A 4J2KA 4FPYA 1IOBA 1WBLA 5GALA 3FIEA 3NV4A 2F2FC 2PHRA 4FPGA 4FPJA 1W6NB 1R8NA 5BYNA 1LJ7A 3ZYPA 3BRDA 1YF8B 1Z0HA 4I2SA 1BLDA 2E4MC 4JKXB 4XXPA 2Q5TA 2D1ZA 4DQAA 1XTFA 4HJJA 1H9WA 2XOAA 3BOKA 3QR5A 4DENA 4AYUA 3R4UA 3ZXEA 1HWOB 3BOOA 5FNWA 4AVVA 5B2HA 5GLWA 2P39A 4CJMA 4JC1A 4EL4A 2DVDA 4JRAA 1JN2P 1WBFA 3D5OA 3T1LA 1I1BA 2KH2A 2G7KA 4G9MA 1S0LA 1C1LA 4K21A 1AZDA 4M3CE 4XFUA 2MLLB 3OBRA 3N7MA 1PWAA 1SBEA 2KM2A 1GSLA 3H6SE 2PHTA 4P0JA 1RG8A 4K1YA 1KQRA 1DQ5A 2AQZA 2FHRA 3OJVA 5DXDA 4YZ4A 1RZOB 1G9AA 1N1YA 3B9UA 4YM1A 3JU9A 4YGCA 4Y24A 1LESA 1MS5A 1DHKB 1SLBA 2ZHLA 1ZL6A 3POWA 4P6AA 2CYFA 4FQZA 4XTMA 2EXJA 3MW3A 2FFUA 4EFQA 4EB2B 3FJHA 4WZFA 1MZ5A 2HYKA 3POKA 1CONA 3ILNA 1UZZA 1WW7A 3WDVA 1FWVA 1GBGA 2ZABA 3ZC9A 1SLCA 3RMYA 3RQ0A 5KXEA 3IM7A 3P53A 2A71A 4TLPA 2IWTB 4Q27A 2LIEA 4XJWA 5L73A 3WUDA 3AKHA 3QW8A 2IHOA 3O5SA 2WBCA 2ZGKA 3ZSJA 2Z42A 2VH9A 3C8BA 2AGSA 3H6RA 1ITBA 3N7JA 4I1EA 5F8WA 1QXMA 3H0OA 4K1ZA 2GALA 1CPNA 2ZHNA 5CA6A 2E6VA 1BLAA 3CRGA 3UJ0A 1JLXA 4BLIA 3MW2A 2BEBA 4I4UA 1GANA 4ZGRB 1WCSA 5SV8A 1N1VA 1D2SA 2F8XC 1ULGA 2UUSA 2K4AB 5IT6A 3PG0A 2DUQA 2WLQA 1LOGA 1QNYA 3NBNA 4R6UB 2Y9WC 6I1BA 4YZ1A 3UD7A 3V0AB 1MS3A 3O0VA 3BTAA 1BQPA 2JECA 2NN8A 3F1RA 3R05A 3FLTA 5EYXA 4DRRA 1N4KA 2ISEA 4BMEA 1AVWB 4ATEA 5T5OA 3IIRA 5BXPA 2WJSA 5EHAA 2J3PA 3FUOA 5CB7A 4CTEA 3AYAA 4ASMB 1Q04A 1KDKA 4Q26A 2A3YA 5BXRA 2A6ZA 3HMYA 1EV2A 1FWUA 4PC4A 1JLYA 2D7IA 3HR9A 3SH3A 2W39A 3D6EA 2VU9A 4ZFWB 3C89A 3FLRA 1Q8OA 1MS1A 4C1XA 4QKSA 2RQ9A 3V79C 1ZL5A 1WW4A 4YW1A 2AFGA 3DS9A 1PZ9A 4QD2B 1LGCA 5IK8A 4YGEA 2AYHA 1JQZA 3ZXFA 3DDAA 3H6RB 5T5LA 4LO1C 2Q9XA 1KITA 3APBA 1ULDA 4U36A 1W3FA 5DG2A 4BOWA 1IILA 3M3QA 4A7YA 5GZDA 2W2DA 3AXEA 2UWBA 3A07A 3BA4A 1ABRB 3BX1C 4I96A 2IMAA 1DYKA 1S0EA 2UURA 5E88A 4XDQA 3A21A 3HN1A 1ZM1A 4I7IA 1V6XA 3MALA 4L4HA 4XTPA 3L2YA 4QKRA 5EG6C 1L2HA 1BJQA 2GNTA 1FNYA 4Q9GA 3I2XA 4GWNA 1JYCA 1ISXA 2GO2A 3PVEA 4KEJA 1TWMA 5DUVA 4GWMA 1IS5A 4IY9A 4USOA 1GNZA 4PBOA 2EIGA 3LLPA 4YLZA 1YIFA 3IKWA 3UD8A 4YW4A 2D6PA 3HSMA 1FGAA 1V6KA 2W08A 5H9SA 3ENRA 3SITA 1RMLA 9ILBA 1XTGA 4AN7B 1B09A 1PUMB 2X2SA 4XBLA 4ZKTB 5D63A 1RITA 1O4YA 2DWRA 4BMBA 2P37A 1EYLA 1AVXB 5T55A 3OJMA 1ZKXA 1ILR1 4KEIA 4Q8KA 4KTXA 3ZC8A 1V6WA 3B00A 2CWSA 1R8OA 4ZJXA 3UD9A 2ISHA 1GV9A 5EXOA 3SLIA 1BASA 1ISZA 1JTCA 1QMJA 5HCFA 3RG0A 4YG6A 4FPEA 3ZXLA 1CJPA 1APNA 1MS8A 4BPZA 1WLCA 3FJFA 5H9RA 4LO2A 3CU1B 2H0BA 4I4QA 1RINA 1N3QA 1JXNA 2ZHKA 3DEBA 1E1HA 2LALA 5EC5A 5JOZA 1W6PA 3M3OA 1ONAA 1MD6A 1AX0A 2GZBA 2W2DB 5DSSB 2R1BA 2ZQOA 2JE7A 3MW4A 2KLLA 2D3RA 3OY8A 4YW5A 1ZB7A 1R1ZA 2P3JA 2P3IA 2SLIA 1IRPA 1G9BA 2V5YA 1LECA 1HLCA 3AJZA 5F90A 1ONKB 1JW6A 1YBIA 5FZUA 1JY0A 1F9KA 1DQ6A 3QIYA 3AP6A 4NOTA 1XHBA 4FPFA 5FZYA 5BXTA 2VXRA 1ENRA 2WT0A 5AVAA 1LENA 3B01A 2YROA 2PHFA 1GZ9A 2AAIB 1PZZA 4GXLA 1AXMA 1N3PA 3UJ4A 4HANA 3HBWA 5T52A 2B7YA 1T3CA 2XG3A 3UK9A 3C9ZA 3M3CA 3WDYA 3V0BA 3P6JA 2W68A 3PHZA 2F2FA 4YFWA 2WT2A 1LHNA 2YZ4A 4XJAA 1OQLB 1ISWA 3ZXKA 5GLVA 1MS9A 3A0KA 3C88A 3QW5A 2E4MA 2BFHA 1KJRA 1CESA 2AREA 3V64A 7I1BA 1V6MA 4UW6A 1OQ1A 2ZMNA 2ESUA 4EJ5A 4GOVA 4JKQA 3NBDA 1ISVA 4W65A 3ZXGA 1LGNA 5H9PA 1GGPB 1SBFA 2UWAA 3N0KA 3RSJA 3POYA 3UJOA 4QBVA 2ARXA 1W3AA 3ATGA 3JUUA 4GKXA 3AYEA 1ENQA 4XILA 3WG3A 2VSEA 1W6PB 4PF5A 1QQKA 3WINC 1NUNA 4OEEA 3DUIA 3QYDA 1IJTA 3LSDA 1LOEA 1AFCA 3OY8B 2DUPA 1V6LA 4DPNA 2A6XA 2D23A 3FUQA 3O0XA 4AGVA 1LULA 3ZSMA 1I3HA 1HWPB 2GN7A 2DVGA 3AKIA 2A7AA 3CAHA 3WUCA 4LO7C 4R9CA 3FFZA 2YMZA 2VW2A 3VSFA 3B3QE 1V6JA 2DTYA 1VAMA 2D22A 4XJZA 1W3GA 1DLLA 2DVBA 1C4RA 3WCRA 4Y20A 2ET2A 3ZURA 2P3KA 4IHZA 1UAIA 5BP5C 3WLUA 1CE7B 1GICA 2GNMA 2PELA 1LEDA 1LHUA 1W0OA 1XZZA 3AP9A 1AXKA 4P9YA 1G7YA 4Q1RA 5F9TA 4OWLA 5GZEA 3V0BB 1CR7A 1Q8PA 3VKFC 1DQ2A 2C9AA 4AVTA 4OWKA 5JOYA 2D43A 2OUJA 3AH2A 1G86A 3WA1A 3VUOA 4LO7B 1AJOA 4Z8SB 4OUJA 4Q91A 5F5QA 5FNXA 3AYCA 2K43A 5CNAA 3OYWB 1DJSB 1AX1A 4HEVA 1SACA 1Y7BA 1JT7A 1QGLA 2VLCA 3M1HA 2YUGA 3BADA 3I8TA 1Z7HA 2YXSA 2R0HA 4ZOTA 3I2AA 1JT3A 4U2AA 1BFCA 4KEKA 2ZACA 4MYEA 1G9FA 2E7TA 1WLWA 2L5XA 2ZGQA 4FPOB 3V0AA 1N47A 3DGTA 1I1EA 1G9DA 3N36A 3AZYA 2UU8A 3O4CA 3KMVA 2D7RA 2JJ6A 1ZA4A 4Y1UA 1SLLA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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